Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403162.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_829.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 23601
ACGTcount: A:0.25, C:0.10, G:0.08, T:0.27
Warning! 6987 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:501 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 105--532 Score: 540
Period size: 169 Copynumber: 2.5 Consensus size: 168
95 NNNNNNNNNG
* * * * * *
105 AAGAAAAAGATATTCATTGGTAAAAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-TCCTA
1 AAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCT-TTA
* *
169 TTACTTGCTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGCATTTTTTACATTTTTGG
65 TTACTCGCTTT-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGG
* * * * *
234 TTAAAACAGACTATAATTGAGTGCCTACCTTGAGAATATG
129 TTAAAACACACAATAATTGAATGCCTACCTCGAGAATATA
* * *
274 AAGAAAAAGACATTCATTAGA-AAGAAAAGTCCATTTACAGTTAGCCATTCCTTCAAAAGCTTTA
1 AAGAAAAAGACATTCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTA
*
338 TTACCCGCTTTACATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTT-
65 TTACTCGCTTTA-ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTG
* *
402 GTATAAAATACACAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA-ACGTA
128 GT-TAAAACACACAATAATTGAATGCCTACCTCGAGAATA--TA
* * * *
445 AAGAAAAATACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTAG
1 AAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTAT
510 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
66 TACTCGCTTT-AATGGTTTTATA
533 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 223, Mismatches: 27, Indels: 16
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 100 0.45
170 45 0.20
171 76 0.34
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
AAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTAT
TACTCGCTTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTT
AAAACACACAATAATTGAATGCCTACCTCGAGAATATA
Found at i:5096 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4896--5318 Score: 395
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 171
4886 AAGAAAAATT
* * * *
4896 CATTCATTGGCAACAAAAATTAATTTATAATCATTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTT
1 CATTCATTGACAACAAAAGTCAATTTATAGTCATTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTT
* * *
4961 ACATAGTTTTATTATCTC-TAAATTGATTTTATGTTCAATGTTTTTTGCATTTTTTGTTTAAAA-
66 AAATAGTTTTATTATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTTTGCA-TTTTTGTTCAAAAC
* * *
5024 AGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAACG
128 AAACAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAACA
* * * * ***
5068 CATTCATTGCCAACAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTCT-TTCTTTCAAAAACCTTATTACTTGCT
1 CATTCATTGACAACAAAAGTCAATTTATAGTCAT-T-TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACT
* * * * * *
5131 TTAAATAATTTTGTAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTTGTTCAAAACA
64 TTAAATAGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTGCATTTTTGTTCAAAACA
********** * * *
5196 AACAATAATTGAANNNNNNNNNNGAGAGACGTGAAGAAAAACA
129 AACAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAACA
* * * * *
5239 CATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCATCAAAAGCCTTATTACCCACTTT
1 CATTCATTGACAACAAAAGTCAATTTATAGTCATTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTT
*
5304 AAATGGTTTTATTAT
66 AAATAGTTTTATTAT
5319 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 194, Mismatches: 51, Indels: 13
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 12 0.06
171 99 0.51
172 81 0.42
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CATTCATTGACAACAAAAGTCAATTTATAGTCATTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTT
AAATAGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTGCATTTTTGTTCAAAACAAA
CAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAACA
Found at i:7331 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7048--7365 Score: 385
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
7038 NNNTGTGAAG
* * * * *
7048 AAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCGTTCCTTCAAAAGCATTATTAC
1 AAAAAGCCATTCATGGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAGTTCCTTCAAAAGCATTAATAC
* ** * * *
7113 TTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATCATTTCTTTTCAGTGGAA-TTTTTTACATTTTTCATT-
66 TTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATGAAATTTTTTTACATTTTTCATTC
* *
7176 AAAACAGATTATAATTGAATACTTCCCTTGAGAAACCTGTA
131 AAAA-AAACTATAATTGAATACTTCCCTTGAGAAACCTGTA
** * * *
7217 AAAAAGCCATTCATGGAAAAGAAAAGTGTATTTATAGTCTCACATTTCC-TCAAAAGCCTTAAT-
1 AAAAAGCCATTCATGGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAGTTCCTTCAAAAGCATTAATA
* *
7280 CTTCACTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTCA
65 CTT-ACTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATGAAATTTTTTTACATTTTTCA
7344 TTCAAAAAAACTATAATTGAAT
128 TTCAAAAAAACTATAATTGAAT
7366 GTCTACCTTA
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 20, Indels: 9
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.03
169 81 0.65
170 35 0.28
171 4 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAGCCATTCATGGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAGTTCCTTCAAAAGCATTAATAC
TTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATGAAATTTTTTTACATTTTTCATTC
AAAAAAACTATAATTGAATACTTCCCTTGAGAAACCTGTA
Found at i:10210 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 9850--10297 Score: 434
Period size: 170 Copynumber: 2.6 Consensus size: 168
9840 NNNNNNNNNN
* * * ** *
9850 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCACTGCTTTTAAGTGAAATTTTTTACGTTTTTCTTTAAAA
1 ACTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTG-AATTTTTTATATTTTTCATTAAAA
* * * * ** *
9915 CAGACTATAATTGAATGCTTACCTAGAGAAATGTGTA-AAAAAGCCATTCATGGAAAAGAAAAGT
64 CAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAACATTCATAGAAAAGAAAAGT
** * *
9979 GTATTTATAGTCTCACATTTCTTCAAAAGCCTTAGTCTTC
129 AAATTTATAGTATCACATTCCTTCAAAAGCCTTAGTCTTC
* *
10019 ACTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTGTTTATATTTTTCATTAAA
1 ACTTT-AAATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAATTT-TTTATATTTTTCATTAAA
* * * *
10084 ATAAACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAACATTTATTAG-TAAGAAAA
63 ACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAACATTCA-TAGAAAAGAAAA
** * * *
10148 GTAAATTTATAGTATCTGATTCCTTTAAAAGCTTTATTAC-TC
127 GTAAATTTATAGTATCACATTCCTTCAAAAGCCTTAGT-CTTC
* * * * * *
10190 GCTTTAAATGGTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATTTTTTTAATTAAAA
1 ACTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAA-TTTTTTATATTTTTCATTAAAA
** * * * *
10255 CAGTTTATAATTGAATGTCTACATTGCGAAACATGAAGAAAAA
64 CAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
10298 TGTATTTATT
Statistics
Matches: 227, Mismatches: 45, Indels: 13
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 33 0.15
170 136 0.60
171 55 0.24
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
ACTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAATTTTTTATATTTTTCATTAAAACA
GACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAACATTCATAGAAAAGAAAAGTAA
ATTTATAGTATCACATTCCTTCAAAAGCCTTAGTCTTC
Found at i:10357 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9999--10366 Score: 373
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
9989 TCTCACATTT
* * * * * *
9999 CTTCAAAAGCCTTAGT-CTTCACTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAAT
1 CTTCAAAAGCCTTATTAC-CCACTTT-AAATGGTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTCAAT
* * * *
10063 TTGTTTATATTTTTCATTAAAATAAACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
64 TTGTTTATATTTTTAATTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAA
* * *
10128 AACATTTATTAGTAAGAAAAGTAAATTTATAGTATCTGATTC
129 AACATTTATTAGTAAGAAAAATAAATTTAAAGTATCTGATCC
* * * * * *
10170 CTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTCAATTT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTCAATTT
* * *** * * **
10235 TTTTATTTTTTTAATTAAAACAGTTTATAATTGAATGTCTACATTGCGAAACATGAAGAAAAATG
66 GTTTATATTTTTAATTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAAA
* ** * *
10300 TATTTATT-GTCAAGAAAAATCCATTTACAATTA-CTTATCC
131 CATTTATTAGT-AAGAAAAATAAATTTA-AAGTATCTGATCC
*
10340 CTTCAACAGCCTTATTACCCACTTTAA
1 CTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAA
10367 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 158, Mismatches: 36, Indels: 7
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 133 0.84
171 22 0.14
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
CTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTCAATTT
GTTTATATTTTTAATTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAAA
CATTTATTAGTAAGAAAAATAAATTTAAAGTATCTGATCC
Found at i:11068 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 10711--11217 Score: 549
Period size: 170 Copynumber: 3.0 Consensus size: 171
10701 NNNNNNNNNN
* * * * *
10711 TATAGTCA-CCTATTCCTTTAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAAAATAAAAATT
1 TATAGTCATCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATT
* * * * *
10775 GATTTTATGTTTAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAACTGTAATTGAATGTTTACCTTAA
65 GATTTTAAG-TTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAA
* * ** *
10840 GAAACGTAAAGAAAAAAGCATTTATTGGTAAGCAAAGTTCATT
129 GAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATT
* * * *
10883 TATAGTC-TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAA-T
