Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403100.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_765.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3360
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.11, T:0.29
Warning! 586 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:286 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1423 Score: 1381
Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 171
* * ** *
1 AAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATTTAGCCTTT-G
1 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAAG-CTTTCG
* * * *
65 AAGGCATGGGTGACTATAATTGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAA
65 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAA
* * * *
130 GGTAGATATTAAATTATATTCTATTTTAACTAAAAATATAAA
130 GGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * * *
172 AAAATTCAACCCAAAATCAATTATGAGAATATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATTAAGATTTTGA
1 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAAGCTTTCGA
* * * * ** *
237 AGGCATGGGTAATTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATAAATGGCTTTTTCTTTGTGTTTCCCAAG
66 AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAG
* * * * * *
302 GTAGACATCCAATAATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAGA
131 GTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * * ** *
343 AATATTCAATCTAAAATCAATTATGACATGATAAAACTATTTAAAGTAAGT-ACTAACGCTTTCG
1 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAA-GCTTTCG
* * * * *
407 AAAGCATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATAGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTG
65 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCCTA
*
471 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTGACTAAAAATGT-AA
129 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * * * * *
513 AAAATTCAACTTAAAATTATTTATGTGAATATAAAACCATTTAAAAGCGCA-TAA-CAAGGCTTT
1 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT-AAAGCG-AGTAATTAA-GCTTT
* ** * * * *
576 CAAAGTTATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTG-CATTGAATAGCTGTTTCTTCACT-TTTCC
63 CGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTCC
* *
639 TAAGGTAGACATCCACTTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAA
127 TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * * * * * * * *
684 AAAATTCAACATAAAATTAATTACGAGCTTGTAAAACCATTTAAAGTGACTAA-TAATGATTTTG
1 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAA-GCTTTCG
* * * * * *
748 AAGGCATAGGTAAATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTGTTCATGTTTCCTAG
65 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAA
* *
813 GGTAGATATTCAATTATAATC-AGTTTTAACCAAAAATGTAAA
130 GGTAGACATTCAATTATAATCTA-TTTTAACTAAAAATGTAAA
* * ** *
855 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATTGGGCTTTTGA
1 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAAGCTTTCGA
* * * * * *
920 AGGGATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCCTCAAGTTTCGTAAA
66 AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AA
** * * * *
985 ATTCAGACATTTAATTATAGTTTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAA
130 GGT-AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAA
* * * *
1028 AAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-CTGAATAATAAAGCTTTCA
1 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC-GAGTAATTAAGCTTTCG
** * * * * * * *
1092 AAGAAATGAGTGACTATAAATGGA-TTTTCTTGCCAATGACA-GCCTTTTTCATCACGTGTCTTG
65 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTA
** * *
1155 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGCTTTCACCAAAAATGTAAA
129 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * ** * *
1198 AAAATTCAA-CTGAAAATCAGTTATGAGATTATAAATCCATTTAAAATGAGTAATTAGGCCTTCG
1 AAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAAGCTTTCG
* * * * *
1262 AAGGCATGGGTGACTATAATTGGACTTTTATTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCATATTT-TTCA
65 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-A
* * *
1326 AGGCAGATATTCAATTATAATC-AGTTTTAAC-AAAGAATGT-CA
129 AGGTAGACATTCAATTATAATCTA-TTTTAACTAAA-AATGTAAA
* * *
1368 AAAATTAAACCCAGAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTA
1 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTA
1424 CGNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1012, Mismatches: 211, Indels: 59
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 297 0.29
171 572 0.57
172 36 0.04
173 105 0.10
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAAGCTTTCGA
AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAG
GTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAA
Found at i:769 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 1--1413 Score: 1390
Period size: 341 Copynumber: 4.1 Consensus size: 342
* * * * **
1 AAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGT-AAGTAATTTAGCCTTT-
1 AAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGCTTGTAAAACTATTTAAAGTGAA-TAATAAAG-CTTTC
* * * **
64 GAAGGCATGGGTGACTATAATTGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCA
64 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCCTG
* * * * * *
129 AGGTAGATATTAAATTATATTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCCAAAATCAATT
129 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATT
* * * *
194 ATGAGAATATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATTAA-GATTTTGAAGGCATGGGTAATTATAAATG
194 ATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATG
* * * ** * *
258 GACTTTTCTAGCCAATAAATGGCTTTTTCTT-TGTGTTTCCCAAGGTAGACATCCAATAATAATT
258 GACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAAT-TTTCCTAAGGTAGACATCCAATTATAATT
* *
322 TGTTTTAACCAAAAATGTAGA
322 TGTTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * *
343 AATATTCAATC-TAAAATCAATTATGA-CATGATAAAACTATTTAAAGT-AAGTACTAACGCTTT
1 AAAATTCAA-CATAAAATCAATTATGAGCTTG-TAAAACTATTTAAAGTGAA-TAATAAAGCTTT
* * * *
405 CGAAAGCATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATAGCCTTTTTCTTCATGTTTCT
63 CGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCACGTTTCC
* * * * *
469 TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTGACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATTAT
127 TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAA
* * * ** *
533 TTATGTGAATATAAAACCATTTAAAAGCGCA-TAACAAGGCTTTCAAAGTTATGGGTGACTATAA
192 TTATGAGAATATAAAACCATTT-AAAGCG-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAA
* * * * *
597 GTGGACTTTTCTTG-CATTGAATAGCTGTTTCTTCACTTTTCCTAAGGTAGACATCCACTTATAA
255 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAATTTTCCTAAGGTAGACATCCAATTATAA
* *
661 TCTATTTTAACTAAAAATGTAAA
320 TTTGTTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * * * * *
684 AAAATTCAACATAAAATTAATTACGAGCTTGTAAAACCATTTAAAGTGACTAATAATGATTTTGA
1 AAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGCTTGTAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAAGCTTTCGA
* * * * * * *
749 AGGCATAGGTAAATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTGTTCATGTTTCCT-AG
66 AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCCTGA-
*
813 GGTAGATATTCAATTATAATC-AGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATT
130 GGTAGACATTCAATTATAATCTA-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATT
* ** * ** * *
877 ATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATTGGGCTTTTGAAGGGATGGGTAACTATAAATGG
194 ATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATGG
* * * ** ** *
942 ACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCCTCAAGTTTCGTAAAATTCAGACATTTAATTATAGTT
259 ACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAATTTTCCT-AAGGT-AGACATCCAATTATAATT
1007 TGTTTTAA-TAAAAAATGTAAA
322 TGTTTTAACT-AAAAATGTAAA
* * * *
1028 AAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAACTGAATAATAAAGCTTTCAA
1 AAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGCTTGTAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAAGCTTTCGA
** * * * *
1093 AGAAATGAGTGACTATAAATGGA-TTTTCTTGCCAATGACA-GCCTTTTTCATCACGTGTCTTGA
66 AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGCCTTTTTCTTCACGTTTCCTGA
** * *
1156 GGTAGACATTCAATTATAATCTGCTTTCACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTGAAAATCAGTT
130 GGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATT
* * ** * * * *
1220 ATGAGATTATAAATCCATTTAAAATGAGTAATTAGGCCTTCGAAGGCATGGGTGACTATAATTGG
194 ATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATGG
* * * * * * * **
1285 ACTTTTATTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCATATTTTTC-AAGGCAGATATTCAATTATAATCA
