Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403131.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_799.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 17766
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.10, T:0.30
Warning! 3497 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:915 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 903--934 Score: 50
Period size: 7 Copynumber: 4.9 Consensus size: 7
893 TAAATGGCAA
903 GAAACAT
1 GAAACAT
910 GAAACAT
1 GAAACAT
917 GAAA-A-
1 GAAACAT
922 GAAACAT
1 GAAACAT
929 GAAACA
1 GAAACA
935 GATTATAATT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 4
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
5 4 0.17
6 2 0.09
7 17 0.74
ACGTcount: A:0.62, C:0.12, G:0.16, T:0.09
Consensus pattern (7 bp):
GAAACAT
Found at i:1494 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1166--1868 Score: 571
Period size: 171 Copynumber: 4.1 Consensus size: 170
1156 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
1166 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAATCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTTACCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAA
* ** *
1231 TCTCATAATTGATTTT-GAATTAAATTTTTTTA-CGTTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAAT
65 TCTCATAATTAATTTTAG-ATTAAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTAAAT
* ** * * ** * *
1294 GACTGTCTTGATAAATGTGAATAAAAAGCCATTCATTGGTAAAA
128 GTCTACCTAGAAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGG-AAAG
* *
1338 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCTTACCTTCAAAAGCATTATTCCTCACTTTAAATGATTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTTACCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAA
* * * * *
1403 TATTATAATTTATTTTAGA-TCAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATTT
65 TCTCATAATTAATTTTAGATTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATGT
* * * * * *
1467 TTACCTAGAAAAACGTTAAGCAAAAGCCATCCGTTGGCACG
130 CTACCTAGAAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAG
* * * * * *
1508 AAAAG-CTCGTATATAGTCA-CTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTGTTAT
1 AAAAGTC-CATTTATAGTCACCTT-A-CCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
* * * * ** * * * *
1571 AATCCCATAATTAATTTTA-AGTTGAGTTTTTTTATATATTTGGTTAGAATATATTGTAACTGAA
63 AATCTCATAATTAATTTTAGA-TTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTAAA
* * *** * * *
1635 TGTCTATCTTGGGGAGTGGGAAGCAAAAGACATCCATTGGAAAG
127 TGTCTACCTAGAAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAG
* * * * * *
1679 AAAGGTTCATTTATAGTCATCTATGCCTTTGAAAGTATTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCT-TACCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATA
* * *
1743 ATCTCATAATTAATTTTAAATTTAA-TTTTTTATGTTTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATG
64 ATCTCATAATTAATTTTAGATTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATG
* * * *
1807 TCTACCCTAG-CAAA-GTGAAGCAAAAGCCATCCGTTAGTAAG
129 TCTA-CCTAGAAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAG
** *
1848 AAAAGTTTATTTATTGTCACC
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACC
1869 CATNNNNNNN
Statistics
Matches: 414, Mismatches: 104, Indels: 29
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 42 0.10
170 99 0.24
171 189 0.46
172 79 0.19
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCTTACCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAT
CTCATAATTAATTTTAGATTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATGTC
TACCTAGAAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAG
Found at i:1804 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1190--1841 Score: 794
Period size: 342 Copynumber: 1.9 Consensus size: 341
1180 AGTCACCCAT
* * * *
1190 GCCTTCGAAATCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAATTAAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTGTTATAATCCCATAATTAATTTTGAATTAAA
* * * * * * *
1255 TTTTTTTACGTTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGACTGTCTTGATAAATGTGAATAAAA
66 TTTTTTTACATATTTAGTTAAAATAGATTATAACTAAATGACTATCTTGAGAAATGGGAAGAAAA
* * *
1320 AGCCATTCATTGGTAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTTACCTTCAAAAGCATTATTCCTCA
131 AGACATCCATTGGTAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTTACCTTCAAAAGCATTATTACTCA
* * *
1385 CTTTAAATGATTTTATAATATTATAATTTATTTTAGATCAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAT
196 CTTTAAATGATTTTATAATATCATAATTAATTTTAAATCAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAT
* * *
1450 ATATTATAATTAAATTTTTA-CCTAGAAAAACGTTAAGCAAAAGCCATCCGTTGGCACGAAAAGC
261 ATATTATAATTAAATGTCTACCCTAG-AAAA-GTGAAGCAAAAGCCATCCGTTGGCACGAAAAGC
1514 TCGTATATAGTCACTTAA
324 TCGTATATAGTCACTTAA
* *
1532 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTGTTATAATCCCATAATTAATTTT-AAGTTGA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTGTTATAATCCCATAATTAATTTTGAA-TTAA
* * * * * * * * * * * *
1596 GTTTTTTTATATATTTGGTTAGAATATATTGTAACTGAATGTCTATCTTGGGGAGTGGGAAGCAA
65 ATTTTTTTACATATTTAGTTAAAATAGATTATAACTAAATGACTATCTTGAGAAATGGGAAGAAA
* * * * * ** *
1661 AAGACATCCATTGG-AAAGAAAGGTTCATTTATAGTCA-TCTATGCCTTTGAAAGTATTATTACT
130 AAGACATCCATTGGTAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCT-TACCTTCAAAAGCATTATTACT
* * *
1724 CACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTTAA-TTTTTTATGTTTTTTATTA
194 CACTTTAAATGA-TTTTATAATATCATAATTAATTTTAAA-TCAATTTTTTTATATTTTTTATTA
*
1787 AAATATATTATAATTAAATGTCTACCCTAGCAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCGTT
257 AAATATATTATAATTAAATGTCTACCCTAGAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCGTT
1842 AGTAAGAAAA
Statistics
Matches: 259, Mismatches: 46, Indels: 12
0.82 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 23 0.09
341 115 0.44
342 121 0.47
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (341 bp):
GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTGTTATAATCCCATAATTAATTTTGAATTAAA
TTTTTTTACATATTTAGTTAAAATAGATTATAACTAAATGACTATCTTGAGAAATGGGAAGAAAA
AGACATCCATTGGTAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTTACCTTCAAAAGCATTATTACTCA
CTTTAAATGATTTTATAATATCATAATTAATTTTAAATCAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAT
ATATTATAATTAAATGTCTACCCTAGAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCGTTGGCACGAAAAGCTC
GTATATAGTCACTTAA
Found at i:2454 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2103--3171 Score: 1035
Period size: 170 Copynumber: 6.3 Consensus size: 170
2093 NNNNNNNAGT
* * * * * * *
2103 TGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAAGATATTATAATTGAATGTCTGCATTGGA-AAATGTGAG
1 TGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-TTCGATAAACGTGAA
* * ** * * * * *
2166 GAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGTCCATACCATCAAAAGCTTTATGA
65 GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCAT-TCTTCGAAAGCATTATTA
**
2231 CTCACTTTAACGGGTTTTATAATGTCATAATTGATTATT-AGC
129 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATT-TTAAGC
*** * ** * *
2273 TGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAGCAGATTATAATTGAATGTCTGTTTCGAGAAACGTTAAG
1 TGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCGATAAACGTGAAG
* ** * *
2338 -AAAACCCATTCATTAGG-AAGAAAAGTATAATTATAGTCACCCATTATTTCGAAAGCATTATTA
66 AAAAAGCCATTCATT-GGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATT-CTTCGAAAGCATTATTA
** * * * * *
2401 CTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATAGATTTGAAGT
129 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGC
* * * * * *
2443 TGAATTTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAAATTATAATTGAATATCTACCTCGATAAACGTGAA
1 TGAA-TTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCGATAAACGTGAA
** * * * *
2508 GAAAAAGCTTTTCATTGGCAAAAAAAATGCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTA
65 GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCAT-TCTTCGAAAGCATTATTA
*
2573 CTCACTTTAAACGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGC
129 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGC
* * * * * *
2615 TGAA-TTTTTTACGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTTAGA-AAACGTAAA
1 TGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACTTCGATAAACGTGAA
* * * *
2678 GAAAAAGCCTTTCATTGGCCAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGTCTTCGAAAGCATTATTA
65 GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCAT-TCTTCGAAAGCATTATTA
** * * **
2743 CTTTCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATCAATTTTAAGC
129 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGC
* ** *
2785 TGAATTGTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAAAAACGTGAA
1 TGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTCGATAAACGTGAA
* * * * * * **
2849 GAAAAAACCATTCATTGGCAATAAAAGTGCAGTTATAATCACCTATGCTTTTCGAAAATATTATT
65 GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCAT--TCTTCGAAAGCATTATT
* *
2914 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTTC-TAATTGATTTCAAAG-
128 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAA-TGTCATAATTGATTT-TAAGC
* * * * * * *
2957 TTAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACGGATTATAATTGAATGTGTACTTCAATAAATGTGGAG
1 TGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCGATAAACGTGAAG
* * * *
3022 AAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCATCCATACCTTCAAAAGCATTATTAC
66 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCAT-TCTTCGAAAGCATTATTAC
** *
3087 TTGCTTTAAACGGTTTTATAATGTCATAATTGA-TTTAAGC
130 TCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGC
* ** *
3127 TGAATTGTTTTACATTTTCCATTAAAACAGTTTATAATTGAATGT
1 TGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
3172 TTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 728, Mismatches: 152, Indels: 38
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 273 0.38
171 229 0.31
172 216 0.30
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCGATAAACGTGAAG
AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATTCTTCGAAAGCATTATTACT
CACTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGC
Found at i:2733 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 2103--3171 Score: 1122
Period size: 342 Copynumber: 3.1 Consensus size: 337
2093 NNNNNNNAGT
* * * * * * *
2103 TGAATT-TTTTACATTTTTTATTAAAAGATATTATAATTGAATGTCTGCATTGGAAAATGTGAGG
1 TGAATTGTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-CTCGAAAACGTGAAG
* * ** * * * *
2167 AAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGTCCATACCATCAAAAGCTTTATGAC
64 AAAAAGCCTTTCATTGGCAAAAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTAC
* *
2232 TCACTTT-AACGGGTTTTATAATGTCATAATTGATTATT-AGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGC
129 TCACTTTAAAC-GGTTTTATAATGTCATAATTGATT-TTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
* * * * *
2295 TAAAGCAGATTATAATTGAATGTCTGTTTCGAGAAACGTTAAG-AAAACCCATTCATTAGG-AAG
192 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCTTAGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATT-GGCAAG
* * * *
2358 AAAAGTATAATTATAGTCACCCATTATTTCGAAAGCATTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAA
256 AAAAGTACATTTATAGTCACTCATT-CTTCGAAAGCATTATTACT-GTTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
2423 TCTTATAATAGATTTGAAGT
319 TATCATAATAGATTT-AAGC
* * * * *
2443 TGAATTTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAAATTATAATTGAATATCTACCTCGATAAACGTGAA
1 TGAA-TTGTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-AAACGTGAA
* *
2508 GAAAAAGCTTTTCATTGGCAAAAAAAATGCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTA
63 GAAAAAGCCTTTCATTGGCAAAAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTA
*
2573 CTCACTTTAAACGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAA-TTTTTTACGTTTTTAGTT
128 CTCACTTTAAACGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT
* * *
2637 AAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTTAGA-AAACGTAAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCCAGA
193 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTG-CTTAGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * *
2701 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGTCTTCGAAAGCATTATTACTTTCTTTAAATAGTTTTATAAT
257 AAAGTACATTTATAGTCACTCAT-TCTTCGAAAGCATTATTACTGT-TTTAAATGGTTTTATAAT
2766 ATCATAATCA-ATTTTAAGC
320 ATCATAAT-AGA-TTTAAGC
* *
2785 TGAATTGTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAG
1 TGAATTGTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG-AAAACGTGAAG
* * * * * * * *
2850 AAAAAACCATTCATTGGCAATAAAAGTGCAGTTATAATCACCTATGCTTTTCGAAAA-TATTATT
64 AAAAAGCCTTTCATTGGCAAAAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATGC-CTTC-AAAAGCATTATT
* * * *
