Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403122.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_790.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13846
ACGTcount: A:0.20, C:0.07, G:0.07, T:0.21
Warning! 6275 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:5138 original size:171 final size:158
Alignment explanation
Indices: 4955--5289 Score: 339
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 158
4945 TTTTTTATAT
* ** *
4955 TTTTTGTTAAAACAGACTATAACTGAATGTCTGCCTGGAGAAATGTCCAAAAAA-AGCTATTCAT
1 TTTTTGTTAAAACAGACTATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAACGT-CAAAAAACAGC-ATTCAT
** * * * * * *
5019 TGGGAAGAAAATTTCATTTATAGTCACGCATTCCTTTAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
64 TGACAAGAAAAGTACATTTACAGTCAC-CATTCCTTCAAAACGCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * *
5084 TTCGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
128 TTCATAATCTCATAATTAATTTTAACTTGAA
* * * *
5115 TNNNNNNNNNNTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACGTGAAAAAAC
1 T----------TTTTG-TTAAAACAGACTATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTCAAAAAAC
*
5180 TAGCATTCATTGACAAGAAAAGTACATTTACAGTCACCATTCCTTCAAAACGCTTGTTACTCGCT
55 -AGCATTCATTGACAAGAAAAGTACATTTACAGTCACCATTCCTTCAAAACGCTTATTACTCGCT
*
5245 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAACTTGAA
119 TTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTAATTTTAACTTGAA
5285 TTTTT
1 TTTTT
5290 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 21, Indels: 26
0.75 0.11 0.14
Matches are distributed among these distances:
160 5 0.04
170 72 0.51
171 61 0.43
172 3 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (158 bp):
TTTTTGTTAAAACAGACTATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTCAAAAAACAGCATTCATTG
ACAAGAAAAGTACATTTACAGTCACCATTCCTTCAAAACGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTC
ATAATCTCATAATTAATTTTAACTTGAA
Found at i:6910 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6627--6999 Score: 455
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
6617 NNNNNNNNNN
*
6627 ATTCATTGACAAGAAAAGTCTA-TTAGAGTCA-TCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCACTTTA
1 ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCACTTTA
* ********** *
6690 AACGGTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAC
66 AACGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGAC
* * ** *
6755 TGTAATTGAATTTCTACGTTGAGAACTGTGAAGAAACAAAC
131 TATAATTGAATTTCTACCTCAAGAACTGTGAAAAAACAAAC
* * * * *
6796 ATTCATTGACAAGAGAAGTCTATTTAAAGTCACCCATTCTTTGAAAAAGCTTATTACTCGCTTTA
1 ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCACTTTA
* *
6861 AACGATTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACATAC
66 AACGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGAC
* * *
6926 TATAATTGAATTTTTACCTCAAGAATTGTGAAAAAACAAGC
131 TATAATTGAATTTCTACCTCAAGAACTGTGAAAAAACAAAC
*
6967 ATTCATTGATAAGAAAAGT-TCATTTAGAGTCAC
1 ATTCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTAGAGTCAC
7000 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 170, Mismatches: 31, Indels: 4
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 21 0.12
170 9 0.05
171 140 0.82
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCACTTTA
AACGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGAC
TATAATTGAATTTCTACCTCAAGAACTGTGAAAAAACAAAC
Found at i:7543 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7366--7727 Score: 388
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
7356 NNNNNNNNNN
* * **
7366 AGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCACTCCTTCAAAAAGCTAATTACTTGCTTTAAATTTTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTACAGTCGCCCACTCCTTCAAAAAGCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
7431 AATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTAATATTTTTTATTAAAAAATACTATAATTAAA
66 AATCTCAAAACTGATTATAAGCTGAATTATTTT-ATATTTTTTATTAAAAAAGACTATAAGTAAA
* *
7495 TGTTTACCTTGAGAAACATG-AAGAAACTAG-CACTCATTGACA
130 TGTCTACCTTGAGAAACATGCAA-AAA-AAGTCACTCATTGACA
* * ********** *
7537 AGAAAAGTCTATTTAGAGTNNNNNNNNNNTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTACAGTCGCCCACTCCTTCAAAAAGCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
