Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403147.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_814.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 14450
ACGTcount: A:0.28, C:0.11, G:0.10, T:0.28
Warning! 3420 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:292 original size:129 final size:130
Alignment explanation
Indices: 60--317 Score: 331
Period size: 129 Copynumber: 2.0 Consensus size: 130
50 TTTTACTTAA
** * *
60 AACAAATTATAATTGAATGTTTGGCTAAGAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAACAAAAG
1 AACAAATTATAATTGAATGTTTACCTAAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAACAAAAG
* * * *
125 CCCAGTTATAGTCACCAAACCCATCAAAAACCTTATTACTCTCTTTAA-ATGGTTTTA-AACCTC
66 CCCAGTTATAGTCACCAAACCCATCAAAAACCTGATTACACGCTTTAATATGATTTTATAACCTC
* *
188 AACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAA
1 AACAAATTATAATTGAATGTTTACC-TAAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAACAAAA
** * * * ** *
253 GCTTATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTGATTACACGCTTTAATATGATTTTATAACCT
65 GCCCAGTTATAGTCACCAAACCCATCAAAAACCTGATTACACGCTTTAATATGATTTTATAACCT
318 TAAAATCGAT
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 18, Indels: 3
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
128 23 0.21
129 73 0.67
130 8 0.07
131 5 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.18, G:0.12, T:0.29
Consensus pattern (130 bp):
AACAAATTATAATTGAATGTTTACCTAAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAACAAAAG
CCCAGTTATAGTCACCAAACCCATCAAAAACCTGATTACACGCTTTAATATGATTTTATAACCTC
Found at i:1693 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1366--3019 Score: 1267
Period size: 171 Copynumber: 9.6 Consensus size: 169
1356 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1366 TTTAGATTTTTGGCTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTGCCTAGGGAAACATGAATAAAAACAC
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAATAAAAA-TC
* * * * *
1431 ACTT-GTTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCTCTTG
65 A-TTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA-CCTTATTACTCGCTTT
********** *
1495 AAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTCAATTTTT
128 AAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT
* * * * * *
1538 TTTACA-TTTCGGTGAAAACACATTGTAATTGATTGTTGACCTTGGGAAACATGAATAAAAATGC
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAATAAAAAT-C
* * * * * *
1602 ATTCATTGGCAAGAGAAGCACATTTATAGTAATCCAAGCCTTCGAAAACTTTATTACTCCCTTTA
65 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC-AAAACCTTATTACTCGCTTTA
* * *
1667 AATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTCT
129 AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * *
1708 TTTATATTTTTGGTCAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAATCC
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAATAAAAAT-C
********** * * * *
1773 NNNNNNNNNNAAGAAAAGCCCATTTATATTCACTCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTAATCGCTTT
65 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTC-AAAACCTTATTACTCGCTTT
** * *
1837 AAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTGGAATGTT
128 AAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * *
1879 TTAACA-CTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAATATGAAGT-GAAATC
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAA-TAAAAATC
* * * * * *
1942 TGTTTATTGGCAGGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTT
65 -ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC-TTCAAAACCTTATTACTCGCTTT
* * *
2007 AAATGGTTTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGTTGAATTTG
128 AAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * ** *
2049 TTTACATTTTTAGTTAAAGA-AGAGTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGT
1 TTTACATTTTTGGTTAAA-ACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAATAAAAA-T
* * * ** **
2113 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACAACTCAG-TT
64 CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA-CCTTATTACTC-GCTT
* *
2177 TAAATGGTTTTACGAA-CTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTT
127 TAAATGGTTTTA-TAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTT
* * ***
2221 TTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAAATAGATTATAATTGAATATTTTCCTCAAGAA
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG-AAT-G-------TT---TA----CCTTGGGAA
* * * * *
2286 ACATGAATAAAAACACATTCATTAGCAAGAGAAGCCCATTTATATTCACCCAAGCATTCAAAAGC
50 ACATGAATAAAAA-TCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA-C
* * * * * *
2351 CTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTTAGAATTAATTTTAAGTTTAA-TAT
113 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * * *** * * **
2407 TTTAGCATTTTTAGTTAAAACAGAATACAAGTGAAAGTTTTCCTTAAAAAAAATGAAGAAAAGCC
1 TTTA-CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAATAAAAATC
* * ** * * *
2472 AATTAATAGGCAAGAAAAGCGTATTTATTGTAACCCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTT
65 -ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA-CCTTATTACTCGCTTT
**
2537 AAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
128 AAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * * *
2579 TTTACATATTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTTCCTTGAGAAACGTTAAGAAAAATCA
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAATAAAAATC-
* * * * * * *
2644 AATCATTGGCAATAAAAGCCTATTTGTAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTTGCGTTA
65 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA-CCTTATTACTCGCTTTA
* *
2709 AATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTT
129 AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * *
2750 TTCATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAAAAAAAAAA
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATG---AATAAAAA
* * * * * * * *
2815 CTTATTCATGGGCAAGAAAAGCGCATTTATAGTCATCCTAGACTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT
63 -TCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG-CCTTCAAAACCTTATTACTCGCT
** * * *
2880 TTAAAAAGTTTTATAACTTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGT
126 TTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * *
2924 TTTAGATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTTCTTTGGGAAACATTAATAAAAA-CA
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAATAAAAATCA
* * *
2988 TAGTCATTAGTAAGAGAAGCCCATTTATAGTC
66 T--TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
3020 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1176, Mismatches: 260, Indels: 93
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 147 0.12
171 693 0.59
172 49 0.04
173 3 0.00
174 131 0.11
175 8 0.01
178 2 0.00
181 2 0.00
184 1 0.00
185 1 0.00
186 8 0.01
187 24 0.02
188 103 0.09
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAATAAAAATCA
TTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAA
TGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
Found at i:2561 original size:359 final size:344
Alignment explanation
Indices: 1438--2959 Score: 1111
Period size: 341 Copynumber: 4.4 Consensus size: 344
1428 CACACTTGTT
* * * * * *
1438 GGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCTCTTGAAATGGTT
1 GGCAAGAAAAGCGCATTTATAGTAACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
********** * * * * *
1503 TTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACA-TTTCGGTGAAAACACATTGTAAT
66 TTATAACTTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
** *** * * * * *
1567 TG-AT---TGTTGACCTTGGGAAACATGAATAAAAATGC-ATTCATTGGCAAGAGAAGCACATTT
130 TGAATGAATGTTTTCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAT-CAAATCATTAGCAAGAAAAGCCCATTT
* * * * * *
1627 ATAGTAATCCAAGCCTTCGAAAA-CTTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTG
194 ATAGTCACCCAAGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTTATAATTG
* * * * * * * * * *
1691 ATTTTAAGTTAAATTCTTTTATATTTTTGGTCAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTTCCTTGGGA
258 ATTTTAAGTTGAA-TATTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAAT-AAATTGAAAGTTTACCTTAGGA
********
1756 AACATGAAGAAAA-ATCCNNNNNNN
