Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403231.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_901.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 240 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1224 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 604--5349 Score: 2808
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594 NNNNNNNNNN
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604 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTGGTTGAAACA-A
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* * * * * * * *
668 CCTATAATTGAAT-TTTACCTTGAAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTC-A
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* * * ** **
731 TTTATAGTTACCTATTCCATC-AAAGGCCTTATTACTTTCTTT
129 TTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAA-GCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
773 AAATGATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTTAATTTTTTAATATTTTTTATTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGA
* * * * ** * * * * *
838 CTATAATAGCATGT-TAGTCTCTG-GATATGTGAAGAAAAAACTATTTATT-AGCGAG-AAAGTT
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* * * ** *
899 CC-ATATGTAGTCACCCATTTCTTTC-AAATTCTTATTACTTGCTTT
125 CCTATTTATAGTCACCCA-TGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
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944 GAATGGTTTTATAATCTCATACTTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTATANNNNNNNNNNAAACAGA
1 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGA
* * *
1009 TTATAATTGAATGTTTTTCTTG-GAAAACATGAAA-AAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGCCT
66 TTATAATTGAATG-TCTGCCTGAG-AAACAT-AAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGCCT
***********
1072 ATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCNNNNNNNNNNTCTTT
128 ATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * *
1115 AAATTGTTTTGTAACCTCGTAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTCTT-AGTTAAAATAT
1 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAG
*
1179 ATTATAATTGAATGTCTGCCGTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGGAAAGTCC-
65 ATTATAATTGAATGTCTGCC-TGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAG-CCT
* *
1243 ATTTATAGTCACCTATGCTTTC-AAAACCTTATTACTCGCTTT
128 ATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* ** * * *
1285 AAATGGTTTTATAATCTTGTAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACATA
1 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGA
* * * * * * * * *
1350 TTAGAATTGATTGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTGATTGGC-AAAAATAGTCTA
66 TTATAATTGAATGTCTGCCT-GAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAA-AGCCTA
* * * * * *
1414 TTTATAG-CAACCTATTCCTTCAAAAACTTTATTACTCGCTTT
129 TTTATAGTC-ACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
1456 AAATGGTTTTGTAATCTCATACTTGATTTTAATTTAAATATTTTTATATTTTTGATTAAAAGA-A
1 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGA
* * * * * * *
1520 GCTATACTTGAATGTCTGCTTTGAAAAACATAAAGAAAAAGCTATTCATTG-GTA-ACGAAAGTC
66 -TTATAATTGAATGTCTGC-CTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGA--AAAGCC
* *
1583 TATTTGTAG-CTACCCATTCTTTC-AGAAGCCTTATTACTCGCTTT
127 TATTTATAGTC-ACCCATGCTTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * * *
1627 AAATGGTTTTATAATCACATAATTCATTTCAAGCTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACGGA
1 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGA
* * * * * *
1692 TTACAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGATTAGAAAAGCATAT
66 TTATAATTGAATGTCTGCCTGA-GAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGCCTAT
* *
1757 TTATAGTCATCCATGTCTTT-GAAAAGCCTTATTAGTCGCTTT
130 TTATAGTCACCCATG-CTTTCG-AAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
1799 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTGCTTAAAACGGA
1 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGA
* * *
1864 -TATAATTGAATGTCTGCATTGAAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCTAT
66 TTATAATTGAATGTCTGC-CTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGCCTAT
* * *
1928 TTATAGTCATCCAAG-TCTTCGAAAGCCTTATTTCTCGCTTT
130 TTATAGTCACCCATGCT-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * **
1969 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTCTTTTGCATTTTTGATTAAAACA-A
1 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGA
* * *** * * * * *
2033 ATATAATTGAATGTTTATATCAAAAAACATGAA-AAAAAG-CATTCATT-AGTAAGAAAAG-TTC
66 TTATAATTGAATGTCTGCCT-GAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACT-AGAAAAGCCT-
* ** * * *
2094 ATTTATAATCACTTATTCATTT-AAAAGCCTTATTGCTCGCTTT
128 ATTTATAGTCACCCATGC-TTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * ** * * *
2137 AAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGACATTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAACAT
1 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAACAG
* * ** * * * * *
2201 ATTAGAATTGATTGTCTGTTTTAAGAAACATGAAGAAATAGCCATTCATT-AGCGAGAAAAGTCT
65 ATTATAATTGAATGTCTG-CCTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CTAGAAAAGCCT
