Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403143.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_810.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 18372
ACGTcount: A:0.27, C:0.08, G:0.10, T:0.26
Warning! 5300 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:319 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 295--334 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
285 GAATGGGTGA
295 CAATAAATACACTT-TTCTTGC
1 CAATAAATAC-CTTGTTCTTGC
*
316 CAATGAATACCTTGTTCTT
1 CAATAAATACCTTGTTCTT
335 CATGTTTCTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 2
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.18
21 14 0.82
ACGTcount: A:0.30, C:0.23, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (21 bp):
CAATAAATACCTTGTTCTTGC
Found at i:618 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6--1622 Score: 1333
Period size: 172 Copynumber: 9.5 Consensus size: 171
1 TATCG
* * ** * * * * **
6 AGGTAGACATTTAATTATAGTCTGCTTTAACAAAAAATATAAAAAATTTTAACTT-AAATTTATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* ********** * * *
70 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGNNNNNNNNNNGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAGATGG
66 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGG
* ** * *
135 ACT-TTTC-TTCTAAATGAATG-GATTTT-TTAACATGTTTCTCA
131 A-TATTTCTTTC-CAATGAATGCCTTTTTCTTTAC--GTTTCTTA
* * * * *
176 AGGAAGACATTAAATTATAGTCTGTTTTGA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * * **
240 ATGAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATGGGTGACAATAAATAC
66 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGG
* * * * * *
305 ACT-TTTCTTGCCAATGAATACCTTGTTCTTCATGTTTCTTG
131 A-TATTTCTTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTA
* ** ** *
346 AGGTAGACACTCAATTATAGCCTGCTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * *
411 ATGAAATTATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGACTAGGTTACTATAAATAG
66 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGG
*
476 ATATTTCTTTCCAATGAATCCCTTTTTCTTTACGTTTCTTA
131 ATATTTCTTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTA
** * * ** * *
517 AGACAAACAATCAACAATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAACATCAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * *
582 ATTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAT-GAATGATTGTAAAT
65 TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAAT
* * * * *
646 GGACT-TTGCTAGT-CAATAAATACCTTTTTCTTCT-TGTTTCTTA
129 GGA-TATTTCT-TTCCAATGAATGCCTTTTTCTT-TACGTTTCTTA
* *
689 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAATATGT--AAAAATTCAACTTAAAATCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
752 TTGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGACTATAAATGG
66 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGG
* * * * * *
817 ACATTTCTTAT-CAATGAATGTCTTCTTCTTCACATTTCTGA
131 ATATTTCTT-TCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTA
* ** * * * *
858 AGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATTAAAAATTTTAAAAAA-GCTATATTTAAAATCAA
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC-A-ACTTAAAATCAA
* * ** * * ** *
922 TTTTAAGATTATAGAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTTTGAAGGAATGGGAGGTTAAAAA
64 TTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAA
* * ** *
987 TAGACT-TTTC-TTCCAAATGAATGGCTTTTTCAATACGTTTCTTG
128 TGGA-TATTTCTTTCC-AATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTA
* * *
1031 AGGTAGGCATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * ** *
1096 TTGAGATTATAAAACAATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAACGGGTGAGTATAAAT-G
66 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGG
* * * * *
1160 AAATTTTTTTGCTAATGAATG-CTTTTTTTTTATGTTTC-TA
131 ATATTTCTTT-CCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTA
* ** * *
1200 GAGGTAGACAATCAATTATAGCCTGTTTT-AGCAAAATATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
1 -AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * *
1264 TTATGAAAATAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAAT-GGATGACTATAAA
64 TTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG-TGACTATAAA
* * * * *
1328 TGGACATTTCTTGCCAATCAATGCCTTTTTCTTCATG-TTCTTCA
128 TGGATATTTCTTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTT-A
* *
1372 AGGTAGACGTTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAACTGTATAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
1437 TTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAAT-GGTTCACTATAAAT
65 TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG-TGACTATAAAT
* * * *
1501 GGA-ATTTTTTTGCTAATGAATGTCTTTTTTTTTACGTTTC-TA
129 GGATATTTCTTT-CCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTA
* * * ** * * * *
1543 GAGGTGGATAATCAATTATAGCCTGTTTTAGCCAAAACTTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
1 -AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * *
1608 TATGAAATTAGAAAA
65 TTTGAGATTATAAAA
1623 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1165, Mismatches: 243, Indels: 77
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 167 0.14
170 256 0.22
171 285 0.24
172 360 0.31
173 96 0.08
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGG
ATATTTCTTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTA
Found at i:895 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 104--1622 Score: 1556
Period size: 341 Copynumber: 4.4 Consensus size: 339
94 NNNNNNNNNN
* * * * * ** *
104 GGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAGATGGACTTTTCTT-CTAAATGAATG-GATTTT-TTAAC
1 GGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGAATTTTTTTGCT-AATGAATGTCTTTTTCTTTAC
* * * * *
166 ATGTTTCTCAAGGAAGACATTAAATTATAGTCTGTTTTGACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
