Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403211.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_88.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 26929
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.10, T:0.27
Warning! 6674 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1750 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1374--2435 Score: 1165
Period size: 171 Copynumber: 6.2 Consensus size: 170
1364 NNNNNNNNNN
* * * *
1374 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAAGGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
1439 TCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATGTTTCATTAAAACA-AACTACAATTGAGTG
66 TCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGAA-TATAATTGAATG
* * * *
1503 CGT--CTTGGGAAACATGGAGAAACAAGCATTCATTAGCAAG
130 TGTACCTTGAGAAACATGAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAG
* * * *
1543 AAAAGTCCATTTATACTCACCTATTCCTTCAAAAGGTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
1608 TCTCATAACTGATTTTAAGATGAATTGTTTTACACTTTTGGTTACAACA-AATAATAATTGAATG
66 TCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGAAT-ATAATTGAATG
* ** *
1672 TGTACCTAGAGAAATGTAAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAG
130 TGTACCTTGAGAAACATGAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAG
* * * * * * *
1714 AAAAGTCCATTTATAGTCATCTATTCCTTGAAAAGGTTTATTTCTCACTTTAACTGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
1779 T-TCCATTACTGATTTTAAGTTGAATT-TTTCTACATTTTTTGTTAAAACATACTATAATTGACT
66 TCT-CATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTT-TACATTTTTCGTTAAAACAGAATATAATTGAAT
* * * * *
1842 GTCTACCTTGAGAAACATGAACAAAAAGAGATTCTTTGGAAAG
129 GTGTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAG
* * * * *
1885 AAAAATCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * ** * * * **
1950 TATCCTAATTGATTTGAAGTTGTATTGTTTCCCATTTTTCATTAAAACAGACTACAATTGAACAT
66 TCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGAATATAATTGAATGT
2015 GTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAG
131 GTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAG
* ** * *
2056 AAAAGTCAATTTATAGTCAATCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* **
2121 TCTCGTAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTATTTAAAACAGACA-ATAATTGAATG
66 TCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGA-ATATAATTGAATG
* *
2185 TGTACCTTGAGAAATATGAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAG
130 TGTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAG
* * * * *
2226 AAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTACTT---TAGGCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
2288 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
66 TCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTTACATTTTTCGTTAAAACAGAATATAATTGAATG
** * * *
2353 CCTACCTTTAG-AACTATTAAGAAAAAGGGATTCATTGGCAAG
130 TGTACCTTGAGAAAC-ATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAG
* *
2395 AAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTAT
2436 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 746, Mismatches: 129, Indels: 33
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 57 0.08
168 50 0.07
169 150 0.20
170 51 0.07
171 418 0.56
172 20 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGAATATAATTGAATGT
GTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAG
Found at i:4490 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4024--4495 Score: 482
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 170
4014 TGTTGCAATC
* ** * * *
4024 AAAAGTGTAAAACAATTCGTCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAACCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
4089 AAACCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTATTCCCAATGATTGC-CTTTTTCTTC
66 AAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATGCTCTTTTTCTTC
4153 ACGTTTCTCAAGACACATTCAGTTGTAGTCCGTTTTAATG
131 ACGTTTCTCAAGACACATTCAGTTGTAGTCCGTTTTAATG
** * * * *
4193 AAAAATGTAAAACAATTCAACCAAAAATGAATTAGGAGATTACAAAACCATTTTAAGCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* ********** *
4258 AAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATANNNNNNNNNNTCTTGCCAATGAATGCT-TTTTTCTTC
66 AAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATGCTCTTTTTCTTC
* * * * * *
4322 ATGTTTCTTGAGGTACACGTTTAGTTGTAGTCTGTTTTAATG
131 ACGTTTC-TCAAG-ACACATTCAGTTGTAGTCCGTTTTAATG
* * * * *
4364 AAAATTGTGAAACAATTCAACTTCAAATCAATTAAGATATTTTAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * ** *
4429 AAGGCTTTTGAATGAATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTTTCAAAGAAT-CTCTTTTTCTTC
66 AAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATGCTCTTTTTCTTC
4493 ACG
131 ACG
4496 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 63, Indels: 6
0.77 0.21 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 106 0.45
170 5 0.02
171 125 0.53
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
AAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATGCTCTTTTTCTTC
ACGTTTCTCAAGACACATTCAGTTGTAGTCCGTTTTAATG
Found at i:6213 original size:511 final size:510
Alignment explanation
Indices: 5224--7209 Score: 2204
Period size: 511 Copynumber: 3.9 Consensus size: 510
5214 NNNNNNNNNN
* ** * * * **
5224 GAAGAAAAATGCATTCATTGGGAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACCTATTACTTCAAAAGGTTTA
1 GAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * *
5289 TTACTCGCTCT-AAATGGTTTTATAATCTCATTACTGATTTTAAGTTAAATT-TTTCTCCATTTT
66 TTACTCGCT-TGAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTT-TACATTTT
** * * * * * *
5352 TGTTTAAAATAGACTATAACTGAATGCCTACCTTGACAAACGTGAAGAAAAACGAATTCATT-GA
129 TCATTAAAATAGACTACAATTGAATG--TACCTTGAGAAACATGGAGAAAAAAGAATTCATTAG-
* **********
5416 CAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCATTCCTTCANNNNNNNNNNTACTCGCTTTAAATGGTTTT
191 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
5481 ATAATCTCATAACCGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTA-AATTTCTTATTAAAACAGACAATAATT
256 ATAATCTCATAACTGATTTTAAGATGAATTG-TTTTACACTTT-TGATTACAACAAACAATAATT
* * * * *
5544 GAATGTCTACCTCA-AGAAACGTGAATAAA-AGGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
319 GAATGTGTTCC-AAGAGAAACGTGAAGAAACA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * ** * * *
5607 TCACCCATTCCTTAAGAAGGCTTATTACTTACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAACTGACTTT
382 TCACCTATTCCTTAAAAAGGCTTATTACTCACTTTAACTGATTTTATAATCTCATTACTGATTTT
* ** * * * * * *
5672 ACGTTG-ATTTATAT-TTTATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTACCATGAAAAAT
447 AAGTTGAATTT-T-TCTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCATAAAC
5735 GT
509 GT
* * ** * * *
5737 GGAGGAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTTATTTCTTCAAAAGCCTTA
1 GAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
* *
5802 TTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTTAGTTGAATTGTTTTACATTTTCC
66 TTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTC
* * * * * *
5867 ATTAAAATAAACTACAATTGAATGTGCCTTGAGAAACATGGAGAAAAATGCATTCATTGGGAAGA
131 ATTAAAATAGACTACAATTGAATGTACCTTGAGAAACATGGAGAAAAAAGAATTCATTAGCAAGA
*
5932 AAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGGTTTATTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAA
196 AAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGGTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
*
5996 TCTCATAACTGATTTTAAGATGAATTGTTGTACACTTTTGATTACAACAAACAATAATTGAATGT
260 TCTCATAACTGATTTTAAGATGAATTGTTTTACACTTTTGATTACAACAAACAATAATTGAATGT
* * *
6061 GTTCCAAGATAAACATAAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
325 GTTCCAAGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
* * * *
6126 TCCTTAAAAAGGTTTATTACTCGCTTCAACTGATTTTATAATCTCATTACTGATTTTAGGTTGAA
390 TCCTTAAAAAGGCTTATTACTCACTTTAACTGATTTTATAATCTCATTACTGATTTTAAGTTGAA
* *
6191 TTTTTCTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATCATTGAATGTCTACCTCCATAAACAT
455 TTTTTCTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-CATAAACGT
* * * * * * *
6248 GAAGCAAAAGGGATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAAAGTAACCCACTCCTTCAAAAGCCTTA
1 GAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
** * * * * * *
6313 TTACAAGCTTTAAATGGTTTTATAATATCCTAATTGATTTGAAATTCAATTGTTTCACATTTTTC
66 TTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTC
* * * *
6378 ATTAAAACAGACTATAATTGAACTTGTACCTCT-AGAAATAT-GAAAAAAAAGAATTCATTAGCA
131 ATTAAAATAGACTACAATTGAA--TGTACCT-TGAGAAACATGGAGAAAAAAGAATTCATTAGCA
* * *
6441 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAATGCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
193 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
6506 AATCTCGTAACTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTG-TTACAACAAGCAATAATTGAA
258 AATCTCATAACTGATTTTAAGATGAATTGTTTTACA-CTTTTGATTACAACAAACAATAATTGAA
* *
6570 TGTGTTCCTAGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACC
322 TGTGTTCCAAGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* *
6635 TATTCCTTAGAAAGGTTTATTACTCACTTTAACTGATTTTATAATCTCATTACTGATTTTAAGTT
387 TATTCCTTAAAAAGGCTTATTACTCACTTTAACTGATTTTATAATCTCATTACTGATTTTAAGTT
* *
6700 GAATTTTTCTACAATTTTTT-TTAAAACAGACTATAATTCAATGTCTACCCCCATAAACGT
