Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403201.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_87.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5466
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Warning! 324 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1148 original size:340 final size:334
Alignment explanation
Indices: 380--5466 Score: 2052
Period size: 340 Copynumber: 15.0 Consensus size: 334
370 NNNNNNNNNN
* * * ** * * *
380 ATAATTGATTTGAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTTTAC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTAC
* * * * * * * *
445 CTAGGGAAATGTTAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCT
65 CTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATA-TGAATGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* ********** * * *
510 TCGAANNNNNNNNNNCTCACT-TTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAG-TAAAGTT
129 TCAAAAGCCTTATTAC-C-CTATTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--T
* * * * * * *
573 TTTTTATATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATATCTACCTCAGGAAAAAGTGAAGAAAA
190 TTTTTATA--TTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTCAGG-AAACGTGAAGAAAA
** * * ** * *
637 ACATACTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTAAC-TTATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTA
252 GTAT-C-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA--ACCGCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTG
**********
701 CTTTAAATAG-TTNNNNNNNNNN
313 CTTTAAAT-GTTTTTATAATCTC
* * * * * *
723 ATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATATCTA
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTACA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTA
* * * * **********
787 CATTGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCANNNNNNNNNNAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
64 CCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATAT-GAATGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * *
852 TTCAAAAGTCTTATTACCCATATTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTAGTTGACTTT
128 TTCAAAAGCCTTATTACCC-TATTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * *
917 TTTATATATTTAGTTCAAACAGATAATAATTGATTGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGGAAAAGTA
192 TTTATAT-TTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACGTGAA-GAAAAGTA
* *
982 TCCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAACCGCCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
255 TCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAACCG-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
1047 ATGTTTTTATAATCTC
319 ATGTTTTTATAATCTC
********** * * * * *
1063 ATAANNNNNNNNNNGTTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TGTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTAC
* * * * * *
1128 CTTGGGAAACGTGGAGAAAAAGATATGAATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAGACTCACCCATGCCT
65 CTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATGAA-TGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* **********
1193 TTAAAAGCCTTATTACTCGC-ATTAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
129 TCAAAAGCCTTATTAC-C-CTATTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * *
1257 TTTTTCATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGTCTCGGGAAACGTTAAGAGAAAGAT
192 TTTAT-ATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACGTGAAGA-AAAG-T
* * * ** *
1322 ATCCATTAGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAATGCCTTATTACTTGCTTTA
254 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA-ACCGCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
* *
1387 AATGGTTTTACAATCTC
318 AATGTTTTTATAATCTC
*
1404 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACC
* * * * **
1469 TTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATGCATTAGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCTTCCATGCCTT
66 TTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATGAATGA-CAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
*
1534 C--AAGCCCTTATTACTCGCT-TTAAAT-TATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATA
130 CAAAAG-CCTTATTAC-C-CTATTAAATGT-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-
* * * * * * ** **
1595 TTTTTATGTTTTTGGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTACATTAGGAAATATGAAGAAAACC
190 TTTTTAT-ATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAGT
* * * * * * * **
1660 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTA
254 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA-ACCGCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
1725 AATGTTTTTATAATCTC
318 AATGTTTTTATAATCTC
* * * * *
1742 ATAATTGATTTTGAGTT-AGATTGTCTTA-ATTTTTTAGGTAAAACATATAATAATTGAATGTCT
1 ATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTGT-TTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTGT
* **** * * * * * ** * * *
1805 GCCTCAACAAACATGAA-AAAAATCCAT-TCATTGATATGAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATA
63 ACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAA--GATATGAATGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * *
1868 CTTTCCAAAGCCTTATTACGCACT-TTAAATGTTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
126 CCTTCAAAAGCCTTATTAC-C-CTATTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * **
1932 TTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACTGATTATAATTAAATGTCT-ACTTTGAGAAAC-TGAAGAA
189 -TTTTTTATA--TTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTCAG-GAAACGTGAAG-A
* * * ** * * * *
1994 AAAGATATCCATTGACATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATCCCTTCAAAAGCCTTGTTACTC
249 AAAG-TATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAACCGC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT
* *
2059 GCTTTACATAG-TTTTACAATCTC
312 GCTTTAAAT-GTTTTTATAATCTC
* * * * * * *
2082 ATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATGAAAA-A-ATTATAATTCATTGTCTAC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTAC
*** * * * *
2145 CACAGAAAACGTGAAGTAAAAGATATTTATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
65 CTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATA-TGAATGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * *
2210 TCAAAAGTCTTATTACTTGCT-TTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
129 TCAAAAGCCTTATTAC--CCTATTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT
* * * * * * *
2274 TTTTACATTTT--TTATTAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCTGGAAAACATGAAGAAAAA
191 TTTTATATTTTAGTTA--AAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTCAGG-AAACGTGAAG-AAAA
* * * * **
2337 GATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCAC
252 G-TATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA-AC-CGCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGC
* *
2401 TTTAAATGGTTTTGTAATCTC
314 TTTAAATGTTTTTATAATCTC
* *
2422 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA--TTTT-TT-------A-TA-AA---AATGTCTA
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTGTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTA
* * ** ** * * * * * * * *
2472 CATCGAAAAATATAAAG-AAAAGATATCCATTGATAAGAGAAGTCCATTTATAGTCATCCATACC
64 CCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATAT-GAATGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * *
2536 TTCAAAAGCCTTATTACTTCCT-TTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTAGACTT
128 TTCAAAAGCCTTATTAC--CCTATTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA--A
* * * * *
2600 TTTTTTATATATTTGGTTAAAATAGATAATAATTGACTATCTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAA
189 TTTTTTATAT-TTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACGTGAAG-AAAA
* * * * * *
2665 GATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTTTAACCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCT
252 G-TATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAACC-GCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCT
*
2730 TGAAATGTTTTTATAATCTC
315 TTAAATGTTTTTATAATCTC
* * * *
2750 ATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAA-A-A-AATAATTGAATGTCTA
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTA
** * * * * * * * * * *
2811 CCTCAGGAAACATGAATAAAAA-AAATCCACTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATACC
64 CCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATAT-GAATGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* *
2875 TTCGAAAGCCTTATTAGCCGCT-TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAATG
128 TTCAAAAGCCTTATTA-CC-CTATTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGA-TTT---T--AA-G
* * * * *
2939 TTTTAGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAA-A-A-AATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACAT
184 --TT-GAA-TTTTTTATA-TTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACGT
* ** * * ** * *
3001 AAAGAAAAAAAATCCATTAGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCATCCATACCTTCGAAAGCCTTA
244 GAAG-AAAAGTATCCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATA-ACCGCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
* *
3065 TTAAC-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
306 TT-ACTTGCTTTAAATGTTTTTATAATCTC
* * * **
3094 ATAATTGATTTTAAG-TAAAATGTTTTACATTTTATATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCAC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTAC
* * * * * * * * * *
3158 CTTGGGAAACATTAAAAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGCCACTCATGCCT
65 CTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATA-TGAATGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * * **
3223 TCGAAAGCCTTATTA-CTTGGTTTAAAT-TGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTAAAATT
129 TCAAAAGCCTTATTACCCT--ATTAAATGT-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* * * * * * * *
3286 TTTTTACATTTTATATTAAAGCATATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGGAAACGTGAAGAAAAA
190 TTTTTATATTTTA-GTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTC-AGGAAACGTGAAG-AAAA
* * * * ** * * * * **
3351 GATATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATATTCACACATGCCTTCTAAAGTCTTGTTACTCACT
252 G-TATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAACCGC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCT
3416 TTAAATAG-TTTTATAATCTC
315 TTAAAT-GTTTTTATAATCTC
********* * * *
3436 ATAATTGATTTTAANNNNNNNNNNTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAC
1 ATAATTGATTTTAA-GTTGAATTGTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTAC
* *** * * * * ** * *
3501 ATCAAGCAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTG-----GTAAG---A--GA-AGTCACCTATGCCT
65 CTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATAT-GAATGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * * *
3555 TCAAAAGCCTTGTTACTTGCT-TTAAATATTTTTATAATCTCATAATTAATTTTCAA-TTGACTT
129 TCAAAAGCCTTATTAC--CCTATTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATT
* * * * * * *
3618 TTCTTATATATTTGGTTAAAATAGAAAATAATTGATTGTCTGCCT-TGGCAAACATGAAGAAAAA
191 TT-TTATAT-TTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTCAGG-AAACGTGAAG-AAAA
*
3682 GATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAACCGCCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCT
252 G-TATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAACCG-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCT
***********
3747 TTAAATGANNNNNNNNNNTC
315 TTAAATGTTTTTATAATCTC
* * *
3767 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACA-TTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATT-GTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTAC
* * * * * * * **
3830 CTTGGGAGACATTAAGAAAAAGACATGAATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTTTGCCT
65 CTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATGAA-TGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* ********** *
3895 TCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGCATTT
129 TCAAAAGCCTTATTAC-C-CTATTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATT
* * * *
3959 TTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTTAAGAAAAAG
191 TTTT--ATATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACGTGAAG-AAAAG
* * * * ** *
4023 ATACCCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGTCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
253 -TATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAACCG-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTT
* *
4088 TAAATGATTTTACAATCTC
316 TAAATGTTTTTATAATCTC
* ** ** * * * *
4107 TTAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATGTTTTTGGGTAAAATAGATAATAATTCAATGTCTA
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTACAT-TTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTA
* ** * * * * * **********
4171 CCATGGGAAAAATGAAGAAAAA-ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTNNNNNNNNNNCATGCC
64 CCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATA-TGAATGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* ** * * * * * *
4235 TTCAAAAGCTTTATTATTTGCT-TTACATGATTTTATAATTTAATAATTAATTTTAAGTTGGATT
128 TTCAAAAGCCTTATTA--CCCTATTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAAT
* * ** * * ** ** * * *
4299 GTTTTTACATTTTTGGGCAAAACAGATCATAATTGAATGTCTATCTCAACAGACATAAAGAAAAA
190 -TTTTTATA-TTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACGTGAAG-AAAA
** ** * * * * **
4364 GCCT-TTTATTGGCTTGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CCAAGCCTTCCAAACCCTTATTACGCG
252 G--TATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA-AC-CGCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTG
*
4427 CTTTAAATGGTTTTATAATCTC
313 CTTTAAATGTTTTTATAATCTC
* * ** * * * * **
4449 ATAATTGATTTTAAATTTAATT-TTTTTATAGTTTAATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGT
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTACAT-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTAC
*** * * * ** * * * * * *
4513 C-TCAAAACACATGAAGAAAAAGATATTTATTGGTAAGAAAAGTCAATCTATAGTCACCTATACA
65 CTTGGGAA-ACGTGAAGAAAAAGATA-TGAATGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * ********** ***
4577 TTCGAAAGCCTTATTACTTGCT-TTNNNNNNNNNNATAATCTCATAATTGATTTTAAGCAAAATA
128 TTCAAAAGCCTTATTAC--CCTATTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-
* * * * * * *
4641 TTTTTACATTTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGATTGTCTAT-CC-CGGGAAACATAAAGAAA
190 TTTTT--ATATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGT-T-TGCCTCAGGAAACGTGAAGAAA
* * * * * * * * * *
4703 GAGATATTCATTGACACGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CCATTCCTTGAAAAGCCTTATCACTC
251 -AG-TATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA-AC-CGCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT
* * *
4767 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTG
312 GCTTTAAATGTTTTTATAATCTC
* * * * ** * * * *
4790 ATAATTAATTTTAACTT-AACTTTTTTCACA-TTTTTATTAAAACAAACAAAAATTAAATGTTTT
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTT-ACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTA
* ** ** * ** * * *
4853 CCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGATACCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACC
64 CCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATA-TGAATGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * * * * * *****
4918 TTCGAAAGCCCTATTAGTCGTTTTAAATATTTTTATAACCTCATAATTGA-TTTAANNNNNNNNN
128 TTCAAAAGCCTTATTA-CCCTATTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA----GTTGA
* * * * * * * * *
4982 NTTTTATATTTTTTA-TTAAAATAGATAATAATTTAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAAAAAAA
188 ATTTTTTATATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACGTG-AAGAAAA
* * * * * ** * * *
5046 GATATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTACAGCCATCACTGCCTTCAGAAGCCTTATTACTCGTT
252 G-TATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAACCGCCA-TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCT
**********
5111 TTANNNNNNNNNNTAATCTC
315 TTAAATGTTTTTATAATCTC
* * * ** * * *
5131 ATAATTGATTTTGAGTT-AAGGTTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTTTA
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTGTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTA
* ** * * * ** * *
5195 CCATCAGAAACATGGAGAAAAAGATA-AACATTGGTAAGAAAAGTCCATTTTATAGCCACCCATG
64 CCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATGA-A-TGACAAAAAAAGTCCA-TTTATAGTCACCCATG
* * * * * * * *
5259 CCTTCTAAAGCCATATTACTCGTTTTCAATGATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAGT
126 CCTTCAAAAGCCTTATTAC-CCTATTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-A
* * * *********
5324 TTTTTTACATTTTTTA-CTAAAACAGATTATAATTGAATNNNNNNNNNNA-GAAACGTGAAGAAA
189 TTTTTT--ATATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAAT-GTTTGCCTCAGGAAACGTGAAG-AA
* * * * *
5387 AAGATATCCATTAGCAACAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTTCTC
250 AAG-TATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA-AC-CGCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT
*
5451 GCTTTAAATGGTTTTA
312 GCTTTAAATGTTTTTA
Statistics
Matches: 3657, Mismatches: 886, Indels: 402
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
326 2 0.00
327 107 0.03
328 135 0.04
329 73 0.02
330 10 0.00
331 100 0.03
332 85 0.02
333 8 0.00
334 3 0.00
335 4 0.00
336 9 0.00
337 24 0.01
338 197 0.05
339 386 0.11
340 813 0.22
341 601 0.16
342 459 0.13
343 366 0.10
344 100 0.03
345 40 0.01
346 37 0.01
347 74 0.02
348 21 0.01
349 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (334 bp):
ATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACC
TTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATGAATGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
AAAAGCCTTATTACCCTATTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
TATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAGTATCCATT
GGCAAGAAAAGTCTATTTATAACCGCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTT
TATAATCTC
Found at i:1407 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 380--5466 Score: 3293
Period size: 171 Copynumber: 30.0 Consensus size: 170
370 NNNNNNNNNN
* * * * * *
380 ATAATTGATTTGAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTTTAC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCA-TTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTAC
* ** * * *
445 CTAGGGAAATGTTAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCT
65 CTCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* ********** * *
510 TCGAANNNNNNNNNNCTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTC
130 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * *
551 ATAATTGATTTTAAG-TAAAGTTTTTTTAT-ATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATATC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT-TCA--TTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTC
* * * * * * **
613 TACCTCAGGAAAAAGTGAAGAAAAACATA-CTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTAACTTA
62 TACCTCGGGAAACA-TGAAGAAAAAGATATC-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* ** * **********
677 TGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTNNNNNNNNNN
125 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* ** * * * *
723 ATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAATTTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATATCTA
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT--TCATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA
* * * ** **********
787 CATTGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCANNNNNNNNNNAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
64 CCTCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* *
852 TTCAAAAGTCTTATTAC-C-CATATTAAATGTTTTTATAATCTC