2914 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTTC-TAATTGATTTCAAAG-TTAATTTTTTTACATTTTTT
127 ACTCACTTTAAACGGTTTTATAA-TGTCATAATTGATTT-TAAGCTGAATTTTTTTACA-TTTTT
* * * * * ** *
2977 A-TTAAAACGGATTATAATTGAATGTGTACTTCA-ATAAATGTGGAGAAAAAGCCATTCATTAGC
189 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCTT-AGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * * * *
3040 AAGAAAAGTGCATTTATAGTCA-TCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTTGCTTTAAACGGTTTT
253 AAGAAAAGTACATTTATAGTCACT-CAT-TCTTCGAAAGCATTATTAC-TGTTTTAAATGGTTTT
* *
3104 ATAATGTCATAATTGATTTAAGC
315 ATAATATCATAATAGATTTAAGC
* *
3127 TGAATTGTTTTACATTTTCCATTAAAACAGTTTATAATTGAATGT
1 TGAATTGTTTTACATTTT-TATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
3172 TTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 617, Mismatches: 85, Indels: 52
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 5 0.01
341 151 0.24
342 316 0.51
343 138 0.22
344 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (337 bp):
TGAATTGTTTTACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAACGTGAAGAA
AAAGCCTTTCATTGGCAAAAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTC
ACTTTAAACGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
ACAGATTATAATTGAATGTCTGCTTAGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
TACATTTATAGTCACTCATTCTTCGAAAGCATTATTACTGTTTTAAATGGTTTTATAATATCATA
ATAGATTTAAGC
Found at i:3761 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 3463--3773 Score: 439
Period size: 172 Copynumber: 1.8 Consensus size: 172
3453 NNNNNNNTAG
* * * * *
3463 TAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTCGATAACCATGAAGAAAAAGCCTTTCAATTGTAAGA
1 TAAAACACATTACAATTGAATGTCTACCTCGATAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCAATTGCAAGA
* *
3528 AAAGTACATTCATAGTCACCCATACCTTGAAAAGTATTATTACTCGCTCTAAACAGTTTTATAAT
66 AAAGTACATTCATAATCACCCATACCTTCAAAAGTATTATTACTCGCTCTAAACAGTTTTATAAT
3593 GTCATAATTAATTTCAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTTAGT
131 GTCATAATTAATTTCAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTTAGT
**
3635 TAAAACACATTACAATTGAATGTCTGTCTCAGA-AAACATGAAGAAAAAGCCTTTC-ATTGGCAA
1 TAAAACACATTACAATTGAATGTCTACCTC-GATAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCAATT-GCAA
* * * * **
3698 GAAAAGT-CAATTTATAATCACCCATGCCTTCAAAAGTATTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
64 GAAAAGTAC-ATTCATAATCACCCATACCTTCAAAAGTATTATTACTCGCTCTAAACAGTTTTAT
3762 AATGTCATAATT
128 AATGTCATAATT
3774 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 15, Indels: 6
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 4 0.03
172 115 0.95
173 2 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
TAAAACACATTACAATTGAATGTCTACCTCGATAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCAATTGCAAGA
AAAGTACATTCATAATCACCCATACCTTCAAAAGTATTATTACTCGCTCTAAACAGTTTTATAAT
GTCATAATTAATTTCAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTTAGT
Found at i:4298 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4014--4385 Score: 426
Period size: 169 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
4004 NNNNNNNNNT
* * ** *
4014 CATTGGCAAGAAAAGTTCATTTACAGTCACTCATGCCTTCGAAATTATTATTACTCGCTTTAATT
1 CATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT
* * **
4079 AGTTTCGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATGTTTTTGGTT-AAA-ACATTAT
66 AGTTTCGTAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTCAAACACATTAT
* * * * *
4142 AATTGAATGTTTACCTCAACAAACGTGAAGAAAAAGTCATC
131 AATTAAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATC
* *
4183 CATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT
********** * *
4248 AGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTCAAACATATTAT
66 AGTTTCGTAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTCAAACACATTAT
* * *
4313 AATTAAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAGAAAGCCTTT
131 AATTAAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATC
*
4354 CATTGGCAACAAAAG-TCTATTTATAGTCACCC
1 CATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCC
4386 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 33, Indels: 4
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 96 0.57
170 5 0.03
171 66 0.40
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
CATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT
AGTTTCGTAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTCAAACACATTAT
AATTAAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATC
Found at i:5491 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5283--5654 Score: 450
Period size: 169 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
5273 NNNNNNNTCG
* *
5283 CTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTCTTTTACG-TTTTGAGTTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTT-TCTTACGTTTTTG-GTTAA
* * ** ** * * * * *
5346 AACATATTATAATTAAATGTCTGTCTTGATAAACGTGAA-TAAAA-CCAT-TCATTGGTA-AAAA
64 AACAGATTATAATTAAATCTCTACCTCAAGAAACATCAAGAAAAAGCCATCT-ATTGGCATAAAA
* *
5407 CAATCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCA
128 -AATCCATTTATAGTCACCAATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCA
* *
5452 CTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAACTTTCTTACGTTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTCTTACGTTTTTGGTTAAAA
* * * * *
5517 CAGATTATAATTGAATCTCTACCTCAAGAATCATCAAGAAAAAGCCATCTGTTGGCATGAAAAGT
66 CAGATTATAATTAAATCTCTACCTCAAGAAACATCAAGAAAAAGCCATCTATTGGCATAAAAAAT
*
5582 CCATTTATAGTCACCAATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCG
131 CCATTTATAGTCACCAATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCA
*
5623 TTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
5655 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 26, Indels: 10
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 78 0.46
170 11 0.06
171 78 0.46
172 4 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTCTTACGTTTTTGGTTAAAA
CAGATTATAATTAAATCTCTACCTCAAGAAACATCAAGAAAAAGCCATCTATTGGCATAAAAAAT
CCATTTATAGTCACCAATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCA
Found at i:6061 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5763--7096 Score: 1240
Period size: 171 Copynumber: 7.8 Consensus size: 170
5753 NNNNNNNNNT
* * * * * *
5763 ACTTTAAATCGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTATGTTTTTGGTGAAA
1 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTT-TTTATATTTTTAGTTAAA
* *
5828 AC-ATATTATAATTCAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTGATTGGCAAGAAAA
65 ACAAT-TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
*
5892 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTATTATTACTC
129 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
* * * * **
5934 GCTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAACTTGAAGTTTTTTACGTTTTTAGTTAAA
1 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAA
* * * * * * *
5999 ACAATTTATAATTGAATTTCTACGTTAAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG
65 ACAATTTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * * *
6064 TTCATTTATAGTCATCCATACCTTCAAAAGTATTATTAGTTC
130 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTA-CTC
* *
6106 -CTTTAAATAGTTTTATAATGTTATAATTGATTTTAAGC-TGAATTTTTTAATATTTTT-GATTA
1 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-CTTGAATTTTTT-ATATTTTTAG-TTA
* * **
6168 AAAC-ATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTTTTTGGCAAGAA
63 AAACAAT-TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* ** **
6232 AAGTCCATCTATAGTCACTTATGCCTTTAAAAGCATTATTACTC
127 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
* * * * * *
6276 GCTTTAACTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTCAC
1 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAA
** * * * *
6341 ACAAAGTA-AATAGGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAGGCCATTCATTGGGAAGAAAA
65 ACAATTTATAAT-TGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
*
6405 GTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCATTACTACTC
129 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
* * * ** * *
6446 ACTTTAAATGGTTTTATGATATCATAATTGATTACAAGC-TGAATTTTTTTTACATTTTTAATTA
1 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-CTTGAA--TTTTTTATATTTTTAGTTA
* ** *
6510 AAACAGA-TTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAA-AAGAAAGCCTTTCATTGGCAAGA
63 AAACA-ATTTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA-AAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * *
6573 AAAGTTCATATATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCATTATTACTC
126 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
* * * * *
6618 ATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATGGATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCA-CTAA
1 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAA-TTTTTTATATTTTT-AGTTAA
* * ** * *
6682 AA-TATATTATAATCGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGCAAAAGCCACTT-ATTGGCACA-A
64 AACAAT-TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TTCATTGGCA-AGA
* **** * *
6744 AAA-TCCCATTTGTAGTCTGAGA-G-CTTGGAAAGCCTTATTACTC
126 AAAGT-CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
* *
6787 ACTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTA-ATGCTTTTAGTTA
1 ACTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTATAT--TTTTAGTTA
* * * *
6850 AAACAGA-TTATAATTGAATGTCTATCC-TGAGAAACGTGAAGAAAAAACTA-TCATTGGTAAGA
63 AAACA-ATTTATAATTGAATGTCTA-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * **
6912 AAAGTCCACTTATAGTCACTCATAACTTCGAAAGCATTATTACTC
126 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
* * * * * * * *
6957 GCTTTAACTAGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTCTTATGTTTTTGGTTGAG
1 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTT-TTATATTTTTAGTTAAA
* * * * * * * *
7022 ACAGA-TTATAATTGAATGTCTGCATCGAGAAACGCT-AAGCAAAGGCCGTTCATTGGCTAGAAA
65 ACA-ATTTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC-ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
*
7085 AGTTCATTTATA
128 AGTCCATTTATA
7097 ATCTAATAAT
Statistics
Matches: 950, Mismatches: 168, Indels: 90
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.00
168 28 0.03
169 100 0.11
170 177 0.19
171 557 0.59
172 84 0.09
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAA
CAATTTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
Found at i:6404 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 5763--7096 Score: 1390
Period size: 342 Copynumber: 3.9 Consensus size: 341
5753 NNNNNNNNNT
* * * * * *
5763 ACTTTAAATCGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTT-ATGTTTTTGGTGAA
1 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTT-TTTAATATTTTTGATTAA
* * * *
5827 AACATATTATAATTCAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTGATTGGCAAGAAAA
65 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAG-CATTTATTGGCAAGAAAA
* * *
5892 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTATTATTACTCGCTTTAACTGGTTTTATAATCTC
129 GTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAACTAGTTTTATAATCTC
* * * ** * * *
5957 ATAATTAATTTTAACTTGAAGTTTTTTACGTTTTTAGTTAAAACAATTTATAATTGAATTTCTAC
194 ATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * * *
6022 GTTAAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATCCATACCT
259 CTCAAGAAACATGAAGAAAAGGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATACCT
* * *
6087 TCAAAAGTATTATTAGTTC
324 TCGAAAGCATTATTA-CTC
* *
6106 -CTTTAAATAGTTTTATAATGTTATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTAATATTTTTGATTAAA
1 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTAATATTTTTGATTAAA
* *
6170 ACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTTTTTGGCAAGAAAAG
66 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAG-CATTTATTGGCAAGAAAAG
** **
6235 TCCATCTATAGTCACTTATGCCTTTAAAAGCATTATTACTCGCTTTAACTAGTTTTATAATCTCA
130 TCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAACTAGTTTTATAATCTCA
* * * * *
6300 TAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTCACACAAAGTA-AATAGGAATGTCTGC
195 TAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAAT-TGAATGTCTAC
** * *
6364 CTTGAGAAACATGAAGAAAAGGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCT
259 CTCAAGAAACATGAAGAAAAGGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATACCT
*
6428 TCGAAAGCATTACTACTC
324 TCGAAAGCATTATTACTC
* * * ** * * *
6446 ACTTTAAATGGTTTTATGATATCATAATTGATTACAAGCTGAATTTTTTTTACATTTTTAATTAA
1 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAA-TTTTTTAATATTTTTGATTAA
* ** * *
6511 AACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAA-AGAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAA
65 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-AAAGAAAAAGCATTT-ATTGGCAAGAAA
* * * ** *
6575 AGTTCATATATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCATTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCT
128 AGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAACTAGTTTTATAATCT
* *** * * *
6640 CATAATGGA-TTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCACTAAAATATATTATAATCGAATGTCT
193 CATAATTGATTTTAAA-TTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT
* * *
6704 ACCTCAAAAAACATGAAGCAAAA-GCCACTT-ATTGGCACA-AAAA-TCCCATTTGTAGTC-T-G
257 ACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAGGCCA-TTCATTGGCA-AGAAAAGT-CCATTTATAGTCATCC
* * * *
6763 AGAGCTTGGAAAGCCTTATTACTC
318 ATACCTTCGAAAGCATTATTACTC
* * **
6787 ACTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTAATGCTTTT-AGTTA
1 ACTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTAATATTTTTGA-TTA
* * * * *
6850 AAACAGATTATAATTGAATGTCTATCC-TGAGAAACGTGAAGAAAAAAC-TATCATTGGTAAGAA
64 AAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCAT-TTATTGGCAAGAA
* ** *
6913 AAGTCCA-CTTATAGTCACTCATAACTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAACTAGTTTAATAAT
127 AAGTCCATC-TATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAACTAGTTTTATAAT
* * * * *
6977 CTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTCTTATGTTTTTGGTTGAGACAGATTATAATTGAATGTC
191 CTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTC
* * * * * * * *
7042 TGCATCGAGAAACGCT-AAGCAAAGGCCGTTCATTGGCTAGAAAAGTTCATTTATA
256 TACCTCAAGAAAC-ATGAAGAAAAGGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
7097 ATCTAATAAT
Statistics
Matches: 821, Mismatches: 145, Indels: 54
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 6 0.01
339 146 0.18
340 59 0.07
341 127 0.15
342 470 0.57
343 13 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTAATATTTTTGATTAAA
ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCATTTATTGGCAAGAAAAGT
CCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAACTAGTTTTATAATCTCAT
AATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCT
CAAGAAACATGAAGAAAAGGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATACCTTC
GAAAGCATTATTACTC
Found at i:7900 original size:973 final size:973
Alignment explanation
Indices: 6117--7991 Score: 2148
Period size: 973 Copynumber: 1.9 Consensus size: 973
6107 TTTAAATAGT
* * **
6117 TTTATAATGTTATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTAATATTTTTGATTAAAACATATTATAAT
1 TTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTAATATTTTACATTAAAACATATTATAAT
** * * *** *
6182 TGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTTTTTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGT
66 TGAATGTCTACCTCAAAAAACATAAAGAAAAAGCCATCCGTTGGCAAAAAAAGTCCATCTATAGT
* ** *
6247 CACTTATGCCTTTAAAAGCATTATTACTCGCTTTAACTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
131 CACTAAAACCTTTAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * *
6312 AATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTCACACAAAGTAAATAGGAATGTCTGCCTTGAGAAACATG
196 AATTGAAGTTTTTTATATTTTTAGCTAAAACAAAGTAAATAGGAATGTCTGCCTTGAGAAACATG
* *
6377 AAGAAAAGGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATGCCTTCGAAAGCATTACT
261 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATGCCTTCGAAAGCATTACT
* * *
6442 ACTCACTTTAAATGGTTTTATGATATCATAATTGATTACAAGCTGAATTTTTTTTACATTTTTAA
326 ACTCACTTTAAATAGTTTTATGATATCATAATCGATTACAAGCTGAA-TTTTTTTACATTTTCAA
* * * * *
6507 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAAAGAAAGCCTTTCATTGGCAAG
390 CTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAGAAAGCATCTCATTAGCAAG
* * *
6572 AAAAGTTCATATATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCATTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAA
455 AAAAGTTCATATATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAACAGTTTTATAA
* * * *
6637 TCTCATAATGGATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCACTAAAATATATTATAATCGAATGT
520 TCTCATAATGGATTTAAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTCACTAAAACAGATTATAATCGAATGA
* * * * ** *
6702 CTACCTCAAAAAACATGAAGCAAAAGCCACTTATTGGCACAAAAATCCCATTTGTAGTCTGAGAG
585 CTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCACTTATTGGAAAAAAAATCCCATTTATAGTCCCAGAC
** * * *
6767 CTTGGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAT
650 CTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAAAT
* * * *
6832 TTTTAATGCTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCCTGAGAAACGTGAAGAAAAAA
715 TTTTAATGCTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCCATCCTGAAAAACATGAAGAAAAAA
* * *
6897 CTATCATTGGTAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCATA-ACTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
780 CCATCATTGATAAGAAAAGCCCACTTATAGTCACTCA-AGACTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
* *
6961 TAACTAGT-TTAATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTCTT-ATGTTTTTGGTTGAGAC
844 TAAATAGTGTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTT-TTAATATTTTTGGTTGAGAC
7024 AGATTATAATTGAATGTCTGCATCGAGAAACGCTAAGCAAAGGCCGTTCATTGGCTAGAAAAGTT
907 AGATTATAATTGAATGTCTGCATCGAGAAACGCTAAGCAAAGGCCGTTCATTGGCTAGAAAAGTT
7089 CA
972 CA
* * * *
7091 TTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTACATTAAAATATATTTTATT
1 TTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTAATATTTTACATTAAAACATATTATAAT
* * *
7156 TGAATGTCTACCTCAAAAAACGCT-AAG-AAAAGCCATCCGTTGGCACAAAAAAG-CTATTTATA
66 TGAATGTCTACCTCAAAAAAC-ATAAAGAAAAAGCCATCCGTTGGCA-AAAAAAGTCCATCTATA
* * * *
7218 GTCGCTAAAACCTTTGAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATT
129 GTCACTAAAACCTTTAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
7282 TTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTAGCTAAAACAGATTATAAT-TGAATGTCTGCCTTGAGAAA
193 TTAAATTGAAGTTTTTTATATTTTTAGCTAAAACAAAGTA-AATAGGAATGTCTGCCTTGAGAAA
* * * *
7346 GAT-AGAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGTCTTTGAAAGC
257 CATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGC
* * * ** * *
7410 CTTACTACTC-GTTT-TATAGTTTTAT-AT-TCGCATAATCGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATA
320 ATTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATGATAT--CATAATCGATTACAAGCTGAATTTTTTTACA
* * * * * *
7470 TTTTCCACT-AAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAA-AAA-ATGTAAAGCAAAAGTCATCT
383 TTTTCAACTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAG--AAAG-CATCT
* * * * * *
7532 -GTTAGCACGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTCCTCGCTTTAAAC
445 CATTAGCAAGAAAAGTTCATATATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAAC
* * * * *
7596 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAA-TTAAATTTTTTTATGTTTTT-AGTTAAAACAGATT
510 AGTTTTATAATCTCATAATGGA-TTTAAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTCA-CTAAAACAGATT
* ** * * **
7659 ATAATTGAATGACTGTCTTAATAAATGTGAAGAAAAAGCCA-TTCATTGGTAAAAAAAAAGT-CC
573 ATAATCGAATGACTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCACTT-ATTGG--AAAAAAAA-TCCC
* * *
7722 ATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATATTATAA
634 ATTTATAGT--CCCAGACCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATATCATAA
* * * * *
7787 TTTATTTTAAGTT-AATTTTTTTATAT-TTTTTA-TTAAAATATATTATAATTAAATGTCCA-CC
697 TTGATTTTAAGTTGAA-ATTTTTA-ATGCTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCCATCC
* ** * * * *
7848 TAGAAAAACATTAAGCCAAAGCCATCCATT-ATCACGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
760 T-GAAAAACATGAAGAAAAAACCAT-CATTGAT-AAGAAAAGCCCACTTATAGTCACTCAAGACT
* * * * *
7912 TTGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGGTGTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTT
822 TCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTGTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTT
7977 TTAATATTTTTGGTT
887 TTAATATTTTTGGTT
7992 AGAATATATT
Statistics
Matches: 745, Mismatches: 129, Indels: 55
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
967 7 0.01
968 6 0.01
969 167 0.22
970 23 0.03
971 21 0.03
972 74 0.10
973 332 0.45
974 114 0.15
975 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (973 bp):
TTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTAATATTTTACATTAAAACATATTATAAT
TGAATGTCTACCTCAAAAAACATAAAGAAAAAGCCATCCGTTGGCAAAAAAAGTCCATCTATAGT
CACTAAAACCTTTAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
AATTGAAGTTTTTTATATTTTTAGCTAAAACAAAGTAAATAGGAATGTCTGCCTTGAGAAACATG
AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATGCCTTCGAAAGCATTACT
ACTCACTTTAAATAGTTTTATGATATCATAATCGATTACAAGCTGAATTTTTTTACATTTTCAAC
TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAGAAAGCATCTCATTAGCAAGA
AAAGTTCATATATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAACAGTTTTATAAT
CTCATAATGGATTTAAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTCACTAAAACAGATTATAATCGAATGAC
TACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCACTTATTGGAAAAAAAATCCCATTTATAGTCCCAGACC
TTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAAATT
TTTAATGCTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCCATCCTGAAAAACATGAAGAAAAAAC
CATCATTGATAAGAAAAGCCCACTTATAGTCACTCAAGACTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTA
AATAGTGTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTAATATTTTTGGTTGAGACAGAT
TATAATTGAATGTCTGCATCGAGAAACGCTAAGCAAAGGCCGTTCATTGGCTAGAAAAGTTCA
Found at i:8214 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 7091--9687 Score: 1638
Period size: 342 Copynumber: 7.6 Consensus size: 337
7081 GAAAAGTTCA
* * * * *
7091 TTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTACATTAAAATATATTTTATT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATATATTATAAT
* * * * *
7156 TGAATGTCTACCTCAAAAAACGCTAAG-AAAAGCCATCCGTTGGCACAAAAAAG-CTATTTATAG
66 TAAATGTCTACCTGAAAAAACG-TAAGCAAAAGCCATCCGTTAGCAC-GAAAAGTCCATTTATAG
* ** * * * * *
7219 TCGCTAAAACCTTTGAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
129 TCACCCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * *
7284 AAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTAGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAAGAT
194 AAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTG-GAAAGAG
* * * *
7349 AGAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGTCTTTGAAAGCCTTA
257 AGAAAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTTGAAAGCATTA
* * *
7414 CTACTCGTTTTATAGT
322 TTACTCCTTTAATAGT
* * * * *
7430 TTTATATTCGCATAATCGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTCCACT-AAATATATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATATATTATAAT
* * * * * * *
7493 TGAATGTCTGCCTTAAAAAATGTAAAGCAAAAGTCATCTGTTAGCACGAAAAGTTCATTTATAGT
66 TAAATGTCTACCTGAAAAAACGT-AAGCAAAAGCCATCCGTTAGCACGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
7558 CACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTCCTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTG
130 CACCCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-
* * * *
7623 AA-TTAAATTTTTTTATGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGACTGTCTT--AATAAAT
194 AAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGAA-AGA-
* * ** **
7685 GTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
256 GAGAA-AAAAAGCCATTCATTGG--AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTTGAAAGC
7750 ATTATTACTCGCTTTAA-ATGAT
318 ATTATTACTC-CTTTAATA-G-T
* * * *
7772 TTTATAATATTATAATTTATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATATATTATAAT
* * * * * *
7836 TAAATGTCCACCT-AGAAAAACATTAAGCCAAAGCCATCCATTATCACGAAAAGCCCATTTATAG
66 TAAATGTCTACCTGA-AAAAAC-GTAAGCAAAAGCCATCCGTTAGCACGAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
7900 TCACTCAAGCCTTTGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGGTGTTATAATCTCATAATTGATTTT
129 TCACCCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * * * ** * *
7965 AAGTTGAGTTTTTTAATATTTTTGGTTAGAATATATTGTAACTGAATGTTTATCTTGGGGAGCGC
194 AAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGAAAGAGA
* * * * * * * * * *
8030 GAAACAAAAGACATCCATTGGAGAGAAAGGTTCATTTATAGGCATCTATGTATTTGAAAGTATTA
258 GAAA-AAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTTGAAAGCATTA
8095 TTACTCACTTTCAATAGT
322 TTACTC-CTTT-AATAGT
* * * * *
8113 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTGTGTTTTTTATTAAAATATATAATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATATATTATAAT
* * ** *
8178 TAAATGTCTATCCTGAAAAAA-GTGAAGCAAAAGCCATCCGTTAGTAAGAAAAGTTTATTTATTG
66 TAAATGTCTA-CCTGAAAAAACGT-AAGCAAAAGCCATCCGTTAGCACGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * *
8242 TCACCCATA-CCTTCAAAAGTATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTT
129 TCACCCA-AGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * ** * *
8306 TAAGTTGAATTTTTTCGTATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATATCTACCTTGAACAAC
193 TAAGTTGAATTTTTT-ATA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGA-AAG
* * ** * *
8370 A-AGAAGTAAAAGCCATTCGTT--AACACGAAAAGTCTGTTTATAGTCACCAATGCCTTTGAAAG
255 AGAGAA-AAAAAGCCATTCATTGGAA-A-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTTGAAAG
**
8432 TGTTATTACTCGCTTTAA-ACGGT
317 CATTATTACTC-CTTTAATA--GT
* * * * * *
8455 TTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTACATTTTCCATTAAAACAGT-TTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATA-TATTATAA
* * * * * * * *
8519 TTGAATGTTTGCCTTTAAAAACACG-AAGCAAAAGCCATCTGTTAGCATGAAAAGTCTATCTATA
65 TTAAATGTCTACC-TGAAAAA-ACGTAAGCAAAAGCCATCCGTTAGCACGAAAAGTCCATTTATA
* * ** ** * * * *
8583 GTTACTCAATACTTTAAAAG-ACTTATTAC-CTGCTATAAATAGTTTGATAATCTCATAATTAAT
128 GTCACCCAAGCCTTCGAAAGCA-TTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * ** **
8646 TTTAAGTTAAATTTTTT-TACGTTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGTATGTCTACCTCAAGAA
191 TTTAAGTTGAATTTTTTATA--TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCT-TGGAA
* ** * * ** * * * *
8710 ACGTGA-AGCAAAAGCCA-TCTGTTGGCACA-AAAAGTTGATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA
253 A-GAGAGAAAAAAAGCCATTC-ATTGG-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTTGAA
8772 AGCATTATTACTCGCTTTAAATAGT
315 AGCATTATTACTC-CTTT-AATAGT
* * * * * *
8797 TTTATAGTCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTTAACATTTGTT-GTTAAAACAGATTAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT-ATATTT-TTCATTAAAATATATTAT
* * * * * * * * * * * * *
8861 AATTGAATGTTTACCTCAATAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTGTAAGAAAAGTACATTCAT
63 AATTAAATGTCTACCTGAAAAAACGT-AAGCAAAAGCCATCCGTTAGCACGAAAAGTCCATTTAT
* ** ** ** * *
8926 AGTCACCCACA-CCTT-GAAAAGTATTATTACTCATTTTAAACAGTTTTATTGTGTCATAATTAA
127 AGTCACCCA-AGCCTTCG-AAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * * *
8989 TTTCAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTTGGTTAAAACACATTACAATTGAATGTCTGCCTTAGAA
190 TTTTAAGTTGAA-TTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGAA
* * * * ** * ** *
9054 A-ACGTGAAAAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGTAAAGTGAATTTATAATCACCCATACCTTCGAAA
253 AGA-GAG-AAAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTTGAAA
* *
9118 GCATTATTACTTGCTTTAAATGGT
316 GCATTATTAC-TCCTTT-AATAGT
* * * * * *** * *
9142 TTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAACTGTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATATATTATAAT
* * * * * * * * * * * **
9207 TGAATGTCTACTTCG-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAACAAAAAAATTGCAACTA
66 TAAATGTCTACCT-GAAAAAACGT-AAGCAAAAGCCATCCGTTAGC-AC--GAAAAGTCCATTTA
* * * * * *
9271 TCA-TCACTCATGCCTTTGAAAGTATTATTAC-CTGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTG
126 T-AGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
** * *
9334 ATTACAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTA-TTGAAACAGATTATAATTGAATGTCTGT-TTTGA
189 ATTTTAAGTTGAATT-TTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGA
* * * ** *
9397 TAA-ATGTA-AAGAAAAAGCCTTTCATT-GACAAGAAAAGTACATTGATAGTCAAGCATG-CCTT
252 -AAGA-G-AGAA-AAAAAGCCATTCATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTT
* *
9458 AAAACGCATCATTACTCACTTTAA-ACGGT
312 GAAA-GCATTATTACTC-CTTTAATA--GT
* * ** * ** ***
9487 TTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCT-AAAGTTTTTACATTTTTTGTTAAAAGGGATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATATATTATAAT
*** * * * ** ** ** * ** *
9551 TGCTTATCTACATCAAAAAAAATGAAGCAAACCCCATTTGCTAGTGCGGAAAGTCCATTTATAGT
66 TAAATGTCTACCTGAAAAAACGT-AAGCAAAAGCCATCCGTTAGCACGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * ** * *
9616 CACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGGCATTATAATCTCATAATCGATTATA
130 CACCCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
9681 AGTTGAA
195 AGTTGAA
9688 GTTATTACTC
Statistics
Matches: 1780, Mismatches: 386, Indels: 182
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
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347 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (337 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATATATTATAAT
TAAATGTCTACCTGAAAAAACGTAAGCAAAAGCCATCCGTTAGCACGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACCCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
GTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGAAAGAGAGAA
AAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTTGAAAGCATTATTAC
TCCTTTAATAGT
Found at i:8526 original size:513 final size:510
Alignment explanation
Indices: 7091--9530 Score: 1938
Period size: 513 Copynumber: 4.8 Consensus size: 510
7081 GAAAAGTTCA
* * * * * * * * *
7091 TTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTAT-ATTTTACATTAAAATATATTTTAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATGTTTTTA-GTTAAAACAGATTATAA
7155 TTGAATGTCTACCTCAA-AAAACGCT-AAG-AAAAGCCATCCGTTGGCACAAAAAAG-CTATTTA
65 TTGAATGTCTACCTCAAGAAAA-G-TGAAGCAAAAGCCATCCGTTGGCACAAAAAAGTCTATTTA
* ** * ** * *
7216 TAGTCGCTAAAACCTTTGAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAT
128 TAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * *
7281 TTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTAGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAA
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* * * * *
7346 GATAG-AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGTCTTTGAAAGC
256 CA-AGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTTGAAAGC
* * * * * * * *
7410 CTTACTACTCGTTTTATA--GTTTTATATTCG-CATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATT
320 GTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAAT-GTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTACATT
* * * * *
7472 TTCCACT-AAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAAAAATG-TAAAGCAAAAGTCATCTGTT
384 TTCCATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAAAAACGCGAAA-CAAAAGACATCTGTT
* ** * * **
7535 AGCACGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCT-TTATTCCTCGCTTTAAACGGT
448 AGCACGAAAAGTTCATTTATAGTCA-CTATGTATTTGAAAG-TATTATTACTCGCTTTAAATAGT
7599 TTTATAATCTCATAATTGATTTTGAA-TTAAATTTTTTTATGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTAAATTTTTTTATGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* ** * * * * * * * * *
7663 TTGAATGACTGTCTTAATAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAAAGTCCATTTAT
65 TTGAATGTCTACCTCAAGAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCGTTGG-CACAAAAAAGTCTATTTAT
* * *
7728 AGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATATTATAATTTATT
129 AGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * *
7793 TTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATGTCCACCTAGAAAAAC
194 TTAAGTTGAA-TTTTTT-TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAAC
** ** * * * *
7857 ATTAAGCCAAAGCCATCCATTATCACGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAA-GCCTTTGAAAGCG
257 AAGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATGCCTTTGAAAGCG
* * * * * *
7921 TTATTACTCGCTTTAAATGGTGTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTAATATTT
321 TTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTT-ACATTT
*** * * * ** **** * **
7986 TTGGTTAGAATATATTGTAACTGAATGTTTATCTTGGGGAGCGCGAAACAAAAGACATCCATTGG
385 TCCATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAAAAACGCGAAACAAAAGACATCTGTT--
* * * *
8051 AG-A-GAAAGGTTCATTTATAGGCATCTATGTATTTGAAAGTATTATTACTCACTTTCAATAGT
448 AGCACGAAAAGTTCATTTATAGTCA-CTATGTATTTGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * * * *
8113 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTGTGTTTTTTA-TTAAAATATATAATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATG-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* * * * * *
8177 TTAAATGTCTATCCTGAA-AAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCGTTAGTA-AGAAAAGTTTATTTAT
65 TTGAATGTCTA-CCTCAAGAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCGTTGGCACAAAAAAGTCTATTTAT
* * * *
8240 TGTCACCCATACCTTCAAAAGTATTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTTATAATTGAT
129 AGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * *
8304 TTTAAGTTGAATTTTTTCGTATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATATCTACCTTGAACAA
193 TTTAAGTTGAATTTTTT--TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAA
* * * * ** *
8369 CAAGAAGTAAAAGCCATTCGTTAACACGAAAAGTCTGTTTATAGTCACCAATGCCTTTGAAAGTG
256 CAAGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTTGAAAGCG
8434 TTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTACATTT
321 TTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAATT-TTTTACATTT
* * * * *
8499 TCCATTAAAACAGT-TTATAATTGAATGTTTGCCTTTAAAAACACGAAGCAAAAGCCATCTGTTA
385 TCCATTAAAATA-TATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAAAAACGCGAAACAAAAGACATCTGTTA
* * * * * *
8563 GCATGAAAAG-TCTATCTATAGTTACTCA-ATACTTTAAAAG-ACTTATTAC-CTGCTATAAATA
449 GCACGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACT-ATGTA-TTTGAAAGTA-TTATTACTC-GCTTTAAATA
8624 GT
509 GT
* * * *
8626 TTGATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACGTTTTTAGTTAAAACAGATTGTAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
* * *
8691 TGTATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCTGTTGGCAC-AAAAAGT-TGATTTATA
66 TGAATGTCTACCTCAAGAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCGTTGGCACAAAAAAGTCT-ATTTATA
* * *
8754 GTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAGTCTCATAATTGAT
130 GTCACCCATA-CCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
8817 TTCAAGTTGAATTTTTTTTAACATTTGTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC-TCAAT
193 TTTAAGTTGAA-TTTTTTT---ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-
* * * * * * **
8881 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTGTAAGAAAAGTACATTCATAGTCACCCACACC-TTGAAA
253 AAACAAGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTTG-AA
** ** * ** * *
8945 AGTATTATTACTCATTTTAAACAGTTTTATTGTGTCATAATTAATTTCAAGCTGAATTTTTTTAC
317 AGCGTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAA-TTTTTTAC
*** * * * * * * * * *
9010 ATTTTTTGGTTAAAACACATTACAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACGTGAAAAAAAAG-CCTTT
381 A-TTTTCCATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAAAAACGCGAAACAAAAGACATCT
* * * * ** * * *** * * *
9074 CATTGGCAAGTAAAGTGAATTTATAATCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTTGCTTTAAAT
445 -GTTAGCACGAAAAGTTCATTTATAGTCA-CTATGTATTTGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAAT
*
9139 GGT
508 AGT
* * * * * ** * *
9142 TTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAACTGTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * * ** * **
9207 TGAATGTCTACTTCGAGAAACA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAACAAAAAAAT-TGCAACT
66 TGAATGTCTACCTCAAGAAA-AGTGAAGCAAAAGCCATCCGTTGGC-ACAAAAAAGTCT--ATTT
* * ** * *
9270 ATCA-TCACTCATGCCTTTGAAAGTATTATTAC-CTGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATT
127 AT-AGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTC-GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
** * ***
9333 GATTACAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTGAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTTTTGAT
190 GATTTTAAGTTGAATT-TTTT-TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-
*** * * * * *
9398 AAATGTA-AAGAAAAAGCCTTTCATT-GACAAGAAAAGTACATTGATAGTCAAGC-ATGCC-TTA
252 AAAACAAGAAGAAAAAGCCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCAATGCCTTTG
* * * * *
9459 AAACGCATCATTACTCACTTTAAACGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTAAAGTTTTT
315 AAA-GCGTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTT
9524 ACATTTT
379 ACATTTT
9531 TTGTTAAAAG
Statistics
Matches: 1547, Mismatches: 314, Indels: 135
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
507 1 0.00
508 63 0.04
509 24 0.02
510 100 0.06
511 84 0.05
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514 177 0.11
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520 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (510 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
TGAATGTCTACCTCAAGAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCGTTGGCACAAAAAAGTCTATTTATAG
TCACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
AAGTTGAATTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACAAGA
AGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTTGAAAGCGTTATT
ACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTACATTTTCCATT
AAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAAAAACGCGAAACAAAAGACATCTGTTAGCACGAA