452 GAATTTTTCTAC-ATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CCTCATAAACGT
* * *
6760 GAAGAAAAAGGCATTCATTG-CTATGAAAAGTCCATTTATAATCACCAATTCCTTCAAAAGCCTT
1 GAAGAAAAAGGCATTCATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTT
* * *
6824 ATTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCCTGATTGATTTTTAGTTGAATTATTTTACATTTTT
65 ATTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT
** * * * *
6889 CATTAAAATAGACTACAATTGAATGTGTCTTGAGAAACGTGGAGAAAAAGGTATTCATTAGGAAG
130 CATTAAAATAGACTACAATTGAATGTACCTTGAGAAACATGGAGAAAAAAGAATTCATTAGCAAG
* *
6954 AAAAGTCCATTTATATTCAC-CTATTCCTTCAAAAGGTTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATA
195 AAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGGTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
********** *
7018 ATCTCATAACTGATTTTAAGANNNNNNNNNNTACACTTTTGATTGCAACAAACAATAATTGAATG
259 ATCTCATAACTGATTTTAAGATGAATTGTTTTACACTTTTGATTACAACAAACAATAATTGAATG
* * * * * * * *
7083 TGTACCTAGAGAAATGTGAAGAAAGAAGCATTCATCGGCAAGCAAAGTCCATTTACAGTCACCGA
324 TGTTCCAAGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA
* * * * * * * * * *
7148 TTCATTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAATTGGTTCTATTATCTCATAAATTATTTTAAGT
389 TTCCTTAAAAAGGCTTATTACTCACTTTAACTGATTTTATAATCTCATTACTGATTTTAAGT
7210 AAAAGTTTTC
Statistics
Matches: 1242, Mismatches: 208, Indels: 48
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
509 1 0.00
510 21 0.02
511 631 0.51
512 435 0.35
513 150 0.12
514 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (510 bp):
GAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTC
ATTAAAATAGACTACAATTGAATGTACCTTGAGAAACATGGAGAAAAAAGAATTCATTAGCAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
CTCATAACTGATTTTAAGATGAATTGTTTTACACTTTTGATTACAACAAACAATAATTGAATGTG
TTCCAAGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATT
CCTTAAAAAGGCTTATTACTCACTTTAACTGATTTTATAATCTCATTACTGATTTTAAGTTGAAT
TTTTCTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCATAAACGT
Found at i:7249 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5224--7260 Score: 1746
Period size: 171 Copynumber: 11.9 Consensus size: 169
5214 NNNNNNNNNN
* * * * *
5224 GAAGAAAAATGCATTCATTGGGAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACCTATTACTTCAAAAGGTTTA
1 GAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGGCTTA
* * * *
5289 TTACTCGCTCTAAATGGTTTTATAATCTCATTACTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTCCATTTTT-
65 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAA-TTTTCTACATTTTTA
* * ** * *
5353 GTTTAAAATAGACTATAACTGAATGCCTACCTTGACAAACGT
129 G-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTGTACCTAGAGAAACGT
* * * ********
5395 GAAGAAAAACGAATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCA-CTCATTCCTTCANNNNNNNN
1 GAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGGCTT
** * * *
5459 NNTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACCGATTTTAAGTTGAATGTTTTTAAATTTCT
64 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAAT-TTTCTACATTT-T
* *
5524 TA-TTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACGT
127 TAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTGTACCT-AGAGAAACGT
* * *
5566 GAATAAAAGGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-AAGAAGGCTT
1 GAAGAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAA-AAGGCTT
** * * * * **
5630 ATTACTTACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAACTGACTTTACGTTG-ATTTATATTTTATTTT
64 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTT-T-CTACATTTT
* * * * *
5694 TGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTACC-ATGAAAAATGT
127 TAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTGTACCTA-GAGAAACGT
* * * * * * * *
5737 GGAGGAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTTATTTCTTCAAAAGCCTTA
1 GAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGGCTTA
* * * * * *
5802 TTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTTAGTTGAATTGTTTTACATTTTCC
65 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATT-TTCTACATTTT-T
* * * * *
5867 A-TTAAAATAAACTACAATTGAATGTG--CCTTGAGAAACAT
128 AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTGTACCTAGAGAAACGT
* * *
5906 GGAGAAAAATGCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGGTTTA
1 GAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGGCTTA
* * * *
5971 TTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGATGAATTGTTGTACACTTTT-
65 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATT-TTCTACATTTTTA
* * * * * * *
6035 GATTACAACAAACAATAATTGAATGTGTTCCAAGATAAACAT
129 G-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTGTACCTAGAGAAACGT
* * *
6077 AAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTAAAAAGGTTTA
1 GAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGGCTTA
* * * * * *
6142 TTACTCGCTTCAACTGATTTTATAATCTCATTACTGATTTTAGGTTGAATTTTTCTACATTTTTT
65 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAA-TTTTCTACATTTTTA
* * ** * *
6207 GTTAAAACAGACTATCATTGAATGTCTACCTCCATAAACAT
129 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTGTACCTAGAGAAACGT
* * * * * * * * *
6248 GAAGCAAAAGGGATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAAAGTAACCCACTCCTTCAAAAGCCTTA
1 GAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGGCTTA
** * * * * * *
6313 TTACAAGCTTTAAATGGTTTTATAATATCCTAATTGATTTGAAATTCAATTGTT-TCACATTTTT
65 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATT-TTCT-ACATTTTT
** **
6377 CA-TTAAAACAGACTATAATTGAACT-TGTACCTCTAGAAATAT
128 -AGTTAAAACAGACTATAATTGAA-TGTGTACCTAGAGAAACGT
* * * *
6419 GAAAAAAAAGAATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAATGCTTA
1 GAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGGCTTA
* * * * *
6483 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCGTAACTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTT
65 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATT-TTCTACATTTTTA
* * *
6548 GTTACAACA-AGCAATAATTGAATGTGTTCCTAGAGAAACGT
129 GTTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTGTACCTAGAGAAACGT
* *
6589 GAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCTATTCCTT-AGAAAGGTTT
1 GAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCA-AAAGGCTT
* * * *
6653 ATTACTCACTTTAACTGATTTTATAATCTCATTACTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTACAATTTT
64 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAA-TTTTCTAC-ATTTT
* * * *** *
6718 T-TTTAAAACAGACTATAATTCAATGTCTACCCCCATAAACGT
127 TAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTGTACCTAGAGAAACGT
* * * *
6760 GAAGAAAAAGGCATTCATT-GCTATGAAAAGTCCATTTATAATCACCAATTCCTTCAAAAGCCTT
1 GAAGAAAAA-GCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGGCTT
* * * * * *
6824 ATTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCCTGATTGATTTTTAGTTGAATTATTTTACATTTTT
64 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATT-TTCTACATTTTT
* * *
6889 CA-TTAAAATAGACTACAATTGAATGTGT--CTTGAGAAACGT
128 -AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTGTACCTAGAGAAACGT
* * * *
6929 GGAGAAAAAGGTATTCATTAGG-AAGAAAAGTCCATTTATATTCACCTATTCCTTCAAAAGGTTT
1 GAAGAAAAA-GCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGGCTT
* ********** *
6993 ATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGANNNNNNNNNNTACACTTTT
64 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAG-TTGAATTTTCTACATTTTT
** * * *
7058 -GATTGCAACAAACAATAATTGAATGTGTACCTAGAGAAATGT
128 AG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTGTACCTAGAGAAACGT
* * * * *
7100 GAAGAAAGAAGCATTCATCGGCAAGCAAAGTCCATTTACAGTCACCGATTCATTCAAAAGGCTTA
1 GAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGGCTTA
* * * * * ** * * *
7165 TTACTCGCTTTAATTGGTTCTATTATCTCATAAATTATTTTAAGTAAAAGTTTTCTATACTTCTA
65 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAA-TTTTCTACATTTTTA
** * * *
7230 GTTAAATTAGACCATAATTGATTGTGCACCT
129 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTGTACCT
7261 TAAGAANNNN
Statistics
Matches: 1495, Mismatches: 311, Indels: 120
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 273 0.18
170 163 0.11
171 1025 0.69
172 33 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
GAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGGCTTAT
TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTCTACATTTTTAGT
TAAAACAGACTATAATTGAATGTGTACCTAGAGAAACGT
Found at i:8106 original size:169 final size:161
Alignment explanation
Indices: 7800--8122 Score: 323
Period size: 169 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
7790 TAAGGAATGA
* * * * *
7800 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCCATGAATGCTTGTTTCTTTATGTTTCTCTAGGTACACTT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCCATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCTCCAAGTACACAT
* * * * *
7865 TCAATTATTGTTTGTTGTAACCAAAAGTGCAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTAT
66 TCAATTATTGTCTGTTGTAACCAAAAATACAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTAT
* *
7930 TAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAACCTNNNNNNNNNNTAG
131 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAACCT----------TAG
*
7971 GTGAGTATAAATGGACTTTTCTT-CCCAATGAATGCTT-TTCTCTTCACGTTTC-CCAAG-ACAC