321 AACATGAAGAAAAGA-CAATTAATA
*** * * * * * *
1780 NNNAAGAAAAGCCCATTTATATTCACTCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTAATCGCTTTAAATGGT
1 GGCAAGAAAAGCGCATTTATAGTAACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * *
1844 TTTAT-ATTCTCATAATTGATTTTAAGTGGAATGTTTTAACA-CTTTAGTTAAAACAGATTATAA
65 TTTATAACT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * * * ** *** * * *
1907 -T---TGAATGTTTACCTTAGGAAATATGAAGTGAAATCTGTTTATTGGCAGGAAAAGCCCATTT
129 TTGAATGAATGTTTTCCTCAAGAAACATGAAGAAAAATCAAATCATTAGCAAGAAAAGCCCATTT
** * * * *
1968 ATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATGGA
194 ATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTTATAATTGA
* * * * *
2033 TTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAGA-AGAGTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGA
259 TTTTAAGTTGAATAT-TTTACATTTTTAGTTAAA-ACAGAATA-AATTGAAAGTTTACCTTAGGA
* * *
2097 AACATGAAGAAAAAGTC-ATTCATT
321 AACATGAAG-AAAAGACAATTAATA
* * ** **
2121 GGCAAGAAAAGTC-CAATTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACAACTCAG-TTTAAATGG
1 GGCAAGAAAAG-CGCATTTATAGTAACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGG
* * *
2184 TTTTACGAACTT-ATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTAT
64 TTTTA-TAACTTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* *
2248 AATTGAAATAGATTATAATTGAATATTTTCCTCAAGAAACATGAATAAAAA-CACATTCATTAGC
127 AATTG-AAT-G-----AA-TG----TTTTCCTCAAGAAACATGAAGAAAAATCA-AATCATTAGC
* * *
2312 AAGAGAAGCCCATTTATATTCACCCAAGCATTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
179 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
2377 TAACCTTAGAATTAATTTTAAGTTTAATATTTTAGCATTTTTAGTTAAAACAGAATACAAGTGAA
244 TAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTA-CATTTTTAGTTAAAACAGAATA-AATTGAA
* ** * *
2442 AGTTTTCCTTAAAAAAAATGAAGAAAAGCCAATTAATA
307 AGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAGACAATTAATA
* * *
2480 GGCAAGAAAAGCGTATTTATTGTAACCCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
1 GGCAAGAAAAGCGCATTTATAGTAACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
*
2545 TTATAA-TATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGATTAT-AT
66 TTATAACT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
** * * * * * *
2608 T---TGAATGTTTTCCTTGAGAAACGTTAAGAAAAATCAAATCATTGGCAATAAAAGCCTATTTG
130 TGAATGAATGTTTTCCTCAAGAAACATGAAGAAAAATCAAATCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTA
* *
2670 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCT-TGCGTTAAATGGTTTTATAACCTTATAATTGA
195 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAACCTTATAATTGA
* * * * * *
2734 TTTTAAGTTGAATGTTTTCATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTTTACCTTGGGAA
259 TTTTAAGTTGAATATTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGAATAAATTGAAA-GTTTACCTTAGGAA
* * *
2799 ACATGAA-AAAAAAAAACTTATTCATG
322 ACATGAAGAAAAGACAA-TTA---ATA
* * * * ** **
2825 GGCAAGAAAAGCGCATTTATAGTCATCCTAGACTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTT
1 GGCAAGAAAAGCGCATTTATAGTAACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * *
2890 TTATAACTTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATT
66 TTATAACTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
2955 GAATG
131 GAATG
2960 TTTTCTTTGG
Statistics
Matches: 936, Mismatches: 188, Indels: 105
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
340 7 0.01
341 259 0.28
342 237 0.25
343 25 0.03
344 1 0.00
345 110 0.12
346 6 0.01
347 2 0.00
348 1 0.00
349 3 0.00
352 1 0.00
353 1 0.00
354 2 0.00
355 2 0.00
357 4 0.00
358 44 0.05
359 230 0.25
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (344 bp):
GGCAAGAAAAGCGCATTTATAGTAACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
TTATAACTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
GAATGAATGTTTTCCTCAAGAAACATGAAGAAAAATCAAATCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTAT
AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTTATAATTGATT
TTAAGTTGAATATTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAATAAATTGAAAGTTTACCTTAGGAAACAT
GAAGAAAAGACAATTAATA
Found at i:2734 original size:530 final size:528
Alignment explanation
Indices: 1783--2777 Score: 1252
Period size: 530 Copynumber: 1.9 Consensus size: 528
1773 NNNNNNNNNN
* * *
1783 AAGAAAAGCCCATTTATATTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTAATCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATATTCACCCATACATTCAAAAGCCTTATTAATCGCTTTAAATGGTTTTA
** * * * * * * *
1848 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTGGAATGTTTTAACACTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
66 TAACCTCAGAATTAATTTTAAGTGGAATATTTTAACACTTTAGTTAAAACAGAATACAAGTGAAA
** * * * ** * * * *
1913 GTTTACCTTAGGAAATATGAAGTGAAATCTGTTTATTGGCAGGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
131 GTTTACCTTAAAAAAAATGAAGTAAAACCAATTAATAGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTAACCC
** *
1978 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGTTG
196 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATGGATTTTAAGTTG
*
2043 AATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAGAAGAGTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAA
261 AATTTGTTTACATATTTAGTTAAAGAAGAGTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAA
* * **
2108 AAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACAACTC
326 AAAGTCAATCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTACAACTC
* *
2173 AGTTTAAATGGTTTTACGAACTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTATATTTTTGGTTAA
391 AGTTTAAATGGTTTTACGAACTTATAATTGATTTTAAGTTGAATG-TTTTCATATTTTTAGTTAA
*
2238 AACATATTATAATTGAAATAGATTATAATTGAATATTTTCCTCAAGAAACATGAATAAAAACACA
455 AACAGATTATAATTGAAATAGATTATAATTGAATATTTTCCTCAAGAAACATGAATAAAAACACA
2303 TTCATTAGC
520 TTCATTAGC
* * *
2312 AAGAGAAGCCCATTTATATTCACCCA-AGCATTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATATTCACCCATA-CATTCAAAAGCCTTATTAATCGCTTTAAATGGTTTT
* ** * *
2376 ATAACCTTAGAATTAATTTTAAGTTTAATATTTTAGCATTTTTAGTTAAAACAGAATACAAGTGA
65 ATAACCTCAGAATTAATTTTAAGTGGAATATTTTAACA-CTTTAGTTAAAACAGAATACAAGTGA
* ** *
2441 AAGTTTTCCTTAAAAAAAATGAAG-AAAAGCCAATTAATAGGCAAGAAAAGCGTATTTATTGTAA
129 AAGTTTACCTTAAAAAAAATGAAGTAAAA-CCAATTAATAGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTAA
* * *
2505 CCCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAG
193 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATGGATTTTAAG
* * * * * * * *
2570 TTGAATTTTTTTACATATTTGGTTAAA-ACAGATTATATTTGAATGTTTTCCT-TGAGAAACGTT
258 TTGAATTTGTTTACATATTTAGTTAAAGA-AGAGTATAATTGAATGTTTGCCTCAG-GAAACATG
* * *
2633 AAGAAAAA-TCAAATCATTGGCAATAAAAG-CCTATTTGTAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTT
321 AAGAAAAAGTC-AATCATTGGCAAGAAAAGTCC-AATTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTT
*** *
2696 ATTGCTTGC-G-TTAAATGGTTTTA-TAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCATATT
384 ACAAC-T-CAGTTTAAATGGTTTTACGAA-CTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCATATT
2758 TTTAGTTAAAACAGATTATA
446 TTTAGTTAAAACAGATTATA
2778 TTTAAATGTT
Statistics
Matches: 392, Mismatches: 64, Indels: 20
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
528 1 0.00
529 123 0.31
530 265 0.68
531 2 0.01
532 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (528 bp):
AAGAAAAGCCCATTTATATTCACCCATACATTCAAAAGCCTTATTAATCGCTTTAAATGGTTTTA
TAACCTCAGAATTAATTTTAAGTGGAATATTTTAACACTTTAGTTAAAACAGAATACAAGTGAAA
GTTTACCTTAAAAAAAATGAAGTAAAACCAATTAATAGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTAACCC
AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATGGATTTTAAGTTG
AATTTGTTTACATATTTAGTTAAAGAAGAGTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAA
AAAGTCAATCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTACAACTC
AGTTTAAATGGTTTTACGAACTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCATATTTTTAGTTAAA
ACAGATTATAATTGAAATAGATTATAATTGAATATTTTCCTCAAGAAACATGAATAAAAACACAT
TCATTAGC
Found at i:5111 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4812--5643 Score: 892
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 170
4802 CAAGAAACTT
* * * **
