Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403224.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_895.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 34592
ACGTcount: A:0.24, C:0.10, G:0.09, T:0.25
Warning! 10984 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1523 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1223--1622 Score: 563
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
1213 TTTCGCTCTA
* * * *
1223 GAAACATGAAGAAAAA-CACATTCATCGGAAAGAAAAGCCTATTTAT-TGTCACCCAAACCTTCA
1 GAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTATAT-TCACCCAAGCATTCA
* * *
1286 AATGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTAGAATGTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTAGAATATTTTT
* *
1351 ATATATTTT-TTTAAAACAGATCATAATTGAATATTTTTCGTGG
129 ATAT-TTTTATTTAAAAAAGATCATAATTGAATATTTTCCGTGG
* *
1394 GAAACCTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATATTCACCCAAGCATTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTATATTCACCCAAGCATTCAAA
* *
1459 AGCCTTATTACTCTTTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTCGAATATTTTTAT
66 AGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTAGAATATTTTTAT
* * *
1524 ATTTTTATTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGG
131 ATTTTTATTTAAAAAAGATCATAATTGAATATTTTCCGTGG
** * * *
1565 GAAGGATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGGAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGC
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTATATTCACCCAAGC
1623 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 204, Mismatches: 22, Indels: 6
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.02
171 198 0.97
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTATATTCACCCAAGCATTCAAA
AGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTAGAATATTTTTAT
ATTTTTATTTAAAAAAGATCATAATTGAATATTTTCCGTGG
Found at i:2064 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1724--2100 Score: 389
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
1714 NNNNNNNNNN
* * *
1724 TAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTCAAATATTTTTATATTTTTATTTAAAACAG
1 TAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTCAAATATTTCTACATTTTTAGTTAAAACAG
* ** *
1789 ATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGGAAGGATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
66 ATTATAATTGAATGTTTTCATTGGGAACCATGAAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCA
************ *
1854 TTTATAGTCACCCAAGCTNNNNNNNNNNNNNTTACTCTCTT
131 TTTATAGTCACCCAAGCT-ACAAAAACCTTATGACTCTCTT
* * * * *
1895 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGT-TTTCTACATTTTTGGTTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAG-TCAAATATTTCTACATTTTTAGTTAAAACA
* * * * * *
1959 GATTATAATTGAATGTTTTCATTGGGAACCATTAAGAAAAATCCATTCGTTAGCATGAACAGCCT
65 GATTATAATTGAATGTTTTCATTGGGAACCATGAAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCC
2024 ATTTATAGTCACCCAAGTCCT-CAAAAACCTTATGACTCTCTT
130 ATTTATAGTCACCCAAG--CTACAAAAACCTTATGACTCTCTT
* * * *
2066 TAAAAGGTTTTATAGCCTTAAAATAGATTTTAAGT
1 TAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGT
2101 TTAANNNNNN
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 36, Indels: 7
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 160 0.96
172 4 0.02
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTCAAATATTTCTACATTTTTAGTTAAAACAG
ATTATAATTGAATGTTTTCATTGGGAACCATGAAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCA
TTTATAGTCACCCAAGCTACAAAAACCTTATGACTCTCTT
Found at i:2607 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 2565--2607 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
2555 GAGAAGCAGG
*
2565 AAGAAAAACCCATTCATTGTC
1 AAGAAAAACCCATTCATAGTC
* *
2586 AAGAAAAGCCCATTTATAGTC
1 AAGAAAAACCCATTCATAGTC
2607 A
1 A
2608 CCGAAGCCTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 19 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.21, G:0.12, T:0.23
Consensus pattern (21 bp):
AAGAAAAACCCATTCATAGTC
Found at i:2643 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2328--2722 Score: 476
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 170
2318 NNNNNNNTTT
* * * *
2328 AAGTTAAATTATTTTACATTTTTGGTTAACATAGTTTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAGCAC
1 AAGTTGAA-TATTTTACATTTTTGGTTAACACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAGCAC
* * * ******
2393 GAAGCAAAACCCATTCATTGCTAGGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAANNNNNN
65 GAAGAAAAACCCATTCATTGCTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCGAAGCCTTCAAAAGCCTAA
****
2458 NNNNTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTA
130 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTA
* *
2499 AAGTTGAATAATTTTACATTTTTTGTTAACACAGATTAT-ATATGAATGTTTACCTCGAGAAGCA
1 AAGTTGAAT-ATTTTACATTTTTGGTTAACACAGATTATAAT-TGAATGTTTACCTCAAGAAGCA
*
2563 GGAAGAAAAACCCATTCATTG-TCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCGAAGCCTTCAAAAGCCT
64 CGAAGAAAAACCCATTCATTGCT-AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCGAAGCCTTCAAAAGCCT
* * *
2627 AATTACTCTA-TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTT
128 AATTACTC-ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTA
**
2670 AAGTTGAATATTTT-CTATTTTTGGCCAA-ACAGATTATAATTGAATGTTTACCT
1 AAGTTGAATATTTTAC-ATTTTTGGTTAACACAGATTATAATTGAATGTTTACCT
2723 TTGGAAACAT
Statistics
Matches: 192, Mismatches: 26, Indels: 14
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 23 0.12
170 20 0.10
171 148 0.77
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAGTTGAATATTTTACATTTTTGGTTAACACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAGCACG
AAGAAAAACCCATTCATTGCTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCGAAGCCTTCAAAAGCCTAAT
TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTA
Found at i:4699 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3929--4700 Score: 714
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 170
3919 NNNNNNNNNN
* * * * ** *
3929 TAAAATAGATTATAATTGAATATTTACCTCTA-AAAATATAAAGAAAAACCCATTCATTGGTA-A
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-TAGGAAACGTGAAGAAAAA-CCATTCATTGGTACA
* * * * * * * **
3992 GCAAAGCCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTCTAAATAATTTTATA
64 -AAAAGCCCAATTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATA
* ********* *
4057 TTCTCATAATTGA-TTTNNNNNNNNNNTTTTATACATTTTTGGT
128 ATCTCATAATTGAGTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * *
4100 TAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATACAA
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAA-CCATTCATTGGTACAA
* *********
4165 AAAGTCCAATTATAGTCACCCAAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-TTNNNNNNNNNNTTATA
65 AAAGCCCAATTATAGTCACCC-AATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTT-TAAATGGTTTTATA
*
4229 ATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTGGT
128 ATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
*
4272 TAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGTACA
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-GAAACGTGAAG-AAAAACCATTCATTGGTACA
* * * * *
4336 AAAAGTCCAATTATAGTCGCCAAATCCTTCAAAAGGCTTATTACTCTTTTTAAATGGTTTTATAA
64 AAAAGCCCAATTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAA
* * **
4401 TATCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAAT
129 TCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* ********* * *
4443 TAAAACAGATTATAATTGAGTNNNNNNNNNNA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTACA
1 TAAAACAGATTATAATTGAAT-GTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAA-CCATTCATTGGTACA
*
4507 AAAAGCCCAATTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCTCTTTAAATGGTTTTATAA
64 AAAAGCCCAATTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAA
* *
4572 TCTCATAATAGAGTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGT
129 TCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * * *
4614 TAGAATAGATTATAATTGAATGTTAGACTTAGGAAA-GATGAAGAAAAACCTATTCATTGGCA-A
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACG-TGAAGAAAAACC-ATTCATTGGTACA
*
4677 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
64 -AAAAGCCCAATTATAGTCACCCA
4701 GGCTTTNNNN
Statistics
Matches: 488, Mismatches: 98, Indels: 30
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 11 0.02
171 338 0.69
172 131 0.27
173 8 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAACCATTCATTGGTACAAA
AAGCCCAATTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATC
TCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
Found at i:7528 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 7185--7800 Score: 508
Period size: 171 Copynumber: 3.6 Consensus size: 172
7175 GCTTGGGTGT
* * * * ** * *
7185 CTATAAATGGGATTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTCTTTAGGTTTCCCATGGAAAACATTCAA
1 CTATAAATGGGCTTTTGTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATCTTTACCAAGGAAAACATTCAA
* * *
7249 TTATAATCTGGTT-TAGA-CAAATATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
66 TTATAATCT-GTTCTA-ACCAAAAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * ********** *
7312 AATCATTTAAAGAGAGGAATAAGGCTNNNNNNNNNNT-GGGTGA
129 AACCATTTAAACAGAGTAACAAGACTGTTCAAGACTTCGAGTGA
* * *
7355 CTATAAATAGGCTTTTGTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATCTTTATCAAGGAAAACCTTCAA
1 CTATAAATGGGCTTTTGTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATCTTTACCAAGGAAAACATTCAA
********* *
7420 TTATAATCTGTTCTAACCAAAAATANNNNNNNNNNT-AACTTAAACTCAATTATGAGATTATAAA
66 TTATAATCTGTTCTAACCAAAAATA-TTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * *
7484 ACCATTTAAAGAGAGTAATATGACTTTTGAAGTCTT-GAGTGA
130 ACCATTTAAACAGAGTAACAAGACTGTTCAAGACTTCGAGTGA
* * ** * **
7526 CTATAAATGGGCTTTTCTTGCCGATGAATGACTTTTTCTTTAGGTTTACCAAGGAAAACATTCAA
1 CTATAAATGGGCTTTTGTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATCTTTACCAAGGAAAACATTCAA
* * * * * *
7591 TTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATATTAAAAAATTCAATTTAAAATTAATTTTGAGGTTATAAAA
66 TTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * *
7656 CTATTTAAACAGAGTAACAAGGCTGTTCAAGAGTTCGA-TGA
131 CCATTTAAACAGAGTAACAAGACTGTTCAAGACTTCGAGTGA
** * * * *
7697 CTATAAATGGGCTTTTGTTGTTAATGAATAGGTTTTTCTTCATTTTTCCCAAGGTAAACATTCAA
1 CTATAAATGGGCTTTTGTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATCTTTACCAAGGAAAACATTCAA
* * * *
7762 TTATAATATGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAACTCAAC
66 TTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATTAAAAAATTCAAC
7801 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 348, Mismatches: 92, Indels: 11
0.77 0.20 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 31 0.09
171 314 0.90
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
CTATAAATGGGCTTTTGTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATCTTTACCAAGGAAAACATTCAA
TTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
CCATTTAAACAGAGTAACAAGACTGTTCAAGACTTCGAGTGA
Found at i:9303 original size:155 final size:155
Alignment explanation
Indices: 9016--9303 Score: 343
Period size: 155 Copynumber: 1.9 Consensus size: 155
9006 TTGGCAAGAA
* * * * * * *
9016 AAGCCCATTTATAGTCACCTAGGCCTTGAAATGCCTTATTGCTCTCTTTAAATGGTTTTATAACC
1 AAGCCCACTTATAATCACCTAAGCCTTGAAATGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACC
* * * * *
9081 TCAAAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGTTTAAAAGAGATTATAATAGAATGTTT
66 TCAAAATTGATTTTAAGCTGAATGGTTTTACATTTTAGTTTAAAAGAGATTATAATAGAATGATT
9146 TACATGGGAAACCTGATTTTAATAG
131 TACATGGGAAACCTGATTTTAATAG
*
9171 AAGCCCACTTATAATCA-CTCAAGCCTTCGAAA-GCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAG
1 AAGCCCACTTATAATCACCT-AAGCCTT-GAAATGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA-
* * * *
9234 TCCT-ATAATTGATTTTAAGCTGAATAGGTTTTACATTTTAAG-TTAAAATAGATTATAATTGAA
63 ACCTCAAAATTGATTTTAAGCTGAAT-GGTTTTACATTTT-AGTTTAAAAGAGATTATAATAGAA
9297 T-ATTTAC
126 TGATTTAC
9304 CTTCGAAAAT
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 17, Indels: 10
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
154 2 0.02
155 70 0.63
156 38 0.34
157 1 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (155 bp):
AAGCCCACTTATAATCACCTAAGCCTTGAAATGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACC
TCAAAATTGATTTTAAGCTGAATGGTTTTACATTTTAGTTTAAAAGAGATTATAATAGAATGATT
TACATGGGAAACCTGATTTTAATAG
Found at i:9724 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9171--10471 Score: 1270
Period size: 171 Copynumber: 7.6 Consensus size: 170
9161 ATTTTAATAG
* * * * * * * *
9171 AAGCCCACTTATAATCACTCAAGCCTTCGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAGTC
1 AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATC
* ** * * *
9236 -CTATAATTGATTTTAAGCTGAATAGGTTTTACATTTTAAGTTAAAATAGATTATAATTGAATAT
66 TC-ATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTT-TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * ** * *
9300 TTACCTTCGAAAATATAAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAA
128 TTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAA
* * ** * *
9343 AAGTCCATTTATAGTCACCGAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTC-TCGAATGGTTTTATATTC
1 AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * * *
9407 TCATAATTGATTTTAAGTCG-AGTTTTATACATTTTTGATTAAAAAAGATTATAATTGACTGTTT
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
** *
9471 ACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCA-TCATTGGTACA-AA
130 ACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTA-AGAA
* * * * *
9511 AAGTCCAATTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAACCTTATTACTGTCTTTAAATAGTTTTATAATC
1 AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * * *
9576 TCATAATTGAGTGTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGTTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTT
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
**
9641 ACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTACA-AA
130 ACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTA-AGAA
* * * * *
9682 AAGTCCAATTATCGTCACCCAATCCTTCAAAAGCTTTATTACTCTCTTTAAAT-GATTTTATAAT
1 AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAG-TTTTATAAT
* * * * *
9746 CTCATAATTGAGTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAATAGATTAGAATTGAATG-T
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
*
9810 TAGCCTTGGGAAA-GATGAAG-AAAAGCCCATTCATTGGCAAGAA
129 TA-CCTTGGGAAACG-TGAAGAAAAAG-CCATTCATTGGTAAGAA
* * * * * ***
9853 AAGCCCATTTATAATCACCTAAGCTTTCAAAAGCCTTTTTACTCTCTTTAAATGGTTTTATTGCC
1 AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * * ** *
9918 TTAAAATTGATTTTTAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTGGTTAGGACATATTATAATTGAATGTTT
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
* ** *
9983 GCCTTGGGAAAAATGAAGAAAAA-CCTATTCATTGGCAACG-A
130 ACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCC-ATTCATTGGTAA-GAA
* * *
10024 AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCTCTTTATATAGTTTTATAACC
1 AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * * *
10089 TCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTCTTAGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTTT
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
* * * * *
10154 TCCTTGGTAAACCTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAA
130 ACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAA
* * * *
10195 AAGCCCATTTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGACTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACC
1 AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * *
10260 TAAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTT-TATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
* *
10324 TGCCTTGGGAAACAG-GAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAA
129 TACCTTGGGAAAC-GTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAA
* * * * * *
10366 CAGCCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTTAAAAG-CTCTACTACT-TGCTTTAAAT-GATTTGTA
1 AAGCCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCT-CTTTAAATAGTTTTATA
* * * * * **
10427 CTCCCATAATCGATTTTAAGCTAAATGGTTTTACATTTTTAGTTA
63 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTA
10472 GANNNNNNNN
Statistics
Matches: 960, Mismatches: 141, Indels: 58
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 53 0.06
169 90 0.09
170 119 0.12
171 643 0.67
172 55 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTA
CCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAA
Found at i:10002 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 8874--10471 Score: 1462
Period size: 342 Copynumber: 4.7 Consensus size: 340
8864 NNNNNNNNNN
* * * * *
8874 AAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTT
1 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTAAAAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTT
** * * * * * * **
8939 ATATCTTTCAG-CAAAACATATTATAATTAAATGTGTACCTTTGAAAAAATGAAGAAAAACATAT
65 ATAT-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAAAATGAAGAAAAACCCAT
* * * * * *
9003 TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAGGCCTTGAAATGCCTTATTGCTCTCTTTAAA
129 TCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
* * * * * * *
9068 TGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTT-GTTTAAAAGAGATT
194 TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAAAAGATT
* * * * ** * * *
9132 ATAATAGAATGTT---TT---ACA-TG--G-GAAA-CC--TGATT-TTAATAGAAGCCCACTTAT
258 ATAATTGAATGTTACCTTGGGAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTAT
* * * *
9183 AATCACTCAAGCCTTCGA
323 AGTCACCCAATCCTTCAA
* * * * * * * **
9201 AAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAGTCCT-ATAATTGATTTTAAGCTGAATAGGTTT
1 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATA-ACCTAAAAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT
* ** * * * *
9265 TACATTTTAAGTTAAAATAGATTATAATTGAATATTTACCTT-CGAAAATATAAAGAAAAACCCA
64 TATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAAA-ATGAAGAAAAACCCA
* * **
9329 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTC-TCGA
128 TTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAA
* * * *
9393 ATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAG-TCG-AGTTTTATACATTTTT-GATTAAAAAAGA
193 ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCT-GAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAAAAGA
* ** * *
9455 TTATAATTGACTGTTTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCA-TCATTGGTACA-AAAAGTCCA
256 TTATAATTGAATG-TTACCTTGGGAAA-GTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGCCCA
*
9518 ATTATAGTCACCCAATCCTTCAA
318 TTTATAGTCACCCAATCCTTCAA
* * * * * * * *
9541 AAACCTTATTACTGTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAGTGTAAGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTAAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * ** ** *
9606 TATTTTTGTTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC
66 TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAAAATGAAGAAAAACCCATTC
* * * * *
9671 ATTGGTACA-AAAAGTCCAATTATCGTCACCCAATCCTTCAAAAGCTTTATTACTCTCTTTAAAT
131 ATTGGTA-AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT
* * * * *
9735 GATTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAATAGATTAG
195 GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGATTAT
9800 AATTGAATGTTAGCCTTGGGAAAGATGAAG-AAAAGCCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
260 AATTGAATGTTA-CCTTGGGAAAG-TGAAGAAAAAG-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
* * * *
9864 TAATCACCTAAGCTTTCAA
322 TAGTCACCCAATCCTTCAA
* ** * * *
9883 AAGCCTTTTTACTCTCTTTAAATGGTTTTATTGCCTTAAAATTGATTTTTAGTTGAGTTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTAAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* ** * * *
9948 CATTTTTGGTTAGGACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAAAATGAAGAAAAACCTATTC
66 TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAAAATGAAGAAAAACCCATTC
* * *
10013 ATTGGCAACG-AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCTCTTTATAT
131 ATTGGTAA-GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT
* * * * * * *
10077 -AGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTCTTAGTTAAAACAGATTA
195 GA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGATTA
* * * * *
10141 TAATTGATTGTTTTCCTTGGTAAACCTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
259 TAATTGAATG-TTACCTTGGGAAA-GTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
10206 TAGTCACCCAATCCTTCAA
322 TAGTCACCCAATCCTTCAA
*
10225 AAGACTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTAAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTT
1 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTAAAAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTT
* * * *
10290 -TATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACAGGAAGAAAAACCCATT
65 ATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAAAATGAAGAAAAACCCATT
* * * *
10354 CATTGGTAAGAACAGCCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTTAAAAG-CTCTACTACT-TGCTTTA
130 CATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCT-CTTTA
* * * * * **
10416 AATGA-TTTGTACTCCCATAATCGATTTTAAGCTAAATGGTTTTACATTTTTAGTTA
192 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
10472 GANNNNNNNN
Statistics
Matches: 1036, Mismatches: 190, Indels: 76
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
325 34 0.03
326 42 0.04
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328 2 0.00
329 2 0.00
332 2 0.00
334 2 0.00
336 1 0.00
337 3 0.00
338 2 0.00
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342 466 0.45
343 13 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTAAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAAAATGAAGAAAAACCCATTC
ATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATG
ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATA
ATTGAATGTTACCTTGGGAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGT
CACCCAATCCTTCAA
Found at i:10185 original size:513 final size:506
Alignment explanation
Indices: 8874--10383 Score: 1596
Period size: 513 Copynumber: 3.0 Consensus size: 506
8864 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
8874 AAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGGTTTTGTAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTT
1 AAGCCTTATTACTC-TCTCAAATGGTTTTAT-ATCCTCAAAATTGATTTTAAGTCG-AGTT-TTA
* * * ** * * * * *
8938 TATATCTTTCAGCAAAACATATTATAATTAAATGTGTACCTTTGAAAAAATGAAGAAAAACATAT
62 TACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAAAATGAAGAAAAACCTAT
* * * *
9003 TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAGGCCTTGAAATGCCTTATTGCTCTCTTTAAA
127 TCATTGGCAAG-AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
* *
9068 TGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGTTTAAAAGAGATTA
191 TAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGTTTAAAACAGATTA
* * * * * *
9133 TAATAGAATGTTTTACATGGGAAACCT---------G-A-T--TT--TAATAGAAGCCCACTTAT
255 TAATTGAATGTTTT-CCTTGGAAACCTGAAGAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCAATTAT
* * * * * * * *
9183 AATCACTCAAGCCTTCGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTGTAGTC-CTATAATTGA
319 AGTCACCCAATCCTTCAAAAG-CTTATTACTCTCTTTAAATGA-TTTTATAATCTC-ATAATTGA
** * * * *
9246 TTTTAAGCTGAATAGGTTTTACATTTTAAGTTAAAATAGATTATAATTGAATATTTA-CCTTCGA
381 TTTTAAGCTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT-GTTAGCCTTGGG
* * *
9310 AAATATAAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGAAGCCTTCAA
444 AAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCGAAGCCTTCAA
* * *
9373 AAGCCTTATTACTCTCTCGAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTCGAGTTTTATACA
1 AAGCCTTATTACTCTCTCAAATGGTTTTATATCCTCAAAATTGATTTTAAGTCGAGTTTTATACA
* * * * **
9438 TTTTTGATTAAAAAAGATTATAATTGACTGTTTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGCC-A-TCA
66 TTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAAAATGAAGAAAAA-CCTATTCA
* * * * * *
9501 TTGGTACAA-AAAGTCCAATTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAACCTTATTACTGTCTTTAAATA
130 TTGG--CAAGAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATA
* * * * *
9565 GTTTTATAATCTCATAATTGAGTGTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGTTTAAAATAGATTATA
193 GTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGTTTAAAACAGATTATA
* * * * *
9630 ATTGAGTGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTACA-AAAAGTCCAATTAT
257 ATTGAATGTTTTCCTT-GGAAACCTGAAGAAAAAG-CATTCATTGGTA-AGAAAAGCCCAATTAT
* *
9694 CGTCACCCAATCCTTCAAAAGCTTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAGT
319 AGTCACCCAATCCTTCAAAAGC-TTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
9759 TTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAATAGATTAGAATTGAATGTTAGCCTTGGGAAAG
383 TTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTAGCCTTGGGAAAC
* * * * *
9824 ATGAAGAAAAGCCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCTAAGCTTTCAA
448 ATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCGAAGCCTTCAA
* * * * * *
9883 AAGCCTTTTTACTCTCTTTAAATGGTTTTAT-TGCCTTAAAATTGATTTTTAGTTGAGTTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCTC-TCAAATGGTTTTATAT-CCTCAAAATTGATTTTAAGTCGAG-TTTTAT
* ** * *
9947 ACATTTTTGGTTAGGACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAAAATGAAGAAAAACCTATT
63 ACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAAAATGAAGAAAAACCTATT
*
10012 CATTGGCAACGAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCTCTTTATAT
128 CATTGGCAA-GAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT
*
10077 AGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTCTTAG-TTAAAACAGATTA
192 AGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATT-TTTGTTTAAAACAGATTA
* * *
10141 TAATTGATTGTTTTCCTTGGTAAACCTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
255 TAATTGAATGTTTTCCTTGG-AAACCTGAAGAAAAAG-CATTCATTGGTAAGAAAAGCCCAATTA
* * * *
10206 TAGTCACCCAATCCTTCAAAAGACTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTAAAAATTGAT
318 TAGTCACCCAATCCTTCAAAAG-CTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * *
10271 TTTAAGTTGAATTTGTTTT-TATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAA
382 TTTAAGCTGAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTAGCCTTGGGAA
* *
10335 ACAGGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAACAGCCCATTTATAGTCAC
446 ACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC
10384 TCATACCTTT
Statistics
Matches: 835, Mismatches: 136, Indels: 66
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
494 2 0.00
495 124 0.15
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499 14 0.02
504 1 0.00
506 1 0.00
507 1 0.00
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511 109 0.13
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514 8 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (506 bp):
AAGCCTTATTACTCTCTCAAATGGTTTTATATCCTCAAAATTGATTTTAAGTCGAGTTTTATACA
TTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAAAATGAAGAAAAACCTATTCAT
TGGCAAGAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTT
TTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTG
AATGTTTTCCTTGGAAACCTGAAGAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACC
CAATCCTTCAAAAGCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTG
AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTAGCCTTGGGAAACATGAAGAA
AAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCGAAGCCTTCAA
Found at i:11252 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 10919--11441 Score: 514
Period size: 171 Copynumber: 3.1 Consensus size: 169
10909 NNNNNNNNNN
* *
10919 TGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAAGATAAAG
1 TGAATTTTTTTATATTTTT-GTTA-AACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATAAAG
* * * * *
10984 AAAAACCCATTCATTGGCAATAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTAC
64 AAAAAGCTATTCATTGGTAACAAAATCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTAC
********** * *
11049 TCTCTNNNNNNNNNNTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGT
129 TCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * *
11090 TGAATTTTTTTATATTTTTGTCTAAACCAGATCATGATTGAATGTTTTCCTTGGGAAACCTAAAG
1 TGAATTTTTTTATATTTTTGT-TAAA-CAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATAAAG
* * * *
11155 -AAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAATCCCATTTATAGACACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGC
64 AAAAAGCTATTCATTGGTAACAAAATCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTAC
*
11219 T-TGCTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGT
129 TCT-CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * * *
11260 CGAGTTTTTGTATATTTTTGGGTAAAACAAATTATAATTGAGTGTTTGCTTTGAGAAACATGAAG
1 TGAATTTTTTTATATTTTT--GTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATAAAG
* * * * * * *
11325 AAAAAGCCT-TTCATTAGT-ACAAAATGTCTAATTATAGTCACTCAATCCCTCAAAAGCCTTATT
64 AAAAAG-CTATTCATTGGTAACAAAAT-CCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
11388 ACTCTCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGAGTTTAAGT
127 ACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
11431 TGAATTTTTTT
1 TGAATTTTTTT
11442 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 286, Mismatches: 57, Indels: 18
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 137 0.48
171 143 0.50
172 5 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TGAATTTTTTTATATTTTTGTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATAAAGAA
AAAGCTATTCATTGGTAACAAAATCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTC
TCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
Found at i:11418 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10919--11439 Score: 424
Period size: 170 Copynumber: 3.1 Consensus size: 170
10909 NNNNNNNNNN
* * * * * *
10919 TGAATTGTTT-TATATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAAGATAAA
1 TGAATT-TTTGTATATTTTTGGCTAAAACAAATCATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATAAA
* * * * * * * * * *
10983 GAAAAACCCATTCATTGGCAATAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTA
65 G-AAAAGCTATTCATTAGTAACAAAATCCCAATTATAGACACCCAAGCCCTCAAAAGCCTTATTA
********* * *
11048 CTCT-CTNNNNNNNNNNTT-ATAACCTCAAAATTGATTTTAAGT
129 CT-TGCT-TTAAATGATTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * *
11090 TGAATTTTTTTATATTTTTGTCTAAACCAGATCATGATTGAATGTTTTCCTTGGGAAACCTAAAG
1 TGAATTTTTGTATATTTTTGGCTAAAACAAATCATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATAAAG
* * * * *
11155 AAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAATCCCATTTATAGACACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCT
66 AAAAGCTATTCATTAGTAACAAAATCCCAATTATAGACACCCAAGCCCTCAAAAGCCTTATTACT
* *
11220 TGCTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGT
131 TGCTTTAAATGATTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * *
11260 CGAGTTTTTGTATATTTTTGGGTAAAACAAATTATAATTGAGTGTTTGCTTTGAGAAACATGAAG
1 TGAATTTTTGTATATTTTTGGCTAAAACAAATCATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATAAAG
* * * * *
11325 AAAAAGCCT-TTCATTAGT-ACAAAATGTCTAATTATAGTCACTCAATCCCTCAAAAGCCTTATT
66 -AAAAG-CTATTCATTAGTAACAAAAT-CCCAATTATAGACACCCAAGCCCTCAAAAGCCTTATT
* *
11388 ACTCT-CTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGAGTTTAAGT
128 ACT-TGCTTTAAATGATTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
11431 TGAATTTTT
1 TGAATTTTT
11440 TTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 283, Mismatches: 60, Indels: 14
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 139 0.49
171 138 0.49
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TGAATTTTTGTATATTTTTGGCTAAAACAAATCATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATAAAG
AAAAGCTATTCATTAGTAACAAAATCCCAATTATAGACACCCAAGCCCTCAAAAGCCTTATTACT
TGCTTTAAATGATTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
Found at i:12723 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 11972--13078 Score: 1124
Period size: 342 Copynumber: 3.2 Consensus size: 337
11962 NNNNNNNNNN
* *
11972 TTGAGTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGGAAAGATGAA
1 TTGAGTTTTTATACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAAGATGAA
* * * * *
12037 GAAAAACTCATTCATTAGCAAGAAAACCCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTA
66 GAAAAACTCATTCATTTGCAAG-AAAGCCCAATTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * *
12102 CTCTCTTTAAATAGTTTTATAACCACAAAATTGGTTTTAAGTTAAATTTTTTAATACTTTTGGTT
130 CTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTGGTT
* * * * *
12167 AAAGCCGATTTTAATTGAATGTTTTCCCT-GATAGATC-TAAAGAAAAAGTCATTCATTAGCAAG
194 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCCTAGA-A-A-CATAAAGAAAAA-CCATTCATTAGCAAG