* * * * *
2265 ATTTATAG-CTACCCATTCGTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTT
128 ATTTATAGTC-ACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * * * *
2308 GAATGGTTTTGTAATCTTATAATTGATTTTAGGCTAGATTTTTTTATATTTTTG-CTAAAATAGG
1 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGA
* * * * * * * * * *
2372 CTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAATGCCATTCATAGGCAATAAAAG-TTGA
66 TTATAATTGAATGTCTGCC-TGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGCCT-A
** * * * * * *
2436 TTTATAGTCATTCATTCCTTT-AAAAGGCTGATTGCACGCTTT
129 TTTATAGTCACCCA-TGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
2478 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ACTTAAAATAG
1 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAG
* * * * * * * ** * *
2542 ATTTTAATTAAATGTTTACCTTAAGAAATATGAAGAAAAAAATCATTCATTGAGTAAAAAAGTCC
65 ATTATAATTGAATGTCTGCC-TGAGAAACATAAAG-AAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAG-CC
* * * *
2607 -ATTTATAGTCACCCATACCTTT-AAAAGCTTTATTACTCACTTT
127 TATTTATAGTCACCCAT-GCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * ** * * * *
2650 TAATGGTTTTATAATCTTGTAATTCATTTTAAGTTAATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-
1 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAA-ATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAG
* * * * * * * * ** * ***
2714 AGCTATAATTGAATTTTTACCTTGAAAAACGTAAAGAAAAAGTCATTCATCG-GGAAAAAAATTT
65 A-TTATAATTGAATGTCTGCC-TGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGCCT
* * * * *
2778 CATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTC-CTAT
128 -ATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTT
* * * * ** *
2822 AAATGATTTTATAATCTC-TAATTCATTTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTGGCTAAAATAG
1 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATT-AATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAG
* * * * * * ** * *
2886 A-CATAATAGAATGT-TAATCTCTG-G-AACTATGAAGAAAAGGGCATTTGTTGGCGAGAAAA-C
65 ATTATAATTGAATGTCT--GC-CTGAGAAAC-ATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGC
* * * * * * * *
2946 TCCATTTGTAGTCTCCCATTCCTTCCAAAGCTTTATTACTCGTTTT
126 -CTATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
2992 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTTAGTTAAATTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGA
* * * *
3057 TTATAATTGGATGTCTGCCTAGAAAAACATGAAA-AAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGCCCA
66 TTATAATTGAATGTCTGCCT-GAGAAACAT-AAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGCCTA
* * *
3121 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAATCCTTATTACTCGCTTT
129 TTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * * *
3163 AAATGGTTTTGTAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTTATTCAAACAGG
1 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGA
* * * * * * * *
3228 CTATAATTGAATGTCTGTCTCA-AAAAATATGAAGGAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-
66 TTATAATTGAATGTCTGCCTGAGAAACATA--AAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAG-CCT
* * * * * *
3291 ATTTATAG-CTATCAATTCCTTC-AGAAGCCTTATTATTCGTTTT
128 ATTTATAGTC-ACCCATGCTTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
3334 AAATGCTTTTATAATCCCATAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAATAG
1 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAG
* * * * * * * *
3398 AATATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGTCAA
65 ATTATAATTGAATGTCTGCCT-GAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGCCTA
* * *
3463 TTTATACTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
129 TTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
3505 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAATAGA
1 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGA
* * * * * * * *
3570 -TATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAATG-TTC
66 TTATAATTGAATGTCT-GCCTGAGAAACATAAAG-AAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGCCT-
* * *
3632 ATTTATAGTCACTCAT-TTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
128 ATTTATAGTCACCCATGCT-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * *
3675 AAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTTTT-AGTTGAAACAT
1 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAG
* * * * * * * * **
3739 ATTAGAATTGATTGTTTGTCTTGAGAAACATGAAG-AAAAGCCGTTCATTG-GTAAAAACAAATC
65 ATTATAATTGAATGTCTG-CCTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACT-AGAA-AAGCC
* * * * * **
3802 TATTTATAGTAATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACAAGCTTT
127 TATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
3846 AAATGCTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGA
1 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGA
* * * **
3911 ATATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGACTAGAAAAGTCC-A
66 TTATAATTGAATGTCTGCCT-GAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAG-CCTA
* * *
3975 TTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
129 TTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * **
4017 AAATGGTTTTGTAATCTCATAAGTGATTTTAAGCTAAATGTTTTTATATATTTGGGTAAAACA-A
1 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGA
* * * * * * * * * * * * *
4081 GCTATAATTGAATGGCTACTTTAAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATAGACAAAAAAAGTCGA
66 -TTATAATTGAATGTCTGC-CTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGCCTA
* * *
4146 TTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTT
129 TTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * * *
4188 AAATTGTCTTATAATCTCATATTTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAA
1 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAACAG
* * * * ** *
4252 ATTATAATTGAATGGCTGCCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGTTATTCATTGATTAGAAAAGTCC-
65 ATTATAATTGAATGTCTGCCT-GAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAG-CCT
* * ** * * * *
4316 ATTTATAATTATGCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCCTT
128 ATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* ** * * * *
4359 AAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTT-AGTTAAAAGAT
1 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAG
* * * * * * * * * *
4423 ATT-TTATTGAATGTTTACTTTGAGAAACGTGAA-AAAAAG-AATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
65 ATTATAATTGAATGTCTGC-CTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGCCTA
*
4485 TTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
129 TTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
4527 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAA-AAA
1 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGA
* ** ** * ** * * ** * * * **
4591 TAATAATAAAACATCAGTCTCTG-GAAATGTGAGGAAAAATACTTTTATTG-TTGAGAAAA-TTT
66 TTATAATTGAATGTCTG-C-CTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACT-AGAAAAGCCT
* * * * *
4653 CATTTGTAGTCACCCATTCCTTTC-AGAGCTTTAGTACTCGCTTT
128 -ATTTATAGTCACCCA-TGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * ** * * * *
4697 AAATGATTTTATAATCTCATAATTCTTTTTTAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGA
* * * * * *
4762 TTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAG-AAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGTCTAT
66 TTATAATTGAATGTCTGCCTGA-GAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGCCTAT
* * * * *
4826 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACTTTATTACTCACTTT
130 TTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
4867 AAATGATTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAACA-
1 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAACAG
* * * * * * * * **
4930 AGCTATAATTGAATTTTTTCCTTGAAAAACATAAAGAAAAAGCTATTCATTG-GTAAAATAAATC
65 A-TTATAATTGAATGTCTGCC-TGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAA-AAGCC
* * * * *
4994 TATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAATCCTTATTACTTGCTTT
127 TATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * ** * *
5038 AAATAG-TTTATAATCT-ATAATTCATTTTAAGTTAAATTGCTTTATATTTTAG-TTAAAATAGA
1 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGA
* * * * ** * * ** ** *
5100 CTATAATAGAATAT-TAATCTCTGA-AAATGTGAAGAAAAGGGGATTTGTTG-GTGAGAAAA-CT
66 TTATAATTGAATGTCT--GC-CTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACT-AGAAAAGC-
* * * * *
5161 CCATTTGTAGTCACCCATTCCTTTC-AAAGCGTTATTACTTGCTTT
126 CTATTTATAGTCACCCA-TGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * * * * * *
5206 CAATAGTTTTATCATCTAATAATTCATTTTTAGTTAAATTTTTGTACATTTTTGCTTAAAACAAA
1 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGA
** * * ** * * * *
5271 TTATAAGCGAATGTCTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGTCAAT
66 TTATAATTGAATGTCTGCCTGA-GAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGCCTAT
* *
5336 TTATAATGACCCAT
130 TTATAGTCACCCAT
5350 ACCTTCAAAA
Statistics
Matches: 3610, Mismatches: 797, Indels: 339
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 8 0.00
168 297 0.08
169 213 0.06
170 957 0.27
171 1773 0.49
172 304 0.08
173 58 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGA
TTATAATTGAATGTCTGCCTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGCCTATT
TATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
Found at i:1735 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 604--5266 Score: 3670
Period size: 342 Copynumber: 13.7 Consensus size: 341
594 NNNNNNNNNN
* * * * * *
604 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTGGTTGAAACA-A
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * *
668 CCTATAATTGAAT-TTTACCTT-GAAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTC-
66 -TTATAATTGAATGTTTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGC-AAAAAAGTCT
* * * * ** *
730 ATTTATAGTTACCTATTCCATCAAAGGCCTTATTACTTTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
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* * * * * * * *
795 TTCATTTTAAGTTTAATTTTTTAATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATAGCATGT-TAGTCTC
194 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAAAAG-CTATAATTGAATGTCT-G-CTT
* * ** * * * ** * *
859 TG-GATATGTGAAGAAAAAACTATTTATTAGCGAG-AAAGTTCCATATGTAGTCACCCATTTCTT
