Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403117.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_786.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5315
ACGTcount: A:0.26, C:0.10, G:0.08, T:0.28
Warning! 1508 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2053 original size:170 final size:159
Alignment explanation
Indices: 1784--2093 Score: 318
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 159
1774 TGGTTTTATG
* * * *
1784 TTGAATTTTTTTAGATTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATAAAG
1 TTGAATTGTTTTACATTTTAGTTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAG
* * *
1849 CAAAAAATATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCG-TTCCTTCAAAATCCTTATTA
66 CAAAAAACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
*
1913 CTCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
130 ATCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
1943 TTNNNNNNNNNNGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTTAG
1 TT----------GAATTGTTTTACA-TTTTAGTTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTACCTCAA
* * * * * * *
2008 GAAACGTGAAG-AAACAAACATTTATTGGCAAGACAAGTCCATTTATAGTCTCTGATTCCTTCAA
55 GAAACATAAAGCAAA-AAACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCCGATTCCTTCAA
*
2072 AAGCCTTATTAATCGCTTTAAA
119 AAGCCTTATTAATCGCCTTAAA
2094 ATATTTTATA
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 19, Indels: 15
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
159 2 0.02
169 16 0.13
170 101 0.85
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (159 bp):
TTGAATTGTTTTACATTTTAGTTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAG
CAAAAAACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTAA
TCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
Found at i:3076 original size:173 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2465--3165 Score: 653
Period size: 171 Copynumber: 4.1 Consensus size: 169
2455 NNNNNNNNCA
* ** * *
2465 ATTTATAGTCTCTTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTA-TTTCTATAATCTCAT
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTT-TATAATCTCAT
* * * * * *
2529 AATTTATTTTAAGTTTAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAATAAACTATAATTGAATGCTT-GCC
64 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAT-CTTCACC
** * * *
2593 TTAGGAAACGTGCAAAG-AAAATCATTCGTTGAGAAAAATA-TCC
128 TTAGGAAA--TATAAAGAAAAAACATTCATTG-GAAAAAAAGTCC
* * * * *
2636 ATTTATAGTCACCCATTCTTTCAATAGCATTATTACTCGTTTTAAAT-GATTTTATAATCTTATA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATA
* * * * * *
2700 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCA-TTAAAACAGA-TGATACTTGAATGTCCACAT
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATCTTCACCT
** *
2763 TAGGAAATATGTAGAAAAAACCATTCATTAGGAAGAAAAGTCC
129 TAGGAAATATAAAGAAAAAA-CATTCATT-GGAAAAAAAGTCC
* * * * ** * *
2806 ATTTATAATCACCCATTACTTTAAAAGCCTTACTACTCTTTTTAAAATAGTTTTATAATGTCCTA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATAGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
2871 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATCTTTATC-T
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATCTTCACCTT
*
2935 CGAGAAATATAAAGAAAAAGACATTCATTGGAAAAAAAAAAGTCC
130 AG-GAAATATAAAGAAAAA-ACATTCATTGG---AAAAAAAGTCC
* * *
2980 ATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTGGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
3045 TTGGTTTTAAATTAAATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTTCACCTCA
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATCTTCACCTTA
* * * * *
3110 AGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTAC
131 GGAAATATAAAGAAAAA-ACATTCATTGG-AAAAAAAGTCC
3151 ATTTATAGTCACCCA
1 ATTTATAGTCACCCA
3166 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 428, Mismatches: 84, Indels: 36
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.01
168 6 0.01
169 39 0.09
170 79 0.18
171 114 0.27
172 43 0.10
173 100 0.23
174 44 0.10
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATCTTCACCTTA
GGAAATATAAAGAAAAAACATTCATTGGAAAAAAAGTCC
Found at i:4942 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4248--5315 Score: 722
Period size: 171 Copynumber: 6.3 Consensus size: 171
4238 NNNNNNNNNN
* * * * *
4248 ACTCACTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTGCATTTT-TAG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTGGA-
* * * ** * * * *
4312 TTAAAACAGA-TATAATTAAATATCTACTTTGAGAAACATGAAGAAACAA-GCATTTATTGGCAA
65 TTAAAAAAGACTATAATTAAACATCTACCTCAAGAAACATAAAGAAA-AAGGCATTCATAGACAA
* * * * *
4375 -AACAAGTTCATTTATAGTCTC-CTATTCC-TTCAAAGGCCTTATT
129 GAA-AAATCCATTTATAGTCACTC-A-TCCTTTAAAACGCCTTATT
** * * * * * * **
4418 ACTCGCTTTAAATTATTTTATAACCTTATAATTTATTTTAAGTTGGATT-TATTATATTTTTTAT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTGGAT
* * * * * * ** *
4482 TAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAACATAAAGAAACATGTGTTCATTGACAAGA
66 TAAAAAAGACTATAATTAAACATCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATAGACAAGA
* * * * * *
4547 AAAGTCCATTTATAGCCTCTTATTCCTTCAAAA-GCCCTATT
