Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397312.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_266.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 78654
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.10, T:0.28
Warning! 18015 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:295 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2--311 Score: 428
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
1 A
* * * * *
2 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGAATTTATATTCTC
1 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGAATTTACAATCTC
* * * *
67 ATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTAATATTTTTGGTTAAAACATATTCTAATTGAATGTTTGC
66 ATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTAATATTTTTGATTAAAACATATACTAATTGAATGATTGC
*
132 CTTGGAAAATGTAAAGAAAAAGTTATTCATTGATAAGAAAT
131 CTTGAAAAATGTAAAGAAAAAGTTATTCATTGATAAGAAAT
* * **
173 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTACTACGT-GCTTTAAATGGTTTTACAATCT
1 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTACTAC-TCACTTTAAATGAATTTACAATCT
* *
237 CATAATTGATTTT-AGGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATAATAC-AATTGAATGAT
65 CATAATTGATTTTGA-GTTAAATTTTTTAATATTTTTGATTAAAACAT-ATACTAATTGAATGAT
300 TGCCTTGAAAAA
128 TGCCTTGAAAAA
312 CACGAAGAAA
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 16, Indels: 6
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 115 0.96
172 4 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (171 bp):
GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGAATTTACAATCTC
ATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTAATATTTTTGATTAAAACATATACTAATTGAATGATTGC
CTTGAAAAATGTAAAGAAAAAGTTATTCATTGATAAGAAAT
Found at i:841 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 485--1416 Score: 1065
Period size: 171 Copynumber: 5.4 Consensus size: 171
475 GAAGTAAAAA
* * * *
485 GGTTTTGTAATCACATAATTAATTTTACGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAG-TTAT
1 GGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTAT
* * * * * * *
549 AATTGCATG-CTTGCCTCGGGACACGTGAAAAAAAAAAGTCATTCATTGA-AAAACAAAGTCCAT
66 AATTGAATGTC-TACCTCAGGAAACGTG--AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA-AAAGTCCAT
* * * *
612 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCGTATTGCTGACTTTAAAT
127 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * ** *
657 AGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTGTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAA
1 GGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTAT
* * * * * *
722 AATTGAATGCCTACCTCAGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGATAAGAAAAGTTCATTTTT
66 AATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* *
787 AATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAAT
131 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* *
828 GGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTAC-TTTTTTCATTAAAACAGATTA
1 GGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-ATTAAAACAGATTA
* * * * *
892 TACTTGAATGTCTACCT-TGAGAAACGTGAAGAAAAGGCCATTCATTGTCAAGAAAAATCCATTT
65 TAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
* * *
956 ATAGTCACCCATTCATTAAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAAT
129 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * *
999 GGTTTTGTCATCTGATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTA
1 GGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTA
* * *
1063 TAATAGAATGTCTACCTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
65 TAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
1128 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
130 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * ** * * *
1170 GGATTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGCTCA
1 GGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTA
* ** *
1235 TAAATGAATGTCTACCTCAGGAAATATGAAG-AAAAGACCA-TCATTGCCAAGAAAAGTTCC-TT
65 TAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAG-CCATTCATTGACAAGAAAAG-TCCATT
* * * *
1297 TATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTCAAAA
128 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * * * * *
1341 GGTGTTGTAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAAATGTTTTGA-AGTTTTTTGTGAAAACAGACT
1 GGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACA-TTTTTTATTAAAACAGATT
*
1405 ATAGTTGAATGT
64 ATAATTGAATGT
1417 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 647, Mismatches: 99, Indels: 29
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.01
171 500 0.77
172 109 0.17
173 29 0.04
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
GGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTAT
AATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
Found at i:962 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 920--962 Score: 50
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
910 GAGAAACGTG
* *
920 AAGAAAAGGCCATTCATTGTC
1 AAGAAAAAGCCATTCATAGTC
* *
941 AAGAAAAATCCATTTATAGTC
1 AAGAAAAAGCCATTCATAGTC
962 A
1 A
963 CCCATTCATT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 4, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 18 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.16, G:0.14, T:0.26
Consensus pattern (21 bp):
AAGAAAAAGCCATTCATAGTC
Found at i:2701 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1966--3794 Score: 1334
Period size: 171 Copynumber: 10.7 Consensus size: 171
1956 TCTACTTCAG
* * ** * *
1966 GAAATGTGAAGAAAAAGCTA-TCATT-GTCACGAAAAGTTCATTTATAGTCAGCCATTCCTTCAA
1 GAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGT-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * * *
2029 AAGCATTATCACTCACTTTAAAGGGTGTTGTAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTAAAATTTTTTT
65 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTT
* * * *
2094 A-ATTTTTTTGTGAAAACAGGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAG
129 ACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAA
* * * * * **
2137 GAAAAGTGAATAAAAAGCCATTCACTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACAAATTCCTTCAAA
1 GAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * **
2202 AGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGCTTTAC
66 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * * *
2267 CTTTCTAATTAAAATATATTAAAATTGAATGTTTGCCTTAG
131 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAA
* * * ** * * * * * * ** *
2308 GAAACGTAAAGCAAAAGTAATACATTAGCATAAAAAGTCCACTTATAGTCACACAAGCTTTCAAA
1 GAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * * * * *
2373 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTGTTTAT
66 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * *
2438 ATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGATTGTCTGCCTCAA
131 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAA
* * * * *
2479 -AAAGAGGGAAGAAAAAGGCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATCCCCTT-
1 GAAA-AGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TCCTTC
* * * *
2541 AGAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTAATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTT
63 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * *
2606 TATATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTAA
128 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAA
* * **
2649 GAAAAGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATCTATAGTCACCTGTTCCTTCAAA
1 GAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * ** * * *
2714 AGCCTTATTGCCCACTTTAAATTATTTTATAATCTAATAATT-ATTTTTAAGTTGAACTTTTTTA
66 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * *
2778 CATTTTT-GTTAAAACAGATTATACTTCAATGTCTACCTCAA
130 CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAA
* * * * * *
2819 GAAACGTGAAGAAAAACCCTTTCATTGCTAAGAAAAA-TTCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAA
1 GAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * *
2883 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTGTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * **
2948 CATTTTTTGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTGG
130 CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAA
* * * ** ** * * *
2990 GAAACGTGAGGAAAAAGCCATTCACTGACACGAAAAG-CTTATTTATAGTCACCAACTCCTTCAA
1 GAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * *
3054 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTGTAATGTAATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
*** * * * * **
3119 CATTTTT-GATTAAAATTTATAATAGTTGAATATTTGCCTTGG
130 CATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAA
* ** * * * * ************
3161 GAAACA-TGAAGTAAAAGTAATCCATTAGTATAAAAAGTCCACTTATAGTCACNNNNNNNNNNNN
1 GAAA-AGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
************* * * * * * *
3225 NNNNNNNNNNNNNCGCTTGAAATAGTCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
3290 TC-TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGATTGCCTACCTCAA
130 -CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAA
* ** * * * * * * *
3332 -AGAATGTGAAGAAAAAGGAATTCATTTGCAAAAAAAGTCTATTTATAATCACCCATCCCCTCCA
1 GA-AAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * * *
3396 AAGCCTTATTAATCCCTTTAAATGGTTATGTAATCTGATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTATA
65 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * *
3461 CATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAG
130 CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAA
* * * * * *
3503 GAAACGTGAAAAAAAAGGCCATTCTTTGGCAAGAAAAA-TCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCA
1 GAAAAGTGAAGAAAAA-GCCATTCATTGGTAA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
************* *
3567 AAAGCCTTATTACTCACTNNNNNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * *
3632 ATATTTTTTGTTAAAACAGAATATAAATGAATGTCTGTCTCAG
129 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAA
** * * ** * * * *
3675 GAAATTTAAAGAAAAGGCCA-TCATTGCCAAGAAAAGTTCATTTATAGTTAGCCATTCCTTCAAA
1 GAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * *
3739 AGACTTATTACTCACTTTAAAAGGTGTTGTAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAA
66 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
3795 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1287, Mismatches: 343, Indels: 57
0.76 0.20 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 13 0.01
170 348 0.27
171 701 0.54
172 218 0.17
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
GAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAA
Found at i:4514 original size:171 final size:162
Alignment explanation
Indices: 4227--4569 Score: 302
Period size: 172 Copynumber: 2.1 Consensus size: 162
4217 AAAAAATATA
* * * *
4227 AAAAAT-TCAACTTAAAACAAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTGT
1 AAAAATAT-AACTTAAAACAAATTATCAGATTACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTGT
** *
4291 GAAAAAATGGGTGATTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAAGAATGGCCTTTTTCTTCATGTT-TCC
65 GAAAAAATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAAAGAATGGCCTTTTTCTTCATATTCT-C
* * *
4355 TGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-T
129 TGAGGCAAACAATCAATTATAATCCGTTTTAACT
*
4388 CAAAAATATANNNNNNNNNNACTTAAAATC-AATTATCAGATTACAAAACCATTTAAAGAGATTA
1 -AAAAATATA----------ACTTAAAA-CAAATTATCAGATTACAAAACCATTTAAAGAGAGTA
* **** * * * * *
4452 ATAAGGCTTTTGAGGGGATGGGTGACAATAAATGGACTTTGT-TTTCGAATGAAT-GTCTTTTTC
54 ATAAGGCTTGTGAAAAAATGGGTGACAATAAATAGACTTT-TCTTGCCAAAGAATGGCCTTTTTC
* *
4515 TTCATATTCTTTGAGGTAAACAATCAATTATAATCCGTTTTAACT
118 TTCATATTCTCTGAGGCAAACAATCAATTATAATCCGTTTTAACT
4560 AAAAATATAA
1 AAAAATATAA
4570 AAAAATTCAA
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 23, Indels: 31
0.73 0.12 0.16
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.01
162 7 0.05
163 1 0.01
171 52 0.36
172 80 0.56
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (162 bp):
AAAAATATAACTTAAAACAAATTATCAGATTACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTGTG
AAAAAATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAAAGAATGGCCTTTTTCTTCATATTCTCTG
AGGCAAACAATCAATTATAATCCGTTTTAACT
Found at i:4585 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 4192--4939 Score: 497
Period size: 171 Copynumber: 4.4 Consensus size: 168
4182 CTTGAGGCAG
* * *
4192 ACATTCATTTATGATTTGTTTTAATAAAAA-ATATAAAAAATTCAACTTAAAA-CAAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATA-AAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAG
* * * * ** * *
4255 ATTATAAATCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTGTGAAAAAATGGGTGATTATAAATAGACTTT
64 ATTACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
4320 TCTTGCCAAAGAATGGCCTTTTTCTTCATGTT-TCCTGAGGCAG
129 T-TTGCCAATGAAT-GTCTTTTTCTTCAT-TTCT-CTGAGGTAA
********** *
4363 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATANNNNNNNNNNACTTAAAATCAATTATCAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
4428 TTACAAAACCATTTAAAGAGATTAATAAGGCTTTTGAGGGGATGGGTGACAATAAATGGACTTTG
65 TTACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT-
* * *
4493 TTTTCGAATGAATGTCTTTTTCTTCATATTCTTTGAGGTAA
129 TTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCAT-TTCTCTGAGGTAA
* * * *
4534 ACAATCAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAACTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *** *
4599 TTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCCGGGGTGACTATAAGTGGACTTTT
65 TTACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * ** *
4664 TCTGCTACT-AGAT-TAGTTTTGCTTCACGTTTC-CCAAGGTGA
130 T-TGCCAATGA-ATGT-CTTTTTCTTCA--TTTCTCTGAGGTAA
* * * *
4705 ACATTCAATTATTATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * ********** * ** * *
4770 TTTCAAAACCAGTTGAAGAGANNNNNNNNNNTTTTGAAGGAGTTAGTGACTGTAAATGAACTTTT
65 TTACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * **
4835 CTT-CTCGATGAATAGT-TTCTCCTTCACGTTTCAC-AAGACAA
130 -TTGC-CAATGAAT-GTCTTTTTCTTCA--TTTCTCTGAGGTAA
* *
4876 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
4940 TCTGTGTGAC
Statistics
Matches: 449, Mismatches: 111, Indels: 34
0.76 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.01
171 346 0.77
172 91 0.20
173 7 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT
TGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATTTCTCTGAGGTAA
Found at i:6963 original size:152 final size:151
Alignment explanation
Indices: 6669--6944 Score: 385
Period size: 152 Copynumber: 1.8 Consensus size: 151
6659 NNNNNNNNNN
* * * *
6669 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAGAAATGAATTTTTCTTAGCAATGAATGGCTTTTTCT
1 AATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTACAAATAAATTTTTCTTAGCAAAGAATGGCTTTTTCT
* * * *
6734 TCACGTTTCTTCAAGTAGACATTCAAGTATAATCAGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
66 TCACATTTCTGCAAGCAGACATTCAAGTATAAACAGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
6799 TTAAAACCAATTAAAGTGAGT
131 TTAAAACCAATTAAAGTGAGT
*
6820 AATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGATTACAAATAAATTTTTCTTA-CGAAAGAATGGCCTTTTT
1 AATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTACAAATAAATTTTTCTTAGC-AAAGAATGG-CTTTTT
* * * * *
6884 CTTCACATTTCCTGCAA-CAGACATTCAATTGTAAACTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
64 CTTCACATTT-CTGCAAGCAGACATTCAAGTATAAACAGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAA
6945 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 14, Indels: 5
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
150 1 0.01
151 50 0.46
152 52 0.48
153 5 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (151 bp):
AATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTACAAATAAATTTTTCTTAGCAAAGAATGGCTTTTTCT
TCACATTTCTGCAAGCAGACATTCAAGTATAAACAGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
TTAAAACCAATTAAAGTGAGT
Found at i:8331 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 8289--8331 Score: 52
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
8279 AAGAAACGTG
*
8289 AAGAAAAAGTCATTCATTGTC
1 AAGAAAAAGTCATTCATAGTC
*
8310 AAGAAAAA-TCCATTTATAGTC
1 AAGAAAAAGT-CATTCATAGTC
8331 A
1 A
8332 CCCATTCCTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.05
21 18 0.95
ACGTcount: A:0.47, C:0.14, G:0.12, T:0.28
Consensus pattern (21 bp):
AAGAAAAAGTCATTCATAGTC
Found at i:12625 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11967--12636 Score: 670
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 171
11957 TTCTCCTTCG
* * * *
11967 TGTTTTCTAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTCACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTA
1 TGTTTTTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* *
12032 AAATCAATTATGAGATTACAACACAATTTAAAATGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATGGATGAC
66 AAATCAATTATGAGATTACAAAACAATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGAC
* * *
12097 TATAAATAGATTTTTCTTGGCAATGAATAGCTTTTTTTTCA
131 TATAAATGGACTTTTCTTCGCAATGAATAGCTTTTTTTTCA
* ** * * * *
12138 TGTTTCTTAAGATAGACATTCAAGTATAATCTGTTTTACCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTN
1 TGTTTTTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
********* * * * * * *
12203 NNNNNNNNNATTAGATTATAAAACCATTTAAAATGGGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGATGAC
66 AAATCAATTATGAGATTACAAAACAATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGAC
* * *
12268 TATAAATGGACTTTTC-TCACCAATTAATGGCTTTTTTTTCA
131 TATAAATGGACTTTTCTTC-GCAATGAATAGCTTTTTTTTCA
* * * * * * *
12309 CGTTTTTTAAGTCACACAGTCAATTATAAGT-TG-TTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTC
1 TGTTTTTTAAGGCAGACATTCAATTATAA-TCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * ** * * * * *
12371 AAAATTAAATACCAGATTACAAAATC-ATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTAT-AAGGGAAAGGGT
65 AAAATCAATTATGAGATTACAAAA-CAATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGAATGGAT
* * * *
12434 GACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATATCTTTTTCTTCT
128 GACTATAAATGGACTTTTCTTCGCAATGAATAGCTTTTTTTTCA
* * * *
12478 TTTTTTTTAAGGCAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATATAAACAAATTTAACTT
1 TGTTTTTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * *
12542 AAAATGAATTATGAGATTTCAACACAATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGA
65 AAAATCAATTATGAGATTACAAAACAATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGA
* * *
12607 CAATAAATGGATTTTTCTTGGCAATGAATA
130 CTATAAATGGACTTTTCTTCGCAATGAATA
12637 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 394, Mismatches: 94, Indels: 22
0.77 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 111 0.28
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172 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TGTTTTTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
AAATCAATTATGAGATTACAAAACAATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGAC
TATAAATGGACTTTTCTTCGCAATGAATAGCTTTTTTTTCA
Found at i:14028 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 9.0 Consensus size: 170
13686 NNNNNNNNNN
* * * *
13696 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATCAGATAACAAAACCAT
1 AATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCAT
* *
13761 TTAAAGGGATTAATAAGGCTTTTG-AGGAGATGGGTGACTATAAATGGA-TTTCTTTTGCCAATG
66 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-GATGGGTGACTATAAATGGACTTT-TTTTGCCAATG
** * * * * * *
13824 AACACGTTTTTCTTCAC-ATTCTTTTATGTAAACAATCAATTGT
129 AA-TGGTTTTTCTTCACGTTTC-TTAAGGTAGACATTCAATTAT
* * *
13867 AATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAAGTT-AACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCA
1 AATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCA
* * * ** ** * * *
13931 TTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGCATGACTATAAGTGGACTTTTTATGCTAATAG
65 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAAT-G
* * * * * *
13996 ATTTGTTTTGCTTCACGTTTCCTACGGTAAACATTCAATTAT
129 AATGGTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * ** * * * *
14038 TATATATTTTAATAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTATGGGATTCCAAAACCAT
1 AATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCAT
** ** * * * * * *
14103 TCGAAGAAAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAGTTGGTGACTGTAAACGAACTTTTCTTGTCC-ATG
66 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGA-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTG-CCAATG
** * * * *
14166 AATGGCTTTCCCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACAGTCAATTAT
129 AATGG-TTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * * * *
14209 AATCTGTTTTCA-CAAAAAAAGTAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTACAACACAA
1 AATCTGTTTTAACCAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCA
* * * * * *
14273 TTTGAAGTGAGTAATGAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAAATTTTCTTTG-CAATG
65 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTGCCAATG
** *
14337 AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGTGGTAGACATTCAAGTAT
129 AATGG-TTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * *
14380 AATCTATTTTAA-CAAAAA-ATGAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACT
1 AATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACC
* * * ** * * *
14443 ATTTAAAGTGGGGAATAA-GCTTTTTAAAGGGACAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAGT
64 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAAT
* *
14507 GAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTAT
128 GAATGG-TTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * *
14551 AATCAG-TTTAACCAAAAATAT-GAAAAATTCAACTT-AAATCAAATATAAGATTACAAAACCAT
1 AATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCAT
* * * * * *
14613 TTAAAGTGATTAATAAGGAC-TAT-AAGGGGAAGGGTGACAATAAATGGACTTTTTTTCCCAATT
66 TTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTTTGAA-GGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATG
*** * * ** **
14676 AAT-GTATTTTCTTCTTTTTTTTTTTAGGCGGACAACCAATTAT
129 AATGGT-TTTTCTTC-ACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * * *
14719 AATATGTTTTAACCACAAATATAAACAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
1 AATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCAT
* * ** * * * * *
14784 TTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCGAAAGCTTGTGTGACTATAAGTGGACTTTTTATGCTAATGG
66 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGA
** * * * * * *
14848 ATTATGTTTGCTTTACGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTAT
130 ATGGT-TTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTAT
* * ** * ** * *
14890 AATATATTTTAATGAGAAAGGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTAT
1 AATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCAT
** * * * * * *
14955 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATTGGTGACTATAAATGAAGTTTTGTTGCTAGTGAA
66 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAA
* * * *
15020 TGGCTTTTTATTCACATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTAT
131 TGG-TTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * * * * *
15061 AATCTGTTTTCA-CAAAAAT-TCAAAAAATCTCAACTTAAACTCGATTATGAGATTACAACATCT
1 AATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCA
* * * * * *
15124 TTTAAAGTAAGTAAT-AGAGCTTTTGAAGGAATGGCTGACTATAAATGAACTTTTCTTGGCAATG
65 TTTAAAGTGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATG
* * * * *
15188 -ATGGCCTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTCATTTAT
129 AATGG-TTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTAT
15230 GATTTGTTNN
Statistics
Matches: 1075, Mismatches: 253, Indels: 72
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 11 0.01
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCAT
TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAA
TGGTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTAT
Found at i:16417 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 16199--17458 Score: 957
Period size: 171 Copynumber: 7.4 Consensus size: 170
16189 NNNNNNNNNN
* * *
16199 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATCAAATT-TCG-GAT
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTAT-GAGAT
* * *
16262 TACAAAACCATTTAAA-TGGATTAATAAGGCTTTTGAGGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTA
64 TACAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAATGAACTTT-
*
16326 TTTTTG-AATGAATGCCTTTTTCTTCATATTCTTTGAGGTAGACA
127 TTTTTGCAATGAATGCCTTTTTCTTCAT-TTCTTTAAGGTAGACA
* *
16370 ATCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTA
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * ** * * * *
16435 TAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGTGTGACTATAAGTGGAC-TTTTTA
66 CAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTT
* * *** * ** *
16499 TGCTACTGGATTAGTTTTGCTTCACGTTTC-CCAAGGTAAACA
131 TGC-AATGAATGCCTTTTTCTTCA--TTTCTTTAAGGTAGACA
* * * * * * *
16541 TTTAATTATTATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTC
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** * * * *
16606 CAAAATCATTTAAACAGAATAATAAGGCTTTTGAA-GGAGTTGGTGACTGTAAATGAAC-TTTTC
66 CAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGA-TGGGTGACTATAAATGAACTTTTTT
* * **
16669 TTGTCAATGAATGGCTTTTCCTTCACGTTTC-CCAAGGTAGACA
130 TTG-CAATGAATGCCTTTTTCTTCA--TTTCTTTAAGGTAGACA
* * * *
16712 TTCAATTATAATCTGTTTT---CATAAAATATGCAGAAAAATTCAGCTTAAAATCAAATATCAGA
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCA-AAAATAT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
16774 TTGCAAAATCATTTAAAGTGATTAAGAAGGCTTAT-AAGGGGAAGGGTGACTATAAAT-AGACTT
63 TTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGGATGGGTGACTATAAATGA-ACTT
* * ** * * * *
16837 TTTTTCT-CCATGAATACCTTTTTCTTTTTTTTTTTGAGGCAAACA
126 TTTTT-TGCAATGAATGCCTTTTTCTTCATTTCTTTAAGGTAGACA
* * * *
16882 ATCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAATAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTA
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** * ** * * *
16947 TAAAACCATTTGAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGCGTGACTATAAGTGAAC-TTTTTA
66 CAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTT
* ** * * * * * *
17011 TGCTAATGGATTACTTTTGCTTTACGTTT-TGTAAGGCAAATA
131 TGC-AATGAATGCCTTTTTC-TT-CATTTCTTTAAGGTAGACA
* * ** * ** ** * *
17053 TTCAATTATAATATATTTTAATTAGAAAGGTAAAGCAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAGTA
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
17118 CAAAACTATTTCAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGAAC-TTTTCT
66 CAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTT
* * * * *
17182 TGCCAGTGAATGGCTTTTTATTCACGTTTC-GTAAGCTAGACA
131 TG-CAATGAATGCCTTTTTCTTCA--TTTCTTTAAGGTAGACA
* ** * * *
17224 TTCAATTATAATCTGTTTTCATAAAAAAT-TCAAAAAATTTTAACTTAAACTCAATTATGAGATT
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * *
17288 ACAACATCTTTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAAGAATGGTTGACTATAAATGAACTTTTCT
65 ACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTT
*
17353 TTGCAATG-ATGGCC-TTTTCTTCATATT-TTATAAGGCAGACA
130 TTGCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCAT-TTCTT-TAAGGTAGACA
* * * *
17394 TTCATTTATGATTTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
17458 C
66 C
17459 TGTAACGACC
Statistics
Matches: 855, Mismatches: 196, Indels: 78
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 55 0.06
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171 606 0.71
172 29 0.03
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
CAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTT
TGCAATGAATGCCTTTTTCTTCATTTCTTTAAGGTAGACA
Found at i:16955 original size:512 final size:508
Alignment explanation
Indices: 16199--17457 Score: 1578
Period size: 512 Copynumber: 2.5 Consensus size: 508
16189 NNNNNNNNNN
* * * * *
16199 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATCAAATTTCGGATTA
1 TTCAATTATAATCTGTTTTCA-TAAAAATGCAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAAATATCAGATTA
* * *
16264 CAAAACCATTTAAA-TGGATTAATAAGGCTTTTGAGGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTATT
64 CAAAATCATTTAAAGT-GATTAATAAGGCTTTTAAGGGGAAGGGTGACTATAAAT-GACTTT-TT
* * * *
16328 TTTGAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTCTTTGAGGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACC
126 TTTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTTTTGAGGCAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACA
* *
16393 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGCGAGTAAT
191 AAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGCAAGTAAT
* * * * *
16458 AAGGCTTTCGAAGGCTTGTGTGACTATAAGTGGACTTTTTATGCTACTGGATTAGTTTTGCTTCA
255 AAGGCTTTCGAAAGCTTGCGTGACTATAAGTGAACTTTTTATGCTAATGGATTACTTTTGCTTCA
* * * *
16523 CGTTTCCCAAGGTAAACATTTAATTATTATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
320 CGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAGATAAAAAAATTCAACTTA
* * *
16588 AAATCAATTATGAAATTCCAAAA-TCATTTAAACAGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAGTTGGTGA
385 AAATCAATTATGAAAGTACAAAACT-ATTTAAACAGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGA
* * * *
16652 CTGTAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACA
449 CTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCATTCACGTTTCCCAAGCTAGACA
* * *
16712 TTCAATTATAATCTGTTTTCATAAAATATGCAGAAAAATTCAGCTTAAAATCAAATATCAGATTG
1 TTCAATTATAATCTGTTTTCATAAAA-ATGCA-AAAAATTTAACTTAAAATCAAATATCAGATTA
* *
16777 CAAAATCATTTAAAGTGATTAAGAAGGCTTATAAGGGGAAGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTT
64 CAAAATCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTAAGGGGAAGGGTGACTATAAAT-GACTTTTTTT