AAGTTCATTTATAGTCACTATGTATTTGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATAGT
Found at i:9126 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7091--9552 Score: 1291
Period size: 171 Copynumber: 14.4 Consensus size: 171
7081 GAAAAGTTCA
* * * * *** * * * *
7091 TTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTACATTAAAATATATTTTATT
1 TTTATAATGTCATAATTGATTTCAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * *
7156 TGAATGTCTACCTCA-AAAAACGCT-AAG-AAAAGCCATCCGTTGGCACAAAAAAGCT--ATTTA
66 TGAATGTCTACCTTAGAGAAACG-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAG-TGAATTTA
* ** * * * * *
7216 TAGTCGCTAAAACCTTTGAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAA-TGAT
128 TAGTCACCCATACC-TTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAACAG-T
* * * * * * *
7261 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTAGCTAAAACAGATTATAAT
1 TTTATAATGTCATAATTGATTTCAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
* **
7326 TGAATGTCTGCCTT-GAGAAA-GAT-AGAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
66 TGAATGTCTACCTTAGAGAAACG-TGA-AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTGAATTTAT
* * * * * * * *
7388 TGTCACCCATGTCTTTGAAAGCCTTACTACTC-GTTT-TATAGT
129 AGTCACCCAT-ACCTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAACAGT
* * * * * **** * *
7430 TTTATATTCG-CATAATCGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTCCACT-AAATATATTATAA
1 TTTATAAT-GTCATAATTGATTTCAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAA
* * * * * * * * * **
7492 TTGAATGTCTGCCTTA-AAAAATGTAAAGCAAAAGTCA-TCTGTTAGCACGAAAAGTTCATTTAT
65 TTGAATGTCTACCTTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTGAATTTAT
* * * * *
7555 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTCCTCGCTTTAAACGGT
129 AGTCACCCATACCTT-GAAAGCATTATTACTCACTTTAAACAGT
* * * * ** *
7599 TTTATAATCTCATAATTGATTTTGAA-TTAAATTTTTTTATGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
1 TTTATAATGTCATAATTGA-TTTCAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAA
* ** * * * * **
7663 TTGAATGACTGTCTTA-ATAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAAAGTCCATTTA
65 TTGAATGTCTACCTTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG--CAAGAAAAGTGAATTTA
* * *
7727 TAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAA-TGAT
128 TAGTCACCCATACCTT-GAAAGCATTATTACTCACTTTAAACAG-T
* * * * * * * * *
7772 TTTATAATATTATAATTTATTTTAAG-TTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAAT
1 TTTATAATGTCATAATTGATTTCAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * * ** * ** * ***
7836 TAAATGTCCACC-TAGAAAAACATTAAGCCAAAGCCATCCATTATCACGAAAAGCCCATTTATAG
66 TGAATGTCTACCTTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTGAATTTATAG
* * * **
7900 TCACTCA-AGCCTTTGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGGT
131 TCACCCATA-CC-TTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAACAGT
* * * * * * * * * * * * *
7942 GTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTAATATTTTTGGTTAGAATATATTGTAAC
1 TTTATAATGTCATAATTGATTTCAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * * * * * * **
8007 TGAATGTTTATCTT-GGGGAGCGCGAA-ACAAAAGACATCCATTGG-AGAGAAAGGTTCATTTAT
66 TGAATGTCTACCTTAGAGAAACGTGAAGA-AAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTGAATTTAT
* * * * * * *
8069 AGGCATCTATGTA-TTTGAAAGTATTATTACTCACTTTCAATAGT
129 AGTCACCCA--TACCTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAACAGT
* * * * *** * * * *
8113 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTGTGTTTTTTATTAAAATATATAATAAT
1 TTTATAATGTCATAATTGATTTCAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * * * * * ** *
8178 TAAATGTCTATCC-T-GAAAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCGTTAGTAAGAAAAGTTTATTTATT
66 TGAATGTCTA-CCTTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTGAATTTATA
* * *
8241 GTCACCCATACCTTCAAAAGTATTATTACTCACTTTAAATAGT
130 GTCACCCATACCTT-GAAAGCATTATTACTCACTTTAAACAGT
* * * * *** * * *
8284 TTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCGTATTTTTTATTAAAATATATTATAAT
1 TTTATAATGTCATAATTGATTTCAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
* ** * * ** * ***
8349 TGAATATCTACCTT-GA-ACAACAAGAAGTAAAAGCCATTCGTTAACACGAAAAGTCTGTTTATA
66 TGAATGTCTACCTTAGAGA-AACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTGAATTTATA
* * ** * *
8412 GTCACCAATGCCTTTGAAAGTGTTATTACTCGCTTTAAACGGT
130 GTCACCCATACC-TTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAACAGT
* * *** *
8455 TTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTACATTTTCCATTAAAACAGTTTATAAT
1 TTTATAATGTCATAATTGATTTCAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
* * ** * * * * ** *
8520 TGAATGTTTGCCTTTA-A-AAACACGAAGCAAAAGCCA-TCTGTTAGCATGAAAAGTCTATCTAT
66 TGAATGTCTACC-TTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTGAATTTAT
* * * * * * *
8582 AGTTACTCAATACTTTAAAAG-ACTTATTAC-CTGCTATAAATAGT
129 AGTCAC-CCATACCTTGAAAGCA-TTATTACTC-ACTTTAAACAGT
* * * * * * * * *
8626 TTGATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACGTTTTTAGTTAAAACAGATTGTAAT
1 TTTATAATGTCATAATTGATTTCAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
* * * *
8691 TGTATGTCTACCTCA-AGAAACGTGAAGCAAAAGCCA-TCTGTTGGCACA-AAAAGTTG-ATTTA
66 TGAATGTCTACCTTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCA-AGAAAAG-TGAATTTA
* * *
8752 TAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGT
128 TAGTCACCCATA-CCTT-GAAAGCATTATTACTCACTTTAAACAGT
* * * *
8797 TTTATAGTCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTTAACATTTGTTGTTAAAACAGATTATA
1 TTTATAATGTCATAATTGATTTCAAGCTGAA-TTTTTTT-ACATTTTTTGTTAAAACAGATTATA
* * * * * * *
8862 ATTGAATGTTTACCTCA-ATAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTGTAAGAAAAGT-ACATTCA
64 ATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTGA-ATTTA
* * *
8925 TAGTCACCCACACCTTGAAAAGTATTATTACTCATTTTAAACAGT
128 TAGTCACCCATACCTTG-AAAGCATTATTACTCACTTTAAACAGT
** * * *
8970 TTTATTGTGTCATAATTAATTTCAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTTGGTTAAAACACATTACAA
1 TTTATAATGTCATAATTGATTTCAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTT-GTTAAAACAGATTATAA
* * * *
9035 TTGAATGTCTGCCTTAGA-AAACGTGAAAAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGTAAAGTGAATTTATA
65 TTGAATGTCTACCTTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTGAATTTATA
* ** **
9099 ATCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATGGT
130 GTCACCCATACCTT-GAAAGCATTATTACTCACTTTAAACAGT
* * * * *
9142 TTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAACTGTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAAT
1 TTTATAATGTCATAATTGATTTCAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
* * ** * * *
9207 TGAATGTCTA-CTTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAACAAAAAAATTGCAA-CT
66 TGAATGTCTACCTTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT---GGCAAGAAAAGTG-AATTT
* * * * *
9270 ATCA-TCACTCATGCCTTTGAAAGTATTATTAC-CTGCTTTAAA-TGAT
127 AT-AGTCACCCATACC-TTGAAAGCATTATTACTC-ACTTTAAACAG-T
* * * * * * * *
9316 TTTATAATCTTATAATTGATTACAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTGAAACAGATTATAAT
1 TTTATAATGTCATAATTGATTTCAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
** * * * * * * *
9381 TGAATGTCT-GTTTTGATAAATGTAAAGAAAAAGCCTTTCATTGACAAGAAAAGT-ACATTGATA
66 TGAATGTCTACCTTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTGA-ATTTATA
** * * * *
9444 GTCAAGCATGCCTTAAAACGCATCATTACTCACTTTAAACGGT
130 GTCACCCATACCTTGAAA-GCATTATTACTCACTTTAAACAGT
* ** **
9487 TTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCT-AAAGTTTTTACATTTTTTGTTAAAAGGGATTATAAT
1 TTTATAATGTCATAATTGATTTCAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
9551 TG
66 TG
9553 CTTATCTACA
Statistics
Matches: 1817, Mismatches: 391, Indels: 168
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 5 0.00
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175 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTTATAATGTCATAATTGATTTCAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
TGAATGTCTACCTTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTGAATTTATAG
TCACCCATACCTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAACAGT
Found at i:9411 original size:174 final size:174
Alignment explanation
Indices: 8764--9432 Score: 456
Period size: 174 Copynumber: 3.9 Consensus size: 174
8754 GTCACTCAAG
* * *
8764 CCTTCGAAAGCATTATTA-CTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTCAAGTTGA
1 CCTTCGAAAGCATTATTACCT-GCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTACAAGCTGA
* * * * * * * *
8827 ATTTTTTTTAACATTTGTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAATAAACATGAAG
64 A-CTGTTTT-ACATTT-TTGACTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCGAGAAACATAAAG
*** * * * *
8891 AAAAAGCCATTCATTTGTAAGAAAAGTACATT-C-A-TA--GTCACCCACA
126 AAAAAGCCATTCATTAACAACAAAA--AAATTGCAACTATCATCACCCATA
* * ** * * *
8937 CCTT-GAAAAGTATTATTA-CT-CATTTTAAA-CAGTTTTATTGTGTCATAATTAATTTCAAGCT
1 CCTTCG-AAAGCATTATTACCTGC--TTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTACAAGCT
* * ** * * * * *
8998 GAATTTTTTTACATTTTTTGGTTAAAACACATTACAATTGAATGTCTGCCTTAGA-AAACGTGAA
62 GAACTGTTTTACA-TTTTTGACTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACTTCGAGAAACAT-AA
* ** ** * * *
9062 A-AAAAAGCCTTTCATT---GGCAAGTAAAGTG-AATTTATAATCACCCATA
124 AGAAAAAGCCATTCATTAACAACAAAAAAATTGCAA-CTATCATCACCCATA
* * * **
9109 CCTTCGAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAAC
1 CCTTCGAAAGCATTATTACCTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTACAAGCTGAAC
* *
9174 TGTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCGAGAAACATGAAGAAAAA
66 TGTTTTACATTTTTGACTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCGAGAAACATAAAGAAAAA
* *
9239 GCCATTCATTAACAACAAAAAAATTGCAACTATCATCACTCATG
131 GCCATTCATTAACAACAAAAAAATTGCAACTATCATCACCCATA
* * * * *
9283 CCTTTGAAAGTATTATTACCTGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTACAAGTTGAAT
1 CCTTCGAAAGCATTATTACCTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTACAAGCTGAAC
* * * * ** * * **
9348 TGTTTTATATTTTTTATTGAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTTTTGATAAATGTAAAGAAAAA
66 TGTTTTACATTTTTGACTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCGAGAAACATAAAGAAAAA
* * *
9413 GCCTTTCATTGACAAGAAAA
131 GCCATTCATTAACAACAAAA
9433 GTACATTGAT
Statistics
Matches: 396, Mismatches: 76, Indels: 47
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.01
168 1 0.00
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175 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (174 bp):
CCTTCGAAAGCATTATTACCTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTACAAGCTGAAC
TGTTTTACATTTTTGACTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCGAGAAACATAAAGAAAAA
GCCATTCATTAACAACAAAAAAATTGCAACTATCATCACCCATA
Found at i:9699 original size:53 final size:53
Alignment explanation
Indices: 9636--9746 Score: 141
Period size: 53 Copynumber: 2.1 Consensus size: 53
9626 TTCAAAAGCC
* *
9636 TTATTACTCGCTCTAAATGGCATTATAATCTCATAATCGATTATAAGTTGAAG
1 TTATTACTCGCTCTAAATGACATTATAATCTCATAATCGATTATAAGTTAAAG
* ** * * * *
9689 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
1 TTATTACTCGCTCTAAATGACATTATAATCTCATAATCGATTATAAGTTAAAG
9742 TTATT
1 TTATT
9747 TTACATTTTT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 9, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
53 49 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.11, T:0.45
Consensus pattern (53 bp):
TTATTACTCGCTCTAAATGACATTATAATCTCATAATCGATTATAAGTTAAAG
Found at i:10136 original size:565 final size:567
Alignment explanation
Indices: 9121--10248 Score: 1511
Period size: 565 Copynumber: 2.0 Consensus size: 567
9111 TTCGAAAGCA
* * * * *
9121 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAACTGTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAACTATTTTACATTT
** * * * * *
9186 TTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAA
66 TTAACTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTAATTAA
* * * * *
9251 CAACAAAAAAATTGCAACTATCATCACTCATGCCTTTGAAAGTATTATTACCTGCTTTAAATGAT
131 CAACAAAAAAATTGCAACTATCATCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACCTACTTTAAATGAT
* * * *
9316 TTTATAATCTTATAATTGATTACAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTGAAACAGATTATAAT
196 TTTATAATCTTATAATTGATTACAAGTTGAATTGATTTACATTGTTGATTGAAACAGATTATAAT
*** *
9381 TGAATGTCTGTTTTGATAAATGTAAAGAAAAAGCCTTTCATTGACAAGAAAAGTACATTGATAGT
261 TGAATGTCTACCTTGAAAAATGTAAAGAAAAAGCCTTTCATTGACAAGAAAAGTACATTGATAGT
*
9446 CAAGCATGCCTTAAAACGCATCATTACTCACTTTAAACGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTA
326 CAAGCATGCCTTAAAACGCATCATTACTCACTTTAAACGATTTTATAATGTCATAATTGATTTTA
* *