* * * *
12230 AAAATGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCG-AAAGACTTATTTCTCTGTTTAAATGGTTTTAT
255 AAAA-GCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTT-GAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTAT
* *
12294 AACCTCATTATTGATTTTAAG
318 -ATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * *
12315 TTTAACTATCTTAT--GTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACATTGGGAAATG-T
1 -TTGAGT-TTTTATACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAA-GAT
* * * * *
12377 GAAGAAAAAGTCATTTATTTGCAAGAGAAGCCCACTTATAGTCGCTCAAGCCTTCAACAA-CCGT
63 GAAGAAAAACTCATTCATTTGCAAGA-AAGCCCAATTATAGTCACTCAAGCCTTCAA-AAGCCTT
* * ** *
12441 ATTACT-TGCTTTAAATAGTTTTGTAGTCTTATAATTGATTTTAAGCTGAATGGTTTTTATATTT
126 ATTACTCT-CTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAAT--TTTTTATATTT
* * * * * *
12505 TTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATATTTACCGCTAGAAACATAAAGAAAAACCATTCATCAGT
188 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC-CTAGAAACATAAAGAAAAACCATTCATTAGC
* * *
12570 AAGAAAAGCCTATTTATAGTCACACAAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATAGTTTTA
252 AAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
*
12635 TATTCTCATAATTGATTTTCAG
317 TA-TCTCATAATTGATTTTAAG
* * *
12657 TCGAGTTTTTATACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATAGAATGTTTGCCTTGAGAAACG-TGA
1 TTGAGTTTTTATACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAA-GATGA
* * * * *
12721 AGAAAAAAC-CATTCATTGGTGCAA-AAAGACCAATTATAGTCACTTAATCCTTGAAAAGCTTTA
65 AG-AAAAACTCATTCATT--TGCAAGAAAGCCCAATTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * *
12784 TTACTCTTTTTAAA-AGATTTTATAATCGCATAATTGAGTTTGAGTTGAGTTTTTTTACATTTTT
127 TTACTCTCTTTAAATAG-TTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATATTTTT
* * * * * * *
12848 GGATAGAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAAGATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCA
190 GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCCT-AGAAACATAAAGAAAAAC-CATTCATTAGCA
* * *
12913 AGAAAAGCCCATATATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTAT
253 AGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTAT
* *
12978 GATCTCAAAATTGAATTTAAG
318 -ATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * **
12999 TTGAATTGTTTTTATATTTTTGGTTGGAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTT-AGGAAAGATG
1 TTGAGTT-TTTATACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGA-GAAAGATG
13063 AAGAAAAACTCATTCA
64 AAGAAAAACTCATTCA
13079 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 629, Mismatches: 106, Indels: 57
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 6 0.01
341 61 0.10
342 281 0.45
343 214 0.34
344 53 0.08
345 12 0.02
346 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (337 bp):
TTGAGTTTTTATACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAAGATGAA
GAAAAACTCATTCATTTGCAAGAAAGCCCAATTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
TCTCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAA
AACAGATTATAATTGAATGTTTACCCTAGAAACATAAAGAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGC
CTATTTATAGTCACCCAAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATATCTCATA
ATTGATTTTAAG
Found at i:12730 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 11972--13078 Score: 1021
Period size: 171 Copynumber: 6.5 Consensus size: 168
11962 NNNNNNNNNN
* *
11972 TTGAGTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGGAAAGATGAA
1 TTGAGTTTTTATA-ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAAG-TGAA
* *
12037 GAAAAACTCATTCATTAGCAAGAAAACCCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTA
64 GAAAAAC-CATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * *
12102 CTCTCTTTAAATAGTTTTATAACCACAAAATTGGTTTTAAG
128 CTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * ** *
12143 TTAAATTTTT-TAATACTTTTGGTTAAAGCCGATTTTAATTGAATGTTTTCCCTGATAGATCTAA
1 TTGAGTTTTTATAAT--TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGA-AAGTGA
* * * * *
12207 AGAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAATGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGACTTAT
63 AGAAAAA-CCATTCATTAGCAAGAAAA-GCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
12272 TTCTCTGTTTAAATGGTTTTATAACCTCATTATTGATTTTAAG
126 TACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * *
12315 TTTAACTATCTTAT-GTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACATTGGGAAATGTGA
1 -TTGAGT-TTTTATAATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAA-GTGA
* * * * * * * *
12379 AGAAAAAGTCATTTATTTGCAAGAGAAGCCCACTTATAGTCGCTCAAGCCTTCAACAA-CCGTAT
63 AGAAAAA-CCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA-AAGCCTTAT
* * *
12443 TACT-TGCTTTAAATAGTTTTGTAGTCTTATAATTGATTTTAAG
126 TACTCT-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * *
12486 CTGAATGGTTTTTAT-ATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATATTTACCGCT-AGAAACAT
1 TTG-A--GTTTTTATAATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCC-TTGAGAAA-GT
* * * * * *
12549 AAAGAAAAACCATTCATCAGTAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACACAAGCCTTGAAAAGCCTTAT
61 GAAGAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
12614 TACTCTTTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTCAG
126 TACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * *
12657 TCGAGTTTTTATACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATAGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAA
1 TTGAGTTTTTATA-ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAA-GTGAA
* * * ** * * *
12722 GAAAAAACCATTCATTGGTGC-A-AAAAGACCAATTATAGTCACTTAATCCTTGAAAAGCTTTAT
64 G-AAAAACCATTCATT--AGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
12785 TACTCTTTTTAAA-AGATTTTATAATCGCATAATTGAGTTTGAG
126 TACTCTCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
12828 TTGAGTTTTTTTACATTTTTGGATAGAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAAGATGAA
1 TTGAGTTTTTATA-ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAAG-TGAA
* *
12893 GAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATATATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA
64 GAAAAAC-CATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * *
12958 CTCTCTTTAAATGGTTTTATGATCTCAAAATTGAATTTAAG
128 CTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
**
12999 TTGAATTGTTTTTAT-ATTTTTGGTTGGAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTT-AGGAAAGAT
1 TTG-A--GTTTTTATAATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGA-GAAAG-T
13062 GAAGAAAAACTCATTCA
61 GAAGAAAAAC-CATTCA
13079 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 763, Mismatches: 140, Indels: 65
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.01
169 5 0.01
170 58 0.08
171 430 0.56
172 242 0.32
173 8 0.01
174 11 0.01
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
TTGAGTTTTTATAATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAAGTGAAGA
AAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
TCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
Found at i:13013 original size:513 final size:514
Alignment explanation
Indices: 11979--13078 Score: 1168
Period size: 513 Copynumber: 2.1 Consensus size: 514
11969 NNNTTGAGTT
* * * * * * * *
11979 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGGAAAGATGAAGAAAAAC
1 TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATATTTACCCTGAGAAACATAAAGAAAAAC
* * *
12044 TCATTCATTAGCAAGAAAACCCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTT
66 TCATTCATCAGCAAGAAAACCCCATTTATAGTCACACAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTT
* * * *
12109 TAAATAGTTTTATAACCACAAAATTGGTTTTAAGTTAAATTTTTTAATACTTTTGGTTAAAGCCG
131 TAAATAGTTTTATAACCACAAAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTAATA-TTTTGGTTAAAACAG
* * * * * ** * *
12174 ATTTTAATTGAATGTTTTCCCTGATAGATCTAAAGAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAATGTCT
195 ATTATAATAGAATGTTTGCCCTGAGAGAACTAAAGAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAATGACC
* * * * * *
12239 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGACTTATTTCTCTGTTTAAATGGTTTTATAACCTCATTA
260 AATTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGACTTATTACTCTGTTTAAAAGATTTTATAACCGCATAA
* * ** *
12304 TTGATTTTAAGTTTAACTATCTTATGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACATTG
325 TTGAGTTTAAGTTGAACTATCTTACATTTTTGGATAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACATTG
* * * * * * *
12369 GGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTTATTTGCAAGAGAAGCCCACTTATAGTCGCTCAAGCCTTCAA
390 AGAAATGTGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCACTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* * * *
12434 CAACCGTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTGTAGTCTTATAATTGATTTTAAGCTGAATGG
455 CAACCGTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCAAAATTGAATTTAAGCTGAATGG
* *
12494 TTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATATTTACCGCT-AGAAACATAAAGAAAAA
1 TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATATTTACC-CTGAGAAACATAAAGAAAAA
* * * * *
12558 C-CATTCATCAGTAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACACAAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCTTT
65 CTCATTCATCAGCAAGAAAACCCCATTTATAGTCACACAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCT
** * * * * *
12622 TTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTCAGTCGAGTTTTTATACAT-TTTTGGTTAAAAC
130 TTAAATAGTTTTATAACCACAAAATTGATTTTAAGTCAAATTTTT-TA-ATATTTTGGTTAAAAC
* * *
12686 AGATTATAATAGAATGTTTGCCTTGAGA-AACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGTGC-A-AAAA
193 AGATTATAATAGAATGTTTGCCCTGAGAGAAC-TAAAGAAAAAACCATTCATT--AGCAAGAAAA
** * * *
12748 -GACCAATTATAGTCACTTAATCCTT-GAAA-AGCTTTATTACTCTTTTTAAAAGATTTTATAAT
255 TGACCAATTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGA-C-TTATTACTCTGTTTAAAAGATTTTATAAC
* ** * * *
12810 CGCATAATTGAGTTTGAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTGGATAGAACAGATTATAATTGAATGTT
318 CGCATAATTGAGTTTAAGTTGAACTATCTTACATTTTTGGATAAAACAGATTATAATTGAATGTT
* *
12875 TGCCTTGAGAAA-GATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA-TATATAGTCACCCA
383 TACATTGAGAAATG-TGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCACT-TATAGTCACCCA
* * *
12938 AGCCTTCAA-AAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTAT-GATCTCAAAATTGAATTTAAGT
446 AGCCTTCAACAA-CCGTATTACT-TGCTTTAAATAGTTTTATAG-TCTCAAAATTGAATTTAAGC
*
13000 TGAATTG
508 TGAATGG
** * * * * * *
13007 TTTTTATATTTTTGGTTGGAACAGATTATAATTGAATGTTT-TCCTTAGGAAAGATGAAGAAAAA
1 TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATATTTACCCTGA-GAAACATAAAGAAAAA
13071 CTCATTCA
65 CTCATTCA
13079 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 480, Mismatches: 89, Indels: 33
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
511 3 0.01
