Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403130.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_798.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.10, T:0.31
Warning! 5296 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:792 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 410--794 Score: 398
Period size: 169 Copynumber: 2.3 Consensus size: 169
400 NNNNNCTTTG
* * * *
410 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCACAGTTGATTTCAACTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAACTTGAATATTTTT
* * * * * * *
475 ACATTTTTTATTGAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTGAGAAACGTGAAAAAAAGTGTCTA
66 ACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACCCTAAAAAACGTGAAAAAAAGTATCGA
* **
540 TTGGCAAGAAAATTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTG
131 TTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* ********** * * *
579 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTTAATATTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAACTTGAATATTTTT
* * * *
644 ATATTTTTTATTAAAATAGATAATAATTAAATGTTTACCTTAAAAAACGT-AAAGAATAAGATAT
66 ACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACCCTAAAAAACGTGAAA-AA-AAG-TAT
708 CGATTGGCAA-AAAATTTCCATTTATAAG-CACCCATGCCTTCA
128 CGATTGGCAAGAAAA-TTCCATTTAT-AGTCACCCATGCCTTCA
* *
750 AAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTG
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
795 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 45, Indels: 8
0.76 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.02
169 90 0.54
170 7 0.04
171 64 0.39
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAACTTGAATATTTTT
ACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACCCTAAAAAACGTGAAAAAAAGTATCGA
TTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
Found at i:1570 original size:171 final size:160
Alignment explanation
Indices: 1334--1650 Score: 316
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
1324 TGTTTTTGGT
* * *
1334 TTAAACAGATTATAACTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAGGATATTAATTAGCAAGA
1 TTAAACAGATTATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTAATTAGCAAGA
* * * * *
1399 AAAGCTC-ATATATAGTCACCCATGCCGTCGAACGGCTTATTACTCG-TGTTAAATAGTTTTATA
66 AAAG-TCAATATATAGTCACCCAAGCCCTCGAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATAGCTTTATA
*
1462 ATCTAATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTNNNNNNNNNNA
129 ATCTAATAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTT----------A
* * * * * *
1504 TTAAGACAGATTATAATTGAATGTCTGCTTCGAGAAACATGGAGAAAAAGATATCT-ATTGGCAA
1 TTAA-ACAGATTATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATAT-TAATTAGCAA
* *
1568 GAAAAGTCAATTTATAGTCACCCAAGCCCTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGCTTTATA
64 GAAAAGTCAATATATAGTCACCCAAGCCCTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGCTTTATA
* *
1633 ATCTCATATTTAATTTTA
129 ATCTAATAATTAATTTTA
1651 GGTTGGATTT
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 19, Indels: 7
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.05
171 116 0.94
172 2 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (160 bp):
TTAAACAGATTATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTAATTAGCAAGA
AAAGTCAATATATAGTCACCCAAGCCCTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGCTTTATAAT
CTAATAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTA
Found at i:2442 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2150--5202 Score: 1719
Period size: 171 Copynumber: 17.9 Consensus size: 170
2140 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * * * * *
2150 TGAAGAAAAAGATATCTATTGGTAAAAAAATTCTAGTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCTTT
1 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATACCTTCAGAAGCCTT
* * * * *
2215 ATTACTCATTTTAAATAATTTTATAGTCTGATAATTGATTTTAAGTT-AACTTTTTTTTATTTTT
66 ATTACTC-GTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTTAATTTT
* *
2279 TTATTAAAAGAGATTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAATG
129 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATG
* * ** * *
2321 TGAAG-AAATGATATCCCTTCTCAAGAAAAGTCTATTTTATATTCACCCATGA-TTTCAGAAGCC
1 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTTATATTCACCCAT-ACCTTCAGAAGCC
2384 TTATTACTCGTGTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT-ATAT
64 TTATTACTCGT-TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAAT-T
* *
2447 TTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACGTCGAGAAATG
127 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATG
* * * * *
2491 TAAAGAAAAAGGTGTCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTT-ACCCATACCTT-TGAAAGCG
1 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-TTCACCCATACCTTCAG-AAGCC
* * * *
2554 TTATTACTCACTCTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGCTG-ATTTTTTTTATAT
64 TTATTACTC-GTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-AT
** * * * *
2617 TTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTAACTCGAAAAATA
126 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATG
* * * * * ** * * *
2662 TGAAGAAAAAGATAACCATTGGCAAAAAAATTCTATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCTTT
1 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATACCTTCAGAAGCCTT
* * *
2727 ATTACTCATTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AACTTTTTTTACATTTT
66 ATTACTC-GTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-ATTTT
* *
2791 TTATTAAAAGAGATTATAATTGAATGT-TCACCTTGAGAAATG
129 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTCGAGAAATG
* ** *
2833 TGAAGAAAAAGATATCCCTTCTCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGA-TTTCAGAAGCCT
1 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCAT-ACCTTCAGAAGCCT
* *
2897 TATTACTCGCATTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATATTTTTTACATTT
65 TATTACTCG-TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-ATTT
* * * * * **
2961 TTTATTAAAACAGATTTTAGTTGAATGTCTATCTCAAAAAACA
128 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATG
** * * *
3004 TGAA-AAGAAAGATATCTGTTGG-AATGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATACCTTC-GAAAGC
1 TGAAGAA-AAAGATATCCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATATTCACCCATACCTTCAG-AAGC
* * *
3066 CTTATTACTTGCTTTAAATG-TCTTTATAATCTCATATTTGATTTTAGGTTGAA--TTTTTT-AT
63 CTTATTACTCG-TTTAAATGAT-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAAT
* * **
3127 GTTTTTATTTAAAA-AGATTATAATTGAATGTTTATCTCGAGAAACA
126 -TTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATG
* * * **
3173 TGAAGAAAAAGATATCCATTGTG-AAGAAAAG-CTCATTTATAGTCACACATACCTTCAAAAGTG
1 TGAAGAAAAAGATATCCATTG-GCAAGAAAAGTC-CATTTATATTCACCCATACCTTCAGAAGCC
* * * * * * * *
3236 TTATCACTCGCTTTAAATGGTGTTATAATATCACAATTGACTTTT-AGTTGAATTGTTTTAAACT
64 TTATTACTCG-TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTTAATT
* * **
3300 TTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGGAAACA
127 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAATG
* * ** *
3344 TGAAGGAAAAGATATCCTTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTTGCCCATACCTTCAGAAGTCTT
1 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATACCTTCAGAAGCCTT
* * * * *
3409 ATTAC-CAGCGTTAAATGATTTTATAATTTCATAAATAATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTT
66 ATTACTC-G-TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-ATTT
* * **
3472 TTTATTAAAGA-AAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACA
128 TTTATTAAA-ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATG
* ** * * *
3515 TGAA-AAGAAAGATATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAATCACTCATACCTTC-GAAAGCC
1 TGAAGAA-AAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATACCTTCAG-AAGCC
** ** * *********** * *
3578 TTATTACATATTTTAAATGGCTTTATAATCTAAT-NNNNNNNNNNGGTTGAGTTTTTTTTATGTT
64 TTATTAC-TCGTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-ATT
* * * * *
3642 TTTTGTTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAAAAATG
127 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATG
* ** * * * * * *
3686 TGAAGAAAAACATATTAATTAGCAAGAAAAGCCCATATATAGTCACCCATTCCGTC-GAACGCCT
1 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATACCTTCAGAA-GCCT
* * ********** *
3750 TATTACTCGCGTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGCTGAA-TTTTTTTATATTT
65 TATTACTCG-TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-ATTT
* * * * **
3814 TTTATTAAGATAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACA
128 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATG
* * * * * * *
3857 TGGAGAGAAAGATATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTCATAGTAACCCA-AGCCTTC-GAAAGCC
1 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATA-CCTTCAG-AAGCC
* ********** * * *
3920 TTATTACTTGNNNNNNNNNNCTTTATAATCTCATATTTGATTTTAGGTT-AGA-TTTTTTTATGT
64 TTATTACTCG-TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTTA-AT
* * *
3983 TTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCAT-GAGAAATA
126 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAATG
* ** * * * * * *
4028 TGAAGAAAAATATATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATGCCTT-TGAAAGCAT
1 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATACCTTCAG-AAGCCT
* * * * *
4092 TATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTT-AAATTTTTTTATAGTT
65 TATTACTCG-TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-ATTT
* * * * **
4156 TTTATTAAAACAGTTTATAATTGAATTTCTATCTCGATAAACA
128 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATG
** * * * *
4199 TGAA-AAGAAAGATATCTGTTGGCATGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-GAAAGCC
1 TGAAGAA-AAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATACCTTCAG-AAGCC
********* ** *
4262 TTNNNNNNNNNNTTAAATGGCTTTATAATCTCATATTTGATTTT-AGATTGAA-TTTTTTTATAT
64 TT-ATTACTCGTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTTA-AT
* * * * ************
4325 TTTTAATTTAAACAGATTATAATTAAATGTTTANNNNNNNNNNCA
126 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATG
* * * * *
4370 TGAAGAAAAAGATATCCATTGAG-AATAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCGT
1 TGAAGAAAAAGATATCCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATACCTTCAGAAGCCT
* * * * *
4434 TATCACTCGCTTTAAATGGTGTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAA-TTGTTTTACATTT
65 TATTACTCG-TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-ATTT
* * * **
4498 TTTATTAAAACATATTATAATTGAATGCCTACCTCCA-AAAAA
128 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATG
* * * * * * *
4540 TAAATAAAAACG-TACCCATTGGCAAG-AAAGATTCATTTATAGTCACCCATGCCTT-TGAAAGC
1 TGAAGAAAAA-GATATCCATTGGCAAGAAAAG-TCCATTTATATTCACCCATACCTTCAG-AAGC
* ********** * * *
4602 CTTATTACTCACTTNNNNNNNNNNTATAATCTCACAGTTGATTTTAACTTGAA-TTTTTTT-ATA
63 CTTATTACTC-GTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAAT-
* * * *
4665 TTTTTATTAAAACATATTATAATTAAATGTCTGCCT-GTAGAAACG
126 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG-AGAAATG
* * * * * * * *
4710 T-AAAAAAAAAAGTATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-TGAAAGCN
1 TGAAGAAAAAGA-TATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATACCTTCAG-AAGCC
********* * **
4773 NNNNNNNNNGCTTTAAATCG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA-TAGTTTTACAT
64 TTATTACTCG-TTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-AT
* * * * * * * * **
4836 TTTTGATTAAAATATATAATAATTAAATGTCTACTTTGAAAAACA
126 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATG
* * * ** * ** * *
4881 TAAAGAATAAGATATCGATTGGCGAA-AAATTTTCATTTATAGGCACCCATGCCTT-TGAAAGCC
1 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATACCTTCAG-AAGCC
* ********** *
4944 TTATTACTCGTTTTAAATAANNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTGTATATT
64 TTATTACTCG-TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-ATT
* ********** * *
5008 GTTTATTAAAACAGATTATAATTGANNNNNNNNNNCAAGAAACG
127 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATG
* * * * * * *
5052 TGAAGAAAAAGACATCCCTTGGTAAAAAAAGTCCATTTATATTTACCCACACCTTCAGAAGTCTT
1 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATACCTTCAGAAGCCTT
* * * * * *
5117 ATTACCCGCGTTAAATGATTTTATAATTTCAGATTTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTTT
66 ATTACTCG-TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-ATTTT
5181 TTATTAAAACAGATTATAATTG
129 TTATTAAAACAGATTATAATTG
5203 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2219, Mismatches: 564, Indels: 198
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
169 168 0.08
170 377 0.17
171 1628 0.73
172 41 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATACCTTCAGAAGCCTT
ATTACTCGTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAATTTTTT
ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATG
Found at i:5779 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5465--5957 Score: 539
Period size: 170 Copynumber: 2.9 Consensus size: 171
5455 GTCGAACGGC
* *
5465 TTATTACTCG-TGTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATA
1 TTATTACTCGCT-TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATA
* *
5529 TTTTATTAAGATAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGATATCTATTG
65 TTTTATTAAGACAAATTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGATATCTATTG
*
5594 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATC-CAAACCTTCGAAAGCT
130 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTCAAACCTTCGAAAGCA
* * * * * * *
5636 TTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATATTTGATTTTAGGTTCG-ATTTTTTTACGTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACATA
* * * * * **
5700 TTTTGTTAA-ACAAGTTATAATTGAATATTTATCTCGTGAAATATGAAGAAAAATTTAT-TCATT
65 TTTTATTAAGACAAATTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGATATCT-ATT
** *
5763 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATGCCTTTGAAAGCA
129 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAAACCTTCGAAAGCA
* ** * *
5806 TTATTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATTGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATAT
* * * * * ** * * *
5871 TTTAGTATA-ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGATGAAAAAGATATCCATTA
66 TTTATTA-AGACAAATTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGATATCTATTG
* * *
5935 GCAAGAAAAATCTATTGATAGTC
130 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
5958 ACCCATGCCT
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 52, Indels: 14
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.02
170 138 0.52
171 119 0.45
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATAT
TTTATTAAGACAAATTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGATATCTATTGG
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAAACCTTCGAAAGCA
Found at i:5983 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5401--5982 Score: 636
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 171
5391 NNNNNNNAAC
* ** * * * * * * *
5401 ATGAAGAAAAGGATATTAATTAGCAAGAAAAGCCCATATATAGTCACCCATGTCGTCGAACGGCT
1 ATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* *
5466 TATTACTCG-TGTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATAT
66 TATTACTCGCT-TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
*
5530 TTTATTA-AGATAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAT
130 TTTAGTATA-ATAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAT
* * ** *
5572 ATGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCAAACCTTCGAAAGCTT
1 ATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* * * * * **
5637 TATTACTTGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATATTTGATTTTAGGTTCG-ATTTTTTTACGTTT
66 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTATATTT
* * * *
5701 TTT-GT-TAA-ACAAGTTATAATTGAATATTTATCTCGTGAAAT
130 TTTAGTATAATA-AA-TTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAT
** * * * * *
5742 ATGAAGAAAAATTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATGCCTTTGAAAGCAT
1 ATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* **
5807 TATTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATTGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
66 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
* * *
5872 TTAGTATAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
131 TTAGTATAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAT
* * * * * * *
5913 GTGATGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAATCTATTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCT
1 ATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
5978 TATTA
66 TATTA
5983 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 332, Mismatches: 70, Indels: 18
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 4 0.01
170 135 0.41
171 185 0.56
172 6 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
TTAGTATAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAT
Found at i:8317 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7883--9030 Score: 1199
Period size: 170 Copynumber: 6.7 Consensus size: 170
7873 NNNNNNNNNN
* * *
7883 TATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAA-ATGAAAGATA
1 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGA--AAAGATA
** ** * * * * *
7947 TCCATTGATAAGAAAAGTTTATTTATAATCACTCATACCTTCGAAAACCTTATTACTTGCTTTAA
64 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * *
8012 ATGGCTTTATAATCTAATATTTGATTTT-GGTTGAGTTTTTT
129 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * ** *
8053 T-TATTTTTTTATTTAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTCAAGAAATTTGAACAAAAGGATA
1 TATA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA-GATA
** * * * * * *
8117 TTAATTAGCAAGAAAAGCCCATATATAGTCACCCATGCCGTCGAACGCCTTATTACTCGCGTTAA
64 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
*
8182 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTT
129 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* *
8224 TATATTTTTTATTAAGACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAGAAAGATAT
1 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGA-AAAGATAT
* * *
8289 CTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
65 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * *
8354 TGGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTGAGCTCG-ATTTTTT
130 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTT
* * * ***
8395 CACA-TTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGTGAAACATGAAGAAAA-ATATA
1 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGATAT-
* * ** * *
8457 CTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATGCCTTTAAAAGCATTATTAGTCGCTTTAA
65 C-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * *
8522 ATAGG-TTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTT
129 AT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
** * * * * * *
8564 TACCTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACTTCGAGAAA-AGTGATGAAAAGGTAT
1 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACA-TGAAGAAAAGATAT
* ** * *
8628 CCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATACCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAA
65 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * *
8693 TGGTTTTATAATCTAATAATAGATTTTTAA-TTAAATTTTTT
130 TGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
8734 TATATTTTTTATTAAGATAGATTAGAATTTAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAACTATAT
1 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA-GATAT
* * * * * * * * *
8799 GCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATGCCTTCGATAG-CTCTCTTAATCACTTTAT
65 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAA
*
8863 ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTT
129 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * *
8904 TATA-TTTTTATTAAAGCATATTATAATTGAATGTCTACATAAAGAAACATGAAGAAAAAGACAT
1 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAGATAT
* * * *
8968 CCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACATTC-AGAAGCCTTATTACTCGCTTTA
65 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTA
9031 TAAACTCATA
Statistics
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168 6 0.01
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172 9 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGATATC
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
Found at i:9955 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9662--11451 Score: 1741
Period size: 171 Copynumber: 10.5 Consensus size: 171
9652 ATATTTTTGG
* * * *
9662 AATCTCGTAATTGATTTTAACTTGAATTTTTGTAC-TTTTTTA--AAAACAGATAATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * * * * * * * * *
9724 GTCTGCCTTGAAAAACATGAAGTAGAAGACATCCACTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAGCC
66 GTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCC
*
9789 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATGATTTTAT
131 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
* * * * *
9830 AATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTCAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * *
9895 GTCTATCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATAGGCAAGAAAAGTCCGTCTATAGTCACCC
66 GTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCC
** *
9960 ATAACTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
131 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
* * *
10001 AA-CGTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
1 AATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * *
10065 TATATACCTCG-GCAAATATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAATAA-TCCATTTATAGTCA
65 TGTCTACCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAA-AAGTCCATCTATAGTCA
* * * ** * *
10128 ACAACGCCTTCAAAAGTGTTTTTACTCGCTTTAAATGTTTTTAT
128 CCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
* * * *
10172 AATCTCATAATTGACTTTAAGTAGAATTTTTTTACCTTTTTTATTAAAAC-GAATTAAAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAG-ATTATAATTGAA
* * * * * * *
10236 TGCCTTCCTCGAGAAACGTCAAGAAAAAGATATTTATTGGCAAGAAAAAGTCTA-CTTATAGTTA
65 TGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATC-TATAGTCA
* * * *
10300 CCCATGTCTTTAAAAGCCTAATTACTGGCTTTAAAT-AGTTTTAT
128 CCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTAT
* * * **
10344 AATCTCATAAATGATTTCAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTAGGTAAAACAGAAAATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAA
* ** * * * * *
10407 TGTTTGTCTAGACAAATATGAAGAAAAAG-TCATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCAC
65 TGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCAC
* ** * * * *
10471 CCATGCATTTGAAAGCCTTATTGCTTGGTTTAAAAGATTTTAT
129 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
* * * *
10514 AATCTCATAATTTATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * *
10579 TATTTACCTCGAGAAACGTGAAGATAAAGATA-TCAATTGCCAAGAAAAGTCCAT-TAATACTCA
65 TGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATCT-ATAGTCA
* * * * *
10642 CCTATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTGT
128 CCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
* * * * * *
10686 AATCTAATAATTGGTTCTAAGGTGAATTATTTTACATTTTTTAGTAAAACAGATTATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * * * *
10751 GTCTACATGGAGAAACTTGAAGAAAAATATATTCATTGGTAAGAAAAGTCTA-CTTATAGTTACC
66 GTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATC-TATAGTCACC
* * *
10815 CATGTCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
130 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
* * * **
10857 AATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGA-TAAAACAAAAAATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TATTAAAACAGATTATAATTGAA
* ** * * ** * *
10921 TGTTTGTCTTGACAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACC
65 TGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACC
* *** * * *
10986 CATGCATTTGCAAGCCTTATTACTTGGTTTAAATAATTTTAT
130 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
* * *
11028 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGATATTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* ** * *
11092 TGTCTACCTCGAGTAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAGGAAAAGTCCAT-TGATAGTCAC
65 TGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCT-ATAGTCAC
** * * *
11156 GTATGCAC-TCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGATTTTAC
129 CCATGC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
* * * * *
11199 AACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTATTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* ** *
11264 TGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGTCAAGAAAAGTCCA-CTTATAGTCAC
65 TGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATC-TATAGTCAC
* * * *
11328 CCATGCCTTCGAAATCCTTGTTACTCACTTTAAATG-TTTTCAT
129 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT-AT
* * * *** * * *
11371 AATCTCATAATGGATTTTAAGTTAAATTTTTTGACATTTTTGGCTAAAATAGATAATAATTAAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
*
11436 GTCTACCTCGATAAAC
66 GTCTACCTCGAGAAAC
11452 GTGANNNNNN
Statistics
Matches: 1314, Mismatches: 269, Indels: 75
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 29 0.02
169 7 0.01
170 83 0.06
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172 336 0.26
173 8 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
GTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCC
ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
Found at i:10698 original size:514 final size:509
Alignment explanation
Indices: 9662--11437 Score: 2002
Period size: 514 Copynumber: 3.5 Consensus size: 509
9652 ATATTTTTGG
* * * * *
