Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403186.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_852.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 7878 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:4961 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4464--5907 Score: 1338
Period size: 171 Copynumber: 8.4 Consensus size: 170
4454 CATTGAAAAT
* * * * *
4464 AAAAGTCCATTTATAGTGACCCACTCCTTCAAAAGCTTTATTACT-AGATTTAAATAGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATAGTTTTATA
* *** **
4528 ATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTGTGTTTTTCTTTAAAACAGACTATAATTGAAT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * * *
4593 GTCAACCTCAAGAAATGTTAAGAAACAAGCATTTATTGGCAAG
129 GTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATAGG-AAG
* * * ** *
4636 ATAAGTCAATTTATAGTCACCTACT-CTTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
** * * * * * * *
4700 TCGAAAAATT-AGTTTTAGGGTTCAATTTTTTTTACATTATTGGTTAAAATAGATTATAGTTGAA
66 TCTCATAATTGA-TTTTA-AGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * * *
4764 TGTCTAGCTC-ATGCAGCATAAAGAAA-AAGTTATTCATAGTGAAG
128 TGTCTACCTCGA-GAAACGTGAAGAAACAAG-CATTCATAG-GAAG
* * *
4808 AAATGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * *
4873 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACAGTTTTGGTTAAAGCAGACTATAATTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * *
4938 CTACCTCGAGTAACGTGAAGAAAAAAGCATACATTAGCAAG
131 CTACCTCGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCA-TAGGAAG
* * ** * * *
4979 AAAAGTCAATGTATAGTTTCATATTCCTTCAGAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATAGTTTTATA
* * * * * *
5043 ATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTCACTTTTTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATA
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * *
5108 TTTACATTGAGAAACGTGAAGAAAGAATCATTCATTAGCAAG
130 TCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCA-TAGGAAG
* *
5150 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTA-TTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TAGTTTTATA
* * * *
5214 ATATCATAATTGATTTTAAGCT-AACTTTTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAAATGAA
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * * * *
5278 TG-CTTGCCTTGGGAAACGTGTAGAAAAAATCATTCATTGAGAAG
128 TGTC-TACCTCGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATAG-GAAG
* * * * *
5322 AAAAGTCCATTTATAGTTA-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTTCTCGCTTCAAATAATTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* *
5386 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTCTATTTGAATG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * *
5451 TCTA-CTAGGAGAAACGTAAAGAAACAAGCATTCATTGATAAG
130 TCTACCT-CGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATAG-GAAG
* * *** * ** ** *
5493 AAAAGTTCATTTATAGCCTTTTCTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTCTTTTGTAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
** ** ** * * *
5558 TCTCATAATTGATTTTTTGAAGAATTTTTTTATTTTTTTGGTTTAAACAGACTATAATTCAAAGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * * *
5623 CTACCTCAATAAACATGAAGAAACAAGCAGTCATTAGTAAG
131 CTACCTCGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCA-TAGGAAG
* * * * *
5664 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * **
5729 TATCATAA-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATG-
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * * * *
5792 CTTACCTCAAGAAACATAAAGAAA-AAGGTATTCATTGGAAA
131 C-TACCTCGAGAAACGTGAAGAAACAA-GCATTCATAGGAAG
* *
5833 AAAAGTGCATTTATAG-CGACGC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTA
1 AAAAGTCCATTTATAGTC-AC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATAGTTTTA
5895 TAATCTCATAATT
63 TAATCTCATAATT
5908 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1047, Mismatches: 193, Indels: 66
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 69 0.07
170 76 0.07
171 592 0.57
172 259 0.25
173 49 0.05
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
CTACCTCGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATAGGAAG
Found at i:5396 original size:343 final size:335
Alignment explanation
Indices: 4440--5907 Score: 1360
Period size: 343 Copynumber: 4.3 Consensus size: 335
4430 NNNNNNNNNG
* * * * ** * *
4440 AAGAAAAAGGCATTCATTGAAAATAAAAGTCCATTTATAGTGACCCACTCCTTCAAAAGCTTTAT
1 AAGAAAAA-TCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * ***
4505 TACT-AGATTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTGTGTTTTT
64 TACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-T-AA-TTTTTTTACATTTTT
** * * * * * * *
4569 CTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAATGTTAAGAAACAAGCATTTATTGGCA
125 GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCA
* * * * **
4634 AGATAAGTCAATTTATAGTCACCTACT-CTTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
190 AGAAAAGTCCATTTATAGT--TCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
** * * * * * * * * * *
4698 AATCGAAAAATT-AGTTTTAGGGTTCAATTTTTTTTACATTATTGGTTAAAATAGATTATAGTTG
253 AATCTCATAATTGA-TTTTA-AGTTGAA-TTTTTTAACTTTTTTGATTAAAACAGACTATAATTG
* * * *
4762 AATGTCTAGCTC-ATGCAGCATA
315 AATGTTTA-CTCGA-GAAACGTA
* * *
4784 AAGAAAAAGTTATTCATAGTG-AAGAAATGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