131 AAAATCCATTTATAGTCACTCA-TCCTTTAAAACGCCTTATT
* * * * * * *
4588 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTATGTTCAGTTATTTTTACATTATTGG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-GTTTTACATT-TTGG
* * * * ** * * * * * * ** *
4653 -CTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTAGCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAC
64 ATTAAAAAAGACTATAATTAAACATCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATAGACAA
* * * * * * *
4717 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAGGCCATATT
129 GAAAAATCCATTTATAGTCACTCATCCTTTAAAACGCCTTATT
* * * *
4760 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATAGATTTTAATTTGAATT-TTTTAGCACTTTT-G
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTA-CA-TTTTGG
*** * * * *
4823 ATTAAAAAAGA-TAATAATTAAACATCTACCTTGGGGAACGTGAAGAATAAGGCATTCACTAG-C
64 ATTAAAAAAGACT-ATAATTAAACATCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCA-TAGAC
4886 AA-AACAAATCCATTTATAGTCACTCATCCCTTT-AAACGCCTTATT
127 AAGAA-AAATCCATTTATAGTCACTCAT-CCTTTAAAACGCCTTATT
* * * *
4931 ACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTGTTTTATATTTTGGGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTGGAT
* * ** * * *
4996 TAAAACAGACTATAATTGAATGTTTATCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGA
66 TAAAAAAGACTATAATTAAACATCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATAGACAAGA
*
5061 AAAGTCCATTTATAGTCA-TCCATTCCTTTAAAAC-CCTTATT
131 AAAATCCATTTATAGTCACT-CA-TCCTTTAAAACGCCTTATT
* * *
5102 ACTCGCTTTAAATGATTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTT-TAG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTGGA-
* * * * * ** * * * *
5166 CTGAAACACACTATAATTGAATGTCTAGCTTC-AGAAAC-TAGAGTAAACAGGCATTCATTGGA-
65 TTAAAAAAGACTATAATTAAACATCTA-CCTCAAGAAACATAAAG-AAAAAGGCATTCA-TAGAC
* * * * *
5228 AAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCAT-TTCTTAAAAAGCCTTATT
127 AAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATCCT-TTAAAACGCCTTATT
* ** *
5273 AGTAACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
Statistics
Matches: 720, Mismatches: 146, Indels: 63
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 20 0.03
170 180 0.25
171 372 0.52
172 146 0.20
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTGGAT
TAAAAAAGACTATAATTAAACATCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATAGACAAGA
AAAATCCATTTATAGTCACTCATCCTTTAAAACGCCTTATT
Found at i:5012 original size:342 final size:336
Alignment explanation
Indices: 4248--5315 Score: 986
Period size: 342 Copynumber: 3.1 Consensus size: 336
4238 NNNNNNNNNN
* * * * *
4248 ACTCACTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTGCATTTTTAGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACA-TTTTGGT
* * * * * *
4313 TAAAACAGATATAATTAAATATCTACTTTGAGAAACATGAAGAAACAAGCATTTATTGGCAAAAC
65 TAAAACAGATATAATTGAATGTTTACTCT-AGAAACATGAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAGAA-
* * * * *
4378 AAGT-TCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAAC
127 AAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAT
* * * * * * * * * *
4442 CTTATAATTTATTTTAAGTTGGATTTATTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATATCT
191 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACACTTTTGATTAAAAAAGACTATAATTAAACATCT
* ** * * * * *
4507 ACCTCGAGAAACATAAAGAAACATGTGTTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTTATTC
256 ACCTCGAGAAACATAAAGAAACAGGCATTCATAGACAAGAAAAATCCATTTATAGCCACTCATCC
4572 CTTCAAAAGCCCTATT
321 CTTCAAAAGCCCTATT
* * * * * * *
4588 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTATGTTCAGTTATTTTTACATTATTGG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-GTTTTACATT-TTGG
* * *
4653 CTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTAGCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGTACG
64 TTAAAACAGA-TATAATTGAATGTTTA-CTCTAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCA-G
* * *
4718 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAGGCCATATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
125 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
* * *
4783 TCTCGTAATAGATTTTAATTTGAATTTTTTAGCACTTTTGATTAAAAAAGA-TAATAATTAAACA
190 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA-CACTTTTGATTAAAAAAGACT-ATAATTAAACA
* * * * * *
4847 TCTACCTTGGGGAACGTGAAGAATA-AGGCATTCACTAG-CAA-AACAAATCCATTTATAGTCAC
253 TCTACCTCGAGAAACATAAAGAA-ACAGGCATTCA-TAGACAAGAA-AAATCCATTTATAGCCAC
* * *
4909 TCATCCCTTTAAACGCCTTATT
315 TCATCCCTTCAAAAGCCCTATT
* * *
4931 ACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTGTTTTATATTTTGGGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTT-GGT
* * *
4996 TAAAACAGACTATAATTGAATGTTTATCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGA
65 TAAAACAGA-TATAATTGAATGTTTA-CTCTAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGC-AGA
* * ** *
5061 AAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTT-AAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATGA
126 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
* * * * * * **