1 TATAGTCAT-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATT
* * * *
10946 GATTTTAAGTTAAATTTTTTCATATTTTTCA-TTCAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAG
65 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAA
** * *
11010 GAAACATGTA-TAAAAAGTAGTTCATT-GTGAAAAAAAGTCCATT
129 GAAACATAAAGAAAAAAGCA-TTCATTGGT-AAAAAAAGTCCATT
* * *
11053 TATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATAAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAGAATTG
1 TATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTG
* * * * *
11118 ATTTTGAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGACTATATTTGAATGTCTACTTTAAGA
66 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGA
* * * * * *
11183 AACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAG
131 AACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAAAAAAG
11218 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 279, Mismatches: 46, Indels: 21
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.03
170 124 0.44
171 86 0.31
172 58 0.21
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTG
ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGA
AACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATT
Found at i:11720 original size:175 final size:172
Alignment explanation
Indices: 11260--11939 Score: 593
Period size: 172 Copynumber: 3.9 Consensus size: 172
11250 NNNNNNGTTC
* * * * * * * **
11260 AATTTCTTTTACA-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACAC-CGAGAAATGCAAAA
1 AATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTAC-CTTGAGAAACG-TGAA
* * * * * * *
11323 AAAAAATGCATTAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAAT--CTCAGATTCTTTCTAAAGCCTTAT
64 GAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-GATTCCTTC-AAAGCCTTAT
* * ** * * *
11386 TAGTCACTTGAAAT-AGTTTTATAATCTCGTAACTGATTTTAGGTTC
127 TACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTT
* * **
11432 AATTTTTTTTACATTATTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTATCTCAAGAAACGTGAAGA
1 AATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGA
* * * * * * * * *
11497 AAATGACATTCATTGGCAACAAAAGTCCATCTATATTCAC-CTATTCCTTCAGAAGCCTTATTAT
66 AAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCGATTCCTTCA-AAGCCTTATTAC
* *
11561 TCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTT
130 TCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTT
* * * * * *
11604 AATTTTTTTTATATATTTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATTTCTAGCTTGTGAAATGCGA
1 AA-TTTTTTT-TACA-TTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGA
* * * * *
11669 TGAAAAAGGCATTCATTGGTATGAAAAGTTTGTTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCTTTAT
63 AGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCGATTCCTTC-AAAGCCTTAT
* * * * *
11733 TACTCATTTTCAATGGTTTTACAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTT
127 TACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTT
** ** * * * *
11779 AATTTTTTTTACATTTTTAATTAAAGCATACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGA
1 AATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGA
* * *
11844 AATATGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-TCGATTCCATCAAATGCCTTATTAC
66 AAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCGATTCCTTCAAA-GCCTTATTAC
* * *
11908 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
130 TCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTG
11940 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 409, Mismatches: 86, Indels: 26
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
171 6 0.01
172 214 0.52
173 47 0.11
174 11 0.03
175 129 0.32
176 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (172 bp):
AATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGA
AAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCGATTCCTTCAAAGCCTTATTACT
CACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTT
Found at i:14776 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 14430--17512 Score: 1653
Period size: 171 Copynumber: 18.1 Consensus size: 168
14420 NNNNNNNNNN
* * *
14430 ATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGTCAATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGA
* * * * *
14495 ATGTTTACATCGAGAAACTTGAAA-AAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
65 ATGTCTACCTTGAGAAACAT-AAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCT
* ************* *
14558 CTCATTCTTTTAAAAGCCNNNNNNNNNNNNNTAAATGATTTT
129 C-CATTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * *
14600 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTATATTTTTAGTTCAAACAGATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGA
* * **
14665 ATGTCTACATTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCGT
65 ATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTC-T
* *
14730 CCATTCTTGCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAATTGGTTTT
129 CCATTCTT-CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * *
14771 ATAATCGCATAATT-AGTTTTAAGTTGAATTTTTTCACATCTTTCATTAAAACAGACTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTATTAAAACAGACTATAATTG
* * ***
14835 AATG-CTTGCCTTGGGAAACATGCCGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAG-AAATGTCCATTTATAG
64 AATGTC-TACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAT-TCCATTTATAG
* * *
14897 TCATCCATTCTTTCAAGAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
126 TC-TCCATTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
********** ** * *
14942 ANNNNNNNNNNATT-AGTTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAGCAAACTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGACTATAATTG
* ** * * ** *
15006 AATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAATAAG-AATTCATTTCCAAGAAAAGTT-CATTTATAAT
64 AATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAA-AAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-TTCCATTTATAGT
* * **********
15069 CTCCCATTCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCNNNNNNNNNNTTT
127 CT-CCATTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * *
15113 ATAATCTCATAACTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACA-AGCAATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGA-CTATAATTG
** ** * * ** * *
15177 AATGTCTACCTCAAGAAGTATGAAA-AAAATG-CTTTTGTTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTC
64 AATGTCTACCTTGAGAAACAT-AAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTC
* * *********
15240 ACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTANNNNNNNNN
128 -TCCA-TTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
15283 NTAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAGTTTTTTTATATTTTTGGTTACAACAGATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTG
* ** * * **********
15348 AATGTCTACCTT-AGGAAACGTGTAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAANNNNNNNNNNAGTC
64 AATGTCTACCTTGA-GAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTC
* *
15412 ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTTA-TCACTTTAAAAGGTTTT
128 TC-CATT-CTTCAAAAGCCTTA-TTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * ***
15455 ATAATTTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTATTTACATTCACATTAAAACAGACTATAATT-AA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * * * *
15519 TTGTCTACCTCGAAAAATATATAG-AAAAGACCATTCATTTAG-AAGAAAAGTT-TATTTATACT
66 -TGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAG-CCATTCA-TTGGCAAGAAAA-TTCCATTTATAGT
* *
15581 CACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCA-TCTTAAATGGTTTT
127 C-TCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACT-TTAAATGGTTTT
* * * ** * *
15625 ATAATCTC-TTATGTAATTTTAAGTTGAAATTTTTTACACTTTTGGTTAAAGCAGACTACAATTG
1 ATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGACTATAATTG
* * * **
15689 AATGTCAACC-TCAGGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTACCAAGAAAAGTT-CATTTATAG
64 AATGTCTACCTTGA-GAAACATAAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-TTCCATTTATAG
* **********
15751 TCTCTCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTNNNNNNNNNN
126 TCTC-CATTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * *
15796 ATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTTTAAAACAG-CAATAATTGAA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAA
* * ** * * ** * * * * *
15860 CGCCTACCTCAAGAAATATGAA-AAAAATACATTCGTTCGCAAGAAAATTTCATTTATAGCCACC
66 TGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCTCC
**********
15924 TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTNNNNNNNNNNTT
131 -ATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * *
15964 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAACTTTCATTAAAATAGACTAGAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTATTAAAACAGACTATAATTGA
* * ** * * * * * *
16029 ATG-CTTGCCTTGAGAAACGTGTAGAAAAAGCTATTCATTTAG-AAAAAAAGTCTATTTGTAGTC
65 ATGTC-TACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCA-TTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTC
* * * * *
16092 ACCCATTTCTTCAAAAGCTTTATTAGTCGCTTTAAATGGTGTT
128 -TCCA-TTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * *** * *
16135 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTCTACCTGTTCGGTTAAAATAGACTATTATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTATTAAAACAGACTATAATTGA
* * * * * * *
16200 ATGTTTATCC-TGGGAAACATATAGAAAAAACCTTTCATTGAG-AA-AAAAGTCTATTTATAGTC
65 ATGTCTA-CCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAATTCCATTTATAGTC
* *
16262 TCACATTCTTTCAAAAGCCTTAGT-CTTCACTTTAAAAGGTTTT