65 --GTTTCT-AAGGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * *
231 AAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATGGGTGAC
127 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGAC
* * * * *
296 AATAAATACACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTGTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACACTCAAT
192 TATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAAT
** ** * * *
361 TATAGCCTGCTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAC
257 TATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
* * *
426 CATTCAAAGCGAGTAATAA
321 AATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * * * **
445 GGCTTTTGAAGGACTAGGTTACTATAAATAGATATTTCTTT-CCAATGAATCCCTTTTTCTTTAC
1 GGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGA-ATTTTTTTGCTAATGAATGTCTTTTTCTTTAC
** * ** *
509 GTTTCTTAAGACAAACAATCAACAATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTA
65 GTTTC-TAAGGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTA
* * * * *
574 ACATCAA-TATTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAATGA
127 AAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGA
* * * * * * * *
638 TTGTAAATGGACTTTGCTAGTCAATAAATACCTTTTTCTTCTTGTTTCTTAAGGTAGACATTCAA
191 CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAA
* * *
703 TTATAATCTGTTTTAACCAAATATGT-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGATATTATAAAAC
256 TTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
*
767 CATTTAAAGTGAGTAATAA
321 AATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * * *
786 GGCTTTTAAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACATTTCTTAT-C-AATGAATGTCTTCTTCTTCA
1 GGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGA-ATTT-TTTTGCTAATGAATGTCTTTTTCTTTA
* * * * * * * *
849 CATTTCTGAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATTAAAAATTTTAAAAAA-GCTATATT
64 CGTTTCT-AAGGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTC-A-ACT
* * * **
913 TAAAATCAATTTTAAGATTATAGAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTTTGAAGGAATGGGA
125 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAAT-GGA
** * ** * * * *
978 -GGTTAAAAATAGACTTTTCTT-CCAAATGAATGGCTTTTTCAAT-ACGTTTCTTGAGGTAGGCA
188 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC-AATGAATACCTTTTTC-TTCATGTTTCTTAAGGTAGACA
* *
1040 TTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
251 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
*
1105 TAAAACAATTTAATGTGAGTAATAA
315 TAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAA
** * * * *
1130 GGCTTTTGAAGGAACGGGTGAGTATAAATGAAATTTTTTTGCTAATGAATG-CTTTTTTTTTATG
1 GGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGAATTTTTTTGCTAATGAATGTCTTTTTCTTTACG
** *
1194 TTTCTAGAGGTAGACAATCAATTATAGCCTGTTTTAGCAAAATATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
66 TTTCTA-AGGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
1259 ATCAATTATGAAAATAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAATGGATGACTA
129 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTA
* * * * *
1324 TAAATGGACATTTCTTGCCAATCAATGCCTTTTTCTTCATG-TTCTTCAAGGTAGACGTTCAATT
194 TAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAATT
*
1388 ATAATCTATTTTAACCAAAACTGTATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
258 ATAATCTATTTTAACCAAAAATG--TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
1453 AATTTAAAGTGAGTAATAA
321 AATTTAAAGTGAGTAATAA
* * *
1472 GGTTTTTGAAGGAAT-GGTTCACTATAAATGGAATTTTTTTGCTAATGAATGTCTTTTTTTTTAC
1 GGCTTTTGAAGGAATAGG-TGACTATAAATGGAATTTTTTTGCTAATGAATGTCTTTTTCTTTAC
* * ** * * *
1536 GTTTCTAGAGGTGGATAATCAATTATAGCCTGTTTTAGCCAAAACTTTAAAAAAATTCAACTTAA
65 GTTTCTA-AGGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTTA-ACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* *
1601 AATCAATTATGAAATTAGAAAA
128 AATCAATTATGAGATTATAAAA
1623 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 973, Mismatches: 172, Indels: 64
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 17 0.02
341 316 0.32
342 258 0.27
343 287 0.29
344 94 0.10
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
GGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGAATTTTTTTGCTAATGAATGTCTTTTTCTTTACG
TTTCTAAGGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATA
AATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATA
ATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTT
AAAGTGAGTAATAA
Found at i:2480 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1849--3088 Score: 1308
Period size: 341 Copynumber: 3.6 Consensus size: 340
1839 NNNNNNNNNN
*
1849 TACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAATAATAAGGCT
1 TACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* *
1914 TTTGAAGGAATGGGTCACTATAAATGAAATTTTGTTGCTAATGAATGCCTTTTTTTTCATATTTC
66 TTTGAAGGAATGGGTCGCTATAAATG-AATTTTGTTGCTAATGAATGCC-TTTTTTCCATATTTC
* * * * *
1979 TTGAGGTAGACATTCAATTATAGCCAGTTTTAGC-AAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCA
129 TCGAGGTAGACATTCAATTATAGCCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * *
2043 ATTATGAAATTATAAAACCATTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTATTATAAAT
194 ATTATAAAATTATAAAACCATTTAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAAT
** * * * *
2108 AAACATTTCTTGCCAATGAATATCATTTTCTTCATGTTTTTCGAGGTAGAAATTCAATTATAATC
259 GGATATTTCTTTCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTTTCGAGGTAGAAATTCAATTATAATC
*
2173 TGTTTTAACTAAAATTG
324 TGTTTTAACAAAAATTG
* * **
2190 TACAAACAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATATGACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
1 TACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
*
2255 TTTGAAGGAATGGGTCGCTATAAATGCAATTTTGTTGCTAATGAATGCCTTTTTTCCACATTTCT
66 TTTGAAGGAATGGGTCGCTATAAATG-AATTTTGTTGCTAATGAATGCCTTTTTTCCATATTTCT