5125 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACA-TTTTTAGCTGAAACACACTATAATTGAATG
190 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACACTTTTGA-TTAAAAAAGACTATAATTAAACA
* * * * * *
5189 TCTAGCTTC-AGAAAC-TAGAGTAAACAGGCATTCATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTACAGTCAC
253 TCTA-CCTCGAGAAACATAAAG-AAACAGGCATTCA-TAGACAAGAAAAATCCATTTATAGCCAC
* ** * *
5251 CCATTTCTTAAAAAGCCTTATT
315 TCATCCCTTCAAAAGCCCTATT
* ** *
5273 AGTAACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
Statistics
Matches: 588, Mismatches: 116, Indels: 46
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 42 0.07
341 31 0.05
342 366 0.62
343 146 0.25
344 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (336 bp):
ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTGGTT
AAAACAGATATAATTGAATGTTTACTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAGAAAAGT
CTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACACTTTTGATTAAAAAAGACTATAATTAAACATCTACCTC
GAGAAACATAAAGAAACAGGCATTCATAGACAAGAAAAATCCATTTATAGCCACTCATCCCTTCA
AAAGCCCTATT
Found at i:5290 original size:513 final size:512
Alignment explanation
Indices: 4252--5315 Score: 1295
Period size: 513 Copynumber: 2.1 Consensus size: 512
4242 NNNNNNACTC
* *
4252 ACTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTGCATTTTTAGTTAAA
1 ACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTGCATTTTGAGTTAAA
* * * * * * *
4317 ACAGATATAATTAAATATCTACTTTGAGAAACATGAAGAAACAAGCATTTATTGGCAAAACAAGT
66 AAAGATATAATTAAACATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCACTAGCAAAACAAAT
* * * * * * *
4382 TCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAACCTTAT
131 CCATTTATAGTCACCTATCCCTTCAAACGCCTTATTACTCGCTTTAAATGACTTTATAACCTCAT
* * * **
4447 AATTTATTTTAAGTTGGATTTATTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTC
196 AATTGATTTTAAGTAGAATTTATTATATTTTGGATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTC
* * * ** * *
4512 GAGAAACATAAAGAAACATGTGTTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTTATTCCTTCA
261 AAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCATCTCATTCCTTCA
* * * * * *
4577 AAAGCCCTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTATGTTCAGTTATTTT
326 AAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTAGTTT
* * * * *
4642 TACATTATTGGCTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTAGCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGACAT
391 TACATTATTAGCTAAAACACACTATAATTGAATGTCTAGCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGACAT
* * * * * * *
4707 TCATTGGTACGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAGGCCATATTACTC
456 TCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCTTTAAAAAGCCATATTACTA
* * * *
4764 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATAGATTTTAATTTGAATT-TTTTAGCACTTTTGA-TTA
1 ACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT-GCA-TTTTGAGTTA
* * * *
4827 AAAAAGATAATAATTAAACATCTACCTTGGGGAACGTGAAGAATA-AGGCATTCACTAGCAAAAC
64 AAAAAGAT-ATAATTAAACATCTACCTTGAGAAACATGAAGAA-ACAAGCATTCACTAGCAAAAC
* * *
4891 AAATCCATTTATAGTCA-CTCATCCCTTTAAACGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAAT
127 AAATCCATTTATAGTCACCT-ATCCCTTCAAACGCCTTATTACTCGCTTTAAATGACTTTATAAC
* * * *
4955 CTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTGTTTTATATTTTGGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTT
191 CTCATAATTGATTTTAAGTAGAATT-TATTATATTTTGGATTAAAACAGACTATAATTGAATATC
*
5020 TATCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATC-CAT
255 TACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG-CATCTCAT
* * * *
5084 TCCTTTAAAA-CCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
319 TCCTTCAAAAGCCC-TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCA
* *
5148 ATT-GTTTTACATTTTTAGCTGAAACACACTATAATTGAATGTCTAGCT-TCAGAAAC-T-AGAG
383 ATTAGTTTTACATTATTAGCTAAAACACACTATAATTGAATGTCTAGCTCT-AGAAACATGA-AG
* * *
5209 TAAACAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATT-TCTTAAAAAGCCTTATT
446 -AAAAAGACATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCT-TTAAAAAGCCATATT
*
5273 AGTA
509 ACTA
5277 ACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 ACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGT
Statistics
Matches: 464, Mismatches: 76, Indels: 23
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 5 0.01
512 60 0.13
513 256 0.55
514 140 0.30
515 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (512 bp):
ACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTGCATTTTGAGTTAAA
AAAGATATAATTAAACATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCACTAGCAAAACAAAT
CCATTTATAGTCACCTATCCCTTCAAACGCCTTATTACTCGCTTTAAATGACTTTATAACCTCAT
AATTGATTTTAAGTAGAATTTATTATATTTTGGATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTC
AAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCATCTCATTCCTTCA
AAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTAGTTT
TACATTATTAGCTAAAACACACTATAATTGAATGTCTAGCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGACAT
TCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCTTTAAAAAGCCATATTACTA
Done.