128 TC-CATTC-TTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATGGTTTT
* * * * *
16305 ATAAACTAATAATTAATTTTAAGTAGAATTTTTTTTACATTCTCTATTAAAACAGACTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATT-TTTATTAAAACAGACTATAATTG
* * * * * * *
16370 AACGTCTACCCTAAGAAACTTGAAGAACAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTC
64 AATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAA-AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTC
********** * *
16434 TCTCATTCCTTCANNNNNNNNNNTACTCGCTTTAAATAGTTTT
128 TC-CATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * *
16477 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTTACTTTTTTAGTT-AAATAGATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTG
* * * * *
16541 AATGTCTACCTT-ATGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACATTC
64 AATGTCTACCTTGA-GAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTC
* *
16605 ACCTGTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
128 TCC-ATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
********** * *
16648 ATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTTTTATTAAAACAGACTATAATTAA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTATTAAAACAGACTATAATTGA
* ** * * * * * * * *
16712 ATGCCTGTCTCGAGAAAAATATAGAAAAACCCATTTATTTGG-AAGAAAAGTCCATTTCTAATCT
65 ATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCA-TTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCT
*
16776 CATATTCCTTCAACAA-CCTTATTACT-AGCTTT-AATAGGTTTT
129 C-CATT-CTTCAA-AAGCCTTATTACTCA-CTTTAAAT-GGTTTT
********** * * * *
16818 ATAATCTCATAATTGATTNNNNNNNNNNTTTTTTTATATTTTTCATTAAAACCGTCAATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGA
* * * * * * *
16883 ATGTTTACATCGAGAAATATTAAA-AAAAA-ACATTCATTAGCAAG-AGATGTCCATTTATAGTC
65 ATGTCTACCTTGAGAAACA-TAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAT-TCCATTTATAGTC
* *
16945 TCCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATAGTTTT
128 T-CCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
16988 ATAATCTTATAACTGATTATAAGTTGAATTTTTTTATATATTTATTTAAAACAGATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGA
* * * ** ** *
17053 ATGTCAACATTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGATAAGAAAAATCCATTTATAGTCGT
65 ATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTC-T
* * **
17118 CCATTCTTGCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAACTAATTTT
129 CCATTCTT-CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* *
17159 ATAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAATTTTTTCT-CATCTTTCATTAAAATAGACTATAATT
1 ATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTT-TACAT-TTTTATTAAAACAGACTATAATT
* **
17222 GAATG-CTTGCCTTGAGAAACATACCGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAG-AAATGTCCATTTATA
63 GAATGTC-TACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAT-TCCATTTATA
** *
17284 GTCATCCATTCCATAAAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
125 GTC-TCCATT-C-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * ********* ** * *
17330 ATATTCACATAATTGATTTTAAGTTGAATNNNNNNNNNNTTTTGGTTAAAGCAGACTATAATCGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTATTAAAACAGACTATAATTGA
* * ** * *
17395 ATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAA-AAATAAG-CATTCATTTCCAAGAAAAGTT-CTTTTATAGC
65 ATGTCTACCTTGAGAAACAT-AAAGAAA-AAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-TTCCATTTATAGT
** *
17457 CTCTCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
127 CTC-CATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
17501 ATAATCTCATAA
1 ATAATCTCATAA
17513 CTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2227, Mismatches: 559, Indels: 253
0.73 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 8 0.00
168 93 0.04
169 80 0.04
170 646 0.29
171 1181 0.53
172 206 0.09
173 13 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAA
TGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCTCC
ATTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
Found at i:17205 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 14430--17512 Score: 1860
Period size: 342 Copynumber: 9.0 Consensus size: 337
14420 NNNNNNNNNN
* * *
14430 ATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGTCAATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CA-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGA
* * *
14495 ATGTTTACATCGAGAAACT-TGAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC
64 ATGTTTACCTCGAGAAA-TATGAAAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC
* * * ************* * *
14559 TCATTCTTTTAAAAGCC-NNNNNNNNNNNNNTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAG
128 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * *
14623 TTGAATTTTTCTATATTTTTAGTTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACGTAAA
193 TTGAATTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAA
* * * *
14688 GAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCGTC-CATTCTTGCAAAAGGCTTATT
257 GAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTCATTCTT-CAAAAGCCTTATT
* *
14752 ACTCACTTTAATTGGTTTT
320 ACTCGCTTTAA-TAGTTTT
* *
14771 ATAATCGCATAATT-AGTTTTAAGTTGAATTTTTTCACATCTTTCATTAAAACAGACTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTT-TCAT-TTTCATTAAAACAGACTATAATTG
* * * * * ** * *
14835 AATGCTTGCCTTGGGAAACATGCCGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAATGTCCATTTATAGTC
63 AATGTTTACCTCGAGAAATATG-AAAAAAAACCATTCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * **********
14899 AT-CCATTCTTTCAAGAGGCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATT-AGTTT
126 -TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTT
* * * * * *
14961 TAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAGCAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATG
189 TAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG
* ** * * * *
15026 TGAAGAAATAA-GAATTCATTTCCAAGAAAAGTTCATTTATAATCTCCCATTCATTCGAAAGCCT
253 TGAAGAAA-AAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTC-TTCAAAAGCCT
*********
15090 TATTACTCGCNNNNNNNNNNTTT
316 TATTACTCGC-TTTAATAGTTTT
* * * *
15113 ATAATCTCATAACTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTAT-ATTTTTAGTTAAAACA-AGCAATAATT
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT-TCATTTTCA-TTAAAACAGA-CTATAATT
* * * ** * ** * * *
15176 GAATGTCTACCTCAAGAAGTATGAAAAAAATGCTTTTGTTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCA
62 GAATGTTTACCTCGAGAAATATGAAAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
* ********** *
15241 CCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCAG-TTTANNNNNNNNNNTAATCTCAAAATTGATTTTAA
127 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
15305 GTTCAAGTTTTTTTATATTTTTGGTTACAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACGT
192 GTTGAA-TTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGT
* ********** *
15369 GTAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAANNNNNNNNNNAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
254 GAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATT-CTTCAAAAGCCTTA
* *
15434 TTTA-TCACTTTAAAAGGTTTT
318 -TTACTCGCTTTAATA-GTTTT
* * * **
15455 ATAATTTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTATTTACATTCACATTAAAACAGACTATAATT-AA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTCATTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * ** *
15519 TTGTCTACCTCGAAAAATAT-ATAGAAAAGACCATTCATTTAG-AAGAAAAGTTTATTTATACTC
65 -TGTTTACCTCGAGAAATATGA-A-AAAAAACCATTCA-TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
15582 ACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCATC-TTAAATGGTTTTATAATCTC-TTATGTAATTTT
126 TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTT
* * * * * * * *
15645 AAGTTGAAATTTTTTACACTTTTGGTTAAAGCAGACTACAATTGAATGTCAACC-TCAGGAAACA
190 AAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACG
* *
15709 TGAAGAAAAAAGCATTCATT-ACCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCGTTCAAAAGCCT
253 TGAAGAAAAAGGCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTC-TTCAAAAGCCT
*********
15773 TATTACTCGCTTTNNNNNNNNNN
316 TATTACTCGCTTT-AATAGTTTT
* ** *
15796 ATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTTTAAAACAG-CAATAATTGAA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAA
* ** * * * * * * *
15860 CGCCTACCTCAAGAAATATGAAAAAAATA-CATTCGTTCGCAAGAAAATTTCATTTATAGCCACC
65 TGTTTACCTCGAGAAATATGAAAAAAA-ACCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC
* ********** *
15924 TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTNNNNNNNNNNTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT
129 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
15988 TGAATTTTTTTACAACTTTCA-TTAAAATAGACTAGAATTGAATG-CTTGCCTTGAGAAACGTGT
194 TGAATTTTTTTA-TA-TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACGTGA
* * * * * * * *
16051 AGAAAAA-GCTATTCATTTAGAAAAAAAGTCTATTTGTAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCTTTAT
256 AGAAAAAGGC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCA-TTCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
16115 TAGTCGCTTTAAATGGTGTT
319 TACTCGCTTT-AATAGTTTT
* * * * * * *
16135 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTCTACCTGTTCGGTTAAAATAGACTATTATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTCATTTTC-ATTAAAACAGACTATAATTGA
* * * *
16200 ATGTTTATCCT-GGGAAACATAT-AGAAAAAACCTTTCATTGAG-AA-AAAAGTCTATTTATAGT
64 ATGTTTA-CCTCGAG-AA-ATATGAAAAAAAACCATTCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * * * *
16261 CTCACATTCTTTCAAAAGCCTTAGT-CTTCA-CTTTAAAAGGTTTTATAAACTAATAATTAATTT
125 CTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * *
16324 TAAGTAGAATTTTTTTTACATTCTCTA-TTAAAACAGACTATAATTGAACGTCTACCCTAAGAAA
189 TAAGTTGAA-TTTTTTTATATT-T-TAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
* * * *****
16388 CTTGAAGAACAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCTCTCATTCCTTCANNNNN
251 CGTGAAGAA-AAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATT-CTTCAAAAGC
*****
16452 NNNNNTACTCGCTTTAAATAGTTTT
314 CTTATTACTCGCTTT-AATAGTTTT
* * * * *
16477 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTTACTTTTTTAGTT-AAATAGATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTT-CATTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTG
* * * * * * * *
16541 AATGTCTACCT-TATGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACATTC
63 AATGTTTACCTCGA-GAAATATGAA-AAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* ** **********
16605 ACCTGTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTA
126 TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * ** * **
16669 AGTTGAATTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTGTCTCGAGAAAAAT-
191 AGTTGAATTTTTT-TATATTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTG
** * * * *
16732 ATAGAAAAACCCATTTATTTG-GAAGAAAAGTCCATTTCTAATCTCAT-ATTCCTTCAACAA-CC
255 A-AGAAAAAGGCATTCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-TCATT-CTTCAA-AAGCC
*
16794 TTATTACTAGCTTTAATAGGTTTT
315 TTATTACTCGCTTTAATA-GTTTT
********** * * * *
16818 ATAATCTCATAATTGATTNNNNNNNNNNTTTTTTTATATTTTTCATTAAAACCGTCAATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CA-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGA
* * * * *
16883 ATGTTTACATCGAGAAATATTAAAAAAAAACATTCATTAGCAAGAGATGTCCATTTATAGTCTCC
64 ATGTTTACCTCGAGAAATATGAAAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC
* * * * *
16948 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAACTGATTATAAGT
129 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * *
17012 TGAATTTTTTTATATATTTATTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACATTGAGAAACGTAAAG
194 TGAATTTTTTTATAT-TTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAG
* * *
17077 AAAAAGGTATTCATTGATAAGAAAAATCCATTTATAGTCGTC-CATTCTTGCAAAAGCCTTATTA
258 AAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTCATTCTT-CAAAAGCCTTATTA
*
17141 CTCGCTTTAACTAATTTT
321 CTCGCTTTAA-TAGTTTT
*
17159 ATAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAATTTTTTCTCATCTTTCATTAAAATAGACTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTT-TCAT-TTTCATTAAAACAGACTATAATTG
* * * * * * *
17223 AATGCTTGCCTTGAGAAACAT-ACCGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAATGTCCATTTATAGT
63 AATGTTTACCTCGAGAAATATGA--AAAAAAACCATTCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
** * *
17286 CAT-CCATTCCATAAAAAAG-CTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATATTCACATAATTGATT
125 C-TCCCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
********* * * * *
17348 TTAAGTTGAATNNNNNNNNNNTTTTGGTTAAAGCAGACTATAATCGAATGTCTACCTTAAGAAAC
188 TTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
* ** * * * **
17413 GTGAA-AAAATAAGCATTCATTTCCAAGAAAAGTTCTTTTATAGCCTCTCATTCCTTTGAAAGCC
252 GTGAAGAAAA-AGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATT-CTTCAAAAGCC
*
17477 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
315 TTATTACTCGCTTT-AATAGTTTT
17501 ATAATCTCATAA
1 ATAATCTCATAA
17513 CTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2064, Mismatches: 566, Indels: 223
0.72 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
338 7 0.00
339 209 0.10
340 189 0.09
341 704 0.34
342 830 0.40
343 124 0.06
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (337 bp):
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAAT
GTTTACCTCGAGAAATATGAAAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCA
TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
AATTTTTTTATATTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAA
AAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
TTTAATAGTTTT
Found at i:18916 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 18501--18934 Score: 452
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 169
18491 NNNNNNNNNN
* * * *
18501 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTC-ACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAATT
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTT
* * * * * * * *
18565 GAATTTATTTGCA-TTCACATTAAAATAGACTATAATTAATTGTCTACCTCGAAAAACATATAGG
65 AAATTTTTTTACATTTTA-ATTAAAACAGACAACAATTAATTGTCTACCTCGAAAAACATATAGA
** *
18629 AAAAGCCATTCATTTAGGAGAAAAGTTCATTTATACTCATCC
129 AAAAAACATTCATTTA-GAGAAAAGTTCATTTATAATCATCC
* * * * *