* * * * *
2320 CGAGGTAGACATTTAATTATAGCCTTTTTTATCAAAAAATGTAAAAAAACTCAGCTTAAAATCAA
130 CGAGGTAGACATTCAATTATAGCCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
2385 TTATAAAATTATAAAACCATTTAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATG
195 TTATAAAATTATAAAACCATTTAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATG
* * * **
2450 GATATTTCTTTCCAATGAATACCTTTTTCTTTACGTTTCTT-GAGGCA-AACATTCAACAATAAT
260 GATATTTCTTTCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTT-TTCGAGGTAGAA-ATTCAATTATAAT
2513 CTGTTTTAACCAAAAA-TG
323 CTGTTTTAA-CAAAAATTG
* * **
2531 TA-AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAACCT
1 TACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
** * * * * *
2595 TTTGAAGGTTTGGGT-GACTGTAAGTGAACTTTGCCTAT-C-AATAAATGCCCTTTTCTT-CTTA
66 TTTGAAGGAATGGGTCG-CTATAAATGAATTTTG--T-TGCTAATGAATG-CCTTTT-TTCCATA
* * ** * * * *
2656 TTTCTCGAGGTAGATATTCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAAATTTTAAAAAATTCAACTCAAA
125 TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGCCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * *** ** * * * *
2721 ATAAATTTTGTGATTATAAAACCATTTAAATTGAG-AAGTAAGGCTTCTAAAGAAATGGGTGACT
190 ATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAGCT-AGTAA-TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACT
** * * * * *
2785 ATAAATGGAT-TTT-TTTGTTAATGAATGCCTTCTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAAT
253 ATAAATGGATATTTCTTT-CCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTTTCGAGGTAGAAATTCAAT
*
2848 TATAATCTTTTTTAACCAAAAATT-
317 TATAATCTGTTTTAA-CAAAAATTG
* * * * * *
2872 TAAAAAAAACT-ATATTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGT
1 TACAAAAAATTCA-ACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* ** * * * * * *
2936 TTTTGAAGGAATGAGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATGTC-TTTTTCTATAAGTT
65 TTTTGAAGGAATGGGTCGCTATAAAT-GAATTTTGTTGCTAATGAATGCCTTTTTTCCAT-A-TT
* * * * * *
3000 TCTC-AGGGCA-AGCATTCAATTATAGTCTTTTTTACCAAAAAAAGTTAAAAAATTCAACTTAAA
127 TCTCGA-GGTAGA-CATTCAATTATAGCCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * *
3063 ATCAGTTATAAGATTATAAAAGCATT
190 ATCAATTATAAAATTATAAAACCATT
3089 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 752, Mismatches: 120, Indels: 53
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 9 0.01
340 134 0.18
341 408 0.54
342 195 0.26
343 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
TACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
TTTGAAGGAATGGGTCGCTATAAATGAATTTTGTTGCTAATGAATGCCTTTTTTCCATATTTCTC
GAGGTAGACATTCAATTATAGCCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
TATAAAATTATAAAACCATTTAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATGG
ATATTTCTTTCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTTTCGAGGTAGAAATTCAATTATAATCTG
TTTTAACAAAAATTG
Found at i:2710 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1852--3088 Score: 1097
Period size: 171 Copynumber: 7.3 Consensus size: 168
1842 NNNNNNNTAC
* *
1852 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* * * *
1917 GAAGGAATGGGTCACTATAAATGAAATTTTGTTGCTAATGAATGCCTTTTTTTTCATATTTCTTG
66 GAAGGAATGGGTGACTATAAATG-AA-TTTGTTGC-AATGAATGCCCTTTTCTTCATATTTCTCG
** * * *
1982 AGGTAGACATTCAATTATAGCCAGTTTT-AGCAAAAATATA
128 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTTA
* * * *
2022 AAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTT-AAGCGAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * ** * * *
2086 GAAGGAATGGGTTATTATAAATAAACATTTCTTGCCAATGAATATCATTTTCTTCATGTTTTTCG
66 GAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GA-ATTTGTTG-CAATGAATGCCCTTTTCTTCATATTTCTCG
* *
2151 AGGTAGAAATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAATTGTA
128 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATT-TA
* * ** *
2192 CAAACAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATATGACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
*
2257 TGAAGGAATGGGTCG-CTATAAATGCAATTTTGTTGCTAATGAATG-CCTTTT-TTCCACATTTC
65 TGAAGGAATGGGT-GACTATAAATG-AA-TTTGTTGC-AATGAATGCCCTTTTCTT-CATATTTC
* ** * * * *
2319 TCGAGGTAGACATTTAATTATAGCCTTTTTTATCAAAAAATGTA
125 TCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTTA
* * * * *
2363 AAAAAACTCAGCTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTT-AAGCT-AGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * ** *
2426 TGAAGGAATGGGTTACTATAAATGGATATTTCTTTCCAATGAATACCTTTTTCTTTACGTTTCTT
65 TGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GA-ATTT-GTTGCAATGAATGCCCTTTTCTTCATATTTCTC
* * ** *
2491 GAGGCAAACATTCAACAATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA
127 GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTTA
* **
2533 AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAACCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
** * * * *
2598 GAAGGTTTGGGTGACTGTAAGTGAACTTTGCCTAT-CAATAAATGCCCTTTTCTTCTTATTTCTC
66 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGAA-TTTG--T-TGCAATGAATGCCCTTTTCTTCATATTTCTC
* * * *
2662 GAGGTAGATATTCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAAATTTT
127 GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTTA
* * * * *
2704 AAAAAATTCAACTCAAAATAAATTTTGTGATTATAAAACCATTTAAATTGAG-AAGTAAGGCTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA-TAAGGCTTT
* * * * *
2768 TAAAGAAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTTTGTTAATGAATG-CCTTCTTCTTCATATTTCTC
65 TGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GAATTTGTTG-CAATGAATGCCCTT-TTCTTCATATTTCTC
*
2832 GAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATTTA
127 GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTTA
* * * * *
2874 AAAAAA-ACTATATTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTT
1 AAAAAATTC-A-ACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * * *
2938 TTGAAGGAATGAGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATGTCTTTTTC-T-ATAAGTTT
64 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GA-ATTTGTTGC-AATGAATGCCCTTTTCTTCAT-A-TTT
* * * *
3001 CTC-AGGGCA-AGCATTCAATTATAGTCT-TTTTTACCAAAAAAAGTT-
124 CTCGA-GGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACC--AAAAATTTA
* * * *
3046 AAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATAAGATTATAAAAGCATT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATT
3089 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 859, Mismatches: 164, Indels: 87
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 153 0.18
170 244 0.28
171 340 0.40
172 110 0.13
173 11 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
GAAGGAATGGGTGACTATAAATGAATTTGTTGCAATGAATGCCCTTTTCTTCATATTTCTCGAGG
TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTTA
Found at i:3697 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3205--3769 Score: 519
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 169
3195 GGAGGTATAT
* ** * * * * *
3205 ATTCAATTATAGTCTATTTTTGCCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATAAAATT
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* *
3270 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAAGAAT-AGGTTACTATAAATAGACATTTT
66 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGG--ACTATAAATAAAC-TTTT
* *
3334 -TTGCCAATGAATGCCTTTTTCATTACCG-TTCTTGAGGCAAAC
128 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTC-TT-CCGTTTCTAGAGGCAGAC
** * *
3376 ATTCAACAATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCCACTTAAAATCAATTTTGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * * * * * * * * * *
3441 ATAAAATTATTTAAAACGAGTAATAGGGCTTCTAAAAGTATGGGTGACTGTATATGAACTTTGCT
66 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAG-GACTATAAATAAACTTTTCT
* * ** * *
3506 TGTCAATAAATGTATTTTTCTTCTCGTTTCTAGATGTAGAC
130 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTC-CGTTTCTAGAGGCAGAC
* * *
3547 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTTTGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * * * * *
3612 ACAAAACCATTTAATGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGAGAGGCTATAAATAAACTTTTCT
66 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAG-GACTATAAATAAACTTTTCT
* * * * *
3677 T-CCAAATGAATAG-CTTTTTCTATACGTCTCTCGAGGGAGGC
130 TGCC-AATGAAT-GCCTTTTTCT-TCCGTTTCTAGAGGCAGAC
* * *** *
3718 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAGGTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
3770 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 312, Mismatches: 74, Indels: 16
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 8 0.03
171 299 0.96
172 3 0.01
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGGACTATAAATAAACTTTTCTT
GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCCGTTTCTAGAGGCAGAC
Found at i:6391 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6207--7578 Score: 966
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 169
6197 NNNNNNNNNN
* * *
6207 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-ATTTTTTTGCTAATGT
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTTTTTGCTAATGA
* * * *
6271 ATGTCTTTTT-TTCTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTAAATTATTATCTGTTTTAGCCAAAATGT
66 ATGCCTTTTTCTTCT-ACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-CCAAAATGT
********* *
6335 NNNNNNNNNNAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCG
129 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCA
* * * *
6377 TTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATTAATGGACA-TTTCTTGCCAATG
1 TT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTTTTTGCTAATG
*
6441 AATGCCTTTTTCTTCGT-GGTTT-TCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATT
65 AATGCCTTTTTCTTC-TACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-ACCAAAA-T
* * * * *
6504 GTACAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAGAACAA
127 GT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCA
* * *
6549 TGTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTCG-CTATAAATGGA-ATTTTGTTGCTAAT
1 T-TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT-GACTATAAATGGACATTTTTTTGCTAAT
* * * * * *
6612 GAATGCCATTTT-TTCCACATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAACCTTTTTTACCAAAAAAT
64 GAATGCCTTTTTCTTCTACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTACC--AAAAT
**
6676 GTAAAAAATTCTGCTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCA
127 GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCA
* * *
6719 TTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAT-ACTATAAATGGATATTTCTTT-CTAATG
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG-TGACTATAAATGGACATTTTTTTGCTAATG
* * * **
6782 AATGCCTTTTTCTT-TACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAACAATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
65 AATGCCTTTTTCTTCTACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-ACC-AAAATG
* * * *
6846 TAAAAAAATTCAATTTCAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA
128 T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCA
* * ** ** * * **
6889 TTTAAAGTGAGTAAAAAACCTTTTGAAGGTTTGGGTGACTGTAAATGAAC-TTTGCTTG-TCAAT
1 -TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTTTTTGCT-AAT
* * * *
6952 AAATGCCTTTTTCTTCTTA--TTTCTCGAGGTAGATATTCAATTACAATCTATTTTAACCAAAAA
64 GAATGCCTTTTTCTTC-TACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-ACC-AAAA
* * * **
7015 TTTTAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTTTGTGATTATAAAACCA
126 -TGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCA
** * * *
7060 TTTAAATTGGGTAGTAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGG--ATTTTTTTG-TCAAT