9662 AATCTCGTAATTGATTTTAACTTGAATTTTTGTAC-TTTTTTA--AAAACAGATAATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGACTTTAA-GTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * * * * * * * * * *
9724 GTCTGCCTTGAAAAACATGAAGTAGAAGACATCCACTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAGCC
65 GTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCC
* *
9789 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTA
130 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTA
* * * ** * * * * * *
9854 AATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTCAATGTCTATCTCGAGAAACGTGAAGA
194 AATTTTTTTACA-TTTTTAGGTAAAACAGAAAATAATTGAATGTTTGTCTAGACAAACATGAAGA
* * * * * * *
9918 AAAAGAT-ATCCATAGGCAAGAAAAGTCCGTCTATAGTCACCCAT-AACTTTAAAAGCCTTATTA
258 AAAAG-TCATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATGCA-TTTGAAAGCCTTATTA
* * * * *
9981 CTCGCTTTAAATGATTTTATAA-CGTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTAT
321 CTTGGTTTAAAAGATTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
*
10045 TAAAACAGATTATAATTGAATATATACCTCG-GCAAATATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAG
385 TAAAACAGATTATAATTGAATATATACCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAGATA-TCATT-GCAAG
* * * * * ** * *
10109 AATAA-TCCATTTATAGTCAACAACGCCTTCAAAAGTGTTTTTACTCGCTTTAAATGTTTTTAT
447 AA-AAGTCCATTAATAGTCACCTATGCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
* *
10172 AATCTCATAATTGACTTTAAGTAGAATTTTTTTACCTTTTTTATTAAAAC-GAATTAAAATTGAA
1 AATCTCATAATTGACTTTAAGT-GAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAG-ATTATAATTGAA
* * * * * *
10236 TGCCTTCCTCGAGAAACGTCAAGAAAAAGATATTTATTGGCAAGAAAAAGTCTACTTATAGTTAC
64 TGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCACTTATAGTCAC
* * * * *
10301 CCATGTCTTTAAAAGCCTAATTACTGGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATGATTTCAAGT
128 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGT
* *
10366 TGAA-TTTTTTACATTTTTAGGTAAAACAGAAAATAATTGAATGTTTGTCTAGACAAATATGAAG
192 TAAATTTTTTTACATTTTTAGGTAAAACAGAAAATAATTGAATGTTTGTCTAGACAAACATGAAG
*
10430 AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATGCATTTGAAAGCCTTATTGC
257 AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATGCATTTGAAAGCCTTATTAC
* *
10495 TTGGTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTTATT
322 TTGGTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTTATT
* * * *
10560 AAAACATATTATAATTGAATATTTACCTCGAGAAACGTGAAGATAAAGATATCAATTGCCAAGAA
386 AAAACAGATTATAATTGAATATATACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATC-ATTG-CAAGAA
* * * * *
10625 AAGTCCATTAATACTCACCTATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTGT
449 AAGTCCATTAATAGTCACCTATGCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
* * * *
10686 AATCTAATAATTG-GTTCTAAGGTGAATTATTTTACATTTTTTAGTAAAACAGATTATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGACTT-TAA-GTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * *
10750 TGTCTACATGGAGAAACTTGAAGAAAAATATATTCATTGGTAAGAAAAGTCTACTTATAGTTACC
64 TGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACC
* *
10815 CATGTCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTT
129 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTT
* * * * *
10880 GAATTTTTTTACATTTTTCGATAAAACAAAAAATAATTGAATGTTTGTCTTGACAAACATGAAGA
193 AAATTTTTTTACATTTTTAGGTAAAACAGAAAATAATTGAATGTTTGTCTAGACAAACATGAAGA
* *
10945 AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATGCATTTGCAAGCCTTATTACT
258 AAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATGCATTTGAAAGCCTTATTACT
*
11010 TGGTTTAAATA-ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGATATTTTTATATTTTTTATT
323 TGGTTTAAA-AGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTTATT
* * * * *
11073 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGTAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGACAGGA
386 AAAACAGATTATAATTGAATATATACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAG--ATATCATTG-CAAGA
* * * * * *
11137 AAAGTCCATTGATAGTCACGTATGCACTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGATTTTAC
448 AAAGTCCATTAATAGTCACCTATGCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
* * * * * *
11199 AACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTATTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAA
1 AATCTCATAATTGACTTTAAG-TGAATTTTTTTACA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * *
11264 TGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGTCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACC
64 TGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACC
* * * *
11329 CATGCCTTCGAAATCCTTGTTACTCACTTTAAATGTTTTCATAATCTCAT-AATGGATTTTAAGT
129 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTT-ATAATCTCATAAAT-GATTTTAAGT
* * * *
11393 TAAATTTTTTGACATTTTT-GGCTAAAATAGATAATAATTAAATGT
192 TAAATTTTTTTACATTTTTAGG-TAAAACAGAAAATAATTGAATGT
11438 CTACCTCGAT
Statistics
Matches: 1079, Mismatches: 157, Indels: 56
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
509 1 0.00
510 29 0.03
511 7 0.01
512 9 0.01
513 420 0.39
514 605 0.56
515 8 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (509 bp):
AATCTCATAATTGACTTTAAGTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG
TCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCA
TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAA
TTTTTTTACATTTTTAGGTAAAACAGAAAATAATTGAATGTTTGTCTAGACAAACATGAAGAAAA
AGTCATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATGCATTTGAAAGCCTTATTACTTGG
TTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAC
AGATTATAATTGAATATATACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCATTGCAAGAAAAGTCCA
TTAATAGTCACCTATGCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
Found at i:12095 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 11557--12981 Score: 1195
Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 169
11547 NNNNNNNNNA
* * * * * * * *
11557 GCATAGGTGAGTATCAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTCTGTTCATAT-TTCTCGATG
1 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTT--TATGTT-TCAAGG
* * *
11621 CAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
63 CAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATAT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
11686 TGAGATTATAAAACCATTTAAATCGAGTAATGAGGCTTTCGAGT
126 TGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAT
* * * ** * *
11730 GCATGGGTTACTATAAATGGGCTTTTCCTATCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTTCAAGAC
1 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTTATG-TTTCAAGGC
* * * * *
11794 AAACATTCAATTATTATCTATTTT-ACCTAAAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATCACTTACG
64 AAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * *
11858 AGATTCTAAAAATATTTTAAGACCA--AACT-AGGCTTTTGAAG
128 AGATTATAAAAACATTTAAAG-CGAGTAA-TAAGGCTTTCGAAT
* * ** * *
11899 GCATGAGTGATTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTAGGTTTTCCTAGG
1 GCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTATG-TTT-CAAGG
* * * * * * * **
11963 CAAACATTCAGTTTTTATTTATTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAA-TCAGCTTGCAATCAATTAT
63 CAAACATTCAATTATTATCT-GTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
** * * * *
12027 GAGATTATAAAATTATTTAAAGCAAGTAACAAAGCTTTCAAAT
127 GAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAT
* * * * * *
12070 GCATGGGTGACAATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAAT-T-TTTTATATTTATGTTTCTCAGGG
1 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTT-TCTTTATGTTTC-AAGGC
* * * *
12133 AAGACATTTAATTATTATCTGTTTCAATCAAAAATGTAAAAAAATGCAACTTAAAATCAATTATG
64 AA-ACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
12198 AAATTATAAAAACATTTAAGGTGAGTAATAGGGCTTTCGAAG
128 AGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAT
** * * * * *
12240 GTGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGT
1 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTATG-TT-TCAAGGC
* * * * * *
12305 AGACATTCAATTATAATATTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGA
64 AAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* ** ** *
12370 GTTTATAAAAATGTTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAT
129 GATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAT
* * * *
12411 GCATGGATGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTCTCTTTATGTCTCTCAAGGC
1 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTATGT-T-TCAAGGC
* *
12476 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA--AAATATATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
64 AAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAA-A-ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * *
12539 AAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCAAAT
127 GAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAT
* * * *
12582 GCATAGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGACAATGAATGA-CTTTTTATTCTTAT-TTGTCAAG
1 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTTT-CT-TTATGTT-TCAAG
* * * ** * *
12645 ACAAACATTCAATTATTTTTTGTTTTACCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTAT
62 GCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * ** *
12710 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAG
127 GAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAT
* * * * * * * * *
12753 GCATGGGTAACTATAAGTAGACTTTTCTCGTCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGT
1 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTATG-TT-TCAAGGC
* * * * * * * * * *
12818 AAACATTTAATTATAATTTATTCTAATAAAAAATATAAAATAATTCAATTTAGAACCAATTATGA
64 AAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
12883 GATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAA
129 GATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAT
** * * * * * *
12924 GCACAGGTGAGTATCAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTCTCTTCATGTTTC
1 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTATGTTTC
12982 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1008, Mismatches: 210, Indels: 72
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 98 0.10
170 203 0.20
171 607 0.60
172 50 0.05
173 48 0.05
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTATGTTTCAAGGCAA
ACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAT
Found at i:12593 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 11557--12981 Score: 1329
Period size: 342 Copynumber: 4.2 Consensus size: 341
11547 NNNNNNNNNA
* * * * * *
11557 GCATAGGTGAGTATCAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTCTGTTCATATTTCTCGATGC
1 GCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGC
* *
11622 AAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
66 AAACATTCAATTATAATTTTTTTTAATAAAAAATAT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * *
11687 GAGATTATAAAACCATTTAAATCGAGTAATGAGGCTTTCGAGTGCATGGGTTACTATAAATGGGC
129 GAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAATGCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * *
11752 TTTTCCTATCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGACAAACATTCAATTATTATCTAT
194 TTTTCTTACCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTAT
* * * ** * *
11815 TTTACCTAAAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATCACTTACGAGATTCTAAAAATATTTTAAGA
258 TTTA-ATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACA-TTTAA-A
**
11880 CC-A--AACT-AGGCTTTTGAAG
320 CCGAGTAA-TAAGGCTTTCAAAG
* * ** * * *
11899 GCAT-GAGTGATTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTAGGTTT-TCCTA
1 GCATAG-GTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCT-CGA
* * * * * * **
11961 GGCAAACATTCAGTTTTTATTTATTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAA-TCAGCTTGCAATCAATT
63 GGCAAACATTCAATTATAATTT-TTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
** * * * *
12025 ATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCAAGTAACAAAGCTTTCAAATGCATGGGTGACAATAAATGG
127 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAATGCATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * *
12090 GCTTTTCTTACCAATGAAT-T-TTTTATATTTATGTTTCTC-AGGGAAGACATTTAATTATTATC
192 ACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTT-TCTTCATGTTTCTCAAGGCAA-ACATTCAATTATAATC
* * * *
12152 TGTTTCAATCAAAAATGTAAAAAAATGCAACTTAAAATCAATTATGAA-ATTATAAAAACATTTA
255 TATTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-AAGATTATAAAAACATTTA
*** * *
12216 AGGTGAGTAATAGGGCTTTCGAAG
318 AACCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
** * * *
12240 GTGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGT
1 GCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGC
* * *
12305 AGACATTCAATTATAATATTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGA
66 AAACATTCAATTATAATTTTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* *** ** ** * *
12370 GTTTATAAAAATGTTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAATGCATGGATGGCTATAAATGGACTT
