Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403228.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_899.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4232
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.12, T:0.31
Warning! 486 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:455 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2--2563 Score: 2382
Period size: 171 Copynumber: 15.0 Consensus size: 171
1 A
* * * * * * *
2 CGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCTTGGGTAACTATAAATGGGCTTTTGTTGTCAATGAATGACTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGGCTT
* * * * *
67 TTTTTTCATGTTTTTTAAGGCAA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
66 TTTCTTCATGTTTCTCAAGG-AAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
* * *
131 TTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAGCTATTTAAAG
130 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
173 -GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTAACTATAAATGGGCTTTTCTT-GCAAATGAATGGGT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATC-AATGAATGGCT
* * * * * *
236 TTTTCTTCACGTTTCTCATGGAAAATAATT-AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
65 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* * * * * *
300 ATTCAACCTAAAATCAATTATTACAATATAAAACGATTTAAAA
129 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* *
343 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TAAAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATTAATGGCT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGGCT
* * * * *
407 TTTCCTTCACGTTTCTCAAGGAAGATAGTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
65 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAA
* * * *
472 ATTCATCCTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAACCATTTAAAG
129 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
515 CGAGTAATAGGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTTCGGTA--AATGAATGAG
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGC-TTTTC-TTATCAATGAATG-G
* ** * *
578 -TTTTTCTTCATGTTTC-CTGAGGCAA-ACATTCAATTGGAATCTATTTTAATCAAAAATATAAA
63 CTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGG-AAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAA
* * * * * * *
640 AAACTTCGACCTAAAATTAGTTATGAGATTATAAAACTATTGAAAG
126 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
686 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GAGTGACGATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGGCT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAG-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGGCT
* * * * * * *
750 TTTTCTTTATATTTCTCTAGGTAGACAATCAATTATAAT-TTTTTTAACTAAAAATATAAAAAAA
65 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
* *
814 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAG
130 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* ** ** * **
856 CGAGTAAAAAGGCTTTTGAGAGAATTA-GTGACTATAAATGCACTTTT-TTACCAATGAATACCT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGGCT
* * * * **
919 TTTTCTCCACTTTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAA
65 TTTTCTTCA-TGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAA
* * * *
983 CAATTAAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAGCCTTTTAAAG
128 -AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
1028 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTAACTATAAATGGGCTTTTCTT-GCAAATGAA-GGAG
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATC-AATGAATGG-C
* * *
1091 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAA-ACAATCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAACATAAAAA
64 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG-AAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA
* ** * *
1155 AATTTAACCCAAAATCATTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
128 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
1199 CGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GAGTAACTATAAAT-GGCTTTTCTTATCAATCAATGGC-
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAG-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGGCT
* * * * * * *
1261 TTTTCTTTCATGTTTCT-ATGGTAGATAGTAAATTATAATCTGTGTTAACCAAAAATGTAAAAAA
65 TTTTC-TTCATGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* * * * * * * *
1325 TTTGATCCTAAAATCAGTTATGAGGTTGTAATACCATTTAAAG
129 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** * * *
1368 CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTTA-CTGACTATAAATGGG-TGTTTCCTA-CAAATGAATGA
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TTAGGTGACTATAAATGGGCT-TTTCTTATC-AATGAATGG
* * * **
1430 CTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGTCAA-ACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAA
63 CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG-GAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA
* * * *
1494 AAATTCAACCTAAAATCAGTTATGCA-ATTATAAAAGCACTTAAAG
127 AAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
1539 CGAGTAATAATGCTTTTGAAGCCAT-GAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTCATCAATGAATGGCT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAG-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGGCT
* * * * * * * * *
1603 TTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACAATCAGTTATAATTTTTTTTAATCAAAAATTTAAAAAAA
65 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
