Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403191.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_859.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 12017
ACGTcount: A:0.20, C:0.08, G:0.07, T:0.20
Warning! 5393 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:5648 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5451--5847 Score: 467
Period size: 172 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
5441 NNNNNNNNNN
* * * *
5451 ATTTATAGTCACCCACT-CTTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCAAA
1 ATTTATAGTCACCCA-TACCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTACAATATCAAA
* * * * * *
5515 ATTGATTTAAAATTT-AATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTAAATGTCTACC
65 ACT-AATTAAAATTTGAATTCGTTGTACATTTTTGCTTAAAACAGACTAGAATTAAAGGTCTACC
* * * * *
5579 TTTAGAAACATGAA-AAAAAAGGTATTCATTGGAAAGAAAAGTCT
129 TTGAGAAACA-CAAGAAAAAA-GCATTCATAGGAAAGAAAAGTCC
* * * * *
5623 ATTTATAGTCTCTCATACCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAA
1 ATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTACAATATCAAAA
** * *
5688 CTAATTGCAATTTGAATTCGTTGTCCATTTTTGCTTAAAATAGACTAGAATTAAAGGTCTACCTT
66 CTAATTAAAATTTGAATTCGTTGTACATTTTTGCTTAAAACAGACTAGAATTAAAGGTCTACCTT
* *
5753 GAGAAACACAAGGAAAAAAGCATTCATAGGCAAGAAAGGTCC
131 GAGAAACACAA-GAAAAAAGCATTCATAGGAAAGAAAAGTCC
* * *
5795 ATTTATAGTCACCCATACCTCCAAAAGCCATACTACACGCTTTAAATGGTTTT
1 ATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTT
5848 GTAATGCCAT
Statistics
Matches: 189, Mismatches: 32, Indels: 8
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 11 0.06
172 172 0.91
173 6 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
ATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTACAATATCAAAA
CTAATTAAAATTTGAATTCGTTGTACATTTTTGCTTAAAACAGACTAGAATTAAAGGTCTACCTT
GAGAAACACAAGAAAAAAGCATTCATAGGAAAGAAAAGTCC
Found at i:6735 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6436--7765 Score: 1311
Period size: 172 Copynumber: 7.8 Consensus size: 171
6426 NNNNNNNNNN
* * * * *
6436 ACTAGGATTGAATGTCTACCTTCAAAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTAGCACGAAAAGTCCA
1 ACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* *** * *
6501 TTTATAGTCAGCCATAAATTCAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATCGTTTTATAATCTCAAAAT
66 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
*
6566 TGATTTAAATTTGAATTCTTTCTACATTTTTGGTTAAAATAG
131 TGATTTAAATTTGAATTCTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * *
6608 ACTAGAATTCAACGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCG
1 ACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-
* *
6672 ATTTATAGTGACCCATTCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
65 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
*
6737 TTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAG
130 TTGATTTAAATTTGAATTCTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * *
6780 ACTAGGATTGAAGGTCTACCTTCAGAAAAATGAAGAAAAATGTATTCATTGGGAAGAAAAGTCCA
1 ACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * *
6845 ATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTTAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
66 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * *
6910 TGATTTAAATATGAATTCTTTGTATATTTTTGGTTAAAACAT
131 TGATTTAAATTTGAATTCTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * ** *
6952 ATTAGAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACATG-AGAAAAAAAGCATTCATTGAAAAGAAAAGTCT
1 ACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAG-AAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * * * * *
7016 ATTTACAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAACGATTTTGTAATGC-CATA
65 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAA
* * * * * * ** *
7080 ATTCATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTTATT-AAACAA
129 ATTGATTTAAATTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
** * * * * * * * * *
7122 ACTCTAATTCAATGTCAATC-TCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTGATTGGCAAGAGAAGTCC
1 ACTAGAATTGAATGTCTACCTTC-AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * *
