Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403110.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_777.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10067
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.11, T:0.30
Warning! 1731 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:800 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 478--2524 Score: 1303
Period size: 172 Copynumber: 11.9 Consensus size: 172
468 NNNNNAAATT
* ** * * * * *
478 AATGCTTTTTTCTTTATTTTTCTTAAGATAGGCATTCAATTCTTGTCTGTTTTAACCAAAAATGA
1 AATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT-A
* * * * * * *
543 CT-GAACAATTCAAAT--TTAAATCAATTTTGAGC-TTACAAAACTATTTAAAGTTAGTAATAAG
65 -TACAAAAATTC-AATCGTAAAATCAATTATG-GCATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAG
*
604 GCTTTTAAAGGAATGGGGGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
127 GCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * *
650 AATGCCTTTTTCATTACATTTCTTAAGGTAGACTTTGAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAACAT
1 AATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATAT
* * *
715 ACAAAAATTCAATCGCAAAACCAATTATGGCATTACAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTT
66 ACAAAAATTCAATCGTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTT
* * * * *
780 TTGAAGGTACGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCAAAT-
131 TTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * ** * * * *
821 AATACTTTTTTCTTCATTTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATCTTAA-CAAAAAAAG
1 AATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATA-
* * *
885 TACAAAGAATTTAAAT-GT-AAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAACTAAGTAATAAG
65 TACAAA-AA-TTCAATCGTAAAATCAATTATG-GCATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAG
* *
947 GCTTTTGAAGGTATGGGTG-CTTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
127 GCTTTTAAAGGAATGGGTGAC-TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * * * *
993 AATTCCTTTTTCTTTATATTTCTCCAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAAC-AAAATGT
1 AATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATAT
* * * * * *
1057 AAAAATAATTCAAAT--TTAAATAAATGT-TGACAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
66 ACAAA-AATTC-AATCGTAAAATCAAT-TATGGCATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGG
* *
1119 CCTTTAAAGGAATGGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
128 CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * *** * * * * * **
1164 AATACCTTTCTCTTTATGGTTCTCGAGGAAGACATTCAATTATTGTTTGTTTCAACCTTAAATGT
1 AATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACC--AAAAAT
* * ** * * * *
1229 AAAAAAAAAAAACAACCTTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTGATAAGG
64 -ATACAAAAATTCAATCGTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGG
* ** * * * *
1294 CTTTTGAAGGTGTGGGTGACTATAAGTGGACTTTTTTTACCGATG
128 CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * *
1339 AAT-TCTTTTTTTTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATG
1 AATGCCTTTTTCTTT-ACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATA
* * * * * *
1403 TACAAAGAATTCAAAT--TTAAATCAATT-TCGACAATATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAA
65 TACAAA-AATTC-AATCGTAAAATCAATTAT-GGCATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAG
* * * * *
1465 GCCTTTAAAGGAATGGATGATTATAAATAGACTTTTCTTGCCAGTG
127 GCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * * *
1511 AATGGCTTTTTCTTTA-AGGTTCTCTAA-ATAGACATTGAATTATAGTTTGTTTCAA--TAAAA-
1 AATGCCTTTTTCTTTACA-TTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT
* * * * * *
1571 A-ACATAAAATTCAACCGTAAAATCAATTATGGCATTACAAAATCATATAAAGCAAGTAATAAAG
64 ATACA-AAAATTCAATCGTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGG
** * *
1635 CTTTTAAAGCTACGGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCAATG
128 CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * * * *
1680 AATTCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAATATGTTTTAGCCAAAAATGT
1 AATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATAT
* * ********** * * * *
1745 ACAAAGAATTGAAAT--TTAAATCAATNNNNNNNNNNTAAACCCATTTTAAGTGAGTAATAAGGG
66 ACAAA-AATT-CAATCGTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGC
* * * *
1808 TTTTAAAGAAATGGGTGACTATAAATTGACTTTTTTTGCTAATG
129 TTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * ** ********** * *
1852 AAAGCCTTTTTATTTATGTNNNNNNNNNNAGACATTGAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT
1 AATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATAT
* * *
1917 A-AAAACATTCAACCGTAAAATCAATTATGGTATTACAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCT
66 ACAAAA-ATTCAATCGTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCT
* * * *
1981 TTTGAAGAAATAGGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTGCCAATG
130 TTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* ********** * * * * * *
2024 AATACCTTTNNNNNNNNNNTTC-CTAAGGCAGACACTCAATTATAATATGTTCTAACCAAAAACA
1 AATGCCTTTTTCTTTACATTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATA
* * * * * *
2088 T-CAAAAAACTCAATC-TAAAATCAATTATGACGTTATACAACCATCTAAAGTGAGTAATAAGGC
65 TAC-AAAAATTCAATCGTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGC
*
2151 TTTTAAAGGAATGAGTGACTAT-AATCGGACTTTTCTTGCCAATG
129 TTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATG
********** * * * * * *
2195 AATGCCTTNNNNNNNNNNTTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATATGATTTAA--AAAAATGT
1 AATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATAT
* * * * * * *
2258 AAAACAAATT-AAACTTCAAAGT-AATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGN
66 ACAA-AAATTCAATCGT-AAAATCAATTATG-GCATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGG
********** * *
2320 NNNNNNNNNCAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAAG
128 CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * *
2365 AATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT-TTTTTTTACCAAAAATGT
1 AATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATAT
** * * * * * * * *
2429 GA-AAAAATT-TGTACTTAGAATGAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAACTGAGCAATAAAG
66 -ACAAAAATTCAAT-CGTAAAATCAATTATG-GCATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGG
* *
2491 TTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
128 CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
2525 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1439, Mismatches: 375, Indels: 123
0.74 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 10 0.01
169 128 0.09
170 134 0.09
171 479 0.33
172 515 0.36
173 37 0.03
174 19 0.01
175 115 0.08
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (172 bp):
AATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATAT
ACAAAAATTCAATCGTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTT
TTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
Found at i:1741 original size:341 final size:343
Alignment explanation
Indices: 560--2026 Score: 1221
Period size: 341 Copynumber: 4.3 Consensus size: 343
550 ATTCAAATTT
* * * ** * * *
560 AAATCAATTTTGAGC-TTACAAAACTATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGGGA
1 AAATCAATTATG-GCATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGA
* * * * *
624 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCATT-ACATTTCTTAAGGTAGACTTTGA
65 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCTTTTTTC-TTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCA
* * ** ** * * *
688 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAACATACAAA-AATTC-AATCGCAAAACCAAT-TATGGCATTA
129 ATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAAT--TTAAATCAATGT-TGACAATA
* * * * * * * * * * * *
750 CAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTACGGGTGACTATAAATGGACTTTTCAT
191 TAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAAGCCTTTAAAGGAATGGATGACCATAAATAGACTTTTCTT
* * * * *** * ** * * *
815 GCAAAT-AATACTTTTTTCTTCATTTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATCTT-AAC-
256 GCCAATGAATACCTTTCTCTTTAAGGTTCTCGAGAAAGACATTCAATTATAGTTTGT-TTCAACT
*** **
877 AAA-AAAAGTACAAAGAATTTAAATGT-
320 AAATAAAA--A-AAA-AAAACAACCGTA
*
903 AAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAA-CTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTG
1 AAATCAATTATG-GCATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTG
* * * * *
966 -CTTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTTTCTTTATATTTCTCCAGGTAAACATTC
64 AC-TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * * * *
1030 AATTATAATCTATTTTAAAC-AAAATGTAAAAATAATTCAAATTTAAATAAATGTTGACAATATA
128 AATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATGTTGACAATATA
* * * *
1094 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTAAAGGAATGGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGC
193 AAACAATTTAAAGTGAGTAATAAAGCCTTTAAAGGAATGGATGACCATAAATAGACTTTTCTTGC
* * *
1159 CAATGAATACCTTTCTCTTTATGGTTCTCGAGGAAGACATTCAATTATTGTTTGTTTCAACCTTA
258 CAATGAATACCTTTCTCTTTAAGGTTCTCGAGAAAGACATTCAATTATAGTTTGTTTCAA-C-TA
*
1224 AATGTAAAAAAAAAAAACAACCTTA
321 AA--TAAAAAAAAAAAACAACCGTA
* *
1249 AAATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTGATAAGGCTTTTGAAGGTGTGGGTGAC
1 AAATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGAC
* * * * *
1314 TATAAGTGGACTTTTTTTACCGATGAATTCTTTTTTTTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
66 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
1379 TATAATATGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAAT-TTCGACAATATAAA
131 TATAATATGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATGTT-GACAATATAAA
**
1443 ACAATTTAAAGTGAGTAATAAAGCCTTTAAAGGAATGGATGATTATAAATAGACTTTTCTTGCCA
195 ACAATTTAAAGTGAGTAATAAAGCCTTTAAAGGAATGGATGACCATAAATAGACTTTTCTTGCCA
* ** * * *
1508 GTGAATGGCTTTTTCTTTAAGGTTCTCTA-AATAGACATTGAATTATAGTTTGTTTCAA-TAAA-
260 ATGAATACCTTTCTCTTTAAGGTTCTCGAGAA-AGACATTCAATTATAGTTTGTTTCAACTAAAT
* * **
1570 AAACATAAAATTCAACCGTA
