Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403193.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_861.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22647
ACGTcount: A:0.26, C:0.09, G:0.09, T:0.25
Warning! 7040 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:10204 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 9405--10804 Score: 1191
Period size: 171 Copynumber: 8.2 Consensus size: 169
9395 NNNNNNNNNN
* * *
9405 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATTGA-TGACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCCTTTGAAGGAA-TGAGTGACTAT
* * * * * * *
9469 AAATGGACATGTCTT-CTCAATGAATCGCTTTCTCTTGACGTTCCTCAAGGTAGACATTCAATTA
64 AAATGGACTTTTCTTGC-CAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTCCTCAAGGTAGACATTCAATTA
** * *
9533 TAATCTGTTTAGGTTAAAAATATAAAAAAAATTCAGCTTAAAAT
128 TAATCTGTTTA-GCCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * ** * *
9577 CAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCTTAAGTTACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTT-GAAGGAATGAGTGACTATA
* * * ** * * *
9642 AATGAACTTTTCATGCTAAT--A--G----TT-GGCATGTACC-CAAGGAAAACATTCAATTATA
65 AATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTCCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
** * * *
9697 GCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCTACTTAAAAT
130 ATC-TGTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * *
9738 CAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTGTGAATGAATGGGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTT-TGAAGGAATGAGTGACTATA
* * * ** ** *
9803 AATGGACTTTTCTTCCCAGTGGATGCCTTTTTCTTCACATTTTTCAAGGTAGACACTCAATTATA
65 AATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTCCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
* * * *
9868 ATATGTTCTATCCAAAAATGTGAAAATAATTCAACCTAAAAT
130 ATCTGTT-TAGCCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * *
9910 CAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCCTTTGAAGGAATGAGTGACTATA
* * * * * * * *
9975 AATAGACTTTT-TTTCTTAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTGAAGGTAGACATTCAATTAT
65 AATGGACTTTTCTTGC-CAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTCCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* *
10039 AATCTGTTTAGGCCAAAAATGTAAAAGAATTCAAATTAAAAT
129 AATCTGTTTA-GCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * ** *
10081 CAATTGTGAGATAATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCTTGAGTGACCATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTT-GAAGGAATGAGTGACTATA
* * * * * * * * *
10146 AAAGGACTTCTCGTGCCATTGGTTGGCTTTTGCTTCATGTTCCTTAAGGAAAACATTCAATTATA
65 AATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTCCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
** * ** **
10211 GCCTTTTTTAGCCGTAAATGTAAAAAAATTCTTCTTAAAAT
130 ATC-TGTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * *
10252 CAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCCTTTGAAGGAATGAGTGACTATA
* * ** * * *
10317 AATGGACTTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCACAAGGTAGACACTCAATTATA
65 AATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTCCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
* * * *
10382 ATTTGTTCTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACGTAAAAT
130 ATCTGTT-TAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * *
10423 CAATTATTAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAG-ATATAAGGCATTTGAAGGAAT-AGGTGACTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA-ATAA-GCCTTTGAAGGAATGA-GTGACTA
* *
10486 TAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGGATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
63 TAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTCCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * *
10550 ATAATCTGTTTAGGCGAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTGAAAT
127 ATAATCTGTTTA-GCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * **
10594 CAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATCAGCCTCTTGAAGGCTTGAGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCT-TTGAAGGAATGAGTGACTATA
* * * * * *
10659 AATGGACTTTT-TGTGCCAATAGTTAGCTTTTGCTTCATGTT-CTCTAAGGCAAACATTCAATTA
65 AATGGACTTTTCT-TGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTCCTC-AAGGTAGACATTCAATTA
** ** * * * *
10722 TAGCCCT-TTGTAATCACAAATGTAAAAATATACTACTTAAAAT
128 TA-ATCTGTT-TAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * *
10765 CAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAG
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
10805 GCTNNNNNNN
Statistics
Matches: 974, Mismatches: 217, Indels: 75
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
161 84 0.09
162 28 0.03
163 11 0.01
164 1 0.00
168 1 0.00
169 2 0.00
170 25 0.03
171 603 0.62
172 215 0.22
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTGAAGGAATGAGTGACTATAA
ATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTCCTCAAGGTAGACATTCAATTATAA
TCTGTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
Found at i:10652 original size:513 final size:512
Alignment explanation
Indices: 9405--10807 Score: 1943
Period size: 513 Copynumber: 2.7 Consensus size: 512
9395 NNNNNNNNNN
* * * * *
9405 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATTGATGACTATA
1 CAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATA
* * * * *
9470 AATGGACATGTCTTCTCAATGAATCGCTTTCTCTTGACGTTCCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
66 AATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
** *
9535 ATCTGTTTAGGTTAAAAATATAAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCAT
130 ATCTGTTTAGGCCAAAAATGT-AAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCAT
* * * * * *
9600 TTAAAGAGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCTTAAGTTACTATAAATGAACTTTTCATGCTAATAGT
194 TTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATAGT
* *
9665 TG-----G---CATGTACC-CAAGGAAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAA
259 TGCTTTTGCTTCATGTTCCTTAAGGAAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAA
* *
9721 AAAATTCTACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTGTGA
324 AAAATTCTACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTGTGA
* * * **
9786 ATGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAGTGGATGCCTTTTTCTTCACATTTTTCAAG