1 -TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTTTTTGCT-AAT
* ** * * *
7122 GAATGCCTTCTTCTT-TATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAACAAAAAAT
64 GAATGCCTTTTTCTTCTACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AC-CAAAAT
* * * * *
7186 TTTAAAAATTCTATATTTAAAATCAAATT-TGAGATTATAAAACTA
127 GTAAAAAATTC-A-ACTTAAAATC-AATTATGAAATTATAAAACCA
******** * * ** * *
7231 TTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTNNNNNNNNNNTAGAG-G-CTATAAATAGAC-TTTTCCTCCAA
1 -TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT--TGAAGGAAT-GGGTGACTATAAATGGACATTTTTTTGCTA
* * * * * ** * * *
7292 ATGAATGTCTTTTTC-TATAAGTTTCTCGAGGCAGGCATTCAATTATGGTTTTTTTTAACAAAAA
62 ATGAATGCCTTTTTCTTCTACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AC-CAAA
* * *
7356 AAGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTAT-AAGATTATAAAAGCA
125 ATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAA-ATTATAAAACCA
* * * * * *
7402 TTCATAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGAC-TTTTCTTCCTAATT
1 TT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTTTTTGCTAATG
* * * * ** *
7466 AATGGCTTTTTCTGC-ACGGTTC-CTAATATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT
65 AATGCCTTTTTCTTCTACGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AC-CAAAAT
** * * ** *
7529 AAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGGCATAATAAAACCA
127 GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCA
7572 TTTAAAG
1 -TTAAAG
7579 TGAGNNNNNN
Statistics
Matches: 954, Mismatches: 196, Indels: 104
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 109 0.11
170 236 0.25
171 393 0.41
172 195 0.20
173 19 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTTTTTGCTAATGA
ATGCCTTTTTCTTCTACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTACCAAAATGTAA
AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCA
Found at i:6838 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 6207--7582 Score: 1208
Period size: 342 Copynumber: 4.0 Consensus size: 338
6197 NNNNNNNNNN
* * *
6207 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAATTTTTTTGCTAATGTA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAATTTTGTTGCTAATGAA
* * * * * *
6272 TGTCTTTTTTTCTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTAAATTATTATCTGTTTTAGCC--AAAATGT
66 TG-CCTTTTTTC-CACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTA-CCAAAAAATGT
********* * *
6335 NNNNNNNNNNAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCGTTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
128 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATT-TAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * *
6400 TGAAGGAATGGGTTACTATTAATGGACATTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC-TT-CGTGGTT-
191 TGAAGGAATGGG-TACTATAAATGGATATTTCTTTCTAATGAATGCCTTTTTCTTTACGT--TTC
*
6462 TTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATTGTACAAAAAATTCAACTTAAAAT
253 TT-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATTGTA-AAAAAATTCAATTTAAAAT
* *
6527 TAATTTTGAGATTATAGAACAAT
316 CAATTTTGAGATTATAAAACAAT
* *
6550 GTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTCG-CTATAAATGGAATTTTGTTGCTAATGA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT-GACTATAAATGGAATTTTGTTGCTAATGA
* *
6614 ATGCCATTTTTTCCACATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAACCTTTTTTACCAAAAAATGTA
65 ATGCC-TTTTTTCCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTACCAAAAAATGTA
**
6679 AAAAATTCTGCTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
129 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
6744 AGGAATGGGATACTATAAATGGATATTTCTTTCTAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTGAG
194 AGGAATGGG-TACTATAAATGGATATTTCTTTCTAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTGAG
* * ** * *
6809 GCAAACATTCAACAATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTCAAATCAATTTT
258 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTTT
*
6874 GAGATTATAAAACCAT
323 GAGATTATAAAACAAT
* ** ** * * *
6890 TTAAAGTGAGTAAAAAACCTTTTGAAGGTTTGGGTGACTGTAAAT-GAACTTTGCTTG-TCAATA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAATTTTG-TTGCT-AATG
* ** * * * * *
6953 AATGCCTTTTTCTTCTTATTTCTCGAGGTAGATATTCAATTACAATCTATTTTAACCAAAAATTT
64 AATGCCTTTTT-TCCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCT-TTTTTACCAAAAAATG
* * ** ** * *
7018 TAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTTTGTGATTATAAAACCATTTAAATTGGGTAGTAAGGCTTT
127 TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTT-AAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * **
7083 TAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAT-TTT-TTTGTCAATGAATGCCTTCTTCTTTATATTTCT
191 TGAAGGAATGGGT-ACTATAAATGGATATTTCTTTCT-AATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCT
* * *
7146 TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAACAAAAAATT-T-TAAAAATTCTATATTTAAAAT
254 TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAAATTGTAAAAAAATTC-A-ATTTAAAAT
* *
7209 CAAATTTGAGATTATAAAACTAT
316 CAATTTTGAGATTATAAAACAAT
* ******** * * * ** * *
7232 TTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTNNNNNNNNNNTAGAG-G-CTATAAATAGACTTTTCCTCCAAAT
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT--TGAAGGAAT-GGGTGACTATAAATGGAATTTTGTTGCTAAT
* * * * * ** * * *
7294 GAATGTC-TTTTTCTATAAGTTTCTCGAGGCAGGCATTCAATTATGGTTTTTTTTAACAAAAAAA
63 GAATGCCTTTTTTCCA-CA-TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTACCAAAAAAT
* * * *
7358 GTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTAT-AAGATTATAAAAGCATTCATAGTGAGTAATAAGGC
126 G-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAA-ATTATAAAACCATTTA-AGCGAGTAATAAGGC
* * * * ** *
7422 TTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACT-TTTCTTCCTAATTAATGGCTTTTTCTGCACGGT