259 ACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCA-ATTTTCCTAAGGTAGACATCCAATTATAATTT
*
1349 GTTTTAAC-AAAGAATGT-CA
323 GTTTTAACTAAA-AATGTAAA
* ** * * *
1368 AAAATTAAACCCAGAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
1 AAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGCTTGTAAAACTATTTAAAG
1414 CGAGTAATTA
Statistics
Matches: 877, Mismatches: 167, Indels: 56
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 49 0.06
341 305 0.35
342 244 0.28
343 171 0.19
344 108 0.12
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (342 bp):
AAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGCTTGTAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAAGCTTTCGA
AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAG
GTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT
GAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGAC
TTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAATTTTCCTAAGGTAGACATCCAATTATAATTTGTT
TTAACTAAAAATGTAAA
Found at i:2110 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1809--3019 Score: 1131
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 171
1799 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1809 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATTATGATTTTGAAGGCATAGGTGACTACAAATGGACTTTGCTTA
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * * *
1874 CCAATGCA-CGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGTCATTCAATTATAATCTATTTAAACCA
66 CCAATGAATAG-CTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* * ********** *
1938 AAACTATAAAAAAATNNNNNNNNNNATCTATTATGAGATTAT
130 AAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * ** * *
1980 AAAATCATTTAAAGTGAGTAATTTGGCCTTTGAAGGCATGGGTGACTATAATTGGACTTTGCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * *
2045 CCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGATATTAAATTATATTATGTTTTAACCAA
66 CCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
* * *
2110 AAATGTAAAAAAATTCAACCCAGAATCAATTATGAGAATAT
131 AAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
** * * *
2151 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAAAATTTTGAAAGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTAG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* *** * * * *
2216 CCAATAAAT-GACTTTTTCTTTGTGTTTCCCAAGGTTGACATCCAATAATAATTTGTTTTAACCA
66 CCAATGAATAG-CTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* * * *
2280 AAAATGTAGAAATATTCAACCTACAATCAATTATGACATTAT
130 AAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * * * *
2322 AAAATCATTTAAAGTGAGTACTAACGCTTTCGAAAGCATAGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * *** * * *
2387 CCACTG-ATAGCCTTTTTCTTCACCTTTCTTGAGGTAGACATTAAATTATAATCTGTTTTGACTA
66 CCAATGAATAG-CTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* * *
2451 AAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATTATTTATGAGATTAT
130 AAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * * **
2492 AAAACCATTTAAAAGTGCA-TAACAAGGCTTTTAAAGTTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
1 AAAACCATTT-AAAGCG-AGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
2556 TG-CATTGAATAGCTGTTTCTTCACGTTTCCTACGGTAGACATCCACTTATAATCTGTTTTAACC
64 TGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* * ** *
2620 AAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATTAATTGCGAGCTTAT
129 AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
2663 AAAACCATTTAAAGCGACTAATAATGATTTTGAAGGCATAGGTAAATATAAATGGACTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * *
2728 CCAATGAATGGCTTTTTGTTCATGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAATCAGTTTTAACCAA
66 CCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
* *
2793 CAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
131 AAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
** * * * *
2834 AAAAATATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTTGAAGGGATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * ** * * *
2899 CCAATGAATAGCTTTTCCCTCAAGTTTCCTAAAATTCAGACATTTAATTATAGT-TCGTTTTAAT
66 CCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCC-CAAGGT-AGACATTCAATTATAATCT-GTTTTAAC
* ** *
2963 AAAAAATGTAAAAATGTTCAACATAAAATCAATTATGAGATTAT
128 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
*
3007 AAAACTATTTAAA
1 AAAACCATTTAAA
3020 CTGAATAATA