389 ATGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCACAAG
* *
9851 GTAGACACTCAATTATAATATGTTCTATCCAAAAATGTGAAAATAATTCAACCTAAAAT
454 GTAGACACTCAATTATAATATGTTCTAACCAAAAATGTGAAAAAAATTCAACCTAAAAT
* * *
9910 CAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATA
1 CAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATA
* * * *
9975 AATAGACTTTTTTTCTTAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTGAAGGTAGACATTCAATTATA
66 AATGGACTTTTCTTCTCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
* ** *
10040 ATCTGTTTAGGCCAAAAATGTAAAAGAATTCAAATTAAAATCAATTGTGAGATAATAAAACCATT
130 ATCTGTTTAGGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATT
* * * * * *
10105 TAAAGCAAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCTTGAGTGACCATAAAAGGACTTCTCGTGCCATTGGTT
195 TAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATAGTT
* **
10170 GGCTTTTGCTTCATGTTCCTTAAGGAAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAGCCGTAAATGTAAA
260 -GCTTTTGCTTCATGTTCCTTAAGGAAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAA
* *
10235 AAAATTCTTCTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
324 AAAATTCTACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTGTGA
** **
10300 A-GAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCACAA
389 ATG-AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCACAA
* * *
10364 GGTAGACACTCAATTATAATTTGTTCTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACGTAAAAT
453 GGTAGACACTCAATTATAATATGTTCTAACCAAAAATGTGAAAAAAATTCAACCTAAAAT
* * *
10423 CAATTATTAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAG-ATATAAGGCATTTGAAGGAATAGGTGACTAT
1 CAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA-ATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTAT
* *
10487 AAATGGACTTTTCTTCTCAATGGATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
65 AAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* *
10552 AATCTGTTTAGGCGAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTGAAATCAATTATGAGATAATAAAACCAT
129 AATCTGTTTAGGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCAT
* *
10617 TTAAAGCGAGTAATCAGCCTCTT-GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTGTGCCAATAG
194 TTAAAGCGAGTAATAAGCCT-TTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATAG
* * * * *
10681 TTAGCTTTTGCTTCATGTT-CTCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCCTTTGTAATCACAAATGT
258 TT-GCTTTTGCTTCATGTTCCT-TAAGGAAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATGT
* *
10745 AAAAATATACTACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
321 AAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
10808 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 788, Mismatches: 95, Indels: 22
0.87 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
504 94 0.12
505 132 0.17
510 1 0.00
512 3 0.00
513 365 0.46
514 193 0.24
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (512 bp):
CAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATA
AATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAA
TCTGTTTAGGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTT
AAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATAGTTG
CTTTTGCTTCATGTTCCTTAAGGAAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
AATTCTACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTGTGAAT
GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCACAAGGT
AGACACTCAATTATAATATGTTCTAACCAAAAATGTGAAAAAAATTCAACCTAAAAT
Found at i:12118 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11537--12671 Score: 1228
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 171
11527 NNNNNNNNNA
* * ** **
11537 GAATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACTTTTCTTGAGGT
1 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGT
* * * * *
11602 AGACATTCAATTACAATATGTTTTAACCATAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
66 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * ** *
11667 GACTATAAAACCATTTTAAGTGAGCCATAATGCTTTTGAAG
131 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* ** *
11708 GAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTATTTTTCTTCACA-TTTCTCGAGG
1 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA-AGTTTCTCAAGG
* * * * *
11772 TAGACATTCAATTATAAACTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTTT
65 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
** *
11837 GAGATTATAAAACCATTTAAAACGACTAATAAGGCTTTTGAAG
129 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * **
11880 GAATGGGTGGCTAGAAATGGACTTTTCTTGTCAATTAATGCCTTTTTCGTCACA-TTTCTTGAGG
1 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA-AGTTTCTCAAGG
* * * * *
11944 TAGACATTCGATAATAATCTG-TTTAGGCTAAAAATGTAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTCT
65 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * *
12008 AAGATTACAAAACCATTTTAAGTGAGTCATAAGGCATTTG-AG
129 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * *
12050 GAAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCAAGTTTCTTAAGG
1 G-AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGG
** * * *
12115 TAGACATTCAGCTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTT
65 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * *
12179 GAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAG
129 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * * *
12222 AAATGGGTGACTATAAATGAAATTTTCTTACAAATGAATACCTTTCCTT-TT-ATGTTTCTCAAG
1 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT--TTCTTCAAGTTTCTCAAG
* * * * * * *
12285 GTAGACATTCAATTAGAAGCTGTTCTAAC-AACGAATGTAAACAAATTCAACCTAAAACCAATTA
64 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * *
12349 TGAGATTAT-AAACCTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTAAAC
128 TGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* *
12393 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGCTTCTCAAGGT
1 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGT
* * * *
12458 AGACATTCAATTATAAACTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TCTAAAAGCAATTATG
66 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATG
* * *
12522 AGATTATAAAACAATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAT
130 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * *
12564 GAATGGGTGACTATAAATAGAGTTTTCTTACCAATGAATGCATTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGT
1 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGT
* * * ** *
12629 AGACACTCAATAATAGTCAATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
66 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
12672 AANNNNNNNN
Statistics
Matches: 805, Mismatches: 141, Indels: 36
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 13 0.02
171 633 0.79
172 155 0.19
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGT
AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
Found at i:13689 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13150--14665 Score: 1631
Period size: 171 Copynumber: 8.9 Consensus size: 170
13140 NNNNNNNNNN
* ** ** *
13150 AAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGTATTTTGCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
* * * * * * *
13215 CGTTT-TCAAGGCAGACATTCAATTATAAACTGTTCTAACAAAAAGTATAAAAAAGTTCAACCTA
65 TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCT-
* *
13279 AAAAT-AATTATGAGATTATAAAACAATTAAAAGTGAGTAAT
129 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
* ** * *
13320 AAGGCTTTTAAAAAAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATTAATGCATTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
* * * * * * *
13385 TGTTTATCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCAGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTGAA-CT
65 TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACCT
* *
13449 CAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
129 -AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
* * ** * *
13492 AAGGCTTTTGATGGAATGGGTGACTATAAACGGACTTTTGTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTTA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
*
13557 TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTGAACCTA
65 TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTA
*
13622 AAATCAATTATGAAATTATAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAAT
130 AAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * *
13663 AAGGCTTTTGAAGGAATG-GATGACTATAAATGGACTTTTCTTAGCAATGAATACCTCTTTCCTC
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAATAGACTTTT-TTACCAATGAATGCCTTTTTCTTC
* * *
13727 ATGTTTCTCAAGGTGGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCGA-CT
64 ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCT
* * * **
13791 AAAACTAAATTCTGCGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAT
129 AAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
* * ** * *
13834 AAGG-TTTTGAA-GACTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTGTAACAATGGTTGGCTTTTGCTTC
1 AAGGCTTTTGAAGGA-ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTT-TACCAATGAATGCCTTTTTCTTC
* * * * * ** * * *
13897 AAGTTACTAAAGGAAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTCAAC-AAATATGT-AAAAAATTCAACT
64 ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACC
*
13960 TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
128 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * * *
14003 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTACAAATAGACTTTTCTAGCTAATGAATACCTTTTTCTTTA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTA-CCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
* * ** **
14068 TGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTCGAACAAAAAATGTAGCAAAATTCAACCTA
65 TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTA
*
14133 AAATCAATTAT-ATAATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
130 AAATCAATTATGA-GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
** * * * *
14174 AAGAATTTTGAAGGAGT-AGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCTT
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATAG-ACTTTT-TTACCAATGAATGCCTTTTTCTT
* * * * * *
14237 TACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAACTGTTCTAACTAATAATGTAAAAAAATTCAACC
63 CATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACC
* * * *
14302 TAAAATAAATTATGAGATTCTAAAACCATTTAAAATGAGTAAT
128 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
* * *
14345 AAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAT
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCAT
* * *** * *
14410 GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTGAGTTAAAAATGGAAAAAAAATTCAACTTA
66 GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACCTA
* * **
14475 AAATCAAATATGAGATTATAAAACAATCAAAAGTGAGTAAT
130 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
* * ** *
14516 ACGACTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTAACCAATGAATGTGTTTTCCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTT-ACCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
* * * * *
14581 TGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGT-TAGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTGAA-C
65 TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACC
*
14644 TCAAAATCAATTTTGAGATTAT
128 T-AAAATCAATTATGAGATTAT
14666 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1130, Mismatches: 186, Indels: 58
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 55 0.05
170 288 0.25
171 555 0.49
172 232 0.21
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCAT
GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
Found at i:14113 original size:511 final size:506
Alignment explanation
Indices: 13150--14665 Score: 1813
Period size: 511 Copynumber: 3.0 Consensus size: 506
13140 NNNNNNNNNN
* * ***
13150 AAGGCTTTTGAAGGAAT-AAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGTATTTTGCTTC
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATACCTTTT-CTTC
*
13214 ACGTTT-TCAAGGCAGACATTCAATTATAAACTGTTCTAA-CAAAAA-GTATAAAAAAGTTCAAC
63 ACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAACTGTTCTAACCAAAAATGTA-AAAAAA-TTCAAC
* *
13276 CTAAAA-ATAATTATGAGATTATAAAACAATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAAAATGAG
126 CTAAAATA-AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGAATGAG
* *
13340 TGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATTAAT-GCATTTTTCTTCATGTTTA-TCGAGGTAGACA
189 TGACTATAAATAGACTTTT-TTACCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATG-TTACTCAAGGTAGACA
** * * *
13403 TTCAATTATAGTCAGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTGAACTCAAAATCAATTTTGAGATT
251 TTCAATTATAGTCTTTTTTAA-C--AAATATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * **
13468 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATGGGTGACTATAAACGGACTTTTGT