1 AAGAAAAA-TCATTCAT--TGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * *
4848 TTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACAGTTTTG
63 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-T-AATTTTTTTACATTTTTG
* * *
4913 GTTAAAGCAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGTAACGTGAAGAAAAAAGCATACATTAGCAA
126 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAA
* * * * *
4978 GAAAAGTCAATGTATAGTTTCATATTCCTTCAGAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATA
191 GAAAAGTCCATTTATAG-TTC-TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
* * * *
5043 ATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTCACTTTTTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATA
254 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACTTTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* *
5108 TTTACATTGAGAAACGTG
319 TTTAC-TCGAGAAACGTA
*
5126 AAGAAAGAATCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
1 AAGAAA-AATCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
** * *
5191 TACTCACTTTAAATTATTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGCTAACTTTTTTTCACATTTTTA
64 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAA-TTTTTTT-ACATTTTTG
* * * * * *
5256 GTTAAAACAGACTATAAATGAATG-CTTGCCTTGGGAAACGTGTAGAAAAAATCATTCATTGAG-
126 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATT-AGC
* * *
5319 AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTTCTCGCTTCAAATAATTTTA
189 AAGAAAAGTCCATTTATAGTT-CT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * * *
5384 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTCTATTTGAA
252 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACTTTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAA
* *
5449 TGTCTACTAGGAGAAACGTA
317 TGTTTACT-CGAGAAACGTA
* * * * ** *
5469 AAGAAACAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGCCTTTTCTTCCTTCAAAAGCCTTAT
1 AAGAAA-AATCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
** ** * **
5534 TACTCGTTTTAAATTCTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTTTGAAG-AATTTTTTTATTTTTTTG
64 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA--TTTT-AAGTAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * * * *
5598 GTTTAAACAGACTATAATTCAAAGTCTACCTCAATAAACATGAAGAAACAAGCAGTCATTAGTAA
126 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAA
* *
5663 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
191 GAAAAGTCCATTTATAGT-TC-TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
* *
5728 ATATCATAA-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAAT
254 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAACTTTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * *
5791 GCTTACCTCAAGAAACATA
318 GTTTA-CTCGAGAAACGTA
* * * **
5810 AAGAAAAAGGT-ATTCATTGGAAAAAAAGTGCATTTATAG-CGACGCATTCCTTCAAAAGCCTTA
1 AAGAAAAA--TCATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTTATTCCTTCAAAAGCCTTA
5873 TTACTCGA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
63 TTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
5908 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 935, Mismatches: 156, Indels: 70
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 67 0.07
341 65 0.07
342 277 0.30
343 368 0.39
344 146 0.16
345 6 0.01
346 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (335 bp):
AAGAAAAATCATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA
AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAA
GTCCATTTATAGTTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACTTTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACTC
GAGAAACGTA
Found at i:5407 original size:514 final size:507
Alignment explanation
Indices: 4488--5907 Score: 1595
Period size: 514 Copynumber: 2.8 Consensus size: 507
4478 AGTGACCCAC
* * *
4488 TCCTTCAAAAGCTTTATTACTAGATTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAA
1 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
** ** * * * *
4553 TTTTTTTTGTGTTTTTCTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAATGTTAAGAAA
66 TTTTTTTACT-TTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAA
* * * * * * * **
4618 CAAGCATTTATTGGCAAGATAAGTCAATTTATAGTCACCTACT-CTTCGGAAGCCTTATTACTCG
130 CAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
*** * * * *
4682 CTTTAAA-TAGTTTTATAATCGAAAAATT-AGTTTTAGGGTTCAATTTTTTTTACATTATTGGTT
195 CTTTAAATTA-TTTTATAATATCATAATTGA-TTTTA-AGTTCAA-TTTTTTTACATTTTTAGTT
* * * * * * * *
4745 AAAATAGATTATAGTTGAATGTCTAGCTCATGCAGCATAAAGAAAAAGTTATTCATAGTGAAGAA
256 AAAACAGACTATAATTGAATG-CTTGC-CTTGAAACATAAAGAAAAAG-TATTCATTG-GAAGAA
* * *
4810 ATGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATC
317 AAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* *
4875 TCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACAGTTTTGGTTAAAGCAGACTATAATTGAATGTCT
381 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
* *
4940 ACCT-CGAGTAACGTGAAGAAAAAAGCATACATT-AGCAAGAAAAG-TCAATGTATAG-TTTCAT
446 A-CTACGAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATACATTGA-CAAGAAAAGTTC-ATGTATAGCTTT--T
5001 AT
506 AT
* * *
5003 TCCTTCAGAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAA
1 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * ** *
5068 TTTTTTCACTTTTTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATATTTACATTGAGAAACGTGAAGAAAG
66 TTTTTTTACTTTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAC
* *
5133 AATCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
131 AAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
*
5198 TTTAAATTATTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGCT-AACTTTTTTTCACATTTTTAGTTAAA
196 TTTAAATTATTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTT-ACATTTTTAGTTAAA
* * ** *
5262 ACAGACTATAAATGAATGCTTGCCTTGGGAAACGTGTAGAAAAAATCATTCATTGAGAAGAAAAG
259 ACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTT--GAAACATAAAGAAAAAGT-ATTCATTG-GAAGAAAAG
* * * **
5327 TCCATTTATAGTTACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTTCTCGCTTCAAATAATTTTATAATCTCA
320 TCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * *
5392 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTCTATTTGAATGTCTACT
384 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACT
* * * * * *
5457 AGGAGAAACGTAAAGAAACAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGCCTTTTCT
449 ACGAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATACATTGACAAGAAAAGTTCATGTATAG-CTTTTAT
* ** * ** **
5517 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTCTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTTTGAAGAA
1 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
5582 TTTTTTTATTTTTTTGGTTTAAACAGACTATAATTCAA-AGTCTACCTCAATAAACATGAAGAAA
66 TTTTTTTACTTTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATA-TCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAA
* * *
5646 CAAGCAGTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCG
130 CAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * *
5711 CTTTAAATTGTTTTATAATATCATAA-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTA-TTAAA
195 CTTTAAATTATTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAA
* * *
5774 ACAGACTATAATTGAATGCTTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGTATTCATTGGAAAAAAAGT
259 ACAGACTATAATTGAATGCTTGCCT--TGAAACATAAAGAAAAA-GTATTCATTGGAAGAAAAGT
* *
5839 GCATTTATAG-CGACGCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCA
321 CCATTTATAGTC-AC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
5903 TAATT
384 TAATT
5908 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 763, Mismatches: 122, Indels: 44
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
511 69 0.09
512 53 0.07
513 42 0.06
514 479 0.63
515 114 0.15
516 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (507 bp):
TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
TTTTTTTACTTTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAC
AAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
TTTAAATTATTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
AGACTATAATTGAATGCTTGCCTTGAAACATAAAGAAAAAGTATTCATTGGAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTACGAGAA
ACGTAAAGAAAAAAGCATACATTGACAAGAAAAGTTCATGTATAGCTTTTAT
Found at i:15753 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 15461--16785 Score: 1117
Period size: 171 Copynumber: 7.8 Consensus size: 168
15451 NNNNNNNNNN
* * *
15461 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATATTTGAATTTCTACCATGAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* *
15526 AACGTGAAGACACAAGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTACAAAA
66 AACGTGAA-A-A-AAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
15590 GCCTTTCTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTG
128 GCCTTT-TACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
15632 ATTTTAAATTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGGGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* * * * *
15697 AACGTGTAAACAAATCCTTTCATTTAG-AGGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAA
66 AACGTG-AAAAAAAT-CATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * ** *
15761 GGCTTATTACTTGCTTTAAATTCCTTTATAATCTAATAATTG
128 GCCTT-TTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * *
15803 ATTTTAAG-TAAATTTTTATCACATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAAG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* ** * * ** * * *
15867 AAACATGAAAAAACAAGAATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTCTAGTCTTCTATTCCTTTAGAA
65 AAACGTG-AAAAA-AATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * *
15932 -CCATTTTTACTCGCTTT-AAGTAGTTTTATAATCTCAAAATTA
128 GCC--TTTTACTCGCTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * *
15974 ATTTTAGGTTCAATTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCATGAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* * *
16039 AATGT-ATAGCAAAAGA-CATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTC-AA
66 AACGTGA-A--AAAA-ATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * ** *
16101 AGACCATATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATCTAATAATTG
127 AG-CC-TTTTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * ** *
16145 ATTTTAAGTTG-ATTGTTTCTGCGA-TTTTAGTTAAAATAGACTATAGTTGAACATCCA-CTTCG
1 ATTTTAAGTTGAATT-TTTTTAC-ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-G
* * * ** * *
16207 AGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCACTACCAAAAAAAGTCCATATTA-AGTCACCCATTCCTTTA
63 AGAAACGTGAA-AAAAA-TCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT-TTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * *
16271 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA-TAGTGT-TAATCTCATAATTG
125 AAAGCCTT-TTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTG
* * * * ** *
16314 ACTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGGATGTCTACCTCAAAA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* * * *
16379 AATGTGAAGAAAAAAGT-ATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCCATTTCTTCAAAA
66 AACGTG-A-AAAAAA-TCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * **
16443 GCTTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
128 GCCTT-TTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTG
* * *
16485 ATTTGAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTCT--TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-TGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * * *
16548 AAATGTGAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGATAAGTCCATTTATAGTCACCTACTCCTTCAAAA
65 AAACGTGAA-AAA-AATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * * *
16613 ACCTTATTACTCACTTTAAA-TAGATTTATAATCTAAAAATT-
128 GCCTT-TTACTCGCTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * **
16654 AGTTTTAGGGTTCAATTTTTTTTACATTATTGGTTAAAAAATATTATAATTGAATGTCTAGCTCA
1 A-TTTTA-AGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * *
16719 AGTAACGT-AAAGGAAAAGCTATTCATAGTG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT
63 AGAAACGTGAAA--AAAATC-ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
16782 AAAA
124 AAAA
Statistics
Matches: 927, Mismatches: 177, Indels: 98
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.01
169 123 0.13
170 159 0.17
171 511 0.55
172 53 0.06
173 75 0.08
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
AACGTGAAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
TTTTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTG
Found at i:15946 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 15461--16785 Score: 1259
Period size: 342 Copynumber: 3.9 Consensus size: 339
15451 NNNNNNNNNN
* * * *
15461 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATATTTGAATTTCTACCATGAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTCACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTTGAGA
* * * * **
15526 AACGTGAAGACACAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTACAAAAG
65 AACGTGAAAAAACAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAG
* * * *
15591 CCTT-TCTACTCGCTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATGTTTTTAC
130 CCTTAT-TACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAC
* * * *
15654 ATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGTA-AACAAATCCTTTC
193 ATTATTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-GTGTAGAACAAAT-CATTC
* *
15718 ATTT-AGAGGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAAT
256 ATTTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAAT
***
15782 TCCTTTATAATCTAATAATTG
319 GGTTTTATAATCTAATAATTG
* * *
15803 ATTTTAAG-TAAATTTTTATCACATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAAG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTT-TCACATT-TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTTGAG
* * * ** * *
15867 AAACATGAAAAAACAAGAATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTCTAGTCTTCTATTCCTTTAGAA
64 AAACGTGAAAAAACAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAA
* * * *
15932 -CCATTTTTACTCGCTTTAAGTAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAGGTTCAATTTTTTTAC
129 GCC-TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAC
* * * *
15996 ATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCATGAGAAATGTATAGCAA-AAGA-CATT
193 ATTATTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-GTGTAG-AACAA-ATCATT
* * * *
16059 CATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTC-AAAGACCATATTACTCGCTTTACA
255 CATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAG-GCTTATTACTCGCTTTAAA
16123 TGGTTTTATAATCTAATAATTG
318 TGGTTTTATAATCTAATAATTG
* * * * * * *
16145 ATTTTAAGTTG-ATTGTTTCTGCGATTTTAGTTAAAATAGACTATAGTTGAACATCCA-CTTCGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTC-AC-ATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTT-GA
* * * **
16208 GAAATGTGAAGAAAA-AGGCATTCACTACCAAAAAAAGTCCATATTA-AGTCACCCATTCCTTTA
63 GAAACGTGAA-AAAACAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCAT-TTATAGTCACCCATTCCTTTA
* * * * * *
16271 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TGT-TAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTC
126 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
* * * ** * * *
16334 ACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGGATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAAAGT-AT
191 ACATTATTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-GTGTAGAACAAA-TCAT
* * * *
16398 TCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCCATTTCTTCAAAA-GCTTTATTACTCGATTTAA
254 TCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGGC-TTATTACTCGCTTTAA
*
16462 ATGGTTTTATAATCTCATAATTG
317 ATGGTTTTATAATCTAATAATTG
* ** ** * *
16485 ATTTGAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTCTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTTGAGAA
* * * * * * * *
16550 ATGTGAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGATAAGTCCATTTATAGTCACCTACTCCTTCAAAAAC
66 ACGTGAAAAAACAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGC
* * * *
16615 CTTATTACTCACTTTAAATAGATTTATAATCTAAAAATT-AGTTTTAGGGTTCAATTTTTTTTAC
131 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTTA-AGTTCAA-TTTTTTTAC