131 GATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAATGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * *
12435 TTCTTGCCAATGGATATCTTTCTCTTTATGTCTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
196 TTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTT
*
12500 AA-AAATATATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAACCGA
261 AATAAA-A-ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAACCGA
*
12564 GTAATAAGGCTTTCAAAT
324 GTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * * * * * * *
12582 GCATAGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGACAATGAATGA-CTTTTTATTCTTATTTGTCAAGA
1 GCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGG
* *** * *
12646 CAAACATTCAATTAT-TTTTTGTTTTACCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTAT
65 CAAACATTCAATTATAATTTT-TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * *
12710 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAGTAGAC
129 GAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAATGCATGGGTGACTATAAATGGAC
*** * * * * *
12775 TTTTCTCGTCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTTAATTATAATTTATT
194 TTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATT
* * * * * * * * *
12840 CTAATAAAAAATATAAAATAATTCAATTTAGAACCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCG
259 TTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAACCG
12905 AGTAATAAGGCTTTCGAAA-
323 AGTAATAAGGCTTTC-AAAG
* * * * *
12924 GCACAGGTGAGTATCAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTCTCTTCATGTTTC
1 GCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTC
12982 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 872, Mismatches: 181, Indels: 60
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 4 0.00
339 20 0.02
340 175 0.20
341 171 0.20
342 471 0.54
343 28 0.03
344 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
GCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGC
AAACATTCAATTATAATTTTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAATGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
TTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTT
AATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAACCGAGT
AATAAGGCTTTCAAAG
Found at i:12817 original size:513 final size:506
Alignment explanation
Indices: 11622--12979 Score: 1364
Period size: 513 Copynumber: 2.7 Consensus size: 506
11612 TTCTCGATGC
* * * ** *
11622 AAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
1 AAACATTCAATTATTATCTGTTTCAACCAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * ** * *
11687 GAGATTATAAAACCATTTAAATCGAGTAATGAGGC-TTTCGAGTGCATGGGTTACTATAAATGGG
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAG-GCATGGGTAACTATAAATGGA
* * ** *
11751 CTTTTC-CTATCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGACAAACATTCAATTATTATCT
128 CTTTTCTC-GTCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAAT-T
* * * * * * *
11813 ATTTTACCT-AAAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATCACTTACGAGATTCTAAAAATATTT-T
190 TTTTTA-ATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAA
** * * *
11876 AAGACCAA-ACTAGGCTTTTGAAGGCAT-GAGTGATTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAAT
253 AAGAGTAATA--AGGCTTTTGAAAGCATGGA-TG-GTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGGAT
** * * * * * * * * * *
11938 GGCTTTTTCTTTAGGTTTTCCTAGGCAAACATTCAGTTTTTATTTATTTTTAATTAAAAATGTAA
313 ATCTTTCTCTTTATGTTCTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTAGTTTTAA-TAAAAATATAA
* ** * ** *
12003 AAAAATCAGCTTGCAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCAAGTAACAAAGCTTTCAA
377 AAAAATCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAACCAAGTAACAAAGCTTTCAA
* * * *
12068 ATGCATGGGTGACAATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATTTTTTATATTTATGTTTCTCAGGG
442 ATGCATAGGTGACAATAAATGGACCTTTCTTACCAATGAATTTTTTATATTTA-GTTTCTCAGAG
12133 A
506 A
* * * *
12134 AGACATTTAATTATTATCTGTTTCAATCAAAAATGTAAAAAAATGCAACTTAAAATCAATTATGA
1 AAACATTCAATTATTATCTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * ** ** *
12199 AATTATAAAAACATTTAAGGTGAGTAATAGGGCTTTCGAAGGTGTGGGTGACTATAAATGGACTT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTT
* * * * *
12264 TTCTTGCCAATGGATATTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATTTTTT
131 TTCTCGTCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAAT-TTTTTT
* *
12329 AATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGTTTATAAAAATGTTTAAAATGAG
195 AATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAA-GAG
*
12394 TAATAAGGCTTTTGAATGCATGGATGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTCTC
258 TAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGATGG-TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTCTC
*
12459 TTTATG-TCTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCT-GTTTTAA-AAATATATATAAAAAAATT
322 TTTATGTTCTC-CAAGGCAAACATTCAATTATAATCTAGTTTTAATAAA-A-ATATAAAAAAA-T
* * *
12521 CAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCAAATGCAT
383 CAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAACCAAGTAACAAAGCTTTCAAATGCAT
* *
12586 AGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGA-CAATGAATGACTTTTTAT-TCTTA-TTTGTCA-AGA
448 AGGTGACAATAAATGGACCTTTCTT-ACCAATGAAT---TTTTTATAT-TTAGTTTCTCAGAGA
* * * * *
12646 CAAACATTCAATTATTTTTTGTTTTACCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATG
1 -AAACATTCAATTATTATCTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * *
12711 AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAGTAGACT
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACT
* * *
12776 TTTCTCGTCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTTAATTATAATTTATTC
130 TTTCTCGTCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATTT-TTT
* * * * ** *
12841 TAATAAAAAATATAAAATAATTCAATTTAGAACCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGA
194 TAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA-AATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAA-AGA
* * * *
12906 GTAATAAGGCTTTCGAAAGCACAGG-TGAGTATCAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTC
257 GTAATAAGGCTTTTGAAAGCA-TGGATG-GTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTC
*
12970 TCTTCATGTT
320 TCTTTATGTT
12980 TCNNNNNNNN
Statistics
Matches: 697, Mismatches: 121, Indels: 54
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
509 4 0.01
510 104 0.15
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512 191 0.27
513 287 0.41
514 8 0.01
515 10 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (506 bp):
AAACATTCAATTATTATCTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTT
TTCTCGTCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATTTTTTTA
ATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAAGAGTAA
TAAGGCTTTTGAAAGCATGGATGGTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTCTCTTTA
TGTTCTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTAGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATCAACTTAA
AATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAACCAAGTAACAAAGCTTTCAAATGCATAGGTGACA
ATAAATGGACCTTTCTTACCAATGAATTTTTTATATTTAGTTTCTCAGAGA
Found at i:13696 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 13393--14204 Score: 762
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 168
13383 NNGAGAAAAG
* * * *
13393 CATTCAATTATAATCT-TATTTAGTAAAAAATATAAACAAATTCAA-TTCAGAACCAATTATGAG
1 CATTCAATTATAATCTGT-TTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-A-AATCAATTATGAG
* * * * * *
13456 ATTATAAAACCATTTATAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCGTAGGTGAGTATCAATGGACTTT
63 ATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TT
* *
13521 TCTTGCCAATGGATATCTTTCTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA
126 TCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA
* * *
13564 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAATTTCAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGAT
* * * *
13629 TATAAAATCGTTTAAACCAAGTAATAAGG-TTTTGAAATGCATGAGTGACTATAAATGGATCTTT
65 TATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTT
** * * ** *
13693 CTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTATCGAGACAAA
127 CTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA
* ** * *** * *
13734 CATTCAGTTATTTTCTATTTTACCCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
13799 TATAATACTATTTAAAGTGAGTAATAA-GATTTTTAAAGGCATGGGTAACTATCAGTAGG-CTTT
65 TATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GCATGGGTGACTATAAAT-GGAC--T
* * * *
13862 TTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTGATGTTTCCCAAGGAAGA
125 TTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA
* * * *
13906 CATTCAATTTTAATCTGTTTTGACAAAAAATGTAAAAAAATTTC-ACTTAAAGTTAATTATGAGA
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAA-TCAATTATGAGA
* * * * *
13970 TTATAAAAATATTTAAAACGAGTAATAAGGTTTTTG-AAGGAGTGGGTGACCATAAATGGACTAT
64 TTAT-AAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCA-TGGGTGACTATAAATGGACT-T
* *
14034 TCTTGCCAATAAATATCTTTTTCTTCATGTTTAC-CGAGGTAGA
126 TCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGTAGA
* *
14077 CATTAAATTATAATCTGTGTTAAT-AAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTACAATCAATTATGAGA
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTA-AATCAATTATGAGA
** * * *
14141 TTATAAAACTATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTT
64 TTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
14205 TATAAAAACA
Statistics
Matches: 517, Mismatches: 101, Indels: 47
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 138 0.27
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172 109 0.21
173 11 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTCTTG
CCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA
Found at i:14233 original size:98 final size:98
Alignment explanation
Indices: 14110--14303 Score: 262
Period size: 98 Copynumber: 2.0 Consensus size: 98
14100 TAAAAATGTA
* **
14110 AAAAAAATTCAACTTACAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAACTATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTT
* * * *
14175 CGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTAT
66 CGAAGACATGGGTGACTACAAATAGACTTTTAT
* * * * * **
14208 AAAAACATTTAACTTAAAATTAATTACAAGGTTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAACTATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTT
14273 CGAAGACATGGGTGACTACAAATAGACTTTT
66 CGAAGACATGGGTGACTACAAATAGACTTTT
14304 CTTGCCAATG
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 14, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
98 82 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.15, T:0.31
Consensus pattern (98 bp):
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAACTATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTT
CGAAGACATGGGTGACTACAAATAGACTTTTAT
Found at i:14382 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 14368--14394 Score: 54
Period size: 9 Copynumber: 3.0 Consensus size: 9
14358 ATCTGTTTTA
14368 ATAAAAAAT
1 ATAAAAAAT
14377 ATAAAAAAT
1 ATAAAAAAT
14386 ATAAAAAAT
1 ATAAAAAAT
14395 TTAGCTTAAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
9 18 1.00
ACGTcount: A:0.78, C:0.00, G:0.00, T:0.22
Consensus pattern (9 bp):
ATAAAAAAT
Found at i:14526 original size:178 final size:180
Alignment explanation
Indices: 14205--14646 Score: 548
Period size: 178 Copynumber: 2.5 Consensus size: 180
14195 AATGGACTTT
* * * * * * *
14205 TATAAAAACATTTAACTTAAAATTAATTACAAGGTTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
1 TATAAAAACATTTAACTTAAAATGAATTACAAGATTACAAAATCATTAAAAGCGAGTAATAAGAC
* *
14270 TTTCGAAGACATGGGTGACTACAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTATGTTT
66 TTTCGAAGACATGGGTGACTACAAATAGACTATTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTT
* *
14335 CTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA
131 CTCGAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA
* ** *
14385 TATAAAAA-ATTTAGCTTAAAATGAATTAGGAGATTACAAAATCGTTAAAAGCGAGTAATAAGAC
1 TATAAAAACATTTAACTTAAAATGAATTACAAGATTACAAAATCATTAAAAGCGAGTAATAAGAC
* * * *
14449 TTTCGAAGGCATGGGTGACTA-TAATGGACTATTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTT
66 TTTCGAAGACATGGGTGACTACAAATAGACTATTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTT
14513 CTCGAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-----A
131 CTCGAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA
* * * * *
14558 -A-AAAAAC--TTAACTTAAAATCAATTATAAGGTTATC-AAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
1 TATAAAAACATTTAACTTAAAATGAATTACAAGATTA-CAAAATCATTAAAAGCGAGTAATAAGA
* * *
14618 CTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATAG
65 CTTTCGAAGACATGGGTGACTACAAATAG
14647 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 229, Mismatches: 30, Indels: 15
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 64 0.28