4812 CAAGAAAAACCTATTTATAGTCACCCAAGTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATATGGTTT
1 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA-ATGGTTT
* * * *
4877 TATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATGTTTTTACATTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
65 TATAACCTCATAATTGATTTTAAGTCTAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* *
4942 ATGTTTATCTTGAGAAACATGAAAAAAAACTAATTCATTAG
130 ATGTTTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAACTAATTCATTGG
* * * *
4983 CAAGTAAAA-CCCACTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTATATAGTTT
1 CAAG-AAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
*
5047 TATAACCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACA-AGTTATAATT
65 TATAACCTCATAATTGATTTTAAGTCTAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGA-TTATAATT
* * * * * *
5111 GAATGTTTGCCTTGAGAAATATAAAAAAAAATTCATTCATCGG
128 GAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAACTAATTCATTGG
* ** * *
5154 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCT-AGCTTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
1 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * *
5218 TATAACTTCATAATTGATTTTAGGT-TGAATTTTTTTAGATATTTGGTTAAAATAGATTGTAATT
65 TATAACCTCATAATTGATTTTAAGTCT-AATTTTTTTACAT-TTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * *
5282 GAATTTTTACCTTGGGAAACATGAATAAAAAC-ACATTCATTGG
128 GAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAACTA-ATTCATTGG
* * *
5325 CAAGAAAAGCCAATTTATAGTCACCTAAGCCTGT-AAAAGCCTTATTACTCTCTTGAAATGGTTT
1 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * * * * * * * *
5389 TACAGCCTTATAATTGATTGTAAGT-TCAATTTTTTTACAGTTTAGTGAAAACAAACTGTTACTG
65 TATAACCTCATAATTGATTTTAAGTCT-AATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * **
5453 AATGTTTGCCTT-AGGAAATAT-AAATCAAAACGCATTCATTGG
129 AATGTTTACCTTGA-GAAACATGAAA-AAAAACTAATTCATTGG
** *
5495 CAAGGGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAATGGTTT
1 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTT
* * * * *
5560 TATAACCACAAAATTGATTTTAAGT-TTATATTTCTTACATGTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
65 TATAACCTCATAATTGATTTTAAGTCTAAT-TTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
*
5624 AATTTTTACCTTGAGAAACA
129 AATGTTTACCTTGAGAAACA
5644 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 544, Mismatches: 99, Indels: 36
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 146 0.27
171 386 0.71
172 9 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
ATAACCTCATAATTGATTTTAAGTCTAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTTTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAACTAATTCATTGG
Found at i:5551 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 4812--5643 Score: 1046
Period size: 342 Copynumber: 2.4 Consensus size: 340
4802 CAAGAAACTT
* * *
4812 CAAGAAAAACCTATTTATAGTCACCCAAGTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATATGGTTT
1 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA-ATGGTTT
* *
4877 TATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATGTTTTTACATTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
65 TATAACCTCAAAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * *
4942 ATGTTTATCTTGAGAAACATGAAAAAAAACTAATTCATTAGCAAGTAAAACCCACTTATAGTCAC
129 ATTTTTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAACTAATTCATTAGCAAGTAAAACCAACTTATAGTCAC
* * * * *
5007 TTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTATATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGT
194 CTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATAGTTTTACAACCTCATAATTGATTGTAAGT
* * * ** *
5072 CAAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAAGTTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAATATAAAA
259 CAAATTTTTTTACACGTTTAGTGAAAACAAACTATAACTGAATGTTTGCCTTGAGAAATATAAAA
**
5137 AAAAATTCATTCATCGG
324 AAAAACGCATTCATCGG
* * ** * *
5154 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCTAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
1 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
5219 ATAACTTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTAGATATTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGA
66 ATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACAT-TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * *
5284 ATTTTTACCTTGGGAAACATGAATAAAAAC-ACATTCATTGGCAAG-AAAAGCCAATTTATAGTC
129 ATTTTTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAACTA-ATTCATTAGCAAGTAAAA-CCAACTTATAGTC
* * * *
5347 ACCTAAGCCTGT-AAAAGCCTTATTACTCTCTTGAAATGGTTTTACAGCCTTATAATTGATTGTA
192 ACCTAAGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATAGTTTTACAACCTCATAATTGATTGTA
* *
5411 AGTTC-AATTTTTTTACA-GTTTAGTGAAAACAAACTGTTACTGAATGTTTGCCTT-AGGAAATA
256 AG-TCAAATTTTTTTACACGTTTAGTGAAAACAAACTATAACTGAATGTTTGCCTTGA-GAAATA
** *
5473 TAAATCAAAACGCATTCATTGG
319 TAAAAAAAAACGCATTCATCGG
** *
5495 CAAGGGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAATGGTTT
1 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTT
* * * *
5560 TATAACCACAAAATTGATTTTAAGTTTATATTTCTTACATGTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
65 TATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAT-TTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
5625 ATTTTTACCTTGAGAAACA
129 ATTTTTACCTTGAGAAACA
5644 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 415, Mismatches: 66, Indels: 19
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 3 0.01
341 184 0.44
342 225 0.54
343 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
ATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
TTTTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAACTAATTCATTAGCAAGTAAAACCAACTTATAGTCACCT
AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATAGTTTTACAACCTCATAATTGATTGTAAGTCA
AATTTTTTTACACGTTTAGTGAAAACAAACTATAACTGAATGTTTGCCTTGAGAAATATAAAAAA
AAACGCATTCATCGG
Found at i:6078 original size:173 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5744--6710 Score: 974
Period size: 171 Copynumber: 5.6 Consensus size: 171
5734 NNNNNNNNNN
* * *
5744 TTTAACC-AAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCGATTTTGAGGTTATAAAACTATATTAAAA
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCGAATTTGAGGTTATAAAACCATATTAAAG
* * * * *
5808 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGTTTTTCTTGCCAATGATTTAGTT
66 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACTAATGATGTAGTT
* * *
5873 TTTCTTGAAGTTTCTTAAGGCAAAGC-TTCAATTATAATTTGT
131 TTTCTT-AAGTTTCTCAAGG-AAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * **
5915 TTTCACCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAAAATTTGAGGTTATAAAACCATATTTTA
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATC-GAATTTGAGGTTATAAAACCATATTAAA
*
5980 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTACTAATGACTGT-G
65 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACTAATGA-TGTAG
* * * *
6044 TTTTTATTAATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTACAATATGT
129 TTTTTCTTAA-GTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * *
6088 TTTAACC-AAAATCTAAAACAATTCAACCTAAAAT-GAATTATGAAGTTATAAAACTAT-TTAAA
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCGAATT-TGAGGTTATAAAACCATATTAAA
* * * * * *
6150 GCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGTCTAGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCT-ATGAACG-A
65 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-ACTAATG-ATGTA
* * * * * * *
6213 GTTTTTGTTTCATGTTTCCCAGGGTAAACATTCAAATATAATTTGT
128 GTTTTT-CTT-AAGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * * *
6259 TTTAACTAAAAATATGAAAACAATTCAACTTAAAATC-AATTATAAGGTTATAAAACCAT-TTAA
1 TTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTAAACTTAAAATCGAATT-TGAGGTTATAAAACCATATTAA
* * * * * * *
6322 AGCAAGCAATAAGGCTTTTGAATGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTACTTGCTAATAAAT-TG
64 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACTAAT-GATGTA
* * * *
6386 GTTTTTGTTCACGCTTCTTAA-GATAAACATTCAATTATAATCTGT
128 GTTTTTCTT-AAGTTTCTCAAGGA-AAACATTCAATTATAATCTGT
* * *
