Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403194.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_863.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7451
ACGTcount: A:0.24, C:0.08, G:0.10, T:0.24
Warning! 2564 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:390 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11--1144 Score: 1058
Period size: 170 Copynumber: 6.6 Consensus size: 170
1 AAAAATGTAA
* * * *
11 AAAAAATT-AACTTAAAACCAATTATGACATTA-AAAAGCAATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTATAAAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * *
74 TGAAGGAATGTGTCACTATAAATGG-GTTTTTTTGCCAATGTATGTCTTTTTCTTCACGTTTCCT
65 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTT
* * * *
138 GAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TCAAAATGTAC
130 GAAGTAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAACT-AAAA-ATAC
* * * * * *
180 AAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAG-ATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GCATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * *
244 TGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTT
65 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTT
* * *
309 GAAGTAGACATCCAATTATAGTCCGTTTAAACTAAAAATAC
130 GAAGTAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAATAC
* **
350 AAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGGCATTATAAAACCACATAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 AA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TT
* * *
415 TTGAAGGTATGGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTC-
64 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCT
* * * ** *
479 TCAATGTAGACATTCAATT-CAGT-TTTTTTAACCAAAAATGTAC
129 TGAA-GTAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAA--TAC
* * * * * * * *
522 CAAGAATTCAAATTTAAATGAATTGTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GCATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** * *
586 TGAAGGAATCAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTT
65 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTT
* * ** *
651 GAGGTTGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATAT
130 GAAGTAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAATAC
*
692 AAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* *
757 GAAGGTAA-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATAAATAG-CTTTTTCATT-ACGTTTC
66 GAAGG-AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTTC-TTCACGTTTC
** * * * **
819 TTGGGGTAGACATTCAATAATAGTCCGTTTTAACCAAAAATGT
128 TTGAAGTAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAATAC
* * * * *
862 AAAAACAATCAACTTAAAATCAATTATGGCATTAAAAAACAATTTAGAGCGAGTAATGAGGCTTT
1 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * * *
927 TGAAGGGATGGGTGACTATAAATGAATTTTTCCTGTCAATGTATACCTTTTTCTTCATGTTTCCT
65 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTT
* *
992 -AAGGTTGACA-TCTAATTATAAT-CTTCTTTAA-TAAAAAATGTAC
130 GAA-GTAGACATTC-AATTATAATCCGT-TTTAACT-AAAAA--TAC
* ********** * ** * * * *
1035 AAAGAATTCAANNNNNNNNNNATTTTGAAATTATAAAACCTTTTAAAGTGGGTAAAAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
*
1100 GAAGGAATGGTTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC
66 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC
1145 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 781, Mismatches: 155, Indels: 55
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.01
170 304 0.39
171 298 0.38
172 166 0.21
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTG
AAGTAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAATAC
Found at i:2287 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2106--2673 Score: 491
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 170
2096 NNAAGGTATA
* * *
2106 GGTGACTATAAATGGTCTTTTCTTGCAAATGAATACCTTTTTCATTACATTTCTTGTGGTAGACA
1 GGTGACTATAAATGGTCTTTTCTTGCAAATGAATACCTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTAGACA
* * *
2171 TTCAATAATAGTCCATTTTAACTAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTA
66 TTCAATTATAGTCCGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTA
** * *
2236 AAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAAT
131 AAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAAT
* * ** * * * *
2276 GTGTCACTATAAATGGAT-TTTTC-T-CATCAATGTATGTCTTTTTCTTTATGTTTCCTAAGGTT
1 G-GTGACTATAAATGG-TCTTTTCTTGCA--AATGAATACCTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTA
* * * * * * *
2338 GAGATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTTAAATCT-AAATCAATT-TG
62 GACATTCAATTATAGTCCGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATG
* * * **********
2401 GATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAANNNNNNNNNNGAAGGAAT
125 G-CATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAAT
* * * *
2448 GGATGACTATAAATGAG-CTTTGCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTGCGTTTCTTGAGGTAGA
1 GG-TGACTATAAATG-GTCTTTTCTTGCAAATGAATACCTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTAGA
* * * * *
2512 CATCCAATTATAGTCCGTTTAAACTAAAAATATAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGGCAT
64 CATTCAATTATAGTCCGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCAT
* * *
2577 TACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTCGAAGGTAT
129 TAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAAT
* * * * * * *
2619 GGGTGTCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCT
1 -GGTGACTATAAATGGTCTTTTCTTGCAAATGAATACCTTTTTCTTTACGTTTCT
2674 CAAGANNNNN
Statistics
Matches: 302, Mismatches: 80, Indels: 31
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 4 0.01
171 166 0.55
172 126 0.42
173 3 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
GGTGACTATAAATGGTCTTTTCTTGCAAATGAATACCTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTAGACA
TTCAATTATAGTCCGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTA
AAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAAT
Found at i:3177 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2831--4686 Score: 1667
Period size: 172 Copynumber: 10.8 Consensus size: 171
2821 NNNNNNNNNN
* * * *
2831 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTTTCACGTTTCTCAA-GTTAGAAATTCAATTATAATAT
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTTA-ACATTCAATTATAATCT
** * ** * * *
2895 GTTTTATTCAAAAATGTAAAAAAATTTGAACTTAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAA
65 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * *
2960 GTGTGTAATAAAGCTTTTGAAGCAATGGGTGACTATTAATGG
130 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * *
3002 ACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTCCTTCACCTTTCTTAAGGTTAACATTCAGTTATAATCTT
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTTAACATTCAATTATAATCTG
** ** * * *
3067 TTTTAATAAAAAATGTACAAAGAATTTTAATTTCAATCACTTTTGAGATTACAAAACCATTTAAA
66 TTTTAACCAAAAATGTA-AAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * *
3132 GTGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTGTAAATGG
130 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * *
3174 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCT-AGATTGACATTCAATTATAGTCT
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCT-TAAGGTTAACATTCAATTATAATCT
* * * * **
3238 GTTTTAACCAATAATGTAAAA-AACTTCAACTTAAAATCAATTATG-GTATTATAAAATTATTTA
65 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAGAA-TTCAAATTTAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTA
** * * *
3301 AAAAGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATAGATGACTATAAATGG
128 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * * * *
3345 A-TATTTCTTGCCAAT-ATATGCCTTTTTTTTAATGCTTCCTGAGGATGACATTCAATTATAA-C
1 ACT-TTTCTTGCCAATGA-ATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTTAACATTCAATTATAATC
* * * **
3407 ATGTTTTAACTAAATACT-TACAAACAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTGTT
64 -TGTTTTAACCAAA-AATGTA-AAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATT
* * *
3471 TAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGCGTGACTATAAATGA
126 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * *
3517 ACGTTTCTTGCCAAGGAATGCCTTTTTCGTT-ACGTTTCTCAAGG-TAGACA-TAAATTCTAGTC
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC-TTCACGTTTCTTAAGGTTA-ACATTCAATTATAATC
* * * ** *
3579 TGTTTTAA-TAAAAACTGT-AAA-AATTCTAACTTTAAATTAATAATG-GCATTATAAAACCATG
64 TGTTTTAACCAAAAA-TGTAAAAGAATTC-AAATTTAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATT
* * * * *
3640 TAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTTGAAGGTATGGATCACTATAAATGG
126 TAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
*** * * * * * * *
3687 ACTTTTCTTGCCAATGAATTTTTTTTTCTTTATGTTTATCAAAG-TAGACATTCAATT-CAGT-T
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTTA-ACATTCAATTATAATCT
* * *
3749 TTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATGAATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAA
65 GTTTTAACCAAAAATGTA-AAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
* * *
3814 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGGGTGGCTATAATTGG
129 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * *
3857 ACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTTACATTCAATT-TAGTTTG
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTTAACATTCAATTATAATCTG
* *
3921 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAGAAATCAAATTTAAATCAATTTTGTGATTATAAAACCATTTAAA
66 TTTTAACCAAAAATGT-AAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * *
3986 GTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAATTAG
130 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* ** ** * * *
4028 ACTTTTATTGTGAATGAATGCCTTTTTCTAAACATTTCTCT-A-GCTAGACATTCAATTATAATA
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCT-TAAGGTTA-ACATTCAATTATAATC
* * * * * *
4091 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTGAACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACCATTTA
64 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAGAA-TTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
* * *
4156 AAGTGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATTAATGG
128 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * *
4200 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTTAATTATAATCTT
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTTAACATTCAATTATAATCTG
* *
4265 TTTTAACCAAAAATGGACAAAGAATTCAAATTTCAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
66 TTTTAACCAAAAATGTA-AAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
4330 ATGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGTACGGGTGGCTATAAATGG
130 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * * * *
4372 ACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTCTTTCTT--TGTTTCTCAAGATTAACATTTAATTCTAGTCTG
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTTAACATTCAATTATAATCTG
* * * * * *
4435 TTTTAACTAAAAATGTAAAA-AACTTCAACTTAAAATCAATTATG-GTAATATAAAACTATTTAA
66 TTTTAACCAAAAATGTAAAAGAA-TTCAAATTTAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAA
** * * **********
4498 ACCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGNNNNNNNNNNG
129 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * *
4541 ATTTTTCTTGCCAATGTATACCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTTGACA-TCTAATTATAATCT
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTTAACATTC-AATTATAATCT
** ** * * * *
4605 GCATTAATAAAAAATGTACAAAGAATTCAAATGTAAATCAATTTTAAAATTATAAAACCTTTTAA
65 GTTTTAACCAAAAATGTA-AAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
* *
4670 AGTCAGTAAAAAGGCTT
129 AGTGAGTAATAAGGCTT
4687 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1363, Mismatches: 274, Indels: 95
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 9 0.01
169 143 0.10
170 194 0.14
171 443 0.33
172 558 0.41
173 16 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTTAACATTCAATTATAATCTG
TTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
Found at i:3457 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 2831--4686 Score: 1585
Period size: 343 Copynumber: 5.4 Consensus size: 340
2821 NNNNNNNNNN
* * * *
2831 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT-TTTCACGTTTCTC-AAGTTAGAAATTCAATTATAATA
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTT-ACGTTTCTCTAGGTT-GACATTCAATTATAGTC
** * *
2894 TGTTTTATTCAAAAATGTAAAAAAATTTGAAC-TTAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTA
64 TGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAA-TTCAACTTTAAATCAATTATG-GATTATAAAACCATTTA
* * * * * * *
2958 AAGTGTGTAATAAAGCTTTTGAAGCAATGGGTGACTATTAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGA
126 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC
* * * * * * * * **
3023 CTTTTCCTTCA-CCTTTCTTAAGGTTAACATTCAGTTATAATC-TTTTTTAATAAAAAATGTACA
191 CTTTTTCTTAATGC-TTCCTAAGGATGACATTCAATTATAA-CATGTTTTAACCAAAAATGTACA
** * * * *
3086 AAGAATTTTAATTTCAATCACTTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTTG
254 AAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
*
3151 AAGGAATGAGTGACTGTAAATGG
319 AAGGAATG-GTGACTATAAATGG
* *
3174 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCTAGATTGACATTCAATTATAGTCTG
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCTAGGTTGACATTCAATTATAGTCTG
* * ** *
3239 TTTTAACCAATAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGGTATTATAAAATTATTTAAAA
66 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTTAAATCAATTATGG-ATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
3304 AGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATAGATGACTATAAATGGA-TATTTCTTGCCAAT-ATATGCC
129 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGA-ATGCC
* * * *
3367 TTTTTTTTAATGCTTCCTGAGGATGACATTCAATTATAACATGTTTTAACTAAATACT-TACAAA
192 TTTTTCTTAATGCTTCCTAAGGATGACATTCAATTATAACATGTTTTAACCAAA-AATGTACAAA
* ** *
3431 CAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTGTTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTTGAA
256 GAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
*
3496 GGAATGCGTGACTATAAATGA
321 GGAATG-GTGACTATAAATGG
* * * * * * *
3517 ACGTTTCTTGCCAAGGAATGCCTTTTTCGTTACGTTTCTCAAGGTAGACA-TAAATTCTAGTCTG
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCTAGGTTGACATTCAATTATAGTCTG
* * * *
3581 TTTTAA-TAAAAACTGT-AAAAATTCTAACTTTAAATTAATAATGGCATTATAAAACCATGTAAA
66 TTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAATTC-AACTTTAAATCAATTATGG-ATTATAAAACCATTTAAA
* * * * ***
3644 GCGAGTAATAAAGCTTTTTGAAGGTATGGATCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTTT
128 GTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCC
* * * * * * ** *
3709 TTTTTCTTTATGTTTATCAAAGTA-GACATTCAA-T-TCAGTTTTTTTAACCAAAAATGTACAAA
192 TTTTTCTTAATGCTT-CCTAAGGATGACATTCAATTATAACATGTTTTAACCAAAAATGTACAAA
* * *
3771 GAATTCAAATTTAAATGAATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAG
256 GAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* *
3836 GGAATGGGTGGCTATAATTGG
321 GGAAT-GGTGACTATAAATGG
* * * *
3857 ACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCT-TGAGGTTTACATTCAATT-TAGTTT
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCT-AGGTTGACATTCAATTATAGTCT
* * *
3920 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGAAATCAAATTTAAATCAATTTTGTGATTATAAAACCATTTAA
65 GTTTTAACCAAAAATGT-AAAA-AATTCAACTTTAAATCAATTATG-GATTATAAAACCATTTAA
* * * * * **
3985 AGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAATTAGACTTTTATTGTGAATGAATGCC
127 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCC
* *** * *
4050 TTTTTCTAAACATTTCTCT-A-GCTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTA-AA
192 TTTTTCTTAATGCTTC-CTAAGGAT-GACATTCAATTATAACATGTTTTAACCAAAAATGTACAA
* * * * * * *
4112 AAAATTTGAACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTTG
255 AGAA-TTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
*
4177 AAGGAATTGGTGACTATTAATGG