188 TTTTGAAGGAATGGG-TACTATAAATGGA-TATTTCTTTCTAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTT
* * ** * * * * *
7486 TCCTAATATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-AAAAAAAATTAAACTTAAAAT
251 TCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAATTCAATTTAAAAT
* *
7550 CAATTTTG-GCATAATAAAACCAT
316 CAATTTTGAG-ATTATAAAACAAT
7573 TTAAAGTGAG
1 TTAAAGTGAG
7583 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 838, Mismatches: 162, Indels: 68
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 14 0.02
340 127 0.15
341 273 0.33
342 276 0.33
343 142 0.17
344 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (338 bp):
TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAATTTTGTTGCTAATGAA
TGCCTTTTTTCCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTACCAAAAAATGTAAA
AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
GAATGGGTACTATAAATGGATATTTCTTTCTAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTA
GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTTTGAG
ATTATAAAACAAT
Found at i:8866 original size:172 final size:168
Alignment explanation
Indices: 8528--9682 Score: 721
Period size: 171 Copynumber: 6.8 Consensus size: 168
8518 NNNNNNNNNN
* * * ** * * * * *
8528 TTCTAGAGGTAGAAAATCAATTATAGCCTGTTTTAGCCCAAAATGTAAAAAAATTGAACTCAAAA
1 TTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAT-T-AAAAAATTTAACTTAAAA
** * * * * *
8593 TCAATTACGAAATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACTAT
64 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * * *
8658 AAATGGACATTTCTT-TCCAATGAACACCTATTTCTTCATGT
129 AAATGAAC-TTTCTTGT-CAATGAATACCTTTTTCTTCATAT
* * * * *
8699 TTTTTGAGGTAGACGTTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAACTATACAAAACATTTAAGTTAAA
1 TTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAT-TA-AAAA-ATTTAACTTAAA
* * ** *
8764 ATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGCCTTTTGAAGGTTTGGGTGACTG
63 ATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* * *
8829 TAAATGAACTTTGGTTGTCAATAAATACCTTTTTCTTCTTAT
128 TAAATGAACTTT-CTTGTCAATGAATACCTTTTTCTTCATAT
* * * * * *
8871 TTCTAGAGGTCGATATTCAATTACAATCTATTTTAACAAAAAATTTTAAAAAATTCAACTTAAAA
1 TTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA--TTAAAAAATTTAACTTAAAA
* * * * * * * * *
8936 TTAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAATTGAATAGTAAGGCTTATAAATGAATGGGTGACTAC
64 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* *
9001 AAATGGATA-TTTTTTGTCAATGAATGCCTTCTTT-TTCATAT
129 AAAT-GA-ACTTTCTTGTCAATGAATACCTT-TTTCTTCATAT
* * * ** *
9042 TTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATTTTTTAATCAAAAATTAAAAAAAAAACTATATTTAA
1 TTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATT---AAAAAATTTA-ACTTAA
* * * * **
9107 AATGAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGAGAAACT
62 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* ** *
9172 ATAAAT-AGACTTTTCTT-CCAAATGAATGTCTTTTTCTATCA-GT
127 ATAAATGA-AC-TTTCTTGTC-AATGAATACCTTTTTCT-TCATAT
* * * * * * * *
9215 TTCTCGAAGCAGGCATTCAATTATAGTCT-TTCTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAA
1 TTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT-TTAAC-CAAAAA-TTAAAAAATTTAACTTAAA
* * * * * * *
9279 ATCAGTTATAAGATTATAAAAGCATTCGT-AA-CGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGAC
63 ATCAATTTTGAGATTATAAAACCATT--TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * ** * *
9342 TATAAATGGACTTTTCTT-CCTAATTAATGGCTTTTTCTGCACAT
126 TATAAATGAAC-TTTCTTGTC-AATGAATACCTTTTTCTTCATAT
** * * * *
9386 TT-TCCAATGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACC--AAA--AAAAAATTGAACTTAAAAT
1 TTCT-TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATTAAAAAATTTAACTTAAAAT
* * * *
9446 CGATTTTG-GCATAATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTAT
65 CAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * * ** * *
9510 AAAT-AGACTTTTGTTGCCAATAAATGA-AATATT-TTAATAT
129 AAATGA-AC-TTTCTTGTCAATGAAT-ACCTTTTTCTTCATAT
* ** * * * * ** * *
9550 TTATCCAGGTAAATATTTAATTATAGTCTGCTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAA
1 TTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAT-T-AAAAAATTTAACTTAAAA
*** ** * * * *
9614 TTTGTTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTAT
64 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
9679 AAAT
129 AAAT
9683 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 771, Mismatches: 172, Indels: 84
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 1 0.00
164 34 0.04
165 87 0.11
166 5 0.01
168 3 0.00
169 60 0.08
170 18 0.02
171 280 0.36
172 161 0.21
173 112 0.15
174 9 0.01
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
TTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATTAAAAAATTTAACTTAAAATC
AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
ATGAACTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTCTTCATAT
Found at i:9236 original size:344 final size:335
Alignment explanation
Indices: 8885--9521 Score: 725
Period size: 344 Copynumber: 1.9 Consensus size: 335
8875 AGAGGTCGAT
** * * *
8885 ATTCAATTACAATCTATT-TTAACAAAAAATTTTAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTTTAAGAT
1 ATTCAATTACAATCT-TTCTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGAT
* * * *
8949 TATAAAACCATT-TAAATTGAATAGTAAGGCTTATAAATGAATGGGTGACTACAAATGGA-TATT
65 TATAAAACCATTCT-AA-CGAATAATAAGGCTTATAAAGGAATGGGAGACTACAAATGGACT-TT
** * * ** *
9012 T-TTTGTCAATGAATGCCTTCTTT-TTCATA-TTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATTTT
127 TCTTCCT-AATGAATGCCTT-TTTCTGCACATTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTT
* *
9074 TTAATCAAAAATTAAAAAAAAAACTATATTTAAAAT-GAATTTTGAG-ATTATAAAACTATTTAA
189 TTAA-CAAAAA--AAAAAAAAAAC-----TTAAAATCG-ATTTTG-GCATAATAAAACCATTTAA
* *