* * * * *
16842 CTCCATGAATACCTTTTTCTT-TTTTTTTTTGAGGCAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACAA
128 -TCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTTTTGAGGCAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACAA
* *
16906 AAAATATAAATAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGCAAGTAATA
192 AAAATATAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGCAAGTAATA
* *
16971 AGGCTTTTGAAAGCTTGCGTGACTATAAGTGAACTTTTTATGCTAATGGATTACTTTTGCTTTAC
256 AGGCTTTCGAAAGCTTGCGTGACTATAAGTGAACTTTTTATGCTAATGGATTACTTTTGCTTCAC
*** * * * * ** *
17036 GTTTTGTAAGGCAAATATTCAATTATAATATATTTTAATTAGAAAGGTAAAGCAATTTAACTTAA
321 GTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAGATAAAAAAATTCAACTTAA
* * ** *
17101 AATCAATTATGAGAGTACAAAACTATTTCAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACT
386 AATCAATTATGAAAGTACAAAACTATTTAAACAGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACT
* * **
17166 ATAAATGAACTTTTCTTGCCAGTGAATGGCTTTTTATTCACGTTTCGTAAGCTAGACA
451 ATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCATTCACGTTTCCCAAGCTAGACA
* * * *
17224 TTCAATTATAATCTGTTTTCATAAAAAATTCAAAAAATTTTAACTTAAACTCAATTATGAGATTA
1 TTCAATTATAATCTGTTTTCAT-AAAAATGCAAAAAA-TTTAACTTAAAATCAAATATCAGATTA
* * * * * *
17289 CAACATCTTTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAA--AGAATGGTTGACTATAAATGAACTTTTC
64 CAAAATCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTT-AAGGGGAA-GGGTGACTATAAATG-ACTTTT-
* * * * * * *
17352 TTTGCAATG-ATGGCC-TTTTCTTCATATTTTATAAGGCAGACATTCATTTATGATTTGTTTTAA
125 TTTTCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCATATTTTTTGAGGCAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAA
17415 CAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
189 CAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
17458 CTGTAACGAC
Statistics
Matches: 640, Mismatches: 92, Indels: 30
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 50 0.08
512 458 0.72
513 127 0.20
514 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (508 bp):
TTCAATTATAATCTGTTTTCATAAAAATGCAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATCAGATTACA
AAATCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTAAGGGGAAGGGTGACTATAAATGACTTTTTTTTCA
ATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTTTTGAGGCAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAA
TATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGCAAGTAATAAGGCT
TTCGAAAGCTTGCGTGACTATAAGTGAACTTTTTATGCTAATGGATTACTTTTGCTTCACGTTTC
CCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAGATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
ATTATGAAAGTACAAAACTATTTAAACAGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAA
TGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCATTCACGTTTCCCAAGCTAGACA
Found at i:20270 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 20020--24529 Score: 3529
Period size: 171 Copynumber: 26.4 Consensus size: 170
20010 NNNNNNNNGA
* ** ** * *
20020 TCCATTTATAGTCACCAATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATTATGTGGTAATCTCA
1 TCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCA
* * * *
20085 TAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTGCATTTTTTTTGAAAACAGGTTATAATTGAATGTCTGCC
66 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTTT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* *
20150 TTAGAAAACGTGAAGGAAAAGCCATTCACTGACAAGAAAAG
130 TTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
*** * * * * * * *
20191 TTTGTTTACAGTTACCAACTCGTTCTAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTCG-AATCTT
1 TCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT-GTAATCTC
* * * * * * * *
20255 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAGATTTTTGATTAAAATATATAATAATTGAATGTTTAC
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * ** * *
20320 C-TCGAGAAACGTGAAGTAAAAGTAATCCATT-AGCTTA-AAAAG
129 CTTAGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-C-AAGAAAAG
* * * * * * * * *
20362 TCCATTTATAGTCACGCAA-GCCTTCGAAAGCGTTATTATTCGCTTGAAATGATTTTATAATGTC
1 TCCATTTATAGTCAC-CAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTC
* * * *
20426 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGACTGTCTAC
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * * * **
20491 CTCA-AAGAATGTGAAGAAAAAG-GATTTATTCTCACA-AAAAG
129 CTTAGAA-AACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA-AGAAAAG
* * * * * * * *
20532 TCCATTTATAGTCA-CACATCCCCTCAACAGCCTTATTAATCCCTTTAAATGATTTTGTAAACTG
1 TCCATTTATAGTCACCA-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTC
* * * * * *
20596 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAAAGTCTGA
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * * *
20661 CTTAGGAAACGTGACGAAAAAAG-CATTCTTTGATAAGAAAAG
129 CTTAGAAAACGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
* * * * * *
20703 TCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGATTTATAATCTCA
1 TCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCA
* * * * * * *
20768 TAATTGGTTTTTAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATCATAAATAAATGTCTGCC
66 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* * *
20833 TCACGAAATA--TGAAGAAAAGGCCA-TCATTGCCAAGAAAAG
130 TTA-GAAA-ACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
* ** * * * * *
20873 TTCATTTATAGTCAGCC-ATTTTTTCAAAAGCTTTATTACTAACTTTAAAAGGTGTAGTAATCTC
1 TCCATTTATAGTCA-CCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTC
* * * * *
20937 ATAATTGAGTTTAAGTTTAAATTTTTTGA-ATTTTTTGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTCTG
65 ATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
* *
21001 CCTTA-AGAAACGTGAATAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
128 CCTTAGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
* * *
21044 TTCATTTATAGTC-CCTAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTATATGGTTCTGTAATCTC
1 TCCATTTATAGTCACC-AATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTC
* ** * ** * * * *
21108 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTGATTTACCTTTCTAATTAAAATATATTATAATTAAATGTTTGC
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * * * * *
21173 C-TCGGAAACATAAAGCAAAAG-CAATCGATT-AGCATA-AAAAG
129 CTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGA-CA-AGAAAAG
* * * ** ** *
21214 TCCACTTATAGTCACGCAA-GCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTC
1 TCCATTTATAGTCAC-CAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTC
* ** * * * *
21278 ATATTTGATTTTAAGTTGAATTGGTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGGT-TA
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TTTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTCTG
* * * *
21342 CCTCAAGAAAAAG-GAAGAAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAG
128 CCT-TAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
* * * * *
21385 TCTATTTATAGTCACCCA-TCCTCTTAGAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGG-TTTGTAATCTC
1 TCCATTTATAGTCACCAATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTC
*
21448 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTCGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * *
21511 CTTA-AGAAACGTGAAAAAAAAACCATTCATTG-CAAAGAGAAG
129 CTTAGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC-AAGAAAAG
** * * * * * * * *
21553 TCGTTTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCATATTGCCCACTTTAAATAGTTGTATAATCTTA
1 TCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCA
* * *
21618 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAGAGATTATACTTGAATGTCTACC
66 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * *
21683 TCA-AGAAACGTGAAGAAAAATCCATTCATTGTCAAGAAAAA
130 TTAGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
* * * *
21724 TCTATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATTGTGTTGTAATCTC
1 TCCATTTATAGTCAC-CAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTC
* * * * * *
21788 ATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTGCATTTGTTGTGAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTGC
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * * * *
21853 CTTGGAAAACGTAAAGCAGAAGCCATTCACTGACAAGAAAAG
129 CTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
* * * * *
21895 TTCGTTTATAGTCACCAACTCCTT-ATAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTGGAATCTC
1 TCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCA-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTC
* ** * * *
21959 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATGATAAAA-ATATATAATAATTGAATGTTTA
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTTTAAAACAGAT-T-ATAATTGAATGTCTG
* * * ** * *
22023 CCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGTAATCCATTAGTA-TA-AAAAG
128 CCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-ACAAGAAAAG
* * * * * ** *
22066 TCCATTTATAGTCATGCAA-GCCTTCGAAAGCCGTT-TTACTCGCTTGAAATCATTTTATAATCT
1 TCCATTTATAGTCA-CCAATTCCTTCAAAAGCC-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCT
* * * * * * *
22129 CATATTTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGATTGTCT-
64 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
* * * * *
22193 ACTTCA-AAGAATGAGAAGAAAAAGGCATTCATTCGTA-AAAAAAAG
128 CCTT-AGAA-AACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-ACAAGAAAAG
* * * * * * *
22238 TCCATTTATAGTCACCTATCCCCTCAGAAGCCTTATTAATCCCTTTAAATGGTTTTGTAATCTGA
1 TCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCA
* * * * * *
22303 TAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTGAC
66 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * * ** **
22368 TCAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTTTTTGGTAA-AAAGAG
130 TTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAA-AG
* * * * * * *
22409 TCTATTTATAGTCACTC-ATTCTTTCGAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAAGGGATTTATAATCTC
1 TCCATTTATAGTCAC-CAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTC
* * * * *
22473 ATAATTGGTCTTT-AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTCTTAAAACAGATCATAAATGAATATCT
65 ATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* *
22537 GCCTTAGGAAATGTGAA-AAAAAGGCCA-TCATTG-CAAAGAAAAG
127 GCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAA-GCCATTCATTGAC-AAGAAAAG
* * * * * *
22580 TTCATTTATAGTCAGTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAAAGGTGTTGTAATCTT
1 TCCATTTATAGTCA-CCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTC
* * * * *
22644 ATAATTGAGTTTAAGTTGACA-TTTTTGA-ATTTTTTGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA
65 ATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
* * * *
22707 CCTTAGGAAACGTGAATAAAAAGTCATTCACT-AGCAAGAAAAG
128 CCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAG
* * * *
22750 TTCATTTATAGTCACCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATGGTTCTGTAATCTCA
1 TCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCA
** * * ** * * *
22815 TAATTGATTTTAAGTTGAATTGCTTGACCTTTCTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCC
66 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * ** *
22880 TTAGGAAATGTAAAGAAAAAGTAATCCATT-AGCATA-AAAAG
130 TTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CA-AGAAAAG
* * * * * * *
22921 TCCATTTATAGTCACGCAA-GCTTTCGAAACCCTTAGTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTC
1 TCCATTTATAGTCAC-CAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTC
* * * * *
22985 GTAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTGC
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * ** *
23050 CTTAAAAAAAAG-GAAGAAAAAGGTATTCATTGAGAAGAAAAG
129 CTT-AGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
* * *
23092 TCCATTTATGGTCACC-ATTGCCCTT-AGAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGTAATCT
1 TCCATTTATAGTCACCAATT--CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCT
* * ** * *
23155 GATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATAC-TTTTGGTT-AAATAGATTATAATTGAATATCTGC
64 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * * *
23218 CTTA-AGAAACGTGAATAAAAAGCCATTTATTGGCAGGAAAAG
129 CTTAGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
* * * * *
23260 TCCATTTATAGTCACCTATTATTCCTTGAAAAGCCTTATTGCCCACTTTAAATGGTTGTATAATC
1 TCCATTTATAGTCACC-A--ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATC
* * * * *
23325 TGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTT-AAATAGATTATACTTGAATGTGT
63 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
** * * * * ** *
23389 ATCTCAGAAAACGTGACGAAAAAACCATTCAATGTTAAGAAAAA
127 GCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
* * * *
23433 TTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-TTCTAAATTGTGTTGTAATCTC
1 TCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT-TAAATGGTTTTGTAATCTC
* * * * * * *
23497 ATAATTAATTTTAAATAGAATTGTTTTACATTTTTTATAAAAACAGATTCTAATTGAATGTCTAC
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * * * *
23562 ATT-GAGAAACATGAAGGAAAAGCCATTCACTGGCAAGAAAAG
129 CTTAGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
* * *
23604 TTCATTTATCA-TCACCAACTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-ATCTTTAAATGGTTTTGGAATCT
1 TCCATTTAT-AGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTGTAATCT
* * * * * * *
23667 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATAATAATTGAATGTTTA
64 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
* * * * ** *
23732 CCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGTAATCCATT-AGCATA-AAAAG
128 CCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CA-AGAAAAG
* * * * * * * * * *
23775 TTCACTTATGGACACGCAA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATAGTTTTATAATCTC
1 TCCATTTATAGTCAC-CAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTC
* * * * * * *
23839 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTAGAATTGATTTTCTAC
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * * * *
23904 ATCA-AAGAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTCG-TAA-AAAAG
129 CTTAGAA-AACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GACAAGAAAAG
* * * * * *
23945 TCCATTTATAATCACTC-ATCCCCTCAAAAGCCTTATTAATTACTTTAAATGGTTTTGTAATCTA
1 TCCATTTATAGTCAC-CAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTC
* *
24009 ATAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTTAC-TTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT--TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
* ** * * * *
24073 CTTTAGAAAATATAAAGAAAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAG
128 CCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
* * * * * * * * *
24116 TCCACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAATCGTTATTGCTCACTTTAAATGCTTTTATTATCTCG
1 TCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCA
* * * *
24181 TAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTACAACAGATTATACTCGAATGTCTGCC
66 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * * * ** *
24246 ATGGGAAACGTGAAGAAAAGGCTATTCATTGTGAAGAAAAA
130 TTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
* * * * * * * *
24287 TCTATTTATAGTCACTC-ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCAATCTAAATTGTGTCGTAATTTC
1 TCCATTTATAGTCAC-CAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTC
* * * * **
24351 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTACATTTTTCATGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAT
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
** * *
24416 CTT-GGGAACGATGAAGAAAAAGCTATTCACT-AGCAAGAAAAG
129 CTTAGAAAACG-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAG
* * * * * * * *
24458 TTCGTTCATAGTCGCCAACTCCTTCAAGAGTCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCA
1 TCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCA
24523 TAATTGA
66 TAATTGA
24530 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3463, Mismatches: 732, Indels: 288
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.00
167 12 0.00
168 150 0.04
169 119 0.03
170 768 0.22
171 2081 0.60
172 253 0.07
173 77 0.02
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCA
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT
TAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
Found at i:20621 original size:512 final size:505
Alignment explanation
Indices: 20020--24529 Score: 3392
Period size: 512 Copynumber: 8.8 Consensus size: 505
20010 NNNNNNNNGA
* ** * * *
20020 TCCATTTATAGTCACCAATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATTATGTGGTAATCTCA
1 TCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTGTAATCTCA
* * *
20085 TAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTGCATTTTTTTTGAAAACAGGTTATAATTGAATGTCTGCC
65 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTTT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * *** * * *
20150 TTAGAAAACGTGAAGGAAAAGCCATTCACTGACAAGAAAAGTTTGTTTACAGTTACCAACTCGTT
129 TTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTC-TT
* * * *
20215 CTAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTCGAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
193 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * *
20280 TAAGATTTTTGATTAAAATATATAATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGTAAAAGTAA
258 T-ATATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTC-AGAAACGTGAAGAAAAAG-AA
* ** * * * *
20345 TCCATTAGCTTA-AAAAGTCCATTTATAGTCACGCAAGCCTTCGAAAGCGTTATTATTCGCTTGA
319 TCCATTAGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
*
20409 AATGATTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGAT
384 AATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * * * * * **
20474 TATAATTGACTGTCTACCTCAA-AGAATGTGAAGAAAAAGGATTTATTCTCACA-AAAAG
448 TATAATTGAATGTCTGCCTTAAGA-AACGTGAAGAAAAAGCATTCATTGGCA-AGAAAAG
* * * * * * *
20532 TCCATTTATAGTCACACATCCCCTCAACAGCCTTATTAATCCCTTTAAATGATTTTGTAAACTGA
1 TCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTGTAATCTCA
* * * * *
20597 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAAAGTCTGAC
65 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-TTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * * *
20662 TTAGGAAACGTGACGAAAAAAG-CATTCTTTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTT
129 TTAGGAAACGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTC-T
* * * * *
20726 TCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGGTTTTTAGTTGAATTTT
192 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT
* * * * * * ** * *
20791 TTTATATTTTTTGTTAAAATAGATCATAAATAAATGTCTGCCTCACGAAATATGAAGAAAAGGCC
256 TTTATA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCA-GAAACGTGAAGAAAAAG-A
* * ** * * *
20856 AT-CATT-GCCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-GCCATTTTTTCAAAAGCTTTATTACTAACTT
318 ATCCATTAGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACG-CATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * * * * *
20918 TAAAAGGTGTAGTAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTTAAATTTTTTGA-ATTTTTTGTGAAAATA
382 TAAATGTTTTA-TAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACA
*
20982 GATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAATAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
445 GATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * *
21044 TTCATTTATAGTC-CCTAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTATATGGTTCTGTAATCTC
1 TCCATTTATAGTCACC--ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTGTAATCTC
** * ** * * * *
21108 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTGATTTACCTTTCTAATTAAAATATATTATAATTAAATGTTTGC
64 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT-TTTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * * * * *
21173 C-TCGGAAACATAAAGCAAAAG-CAATCGATT-AGCATA-AAAAGTCCACTTATAGTCACGCAAG
128 CTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGA-CA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAA-
* ** * *
21234 CTT-TT-GAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGA
188 -TTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * *
21297 ATTGGTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGGTTACCTCAAGAAAAAG-GAAGAA
252 ATT-TTTTATATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTC-AG-AAACGTGAAGAA
* * * * * *
21361 AAAGGCATTCATTGAG--AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATCCTCTTAG-AAGCCTTATTA
313 AAA-GAATCCATT-AGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGCATTC-CTTCGAAAGCCTTATTA
* * * * *
21423 ATCACTTTAAATGGTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTCGTT-
375 CTCACTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTA
* * *
21486 AAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAAAAAAAACCATTCATT-GCAAAGAG
440 AAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTG-AAGAAAAAGCATTCATTGGC-AAGAA
21550 AAG
503 AAG
** * * * * * *
21553 TCGTTTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCATATTGCCCACTTTAAAT-AGTTGTATAATCTT
1 TCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTGTAATCTC
* * * *
21617 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAGAGATTATACTTGAATGTCTAC
64 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * * * * *
21682 CTCAAGAAACGTGAAGAAAAATCCATTCATTGTCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTC-ATTCC
128 CTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATT-C
* * * *
21746 TTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATTGTGTT-GTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTT
191 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAG-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * ** * * *
21810 TTTT-TGCATTTGTTGTGAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACGTAAAGCAGAA
255 TTTTAT--ATTT-TTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAG-AAACGTGAAGAAAAA
* * * * * * **
21874 GCCATTCACT-GAC-AAGAAAAGTTCGTTTATAGTCAC-CAACTCCTTATAAAGCCTTATTACTC
316 G-AATCCATTAG-CTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGC-ATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* ** * * *
21936 TCTTTAAATGGTTTTGGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTAT-GATAAA
378 ACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAA
* * * * * * * * * *
22000 A-ATATATAATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGTAATCCATTAGTATA-AA
442 ACAGAT-T-ATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCA-AGAA
22063 AAG
503 AAG
* ** * * * * *
22066 TCCATTTATAGTCATGCAAGCCTTCGAAAGCCGTT-TTACTCGCTTGAAATCATTTTATAATCTC
1 TCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCC-TTATTACTCACTTTAAATGATTTTGTAATCTC
* * * * * * *
22130 ATATTTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGATTGTCT-A
64 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-TTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * * * * *
22194 CTTCA-AAGAATGAGAAGAAAAAGGCATTCATTCGTA-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
128 CTT-AGGA-AACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAT
* * * * * * *
22257 CCCCTCAGAAGCCTTATTAATCCCTTTAAATGGTTTT-GTAATCTGATAATTGATTTTAAGTTAA
189 -TCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAG-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * *
22321 ATGTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTGA-CTCAGGAAACATGAAGAA
252 AT-TTTTTATATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTACCTCA-GAAACGTGAAGAA
** * * * * * *
22385 AAAGACAT-TTTTTGGTAA-AAAGAGTCTATTTATAGTCACTCATTCTTTCGAAAGCCTTATTGC
313 AAAGA-ATCCATTAGCTAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACGCATTCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * **
22448 TCACTTTAAAGGGATTTATAATCTCATAATTGGTCTTT-AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTCT
376 TCACTTTAAA-TGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTAGT
* * * * *
22512 TAAAACAGATCATAAATGAATATCTGCCTTAGGAAATGTGAA-AAAAAGGCCA-TCATT-GCAAA
438 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA-G-CATTCATTGGC-AA
22574 GAAAAG
500 GAAAAG
* * * * * * *
22580 TTCATTTATAGTCAGTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAAAGGTGTTGTAATCTTA
1 TCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTGTAATCTCA
* * * * * *
22645 TAATTGAGTTTAAGTTGACA-TTTTTGA-ATTTTTTGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAC
65 TAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * * *
22708 CTTAGGAAACGTGAATAAAAAGTCATTCACT-AGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAATTCT
128 CTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTC-
* *
22772 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATGGTTCT-GTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
191 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAG-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * ** ** * * * * * *
22836 GCTTGACCTTTCTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAATGTAAAGAAAAAG
255 -TTTTATATTT-TTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCA-GAAACGTGAAGAAAAAG
** * * *
22901 TAATCCATTAGC-ATA-AAAAGTCCATTTATAGTCACGCAAGCTTTCGAAACCCTTAGTACTCAC
317 -AATCCATTAGCTA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACGCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* * *
22964 TTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTGGTTAAAAC
380 TTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAC
* * * *
23029 AGATTATAATTGATTGTCTGCCTTAAAAAAAAG-GAAGAAAAAGGTATTCATTGAG-AAGAAAAG
444 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTG-GCAAGAAAAG
* * * * *
23092 TCCATTTATGGTCACCATTGCCCTT-AGAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTG
1 TCCATTTATAGTCACCATT--CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTGTAATCTC
* * ** * *
23156 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATAC-TTTTGGTT-AAATAGATTATAATTGAATATCTGCC
64 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * * *
23219 TTAAGAAACGTGAATAAAAAGCCATTTATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTATTC
129 TTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-A--ATT-
* * * * * *
23284 CTTGAAAAGCCTTATTGCCCACTTTAAATGGTTGTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATT
190 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* * * * *
23349 TTTTTATATTTTTTGTT-AAATAGATTATACTTGAATGTGTATCTCAGAAAACGTGACG-AAAA-
254 TTTTTATA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAG-AAACGTGAAGAAAAAG
* * * * *
23411 AA-CCATTCAATGTTAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
317 AATCCATT--A-GCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * * * *
23475 -TTCTAAATTGTGTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAATAGAATTGTTTTACATTTTTTA-TAAA
379 CTT-TAAA-TGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAA
* * * * * * *
23538 AACAGATTCTAATTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGGAAAAGCCATTCACTGGCAAGAAAA
441 AACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAA
23603 G
505 G
* * * *
23604 TTCATTTATCA-TCACCAACTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-ATCTTTAAATGGTTTTGGAATCT
1 TCCATTTAT-AGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGATTTTGTAATCT
* * * * * * * *
23667 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATAATAATTGAATGTTTA
63 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-TTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
* * * ** * * * * * *
23732 CCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGTAATCCATT-AGCATA-AAAAGTTCACTTATGGACACGCAAG
127 CCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAT
* * * * * *
23795 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
189 TCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-
* * * * * *
23860 TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTAGAATTG-ATTTTCTACATCAAAGAATGTGAAGAAAA
253 TTTTTTATATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT-TACCTCAGA-AACGTGAAGAAAA
* * * * * * * * * *
23924 AGGCATTCATTCG-TAA-AAAAGTCCATTTATAATCACTCATCCCCTCAAAAGCCTTATTAATTA
315 A-GAATCCATTAGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
23987 CTTTAAATGGTTTTGTAATCTAATAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTTACT-TTTTTAGTTAAA
379 CTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTAGTTAAA
* ** * *
24051 ACAGATTATAATTGAATGTCTG-CTTTAGAAAATATAAAGAAAAAACTATTCATTGGCAAGAAAA
442 ACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAG-AAACGTGAAGAAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAA
24115 G
505 G
* * * * * * * *
24116 TCCACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAATCGTTATTGCTCACTTTAAATGCTTTTATTATCTCG
1 TCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTGTAATCTCA
* * * * *
24181 TAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTACAACAGATTATACTCGAATGTCTGCC
65 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * * ** * *
24246 ATGGGAAACGTGAAGAAAAGGCTATTCATTGTGAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTC-ATTCCT
129 TTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATT-CT
* * * * * * *
24310 TTAAAAGCCTTATTACTCAATCTAAATTG-TGTCGTAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
192 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAG-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * ** *
24374 ATTTACATTTTTCATGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGGGAACGATGAAGAAAAAGC
256 -TTTATATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAGAAACG-TGAAGAAAAAG-
* * * * * * * * * *
24439 TATTCACTAGC-AAGAAAAGTTCGTTCATAGTCGC-CAACTCCTTC-AAGAGTCTCATTACTCAC
317 AATCCATTAGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGC-ATTCCTTCGAA-AGCCTTATTACTCAC
*
24501 TTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGA
380 TTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGA
24530 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3156, Mismatches: 666, Indels: 351
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
507 2 0.00
508 10 0.00
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AGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCTTCAA
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT
ATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAGAAACGTGAAGAAAAAGAATCCATTA
GCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
AATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG
Found at i:20704 original size:341 final size:341
Alignment explanation
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20010 NNNNNNNNGA
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* * * * *
20085 TAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTGCATTTTT-TTTGAAAACAGGTTATAATTGAATGTCTGC
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* * * * *** * * *
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* * * *
20212 GTTCTAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTCG-AATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAAT
190 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT-GTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * * *
20276 TTTTTAAGA-TTTTTGATTAAAATATATAATAATTGAATGT-TTACC-TCGAGAAACGTGAAG-T
254 TTTTTTATATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGACCTTAG-GAAACGTGAAGAA
* * * *
20337 AAAAGTAATCCATTAGCTTA-AAAAG
317 AAAAGTCATTCATT-GATAAGAAAAG
* ** * * * * * *
20362 TCCATTTATAGTCACGCAAGCCTTCGAAAGCGTTATTATTCGCTTGAAATGATTTTATAATGTCA
1 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCA
* * *
20427 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGACTGTCTACC
66 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * *
20492 TCAA-AGAATGTGAAGAAAAAGGATTTATTCTCACAAAAAGTCCATTTATAGTCACACATCCCCT
131 TTAAGA-AATGTGAAGAAAAAGGATTCATTCGCA-AAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATCCCTT
* * * * * * *
20556 CAACAGCCTTATTAATCCCTTTAAATGATTTTGTAAACTGATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
193 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * *
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*
20684 CATTCTTTGATAAGAAAAG
323 CATTCATTGATAAGAAAAG
* * *
20703 TCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGA-TTTATAATCTC
1 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTC
* * * * * * * *
20767 ATAATTGGTTTTTAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATCATAAATAAATGTCTGC
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * * * **
20832 CTCACGAAATATGAAG-AAAAGGCCA-TCATT-GCCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAGCCATTT
130 CTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGG--ATTCATTCG-CAA-AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATCC
* * * * * * * *
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190 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAAT
* * * * *
20959 TTTTTGA-ATTTTTTGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTCTG-CCTTAAGAAACGTGAA-TAAA
254 TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGACCTTAGGAAACGTGAAGAAAA
* **
21021 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
319 AAGTCATTCATTGATAAGAAAAG
* * * * * *
21044 TTCATTTATAGTC-CCTAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTATATGGTTCTGTAATCTC
1 TCCATTTATAGTCACC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTC
* ** * * * * * * *
21108 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTGATTTACCTTTCTAATTAAAATATATTATAATTAAATGTTTGC
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
** ** * * * * * * ** *
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130 CTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGATTC-ATTCGCA-AAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATCCCT
** ** * * **
21237 TTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTGG
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* * * * *
21302 TTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGGT-T-ACCTCAAGAAAAAG-GAAG-AAAA
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* *
21363 AGGCATTCATTGAGAAGAAAAG
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* * * * * *
21385 TCTATTTATAGTCACCCA-TCCTCTTAGAAGCCTTATTAATCACTTTAAATG-GTTTGTAATCTC
1 TCCATTTATAGTCACCCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTC
*
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* * ** ** *
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130 CTTAAGAAATGTG-AAGAAAAAGGATTCATTCGCAAA-A-AAGTCCATTTATAGTCACC-ATCCC
* * * * * * *
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* * * * *
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256 TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAA
*
21703 -TCCATTCATTG-TCAAGAAAAA
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* * * * *
21724 TCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATTG-TGTTGTAATCTC
1 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGATTTTATAATCTC
* * * * *
21788 ATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTGCATTTGTT-GTGAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTG
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
* * * * * * * * * *
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* *
21915 CCTT-ATAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTGGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
189 CCTTCA-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
21979 TTTTTTTACA-TTTATGATAAAA-ATATATAATAATTGAATGT-TTACCTCAGGAAACGTGAAG-
253 TTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGAT-T-ATAATTGAATGTCTGACCTTAGGAAACGTGAAGA
* * *
22040 CAAAAGTAATCCATT-AGTATA-AAAAG
316 AAAAAGTCATTCATTGA-TA-AGAAAAG
** ** * * * *
22066 TCCATTTATAGTCATGCAAGCCTTCGAAAGCCGTT-TTACTCGCTTGAAATCATTTTATAATCTC
1 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC-TTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTC
* * * * * * *
22130 ATATTTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGATTGTCT-A
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* *
22194 CTTCAA-AGAATGAGAAGAAAAAGGCATTCATTCGTAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATC
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* * * * * *
22258 CCCTCAGAAGCCTTATTAATCCCTTTAAATGGTTTTGTAATCTGATAATTGATTTTAAGTTAAAT
189 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * *
22323 GTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTGA-CTCAGGAAACATGAAG-AAA
254 TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGACCTTAGGAAACGTGAAGAAAA
* ** *
22386 AAGACATTTTTTGGTAA-AAAGAG
319 AAGTCATTCATTGATAAGAAA-AG
* * * * * *
22409 TCTATTTATAGTCACTCATTCTTTCGAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAAGGGA-TTTATAATCTC
1 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGATTTTATAATCTC
* * ** * * *
22473 ATAATTGGTCTTT-AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTCTTAAAACAGATCATAAATGAATATCT
65 ATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * *
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* * * * * *
22599 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAAAGGTGTTGTAATCTTATAATTGAGTTTAAGTTGAC
188 CCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-
* * * *
22664 A-TTTTTGA-ATTTTTTGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTAGGAAACGTGAA-TA
252 ATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGACCTTAGGAAACGTGAAGAA
* *
22725 AAAAGTCATTCACT-AGCAAGAAAAG
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* * * * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * *
22945 CGAAACCCTTAGTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTGT
193 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * ** * *
23010 TTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTG-CCTTAAAAAAAAG-GAAGAAAAAGG
258 TTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGACCTT-AGGAAACGTGAAGAAAAAAG
*
23073 T-ATTCATTGAGAAGAAAAG
322 TCATTCATTGATAAGAAAAG
* * * * *
23092 TCCATTTATGGTCA-CCATTGCCCTT-AGAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGTAATCT
1 TCCATTTATAGTCACCCATT--CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCT
* * * * *
23155 GATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATAC--TTTTGGTT-AAATAGATTATAATTGAATATCTG
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* * * * * *
23217 CCTTAAGAAACGTGAATAAAAAGCCATTTATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTAT
129 CCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAG-GATTCATTCGCA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACC----AT
* * * * * * *
23282 TCCTTGAAAAGCCTTATTGCCCACTTTAAATGGTTGTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAA
188 CCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * *
23347 TTTTTTTATATTTTTTGTT-AAATAGATTATACTTGAATGTGT-ATCTCAGAAAACGTGACGAAA
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* * * *
23410 AAA-CCATTCAATGTTAAGAAAAA
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* * *
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* * * * * *
23496 CATAATTAATTTTAAATAGAATTGTTTTACATTTTTTA-TAAAAACAGATTCTAATTGAATGTCT
64 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * ** * * * * * *
23560 ACATTGAGAAACATGAAGGAAAAGCCATTCACTGGCAAGAAAAGTTCATTTATCA-TCACCAACT
128 GCCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAG-GATTCATTCGCAA-AAAAGTCCATTTAT-AGTCACCATC-
*
23624 CCTTCAAAAGCCTTATTACT-ATCTTTAAATGGTTTTGGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
189 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * *
23688 TTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAATATATAATAATTGAATGT-TTACCTTGGGAAACATGAAG-C
253 TTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGACCTTAGGAAACGTGAAGAA
* *
23750 AAAAGTAATCCATTAGCAT-A-AAAAG
317 AAAAGTCATTCATT-G-ATAAGAAAAG
* * * * * ** * * *
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1 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTC
* * * * * * *
23839 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTAGAATTGATTTTCTAC
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* * * * *
23904 ATCAA-AGAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTCGTAAAAAAGTCCATTTATAATCACTCATCCCC
130 CTTAAGA-AATGTGAAGAAAAAGG-ATTCATTCGCAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATCCCT
* * * * *
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* **
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* * * * * * *
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1 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCA
* * * * *
24181 TAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTACAACAGATTATACTCGAATGTCTGCC
66 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* ** * * * * *
24246 ATGGGAAACGTGAAG-AAAAGGCTATTCATT-GTGAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCATTCC
131 TTAAGAAATGTGAAGAAAAAGG--ATTCATTCG-CAA-AAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATCCC
* * * * * * *
24309 TTTAAAAGCCTTATTACTCAATCTAAATTGTGTCGTAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
191 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * ** * * * *
24374 ATTTACATTTTTCATGAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTATCTT-GGGAACGATGAAG-AAAA
256 TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGACCTTAGGAAACG-TGAAGAAAAA
* *
24436 AG-CTATTCACT-AGCAAGAAAAG
320 AGTC-ATTCATTGA-TAAGAAAAG
* * * * * * * * * * *
24458 TTCGTTCATAGTCGCCAACTCCTTCAAGAGTCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCA
1 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCA
24523 TAATTGA
66 TAATTGA
24530 NNNNNNNNNN
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TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCA
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
TTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGATTCATTCGCAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCATCCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAAGTCAT
TCATTGATAAGAAAAG
Found at i:21737 original size:21 final size:21
Alignment explanation
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21685 AAGAAACGTG
*
21695 AAGAAAAATCCATTCATTGTC
1 AAGAAAAATCCATTCATAGTC
* *
21716 AAGAAAAATCTATTTATAGTC
1 AAGAAAAATCCATTCATAGTC
21737 A
1 A
21738 CTCATTCCTT
Statistics
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AAGAAAAATCCATTCATAGTC
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Alignment explanation
Indices: 24985--25732 Score: 631
Period size: 171 Copynumber: 4.4 Consensus size: 170
24975 NNNNNNNNNN
* * *
24985 TTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTAAGCTG
1 TTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTG
** * * * * * * **
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65 AATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACATGAAGA
* * * *
25113 AAATGCCA-TCATTGCCAAGAAAAGTTTATTTGTAGTCACCCA
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* * * *
25155 TTCCTTC-AAAAGCTCTATTACTCAATTTAAAT-GATGTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
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* * * *
25218 GAATTTTTTTACATTTTTCATGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACATGAATA
64 GAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACATGAAGA
* * *
25283 AAAAGCCATTTACTAGGAAGAAAAGTTTGTTTATAGTCACCAA
129 AAAAGCCATTCA-TAGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCAA
* *
25326 TTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTTTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGA
1 TTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * *
25391 ATTGTTTTACATTTCTGATTAAAATATATTATAATTGTATGT-TTGCCTTG-GAAAACATGAAGC
66 ATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTT-CCTTGAG-AAACATGAAGA
** * * *
25454 AAAAGTAATCCATTAGCATA-AAAAGTTCACTTATAGTCACGCAA
129 AAAAGCCATTCA-TAGCA-AGAAAAGTTTATTTATAGTCAC-CAA
* * * ** * *
25498 -GCTTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
1 TTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * ** *
25562 ATTTGTTTATATTTGTGATTAAAATAGATTATAATTG-AT-TTTTAACCTCAAAAAACATGAAGA
66 ATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTT--CCTTGAGAAACATGAAG-
* * ** * *
25625 AAAAAG-CATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGACACCCA
128 AAAAAGCCATTCA-TAGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCAA
* ** ** * * * * *
25668 TACTCTT-GGAGGCCTTATTAATCATTTTAAATGGTTTTGTAATCTGATAATTGATTTTAAGTTG
1 TTC-CTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
25732 A
65 A
25733 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 471, Mismatches: 88, Indels: 37
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Matches are distributed among these distances:
169 12 0.03
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.40
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TTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
ATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACATGAAGAAA
AAGCCATTCATAGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCAA
Found at i:25620 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 24985--25732 Score: 778
Period size: 342 Copynumber: 2.2 Consensus size: 341
24975 NNNNNNNNNN
* *
24985 TTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTAAGCTG
1 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTG
* ** * * * **
25049 AATTTTTTTGTATTTTTTGTTCAAATAAATCATAATTGAATGTCTGCTTTGAAAAATGTGAAGAA
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* * * * **
25114 AATGCCATCATTGCCAAGAAAAGTTTATTTGTAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTCTATTACTCA
130 AATGCAATCATTGCCAAGAAAAGTTCACTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTCTATTACTCA
* * *
25179 ATTTAAATGATGTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATGAAAA
195 ATTTAAATGATGTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTGTCATGAAAA
** * * *
25244 CAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACATGAA-TAAAAAGCCATTTACTAGGAAGAAAAG
260 CAGATTATAATTGAATGTCTTCCTCAAAAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCACTAGGAAGAAAAG
*** *
25308 TTTGTTTATAGTCACCAA
324 TCCATTTATAGACACCAA
* * *
25326 TTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTTTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGA
1 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * *
25391 ATTGTTTTACA-TTTCTGATTAAAATATATTATAATTGTATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGCA
66 ATTGTTTTACATTTTCTG-TTAAAATAAATCATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACATGAAG-A
* * * *
25455 AAA-GTAATCCATTAG-CATA-AAAAGTTCACTTATAGTCACGCAAGCTTTCGAAAG-TCTTATT
129 AAATGCAAT-CATT-GCCA-AGAAAAGTTCACTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTC-TATT
** * * * *
25516 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTGTGAT
190 ACTCAATTTAAATGATGTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTGTCAT
* * * * *
25581 TAAAATAGATTATAATTG-AT-TTTTAACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGGAA
255 GAAAACAGATTATAATTGAATGTCTT--CCTCAAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCACTAGGAA
*
25644 GAAAAGTCCATTTATAGACACCCA
318 GAAAAGTCCATTTATAGACACCAA
* ** * * * * * *
25668 TACTCTT-GGAGGCCTTATTAATCATTTTAAATGGTTTTGTAATCTGATAATTGATTTTAAGTTG
1 TTC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
25732 A
65 A
25733 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 334, Mismatches: 62, Indels: 21
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Matches are distributed among these distances:
340 8 0.02
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (341 bp):
TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
ATTGTTTTACATTTTCTGTTAAAATAAATCATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACATGAAGAAA
ATGCAATCATTGCCAAGAAAAGTTCACTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTCTATTACTCAA
TTTAAATGATGTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTGTCATGAAAAC
AGATTATAATTGAATGTCTTCCTCAAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCACTAGGAAGAAAAGTC
CATTTATAGACACCAA
Found at i:26201 original size:171 final size:168
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 11.5 Consensus size: 168
25884 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
25894 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTAAATATTTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
** * * * * * *
25959 -TCGAGAAATATTAAGAAAAGGCTA-TCAGT-ACCAAGAAAAGTTCATTTAAAGTTACCCATTCC
64 TTC-AGAAA-ACGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAATTCC
* * * *
26021 TACAAAAGCCTTATTAATCCCTTTAAATGGTGTTGTAATCTCA
126 TTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * *
26064 TAATTGAATTTAAATTGAACTTTTTTACACTTTTTGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * ** * * *
26129 TTCCGAAACACGAAGGAAAAGCCATTCGCTAACAAGAAAAGTTCGTTTATAGTCACCAACTCCTT
64 TTCAGAAA-ACGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAATTCCTT
* * * * *
26194 AAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCA
128 CAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * *
26235 TAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTGATTAAAATATATAATAGTTGAATGTTTGCC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * ** * ** * * * *
26300 TTGAG-AAACGTGAAGTAAAAGTAATCCATT-AGTATATAAAGTCCACTTATAGTCACGCAA-GC
64 TTCAGAAAAC--GAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA-AAAGTTCATTTATAGTCAC-CAATTC
* * *
26362 CTTCGAAAGCCTTA-TAACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCA
125 CTTCAAAAGCCTTATTAA-TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * *
26406 TAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTGTAATTGATTGTCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * *
26471 -TCA-AAGAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTTG-CAAAAAAAAGGTCCATTTATAGTCACCCAT
64 TTCAGAA-AA--CGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGAC-AAGAAAA-GTTCATTTATAGTCACCAAT
* * * * * *
26533 CCCCTCAAAAGTCTTATTAAGCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTGA
123 TCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * *
26579 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * *
26644 -TCAGAAAACGTCAAGAAAAAGCCATTCTTTGACAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCCATTCT
64 TTCAGAAAACG--AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCAATTCC
* ** *
26707 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGAATTTATAATATCA
126 TTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * *
26750 TAATTGGTTTTAATTTG-ATTGTTTATATATTTTTTGTTAAAACATATCATAAATAAATGTCT-G
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * *
26813 CTTCAGAAAATGTGCAGAAAAGGCCA-TCATTGCCAAGAAAAGTTCATTTATGGTCAGTC-ATTC
63 CTTCAGAAAA--CGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-CCAATTC
* * * * *
26876 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTGTTGTAAACTCA
125 CTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * *
26920 TAATTGAGTTTGAGTTGAAATGCTTTGA-ATTTTTTGTGAAAAGAAACTATAATTGAATGTCTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTG-AAT-TTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * *
26984 GTT-AGAAAACATAAATAAAAAGCCATTCACTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAATTCC
63 CTTCAGAAAAC--GAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAATTCC
* * * *
27048 TTCAAAAGTCTTATTACTCACTATAAATGGTTTTGTAATCTCA
126 TTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * *
27091 CAATTGATTTTAAGTTGAATTGCTTTACCTTTCTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* ** * * *
27156 TT-AGAAAACGTAGAGCAAAAGTAATCCATT-AGCATA-AAAAGTTCACTTATAGTCACGCAA-G
64 TTCAGAAAACG-A-AGAAAAAGCCATTCATTGA-CA-AGAAAAGTTCATTTATAGTCAC-CAATT
* ** * * * *
27217 CTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGATTTTATAATCTCA
124 CCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * *
27262 TAACTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTTTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * ** * *
27327 -TCAAAAAAATTGAATAAAAAGACATTCGTTGGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-A-TCC
64 TTC-AGAAAA-CGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC-CAATTCC
* * *
27389 TCTCAAAAGCCTTATTAAGC-CTTTTAAATGATTTTATAATCTGA
126 T-TCAAAAGCCTTATTAATCAC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * **
27433 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGACATTTTTGGTTAAAAGAGATTATAATTGAAT-TTTTGC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * *
27497 ATCAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCTATTCTT
64 TTCAGAAAAC--GAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAATTCCT
** * ** *
27562 TTGAAAGCCTTACTACCCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
127 TCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
*
27604 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATACTTGAATGTCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * *
27669 -TCAGGAAACGTAGAGAAAAAGCCATTCATTGCCAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCCATTCTT
64 TTCAGAAAACG-A-AGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAATTCCT
* * *
27733 TCAAAAGCCTTATTATTCATTTTAAAATGTGTTGTAT--TCTCA
127 TCAAAAGCCTTATTAATCACTTT-AAATG-GTTTTATAATCTCA
* * *
27775 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTGCATTTTTTGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCCA-C
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
** *
27839 TTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
64 TTCAGAAAAC--GAAGAAAAAGCCATTCA
27868 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1441, Mismatches: 286, Indels: 153
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.00
170 237 0.16
171 993 0.69
172 64 0.04
173 136 0.09
174 6 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
CAGAAAACGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAA
AAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
Found at i:27103 original size:856 final size:851
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Indices: 25894--27867 Score: 2605
Period size: 856 Copynumber: 2.3 Consensus size: 851
25884 NNNNNNNNNN
* * * *
25894 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TAATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTAAATATTTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTAT-ATATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTAC
* * * * * *
25958 CTCGAGAAATAT-TAAGAAAAGGCTATCAGTACCAAGAAAAGTTCATTTAAAGTTACCCATTCCT
65 CTC-AGAAA-ATGTGAGAAAAGGCCATCATTGCCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * * * * *
26022 ACAAAAGCCTTATTAATCCCTTTAAATGGTGTTGTAATCTCATAATTGAATTTAAATTGAACTTT
128 TCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAAAGGTGTTGTAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAAATGT
* * * * * * *
26087 TTTACACTTTTTGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTCCGAAACACGAAGGAAAAGCC
193 TTGA-ATTTTTTGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * *
26152 ATTCGCTAACAAGAAAAGTTCGTTTATAGTCACCAACTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
256 ATTCACTAACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAACTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTATA
* **
26217 AATAGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTGATTAAAATATAT
321 AATAGTTTTGTAATCTCACAATTAATTTTAAGTTGAATTGCTTTACATTTCTGATTAAAATATAT
* * * * *
26282 AATAGTTGAATGTTTGCCTT-GAGAAACGT-GAAGTAAAAGTAATCCATTAGTATATAAAGTCCA
386 AATAATTGAATGTTTACCTTAGA-AAACGTAG-AGCAAAAGTAATCCATTAGCATAAAAAGTCCA
*
26345 CTTATAGTCACGCAAGCCTTCGAAAGCCTTATAACTCGCT-TGAAATGGTTTTATAATCTCATAA
449 CTTATAGTCACGCAAGCCTTCGAAAGCCTTATAACTCGCTCT-AAATGATTTTATAATCTCATAA
* * *
26409 TTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTGTAATTGATTGTCTACCTC-
513 CTGATTTTAAATTAAATTTGTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACCTCA
* * *
26473 AAAGAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTTGCAAAAAAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATCCCCT
578 AAAAAAT-TGAAGAAAAAGACATTC-GTTGCAAAAAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATCCCCT
* *
26538 CAAAAGTCTTATTAAGCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
640 CAAAAGCCTTATTAAGCCCTTTAAATGATTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
* *
26603 TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTCAGAAAACGTCAAGAAAAAGCCA
705 TGACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCATCAGAAAACGTCAAGAAAAAGCCA
* * * *
26668 TTCTTTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
770 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTACTACCCACTTTAA
26733 AT-GAATTTATAATATCA
835 ATAG-ATTTATAATATCA
* * * * *
26750 TAATTGGTTTTAATTTG-ATTGTTTATATATTTTTTGTTAAAACATATCATAAATAAATGTCTGC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTATATATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTAC
* * **
26814 TTCAGAAAATGTGCAGAAAAGGCCATCATTGCCAAGAAAAGTTCATTTATGGTCAGTCATTCCTT
65 CTCAGAAAATGTG-AGAAAAGGCCATCATTGCCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * *
26879 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTGTTGTAAACTCATAATTGAGTTTGAGTTGAAATGCT
129 CAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAAAGGTGTTGTAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAAATG-T
* * * * * *
26944 TTGAATTTTTTGTGAAAAGAAACTATAATTGAATGTCTACGTTAGAAAACATAAATAAAAAGCCA
193 TTGAATTTTTTGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-AAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * *
27009 TTCACTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTATAA
257 TTCACTAACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAACTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTATAA
* * * *
27074 ATGGTTTTGTAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTGCTTTACCTTTCTGATTAAAATATATT
322 ATAGTTTTGTAATCTCACAATTAATTTTAAGTTGAATTGCTTTACATTTCTGATTAAAATATATA
*
27139 ATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACGTAGAGCAAAAGTAATCCATTAGCATAAAAAGTTCACTT
387 ATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACGTAGAGCAAAAGTAATCCATTAGCATAAAAAGTCCACTT
* * *
27204 ATAGTCACGCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGATTTTATAATCTCATAACTGA
452 ATAGTCACGCAAGCCTTCGAAAGCCTTATAACTCGCTCTAAATGATTTTATAATCTCATAACTGA
* * * *
27269 TTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTTTACCTCAAAAA
517 TTTTAAATTAAATTTGTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACCTCAAAAA
* ** * *
27334 AATTGAATAAAAAGACATTCGTTGGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATCCTCTCAAAAGC
582 AATTGAAGAAAAAGACATTCGTTGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCCCTCAAAAGC
*
27399 CTTATTAAGCCTTTTAAATGATTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGACATT
647 CTTATTAAGCCCTTTAAATGATTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGACATT
* * * *
27464 TTTGGTTAAAAGAGATTATAATTGAATTTTTGCATCAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
712 TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCATCAGAAAACGTCAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * ** *
27529 GCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCTATTCTTTTGAAAGCCTTACTACCCACTTTAAATAGTTT
777 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTACTACCCACTTTAAATAGATT
*
27594 TATAATCTCA
842 TATAATATCA
* * * * *
27604 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATACTTGAATGTCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATATATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACC
* * * * *
27669 TCAGGAAACGTAGAGAAAAAGCCATTCATTGCCAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCCATTCTTT
66 TCAGAAAATGT-GAGAAAAGGCCA-TCATTGCCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * * * *
27734 CAAAAGCCTTATTATTCATTTTAAAATGTGTTGTATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGT
129 CAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAAAGGTGTTGTAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAA-ATGT
* * * * *
27799 TTGCATTTTTTGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACTTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCA
193 TTGAATTTTTTGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGAAACATGAAGAAAAAGCCA
27864 TTCA
257 TTCA
27868 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 964, Mismatches: 138, Indels: 33
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
854 284 0.29
855 171 0.18
856 494 0.51
857 15 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (851 bp):
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATATATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACC
TCAGAAAATGTGAGAAAAGGCCATCATTGCCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
AAAGCCTTATTAATCACTTTAAAAGGTGTTGTAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAAATGTTTG
AATTTTTTGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
CTAACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAACTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTATAAATAG
TTTTGTAATCTCACAATTAATTTTAAGTTGAATTGCTTTACATTTCTGATTAAAATATATAATAA
TTGAATGTTTACCTTAGAAAACGTAGAGCAAAAGTAATCCATTAGCATAAAAAGTCCACTTATAG
TCACGCAAGCCTTCGAAAGCCTTATAACTCGCTCTAAATGATTTTATAATCTCATAACTGATTTT
AAATTAAATTTGTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACCTCAAAAAAATT
GAAGAAAAAGACATTCGTTGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCCCTCAAAAGCCTTA
TTAAGCCCTTTAAATGATTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGACATTTTTA
GTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCATCAGAAAACGTCAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTACTACCCACTTTAAATAGATTTATA
ATATCA
Found at i:27612 original size:513 final size:510
Alignment explanation
Indices: 25894--27835 Score: 1706
Period size: 513 Copynumber: 3.8 Consensus size: 510
25884 NNNNNNNNNN
* ** * * *
25894 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTAAATATT-TAC
1 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGA-ATTTTTGGTTAAAAGAGATTATAATTGAAT-TTCTAC
* * * * * ** * * * *
25958 CTCGAGAAATA--TTAAGAAAAGGCTA-TCAGTACCAAGAAAAGTTCATTTAAAGTTACCCATTC
64 ATC-AGAAA-ACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTC
* * * * * * * *
26020 CTACAAAAGCCTTATTAATCC-CTTTAAATGGTGTTGTAATCTCATAATTGAATTTAAATTGAAC
127 CTTCAAAAGTCTTATT-ACCCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * *
26084 TTTTTTACACTTTTTG-TGAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTCCGAAACACG-A-AGGA
191 TTTTTTACA--TTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC-TCAGAAA-ACGTAGAGAA
** * * * * * *
26146 AAAGCCATTCGCTAACAAGAAAAGTTCGTTTATAGTCACCAACTCCTTAAAAAGCCTTATTACTC
252 AAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * * *
26211 TCTTTAAAT-AGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTCTGATTA
317 ACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTTG-TTA
* * * * * * ** * * * * * *
26274 AAATATATAATAGTTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGTAAAAGTA-ATCCATTAG-TATAT
380 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAAG-ACAT-CATT-GCCAAAA
* * ** * * * *
26337 AAAGTCCACTTATAGTCACGCAAGCCTTCGAAAGCCTTA-TAACTCGCTTGAAATGGTTTTATAA
442 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAA-GCACTTTAAATGGTTTTATAA
26401 TCTCA
506 TCTCA
* * * * *
26406 TAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTGTAATTG-ATTGTCTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGA-ATTTTTGGTTAAAAGAGATTATAATTGAATT-TCTAC
* * * * * * *
26470 CTCA-AAGAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTTGCAAAAAAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATC
64 ATCAGAA-AACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC-AAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCAATT
* * * *
26534 CCCTCAAAAGTCTTATTAAGCC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTAAA
126 CCTTCAAAAGTCTTATT-ACCCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * *
26598 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTCAGAAAACGTCA-AGAAA
190 TTTTTTTACATTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAGAAAACGT-AGAGAAA
*
26662 AAGCCATTCTTTGACAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTC
253 AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * *
26726 ACTTTAAATGAATTTATAATATCATAATTGGTTTTAATTTG-A-TTGTTTATATATTTTTTGTTA
317 ACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTG-TT-TATATTTTTTGTTA
* * * * * * * * * * *
26789 AAACATATCATAAATAAATGTCTGCTTCAGAAAATGTGCAGAAAAGGCCATCATTGCCAAGAAAA
380 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAAGACATCATTGCCAAAAAAA
* * * ** * * * *
26854 GTTCATTTATGGTCAGTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTGTTGTAAACTC
445 GTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAAGCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
26919 A
510 A
* * ** * * * * * *
26920 TAATTGAGTTTGAGTTGAAATGCTTTGAATTTTTTGTGAAAAGAAACTATAATTGAATGTCTACG
1 TAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTGAATTTTTGGTTAAAAGAGATTATAATTGAATTTCTACA
* * * * * * *
26985 TTAGAAAACATAAATAAAAAGCCATTCACTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAATTCCTT
65 TCAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTT
* * * * **
27050 CAAAAGTCTTATTACTCACTATAAATGGTTTTGTAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTGCT
130 CAAAAGTCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * **
27115 TTACCTTTCTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACGTAGAGCAAAAGTAA
195 TTACATTT-TGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAGAAAACGTAGAGAAAAAGCCA
* * * ** ** * *
27180 TCCATT-AGCATA-AAAAGTTCACTTATAGTCACGCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTCT
259 TTCATTGA-CA-AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* *
27243 AAATGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
322 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTTGTTAAAACAGA
* * * * **
27308 TTATAATTGATTGTTTACCTCAAAAAAAT-TGAATAAAAAGACATTCGTTGGGAAAAAAAGTCCA
387 TTATAATTGAATGTCTACCTC-AAAAAATGTGAAGAAAAAGACA-TCATTGCCAAAAAAAGTCCA
* *
27372 TTTATAGTCACTCA-TCCTCTCAAAAGCCTTATTAAGC-CTTTTAAATGATTTTATAATCTGA
450 TTTATAGTCACTCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTAAGCAC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* *
27433 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGACATTTTTGGTTAAAAGAGATTATAATTGAATTTTTGCA
1 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGA-ATTTTTGGTTAAAAGAGATTATAATTGAATTTCTACA
* * *
27498 TCAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCTATTCTTT
65 TCAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTT
** * * *
27563 TGAAAGCCTTACTACCCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
130 CAAAAGTCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * *
27628 TTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATACTTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTAGAGAAAAAGCC
195 TTACA--TTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAGAAAACGTAGAGAAAAAGCC
* * * *
27692 ATTCATTGCCAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTATTCATTTTA
258 ATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-
* * * ** *
27757 AAATG-TGTTGTATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTGCATTTTTTGTGAAAACAGA
322 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTTGTTAAAACAGA
27821 TTATAATTGAATGTC
387 TTATAATTGAATGTC
27836 CACTTTGGGA
Statistics
Matches: 1142, Mismatches: 247, Indels: 81
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 4 0.00
511 9 0.01
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516 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (510 bp):
TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGAATTTTTGGTTAAAAGAGATTATAATTGAATTTCTACAT
CAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTC
AAAAGTCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
TACATTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAGAAAACGTAGAGAAAAAGCCATT
CATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTAT
AATTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAAGACATCATTGCCAAAAAAAGTCCATTTATA
GTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAAGCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
Found at i:28928 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 28631--29522 Score: 571
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 169
28621 ATTATAATTG
* * *
28631 AATGTCTACCTC-AGGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCTTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
1 AATGTCTACCTCGA-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTC
* * * * * * * *
28695 ACCCATTCCATCAGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGAATTTATAATGTCATAATTGATTTTAG
65 ACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-GTTTGTAATCTCAT-ATTGATTTTAA
* *
28760 GTTGAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATCATAAATA
128 GTTGAATTTTTTT-TATTTCTTTATGAAAATAGATCATAAATA
* * *
28803 AATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAGGCCA-TCATTGCCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA
1 AATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA
* * * *
28867 CTCATTCCTTTAAAAGCTTTATTATTCATTTTAAATGGTGTTGTAATCTCATATCTGATTTTATG
66 CTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT-TTGTAATCTCATAT-TGATTTTAAG
* ** ** *
28932 TTGAGTTTTTTTTGCA-TTCTTTATGAAAATAGATTGTATTTG
129 TTGAATTTTTTTT--ATTTCTTTATGAAAATAGATCATAAATA
* * * * * * *
28974 AATATCTGCCTTGA-AAACGTGAATAAAAAGCCATTCACTGGCAAAAAAAGTTCATTTATAGTCA
1 AATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA
* * * *
29038 ATAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTGAATGGTTTTGTAATCTCATAAATGATTTTAAG
66 CTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTGTAATCTCAT-ATTGATTTTAAG
* ** * * * *
29103 TTGAATTGTTTTGTATTTC-AAATAAAAATATATTC-TAATTG
129 TTGAATT-TTTTTTATTTCTTTATGAAAATAGA-TCATAAATA
* * * * * * ** * * * * *
29144 TATGTTTGCCT-TAGAAAACGTGACGCAAAAGTGATCCATT-AGCTTA-AAAAGTCCACTAATAG
1 AATGTCTACCTCGAG-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-C-AAGAAAAGTTCATTTATAG
** * * * * *
29206 TCA-TCCA-AGCTTTCAAAAGCCTTATTATTCGCGTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
63 TCACT-CATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GGTTTGTAATCTCAT-ATTGATT
* * * *
29269 TTAAGTTGAA-TTTGTTTA--TCTTTATGGTTCAAATAGATTA-AAATTG
124 TTAAGTTGAATTTTTTTTATTTCTTTAT-G--AAAATAGATCATAAA-TA
* * * * * * ** *
29315 ATTGTCTGCCTCAAAAAAAG-GAAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
1 AATGTCTACCTCGAGAAACGTG-AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTC
* * * * * *
29379 ACCCATCCCCTTAGAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTTATAATTGATTTTAA
65 ACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTGTAATCTCAT-ATTGATTTTAA
* * * * * * * *
29444 GTT-AAATTTTTTTACATT-TTCAT-TAAACAGATTATAATTG
128 GTTGAATTTTTTTTA-TTTCTTTATGAAAATAGATCATAAATA
**
29484 AATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
1 AATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
29523 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 560, Mismatches: 123, Indels: 77
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 2 0.00
169 48 0.09
170 60 0.11
171 399 0.71
172 43 0.08
173 5 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA
CTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTGTAATCTCATATTGATTTTAAGTT
GAATTTTTTTTATTTCTTTATGAAAATAGATCATAAATA
Found at i:31209 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 30524--33441 Score: 1800
Period size: 171 Copynumber: 17.1 Consensus size: 168
30514 NNNNNNNNNN
* * * *
30524 ATAAGGCTTTTGAAA-GAATAGGTGACTATAAA-GAGACTTTTCTTGCCAAAGAATGCCTTTTTC
1 ATAAGGCTTTT-AAAGGAATTGGTGACTATAAATGA-ATTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTC
* * * * * * * * *
30587 TTCACATTTCCTGAGGCAGACTTTCAATTATAATATGTTTTAATCAAGAATATAAAAAAATTTAA
63 CTC-CGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAAATAAAAAAATTCAA
* * * * *
30652 CTTAAAATCAATTATTAGTTTTCAAAACCATTTAAAGGGATTA
126 CTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * * * * * ** * ** *
30695 ACAAGGCCTTTGAGGGGATGGGTGACTATAAATAAACTTTTTTTTGTGAATAAATACCTTTTTCT
1 ATAAGGCTTTTAAAGGAATTGGTGACTATAAATGAA-TTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCCT
* * * * * * * *
30760 TCATATTCTTTGAGGTAGAAAATCAATTATAAT-TCGTTTTAATCGAAAATATAAAAAAATTCAA
65 CCGT-TTC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GTTTTAAT-AAAAAAATAAAAAAATTCAA
* * * * *
30824 CTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTCAAGCGAGTA
126 CTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTA
** * * * * * * *
30867 ATAAGGCTTTCGAAGG-CTTATGTGACTATAAGTGAACTTTTT-ATGCTAATGGATTAG-TTTTA
1 ATAAGGCTTTTAAAGGAATT-GGTGACTATAAATGAA-TTTTTCTTGCCAAT-GAATGGCTTTT-
* * * * * * * * ** *
30929 CTTCACGTTTTCC-ATGGTAAACATTCAAGTATTATATATTTTAATTAGAAATGTAAAAAAATTT
62 CCTC-CG-TTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAAATAAAAAAATTC
* * * * * *
30993 AACTTAAAATCAATTATAAGATTCCAAAACTAATTGAAGAGAGTA
124 AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * *
31038 ATAAGGCTTTTAAAGGAGTTGGTGACTGTAAACGAATTTTTCATGCCAGTGAATGGCTTTTCCTC
1 ATAAGGCTTTTAAAGGAATTGGTGACTATAAATGAATTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCCTC
* * * * *
31103 TGTGCTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTCATAAAAAAATAAAAAAATTTAACTT
66 CGT--TTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATAAAAAAATTCAACTT
* ** *
31168 AAAATCTATTATGAGATTACAACGCAATTTAAAGTGAGTA
129 AAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * *
31208 ATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTCTAAATGAATTTTT-TTTCCGAATGAATAGCTTTTTCT
1 ATAAGGCTTTTAAAGGAATTGGTGACTATAAATGAATTTTTCTTGCC-AATGAATGGC-TTTTC-
* * * * * *
31272 TTACGTTTCCCAAGATAGACATTCAAGTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
63 CTCCGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA-ATAAAAAAATTCAAC
* * * * * * *
31337 CTAAAATTAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGTGGGGA
127 TTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* *** * * * * *
31379 ATAAGGCTTTTGAAGGAACAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTTAAAGGAATTGGTGACTATAAATGAATTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCCT
* * * ** *
31444 CACGTTTCTTAAGGTAGAGATTCAATTATAATTTG-TTTAA-CGAAAAATGTAAAAAATTCAACT
65 C-CGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAAT-AAAAAAATTCAACT
* *
31507 TAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTGAAAGTGATTA
128 TAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * * * *
31548 ATAAGGCTTCTAAGGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGCCTTTTTCT
1 ATAAGGCTTTTAAAGGAATTGGTGACTATAAATGAATTTTTCTTGC-CAATGAATGGC-TTTTCC
* ** * * * * * **
31612 TCCTTTTTTTTTGAGGTAGATAATCAATTATAATCTGTTTTAACTACAAATATAAATCAATTCAA
64 TCC--GTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAAATAAAAAAATTCAA
* * * *** * *
31677 CTTAAAATCAAATATAAGATTATAAAATTGTTTAAAGCGACTA
126 CTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * * * * **
31720 ATAAGGCTTTCGAAA-G-CTTGCGTGACTATAAGTGGACTTTTT-ATGCTAATGGATTACTTTTG
1 ATAAGGCTTT-TAAAGGAATTG-GTGACTATAAAT-GAATTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-
* * ** * * * * * ** **
31782 CTTTACGTTTTGTAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAGTTAGAAAGGTAAAGCAATTCA
62 C-CTCCGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ATAAAAAAATAAAAAAATTCA
* *
31847 ACTTAAAATCAATTATGAGATTACAATATCATTTAAAGTGAGTA
125 ACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * * **
31891 ATAAGGCTTTTAAAGGAGTTGGTGACTATAAAAGAAGTTTTCTTGCCAGTGAATAGCTTTTTATT
1 ATAAGGCTTTTAAAGGAATTGGTGACTATAAATGAATTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCCT
* * * * * *
31956 CACATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTCACAAAAAATTCAAAAAATTTCAACT
65 C-CGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAAT-AAAAAAATTCAACT
* * *
32021 TAAACTCAATTATGAGATTACAACACCTTTTAAAGTGAGTA
128 TAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * **
32062 ATAAGGGTTTTTAAGGAA-TGGCTGACTATAAATAAATTTTTCTTGGCAATG-ATGGTCTTTTTT
1 ATAAGGCTTTTAAAGGAATTGG-TGACTATAAATGAATTTTTCTTGCCAATGAATGG-CTTTTCC
* * * * * * *
32125 TCACATTTCTTGAGGTAAACATTCATTTATAATCTGTTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
64 TC-CGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA-ATAAAAAAATTCAAC
* * * *
32190 TTAAAACCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAATGTGAGTA
127 TTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * * * ** *
32232 ATATGGCCTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGTCAAAGAATAACCTTTTT
1 ATAAGG-CTTTTAAAGGAATTGGTGACTATAAATGA-ATTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTC
* * * * *
32295 CTCCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTACAATTTGTTTTAA-ACAAAAATGTAAAACAAATT
63 CTCC--GTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA-AAAAA-ATAAAA-AAATT
* * * * *
32359 TAACTTAAAATTAATTATCAGATTACAAAACCATTTAAAGGGATTA
123 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * ** *
32405 ATAAGGCTTTTGAGAGG-ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTTTGTGAATGAATGCCTTTTT
1 ATAAGGCTTTT-AAAGGAATTGGTGACTATAAAT-GA-ATTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTT
* * * * ** * *
32469 CTTCAC-TTTCTTTGAGGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATTT
62 CCTC-CGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ATAAAAAAATAAAAAAATTC
* * ** *
32533 AACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTCTAGCGAGTA
124 AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTA
** * * * * * * * *
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1 ATAAGGCTTTTAAAGGAATTG-GTGACTATAAAT-GAATTTTTCTTGCCAAT-GAATGGCTTTT-
* * * * * * * * * * * *
32640 CTTCACGTTT-CTCAAAGAAAATATTCAATTATTATATATTTTAATTAGAAATACAAAAAAATTT
62 CCTC-CGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAAATAAAAAAATTC
* * * *
32704 AATTTAAAATCAATTATGAGATTCCAAAACCATTTGAAGAGAGTA
124 AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * * * *
32749 ATAAGGCTTTTAAAAGAGTTAGTGACTGTAAATGAACTTTTCTTGTCATTGAATGGCTTTTCCTT
1 ATAAGGCTTTTAAAGGAATTGGTGACTATAAATGAATTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCC-T
* * * * * * *
32814 CACGTTTTCTAAGGAAAACAATCAATTATTAA-CTGTTTTCA-CAAAAAATGCAAAAAATTCAAC
65 C-CGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTA-TAATCTGTTTTAATAAAAAAAT-AAAAAAATTCAAC
* *
32877 TTAAAATCAATTATGAGATTACAACACAATTTAAAGTGAGTA
127 TTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * *
32919 ATAAGG-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAATTTTTCGTGGCAATGAATGACTTTTCCTT
1 ATAAGGCTTTTAAAGGAATTGGTGACTATAAATGAATTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCC-T
* * **
32983 CACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAAGTATAATCTGTTTTAGCAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
65 C-CGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA-ATAAAAAAATTCAACT
* * * *
33048 TAAAATCAATTATTAGATTATAAAATCATTTAAAGT-AGGGA
128 TAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGA-GTA
* * ** * * *
33089 ATAAGGCTTTTGAAGAAACAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTTAAAGGAATTGGTGACTATAAATGAATTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTCCT
* * * **
33154 CACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTGTAATCTG-TTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACT
65 C-CGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAAATAAAAAAATTCAACT
* * * * *
33217 TAAAATCAAATATCAGATTGCAAAACTATTTAAAGTGATTA
128 TAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * * * *
33258 ATAAGGCTTATAAGGGGAA-GGGTGACTAGAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGCCTTTGTT
1 ATAAGGCTTTTAA-AGGAATTGGTGACTATAAATGAATTTTTCTTGC-CAATGAATGGC----TT
* *** ** * * * * * *
33321 TTCTTTTTTTTTTTTGAA-GCAGACAATCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAACAAAT
60 TTC-CTCCGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAAATAAAAAAAT
* * * *
33385 TCAACTTAAAATAAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTA
122 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTA
33432 ATAAGGCTTT
1 ATAAGGCTTT
33442 CGAAAGCTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
ATAAGGCTTTTAAAGGAATTGGTGACTATAAATGAATTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCCTC
CGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTA
Found at i:31296 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 30524--33441 Score: 2010
Period size: 341 Copynumber: 8.5 Consensus size: 337
30514 NNNNNNNNNN
* * * * * *
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1 ATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-A-TTTTTTTTCCAATGAATAG-CTTTTTC
* * * * * *
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* * * * * * * * ** *
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* * ** * ** * *
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* * * * *
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252 CATTCAATTATAATCT-GTTTT-AT-AAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
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314 TTACAAAACCATTTAAAGTGAGTA
** ** * * * * * *
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1 ATAAGGCTTTTC-AAGGAATGGGTGACTATAAATGAA-TTTTTTTTCCAAT-GAATAGCTTTTTC
* * * * * * ** * *
30930 TTCACGTTTTCC-ATGGTAAACATTCAAGTATTATATATTTTAATTAGAAATGTAAAAAAATTTA
63 TTCACG-TTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTA
* * *
30994 ACTTAAAATCAATTATAAGATTCCAAAACTAATTGAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAGTTG
127 ACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGA-TTG
* * * * * **
31059 GTGACTGTAAACGAATTTTTCATGCCAGTGAATGGCTTTTCCTC-TGTGCTTCCCAAGGTAGACA
191 GTGACTATAAATGAATTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCCTCACGT--TTCTTAAGGTAGACA
* * *
31123 TTCAATTATAATTTGTTTTCATAAAAAAATAAAAAAATTTAACTTAAAATCTATTATGAGATTAC
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** *
31188 AACGCAATTTAAAGTGAGTA
318 AAAACCATTTAAAGTGAGTA
*
31208 ATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTCTAAATGAATTTTTTTTCCGAATGAATAGCTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTATAAATGAATTTTTTTTCC-AATGAATAGCTTTTTCTT
* * * * * * * *
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* * * * * * ***
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130 TAAAATCAATTATAAGATTACAAAACT-ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG-ATTGGT
* * * * * *
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193 GACTATAAATGAATTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCCTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTC
* * *
31467 AATTATAATTTG-TTTA-ACGAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAA
257 AATTATAATCTGTTTTATA-AAAAAAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAA
* *
31530 AACCATTGAAAGTGATTA
320 AACCATTTAAAGTGAGTA
* * * *
31548 ATAAGGCTTCT-AAGGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCCTTTTTC
1 ATAAGGCTTTTCAA-GGAATGGGTGACTATAAATGAATTTTTTTTC-CAATGAATAG-CTTTTTC
* ** * * * * * ** *
31611 TTC-CTTTTTTTTTGAGGTAGATAATCAATTATAATCTGTTTTAACTACAAATATAAATCAATTC
63 TTCAC--GTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTT
* * * * * * * *
31675 AACTTAAAATCAAATATAAGATTATAAAATTGTTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCGAAA-GCTT
126 AACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT-TAAAGGATT
* * * * * ** * * *
31739 GCGTGACTATAAGTGGACTTTTT-ATGCTAATGGATTACTTTTGCTTTACGTTT-TGTAAGGTAA
190 G-GTGACTATAAAT-GAATTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-CCTCACGTTTCT-TAAGGTAG
* * * ** **
31802 ACATTCAATTATAATATATTTTAGTTAGAAAGGTAAAGCAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
251 ACATTCAATTATAATCTGTTTTA--TAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
31867 TTACAATATCATTTAAAGTGAGTA
314 TTACAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * * * * *
31891 ATAAGGCTTTTAAAGGAGTTGGTGACTATAAAAGAAGTTTTCTTGCCAGTGAATAGCTTTTTATT
1 ATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTATAAATGAA-TTTTTTTTCCAATGAATAGCTTTTTCTT
* * * *
31956 CACATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTCACAAAAAAT-TCAAAAAATTTCAAC
65 CACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTT-AAC
* * * * * * *
32020 TTAAACTCAATTATGAGATTACAACACCT-TTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTTTAAGGAATGGC
129 TTAAAATCAATTATAAGATTACAA-AACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGATTGG-
* * ** * * *
32084 TGACTATAAATAAATTTTTCTTGGCAATG-ATGGTCTTTTTTTCACATTTCTTGAGGTAAACATT
192 TGACTATAAATGAATTTTTCTTGCCAATGAATGG-CTTTTCCTCACGTTTCTTAAGGTAGACATT
* * * * *
32148 CATTTATAATCTGTTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATA
256 CAATTATAATCTGTTT-TATAAAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACA
* *
32213 AATCCATTTAATGTGAGTA
319 AAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * * * * *
32232 ATATGGCCTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGT-CAAAGAATAACCTTTTTC
1 ATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GAATTTT-TTTTCCAATGAAT-AGCTTTTTC
* * * * * * *
32296 TCCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTACAATTTGTTTTAA-ACAAAAATGTAAAACAAATTT
63 TTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA-AAAAATATAAAA-AAATTT
* * * * * * *
32360 AACTTAAAATTAATTATCAGATTACAAAACCATTTAAAGGGATTAATAAGGCTTTTGAGAGGATG
126 AACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGATT
* * ** * * *
32425 GGTGACTATAAATAGACTTTTTTTTTGTGAATGAATGCCTTTTTCTTCAC-TTTCTTTGAGGTAG
190 GGTGACTATAAAT-GA-ATTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCCTCACGTTTC-TTAAGGTAG
* * * * *
32489 ACAATCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAACTATGAGA
251 ACATTCAATTATAATCTGTTTTA--TAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** *
32554 TTATAAAACCATTTCTAGCGAGTA
314 TTACAAAACCATTTAAAGTGAGTA
** ** * * * * * * *
32578 ATAAGGC-TTTCGAAGGGTTGCATGACTATAAGTGGACTTTTTATGCTAATAGATTAG-TTTTAC
1 ATAAGGCTTTTC-AAGGAATGGGTGACTATAAAT-GAATTTTTTTTCCAAT-GAATAGCTTTTTC
* * * * * * * ** * *
32641 TTCACGTTT-CTCAAAGAAAATATTCAATTATTATATATTTTAATTAGAAATACAAAAAAATTTA
63 TTCACGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTA
* * * * * * *
32705 ATTTAAAATCAATTATGAGATTCCAAAACCATTTGAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAGTTA
127 ACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGA-TTG
* * * * * *
32770 GTGACTGTAAATGAACTTTTCTTGTCATTGAATGGCTTTTCCTTCACGTTT-TCTAAGGAAAACA
191 GTGACTATAAATGAATTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCC-TCACGTTTCT-TAAGGTAGACA
* * *
32834 ATCAATTATTAA-CTGTTTTCA-CAAAAAATGCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
254 TTCAATTA-TAATCTGTTTT-ATAAAAAAAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* *
32897 ACAACACAATTTAAAGTGAGTA
316 ACAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * ** *
32919 ATAAGG-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAATTTTTCGTGGCAATGAAT-GACTTTTCCT
1 ATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTATAAATGAATTTTT-TTTCCAATGAATAG-CTTTTTCT
* * * *
32982 TCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAAGTATAATCTGTTTTAGCAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
64 TCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAAC
* * * * * **
33047 TTAAAATCAATTATTAGATTATAAAA-TCATTTAAAGTAG-GGAATAAGGCTTTTGAAGAAACAG
129 TTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACT-ATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTAAAG-GATTG
* * * *
33110 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACAT
191 GTGACTATAAATGAATTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTCCTCACGTTTCTTAAGGTAGACAT
* * ** * * *
33175 TCAATTGTAATCTGTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATCAGATTGCA
255 TCAATTATAATCTGTTTTA-TAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACA
* *
33239 AAACTATTTAAAGTGATTA
319 AAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * *
33258 ATAAGGCTTAT-AAGGGGAA-GGGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCCTTTGT
1 ATAAGGCTTTTCAA--GGAATGGGTGACTATAAATGAATTTTTTTTC-CAATGAATAG-C--T-T
**** ** * * * * *
33320 TTTCTTTTTTTTTTTTGAA-GCAGACAATCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAACAAA
59 TTTCTTCACGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAA
* * * * * * **
33384 TTCAACTTAAAATAAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTT
123 TTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
33442 CGAAAGCTTA
Statistics
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0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (337 bp):
ATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTATAAATGAATTTTTTTTCCAATGAATAGCTTTTTCTTC
ACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTT
AAAATCAATTATAAGATTACAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGATTGGTGAC
TATAAATGAATTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCCTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATT
ATAATCTGTTTTATAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCAT
TTAAAGTGAGTA
Found at i:33912 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 6.7 Consensus size: 171
33544 NNNNNNNNNN
* * * * * *
33554 AGGCAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAGCAAAAAATGTAGAAAAATTCAACTTAAAATTAATT
1 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * ** *
