Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403112.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_779.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5403
ACGTcount: A:0.29, C:0.12, G:0.12, T:0.30
Warning! 941 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:545 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 238--2168 Score: 1609
Period size: 171 Copynumber: 11.3 Consensus size: 170
228 NNNNNNNNNN
* * * * *
238 TATAATCTATTTTAACCAAAATGCAAAAAAAAA-TCAACTTAAAATTAATTATGAGCTTATACAG
1 TATAATCTATTTTAACCAAAA--AAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * *********
302 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCGTGGGTGACTATAAATAGACTTTNNNNNNNNN
64 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAA
* * *
367 NGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCACAAGGTTGACATTTAAT
129 TGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTTAAT
* * ********** * * * *
409 TATAATCTGTTTGANNNNNNNNNNTAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGGTTATAAATC
1 TATAATCTATTTTA-ACCAAAAAAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * **
474 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGG-GTTTTCTTGTTAA
65 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCAAA
* * **
538 TGAATGGCTCTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAAATAAT
129 TGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTTAAT
* * * *
580 TATAATCTATTTTAACTAAAATAAAAAAAGAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAAATTATAAAAC
1 TATAATCTATTTTAACCAAAA-AAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * *
645 CATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTGTCTTGCAAAT
65 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAAT
* * *
710 GAATGGCTTTTTCTTCACCTTTCTCGAGGTAGAGATTTAAT
130 GAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTTAAT
* ** * *
751 TATAATCCATTTTAACCAAAAATGCAAAGAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAC
1 TATAATCTATTTTAACCAAAAA-AAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * *
816 CATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTACTTGCCAAT
65 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAAT
* * *
881 GAATGGCTTTTTTTTCACGTTTCTTAAGGTAGATATTTAAT
130 GAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTTAAT
* * * ** * * * * **
922 TATATTCCATTTTAAACAAAAACGAAAACCAATTTC-ACTTAGAGTCAGTTACAAGATTATAAAA
1 TATAATCTATTTTAACCAAAAA--AAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
** * * *
986 CCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGGCATGGATGACTATAAATAGG-CTTTTCTTACC
64 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCA
* * * * * *
1050 AATGGATGGCTCTTTCTAT-ACGTTTCACAAGGTAAACATCTAGT
127 AATGAATGGCTTTTTCT-TCACGTTTCTCAAGGTAGACATTTAAT
* * ** * ** *
1094 TATTATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATGCAAT
1 TATAATCTATTTTAACCAAAAA-AAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* ** *
1159 CATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTCGAAGGTGTGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TCTGCCAA
65 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCAAA
* * * * *
1223 TGAATTGCTTTTTCTTTACGTTTGTTAAGGTAGACATATAAT
129 TGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTTAAT
* * * ** * * *
1265 TGTAATTTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATGATGAGGTTATAAAAC
1 TATAATCTATTTTAACCAAAAA-AAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * * * *
1330 CATTTGAATCTAGTAATCA-GCTTTTGAAGGAATGAGTGACAATAAATAAGG-CTTTTCTTGCCA
65 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT--GGACTTTTCTTGCAA
* * * * * *
1393 ATAAATGACTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGTAGGCATTCAAT
128 ATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTTAAT
* * * *
1436 TGTTATCTATTTTAACCAAAAATGAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGATG-TTATAAAA
1 TATAATCTATTTTAACCAAAAA-AAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAA
* ** * * *
1500 CCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-ATAGGTGTGGGTGACTGTAAATGGACTTCTCCTT-CC
64 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGCA
** * * *
1563 AATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCCAAGATAGACATTCAAT
127 AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTTAAT
* ** * *
1607 TATTAT-TATTTTTAA-CAAATAAATAAAAAAAATTCAACTTAAGGTCAATTATTAGATTACAAA
1 TATAATCTA-TTTTAACCAAA-AAA-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * *
1670 ACCATCTCAAGCGAGTAATAAGGCTGTT-GATA-GCATGGGTTACTATTAATGGACGTTTCTTGC
63 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTCGA-AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * **
1733 CAATGAATGGCTTTCTCTTCATGTTTCTGGAGG-ATGACATTTAAT
126 AAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTA-GACATTTAAT
* * * * *
1778 TATAATCTGTTTT-AGCAAAAAATGTAAAACAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
1 TATAATCTATTTTAACCAAAAAA--AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * *
1842 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGGAGGCATGGGTGACTCTAAATAGG-TTTTTCTTGCCA
64 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCAA
* * * * * * * *
1906 ATGAATGGCTCTTGCTTCAGGTTTTTCGATGTATACATTCAAT
128 ATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTTAAT
* * * * * * **
1949 TATTATCTACTTTAATCAAAAATAAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTACAAAAAA
1 TATAATCTATTTTAACCAAAAAAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * ***
2014 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCCAAGACATGGTTGACTATAAACAGG-CTTTTCTTGTTTAT
66 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTTGCAAAT
* * * ** *
2078 GAATAGCTCTTTCTTCACATTTCTTGAGGTTA-ACATTCAAT
130 GAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGG-TAGACATTTAAT
** *
2119 TACT-ATCTATTTTAACCAAAAATGCAAAACAATTCAACTTAAAATCAATT
1 TA-TAATCTATTTTAACCAAAAA-AAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
2169 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1417, Mismatches: 301, Indels: 84
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 192 0.14
171 1047 0.74
172 175 0.12
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TATAATCTATTTTAACCAAAAAAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATG
AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTTAAT
Found at i:1673 original size:685 final size:677
Alignment explanation
Indices: 433--2168 Score: 1885
Period size: 685 Copynumber: 2.5 Consensus size: 677
423 NNNNNNNNNN
* *
433 TAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGGTTATAAATCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTT
1 TAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAT-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* ** *
498 TCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGGTTTTCTTGTTAATGAATGGCTCTTTCTTCATGTTTCT
65 TCGAAGG-TTGGGTGACTATAAATAGGTTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCTTTCTTCACGTTT-T
* * * *
563 CAAGGTAGACAAATAATTATAATCTATTTTAACTAAAATAAAAAAAGAATTCAACTTAAAGTCAA
128 TAAGGTAGACATATAATTATAATCTATTTTAACAAAAATAAAAAAAG--TTCAACTTAAAATCAA
* *
628 TTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
191 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAAT
* * * * *
693 -GGACTTGTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCACCTTTCTCGAGGTAGAG-ATTTAATTATAA
255 AGG-CTTTTCTTGCAAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAG-GCATTCAATTATTA
* * * *
756 TCCATTTTAACCAAAAATGCAAAGA-AATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATT
318 TCTATTTTAACCAAAAATG-AAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACT
820 TAAAGCGAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTACTTGCCAATGAAT
382 TAAAGCGAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTACTTGCCAATGAAT
* * ** * * * *
885 GGCTTTTTTTTCACGTTTCTTAAGGTAGATATTTAATTATATTCCATTTTAAACAAAAACGAAAA
447 GGCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGATAGACATTCAATTATATT-CATTTTAAACAAAAAAGAAAA
* * * * * *
950 CCAATTTCACTTAGAGTCAGTTACAAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCT-TTCG
511 CAAAATTCACTTAGAGTCAATTACAAGATTACAAAACCATCTAAAGCAAGTAATAAGGCTGTT-G
* *
1014 AAAGGCATGGATGACTATAAATAGG-CTTTTCTTACCAATGGATGGCTCTT-TCTAT-ACGTTTC
575 AAA-GCATGGATGACTATAAAT-GGACGTTTCTTACCAATGAATGGCT-TTCTCT-TCACGTTTC
* * *
1076 ACAAGG-TAAACATCTAGTTATTATCTATTTTAACTAAAAATG
636 ACAAGGAT-AACATCTAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATG
* * *