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCC-ATGAATGCTTGTT-TCTTCACGTTTCTCCAAGTACAC
* ** * *
8032 ATTCAATT-TTAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAACGATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGAT
64 ATTCAATTATT-GTCTGTTGTAACCAAAAATACAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGAT
*
8096 TATAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAA
128 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
8123 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 19, Indels: 8
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.02
169 78 0.60
170 8 0.06
171 42 0.32
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (161 bp):
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCCATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCTCCAAGTACACAT
TCAATTATTGTCTGTTGTAACCAAAAATACAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAACCTTAG
Found at i:10652 original size:172 final size:160
Alignment explanation
Indices: 10391--10720 Score: 358
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
10381 AAGACTTTTG
* * * *
10391 AAGGAATGGGTTACTTTAAATAGACTTTTCTTCAAAAAGAATCTCTTTTTCTTCACGTTTATGGA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTGCAAAAAGAATCTCCTTTTCTTCACGTTTATGGA
* * *
10456 GGTAAACTTTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAA-TGTAATAAAAATTCAACTTAAAGTCAGT
66 GGTAAACATTCAAATATAGTCTGTTTTAAC-AAAAAGTGT-A-AAAAATTCAACTTAAAATCAGT
*
10520 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTANNNNNNNNNNTT
128 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA----------TT
* * * * * *
10563 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGC-CAATGAATGTCCTTTTCTTCACGTTTTTTG
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT-CTGCAAAAAGAATCTCCTTTTCTTCACGTTTATGG
* * * *
10627 AGGTAGACATTCAAATATTGTCTGTTTTAACAAAAAGTGTAAACAATTCAACTTAAAATTAGTTA
65 AGGTAAACATTCAAATATAGTCTGTTTTAACAAAAAGTGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTA
10692 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
130 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
10721 ATAANNNNNN
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 18, Indels: 6
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 49 0.36
171 6 0.04
172 80 0.58
173 3 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (160 bp):
AAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTGCAAAAAGAATCTCCTTTTCTTCACGTTTATGGA
GGTAAACATTCAAATATAGTCTGTTTTAACAAAAAGTGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTAT
GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTATT
Found at i:11591 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11409--11860 Score: 442
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 170
11399 NNNNNNNNNN
* * * *
11409 TTTTTAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTGTTCCTTCACGTTT
1 TTTTAAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTT
* *
11474 CTCTAGGTACACATTCAATTATTG-CT-TATTGTAACAAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAA
65 CTCTAGGTACACATTCAATTATAGTCTGT-TT-TAACAAAAAATGTAAAACAATTGAACTTAAAA
* * * *
11537 TCAGTTACGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAA-GC
128 TCAATTACGACATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGC
********** * **
11579 ATTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGANNNNNNNNNNCAATGAATACTTTTTTTTTCATATT
1 -TTTTAAAGGAATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTT
* ** * * * *
11644 TCTCTAGGTACACGTTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTGAAACCATTGAATTTCAAAT
64 TCTCTAGGTACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTGAACTTAAAAT
* **
11709 CAATTAGGACATTATAAAACCATTTAAAACTTGTAATAAGGC
129 CAATTACGACATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGC
* * * * * *
11751 TTTTGAAGGAATGGGTTACTTTAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATCCTTTTTTCTTCACGTTT
1 TTTTAAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTT
* ** *
11816 ATGGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTA
65 CTCTAGGTACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTA
11861 GAAAANNNNN
Statistics
Matches: 217, Mismatches: 59, Indels: 10
0.76 0.21 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 208 0.96
172 7 0.03
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTTTAAAGGAATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTC
TCTAGGTACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTGAACTTAAAATCA
ATTACGACATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGC
Found at i:13016 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12477--14344 Score: 2042
Period size: 171 Copynumber: 11.0 Consensus size: 171
12467 NNNNNNNNNN
* * * *
12477 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAACCTTTTGAAGAAATGGGTGACTCTAAATGG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * *** *
12542 ACTTTTCATGCCAATGAATTCATTTTTCTTCATGTCTATCAAGGTAGGTATTCAATTATAGTCTA
66 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAGTCTG
* *
12607 TTTTAA-ACAAAAATGTAGAAA-AATTTAACTTAAAATCAGTA
131 TTTTAATA-AAAAATGTA-AAACAATTCAACTTAAAATCAGTT
* * * *
12648 ATAAGATTATAAAACCATTTAGAGCGAGTAATAAACCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * * *
12713 AATTTTCTTCCCAATGAATGCATTTTTCTCCATGTTTCCCAA-G-ACACATTCAATTGTAGTCTA
66 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAGTCTG
* * * *
12776 TTTTAATGAAAAATGTAAAATAATTCAACTAAAAATCAATT
131 TTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTT
* ** *
12817 AGGAGATTATAAAACCATTTCGAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * *
12882 ACTTTTTTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTAATGTTTCTCAAGGTACACGTTCAATTGTAGTCTG
66 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAGTCTG
* * ** *
12947 TTTTAATGAAAAATGTGAAACAATTCAACTCCAAATCAATT
131 TTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTT
* * * * *
12988 A-GAATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGAGTGTAAATG
1 ATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
* * * * * * *
13052 GACTTTTCTTTCCAAAGAAT-TTCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGAAATTCAATTATAATC
65 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAGTC
* * **
13116 TGTTTTAAATAAAAAA-GTAAAAAAATTGAACTTAATGTCAGTT
129 TGTTTT-AATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTT
* * ** * * * *
13159 ATTAGTTTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGCATTTTTAAGAAATGAGTGACTATAAATGG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * ** * * * * *
13224 ACTTTTCTTACCAATGAATACCCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGATATTCAAATATTGTCTG
66 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAGTCTG
** *
13289 TTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATTAGTT
131 TTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTT
* * *
13329 ATGAGATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGCAATGGGTGACTATATATGG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* ** * * * *
13394 ACTTTTCTTGCGAATGAATATTTTTTTCCTCACGTTTCTCAAGGTGCACATTCAATTACAGTCTG
66 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAGTCTG
* *
13459 TTTTAACAAAAAATGTAAAAC-ATTCAACATAAAATCAGTT
131 TTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTT
* * ** * * * * *
13499 AGGAGATTAGAAAAGTAATTAAAGCGAGTGATAAGCCTTTTGAAGGAATCGGTGACTGTAAATAG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * *
13564 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTATTTCTTCACGTTTCTCTAGGTACACATTCAATTATTGTTTG
66 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAGTCTG
* * *
13629 TTGTAATAAAAAATGTAAAATAACTCAACTTAAAATCAGTT
131 TTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTT
* *
13670 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * *
13735 ACTTTTCTCGCCAATGAATTCTTTTTTCTTCAAGCTTCTTAA-G-ACACATTCAATTGTAGTCTG
66 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAGTCTG
*
13798 TTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATT
131 TTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTT
* * * *
13839 AAGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* ** * * * * * *
13904 AGTTTTCTTGTTAATGAATCCATTTTTCTTCATGTTTATGAAGGTAGACATTCAATTATAGTATG
66 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAGTCTG
*
13969 TTTTAATAAAAAATGTAGAAAC-ATTCAACTTAAAATCAGTA
131 TTTTAATAAAAAATGTA-AAACAATTCAACTTAAAATCAGTT
* * * * ******
14010 ATGAGATTAGAAAATCAGTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTTAAGGAATGGGTGACTATNNNNNN
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
**** * * * *
14075 NNNNTTCTTGCCAATGAATGCTTGTTTCTTTATGTTTCTCTAA-GTACACATTCAATTATTGTTT
66 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTACACATTCAATTATAGTCT
** ** *
14139 GTTGAAACCAAAAGTGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTT
130 GTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTT
* * * * * *
14181 ATGAGATTATAAGACCATTTAAA--GTGTAATAAACCTTTTGAAGGAATAGGTGAGTACAAATGG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * ** * *
14244 ACTTTTCTTCCCAATGAATGCTTTTCTCTTCACATTTCCCAA-G-ACACATTCAATTGTAGTCTG
66 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAGTCTG
* *
14307 TTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCA
131 TTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCA
14345 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1418, Mismatches: 262, Indels: 38
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
167 49 0.03
168 6 0.00
169 345 0.24
170 301 0.21
171 703 0.50
172 14 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
ACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAGTCTG
TTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTT
Found at i:13486 original size:511 final size:507
Alignment explanation
Indices: 12479--14344 Score: 2010
Period size: 511 Copynumber: 3.7 Consensus size: 507
12469 NNNNNNNNAT
* * * *
12479 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAACCTTTTG-AAGAAATGGGTGACTCTAAATGGA
1 GAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAG-AATGGGTGACTGTAAATGGA
* * * * ** *
12543 CTTTTCATGCCAATGAATTCATTTTTCTTCATGTCTATCAAGGTAGGTATTCAATTATAGTCTAT
65 CTTTTCTTGCCAATGAATTC-TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGAAATTCAATTATAGTCTGT
* * * * * *
12608 TTTAAACAAAAATGTAGAAAAATTTAACTTAAAATCAGTAATAAGATTATAAAACCATTTAGAGC
129 TTTAAATAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
12673 GAGTAATAAACCTTTTGAAGGAAT-AGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTCCCAATGAATGCATT
194 GAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACATT
* ** * * *
12737 TTTCTCCATGTTTCCCAAGACACATTCAATTGTAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAATAATTC
258 TTTCTTCATGTTTCTTAAGACACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTC
* * **
12802 AACTAAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTCGAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATG
323 AACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATG
* * * * * *
12867 AGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTAATGTTTCTCAAGGTACACG
388 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTGCACA
* * * * *
12932 TTCAATTGTAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTGAAACAATTCAACTCCAAATCAATTA
453 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAC-ATTCAACT-AAAATCAGTTA
* * * *
12989 GAATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGAGTGTAAATGGA
1 G-AGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGACTGTAAATGGA
* * *
13054 CTTTTCTTTCCAAAGAATTTCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGAAATTCAATTATAATCTGT
65 CTTTTCTTGCCAATGAA-TTCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGAAATTCAATTATAGTCTGT
* ** * * **
13119 TTTAAATAAAAAAGTAAAAAAATTGAACTTAATGTCAGTTATTAGTTTATAAAATTATTTAAAGC
129 TTTAAATAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * **
13184 GAGTAATAAGCATTTTTAAGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCCTT
194 GAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACATTT
* * * * * **
13249 TTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGATATTCAAATATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATT
259 TTCTTCATGTTTCTTAA-G-ACACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATT
* * * * *
13313 CAACTTAAAATTAGTTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGCAAT
322 CAACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAAT
* * * * *
13378 GGGTGACTATATATGGACTTTTCTTGCGAATGAATATTTTTTTCCTCACGTTTCTCAAGGTGCAC
387 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTGCAC
* *
13443 ATTCAATTACAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACATTCAACATAAAATCAGTTA
452 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACATTCAAC-TAAAATCAGTTA
** * * * * *
13500 GGAGATTAGAAAAGTAATTAAAGCGAGTGATAAGCCTTTTGAAGGAATCGGTGACTGTAAATAGA
1 -GAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGACTGTAAATGGA
* * * * * *
13565 CTTTTCTTGCCAATGAATGCTTATTTCTTCACGTTTCTCT-AGGTACACATTCAATTATTGTTTG
65 CTTTTCTTGCCAATGAATTCTT-TTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGAAATTCAATTATAGTCTG
* * * *
13629 TTGT-AATAAAAAATGTAAAATAACTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
128 TTTTAAATAAAAAA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATAAGATTATAAAACCATTTAAA
* * ** * *
13693 GCGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTCGCCAATGAATTCTT
192 GCGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACAT
* *
13758 TTTTCTTCAAGCTTCTTAAGACACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATT
257 TTTTCTTCATGTTTCTTAAGACACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATT
* *
13823 CAACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
322 CAACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAAT
* * ** * * * *
13888 GGGTGACTATAAATAGAGTTTTCTTGTTAATGAATCCATTTTTCTTCATGTTTATGAAGGTAG-A
387 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT-GCA
* *
13952 CATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATGTAGAAACATTCAACTTAAAATCAGTAA
451 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTA-AAACATTCAAC-TAAAATCAGTTA
* * * * * *******
14011 TGAGATTAGAAAATCAGTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTTAAGGAATGGGTGACTATNNNNNNN
1 -GAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGACTGTAAATGGA
*** * * * * * *
14076 NNNTTCTTGCCAATGAATGCTTGTTTCTTTATGTTTCTCTAA-GTACACATTCAATTATTGTTTG
65 CTTTTCTTGCCAATGAATTCTT-TTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGAAATTCAATTATAGTCTG
* * ** * * *
14140 -TTGAAACCAAAAGTGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAGACCATTTAAA
128 TTTTAAA-TAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATAAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * *
14204 --GTGTAATAAACCTTTTGAAGGAAT-AGGTGAGTACAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGC-
192 GCGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACA
** ** *
14265 TTTTCTCTTCACATTTCCCAAGACACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAACAA
256 TTTT-TCTTCATGTTTCTTAAGACACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAA
*
14330 TTTAACTTAAAATCA
320 TTCAACTTAAAATCA
14345 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1145, Mismatches: 192, Indels: 39
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
508 4 0.00
509 151 0.13
510 159 0.14
511 635 0.55
512 164 0.14
513 32 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (507 bp):
GAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGACTGTAAATGGAC
TTTTCTTGCCAATGAATTCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGAAATTCAATTATAGTCTGTTT
TAAATAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
GTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACATTTTT
CTTCATGTTTCTTAAGACACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAAC
TTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGT
GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTGCACATTC
AATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACATTCAACTAAAATCAGTTA
Found at i:13903 original size:340 final size:339
Alignment explanation
Indices: 12479--14344 Score: 2012
Period size: 340 Copynumber: 5.5 Consensus size: 339
12469 NNNNNNNNAT
* * * *
12479 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAACCTTTTGAAGAAATGGGTGACTCTAAATGGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * *** *
12544 TTTTCATGCCAATGAATTCATTTTTCTTCATGTCTATCAAGGTAGGTATTCAATTATAGTCTATT
66 TTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAGTCTGTT
* * * *
12609 TTAA-ACAAAAATGTAGAAAAATTTAACTTAAAATCAGTAATAAGATTATAAAACCATTTAGAGC
130 TTAATA-AAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * *
12673 GAGTAATAAACCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTCCCAATGAATGCATTT
193 GAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCTTTT
* ** * * * *
12738 TTCTCCATGTTTCCCAAG-ACACATTCAATTGTAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAATAATTC
258 TTCTTCATGTTTCTTAAGTACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTC
* *
12802 AACTAAAAATCAATTAG
323 AACTTAAAATCAGTTAG
** *
12819 GAGATTATAAAACCATTTCGAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * *
12884 TTTTTTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTAATGTTTCTCAAGGTACACGTTCAATTGTAGTCTGTT
66 TTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAGTCTGTT
* * ** * *
12949 TTAATGAAAAATGTGAAACAATTCAACTCCAAATCAATTA-GAATATTATAAAACCATTTAAAGC
130 TTAATAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
13013 GAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGTGAGTGTAAATGGACTTTTCTTTCCAAAGAATT-TCT
193 GAGTAATAAGCCTTTT-AAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCT-T
* * * *
13076 TTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGAAATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAAAAA-GTAAAAAA
256 TTTTCTTCATGTTTCTTAA-GTACACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AATAAAAAATGTAAAACA
* ** *
13140 ATTGAACTTAATGTCAGTTAT
319 ATTCAACTTAAAATCAGTTAG
* * ** * * * *
13161 TAGTTTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGCATTTTTAAGAAATGAGTGACTATAAATGGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * *
13226 TTTTCTTACCAATGAATACCCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGATATTCAAATATTGTCTGTT
66 TTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAGTCTGTT
** * *
13291 TTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATTAGTTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGCGA
130 TTAATAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * *
13356 GTAATAAGCCTTTTGAAGCAATGGGTGACTATATATGGACTTTTCTTGCGAATGAATAT-TTTTT
195 GTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-TCTTTTT
* * * * * *
13420 TCCTCACGTTTCTCAAGGTGCACATTCAATTACAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAC-ATTC
259 TCTTCATGTTTCTTAA-GTACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTC
*
13484 AACATAAAATCAGTTAG
323 AACTTAAAATCAGTTAG
* ** * * * * *
13501 GAGATTAGAAAAGTAATTAAAGCGAGTGATAAGCCTTTTGAAGGAATCGGTGACTGTAAATAGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * *
13566 TTTTCTTGCCAATGAATGCTTATTTCTTCACGTTTCTCTAGGTACACATTCAATTATTGTTTGTT
66 TTTTCTTGCCAATGAATGCTT-TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAGTCTGTT
* *
13631 GTAATAAAAAATGTAAAATAACTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
130 TTAATAAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* *
13696 AGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTCGCCAATGAATTCTTTTT
194 AGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCTTTTT
* * *
13761 TCTTCAAGCTTCTTAAG-ACACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCA
259 TCTTCATGTTTCTTAAGTACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCA
* *
13825 ACTTAAAATCAATTAA
324 ACTTAAAATCAGTTAG
* * * *
13841 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAG
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
** * * * * *
13906 TTTTCTTGTTAATGAATCCATTTTTCTTCATGTTTATGAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTT
66 TTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAGTCTGTT
* * * * *
13971 TTAATAAAAAATGTAGAAACATTCAACTTAAAATCAGTAATGAGATTAGAAAATCAGTTAAAGCG
130 TTAATAAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* ********** * *
14036 AGTAATAAGCCTTTTTAAGGAATGGGTGACTATNNNNNNNNNNTTCTTGCCAATGAATGCTTGTT
194 AGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCTTTTT
* * * ** ** *
14101 TCTTTATGTTTCTCTAAGTACACATTCAATTATTGTTTGTTGAAACCAAAAGTGTAAAACAATTC
259 TCTTCATGTTTCT-TAAGTACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTC
*
14166 AACTTAAAATCAGTTAT
323 AACTTAAAATCAGTTAG
* * * * * *
14183 GAGATTATAAGACCATTTAAA--GTGTAATAAACCTTTTGAAGGAATAGGTGAGTACAAATGGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* ** * *
14246 TTTTCTTCCCAATGAATGCTTTTCTCTTCACATTTCCCAA-G-ACACATTCAATTGTAGTCTGTT
66 TTTTCTTGCCAATGAATGCTTTT-TCTTCATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAGTCTGTT
* *
14309 TTAATGAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCA
130 TTAATAAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCA
14345 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1268, Mismatches: 235, Indels: 48
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
337 3 0.00
338 48 0.04
339 44 0.03
340 672 0.53
341 257 0.20
342 235 0.19
343 9 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
TTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAGTCTGTTT
TAATAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
TAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCTTTTTTC
TTCATGTTTCTTAAGTACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAAC
TTAAAATCAGTTAG
Found at i:16156 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15859--17177 Score: 1405
Period size: 171 Copynumber: 7.7 Consensus size: 170
15849 TTATTAGATT
* * * *
15859 ATAAGCATTTTTAAGGAATGAGTGACTATAAAT-GATCTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCT
1 ATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT
* *
15923 TCACGTTTCTTAAGCTAGACATTCAAATATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
65 TCACGTTTCTT-AGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * **
15988 TTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTCCAAGCGAGTA
129 TTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * *** *
16030 ATAGGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATTAATGAATGCTTTTTTCTT
1 ATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT
* * ** * *
16095 CACGTTTCTTACTGTAGACATTCTATTATACTCCGTTTTAACCAAATATGTAAAAAAATTCAACT
66 CACGTTTCTTA-GGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * *
16160 TAAAGTCAGTTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCAAGTA
130 TAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* *
16201 ATAAGCCTTCTT-AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCCTTTTAT
1 ATAAGCCTT-TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT
* * * * * * * * *
16265 TCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATTCTTTGTCTTAGCTAAAAGTTTAAAAAAATTCAAT
65 TCACGTTTCTT-AGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* *
16330 TTAGAATCTGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-TA
129 TTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
16371 AGTAAGCATTTCGAAGAAATGCGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-CCTTTTTTC
1 A-TAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCC-TTTTTC
* * * * * ** *
16435 TTCATGTTTCTCAAGGTAGGCACTCAATTATAGTCTGTTTTAAATAAAAATGTAGAAAAATTCAA
64 TTCACGTTTCT-TAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
** * * *
16500 CTTAAAATCAGGAATGAGATTATAAAACCAGTTAAAGAGAGAA
128 CTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * *
16543 ATAAGCCTTTTTAAGCAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTGCTTCT
1 ATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT-TTTCT
* * * * * * *
16607 TTATGTTTCTCTAGGTACACATTCAATTATTGTTTGTTGTAACCAAAAGTGTAAAACAATTCAAC
65 TCACGTTTCT-TAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * *
16672 TTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAAC-ATCTA
129 TTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTA
* * *
16714 ATAAACCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTT
1 ATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT
* * * * * * ** *
16779 CACGTTTCCTAAG-ACACATTCACTT-TTCGTTTCTTTTAATGAAAAATGTAAAATAATTCAACT
66 CACGTTTCTTAGGTAGACATTCAATTATT-GTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * * * *
16842 TAAAATTAATTAGGAGATTATAAAACGATTTCAAGCGAGTA
130 TAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
16883 ATAAGGCTTTTGATGGAATAGGTGACTTTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTT
1 ATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT
* * * ** * *
16948 CATGTTTCTCATGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAACAATTGAACT
66 CACGTTTCTTA-GGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * * ** * *
17013 TAAAGTCAGTTATAAGATTACAAAATGATTTAAGGCAAGTA
130 TAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * *
17054 ATAACCCTTCTT-AATGAATAGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCCTTTTAT
1 ATAAGCCTT-TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT
* *
17118 TCACGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAAT
65 TCACGTTTCTT-AGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
17178 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 947, Mismatches: 181, Indels: 40
0.81 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 139 0.15
170 15 0.02
171 779 0.82
172 12 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT
CACGTTTCTTAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
AAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
Found at i:21300 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 21008--23154 Score: 2156
Period size: 171 Copynumber: 12.6 Consensus size: 170
20998 NNNNNNNNNN
* * * * *
21008 AGGAATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATCCGTTTTTCTTAATGTTTCTAAAG
1 AGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCC-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAG
** * *
21073 GTAGGTATTCAATTATAGTCTGTTTTACCCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTAT
65 GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTAT
*
21138 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGA
130 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGA
* * * * * * **
21179 AAGAATGAGTGACTATAAATAGATTTTTCTTGCTAATGAATTTCTTTTTCCTT-ATGTTTCTTGA
1 AGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TCCTTTTT-CTTCACGTTTCTCAA
* * **
21243 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTTGACTTAAAATC-GTTT
64 GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAG-TT
* * *
21307 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTTATAAGCCTTTTAA
128 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGA
* * *
21350 AGTAATGAGTGACTATAAATGGACTGTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAG
1 AGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-CCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAG
* * * * ** *
21415 ATACACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAACCAATTCAACTTAAAATCAGTTAC
65 GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTAT
* * ** * *
21480 AAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCCACAAACC-TTTGA
130 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGA
* * * *
21520 AGGAATGAGTTACTATAAATGGACTTTTCTCGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG
1 AGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-CCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAG
* * * * * ** ** ** * * * *
21585 ATACACATTCAATTGTAATCTGTTCTAATGAAAAATGCGAAACTATTGAACTTCAAATCAATTAG
65 GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTAT
* * *
21650 GATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
130 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGA
* * * * *** *
21691 AGGAATGACTTACCT-TAAATAGATTTTTCTTTAAAAAGAATCTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAA
1 AGGAATGAGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATC-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAA
* * *
21755 GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTA
64 GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTA
* * * *
21820 TGAGATTATAAAACCATTTAATGCGAGTAATAAACTTTTTTA
129 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGA
* * * * * **
21862 AGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCCTGCCAGTGAATGTCC-TTCTCTTCACGTTTCTTGA
1 AGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA--TCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAA
* * *
21926 GGTAGACATTCAAATATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTT-AAATAAGTTA
64 GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTA
*
21989 TAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGA
129 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGA
* * * *
22031 AGAAAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTGTCAAG
1 AGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAG
* * * * * *** *
22095 GT-GTACAATCATTTATAGTCTGTTTTAACCAGAAATATAGAAAAATTTTGCTTAAAATAAGTTA
65 GTAG-ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTA
* *
22159 TGAGATTATAAAACCAGTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTCTGA
129 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGA
* * * * * * *
22201 AGGAATCG-GTGACTGTAAATGCACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTGTTTCTTCACATTTCACTA
1 AGGAAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCTT-TTTCTTCACGTTTCTCAA
* * * ** * * *
22265 GGAACACATTCAATTATTG-CTTGTTACAACAAAAAATGTAGAACAATTCAACTTAAAATCAGTT
64 GGTAGACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTT
* *
22329 ATGAGATTATAAAACCATTTAGAGCGAGTAATAAGTCTTTT-A
128 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGA
* * * * * *
22371 ACTGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCTTTTTTCTACATGCTTCTCCA
1 A-GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAA
* ** * *
22436 -G-ACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTA
64 GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTA
** * * * **
22499 ACAGATTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATACGGGTTTTGA
129 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGA
* * * * **
22541 AGGAATGGGTGACTATAAACGGACTTTTCTT-CTAAATGAATCCCTTTTTCTTCACGTTTATGGA
1 AGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-CCTTTTTCTTCACGTTTCTCAA
* * ** * * *
22605 GGTAGATATTTAATTATAGTCTACTTTAACCAAAAATGTAGAAAAATTCAACTTAAAATAAGTAA
64 GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTA
* * * *
22670 TGAGATTATAAAATCAGTTAAAGCGAGTAATAAACCTTTTTA
129 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGA
* * * **
22712 AGAAAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTGTTTCTTTACGTTTCTCTT
1 AGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-CCTTTTTCTTCACGTTTCTCAA
* * * * * * * * *
22776 CGTACACAGTCAATTATTA-TTTGTTGTAATCAAAAGTGTAAAACAATTCATCTTAAAATCAGTT
64 GGTAGACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTT
*
22840 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAACCTTTTGA
128 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGA
* * * *
22883 TGGAAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGCATTTTTCTCCACGTTTCTCAA
1 AGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-CCTTTTTCTTCACGTTTCTCAA
* * * ** * * * *
22947 -GT-CACATTCAATTGTAGTCTATTTTAATGAAAAACGTAAAACAATTCAACTAAAAATCAATTA
64 GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTA
* * * * *
23010 GGAGATTATAAAATCATTTCAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGA
129 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGA
* ** * **
23052 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTAAATGAATCCCTTTTTCTTCACGTTTATGGAG
1 AGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-CCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAG
* *
23117 TTAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT
65 GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT
23155 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1618, Mismatches: 320, Indels: 76
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 49 0.03
169 357 0.22
170 262 0.16
171 930 0.57
172 15 0.01
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGG
TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATG
AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGA
Found at i:22513 original size:340 final size:338
Alignment explanation
Indices: 21010--23154 Score: 1998
Period size: 340 Copynumber: 6.3 Consensus size: 338
21000 NNNNNNNNAG
* * * * * *
21010 GAATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATCCGTTTTTCTTAATGTTTCTAAAGGT
1 GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGT
*** ** * * *
21075 AGGTATTCAATTATAGTCTGTTTTACCCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGA
66 ACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
21140 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATAGATTT
131 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAACCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATGGACTT
* * * * *
21205 TTCTTGCTAATGAATTTCTTTTTCCTT-ATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAAT-C-TGT
195 TTCTTGCCAATGAA-TGCTTTTT-CTTCACGTTTCCTGAGGTACACATTCAATTAT--TGCTTG-
* * ** *
21267 TTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTTGACTTAAAATC-GTTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
255 TTTAACCAAAAATGTAGAAAAATTCAACTTAAAATCAG-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* *
21331 CGAGTTATAAGCCTTTTAAA
319 CGAGTAATAAGCCTTTTGAA
* * *
21351 GTAATGAGTGACTATAAATGGACTGTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGA
1 G-AATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGG
* * * *
21416 TACACATTCAATTATTGTCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAACCAATTCAACTTAAAATCAGTTAC
65 TACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * ** * *
21480 AAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCCACAAACC-TTTGAAGGAATGAGTTACTATAAATGGAC
129 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAACCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
21544 TTTTCTCGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGATACACATTCAATTGTAAT-C-T
193 TTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCCT-GAGGTACACATTCAA-T-TATTGCTT
** * * * * * * *
21606 GTTCTAATGAAAAATG-CGAAACTATTGAACTTCAAATCAATTAGGATATTATAAAACCATTTAA
254 GTT-TAACCAAAAATGTAGAAA-AATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* *
21670 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
317 AGCGAGTAATAAGCCTTTTGAA
* * * * *** *
21692 GGAATGACTTACCT-TAAATAGATTTTTCTTTAAAAAGAAT-CTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAA
1 -GAATGAGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCT-TTTTTCTTCACGTTTCTCAA
* * *
21755 GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATT
63 GGTACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
21819 ATGAGATTATAAAACCATTTAATGCGAGTAATAAACTTTTTTAAGGAATGGGTAACTATAAATGG
127 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAACCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGG
* * * * * * *
21884 ACTTTTCCTGCCAGTGAATGTCCTTCTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAAATATTG-TCT
191 ACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTACACATTCAATTATTGCT-T
* *
21948 GTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAATTCAACTT-AAATAAGTTATAAGATTATAAAACCATTTAAA
254 G-TTTAACCAAAAATGTAGAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
22011 GCGAGTAATAAGCCTTTTGAA
318 GCGAGTAATAAGCCTTTTGAA
* * *
22032 GAAAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTGTCAAG
1 G-AATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAG
** * * * * * ***
22095 GTGTACAATCATTTATAGTCTGTTTTAACCAGAAATATAGAAA-AATTTTGCTTAAAAT-AAGTT
64 GTACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTA-AAACAATTCAACTTAAAATCAA-TT
* * * * *
22158 ATGAGATTATAAAACCAGTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTCTGAAGGAATCGGTGACTGTAAATGC
127 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAACCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGG
* * *
22223 ACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTGTTTCTTCACATTTCACT-AGGAACACATTCAATTATTGCTT
191 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCTT-TTTCTTCACGTTTC-CTGAGGTACACATTCAATTATTGCTT
* * * *
22287 GTTACAACAAAAAATGTAGAACAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAGA
254 GTT-TAACCAAAAATGTAGAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
*
22352 GCGAGTAATAAGTCTTTT-AA
318 GCGAGTAATAAGCCTTTTGAA
* * * * *
22372 CTGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCTTTTTTCTACATGCTTCTCCA-
1 --GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAG
* *
22436 G-ACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAA
64 GTACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * **** *