33619 ATCAGTTTACAAAACCATTTAAAGTGACTAACAAGGC-TTCTGAGGGGATGGGTGACTATAAAT-
66 ATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCTTGCGTGACTATAAATA
* * * * * ***
33682 GAAATTTTCTTGCCAATGAAT-ACTTTTTTCTTCATATTTTTTG
130 G-ACTTTTCTTACCAATGAATGGC-TTTTTCTTCTTGTTTTCCA
* * *
33725 AGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATCTAACTTAAAATC-AT
1 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAAT
* * ** * *
33789 TATGAGATTATAAAACTGTTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCTTGCGTGACAATAAATA
65 TATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGCGTGACTATAAATA
* * ** *
33854 GACTTTT-TATACTAATGGATTACTTTTCCTTCTTGTTTTCCA
130 GACTTTTCT-TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCTTGTTTTCCA
* * * *
33896 AGGCAAACATTCAATTATAATAT-ATTTAATCAAAAATAT--AAAAATTCAACTTAAAATCAATT
1 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * *
33958 ATGAGATTACAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAGTTG-GTGACTATAAAT-
66 ATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-CTTGCGTGACTATAAATA
** * * *
34021 GAACTTTTCTT-GTAAGTAAATGGCTTTTATC-AC--GTTTCCCA
130 G-ACTTTTCTTACCAA-TGAATGGCTTTT-TCTTCTTGTTTTCCA
* * * * *
34062 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTCAGCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
1 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * ** *
34127 ATGAGATTACAACACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATGAGTGACTATAAATAG
66 ATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGCGTGACTATAAATAG
* * *
34192 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT-TACG-TTTCCTG
131 ACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCT-TGTTTTCC-A
* * * * * * *
34233 AGGGA-AGCATTCAATAATAATCCGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATAAAT
1 AGGCAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
34297 TGTGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGATTTTGAAGGACTAG-GTGACTATAAAT
65 TATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-CTTGCGTGACTATAAAT
* * * * *
34361 GGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTTTTCAT-ATTTCTTA
129 AGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCTTGTTTTC-CA
*
34404 AGGCAGACATTAAATTATAATCTG-TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
1 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * *
34468 ATCATATTACAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGG-TTTCTAAGG--GGACGAATGACTATAAA
66 ATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG-CG--TGACTATAAA
* *
34530 TAGACTTTTCTTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTCCCTT-TTTT--A
128 TAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTT--CTTGTTTTCCA
* * * * *
34573 GATGCAGACAATCAATTATAACCTATTTTAACCAAAAATATAAACAAATTCAACTTAAAATCAAT
1 -AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* ** ** *
34638 TATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTAACGAAAGCTTGCGTGACTATAA
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34700 GTGGACATTT
Statistics
Matches: 791, Mismatches: 144, Indels: 80
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 28 0.04
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ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
ATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGCGTGACTATAAATAG
ACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCTTGTTTTCCA
Found at i:34604 original size:341 final size:335
Alignment explanation
Indices: 33554--35470 Score: 1348
Period size: 341 Copynumber: 5.7 Consensus size: 335
33544 NNNNNNNNNN
* * * * * *
33554 AGGCAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAGCAAAAAATGTAGAAAAATTCAACTTAAAATTAATT
1 AGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * *
33619 ATCAGTTTACAAAACCATTTAAAGTGACTAACAAGGCTTCTGAGGGGATGGGTGACTATAAATGA
66 ATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA
* * * ** * *
33684 AATTTTCTTGCCAATGAAT-ACTTTTTTCTTCATATTTTTTGAGGTAGACAGTCAATTATAATCT
131 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTT-TTCATATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCT
* * **
33748 GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATCTAACTTAAAATC-ATTATGAGATTATAAAACTGTTTAA
195 G-TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAA
** * * * * * * *
33812 AGCAAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCTTG-CGTGACAATAAATAGACTTTT-TATACTAATGGATT
258 AGTGAGTAATAAG-GTTT-TAAGG---GACGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGCCAATGAATG
*
33875 ACTTTTCCTT-CTTGTTTTCCA
317 ACTTTTTCTTCCTT-TTTT--A
* * *
33896 AGGCAAACATTCAATTATAATATA-TTTAA-TCAAAAA--TATAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
1 AGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
33957 TATGAGATTACAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAGTTGGTGACTATAAATG
65 TATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
* * * ** * *
34022 AACTTTTCTTG-TAAGTAAATGGC--TTTTATCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
130 AACTTTTCTTGCCAA-TGAATGGCTTTTTTTTCATATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATC
* * * * * *
34084 TATTTTCAGCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAACACAATTTAA
194 T-GTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAA
* *
34149 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
258 AGTGAGTAATAAGG-TTTT-AA-G--GGACGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGA
* ** *
34213 CTTTTTCTTTACGTTTCCTG
318 CTTTTTC-TT-CCTTTTTTA
* * ** * *
34233 AGGGA-AGCATTCAATAATAATCCGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATAAAT
1 AGGCAGA-CATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * *
34297 TGTGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGATTTTGAAGGACTAGGTGACTATAAATG
65 TATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
* * * *
34362 GACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTTTTCATATTTCTTAAGGCAGACATTAAATTATAATCT
130 AACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTTTTCATATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCT
* *
34427 GTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCATATTACAAAACCATTTAAAG
195 GTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAG
* * *
34492 TGATTAATAAGGTTTCTAAGGGGACGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTTCCAATGAATGCCTT
260 TGAGTAATAAGGTTT-TAA-GGGACG--TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTT
34557 TTTCTTCCCTTTTTTA
321 TTTCTT-CCTTTTTTA
* * * * * *
34573 GATGCAGACAATCAATTATAACCTATTTTAACCAAAAATATAAACAAATTCAACTTAAAATCAAT
1 -AGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * ** *** * ** * *
34638 TATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTAACGAAAGCTTGCGTGACTATAAGTG
65 TATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
* * * * * *
34703 GACATTTT-ATG-C--T--ATTGC------TTCACATTT-TCGAAGACAAACATTCAATTATAAT
130 AAC-TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTTTTCATATTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAAT
* * ** * ** ** *
34755 ATATTTTAATTAGAAAGGTAAAGCAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTA
193 CT-GTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTA
* ** ** **
34820 AA--G-G----AA----TT----G--GTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAGTGAATGGCT--
257 AAGTGAGTAATAAGGTTTTAAGGGACGTGACTATAAATAGAC--TT-TT-CTTGCCAATGAATGA
* * * *
34866 TTTTATTC-ACGTTTCTTA
318 CTTT-TTCTTCCTTTTTTA
* * * * *
34884 AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTCA-TAAAAACT-TCAAAAAATTTCAACTTAAACTCAA
1 AGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAA-TGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * *
34947 TTCTGAGATTACAACACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
64 TTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
* * * *
35012 GAACTTTTCTTGTCAATG-ATGGCCTTTTCTTT-ATATTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATGAT
129 GAACTTTTCTTGCCAATGAATGG-CTTTTTTTTCATATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAAT
** * * * *
35075 CTGTTTTAATAAAAAAT-TAAAAAAAATTCAAATTAAAATAAATTATGAGATTATAAAATCATTT
193 CTG-TTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTT
* * * * * *
35139 AAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATAAATG
256 AAAGTGAGTAATAAGG-TTTT-AAGGGA--CGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * **
35204 ATTTTTTCTTCATGTTTCCCA
317 ACTTTTTCTTCCT-TTT-TTA
* * * * * * * * *
35225 AGACAGATATTCAATTATATTATGTTTTACCCAAACATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATT
1 AGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * **
35290 ATCAGTTTACAAAAATCATTTAAAGTGATTTTTAAGGCTTTT-AAGGTAATGGGTGACTATAAAT
66 ATGAGATTAC-AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-AATGGGTGACTATAAAT
* * ** * * * * * *
35354 GGACTTTTCTTGTCAATGAATAACTTTTTCTTCATGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTACAATC
129 GAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTTTTCATATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATC
* * * * *
35419 TTTTTTAACAAAAAATAGAAAAAAATTCAATTTGAAATCAATTATGAGATTA
194 -TGTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
35471 TAAGTAGACT
Statistics
Matches: 1228, Mismatches: 259, Indels: 175
0.74 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
309 10 0.01
310 116 0.09
311 8 0.01
312 6 0.00
313 6 0.00
314 10 0.01
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320 76 0.06
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322 1 0.00
323 1 0.00
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329 2 0.00
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332 2 0.00
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344 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (335 bp):
AGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
ATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA
ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTTTTCATATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGT
GAGTAATAAGGTTTTAAGGGACGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCT
TCCTTTTTTA
Found at i:35109 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 35088--35118 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
35078 TTTTAATAAA
35088 AAATTAAAAAAAATTC
1 AAATTAAAAAAAATTC
*
35104 AAATTAAAATAAATT
1 AAATTAAAAAAAATT
35119 ATGAGATTAT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 14 1.00
ACGTcount: A:0.68, C:0.03, G:0.00, T:0.29
Consensus pattern (16 bp):
AAATTAAAAAAAATTC
Found at i:35154 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 34820--35473 Score: 686
Period size: 170 Copynumber: 3.8 Consensus size: 171
34810 AAACCATTTA
* * * * * * **
34820 AAGGAATTGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAGTGAATGGCTTTTTATTCACGTTTCTTAA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAA
* * * * * * * * *
34885 GGTAGACATTCAATTATAATATATTTTCATAAAAACTTCAAAAAATTTCAACTTAAACTCAATTC
66 GGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
34950 TGAGATTACAACACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTG
131 TGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * * *
34991 AAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATG-ATGGCCTTTTCTTTATATTTCTCGA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAA
* * * * *
35055 GGCAGACATTCAATTATGATCTGTTTTAATAAAAAATTAAAAAAAATTCAAATTAAAATAAATTA
66 GGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
*
35120 TGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTG
131 TGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * *
35161 AAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATAAATGATTTTTTCTTCATGTTTCCCAA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAA
* * * * * * *
35226 GACAGATATTCAATTATATTATGTTTTACCCAAACATGT-AAAAACATTCAACTTAAAATCAATT
66 GGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAAT-TAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * **
35290 ATCAGTTTACAAAAATCATTTAAAGTGATTTTTAAGGCTTTT-
130 ATGAGATTA-TAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * *
35332 AAGGTAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAACTTTTTCTTCATGTTTCCCG
1 AAGG-AATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCA
* * * * * *
35397 AGGTAGACATTCAATTACAATCTTTTTTAACAAAAAA-TAGAAAAAAATTCAATTTGAAATCAAT
65 AGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATTA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
35461 TATGAGATTATAA
129 TATGAGATTATAA
35474 GTAGACTTTT
Statistics
Matches: 395, Mismatches: 82, Indels: 12
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 142 0.36
171 116 0.29
172 137 0.35
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAA
GGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
Found at i:36100 original size:635 final size:635
Alignment explanation
Indices: 34883--36103 Score: 1611
Period size: 635 Copynumber: 1.9 Consensus size: 635
34873 CACGTTTCTT
* * * *
34883 AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTCATAAAAACTTCAAAAAATTTCAACTTAAACTCAAT
1 AAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAACTTCAAAAAATTTCAACTCAAAATCAAT
* * *
34948 TCTGAGATTACAACACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
66 TATGAGATTACAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATG
* * * * * * *
35013 AACTTTTCTTGTCAATGATGGCCTTTTCTTTATATTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATGATCTG
131 AACTTTTCTTCTCAATGATGGACTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATG
*
35078 TTTTAATAAAAAATTAAAAAAAATTCAAATTAAAATAAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG
196 TTTTAATAAAAAATTAAAAAAAATTCAAATTAAAATAAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAG
* * **
35143 TGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATAAATGATTT
261 TGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGACCT
* * * * *
35208 TTTCTTCATGTTTCCCAAGACAGATATTCAATTATATTATGTTTTACCCAAACATGTAAAAACAT
326 TTTCTTCATGTTTCCCAAGACACACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACAT
* * ****
35273 TCAACTTAAAATCAATTATCAGTTTACAAAAATCATTTAAAGTGATTTTTAAGGCTTTTAAGGTA
391 TCAACTTAAAATCAATTATCAGATTACAAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTAAGGTA
* * *
35338 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAACTTTTTCTTCATGTTTCCCGAGGTAG
456 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTCACGTTTCCCGAGGTAG
* * *
35403 ACATTCAATTACAATCTTTTTTAACAAAAAATAGAAAAAAATTCAATTTGAAATCAATTATGAGA
521 ACATTCAATTACAATCTATTTTAACAAAAAATAGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
35468 TTATAAGTAGACTTTTTATACTAATGGATTACTTTTGCTTCATGTTTTCC
586 TTATAAGTAGACTTTTTATACTAATGGATTACTTTTGCTTCATGTTTTCC
*
35518 AAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAA-TAT-AAAGCAA-TTCAACTCAAAATC
1 AAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAAT-AAAAACT-TCAAA-AAATTTCAACTCAAAATC
* **
35580 AATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATTTGTGACTATAA
63 AATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAA
* * * *
35645 ATGAACTTTTCTTACT-AGTGAATGGATTTTTCTTCACGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAATTAT
128 ATGAACTTTTCTT-CTCAATG-ATGGACTTTTCTTCACATTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTAT
* * * *
35708 AATATGTTTTCAA-GAAAAATGT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTACAACATC
190 AATATGTTTT-AATAAAAAAT-TAAAAAAAATTCAAATTAAAATAAATTATGAGATTACAAAATC
* * *
35771 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAGCAATG
253 ATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATA
* *** * * * **
35836 AATGGCCTTTTCTAT-ATGTTTCTTGAGGCACACATTCAATTTTAATCTGTTTTAATGAAAAATG
318 AATGACCTTTTCT-TCATGTTTCCCAAGACACACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATG
* * * *
35900 TAAAAA-AGTTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATTA-TAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGC
382 TAAAAACA-TTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTACAAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGC
**
35963 TTTTGAAGG-AATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
446 TTTT-AAGGTAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTCACGTT
** * * *
36027 TCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAACT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAA
510 TCCCGAGGTAGACATTCAATTACAATCTATTTTAACAAAAAATAG-AAAAAAATTCAACTTAAAA
36091 TCAATTATGAGAT
574 TCAATTATGAGAT
36104 ACAAAACCAT
Statistics
Matches: 503, Mismatches: 71, Indels: 24
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
634 1 0.00
635 266 0.53
636 232 0.46
637 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (635 bp):
AAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAACTTCAAAAAATTTCAACTCAAAATCAAT
TATGAGATTACAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATG
AACTTTTCTTCTCAATGATGGACTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATG
TTTTAATAAAAAATTAAAAAAAATTCAAATTAAAATAAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAG
TGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGACCT
TTTCTTCATGTTTCCCAAGACACACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACAT
TCAACTTAAAATCAATTATCAGATTACAAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTAAGGTA
ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTCACGTTTCCCGAGGTAG
ACATTCAATTACAATCTATTTTAACAAAAAATAGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAGTAGACTTTTTATACTAATGGATTACTTTTGCTTCATGTTTTCC
Found at i:36175 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 35513--36281 Score: 987
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 172
35503 TGCTTCATGT
* * * * * ** *
35513 TTTCC-AAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAGCAATTCAACTCAAA
1 TTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * **
35577 ATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATTTGTGACTA
66 ATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* * * * *
35642 TAAATGAACTTTTCTTACTAGTGAATGGATTTTTCT-TCACG
131 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTATCACG
* * *
35683 TTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTCAA-GAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAA
1 TTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
35747 AATCAATTATGAGATTACAACATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACT
65 AATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* *
35812 ATAAATGGACTTTTCTTAG-CAATGAATGGCCTTTTCTAT-ATG
130 ATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGGCTTTTTCTATCACG
* * * * * ** * *
35854 TTTCTTGAGGCACACATTCAATTTTAATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAGTTTAACTTAAA
1 TTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * *
35919 ATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
66 ATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
35984 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCT-TCACG
131 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTATCACG
* * * *
36025 TTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAA
1 TTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* *
36090 ATCAATTATGAGA-TACAAAACCATTTAAAGTGAACAATGAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
66 ATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* * *
36154 TAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT-TCTCACG
131 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTATCACG
* * * * *
36195 TTTCCTAAGGGAGGCATTCAATTATAATCCGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAA
1 TTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
*
36260 ATCAATTATGAGATTACGAAAC
66 ATCAATTATGAGATTACAAAAC
36282 TACTTTGCTT
Statistics
Matches: 526, Mismatches: 64, Indels: 17
0.87 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 162 0.31
171 360 0.68
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (172 bp):
TTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTATCACG
Found at i:38027 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 37572--38135 Score: 558
Period size: 170 Copynumber: 3.3 Consensus size: 170
37562 NNNNNNNNNN
* * * * *
37572 CATTCAATTATAATATGTTTTCA-CAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGA
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
37636 TTACAACATCATTTAAAGTGAGT-AATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTACAAATGAACTTT
66 CTACAAAACCATTTAAAGTGA-TCAATAAGGCTTTTCAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGATTTT
* * *
37700 TCTTGGCAATG-ATGGCCTTTTT-TTCACATTTTCCAAGGCAGT
129 TCTTGTCAATGAATGG-CTTTTTCTTCACATTTTCCAAGTC-GA
* * * * * *
37742 CATTCAATTATGATCTATTTGAAG--AAAAA-CTACAAAACAATTCAGCTTAAAACCAATTATGA
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAAGCCAAAAATGTA-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
37804 GACTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGATTT
64 GACTACAAAACCATTTAAAGTGATCAATAAGGCTTTTCAAGGAATG-GTGACTATAAATGGATTT
*
37869 TTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGATCGA
128 TTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCCAAG-TCGA
*
37913 CATTCAATTATAATCTG-TTT-AGCCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
37976 CTACAAAACCATTTAAAGTGATCAATAAGGCTTCT-AAGGAGATAGGTGACTATTAATGGACTTT
66 CTACAAAACCATTTAAAGTGATCAATAAGGCTTTTCAAGGA-AT-GGTGACTATAAATGGA-TTT
* * * * * * **** *
38040 TT-TTGTTAATGAGTGCCTTTTTCTACCCTTTTTTTGTGGTAGA
128 TTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC-ATTTTCCAAGTCGA
* * *
38083 CAATCAATTATAATCTGTTTTAA-CCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
38136 TAATNNNNNN
Statistics
Matches: 326, Mismatches: 51, Indels: 33
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 16 0.05
170 221 0.68
171 83 0.25
172 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
CATTCAATTATAATCTGTTTTAAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
CTACAAAACCATTTAAAGTGATCAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGTGACTATAAATGGATTTTTC
TTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCCAAGTCGA
Found at i:38976 original size:169 final size:167
Alignment explanation
Indices: 38645--39604 Score: 552
Period size: 169 Copynumber: 5.7 Consensus size: 167
38635 NNNNNNNNNN
* * *
38645 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTA-TTGTAATCTCATAATT
* * ** * * * * * *
38710 GGTTTTAAGTTAAATTTTTTT-TATATTT-TGGTTAAAACAGATCATAAATGAATATCTGTCTCG
64 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTAT-TTTCTAATTAAAACATATTAT-AATGAATGTTTATCTTG
* * *
38773 AGAAATGTGAAAAAAAAGCCATCATTGCC-AAAAAAGTTTAT
127 A-AAATGTGAAAAAAAAGCCATCACTGCCAAAAAAAATTCAT
* * *
38814 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATAGTATCGTAATCTCATAACT
1 TTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTATTGTAATCTCATAATT
* *
38879 AATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTCT-ATAAAAACATATTATAATCGAATGTTTATCTTGA
64 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTCTAATTAAAACATATTATAAT-GAATGTTTATCTTGA
* *
38943 AAATGT-ATATAAAAAGCCATTCACTGGCAAAAAAAATTCAT
128 AAATGTGA-AAAAAAAGCCA-TCACTGCCAAAAAAAATTCAT
* *
38984 TTATAGTCACCAATTCCTTCTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTATTGTAATCTCATAATT
* * * * *
39049 GATTTTAAGTTGAATTGTTTTGCA-TTTCTAATTAAAATATATTATAATTGTATGTTTACCTTGG
64 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTCTAATTAAAACATATTATAA-TGAATGTTTATCTT-G
** ** ** * * * * *
39113 AAAACATGAAGCAAAAGTGATCCATTAG-CATAAAAAGTCCAC
127 AAAATGTGAAAAAAAAGCCAT-CACT-GCCAAAAAAAATTCAT
* * * * ** * *
39155 TAATAGTCACGTAAATT--TTCAAAAGACTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 TTATAGTCAC---CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTATTGTAATCTCATAA
* * ** * * * ** ** *
39218 TTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTT-TTGTT-AAACAGATTAAAATTGATTGCCTGCCTC
62 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTCTAATTAAAACATATTATAA-TGAATGTTTATCTT
* * * * * * * * *
39281 AAAGAAAG-AAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
126 GAA-AATGTGAAA-AAAAAGCCA-TCACTGCCAAAAAAAATTCAT
** * * * * *
39325 TTATAGTCACCCAACCCCTT-AGAAGCCTTATTAATCACTTTCAATGGTTTTGTAATCTCATAAA
1 TTATAGTCA-CC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTATTGTAATCTCATAAT
* ** * * * *
39389 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTT-TGGTT-AAATAGATTATAATTGAATGTCT-GCATT
63 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTCTAATTAAAACATATTATAA-TGAATGTTTATC-TT
* * * * * * ** * *
39450 AAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGGAAAGTCCAT
126 GA-AAATGTGAAAAAAAAGCCA-TCACTGCCAAAAAAAATTCAT
* ** * * * *
39494 TTATAGTCATCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTGTTCACTTTAAATGGTTTTGTTATCTCACATTT
1 TTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTATTGTAATCTCATAATT
** * *
39559 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-TCATTAAAACAGATTATA
64 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTCTAATTAAAACATATTATA
39605 CTTGAACGTT
Statistics
Matches: 636, Mismatches: 122, Indels: 64
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 26 0.04
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170 240 0.38
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173 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (167 bp):
TTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTATTGTAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTCTAATTAAAACATATTATAATGAATGTTTATCTTGAAAA
TGTGAAAAAAAAGCCATCACTGCCAAAAAAAATTCAT
Found at i:39027 original size:170 final size:166
Alignment explanation
Indices: 38645--39604 Score: 575
Period size: 170 Copynumber: 5.7 Consensus size: 166
38635 NNNNNNNNNN
* * *
38645 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTA-TTGTAATCTCATAATT
* * ** * * * * * *
38710 GGTTTTAAGTTAAATTTTTTT-TATATTT-TGGTTAAAACAGATCATAAATGAATATCTGTCTCG
64 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTAT-TTTCTAATTAAAACATATTAT-AATGAATGTTTATCTTG
* * * *
38773 AGAAATGTGAAAAAAAAGCCATCATTGCCAAAAAAGTTTAT
127 A-AAATGTGAAAAAAAAGCCATCATGGCAAAAAAAATTCAT
* * *
38814 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATAGTATCGTAATCTCATAACT
1 TTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTATTGTAATCTCATAATT
* *
38879 AATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTCT-ATAAAAACATATTATAATCGAATGTTTATCTTGA
64 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTCTAATTAAAACATATTATAAT-GAATGTTTATCTTGA
*
38943 AAATGT-ATATAAAAAGCCATTCACTGGCAAAAAAAATTCAT
128 AAATGTGA-AAAAAAAGCCA-TCA-TGGCAAAAAAAATTCAT
* *
38984 TTATAGTCACCAATTCCTTCTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTATTGTAATCTCATAATT
* * * * *
39049 GATTTTAAGTTGAATTGTTTTGCA-TTTCTAATTAAAATATATTATAATTGTATGTTTACCTTGG
64 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTCTAATTAAAACATATTATAA-TGAATGTTTATCTT-G
** ** ** * * * * *
39113 AAAACATGAAGCAAAAGTGATCCATTAGCATAAAAAGTCCAC
127 AAAATGTGAAAAAAAAGCCAT-CA-TGGCAAAAAAAATTCAT
* * * * ** * *
39155 TAATAGTCACGTAAATT--TTCAAAAGACTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 TTATAGTCAC---CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTATTGTAATCTCATAA
* * ** * * * ** ** *
39218 TTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTT-TTGTT-AAACAGATTAAAATTGATTGCCTGCCTC
62 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTCTAATTAAAACATATTATAA-TGAATGTTTATCTT
* * * * * * *
39281 AAAGAAAG-AAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
126 GAA-AATGTGAAA-AAAAAGCCA-TCA-TGGCAAAAAAAATTCAT
** * * * * *
39325 TTATAGTCACCCAACCCCTT-AGAAGCCTTATTAATCACTTTCAATGGTTTTGTAATCTCATAAA
1 TTATAGTCA-CC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTATTGTAATCTCATAAT
* ** * * * *
39389 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTT-TGGTT-AAATAGATTATAATTGAATGTCT-GCATT
63 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTCTAATTAAAACATATTATAA-TGAATGTTTATC-TT
* * * * ** * *
39450 AAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGGAAAGTCCAT
126 GA-AAATGTGAAAAAAAAGCCA-TCA-TGGCAAAAAAAATTCAT
* ** * * * *
39494 TTATAGTCATCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTGTTCACTTTAAATGGTTTTGTTATCTCACATTT
1 TTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTATTGTAATCTCATAATT
** * *
39559 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-TCATTAAAACAGATTATA
64 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTCTAATTAAAACATATTATA
39605 CTTGAACGTT
Statistics
Matches: 636, Mismatches: 124, Indels: 60
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 26 0.04
169 241 0.38
170 244 0.38
171 117 0.18
172 4 0.01
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (166 bp):
TTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTATTGTAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTCTAATTAAAACATATTATAATGAATGTTTATCTTGAAAA
TGTGAAAAAAAAGCCATCATGGCAAAAAAAATTCAT
Found at i:39618 original size:510 final size:509
Alignment explanation
Indices: 38682--39638 Score: 1153
Period size: 510 Copynumber: 1.9 Consensus size: 509
38672 TTATTGCTCA
* *
38682 CTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATATTTTGGTTAAAA
* * * * **
38747 CAGATCATAAATGAATATCTGTCTCGAGAAATGTGAAAAAAAAGCCATCATTGCCAAAAAAGTTT
66 CAGATCATAAATGAATACCTGCCTCAAGAAATGTAAAAAAAAAGCCATCATTGCCAAAAAAGTCC
* ** *
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131 ATTTATAGTCACCCACCCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTATCGTAATCTCATAA
* * * * * *
38877 CTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTCTATAAAAACATATTATAATCGAATGTTTATCTTG
196 ATAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCTATAAAAACAGATTATAATCGAATGTCTAGCTTA
* * * *
38942 AAAATGTATATAAAAAGCCATTCACTGGCAAAAAAAATTCATTTATAGTCACCAATTCCTTCTAA
261 AAAACGTATAGAAAAAGCCATTCACTGGCAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAA
* *
39007 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTGC
326 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAC
* * * * *
39072 ATTTCTAATTAAAATATATTATAATTGTATGTTTACCTTGGAAAACATGAAGCAAAAGTGATCCA
391 ATTTCTAATTAAAACAGATTATAATTGAACGTTTACCTAGGAAAACATGAAG-AAAAGTGATCCA
39137 TTAGCATAAAAAGTCCACTAATAGTCACGTAAATTTTCAAAAGACTTATTATTTG
455 TTAGCATAAAAAGTCCACTAATAGTCACGTAAATTTTCAAAAGACTTATTATTTG
* * *
39192 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATAT-TTTTTGTT-AA
1 CTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTATATATTTTGGTTAAA
* * * * *
39255 ACAGATTA-AAATTGATTGCCTGCCTCAAAGAAA-G-AAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
65 ACAGATCATAAA-TGAATACCTGCCTC-AAGAAATGTAAAA-AAAAAGCCA-TCATTGCCAA-AA
* * * * *
39317 AAGTCCATTTATAGTCACCCAACCCCTT-AGAAGCCTTATTAATCACTTTCAATGGTTTTGTAAT
125 AAGTCCATTTATAGTCACCC-ACCCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTATCGTAAT
* * * * *
39381 CTCATAAATGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTT-TGGT-TAAATAGATTATAATTGAATGT
189 CTCATAAATAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCT-ATAAAAACAGATTATAATCGAATGT
* * ** * * *
39443 CT-GCATTAAGAAACGTGA-AGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCATCT
253 CTAGC-TTAA-AAACGT-ATAGAAAAAGCCATTCACTGGCAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCA
** * *
39506 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTGTTCACTTTAAATGGTTTTGTTATCTCACATTTGATTTTAAGTTG
315 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCACAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * *
39571 AATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATACTTGAACGTTTACCTAGGGAAATATGAAGAA
380 AATTGTTTTACATTTCTAATTAAAACAGATTATAATTGAACGTTTACCTAGGAAAACATGAAGAA
39636 AAG
445 AAG
39639 GCCATTCATT
Statistics
Matches: 372, Mismatches: 64, Indels: 23
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
508 7 0.02
509 56 0.15
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512 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (509 bp):
CTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATATTTTGGTTAAAA
CAGATCATAAATGAATACCTGCCTCAAGAAATGTAAAAAAAAAGCCATCATTGCCAAAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCACCCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTATCGTAATCTCATAA
ATAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCTATAAAAACAGATTATAATCGAATGTCTAGCTTA
AAAACGTATAGAAAAAGCCATTCACTGGCAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAC
ATTTCTAATTAAAACAGATTATAATTGAACGTTTACCTAGGAAAACATGAAGAAAAGTGATCCAT
TAGCATAAAAAGTCCACTAATAGTCACGTAAATTTTCAAAAGACTTATTATTTG
Found at i:41553 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 41468--41630 Score: 247
Period size: 76 Copynumber: 2.1 Consensus size: 76
41458 AAATACCATC
* *
41468 AATTTTAATTTTGGGTGATCCATGAAAATAGGAAATTATTTCCTACTTTAAAA-ACAATTCCTAA
1 AATTTTAATTTTGGGTGATCCATAAAAATAGGAAATTATTTCCTACTTTAAAAGA-AATTACTAA
41532 AATTAAGGATAG
65 AATTAAGGATAG
* * * *
41544 AATTTTAATTTTGGGTGGTGCATAAAAATAGGAAATTGTTTCCTACTTTAAAAGAAATTATTAAA
1 AATTTTAATTTTGGGTGATCCATAAAAATAGGAAATTATTTCCTACTTTAAAAGAAATTACTAAA
41609 ATTAAGGATAG
66 ATTAAGGATAG
*
41620 TATTTTAATTT
1 AATTTTAATTT
41631 GGGAAATTGA
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 7, Indels: 2
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
76 78 0.99
77 1 0.01
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Consensus pattern (76 bp):
AATTTTAATTTTGGGTGATCCATAAAAATAGGAAATTATTTCCTACTTTAAAAGAAATTACTAAA
ATTAAGGATAG
Found at i:48270 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 47711--48284 Score: 618
Period size: 170 Copynumber: 3.4 Consensus size: 170
47701 CATCATCGAC
** * * *
47711 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCTTGATTACTCACTTTAAATAGTTTTG
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
* * * *
47776 TAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTATATTTTTTTAC-TTTTTCAGTTAAAACAAATTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTGA-ATTTTTTTACATTTTT-GGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * *
47839 ATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAGGCCATCTATTGAT
129 ATGTTTGCCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGAT
* * * * * *
47881 ATGAAAAGTCCCTTTATAGTCACTCAAGCCTTTGGAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
* * * * * *
47946 TAATTTCATAATTAATTATAAGTGTAATGTTTTTACATTTTTGGGTCAAACAGA-TA-AATTGTA
66 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTG-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
** * * *
48009 TGTTTGCCTCAAGAAACATGAAAAAAAAACCCATTCATTGAT
130 TGTTTGCCTCAAGAAATGTG-AAGAAAAAGCCATTTATTGAT
* * * * ** *
48051 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
* * *
48116 TAATCTCATAATTTATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTAATTTTAAG-TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* *** *
48181 TGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGAAAAAGCTATTTATTGAT
130 TGTTTGCCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGAT
* * * *
48222 AAAAAAAGACCATTTATAGTCA-TCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
48285 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 329, Mismatches: 67, Indels: 15
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 22 0.07
170 182 0.55
171 99 0.30
172 26 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
TAATCTCATAATTAATTTTAAGTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
GTTTGCCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGAT
Found at i:48863 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 48531--50229 Score: 874
Period size: 171 Copynumber: 9.9 Consensus size: 169
48521 NNNNNNNNNN
* * * * * *
48531 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTGTATTTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT-T-CTTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAA
* * * * * * * * * *
48595 TGTCTACCTCAAAAAACATAAAG-AAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAATTCTATTTATAGTCACT
63 TGTCTGCCTTAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * * *
48659 CATTCCTTC-AAAAGACTTACTACGCACTTTAAATTGTTTTGT
128 CATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
48701 AATCTTATAATTGATTTTAAATTGTATTTTTCTTCTTTCTTAGTTAAAATAAATTATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTCTTT-TTAGTTAAAACATATTATAATTGAAT
* * * * * * *
48766 GTCTGCCTTGAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATATGAAAAATCCATTTATAGTCACTC
64 GTCTGCCTTAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
** * *
48831 AAACCTTCGAAAATCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
129 ATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* *
48872 AATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTT-C-TTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAA
* * * * * * *
48937 TGTTTACC-TCAGAAAATATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAATAAAAGTCCATTGATAGTCAC
63 TGTCTGCCTTAAG-AAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * *
49001 CCATGCCTTCCAAAACCTTTTTGCTCGCTTTAAATGGTTTTAT
127 CCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* *
49044 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCTATTTTTGGTTCAAACATATTATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTC--TTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAAT
* * * * * * * * *
49109 ATCTGTCTTAAGAAACATGAATAAAAAGCCATTAATTAACAAGAAAAGTACATTTGTAGTCACCC
64 GTCTGCCTTAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
*
49174 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
129 ATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
49215 AATCTCATAATTGACTTTAGGTTGAATTTTTTTGAATTTTTGGTTAAAACATATTATAATT-AAC
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT--CTTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAA-
* * * * * ********************
49279 TATATGCATCAAGAAACGA-GAA-AAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
63 TGTCTGCCTTAAGAAA-TATGAAGAAAAA----------------GCCATTCATTGATAAGAAAA
*********************** * *
49342 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTAT
111 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * *
49401 AATCTCATAATTGATTTGAGGTTGAAATTGTTTTTTATTTTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AA-T-TTTTTTCTTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAA
* * ** * * * * *
49466 TGTTTTCCTTGGGAAACATGAA-AAAAAACTCATTCATT-AGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCG
63 TGTCTGCCTTAAGAAATATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * *
49529 CTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCGTTTCAT
126 CCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * ** * * * *
49573 AATCTTATAATTCATTTTTTGTTAAAATTTTTTATTTTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTT-TCTTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAAT
* ** * * * * * * *
49638 GTCTACCTTAAGAAACGTAAAGCAAAAGCCATTCATTAATATGAAAAGTCTATTTATAGCCACTC
64 GTCTGCCTTAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * *
49703 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
129 ATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * *
49744 AATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGATTATTATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-C-TTTTT-AGTTAAAACATATTATAATTGAA
* * * * * * * *
49808 TGTCTGTCTTAGGAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATTGGTAAGACAAGTCTATTTATAGTCACC
63 TGTCTGCCTTAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * *
49873 CATGCCTT-TAAAAGTCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTAT
128 CATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
49915 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-TATATGTTCTGTTAAAACATATTGTATTTGA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCT-T-T-TT-AGTTAAAACATATTATAATTGA
* * ** * * ** *
49979 ATGTCTGCCTCAAAAAACGTGAAGGAGAAGATATTCATTGATAAGATAAA-TCCATTTAT--T-T
62 ATGTCTGCCTTAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCA
** * * *
50040 TTC-T-ACTTC-AAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGT
126 CCCATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
50082 AATCTCATAATTGATTCTAAGTTGTATTTTTCTACTTCTTCT-GTTAAAACAAATTATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTCTT-TT-TAGTTAAAACATATTATAATTGAA
* * ** ** *
50146 TGTTTACCTTGGGAAACGT-AA-AACAAAGCCA-TCTATTGA-AATGAAAAATCCATTTATAGTC
63 TGTCTGCCTTAAGAAATATGAAGAA-AAAGCCATTC-ATTGATAA-GAAAAGTCCATTTATAGTC
* *
50207 ACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAT
125 ACCCATGCCTTCGAAAACCTTAT
50230 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1155, Mismatches: 307, Indels: 134
0.72 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 8 0.01
165 22 0.02
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170 90 0.08
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188 3 0.00
189 6 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCTTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGT
CTGCCTTAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
GCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
Found at i:50947 original size:167 final size:169
Alignment explanation
Indices: 50737--51042 Score: 399
Period size: 166 Copynumber: 1.8 Consensus size: 169
50727 GAAAAAAACC
* * * * *
50737 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCTTCAAGGGCCTTATTA-TTGGCTTT
1 ATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTAAAGCCTTCAA-AGCCCTATTACTT-CCTTT
* * *
50801 AAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTT-A-TAAATTTTT-TGATATTTT-TGTTAAAACAGA
64 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAATTTTTCT-ATATTTTCGGTTAAAACAAA
*
50862 TTATGATTGAATGTCTGCCTTGAAAAATGTGAAGAGAAAGGT
128 TTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAATGTGAAGAGAAAGGT
* * * *
50904 ATTCATTAGTAATAAAAGTTCATTTATACTCA-TCCATGCCTTCAAAGCCCTATTACTTCCTTTA
1 ATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATACTCACT-AAAGCCTTCAAAGCCCTATTACTTCCTTTA
*
50968 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTATATTTTCGGTTAAAACAAAT
65 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTCTATATTTTCGGTTAAAACAAAT
51033 TATAATTGAA
129 TATAATTGAA
51043 AGCTTTATTA
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 14, Indels: 11
0.83 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 42 0.36
167 40 0.34
169 15 0.13
170 21 0.18
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (169 bp):
ATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTAAAGCCTTCAAAGCCCTATTACTTCCTTTAA
ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAATTTTTCTATATTTTCGGTTAAAACAAATTA
TAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAATGTGAAGAGAAAGGT
Found at i:51115 original size:139 final size:138
Alignment explanation
Indices: 50917--51180 Score: 370
Period size: 139 Copynumber: 1.9 Consensus size: 138
50907 CATTAGTAAT
* * *
50917 AAAAGTTCATTTATACTCATCCATGCCTTCAAAGCCCTATTACTTCCTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAAGTTCATTTATACTCATCCATGACTTCAAAGCCCTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAAT
*
50982 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCT-ATATTTTCGGTTAAAACAAATTATAATTGAAAGC
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TAACATTTTCGGTTAAAACAAATTATAATTGAAAGC
51046 TTTATTAAG
130 TTTATTAAG
* * * *
51055 AAAAGTTCATTTATAGTCA-CCAATTACTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAACTAGTTTTATA
1 AAAAGTTCATTTATACTCATCC-ATGACTTC-AAAGCCCTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATA
* * * * *
51119 ATCTTATAGTTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGA
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTCGGTTAAAACAAATTATAATTGA
51181 GTGTCTGCCT
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 13, Indels: 5
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
137 2 0.02
138 25 0.23
139 83 0.75
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (138 bp):
AAAAGTTCATTTATACTCATCCATGACTTCAAAGCCCTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTCGGTTAAAACAAATTATAATTGAAAGCT
TTATTAAG
Found at i:51336 original size:310 final size:305
Alignment explanation
Indices: 50746--51352 Score: 727
Period size: 310 Copynumber: 2.0 Consensus size: 305
50736 CATTCATTGG
* * ** * *
50746 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCTTCAAGGGCCTTATTATTGGCTTTAAATGGTTTT
1 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAAGACTTCAAAAGCCTTATTATTGACTTTAAATAGTTTT
* * * *
50811 ATAATCTCGTAATTGATTTTATAAATTTTTTGATATTTTTGTTAAAACAGATTATGATTGAATGT
66 ATAATCTCATAATTGATTTTATAAATTTTTTAACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * *** * * * * *
50876 CTGCCTTGAAAAATGTGAAGAGAAAGGTATTCATTAGTAATAAAAGTTCATTTATACTCATCCAT
131 CTGCCTTGAAAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTAGCAATAAAAGCTCATTTACACTCACCCAA
* * *
50941 GCCTTCAAAGCCCTATTACTTCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
196 GCCTTAAAAGCCCTATTACTTCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGCTGAAT
51006 TTTTCTATATTTTCGGTTAAAACAAATTATAATTGAAAGCTTTAT
261 TTTTCTATATTTTCGGTTAAAACAAATTATAATTGAAAGCTTTAT
* ** *
51051 TAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAATTACTTCAAAAGCCTTATTACTT-ACTTTAACTAGTTT
1 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAAGACTTCAAAAGCCTTATTA-TTGACTTTAAATAGTTT
* * * *
51115 TATAATCTTATAGTTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTG
65 TATAATCTCATAATTGATTTTA---TAAATTTTTTAACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTG
* * * *
51180 AGTGTCTGCCTT-AGGAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAATAAAAGC-CTATTTACAGT
126 AATGTCTGCCTTGA-AAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTAGCAATAAAAGCTC-ATTTACACT
** * * *
51243 CACCCAAGTTTTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATAGATTTTA
189 CACCCAAGCCTT-AAAAGCCCTATTACTTCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTA
* *
51308 AGCTGAATTTTTTTATAGTTTT-GGTTAAAACATATTATAATTGAA
253 AGCTGAATTTTTCTATA-TTTTCGGTTAAAACAAATTATAATTGAA
51353 TATCTACCTT
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 42, Indels: 13
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
305 70 0.28
306 2 0.01
308 18 0.07
309 73 0.29
310 84 0.33
311 4 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (305 bp):
TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAAGACTTCAAAAGCCTTATTATTGACTTTAAATAGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTATAAATTTTTTAACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
CTGCCTTGAAAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTAGCAATAAAAGCTCATTTACACTCACCCAA
GCCTTAAAAGCCCTATTACTTCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGCTGAAT
TTTTCTATATTTTCGGTTAAAACAAATTATAATTGAAAGCTTTAT
Found at i:51778 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 51052--54412 Score: 2795
Period size: 171 Copynumber: 19.6 Consensus size: 170
51042 AAGCTTTATT
* * ** ** * *
51052 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAATTACTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAACTAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
51117 TAATCTTATAGTTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAG
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAA
* * * * *
51182 TGTCTGCCTTAGGAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTGGC
131 TGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATT-AC
* * * * ** * *
51223 AATAAAAG-CCTATTTACAGTCACCCAAGTTTTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
51287 ATGATCTCATAATAGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGA
* * * * * *
51352 ATATCTACCTT-GGAAAACGTAAAGATAAAGCTATTCATTAAC
130 ATGTCTGCCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATT-AC
* *
51394 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTTTTATTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
51459 TAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTCCTATATTTT-GTTACAACATATTATAATTG
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-AT-TTTTGGTTAAAACATATTATAATTG
* * * *
51523 AATGTCTGTCTT-GGAAA-ATGTGAAGAGAAAACCT-TTCATTGGC
129 AATGTCTGCCTTAAGAAACA--TGAAGA-AAAAGCTATTCATT-AC
* * * ** *
51566 AAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAACGGTTTT
1 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
51631 ATAACCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACACTTTTGGTTAAGACATATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGA
* *
51696 GTGTCTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAGCTATTCATTCAC
130 ATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATT-AC
* * * * *
51737 AAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTACGCCTTTAAAAGCCTTATTACGCGTTTTAAATGGTTT
1 --AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * *
51802 TATAATCTCAAAATTGATTTTGAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTACAATTG
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTG
* ** * * **
51867 AATGTTTGCCTTGGGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGT
129 AATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATT-AC
* * * *
51910 AAGACAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * *
51975 TAATCTCATAATTAATTTTAAATTGAATAGTTTTTATATTTTCT-GTTAAAATAGATTGTATTTG
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTT-TGGTTAAAACATATTATAATTG
* * * * * * *
52039 AATGTCTACCTCAAAAAATATAAAGAAAAAGAC-ATTTATTGAT
129 AATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG-CTATTCATT-AC
* * * * * * * *
52082 AAAAAAATTTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTG
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * ** * *
52147 TAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTCTAC-TTTTTCAATTAAAATAAATTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GGTTAAAACATATTATAATTGA
* * ** * * *
52211 ATG-CTTGGCTTGAGAAATGTGAAGCAAAAGCTATCCATTGAT
130 ATGTC-TGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATT-AC
* * * ** * *
52253 ATGAAAAGTCTACTTATAGTCA-CTCAAACTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
*
52317 ATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTG
* * * * * *
52381 -A-CTCTGCCTCT-AGAAACATTAAGAAAAACCCATTCATGGAT
129 AATGTCTGCCT-TAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCAT-TAC
* * *
52422 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATGCCTTCAAAAAG-CTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * ** * *
52486 ATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAAATTATGATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGA
** * * **
52551 ATGT-TATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGT
130 ATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATT-AC
* * * * **
52592 AAGAGAAGTCCATTTATAAG-CACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
52656 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTCTTACATTTTGGGTTAAAACAGATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGA
* ** * * *
52721 GTGTCTGCCTTGGGAAACAAGAAGAGAAAGCCATTCATTGAC
130 ATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATT-AC
* * * * * *
52763 AGGAAAAGTCCACTTATAGTTATCC-ATGTCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * ** * * * *
52827 ACAATCACATAATTGACTTTCGGTTGAGCA-TTTTTGACATTTTTAGG-TAAGACAAAATATAAT
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA--ATTTTTTTACATTTTT-GGTTAAAACATATTATAAT
* ** * * *
52890 TGAATGTTTGAATCAAGAAACATGAAGAAAAA-ATATTCATTGGC
127 TGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATT-AC
* * * ** *
52934 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CTCAAGCGTTTGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
52998 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTAGTTCAAATAGATTAAAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGA
* * ** * **
53063 ATG-CTTTCCTTAGGAAATGTTAAGAAAAAGCCT-TTCATTGGT
130 ATGTC-TGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG-CTATTCATT-AC
* * *
53105 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
53169 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTTGTTAAAAAATATTATAGTTAA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATA-T-TA--T--
* * * * * **
53234 ATATTATAGTTAAATATTTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAAATCATTCATTGAC
124 A-A-T-T-G---AATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATT-AC
* ** * * * *
53290 AACAAAAGTTGATTTATAGCCACCCACGCCTTCAAAA-CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
** *
53354 T-A----AT-ATTGATTTTAAGTAAAAATTTTTTT-CTTTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGA
* * * *
53412 ATGTTTGCCTTAAAAAACATAAAG-AAAAGCCATTCATTGAC
130 ATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATT-AC
* * * * * ** *
53453 AAGAAAAGTTCATTTGTAGCCACCCACGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * *
53518 TAATCTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTTTTTTAGATTTCTAGTTAAAACATATTATAATT-A
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGA
* * * **
53581 ATTGTTTGGCTTGAGACTC-TAGAAG-AAAAGCTATTCATTTAC
130 A-TGTCTGCCTTAAGAAACAT-GAAGAAAAAGCTATTCA-TTAC
* * * **
53623 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CTCATGCCCTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
53687 ATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTTGTTAAAACATATTATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTG
* * * * ** ** *
53752 AATCTTTACATTGGGAAATGTGAAAAAAAAAG-TAATTCATTGAC
129 AATGTCTGCCTTAAGAAACATG-AAGAAAAAGCT-ATTCATT-AC
* * * * * *
53796 AAGAAAAGTCGATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAA-CCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
53860 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCTTTTTTGATTATAACATATTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAA
* * * *
53925 TGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAT
131 TGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATT-AC
* ** ** * * ** *
53966 AACAAAAGTTTATTCGTAGCCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * ** * * *
54031 TAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATATGTTTGGATTTCTAGTTAAAACATATTATAATTGAT
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAA
* * *
54096 TGTTTGGCTTGAGAAAC-TAGAAG-AAAAGCCT-TTCATTTAC
131 TGTCTGCCTTAAGAAACAT-GAAGAAAAAG-CTATTCA-TTAC
* *
54136 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * ** * * *
54201 TAATCTCATAATTGATTTGAGGTTGAAATTATTTTACATTTTTGACTAAAACAGATTGTAATCGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGA
* * * * *
54266 ATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGGC
130 ATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATT-AC
* * * * * * * *
54308 AAGAAAAGCCCATTTATAGTC-TCTCAAGCCTTCGAAAGCCGTATTACTTGTTTTAAATCGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
54372 ATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-TTTT
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
54413 GAAGGAATGG
Statistics
Matches: 2580, Mismatches: 509, Indels: 203
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 42 0.02
164 30 0.01
165 20 0.01
168 1 0.00
169 157 0.06
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171 989 0.38
172 548 0.21
173 163 0.06
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176 2 0.00
177 2 0.00
178 30 0.01
179 12 0.00
180 1 0.00
181 1 0.00
183 2 0.00
184 47 0.02
185 35 0.01
186 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAA
TGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAC
Found at i:53237 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 53219--53251 Score: 66
Period size: 13 Copynumber: 2.5 Consensus size: 13
53209 TTTTGTTAAA
53219 AAATATTATAGTT
1 AAATATTATAGTT
53232 AAATATTATAGTT
1 AAATATTATAGTT
53245 AAATATT
1 AAATATT
53252 TACCTTGAGA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 20 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.06, T:0.45
Consensus pattern (13 bp):
AAATATTATAGTT
Found at i:54771 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 54408--54785 Score: 449
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
54398 AATTTTTTTA
* *
54408 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATCAATGGCTTTTTCTTCACATT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATCAATGGCTTTTGCTTCACATT
* * * *
54473 TTCCATGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
66 TCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
*
54538 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
131 CAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGG
* **** ** * * ** * *
54579 CTTTCGAAATCTTGCATGACTATAAGTGGACTTTT-TATACTAGTGGATTGCTTTTGCTT-ACGT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACTAATCAATGGCTTTTGCTTCACAT
* * *
54642 TTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTCA-TAAAAAATATACAAAAATTGAACTTAAA
65 TTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
54706 ATCATTTATGATATTA-AGAAACTATTGAAAGTGAGTAATAAGG
129 ATCAATTATGAGATTATA-AAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGG
*
54749 GTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
54786 GGGCAATGAA
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 36, Indels: 8
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 121 0.72
171 44 0.26
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATCAATGGCTTTTGCTTCACATT
TCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
CAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGG
Found at i:57579 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 57266--57602 Score: 424
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 170
57256 NNNNNNNNCC
* * *
57266 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCAAAGGCATGGGTGGCTACAAATAAACTTTTCTTGTCAATGA
1 ATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTCAAAGGCATGGGTGGATACAAATAAACTTTTCTTGTCAATGA
* * * * ***
57331 ATAGCTTTTTCTTTATATTTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAAANNN
66 ATAGCTTTTTCTTTACATTTTCCAAGGTAAACATTCAACTATAATATATTTTAACTAAAAAAATA
******* *
57396 NNNNNNNTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACT
131 AAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
* * * * *
57436 ATTTAAAGCAAGCAATAAGGTTTCGAAGGCATGGGTGGATATACATCAACTTTTCTTGTCAATGA
1 ATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTCAAAGGCATGGGTGGATACAAATAAACTTTTCTTGTCAATGA
* * *
57501 ATGGTTTTTTCTTTACATTTTCCAAGGTAAACATTTAACTATAATATATTTTAAC-AAAAAATAT
66 ATAGCTTTTTCTTTACATTTTCCAAGGTAAACATTCAACTATAATATATTTTAACTAAAAAA-AT
57565 AAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
130 AAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
57603 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 26, Indels: 2
0.83 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.04
170 134 0.96
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTCAAAGGCATGGGTGGATACAAATAAACTTTTCTTGTCAATGA
ATAGCTTTTTCTTTACATTTTCCAAGGTAAACATTCAACTATAATATATTTTAACTAAAAAAATA
AAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
Found at i:58809 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 57864--59140 Score: 704
Period size: 171 Copynumber: 7.5 Consensus size: 170
57854 NNNNNGCCAA
* * * * ** * *
57864 ACATTCAATTATATTCTGTCTTATCCAAAAATGTAAAAAAAGCTCAACCAAAAATCAGTTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ACAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATAAG
* * * * * * * * *
57929 ATTGTAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GATATGGGTAACTATAAGTGGACTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-CTGGGTGACTATAAATGGAATT
* * * * ** * *
57993 T-TCCTATTAATGAATGGC-TTTCTCTTCTTGTTTCCCAAGGCAA
128 TGT-TTATCAATGAATGACTTTTC-CTTCATGTTTCTTAAGGTAG
* * * * * *
58036 ACACTCAATTATAATCTGTTTTAATCCAAAATGTAAGATAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGA
********** * * * *
58101 TTATAAAACCANNNNNNNNNNGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTG-CTTATAAATAGACTTC
65 TTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGACTGGGTGAC-TATAAATGGAATT-
* ** * * *
58165 TCTTGCT-AATGAAT-AGCTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGGTAA
128 TGTTTATCAATGAATGA-CTTTTCCTTCATGTTTCT-TAAGGTAG
* * * * * *
58207 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGATA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGA
*** * ********* *
58272 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAA-GCTTTTCGAAGG-CNNNNNNNNNNATAAATGGACTT
65 TTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAC-TGGGTGACTATAAATGGAATT
** * *
58335 T-TCTTATCAATGAATGGGTTTTTCTTAATGTTTC-TAGAGGTAG
128 TGT-TTATCAATGAATGACTTTTCCTTCATGTTTCTTA-AGGTAG
* * * *
58378 --AGTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATAAG
* * * * * * * * * *
58440 ATTATGAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TTCGAGTAACTATAAGTAG-ACT
64 ATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGACT-GGGTGACTATAAATGGAATT
* * * * ** *
58503 TGTCATATCAATGGATGACTTTTGCTTCATATTTCCCAAGCTAG
128 TGT-TTATCAATGAATGACTTTTCCTTCATGTTTCTTAAGGTAG
* * * * * *
58547 GCATTCAATTATAATTTATTTTAATTGAAAAA-GTAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA--CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAG
* ************ *
58611 ATTACAAAANNNNNNNNNNTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAGTGGGTGACTATAAATGGAATTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGACTGGGTGACTATAAATGGAATTT
* * * * *
58676 GTTT-TCAATAAATGCCTTTTCCTTCATGTTTTTTGAGGCAG
129 GTTTATCAATGAATGACTTTTCCTTCATGTTTCTTAAGGTAG
* * *
58717 ACATTCAAATACAATCTGTTTTAACAGAAAATATAAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATAAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA-AAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATAAG
********** *
58782 ATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGANNNNNNNNNNGACTATAAAT-GAACTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGACTGGGTGACTATAAATGGAATTT
* * * *
58846 GTCTTACCAATGAATGAC-TTTCTTTTCATGTTTCCTAAGGTAA
129 GT-TTATCAATGAATGACTTTTC-CTTCATGTTTCTTAAGGTAG
* * * * * *
58889 ATATTCAATTGTAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTCAAAATCAATTCTAAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGA
** * * *
58954 TTATAAAACCATTTAAAACGCGTAATAAGACTTTTGAAGGCCTGGGTGACTATAAATGGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGACTGGGTGACTATAAATGGA-ATTT
* * * *
59019 TTTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAG
129 GTTTATCAATGAATGACTTTTCCTTCATGTTTCTTAAGGTAG
* * * * * * *
59061 ACACTCAATTATAATCTGTCTTAACTAAAAGTGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGA
*
59126 TTATAAAACCGTTTA
65 TTATAAAACCATTTA
59141 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 829, Mismatches: 236, Indels: 80
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 124 0.15
170 77 0.09
171 414 0.50
172 202 0.24
173 8 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGAT
TATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGACTGGGTGACTATAAATGGAATTTGT
TTATCAATGAATGACTTTTCCTTCATGTTTCTTAAGGTAG
Found at i:59358 original size:514 final size:484
Alignment explanation
Indices: 58655--59648 Score: 849
Period size: 514 Copynumber: 2.0 Consensus size: 484
58645 TTGAAGGAGT
* ** *
58655 GGGTGACTATAAATGGAATTTGTTTTCAATAAATGCCTTTTCCTTCATGTTTTTTGAGGCAGACA
1 GGGTGACTATAAATGGAATTTGTTTCCAATAAATGCCTTTTCCTTCATGTTTTTCAAGACAGACA
*
58720 TTCAAATACAATCTGTTTTAACAGAAAATATAAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATT
66 TTCAAATACAATCTGTTTTAACA-AAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATT
* * **********
58785 ATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGANNNNNNNNNNGACTATAAATGAACTTGTCT
130 ATAAAACCATTTAAAACAAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTGTCT
* * * * * *
58850 TACCAATGAAT-GACTTTCT-TTTCATGTTTCCTAAGGTAAATATTCAATTGTAATCTGTTTTAA
195 TACCAATGAATAG-CTTTATCTTT-ACGTTTCCCAAGGTAAATATTCAATTATAATATATTTTAA
* * * **
58913 TAAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTCAAAATCAATTCTAAGATTATAAAACCATTTAAAACGCGTA
258 CAAAAAATATAAAAAAATTCAGCTCAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTA
* * * *
58978 ATAAGACTTTTGAAGGCCTGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTTC
323 ATAAGACTTTTCAAAGCCTGGGTGACTATAAATAGG-C-TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC
* ** * *
59042 TTCATGTTTCTTAAGGTAGACACTCAATTATAATCTGTCTTAACTAAAAGTG-TAAGAAAATTCA
386 TTCATATTTCCCAAGGCAGACACTCAATTATAATCTGTCTTAACTAAAAATGTTAA-AAAATTCA
* *
59106 ACCTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCGTTTA
450 ACCTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCGTTTA
*
59141 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTGCCAATGAAA-
1 ----------------------------GGGTGACTATAAATGGAATTTGT-TT-CCAAT-AAAT
* * *
59204 GGC-TTTCTCTTCATGTTTTTCAAGACAGACATTC-AATTCTAATTTGTTTTAAC-AAAATATAG
35 GCCTTTTC-CTTCATGTTTTTCAAGACAGACATTCAAATAC-AATCTGTTTTAACAAAAATATA-
* * *
59266 AAAAAAATTTAACTTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAA-TAAGAAGGCT
97 AAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAAC-AAGTAAGAAGGCT
* **
59329 TTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATTAATGAATAGCTTTATCTTTACGTTTC
160 TTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTGTCTTACCAATGAATAGCTTTATCTTTACGTTTC
* * * * * *
59394 CCAAGGTAAATATTCAATTATAATATATTTTAGCCAAAACTATAAAGAAATTCAGCTTAAAATCT
225 CCAAGGTAAATATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAGCTCAAAATCA
* *********** * * * *
59459 ATTATGAGNNNNNNNNNNTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAAAGCTTGGGTGACTGTAAA
290 ATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGACTTTTCAAAGCCTGGGTGACTATAAA
* * * *
59524 TAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTTTTCATATTTCCCAAGGCATACACTTAATTATAAT
355 TAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCCAAGGCAGACACTCAATTATAAT
*
59589 CTGTTTTAACTAAAAATGTTAAAAAATTCAACCTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACC
420 CTGTCTTAACTAAAAATGTTAAAAAATTCAACCTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACC
59649 AGTTAAAGTA
Statistics
Matches: 392, Mismatches: 76, Indels: 25
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
513 111 0.28
514 224 0.57
515 54 0.14
516 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (484 bp):
GGGTGACTATAAATGGAATTTGTTTCCAATAAATGCCTTTTCCTTCATGTTTTTCAAGACAGACA
TTCAAATACAATCTGTTTTAACAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
TAAAACCATTTAAAACAAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTGTCTT
ACCAATGAATAGCTTTATCTTTACGTTTCCCAAGGTAAATATTCAATTATAATATATTTTAACAA
AAAATATAAAAAAATTCAGCTCAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATA
AGACTTTTCAAAGCCTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
ATTTCCCAAGGCAGACACTCAATTATAATCTGTCTTAACTAAAAATGTTAAAAAATTCAACCTAA
AATCAACTATGAGATTATAAAACCGTTTA
Found at i:61526 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 61178--62975 Score: 1720
Period size: 171 Copynumber: 10.5 Consensus size: 171
61168 NNNNNNNNNT
* * * * * * * * *
61178 TGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCATATTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGA
* * * * * *
61243 CATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAA-GTAAAATAATTCAAC-AAAAATTGAATTATGAAA
66 CATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAGA
* * **
61306 TTATAAAACGATTTAAAGTGAGAAATAAGATTTTTGAAGGCT-
130 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TA
* * * * *
61348 GGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGTAGA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGA
* * *
61413 GATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAATATCAATTATGAGAT
66 CATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
61478 TATAAAACTATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTA
131 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTA
* * * * *
61519 TGAGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGTCAATGAATAG-TTTTT-TTCTCGTTTCTCAA-TTCAT
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGT-AG
* * * * * * *
61581 ATAGTT-AATTATAATATGTTTTAACCAGAAATTTTAAAAAATTCAACCTAAAGTCAATTATGAG
65 ACA-TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
61645 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTA
129 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTA
* * * * * * * * *
61688 TGAGTGACTACATATGTACTTTTCTTGTTAATTAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCACGGAAGA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGA
*
61753 TATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATG-AAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
66 CATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
61817 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGG-TTTTGAAAGGCA
130 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGTA
* * * * **
61859 TGGGTGACTATCAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTA-A
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGA
* * *
61923 GCATTTAATTATAATATGTTTTAACTAAAACTGTAAAACAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
66 -CATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
*
61988 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGTT
129 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGTA
* * * * * * * *
62031 TGAGTGACTATAAATGGA-TTCTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGCAA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAG
* * * * * *
62095 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTGAGAAA-GTAGAAAAATACAATTTCAAATCAATTATGAG
65 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
62159 ATTATAAAACAATTTAAAGTGCGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
129 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTA
* * * * **
62202 TGAGTGACTATAAATGAAATTTTCTTGTCAATGAAT-GCTTTTTTCTTTC-TGTTTTTTTAGGTA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC-TTTTTC-TTCACGTTTCTCAAGGTA
* * * * * *
62265 GACATTCAAATACAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGA
64 GACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
62329 GATTACAAAACGATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-
128 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TA
* * *
62373 TGAGTGACTATAAATGGAATTTT-TGTGCCAAT-AGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTA
* * * *
62436 GACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAATAATTTCAACTTAAAATCAATTATGA
64 GACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
62501 GAGTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCT-
128 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TA
* * * * * * * * *
62545 TG-GTGACTATAAATGGTCTTTTCTTATCAATAAATGACTTTTTCTTCACATTTTTCAATGCAAA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGA
* * * *
62609 CATTCAATTATAATCTATTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAGTTATGAGA
66 CATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGA
* * * *
62673 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGCA
130 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTA
* * * ** * * **
62715 T-AGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAGTGATTTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGGTA
1 TGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATG-GCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTA
* * * * * * * * * * * *
62779 GACATACAATTATAATCTATTTGACCCAAAAATATAAAAATATTCCACTAAAAATCAATTATAAA
64 GACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * ***
62844 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTCCAAAGGCT-
129 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TA
* * *** * * * **
62887 TGAGTGATTATAAAGGGACTTTTCAAATCAAT-AGATAGCCTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAG
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAG
* *
62951 ACATTTAATTATAATTTGTTTTAAC
65 ACATTCAATTATAATATGTTTTAAC
62976 CGAANNNNNN
Statistics
Matches: 1341, Mismatches: 246, Indels: 81
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 137 0.10
170 173 0.13
171 674 0.50
172 347 0.26
173 9 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGA
CATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTA
Found at i:62288 original size:514 final size:508
Alignment explanation
Indices: 61223--62975 Score: 1922
Period size: 514 Copynumber: 3.4 Consensus size: 508
61213 TGGCTTTTGC
* *
61223 TTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAAGTA-AAATAATTCAA
1 TTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAA-TATAAAAAATTCAA
* * * * *
61287 C-AAAAATTGAATTATGAAATTATAAAACGATTTAAAGTGAGAAATAAGATTTTTGAAGGCTGGA
65 CTAAAAA-TCAATTATGAAATTATAAAACGATTTAAAGTGAGCAATAAG-GTTTCGAAGGCTTGA
* * * *
61351 GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAT-GAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGTAGAGA
128 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAG-ATAGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACA
* *
61415 TTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAATATCAATTATGAGATTA
192 TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
61480 TAAAACTATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGTATGAGTGACTATAATTGGACTTTTCT
257 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGA-TTTTCT
* * * * * * * *
61544 TGTCAATGAATAG-TTTTTTTCTCGTTTCTCAATTCATATAGTT-AATTATAATATGTTTTAACC
320 TATCAATGAATGGCTTTTCTTCACATTTCTCAATGCAAACA-TTCAATTATAATATGTTTTAACC
* *
61607 AGAAATTTTAAAAAATTCAACCTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
384 AGAAA-TGTAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * * *
61672 AAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTACATATGTACTTTTCTTGTTAATTAATGAC-TTTTTC-
447 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATG-CTTTTTTCT
* * * * *
61733 TTCATGTTTCTCACGGAAGATATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGA-AAAACAATTCA
1 TTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAT-ATAAAA-AATTCA
* * * * * * *
61797 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGTTTTGAAAGGCATGG
64 ACTAAAAATCAATTATGAAATTATAAAACGATTTAAAGTGAGCAATAAGGTTTCG-AAGGCTTGA
* * ** **
61862 GTGACTATCAATGGACTTTTCTTGTCAAT-GAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTA-AGC
128 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAG-ATAGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGA-C
* * *
61925 ATTTAATTATAATATGTTTTAACTAAAACTGTAAAACAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
191 ATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* *
61990 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGATTCTTC
255 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGATT-TTC
* * * * *
62055 ATATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAAC
319 TTATCAATGAATGGCTTTT-CTTCACATTTCTCAATGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAC
* * * * *
62120 TGAGAAA-GTAGAAAAATACAATTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGCGTA
383 -CAGAAATGTA-AAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
*
62184 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAAATTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCT
445 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCT
* * * * * * *
62248 TTC-TGTTTTTTTAGGTAGACATTCAAATACAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTTA
1 TTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATAT-AAAAAATTCA
* * * * *
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64 ACTAAAAATCAATTATGAAATTATAAAACGATTTAAAGTGAGCAATAAGG-TTTCGAAGGCTTGA
* * * *
62376 GTGACTATAAATGGAATTTT-TGTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
128 GTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATAGATAGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACA
* * * * *
62440 TTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAATAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGT
192 TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
62505 ACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTG-GTGACTATAAATGGTCTTTTCT
256 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGG-ATTTTCT
* * * * *
62569 TATCAATAAATGACTTTTTCTTCACATTTTTCAATGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACC
320 TATCAATGAATGGC-TTTTCTTCACATTTCTCAATGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACC
* *
62634 ATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
384 AGAAATGT-AAAAAATTCAACTT-AAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * * * * * *
62698 TAAAGCTTTTAAAGGCAT-AGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAGTGATTTTTTTT
446 TAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCT
* * * * * * *
62761 TTCATGTTTCTTGAGGTAGACATACAATTATAATCTATTTGACCCAAAAATATAAAAATATTCCA
1 TTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAA-ATTCAA
* * * *
62826 CTAAAAATCAATTATAAAATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTCCAAAGGCTTGAG
65 CTAAAAATCAATTATGAAATTATAAAACGATTTAAAGTGAGCAATAAGG-TTTCGAAGGCTTGAG
* * **** * **
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129 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATAGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATT
* *
62956 TAATTATAATTTGTTTTAAC
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TAAAAATCAATTATGAAATTATAAAACGATTTAAAGTGAGCAATAAGGTTTCGAAGGCTTGAGTG
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ATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGATTTTCTTATCAA
TGAATGGCTTTTCTTCACATTTCTCAATGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAGAAATG
TAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
GAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCT
Found at i:62553 original size:342 final size:340
Alignment explanation
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61167 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * ** * **
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* * *
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* * * *
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323 AATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * *
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1 T-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCAT-GTTTTTTAAGGT
* * * * * * * *
61578 CATATAGTT-AATTATAATATGTTTTAACCAGAAATTTTAAAAAATTCAACCTAAAGTCAATTAT
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* * *
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* ** * * * * * *
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*
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*
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* * * * *
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1 TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGTAG
* * *
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*
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* ** * * * * * *
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* * * * * *
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255 TTTAACT-A-AAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * *
62178 TGCGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
318 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * *
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1 TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGC-TTTTTC-TTCATGTTTTTTAAGGT
* * * * * * *
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64 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGA
* * *
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* *
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* * *
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* *
62523 AGTAATAAAGCTTTCGAAGGC
320 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * ** * * *
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1 TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGTA
* * * * * *
62607 AACATTCAATTATAATCTATTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-TAAGTTATGA
65 GACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATTAA-TTATGA
* * * *
62671 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGCAT-AGGTGACTATAAAT-GAAC
129 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGAA-
** * * ** * * *
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192 TTTTCTTGCCAATGA-TG-GCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGT
* * * * * * * *
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255 TTTAACTAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
* ***
62864 GAGCAATAAGGCTTCCAAAGGC
319 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * *** * ** * *
62886 TTGAGTGATTATAAAGGGACTTTTCAAATCAAT-AGATAGCCTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTA
1 TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA-ATAGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGTA
* *
62950 GACATTTAATTATAATTTGTTTTAA
65 GACATTCAATTATAATATGTTTTAA
62975 CCGAANNNNN
Statistics
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344 16 0.01
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ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
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TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGTAG
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TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAATTTT
CTTGCCAATGATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAC
TAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
AAGGCTTTTGAAGGC
Found at i:65318 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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64996 NNNNNNNNNN
* * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* *
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1 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAAT-TTTTCTTA
* * * * *
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* *
65305 AAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATGAATTATGAGATTATA
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*
65347 AAAGCATTTAAAGTGAG
1 AAACCATTTAAAGTGAG
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
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AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAATTTTTCTTAC
CAATGAATGGCCTTTTATTCACATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAA
AATTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTACA
Found at i:66842 original size:170 final size:168
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* * * * * * ** *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-TAAGGAATGGGTGA
* * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTAAGGA-ATGGGTG
* ** * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGAATGGGTGA
* ** * *
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65 CTATAAATGGACTTTTCTTGA-CAATGAATGCCTTT-TCTTCACGTTTCCT-GAGGCA-AACATT
* * * *
66089 CAATTATAATCTG-TTTGACCAAAAATGTAAAAAGTTCAACTT
126 CAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTT
** * * * * * *
66131 AAAATCAATTACCAGATTACAAAATCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTCTAAGGGATGGGTGAT
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAGGAATGGGTGAC
** * * ** *
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66 TATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGC-CTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAAACATTCAAT
* * *
66261 TATAATCTGTTTGAACTAAAAATATAGAAAAATTTAACTT
130 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATATA-AAAAATTCAACTT
* * * * ** *
66301 AAAATCAATTAGGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAACAGCTTGCGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA-GGAATGGGTGA
* * * * * ** *
66366 CTACAAGTAGACTTTT-TATAATAAT-ATATTACTTTTGCTTCACGTTTCC-CATGGCAAACATT
65 CTATAAATGGACTTTTCT-TGACAATGA-ATGCCTTTT-CTTCACGTTTCCTGA-GGCAAACATT
* * ** * * *
66428 CAATTATAATATATCCTAGTC-AGAAATGTAAAACAATTCAACTT
126 CAATTATAATCTGTTTTA-ACAAAAAATATAAAA-AATTCAACTT
* * * * * * *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGAATGGGTGA
* * * * * * ** * *
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65 CTATAAATGGACTTTTCTTGAC-AATGAAT-GCCTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAAACATTCA
* * ** * *
66601 ATTATAATCTTTTTTCATGAAAAATACTAAAAAATTTAACTC
128 ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATA-TAAAAAATTCAACTT
* * *
66643 AAAATCAATTATGAGATTACAACACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGCGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGAATGGGTGA
* * * *
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65 CTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAAT-GCCTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAAACATTCAA
* *
66772 TTATGATCTGTTTTAACAAAAAATATTAAAACATTCAACTT
129 TTATAATCTGTTTTAACAAAAAATA-TAAAAAATTCAACTT
* * *
66813 AAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTCAAAGAATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGAATGGGTGA
** * **
66878 CTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATAG-CTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGG-AAGACATTC
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* ** *
66941 AATTATAATCTG-TTTAGCCCAAAACGTAT-AAACATTCAACTT
127 AATTATAATCTGTTTTA--ACAAAAAATATAAAAAATTCAACTT
* * * * * *
66983 AAAATCAATTATCAGATTACAAAACCATTTAAAGTTATTAATAAGGCTTCTAAGCGGATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAG-GAATGGGTGA
* ** * ** * *
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65 CTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGCC-TTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAAACATTCAA
* *
67113 TTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAACAAATTCCACTT
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67188 CGAGNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (168 bp):
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TATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGCCTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATT
ATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTT
Found at i:66930 original size:341 final size:338
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65619 AAAATTAATTATGTGATTATAAGACCATTTAAATTGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGTTTGAGTGA
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* * * ** * * *
65684 ATAAAAATCG-ACTTTTCCTAGCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTT-CTCAAGGCAATCATTC
65 CTACAAAT-GAACTTTTCTTA-CAATGAATG-CCTTTTCTTCACATTTCCT-GAGGCAAACATTC
* * * * *
65747 AATTGT-ATTTCGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAATT-AACCTAAAATCAATTATGAGATTGT
126 AATTATAATCT-GTTTTAACAAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
65810 AAAACTATTTAAAGCGCGTAATAAGGC-ATTCGAAGATATGGGTAACTATAAATGGACTTTTTCT
188 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAAAGA-ATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCT
* * *
65874 TGT-CAATGAATGATTTTTTCTTTACAT-TTTCCCAA-GTAGACATTCAATTAGAATCTATTTTA
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* *
65936 ACTAAAAATATTA-AAGAATTCAACTT
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* * * * *
65962 AAATTCAATTATGAGAATATAAATCCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
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* * * ** ** *
66027 CTATAAATGGACTTCTCTTATCAATGAATGATTTTCTCTTCATGTTT-CTCGAGGAAGAAC-TTC
65 CTACAAATGAACTTTTCTTA-CAATGAATGCCTTT-TCTTCACATTTCCT-GAGGCA-AACATTC
* * * ** *
66090 AATTATAATCTG-TTTGACCAAAAATGTAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTACCAGATTACAAA
126 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * * *
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191 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCA
* **** * * * * *
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256 ATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAA
*
66283 TA-TAGAAAAATTTAACTT
320 TACTAGAAAAATTCAACTT
* * * * * ** *
66301 AAAATCAATTAGGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAACAGCTTGCGTGA
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* * ** * *
66366 CTACAAGT-AGACTTTT-TATAATAAT-ATATTACTTTTGCTTCACGTTTCC-CATGGCAAACAT
65 CTACAAATGA-ACTTTTCT-T-ACAATGA-ATGCCTTTT-CTTCACATTTCCTGA-GGCAAACAT
* * ** * *
66427 TCAATTATAATATATCCTAGTC-AGAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
124 TCAATTATAATCTGTTTTA-ACAAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * *
66491 CAAAACAATTTAAGGTGAGTAATAAGGCTTTTC-AAGCACTTGGTCACCATAAATGAACTTTTCT
187 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAAAG-AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * *
66555 TGCTAGTGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTCA-T
251 TTCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAACT
* *
66619 GAAAAATACTA-AAAAATTTAACTC
315 -AAAAATACTAGAAAAATTCAACTT
* *
66643 AAAATCAATTATGAGATTACAACACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGCGA
1 AAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGAATGGGTGA
* * *
66708 CTATAAATGAACTTTTCTTGACACTG-ATGGCCTTTTCTTAACATTTCCTGAGGCAAACATTCAA
65 CTACAAATGAACTTTTCTT-ACAATGAAT-GCCTTTTCTTCACATTTCCTGAGGCAAACATTCAA
* * * *
66772 TTATGATCTGTTTTAACAAAAAATATTAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA
128 TTATAATCTGTTTTAACAAAAAAT-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
*
66837 CCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTCAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAA
192 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAA
* * * * **