324 AAAAAAAAAAAACAACCGTA
* * * * * * *
1590 AAATCAATTATGGCATTACAAAATCATATAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTAAAGCTACGGGTGAC
1 AAATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGAC
* *
1655 TATAAAAGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGGCATTCAAT
66 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
* * ********** *
1720 TATAATATGTTTTAGCCAAAAATGTACAAAGAATTGAAATTTAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAC
131 TATAATATGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATGTTGACAATATAAAA
* * * ** * * * * * *
1785 CCATTTTAAGTGAGTAATAAGGGTTTTAAAGAAATGGGTGACTATAAATTGACTTTTTTTGCTAA
196 CAATTTAAAGTGAGTAATAAAGCCTTTAAAGGAATGGATGACCATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
* * * ********* * * * *
1850 TGAA-AGCCTTTTTATTT-ATGTNNNNNNNNNNAGACATTGAATTATAGTCTGTTTTAACCAAA-
261 TGAATA-CCTTTCTCTTTAAGGT-TCTCGAGAAAGACATTCAATTATAGTTTGTTTCAACTAAAT
* * **
1912 AATGTAAAAACATTCAACCGTA
324 AA--AAAAAAAAAACAACCGTA
* * * ** *
1934 AAATCAATTATGGTATTACAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGTGAC
1 AAATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGAC
*
1999 TATAAAGGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
66 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
2027 ACCTTTNNNN
Statistics
Matches: 934, Mismatches: 161, Indels: 57
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 3 0.00
341 271 0.29
342 93 0.10
343 170 0.18
344 104 0.11
345 6 0.01
346 134 0.14
347 149 0.16
349 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (343 bp):
AAATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGAC
TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
TATAATATGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATGTTGACAATATAAAA
CAATTTAAAGTGAGTAATAAAGCCTTTAAAGGAATGGATGACCATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
TGAATACCTTTCTCTTTAAGGTTCTCGAGAAAGACATTCAATTATAGTTTGTTTCAACTAAATAA
AAAAAAAAAACAACCGTA
Found at i:5313 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 4055--6690 Score: 2577
Period size: 172 Copynumber: 15.4 Consensus size: 172
4045 NNNNNNNNNN
* * * *
4055 TAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTAAAGGAATGGATGATTATAAATGGACTTTTCCT
1 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-CT
* *** ** * *
4120 T-CCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGGTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACC
65 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* * * * *
4184 TAAAATGTAAAAAAAAAATTC-AATCTTAAAATCAGTTATGATATTA
130 AAAAATGT--ACAAAAAATTCAAAT-TT-AAATCAATTTTGACATTA
* ** * * *
4230 CAAAACCATTTAAAGCAAGTGATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * *
4295 GCCAAAGAATTCCTTTTTCTTCACATTTCTGAAAGTAGACACTT-AATTATAATCTGTTTTAACA
66 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* * * *
4359 AAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAATTCAATTTTGAGAATA
130 AAAAATGTACAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTTGACATTA
* * * *
4402 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGAATGGGGGACTATAAATAGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * *
4467 GCCAATAAATGCCTTTTTCATT-ACATTTCTCGAGGTAGACATTGAATTATAGTCTGTTTTAACC
66 GCCAATGAATGCCTTTTTC-TTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* **** * ** *
4531 AAAAACGTA-AAAAAATTCAACCGCAAAATCAGTTACGGCATTA
130 AAAAATGTACAAAAAATTCAA-ATTTAAATCAATTTTGACATTA
* * * * * * * *
4574 CAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTCTGAAGGTACGGGTGAC--T-AATAGACTTTTCAT
1 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* *** ** * * * *
4636 GCAAAT-AATATTTTTTTCTTCATTTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTTTAGTCTATCTTAACCA
66 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* * * *
4700 AAAAAGTACAAACAATTCAAATGTAAATCAATTTTGAGATTA
131 AAAATGTACAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTTGACATTA
* * * * * *
4742 TAAAACCATTTAAACTGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGATTATAAATAGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
** * * *
4807 GCCAATGAATTTCTTTTTCTTTATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA
66 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* *
4872 AAAATGTA-AAAAGAATTCAAATTTAAATAAATTTTGACAATA
131 AAAATGTACAAAA-AATTCAAATTTAAATCAATTTTGACATTA
* * * * *
4914 TAAATTCAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTAAAGGAATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCT
1 TAAA-ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
*** * * ** * *
4979 TG-CAATTGAATGCCTTTTTCCTT-ATGGTTCTCGAGGAAGACATTCAATTATTGTTTGTTTCAA
65 TGCCAA-TGAATGCCTTTTT-CTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * *
5042 CCTAAAATGTAAAAAATAATTCAACCTTAAAATCAATTTTGGCATTA
128 CCAAAAATGTACAAAA-AATTCAA-ATTTAAATCAATTTTGACATTA
* ** * * ** **
5089 CAAAACCATTTAAAGCAAGTGATAAGGCTTTTGAAGGTGTGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* *
5154 GCCAATGAATTCCTTTTT-TTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCA
66 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* * *
5218 AAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTCGACAATA
131 AAAATGTACAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTTGACATTA
* * * * *
5260 TAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTAAAGGAATGGATGATTATAAATAGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* *** * * *
5325 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGGTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCT
66 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* * * *
5390 AAAATGTAAAAAAAAATC-AATCTTAAAATCAATTATGGCATTA
131 AAAATGTACAAAAAATTCAAAT-TT-AAATCAATTTTGACATTA
* * ** * * ** *
5433 AAAAATCATTTAAAGCAAGTGATAAGGATTTTAAAGGTCTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * *
5498 GCCAATGAATTCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAA
66 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* * * * **
5563 AAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAATTCAATTTTAAAAAAA
131 AAAATGTACAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTTGACATTA
* *
5605 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTGTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* ** * * * * *
5670 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCTAGATAGACATTGAATTATAGTCTGTTTCAA-CA
66 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
** * *
5734 AAAA---ACGTAAAATTCAACTGTAAAATCAATTATTG-CATTA
131 AAAATGTACAAAAAATTCAAAT-TTAAATCAATT-TTGACATTA
* * ** * ** * *
5774 CAAAACCATATAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGCTACGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* *
5839 GCCAATG-ATTCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCA
66 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* * * * *
5903 AAAAAGTACAAAGAATTGAAATTTAAATCAATTTTGAGAATA
131 AAAATGTACAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTTGACATTA
* * *
5945 TAAACCCATTTTAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGGTGACTATAAATGGAAC-TTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGG-ACTTTTCT
* * * ** * *
6009 TGCTAATGAAAGCCTTTTTCTTTACATTTCTTGAGGTAGACATTGAATTATAGTCTGTTTTAACC
65 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* * * * *
6074 AAAAATATA-AAAATATTCAACCA-TAAAATCAATTATGGCATTA
130 AAAAATGTACAAAAAATTCAA--ATTTAAATCAATTTTGACATTA
* * * *
6117 CAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAA-GGAACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGG-ACTTTTCT
* * * * * *
6181 TGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAGACACTCAATTATAATATGTTCTAACC
65 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
** * * *
6246 AAAAACAT-CAAAAAATTC-AATCTAAAATCAATTATGACGTTA
130 AAAAATGTACAAAAAATTCAAAT-TTAAATCAATTTTGACATTA
* * * * *
6288 TACAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGAGTGACTGT-AATCGGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCT
* * * * *
6352 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACCTTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-A
65 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* * * *
6416 AAAAATGTA-AAATAAATTGAACTTAAAAGT-AATTTTGAGATTA
130 AAAAATGTACAAA-AAATTCAAATTTAAA-TCAATTTTGACATTA
* * *
6459 TAAAACCATTTAAA-TGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * *
6523 TGCCAAAGAATTCCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATCCAATTATAAT-TTTTTTAACC
65 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* * * *
6587 GAAAATGTGA-AAAAAATT-GAACTTAGAATCAATTTTGAGATTA
130 AAAAATGT-ACAAAAAATTCAAATTTA-AATCAATTTTGACATTA
* * * * * *
6630 TAAAACTATTTAAACTGAGCAATAAAGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
1 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
6691 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2011, Mismatches: 398, Indels: 108
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 160 0.08
169 108 0.05
170 30 0.01
171 531 0.26
172 666 0.33
173 298 0.15
174 84 0.04
175 130 0.06
176 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
AAAATGTACAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTTGACATTA
Found at i:5963 original size:685 final size:686
Alignment explanation
Indices: 4056--6690 Score: 2784
Period size: 685 Copynumber: 3.8 Consensus size: 686
4046 NNNNNNNNNT
* ** * * * * * *
4056 AAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTAAAGGAATGGATGATTATAAATGGACTTTTCCTT
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTGATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-CTT
* * *** ** * *
4121 -CCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGGTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCT
65 GCCAATGAATTCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA
* * * * * **
4185 AAAATGTAAAAAAAAAATTCAATCTTAAAATCAGTTATGATATTACAAAACCATTTAAAGCAAGT
130 AAAATGT--AAAAAAAATTCAATCTT-AAATCAATTATGACAATATAAAACTATTTAAAGTGAGT
* * * * * *
4250 GATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAAGAATTCCTTTTTCT
192 AATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT
* * *
4315 TCACATTTCT-GAAAGTAGACACTT-AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAGAATTC
257 TCACGTTTCTCGAGA-TAGACA-TTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATGT--AAAGAATTC
* * * * * * * * * *
4378 AAATTTAATTCAATTTTGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGAATG
318 AACTTAAAATCAATTTTGACATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATG
* * * *
4443 GGGGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTCATT-ACATTTCTCGAGGTAGAC
383 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTTTC-TTCACATTTCTCAAGGTAGAC
* * * **** * *
4507 ATTGAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTCAACCGCAAAATCAGTTACG-GCA
447 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-ATTTAAATCAATTTCGAG-A
* * * * * *
4571 TTACAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGG-CTTCTGAAGGTACGGGTGAC--T-AATAGACTTT
510 ATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTT-TAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT
* *** * * * *
4632 TCATGCAAAT-AATATTTTTTTCTTCATTTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTTTAGTCTATCTTA
574 TCTTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTTATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTA
* * * * * *
4696 ACCAAAAAAGTACAAACAATTCAA--ATGTAAATCAATTTTGAG-ATTAT
639 ACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAATCAT-AAAATCAATTATG-GCATTAA
* * *
4743 AAAACCATTTAAA-C-TGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGATTATAAATAGACTTTTCT
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTG--ATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * *
4806 TGCCAATGAATTTCTTTTTCTTTATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACC
64 TGCCAATGAATTCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACC
* * * * *
4871 AAAAATGTAAAAAGAATTCAAAT-TTAAATAAATTTTGACAATATAAATTCAATTTAAAGTGAGT
129 AAAAATGTAAAAAAAATTC-AATCTTAAATCAATTATGACAATATAAA-ACTATTTAAAGTGAGT
* *
4935 AATAAGGCCTTTAAAGGAATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATTGAATGCCTTTTTC
192 AATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGAATGCCTTTTT-
* * ** * ** *
4999 CTT-ATGGTTCTCGAGGA-AGACATTCAATTATTGTTTGTTTCAACCTAAAATGTAAAAAATAAT
255 CTTCACGTTTCTCGA-GATAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATGT---AAAGAAT
* * **
5062 TCAACCTTAAAATCAATTTTGGCATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTGATAAGGCTTTTGAAGGT
316 TCAA-CTTAAAATCAATTTTGACATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGCA
* *
5127 GTGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTTT-TTCACATTTCTCAAGGTAG
380 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAG
* * *
5191 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTCGAC
445 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTCGAG
* * *
5256 AATATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTAAAGGAATGGATGATTATAAATAGACTTT
509 AATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT
* **
5321 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGGTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTA
574 TCTTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTTATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTA
* * *
5386 ACCTAAAATGTAAAAAAAAATCAATCTTAAAATCAATTATGGCATTAA
639 ACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAATCATAAAATCAATTATGGCATTAA
* * * * *
5434 AAAATCATTTAAAGCAAGTGATAAGGATTTTAAAGGTCTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTGATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* *
5499 CCAATGAATTCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAA
66 CCAATGAATTCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA
* * * * * * *
5564 AAATGTACAAAGAATTCAAAT-TTAATTCAATTTTAAAAAAATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
131 AAATGTAAAAAAAATTC-AATCTTAAATCAATTATGACAATATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
* * *
5628 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTGTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTA
195 AAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
* * * * *
5693 TGTTTCTCTAGATAGACATTGAATTATAGTCTGTTTCAACAAAAAACGT-AA-AATTCAACTGTA
260 CGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATGTAAAGAATTCAACT-TA
* * *
5756 AAATCAATTATTG-CATTACAAAACCATATAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGCTACGGGTGA
324 AAATCAATT-TTGACATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATGGGTGA
* *
5820 CTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATG-ATTCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAA
388 CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * * * *
5884 TTACAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTACAAAGAATTGAAATTTAAATCAATTTTGAGAATATAAA
453 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTCGAGAATATAAA
* * * * * *
5949 CCCATTTTAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGGTGACTATAAATGGAAC-TTTCTTGCT
517 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCA
* * ** * *
6013 AATGAAAGCCTTTTTCTTTACATTTCTTGAGGTAGACATTGAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA
581 AATGAATGCCTTTTTCTTTATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAA
* * * *
6078 ATAT-AAAAATATTCAACCATAAAATCAATTATGGCATTAC
646 ATGTAAAAAAAATTCAATCATAAAATCAATTATGGCATTAA
* * **
6118 AAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAA-GGAACTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTGATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGG-ACTTTTCTT
* * * * * * *
6182 GCCAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAGACACTCAATTATAATATGTTCTAACCA
65 GCCAATGAATTCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA
** * * ** *
6247 AAAACAT-CAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGACGTTATACAACTATTTAAAGTGAGTAAT
130 AAAATGTAAAAAAAATTCAATCTTAAATCAATTATGACAATATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
* *
6311 AAGGCTTTTAAAAGAATGAGTGACTGT-AATCGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTC
195 AAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTC
* * * * * *
6375 ACCTTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-AAAAAATGTAAAATAAATTGAACT
259 ACGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATGT-AAA-GAATTCAACT
* * *
6439 TAAAAGT-AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAATG-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATGGG
322 TAAAA-TCAATTTTGACATTACAAAACCATTTAAA-GCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATGGG
* * *
6502 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAAGAATTCCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATC
385 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATT
* * * * * *
6567 CAATTATAAT-TTTTTTAACCGAAAATGTGAAAAAAATT-GAACTTAGAATCAATTTTGAGATTA
450 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAAATTTA-AATCAATTTCGAGAATA
* * * * ** * *
6630 TAAAACTATTTAAACTGAGCAATAAAGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
513 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT
6691 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1652, Mismatches: 250, Indels: 94
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
682 14 0.01
683 132 0.08
684 189 0.11
685 557 0.34
686 176 0.11
687 213 0.13
688 1 0.00
689 23 0.01
690 174 0.11
691 168 0.10
692 2 0.00
693 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (686 bp):
AAAACCATTTAAAGCAAGTGATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
CCAATGAATTCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA
AAATGTAAAAAAAATTCAATCTTAAATCAATTATGACAATATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATA
AGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAC
GTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATGTAAAGAATTCAACTTAAA
ATCAATTTTGACATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATGGGTGACTA
TAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTCGAGAATATAAAACCA
TTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGA
ATGCCTTTTTCTTTATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTA
AAAAAAATTCAATCATAAAATCAATTATGGCATTAA
Found at i:8615 original size:345 final size:343
Alignment explanation
Indices: 7984--8928 Score: 1045
Period size: 345 Copynumber: 2.7 Consensus size: 343
7974 NNNNNNNNNN
*
7984 ATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGGTTCTCAAGGTAGACACTCAATTATAG
1 ATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGGTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG
*
8049 TCTGTTTTAACCTAAAATGTAAAAACAATTCAACCTTAAAATCAATTATGGCGTTACCAAACTAT
66 TCTGTTTTAACCTAAAATGTAAAAAAAATTCAACCTTAAAATCAATTATGGCGTTA-CAAACTAT
* ** * * *
8114 TTAAAGCGAATAATAAGGCTCTTG-AAGATACAGATGACTGTTAATGGACTTTTCTTGCAAATTA
130 TTAAAGC-AATAATAAGGCTTTTGAAAG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATTA
* * * * *
8178 ATACTTTTTTCTTCAATTTTCTTAAGGTAAGGATTCAATTCTATTCTATTTTAACCAAAAATTGT
193 ATACTTTTTTCTTCAATTTTCTCAAGGTAAGCATACAATTCTAGTCTATTTTAACCAAAAATTGC
* * ***********
8243 TGAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTACAAAATTATTTAAAGTGAGTNNNNNNNNNNN
258 TGAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGACTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTT
***** *
8308 NNNNNGAATAGGTGACTATAA
323 TAAAGGAATAGGTGACTACAA
* *
8329 ATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTTATGGTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG
1 ATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGGTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG
********** * * * * *
8394 TCTGTTNNNNNNNNNNATATAAAAAAAATTCAACCTTAAAACCAATTATGACATTACAAAGCCAT
66 TCTGTTTTAACCTAAAATGTAAAAAAAATTCAACCTTAAAATCAATTATGGCGTTACAAA-CTAT
* *******
8459 TTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCNNNNNNN
130 TTAAAGCAA-TAATAAGGCTTTTGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATTAA
*** * * * *
8524 NNNTTTTTTCTTCATTTTTCTCAAGGT-AGACATACAATTCTAGTCTGTTTTAATCAAATA-TGA
194 TACTTTTTTCTTCAATTTTCTCAAGGTAAG-CATACAATTCTAGTCTATTTTAACCAAAAATTG-
* **