7186 ATTTATAGTCACCCACTCCTTCAAAAGCCTCATTA-TGCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAA
65 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
* *
7250 ATTGATTTAAATTTGAA-TGTTTTACGTATTTTTGGTTAAAATAG
129 ATTGATTTAAATTTGAATTCTTTTAC--ATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * *
7294 ACTAGGATTGAATGTCTACCTTCA-AACATATGACGAAAAAAGTATTCGTTGGTATGAAAAGTCC
1 ACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAGAA-ACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * * ** *
7358 ATTTATAGTCACCCATACCTTGAAAAGCCTTATTACTCAATATCAATAGTTTTGGAATGC-CATA
65 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAA
* * *
7422 ATTGATTTTAAGTAT-AATTTCTTTTATATTTTTGGTT-AAACAG
129 ATTGA-TTTAAATTTGAA-TTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * *
7465 ACAATAATTAAATGTCTACCTTCAGTAACATGAAGAAAAAAGTATTCATGGGCAAGAAAAGTCCA
1 ACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * ** * *
7530 TTTATAGTCACCTATAT-CTTCAGAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTGCAATCCCATA
66 TTTATAGTCACCCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
* ** * * * *
7593 ATCGATTTTGACTTGAATTTGTTTTAAATTTTTGGTT-AAACAA
129 ATTGATTTAAATTTGAA-TTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
** * * * * * * * *
7636 ACTCTAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGAATTGATTGGCAAGAGAAGTCCA
1 ACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
** * *
7701 TTTATAGTCATTCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
66 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
7766 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 942, Mismatches: 191, Indels: 51
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.01
170 118 0.13
171 266 0.28
172 529 0.56
173 14 0.01
174 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
TGATTTAAATTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
Found at i:7282 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 6446--7745 Score: 1286
Period size: 342 Copynumber: 3.8 Consensus size: 338
6436 ACTAGGATTG
* * *
6446 AATGTCTACCTTCAAAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTAGCACGAAAAGTCCATTTATAGTCA
1 AATGTCTACCTTCAGAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* ** *
6511 GCCATAAATTCAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATCGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAT
66 CCCAT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAT
* * *
6576 TTGAATTCTTTCTAC-ATTTTTGGTTAAAATAGACTAGAATTCAACGTCTACCTTGAGAAACATG
129 TTGAATTCTTTCTACTATTTTTGGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATG
* * * *
6640 A-AGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCGATTTATAGTGACCCATTCCTTCCAAAGCCTT
194 AGA-AAAAAAGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTT
* * * * * *
6703 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTT
257 ATTACTCACTTTAAA--GTTTTGTAATGC-CATAATTGATTTTAAGTT-AATT-TTTTTATATTT
** *
6767 TTTGTTAAAACAGACTAGGATTG
317 TTTGTT-AAACAGACTATAATTA
* * * * * *
6790 AAGGTCTACCTTCAGAAAAATGAAGAAAAATGTATTCATTGGGAAGAAAAGTCCAATTATAGTCA
1 AATGTCTACCTTCAGAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* *
6855 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTTAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAT
66 CCCA-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAT
* * * * * *
6920 ATGAATTCTTTGTA-TATTTTTGGTTAAAACATATTAGAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACATG
129 TTGAATTCTTTCTACTATTTTTGGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATG
* * * *
6984 AGAAAAAAAGCATTCATTGAAAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTAT
194 AGAAAAAAAGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
7049 TATTCGCTTTAAACGATTTTGTAATGCCATAATTCATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTTA
259 TACTCACTTTAAA-G-TTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTG
* * *
7114 TTAAACAAACTCTAATTC
321 TTAAACAGACTATAATTA
* * * * * * *
7132 AATGTCAATC-TCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTGATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTC
1 AATGTCTACCTTC-AGAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