512 12 0.03
513 251 0.52
514 153 0.32
515 56 0.12
516 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (514 bp):
TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATATTTACCCTGAGAAACATAAAGAAAAAC
TCATTCATCAGCAAGAAAACCCCATTTATAGTCACACAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTT
TAAATAGTTTTATAACCACAAAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTAATATTTTGGTTAAAACAGA
TTATAATAGAATGTTTGCCCTGAGAGAACTAAAGAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAATGACCA
ATTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGACTTATTACTCTGTTTAAAAGATTTTATAACCGCATAAT
TGAGTTTAAGTTGAACTATCTTACATTTTTGGATAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACATTGA
GAAATGTGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCACTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAC
AACCGTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCAAAATTGAATTTAAGCTGAATGG
Found at i:13608 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13180--13615 Score: 376
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 171
13170 NNNNNNNNNG
* * * * *
13180 AGAAAAACCCATGT-ATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAA
1 AGAAAAACCCAT-TCATTGGCAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGACTTCAAAAGCCTTAT
* ** * * **********
13244 TACT-TGCTTTAAATAGTTTTGCTGTCC-CATAATTGATTTTAAGCTGANNNNNNNNNNCATTTT
65 TACTCT-CTTTAAATAGTTTT-ATAACCTCATAATTGAGTTTAAGTTGA-ATGTTTTTATATTTT
* * *
13307 TAGTTAAAACAGATTATACTTGAATTTTTGCCTTGGGAAACATGA
127 TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATTTTTGCCTTGAGAAACATAA
** * * ****
13352 AGAAAATTCCATTCATTGTCAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGACTTCAAAAGTCTNNNN
1 AGAAAAACCCATTCATTGGCAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGACTTCAAAAGCCTTATT
****** * *
13417 NNNNNNTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGGT
66 ACTCTCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTAGT
* * *
13482 TAGAACAGATTATAATTGAATGTTTT-CCTTGAGAGAGATAA
131 TAAAACAGATTATAATTGAAT-TTTTGCCTTGAGAAACATAA
* * *
13523 AGAAAAACCCATTCATTGGCAACAAAAGCCCATTTATAGTCAGCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
1 AGAAAAACCCATTCATTGGCAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGACTTCAAAAGCCTTATT
* *
13588 ACTCTCTTTAATTGGTTTTATAACCTCA
66 ACTCTCTTTAAATAGTTTTATAACCTCA
13616 AAATNNNNNN
Statistics
Matches: 200, Mismatches: 60, Indels: 9
0.74 0.22 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 114 0.57
172 86 0.43
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
AGAAAAACCCATTCATTGGCAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGACTTCAAAAGCCTTATT
ACTCTCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTAGT
TAAAACAGATTATAATTGAATTTTTGCCTTGAGAAACATAA
Found at i:14096 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13775--16312 Score: 2755
Period size: 171 Copynumber: 14.9 Consensus size: 171
13765 NNNNNNNNNN
* * * * *
13775 ATTGAATGTTTTCCTTGGGAAACG-TAAAG-AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAATCCCATTTAT
1 ATTGAATGTTTGCCTTGAGAAA-GATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTAT
* * * * *
13838 AGACACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTTTCTTTAAATGGTTTTATACTCTCATAATTAATT
65 AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * *
13903 TTAAGTCGAGTTTTTGTACATTTTTGGCTAAAACAGATTGTA
130 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * * * * * *
13945 ATTGAGTGTTTGCTTTGAGAAAAATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTACA-AAATGTCTAATTAT
1 ATTGAATGTTTGCCTTGAGAAAGATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGCCCATTTAT
* *
14009 AGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGT
65 AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* *
14074 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAGAACAGATTATA
130 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * * *
14116 ATTGAGTGTTTACCTTGGGAAAGATGAAGAAAAACCCATTCATCGGCAAGAAAACCCCATTTATA
1 ATTGAATGTTTGCCTTGAGAAAGATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
* * * * *
14181 GTCACCTAGGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTCAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTT
66 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * *
14246 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAGAATAGATTATA
131 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * *
14287 ATTGAATGTTTGCCTTGGGAAAGATGAAGAAAAACCCATTCATAGGCAAGAAAAGCTCATTTATA
1 ATTGAATGTTTGCCTTGAGAAAGATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
* * ** *
14352 GTCACCCAAGGCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTT
66 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* *
14417 TAAATTGAATATTTTTATATATTTTT--TTAAAACAGATTATA
131 TAAGTTGAAT-TTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * ** * * *
14458 ATTGAATGTTTTCTTTGGGAAACTTGAAAAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTACA
1 ATTGAATGTTTGCCTTGAGAAAGATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
* * * *
14523 GTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAAAGGTTTGATAATCTC-------A---
66 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
*
14578 TAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
131 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * *
14619 ATTGAATGTTAGCCTTGGGAAAGATAAAGAAAAA-CACATTCATTGGCAAGAAAATCCCATTTAT
1 ATTGAATGTTTGCCTTGAGAAAGATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTAT
* * * * * * *** * *
14683 AGTCACCTAGGCTTTCAAAAGCCTTCTTACTCTCTTTTAACGGTTTTATTGCCTTAAAATTGATT
65 AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
*
14748 TTAAGTTGAGTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
130 TTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * *
14791 ATTGAATGTTTGCTTTGAGAAAGATGAAGAAAAACCCATTCATTAGCAACAAAACCCCATTTATA
1 ATTGAATGTTTGCCTTGAGAAAGATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
* * *
14856 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCACAGAATTGGTTT
66 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * *
14921 TAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAACCGATTTTA
131 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * * * *
14962 ATTGAATGTTTTCCTTG-G-TAGACCTAAAGAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAATGTCCATTTA
1 ATTGAATGTTTGCCTTGAGAAAGA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
* ** * * *
15025 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGATTTATTACTAC-ATTTAAATGGTTTTATAACCTCATTATTGA
64 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * *
15089 TTTTAAGTTGAATTATCTTTT--GTTTTTGGTTAGAACAGATTATG
128 TTTTAAGTTGAATT-T-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * * *
15133 ATTGAATGTTTACATTGGGAAACG-TGAAGAAAAAGTCATTTATTTGCAAGAAAAGCCCATTTAT
1 ATTGAATGTTTGCCTTGAGAAA-GATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTAT
* * * * * * *
15197 AGTCGCCCAAGCCTTCGAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAGTC-CTATAATTGAT
65 AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGAT
* ** * *
15261 TTTAAGCTGAATGGATTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATA
129 TTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * * * ** *
15305 ATTGAATATTTACCGCTGA-AAACATAAAGAAAAACCCATTCATCAGTAAGAAAAGCCCATTTAT
1 ATTGAATGTTTGCC-TTGAGAAAGATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTAT
* * * *
15369 AGTCACACAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTCTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATT
65 AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * *
15434 TTCAGTCGAGTTTTTATATATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
130 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* *
15476 ATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACG-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGC-A-AAAAGTCCAATT
1 ATTGAATGTTTGCCTTGAGAAA-GATGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-GCAAGAAAAGCCCATTT
* * * * * *
15538 ATAGTAATCTAATCATTGAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
63 ATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
15603 GTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAGAATAGATTATA
128 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * *
15647 ATTGAATGTTTGCCTTAAGAAAGATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAG-AAAGCCCATTTATA
1 ATTGAATGTTTGCCTTGAGAAAGATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
* * * * *
15711 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATATTTGAATT
66 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * *
15776 TAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAATAGGTTATA
131 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * * *
15817 ATTGAATGTTTGCCTTGGGCAAGATGAAGAAGAATCCATTCATTGGCAAGAAAATCCCATATATA
1 ATTGAATGTTTGCCTTGAGAAAGATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
* * *
15882 GTCACCCAAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGAATT
66 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
*
15947 TAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATA
131 TAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* *
15989 ATTGAATGTTTTCCTT-AGGAAAGATGAAGAAAAA-CTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTA
1 ATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAAGATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
* * * * * *
16052 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTAAAAACTAAA
64 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* **
16117 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATTTAAAA-AGGATTATA
129 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-GATTATA
* * ** * * * *
16160 ATTGAATGTTTTCCTTGAAAAACCTGAACAAAAAGCCATCCATTGGTAAGGAAAGCCCATTTATA
1 ATTGAATGTTTGCCTTGAGAAAGATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
* * * * * *
16225 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCGTTCA-TACTCACTTTAAATGGCTTTGTAGTCCCATAATTGATT
66 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* *
16289 TTAAGCTGAATGATTTTTACATTT
130 TTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTT
16313 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1985, Mismatches: 330, Indels: 104
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
159 8 0.00
160 6 0.00
161 118 0.06
164 1 0.00
168 1 0.00
169 5 0.00
170 184 0.09
171 1194 0.60
172 450 0.23
173 17 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
ATTGAATGTTTGCCTTGAGAAAGATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
Found at i:15005 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 13775--16312 Score: 2755
Period size: 343 Copynumber: 7.4 Consensus size: 342
13765 NNNNNNNNNN
* * * *
13775 ATTGAATGTTTTCCTTGGGAAACG-TAAAG-AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAATCCCATTTAT
1 ATTGAATGTTTGCCTTGGGAAA-GATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTAT
* * * * *