129 TTCAAAAGCCTTATTACTCGC-T-TTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * * * *
894 ATAATTAATTTTTAGTTGACTTTTTTAT-ATATTTAGTTCAAACAGATAATAATTGATTGTTTGC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCAT-TTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTAC
** * * * * ** * *
958 CTCAAGAAACGTGAAGGAAAAG-TATCCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAACCGCCCATACCT
65 CTCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* *
1022 TCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTTATAATCTC
130 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
********** * * * *
1063 ATAANNNNNNNNNNGTTGAATATTTTTATAT-TTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT-T-TCATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT
* * * * ** * * *
1126 TCCTTGGGAAACGTGGAGAAAAAGATATGAATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAGACTCACCCATGC
63 ACCTCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * **********
1191 CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATGNNNNNNNNNNCTC
128 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* **
1234 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGTC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACC
* * * * * * *
1299 TCGGGAAACGTTAAGAGAAAGATATCCATTAGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATGCCTT
66 TCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * *
1364 CAAATGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTC
131 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * *
1404 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTAC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCA-TTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTAC
* * * * * **
1468 CTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATGCATTAGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCTTCCATGCCT
65 CTCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
**
1533 TC--AAGCCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTC
130 TCAAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * ** * * *
1573 ATAATTGATTTTAAGCTGAATATTTTTATGTTTTTGGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTAC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTTCATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTAC
* ** * ** * **
1638 ATTAGGAAATATGAAGAAAACCAT-T-CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTCATGCCT
65 CTCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * *
1701 TCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTC
130 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * *
1742 ATAATTGATTTTGAGTT-AGATTGTCTTAATT--TTTTAGGTAAAACATATAATAATTGAATGTC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGA-ATT-T-TT-TTTCATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTC
* *** *** * ** * * * *
1804 TGCCTCAACAAACATGAA-AAAAATCCATTCATTGATATGAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATA
62 TACCTCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * * * *
1868 CTTTCCAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATGTTTTTATGATCTC
127 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * *
1912 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT-ATTTTTTA-TTAAAACTGATTATAATTAAATGTCT
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TCA--TTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT
* * * * * * *
1975 ACTTTGAGAAAC-TGAAGAAAAAGATATCCATTGACATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATCC
63 ACCTCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * *
2039 CTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTACATAGTTTTACAATCTC
128 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * *
2082 ATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTT--TTATGAAA-AAATTATAATTCATTGTCT
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TCATTTTAGTTA--AAACAGATAATAATTGAATGTCT
* * * * * ** * *
2143 ACCACAGAAAACGTGAAGTAAAAGATATTTATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
63 ACCTCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * **
2208 CTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTC
128 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * *
2251 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT--TTATTAAACAGATTATAATTGAATATCTA
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTAGTTA--AAACAGATAATAATTGAATGTCTA
* *
2314 CCTCTGGAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
64 CCTC-GGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * *
2379 CTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTC
128 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
2422 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTT--TT-------AT-A-AA---AATGTCTAC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT-CATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTAC
* ** * * ** * * *
2473 ATCGAAAAATATAAAG-AAAAGATATCCATTGATAAGAGAAGTCCATTTATAGTCATCCATACCT
65 CTCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
**
2537 TCAAAAGCCTTATTACTTC-CTTTAAATATTTTTATAATCTC
130 TCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * * * * *
2578 ATAATTGATTTTTAGTAGACTTTTTTTTATATATTTGGTTAAAATAGATAATAATTGACTATCTG
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT-CAT-TTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA
* * * ** *
2643 CCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTTTAACCACCCATACC
64 CCTCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * *
2708 TTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGTTTTTATAATCTC
129 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* *
2750 ATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-A-A-AATAATTGAATGTCTAC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCA-TTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * *
2812 CTCAGGAAACATGAATAAAAA-AAATCCACTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATACCT
65 CTCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* *
2876 TCGAAAGCCTTATTAGC-CGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
130 TCAAAAGCCTTATTA-CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
** *
2917 ATAATTGATTTTAAGTAAAATGTTTTAGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAA-A-A-AATAATT
1 ATAATTGA-TTT---T--AA-G--TT-GAATTTTTTTTCA-TTTTAGTTAAAACAGATAATAATT
* * * * *
2979 GAATGTCTACCTCAGGAAACATAAAGAAAAA-AAATCCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTC
55 GAATGTCTACCTCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * *
3043 ATCCATACCTTCGAAAGCCTTATTAAC-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
120 ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * * *
3094 ATAATTGATTTTAAG-TAAAATGTTTTACATTTTATATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCAC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTA-GTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * *
3158 CTTGGGAAACATTAAAAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGCCACTCATGCCT
65 CTCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * * *
3223 TCGAAAGCCTTATTACTTGGTTTAAATTGTTTTATAATCGC
130 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
** * * * * *
3264 ATAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTTTACATTTTATATTAAAGCATATTATAATTGAATGTCTAC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTA-GTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTAC
* * * * * *
3329 CTCGGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATATTCACACATGCC
65 CTC-GGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * * *
3394 TTCTAAAGTCTTGTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTC
129 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
****** * * * *
3436 ATAATTGATTTTAANNNNNNNNNNTTTATATT--TTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTC
1 ATAATTGATTTTAA----GTTGAATTTTTTTTCATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTC
* ** * ** * *
3498 TACATCAAGCAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAG---AG-------A-AGTCACCTATG
62 TACCTCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * **
3552 CCTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTC
127 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * * *
3596 ATAATTAATTTTCAA-TTGACTTTTCTTAT-ATATTTGGTTAAAATAGAAAATAATTGATTGTCT
1 ATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTT-TTTTCAT-TTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT
* * * * ** * *
3659 GCCTTGGCAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAACCGCCCATAC
63 ACCTCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* ***********
3724 CTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGANNNNNNNNNNTC
128 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * *
3767 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTT-TTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACC
* * * * ** * **
3831 TTGGGAGACATTAAGAAAAAGACATGAATTGAG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTTTGCCT
66 TCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
*****
3895 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATANNNNN
130 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
***** * * *
3936 NNNNNTGATTTTAAGTTGCATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTG
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCA--TTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA
** * * * * * **
4000 CCTTAGGAAACGTTAAGAAAAAGATACCCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGTCCATGCC
64 CCTCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* *
4065 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTC
129 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* ** * * * *
4107 TTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATGTTTTTGGGTAAAATAGATAATAATTCAATGTCTAC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TCATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTAC
* * * **********
4172 CAT-GGGAAAAATGAAGAAAAA-ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTNNNNNNNNNNCATGCC
65 C-TCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * * * * *
4235 TTCAAAAGCTTTATTATTTGCTTTACATGATTTTATAATTTA
129 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * ** *
4277 ATAATTAATTTTAAGTTGGATTGTTTTTACATTTTTGGGCAAAACAGATCATAATTGAATGTCTA
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTTCA-TTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA
* *** * * * ** ** * *
4342 TCTCAACAGACATAAAGAAAAAGCCT-TTTATTGGCTTGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGC
64 CCTCGGGAAACATGAAGAAAAAG-ATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * *
4406 CTTCCAAACCCTTATTACGCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
128 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * **
4449 ATAATTGATTTTAAATTTAATTTTTTTAT-AGTTTAATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGT
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TCATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTAC
** ** * * * * * *
4513 CTC-AAAACACATGAAGAAAAAGATATTTATTGGTAAGAAAAGTCAATCTATAGTCACCTATACA
65 CTCGGGAA-ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * **********
4577 TTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTNNNNNNNNNNATAATCTC
129 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
*** * * * * *
4619 ATAATTGATTTTAAGCAAAATATTTTTACATTTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGATTGTCTA
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCA--TTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA
* * * * * * *
4683 TCC-CGGGAAACATAAAGAAAGAGATATTCATTGACACGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTC
64 -CCTCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * *
4747 CTTGAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTG
128 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * ** * * * * * *
4790 ATAATTAATTTTAACTT-AACTTTTTTCACATTTTTA-TTAAAACAAACAAAAATTAAATGTTTT
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTTCA-TTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA
* * * * * * *
4853 CCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGATACCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACC
64 CCTCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * * ** *
4918 TTCGAAAGCCCTATTAGTCGTTTTAAATATTTTTATAACCTC
129 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
****** * * *
4960 ATAATTGA-TTTAANNNNNNNNNNTTTTATATT--TTTTA-TTAAAATAGATAATAATTTAATGT
1 ATAATTGATTTTAA----GTTGAATTTT-TTTTCATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGT
* ** * * * * * *
5021 CTGCCTTAGGAAACATGAAAAAAAAGATATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTACAGCCA-TCAC
61 CTACCTCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-
* * **********
5085 TGCCTTCAGAAGCCTTATTACTCGTTTTANNNNNNNNNNTAATCTC
125 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * *
5131 ATAATTGATTTTGAGTT-AAGGTTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTTTA
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTTCAT-TTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA
* * ** * *
5195 CCATC-AGAAACATGGAGAAAAAGATAAACATTGGTAAGAAAAGTCCATTTTATAGCCACCCATG
64 CC-TCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACCCATG
* * * * *
5259 CCTTCTAAAGCCATATTACTCGTTTTCAATGATTTTATAATCTC