313 ATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT-T
*
13533 TACCAATGAATGTCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
377 TACCAATGAATGTCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACA
13598 AAAAATGTAAAAAAATTGAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAA
442 AAAAATGTAAAAAAATTGAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAA
13662 T
506 T
*
13663 AAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTAGCAATGAATACCTCTTTCCTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCAATGAATACCT-TTTCTTCA
* * * * *
13728 TGTTTCTCAAGGTGGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCGA-CTA
64 CGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAACTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTA
* * * ** * *
13792 AAACTAAATTCTGCGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGG-TTTTGAAGACTTGAGTGA
129 AAA-TAAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGA-ATGAGTGA
* ** * * * * *
13856 CTATAAATAGACTTTTTGTAACAATGGTTGGCTTTTGCTTCAAGTTACTAAAGGAAAACATTCAA
192 CTATAAATAGACTTTTT-TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTACTCAAGGTAGACATTCAA
* *
13921 TTATAGCCTTTTTTCAACAAATATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
256 TTATAGTCTTTTTT-AACAAATATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
* * * *
13986 TATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTACAAATAGACTTTTCTAGCTAAT
320 AATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTA-CCAAT
** * **
14051 GAATACCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTCGAACAAAAAATG
384 GAATGTCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATG
** *
14116 TAGCAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT-ATAATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
449 TAAAAAAATTGAACCTAAAATCAATTATGA-AATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
** * * *
14174 AAGAATTTTGAAGGAGTAGG-TGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCTTT
1 AAGGCTTTTGAAGGAAT-GGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGAATACC-TTTTCTTC
* *
14238 ACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAACTGTTCTAACTAATAATGTAAAAAAATTCAACCT
63 ACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAACTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCT
* * *
14303 AAAATAAATTATGAGATTCTAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGA
128 AAAATAAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAA-GAATGAGTGA
* * * *
14368 CTATAAATGGACTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
192 CTATAAATAGACTTTTTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTACTCAAGGTAGACATTCAAT
* * * *
14433 TATAATCTATTTGAGTTAA-AAAT-GGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAA
257 TATAGTCT-TTT---TTAACAAATATG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
** * * *
14496 AACAATCAAAAGTGAGTAATACGACTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTAACC
317 AACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTT-ACC
* * * * * *
14561 AATGAATGTGTTTTCCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGT-TAGTTTTAACCAAA
381 AATGAATGTCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTA-TTTTAACAAAA
* * *
14625 AATATAAAAAAAATTGAA-CTCAAAATCAATTTTGAGATTAT
445 AATGT-AAAAAAATTGAACCT-AAAATCAATTATGAAATTAT
14666 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 851, Mismatches: 120, Indels: 63
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 5 0.01
511 391 0.46
512 52 0.06
513 280 0.33
514 104 0.12
515 16 0.02
516 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (506 bp):
AAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATGAATACCTTTTCTTCACG
TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAACTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAA
ATAAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAATGAGTGACTAT
AAATAGACTTTTTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTACTCAAGGTAGACATTCAATTATA
GTCTTTTTTAACAAATATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTA
AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTACCAATGAATGTC
TTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
ATTGAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
Found at i:14465 original size:682 final size:684
Alignment explanation
Indices: 13154--14665 Score: 1774
Period size: 682 Copynumber: 2.2 Consensus size: 684
13144 NNNNNNAAGG
* ** * * *
13154 CTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-GTCAATGAATGTATTTTGCTTCACGT
1 CTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TTAACCAATGAATGTGTTTTCCTTCAAGT
* * * * ** * *
13218 T-TTCAAGGCAGACATTCAATTATAAACTGTTCTAA-CAAAA-AGTATAAAAAAGTTCAACCTAA
65 TACTAAAGGAAAACATTCAATTAT-AGTTATTTTAACCAAAATA-TATAAAAAA-TTCAA-CTAA
*
13280 AAAT-AATTATGAGATTATAAAACAATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAAAATGAGTGAC
126 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAAAATGAGTGAC
* * * * *
13344 TATAAATAGACTTTTCTTACCAATTAATGCATTTTTCTTCATGTTTATCGAGGTAGACATTCAAT
191 TACAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATACATTTTTCTTCATGTTTACCAAGGTAGACATTCAAT
* ** * *
13409 TATAGTCAGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTGAACTCAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
256 TATAATCAGTTCGAACAAAAAATATAAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
** * * * *
13474 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATGGGTGACTATAAACGGACTTTTGTTACCAA
321 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGAATTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAACGAACTTTTCTTACCAA
** * * *
13539 TGAATGTCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAT
386 TGAATACCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAACTGTTCTAACAAAAAAT
* * * *
13604 GTAAAAAAATTGAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
451 GTAAAAAAATTCAACCTAAAATAAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCT
*
13669 TTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTAGCAATGAATACCTCTTTCCTCATGTTTC
516 TTTAAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTAGCAATGAATACCTCTTTCCTCATGTTTC
* * * * *
13734 TCAAGGTGGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCGAC-TAAAA-CT
581 TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTGAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATC-
* * * **