*
7196 ACCCACTCCTTCAAAAGCCTCATTA-TGCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAA
65 ACCCA-TCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CACTTTAAATG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAA
* * * * *
7260 ATTTGAA-TGTTT-TACGTATTTTTGGTTAAAATAGACTAGGATTGAATGTCTACCTTCAAACAT
127 ATTTGAATTCTTTCTAC-TATTTTTGGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAAAAAC
* * * * *
7323 ATGACG-AAAAAAGTATTCGTTGGTATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTGAAAAGCC
191 ATGA-GAAAAAAAGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCC
* * *
7387 TTATTACTCAATATCAATAGTTTTGGAATGCCATAATTGATTTTAAGTATAATTTCTTTTATATT
255 TTATTACTCACT-TTAA-AGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGT-TAATTT-TTTTATATT
* *
7452 TTTGGTTAAACAGACAATAATTA
316 TTTTGTTAAACAGACTATAATTA
* * *
7475 AATGTCTACCTTCAGTAACATGAAGAAAAAAGTATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
1 AATGTCTACCTTCAGAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * ** * * * **
7540 CCTATATCTTCAGAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTGCAATCCCATAATCGATTTTGA
66 CCCAT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAA
* * * ** * *
7604 CTTGAATT-TGTTTTA-AATTTTTGGTTAAACA-A-ACTCTAATTGAATGTCTATCTTGAGAAAC
128 TTTGAATTCT-TTCTACTATTTTTGGTTAAA-ATAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAAAAAC
* * * * * **
7665 GT-A-AAGAAAAAGGAATTGATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCATTCACT-CCTTCAAAAG
191 ATGAGAA-AAAAA-GCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TACCTTCAAAAG
*
7727 CCTTATTACGCACTTTAAA
253 CCTTATTACTCACTTTAAA
7746 TGGTTTTATA
Statistics
Matches: 786, Mismatches: 141, Indels: 62
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 4 0.01
341 17 0.02
342 328 0.42
343 165 0.21
344 266 0.34
345 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
AATGTCTACCTTCAGAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CCCATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTT
GAATTCTTTCTACTATTTTTGGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAG
AAAAAAAGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTA
CTCACTTTAAAGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAA
CAGACTATAATTA
Found at i:7427 original size:514 final size:514
Alignment explanation
Indices: 6446--7765 Score: 1504
Period size: 514 Copynumber: 2.6 Consensus size: 514
6436 ACTAGGATTG
* * * * * *
6446 AATGTCTACCTTCAAAAACATAAAGAAAAAAGTATTCAT-TAGCACGAAAAGTCCATTTATAGTC
1 AATGTCTACCTTCAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATGGA-AAAGAAAAGTCCATTTACAGTC
** * ** * * *
6510 AGCC-ATAAATTCAAAGGCCTTATTACTC-ACTTTAAATCG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTT
65 A-CCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAA-CGATTTTGCAATCCCATAATCGATTT
* * * * * * ** * * * **
6572 AAATTTGAATTCT-TTCTACATTTTTGGTTAAA-ATAGACTAGAATTCAACGTCTACCTTGAGAA
127 TAACTTCAATT-TGTTTTAAATTTTTGATTAAACA-A-ACTCTAATTCAATGTCAATCTCAAGAA
* * * * * * * *
6635 ACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCGATTTATAGTGACCCATTCCTTCCAAAG
189 ACGTAAAGAAAAAGGCATTGATTGGCAAGAGAAGTCC-ATTTATAGTCACCCACTCCTTCAAAAG
6699 CCTTATTACT-CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTAC
253 CCTTATTA-TGCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTAC
* *
6763 ATTTTTTGTTAAAACAGACTAGGATTGAAGGTCTACCTTCAGAAAAATGAAGAAAAATGTATTCA
317 ATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAAGGTCTACCTTCAGAAAAATGAAGAAAAAAGTATTCA
* * * * *
6828 TTGGGAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTTAATGG
382 TTGGGAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATATCAATAG
* * **
6893 TTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAATATGAA-TTCTTTGTATATTTTTGGTTAAAACATATTA
447 TTTTAGAATCTCAAAATTGATTTTAAATAT-AATTTCTTT-TATATTTTTGGTT-AAACAGACAA
*
6956 GAATTG
509 GAATTA
* * * *
6962 AATGTCTGCCTTGAAAAACATG-AGAAAAAAAGCATTCATTGAAAAGAAAAGTCTATTTACAGTC
1 AATGTCTACCTTCAAAAACATGAAG-AAAAAAGCATTCATGGAAAAGAAAAGTCCATTTACAGTC
* * * *
7026 ACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAACGATTTTGTAATGCCATAATTC-ATTTTA