9511 AGCTAAAGTTTTTACATTTTTTGTTAAAAGGGATTATAATTGCTTATCTACATCAAAAAAAATGA
391 AGCTAAAGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACGGATTATAATTGCATATCTACATC-AAAAAAATGA
* * * * *
9576 AGCAAACCCCATTTGCTAGTGCGGAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
455 AGCAAAACCCATCTGCTAGCGCGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCGTATT
9641 ACTCGCTCTAAATGGCATTATAATCTCATAATCGATTATAAGTTGAAG
520 ACTCGCTCTAAATGGCATTATAATCTCATAATCGATTATAAGTTGAAG
* * *
9689 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTATTTTACATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAA-CTATTTTACATT
* * * *
9754 TTTAATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAATATGAAGAAAAAATCATTAATTG
65 TTTAACTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTAATTA
* * * **
9819 GC-A-AGAAAAGTT-CATTTAT-AGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTA-CTCACTTTAAAT
130 ACAACAAAAAAATTGCAACTATCA-TCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACCT-ACTTTAAAT
* *
9879 GGTTTTATAATCTTATAATTGATTTCAAGTTGAATT-ATTTACATTGTTGATTGAAACAGATTAT
193 GATTTTATAATCTTATAATTGATTACAAGTTGAATTGATTTACATTGTTGATTGAAACAGATTAT
* * * * * * * *
9943 AATTGAATTTTTACCTTGAAAAATGTGAAGGAAAAGCCTTTCATTGTCAAGAAAAGTGCCTTTAT
258 AATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGTAAAGAAAAAGCCTTTCATTGACAAGAAAAGTACATTGAT
* * * **
10008 AGTCACA-CATGTCTTCGAAA-GTATCATTACTTGCTTTAAACGATTTTATAATGTCATAATTGA
323 AGTCA-AGCATGCCTT-AAAACGCATCATTACTCACTTTAAACGATTTTATAATGTCATAATTGA
*
10071 TTTTAAGCTGAAGTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACGGATTATAATTGCATATCTA-A-CTAAAA
386 TTTTAAGCTAAAG-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACGGATTATAATTGCATATCTACATC-AAAA
* *
10134 AAATGAAGCAAAACCCATCTGTTGGCGCGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGC
449 AAATGAAGCAAAACCCATCTGCTAGCGCGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGC
* ** *
10199 CGTATTAGTCGCTCTAAATGGTGTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTT
514 CGTATTACTCGCTCTAAATGGCATTATAATCTCATAATCGATTATAAGTT
10249 AAATTTCTTT
Statistics
Matches: 486, Mismatches: 68, Indels: 16
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
564 109 0.22
565 144 0.30
566 114 0.23
567 7 0.01
568 47 0.10
569 65 0.13
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (567 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAACTATTTTACATTT
TTAACTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTAATTAA
CAACAAAAAAATTGCAACTATCATCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACCTACTTTAAATGAT
TTTATAATCTTATAATTGATTACAAGTTGAATTGATTTACATTGTTGATTGAAACAGATTATAAT
TGAATGTCTACCTTGAAAAATGTAAAGAAAAAGCCTTTCATTGACAAGAAAAGTACATTGATAGT
CAAGCATGCCTTAAAACGCATCATTACTCACTTTAAACGATTTTATAATGTCATAATTGATTTTA
AGCTAAAGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACGGATTATAATTGCATATCTACATCAAAAAAATGAA
GCAAAACCCATCTGCTAGCGCGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCGTATTA
CTCGCTCTAAATGGCATTATAATCTCATAATCGATTATAAGTTGAAG
Found at i:10391 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 9689--10418 Score: 752
Period size: 170 Copynumber: 4.3 Consensus size: 169
9679 TAAGTTGAAG
* *
9689 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTATTTTACATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TT-TTTTACATT
* * * ** *
9754 TTTAATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAATA-TGAAGAAAAAATCATTAATT
64 TTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-AGTGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * *
9818 GGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCA
128 GGCAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCA
* * * * * *
9861 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTCAAGTTGAATTATTTACATTGT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTT
* * * * * *
9926 TGATTGAAACAGATTATAATTGAATTTTTACCTTGA-AAAATGTGAAGGAAAAGCCTTTCATTGT
66 TGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAA-GTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * * * *
9990 CAAGAAAAGTGCCTTTATAGTCACACATGTCTTCGAAAGTA
130 CAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCA
* * * * * * *
10031 TCATTACTTGCTTTAAACGATTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAAGTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTACA-TT
* * * * * * * * *
10096 TTTG-TTAAAACGGATTATAATTGCATATCTAAC-T-AAAAAAATGAAGCAAAACCCA-TCTGTT
64 TTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATT
** * *
10157 GGCGCGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCC
128 GGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCA
* * * * * *
10200 GTATTAGTCGCTCTAAATGGTGTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTCTTTACGTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTACATTT
* * * * *
10265 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCATCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAGTCATTCATTAG
65 TTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
*
10330 CAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCA
130 CAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCA
* *
10371 TTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
10419 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 448, Mismatches: 98, Indels: 25
0.78 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 15 0.03
169 116 0.26
170 134 0.30
171 130 0.29
172 53 0.12
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTT
TGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
AAGAAAAGTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCA
Found at i:10829 original size:171 final size:163
Alignment explanation
Indices: 10580--10906 Score: 311
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 163
10570 GATAATTTCA
* * * * *
10580 AAGGCATGTGTGACTATATATGCACTTTTCTTGCCAATGAAAGTCTTTTCTTTCACATTTTTCAA
1 AAGGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAAGTCTTTTCTTTCACATTTCTCAA
* *
10645 GGTAAAAATTCAATTATAATC-TGTGTCAATCAACAA-TGTAAAAT-AATTCAACTTGAAATTAA
66 GGTAAAAATTCAATTATAATCTTGTGTCAATCAA-AAGTGTAAAATAAATTCAACTTAAAATCAA
*
10707 TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
130 TTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * *
10741 AANNNNNNNNNNGGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATTAATGATTTTTTC-TTC
1 AA----------GGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAAG-TCTTTTCTTTC
** * * * * * * * *
10805 ATGTTTCTCTAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTTAATTAAAAGTGTAAAATAAATTTAAC
55 ACATTTCTCAAGGTAAAAATTCAATTATAATCTTGTGTCAATCAAAAGTGTAAAATAAATTCAAC
* *
10870 TTAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGC
120 TTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGC
10907 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 23, Indels: 16
0.77 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.02
171 66 0.51
172 22 0.17
173 39 0.30
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (163 bp):
AAGGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAAGTCTTTTCTTTCACATTTCTCAA
GGTAAAAATTCAATTATAATCTTGTGTCAATCAAAAGTGTAAAATAAATTCAACTTAAAATCAAT
TATAAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
Found at i:11676 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11381--12163 Score: 570
Period size: 171 Copynumber: 4.6 Consensus size: 171
11371 NNNNNNNNNN
* * * * * *
11381 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATCAAACTATTTAAATCGAGTAATAA
1 AAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* * ** * * * * * * *
11446 AGATTTTAAAGG-ATTGAGTGACTATAGATAG-ACTTTTCGTGCTAACGGATGGCTTTTACTTCA
66 TGCTTTCGAAGGCA-TGGGTGACTATAAAT-GCACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTACTTCA
* *
11509 TGTTT-TACAAGGTAAACATTCAATTATAAACTATTTTAATGGA
129 TGTTTAT-CAAGGTAAACATTCAATTATAAACTGTTTTAATGAA
* ** * *
11552 AAATGTAAAATAATTCAGCGCAAAATCAATTACGACATTATAAAACCGTTTAAAGCAAGTAATAA
1 AAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* * * * *
11617 TGGTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGCATTTTTCTTACCAACGAATAGCTTTTACTTCATG
66 TGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTACTTCATG
* * * * *
11682 TTTATTGAA-GTACACATTTAATTATATACTGTTTTAATAAA
131 TTTA-TCAAGGTAAACATTCAATTATAAACTGTTTTAATGAA
* * * ********** * *
11723 AAATGAAAAAAAATT-AACCTTGAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
1 AAATGTAAAATAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * * *
11787 ATGCTTTCGAAGGCATGAGTGATTATAATTGTACTTTTCTTGCTAATAAAT-GACTTTT-CTTCA
65 ATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTACTTCA
* ** * *
11850 TGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTG-TTTAA-GCTAA
129 TGTTTATCAAGGTAAACATTCAATTATAAACTGTTTTAATG--AA
** **********
11893 AAATGTAAACCAATNNNNNNNNNNATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
1 AAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* * * *
11958 TGCTTTCCAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAA-AGGCTTTTTCTT-TT
66 TGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAATA-GCTTTTACTTCAT
* *
12021 CGTTT-TCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AA
130 -GTTTATC-AAGGTAAACATTCAATTATAAACTGTTTTAA-TGAA
* * * * *
12064 AAACGT-AAATAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACACTATAAAATCGTTTAAAGCGAGTAATA
1 AAATGTAAAAT-AATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
** *
12128 ACACTTTCGAAGGCAT-GGTGACTATAATTGCACTTT
65 ATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGCACTTT
12164 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 466, Mismatches: 127, Indels: 39
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.02
170 141 0.30
171 309 0.66
172 8 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
AAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
TGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTACTTCATG
TTTATCAAGGTAAACATTCAATTATAAACTGTTTTAATGAA
Found at i:13149 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 12831--14105 Score: 779
Period size: 171 Copynumber: 7.5 Consensus size: 169
12821 NNNNNNNNNT
* * * * *
12831 GCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAACTGTTTTACACTTTTGGCTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * * * *
12896 ACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACAT-AAAGAAAAA-GCTATTCATTAACAAGAAA
65 ACAAATTATAATTGAATGTTT-GCTCTAGAAAAATGTAAGAAAAACCCT-TTCATTGACAAGAAA
* ** * *
12959 ATTGCAACTATCA-TCACCCATGCCTTTGAAAGTATTATTACTC
128 AGT-CATTTAT-AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
* * ** * ** *
13002 GCTTTCAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTACAAGTTGAATTGTTTTACGTTTTTTATTGAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAA
* *
13067 ACAAATTATAATTGAATGTTTGCTTTA-ATAAATGTATAGAAAAACCCTTTCATTGACAAGAAAA
65 ACAAATTATAATTGAATGTTTGCTCTAGAAAAATGTA-AGAAAAACCCTTTCATTGACAAGAAAA
* * * * *
13131 GTACATTGATAGTCACCCATGCCTTGGAATGCGTCATTACTC
129 GT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
* * * * * * *
13173 ACTTTAAACGATTTTATAATGTCATAATTAATTTTAAGCTGAAGTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * * * * * * * **
13238 ACAGATTATAATTTG-ATATCTAC-CACAAAAAAAT-CAAGCAAAACCC-ATCTGTTGACGCGAA
65 ACAAATTATAA-TTGAATGTTTGCTC-TAGAAAAATGTAAGAAAAACCCTTTC-ATTGACAAGAA
* ** * *
13299 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTC
127 AAGT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
* *
13343 GCTCTAAAT-GTTATTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTGGTTAA
1 GCTTTAAATGGTT-TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGGTTAA
* * * * * *
13407 AACAGATTATCATTGAATGTCTAT-CT-TGAGAAAAGTG-AAGAAAAAGCCATTCGTT-AGCAAG
64 AACAAATTATAATTGAATGT-T-TGCTCT-AGAAAAATGTAAGAAAAACCCTTTCATTGA-CAAG
* *
13468 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCATTATTACCC
125 AAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
* * * * ** **
13514 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGAATTTAAGTTTAATTTTTTATGTTTAGGGTTAAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
** *
13579 CAAATTATAATTGAATGTTTGC-CTAGAGAAACATG-AAGAAAAA-GATATTCATTGGCAAG-AA
66 CAAATTATAATTGAATGTTTGCTCTAGA-AAA-ATGTAAGAAAAACCCT-TTCATTGACAAGAAA
** * *
13640 AGATGCATTTATAGTCAGTCATACCTTCAAAAGCATTATTACTC
128 AG-T-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
* * * * *
13684 GCTTTAAATGGTTTTATAATATCGTAATTTG-TTTTAAGTTAAATTTTTTTATACTTTTT-ATTA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTGGTTA
* * * * * * * * * * * ** *
13747 ATATATATTATAATTAAATATCTAT-CTC-AAAAAACAT-AAAGCAAAAGCCATAT-GTTGGTAC
63 AAACAAATTATAATTGAATGT-T-TGCTCTAGAAAA-ATGTAAG-AAAAACCCTTTCATTGACAA
* * * *
13808 GAAAAGCCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
124 GAAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
* * * * * *