171 10 0.04
172 1 0.00
173 1 0.00
178 80 0.35
179 65 0.28
180 8 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (180 bp):
TATAAAAACATTTAACTTAAAATGAATTACAAGATTACAAAATCATTAAAAGCGAGTAATAAGAC
TTTCGAAGACATGGGTGACTACAAATAGACTATTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTT
CTCGAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA
Found at i:14605 original size:447 final size:441
Alignment explanation
Indices: 13798--14644 Score: 1098
Period size: 447 Copynumber: 1.9 Consensus size: 441
13788 ATTTATGAGA
* * * * * *
13798 TTATAATACTATTTAAAGTGAGTAATAAGATTTTTAAAGGCATGGGTAACTATCAGTAGGCTTTT
1 TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCAAAGACATGGGTAACTATCAATAGACTTTT
* *
13863 TCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTGATGTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTTTAATCTGTTTTG
66 TCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTGATGTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * *
13928 ACAAAAAATGTAAAAAAATTTCACTTAAAGTTAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAACGAGT
131 ACAAAAAATATAAAAAAATTTCACTTAAAATGAATTAGGAGATTATAAAAATAGTTAAAACGAGT
** *
13993 AATAAGGTTTTTGAAGGAGTGGGTGACCATAAATGGACTATTCTTGCCAATAAATATCTTTTTCT
196 AATAAGACTTTCGAAGGAGTGGGTGACCATAAATGGACTATTCTTGCCAATAAATATCTTTTTCT
* *
14058 TCATGTTTACCGAGGTAGACATTAAATTATAATCTGTGTTAATAAAAATGTAAAAAAAATTCAAC
261 TCATGTTTACCGAGATAGACATTAAATTATAATCTGTGTTAATAAAAATATAAAAAAAATTCAAC
* * *
14123 TTACAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGT
326 TTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGT
*
14188 GGCTATAAATGGACTTTTATAAAAACATTTAACTTAAAATTAATTACAAGG
391 GACTATAAATGGACTTTTATAAAAACATTTAACTTAAAATTAATTACAAGG
* * * *
14239 TTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTA-CAAATAGAC-TT
1 TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCAAAGACATGGGTAACTATC-AATAGACTTT
* * *** *
14302 TTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
65 TTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTGATGTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * *
14367 AATAAAAAATATAAAAAATATAAAAAATTTAGCTTAAAATGAATTAGGAGATTA-CAAAATCGTT
130 AACAAAAAATATAAAAAA-AT------TTCA-CTTAAAATGAATTAGGAGATTATAAAAATAGTT
* **
14431 AAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCA-TGGGTGACTAT-AATGGACTATTCTTGCCAATGGA
187 AAAA-CGAGTAATAAGACTTTCGAAGG-AGTGGGTGACCATAAATGGACTATTCTTGCCAATAAA
* *
14494 TATCTTTTTCTTCATGTTT-CTCGAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATA
250 TATCTTTTTCTTCATGTTTAC-CGAGATAGACATTAAATTATAATCTGTGTTAAT-AAAAATATA
* * * **
14558 AAAAAACTT-AACTTAAAATCAATTATAAGGTTATCAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
313 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACT-ATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTT
14621 TCGAAGGCATAGGTGACTATAAAT
377 TCGAAGGCATAGGTGACTATAAAT
14645 AGNNNNNNNN
Statistics
Matches: 346, Mismatches: 46, Indels: 22
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
440 76 0.22
441 51 0.15
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448 64 0.18
449 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (441 bp):
TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCAAAGACATGGGTAACTATCAATAGACTTTT
TCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTGATGTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
ACAAAAAATATAAAAAAATTTCACTTAAAATGAATTAGGAGATTATAAAAATAGTTAAAACGAGT
AATAAGACTTTCGAAGGAGTGGGTGACCATAAATGGACTATTCTTGCCAATAAATATCTTTTTCT
TCATGTTTACCGAGATAGACATTAAATTATAATCTGTGTTAATAAAAATATAAAAAAAATTCAAC
TTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGT
GACTATAAATGGACTTTTATAAAAACATTTAACTTAAAATTAATTACAAGG
Found at i:17780 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 16886--20630 Score: 3335
Period size: 171 Copynumber: 22.0 Consensus size: 171
16876 NNNCTGGTAT
* * * * *
16886 GAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCCCTCGAAAGCCTTATTAATCGCTTTAAATGATTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATA
* * * ********** * *
16951 ATATTATAATTAATTTTAAGTTGNNNNNNNNNNTATTTTTTATTAAAGCAAATTATAATTGAATG
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG
** ** *
17016 TTTGA-CTCAAGAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTGGGAA
131 TTT-ACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
* * * ****************
17057 GAAAAGTTCATTTATAGTCA-CTCATGTCTTCGTAAGCCTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTAT
* * * *
17121 AATCTTATAATTTATTTTGAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAA
*** * * * * **
17185 TGTTTGTATCGAGAAACATGAACAGAAAGATATCCATTGGCNN
129 TGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
******** * * * * *
17228 NNNNNNNNCATTGATACTCACCTATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTCTA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATA
* * * *
17293 ATGTCACAATTTG-TTCTAAGTT-AATTGTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAA
66 ATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * *
17356 TGTTGACCATGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCTTTGGCAA
129 TGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
* * * *
17399 AAAAAGTCCCATTT-TAGTCA-CTCATGGCTTCGAAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAATGATTTTT
1 GAAAAGT-CCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTT
* * * *
17462 TTAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
63 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
* ** * * *
17527 ATGTTTGCCTCAAAAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
128 ATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
* * * *
17571 GAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGTTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATA
* * *
17636 ACCTCATAATTGATTTGAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * *
17701 TTTATCTTGAGAAACGT-AAGAAAAAGATATCCATTGGTAT
131 TTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
* * * **
17741 GAAAAGTCCATTGATAGTCACCTATGCCTTCGGAAGCCTTATTAATCGCTTTAAATAATTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATA
* * * *
17806 ATATTATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAACTGAATG
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG
* ** * *
17871 TCTGA-CTCAAGAAATGTGAAGAAAAATATATCCATTGGCAA
131 T-TTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
* * * *
17912 GAAAAGTTCATTTATAGTCA-CTCATGCCTTCGTAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTAT
* * * * *
17976 AATCTTATAATTTATTTTGAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATAGA-TAGTAATTGA
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTA-TAATTGA
* * * *
18039 ATGTCTA-CTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAA
128 ATGTTTACCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
* * *
18083 GAAAAGTCTACTTATAGTCATCC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATAG-TTTTA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTTA
* * *** * *
18146 TAATCTCATAAATGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTGGGTACAACAGATAATAATTGAA
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
** * * * *
18211 TGTTTTTCTTG-CAAACATGAAGAAAAAGCCA-AT-CATTGACAG
129 TGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG--ATATCCATTGGCAA
* * * * *
18253 GAAAAGCCCATTTATAGTAACCTATGCAC-TCGAAAGCTTTATTACTCGGTTTAAATGATTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGC-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTAT
* * * *
18317 AACCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAAATGAAT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * *
18382 GTCTACCATGAAAAACGTGAAGAAAAA-ATATCCATTGGCAA
130 GTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
* * * * *
18423 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTGCT-GACTTTAAATGTTTTCAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATGTTTTTAT
* * * *** *
18487 AATCTCATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTGATATTTTTGGCTAAAACAGATAATAATTGAAT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * * *
18552 GTCTACCATGGGTAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
130 GTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
* * * * **
18594 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGGCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATGATTGGATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATA
* *
18659 ACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATGTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * ** *
18724 TCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCTATAAGAAA
131 TTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
* * * * * *
18765 GAATAGTCCA-TTATAGTCACCCT-TACCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTTAATGATTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTAT
* * **
18828 AATCTCCTATTTGATTTTAAGTT-AAAATTTTTATA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * *
18891 GTCTGCCTTGAGAAACATAAATG-AAAAGATATTCATTGGCAA
130 GTTTACCTTGAGAAACGTGAA-GAAAAAGATATCCATTGGCAA
* * * ** * * * *
18933 GAAAAGCCCATTTATAGTCGCCCATGTTTTTGAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATA
* * * * * * * * *
18998 GTCCCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTCTTT-TATTTTTAATTAAAATAAATAATAACTGAATG
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * *
19062 TTT-GCTT-AGGAAAAC-TTACATAAAAAGCA-ATTCATTAGCAA
131 TTTACCTTGA-G-AAACGTGA-AGAAAAAG-ATATCCATTGGCAA
* * * * * *
19103 GAAAAGTCCATTTATAATCA-TTCATGCCTTCAAAAGCC-TAGTT--TGGTCCTAAAATGTTTTT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTA-TTACTCG-CTTTAAATGTTTTT
* ** * ** *
19164 AGAATCTTGTAATTGATTTTAACTTGAA--TTTTTATACATTTT-TTAAAACAGATAATAATTGA
63 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
** * * *
19226 ATGTTTGTCTT-AGGAAACGTGAAGTAAAAGACATCCATTAGCAA
128 ATGTTTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
* * * *
19270 GAAAAAGTCTATTTATAGTCAGCC-ATGACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATGATTTTA
1 G-AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTA
* * * * * *
19334 TAATCTCAGAATTGATTTTAATTTTAATTTTTTCATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAA
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
19399 TGTTTACCTTGAGAAACGTGAAG-AAAAGATATCCATTGGCAA
129 TGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
* * * * * *
19441 GAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATA
* *
19506 ACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * *
19571 TCTACCTTG-GCAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAA
131 TTTACCTTGAG-AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
* * * * ** * *
19612 GAATAGTCCGTTCATATTCGACC-ATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAATTGTTTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTAT
* * * * * *
19676 AATCTCATAATTAACTTTAAGTAGAA-TTTTTTATATTTTTTACTAAAACAAATTAAAATTGAAT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * *
19740 GCCTT-CCTCGGGAAACGTCAAGAAAAAGATATTCATTGGCAA
130 G-TTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
* * * * ** *
19782 GAGAAAGTCTACTTATAGTTACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTGTTT-
1 GA-AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTTA
* * * * * *** * **
19846 TACTCTCATAAATAATTCTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGGTAAAAGAGAAAATAATTGAA
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
** * ** *
19911 TGTTTGTCTTG-GCAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
129 TGTTTACCTTGAG-AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
* * * * * **
19954 GAAAGGTCCATTTATAGTCA-CTCATGCATTTGGAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATCATTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTAT
*
20018 AATCTCAGAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
********** * *
20083 TGNNNNNNNNNNGAAACATGAAGAGAAAGATATCCATTGGCAA
129 TGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
* * * * * * * *
20126 GAAAAGTCTATTGATACTCACCTTTTCTTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTGT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTTAT
* * * * * *
20190 AATCTTATAATTGGTTCTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATAATATAATTGAAT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * *
20255 GTTAACCTTGAGAAACGTGAATAAAAAGATATCCATTGACAA
130 GTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
* * * * * *
20297 AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGTCTTATTACTTGATTTAAATGGTTTTT-T
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTTAT
* * * * * *
20361 AATCTAATAATTGGTTTTAAGTTAAACTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAAT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * *
20426 GTTTGCCTTGAAAAACGTAAAGAAAAAGATATCTATTGGTAA
130 GTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
* * * * * *
20468 GAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGACTTATTACTTGCCTTAAATATTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATA
* * * *
20533 ACCTCATAATTGATTTTAA---G------TTTA-ATTTTTTATTAAAATAAATCATAATTGAATG
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG
*
20588 TCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
131 TTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
20629 GA
1 GA
20631 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2885, Mismatches: 603, Indels: 182
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
161 66 0.02
162 4 0.00
166 1 0.00
167 49 0.02
168 116 0.04
169 156 0.05
170 790 0.27
171 1303 0.45
172 391 0.14
173 9 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG
TTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
Found at i:21915 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 21270--23922 Score: 2367
Period size: 171 Copynumber: 15.6 Consensus size: 171
21260 NNNNNNNNNN
* * *
21270 AAAATAGATAATAATTGAATATCTACTTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAA
1 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAA
* * * * * * *
21335 AAGTCTACTTATAGGCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTTCTCGCTTT-AAATGGTTTTATAAC
66 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAT-GTTTTATAAT
* * *
21399 CTCATAAATAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTAGGT
130 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TT
* * * ** * ** ** *
21441 AACACAGATAATAATTGAACGTTTGGCTC-ATAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAGGAA
1 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAA
* * * * * *
21505 AAGCCCATTTATAGCCATCCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTT-AAACGTTTTTATTAA
66 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAATG-TTTTA-TAA
* * * *
21569 -CTCATAATTGACTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTTATT
129 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
* ** * *
21611 AAAAAAGATTGTAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAG--A-TCATTGGCAAGAA
1 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAA
* * * * *
21673 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCCTATTACTCACCTTAAATAT-TTTTCTAAT
66 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-ATGTTTTATAAT
* * *
21737 TTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
130 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * * * * *
21779 GAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAATATAAATAAAAAGATATTCATTGGCAAGAA
1 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAA
* * * *
21844 AAGCCCATTTATAGTGACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATC
66 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAATGTTTTATAATC
* * *
21909 TCATAATTGATTTCAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTAATT
131 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * * * * * **
21950 AAAACAAATAATAATTGAATTTTTTCCTAG-GAAAACCT-ATAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
1 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACATGA-AGAAAAAGATATTCATTGGCAAG
* * ** * * * *
22013 AAAAGTCCACTTATAATCATTCATACCTTCAAAAGCC-TAGTT--T-GGTCCTAAAATATTTATA
64 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA-TTACTCGCT-TTAAAATGTTT-TA
* * * * *
22074 GAATCTCGTAATTGATTTTAACTTGAA--TTTTTGTACTTTTT-TT
126 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
** * * * * * * *
22117 AAAGTATATAATAATTAAATGTCTACCTC-ATGAAACGTGAAGTAAAAGACA-TCTATTAGCAAA
1 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATTC-ATTGGCAAG
* * *
22180 AAAAGTCCATTAATAGTCAGCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCGTT-AAATGATTTTATA
64 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAATG-TTTTATA
*
22244 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATT
128 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * * * * * *
22288 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAAAA
1 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAA
* * * * * * *
22353 AAGTCCGTTTATAGTCACTCATACCTTTAAAAGCCCTATTACTCACTTT-AAATGATTTTATAAC
66 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAATG-TTTTATAAT
* *
22417 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTGTATT
130 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * *
22459 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGTAAACATGAAGAAAAACATATTCATTGGCAAGA
1 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGA
* * * * * *
22523 ATAGTCCATTTATAGTCAACTACGCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATAT-TTTTATAA
65 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-ATGTTTTATAA
* * *
22587 TCTCATAATTGACTTTAAGTAGAATATTTTTATATTTTTTATT
129 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * * * * * *
22630 AAAATAGATTAA-AATTGAATGCCTTCCTCG-GAAAACGTCAAAAAAAAGAAATTCATTGGCAAG
1 AAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAG
* * * * *
22693 AGAAAGTCTACTTATAGTTACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTAT
64 A-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAT-GTTTTAT
* * * ***
22757 AATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGGT
127 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * * *** * **
22802 AAAAGAGAAAATAATTGAATGTTTGTATCGACAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
1 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAA
* * ** ** * *
22867 AGGTCCACTTATAGTCACCCATGTATTTGAAAGCCTTATTACTCGGTTT-AAATGATTTTATAAA
66 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAATG-TTTTATAAT
* *
22931 CTCATAATTGAGTTTAAGTAGAATTTTTTTATATTTTTTATT
130 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
** * * ** * * * *
22973 AAAACAGATTGTAATTGAATG-CTTGCCTCGGGAAATGTGAAGAAAAAAATATTGACTGTCAAGA
1 AAAACAGATAATAATTGAATGTC-TACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGA
* * * ** ** *
23037 AAAGTCTACTCATAG-CTACTTATGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATA
65 AAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAT-GTTTTATA
* * * * * ***
23100 ATCTCATAAATGATTTTAATTTAAAATTTTTGATATTTTTGGGT
128 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * * * * * * *
23144 AAAATAGATAATAGTTGACTGTCTATCTCGACAAACATGAAGAAAAAGACATTCATT-ACTAGAA
1 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAG-A
* * * *
23208 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCGTTCGAAAGCCTTATTTCTCGGTTT-AAATGATTTTATAA
65 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAATG-TTTTATAA
* * *
23272 CCTCATAATTCATTTTGAG--G--TTTTTTT-TATTTTTTATT
129 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * * * ** * * * * *
23310 GACATAAATTTTAATTGAATATCTACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAAGATATCCATAGGTAAGAA
1 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAA
* * * *
23375 AAGTTCATTTATAATCATCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAAT
66 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAT-GTTTTATAAT
* *
23439 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGATA-TTTTTATT
130 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * * * ** * *
23480 AAAATAGAGT-AGAATTGAATGTCTGCCTCGTGAAATGTGGAGAAAAATG-TATTCATTGGGAAG
1 AAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-GATATTCATTGGCAAG
* *** *
23543 AAAAGTCCATTTATAGTTATTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCCTT-AAATGTTTTTATA
64 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAATG-TTTTATA
* * *
23607 ACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTCATATTTTTTCTT
128 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * * * * *
23650 AAAACAGATTATAACTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAATG-TATCCATTAGCAAGAA
1 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAA
* * * *
23714 AAGTCCATTCATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAATTGCTTT-AAATGATTTTATAA-
66 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAATG-TTTTATAAT
*
23777 CATCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATT
130 C-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * * * * * * * * * * *
23820 CAAACAAATTATAATTAAATGTTTGCCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAGTTATCCATTAGTAAGAA
1 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAA
* *
23885 AAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
66 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
23923 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2005, Mismatches: 414, Indels: 126
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 124 0.06
167 88 0.04
168 177 0.09
169 116 0.06
170 418 0.21
171 943 0.47
172 137 0.07
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAATGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
Found at i:22253 original size:509 final size:506
Alignment explanation
Indices: 21270--23922 Score: 2386
Period size: 509 Copynumber: 5.2 Consensus size: 506
21260 NNNNNNNNNN
* * * * *
21270 AAAATAGATAATAATTGAATATCTACTTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAA
1 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* * * * * * *
21335 AAGTCTACTTATAGGCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAACC
66 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAACC
* * * * *
21400 TCATAAATAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGGTAACACAGATAATAATTGAACGTTT
131 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTA-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTTT
* * ** * * * *
21465 GGCTCA--TAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAGGAAAAGCCCATTTATAGCCATCCATG
195 GCCT-AGGTAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATG
* * * * * *
21528 CCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAACGTTTTTAT-TAA-CTCATAATTGACTTTAAGTTAA
259 CCTTCAAAAGCC-TATTA-TCGCCTTAAA--TATTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* **
21591 ATTGTTT-TACATTTTTTATTAAAAAAGATTGTAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAA
320 ATT-TTTATAC--TTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAACGTGAAGAA
* * * * *
21655 AA-AGATC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCCTATTACTCA
381 AAGACATCTATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * *
21718 CCTTAAAT-ATTTTTCTAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
446 CGTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * * * * *
21779 GAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAATATAAATAAAAAGATATTCATTGGCAAGAA
1 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* * * * *
21844 AAGCCCATTTATAGTGACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATC
66 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAACC
* * * *
21909 TCATAATTGATTTCAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAAATAATAATTGAATTTTT
131 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTT
* * * * * * *
21974 TCCTAGGAAAACCT-ATAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAATCATTCATA
195 GCCTAGGTAAACATGA-AGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATG
* * * * *
22038 CCTTCAAAAGCCTAGTT-TGGTCCTAAAATATTTATAGAATCTCGTAATTGATTTTAACTTGAAT
259 CCTTCAAAAGCCTA-TTATCG-CCTTAAATATTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * *
22102 TTTTGTACTTTTT-TTAAAGTATATAATAATTAAATGTCTACCTCATGAAACGTGAAGTAAAAGA
322 TTTTATACTTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTCA-GAAACGTGAAG-AAAAGA
* * *
22166 CATCTATTAGCAAAAAAAGTCCATTAATAGTCAGCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCGTT
385 CATCTATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTT
*
22231 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATT
450 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * * * * * *
22288 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAAAA
1 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* * * * * * * *
22353 AAGTCCGTTTATAGTCACTCATACCTTTAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACC
66 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAACC
* * *
22418 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTGTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
131 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT-TATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTT
* * *
22483 ACCTTA-GTAAACATGAAGAAAAA-CATATTCATTGGCAAGAATAGTCCATTTATAGTCA-ACTA
195 GCC-TAGGTAAACATGAAGAAAAAGC-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTC-A
* * * * *
22545 CGCCTTCAAAAGCCTTATTA-CCCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTAG
257 TGCCTTCAAAAGCC-TATTATCGC-C-TTAAATATTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * *
22609 AATATTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTAA-AATTGAATGCCTTCCTCGGAAAACGTCAAAA
319 -A-ATTTTTATACTTTTTATTAAAATAGA-TAATAATTGAATGTCTACCTCAG-AAACGT-GAAG
* * * * * * * **
22673 AAAAGAAAT-TCATTGGCAAGAGAAAGTCTACTTATAGTTACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTA
379 AAAAGACATCT-ATTAGCAA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * * * ***