18671 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAACGGTTTTATAATCTCTTAAGTAATTTTAAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTT-
* *
18736 AAA-TTTTTTACACTTTTGATTAAAGCAGACAACAATTGAA-TGTCTACCTC-AAGAAACATGA-
65 AAATTTTTTTACA-TTTTAATTAAAACAGACAACAATT-AATTGTCTACCTCGAA-AAACAT-AT
18797 AGAAAAAAACATTCATTGCTA-AGAAAAGTTCATTTATAATC-TCCC
126 AGAAAAAAACATTCATT--TAGAGAAAAGTTCATTTATAATCAT-CC
* * * * *
18842 ATTCCTTTAAAAGCTTTATTATTCGATTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAACTGATTTTAAGTTA
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTA
*
18907 AATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAG
66 AATTTTTTTACA-TTTTAATTAAAACAG
18935 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 219, Mismatches: 34, Indels: 21
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 68 0.31
171 144 0.66
172 5 0.02
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTA
AATTTTTTTACATTTTAATTAAAACAGACAACAATTAATTGTCTACCTCGAAAAACATATAGAAA
AAAACATTCATTTAGAGAAAAGTTCATTTATAATCATCC
Found at i:20892 original size:171 final size:162
Alignment explanation
Indices: 20565--20894 Score: 335
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
20555 CTTCAATGGT
* * *
20565 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGATTATTTTTACATTTTTCATTAAAATAAATAATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTAATTATTTTTACATTTTTCATTAAAAGAAATAATAAT
* * * ***
20630 TGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCTAGAAAAGTTTATTTATAG
66 CGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGGCCATTTATAG
* *
20695 TCTTTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTTAC
131 TCTATCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAC
* * *
20727 NNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT-TTTTTATA-TTTTCCTTAAAA
1 ----------TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATT-AATTATTTTTACATTTTTCATTAAAA
* * * *
20790 GAGACT-ATAATCGAATGTCTACCTCTAGAAACTTGAAAGGAAAAA-GCATTCATTAGCAAGAAC
55 GA-AATAATAATCGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAA-GAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAA
* *
20853 TGGCCATTTATAGTCTATCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACT
118 AGGCCATTTATAGTCTATCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
20895 CGCTTTAAAT
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 20, Indels: 7
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 91 0.67
172 41 0.30
173 3 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (162 bp):
TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTAATTATTTTTACATTTTTCATTAAAAGAAATAATAAT
CGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGGCCATTTATAG
TCTATCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAC
Found at i:22888 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 22598--23089 Score: 499
Period size: 172 Copynumber: 2.9 Consensus size: 172
22588 NNNNNNGTTG
* * * * * ** * * * * *
22598 AATT-TTTTTACACTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATTTCTACCTCTAGAAACATAAAGA
1 AATTCTTTTTATAATTTTAGTTAAAACAAATTATAATCAAATGTCTACTTCAAGAAACGTGAAGA
* * * * *
22662 AAAAAGTATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATGGCCTCTCATTCCATCAAAAGCCTTATTACT
66 AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCTCTCATTCCATCAAAAGCCTTATTACT
* *
22727 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAAT-GATTATAGGT-T
131 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AAATCAATTATAAGTAT
* ** * ** * *
22768 CAATTCTTTTTA-CATTATTAGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTA-TATTGAGAAATGTGG
1 -AATTCTTTTTATAATT-TTAGTTAAAACAAATTATAATCAAATGTCTACT-TCAAGAAACGTGA
* ********** *
22831 AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATNNNNNNNNNNTCATTCCCTCAAAAGCCTTATT
63 AGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCTCTCATTCCATCAAAAGCCTTATT
* *
22896 ACTCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCAAAATCAATTTTAAGTAT
128 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATCAATTATAAGTAT
* * *
22941 AATTTTTTTTATAATTTTTGTTAAAACAGATTATAATCAAATGTCTACTTCAAGAAACGTGAAGA
1 AATTCTTTTTATAATTTTAGTTAAAACAAATTATAATCAAATGTCTACTTCAAGAAACGTGAAGA
* *
23006 AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACA
66 AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCTCTCATTCCATCAAAAGCCTTATTACT
23071 CACTTTAAATGGTTTTATA
131 CACTTTAAATGGTTTTATA
23090 TTCNNNNNNN
Statistics
Matches: 257, Mismatches: 57, Indels: 13
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 10 0.04
172 242 0.94
173 5 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
AATTCTTTTTATAATTTTAGTTAAAACAAATTATAATCAAATGTCTACTTCAAGAAACGTGAAGA
AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCTCTCATTCCATCAAAAGCCTTATTACT
CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATCAATTATAAGTAT
Done.