6431 TTTAATC-AAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATTGATTTTGAGGTTATAAAACCATATTAAAG
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCGAATTTGAGGTTATAAAACCATATTAAAG
* * * * * * * **
6495 CGAGTGATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTTACTATAAATAGGCTTTTCTCACCAATGATTTCTTT
66 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACTAATGATGTAGTT
6560 TTTCTTGAAGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
131 TTTCTT-AAGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * * * *
6602 TTTCATCAAAAATGGAAAGAAATTGAACTTAAAATC-AATTTTGAGGTGATAAAACTAT-TTACA
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCGAA-TTTGAGGTTATAAAACCATATTAAA
* *
6665 GAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
65 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
6711 CGCATGCCAA
Statistics
Matches: 659, Mismatches: 113, Indels: 48
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 99 0.15
171 209 0.32
172 141 0.21
173 208 0.32
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCGAATTTGAGGTTATAAAACCATATTAAAG
CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACTAATGATGTAGTT
TTTCTTAAGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
Found at i:6262 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5744--6710 Score: 946
Period size: 173 Copynumber: 5.6 Consensus size: 170
5734 NNNNNNNNNN
*
5744 TTTAACCAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCG-ATTTTGAGGTTATAAAACTATATTAAAA
1 TTTAACCAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAAT-GAATTTTGAGGTTATAAAACTAT-TTAAAG
* * * * * *
5808 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGTTTTTCTTGCCAATGATTTAGTT
64 CGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCTATGAATGAGTT
* * * * *
5873 TTTCTTGAAGTTTCTTAAGGCAAAGC-TTCAATTATAATTTGT
129 TTTTTTCAAGTTTCTCAAGG-AAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * * *
5915 TTTCACCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAAAATTTGAGGTTATAAAACCATATTT-T
1 TTTAACC-AAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAAT-GAATTTTGAGGTTATAAAA-C-TATTTAA
* * * * *
5979 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTT-ACTAATGACTGT
62 AGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCT-ATGAATGA
* * * *
6043 GTTTTTATT-AATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTACAATATGT
126 GTTTTTTTTCAA-GTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * *
6088 TTTAACCAAAATCTAAAACAATTCAACCTAAAATGAATTATGAAGTTATAAAACTATTTAAAGCG
1 TTTAACCAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATGAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCG
* * * *
6153 AGTAATAAGGCTTTTAAAGTCTAGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCTATGAACGAGTTTT
66 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCTATGAATGAGTTTT
* * * * * *
6218 TGTTTCATGTTTCCCAGGGTAAACATTCAAATATAATTTGT
131 T-TTTCAAGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * * * *
6259 TTTAACTAAAAATATGAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGGTTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTAAC-CAAAATGT-AAAAAAATTAAACTTAAAATGAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAG
* * * * * *
6324 CAAGCAATAAGGCTTTTGAATGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTACTTG-CTAATAAATTG-G
64 CGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCT-ATGAA-TGAG
* * * *
6387 TTTTTGTTCACGCTTCTTAA-GATAAACATTCAATTATAATCTGT
127 TTTTTTTTCAAGTTTCTCAAGGA-AAACATTCAATTATAATCTGT
* *
6431 TTTAATCAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATTG-ATTTTGAGGTTATAAAACCATATTAAAG
1 TTTAACCAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAA-TGAATTTTGAGGTTATAAAACTAT-TTAAAG
* * * ** * ***
6495 CGAGTGATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTTACTATAAATAGGCTTTTCTCACCAATG-ATTTCTT
64 CGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCTATGAATGAGTT
*
6559 TTTTCTTGAAGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
129 TTTT-TTCAAGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * * * * *
6602 TTTCATCAAAAATGGAAAGAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGGTGATAAAACTATTTACAGA
1 TTT-AACCAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATGAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGC
* *
6667 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
65 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
6711 CGCATGCCAA
Statistics
Matches: 657, Mismatches: 115, Indels: 48
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 101 0.15
171 195 0.30
172 145 0.22
173 203 0.31
174 4 0.01
175 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTTAACCAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATGAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCG
AGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCTATGAATGAGTTTT
TTTTCAAGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
Found at i:6416 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 5744--6711 Score: 1151
Period size: 343 Copynumber: 2.8 Consensus size: 339
5734 NNNNNNNNNN
*
5744 TTTAACCAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCGATTTTGAGGTTATAAAACTATATTAAAAC
1 TTTAACCAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAAT-GATTTTGAGGTTATAAAACTATATTAAAGC
* * *
5809 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGTTTTTCTTGCCAATGATTTAGTTT
65 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATTAGTTT
* * * * *
5874 TTCTTGAAGTTTCTTAAGGCAAAGC-TTCAATTATAATTTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAAT
130 TTTTTGAAGTTTCTCAAGG-AAAACATTCAATTATAATTTGTTTTCACTAAAAAT-TGAAAAAAT
** *
5938 TGAACTTAAAATCAAAATTTGAGGTTATAAAACCATATTTTAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
193 TGAACTTAAAATC--AATTTGAGGTTATAAAACCAT-TTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * *
6003 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTACTAATGACTGTGTTTTTATTAATGTTTCCCAAGGAA
255 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTACTAATAACTGTGTTTTTATTAACGCTTCCCAAGGAA
6068 AACATTCAATTACAATATGT
320 AACATTCAATTACAATATGT
* * * * * *
6088 TTTAACCAAAATCTAAAACAATTCAACCTAAAATGAATTATGAAGTTATAAAACTAT-TTAAAGC
1 TTTAACCAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATG-ATTTTGAGGTTATAAAACTATATTAAAGC
* * * * * **
6152 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGTCTAGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCTATGAACGAGTTT
65 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATTAGTTT
* * * * * * *
6217 TTGTTTCATGTTTCCCAGGGTAAACATTCAAATATAATTTGTTTTAACTAAAAATATGAAAACAA
130 TT-TTTGAAGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATTTGTTTTCACTAAAAAT-TGAAAA-AA
* * * *
6282 TTCAACTTAAAATCAATTATAAGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAATGC
192 TTGAACTTAAAATCAATT-TGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * **
6347 TTGGGTGACTATAAATGGGCTT-TACTTGCTAATAAAT-TGGTTTTTGTTCACGCTTCTTAA-GA
256 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTCT-CTTACTAATAACTGT-GTTTTTATTAACGCTTCCCAAGGA
* *
6409 TAAACATTCAATTATAATCTGT
319 -AAACATTCAATTACAATATGT
* *
6431 TTTAATCAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATTGATTTTGAGGTTATAAAACCATATTAAAGC
1 TTTAACCAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAA-TGATTTTGAGGTTATAAAACTATATTAAAGC
* * ** **
6496 GAGTGATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTTACTATAAATAGGCTTTTCTCACCAATG-ATTTCTTT
65 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATTAGTTT
* *
6560 TTTCTTGAAGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTCA-TCAAAAATGGAAAGAAA
130 TTT-TTGAAGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATTTGTTTTCACT-AAAAATTGAAA-AAA
* * *
6624 TTGAACTTAAAATCAATTTTGAGGTGATAAAACTATTTACAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
192 TTGAACTTAAAATCAA-TTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTTGAAGG
*
6688 TTTGGGTGACTATAAATGGGCTTC
255 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTC
6712 GCATGCCAAT
Statistics
Matches: 522, Mismatches: 86, Indels: 33
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 1 0.00
342 86 0.16
343 257 0.49
344 163 0.31
345 15 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
TTTAACCAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATGATTTTGAGGTTATAAAACTATATTAAAGCG
AGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATTAGTTTT
TTTTGAAGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATTTGTTTTCACTAAAAATTGAAAAAATTGA
ACTTAAAATCAATTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGG
TGACTATAAATGGGCTTCTCTTACTAATAACTGTGTTTTTATTAACGCTTCCCAAGGAAAACATT
CAATTACAATATGT
Found at i:7274 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6902--7440 Score: 646
Period size: 170 Copynumber: 3.2 Consensus size: 170
6892 NNNNNNNNNN
* * * * *
6902 ACTTAAAATCAATTATAAGGTTGTAAAACCATTTCAAG-AGAGTAATAAGACTTTTGATGGCTTA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TA
* * *
6966 GG-TTACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTG-TTTTATTCATATTT-TCCAAGGCAAA
64 GGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTTTTCATATTTCT-CAAGGCAAA
* * *
7028 CATTCAATTACAATCTGTTTCAA-TAAAATATCTAAAAAAAGTCA
128 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA-AT-TAAAAAAATTCA
* * *
7072 ACATAAAATCAATTATGAAGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTAGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTAGG
* * * *
7137 ATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAACGAGTTTTTTTTCATGTTTCTCGAGGGAAACAT
66 ATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTTTTCATATTTCTCAAGGCAAACAT
7202 TCAATTATAA-CTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCA
131 TCAATTATAATC-TGTTTTAACTAAAAAT-TAAAAAAATTCA
* * *
7243 ACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTAGG
* * * *
7307 AGTGACTATAAGTGGG-TTTTACTTGCTAATGAATTA-TTTTTTTTCATATTTCTCAAGGTAAAC
66 A-TGACTATAAATGGGCTTTT-CTTGCCAATGAATGAGTTTTTTTTCATATTTCTCAAGGCAAAC
* * * *
7370 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAGTATTAAAAAAATTAA
129 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA-AATTAAAAAAATTCA
* *
7413 ACTTAAAATCGATTTTGAGGTTATAAAA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA
7441 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 321, Mismatches: 38, Indels: 20
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 174 0.54
171 137 0.43
172 6 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTAGG
ATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTTTTCATATTTCTCAAGGCAAACAT
TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATTAAAAAAATTCA
Found at i:9762 original size:511 final size:509
Alignment explanation
Indices: 8285--10836 Score: 2349
Period size: 511 Copynumber: 5.0 Consensus size: 509
8275 AAGTTTAACA
* * ** * * *
8285 TTTTAGCATTTCTAGTTAAAACAGATTACAATTGAAAGTTTTTCTCAA-AAAAAT-AAAGAAAAG
1 TTTTA-CATTT-TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAA-AAAAA
* * * * *
8348 CCAATT-AATAGGCAAGAAAAGCCCATTTATTGTAACCCAAACTTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
63 CC-ATTCATTA-GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* *
8412 TT-TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTACATTTTT--TTAAAA
126 TTCTAAATAGTTTTATAACCTCA-AATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * *
8474 ATAGATTATATTTGAATATTTTCCTTGAGAAACATTAAGAAAAA-TCAAATCATTGACAAGAAAA
190 ATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATTAAGAAAAACTCAAATCATTGGCAAGAAAA
* *
8538 GCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAAATGGTTTTATAACCT
255 GCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAACCT
* * *
8603 CAAAATCGATTTTAAGTTTATTTTTCTTACATCTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATTTTTAC
319 CAAAATCGATTTTAAGTTAATTTTT-TTACAT-TTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATCTTTAC
* * *
8668 CTTCA-GAAACATGAAGAAAAACTAACTCATTGGCAAGTAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCT
382 CTT-AGGAAACATGAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCC
** *
8732 TTCAAAAGCCTTATCGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATT
446 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * *
8796 TTTTCATATTTTTTGGTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTACCTT-GGAAAACATGAAAAAAAA
1 TTTT-ACA-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAG-AAACATG-AAAAAAA
* ** * * **
8860 ACTCGTTCATGGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-TCATAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
62 AC-CATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
** * * **
8924 -TTCTAAATAGTTTTATAAATTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTAGATTTTTTATTAAA
125 CTTCTAAATAGTTTTATAACCTCA-AATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAA
** * * ** * *
8988 AA-AGATTGCAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATTAATAAAAA--CATTGTCATTAGTAAGAA
189 AATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATTAAGAAAAACTCA-AATCATTGGCAAGAA
* * * * * *
9050 AAGACCATTTACAGTCACCCAAGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTACTATTGTTTTATAAC
253 AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA-AATGGTTTTATAAC
* * *
9115 CTAAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGATGAAAACAGATTATAATTGAATCTT
317 CTCAAAATCGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACA-TTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATCTT
* * * * * * * *
9180 TCCCTTAAGTAACTTCAAGAAAAACTAAATCATTGGTAAGAAAA-ACCTATTTATAGTCACCCAA
379 TACCTTAGGAAACATGAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCAA
* ** *
9244 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATATGGTTTTATAACCTTAAAATCAATTTTAAGTTTA
443 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA-ATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGA
9309 ATGT
507 AT-T
* *
9313 TTTTACATTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTATCTTAAGAAACATGAAAAAAAACCA
1 TTTTACATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAACC-
* *
9378 ATTCATTAGCAAGTAAAA-CCCACTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTCCTCGCTT-
65 ATTCATTAGCAAG-AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTC
* * * * *
9441 TATATGGTTTTATAACCTC-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTGGTTAACACA-A
129 TAAATAGTTTTATAACCTCAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAA-AAATA
* * * ** *
9504 G-TTATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGAA-AAAGAACTCGGA-CATCGGCAAGAAAAGC
193 GATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATTAAGAAA-AACTCAAATCATTGGCAAGAAAAGC
* * ** * * *
9566 CCATTTATAGTCATCCTAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAACTTCAT
257 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAA
* * * * * * *
9631 AATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTAGATATTTGTTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTGCCT
322 AATCGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACAT-TTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATCTTTACCT
* * *
9696 TAGGAAACATGAATAAAAAC-ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAATCCTT
384 TAGGAAACATGAAGAAAAACTA-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
* * * *
9760 CAAAAGCCTTATTACTCTCTTGAAATGGTTTTACAACCTTATAATTGATTTTAAGTTCAATTT
448 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT
* * * * * ** * **
9823 TTTTACAATTTGGTAAAAACAAATTGTAATTGAATGTTTACCTTGGGAAATATGAATTAAAACGC
1 TTTTACATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAC-C
* * *
9888 ATTCATT-GACAAGAGAAGCCCTTTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TTTC
65 ATTCATTAG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTC
* * * * *
9951 TAAAT-GGTTTATCACCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGG-TGAAAATA
129 TAAATAGTTTTATAACCTC-AAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAATA
*
10014 GATTATAATTGAATGTTTTTCTTGAGAAAC-TTCAAGAAAAAC-CAAATCATTGG-AGAGAAAAG
193 GATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATT-AAGAAAAACTCAAATCATTGGCA-AGAAAAG
* *
10076 CCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTGGCTTTAATATGGTTTTATAACCTC
256 CCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA-ATGGTTTTATAACCTC
* **********
10141 AAAATCGATTATAAGTTTAATTTTTTTACATTTTAGTTAAAACAGATTATNNNNNNNNNNTTACC
320 AAAATCGATTTTAAG-TTAATTTTTTTACATTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATCTTTACC
* * * * *
10206 TT-GAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTAGCAAGTAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCT
383 TTAG-GAAACATGAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
* * * *
10270 TCAAAGGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATT
447 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * *
10333 ATTTTACATTTTAATTAAAACAGAATATAATTGAATGTTTACCTCAACAAACAT-AAAGAAAAAC
1 -TTTTACATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAA-AAAAAC
*** * * * **********
10397 CCGCCTATTCGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCTAGCNNNNNNNNNNCTTATTACTCGCTT
64 CATTC-ATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * ** *
10462 -TAAATGGTTTTATAACCTTATAATTAATTTTGTGTTGAATAT-TTTTAGATTTTTGGTT-AAAA
128 CTAAATAGTTTTATAACCTCA-AATTGATTTTAAGTTGAAT-TGTTTTACATTTTTGGTTAAAAA
* * * * * * * * * *
10524 CAGACTGTAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAATAAAAACAC-ATTCATTGACAAGAAAAG
191 TAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATTAAGAAAAACTCAAATCATTGGCAAGAAAAG
* * * * * * **********
10588 CCCATTTATGGTCACCTAAGACTTCAAAAGCCTTACTACTCTCTTGAAANNNNNNNNNNACCTCA
256 CCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCA
* * * * * * *
10653 TAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTATACATTTTAGTGAAAACAAATTGTAATTGAATGTTTACC
321 AAATCGATTTTAAGTT-AAT-TTTTTTACATTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATCTTTACC
* * ** *
10718 TTGGGAAATATGAATCAAAA-TGGATTCATTGGCAA-AAGAAG-CCTATTTATAGTCACCCAAG-
383 TTAGGAAACATGAAGAAAAACT-AATTCATTGGCAAGAA-AAGTCC-ATTTATAGTCACCCAAGC
* * * *
10779 CTTGCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAA
445 CTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAA
10837 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
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517 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (509 bp):
TTTTACATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAACCA
TTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCTA
AATAGTTTTATAACCTCAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAATAGAT
TATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATTAAGAAAAACTCAAATCATTGGCAAGAAAAGCCCAT
TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATC
GATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATCTTTACCTTAGGAAA
CATGAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCC
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATT
Found at i:9932 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 8360--10836 Score: 2253
Period size: 171 Copynumber: 14.5 Consensus size: 169
8350 AATTAATAGG
* * * * *
8360 CAAGAAAAGCCCATTTATTGTAACCCAAACTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
1 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
8425 ATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTACATTTT-TTTAAAAATAGATTATATTTGA
66 ATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTT-AAAACAGATTATAATTGA
* * * * *
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* *
8530 CAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAAATGGTTT
1 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTT
* * * *
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65 TATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * *
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129 AATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGA
* * * ** *
8701 CAAGTAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATCGCTTGCTTTAAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* ** *
8766 ATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTTGG-TAAAACAGATTATATTTG
66 ATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT--TACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * *
8830 AATGTTTACCTTG-GAAAACATGAAAAAAAAACTCGTTCATGGG
129 AATGTTTACCTTGAG-AAACATG-AAGAAAAAC-CATTCATTGA
* * ** *
8873 TAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-TCATAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG-TTCTAAATAGTT
1 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTT
** * * * ** * **
8936 TTATAAATTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTAGATTTTTTATTAAAAAAGATTGCAATT
64 TTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * *
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* * * * * * *
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1 -CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA-AATGGTT
* * * * *
9108 TTATAACCTAAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGATGAAAACAGATTATAATT
64 TTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * * * * * * * *
9173 GAATCTTTCCCTTAAGTAACTTCAAGAAAAACTAAATCATTGG
128 GAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGA
* * *
9216 TAAGAAAAACCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATATGGTTT
1 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA-ATGGTTT
* * ** * * * *
9281 TATAACCTTAAAATCAATTTTAAGTTTAATGTTTTTACATTTTAGTTAAAACATATTATAATTGA
65 TATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * *
9346 ATGTTTATCTTAAGAAACATGAAAAAAAACCAATTCATT-A
130 ATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACC-ATTCATTGA
* * *
9386 GCAAGTAAAA-CCCACTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTCCTCGCTTTATATGGTT
1 -CAAG-AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
*
9450 TTATAACCTC--AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTGGTTAACACA-AGTTATAAT
64 TTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGA-TTATAAT
* *** * *
9512 TAAATGTTTACCTTGAGAAACATGAA-AAAGAACTCGGACATCGG
127 TGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAA-AAC-CATTCATTGA
* * ** *
9556 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCTAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
9621 ATAACTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTAGATATTTGTTTAAAATAGATTGTAATTGA
66 ATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * *
9686 ATGTTTGCCTT-AGGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGG
130 ATGTTTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGA
* * * * *
9727 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTGAAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
9792 ACAACCTTATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACAATTTGGTAAAAACAAATTGTAATTGAA
66 ATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * **
9857 TGTTTACCTTGGGAAATATGAATTAAAACGCATTCATTGA
131 TGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGA
* * *
9897 CAAGAGAAGCCCTTTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TTTCTAAATGG-TT
1 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTT
* * * * *
9960 TATCACCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTGAAAATAGATTATAATTG
65 TATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
** * * *
10025 AATGTTTTTCTTGAGAAACTTCAAGAAAAACCAAATCATTGGA
129 AATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACC-ATTCATT-GA
* * *
10068 -GAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTGGCTTTAATATGGTTT
1 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA-ATGGTTT
* * * * * ******
10132 TATAACCTCAAAATCGATTATAAGTTTAATTTTTTTACATTTTAGTTAAAACAGATTATNNNNNN
65 TATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
****
10197 NNNNTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATT-A
130 ATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACC-ATTCATTGA
* * * *
10237 GCAAGTAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAGGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTT
1 -CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * ** *
10302 TATAACCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTATTTTACATTTTAATTAAAACAGAATATAATTGA
65 TATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
** * * ***
10367 ATGTTTACCTCAACAAACATAAAGAAAAACCCGCCTATTCG-
130 ATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCATTC-ATT-GA
* * **********
10408 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCTAGCNNNNNNNNNNCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * ** * * * *
