Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403172.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_839.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2109
ACGTcount: A:0.29, C:0.08, G:0.11, T:0.28
Warning! 483 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:349 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1--523 Score: 613
Period size: 171 Copynumber: 3.1 Consensus size: 168
* * * *
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGGATATCTTTTTCTTCATGTTTTTAGAGTTAGG
1 TGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGG
* * * * * * *
66 CATTCAATTACAATCTGTTGTAATAAAAAAAGCAAAAAAATTTTACTTAAAGTTAATTACAAAAT
65 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATG-TAAAAAATTCTACTTAAAGTCAATTAC-GAAT
* * *
131 TATAAAAATATTTACAA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTA
128 TATAAAAACATTTA-AAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * * *
172 TGGGTGACTACAAGTAGACTTTTCTTGTCAATGAATATATTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGG
1 TGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGG
* * * *
237 CACTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAACTCTACTTAAAGTCAATTATGAGATT
65 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCTACTTAAAGTCAATTACGA-ATT
** *
302 ATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAAACTTTTGAAGGCG
129 ATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
*
342 TGGGTGACTATAAATGAACTTTT-TGTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTAGAGGTAG
1 TGGGTGACTATAAATG-ACTTTTCT-TGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAG
* * * *
406 ACATTC-ATATATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAATTCAATTAGGAA
64 GCATTCAAT-TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAA-ATTCTACTTAAAGTCAATTACGAA
* *
470 GTTATAAAATCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
127 -TTATAAAAACATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
513 TGGGTGACTAT
1 TGGGTGACTAT
524 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 299, Mismatches: 45, Indels: 16
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.02
170 145 0.48
171 147 0.49
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
TGGGTGACTATAAATGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGGC
ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCTACTTAAAGTCAATTACGAATTAT
AAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
Found at i:1517 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 982--2107 Score: 772
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 169
972 NNNNNTCAAC
* * ** *
982 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCAATTGAAGGCATGGGT
1 TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAT-GGT
* * * * * *** * *
1047 GACTATAAATGGACTATTCTTGCTAATGAATATCTGTTTTTTTTCACGTTTCTTGAGGTAGATAT
65 GACTATAAATGGACT-TTTTTGCCAATGGATATC--TTTTTCTTCACATTTCCCAAGGCAGACAT
* * * * * * * *
1112 TTAATTATAATTTGTTTAAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
127 TCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAAT
* * * ** * * * * * *
1155 TTAAAATTAATTAGGAGGTTACAAAGTCATCTAAAGTGATTAACAAGGTTTTTGAAGGCATGCGT
1 TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATG-GT
* * * * * * *
1220 GAATACAAAT-GAGCTTTTCTTGCCGATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATT
65 GACTATAAATGGA-CTTTT-TTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGCAGACATT
* ** * ****
1284 CAATTACTATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTNNNN
128 CAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAAT
****** * * * * * *
1326 NNNNNNTCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAGGTGAGTAATAAGGGC-TTTGAAGGCATCGG
1 TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTTGAAGGTAT-GG
* * **********
1390 TGACTATAAAT-AACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCNNNNNNNNNNAGGCAGACATT
64 TGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGCAGACATT
*
1454 CAATTATTATCTATTTTAACT-AAAAACGTAAAAAAATTTAAT
128 CAATTATTATCTATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTTAAT
* **********
1496 TTAAAATTAATTACGAGATTATAAAAACATTTNNNNNNNNNNATAAGGCTTTTGAAGGTATGGAT
1 TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGG-T
* * * * * *
1561 GACTATAAATGGACTTTTTGTGCGAATAGATATCTTTTTCTTCACATTTTCGAAGGCAGATATAC
65 GACTATAAATGGACTTTTT-TGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGCAGACATTC
* * *
1626 AATTATTATCTATTTTAATCAAAAATGT-AAAACATTCAAT
129 AATTATTATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAAT
* * * * *
1666 TTCAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGACTAATAAGG-TATTTAAAGGTGTGGG
1 TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTTGAAGGTAT-GG
* ** * * *
1730 TGACTATAAATGGACTATTTTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACTTT
64 TGACTATAAATGGACT-TTTTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGCAGACATT
* * * *
1795 CAATTATAATCTATTTGAATAAAAAATATGAAAAAAATTTAAC
128 CAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATGT-AAAAAAATTTAAT
* * *
1838 TTAAAATTAATTATGTGATTATAAAAATATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGT
1 TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATG-GT
* ** *** * *
1903 GACTATAAATGGACTTTTCATT-TCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGATGTAGACATT
65 GACTATAAATGGACTTTT--TTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGCAGACATT
* ** * * * *
1967 CAATTATAAAATGTTTTAACAAAAATTGTAAAAAAATTTAAC
128 CAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAAT
* * * ** * * * *
2009 TTAAAATCAATTAAGAGGTTATAAATTCATTTAAAGCAAGTAATAACGCTTTCGAAGGCATGGGT
1 TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAT-GGT
*
2074 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATATC
65 GACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGGATATC
2108 AT
Statistics
Matches: 744, Mismatches: 187, Indels: 46
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 248 0.33
171 271 0.36
172 144 0.19
173 75 0.10
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGTG
ACTATAAATGGACTTTTTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGCAGACATTCAA
TTATTATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAAT
Done.