Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397841.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1141.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2890
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.10, T:0.30
Warning! 576 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:751 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 187--1750 Score: 1366
Period size: 171 Copynumber: 9.3 Consensus size: 168
177 NNNNNNNNNN
* * * ** *
187 TTTTATATT-TTTGGTTAAAACAAACGATAATTGAATGGTTACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAAA
1 TTTTTTATTATTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAA
* * ** * *
251 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCTCATATTTCTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTT
66 GCATTCATTGGCAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
** * * *
316 TAAATTATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAG
130 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
355 TTTTTTCACTTGTTTGGTTAAAACAGACTATAAATGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAATAAAC
1 TTTTTT-A-TTATTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAA
* * * * * *
420 AAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGGCTTAGTACT-AC
64 AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
484 TTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTTG-TTTTAAGGTGAA
128 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAA
* ** * * *
525 TATTTTTATATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATCTTTACCTTGAGAAACATAAAGAAAA
1 T-TTTTTAT-TATTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAA
* * *
590 AAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGC
64 AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
655 TTTAAATGGTTTTGTAATCTAATAATTGATTTTGAGTTGAA
128 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * *
696 TTGTTTTATGTATTTAGTTAAAACAGACTATAAATAAATATTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAC
1 TT-TTTTAT-TATTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAA
* * * * *
761 AAGCATTTATTGGCAAGACAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGT
64 AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
826 TTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAA
128 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAA
* * * * * *
868 TTTTTTTACATTA-TTGGTTAAAATATATTATAATTGAA-AGTTTAGCTCTAGAAACATGCAG-A
1 -TTTTTT--ATTATTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATA-TTTACCTCGAGAAACATGAAGAA
* ** * * * *
930 AAAAGATATTCATTGATAGGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAGAAGTCATATTACT
62 AAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * **
995 TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTAAAA
125 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * *
1039 TTGTTTAATACTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAACATCTACCTTGAGAAACATGAAGAATA
1 TTTTTTATTA--TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAA
* * * * ** * *
1104 AGGCATTCACTAGCAGAAAAAAAACCATTTATAGTCACCCATCCCTTTAAAAGCCTTATTACTCG
64 AAGCATTCATTGGC--AAGAAAAGTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* *
1169 CTTGAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
127 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * ** *
1211 TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATCTTTATCT-GAAGAAACAAAAACAAA
1 -TTTTTTAT-TATTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATTTACCTCG-AGAAACATGAAGAAA
* * * * *
1275 AAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCCATTCCTTCTAGAGCTTTATTACTC
63 AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCA-CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
**
1340 GCTTTAAAT-G----AT--T-T--T-A--G-GGTTAA--TG--
126 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* ** * * * * * * * * *
1365 TCTTTACTTTTTTGGCTAAAACACACTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACATCAAGAAACAA
1 TTTTTTATTATTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAA
* * * *
1430 GCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTT
66 GCATTCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* *
1495 TAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
130 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* *** * **
1534 TTCTTTTACATT-TTTGGTTAAAACACACTATAATTGAATGCCTAGCTTTAGAAACATGAAGAAA
1 TT-TTTT--ATTATTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATTTACCTCGAGAAACATGAAGAAA
* ** *
1598 CAAGCATTCATTAACAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATTCCTT-AAACAGCATTATTACTC
63 AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA-AGCCTTATTACTC
* * *
1662 ACTTTAAATGGTTATGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
126 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * *
1705 TTTTCTTACATT-TTTGATTAAAACAGACGATAATTGAATGTTTACC
1 TTTT-TT--ATTATTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATTTACC
1751 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1135, Mismatches: 207, Indels: 105
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
151 30 0.03
152 76 0.07
153 7 0.01
156 3 0.00
158 5 0.00
159 2 0.00
161 2 0.00
162 2 0.00
164 2 0.00
165 5 0.00
167 4 0.00
168 8 0.01
169 3 0.00
170 159 0.14
171 522 0.46
172 286 0.25
173 16 0.01
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
TTTTTTATTATTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAA
GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
Found at i:1025 original size:343 final size:336
Alignment explanation
Indices: 187--1750 Score: 1378
Period size: 343 Copynumber: 4.6 Consensus size: 336
177 NNNNNNNNNN
* * ** * * *
187 TTTTATATTTTTGGTTAAAACAAACGATAATTGAATGGTTACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAA-A
1 TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATCTTTACCT-TAGAAACATAAAGAAAAAGA
* * * * ** *
251 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCTCATATTTCTTCA-AAGGCCTTATTACTCGCT
65 -TATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAGAA-G-CTTATTACTCGCT
* * *
315 TTAAATTATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAGTT-TTTTCACTTGTTTGGTTAAAAC
127 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTGTTTT-A-TT-TTTGGTTAAAAC
* * * *