8587 CTGATGAATTCAAATTTTCATCAATTTTGAGACTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTT
257 CTGAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGACTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTT
*
8652 TTAAAGGAATAGGTGCCTACAA
322 TTAAAGGAATAGGTGACTACAA
**
8674 ATAGACTTTTCTTTTCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGGTTCT-AATGGTAGACATTCAATTATA
1 ATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGGTTCTCAA-GGTAGACATTCAATTATA
*
8738 GTCTGTTTTAACCTAAAATGTAAAATAAATTCAACCTTAAAATCAATTATGGCGTTACAAAACTA
65 GTCTGTTTTAACCTAAAATGTAAAAAAAATTCAACCTTAAAATCAATTATGGCGTTAC-AAACTA
* * *
8803 TTTAAAGAAAATAATAAGGCTTTT-AATGGTATGGGTGACTATGAATGGACTTTTCTTGCAAATT
129 TTTAAAG-CAATAATAAGGCTTTTGAA-AGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATT
* * * * *
8867 AATGCTTTTTTCTTCATTTTTCTCCAGGTAGGCATTCAATTCTAGTCTATTTTAACCAAAAA
192 AATACTTTTTTCTTCAATTTTCTCAAGGTAAGCATACAATTCTAGTCTATTTTAACCAAAAA
8929 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 482, Mismatches: 108, Indels: 20
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
344 14 0.03
345 459 0.95
346 9 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (343 bp):
ATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGGTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG
TCTGTTTTAACCTAAAATGTAAAAAAAATTCAACCTTAAAATCAATTATGGCGTTACAAACTATT
TAAAGCAATAATAAGGCTTTTGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATTAATA
CTTTTTTCTTCAATTTTCTCAAGGTAAGCATACAATTCTAGTCTATTTTAACCAAAAATTGCTGA
AGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGACTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTTAA
AGGAATAGGTGACTACAA
Found at i:8858 original size:173 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7987--8928 Score: 615
Period size: 173 Copynumber: 5.5 Consensus size: 171
7977 NNNNNNNATA
* * *
7987 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGGTTCTCAAGGTAGACACTCAATTATAGTCT
1 GACTTTTCTTGCAAATGAATGCTTTTTTCTTTATGGTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* * *
8052 GTTTTAACCTAAAATGTAAAAACAATTCAACCTTAAAATCAATTATGGCGTTACCAAACTATTTA
66 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACCTTAAAATCAATTATGGCATTACAAAACTATTTA
* * * * * * *
8117 AAGCGAATAATAAGGCTCTTGAAGATACAGATGACTGTTAATG
130 AAGCGAGTAATAAGGCT-TTTAAGGTATAGGTGACTATAAATG
* * * * * * * *
8160 GACTTTTCTTGCAAATTAATACTTTTTTCTTCAAT-TTTCTTAAGGTA-AGGATTCAATTCTATT
1 GACTTTTCTTGCAAATGAATGCTTTTTTCTT-TATGGTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAGT
* ** * * * * *
8223 CTATTTTAACCAAAAATTGTTGAAGAATTCAA-ATTTAAATCAATTTTGAG-ATTACAAAATTAT
64 CTGTTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACCTTAAAATCAATTATG-GCATTACAAAACTAT
* *************** * *
8286 TTAAAGTGAGTNNNNNNNNNNNNNNNNGAATAGGTGACTATAAATA
127 TTAAAGCGAGT-AATAAGGCTTTTAAGGTATAGGTGACTATAAATG
* *
8332 GACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTTATGGTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
1 GACTTTTCTTGCAAATGAATGCTTTTTTCTTTATGGTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
********** * * * * *
8397 GTTNNNNNNNNNNATATAAAAAAAATTCAACCTTAAAACCAATTATGACATTACAAAGCCATTTA
66 GTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACCTTAAAATCAATTATGGCATTACAAAACTATTTA
* * * *
8462 AAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTATGGGTGGCTATAAATG
130 AAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGTATAGGTGACTATAAATG
********** * ** * *
8505 GACTTTTCTTGCNNNNNNNNNNTTTTTTCTTCATTTTTCTCAAGGTAGACATACAATTCTAGTCT
1 GACTTTTCTTGCAAATGAATGCTTTTTTCTTTATGGTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* * * ** * *** * *
8570 GTTTTAATCAAATATG-ACTGATGAATTCAA-ATTTTCATCAATTTTGAG-ACTACAAAACTATT
66 GTTTTAACCAAAAATGTA--AAAAAATTCAACCTTAAAATCAATTATG-GCATTACAAAACTATT
* * * * * *
8632 TAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGCCTACAAATA
128 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGTATAGGTGACTATAAATG
* *
8677 GACTTTTCTTTTC-AATGAATGCCTTTTTCTTTATGGTTCT-AATGGTAGACATTCAATTATAGT
1 GACTTTTC-TTGCAAATGAATGCTTTTTTCTTTATGGTTCTCAA-GGTAGACATTCAATTATAGT
* *
8740 CTGTTTTAACCTAAAATGTAAAATAAATTCAACCTTAAAATCAATTATGGCGTTACAAAACTATT
64 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACCTTAAAATCAATTATGGCATTACAAAACTATT
** * * *
8805 TAAAGAAAATAATAAGGCTTTTAATGGTATGGGTGACTATGAATG
128 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAA-GGTATAGGTGACTATAAATG
* * ** * * *
8850 GACTTTTCTTGCAAATTAATGCTTTTTTCTTCATTTTTCTCCAGGTAGGCATTCAATTCTAGTCT
1 GACTTTTCTTGCAAATGAATGCTTTTTTCTTTATGGTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
*
8915 ATTTTAACCAAAAA
66 GTTTTAACCAAAAA
8929 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 549, Mismatches: 197, Indels: 46
0.69 0.25 0.06
Matches are distributed among these distances:
171 8 0.01
172 233 0.42
173 300 0.55
174 8 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
GACTTTTCTTGCAAATGAATGCTTTTTTCTTTATGGTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTTAAAATCAATTATGGCATTACAAAACTATTTAA