7602 AATCTCAAAATTGATTATAAGCTGAATTATTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAGGTGATT
66 AATCTCAAAACTGATTATAAGCTGAATTATTTTATATTTTTTATTAAAAAAGACTATAAGTAAAT
* * *
7667 GTCTGCCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGTCATTCATTGAGA
131 GTCTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGTCACTCATTGACA
7708 AGAAAAGTCCATTTACAGTC
1 AGAAAAGTCCATTTACAGTC
7728 ACNNNNNNNN
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 34, Indels: 6
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 146 0.95
172 6 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AGAAAAGTCCATTTACAGTCGCCCACTCCTTCAAAAAGCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
AATCTCAAAACTGATTATAAGCTGAATTATTTTATATTTTTTATTAAAAAAGACTATAAGTAAAT
GTCTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGTCACTCATTGACA
Found at i:8845 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8507--9457 Score: 1047
Period size: 171 Copynumber: 5.6 Consensus size: 171
8497 NNNNNNTGAC
* * * * *
8507 AAGAAAAGTCCTTTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTTGTTTTAAATAGTTTTC
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
** * * *
8572 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTTTAATATTTTT-TTTAAAATAGACTATAATTTA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAA
* * * * * *
8636 ATGTCTACCTCGACAAACGTGCAGAGAAAGCCATTCATTGAG
130 ATGTTTACCTCGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAG
* * * * * * * *
8678 AACAAAAGTTCGTTTATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGTCTTATTGCTTGGTTTAAATTGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
8743 TAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATGTTTTCATATTTTTGGTTAACAA-AAACTATAATTAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAA-AACAGACTATAATTAA
* *
8807 ATGCTTACCTCAAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAG
130 ATGTTTACCTCGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAG
* *
8849 AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
8914 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTGTTGATTAAAACATACTATAATTAAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAA
* * * *
8979 TGTTTACCTTGAGAAACAAG-AAGAAACAAGC-GTTCATTGAT
131 TGTTTACCTCGAGAAACATGCAA-AAA-AAGCTATTCATTGAG
* * * * * * * * * *
9020 AAGAATAGTCCATTTAGAGTCACCTACTCCTTTAAAAAGTTTATTACTCGCTTTAAACGCTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
* * *
9085 TAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATTATTAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAA
* * *
9150 ATTTTTACCTCGAGAAACATACATAAAAAG-TGATTCATTGAG
130 ATGTTTACCTCGAGAAACATGCAAAAAAAGCT-ATTCATTGAG
* *
9192 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
9257 TAATCTTACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAA
* * * *
9322 TTTTTACCTCG-GGAAC-TGAGAAGAAACAAGC-ATTCATTGAC
131 TGTTTACCTCGAGAAACATG-CAA-AAA-AAGCTATTCATTGAG
* * ** * * * * ** *
9363 AAG-AAAGCCCATTTAGAGTCACTAATTCCCTCAAAAAGCGTATTACTCGCTCCAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
9427 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
9458 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 660, Mismatches: 107, Indels: 27
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 96 0.15
171 415 0.63
172 147 0.22
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAA
TGTTTACCTCGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAG
Found at i:9249 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 8507--9457 Score: 1169
Period size: 342 Copynumber: 2.8 Consensus size: 340
8497 NNNNNNTGAC
* * * *
8507 AAGAAAAGTCCTTTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTTGTTTTAAATAGTTTTC
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTA
** * * * *
8572 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTTTAATATTTTTTTTAAAATAGACTATAATTTAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAA
* * * * * * * * * *
8637 TGTCTACCTCGACAAACGTGCAGAGA-AAGCCATTCATTGAGAACAAAAGTTCGTTTATAGTCAC
130 TGTTTACCTCGAGAAACGAGAAGAAACAAG-CATTCATTGACAA-GAAAGTCCATTTAGAGTCAC
* * * * * * *
8701 CCATTCCTTGAAAAGTCTTATTGCTTGGTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGT
193 CTATTCCTTAAAAAGT-TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* *
8766 TGAA-TGTTTTCATATTTTTGGTTAACAAAAACTATAATTAAATGCTTACCTCAAGAAACATGCA