22500 CAGATTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATACGGGTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGAC
129 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAACCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * *
22565 TTTTCTT-CTAAATGAATCCCTTTTTCTTCACGTTT-ATGGAGGTAGATATTTAATTATAGTCTA
193 TTTTCTTGC-CAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCCT-GAGGTACACATTCAATTATTG-CTT
* * * * *
22628 CTTTAACCAAAAATGTAGAAAAATTCAACTTAAAATAAGTAATGAGATTATAAAATCAGTTAAAG
254 GTTTAACCAAAAATGTAGAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* *
22693 CGAGTAATAAACCTTTTTAA
319 CGAGTAATAAGCCTTTTGAA
* * **
22713 GAAAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACC-TGTTTCTTTACGTTTCTCTT
1 G-AATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-CCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAA
* * * * * * *
22776 CGTACACAGTCAATTATTA-TTTGTTGTAATCAAAAGTGTAAAACAATTCATCTTAAAATCAGTT
63 GGTACACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATT
*
22840 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAACCTTTTGATGGAATAGGTGACTATAAATGG
127 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAACCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGG
* * * * * *
22905 ACTTTTCTTCCCAATGAATGCATTTTTCTCCACGTTT-CTCAAGT-CACATTCAATTGTAGTCTA
191 ACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTACACATTCAATTATTG-CT-
** * * * * * *
22968 T-TTTAATGAAAAACGTA-AAACAATTCAACTAAAAATCAATTAGGAGATTATAAAATCATTTCA
253 TGTTTAACCAAAAATGTAGAAA-AATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* *
23031 AGCGAGTAATTAGGCTTTTGAA
317 AGCGAGTAATAAGCCTTTTGAA
* ** * * ** *
23053 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTAAATGAATCCCTTTTTCTTCACGTTTATGGAGT
1 -GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGG
* * *
23118 TAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT
65 TACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGT
23155 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1472, Mismatches: 271, Indels: 123
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 7 0.00
339 195 0.13
340 518 0.35
341 371 0.25
342 371 0.25
343 10 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (338 bp):
GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGT
ACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAACCTTTTGAAGGAATGGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTACACATTCAATTATTGCTTGTTTAAC
CAAAAATGTAGAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
TAAGCCTTTTGAA
Found at i:22823 original size:511 final size:508
Alignment explanation
Indices: 21016--23154 Score: 2246
Period size: 511 Copynumber: 4.2 Consensus size: 508
21006 NNAGGAATAA
* * * * * *
21016 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATCCGTTTTTCTTAATGTTTCTAAAGGTAGGTAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATCCCTTTTTCTTCATGTTTATCAAGGTAGATAT
* * * *
21081 TCAATTATAGTCTGTTTTACCCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTAT
65 TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAGAAAAATTCAACTTAAAATAAGTTATGAGATTAT
* * *
21146 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAA-AGAATGAGTGACTATAAATAGATTTTTCTT
130 AAAACCAGTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGA-AATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * * *
21210 GCTAATGAATTTCTTTTTCCTT-ATGTTTCT-TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGC
194 GCTAATGAA-TCCTGTTT-CTTCACGTTTCTCT-AGGTACACATTCAATTATTATCTGTTTTAAC
* ** * *
21273 CAAAAATGTAAAAAAATTTGACTTAAAATC-GTTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTT
256 AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAG-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* *
21337 ATAAGCCTTTTAAAGTAATGAGTGACTATAAATGGACTGTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTT
320 ATAAGCCTTTTAATG-AATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTT
* *
21402 CACGTTTCTCAAGATACACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAACCAATTCAACT
384 CACGTTTCTCAAG-TACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAACAATTCAACT
* * * * *
21467 TAAAATCAGTT-ACAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCCACAAAC--C-TTTGAAGGAATGA
447 TAAAATCAATTAAC-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG-TA-ATACGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * * * * *
21528 GTTACTATAAATGGACTTTTCTCGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATACACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCT-TCCAATGAATCCCTTTTTCTTCATGTTTATCAAGGTAGATAT
* * * ** * * * * * *
21593 TCAATTGTAATCTGTTCTAATGAAAAATG-CGAAACTATTGAACTTCAAATCAA-TTAGGATATT
65 TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAGAAA-AATTCAACTTAAAAT-AAGTTATGAGATT
* * * * * * *
21656 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGACTTACCT-TAAATAGATTTTTC
128 ATAAAACCAGTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGAAATGAGTGA-CTATAAATAGACTTTTC
*** * * * *
21720 TTTAAAAAGAATCTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAA
192 TTGCTAATGAATC-CTGTTTCTTCACGTTTCTCTAGGTACACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAA
* * * *
21784 CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAATGCGAGTA
255 CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * * * *
21849 ATAAACTTTTTTAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCCTGCCAGTGAATG-TCCTTCTCT
320 ATAAGC-CTTTTAATGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-TTTTTCT
* * * * * *
21913 TCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAAATATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAAC
383 TCACGTTTC-TCAAGTACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAACAATTCAAC
* * * *
21977 TT-AAAT-AAGTTATA-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGAAATAG
446 TTAAAATCAA-TTA-ACAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATACGGCTTTTGAAGGAATGG
* * *
22039 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTGTCAAGGT-GTACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATCCCTTTTTCTTCATGTTTATCAAGGTAG-ATA
* * * * ***
22102 ATCATTTATAGTCTGTTTTAACCAGAAATATAGAAAAATTTTGCTTAAAATAAGTTATGAGATTA
64 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAGAAAAATTCAACTTAAAATAAGTTATGAGATTA
* * *
22167 TAAAACCAGTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTCTGAAGGAATCG-GTGACTGTAAAT-GCACTTTTC
129 TAAAACCAGTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGAAAT-GAGTGACTATAAATAG-ACTTTTC
* * * * * **
22230 TTGCTAATGAATGCTTGTTTCTTCACATTTCACTAGGAACACATTCAATTATT-GCTTGTTACAA
192 TTGCTAATGAAT-CCTGTTTCTTCACGTTTCTCTAGGTACACATTCAATTATTATC-TGTTTTAA
* * *
22294 CAAAAAATGTAGAACAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAGAGCGAGTA
255 CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * *
22359 ATAAGTCTTTTAACTGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCTTTTTTCTA
320 ATAAGCCTTTTAA-TGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTT
* * *
22424 CATGCTTCTCCAG-ACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTT
384 CACGTTTCTCAAGTACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAACAATTCAACTT
* * *
22488 AAAATCAATTAACAGATTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATACGGGTTTTGAAGGAATGG
448 AAAATCAATTAACAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATACGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * **
22549 GTGACTATAAACGGACTTTTCTTCTAAATGAATCCCTTTTTCTTCACGTTTATGGAGGTAGATAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTC-CAATGAATCCCTTTTTCTTCATGTTTATCAAGGTAGATAT
* ** *
22614 TTAATTATAGTCTACTTTAACCAAAAATGTAGAAAAATTCAACTTAAAATAAGTAATGAGATTAT
65 TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAGAAAAATTCAACTTAAAATAAGTTATGAGATTAT
* * * *
22679 AAAATCAGTTAAAGCGAGTAATAAACCTTTTTAAGAAAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
130 AAAACCAGTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGAAATGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * ** * * *
22743 GCCAATGAATACCTGTTTCTTTACGTTTCTCTTCGTACACAGTCAATTATTATTTGTTGTAATC-
194 GCTAATGAAT-CCTGTTTCTTCACGTTTCTCTAGGTACACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CA
* * *
22807 AAAAGTGTAAAACAATTCATCTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
257 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
22872 AAACCTTTTGATGGAAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGCATTTTTCTCC
322 AAGCCTTTTAAT-GAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTC
* * * *
22936 ACGTTTCTCAAGT-CACATTCAATTGTAGTCTATTTTAATGAAAAACGTAAAACAATTCAACTAA
385 ACGTTTCTCAAGTACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAACAATTCAACTTA
** * *
23000 AAATCAATTAGGAGATTATAAAATCATTTCAAGCGAGTAATTA-GGCTTTTGAAGGAATGG
449 AAATCAATTAACAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TACGGCTTTTGAAGGAATGG
** * ** *
23060 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTAAATGAATCCCTTTTTCTTCACGTTTATGGAGTTAGATAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATCCCTTTTTCTTCATGTTTATCAAGGTAGATAT
23125 TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT
65 TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT
23155 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1354, Mismatches: 224, Indels: 99
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