127 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * *****
5303 ATAATTCATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTTA-CTAAAACAGATTATAATTGAATNNNNN
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCA--TTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA
****** * * * *
5367 NNNNNAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAACAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCC
64 CCTCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
*
5432 TTCAAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTA
129 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
Statistics
Matches: 3842, Mismatches: 924, Indels: 300
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
156 107 0.03
157 17 0.00
158 11 0.00
159 5 0.00
160 110 0.03
161 5 0.00
162 1 0.00
163 4 0.00
165 4 0.00
166 17 0.00
167 88 0.02
168 117 0.03
169 529 0.14
170 1017 0.26
171 1057 0.28
172 569 0.15
173 18 0.00
174 8 0.00
176 10 0.00
177 147 0.04
178 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACC
TCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
Found at i:2560 original size:156 final size:165
Alignment explanation
Indices: 827--5339 Score: 1642
Period size: 170 Copynumber: 26.6 Consensus size: 165
817 NNNNNNNNNN
* * *
827 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACCCA-TATTAAATGTTTTTATAAT
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT-TTAAATGTTTTTATAAT
* * * * * * * * * *
891 CTCATAATTAATTTTTAGTTGACTTTTTTATATATTTAGTTCAAACAGATAATAATTGATTGTTT
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTT--TT-TAATA-ATAATAATTGACTATCT
* * *
956 GCCTCA-AGAAACGTGAAGGAAAAG-TATCCATTGGCAAGAA
126 -CCTCAGA-AAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* * ** * **
996 AAATCTATTTATAACCGCCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTTATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATC
********** * ** * * * *
1061 TCATAANNNNNNNNNNGTTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTTACATTTT-TT--AATA-ATAATAATTGACT-ATC
** * * ** **
1126 TCCTTGGGAAACGTGGAGAAAAAGATATGAATTGGCAAGAA
125 TCCTCAGAAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* * * * * * * **********
1167 AAGTCTATTTAGACTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATGNNNNNNNNNNC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATC
* * * *
1232 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT-CATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTT
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTT--TT--AATA-ATAATAATTGACTATCT
* * * * * * * *
1296 GTCTCGGGAAACGTTAAGAGAAAGATATCCATTAGAAAGAA
126 -CCTCAGAAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* * * * ** * *
1337 AAGTCTATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAATGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATC
* * * * * *
1402 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTGTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTG
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA--TTTT-TT--AATA-ATAATAATTGACTATC
** * * * * *
1465 TACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATGCATTAGCAAGAA
125 T-CCTCAGAAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* ** * *
1507 ATGTCCATTTATAGTCTTCCATGCCTTC--AAGCCCTTATTACTCGCTTTAAAT-TATTTTATAA
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAG-CCTTATTACTCACTTTAAATGT-TTTTATAA
* * ** * * *
1569 TCTCATAATTGATTTTAAGCTGAA-TATTTTTATGTTTTTGGGTAAAACAGATAATAATTGAATG
64 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTT---T--AATA-ATAATAATTGACTA
* * * * * * ** *
1633 TTTACATTAGGAAATATGAAGAAAACCAT-T-CATTGACAAGAA
123 TCT-CCTCAGAAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
** * *
1675 AAGTCCATTTATAGTCAGTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATC
* * * * * *
1740 TCATAATTGATTTTGAGTT-AGA-TTGTCTTA-ATTTTTTAGGTAAAACATATAATAATTGAATG
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTTACA-TTTTT---T--AATA-ATAATAATTGACTA
* *** * ** *
1802 TCTGCCTCA-ACAAACATGAA-AAAAATCCATTCATTGATATGAA
123 TCT-CCTCAGA-AAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* * * * * *
1845 AAGTCTACTTATAGTCACCCATACTTTCCAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATGTTTTTATGATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATC
* * * * * *
1910 TCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACTGATTATAATTAAATGTC
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTA--ATAA-T-A--ATAATTGACTATC
* ** * * *
1974 TACTTTGAGAAAC-TGAAGAAAAAGATATCCATTGACATGAA
125 TCCTCAGA-AAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* * * * * *
2015 AAGTCCATTTATAGTCACTCATCCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTACATAG-TTTTACAAT
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTTATAAT
* * * * * * *
2079 CTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTTATGAAAAAATTATAATTCATTGTCT
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TACATTTTT-T--AATAATAATAATTGACTATCT
* * * * ** * *
2143 ACCACAGAAAACGTGAAGTAAAAGATATTTATTGACAAAAA
126 -CCTCAGAAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* * ** *
2184 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATC
* * *
2249 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTATTAAACAGATTATAATTGAATATCT
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA--TTTT-TT-AATA-ATAATAATTGACTATCT
* * *
2313 ACCTCTGGAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAA
126 -CCTC-AGAAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* * * *
2355 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATC
* *
2420 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTT-AT-A-AA-AA-TGTCTA---CATC-
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTAATAATAATAATTGACTATCTCCTCA
* ** *
2476 GAAAAATATAAAG-AAAAGATATCCATTGATAAGAG
131 G-AAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* *
2511 AAGTCCATTTATAGTCATCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTC-CTTTAAATATTTTTATAAT
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATGTTTTTATAAT
* * * *
2575 CTCATAATTGATTTTTAGTAGACTTTTTTTTATATATTTGGTTAAAATAGATAATAATTGACTAT
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACAT-TTT--TT--AATA-ATAATAATTGACTAT
* * *
2640 CTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
124 CT-CCTCAGAAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* ** * * *
2683 AAGTCCATTTTTAACCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGTTTTTATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATC
* * * * *
2748 TCATAATTGATTTGAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAAATAATTGAATGTCTAC
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA-TTTT--TTAATAATAATAATTGACTATCT-C