257 TGAATTTTTTTCATATTTTTGGTTAACAAAAACTATAATTAAATGCTTACCTCAAGAAACATACA
8830 AAAAAAGCTATTCATTGAG
322 AAAAAAGCTATTCATTGAG
* * *
8849 AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTA
* * *
8914 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTGTTGATTAAAACATACTATAATTAAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGACTATAATTAAA
* * * *
8979 TGTTTACCTTGAGAAACAAGAAGAAACAAGCGTTCATTGATAAGAATAGTCCATTTAGAGTCACC
130 TGTTTACCTCGAGAAACGAGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAA-AGTCCATTTAGAGTCACC
* * *
9044 TACTCCTTTAAAAAGTTTATTACTCGCTTTAAA-CGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGC
194 TATTCC-TTAAAAAGTTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * ** *
9108 TGAATTTTTTTTATATTTTTTGTTAA-AACAGACTATTATTAAATTTTTACCTCGAGAAACATAC
257 TGAATTTTTTTCATATTTTTGGTTAACAA-AAACTATAATTAAATGCTTACCTCAAGAAACATAC
*
9172 ATAAAAAG-TGATTCATTGAG
321 AAAAAAAGCT-ATTCATTGAG
*
9192 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTA
* * *
9257 TAATCTTACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAA
* * *
9322 TTTTTACCTCG-GGAACTGAGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAGCCCATTTAGAGTCA-C
130 TGTTTACCTCGAGAAAC-GAGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAGTCCATTTAGAGTCACC
* ** **
9385 TAATTCCCTCAAAAAGCGTATTACTCGCTCCAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
194 T-ATT-CCTTAAAAAGTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
9450 TGAATTTT
257 TGAATTTT
9458 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 523, Mismatches: 73, Indels: 26
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 11 0.02
342 280 0.54
343 227 0.43
344 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAAT
GTTTACCTCGAGAAACGAGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAGTCCATTTAGAGTCACCTA
TTCCTTAAAAAGTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
TTTTTTTCATATTTTTGGTTAACAAAAACTATAATTAAATGCTTACCTCAAGAAACATACAAAAA
AAGCTATTCATTGAG
Found at i:13641 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 13350--13846 Score: 381
Period size: 171 Copynumber: 3.0 Consensus size: 161
13340 NNNNNNNNNN
*
13350 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTCTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCTTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTCTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCTTACC
* * *
13415 TTGAGAAACATCCAAAAAAAGCTATTCATTGACAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATCCCTT
66 TAGAGAAACATCCAAAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-CCTT
*
13480 TAAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTNNNNNNNNNNA
130 TAAAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATGGTT----------A
* * * * * *
13521 TAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACCTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTCTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCTTACC
* * * * * *
13586 TCAGA-AAACATGCAGAAAAAGCCATTCATTGAGAACAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATTCTT
66 T-AGAGAAACATCCAAAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCTT
* * *
13650 TCAAAAGCCTTAATACTCGGTTTAAATTGTTTTCTAATCTCA
130 TAAAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAA-TG-------GT-T-A
********* *
13692 TAATTGATTTTAAGTTGAATNNNNNNNNNNTT-TTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCTTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTCTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCTTAC
* ** * * * * *
13756 CTTGAGAAATGTGCAAAAAAAGCTATTCAGTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCT
65 CTAGAGAAACATCCAAAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TCCT
* * *
13821 TT-AAAAGGCTTATTACTCGGTTTAAA
129 TTAAAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAA
Statistics
Matches: 266, Mismatches: 46, Indels: 28
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 11 0.04
171 242 0.91
172 11 0.04
179 1 0.00
180 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (161 bp):
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTCTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCTTACC
TAGAGAAACATCCAAAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCTTT
AAAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATGGTTA
Done.