Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403148.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_815.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 12778
ACGTcount: A:0.22, C:0.08, G:0.08, T:0.21
Warning! 5187 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3779 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3360--4347 Score: 852
Period size: 172 Copynumber: 5.8 Consensus size: 170
3350 NNNNNNNNNG
* * *
3360 AGCCTTATTACTCAGTTTAAATAGATTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTAAATGT-TTTGT
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAA-TTGAAT-TCTTTGT
* * * * * * * * * * *
3424 ACATTTTTGTTTAGAATAGACTAGAAGTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAACAAAGTATT
64 ATATTTTTGGTTA-AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAACAAAAAAGCATT
*
3489 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTACC-TCAAA
128 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CCTTCAAA
* * * *
3532 AGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTT-T-
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAATTGAATTCTTTGTA
** * ** *
3595 TACTTTTCTGGTT-AACCTATTATAATTGAACATCTACCTTAAGAAACATAAACAAGAGAA-CAT
65 TA-TTTT-TGGTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAACAA-AAAAGCAT
* * * *
3658 TCATTGGCAAGAAAAGTACATTTTTGGCCACCCATTCCTTCAAA
127 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
*
3702 AGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTCATAATCTCAAAATTGATTTATATCTGAATTCTTTGT
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT-ATAATCTCAAAATTGATTTAAAT-TGAATTCTTTGT
* * * * *
3766 ATATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCGACCTTGAGAATCAT-GACGAAAAAAGCAT
64 ATATTTTTGGTT-AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAC-AAAAAAGCAT
** * * *
3830 TCATTAACAAGAACAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTCAAA
127 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * * * * * ** * * * *
3874 AGCATTACTACTCGCTTTTAATAATTTTGTAATGTCGTATTTGACTTTAAGTTGAATTTTTTCTC
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAATTGAATTCTTTGT-
* * * * * * *
3939 ATATCTTTT-GTTCAACAGACTATAATTAAATGTGTAACTCAACAAACATAAA-GAAAAAGACAT
64 ATAT-TTTTGGTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAACAAAAAAG-CAT
* * * * * *
4002 TCATTCGTAGGAGAAGTCCATTTATAGTCACACATACCTTCAAA
127 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* ***
4046 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTCACA
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAA-TTGAATTCTTTGTA
* * * * * *
4111 TATTTCTGATTAAAAGAGACTA-AGATTGAATGTCTACCTTTAA-AAACATGAATAAAAAAGTAT
65 TATTTTTGGTT-AAACAGACTATA-ATTGAATGTCTACC-TTAAGAAACATAAACAAAAAAGCAT
* *
4174 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAG
127 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * *
4218 AGCCTTATTACTTAGTTTAAAT-GGTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATGT-TTTGT
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAA-TTGAAT-TCTTTGT
* * * * * * * * * *
4281 ACATTTTTGGTTTGAATAGACTAGAATTGAATCTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATT
64 ATATTTTTGG-TTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAACAAAAAAGCATT
4346 CA
128 CA
4348 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 651, Mismatches: 135, Indels: 61
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 12 0.02
170 124 0.19
171 121 0.19
172 359 0.55
173 31 0.05
174 4 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTGAATTCTTTGTAT
ATTTTTGGTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAACAAAAAAGCATTCAT
TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
Found at i:4091 original size:344 final size:341
Alignment explanation
Indices: 3360--4265 Score: 957
Period size: 344 Copynumber: 2.6 Consensus size: 341
3350 NNNNNNNNNG
* * *
3360 AGCCTTATTACTCAGTTTAAATAGATTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTAAATGT-TTTGT
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT-TCTTTGT
* * * * * * *
3424 ACATTTTTGTTTAGAATAGACTAGAAGTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAACAAAGTATT
64 ATATTTTTGATTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATT
* * *
3489 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTACC-TCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAA
129 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TACCTTCAAAAGCATTACTAATCACTTTAAA
* * ** *
3553 TAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTTACTTTTCTGGTTAACCTATTAT
193 TAATTTTATAATCTCAAAATTGACTTTAAGTTCAATTGTTTTTACTTTTCTGGTTAACAGACTAT
* * * * * * * *
3618 AATTGAACATCTACCTTAAGAAACATAAACAAGAGAACATTCATTGGCAAGAAAAGTACATTTTT
258 AATTAAACATCTAACTCAACAAACATAAAAAAAAGAACATTCATTCGCAAGAAAAGTACATTTAT
* * *
3683 GGCCACCCATTCCTTCAAA
323 AGCCACACATACCTTCAAA
* *
3702 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTCATAATCTCAAAATTGATTTATATCTGAATTCTTTGTA
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTT-ATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTA
* * * * *
3767 TATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCGACCTTGAGAATCATGACGAAAAAAGCATTC
65 TATTTTTGATTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTC
** * * * * *
3832 ATTAACAAGAACAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTCAAAAGCATTACTACTCGCTTTTAATA
130 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTACTAATCACTTTAAATA
* * ** * * *
3897 ATTTTGTAATGTCGTATTTGACTTTAAGTTGAATT-TTTTCT-CATATCTT-TTGTTCAACAGAC
195 ATTTTATAATCTCAAAATTGACTTTAAGTTCAATTGTTTT-TAC-T-T-TTCTGGTT-AACAGAC
** * * * * *
3959 TATAATTAAATGTGTAACTCAACAAACATAAAGAAAAAG-ACATTCATTCGTAGGAGAAGTCCAT
255 TATAATTAAACATCTAACTCAACAAACATAAA-AAAAAGAACATTCATTCGCAAGAAAAGTACAT
*
4023 TTATAGTCACACATACCTTCAAA
319 TTATAGCCACACATACCTTCAAA
***
4046 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTCACA
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTA
* * * * *
4111 TATTTCTGATTAAAAGAGACTA-AGATTGAATGTCTACCTTTAAAAACATGAATAAAAAAGTATT
65 TATTTTTGATTAAAACAGACTAGA-ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATT
* * * * * * * *
4175 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTTAGTTTAAAT
129 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTACTAATCACTTTAAAT
**
4240 -GGTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAA
194 AATTTTATAATCTCAAAATTGACTTTAA
4266 ATTTGAATGT
Statistics
Matches: 461, Mismatches: 92, Indels: 22
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 14 0.03
342 191 0.41
343 20 0.04
344 227 0.49
345 9 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
AGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTAT
ATTTTTGATTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCA
TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTACTAATCACTTTAAATAA
TTTTATAATCTCAAAATTGACTTTAAGTTCAATTGTTTTTACTTTTCTGGTTAACAGACTATAAT
TAAACATCTAACTCAACAAACATAAAAAAAAGAACATTCATTCGCAAGAAAAGTACATTTATAGC
CACACATACCTTCAAA
Done.