AGCGAGTAATAAGGCTTTTAAGGTATAGGTGACTATAAATG
Found at i:9960 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9356--9944 Score: 470
Period size: 172 Copynumber: 3.4 Consensus size: 170
9346 NNNNNNAGAC
** * * *
9356 TACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTCTAAATAGACTTTTC
1 TACAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * *
9421 TTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTT-ATGGTTCTCATGGTAGAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
66 TTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTTAAT--TTCTTAAGGTAGACATTCAATTACAGTCTGTTTTAA
* * * *
9485 CCAAAAATGTAAAATAAATTCAACCTTAAAATCAATTATGGTGT
129 CAAAAAATGTAAAA-AAATTAAATC-TAAAATCAATTATGGTAT
* ** * * **
9529 TACAAAACTATTTAAAGCAAA-TAATAAGGCTTTCGATGGTATTTGTGACTATAAATGGACTTTT
1 TACAAAACCATTTAAAG-AAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * *
9593 CTTGCAAATTAATGCTTTTTTCTTCAATTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATT-CTAGTCTATTTTA
65 CTTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTTAA-TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTAC-AGTCTGTTTTA
********** * *
9657 ACCAAANNNNNNNNNNAAATTCAAAT-TTAAATCAATTTTGAG-AT
128 A-CAAAAAATGTAAAAAAATT-AAATCTAAAATCAATTATG-GTAT
* ** * * * *****
9701 CACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCATTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGANNNNNN
1 TACAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTT
**** *
9766 NNNNC-AATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTTTAGGTAGACATTCAATTACAGTCTGTTTTAA
65 CTTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTTA-ATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTACAGTCTGTTTTAA
* *
9830 CAAAAAATGTAAAAAAATTTAATCGTAAAATCTATTATGGTAT
129 CAAAAAATGTAAAAAAATTAAATC-TAAAATCAATTATGGTAT
* * *
9873 TTCAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTC
1 TACAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
9938 TTGCAAA
66 TTGCAAA
9945 CTAATACTTT
Statistics
Matches: 304, Mismatches: 97, Indels: 31
0.70 0.22 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.01
171 12 0.04
172 171 0.56
173 110 0.36
174 7 0.02
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TACAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTTAATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTACAGTCTGTTTTAACA
AAAAATGTAAAAAAATTAAATCTAAAATCAATTATGGTAT
Found at i:10029 original size:344 final size:335
Alignment explanation
Indices: 9425--10067 Score: 725
Period size: 344 Copynumber: 1.9 Consensus size: 335
9415 CTTTTCTTTC
** * *
9425 CAATGAATGCCTTTTTCTTTATGGTTCTCATGGTAGAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAA
1 CAATGAATGCCTTTTTCTTTACAGTTCTCATGGTAGAAATTCAATTACAGTCTGTTTTAACAAAA
* * *
9490 AATGTAAAATAAATTCAACCTTAAAATCAATTATGGTGTTACAAAACTATTTAAAGCAAATAATA
66 AATGTAAAATAAATTCAACCGTAAAATCAATTATGGTATTACAAAACCATTTAAAGCAAATAATA
* * ** * * *
9555 AGGCTTTCGATGGTATTTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATTAATGCTTTTTTCTTCAA
131 AGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCAAACTAATACTTTTTTCTTCAA
**********
9620 TTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTCTAGTCTATTTTAACCAAANNNNNNNNNNAAATTCAAATTT
196 TTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTCTAGTCTATTTTAACCAAAAATGACTGATAAATTCAAATTT
9685 AAATCAATTTTGAGATCACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCATTTAAAGGAATGAGTGAC
261 AAATCAATTTTGAGATCACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCATTTAAAGGAATGAGTGAC
9750 TATAAATGGA
326 TATAAATGGA
* * *
9760 NNNNNNNNNNCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCT-TTAGGTAGACATTCAATTACAGTCTG
1 ----------CAATGAATGCCTTTTTCTTTACAGTTCTCAT-GGTAGAAATTCAATTACAGTCTG
* * * *
9824 TTTTAACAAAAAATGTAAAA-AAATTTAATCGTAAAATCTATTATGGTATTTCAAAACCATTTAA
55 TTTTAACAAAAAATGTAAAATAAATTCAACCGTAAAATCAATTATGGTATTACAAAACCATTTAA
*
9888 AG-AAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCAAACTAATAC
120 AGCAAA-TAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCAAACTAATAC
* * ********** * *
9952 TTTTTTCTTCATTTTTCTTAAGNNNNNNNNNNAATTCTAGTCTGTTTTAATCAAAAATGACTGAT
184 TTTTTTCTTCAATTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTCTAGTCTATTTTAACCAAAAATGACTGAT
* *
10017 GAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTA
249 AAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATCACAAAACCATTTAAAGTGAGTA
Statistics
Matches: 248, Mismatches: 48, Indels: 5
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
343 3 0.01
344 180 0.73
345 65 0.26
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (335 bp):
CAATGAATGCCTTTTTCTTTACAGTTCTCATGGTAGAAATTCAATTACAGTCTGTTTTAACAAAA
AATGTAAAATAAATTCAACCGTAAAATCAATTATGGTATTACAAAACCATTTAAAGCAAATAATA
AGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCAAACTAATACTTTTTTCTTCAA
TTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTCTAGTCTATTTTAACCAAAAATGACTGATAAATTCAAATTT
AAATCAATTTTGAGATCACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCATTTAAAGGAATGAGTGAC
TATAAATGGA
Done.