9137 AGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGAGA-AACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATGT
244 AATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GATAACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATGT
9201 CTTTTTCTATCAGTTTCTCGAAGCAGGC
308 CTTTTTCTATCAGTTTCTCGAAGCAGGC
* * *
9229 ATTCAATTATAGTCTTTCTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATAAGATT
1 ATTCAATTACAATCTTTCTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATT
* * * *
9294 ATAAAAGCATTCGTAACGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCT
66 ATAAAACCATTC-TAACGAATAATAAGGCTTATAAAGGAATGGGAGACTACAAATGGACTTTTCT
* * * *
9359 TCCTAATTAATGGCTTTTTCTGCACATTTTCCAATGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACC
130 TCCTAATGAATGCCTTTTTCTGCACATTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACA
***
9424 AAAAAAAAATTGAACTTAAAATCGATTTTGGCATAATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCT
195 AAAAAAAAAAAAAACTTAAAATCGATTTTGGCATAATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCT
*
9489 TTTGAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTT
260 TTTGAAGGAATGGATAACTATAAATAGACTTTT
9522 GTTGCCAATA
Statistics
Matches: 248, Mismatches: 35, Indels: 28
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
335 3 0.01
336 71 0.29
337 1 0.00
341 8 0.03
343 10 0.04
344 144 0.58
345 10 0.04
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (335 bp):
ATTCAATTACAATCTTTCTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATT
ATAAAACCATTCTAACGAATAATAAGGCTTATAAAGGAATGGGAGACTACAAATGGACTTTTCTT
CCTAATGAATGCCTTTTTCTGCACATTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAA
AAAAAAAAAAAAACTTAAAATCGATTTTGGCATAATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTT
TTGAAGGAATGGATAACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATGTCTTTTTCTATCAGTTTCT
CGAAGCAGGC
Found at i:13097 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12812--14266 Score: 1186
Period size: 171 Copynumber: 8.5 Consensus size: 171
12802 NNNNNNNNNN
* ** * * *
12812 GGTAGACAATCAATTATAGCCTGTTTTAGCTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
1 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTT
** * *
12877 TCTAATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTTGACTGTAAATGGA
66 TGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG-TGACTATAAATGGA
* * *
12942 CATTTCTTGCCAACGAATGCCTTTTTGTTCATGTTTTCT-GA
130 CATTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGATTTCTCGA
* * * *
12983 GGTAGACATTCAATAATAATCTGTTTTAACCAAAACTATACAAAAATTCAACTTAAAATCAATTT
1 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTT
* * * * * * *
13048 TGAAATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAAGTTTTTAAAGGAATGGGTCACTATAAGTGGA
66 TGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGA
* * **
13113 -ATTT-TAATGCTAATGAATGCC-TTTTGTTCAACATTTCTCGA
130 CATTTCT--TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGATTTCTCGA
* ** * * * *
13154 AGTAGACATTCAATTATAGCCTGCTTTAGCC-AAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTA
1 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTT
* * * ** * *
13218 TGAAATTATAAAACTA-TTGAAGCAAGTGCTAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATGGA
66 TGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGA
* * * * *
13282 TATTTCTTTCTAATTAATGCCTTTTTCTT--TGCATTTCTTGA
130 CATTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATG-ATTTCTCGA
* * **
13323 GGCAAACATTCAACAATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTT
1 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTT
* * ** * *
13388 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGGGTGACTGTAAATGAA
66 TGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGA
* * *
13453 C-TTTGCTTGTCAATAAATGCCTTTTTCTTC-TTATTTCTCGA
130 CATTT-CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGATTTCTCGA
* * ** * *
13494 GGTAGACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAACATGTAAAAAAATAGAACTTAAAATGATTTT
1 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTT
* * ** * *
13559 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATACTTTTAAAGAAATGAG-GCACTATAAATGG
66 TGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTG-ACTATAAATGG
* * * * *
13623 ATATTTTTTGTCAATGAATACCTTTTTTTTCAT-ATTTCTCGA
129 ACATTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGATTTCTCGA
* * * * * * * *
13665 GGTACACATTCAATTATAATATTTTTTAACTAAAAATTTTGAAAAAACT-ATATTTAAAATCAAT
1 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCAAT
* ** * * * * * * *
13729 TTTGAGATTATAAAATTATTTAAAGCCAGTAAAAAGGTTTTTGAAAGAATGAGAGGCTATAAATA
64 TTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATG
* * * *
13794 GAC-TTTTTTTCCAAATGAATGGCTTTTTCTAT-ACG-TTTCTCGA
128 GACATTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTCT-TCATGATTTCTCGA
* * * *
13837 GGTA-AGCATTCAATTATAGTCTTTTTTAACAAAAACAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
1 GGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
13901 TAT-AAGATTATAAAAGCATTCCT-AA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATCA
64 TTTGAA-ATTATAAAACCATT--TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAA
* * * * * *
13963 ATGGAC-TTGTCTT-CTTAATTAATGGCTTTTTCTACACG-TTTCTCAA
125 ATGGACATT-TCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGATTTCTCGA
* * * *
14009 TGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAG-AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATT
1 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
** * * *
14073 TTGGCATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATAG
65 TTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG-TGACTATAAATGG
* * * ***** * *
14138 ACTTTTGTTGCCAATAAATGAAAAATT-TTAAT-ATTTATCGA
129 ACATTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGATTTCTCGA
* ** ** * * *