13797 AAATTCTGCGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAG-
645 AAA-TATGAGATTATAAAACAATCAAAAGCAAGTAATAAGA
* * ** *
13837 GTTTTGAA-GACTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTGTAA-CAATGGTTG-GCTTTTGCTTCAA
1 CTTTTGAAGGA-ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTT-TAACCAATGAATGTG-TTTTCCTTCAA
* *
13899 GTTACTAAAGGAAAACATTCAATTATAGCCTT-TTTTCAA-C-AAATATGTAAAAAATTCAACTT
63 GTTACTAAAGGAAAACATTCAATTATAG--TTATTTT-AACCAAAATATATAAAAAATTCAACTA
* * * ** *
13961 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
125 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAAAATGAGTGA
* * * *
14026 CTACAAATAGACTTTTC-TAGCTAATGAATACCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGTAGACATTCA
190 CTACAAATAGACTTTTCTTA-CCAATGAATACATTTTTCTTCATGTTTACCAAGGTAGACATTCA
* **
14090 ATTATAATCTA-TTCGAACAAAAAATGT-AGCAAAATTCAAC-CTAAAATCAATTATAT-A-ATT
254 ATTATAATC-AGTTCGAACAAAAAATATAAAAAAAATTCAACTC-AAAATCAATT-T-TGAGATT
* * *
14150 ATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGAATTTTGAAGGAGTAGGTGACTATAAATGAACTTTTCT
315 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGAATTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAACGAACTTTTCT
* * *
14215 TGCTAATGAATACCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAACTGTTCTAACT
380 TACCAATGAATACCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAACTGTTCTAACA
* * *
14280 AATAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATAAATTATGAGATTCTAAAACCATTTAAAATGAGTAAT
445 AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATAAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAAT
* * *
14345 AAGGCTTTTAAAGGAAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTT-TT-GCCAATGAATGCCTTTTTCTT
510 AAGGCTTTTAAAGGAATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTAG-CAATGAATACCTCTTTCCT
***
14407 CATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTGAGTTAAAAATGGAAAAAAAATTCAAC
573 CATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTGAACCAAAAAT-GAAAAAAAATTCAAC
** *
14472 TTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACAATCAAAAGTGAGTAATACGA
637 TTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACAATCAAAAGCAAGTAATAAGA
*
14520 CTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTAACCAATGAATGTGTTTTCCTTCATGTT
1 CTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTAACCAATGAATGTGTTTTCCTTCAAGTT
* ** * * * * *
14585 TCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTTAGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTGAACTCAAAA
66 ACTAAAGGAAAACATTCAATTATAGTTA-TTTTAACC-AAAATATATAAAAAATTCAACTAAAAA
14650 TCAATTTTGAGATTAT
129 TCAATTTTGAGATTAT
14666 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 700, Mismatches: 100, Indels: 56
0.82 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
680 1 0.00
681 66 0.09
682 287 0.41
683 265 0.38
684 38 0.05
685 43 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (684 bp):
CTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTAACCAATGAATGTGTTTTCCTTCAAGTT
ACTAAAGGAAAACATTCAATTATAGTTATTTTAACCAAAATATATAAAAAATTCAACTAAAAATC
AATTTTGAGATTATAAAACAATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAAAATGAGTGACTACAA
ATAGACTTTTCTTACCAATGAATACATTTTTCTTCATGTTTACCAAGGTAGACATTCAATTATAA
TCAGTTCGAACAAAAAATATAAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATT
TAAAGTGAGTAATAAGAATTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAACGAACTTTTCTTACCAATGAAT
ACCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAACTGTTCTAACAAAAAATGTAAA
AAAATTCAACCTAAAATAAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTAA
AGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTAGCAATGAATACCTCTTTCCTCATGTTTCTCAAG
GTAGACATTCAATTATAATCTATTTGAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATAT
GAGATTATAAAACAATCAAAAGCAAGTAATAAGA
Found at i:15184 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15003--15477 Score: 494
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 170
14993 ATTTGAATGC
* * *
15003 TTTTGCATTTTTGATTGAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGG
1 TTTTACATTTTTGATTGAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGG
* *
15068 CATTCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTTAAAAGACTTATTACTCTCTTT
66 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAG-CTTATTACTCACTTT
* **********
15132 AAATAGTTTTATAACCTCAAAATTAATTTNNNNNNNNNNTT
130 AAACAGTTTTATAACCTCAAAATTAATTTAAGTTCAATTTT
* *
15173 TTTTACATTTTT-ATTTAGAAA-A-ATTTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTAGAAAA
1 TTTTACATTTTTGA-TT-GAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAA
* * * * *
15235 AGACATTCATTAGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACACAC
63 AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAG-CTTATTACTCAC
* * * *
15300 TTTCAACGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTAAGTTCAATTTT
127 TTTAAACAGTTTTATAACCTCAAAATTAATTTAAGTTCAATTTT
* * * * * *
15344 TTTTACATTCTTGGTTAAAACCGATTATAATTAAATGTCTACATCGAGAAACATGAAGAGAAAA-
1 TTTTACATTTTTGATTGAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGA-AAAAG
* * * * *
15408 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTTTCA-TCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACT
65 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCCATTCTTTTAAAAGC-TTATTACTCACT
15472 TTAAAC
128 TTAAAC
15478 GGTTNNNNNN
Statistics
Matches: 248, Mismatches: 47, Indels: 19
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 66 0.27
171 174 0.70
172 6 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTTTACATTTTTGATTGAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGG
CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCTTATTACTCACTTTA
AACAGTTTTATAACCTCAAAATTAATTTAAGTTCAATTTT
Found at i:16404 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 16113--17147 Score: 805
Period size: 171 Copynumber: 6.1 Consensus size: 171
16103 NNNNNNNNNN
* * * * * *
16113 AAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTAATTTTAAGTGGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * ** *
16178 ATATTTTTAATTAAAACAA-TTTATAATTGAATGT-TTACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAAGACA
66 ACATTTTTAGTTAAAA-AAGATTATAATTGAATGTCTT-CCTTGA-AAAAATGAAGAAAAAGGCA
* * *
16241 TTCATTGATG-AGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATTCTTTTA
128 TTCATTGATGCAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* *