Statistics
Matches: 841, Mismatches: 187, Indels: 22
0.80 0.18 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 136 0.16
171 628 0.75
172 5 0.01
173 71 0.08
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
CCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
AAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
Found at i:2704 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 1967--3019 Score: 1087
Period size: 341 Copynumber: 3.1 Consensus size: 338
1957 NNNNNNATCT
* * * * *** ** * *
1967 ATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATTTGGCCTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAT
1 ATTATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAACGATTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAA
* *
2032 TGGACTTTGCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGATATTAAATTATATT
66 TGGACTTTTCTTGCCAATG-ATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGATATTAAATTATAAT
* * * *
2097 ATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCCAGAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTA
130 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
** * *
2162 AA-GCGAGTAATTAA-AATTTTGAAAGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATAAAT
195 AAGGC-AGTAA-TAAGGCTTTT-AAAGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
*** * * * *
2225 -GACTTTTTCTTTGTGTTTCCCAAGGTTGACATCCAATAATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAG
257 AG-C-TTTTCTTCAAGTTTCCTAAGGTAGACATCCAATTATAA-TTGTTTTAACCAAAAATGTAA
* *
2289 AAATATTCAACCTACAATCA
319 AAATATTCAACATAAAATCA
* * * * * * * *
2309 ATTATGA-CATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTACTAACGCTTTCGAAAGCATAGGCGACTATAA
1 ATTATGAGC-TTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAACGATTTTGAAGGCATAGGTGACTATAA
* * *** *
2373 ATGGACTTTTCTTGCCACTGATAGCCTTTTTCTTCACCTTTCTTGAGGTAGACATTAAATTATAA
65 ATGGACTTTTCTTGCCAATGATAG-CTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGATATTAAATTATAA
* * * * *
2438 TCTGTTTTGACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATTATTTATGAGATTATAAAACCATTT
129 TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * *
2502 AAAAGTGCA-TAACAAGGCTTTTAAAGTTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CATTGAA
194 -AAAG-GCAGTAATAAGGCTTTTAAAG-CATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * *
2565 TAGCTGTTTCTTCACGTTTCCTACGGTAGACATCCACTTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
256 TAGCT-TTTCTTCAAGTTTCCTAAGGTAGACATCCAATTATAAT-TGTTTTAACCAAAAATGTAA
* *
2630 AAAAATTCAACATAAAATTA
319 AAATATTCAACATAAAATCA
** * * *
2650 ATTGCGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAATGATTTTGAAGGCATAGGTAAATATAAA
1 ATTATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAACGATTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAA
* * * *
2715 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTGTTCATGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAAT
66 TGGACTTTTCTTGCCAATG-ATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGATATTAAATTATAAT
* * * **
2780 CAGTTTTAACCAACAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTA
130 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * *
2845 AA-GCAAGTAATTAGGCTTTTGAAGGGATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA
195 AAGGC-AGTAATAAGGCTTTT-AAAGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA
* ** ** * **
2909 GCTTTTCCCTCAAGTTTCCTAAAATTCAGACATTTAATTATAGTTCGTTTTAATAAAAAATGTAA
258 GCTTTT-CTTCAAGTTTCCT-AAGGT-AGACATCCAATTATAATT-GTTTTAACCAAAAATGTAA
*
2974 AAATGTTCAACATAAAATCA
319 AAATATTCAACATAAAATCA
* *
2994 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
1 ATTATGAGCTTATAAAACCATTTAAA
3020 CTGAATAATA
Statistics
Matches: 584, Mismatches: 106, Indels: 40
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 3 0.01
341 279 0.48
342 225 0.39
343 4 0.01
344 71 0.12
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
ATTATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAACGATTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAA
TGGACTTTTCTTGCCAATGATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGATATTAAATTATAATC
TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
AGGCAGTAATAAGGCTTTTAAAGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCT
TTTCTTCAAGTTTCCTAAGGTAGACATCCAATTATAATTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATT
CAACATAAAATCA
Found at i:2788 original size:512 final size:516
Alignment explanation
Indices: 1967--3019 Score: 1264
Period size: 512 Copynumber: 2.1 Consensus size: 516
1957 NNNNNNATCT
* *** *
1967 ATTATGAGATTATAAAATCATTT-AAAGTGAGTAATTTGGCCTTTGAAGGCATGGGTGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAGTGAGTAACAAGGCCTTTAAAGGCATGGGTGACTATAA
* * * * *
2031 TTGGACTTTGCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGATATTAAATTATAT
66 ATGGACTTTGCTTGCCAATGAATAGCTGTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATCAAATTATAA
* * *
2096 TATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCCAGAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTT
131 TATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACACAAAATCAATTACGAGAATATAAAACCATTT
* * *
2161 AAAGCGAGTAATTAAAATTTTGAAAGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATAAATG
196 AAAGCGACTAATTAAAATTTTGAAAGCATAGGTAAATATAAATGGACTTTTCTAGCCAATAAATG
** * ** *
2226 ACTTTTTCTTTGTGTTTCCCAAGGTTGACATCCAATAATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAGAA
261 ACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATCCAATAATAATCAGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * ** *
2291 ATATTCAACCTACAATCAATTATGACATTAT-AAAATCATTTAAAGTGAGTACTAACGCTTTCGA
326 AAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAAAT-ATTTAAAGCAAGTAATAACGCTTTCGA
* * * * * **
2355 AAGCATAGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCACTG-ATAGCCTTTTTCTTCACCTTT-CTTG
390 AAGCATAGGCAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTCCCTCAACTTTCCTAA
* * * *
2418 AGGT-AGACATTAAATTATAA-TCTGTTTTGACT-AAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATTA
454 AAGTCAGACATTAAATTATAATTC-GTTTT-AATAAAAAATGTAAAAATATTCAACATAAAATCA
* * **
2479 TTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAGTGCA-TAACAAGGCTTTTAAAGTTATGGGTGACTATA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAGTG-AGTAACAAGGCCTTTAAAGGCATGGGTGACTATA
* * * * * *
2543 AATGGACTTTTCTTG-CATTGAATAGCTGTTTCTTCACGTTTCCTACGGTAGACATCCACTTATA
65 AATGGACTTTGCTTGCCAATGAATAGCTGTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATCAAATTATA
* * * * **
2607 ATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATTAATTGCGAGCTTATAAAACCATT
130 ATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACACAAAATCAATTACGAGAATATAAAACCATT
* * * *
2672 TAAAGCGACTAA-TAATGATTTTGAAGGCATAGGTAAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
195 TAAAGCGACTAATTAA-AATTTTGAAAGCATAGGTAAATATAAATGGACTTTTCTAGCCAATAAA
* * * * * *
2736 TGGCTTTTTGTTCATGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAATCAGTTTTAACCAACAATGTAA
259 TGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATCCAATAATAATCAGTTTTAACCAAAAATGTAA
* * * * *
2801 AAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTTG
324 AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAACGCTTTCG
* * * * *
2866 AAGGGATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTCCCTCAAGTTTCCTAA
389 AAAGCATAGGCAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTCCCTCAACTTTCCTAA
* * * *
2931 AATTCAGACATTTAATTATAGTTCGTTTTAATAAAAAATGTAAAAATGTTCAACATAAAATCA
454 AAGTCAGACATTAAATTATAATTCGTTTTAATAAAAAATGTAAAAATATTCAACATAAAATCA
*
2994 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
3020 CTGAATAATA
Statistics
Matches: 451, Mismatches: 80, Indels: 17
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
511 3 0.01
512 317 0.70
513 59 0.13
514 33 0.07
515 39 0.09
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (516 bp):
ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAGTGAGTAACAAGGCCTTTAAAGGCATGGGTGACTATAA
ATGGACTTTGCTTGCCAATGAATAGCTGTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATCAAATTATAA
TATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACACAAAATCAATTACGAGAATATAAAACCATTT
AAAGCGACTAATTAAAATTTTGAAAGCATAGGTAAATATAAATGGACTTTTCTAGCCAATAAATG
ACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATCCAATAATAATCAGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
AAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAACGCTTTCGAA
AGCATAGGCAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTCCCTCAACTTTCCTAAAA
GTCAGACATTAAATTATAATTCGTTTTAATAAAAAATGTAAAAATATTCAACATAAAATCA
Done.