* * * * *
1668 GTCAACTTATAATTAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAG
130 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * ** *
1710 CGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGAG-TGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCC
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGA-AG-GCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGGC
* ** *
1773 TTTTTCTTCATTGTTT-TCAAGGCAGACATTTGATTATAATCCGTTTTAACCAAAAATATAAAAA
64 TTTTTCTTCA-TGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAA
*
1837 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAG
127 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * * **
1882 TGAGTAATAAGTCTTTCGAAGGCTT-GAGTAACTATAAGTGGAC-TTT-TTATGCTAATGGATAA
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAG-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTAT-C-AATGAATGG
* * * * * * * ** *
1944 CTTTTCCTTTATGTTT-TCTATGGCAGATATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAA
63 CTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA
* * * ** *
2008 AAATTCAAGTTAAAATCAATTATGACATCATAAAAATAATTTTAAG
127 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAG
* * *
2054 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATCAATGGACTGTTCTTATCAATGAATGGCTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGGCTT
* * * * * ** * *
2119 TTTCTTTATGTTTCCCAAGCCAA-ACATGCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAACAAAA
66 TTTCTTCATGTTTCTCAAG-GAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
* * * * *
2183 TTCAACTTACAATTAGTTATGATATTATAAAACCATTAAAAG
130 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * **
2225 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTCAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAG-T
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATG-GCT
* * * * *
2289 TTTTCTTCATGTTTC-CTGAGGTAA-ACATTCAATTACAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAC
65 TTTTCTTCATGTTTCTC-AAGG-AAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-
*
2352 AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
127 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
2397 CGAGTAATAAGACTTTTGAA-GATATAGGTGACTATAAATAGACTTTTGTTA-CTAATGAATGGC
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATC-AATGAATGGC
* * * * * ** *
2460 TTTTT-TTCACGTTTTTCAAGGTAGATATTTAATTATAATCTGTTTTAAATAAAAATATAAAAAT
64 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
*
2524 ATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
129 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
2564 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1959, Mismatches: 354, Indels: 157
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 150 0.08
170 366 0.19
171 800 0.41
172 568 0.29
173 67 0.03
174 7 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGGCTT
TTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAT
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
Found at i:625 original size:343 final size:338
Alignment explanation
Indices: 2--2563 Score: 2419
Period size: 343 Copynumber: 7.5 Consensus size: 338
1 A
* * * * * * * *
2 CGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCTTGGGTAACTATAAATGGGCTTTTGTTGTCAATGAATGACTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTT
* * * * *
67 TTTTTTCATGTTTTTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
66 TTTCTTCATGTTTCTCAAGG-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAT
* * *
132 TCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAGCTATTTAAAG-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
* * * * * * *
196 TGGGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGGGTTTTTCTTCACGTTT-CTCATGGAAA
195 T-GGTGACTATAAATGGGCTTTT-TCGTAAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTCCT-A-GGCAG
* * * * *
260 ATAATT-AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATTAC
256 A-CATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * *
324 AATATAAAACGATTTAAAA
320 ATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
343 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TAAAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATTAATGGCT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCT
* * * * * *
407 TTTCCTTCACGTTTCTCAAGGAAGATAGTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
65 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAA
* * * * *
472 ATTCATCCTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTCGAAGG
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
537 CTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTTCGGTAAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCA
193 CTT-GGTGACTATAAATGGGCTTTTTC-GTAAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTCCT-AGGCA
* ** * * * *
602 AACATTCAATTGGAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAACTTCGACCTAAAATTAGTTATGAG
255 GACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* *
667 ATTATAAAACTATTGAAAG
320 ATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
686 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GAGTGACGATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGGCT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCT
* * * * * * *
750 TTTTCTTTATATTTCTCTAGGTAGACAATCAATTATAAT-TTTTTTAACTAAAAATATAAAAAAA
65 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGG-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAA
* * * * *
814 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAGAGA
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGG
* * ** * * * *
879 ATTAGTGACTATAAATGCACTTTTT--TACCAATGAAT-ACCTTTTTCTCCACTTTTTCCAAGGC
193 CTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTTCGTA--AATGAATGA-GTTTTTCTTCA-TGTTTCCTAGGC
* * *
941 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAACAATTAAACTTAAAATCAATTAT
254 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATAT-AAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTAT
* * *
1006 AAGATTATAAAGCCTTTTAAAG
317 GAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
1028 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTAACTATAAATGGGCTTTTCTT-GCAAATGAA-GGAG
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGG-C
* *
1091 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAACATAAAAAA
64 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAA
* ** * * * *
1156 ATTTAACCCAAAATCATTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAGG
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * *
1221 CATGAGTAACTATAAAT-GGC-TTTTCTTATCAATCAATG-GCTTTTCTTTCATGTTT-CTATGG
193 CTTG-GTGACTATAAATGGGCTTTTTCGTA--AATGAATGAGTTTTTC-TTCATGTTTCCTA-GG
* * * * * * * * * * * *
1282 TAGATAGTAAATTATAATCTGTGTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTGATCCTAAAATCAGTTATG
253 CAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATG
* * *
1347 AGGTTGTAATACCATTTAAAG
318 AGATTATAAAACCATTTAAAG
** * * * *
1368 CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTTA-CTGACTATAAATGG-GTGTTTCCTA-CAAATGAATGA
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TTAGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTATC-AATGAATGG
* * * *
1430 CTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGTCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAA
63 CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG-GAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAA
* * * * * *
1495 AATTCAACCTAAAATCAGTTATGCA-ATTATAAAAGCACTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAA
127 AATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * *
1559 GCCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTCATCAATGAATG-GCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAG
191 GGCTTG-GTGACTATAAATGGGCTTTT-TCGTAAATGAATGAG-TTTTTCTTCATGTTTCCT-AG
* * * * * * * * * *
1623 GTAGACAATCAGTTATAATTTTTTTTAATCAAAAATTTAAAAAAAGTCAACTTATAATTAATTAT
252 GCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT
* *
1688 AAGATTGTAAAACCATTTAAAG
317 GAGATTATAAAACCATTTAAAG
* ** *
1710 CGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGAG-TGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCC
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGA-AG-GCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGC
* ** * *
1773 TTTTTCTTCATTGTTT-TCAAGGCAGACATTTGATTATAATCCGTTTTAACCAAAAATATAAAAA
64 TTTTTCTTCA-TGTTTCTCAAGG-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAA
* * *
1837 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTCGAA
126 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * * * * * *
1902 GGCTTGAGTAACTATAAGTGGACTTTTTATGCT-AATGGATAACTTTTCCTTTATGTTTTCTATG
191 GGCTTG-GTGACTATAAATGGGCTTTTT-CG-TAAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTCCTA-G
* * * * **
1966 GCAGATATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTAT
252 GCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT
* * ** *
2031 GACATCATAAAAATAATTTTAAG
317 GAGATTAT-AAAACCATTTAAAG
* *
2054 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATCAATGGACTGTTCTTATCAATGAATGGCTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTT
* * * * * * * *
2119 TTTCTTTATGTTTCCCAAGCCAAACATGCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAACAAAAT
66 TTTCTTCATGTTTCTCAAG-GAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAT
* * * * *
2184 TCAACTTACAATTAGTTATGATATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
* * ** * *
2249 CAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAAA
195 -TGGTGACTATAAATGGGCTTTT-TCGTAAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTCCT-AGGCAGA
* *
2314 CATTCAATTACAATATATTTTAA-CTAAAAATATAAAACAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
257 CATTCAATTATAATCTATTTTAATC-AAAAATATAAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
2378 ATTATAAAACCATTTAAAG
320 ATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
2397 CGAGTAATAAGACTTTTGAA-GATATAGGTGACTATAAATAGACTTTTGTTA-CTAATGAATGGC
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGGC
* * * * *
2460 TTTTT-TTCACGTTTTTCAAGGTAGATATTTAATTATAATCTGTTTTAA-ATAAAAATATAAAAA
64 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA-AAAAATATAAAAA
* *
2523 TATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
127 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
2564 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1813, Mismatches: 342, Indels: 131
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 2 0.00
340 263 0.15
341 225 0.12
342 477 0.26
343 707 0.39
344 137 0.08
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTT
TTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATT
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
GGTGACTATAAATGGGCTTTTTCGTAAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTCCTAGGCAGACATT
CAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAG
Done.