* * * * *
2812 CTCAGGAAACATGAATAAAAA-AAATCCACTGGCAAGAA
127 CTCAGAAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* * * * *
2850 AAGTTCATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTAGC-CGCTTTAAATGATTTTATAAT
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTA-CTCACTTTAAATGTTTTTATAAT
* * * *
2914 CTCATAATTGATTTTAAGTAAAATGTTTTAGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAAAAAATAATT
65 CTCATAATTGATTTTAAGT----TG----A-ATTTTTTTTACA-TTTT--TTAATAATAATAATT
* * * * *
2979 GAATGTCTACCTCAGGAAACATAAAGAAAAA-AAATCCATTAGCAAGAA
118 GACTATCT-CCTCAGAAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* * * * *
3027 AAGTTCATTTATAGTCATCCATACCTTCGAAAGCCTTATTAAC-CGCTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCACTTTAAATGTTTTTATAAT
** * * * * *
3091 CTCATAATTGATTTTAAG-T-AAAATGTTTTACATTTTATATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA-TTT-T-TT--AATA-ATAATAATTGACTAT
* ** * *
3154 CCACCTTGGGAAACATTAAA-AAAAAGATATTCATTGGCAAGAA
124 -CTCCTCAGAAAACA-TAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* * * * * ***
3197 AGGTCCATTTATAGCCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGGTTTAAAT-TGTTTTATAAT
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGT-TTTTATAAT
* * * * *
3261 CGCATAATTGATTTTAAG-TAAAATTTTTTTACATTTTATATTAA-AGCATATTATAATTGAATG
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA-TTT-T-TTAATA--ATA--ATAATTGACTA
* * * * * * *
3324 TCTACCTCGGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGTAAGAA
123 TCT-CCTC-AGAAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* * * * * *
3369 AAGTCCATTTATATTCACACATGCCTTCTAAAGTCTTGTTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAAT
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTTATAAT
********* * ** * * *
3433 CTCATAATTGATTTTAANNNNNNNNNNTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTC
65 CTCATAATTGATTTTAA-GTTGAATTTTTTTTACATTTT-TT--AATA-ATAATAATTGACTATC
* * ** * *
3498 TACATCA-AGCAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAG--
125 T-CCTCAGA-AAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* * * ** *
3538 -AG-------A-AGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATC
* * * * * * * *
3594 TCATAATTAATTTTCAA-TTGACTTTTCTTATATATTTGGTTAAAATAGAAAATAATTGATTGTC
66 TCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTT-TTTTACATTT--TT-TAATA-ATAATAATTGACTATC
** * *
3658 TGCCTTGGCAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
125 T-CCTCAGAAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* ** * ** ***********
3700 AAGTCTATTTATAACCGCCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGANNNNNNNNNN
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATC
* * * * *
3765 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTCTTTTACATTTTTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTT
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA-TTTTTT--AATA-ATAATAATTGACTATC-T
** * * * * **
3829 CCTTGGGAGACATTAAGAAAAAGACATGAATTGAG-AAGAA
126 CCTCAGAAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTG-GCAAGAA
* ** * * * ***
3869 AAGTTCATTTATAGTCACCTTTGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATANNN
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATC
******* * * * *
3934 NNNNNNNTGATTTTAAGTTGCA-TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTC
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA--TTTT-TT--AATA-ATAATAATTGACTATC
* * * * * * *
3998 TGCCTTAGGAAACGTTAAGAAAAAGATACCCATTAGAAAGAA
125 T-CCTCAGAAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
** * * * *
4040 AAGTCCATTTATAGTCGTCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATC
* ** * * *
4105 TCTTAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATGTTTTTGGGTAAAATAGATAATAATTCAATGTC
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTT---T--AATA-ATAATAATTGACTATC
** * * *
4169 TACCATGGGAAAA-ATGAAGAAAAA-ACATTCATTGGCAAGAA
125 T-CC-TCAGAAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
********** * * * ** * * *
4210 AAGTCCATTNNNNNNNNNNCATGCCTTCAAAAGCTTTATTATTTGCTTTACATGATTTTATAATT
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATC
* * * * * * * * *
4275 TAATAATTAATTTTAAGTTGGATTGTTTTTACATTTTTGGGCAAAACAGATCATAATTGAATGTC
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTT-----TAATA-ATAATAATTGACTATC
* * * ** **
4340 TATCTCA-ACAGACATAAAGAAAAAGCCT-TTTATTGGCTTGAA
125 T-CCTCAGA-AAACATAAAGAAAAAG-ATATCCATTGGCAAGAA
* * * * * *
4382 AAGTCTATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCCAAACCCTTATTACGCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAAT
* * * * * * *
4446 CTCATAATTGATTTTAAATTTAATTTTTTTATA-GTTTAATTAAAACAGATAATAATTGAATGTC
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TACATTT--TT-TAATA-ATAATAATTGACTATC
* * ** *
4510 TGTCTCA-AAACACATGAAGAAAAAGATATTTATTGGTAAGAA
125 T-CCTCAGAAA-ACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* * * * * ** **********
4552 AAGTCAATCTATAGTCACCTATACATTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTNNNNNNNNNNATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATC
** * * * * *
4617 TCATAATTGATTTTAAG-CAAAATATTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGATTGTC
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA--TTTT-TTAATA-ATA--ATAATTGACTATC
* * * * * *
4681 TATCC-CGGGAAACATAAAGAAAGAGATATTCATTGACACGAA
125 --TCCTCAGAAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* * * * *
4723 AAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATC
* * * * * * * * * * * *
4788 TGATAATTAATTTTAACTT-AACTTTTTTCACATTTTTATTAAAACAAACAAAAATTAAATGTTT
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA-TTTT-TT--AA-TAATAATAATTGACT-ATC
* * * * *
4852 TCCT-TGAGAAATATGAAGAAAAAGATACCCATTGGTAAGAA
125 TCCTCAGA-AAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* * * * ** * *
4893 AAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCCTATTAGTCGTTTTAAATATTTTTATAACC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATC
******** * ** * * *
4958 TCATAATTGA-TTTAANNNNNNNNNNTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATAATAATTTAATGTC
66 TCATAATTGATTTTAA--GTTGAATTTTTTTTACATTTT-TT--AATA-ATAATAATTGACTATC
* * * *
5022 TGCCTTAGGAAACATGAAA-AAAAAGATATCCATTGACAAAAA
125 T-CCTCAGAAAACAT-AAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* * * * * ** **********
5064 AAGTCCATTTACAGCCA-TCACTGCCTTCAGAAGCCTTATTACTCGTTTTANNNNNNNNNNTAAT
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCA-TACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAAT
* ** * * * *
5128 CTCATAATTGATTTTGAGTT-AAGGTTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGATAATAATTAAATGT
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACAT-TTT--TT--AATA-ATAATAATTGACTAT
* ** ** *
5192 TTACCATCAG-AAACATGGAGAAAAAGATAAACATTGGTAAGAA
124 CT-CC-TCAGAAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* * * * ** * *
5235 AAGTCCATTTTATAGCCACCCATGCCTTCTAAAGCCATATTACTCGTTTTCAATGATTTTATAAT
1 AAGTCCA-TTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAAT
* *
5300 CTCATAATTCATTTTAAGTTG-AGTTTTTTTACATTTTTTA
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTA
5340 CTAAAACAGA
Statistics
Matches: 3401, Mismatches: 755, Indels: 378
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
156 105 0.03
157 14 0.00
158 3 0.00
159 3 0.00
160 114 0.03
161 4 0.00
162 7 0.00
163 4 0.00
164 2 0.00
165 4 0.00
166 18 0.01
167 102 0.03
168 120 0.04
169 536 0.16
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174 12 0.00
175 2 0.00
176 1 0.00
177 151 0.04
178 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (165 bp):
AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTAATAATAATAATTGACTATCTCCTCA
GAAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
Found at i:2975 original size:177 final size:172
Alignment explanation
Indices: 2767--3449 Score: 628
Period size: 177 Copynumber: 3.9 Consensus size: 172
2757 ATTTGAAGTT
*
2767 GAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAAATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAATAAAA
1 GAATTTTTTTA-ATTTTT-GTTAAAAAAAATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACAT-AAAAAAA
*
2832 AAAATCCACTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTAGCCGCT
63 AAAATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTA-CCGCT
2897 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAATGTTTTA
127 TTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAATGTTTTA
2944 GAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAAAAAATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATAAAGAAAA
1 GAATTTTTTTA-ATTTTT-GTTAAAAAAAATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATAAA-AAAA
*
3009 AAAATCCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATCC-ATACCTTCGAAAGCCTTATTAACCGC
63 AAAATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-CCTATACCTTCGAAAGCCTTATT-ACCGC
3073 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAATGTTTTA
126 TTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAATGTTTTA
* * * * **
3121 -CA---TTTT-A----TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTTGGGAAACATTAAAAAA
1 GAATTTTTTTAATTTTTGTTAAAA-A-A-AATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACA-TAAAAAA
* * * * * * *
3177 AAGATATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGCCA-CTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
62 AA-AAATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCT-ATACCTTCGAAAGCCTTATTAC-C
* * *
3241 GGTTTAAATTGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTTTA
124 GCTTTAAA-TGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAA-TGTTTTA
* * *** * * ** * *
3292 -CA-TTTTAT-ATTAAAG---CATATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGGAAACGTGAAGAAAAA
1 GAATTTTTTTAATTTTTGTTAAAAAAAATAATTGAATGTCTACCTC-AGGAAACAT-AA-AAAAA
* * * * * * * * * * * *
3351 GATATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATATTCACAC-ATGCCTTCTAAAGTCTTGTTACTCAC
63 AAAATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC-CTATACCTTCGAAAGCCTTATTAC-CGC
3415 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
126 TTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
3450 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 436, Mismatches: 44, Indels: 57
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
166 6 0.01
167 2 0.00
168 2 0.00
169 31 0.07
170 90 0.21
171 30 0.07
172 90 0.21
173 14 0.03
174 2 0.00
176 3 0.01
177 162 0.37
178 4 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
GAATTTTTTTAATTTTTGTTAAAAAAAATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATAAAAAAAAAA
ATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACCGCTTTAA
ATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAATGTTTTA
Found at i:5035 original size:341 final size:333
Alignment explanation
Indices: 4688--5313 Score: 634
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 333
4678 GTCTATCCCG
* * ** * * * *
4688 GGAAACAT-AAAGAAAGAGATATTCATTGACACGAAAAGCCCATTTATAGTCACC-CATTCCTTG
1 GGAAACATGAAA-AAAAAGATATCCATTGACAAAAAAAGCCCATTTACAGCCACCAC-TGCCTTC
*
4751 AAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTAATTTTAACTTAA-CTTTTT
64 AAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAACTTAAGCTTTTT
* * * * *
4815 TCACAT-TTTTATTAAAACAAACAAAAATTAAATGTTTTCCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGATA
129 T-ACATATTTGATTAAAACAAACAAAAATTAAATGTTTACCATCAGAAACATGAAGAAAAAGATA
** * * * *
4879 CCCATTGGTAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCCTATTAGTCGTTTTA
193 AACATTGGTAAGAAAAGTCCATTTTATAGCCACCCATACCTTCGAAAGCCATATTACTCGTTTTA
*
4943 AAT-ATTTTTATAACCTCATAATTGATTTAANNNNNNNNNNTTTTATATTTTTTATTAAAATAGA
258 AATGA-TTTTATAACCTCATAATTCATTTAA----------TTTTATATTTTTTATTAAAATAGA
5007 TAATAATTTAATGTCTGCCTTA
312 TAATAATTTAATGTCTGCCTTA
* * *
5029 GGAAACATGAAAAAAAAGATATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTACAGCCATCACTGCCTTCAG
1 GGAAACATGAAAAAAAAGATATCCATTGACAAAAAAAGCCCATTTACAGCCACCACTGCCTTCAA
* ** ********** * * * *
5094 AAGCCTTATTACTCGTTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAGGTTTTTTA
66 AAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAACTTAAGCTTTTTTA
* * * * *
5159 CATATTTGGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTTTACCATCAGAAACATGGAGAAAAAGATAAAC
131 CATATTTGATTAAAACAAACAAAAATTAAATGTTTACCATCAGAAACATGAAGAAAAAGATAAAC
* * *
5224 ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTTATAGCCACCCATGCCTTCTAAAGCCATATTACTCGTTTTCAAT
196 ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTTATAGCCACCCATACCTTCGAAAGCCATATTACTCGTTTTAAAT
*
5289 GATTTTATAATCTCATAATTCATTT
261 GATTTTATAACCTCATAATTCATTT
5314 TAAGTTGAGT
Statistics
Matches: 229, Mismatches: 50, Indels: 10
0.79 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
341 91 0.40
342 77 0.34
343 60 0.26
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (333 bp):
GGAAACATGAAAAAAAAGATATCCATTGACAAAAAAAGCCCATTTACAGCCACCACTGCCTTCAA
AAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAACTTAAGCTTTTTTA
CATATTTGATTAAAACAAACAAAAATTAAATGTTTACCATCAGAAACATGAAGAAAAAGATAAAC
ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTTATAGCCACCCATACCTTCGAAAGCCATATTACTCGTTTTAAAT
GATTTTATAACCTCATAATTCATTTAATTTTATATTTTTTATTAAAATAGATAATAATTTAATGT
CTGCCTTA
Done.