379 AGACTATAAATGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAATAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTC
189 AGACTATAAATGAATATTTACCTCGAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * *
444 CATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGGCTTAGTACTAC-TTTAAAT-AGTTTTATAATCTCGT
254 CATTTATAGTCCCT-ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT-CGTTTAAATGA-TTTTATAATCTC-A
* * *
507 AATTTG-TTTTAAGGTGAATAT
315 AAATTGATTTTAAGTTGAATTT
**
528 TTTTATATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATCTTTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAA-A
1 TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATCTTTACCTT-AGAAACATAAAGAAAAAGA
* * * *
592 GTATTCATTGGCAAGAAAAGTGC-ATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCT
65 -TATTCATTGACAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AGAAGCTTATTACTCGCT
* * * *
656 TTAAATGGTTTTGTAATCTAATAATTGATTTTGAGTTGAATTGTTTTATGTATTTAGTTAAAACA
127 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTGTTTTAT-T-TTTGGTTAAAACA
* * * *
721 GACTATAAATAAATATTTACCTCGAGAAACATGAAGAAACAAGCATTTATTGGCAAGACAAGTCT
190 GACTATAAATGAATATTTACCTCGAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
*
786 ATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAA
255 ATTTATAGTC-CCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCG-TTTAAATGATTTTATAATCTCAAAA
*
851 TTGATTTTAAGTTCAAATTT
318 TTGATTTTAAGTT-GAATTT
* * * * * ** * **
871 TTTTACATTATTGGTTAAAATATATTATAATTGAAAGTTTAGCTCTAGAAACATGCAGAAAAAGA
1 TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATCTTTACCT-TAGAAACATAAAGAAAAAGA
* * * *
936 TATTCATTGATAGGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAGAAGTCATATTACTTGCTTT
65 TATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAGAAG-CTTATTACTCGCTTT
* ** ** *
1001 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTAAAATTGTTTAATACTTTTGGTTAAAACAGA
129 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTGTTT--TATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * * * * * * **
1066 CTAGAATTGAACATCTACCTTGAGAAACATGAAGAATA-AGGCATTCACTAGCAGAAAAAAAACC
192 CTATAAATGAATATTTACCTCGAGAAACATGAAGAA-ACAAGCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCC
* * * * * *
1130 ATTTATAGTCACCCATCCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATTTCATAA
255 ATTTATAGTC-CCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCG-TTTAAATGATTTTATAATCTCAAAA
1195 TTGATTTTAAGTTGAATTT
318 TTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * *
1214 TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATCTTTATCTGAAGAAACAAAAACAAAAAGG
1 TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATCTTTACCT-TAGAAACATAAAGAAAAAGA
*
1279 CATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCCATTCCTTCTAG-AGCTTTATTACTCGCT
65 TATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCCATTCCTTC-AGAAGC-TTATTACTCGCT
*** * * * *
1343 TTAAATGA-TTT-TAGGGT--TAA-TG--TCT---TT--A-----CT-TTTTTGGCTAAAACACA
127 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTGTTTTATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * * * *
1390 CTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACATCAAGAAACAAGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCAT
192 CTATAAATGAATATTTACCTCGAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
1455 TTATAGTCACTCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTGTAATCTCATAAT
257 TTATAGTCCCT-ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTC-GTTTAAATGA-TTTTATAATCTCAAAAT
*
1519 TGATTTTAAGTTGAATTC
319 TGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * *
1537 TTTTACATTTTTGGTTAAAACACACTATAATTGAATGC-CTAGCTTTAGAAACATGAAGAAACAA
1 TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT-CTTTA-CCTTAGAAACATAAAGAAA-AA
* * * *
1601 G-CATTCATTAACAAGAAAAGTGC-ATTTATAGTCACCCATTCCTT-AAACAGCATTATTACTCA
63 GATATTCATTGACAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAGA-AGC-TTATTACTCG
* * * * *
1663 CTTTAAATGGTTATGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTCTTACATTTTTGATTAAA
125 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTGTT-TT--ATTTTTGGTTAAA
* * *
1727 ACAGACGATAATTGAATGTTTACC
187 ACAGACTATAAATGAATATTTACC
1751 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 998, Mismatches: 172, Indels: 105
0.78 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
320 1 0.00
322 32 0.03
323 158 0.16
324 65 0.07
325 1 0.00
326 3 0.00
327 2 0.00
329 2 0.00
332 3 0.00
334 2 0.00
337 1 0.00
339 3 0.00
340 5 0.01
341 248 0.25
342 71 0.07
343 289 0.29
344 108 0.11
345 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (336 bp):
TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATCTTTACCTTAGAAACATAAAGAAAAAGAT
ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAGAAGCTTATTACTCGCTTTAA
ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTGTTTTATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
AAATGAATATTTACCTCGAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCCCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
AAGTTGAATTT
Found at i:1396 original size:152 final size:151
Alignment explanation
Indices: 1221--1499 Score: 364
Period size: 152 Copynumber: 1.8 Consensus size: 151
1211 TTTTTTTATA
* * * *
1221 TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATCTTTATC-TGAAGAAACAAAAACAAA-AAGGCATTC
1 TTTTTGGCTAAAACACACTATAATTGAATCTCTAGCTTG-AGAAACAAAAACAAACAA-GCATTC
* * * * *
1284 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCCATTCCTTCTAGAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT
64 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
1349 GATTTTAGGGTTAATGTCTTTACT
128 GATTTTAGGGTTAATGTCTTTACT
* ** * *
1373 TTTTTGGCTAAAACACACTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACATCAAGAAACAAGCATTTAT
1 TTTTTGGCTAAAACACACTATAATTGAATCTCTAGCTTGAGAAACAAAAACAAACAAGCATTCAT
* * *
1438 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
66 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
1500 AGTTTTGTAA
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 17, Indels: 5
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
151 30 0.28
152 74 0.69
153 4 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (151 bp):
TTTTTGGCTAAAACACACTATAATTGAATCTCTAGCTTGAGAAACAAAAACAAACAAGCATTCAT
TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGAT
TTTAGGGTTAATGTCTTTACT
Done.