10473 ATAACCTTATAATTAATTTTGTGTTGAATATTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGACTGTAATTGA
66 ATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * *
10538 ATGTTTGCCTTGGGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGA
130 ATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGA
* * * * * * *******
10579 CAAGAAAAGCCCATTTATGGTCACCTAAGACTTCAAAAGCCTTACTACTCTCTTGAAANNNNNNN
1 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
*** * * * * * *
10644 NNNACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTATACATTTTAGTGAAAACAAATTGTAATTGA
66 ATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * *** *
10709 ATGTTTACCTTGGGAAATATGAATCAAAATGGATTCATTGG
130 ATGTTTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAACCATTCATTGA
* * *
10750 CAA-AAGAAGCCTATTTATAGTCACCCAAG-CTTGCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATT
1 CAAGAA-AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
*
10813 TTATAACCTCAAAATTGATTTTAA
64 TTATAACCTCATAATTGATTTTAA
10837 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1863, Mismatches: 385, Indels: 117
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 32 0.02
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174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
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ATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTGA
Found at i:10557 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 8285--10836 Score: 2246
Period size: 341 Copynumber: 7.5 Consensus size: 339
8275 AAGTTTAACA
* * * ** * * *
8285 TTTTAGCATTTCTAGTTAAAACAGATTACAATTGAAAGTTTTTCTCAA-AAAAATAAAGAAAAGC
1 TTTTA-CATTT-TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAC
* * * * * *
8349 CAA-TTAATAGGCAAGAAAAGCCCATTTATTGTAACCCAAACTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
64 CAACTCATTA-GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * * *
8413 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTACATTTTT--TTAAAAAT
128 TTAAATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAAAC
* * * * * *
8476 AGATTATATTTGAATATTTTCCTTGAGAAACATTAAGAAAAATCAAATCATTGACAAGAAAAGCC
192 AGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTG-CAAGAAAAGCC
* *
8541 TATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAAATGGTTTTATAACCTCAA
256 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAACCTCAA
* * *
8606 AATCGATTTTAAGTTTATTT
320 AATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * *
8626 TTCTTACATCTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATTTTTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAACT
1 TT-TTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAACC
* * * * ** *
8691 AACTCATTGGCAAGTAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATCGCTTGCTTT
65 AACTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* *
8756 AAATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTTGG-TAAAACAG
130 AAATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAG
* * * * *
8820 ATTATATTTGAATGTTTACCTTG-GAAAACATGAAAAAAAAACTC-GTTCATGGGTAAGAAAAGC
194 ATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG-AAACATG-AAGAAAAAC-CAATTCAT-TGCAAGAAAAGC
* ** * **
8883 CCATTTATAGTCA-TCATAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG-TTCTAAATAGTTTTATAAATTC
255 CCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAACCTC
* *
8946 ATAATTAATTTTAAGTTGAATT
318 AAAATTGATTTTAAGTTGAATT
* ** * ** * * * *
8968 GTTTTAGATTTTTTATTAAAAAAGATTGCAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATTAATAAAAA-
1 -TTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAC
** * * * * *
9032 CATTGTCATTAGTAAGAAAAGACCATTTACAGTCACCCAAGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACT
64 CA-ACTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * * * *
9097 TTACTATTGTTTTATAACCTAAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGATGAAAAC
128 TTA-AATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * * * * *
9162 AGATTATAATTGAATCTTTCCCTTAAGTAACTTCAAGAAAAACTAAATCATTGGTAAGAAAAACC
192 AGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATT-GCAAGAAAAGCC
* *
9227 TATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATATGGTTTTATAACCTTAA
256 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA-ATGGTTTTATAACCTCAA
** *
9292 AATCAATTTTAAGTTTAATGT
320 AATTGATTTTAAGTTGAAT-T
* * *
9313 TTTTACATTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTATCTTAAGAAACATGAAA-AAAAACC
1 TTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACAT-AAAGAAAAACC
* * *
9377 AATTCATTAGCAAGTAAAA-CCCACTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTCCTCGCTT
65 AACTCATTAGCAAG-AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
9441 TATATGGTTTTATAACC-T-CAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTGGTTAACACA-
129 TAAATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * *
9503 AGTTATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGAA-AAAGAACTCGGA--CATCGGCAAGAAAAG
194 A-TTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAA-AAC-C-AATTCAT-TGCAAGAAAAG
* * ** * *
9565 CCCATTTATAGTCATCCTAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAACTTCA
254 CCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCA
*
9630 TAATTGATTTTAAGTTGAATT
319 AAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * *
9651 TGTTTAGATATTTGTTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAATAAAAA-
1 T-TTTACAT-TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAC
* * * * * *
9715 CACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCT
64 CA-ACTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * *
9780 TGAAATGGTTTTACAACCTTATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA-ATTTGGTAAAAACA
128 TTAAATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* * * * ** *
9844 AATTGTAATTGAATGTTTACCTTGGGAAATATGAATTAAAACGC-ATTCATTGACAAGAGAAGCC
193 GATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAC-CAATTCATTG-CAAGAAAAGCC
* * *
9908 CTTTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TTTCTAAATGG-TTTATCACCTCAA
256 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAACCTCAA
*
9971 AATTGATTTTAAGTTCAATTT
320 AATTGATTTTAAGTTGAA-TT
* * ** * * *
9992 TTTTACATTTTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTTCTTGAGAAACTTCAAGAAAAACC
1 TTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAACC
* * * *
10057 AAATCATT-GGAGAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTGGCTT
65 AACTCATTAGCA-AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * *
10121 TAATATGGTTTTATAACCTCAAAATCGATTATAAGTTTAATTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAACA
129 TAA-ATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
********** *
10185 GATTATNNNNNNNNNNTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTAGCAAGTAAAGCCC
193 GATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATT-GCAAGAAAAGCCC
* * * *
10250 ATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAGGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAA
257 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAA
*
10315 TTGATTTTGAGTTGAATT
322 TTGATTTTAAGTTGAATT
** * * *
10333 ATTTTACATTTTAATTAAAACAGAATATAATTGAATGTTTACCTCAACAAACATAAAGAAAAACC
1 -TTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAACC
** * * * **********
10398 CGC-CTATTCGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCTAGCNNNNNNNNNNCTTATTACTCGCTT
65 AACTC-ATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* ** * *
10462 TAAATGGTTTTATAACCTTATAATTAATTTTGTGTTGAATATTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAG
129 TAAATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * *
10527 ACTGTAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAATAAAAA-CACATTCATTGACAAGAAAAGCCC
194 ATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCA-ATTCATTG-CAAGAAAAGCCC
* * * * * * ********** *
10591 ATTTATGGTCACCTAAGACTTCAAAAGCCTTACTACTCTCTTGAAANNNNNNNNNNACCTCATAA
257 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAA
*
10656 TTGATTTTAAGTTCAATGT
322 TTGATTTTAAGTTGAAT-T
* * * * ** * * ** **
10675 TTTATACATTTTAGTGAAAACAAATTGTAATTGAATGTTTACCTTGGGAAATATGAATCAAAATG