66902 TGAATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTATAATC-TGTTTAGC-CCAAA-
257 TGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAAT
* *
66964 ACGTATAAACATTCAACTT
321 AC-TAGAAAAATTCAACTT
* * * * *
66983 AAAATCAATTATCAGATTACAAAACCATTTAAAGTTATTAATAAGGCTTCTAAGCGGATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAG-GAATGGGTGA
* * * ** * *
67048 CTACAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACTTTTTTTGAGGTAAACAATCAA
65 CTACAAATGAACTTTTCTT-ACAATGAATGCC-TTTTCTTCACATTTCCTGAGGCAAACATTCAA
* * *
67113 TTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAACAAATTCCACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
128 TTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
67178 CCATTTAAAG
192 CCATTTAAAG
67188 CGAGNNNNNN
Statistics
Matches: 980, Mismatches: 201, Indels: 92
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
337 2 0.00
338 19 0.02
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340 136 0.14
341 359 0.37
342 183 0.19
343 108 0.11
344 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
AAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAGGAATGGGTGAC
TACAAATGAACTTTTCTTACAATGAATGCCTTTTCTTCACATTTCCTGAGGCAAACATTCAATTA
TAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAA
TGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAATACTAG
AAAAATTCAACTT
Found at i:68565 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 68362--68922 Score: 495
Period size: 170 Copynumber: 3.3 Consensus size: 168
68352 NNNNNNNNNN
*
68362 AAAATCAATTATGAGATTA-AAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTATTGAAAGAATTGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTACAAAATC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT-TTGAAAGAATTGGTG
* * * * * *
68426 ACTATAAACGAACTTTTCTTGCCAGTGAATGGCTTTTTATTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTCA
64 ACTACAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-ATTTTCCAAGGTAGACATTCA
* * *
68491 CTTTTAATCTGTTTTCATGAAAAATGTAAAAAAATTCT-GCTT
128 ATTATAATCTGTTTTCAT-AAAAATGTAAAAAAATT-TAACTT
* ********** * * *
68533 AAAATCAATTATGAGATTACAACATCATTTAAAGTNNNNNNNNNNGCTTTTAAAGGATTAGGTTA
1 AAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGAATT-GGTGA
* * * * *
68598 CTACAAATGAACTTTTCCTGACAATG-ATGGCCTTTTCTTCACATTTCCCAAGGTAGATATTCAA
65 CTACAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-ATTTTCCAAGGTAGACATTCAA
* * * * *
68662 TTATGATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAGAATTTAACTT
129 TTATAATCTGTTTTCAT-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTT
* * * * ** *
68703 AAAA-CTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGCAAAAAGGATTTTGATGGAATGGGTG
1 AAAATC-AATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTTGAAAGAATTGGTG
* * **
68767 ACTACAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACA-TTTCCTAAGACAGACATTC
64 ACTACAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-ATTTTCC-AAGGTAGACATTC
* *
68831 AATTATAATCTGTTTAGC-TAAAAATGTAAAAAAATTTAACCT
127 AATTATAATCTGTTT-TCATAAAAATGTAAAAAAATTTAACTT
* * * * *
68873 AAAAACAATTATCAGATTACAAAACCATGTAAAGTGATTAATAAGGCTTT
1 AAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
68923 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 302, Mismatches: 79, Indels: 20
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.02
170 189 0.63
171 104 0.34
172 4 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
AAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGAATTGGTGAC
TACAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAATTTTCCAAGGTAGACATTCAATT
ATAATCTGTTTTCATAAAAATGTAAAAAAATTTAACTT
Found at i:70431 original size:513 final size:507
Alignment explanation
Indices: 69577--70528 Score: 1142
Period size: 513 Copynumber: 1.9 Consensus size: 507
69567 GATTTAATGA
** **
69577 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATAAAGTGAGCAATATG
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATAAAAAGAGCAATAAA
* ** * * *
69642 GCTTTTGAAGGAATGGGCGACTATAAGTAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTCTTCATGTTT
66 GCTTTTGAAGGAATGGGCGACTACAAACAAACTTTTCCTACCAATGAATGGCTTTCTTCATGTTT
* * * * * *
69707 CTTGAGGGAGACATTCAATTATAATATGCTTAACTAAAAATGTAAAAAATTTCAATTAATATTAA
131 CCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATACTTAACTAAAAATGTAAAAAATTTCAATTAAAATCAA
* * * * * *
69772 TTATGAGATTACAAAACTAGTTAAAGTGATTAATAAGGCTTCTAAAGGGATGAGTGACTATAAAT
196 TTATAAGATTACAAAACAAGTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTCTAAAGGAATGAGTGACTATAAAC
* *** * *
69837 GGACTTTTCTTACCAATGAACAACTTTTTCTTTCCTTTTTTTGATGTAAACAATCAATTATAATC
261 GGACTTTTCTTACCAATGAACAACCTTTTCTTTCCTTTCCCTGAGGTAAACAATCAAGTATAATC
* * * * * *
69902 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAACAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTC
326 TATTTTAACAAAAAATATAAAAA-AATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATAATAAAACCACTTA
* ** *
69966 AAGCAAGTAATAAGTCTTTCGAAGGCTTACGTGACTATAAGTAGACTTTTTATACTAATGGATTA
390 AAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATACGTGACTATAAATAGACTTTTTATACTAATGGATTA
70031 CTTTTGCTTTACGTTTTCCAAGACCAACATTCAATTATTATATATTTTAATCT
455 CTTTTGCTTTACGTTTTCCAAGACCAACATTCAATTATTATATATTTTAATCT
* * *
70084 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAT-TTCAAAACCATGTAAAAAGAGTAAT
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAAT-AAAACCA--TAAAAAGAGCAAT
* * * * *
70148 AAAGCTTTTGAAGGAGTTGGTGACTACAAACAAACTTTTCCTACCAGTGAATGGGTTTTCCTTCA
63 AAAGCTTTTGAAGGAATGGGCGACTACAAACAAACTTTTCCTACCAATGAAT-GGCTTT-CTTCA
* **
70213 TGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTA-TTTCCATGAAAAATGTTAAAAAA-TTCAACT
126 TGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATACTTAAC-T-AAAAATG-TAAAAAATTTCAA-T
* * * *
70276 TAAAATCAATTATAAGATTACAACACAATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGAATTAGTG
187 TAAAATCAATTATAAGATTACAAAACAAGTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTCTAAAGGAATGAGTG
* *** *** ** *
70341 ACTATAAACGGATTTTTCTTGGTAATGAATGGCCTTTTC-TTCACGTTTCCCT-AGGTCGACATT
252 ACTATAAACGGACTTTTCTTACCAATGAACAACCTTTTCTTTC-C-TTTCCCTGAGGTAAACAAT
70404 CAAGTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATAATA
315 CAAGTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATAATA
*** * *
70469 AAACCACTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTT
380 AAACCACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATACGTGACTATAAATAGACTTTT
70529 CTTGCCAATG
Statistics
Matches: 365, Mismatches: 68, Indels: 18
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
506 1 0.00
507 45 0.12
509 50 0.14
510 8 0.02
511 34 0.09
512 17 0.05
513 206 0.56
514 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (507 bp):
AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATAAAAAGAGCAATAAA
GCTTTTGAAGGAATGGGCGACTACAAACAAACTTTTCCTACCAATGAATGGCTTTCTTCATGTTT
CCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATACTTAACTAAAAATGTAAAAAATTTCAATTAAAATCAA
TTATAAGATTACAAAACAAGTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTCTAAAGGAATGAGTGACTATAAAC
GGACTTTTCTTACCAATGAACAACCTTTTCTTTCCTTTCCCTGAGGTAAACAATCAAGTATAATC
TATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATAATAAAACCACTTAA
AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATACGTGACTATAAATAGACTTTTTATACTAATGGATTAC
TTTTGCTTTACGTTTTCCAAGACCAACATTCAATTATTATATATTTTAATCT
Found at i:70529 original size:342 final size:333
Alignment explanation
Indices: 69456--70538 Score: 918
Period size: 342 Copynumber: 3.2 Consensus size: 333
69446 NNNNAACTAG
* * * *
69456 TTAAAGTGATTAATAAGGC-TTCTAAAGGGATGAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGA-CAATG
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGAATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACCAATG
* * *
69519 AATGACCTTTT-CTTCATATTTCCCAAGGCTGACATTCAAGTATAATCTGATTTAATGAAAAATG
63 AATG-CCTTTTCCTTCAT-TTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCT-ATTTAATGAAAAATG
* * **
69583 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCA--TAAAGTGAGCAATATGGCTT
125 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTT
** * * * * *
69646 TTGAAGGAATGGGCGACTATAAGTAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTCTTCATGTTTCTT
190 TTGAAGGAATTAGTGACTATAAGTAGATTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTCTTCACGTTTCCT
** * *
69710 GAGGGAGACATTCAATTATAA-TATGCTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTTCAA-TTAATATTAA
255 -AGGCCGACATTCAATTATAATTAT-TTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTT-AACTTAAAATTAA
* *
69772 TTATGAGATTACAAAACTA
316 TTATGAGA-TATAAAACCA
* * *
69791 GTTAAAGTGATTAATAAGGC-TTCTAAAGGGATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
1 -TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGAATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
** * * * ** * * * * * * *
69855 AACAACTTTTTCTTTCCTTTTTTTGATGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATA
63 AA-TGCCTTTTCCTTCATTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCT-ATTTAA-TGAAAAATG
* **
69919 TAAAAACAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGCAAGTAAT-AAGTC
125 TAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAG-C
* * * * * ** *
69982 TTTCGAAGG-CTTACGTGACTATAAGTAGACTTTTT-ATACTAATGGATTACTTTTGCTTTACGT
188 TTTTGAAGGAATTA-GTGACTATAAGTAGA-TTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTT-CTTCACG-
* * * * * *
70045 TTTCCAAGACCAACATTCAATTATTATATATTTTAATCTAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
249 TTTCCTAGGCCGACATTCAATTATAAT-TATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAA
*
70110 TTAATTATGAGATTTCAAAACCA
312 TTAATTATGAGATAT-AAAACCA
** * * * * *** * *
70133 TGTAAAAAGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAGTTGGTGACTACAAACAAACTTTTCCTACCAGTGA
1 T-TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGA-ATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
** * *
70198 ATGGGTTTTCCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTCCATGAAAAATGTT
64 ATGCCTTTTCCTTCAT-TTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTT-AATGAAAAATGTA
* * * *
70263 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAACACAATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTT
127 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTT
* *** *
70328 AAAGGAATTAGTGACTATAAACGGATTTTTCTTGGTAATGAATGGCCTTTTCTTCACGTTTCCCT
192 GAAGGAATTAGTGACTATAAGTAGATTTTTCTTGCTAATGAATGG-CTTTTCTTCACGTTT-CCT
* * * * *
70393 AGGTCGACATTCAAGTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAAT
255 AGGCCGACATTCAATTATAAT-TATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATT
70458 ATGAGATAATAAAACCA
318 ATGAGAT-ATAAAACCA
* *
70475 CTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
1 -TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
70539 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 582, Mismatches: 130, Indels: 64
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
335 1 0.00
336 136 0.23
337 11 0.02
338 41 0.07
339 7 0.01
340 20 0.03
341 46 0.08
342 303 0.52
343 17 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (333 bp):
TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT
GCCTTTTCCTTCATTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTAATGAAAAATGTAAAAA
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAG
GAATTAGTGACTATAAGTAGATTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTCTTCACGTTTCCTAGGCCG
ACATTCAATTATAATTATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATA
TAAAACCA
Found at i:70531 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 69456--70538 Score: 804
Period size: 171 Copynumber: 6.4 Consensus size: 169
69446 NNNNAACTAG
* * * * *
69456 TTAAAGTGATTAATAAGGC-TTCTAAAGGGAT-GAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGACAATG
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* ** ** * *
69519 AATGACCTTTTCTTCATATTTCCCAAGGCTGACATTCAAGTATAATCTGA-TTTAATGAAAAATG
64 AATGGCCTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGC-GACATTCAATTATAATCT-ATTTTAACGAAAAATG
*
69583 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCA
127 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * * *
69626 -TAAAGTGAGCAATATGGCTTTTGAAGGAATGGGCGACTATAAGTAGACTTTTCTTGCCAATGAA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * * *
69690 TGG-C-TTTCTTCATGTTTCTTGAGGGAGACATTCAATTATAA--TATGCTTAACTAAAAATGTA
66 TGGCCTTTTCTTCACGTTTCCTGA-GGCGACATTCAATTATAATCTAT-TTTAACGAAAAATGTA
* * * * *
69751 AAAAATTTCAA-TTAATATTAATTATGAGATTACAAAACTA
129 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * *
69791 GTTAAAGTGATTAATAAGGC-TTCTAAAGGGAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT
1 -TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
*** * * ** *** * * *
69854 GAACAACTTTTTCTTTC-CTTTTTTTGATGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT
63 GAATGGCCTTTTC-TTCACGTTTCCTGA-GGCGACATTCAATTATAATCTATTTTAACGAAAAAT
*
69918 ATAAAAACAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
126 GTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* ** * ** * * * * *
69962 TTTCAAGCAAGTAATAAGTCTTTCGAAGGCTTACGTGACTATAAGTAGACTTTT-TATACTAATG
1 -TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATG
* ** * * * * * * *
70026 GAT-TACTTTTGCTTTACGTTTTCC-AAGACCAACATTCAATTATTATATATTTTAATC-TAAAA
64 AATGGCCTTTT-CTTCACG-TTTCCTGAG-GCGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CGAAAAA
*
70088 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATT-TCAAAACCA
125 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCA
** * * * * * *** * * *
70133 TGTAAAAAGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAGTTGGTGACTACAAACAAACTTTTCCTACCAGTGA
1 T-TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * ** *
70198 ATGG-GTTTTCCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTCCATGAAAAATGT
65 ATGGCCTTTT-CTTCACGTTTCCTGAGGC-GACATTCAATTATAATCTATTTTAACGAAAAATGT
* * * * *
70262 TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAACACAA
128 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* ** * * **
70304 TTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGAATTA-GTGACTATAAACGGATTTTTCTTGGTAATG
1 -TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAA-TAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * *
70368 AATGGCCTTTTCTTCACGTTTCCCT-AGGTCGACATTCAAGTATAATCTATTTTAACAAAAAATA
64 AATGGCCTTTTCTTCACGTTT-CCTGAGG-CGACATTCAATTATAATCTATTTTAACGAAAAATG
* * *
70432 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATAATAAAACCA
127 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
*
70475 CTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
1 -TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
70539 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 709, Mismatches: 165, Indels: 77
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
165 25 0.04
166 26 0.04
167 77 0.11
168 3 0.00
169 76 0.11
170 48 0.07
171 436 0.61
172 17 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
TGGCCTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCGACATTCAATTATAATCTATTTTAACGAAAAATGTAAA
AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
Found at i:71886 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 71601--73684 Score: 1772
Period size: 171 Copynumber: 12.3 Consensus size: 170
71591 NNNAATATAG
* * * * *
71601 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGGGTAGTAAGGCTTTTA
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
* *
71666 AAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTA
66 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCA
*
71730 AGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTAACTGAAAATGTAA
130 AGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTAACTAAAAATGTAA
* * *
71771 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTACAAAATCATTTAAAGTGATTAATAAGG-TTTCT
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-T
* ** * * *
71835 -AAGGAGATGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAACAAATGCCTTTTTCTTCACTTTTTTC
65 GAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * *
71899 GAGGTAA-ACAATCAATTATAATCCAT-TTTAACTAAAAATATGA
129 AAGG-AAGACATTCAATTATAAT-C-TGTTTAACTAAAAATGTAA
* * * *
71942 ACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
* ** ** * * * * * * *
72007 AAAGCTTGCATGACTATAAGTGAACTTTT-TATGCT-AATGGATTAG-TTTTGCTTCATGTTTTT
66 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-T-CTCAAT-GAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT
* ** * * *
72069 CTAAGCAA-ACATAAAATTATAATATATTTTAA-TCAGAAATGTAA
128 C-AAGGAAGACATTCAATTATAATCT-GTTTAACT-AAAAATGTAA
* * * *
72113 AACAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGAATACAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * * * *
72178 AAAGAATTGGTGACTATAAACGAACTTCTT-TTGCT-AGTGAATGGCTTTTTATTCACATTTCCC
66 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT-TTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * *
72241 AAGGCAGACATTCACTTTTAATCTGTTT-TCATAAAAAATGTAA
129 AAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTAAC-T-AAAAATGTAA
* * * *
72284 AAAAATTCAACGTAAAATCAATTATAAGATTACAACATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
* * ** ** *
72349 AAGGATTGGGTGACTACAAATAAACTTTTCTTGACAATG-ATGGCCTTTTT-TTCACATTT-TCC
66 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGG-CTTTTTCTTCACGTTTCT-C
* * * * *
72411 AAGGTAA-ATATTTAATTATAATCTATTT--TTAAATAA-ATAA
129 AAGG-AAGACATTCAATTATAATCTGTTTAACTAAA-AATGTAA
* * * * * * *
72451 ATAAAA-TCAGCTTAAAACCAATAATGAGATTATAACACCATTAAAAGTAAGTAATAAGGCTTTT
1 A-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * *
72515 GAAAGAATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTTTTGTCAATG-ATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCA
65 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCA
* *
72579 A-GACAGACATTCAATTATAATCTGTTTAGCTAAAAATATAA
130 AGGA-AGACATTCAATTATAATCTGTTTAACTAAAAATGTAA
* * * * *
72620 AAAAGTTCAACTTAAAATCAAATATCAGATTACAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTCT-
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
* * ** ** * *
72684 ATGGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATTAATACCTTTTTCTTCATATTTTTT
66 AAGG-AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC
*
72748 AAGGTAA-ACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAG-AA
129 AAGG-AAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACTAAAAAT-GTAA
* * * * * * *
72791 ACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTGTCG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
** * ** * * ** ** *
72856 AAGGCTTGTGTGACTATACGTGGACTTTTTCTACT-AATGGATTACTAGTTCTTCACGTTTCACA
66 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCA
* * *
72920 AGGTAA-ATATTCAATTATCATATAT-TTTAA-TAAAAAATATAAA
130 AGG-AAGACATTCAATTAT-A-ATCTGTTTAACT-AAAAATGT-AA
* * **
72963 AAAAATT--ACATTCAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAA-AGAGGCTCA
1 AAAAATTCAAC-TTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA-AGGCTTT
* * * * * *
73025 TGAAGGAGTTGGCGACTATAAA-GGAACTTTTCTT-GCAAGTGAATGGCTTTTACTTCATAG-TT
64 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG-ACTTTTCTTCTCAA-TGAATGGCTTTTTCTTCA-CGTTT
* * * * * *
73087 CCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTT-TCATGACAAATGCAA
126 CTCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTAAC-T-AAAAATGTAA
* * * * * *
73133 AAAAATTCAACTTATAATCAATTATGAGATTACAACACAATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTA
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
* ** * * *
73198 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGACAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCCCAA
66 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAA
* * *
73263 GGTAGACATTCGAGTATAATCTGATTTAA--AAAAATGTAA
131 GGAAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACTAAAAATGTAA
* * * *
73302 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAATCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
* *
73367 AAGGAATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCAT-
66 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-TC
* * *
73430 AAGGCAGATATTCAATTATAATCTTTTTAACTAAAAATGTAA
129 AAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTAACTAAAAATGTAA
* * * * *
73472 AAATATTCAACTTAAAATCACTTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTCT-
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
* * ** * ** * * * **
73536 AAGGGGATGAGTGACTATAAACAGACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTCCCTTTTTTTG
66 AA-GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCA
* * *
73601 AGGAAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAAC-GAAAATATAA
130 AGGAAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACTAAAAATGTAA
*
73642 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTT
73685 CANNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAA
GGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTAACTAAAAATGTAA
Found at i:72761 original size:849 final size:850
Alignment explanation
Indices: 71601--73684 Score: 2736
Period size: 849 Copynumber: 2.5 Consensus size: 850
71591 NNNAATATAG
* *
71601 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAA-TGGGTAGTAAGGCTTTT
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* * *
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*
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* * *
71793 TATCAGATTACAAAATCATTTAAAGTGATTAATAAGGTTTCTAAGGAGATGTGTGACTATAAATG
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* * *
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257 GACTTTTCTTGCTCAATAAATACCTTTTTCTTCA-TTTTTTTGAGGTAAACAATCAATTATAATC
**
71922 CATTTTAACTAAAAATATGAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
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* * * *
71987 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGCATGACTATAAGTGAACTTTTTATGCTAATGGATTAG
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* * ** * * *
72052 T-TTTGCTTCATGTTTTTCTAA-GCAAACATAAAATTATAATATATTTTAATCAGAAATGT-AAA
451 TAGTT-CTTCACGTTTCAC-AAGGCAAACATAAAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAA
* ** **
72114 ACAATT-CAACTTAAAATCAATTATTAGAATACAAAACCATTTAAAGTAAGTAATA-AGGCTTTT
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* * *
72177 GAAAGAATTGGTGACTATAAACGAACTTCTT-TTGCTAGTGAATGGCTTTTTA-TTCACATTTCC
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* * * *
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639 CAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTCATAAAAAATGCAAAAAAATTCAACGTAAAATCAA
* * * *
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* * * *
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*
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833 CTGA--TTTAAAAAAAGTAA
* * * * *
72451 ATAAAA-TCAGCTTAAAACCAATAATGAGATTATAACACCATTAAAAGTAAGTAATAAGGCTTTT
1 A-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* * * **
72515 GAAAGAATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTTTTGTCAATG-ATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCA
65 GAAAGAATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCATA
* * *
72579 AGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTAGCTAAAAATATAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAAATA
130 AGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTA
* * *
72644 TCAGATTACAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTCTATGGAAATGGGTGACTATAAATGGA
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* *
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259 CTTTTCTTGCTCAATAAATACCTTTTTCTTCAT-TTTTTTGAGGTAAACAATCAATTATAATCTG
*
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323 TTTTAACTAAAAATATG-AACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* ** * * *
72837 GCGAGTAATAAGCCTGTCGAAGGCTTGTGTGACTATACGTGGACTTTTTCTACTAATGGATTACT
387 GCGAGTAATAAGCCTGTCGAAAGCTTGCATGACTATAAGTGAACTTTTTATACTAATGGATTACT
* * ** *
72902 AGTTCTTCACGTTTCACAAGGTAAATATTCAATTATCATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
452 AGTTCTTCACGTTTCACAAGGCAAACATAAAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
* * * *
72967 ATTACATTCAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAGAGGCTCATGAAGGA
517 ATTACATTAAAATCAATTACGAGAATACAAAACCATTTAAAGTAAGTAAAGAGGCTCATGAAAGA
* * * *
73032 GTTGGCGACTATAAAGGAACTTTTCTTGCAAGTGAATGGCTTTTACTTCATAGTTCCCAAGGTAG
582 ATTGGCGACTATAAACGAACTTTTCTTGCAAGTGAATGGCTTTTACTTCACAGTTCCCAAGGCAG
* * * * *
73097 ACATTCAATTATAATATGTTTTCATGACAAATGCAAAAAAATTCAACTTATAATCAATTATGAGA
647 ACATTCAATTATAATATGTTTTCATAAAAAATGCAAAAAAATTCAACGTAAAATCAATTATAAGA
* ** *
73162 TTACAACACAATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTT
712 TTACAACACAATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTACAAATAAACTTTT
* ** * *
73227 CTTGACAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCGAGTATAATCTGATTTAA
777 CTTGACAATGAATGGCCTTTTTTTCACATTTCCCAAGGTAAACATTCAAGTATAATCTGATTTAA
73292 AAAAATGTAA
842 AAAAA-GTAA
* * * *
73302 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAATCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
* *
73367 AAGGAATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCATAA
66 AAAGAATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCATAA
* * * *
73432 GGCAGATATTCAATTATAATCTTTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCACTTAT
131 GACAGACATTCAATTATAATCTGTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * **
73497 GAGATTACAAAACTATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTCTAAGGGGATGAGTGACTATAAACAGAC
195 CAGATTACAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTCTAAGGAGATGAGTGACTATAAATGGAC
* * *
73562 TTTTCTTG-TCAATGAATATCTTTTTCTTCCCTTTTTTTGAGG-AAGACAATCAATTATAATCTG
260 TTTTCTTGCTCAATAAATACCTTTTTCTT-CATTTTTTTGAGGTAA-ACAATCAATTATAATCTG
* * *
73625 TTTTAAC-GAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
323 TTTTAACTAAAAATATGAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
73685 CANNNNNNNN
Statistics
Matches: 1072, Mismatches: 135, Indels: 53
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
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853 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (850 bp):
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
AAAGAATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCATAA
GACAGACATTCAATTATAATCTGTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATC
AGATTACAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTCTAAGGAGATGAGTGACTATAAATGGACT
TTTCTTGCTCAATAAATACCTTTTTCTTCATTTTTTTGAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTTT
TAACTAAAAATATGAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
GTAATAAGCCTGTCGAAAGCTTGCATGACTATAAGTGAACTTTTTATACTAATGGATTACTAGTT
CTTCACGTTTCACAAGGCAAACATAAAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATTA
CATTAAAATCAATTACGAGAATACAAAACCATTTAAAGTAAGTAAAGAGGCTCATGAAAGAATTG
GCGACTATAAACGAACTTTTCTTGCAAGTGAATGGCTTTTACTTCACAGTTCCCAAGGCAGACAT
TCAATTATAATATGTTTTCATAAAAAATGCAAAAAAATTCAACGTAAAATCAATTATAAGATTAC
AACACAATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTACAAATAAACTTTTCTTG
ACAATGAATGGCCTTTTTTTCACATTTCCCAAGGTAAACATTCAAGTATAATCTGATTTAAAAAA
AGTAA
Found at i:73232 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 73208--73247 Score: 53
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
73198 AAGGAATGGG
*
73208 TGACTATAAATGGATTTTTCT
1 TGACAATAAATGGATTTTTCT
* *
73229 TGACAATGAATGGCTTTTT
1 TGACAATAAATGGATTTTT
73248 TTTCATGTTT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 3, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 16 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.17, T:0.45
Consensus pattern (21 bp):
TGACAATAAATGGATTTTTCT
Found at i:78115 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 77886--78360 Score: 535
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 170
77876 TAATAGATTA
* * * * *
77886 CTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGACAAACATTCAATTATTATAC-ATTTTAATCTAAAATGTAAAA
1 CTTTT-CTTCACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAAT-CTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA
* *
77950 AAATTCAACTTAAATTAATTATGAGATTTTAAAACTATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
64 AAATTCAACTTAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * *
78015 GAGTTG-GTGACTATAAATGAACTTT-TCTTGCCAGTGAATGG-
129 GA-ATGAGTGACTATAAAT-AAATTTCTCTTGCCAATGAATGGC
** *
78056 CTTTTCCTTCGTGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTCATCAAAAATGTAAAAA
1 CTTTT-CTTCACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA
* * * * * * * *
78121 AATTCAACTTAAAATCATTGATGAGATTACAACACAATTCAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAG
65 AATTCAACTTAAATTAATT-ATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
*
78186 GAATGAGTGACTATAAATAAATTTCTCTTGGCAATGAATGGC
129 GAATGAGTGACTATAAATAAATTTCTCTTGCCAATGAATGGC
* * * * * * *
78228 CTTTTCTTCACGTTTCTCTAGGTAGACATTCAAGTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATGAAAAA
1 CTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAA
* * * * * * *
78293 ATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATAATAAAACTATTTAAATTGGGCAATAAAGCTTTTGAAGG
66 ATTCAACTT-AAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
78358 AAT
130 AAT
78361 ATGTAAAGCG
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 47, Indels: 11
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 78 0.31
171 163 0.65
172 10 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
CTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAA
ATTCAACTTAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
ATGAGTGACTATAAATAAATTTCTCTTGCCAATGAATGGC
Done.