319 AAGGAA-TGGTGACTATAAATGG
* * * *
4200 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCCTTCACGTTTCT-TGAGGTTGACATTTAATTATAATCT
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCT-AGGTTGACATTCAATTATAGTCT
* * * * *
4264 TTTTTAACCAAAAATGGACAAAGAATTCAAATTTCAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
65 GTTTTAACCAAAAATGTA-AAA-AATTCAACTTTAAATCAATTATG-GATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * *
4329 AATGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGTACGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCC
127 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCC
* * * * * * *
4394 TCTTTCTT--TG-TTTCTCAA-GATTAACATTTAATTCTAGTC-TGTTTTAACTAAAAATGTA-A
192 TTTTTCTTAATGCTTCCT-AAGGA-TGACATTCAATTATA-ACATGTTTTAACCAAAAATGTACA
* * * * * ** *
4453 AA-AACTTCAACTTAAAATCAATTATG-GTAATATAAAACTATTTAAACCGAGTAATGAGGCTTT
254 AAGAA-TTCAAATTTAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* **********
4516 TGAAGGGATGGGTGNNNNNNNNNNG
317 TGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGG
* * * * *
4541 ATTTTTCTTGCCAATGTATACCTTTTTCTTCACGTTTC-CTGAGGTTGACA-TCTAATTATAATC
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCT-AGGTTGACATTC-AATTATAGTC
** ** * * * ** *
4604 TGCATTAATAAAAAATGTACAAAGAATTCAAATGTAAATCAATTTTAAAATTATAAAACCTTTTA
64 TGTTTTAACCAAAAATGTA-AAA-AATTCAACTTTAAATCAATTAT-GGATTATAAAACCATTTA
* *
4669 AAGTCAGTAAAAAGGCTT
126 AAGTGAGTAATAAGGCTT
4687 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1240, Mismatches: 231, Indels: 86
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 158 0.13
341 308 0.25
342 183 0.15
343 456 0.37
344 133 0.11
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCTAGGTTGACATTCAATTATAGTCTG
TTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATGGATTATAAAACCATTTAAAGTG
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
TCTTAATGCTTCCTAAGGATGACATTCAATTATAACATGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATT
CAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
GGTGACTATAAATGG
Found at i:4506 original size:855 final size:853
Alignment explanation
Indices: 2903--4526 Score: 2131
Period size: 855 Copynumber: 1.9 Consensus size: 853
2893 ATGTTTTATT
** * *
2903 CAAAAATGTAAAAAAATTTGAACTTAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGTGTAA
1 CAAAAATGTAAAAAAATTCAAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
2968 TAAAGCTTTTGAAGCAATGGGTGACTATTAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTCCTTC
66 TAAAGCTTTTGAAGCAATGGGTGACTATTAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTCCTTC
* * * * **
3033 ACCTTTCTTAAGGTTAACATTCAGTTATAATCTTTTTTAATAAAAAATGTACAAAGAATTTTAAT
131 ACCTTTCTTAAGGTTAACATTCAATTATAATCTTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAGAAATCAAAT
* * * *
3098 TTCAATCACTTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTG
196 TTAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTG
* * * ** *
3163 ACTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCTAGATTGACATTCA
261 ACTATAAATAGACTTTTATTGCCAATGAATGCCTTTTTCTAAACATTTCTCTAGATAGACATTCA
* * *
3228 ATTATAGTCTGTTTTAACCAATAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGGTATTATAAA
326 ATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGGTATTATAAA
** *
3293 ATTATTTAAAAAGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATAGATGACTATAAATGGATATTTCTTGCCA
391 ACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGATGACTATAAATGGATATTTCTTGCCA
** * *
3358 ATATATGCCTTTTTTTTAATGCTTCCTGAGGATGACATTCAATTATAACATGTTTTAACTAAATA
456 ATATATGCCTTTTCCTTAACGCTTCCTGAGGATGACATTCAATTATAACATGTTTTAACCAAATA
* * ** *
3423 CTTACAAACAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTGTTTAAAGTGAGTAAAAAGG
521 ATGACAAACAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGG
* *
3488 CTTTTGAAGGAATGCGTGACTATAAATGAACGTTTCTTGCCAAGGAATGCCTTTTTCGTTACGTT
586 CTTTTGAAGGAACGCGTGACTATAAATGAACGTTTCTTGCCAAGGAATGCCTCTTTCGTTACGTT
* *