13838 AGACACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTTTCTTTAAATGGTTTTATACTCTCATAATTAATT
65 AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * * *
13903 TTAAGTCGAGTTTTTGTACATTTTTGGCTAAAACAGATTGTAATTGAGTGTTTGCTTTGAGAAAA
130 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTG-GAAAA
* * * * * * * * *
13968 ATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTACA-AAATGTCTAATTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCC
194 ATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCA-AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCC
*
14032 TTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATT
258 TTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTTACATT
* *
14096 TTTAGTTAGAACAGATTATA
323 TTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * *
14116 ATTGAGTGTTTACCTTGGGAAAGATGAAGAAAAACCCATTCATCGGCAAGAAAACCCCATTTATA
1 ATTGAATGTTTGCCTTGGGAAAGATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
* * * * *
14181 GTCACCTAGGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTCAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTT
66 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * *
14246 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAGAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAAGA
131 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GGAAAAA
* * * * *
14311 TGAAGAAAAACCCATTCATAGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGGCTTTAAAAGCCTT
195 TAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTT
** * * * *
14376 ATTACTCTCTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTGAATATTTTTATATATTT
260 ATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-ATTTTTTTACATTT
14441 TT--TTAAAACAGATTATA
324 TTGGTTAAAACAGATTATA
* * ** * * *
14458 ATTGAATGTTTTCTTTGGGAAACTTGAAAAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTACA
1 ATTGAATGTTTGCCTTGGGAAAGATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
* * * *
14523 GTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAAAGGTTTGATAATCTC-------A---
66 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * *
14578 TAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTAGCCTTGGGAAAGA
131 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GGAAAAA
* * * * *
14643 TAAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAATCCCATTTATAGTCACCTAGGCTTTCAAAAGCCTT
195 TAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTT
* * * *** * * **
14708 CTTACTCTCTTTTAACGGTTTTATTGCCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTTACATTTT
260 ATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTTACATTTT
14773 TGGTTAAAACAGATTATA
325 TGGTTAAAACAGATTATA
* * * * * *
14791 ATTGAATGTTTGCTTTGAGAAAGATGAAGAAAAACCCATTCATTAGCAACAAAACCCCATTTATA
1 ATTGAATGTTTGCCTTGGGAAAGATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
* * *
14856 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCACAGAATTGGTTT
66 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * **
14921 TAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAACCGATTTTAATTGAATGTTTTCCTTGGTAGACC
131 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGG-AAAAA
** * * * * **
14986 TAAAGAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGATTT
195 TAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
15051 ATTACTAC-ATTTAAATGGTTTTATAACCTCATTATTGATTTTAAGTTG-AATTATCTTTT--GT
260 ATTACT-CTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATT-T-TTTTACAT
* *
15112 TTTTGGTTAGAACAGATTATG
322 TTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * *
15133 ATTGAATGTTTACATTGGGAAACG-TGAAGAAAAAGTCATTTATTTGCAAGAAAAGCCCATTTAT
1 ATTGAATGTTTGCCTTGGGAAA-GATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTAT
* * * * * * *
15197 AGTCGCCCAAGCCTTCGAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAGTC-CTATAATTGAT
65 AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGAT
* ** * * * *
15261 TTTAAGCTGAATGGATTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATATTTACCGCT-GAA
129 TTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TTGGAA
** * *
15325 AACATAAAGAAAAACCCATTCATCAGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACACAAGCCTTCAAAAG
192 AA-ATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* * * * * * * *
15390 CCTTATTACTCTCTCTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTCAGTCG-AGTTTTTATATA
256 CCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTTACA
15454 TTTTTGGTTAAAACAGATTATA
321 TTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * *
15476 ATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACG-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGC-A-AAAAGTCCAATT
1 ATTGAATGTTTGCCTTGGGAAA-GATGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-GCAAGAAAAGCCCATTT
* * * * * *
15538 ATAGTAATCTAATCATTGAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
63 ATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
15603 GTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAGAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAA
128 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GGAA
* *
15668 AGATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAG-AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGA
192 AAATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGC
* * * *
15732 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATATTTGAATTTAAGTT-AAATTTTTTTACAT
257 CTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTTACAT
* * *
15796 TTTTGGTTAGAATAGGTTATA
322 TTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * *
15817 ATTGAATGTTTGCCTTGGGCAAGATGAAGAAGAATCCATTCATTGGCAAGAAAATCCCATATATA
1 ATTGAATGTTTGCCTTGGGAAAGATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
* * *
15882 GTCACCCAAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGAATT
66 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * *
15947 TAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGGAAAG
131 TAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GGAAAA
* * *
16012 ATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCT
194 ATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCT
* * * * * * *
16077 TATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTAAAAACTAAATTTAAGTTG-AATTTTTTTATATTT
259 TATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTTACATTT
**
16141 TTATTTAAAA-AGGATTATA
324 TTGGTTAAAACA-GATTATA
* ** ** * * * *
16160 ATTGAATGTTTTCCTTGAAAAACCTGAACAAAAAGCCATCCATTGGTAAGGAAAGCCCATTTATA
1 ATTGAATGTTTGCCTTGGGAAAGATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
* * * * * *
16225 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCGTTCA-TACTCACTTTAAATGGCTTTGTAGTCCCATAATTGATT
66 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* *
16289 TTAAGCTGAATGATTTTTACATTT
130 TTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTT
16313 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1837, Mismatches: 315, Indels: 88
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
331 13 0.01
332 154 0.08
333 118 0.06
335 1 0.00
339 2 0.00
340 4 0.00
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343 639 0.35
344 24 0.01
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (342 bp):
ATTGAATGTTTGCCTTGGGAAAGATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAAAT
AAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTTACATTTTT
GGTTAAAACAGATTATA
Found at i:17869 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 17653--17962 Score: 359
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
17643 AAAATAGAAC
* * ***
17653 ATAATTGAATGTTTTCCTTGGGAAACCTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAAAAAAGCCCTTTT
1 ATAATTGAATGTTTTCCTTGGGAAACCTCAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGCCCAACT
* * *
17718 ATAGACACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGA
66 ATAGACACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCTCTTGAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGA
*
17783 TTTTAAGTTGAGTTTTTATACATTTTTGGTT
131 GTTTAAGTTGAGTTTTTATACATTTTTGGTT
* * * *
17814 ANNNNNNNNNNTAATTGAGTGTTTTCCTTGGGAAACTTCAAGAAAAAGCCATTCATTGGTACAAA
1 A----------TAATTGAATGTTTTCCTTGGGAAACCTCAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAA
** * * * *
17879 AAGGTCAACTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTGAAATGGTTTTATAACC
56 AAGCCCAACTATAGACACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCTCTTGAAATAGTTTTATAACC
17944 TCATAATTGAGTTTAAGTT
121 TCATAATTGAGTTTAAGTT
17963 AAATTGTATT
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 19, Indels: 10
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.01
171 119 0.99
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (161 bp):
ATAATTGAATGTTTTCCTTGGGAAACCTCAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGCCCAACT
ATAGACACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCTCTTGAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGA
GTTTAAGTTGAGTTTTTATACATTTTTGGTT
Found at i:22701 original size:171 final size:173
Alignment explanation
Indices: 22407--23200 Score: 674
Period size: 171 Copynumber: 4.6 Consensus size: 173
22397 NNNNNNNNNN
*
22407 CTTAAA-ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAGAGGCTTAG
1 CTTAAACATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAGAGGCTTAG
*
22471 GTGACTATAACAGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGAGTTTTTCTTCATCTTTCCCAAGGAAAACAT
66 GTGACTATAACAGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCATCTTTCCCAAGGAAAACAT
* * *
22536 TC-ATCTATAATCTGTTCTAAGCAAAAATGTAAACAAA-TTCAA
131 TCAAT-TATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAACTTCAA
*******
22578 CTTAAACAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT-GNNNNNNNN
1 CTTAAACATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAG-AGGCTTA
** ** *
22641 NNTGACTATAA-ATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCATCTTTTGCAAGGAAAAT
65 GGTGACTATAACA-GGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCATCTTTCCCAAGGAAAAC
22705 ATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAACTTCAA
129 ATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAACTTCAA
* * *
22750 CTTAAAC-TCAATTATGAAATCATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTCA-AGGCTTG
1 CTTAAACATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT-AGAGGCTTA
*******************************
22813 GGTGACTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCTTCATCTTTCCCAAGGAAAACA
65 GGTGACTATAACAGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCATCTTTCCCAAGGAAAACA
* * *
22878 TTCAATTATAACCTATTCTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTCAA
130 TTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAACTTCAA
* * * * * *
22921 CTTAAAC-TCAACTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGTC-TTTCGAAGGCTTG
1 CTTAAACATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAG-AGGCTTA
* * *
22984 GGTGACTATAA-ATGGGC-TTTCTT-CTCAATGAATGGGTTTTTCTTCATCTTTCTCAAGGCAAA