16284 AAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCTCAAATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * *
16349 TCATTTTTGGCTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGAAAAAAGTGAAGAAAAAGGCATT
66 ACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGAAAAAA-TGAAGAAAAAGGCATT
* * *
16414 CATT--TGCA-AGAAAGACCATTTATAGTCATCTATTCCTTCA
130 CATTGATGCAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * *
16454 AAAGCCTCATTACTCATTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTT-ATTTTAAGTTGATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * * *
16518 TACATTGTTAGATAGAACAGTTTATAATTGAATGTCTACCTTGTAAAACATGAAGTGAAAAGGCT
65 TACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTG-AAAAAATGAAG-AAAAAGGCA
* * * *
16583 TTCATT-A-GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTACTCTTTCA
128 TTCATTGATGC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* ********** *
16626 AAATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAANNNNNNNNNNGATTTTAGGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
16691 ACATTTTTATTTCAAAAAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGTATT
66 ACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGAAAAA-ATGAAGAAAAAGGCATT
** * * *
16756 CATTG--GCAAGAAAAGTTTATTTTTAGGCACTCATTCCTTCA
130 CATTGATGC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
********** * * * *
16797 AAAGCCTTATTANNNNNNNNNNATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * ** * ** * * * *
16862 ACATATTTGGTTTAAAAAGGCTATAATTGAATGTTTTCCTTCGGGAACATAAAGCAAAA-GCTAA
66 ACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTTCCTT-GAAAAAATGAAGAAAAAGGC-AT
* * * * **
16926 CCATTG--GCACGAAAAATCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCA
129 TCATTGATGCA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * *
16968 AAA-CCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTAATAATATCAGAATTT-ATTTTTATTTGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
** *
17031 TACATTTTT-GATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCCACCTT-AAGAAAGATGAGGAAAAAGGC
65 TACATTTTTAG-TTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGAA-AAA-ATGAAGAAAAAGGC
* *
17094 ATTCA-TCA-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
127 ATTCATTGATG-CAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
17138 AAAGCCTTAT
1 AAAGCCTTAT
17148 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 669, Mismatches: 170, Indels: 50
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 235 0.35
171 307 0.46
172 119 0.18
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
ACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGAAAAAATGAAGAAAAAGGCATTC
ATTGATGCAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
Found at i:16746 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 16121--17144 Score: 872
Period size: 341 Copynumber: 3.0 Consensus size: 341
16111 NNAAAGACTT
* * *
16121 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTAATTTTAAGTGGAATTTTTTTATATTTTT
1 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTAGAACCTCAAAATTAATTTTAAGTGGAATTTTTTTACATTGTT
* *
16186 AATTAAAACAATTTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGATG
66 AATTAAAACAATTTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGA-G
* * * * *
16251 AGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTAT
130 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * *
16316 AATCTCAAATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGCTCAAACAGATTATAATTGAAT
195 AATCTCAAATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTCAAAAAGATTATAATTGAAT
* * *
16381 GTCTTCCTTGAAAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTTGCAAG-AAAGACCATTTATAGTCA-TC
260 GTCTGCCTTGAAAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGGCACTC
16444 TATTCCTTCAAAAGCCTC
325 -ATTCCTTCAAAAGCCTC
* * * * * * *
16462 ATTACTCATTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTGTT
1 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTAGAACCTCAAAATTAATTTTAAGTGGAATTTTTTTACATTGTT
* * * * * *
16527 AGA-TAGAACAGTTTATAATTGAATGTCTACCTTGTA-AAACATGAAGTGAAAAGGCTTTCATT-
66 A-ATTAAAACAATTTATAATTGAATGTCTACCTCG-AGAAACATGAAG-AAAAAGACATTCATTG
* * *
16589 AGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTACTCTTTCAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
128 AG--AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
********** * **
16654 TTATAANNNNNNNNNNGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTTCAAAAAGATTATAATT
191 TTATAATCTCAAATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTCAAAAAGATTATAATT
* *** *
16719 GAATGTCTGCCTTGAAAAACA-TGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTTTAGG
256 GAATGTCTGCCTTGAAAAA-AGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGG
*
16783 CACTCATTCCTTCAAAAGCCTT
320 CACTCATTCCTTCAAAAGCCTC
********** * * * * **
16805 ATTANNNNNNNNNNATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTACATAT-T
1 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTAGAACCTCAAAATTAATTTTAAGTGGAATTTTTTTACAT-TGT
** *** * * * * * **
16869 TGGTTTAAAA-AGGCTATAATTGAATGTTTTCCTTCG-GGAACATAAAGCAAAAG-CTAACCATT
65 T-AATTAAAACAATTTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAGAC-ATTCATT
* * * ** * *
16931 G-GCACGAAAAATCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAA-CCTTATTACTTACTTTAAATGGT
127 GAG-A-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * * * *
16994 TTAATAATATCAGAATTT-ATTTTTATTTGAATTTTTTTACATTTTT-GATTAAAAAAGATTATA
190 TTTATAATCTCA-AATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-CTCAAAAAGATTATA
** * * ** * *
17057 ATTGAATGTCCACCTT-AAGAAAGATGAGGAAAAAGGCATTCATCAGTAAGAAAAGTCCATTTAT
253 ATTGAATGTCTGCCTTGAAAAAAG-TGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTAT
* *
17121 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
317 AGGCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
17145 TATNNNNNNN
Statistics
Matches: 542, Mismatches: 121, Indels: 40
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 5 0.01
341 230 0.42
342 195 0.36
343 102 0.19
344 9 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
ATTACTCACTTTAAATAGTTTTAGAACCTCAAAATTAATTTTAAGTGGAATTTTTTTACATTGTT
AATTAAAACAATTTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAGA
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCAAATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTCAAAAAGATTATAATTGAATG
TCTGCCTTGAAAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGGCACTCA
TTCCTTCAAAAGCCTC
Found at i:16746 original size:513 final size:502
Alignment explanation
Indices: 16158--17147 Score: 999
Period size: 513 Copynumber: 2.0 Consensus size: 502
16148 CTCAAAATTA
* * *
16158 ATTTTAAGTGGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAATTTATAATTGAATGTTTACCTCGAGA
1 ATTTTAAGTGGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAATTTATAATTGAATGTCTACCTCGAAA
* ** * * * *
16223 AACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGATGAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAG
66 AACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGGCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * *
16288 CCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCTCAAATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCAT
131 CCTTATTACTCGCTTTCAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTACAT
* * * * **
16353 TTTTGGCTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTT-GAAAAAAGTGAAGAAAAAGGC-ATTCA
196 ATTTGGCTCAAAAAGACTATAATTGAATGTCTTCCTTCGAAAAAA-TAAAGAAAAA-GCTAACCA
* * ** *
16416 TTTGCAAGAAAGA-CCATTTATAGTCA-TCTATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCATTTTAAATG
259 TTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCAAAA-CCTCATTACTCACTTTAAATG
* * * * * * *
16479 GTTTTAGAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTGTTAGA-TAGAACAGTTTAT
322 GTTTAAGAATATCAGAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTAGATTAAAAAAGATTAT
* * * * *
16543 AATTGAATGTCTACCTTGTA-AAACATGAAGTG-AAAAGGCTTTCATTAGCAAGAAAAGTTCATT
386 AATTGAATGTCCACCTT-AAGAAACATG-AG-GAAAAAGGCATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATT
* * *
16606 TATAGTCACCTACTCTTTCAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAANNNNNNNNNNG
448 TATAGTCACCCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA----------G
* * * * *
16671 ATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTTCAAAA-AGA-TTATAATTGAATGTCTGCCTTGA
1 ATTTTAAGTGGAATTTTTTTACATTTTTAATT-AAAACA-ATTTATAATTGAATGTCTACCTCGA
** * ** * *
16734 AAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTTTAGGCACTCATTCCTTCAAA
64 AAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGGCACCCATTCCTTCAAA
**********
16799 AGCCTTATTANNNNNNNNNNATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTAC
129 AGCCTTATTACTCGCTTTCAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTAC
* * * * ** * *
16864 ATATTTGGTTTAAAAAGGCTATAATTGAATGTTTTCCTTCGGGAACATAAAGCAAAAGCTAACCA
194 ATATTTGGCTCAAAAAGACTATAATTGAATGTCTTCCTTCGAAAAAATAAAGAAAAAGCTAACCA
* * * *
16929 TTGGCACGAAAAATCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAACCTTATTACTTACTTTAAATGGT
259 TTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAACCTCATTACTCACTTTAAATGGT
* * * *
16994 TTAATAATATCAGAATTTATTTTTATTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAAAGATTATAAT
324 TTAAGAATATCAGAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAGATTAAAAAAGATTATAAT
* *
17059 TGAATGTCCACCTTAAGAAAGATGAGGAAAAAGGCATTCATCAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
389 TGAATGTCCACCTTAAGAAACATGAGGAAAAAGGCATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
*
17124 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
454 CACCCACTCCTTCAAAAGCCTTAT
17148 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 386, Mismatches: 82, Indels: 19
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 1 0.00
512 62 0.16
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514 31 0.08
515 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (502 bp):
ATTTTAAGTGGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAATTTATAATTGAATGTCTACCTCGAAA
AACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGGCACCCATTCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCGCTTTCAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTACAT
ATTTGGCTCAAAAAGACTATAATTGAATGTCTTCCTTCGAAAAAATAAAGAAAAAGCTAACCATT
GGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAACCTCATTACTCACTTTAAATGGTTT
AAGAATATCAGAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAGATTAAAAAAGATTATAATTG
AATGTCCACCTTAAGAAACATGAGGAAAAAGGCATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CCCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAG
Found at i:17511 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 17455--17511 Score: 89
Period size: 27 Copynumber: 2.1 Consensus size: 27
17445 AAAAATTCAT
*
17455 TCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAG
1 TCATTGGTAAGAAAAGTCTATTAATAG
17482 TCATTGGTAAGAAAAGTCTATTGAAT-G
1 TCATTGGTAAGAAAAGTCTATT-AATAG
17509 TCA
1 TCA
17512 ATTTTGTTAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 2
0.90 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
27 26 0.93
28 2 0.07
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.19, T:0.35
Consensus pattern (27 bp):
TCATTGGTAAGAAAAGTCTATTAATAG
Found at i:20552 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 20201--20582 Score: 471
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
20191 NNNNNNNNNN
*
20201 AAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTCAAATTTCTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTCAAATTTCTTT
* *
20266 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTAAATTGAATGTCAACCTTTAGAAACATGAACAAAAAGGCATTC
66 ACATTTTTGATTAAAACAGACTAAATTGAATGTCAACCTTTAGAAACATGAACAAAAAGGAATTC
* * *
20331 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCC
131 ATGGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCA
* ** * * * * * **
20371 AAATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTGTATAATCTGATAATTGGTTTGAGGTTGAATTT-TCT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTCAAATTTCT-T
* * * ** * * *
20435 TACATTTTTTATTAGAACAGATTAGAATTGAATGTCTGCC-TTAGGAAACGTGAAGATAAAGGAA
65 TACATTTTTGATTAAAACAGACTA-AATTGAATGTCAACCTTTA-GAAACATGAACAAAAAGGAA
* * *
20499 TTCATGGGCAAAAAAAGTCCGTTTATAGTTACTCATTCCTTCA
128 TTCATGGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCA
*
20542 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATA
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
20583 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 33, Indels: 5
0.82 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
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171 101 0.57
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTCAAATTTCTTT
ACATTTTTGATTAAAACAGACTAAATTGAATGTCAACCTTTAGAAACATGAACAAAAAGGAATTC
ATGGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCA
Found at i:21071 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 20749--21590 Score: 681
Period size: 172 Copynumber: 4.9 Consensus size: 170
20739 NNNTAAATGG
* * *
20749 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATATTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGACTATC
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATA
* * * * * *
20813 ATTGAATGTCGACCTTGGGAAACTTGTAGAAAAAGTG-ATTCACTTG-GAAGAAAAGTCTATTTA
64 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-GCATTCACTTGACAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
20876 TTGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTGAAACAT
128 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTT-AAACAT
* * *
20920 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGGTTAAAACAGATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATA
* * * * *
20985 ATTGAATGTCTACCTTGTGAAATATCAAGAAAAAGGCATTTA-TTGACAAGAAAGGTCCATTTAT
64 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCACTTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * *
21049 AGTCACCCATTCTTTGAAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAC-T
129 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTAAACAT
* * * * * *
21090 GGCTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTAGATTTTTTA-TTAAAATAAACTAT
1 --TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTAT
* * * * ** *
21154 AATTGAATGCCTATCTTGAGAAACGTGTAGAAAAACCCATTCATTTGA-AAGAATAA-TCCATTT
63 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCACTTGACAAGAA-AAGTCCATTT
*
21217 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC---TTACTCGCTTTAA-AT
127 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTAAACAT
* * * * *
21257 GATTTTGTAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTGAATTACTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAAACTA
1 --TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT--TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTA
** * * * * * *
21322 TAATTGAATAACTACCTTGAGAAACATTAGGAAAAATGAATTCA-TTGGCAAGAAAAGTTCATTT
62 TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCACTTGACAAGAAAAGTCCATTT
* * **********
21386 AT-GTTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNG
127 ATAG-TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTC-GCTTAAACAT
* * * * *
21431 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTTAATTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAA-ATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATA
* * * * * * * * * *
21496 ATTGAATGTCTACCTCGAGAGACGTAAAGACAAATGTATTCA-TT-AGTAAGAAAACTCTATTTA
64 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCACTTGA-CAAGAAAAGTCCATTTA
* *
21559 TAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
128 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACT
21591 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 543, Mismatches: 103, Indels: 49
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 43 0.08
168 12 0.02
169 84 0.15
170 85 0.16
171 56 0.10
172 257 0.47
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174 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAAT
TGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCACTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTAAACAT
Found at i:21443 original size:339 final size:341
Alignment explanation
Indices: 20750--21419 Score: 814
Period size: 339 Copynumber: 2.0 Consensus size: 341
20740 NNTAAATGGT
* * * * *
20750 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATATTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATCAT
1 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTAAATATGTTTAGATTTTTTATTAAAACAAACTATAAT
* * * *** * * *
20815 TGAATGTCGACCTTGGGAAACTTGTAGAAAAAGTGATTCACTTGGAAGAAAAGTCTATTTATTGT
66 TGAATGCCGACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAACCCATTCACTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
20880 CTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTGAAACATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
131 CACCCATTCCTTCAAAAGCC-T-TTACTCGCTTGAAACATTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTA
* * * * ** * *
20945 AGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGTGAAATAT
194 AGTTGAATGTTTTTAAATTTTTGAGTTAAAACAAACTATAATTGAATAACTACCTTGAGAAACAT
* * * * * *
21010 CAAGAAAAAGGCATTTATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTGAAAAGCCTTG
259 CAAGAAAAAGGAATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
*
21075 TTACTTGCTTTAACTGGC
324 TTACTCGCTTTAACTGGC
* *
21093 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAAT-TGTTTAGATTTTTTATTAAAATAAACTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTAAATATGTTTAGATTTTTTATTAAAACAAACTATAAT
* * *
21157 TGAATGCCTATCTTGAGAAACGTGTAGAAAAACCCATTCATTTGAAAGAATAA-TCCATTTATAG
66 TGAATGCCGACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAACCCATTCACTTGAAAGAA-AAGTCCATTTATAG
* * *
21221 TCACCCATTCCTTCAAAAGCC-TTACTCGCTTTAAATGA-TTTTGTAATCTCAGAATTGATTTTA
130 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTTACTCGCTTGAAA-CATTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTA
21284 AGTTGAAT-TACTTTTAAATTTTT-AGTTAAAACAAACTATAATTGAATAACTACCTTGAGAAAC
194 AGTTGAATGT--TTTTAAATTTTTGAGTTAAAACAAACTATAATTGAATAACTACCTTGAGAAAC
* * * * * *
21347 ATTAGGAAAAATGAATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTAT-GTTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
257 ATCAAGAAAAAGGAATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATTCCTTCAAAAGCC
21411 TTATTACTC
321 TTATTACTC
21420 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 276, Mismatches: 46, Indels: 14
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.01
339 135 0.49
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343 32 0.12
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTAAATATGTTTAGATTTTTTATTAAAACAAACTATAAT
TGAATGCCGACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAACCCATTCACTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTTACTCGCTTGAAACATTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAG
TTGAATGTTTTTAAATTTTTGAGTTAAAACAAACTATAATTGAATAACTACCTTGAGAAACATCA
AGAAAAAGGAATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
ACTCGCTTTAACTGGC
Done.