Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403150.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_817.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 843
Length: 1406
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Warning! 10 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:293 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4--1406 Score: 1346
Period size: 172 Copynumber: 8.2 Consensus size: 170
1 GGA
* * * *
4 ATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATATTTCTCATGGTAG
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCATGGTAG
** * * * *
69 ACAACCAATTCTAGTCTATTTTAACCAAAAACGTACAAA-ACATTCAAATTTAACTCAATTTTGA
66 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATGTACAAAGA-ATTC-AATTTAAATCAATTTTGA
* * ** *
133 GATTATAAAATCATTTAAACTGAGTAATAATTCTGTTGAAGGT
128 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT
176 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCATGGTAG
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCATGGTAG
** *
241 ACATTCAATCCTAGTCTGTTTTAATCAAAAATATACAAAGAATTCGAATTTAAATCAATTTTGAG
66 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATGTACAAAGAATTC-AATTTAAATCAATTTTGAG
*
306 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
129 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT
* * * * * *
348 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTACCAATGAATG-TCTTCTTCTTTACGTTTCTCAAGGTA
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-TTTTTCTTTATGTTTCTCATGGTA
* * * * **
412 GACATTCAATTATAGTTTG-TTTAACAAAAAAAT-TAAAAAACAATTCAACTTAGAATCAATTAC
65 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC--AAAAATGT-ACAAAGAATTCAATTTA-AATCAATTTT
* ** * *
475 G-GCATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATCCTGTTGATGGT
126 GAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT
* * * * * *
520 ATGGGTGCCTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGAATACTTTTTGCTTCATGTTTCTCATCGTAG
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCATGGTAG
* * * *
585 ACATTCAATTCTTGTTTGTTTTAACCAAAAATGTGCAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAG
66 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATGTACAAAGAATTC-AATTTAAATCAATTTTGAG
* * * *
650 ATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTAAAGGA
129 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT
* * * * *
692 ATGGGTGACTTTAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTAC-TTATGTTTATTGA-GGT
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTTCTTTATGTTT-CTCATGGT
* * * * * *
755 AGACATTCAATTATAGTCAGTTTTAACTAAAAGTGTA-AAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATG
64 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAATGTACAAAGAATTCAA-TTTAAATCAATTTTG
* *
819 -GAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTCGAAGGT
127 AG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT
* * * * * * * * *
863 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATACCTTTTTGTTCATGTTTATGAAGGTAG
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCATGGTAG
* **
928 GCATTCAATCCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAG
66 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATGTACAAAGAATTC-AATTTAAATCAATTTTGAG
* * * *
993 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATGAGGCTCTTGAAGGA
129 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT
* * * * * * *
1035 ATGGATGACTATAAATGGACTTCTCTAGCCAATTAATGCTCTTTTCTTTATGATTCT-AGGGGTA
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCA-TGGTA
* * * * * **
1099 GACATTCAGTTATAGTCTG-TTTAACAAAAATTTAAAAATAATTCAACTTAAAATCAA-TTACAG
65 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAATGTACAAAGAATTCAA-TTTAAATCAATTTTGAG
* *
1162 CATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGCAGGT
129 -ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT
* * * * ******** *
1205 ATGGGTGACTATAAATTGACATCTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCNNNNNNNNNNT-TGA-GGT
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTC--TTTATGTTTCTCATGGT
** * * *
1268 AGACATTCAATTATAGTC-CCTTTAACAAAAAAAAT-TA-AAACAATTCAACTTAAAATCAATTA
64 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC---AAAAATGTACAAAGAATTCAA-TTTAAATCAATTT
* * * * * * *
1330 CGGGATTACAAAATCATTTAAACTGAGTAATAATGCTTTTAAAGGT
125 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT
1376 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
Statistics
Matches: 1017, Mismatches: 179, Indels: 71
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 139 0.14
171 235 0.23
172 604 0.59
173 32 0.03
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCATGGTAG
ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAATGTACAAAGAATTCAATTTAAATCAATTTTGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT
Found at i:628 original size:344 final size:343
Alignment explanation
Indices: 1--1241 Score: 1525
Period size: 344 Copynumber: 3.6 Consensus size: 343
* * * * *
1 GGAATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ACTTTTTTCTTCATATTTCTCATG
1 GGAATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTACCAATGAATGTC-TTTTTCTTTATGTTTCTCAAG
** * * ** * * * *
65 GTAGACAACCAATTCTAGTCTATTTTAACCAAAAACGTACAAAAC-ATTCAAATTTAACTCAATT
65 GTAGACATTCAATTATAGTCT-GTTTAA-CAAAAAATTAAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATT
** * * *
129 TTGAG-ATTATAAAATCATTTAAACTGAGTAATAATTCTGTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATG
128 ACG-GCATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTGTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATG
* * *
193 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCATGGTAGACATTCAATCCTAGTCT
192 GACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTGCTTCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAATCCTAGTCT
* * *
258 GTTTTAATCAAAAATATACAAAGAATTCGAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
257 GTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
323 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
322 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * *
345 GGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTACCAATGAATGTCTTCTTCTTTACGTTTCTCAAGG
1 GGAATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGG
* *
410 TAGACATTCAATTATAGTTTGTTTAACAAAAAAATTAAAAAACAATTCAACTTAGAATCAATTAC
66 TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAAC-AAAAAATTAAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAC
* * * *
475 GGCATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATCCTGTTGATGGTATGGGTGCCTATAAATGGAC
130 GGCATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTGTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
540 TTTTCGTGCCAATGAATACTTTTTGCTTCATGTTTCTCATCGTAGACATTCAATTCTTGTTTGTT
195 TTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTGCTTCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAATCCTAGTCTGTT
* *
605 TTAACCAAAAATGTGCAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAAACATTTAAAGT
260 TTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* *
670 GAGTAGTAAGGCTTTTAAA
325 GAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * **
689 GGAATGGGTGACTTTAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTAC-TTATGTTTATTGAG
1 GGAATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTT-CTTTATGTTTCTCAAG
* * * *
753 GTAGACATTCAATTATAGTCAGTTTTAACTAAAAGTGT-AAAAA-AACTCAACTTAAAATCAATT
65 GTAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTAACAAAAAAT-TAAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
816 ATGGAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGAT-TTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATG
128 ACGGCATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTGTT-GAAGGTATGGGTGACTATAAATG
* * * * * *
880 GACTTTTCTTGTCAATAAATACCTTTTTG-TTCATGTTTATGAAGGTAGGCATTCAATCCTAGTC
192 GACTTTTCTTGCCAATGAATA-CTTTTTGCTTCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAATCCTAGTC
944 TGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
256 TGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
* * *
1009 AAGAGAGTAATGAGGCTCTTGAA
321 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * *
1032 GGAATGGATGACTATAAATGGACTTCTC-TAGCCAATTAATG-CTCTTTTCTTTATGATTCT-AG
1 GGAATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTA-CCAATGAATGTCT-TTTTCTTTATGTTTCTCA-
* * * *
1094 GGGTAGACATTCAGTTATAGTCTGTTTAAC-AAAAATTTAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATT
63 AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAACAAAAAATTAAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * *
1158 ACAGCATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGCAGGTATGGGTGACTATAAATTG
128 ACGGCATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTGTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGG
* *
1223 ACATCTCTTGCCAATGAAT
193 ACTTTTCTTGCCAATGAAT
1242 GCCTTTTTCN
Statistics
Matches: 770, Mismatches: 111, Indels: 34
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 10 0.01
342 102 0.13
343 283 0.37
344 365 0.47
345 9 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (343 bp):
GGAATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGG
TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAACAAAAAATTAAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTACG
GCATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTGTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACT
TTTCTTGCCAATGAATACTTTTTGCTTCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAATCCTAGTCTGTTT
TAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
AGTAATAAGGCTTTTGAA
Done.