22737 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGGT
442 CTCGCGTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * * ** * ** *
22802 AAAAGAGAAAATAATTGAATGTTTGTATCGACAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
1 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* * ** ** * * * *
22867 AGGTCCACTTATAGTCACCCATGTATTTGAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGATTTTATAAAC
66 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAACC
* * ** *
22932 TCATAATTGAGTTTAAGTAGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTGTAATTGAATGCTT
131 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTT
* * ** ** * * * * * *
22997 GCCTCGGGAAATGTGAAGAAAAAAATATTGACTGTCAAGAAAAGTCTACTCATAG-CTACTT-AT
195 GCCTAGGTAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-A-TTCAT
** * * * * * *
23060 GCCTTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT-TATAATCTCATAAATGATTTTAATTTAA
258 GCCTTCAAAAGC-CTATTA-TCGCCTTAAAT-ATTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-G
** * * * * *
23124 AATTTTTGATA-TTTTTGGGTAAAATAGATAATAGTTGACTGTCTATCTCGACAAACATGAAGAA
319 AATTTTT-ATACTTTTT-ATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAACGTGAAG-A
* * *
23188 AAAGACAT-TCATTA-CTAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCGTTCGAAAGCCTTATTTC
380 AAAGACATCT-ATTAGC-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * *
23251 TCG-GTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTCATTTTGAG--G--TTTTTTT-TATTTTTTATT
443 TCGCG-TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * * * ** * * * * *
23310 GACATAAATTTTAATTGAATATCTACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAAGATATCCATAGGTAAGAA
1 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* * * * * *
23375 AAGTTCATTTATAATCATCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
66 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAACC
* * * * *
23440 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGATATTTTTATTAAAATAGAGT-AGAATTGAATGTCT
131 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTTT
* ** * * * *
23504 GCCT-CGTGAAATGTGGAGAAAAATG-TATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTATTTAT
195 GCCTAGGT-AAACATGAAGAAAAA-GCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAT
* * *
23567 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGTTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
258 GCCTTCAAAAGCC-TATTA-TCGCCTTAAATATTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * *
23632 TTTTTCATATTTTTTCTTAAAACAGATTATAACTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAT
321 TTTTT-ATACTTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACC-TCAGAAACGTGAAGAAAA-
* * * * * * *
23697 G-TATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAATTGCT
383 GACATCTATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCG
*
23761 TTAAATGATTTTATAA-CATCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATT
448 TTAAATGATTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * * * * * * * * *
23820 CAAACAAATTATAATTAAATGTTTGCCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAGTTATCCATTAGTAAGAA
1 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* *
23885 AAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
66 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
23923 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1730, Mismatches: 346, Indels: 135
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
504 1 0.00
505 85 0.05
506 88 0.05
507 139 0.08
508 149 0.09
509 535 0.31
510 194 0.11
511 2 0.00
512 15 0.01
513 131 0.08
514 382 0.22
515 7 0.00
516 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (506 bp):
AAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAACC
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTG
CCTAGGTAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATGCC
TTCAAAAGCCTATTATCGCCTTAAATATTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
ATACTTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAGAAACGTGAAGAAAAGACATCTA
TTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATGA
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
Found at i:25234 original size:171 final size:157
Alignment explanation
Indices: 25021--25348 Score: 329
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 157
25011 NNNNNNNNTT
* *
25021 AAATGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAACTTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGA
1 AAATGATTTTATAACCTAATAATTGATTTTAACTTTAATTTTTTTATATTTTCTATTAAAATAGA
* * * * * *
25086 TTATAATTGAATGTCTGTCTCGTGA-AATC-TGAAGAAATAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCT
66 TTATAATTGAATGTCT-AC-CATGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCC
25149 ACTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
129 ACTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
*
25178 NNNNNNNNNNNNNNAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAA-TTTAAATTTTTTTATATT
1 --------------AAATGATTTTATAACCTAATAATTGATTTTAACTTT-AATTTTTTTATATT
* * * *
25242 TTCTCTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAATATATCTATTA
51 TTCTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTA
* * * *
25307 GTAAGCAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAGAGCC
116 GCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
25349 TTATTACTCG
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 17, Indels: 6
0.86 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.03
170 7 0.05
171 126 0.92
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (157 bp):
AAATGATTTTATAACCTAATAATTGATTTTAACTTTAATTTTTTTATATTTTCTATTAAAATAGA
TTATAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCAC
TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
Found at i:26696 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 26406--27886 Score: 1437
Period size: 171 Copynumber: 8.7 Consensus size: 169
26396 NNNNNNNNNN
* * *
26406 AGAAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGGAAGCCTTATT
1 AGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * * * *
26471 ACTCGCTCTAAATAATTTGATAAACTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTTT-
66 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTTATAT-TTTTTA
* * *
26535 TTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACATGCGGAAACATGA
129 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-CGGAAACGTGA
* * * * *
26577 AGAAAAAGATATTCGTTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAACCCTTATT
1 AGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * ** * *
26642 ATTCGCTTTATATGATTTTATAACCTGTTAATTAATTTTAAATTAAAATTTTTTATA-TTTCTAG
66 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTTA-
* * * *
26706 TTAAAACAGATAATAATTGAGTGTCTACCTCAAGAAACGTGG
129 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-GGAAACGTGA
* * * * *
26748 AGAAAAAGATATCCATTTGTATGAAAAGTCCATTTATAGCCACCGATGCCTTTGAAAGCCTTATT
1 AGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
** * * *
26813 ACTCATTTTAAAT-ATTTTTATAAACTCATAATTTAGTTTAAG-TAGAATTTTTT-TACTTTTTT
66 ACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTA-AATTTTTTATA--TTTTT
* * * *
26875 TATTACAACAGATTATAATTGAATG-CTTGCCTTGGGAAATGTGA
127 TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACC-TCGGAAACGTGA
* ** * * ** * * * *** *
26919 AGAAAAAAATATTGACT-ATCAAGAAAAGTGTACTTATAGCCACCTATAATTTTGAAAGCCTTAT
1 AGAAAAAGATATCCATTGGT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * *
26983 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAATAATTTTAATTTAAATTTTTTGATATTTTTGG
65 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTT-ATATTTTT-T
* * * * * *
27048 A-TAAAACCGATAATAGTTGAATGTCTATCTCGACAAACATG-
128 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG-GAAACGTGA
** ** * * * * *** *
27089 AGAAAAAGGCATTAATT-ATTAGAAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATAAGTTCGAAATCCTTAT
1 AGAAAAAGATATCCATTGGTAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * * *
27153 TTCTCGGTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTT-TATTTTTTAT
65 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTAT
* * * * * *
27217 TAACATAAATTTTAATTGAATATCTACCTCGAGAAATGTGA
130 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG-GAAACGTGA
* *
27258 AGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
1 AGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* *
27323 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGATATTTTTTAT
66 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTT-ATATTTTTTAT
* * * * * *
27388 TAAAACAGAGTAAAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGG
130 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-GGAAACGTGA
* ** * *
27429 AGAAAAATG-TATCCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCTTTAT
1 AGAAAAA-GATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * *
27493 TACTCGCCTTAAAT-ATTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTA
65 TACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTA
* * * *
27557 TTAAAATAGATTATAACTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA
129 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG-GAAACGTGA
* * * * * *
27599 AGAAAAATG-TATCTATTGGCAAGAAAAGTTCACTCATAGTCACCCATGCGTTCGGAAA-CCTTA
1 AGAAAAA-GATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-GAAAGCCTTA
* * *
27662 TTAATCGCTTTAAATGATTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTCTACATTTTTT
64 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTT-TATATTTTTT
*
27727 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACTTGA
128 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG-GAAACGTGA
* * * *
27770 AGAAAAAGGA-GTCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTAT
1 AGAAAAA-GATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * *
27834 TACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTT
65 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTT
27887 GTAATCTCAT
Statistics
Matches: 1068, Mismatches: 209, Indels: 66
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 35 0.03
169 103 0.10
170 253 0.24
171 662 0.62
172 12 0.01
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATT
AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGGAAACGTGA
Found at i:27374 original size:510 final size:508
Alignment explanation
Indices: 26461--27886 Score: 1496
Period size: 510 Copynumber: 2.8 Consensus size: 508
26451 ATGCCTTCGG
* * * *
26461 AAGCCTTATTACTCG-CTCTAAATAATTTGATAAACTCAT-AATCAATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCCT-TAAATATTTTTATAACCTCATAAAT-AATTTTAAGTT-AAATTTTT
* * * * * * **
26524 TATATATTTT-TTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACATGCG-GAAACATGAAGAAAAAGAT
63 TATAT-TTTTGATTAAAACAGATAATAACTGAATGTCTACCT-CGACAAACATGAAGAAAAAGGC
* * * * * *
26587 AT-TCGTTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAACCCTTATTATTCGCTTT
126 ATCT-ATTAGCAAGAAAAGTTCACTTATAGTCACCCATGCGTTCGAAA-CCTTATT-TTCGCTTT
* ** * * *
26651 ATATGATTTTATAACCTGTTAATTAATTTTAAATTAAAATTTTTTATATTTCTAGTTAAAACAGA
188 AAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT-TTTTTA-TTAAAACAGA
* * * * * * *
26716 TAATAATTGAGTGTCTACCTCAAGAAACGTGGAGAAAAAGATATCCATTTGTATGAAAAGTCCAT
251 TTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGTAAGAAAAGTCCAT
* * * ** * *
26781 TTATAGCCACCGATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATATTTTTATAAACTCATAATT
316 TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * **
26846 TAGTTTAAG-TAGAATTTTTTTACT-TTTTTTATTACAACAGATTATAATTGAATGCTTGCCTTG
381 GATTTTAAGTTA-AATTTTTTGA-TATTTTTTATTAAAACAGAGTAAAATTGAATGCTTGCCTCA
* * ** * ** * **
26909 GGAAATGTGAAGAAAAAAATATTGACTATCAAGAAAAGTGTACTTATAGCCACCTATAATTTTGA
444 AGAAACGTGAAGAAAAAAATATCCACTAGCAAGAAAAGTCCACTTATAGCCACCTATAACTTCAA
* * *
26974 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAAATAATTTTAATTTAAATTTTTTG
1 AAGCCTTATTACTCGCCTTAAAT-ATTTTTATAACCTCATAAATAATTTTAAGTTAAATTTTTT-
* ** *
27038 ATATTTTTGGA-TAAAACCGATAATAGTTGAATGTCTATCTCGACAAACATG-AGAAAAAGGCAT
64 ATATTTTT-GATTAAAACAGATAATAACTGAATGTCTACCTCGACAAACATGAAGAAAAAGGCAT
** ** *
27101 -TAATTA-TTAGAAAAAG-TCTACTTATAGTCACCCATAAGTTCGAAATCCTTATTTCTCGGTTT
128 CT-ATTAGCAAG-AAAAGTTC-ACTTATAGTCACCCATGCGTTCGAAA-CCTTATTT-TCGCTTT
* * * * * *
27163 AAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATTTTTTATTAACATAAATT
188 AAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATT
* * * *
27228 TTAATTGAATATCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTT
253 ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTT
* *
27293 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
318 ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGA
*
27358 TTTTAAGTTAAATTTTTTGATATTTTTTATTAAAACAGAGTAAAATTGAATGTTTGCCTCAAGAA
383 TTTTAAGTTAAATTTTTTGATATTTTTTATTAAAACAGAGTAAAATTGAATGCTTGCCTCAAGAA
* ** * * * * * * **
27423 ACGTGGAGAAAAATGTATCCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCAA
448 ACGTGAAGAAAAAAATATCCACTAGCAAGAAAAGTCCACTTATAGCCACCTATAACTTCAA
* * * *
27484 AAGCTTTATTACTCGCCTTAAATATTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT
1 AAGCCTTATTACTCGCCTTAAATATTTTTATAACCTCATAAATAATTTTAAGTTAAATTTTTTAT
* * * * * * *
27549 ATTTTTTATTAAAATAGATTATAACTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGTATCTA
66 ATTTTTGATTAAAACAGATAATAACTGAATGTCTACCTCGACAAACATGAAGAAAAAGGCATCTA
* * *
27614 TTGGCAAGAAAAGTTCACTCATAGTCACCCATGCGTTCGGAAACCTTATTAATCGCTTTAAATGA
131 TTAGCAAGAAAAGTTCACTTATAGTCACCCATGCGTTC-GAAACCTTATT-TTCGCTTTAAATGA
** *
27679 TTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTCTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
194 TTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTT-T-TATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
*
27744 TTGAATGTCTACCTCGAGAAACT-TGAAGAAAAAGGA-GTCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTAT
257 TTGAATGTCTACCTCGAGAAA-TGTGAAGAAAAA-GATATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTAT
* *
27807 TGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATT
320 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATT
*
27872 TTAAATTAAATTTTT
385 TTAAGTTAAATTTTT
27887 GTAATCTCAT
Statistics
Matches: 755, Mismatches: 134, Indels: 49
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
508 1 0.00
509 42 0.06
510 353 0.47
511 21 0.03
512 254 0.34
513 79 0.10
514 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (508 bp):
AAGCCTTATTACTCGCCTTAAATATTTTTATAACCTCATAAATAATTTTAAGTTAAATTTTTTAT
ATTTTTGATTAAAACAGATAATAACTGAATGTCTACCTCGACAAACATGAAGAAAAAGGCATCTA
TTAGCAAGAAAAGTTCACTTATAGTCACCCATGCGTTCGAAACCTTATTTTCGCTTTAAATGATT
TTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
ATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
TAAATTTTTTGATATTTTTTATTAAAACAGAGTAAAATTGAATGCTTGCCTCAAGAAACGTGAAG
AAAAAAATATCCACTAGCAAGAAAAGTCCACTTATAGCCACCTATAACTTCAA
Found at i:27675 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 26406--27886 Score: 1600
Period size: 341 Copynumber: 4.3 Consensus size: 338
26396 NNNNNNNNNN
* * *
26406 AGAAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGGAAGCCTTATT
1 AGAAAAAG-TATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * ** *
26471 ACTCGCTCTAAATAATTTGATAAACTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTTTT
65 ACTCGCTTTAAATATTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-T-TTTTAT
* * *
26536 TAAAACAGATTATAATTGAATATCTA-CATGCGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCGTTGGCAAG
128 TAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTG-AGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAG
* * * * * *
26600 AGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAACCCTTATTATTCGCTTTATATGATTTTATAA
192 AAAAGTTCACTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
* ** * * *
26665 CCTGTTAATTAATTTTAAATTAAAATTTTTTATA-TTTCTAGTTAAAACAGATAATAATTGAGTG
257 TCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATAATAATTGAATG
26729 TCTACCTCAAGAAACGTGG
320 TCTACCTCAAGAAACGTGG
* * * * *
26748 AGAAAAAGATATCCATTTGTATGAAAAGTCCATTTATAGCCACCGATGCCTTTGAAAGCCTTATT
1 AGAAAAAG-TATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
** * * *
26813 ACTCATTTTAAATATTTTTATAAACTCATAATTTAGTTTAAGTAGAATTTTTTTACTTTTTTTAT
65 ACTCGCTTTAAATATTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA--TTTTTTAT
* * * * ** * * * **
26878 TACAACAGATTATAATTGAAT-GCTTGCCTTGGGAAATGTGAAGAAAAAAATATTGACTATCAAG
128 TAAAACAGATTATAATTGAATATC-TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAG
* * *** *
26942 AAAAGTGT-ACTTATAGCCACCTATAATTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
192 AAAAGT-TCACTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
* * * * *
27006 ATCTCATAAATAATTTTAATTTAAATTTTTTGATATTTTTGGA-TAAAACCGATAATAGTTGAAT
256 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTT-ATATTTTT-TATTAAAACAGATAATAATTGAAT
* * * *
27070 GTCTATCTCGACAAACAT-G
319 GTCTACCTCAAGAAACGTGG
* ** * * * * *** *
27089 AGAAAAAGGCATTAATT-ATTAGAAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATAAGTTCGAAATCCTTAT
1 AGAAAAA-GTATCCATTGGTAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * *
27153 TTCTCGGTTTAAATGA-TTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATTTTTTAT
64 TACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTAT
* * * * * ** * *
27217 TAACATAAATTTTAATTGAATATCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGA
128 TAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGA
* * *
27282 AAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
193 AAAGTTCACTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAT
*
27347 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGATATTTTTTATTAAAACAGAGTAA-AATTGAATGT
258 CTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTT-ATATTTTTTATTAAAACAGA-TAATAATTGAATGT
* *
27411 TTGCCTCAAGAAACGTGG
321 CTACCTCAAGAAACGTGG
* ** * *
27429 AGAAAAATGTATCCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCTTTATT
1 AGAAAAA-GTATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* *
27494 ACTCGCCTTAAATATTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATT
65 ACTCGCTTTAAATATTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TATTTTTTATT
* * *
27559 AAAATAGATTATAACTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATG-TA-TCTATTGGCAAG
129 AAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GATATTC-ATTGGCAAG
* * *
27622 AAAAGTTCACTCATAGTCACCCATGCGTTCGGAAA-CCTTATTAATCGCTTTAAATGATTTTATA
192 AAAAGTTCACTTATAGTCACCCATGCCTTC-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
* * *
27686 ATATCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTCTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG
256 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTT-TATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATG
* * *
27751 TCTACCTCGAGAAACTTGA
320 TCTACCTCAAGAAACGTGG
* * * *
27770 AGAAAAAGGAGTCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATT
1 AGAAAAAGTA-TCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * *
27835 ACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTT
65 ACTCGCTTTAAATATTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
27887 GTAATCTCAT
Statistics
Matches: 938, Mismatches: 176, Indels: 51
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 172 0.18
340 104 0.11
341 387 0.41
342 264 0.28
343 7 0.01
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
AGAAAAAGTATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
CTCGCTTTAAATATTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTATTAA
AACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAA
GTTCACTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
ATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACC
TCAAGAAACGTGG
Found at i:27856 original size:681 final size:682
Alignment explanation
Indices: 26406--27886 Score: 1781
Period size: 681 Copynumber: 2.2 Consensus size: 682
26396 NNNNNNNNNN
** * * *
26406 AGAAAAAGATATCCATT-GATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGGAAGCCTTAT
1 AGAAAAAGGCATCCATTAG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTAT
* * * ** *
26470 TACTCGCTCTAAATAATTTGATAAACTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTTT
65 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTTA
* * *
26535 TTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACATGCGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCGTTGGCAAG
130 TTAAAACAAATTATAATTGAATATCTACATGCGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG
* * * *
26600 AGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAACCCTTATTATTCGCTTTATATGATTTTATAA
195 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
** *
26665 CCTGTTAATTAATTTTAAATTAAAATTTTTTATATTTCTAGTTAAAACAGATAATAATTGAGTGT
260 CCTCATAATTAATTTTAAATTAAAATTTTTTATATTTCTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGT
* * *
26730 CTACCTCAAGAAACGTGGAGAAAAAGATATCCATTTGTATGAAAAGTCCATTTATAGCCACCGAT
325 CTACCTCAAGAAACGTGGAGAAAAAGATATCCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCGAT
** ** *
26795 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATATTTTTATAAACTCATAATTTAGTTTAAGTAGAA
390 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATATTTTTATAAACTCATAATTGAGTTTAAGTAGAA
* * * * **
26860 TTTTTTTACTTTTTTTATTACAACAGATTATAATTGAATGCTTGCCTTGGGAAATGTGAAGAAAA
455 TTTTTTTAC-TTTTTTATTAAAACAGATTATAACTGAATGCTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
* * * ** *
26925 AAATATTGACTATCAAGAAAAGTGTACTTATAGCCACCTATAATTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
519 AAATATTGACTAGCAAGAAAAGTGTACTCATAGCCACCCATAATTCGGAAAGCCTTATTAATCGC
* * *
26990 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAAATAATTTTAATTTAAATTTTTTGATATTTTTGGATAAAAC
584 TTTAAATGATTTTATAATATCATAAATAATTTTAAGTTAAATTTTTTGACATTTTTGGATAAAAC
* * *
27055 CGATAATAGTTGAATGTCTATCTCGACAAACATG
649 AGATAATAATTGAATGTCTACCTCGACAAACATG
** * * * ** *
27089 AGAAAAAGGCATTAATTA-TTAGAAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATAAGTTCGAAATCCTTAT
1 AGAAAAAGGCATCCATTAGTAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTAT
* * * *
27153 TTCTCGGTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTAT-T-TTTTA
65 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTTA
* * * * ** *
27216 TTAACATAAATTTTAATTGAATATCTACCT-CGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAA
130 TTAAAACAAATTATAATTGAATATCTACATGCG-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
* * *
27280 GAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
194 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
* * * *
27345 ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTGATATTTTTTA-TTAAAACAGAGTAA-AATTGA
259 ACCTCATAATTAATTTTAAATTAAAATTTTTT-ATA-TTTCTAGTTAAAACAGA-TAATAATTGA
* * *
27407 ATGTTTGCCTCAAGAAACGTGGAGAAAAATG-TATCCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
321 ATGTCTACCTCAAGAAACGTGGAGAAAAA-GATATCCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCA
** * * * *
27471 CTTATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCCTTAAATATTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAG
385 CCGATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATATTTTTATAAACTCATAATTGAGTTTAAG
* *
27536 TTGAATTTTTTATA-TTTTTTATTAAAATAGATTATAACTGAATG-TCTACCTTGAGAAACATGA
450 TAGAATTTTTT-TACTTTTTTATTAAAACAGATTATAACTGAATGCT-TACCTTGAGAAACATGA
** * * * **
27599 AGAAAAATGTATCT-ATTGGCAAGAAAAGT-TCACTCATAGTCACCCATGCGTTCGGAAA-CCTT
513 AGAAAAAAATAT-TGACTAGCAAGAAAAGTGT-ACTCATAGCCACCCAT-AATTCGGAAAGCCTT
*
27661 ATTAATCGCTTTAAATGATTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTCT-ACATTTT
575 ATTAATCGCTTTAAATGATTTTATAATATCATAAATAATTTTAAGTTAAATTTTT-TGACATTTT
* * * *
27725 T-TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACTTG
639 TGGA-TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGACAAACATG
*
27769 AAGAAAAAGG-AGTCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTA
1 -AGAAAAAGGCA-TCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTA
* * * *
27833 TTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTT
64 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
27887 GTAATCTCAT
Statistics
Matches: 669, Mismatches: 112, Indels: 36
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
679 3 0.00
680 183 0.27
681 371 0.55
682 18 0.03
683 94 0.14
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (682 bp):
AGAAAAAGGCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATT
ACTCGCTTTAAATGATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTTAT
TAAAACAAATTATAATTGAATATCTACATGCGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAC
CTCATAATTAATTTTAAATTAAAATTTTTTATATTTCTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTC
TACCTCAAGAAACGTGGAGAAAAAGATATCCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCGATG
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATATTTTTATAAACTCATAATTGAGTTTAAGTAGAAT
TTTTTTACTTTTTTATTAAAACAGATTATAACTGAATGCTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAA
ATATTGACTAGCAAGAAAAGTGTACTCATAGCCACCCATAATTCGGAAAGCCTTATTAATCGCTT
TAAATGATTTTATAATATCATAAATAATTTTAAGTTAAATTTTTTGACATTTTTGGATAAAACAG
ATAATAATTGAATGTCTACCTCGACAAACATG
Found at i:27892 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 27849--27919 Score: 124
Period size: 33 Copynumber: 2.2 Consensus size: 33
27839 GCTTTAAATG
27849 TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAA
1 TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAA
* *
27882 TTTTTGTAATCTCATAATTGGTTTTAAATTAAA
1 TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAA
27915 TTTTT
1 TTTTT
27920 TTACAATTTT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 36 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.06, G:0.06, T:0.55
Consensus pattern (33 bp):
TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAA
Done.