1118 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATGCAATCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTT
1 TAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAT-AAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * *
1183 TCGAAGGTGTGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTTC-TGCCAATGAATTGCTTTTTCTTTACGTTT
65 TCGAAGGT-TGGGTGACTATAAATAGG--TTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCTTTCTTCACGTTT
* * * *
1246 GTTAAGGTAGACATATAATTGTAATTTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATC
127 -TTAAGGTAGACATATAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAT-AAAAAAAGTTCAACTTAAAATC
* * * * * * *
1311 AATGATGAGGTTATAAAACCATTTGAATCTAGTAATCA-GCTTTTGAAGGAATGAGTGACAATAA
189 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAA
* * * * *
1375 ATAAGGCTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGTAGGCATTCAATTGTT
253 AT-AGGCTTTTCTTGCAAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAGGCATTCAATTATT
1440 ATCTATTTTAACCAAAAATGAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGATG-TTATAAAACCAC
317 ATCTATTTTAACCAAAAATGAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCAC
* ** * *
1504 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-ATAGGTGTGGGTGACTGTAAATGGACTTCTCCTT-CCAATG
381 TTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTCGA-AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT-TACTTGCCAATG
* * *
1567 AATGGCTTTTTCTTCATATTTCCCAAGATAGACATTCAATTATTATT-ATTTTTAACAAATAAAT
444 AATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGATAGACATTCAATTA-TATTCATTTTAAACAAA-AAAG
** * *
1631 AAAA-AAAATTCAACTTA-AGGTCAATTATTAGATTACAAAACCATCTCAAGCGAGTAATAAGGC
507 AAAACAAAATTC-ACTTAGA-GTCAATTACAAGATTACAAAACCATCTAAAGCAAGTAATAAGGC
* * * * * *
1694 TGTTGATAGCATGGGTTACTATTAATGGACGTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTCTCTTCATGTTT
570 TGTTGAAAGCATGGATGACTATAAATGGACGTTTCTTACCAATGAATGGCTTTCTCTTCACGTTT
*** * * * *
1759 CTGGAGGATGACATTTAATTATAATCTGTTTTAGCAAAAAATG
635 CACAAGGATAACATCTAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATG
* * * *
1802 TAAAACAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
1 TAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAT-AAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
1867 TTGGAGGCATGGGTGACTCTAAATAGGTTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCTTGCTTCAGGTTTTT
65 TCGAAGG-TTGGGTGACTATAAATAGGTTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCTTTCTTCACGTTTTT
* * * * * * *
1932 CGATGTATACAT-TCAATTATTATCTACTTTAATCAAAAATAAAAAAAATTCAACTTGAAATCAA
129 -AAGGTAGACATAT-AATTATAATCTATTTTAA-CAAAAATAAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAA
* ** * **
1996 TTATGAGATTACAAAAAAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCCAA-GACATGGTTGACTATAAA
191 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGG-TGACTATAAA
* *** * * * *
2060 CAGGCTTTTCTTGTTTATGAAT-AGCTCTTTCTTCACATTTCTTGAGGTTA-ACATTCAATTACT
254 TAGGCTTTTCTTGCAAATGAATGA-CTTTTTCTTCACATTTCTCGAGG-TAGGCATTCAATTATT
*
2123 ATCTATTTTAACCAAAAATGCAAAACAATTCAACTTAAAATCAATT
317 ATCTATTTTAACCAAAAATGAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATT
2169 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 876, Mismatches: 142, Indels: 68
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
682 1 0.00
683 157 0.18
684 272 0.31
685 412 0.47
686 27 0.03
687 7 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (677 bp):
TAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
CGAAGGTTGGGTGACTATAAATAGGTTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCTTTCTTCACGTTTTTAA
GGTAGACATATAATTATAATCTATTTTAACAAAAATAAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATG
AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTGACTATAAATAGGCTT
TTCTTGCAAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAGGCATTCAATTATTATCTATTTT
AACCAAAAATGAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAG
AAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTACTTGCCAATGAATGGCTTTTTC
TTCACATTTCCCAAGATAGACATTCAATTATATTCATTTTAAACAAAAAAGAAAACAAAATTCAC
TTAGAGTCAATTACAAGATTACAAAACCATCTAAAGCAAGTAATAAGGCTGTTGAAAGCATGGAT
GACTATAAATGGACGTTTCTTACCAATGAATGGCTTTCTCTTCACGTTTCACAAGGATAACATCT
AATTATAATCTATTTTAACAAAAAATG
Done.