13855 ACTTTAAATGGTGTTATAATCTCATAATTAATTTAAAGTTAAATGTTTTTACATTTTGGGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * ** * * ** * * *
13920 ATATATTATAATTGAATGTCTAT-CT-TGGGGAGCACG-AAGCAAAAGACATCCATTGGA-GAGA
65 ACAAATTATAATTGAATGT-T-TGCTCT-AGAAAAATGTAAGAAAAACCCTTTCATT-GACAAGA
* * *
13981 AAGGTTCATTTATAGTCACCCATGTCTTTGAAAGCATTATTACTC
126 AAAG-TCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
* * * * * **
14026 GCTTTAAA-GGATTTTGTAATCTCATAATTGCTTTTAAGTTCAGTTTTTTATATTTTTTATTAAA
1 GCTTTAAATGG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* *
14090 ATATATTATAATTGAA
65 ACAAATTATAATTGAA
14106 CGTCTACCCC
Statistics
Matches: 858, Mismatches: 195, Indels: 103
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 24 0.03
170 282 0.33
171 507 0.59
172 37 0.04
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
CAAATTATAATTGAATGTTTGCTCTAGAAAAATGTAAGAAAAACCCTTTCATTGACAAGAAAAGT
CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
Found at i:13813 original size:512 final size:507
Alignment explanation
Indices: 12835--14105 Score: 1322
Period size: 512 Copynumber: 2.5 Consensus size: 507
12825 NNNNNTGCTT
* * * * *
12835 TAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAACTGTTTTACACTTTTGGCTAAAACAG
1 TAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * * *
12900 ATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGCTATTCATTAACAAGAAAATTGC-
64 ATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAA-ATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGT-CT
** * *
12964 AACTATCA-TCACCCATGCCTTTGAAAGTATTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCTTATA
127 ATTTAT-AGTCACCCATGCCTTTGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATA
* * * *** * *
13028 ATTGATTACAAGTTGAATTGTTTTACGTTTTTTATTGAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCTTT
191 ATTGATT-TAAGTTCAATT-TTTTATGTTTAGGATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCTCT
* * * **
13093 AATAAATGTATAGAAAAACCCTTTCATTGACAAGAAAAGTACATTGATAGTCACCCATGCCTTGG
254 AAAAAATGTATAGAAAAACCATTTCATTGACAAGAAAAGTACATTGATAGTCACCCATACCTTCA
* * * *
13158 AATGCGTCATTACTCACTTTAAACGATTTTATAATGTCATAATTAATTTTAAGCTGAAGTTTTTT
319 AAAGCATCATTACTCACTTTAAACGATTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGCTAAAGTTTTTT
* * ** * *
13223 ACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTTGATATCTACCACAAAAAAATCAAGCAAAACCCATCT
384 ACACTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCACAAAAAAATAAAGCAAAACCCATAT
* *
13288 GTTGACGCGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTC
449 GTTGACACGAAAAG-CCTATTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTC
*
13347 TAAATGTTATTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
1 TAAATGTT-TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* *
13412 ATTATCATTGAATGTCTATCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCGTTAGCAAGAAAAGTCTA
64 ATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAAA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTA
* *
13477 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCATTATTACCCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAT
128 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAT
* *
13542 TGAATTTAAGTTTAATTTTTTATGTTTAGGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGC-CTAGA
193 TG-ATTTAAGTTCAATTTTTTATGTTTAGGATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCTCTA-A
* * * * **
13606 GAAACATG-A-AGAAAAA-GATATTCATTGGCAAG-AAAGATGCATTTATAGTCAGTCATACCTT
256 -AAA-ATGTATAGAAAAACCAT-TTCATTGACAAGAAAAG-TACATTGATAGTCACCCATACCTT
* * * * * ** * *
13667 CAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCGTAATTTGTTTTAAGTTAAATTTTT
317 CAAAAGCATCATTACTCACTTTAAACGATTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGCTAAAGTTTT
* * * * * * *
13732 TTATACTTTTTATTAATATATATTATAATTAAATATCTATCTCAAAAAACATAAAGCAAAAGCCA
382 TTACACTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCACAAAAAA-ATAAAGCAAAACCCA
** * * *
13797 TATGTTGGTACGAAAAGCCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
446 TATGTTGACACGAAAAGCCTATTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTC
* * * * * * *
13859 TAAATGGTGTTATAATCTCATAATTAATTTAAAGTTAAATGTTTTTACATTTTGGGTTAAAATAT
1 TAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* ** * * * * * *
13924 ATTATAATTGAATGTCTATCTTGGGGAGCACGAAGCAAAAGACATCCATT-GGAGAGAAAGGT-T
64 ATTATAATTGAATGTCTATCTT-GAGAAAATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCA-AGAAAAGTCT
* * *
13987 CATTTATAGTCACCCATGTCTTTGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAA-GGATTTTGTAATCTCAT
127 -ATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTTATAATCTTAT
* * * *** * *
14051 AATTGCTTTTAAGTTCAGTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAA
190 AATTG-ATTTAAGTTCAATTTTTTATGTTTAGGATTAAAACAAATTATAATTGAA
14106 CGTCTACCCC
Statistics
Matches: 631, Mismatches: 109, Indels: 38
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 7 0.01
511 177 0.28
512 433 0.69
513 14 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (507 bp):
TAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
TATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAAATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTT
ATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGA
TTTAAGTTCAATTTTTTATGTTTAGGATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCTCTAAAAAAT
GTATAGAAAAACCATTTCATTGACAAGAAAAGTACATTGATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCAT
CATTACTCACTTTAAACGATTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGCTAAAGTTTTTTACACTTT
TTATTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCACAAAAAAATAAAGCAAAACCCATATGTTGACA
CGAAAAGCCTATTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTC
Found at i:14132 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 12832--14138 Score: 915
Period size: 341 Copynumber: 3.8 Consensus size: 337
12822 NNNNNNNNTG
* * * * * * * * *
12832 CTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAACTGTTTTACACTTT-TGGCTAAA
1 CTTTAAATAGTGTTATAATCTCATAATTGAATTTAAG-TTAAATTTTTTACA-TTTAGGGTTAAA
* * * ** * **
12896 ACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAG-CTATTCATTAACAAGAAA-
64 ACAAATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACACGAAGAAAAAGAC-ATCCATTGGCAAGAAAG
** * ** * *
12959 ATTGCAACTATCA-TCACCCATGCCTTTGAAAGTATTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATC
128 A-TGCATTTAT-AGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTT-AAAGGTTTTATAATC
* ** * ** * * * *
13023 TTATAATTGATTACAAGTTGAATTGTTTTACGTTTTTTATTGAAACAAATTATAATTGAATGTTT
190 TCATAATTG-TTTTAAGTTAAATT-TTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT
* ** * * * * * * *
13088 GCTTTA-ATAAA-TGTATAGAAAAACCCTTTCATT-GACAAGAAAAGTAC-ATTGATAGTCACCC
253 AC-CCAGAAAAAGTG-A-AGCAAAAGCCATTCGTTAG-CAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCC
* * * * * *
13149 ATGCCTTGGAATGCGTCATTACTCA
313 AAGCCTTCGAAAGCATTATTACCCA
* * * * * ***
13174 CTTTAAA-CGATTTTATAATGTCATAATT-AATTTTAAGCTGAAGTTTTTTACATTTTTTGTTAA
1 CTTTAAATAG-TGTTATAATCTCATAATTGAA-TTTAAG-TTAAATTTTTTACATTTAGGGTTAA
* * * * * * ** ** *
13237 AACAGATTATAATTTG-ATATCTACC-ACAAAAAAATC-AAGCAAAACCCATCTGTTGACGCGA-
63 AACAAATTATAA-TTGAATGTCTACCTAGAGAAACA-CGAAGAAAAAGACATCCATTG--GCAAG
* * * * * *
13298 AAAG-TCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGTTATTATAA
124 AAAGATGCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAGGTT-TTATAA
* * * ** * * *
13362 TCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATCATTGAATGT
188 TCTCATAATTG-TTTTAAGTTAAATTT-TTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGT
* ** * * *
13427 CTATCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCGTTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT
251 CTACCCAGA-AAAAGTGAAGCAAAAGCCATTCGTTAGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAA
* *
13492 GCCTTTGAAAGCATTATTACCCG
315 GCCTTCGAAAGCATTATTACCCA
* * * **
13515 CTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGAATTTAAGTTTAATTTTTTATGTTTAGGGTTAAAAC
1 CTTTAAATAGTGTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTAAATTTTTTACATTTAGGGTTAAAAC
* * * * *
13580 AAATTATAATTGAATGTTTGCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAGATG
66 AAATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACACGAAGAAAAAGACATCCATTGGCAAGAAAGATG
** * *
13645 CATTTATAGTCAGTCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCGTA
131 CATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAA-GGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
13710 ATTTGTTTTAAGTTAAATTTTTTTATACTTTTTATTAATATATATTATAATTAAATATCTATCTC
195 A-TTGTTTTAAGTTAAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CCC
* * * * * *
13775 A-AAAAACATAAAGCAAAAGCCATAT-GTTGGTACGAAAAGCCTATTTATAGTCACTCAAGCCTT
257 AGAAAAA-GTGAAGCAAAAGCCAT-TCGTTAGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTT
* *
13838 CGAAAGCCTTATTACTCA
320 CGAAAGCATTATTACCCA
* *
13856 CTTTAAATGGTGTTATAATCTCATAATT-AATTTAAAGTTAAATGTTTTTACATTTTGGGTTAAA
1 CTTTAAATAGTGTTATAATCTCATAATTGAATTT-AAGTTAAAT-TTTTTACATTTAGGGTTAAA
* * * * * * * *
13920 ATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGGGGAGCACGAAGCAAAAGACATCCATTGG-AGAGAAAG
64 ACAAATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACACGAAGAAAAAGACATCCATTGGCA-AGAAAG
* * ** ** *
13984 GTTCATTTATAGTCACCCATGTCTTTGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAGGATTTTGTAATCTC
128 ATGCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAGG-TTTTATAATCTC
* * *
14049 ATAATTGCTTTTAAGTTCAGTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAACGTCTACC
192 ATAATTG-TTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-C
14114 CCAGAAAAAGTGAAGCAAAAGCCAT
255 CCAGAAAAAGTGAAGCAAAAGCCAT
14139 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 762, Mismatches: 167, Indels: 73
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 6 0.01
340 56 0.07
341 468 0.61
342 225 0.30
343 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (337 bp):
CTTTAAATAGTGTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTAAATTTTTTACATTTAGGGTTAAAAC
AAATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACACGAAGAAAAAGACATCCATTGGCAAGAAAGATG
CATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAGGTTTTATAATCTCATAA
TTGTTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCCAGAA
AAAGTGAAGCAAAAGCCATTCGTTAGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAG
CATTATTACCCA
Found at i:14861 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 14437--15724 Score: 974
Period size: 171 Copynumber: 7.5 Consensus size: 168
14427 NNNNNNNNNN
* * * * **
14437 ACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACGTTTTTGGC
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAG-TGAATTGTTTTACATTTTT-AT
* ** * * * ** * *
14501 TAAAACATATTATAATTGAATACCTGCCT-TAGAAAACGTGAGGTTAAAGTCT-TTCAAT-GAAA
64 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAATGTGA-GAAAAAG-CTATTCATTAG-CA
* * ** * *
14563 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAGGTATTATT
125 AGAAAAGTACAATTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATT
* * * *
14607 ACTTGCTTTAACTGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTTAGCTGAATT-TCTTTACATTTTTAG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAG-TGAATTGT-TTTACATTTTTA-
* * *
14671 CTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTCAAGAAACGTGA-AAAAAGCTATTCATTAGCAAGA
63 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGA
* * *
14735 AAAGTGCAATTATATTCACCCATACCTTCGAAAGCATTGTT
128 AAAGTACAATTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATT
* * * * * *
14776 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTCAAGTAGAATTTTTTTTTACATTTTTG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGT-GAA--TTGTTTTACATTTTT-
* * * *
14841 ATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGATAAATGTGAAGAAAAAGCCT-TTCATT-GAA
62 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTG-AGAAAAAG-CTATTCATTAG-C
* *
14904 AAAAAAAGTACAATTATAGTCA-CCATACCTTCGAAAGCGTTATT
124 AAGAAAAGTACAATTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATT
* * *
14948 ACTCGCTTTAAACGGTTCTATAGTGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TATTTACATTTTTAG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAG-TGAATTGT-TTTACATTTTTA-
* * * * ** *
15012 TTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTTAAAAAATGAAAAGAAAAAGCCT-TTCATTGGCAA
63 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATG-TGAGAAAAAG-CTATTCATTAGCAA
* * * * *
15076 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTAGAAAGCATTATT
126 GAAAAGTACAATTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATT
** * * * *
15119 ACTTACTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGACTTTAAGCTAAATTGGTTTACATTTTTGGC