65 GGTGACTATAACA-GGGCTTTTCTTGC-CAATGAATGAGTTTTTCTTCATCTTTCCCAAGGAAAA
* * * *
23046 CATTCAATTATAATCAGTTC-AATCTAAAAATGTAAAAAAGC-TCAA
128 CATTCAATTATAATCTGTTCTAA-CCAAAAATATAAAAAAACTTCAA
* ** *
23091 CTTAAAC-TCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTCA-AGAATTG
1 CTTAAACATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT-AGAGGCTTA
** * *
23154 GGTGACTATAATTGGACTTTT-TGTACCAATGAATG-GCTTTTTCTTCA
65 GGTGACTATAACAGGGCTTTTCT-TGCCAATGAATGAG-TTTTTCTTCA
23201 CGTNNNNNNN
Statistics
Matches: 485, Mismatches: 116, Indels: 44
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 128 0.26
171 231 0.48
172 124 0.26
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (173 bp):
CTTAAACATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAGAGGCTTAG
GTGACTATAACAGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCATCTTTCCCAAGGAAAACAT
TCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAACTTCAA
Found at i:25265 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 24782--26078 Score: 1287
Period size: 170 Copynumber: 7.6 Consensus size: 171
24772 NNNNNNNNNN
* * *
24782 TAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAACGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
1 TAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
** * **
24847 GGCAATGAATGAGTTTTTCTTCATCTTTCCCAAGCAAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCA
66 CTCAATGAATGGGTTTTTCTTCATCTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCA
* * * * *
24912 AAAATATAAAAAAAATTTAACTTAAACTCAATTATGAAATCA
131 AAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
24954 TAAAACCATTTAAAGAGAGTGATAAGGCTTTTCAAGGCTTGGGTGACTATATATGGGCTTTTCTT
1 TAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* * ** * *
25019 GTCAATGAATGGGTTTTTCTTCATTTTTCCCAAGAAAAACATTCAATTATAACCTATTCTAACCA
66 CTCAATGAATGGGTTTTTCTTCATCTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCA
* * *
25084 AAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAACTCAACTATGAGATTA
131 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
25125 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGCTTCGGTGACTATAAATAGGC-TTTCTT
1 TAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* * * *
25189 CTCAGTGAATGGGTTTTTCTTCATCTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTCTATCCA
66 CTCAATGAATGGGTTTTTCTTCATCTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCA
* * *
25254 AAAATGTAAAAAAACTCAACTCAAACTCAATTATGAGATTA
131 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
25295 TAAAACCT-TTTAAAGAGAATAATAAGGCTTTTCAAGGATTGGGTGACTATAATTGGACTTTT-T
1 TAAAA-CTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
* * *
25358 GTAC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCA-CGTTT-TCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
65 -T-CTCAATGAATGGGTTTTTCTTCATC-TTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTA
* * * * * * *
25420 A-TAAAAAGTGTATAAAAACTCTACTAAAAATTAATTATGAGAATA
127 ACCAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
25465 TAAAACTATTTAGAGAGATTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
1 TAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* * * * * * * * *
25530 ATCAATGAATGGGTTTTTCTTTATATTT-TCAGAGGTAAATATTCAATTAAAATCTATTTTAACA
66 CTCAATGAATGGGTTTTTCTTCATCTTTCCCA-AGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACC
** * *
25594 AAAAATGTGAAAACCATTCAGCTTAAAATCAATTAT-AGGACTA
130 AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTA
* ** * * * * * *
25637 CAAAACTATTTAAATCGAGTAATAGGGCTTTTAAAGGCTTGGGCGACTATAAGTGAGCTTCTCTT
1 TAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* ** * * ******
25702 C-CAAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAATGTAAACATTCAATTATAATCTGTTNNNNNN
66 CTC-AATGAATGGGTTTTTCTTCATCTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACC
**** ** * * * *
25766 NNNNACATAAGATAGTTCAACTTAAAATCAAATTTCTG-G-TTA
130 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AA-TTATGAGATTA
* * *
25808 TAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGCTGACTATAAATGGGGTTTTGTT
1 TAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* * *
25873 GC-CAATGAATGGGTTTTT-TTCATCTTTCCTAAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTTCTAACT
66 -CTCAATGAATGGGTTTTTCTTCATCTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACC
* * * *
25936 AAAAATGTAAAAAAACCTCAACTTAAAATCAATTTTAAG-GTA
130 AAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
25978 GTAAAACCATTTAAAGAGAGTAAGAAGGCTTTTGAAAGCCTT-CGTGAATATGAATGGGCTTTTC
1 -TAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTC
*
26042 TTGC-CAATGAATGGGTTTTTCTTTATCTTTCCCAAGG
64 TT-CTCAATGAATGGGTTTTTCTTCATCTTTCCCAAGG
26079 CTAACATNNN
Statistics
Matches: 927, Mismatches: 173, Indels: 50
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.01
170 333 0.36
171 303 0.33
172 276 0.30
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
CTCAATGAATGGGTTTTTCTTCATCTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCA
AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
Found at i:26902 original size:173 final size:160
Alignment explanation
Indices: 26585--26923 Score: 360
Period size: 173 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
26575 NNNNNNNNNT
* *
26585 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTATTTAAAATAGATTATAATT
1 TTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTAGTTAAAATAGATTATAATT
* * * * * * * *
26650 GAATGTTTTCCATGGGAAACCTGAAGTAAAAGCCAGTCATTGGCAAGAAAATCTCGTCTATAGTC
66 GAATGTTTTCCATCGGAAACATGAAGAAAAAGACAGTCATTAGCAAGAAAATCCCATCTACAGTC
* * *
26715 ATTCAAGTCTTTAAAAGCCTTATTACTCTC
131 ATCCAAGCCTTTAAAAGCCATATTACTCTC
*
26745 TTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTTATATTTTTAGTTAAA
1 TTTAAA----------ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATGTTTTTATA-TTTTAGTTAAA
* * *
26810 ATAGATTATAATTGAATGTTTTCCA-CGTACAACATGAAGAAAAATACATTCATTAGCAAGAAAA
53 ATAGATTATAATTGAATGTTTTCCATCGGA-AACATGAAGAAAAAGACAGTCATTAGCAAGAAAA
26874 TCCCAT-TGACAGTCA-CCGAAGCCTTTAAAAGCCATATTACTCTC
117 TCCCATCT-ACAGTCATCC-AAGCCTTTAAAAGCCATATTACTCTC
26918 TTTAAA
1 TTTAAA
26924 TAGTTTTATA
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 17, Indels: 19
0.80 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
160 5 0.03
170 22 0.15
171 2 0.01
172 14 0.10
173 103 0.71
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (160 bp):
TTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTAGTTAAAATAGATTATAATT
GAATGTTTTCCATCGGAAACATGAAGAAAAAGACAGTCATTAGCAAGAAAATCCCATCTACAGTC
ATCCAAGCCTTTAAAAGCCATATTACTCTC
Found at i:28213 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 27769--28214 Score: 466
Period size: 170 Copynumber: 2.6 Consensus size: 171
27759 NNNNNNNNNN
* * *
27769 AAAGAAAGACCCATTCATTGGTAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAACCCTTA
1 AAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTA
* * ********** *
27834 TTACACTCTATAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGANNNNNNNNNNAATTATTTTATATTTTTG
66 TTACTCTCTATAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTATATTTTCG
* *
27899 GTTAATACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAGCAC
131 GTTAACACAAATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAGCAC
* *
27940 AAAGAAAAACTCATTCATTGGTAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAG-CTTCAAAAGCCTTA
1 AAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTA
* **********
28004 TTACTCTCTGTAAATGGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTATATTTTCG
66 TTACTCTCTATAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTATATTTTCG
* * * **
28069 GTTAACACAGATTGTAATTGATTGTTTACCTTGAGAAGCA-
131 GTTAACACAAATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAGCAC
** * * * *
28109 TGAG-GAAACCCATTCACTGGCAAGAAAAGCCCTTTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAA
1 AAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCT--
*
28173 TATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
64 TATTACTCTCTATAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
28215 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 217, Mismatches: 55, Indels: 6
0.78 0.20 0.02
Matches are distributed among these distances:
168 39 0.18
169 14 0.06
170 87 0.40
171 77 0.35
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
AAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCTCTATAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTATATTTTCG
GTTAACACAAATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAGCAC
Found at i:31519 original size:346 final size:341
Alignment explanation
Indices: 31025--31857 Score: 749
Period size: 346 Copynumber: 2.4 Consensus size: 341
31015 NNNNATTCTA
* * * * * * *
31025 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGCAATAAGGTTTTTGAAA-ACTTAG
1 CTTAAAATCAATTATGGGACTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGCCTTAG
* ********** * *** *
31089 GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATNNNNNNNNNNTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACAT
64 GTGACTATAAATGGGCTTTCCTTG-CAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCCCAAGGAAAACAT
* * * * *
31154 TCAATTATGATCTGTTTTAATCAAAAATGTGAAACAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGCTAT
128 TCAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGCTAT
* *
31219 AAAGCCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGTA-GATAAATGGGCTTTTCTT
193 AAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTG-ACGATAAATGGACTTTTCTT
* * *
31283 GCCAATAAATAATGGGTTTCTATTCATGTTTTCCAA-GACAAACATTCAGTTATAATCTGTTTTA
257 GCCAATAAAT-ATGGCTTTC--TTCATG-TTTCCAATGAAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
31347 A-CTAAAAATGTAAAAA-TCATTCAG
318 ATC-AAAAATGTAAAAACT-ATTCAG
* * * *
31371 CTTAAAATCAATTATTGGACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTTAAAGGCTTGGG
1 CTTAAAATCAATTATGGGACTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCCTTAGG
* * * * **
31436 TGACTATAAGTGGGCTTTCCTTGCCAATGGATGGCTTTTTGTTTAGGTTTTTCAAGGAAAACATT
65 TGACTATAAATGGGCTTTCCTTG-CAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCCCAAGGAAAACATT
* * * * * * * *
31501 CAATTATAATCCGTTTTAAACGAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTTAGTTTTTAGGTTATA
129 CAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGCTATA
******************** * * *
31566 AAACCATTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGC
194 AAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACGATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * *
31631 CAATGAATGTGTCTTTCTTCGTGTTTCCAATGAAAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAATCAAA
259 CAATAAATATGGCTTTCTTCATGTTTCCAATGAAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAA
31696 AATGTAAAAACTATTCAG
324 AATGTAAAAACTATTCAG
* *
31714 CTTAATATCAATTATGGGACTATAAACCATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTTAAAGCCTTAGGT
1 CTTAAAATCAATTATGGGACTATAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCCTTAGGT
* * * * *
31779 GACTATAAATGGGCTTTTCTTGCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACACTCA
66 GACTATAAATGGGCTTTCCTTGCAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCCCAAGGAAAACATTCA
31844 ATTATAATCTGTTT
131 ATTATAATCTGTTT
31858 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 389, Mismatches: 93, Indels: 15
0.78 0.19 0.03
Matches are distributed among these distances:
341 47 0.12
342 65 0.17
343 71 0.18
344 2 0.01
345 10 0.03
346 194 0.50
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
CTTAAAATCAATTATGGGACTATAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCCTTAGGT
GACTATAAATGGGCTTTCCTTGCAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCCCAAGGAAAACATTCA
ATTATAATCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGCTATAAA
ACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACGATAAATGGACTTTTCTTGCCA
ATAAATATGGCTTTCTTCATGTTTCCAATGAAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAA
TGTAAAAACTATTCAG
Found at i:31782 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 30884--31857 Score: 643
Period size: 171 Copynumber: 5.7 Consensus size: 170
30874 NNNNNNNNNN
* * * * * **
30884 TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAAT-GGATTTTTTATGAAAATG
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TGCCAATG
* * * * ** * ****
30948 AATGGGTTTTTCTTTATGCTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAANNNN
65 AATGTGTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGAAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGT
****** * ** *
31013 NNNNNNATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
130 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GGCTATAAAACCA
* * * * * *
31055 TTTAAAGAGAGCAATAAGGTTTTTGAAA-ACTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATN
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATG
********* ** ** *
31119 NNNNNNNNNTTCTTCATG-TTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATGATCTGTTTTAATCAAAAATG
65 AATGTGTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGAAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATG
* * * * *
31183 TGAAACAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGCTATAAAGCCA
129 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GGCTATAAAACCA
* * * *
31226 TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGTA-GATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATA
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTG-ACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAT-
* * * * * *
31290 AATAATGGGTTTCTATTCATGTTTTCCAAGACAAACATTCAGTTATAATCTGTTTTAA-CTAAAA
64 --GAATGTGTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGAAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAA
* * *
31354 ATGTAAAAATCATTCAGCTTAAAATCAATTATTGGACTATAAAACCA
126 ATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTA-TGGGCTATAAAACCA
* * * *
31401 TTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAGTGGGCTTTCCTTGCCAATGG
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGA
* * * * * * * * *
31466 ATG-GCTTTTTGTTTAGGTTTTTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCCGTTTTAAACGAAAATAT
66 ATGTG-TTTTTCTTCATGTTTTCCAAGAAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGT
* * * * * *
31530 AAAAAAATTCAACTTAAATTTAGTTTTTAGGTTATAAAACCA
130 AAAAAAATTCAACTTAAAATCA-ATTATGGGCTATAAAACCA
******************** **
31572 TTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGA
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGA
* * *
31637 ATGTGTCTTTCTTCGTG-TTTCCAATGAAAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAATCAAAAATGT
66 ATGTGTTTTTCTTCATGTTTTCCAA-GAAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGT
* * *
31701 AAAAACTATTCAGCTTAATATCAATTATGGGACTAT-AAACCA
130 AAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGGG-CTATAAAACCA
* * *
31743 TTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTTAAAGCCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG-CAATGA
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGA
* * ** *
31807 ATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTT
66 ATGTGTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGAAAAACATTCAATTATAATCTGTTT
31858 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 602, Mismatches: 180, Indels: 43
0.73 0.22 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 53 0.09
171 331 0.55
172 82 0.14
173 2 0.00
174 46 0.08
175 86 0.14
176 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGA
ATGTGTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGAAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTA
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGCTATAAAACCA
Found at i:34054 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 33724--34592 Score: 989
Period size: 171 Copynumber: 5.1 Consensus size: 170
33714 NNNNNNNNNA
* * * * *
33724 TGGGTGACTATAATTGGACTTTT-TGTCCCAATGAATGGCTTTTTCTTGAAGTTTCCCAAGGCAA
1 TGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAA
* * * * ** * *
33788 ACACTCAATTATAATTTGGTTTAACCAAAAATGTTTCAAAACTCAACTTAAAATCAATTATAAGA
65 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAAACAAAAAT-ATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
33853 TTCTAAAA-TCATTTAAAAAAAGTTATAAGGCTTTCGAAGACT
129 TTATAAAACT-ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
* * * *
33895 TTGGTGTCTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCCCAAGGAAAA
1 TGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAA
* * * *
33960 CATTCAATTATATTTTATTTTAAACAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGT
66 CATTCAATTATAATTTGTTTTAAACAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* *
34025 TATAAAACTATTTAAGGAGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCT
130 TATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
** * * * *
34066 TTAGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCCAATGACT-GCATTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGTAA
1 TGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAA
* * *
34130 ACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACCAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGA
65 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAAACAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
34194 TTATAAAACCATTTAAAGAGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
129 TTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
* *
34236 TGGGTGACTATAAAGGGGC-TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAA
1 TGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAA
* * * * *
34300 CATTCAATTATAATCTG-GTTAAATGAAAAATGTGAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
66 CATTCAATTATAATTTGTTTTAAA-CAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
34364 TTATAAAATTTTTTAACGAAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
129 TTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
* * * * * *
34406 TGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCGAATGAATGGGTTTGTCTTCATATTTCTCGAA-GCAA
1 TGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CCAAGGCAA
* * * *
34470 ACATTTAATTATAATTTGTTTT-AACAAAAAATGTAAAAACTATTCAACTAAAAATCAATTATGG
65 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAAAC-AAAAATATAAAAA--ATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
34534 GACTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
127 GATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
*
34578 TAGGTGACTATAAAT
1 TGGGTGACTATAAAT
Statistics
Matches: 598, Mismatches: 86, Indels: 27
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 57 0.10
170 184 0.31
171 274 0.46
172 81 0.14
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAA
CATTCAATTATAATTTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
Found at i:34349 original size:340 final size:340
Alignment explanation
Indices: 33727--34591 Score: 1027
Period size: 340 Copynumber: 2.5 Consensus size: 340
33717 NNNNNNATGG
* * ** * * * * *
33727 GTGACTATAATTGGACTTTTTGTCCCAATGAATGGCTTTTTCTTGAAGTTTCCCAAGGCAAACAC
1 GTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGCAAACAT
* *** * * *
33792 TCAATTATAATTTGGTTTAACCAAAAATGTTTCAAAACTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTCT
65 TCAATTATAATTTGTTTTAACC-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * *
33857 AAAATCATTTAAAAAAAGTTATAAGGCTTTCGAAGACTTTGGTGTCTATAAATGGGCTTTTCTTG
129 AAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAAGGGGCTTTTCTTG
* * **
33922 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATATTTTATTTTAAACAA
194 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTAGGTTAAACAA
* * * *
33987 AAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAGGAGAGAAATAA
259 AAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAACGAAAGAAATAA
*
34052 GGCTTTTGAAGGCTTTA
324 GGCTTTTGAAGGCTTGA
* *
34069 GTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCCAATGACTGCATTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGTAAACAT
1 GTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGCAAACAT
* * *
34134 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATA
65 TCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
34199 AAACCATTTAAAGAGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAGGGGC-TTTCTTGC
130 AAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAAGGGGCTTTTCTTGC
* * * *
34263 CAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCT-GGTTAAATGAA
195 CAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTAGGTTAAA-CAA
* * * * *
34327 AAATGTGAAAA-CATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTTTTTAACGAAAGTAATA
259 AAATAT-AAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAACGAAAGAAATA
*
34391 AGGCTTTTGAAGGCTTGG
323 AGGCTTTTGAAGGCTTGA
* * * * * * *
34409 GTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCGAATGAATGGGTTTGTCTTCATATTTCTCGAA-GCAAACA
1 GTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAAGGCAAACA
* * * * * *
34473 TTTAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACTATTCAACTAAAAATCAATTATGGGACT
64 TTCAATTATAATTTGTTTTAAC-CAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* *
34538 ATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAA
127 ATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAA
34592 T
Statistics
Matches: 443, Mismatches: 73, Indels: 14
0.84 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
339 5 0.01
340 193 0.44
341 102 0.23
342 143 0.32
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
GTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGCAAACATT
CAATTATAATTTGTTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAAGGGGCTTTTCTTGCC
AATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTAGGTTAAACAAAA
ATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAACGAAAGAAATAAGG
CTTTTGAAGGCTTGA
Done.