* * * * ** * ** * *
16679 ATTATTGGTTAAAAAATATTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGTAACGTAAAGGA-AAAGCTATTC
193 ATTATTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAAGTGTAGAACAAATC-ATTC
* *
16743 ATAGTG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAA
256 AT-TTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAA
Statistics
Matches: 802, Mismatches: 144, Indels: 73
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 6 0.01
339 101 0.13
340 162 0.20
341 51 0.06
342 373 0.47
343 103 0.13
344 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
ATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTTGAGAA
ACGTGAAAAAACAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGC
CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATT
ATTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAGTGTAGAACAAATCATTCATTTG
AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTAATAATTG
Found at i:16187 original size:513 final size:505
Alignment explanation
Indices: 15461--16653 Score: 1346
Period size: 513 Copynumber: 2.3 Consensus size: 505
15451 NNNNNNNNNN
* *
15461 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATATTTGAATTTCTACCATGAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CATGAGA
* * * *
15526 AACGTGAAGACACAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTACAAAAG
64 AATGTGAAG-CAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAA-
* * *
15591 CCTTTCTACTCGCTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATGTTTTTACA
126 CCTAT-TACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAATTGAATGTTTCTACA
* ** * * * * *
15655 TTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-GGGAAACGTGTAA-ACAAATCCTTTC
189 TTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAACATCCA-CTTCGAGAAACGTG-AAGAAAAAGCCATTC
* * ** * *
15718 ATTTA-GAGGAAAAGTCCAT-TTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAA
252 A-CTACCAAAAAAAGTCCATATTA-AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
* * * *
15781 TTCCTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTATCACATTATTGGTTAAAACAGATT
315 -TACTGT-TAATCTAATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTT-TCACATTATTGGTTAAAACAGACT
* *
15845 ATAATTGAATATCTACCTTAAGAAACATGAA-AAAACAAGAATTCATTGGCAAA-AAAAGTCCAT
377 ATAATTGAATATCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAA-AAGAATTCATTGG-AAAGAAAAGTCCAT
* ** * * * * *
15908 TTCTAGTCTTCTATTCCTTTAGAACCATTT-TTACTCGCTTTAAGTAGTTTTATAATCTCAAAAT
440 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAACC-TTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAAT
15972 TA
504 TA
* * *
15974 ATTTTAGGTTCAATTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCATGAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CATGAGA
*
16039 AATGT-ATAGCAAAAGACATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAG
64 AATGTGA-AGCAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAA-
* * * * *
16103 ACCATATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGATTGTTTCTGCG
125 ACC-TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAATTGAATGTTTCTAC-
* * *
16168 A-TTTTAGTTAAAATAGACTATAGTTGAACATCCACTTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCA
188 ATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAACATCCACTTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
* *
16232 CTACCAAAAAAAGTCCATATTAAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG
253 CTACCAAAAAAAGTCCATATTAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAC
* * * *
16297 TGTTAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATT
318 TGTTAATCTAATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTATTGGTTAAAACAGACTATAATT
* * ** * *
16362 GGATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTG
383 GAATATCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
16427 ACCCATTTCTTCAAAAGCTTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
448 ACCCATTCCTTCAAAACCTTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTA
* * ** *
16485 ATTTGAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTCTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACAT-GAGAA
* * *
16550 ATGTGAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGATAAGTCCATTTATAGTCACCTACTCCTTCAAAAAC
65 ATGTGAAGCAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTC-AAAAC
* * *
16615 CTTATTACTCACTTTAAATAGATTTATAATCTAAAAATT
127 C-TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATT
16654 AGTTTTAGGG
Statistics
Matches: 574, Mismatches: 85, Indels: 45
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
509 3 0.01
510 121 0.21
511 164 0.29
512 32 0.06
513 247 0.43
514 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (505 bp):
ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATGAGAAA
TGTGAAGCAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAACCTAT
TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAATTGAATGTTTCTACATTTTTAG
TTAAAATAGACTATAATTGAACATCCACTTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCACTACCAAA
AAAAGTCCATATTAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATACTGTTAATC
TAATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTATTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCT
ACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
CTTCAAAACCTTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTA
Done.