508 37 0.03
509 28 0.02
510 375 0.28
511 554 0.41
512 347 0.26
513 13 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (508 bp):
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATGAATCCCTTTTTCTTCATGTTTATCAAGGTAGATATT
CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAGAAAAATTCAACTTAAAATAAGTTATGAGATTATA
AAACCAGTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGAAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
TAATGAATCCTGTTTCTTCACGTTTCTCTAGGTACACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAA
ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGC
CTTTTAATGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTT
CTCAAGTACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAA
TTAACAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATACGGCTTTTGAAGGAATGG
Found at i:24240 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 23915--24240 Score: 447
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
23905 NNNNNNNNNN
* *
23915 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTTAATTGTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAATTGAATTGTTTTACATTT
** * *****
23980 TTTGTTACAACAAGCAATAATTGAATGTGTACCTAGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCNNNNN
66 TCGGTTACAACAAACAATAATTGAATGTGTACCTAGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCAATTG
***** *
24045 NNNNNAAAATCCATTTAGAGTCACCCATTGCTTAAAAATGC
131 GCAAGAAAATCCATTTACAGTCACCCATTGCTTAAAAATGC
* *
24086 TTATTACTCGCTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAATTGAATTGTTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAATTGAATTGTTTTACATTT
* *
24151 TCGGTTACAACAAACAATAATTGAATGTGTTCCTAGAGAAACGTGAAGAAACAAGTATTC-ATTG
66 TCGGTTACAACAAACAATAATTGAATGTGTACCTAGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCAATTG
*
24215 GCAAGAAAAGTTCATTTACAGTCACC
131 GCAAGAAAA-TCCATTTACAGTCACC
24241 GATTCCTTCA
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 20, Indels: 2
0.86 0.13 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.03
171 130 0.97
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAATTGAATTGTTTTACATTT
TCGGTTACAACAAACAATAATTGAATGTGTACCTAGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCAATTG
GCAAGAAAATCCATTTACAGTCACCCATTGCTTAAAAATGC
Found at i:25022 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 24456--26929 Score: 1970
Period size: 171 Copynumber: 14.6 Consensus size: 169
24446 NNNNNNNNNN
* * *
24456 AAAAAATTCAACTTAAAGTCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGCTTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTT
* * * * * *
24521 TAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT-TCTGCCAATTAATGTCCTTTTATTCACGTTTCTT
66 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTC
* ** * * *
24585 GAGGTTGACATTCAAATATTGTTTGTTTTAACCAAAAATGT
129 CAGGTACACATTCAATTATTGCTTGTTTTAACAAAAAATGT
* *
24626 AAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATAACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTT
* * * * *
24691 GAAGAAATGGGAGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
66 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTCCA
* * * * ** *
24756 TGTGCACAATCAATTATAG-TCTGTTTTAACCCAAAATAT
131 GGTACACATTCAATTATTGCT-TGTTTTAACAAAAAATGT
** * ** *
24795 AGAAAAAGTT-TTCTTAAAATAAGTTATGATG-TTATAAAAATAATTAAAGCGAGTAATATA-CC
1 A-AAAAA-TTCAACTTAAAATCAGTTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGCC
* *
24857 TTTTGAAGGAATCGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTT
62 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTT-TTTCTTCACGTTT
* *
24922 CTCCAGGTACACATTCAATTATTGCTTGTTGTAACAAAAAAGGT
126 CTCCAGGTACACATTCAATTATTGCTTGTTTTAACAAAAAATGT
* * *
24966 AAAACAATTAAACTTAAAATCAGTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTT
1 AAAA-AATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTT
* * * ** *
25031 TGACA-GAATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAATTATTTTT-TTCTACATGCTT
65 TGA-AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTC-AC--GTTT
* **
25094 CT-CAGG-ACACATTCAATTCCAGT-C-TGTTTTAGTAAAAAATGT
126 CTCCAGGTACACATTCAATT--ATTGCTTGTTTTAACAAAAAATGT
* * * * *
25136 AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAA-AA-CAAGT
1 AAAA-AATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGC--CT
* * * *
25199 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATCCCTTTTTCTTCATGTTTA
63 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTC
** * * * *
25264 TGGAGGTAGACGTTCAATTATAG-TCTATTTTAACAAAAAATGT
127 TCCAGGTACACATTCAATTATTGCT-TGTTTTAACAAAAAATGT
* * * * *
25307 ACAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAATCAGTTAAAGCGAGTAATAAACCTTT
1 A-AAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTT
** * * *
25372 AT-AAGGAATATGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGCATGTTTCTTTACGTTTCT
65 -TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCT
* * ** * *
25436 CTAAGTACACATTCAATTATTATTTGTTGTAATC-AAAAGTGT
128 CCAGGTACACATTCAATTATTGCTTGTTTTAA-CAAAAAATGT
* * * *
25478 AAAACAATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAACCTTT
1 AAAA-AATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTT
* * * *
25543 TGAAGGAATAGGCGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGCTTTTTTCTCCATGTTTC-
65 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCT
* * * **
25606 CCAAG-ACACATTTAATTGTAAT-C-TGTTTTAATGAAAAATGT
128 CCAGGTACACATTCAA-T-TATTGCTTGTTTTAACAAAAAATGT
** * * * *
25647 AAAACAATTCAACCGAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGACTTT
1 AAAA-AATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTT
* * * *
25712 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATTAATGCATTTTCCTTCACGTTTCTT
65 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTC-T
* * * * *
25777 GC-GGTAAACATTCAATTATAG-TCTGTTTTATCCAAAAATGT
128 CCAGGTACACATTCAATTATTGCT-TGTTTTAACAAAAAATGT
* * * *
25818 AAAAAAATTCAACTGAAAGTCAGTTATGAGATTAT-AAACCTTATTAAAGCAAGTAATAAGCCTT
1 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCAT-TTAAAGCGAGTAATAAGCCTT
* * * ** *
25882 TTTAAGGAATGGGTGACTATAAATTGACTTTCCTTGCCAATGAATGCCCATTTATTCACGTTTCT
64 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCT
** * * * * * * *
25947 TGAGTTAGACATTCAATTATT-ATCTATATTAACCAAAAATTT
128 CCAGGTACACATTCAATTATTGCT-TGTTTTAACAAAAAATGT
*
25989 AAAAAAATTCAACTTAAAATCTA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAACCTT
1 -AAAAAATTCAACTTAAAATC-AGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTT
* *
26053 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCTTTTTTCTTCATGTTTCT
64 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCT
* ** * *
26118 CAAGGTAGGCATTCAATTATAGAC-TATTTTAA-AGAAAAATGT
128 CCAGGTACACATTCAATTATTG-CTTGTTTTAACA-AAAAATGT
* * * * *
26160 AGAAAAATTTAAGTTAAAATCAGTAATGAGATTATAAAACCAGTTAAAACGAGTAATAAGCCTTT
1 A-AAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTT
* * * * *
26225 TTAAGGAATGGGCGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTGTTTCTTTATGTTTCTC
65 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTT-TTTCTTCACGTTTCTC
* * * * *
26290 TATGTACACATTCAATTATT-ATT-TTTGGTAACCAAAAGTGT
129 CAGGTACACATTCAATTATTGCTTGTTT--TAACAAAAAATGT
* * *
26331 AAAACAGTTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAACCTTT
1 AAAA-AATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTT
** * *
26396 TGAAGGAATCAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCTATGAATGCTTTTTTCTTCACG-TT-T-
65 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCTC
*************************************
26458 C--GCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
129 CAGGTACACATTCAATTATTGCTTGTTTTAACAAAAAATGT
***** * * ** * * *
26497 NNNNNATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAATGATTTCAAGAGAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTT
* * ** **
26562 GATGGAATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGTAAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTA
66 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTCC
* * * * * * * *
26627 AGTTAGACATTTAATTATAG-TCTATTCTAACCAAAAATAT
130 AGGTACACATTCAATTATTGCT-TGTTTTAACAAAAAATGT
* * * *
26667 AAAACAATTCAACTTAAAGTCAGTTATAAGATTATAAAGA-CATTTAAAACAAGTAATAAGCCTT
1 AAAA-AATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAA-ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTT
* * * * * * *
26731 CTT-CAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCCTGTTATTCACCTTTC
64 -TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTC
** * * ** *
26795 TTGAGGTAGACATTCAAATATTG--TGTTTTAACCCAAAATTT
127 TCCAGGTACACATTCAATTATTGCTTGTTTTAACAAAAAATGT
* * *
26836 AAAAAAATTCAATTTAAAATCTA-TTATGAGATTATAAAATCGTTTAAAGCGAGTAATAAGCCTT
1 -AAAAAATTCAACTTAAAATC-AGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTT
26900 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
64 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
Statistics
Matches: 1830, Mismatches: 390, Indels: 169
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 98 0.05
166 4 0.00
167 1 0.00
168 4 0.00
169 283 0.15
170 357 0.20
171 1045 0.57
172 37 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTT
GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTCCA
GGTACACATTCAATTATTGCTTGTTTTAACAAAAAATGT
Done.