65 ACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAACGATTTTGCAATCCCATAA-TCGATTTTA
* * *
7090 AGTTCAATTT-TTTTATATTTTTTATTAAACAAACTCTAATTCAATGTCAATCTCAAGAAACGTA
129 ACTTCAATTTGTTTTAAATTTTTGATTAAACAAACTCTAATTCAATGTCAATCTCAAGAAACGTA
*
7154 AAGAAAAAGGCATTGATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCCTTCAAAAGCCTCAT
194 AAGAAAAAGGCATTGATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCCTTCAAAAGCCTTAT
* *
7219 TATGCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TGTTT-TACGTATTTT
259 TATGCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTAC--ATTTT
* * * * *
7282 TGGTTAAAATAGACTAGGATTGAATGTCTACCTTCA-AACATATGACGAAAAAAGTATTCGTTGG
322 TGGTTAAAACAGACTAGGATTGAAGGTCTACCTTCAGAA-AAATGAAGAAAAAAGTATTCATTGG
* * * *
7346 TATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTGAAAAGCCTTATTACTCAATATCAATAGTTTT
386 GAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATATCAATAGTTTT
* * * *
7411 GGAATGC-CATAATTGATTTTAAGTATAATTTCTTTTATATTTTTGGTTAAACAGACAATAATTA
451 AGAAT-CTCAAAATTGATTTTAAATATAATTTCTTTTATATTTTTGGTTAAACAGACAAGAATTA
** * ** *
7475 AATGTCTACCTTCAGTAACATGAAGAAAAAAGTATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
1 AATGTCTACCTTCAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATGGAAAAGAAAAGTCCATTTACAGTCA
* * * * *
7540 CCTATATCTTCAGAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTGCAATCCCATAATCGATTTTGAC
66 CCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAACGATTTTGCAATCCCATAATCGATTTTAAC
* * * * **
7605 TTGAATTTGTTTTAAATTTTTGGTTAAACAAACTCTAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTAAA
131 TTCAATTTGTTTTAAATTTTTGATTAAACAAACTCTAATTCAATGTCAATCTCAAGAAACGTAAA
* **
7670 GAAAAAGGAATTGATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCATTCACTCCTTCAAAAGCCTTATTA
196 GAAAAAGGCATTGATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCCTTCAAAAGCCTTATTA
*
7735 CGCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
261 TGCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
7766 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 683, Mismatches: 103, Indels: 38
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
512 5 0.01
513 129 0.19
514 405 0.59
515 40 0.06
516 102 0.15
517 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (514 bp):
AATGTCTACCTTCAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATGGAAAAGAAAAGTCCATTTACAGTCA
CCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAACGATTTTGCAATCCCATAATCGATTTTAAC
TTCAATTTGTTTTAAATTTTTGATTAAACAAACTCTAATTCAATGTCAATCTCAAGAAACGTAAA
GAAAAAGGCATTGATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCCTTCAAAAGCCTTATTA
TGCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGT
TAAAACAGACTAGGATTGAAGGTCTACCTTCAGAAAAATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGGAAGA
AAAGTCCAATTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATATCAATAGTTTTAGAAT
CTCAAAATTGATTTTAAATATAATTTCTTTTATATTTTTGGTTAAACAGACAAGAATTA
Found at i:9499 original size:172 final size:168
Alignment explanation
Indices: 9143--9823 Score: 580
Period size: 172 Copynumber: 4.0 Consensus size: 168
9133 NNNNATTGAA
* * * ** * * * **
9143 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAACGATTTCG
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-CCTTCAGAAGCCTTATTACTCACTTTATATGGTTTTA
* * * * * * **
9208 TAATGC-CATAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTT-T-TTTTT-ATT-AAACAAACTCTAATTGA
65 TAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTTGTATTTTTGGTTAAAACAGA-TAGAATTGA
* * * * *
9268 AGGTCTACC-TCAAGAAACGTAAAGAAAAACGCATTCATTGGC
127 ATGTCTACCTTCAA-AAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGC
* *
9310 AAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTCACTCCTTCAGAAGCCTTATTA-TGCACTTTATATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TCCTTCAGAAGCCTTATTACT-CACTTTATATGGTTTT
* * *
9374 ATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTGTGCATTTTTGGTTAAAATAGGCTAGGATTG
64 ATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTGT--ATTTTTGGTTAAAACA-GATAGAATTG
* * *
9439 AATGTCTACCTTCAAAAACATGACGAAAAAAGTGTTCATTGGT
126 AATGTCTACCTTCAAAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGC
* *
9482 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACGTTC-GAAAGCCTTATTACTCGA-TTTGA-ATAGTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-CCTTCAG-AAGCCTTATTACTC-ACTTT-ATATGGTT
** * * * *
9544 TTGGAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTT-ACTTTTAATTAATATTTTTGGTT-AAACAGATAAG
62 TTATAAT-CTCAAAATTGA-TTTAAATTTGAATTTT--TT-GTATTTTTGGTTAAAACAGAT-AG
** *
9606 AATTGAATGTCTACCTTCAGTAACATGAAGAAAAAAGTATTCATGGGC
121 AATTGAATGTCTACCTTCAAAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGC
* *
9654 AAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-TAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TCCTTCAGAAGCCTTATTACTCACTTTAT-ATGGTTTT
* * * *
9718 ATAATCTCAAAATTCATTTAAATATGAATTCTTTGTATATTTTTGGTTAAAACAAATTAGAATTG
64 ATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTT-TGTATTTTTGGTTAAAACAGA-TAGAATTG
* * *
9783 AATGTCTACCTTGAAAAACATGAGGAAAAAAGCATTCATTG
126 AATGTCTACCTTCAAAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTG
9824 AAANNNNNNN
Statistics
Matches: 413, Mismatches: 68, Indels: 61
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
166 6 0.01
167 73 0.18
168 1 0.00
170 5 0.01
171 28 0.07
172 267 0.65
173 30 0.07
174 2 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCTTCAGAAGCCTTATTACTCACTTTATATGGTTTTAT
AATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTGTATTTTTGGTTAAAACAGATAGAATTGAATGT
CTACCTTCAAAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGC
Found at i:9765 original size:344 final size:339
Alignment explanation
Indices: 9143--9823 Score: 836
Period size: 344 Copynumber: 2.0 Consensus size: 339
9133 NNNNATTGAA
* * * *
9143 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAACGATTTCG
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAACGATTTCG
* **
9208 TAATGCCATAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTTTTTATTAAACAAACTCTAATTGAAGGTC
66 GAATGCCATAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTTTTTATTAAACAAACTAGAATTGAAGGTC
* * * * * *
9273 TACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAACGCATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTCACT
131 TACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCACT
* * *
9338 CCTTCAGAAGCCTTATTATGCACTTTATATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT
196 CCTTCAAAAGCCTTATTATGCACTTTATATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTAAATATGAAT
* * * ** *
9403 TTTTTGTGCATTTTTGGTTAAAATAGGCTAGGATTGAATGTCTACCTTCAAAAACATGACGAAAA
261 TCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAAAAACATGACGAAAA
**
9468 AAGTGTTCATTGGT
326 AAGCATTCATTGGT
* *
9482 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACGTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTGAATA-G-TTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTT-AA-ACGATTT
* * * * * *
9545 TGGAATGCCATAATTGATTTTAAGTTTACTT-TTAATTAATATTTTTGGTTAAACAGA-TAAGAA
64 CGGAATGCCATAATTCATTTTAAGTTGAATTGTT--TT--T-TTTTT-ATTAAACAAACT-AGAA
* * * *
9608 TTGAATGTCTACCTTC-AGTAACATGAAGAAAAAAGTATTCATGGGCAAGAAAAGTCCAATTATA
122 TTGAAGGTCTACC-TCAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCAATTATA
*
9672 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CACTTT-TAATGGTTTTATAATCTCAAAATTCAT
186 GTCACCCACTCCTTCAAAAGCCTTATTA-TGCACTTTAT-ATGGTTTTATAATCTCAAAATTCAT
* * *
9735 TTAAATATGAATTCTTTGTATATTTTTGGTTAAAACAAATTAGAATTGAATGTCTACCTTGAAAA
249 TTAAATATGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAAAA
*
9800 ACATGAGGAAAAAAGCATTCATTG
314 ACATGACGAAAAAAGCATTCATTG
9824 AAANNNNNNN
Statistics
Matches: 289, Mismatches: 41, Indels: 19
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.01
339 77 0.27
340 5 0.02
341 1 0.00
342 1 0.00
343 7 0.02
344 193 0.67
345 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAACGATTTCG
GAATGCCATAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTTTTTATTAAACAAACTAGAATTGAAGGTC
TACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCACT
CCTTCAAAAGCCTTATTATGCACTTTATATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTAAATATGAAT
TCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAAAAACATGACGAAAA
AAGCATTCATTGGT
Done.