3553 TCTCAAGGTAGACATAAATTCTAGTCTGTTTTAATAAAAACTGTAAAAATTCTAACTTTAAATTA
651 TCTCAAGGTAGACATAAATTCTAGTCTGTTTTAATAAAAACTGTAAAAATTCTAACTTAAAATCA
* * *
3618 ATAATGGCATTATAAAACCATGTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTTGAAGGTATGGATCACTATAA
716 ATAATGGCAATATAAAACCATGTAAACCGAGTAATAAAGC-TTTTGAAGGGATGGATCACTATAA
3683 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTTTTTTTTCTTTATGTTTATCAAAGTAGACATTCAATTCAGT
780 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTTTTTTTTCTTTATGTTTATCAAAGTAGACATTCAATTCAGT
3748 TTTTTTAAC
845 TTTTTTAAC
* * * * *
3757 CAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATGAATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTA
1 CAAAAATGTA-AAAAAATTCAAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * * *
3822 ATAAGGCTTTTGAGGGAATGGGTGGCTA-TAATTGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCT
65 ATAAAGCTTTTGAAGCAATGGGTGACTATTAA-TGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTCCT
* * * * *
3886 TCACGTTTCTTGAGGTTTACATTCAATT-TAGT-TTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGAAATCA
129 TCACCTTTCTTAAGGTTAACATTCAATTATAATCTT-TTTTAACAAAAAATGTAAAAAGAAATCA
* * *
3949 AATTTAAATCAATTTTGTGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGG
193 AATTTAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGA
* ** *
4014 GTGACTATAATTAGACTTTTATTGTGAATGAATGCCTTTTTCTAAACATTTCTCTAGCTAGACAT
258 GTGACTATAAATAGACTTTTATTGCCAATGAATGCCTTTTTCTAAACATTTCTCTAGATAGACAT
* *
4079 TCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTGAACTTAAAATCAATTAT-GTGATT
323 TCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGGT-ATT
** * * * *
4143 ATAAAACCATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATTAATGGACT-TTTC
386 ATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGATGACTATAAATGGA-TATTTC
* * * * * *
4207 TTGCCAATGA-ATGCCTTTTCCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTTAATTATAATC-TTTTTTA
450 TTGCCAAT-ATATGCCTTTTCCTTAACGCTTCCTGAGGATGACATTCAATTATAA-CATGTTTTA
* *
4270 ACCAAA-AATGGACAAAGAATTCAAATTTCAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAATGA
513 ACCAAATAAT-GACAAACAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAATGA
** * * * * * * *
4334 GTATTAAGGCTTTTGAAGGTACGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTCTTT
577 GTAAAAAGGCTTTTGAAGGAACGCGTGACTATAAATGAACGTTTCTTGCCAAGGAATGCCTCTTT
* * *
4399 C-TT-TGTTTCTCAAGATTA-ACATTTAATTCTAGTCTGTTTTAACTAAAAA-TGTAAAAAACTT
642 CGTTACGTTTCTCAAG-GTAGACA-TAAATTCTAGTCTGTTTTAA-TAAAAACTGT-AAAAA-TT
* * * * * *
4460 C-AACTTAAAATCAATTATGGTAATATAAAACTATTTAAACCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGGA
702 CTAACTTAAAATCAATAATGGCAATATAAAACCATGTAAACCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGGA
4524 TGG
767 TGG
4527 GTGNNNNNNN
Statistics
Matches: 657, Mismatches: 99, Indels: 28
0.84 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
853 15 0.02
854 221 0.34
855 415 0.63
856 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (853 bp):
CAAAAATGTAAAAAAATTCAAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
TAAAGCTTTTGAAGCAATGGGTGACTATTAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTCCTTC
ACCTTTCTTAAGGTTAACATTCAATTATAATCTTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAGAAATCAAAT
TTAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTG
ACTATAAATAGACTTTTATTGCCAATGAATGCCTTTTTCTAAACATTTCTCTAGATAGACATTCA
ATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGGTATTATAAA
ACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGATGACTATAAATGGATATTTCTTGCCA
ATATATGCCTTTTCCTTAACGCTTCCTGAGGATGACATTCAATTATAACATGTTTTAACCAAATA
ATGACAAACAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGG
CTTTTGAAGGAACGCGTGACTATAAATGAACGTTTCTTGCCAAGGAATGCCTCTTTCGTTACGTT
TCTCAAGGTAGACATAAATTCTAGTCTGTTTTAATAAAAACTGTAAAAATTCTAACTTAAAATCA
ATAATGGCAATATAAAACCATGTAAACCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGGATGGATCACTATAAA
TGGACTTTTCTTGCCAATGAATTTTTTTTTCTTTATGTTTATCAAAGTAGACATTCAATTCAGTT
TTTTTAAC
Done.