1 TTT-TACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAACC
* * * * *
10740 GATTCATTGGCAA-AAGAAGCCTATTTATAGTCACCCAAG-CTTGCAAAAGCCTTATTACTCTCT
65 AACTCATTAGCAAGAA-AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * *
10803 TTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAA
128 TTAAATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAA
10837 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1766, Mismatches: 380, Indels: 129
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Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 52 0.03
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345 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
TTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAACCA
ACTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
AATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
TATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGCAAGAAAAGCCCATTT
ATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGA
TTTTAAGTTGAATT
Found at i:11990 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11795--12213 Score: 447
Period size: 173 Copynumber: 2.4 Consensus size: 171
11785 NNNNNNNNNT
*
11795 GTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTAGGTAAAAACAAATTGTA
1 GTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTAGGTTAAAACAAATTGTA
* ** ** * * * *
11860 ATTGAATGTTCGTGCTGGA-AAAGTTGAAGAAA-AAGC-CATTTATTCCCAGGGATAGCCCATTC
66 ATTGAATGTT-GTCCTCCAGAAACATGAA-AAAGAA-CTAATTCATTCCCAAGGAAAGCCCATTC
*
11922 AT-ATTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTAAAATG
128 ATCA-TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTAAAATG
* * *
11966 GTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGGTT-AATTTGTTTTTACATTTTGGGTTAAAACAGATT
1 GTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAA-GTTGAATTTG--TTTACATTTTAGGTTAAAACAAATT
* * ** * *
12030 ATAATTGAATGTTTTCCTCCAGAAACATGAAAAAGAACTAATTCATTGGCAAGTAAAGCCCATTT
63 GTAATTGAATGTTGTCCTCCAGAAACATGAAAAAGAACTAATTCATTCCCAAGGAAAGCCCATTC
** * * * *
12095 ATCATCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTGAAATG
128 ATCATCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTAAAATG
* * *
12139 GTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATT-TTTAGATTTTTA-GTTAAAACAAATTG
1 GTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTGTTTACA-TTTTAGGTTAAAACAAATTG
12202 TAATTGAATGTT
64 TAATTGAATGTT
12214 TGCCTTGNNN
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 33, Indels: 20
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 61 0.30
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Consensus pattern (171 bp):
GTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTAGGTTAAAACAAATTGTA
ATTGAATGTTGTCCTCCAGAAACATGAAAAAGAACTAATTCATTCCCAAGGAAAGCCCATTCATC
ATCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTAAAATG
Found at i:13648 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13200--13666 Score: 514
Period size: 172 Copynumber: 2.7 Consensus size: 171
13190 GTTTGAACAT
* * * ** * *
13200 AAAATTCAACATAAAATCAATTATG-AGACTACAAAGCCATTTAAATGGAATAGTAAGGCTTTT-
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAG-TTACAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTG
** * * * *
13263 ATAGGAATGGGTGACTATAATTGGACA-TTTCTTACCAATGAA-TGGCTTTTCCTTCATGTGTCC
65 A-AGGCTTGGGTGACTATAAATGGA-ATTTTCTTGCCAATGAATTGG-TTTTTCTTCATGTTTCC
* * *
13326 CAAGGTAAACTTTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAATTTAAA
127 CAAGATAAACATTAAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAAATTTAAA
* * * *
13372 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAATCATTTTAAACGAGTAATAAGGCTTTTGA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGTTACAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * *
13437 AGGCTTGGGTGACTAAAAATACG-CTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTTTTCATGTTTCTCAA
66 AGGCTTGGGTGACTATAAAT-GGAATTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAA
* *
13501 GATAAACATTAAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAAATTGTAAC
130 GATAAACATTAAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATT-TAAA
* * *
13543 AAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAAGTTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGTTACAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * *
13608 AGGGTTTGGTGACTATAAATGGAATTTTTTTGCAAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT
66 AGGCTTGGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTT
13667 ATTGTGCCAA
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 42, Indels: 15
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.03
171 109 0.44
172 124 0.50
173 6 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGTTACAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGA
AGGCTTGGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAG
ATAAACATTAAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATTTAAA
Found at i:13800 original size:122 final size:122
Alignment explanation
Indices: 13571--13809 Score: 289
Period size: 122 Copynumber: 2.0 Consensus size: 122
13561 AATTTTGAAG
* * *
13571 TTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGTTTGGTGACTATAAATGGAATTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAATTCT
* * **** *
13636 TTTGCAAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTATTGTGCCAAACATTCAATTATGAGA
66 CTTGCAAATGAATGGGTTTTTATTCATGTTTACCAAGCCAAACACTCAATTATGAGA
* ** * * **
13693 TTATAAAACTATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAACTGGGCTTCT
1 TTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAATTCT
* * * *
13758 CTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGCAAACACTCAATTA
66 CTTGCAAATGAATGGGTTTTTATTCATGTTTACCAAGCCAAACACTCAATTA
13810 CAATCTGTTT
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 21, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
122 96 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (122 bp):
TTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAATTCT
CTTGCAAATGAATGGGTTTTTATTCATGTTTACCAAGCCAAACACTCAATTATGAGA
Found at i:13979 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13681--14203 Score: 615
Period size: 170 Copynumber: 3.1 Consensus size: 170
13671 TGCCAAACAT
* * *
13681 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTAT
* * * *
13746 AACTGGGCTTCTCTTGCCAATGAA-TGTGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGCAAACACTCAATTA
66 AAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAACAG-G-TTTTATTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTA
13810 CAATCTGTTTTAACCAAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAA
129 CAATCTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * ** ** * * *
13851 TCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAACTTTCAAAGGCTAGGATGATTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTAT
* * * * * *
13916 AAATGGGCTTTTCTTACTAATGAACAGGTTTCTCTTCACGTTTCCCAAGACAAACATTCAATTAT
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* * ** *
13981 AATCTATTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTCAGCTTAAAA
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* *
14022 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGT-ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTAT
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* * *
14086 AAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATCCA--TTTTGATTCATATTTCCTAAGGCAAACATTCAATT
66 AAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAA--CAGGTTTT-ATTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATT
* * * * *
14149 GCAATTTGTTTTCACCAAAATGTAAAAAAAAATTGAACTTAAAA
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14193 TCAATTATGAG
1 TCAATTATGAG
14204 GTTGTNNNNN
Statistics
Matches: 290, Mismatches: 56, Indels: 13
0.81 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 206 0.71
171 78 0.27
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTAT
AAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAACAGGTTTTATTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTACA
ATCTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAA
Done.