14179 GGTAAACATTCAATTATTGTCTACTTTAA-AAAAAATATAAAAAAA-TCTAACTT-AAATTAATT
1 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATT
* * *
14241 ATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCG
65 TTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCG
14267 TGTAGACATT
Statistics
Matches: 1032, Mismatches: 210, Indels: 87
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 29 0.03
169 101 0.10
170 154 0.15
171 476 0.46
172 261 0.25
173 10 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTT
TGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTGACTATAAATGGAC
ATTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGATTTCTCGA
Found at i:15511 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 15152--15536 Score: 519
Period size: 172 Copynumber: 2.2 Consensus size: 172
15142 NNNNNNNNNN
* * *
15152 AAGCGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATGAATAC
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAATTTTTTTGTCAATGAATAC
* * * * *
15217 CTTTTTCTTCAAGTTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAACTGTACAAA
66 ATTTTTCTTCAAGTTTTCTGAGGTAAACATTCAATTATAACCTATTTTAACCAAAAATGTACAAA
* * *
15282 GAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTA
131 AAATTCAACTTAAAATCAATTTGAAGATTAAAAAACCATTTA
* * *
15324 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATCAATTGAATTTTTTTG-CTAATGAATA
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAATTTTTTTGTC-AATGAATA
* * * *
15388 -ATTTTTTTTCTAAG-TTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGCCTGTTTTAGCCAAAAATGTA-
65 CATTTTTCTTC-AAGTTTTCT-GAGGTAAACATTCAATTATAACCTATTTTAACCAAAAATGTAC
15450 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAA-ATTAAAAAACCATTTA
128 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAAGATTAAAAAACCATTTA
* *
15495 AAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGGGTGACTATAAAT
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
15537 GGACATTTCT
Statistics
Matches: 187, Mismatches: 22, Indels: 9
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 90 0.48
172 97 0.52
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAATTTTTTTGTCAATGAATAC
ATTTTTCTTCAAGTTTTCTGAGGTAAACATTCAATTATAACCTATTTTAACCAAAAATGTACAAA
AAATTCAACTTAAAATCAATTTGAAGATTAAAAAACCATTTA
Found at i:15578 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 15152--15589 Score: 542
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 171
15142 NNNNNNNNNN
* * * *
15152 AAGCGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATGAATAC
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACATTTTTTGCCAATGAAT-C
* * *
15217 CTTTTTCTTCAAGTTT-TCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAACTGTACAA
65 CTTTTTCTTCAAGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAACCTATTTTAACCAAAAATGTACAA
* * *
15281 AGAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTA
129 AAAATTCAACTTAAAATCAATTTGAAGATTAAAAAACCATTTA
* * * * *
15324 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATCAATTGA-ATTTTTTTGCTAATGAATA
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACA-TTTTTTGCCAATGAATC
* * * * * *
15388 ATTTTTTTTCTAAGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGCCTGTTTTAGCCAAAAATGTA-AA
65 CTTTTTCTTC-AAGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAACCTATTTTAACCAAAAATGTACAA
15452 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAA-ATTAAAAAACCATTTA
129 AAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAAGATTAAAAAACCATTTA
* * * * *
15495 AAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGCCAACGAATGC
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACATTTTTTGCCAATGAAT-C
* *
15560 CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
65 CTTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGGTAGACAT
15590 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 225, Mismatches: 35, Indels: 13
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
171 116 0.52
172 107 0.48
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACATTTTTTGCCAATGAATCC
TTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAACCTATTTTAACCAAAAATGTACAAAA
AATTCAACTTAAAATCAATTTGAAGATTAAAAAACCATTTA
Found at i:16277 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15983--16333 Score: 397
Period size: 170 Copynumber: 2.1 Consensus size: 170
15973 TGTTTTAGAA
*
15983 AAAAATGTAAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTATGAAATAATAAAACCATTTAAGTGAGTAATA
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTATGAAATAATAAAACCATTTAAGTGAGTAACA
* * ** * * *
16048 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATGATTATTTCTTTCCAATGAATGTCTTTTTCTT-TA
66 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAAACATTGCTTTCCAATCAATGCCTTTTTCTTCT-
* * *
16112 CGTTTCTTGAGGCAAATATTCAACAATATTCTGTTTTAACC
130 CGTTTCTCGAGGCAAATATTCAACAACAATCTGTTTTAACC
* * * *
16153 CAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATT-TTAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAAAC-TAAAATCAATTATGAA-ATAATAAAACCATTT-AAGTGAGTA
** * * *
16216 ACAAGG-TTTTGAAGGTTTGGGTGAGTGTAAATAAACCTTGCTTGT-CAATCAATGCCTTTTTCT
63 ACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAAACATTGCTT-TCCAATCAATGCCTTTTTCT
* * * **
16279 TCTTGTTTCTCGAGGTAGATATTCAATTACAATCTGTTTTAACC
127 TCTCGTTTCTCGAGGCAAATATTCAACAACAATCTGTTTTAACC
16323 AAAAATGTAAA
1 AAAAATGTAAA
16334 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 150, Mismatches: 26, Indels: 10
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.04
170 128 0.85
171 16 0.11
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAAAATGTAAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTATGAAATAATAAAACCATTTAAGTGAGTAACA
AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAAACATTGCTTTCCAATCAATGCCTTTTTCTTCTC
GTTTCTCGAGGCAAATATTCAACAACAATCTGTTTTAACC
Done.