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAG-TGAATTGTTTTACATTTTT--A
* * ** *
15184 TT-AAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAG-TCATTTATTTA-CA
63 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTG-AGAAAAAGCT-ATTCA-TTAGC-
* * * * * * *
15246 AAAAAAAGCACAATTATAATCACTCATGCCTTTGAAAGCATTAGT
124 AAGAAAAGTACAATTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATT
* * * * * *
15291 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTTATAATTGATTTCAAGGTTAATTGTTTTATATTTTTTAT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAA-GTGAATTGTTTTACA-TTTTTAT
* * * * * *
15356 TAAAACGGATTATAATTGAATGTGTACCTCAATAAATGTGAAGTAAAAGCTATTCGTTGGCAAGA
64 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTG-AGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGA
* * * *
15421 AAAATGCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAACCATTATT
128 AAAGTACAATTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATT
* * *
15462 ACTCGTTTTAAACGATTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGGTGAATTGTTTTACATTTTTCAT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAA-GTGAATTGTTTTACATTTTT-AT
* * * * * * * * * * *
15527 TAAAATAGTTTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACATG-AAGCAAAAGCCATCCGTTAGCACG
64 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAA-ATGTGAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAG
* * * * * *
15591 AAAAGT-CTATCTATAGTCA-CTAAATCCTTTGAAATCCTTATT
127 AAAAGTACAAT-TATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCATTATT
* ** * * * * *
15633 ACTCGATTTAAATAATTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTACTTTTTTAGTT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTGAATTGTTTTACATTTTTA-TT
* * * * *
15697 AAAAAATATTGTAATTGTATATCTACCT
65 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
15725 TGAAAAACAT
Statistics
Matches: 903, Mismatches: 176, Indels: 80
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.01
169 119 0.13
170 143 0.16
171 395 0.44
172 197 0.22
173 42 0.05
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTGAATTGTTTTACATTTTTATTA
AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAA
GTACAATTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATT
Found at i:14981 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14437--15577 Score: 987
Period size: 171 Copynumber: 6.7 Consensus size: 170
14427 NNNNNNNNNN
* * * * * **
14437 ACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACGTTTTTGGCT
1 ACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTGAATTTTTTTACATTTTTGATT
* ** * * * ** * * *
14502 AAAACATATTATAATTGAATACCTGCCT-TAGAAAACGTGAGGTTAAAGTCTTTCAATGAAAAGA
66 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGAAAAAA
* * ** * *
14566 AAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAGGTATTATT
130 AAAGTACAATTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATT
* * * *
14607 ACTTGCTTT-AACTGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTTAGCTGAATTTCTTTACATTTTT-A
1 ACTCGCTTTAAAC-GGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAG-TGAATTTTTTTACATTTTTGA
* * *
14670 GCTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTCAAGAAACGTG-A-AAAAAG-CTATTCATT-AGC
64 -TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCT-TTCATTGA-A
* * * *
14731 AAGAAAAGTGCAATTATATTCACCCATACCTTCGAAAGCATTGTT
126 AAAAAAAGTACAATTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATT
* ** * * *
14776 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTCAAGTAGAATTTTTTTTTACATTTTTG
1 ACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGT-GAA--TTTTTTTACATTTTTG
* * * *
14841 ATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGATAAATGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGAAAA
63 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGAAAA
*
14906 AAAAAGTACAATTATAGTCA-CCATACCTTCGAAAGCGTTATT
128 AAAAAGTACAATTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATT
* * *
14948 ACTCGCTTTAAACGGTTCTATAGTGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTACATTTTT-AG
1 ACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAG-TGAATTTTTTTACATTTTTGA-
* * * * * ** ** *
15012 TTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTTAAAAAATGAAAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAG
64 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGAAAAA
* * * * *
15077 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTAGAAAGCATTATT
129 AAAAGTACAATTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATT
** * * * ** *
15119 ACTTACTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGACTTTAAGCTAAATTGGTTTACATTTTTGGC
1 ACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAG-TGAATTTTTTTACATTTTT-GA
* * * * *
15184 TT-AAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTT-ATTTACAA
64 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAG-CCTTTCATTGA-AA
* * * * * *
15247 AAAAAAGCACAATTATAATCACTCATGCCTTTGAAAGCATTAGT
127 AAAAAAGTACAATTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATT
** * * * * * * *
15291 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTTATAATTGATTTCAAGGTTAATTGTTTTATATTTTTTAT
1 ACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAA-GTGAATTTTTTTACATTTTTGAT
* * * * * * * *
15356 TAAAACGGATTATAATTGAATGTGTACCTCAATAAATGTGAAGTAAAAG-CTATTCGTTGGCAAG
65 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCT-TTCATT-GAAAA
* * *
15420 AAAAA-TGCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAACCATTATT
128 AAAAAGTACAATTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATT
* * * *
15462 ACTCGTTTTAAACGATTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGGTGAATTGTTTTACATTTTTCAT
1 ACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAA-GTGAATTTTTTTACATTTTTGAT
* * * * * *
15527 TAAAATAGTTTATAATTGAATGTTTACCTTGAA-AAACATGAAGCAAAAGCC
65 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCC
15578 ATCCGTTAGC
Statistics
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AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGAAAAAAA
AAGTACAATTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATT
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Alignment explanation
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14427 NNNNNNNNNN
* * *
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* ** * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * *
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*
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321 TACCTTCGAAAGCATTATT
* * * *
14776 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTCAAGTAGAATTTTTTTTTACATTTTTG
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTA-AA--TTGTTTTACATTTTTG
* * * ** *
14841 ATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGATAAATGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGAAAA
63 CTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTCTTTCATTGAAAA
* * * * * *
14906 AAAAAGTACAATTATAGTCACCATACCTTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAACGGTTCTATAG
128 AAAAAGCACAATTATAGTCACCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
14971 TGTCATAATTGATTTTAA-GTTGAATTTATTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATA
193 TATCATAATTGATTTTAAGGTT-AATTTATTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * *
15035 TCTACCTTAAAAAATGAAAAGAAAAAGCCT-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
257 TATACCTCAAAAAATG-AAAGAAAAAG-CTATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCC
* *
15099 ATGCCTTAGAAAGCATTATT
320 ATACCTTCGAAAGCATTATT
* * * *
15119 ACTTACTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGACTTTAAGCTAAATTGGTTTACATTTTTGGC
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAAATTGTTTTACATTTTT-GC
* *
15184 TT-AAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTT-ATTTACAA
64 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTC-TTTCATTGA-AA
* * * *
15247 AAAAAAGCACAATTATAATCACTCATGCCTTTGAAAGCATTAGTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
127 AAAAAAGCACAATTATAGTCAC-CATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
15312 AATTTTATAATTGATTTCAAGGTTAATTGT-TTTATATTTTTTA-TTAAAACGGATTATAATTGA
191 AATATCATAATTGATTTTAAGGTTAATT-TATTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * *
15375 ATGTGTACCTCAATAAATGTGAAGTAAAAGCTATTCGTTGGCAAGAAAAATGCATTTATAGTCAC
254 ATGTATACCTCAAAAAATG-AAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCAC
*
15440 CCATACCTTCGAAACCATTATT
318 CCATACCTTCGAAAGCATTATT
** * * * *
15462 ACTCGTTTTAAACGATTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGGTGAATTGTTTTACATTTTT-CA
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTAAATTGTTTTACATTTTTGC-
* * * * * *
15526 TTAAAATAGTTTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACATGAAGCAAAAG
64 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAG
15576 CCATCCGTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAATTGTTTTACATTTTTGCTT
AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTCTTTCATTGAAAAAAA
AAGCACAATTATAGTCACCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATAT
CATAATTGATTTTAAGGTTAATTTATTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTATA
CCTCAAAAAATGAAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATACCT
TCGAAAGCATTATT
Found at i:16412 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 6.5 Consensus size: 171
16116 NNNNNNNNNN
* * * * * *
16126 TAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTATATTTTTGGTTAAGATAG
1 TAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG
* * * * *
16191 ATTATAATTGAATTTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGTAAAAAAAAGTCA
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*
16256 ATTATAGTCACCT-ATCCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTT
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* * * **
16297 TAAATGGTTTGATAATGTTATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTGTATTTTTGGTTAAGAA-A
1 TAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA-AATA
* * * * *
16361 GATTATAATTAAATGTCTATATTGAAAAACATGAAGAACAAGCCTTTCATTGGCAAGTAAAGTTC
65 GATTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-TC
* *
16426 ATTTATAGTGACCT-ATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTT
129 AATTATAGTCACCTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTT
* * * * * * * * *
16468 TAAACGATTTTATAATGTCATAATTGACTTTAAGCTGAATTGTTTCACATTTTTTGTTAAAATAG
1 TAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG
* * ** ** * * * *
16533 ATTCTGATTGAATGTCTGCCTTGAAAAATGTGAAGCAAAAGCCA-TCTGTTGGCATGAAAAGTCT
66 ATTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCA
* ** * * *
16597 ATGTATAGTCA-CTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTATTCGCTT
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* *
16639 TAATTAGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CATGTTTTGGGTTAAAAT
1 TAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTT-GGTTAAAAT
* * * * *
16703 GGATTATAATTGAATGTCTATC-TCAAGAAACATGAAGCAAAACCCA-TCTGTTGG-AATGAAAA
64 AGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAA-GAAAA
* * * *
16765 GTCTAATTATAGTCA-CTCAAGCCTTCGAAACCTTTAATACTCACTT
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* ********** * ** *
16811 TAAATGGTTTTATANNNNNNNNNNTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACGCTTTTGGTTAAAACAG
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* * * * * *
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* * * * *
16941 TTTATAGTC-TCTCATGCCATAGAAAGCATTATTACTCGCTT
130 ATTATAGTCACCTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTT
* * * * * * ** *
16982 TAAATAGCTTGATAATGTCATAATTGATTTTAAATT-ATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAT
1 TAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG
* * * * ** * *
17046 ATTATAACTGAATGTTTGTCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCAT
66 ATTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAA
* * *
17111 TTATAGTCACC-CATGCCATCGAAAGTATTATTACTCGCTT
131 TTATAGTCACCTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTT
* * *
17151 TAAATGGGTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTATGTT-AAATTTTTTA-ATGTTTTGGGTTTAAA
1 TAAAT-GGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTT-GGTTAAAA
* *
17213 TATATTATAATTGACTGTCT
63 TAGATTATAATTGAATGTCT
17233 GCCTCAAGAA
Statistics
Matches: 753, Mismatches: 162, Indels: 43
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 77 0.10
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172 133 0.18
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG
ATTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAA
TTATAGTCACCTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTT
Done.