256 TGAAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCCA-TTCTT
** *
922 TC-AAATTCTTATTACTTGCTTT
319 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * **********
944 GAATGGTTTTATAATCTCATACTTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTATANNNNNNNNNNAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
** * * * * * *
1009 TTATAATTGAATGTTTTTCTTGGA-AAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGCCTA
66 TTATAATTGAATGTTTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGC-AAAAAAGTCTA
* * * *********** * * * *
1073 TTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCNNNNNNNNNNTCTTTAAATTGTTTTGTAACCTCGTAAT
130 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * **
1138 TAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTCTT-AGTTAAAATATA-TTATAATTGAATGTCTGCCGT
195 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAA-A-AGCTATAATTGAATGTCTGCTTT
* * * * * * *
1201 GAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACT-AGGAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCTTTC
257 GAAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTC
1265 AAAA-CCTTATTACTCGCTTT
321 AAAAGCCTTATTACTCGCTTT
** * * * *
1285 AAATGGTTTTATAATCTTGTAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * *
1350 TTAGAATTGATTGTTTGCC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTGATTGGCAAAAATAGTCTA
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* * * * *
1414 TTTATAG-CAACCTATTCCTTCAAAAACTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAC
130 TTTATAGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
1478 TTGATTTTAATTTAAATATTTTTATATTTTTGATTAAAAGAAGCTATACTTGAATGTCTGCTTTG
194 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAA-AAGCTATAATTGAATGTCTGCTTTG
* * *
1543 AAAAACATAAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAACG-AAAGTCTATTTGTAG-CTACCCATTCTTTC
258 AAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAA-GAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATTCTTTC
*
1606 AGAAGCCTTATTACTCGCTTT
321 AAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
1627 AAATGGTTTTATAATCACATAATTCATTTCAAGCTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACGGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * ** *
1692 TTACAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGATTAGAAAAG-CAT
66 TTATAATTGAATGTTTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTG-GCAAAAAAGTC-T
* * * * *
1755 ATTTATAGTCATCCATGTCTTTGAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATA
129 ATTTATAGTCACCCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * ** * *
1820 ATTAATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTGCTTAAAACGGATATAATTGAATGTCTGCATTG
193 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAAAAGCTATAATTGAATGTCTGCTTTG
* * * * * *
1885 AAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACT-AGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCAAGTC-TTC
258 AAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCCATTCTTTC
* *
1948 GAAAGCCTTATTTCTCGCTTT
321 AAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * ** *
1969 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTCTTTTGCATTTTTGATTAAAACA-A
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
* ** * * * *
2033 ATATAATTGAATGTTTATATCA-AAAAACATGAA-AAAAAG-CATTCATTAGTAAGAAAAGT-TC
66 TTATAATTGAATGTTTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAA-AAAAGTCT-
* ** * * * *
2094 ATTTATAATCACTTATTCATTTAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAA
129 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
** * * * *
2159 TTGACATTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAACATA-TTAGAATTGATTGTCTG-TT
194 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAA-A-AGCTATAATTGAATGTCTGCTT
* * * * ** * *
2221 TTAAGAAACATGAAGAAATAGCCATTCATTAGCGAGAAAAGTCTATTTATAG-CTACCCATTCGT
256 TGAA-AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATTCTT
* *
2285 TCAAAAGCCTTGTTACTCACTTT
319 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * * * * *
2308 GAATGGTTTTGTAATCTTATAATTGATTTTAGGCTAGATTTTTTTATATTTTT-GCTAAAATAGG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * * *
2372 CTATAATTGAATGTTTGCCTT-GAAAAACATGAAGAAAATGCCATTCATAGGCAATAAAAGT-TG
66 TTATAATTGAATGTTTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAA-AAAAGTCT-
** * * * * * *
2435 ATTTATAGTCATTCATTCCTTTAAAAGGCTGATTGCACGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
129 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * * *
2500 TTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ACTTAAAATAGATTTTAATTAAATGTTTACCTT
194 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAAAAG-CTATAATTGAATGTCTGCTTT
* ** *
2564 -AAGAAATATGAAGAAAAAAATCATTCATTGAGTAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCT
257 GAA-AAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TCT
* *
2627 TT-AAAAGCTTTATTACTCACTTT
318 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* ** * *
2650 TAATGGTTTTATAATCTTGTAATTCATTTTAAGTTAATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAA-ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * * * * *
2714 AGCTATAATTGAATTTTTACCTT-GAAAAACGTAAAGAAAAAGTCATTCATCGGGAAAAAAATTT
65 A-TTATAATTGAATGTTTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAAAAAGTCT
* * *
2778 CATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTC-CTATAAATGATTTTATAATCTC-T
129 -ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * ** * * *
2841 AATTCATTTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTGGCTAAAATAGAC-ATAATAGAATGT-TAAT
192 AATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAAAAG-CTATAATTGAATGTCT--G
* * * ** ** * * *
2904 CTCTG--GAACTATGAAGAAAAGGGC-ATTTGTTGGCGAGAAAACTCCATTTGTAGTCTCCCATT
253 CTTTGAAAAAC-ATGAAGAAAA-AGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* * * *
2966 CCTTCCAAAGCTTTATTACTCGTTTT
316 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
2992 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTTAGTTAAATTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * * * * * *
3057 TTATAATTGGATGTCTGCC-TAGAAAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGCCCA
66 TTATAATTGAATGTTTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGC-AAAAAAGTCTA
* * * *
3121 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAA
130 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * **
3186 TGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTTATTCAAACAGGCTATAATTGAATGTCTG-TCTCA
195 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATT-AAAAAAGCTATAATTGAATGTCTGCT-TTG
* * * * * *
3250 AAAAATATGAAGGAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-CTATCAATTCCTTCA
258 AAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATTCTTTCA
* * *
3314 GAAGCCTTATTATTCGTTTT
322 AAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
3334 AAATGCTTTTATAATCCCATAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * *
3399 ATATAATTGAATGTTTACCTCA-AGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGTCAA
66 TTATAATTGAATGTTTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGC-AAAAAAGTCTA
* * * * *
3463 TTTATACTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT
130 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
3528 TGATTTTAAGCTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAATAGATATAATTGAATGTCT-ATCTTGA
195 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAAAAGCTATAATTGAATGTCTGCT-TTGA
* * * *
3592 AAAACATGAAGAAAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAATGTTCATTTATAGTCACTCATT-TCTTCA
259 AAAACATGAAG-AAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCT-TTCA
3655 AAAGCCTTATTACTCGCTTT
322 AAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * *
3675 AAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTGAAACATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
* * ** * * * *
3740 TTAGAATTGATTGTTTGTCTT-GAGAAACATGAAG-AAAAGCCGTTCATTGGTAAAAACAAATCT
66 TTATAATTGAATGTTTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGG-CAAAA-AAGTCT
* * ** *
3803 ATTTATAGTAATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACAAGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAA
129 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
3868 TTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGAATATAATTGAATGTCTACCTCG
194 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAAAAG-CTATAATTGAATGTCTGCTTTG
* * * * * *
3933 AGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGACT-AGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCA
258 AAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCA
3997 AAAGCCTTATTACTCGCTTT
322 AAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * *
4017 AAATGGTTTTGTAATCTCATAAGTGATTTTAAGCTAAATGTTTTTATATATTTGGGTAAAACA-A
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
* ** * * * * * * *
4081 GCTATAATTGAATGGCTACTTTA-AAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATAGACAAAAAAAGTCG
66 -TTATAATTGAATGTTTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGC-AAAAAAGTCT
* * * * *
4145 ATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTGTCTTATAATCTCATAT
129 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * ** * *
4210 TTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAAATTATAATTGAATGGCTGC-CT
194 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAA-AAGCTATAATTGAATGTCTGCTTT
* * * * * * * ** * *
4273 CAAGAAATATGAAGAAAAAGTTATTCATTGATTAGAAAAGTCCATTTATAATTATGCATGCCTTC
257 GAA-AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTC
* *
4338 AAAAGCTTTATTACTCGCCTT
321 AAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
4359 AAATGGTTTTATAATCTCATAA-TCGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAAGAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTC-ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAG
* * * *
4423 ATT-TTATTGAATGTTTA-CTTTGAGAAACGTGAA-AAAAAG-AATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
65 ATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAA-AAAAGTCT
* *
4484 ATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
129 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * ** ** * *
4549 TTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAAAA-ATAATAATAAAACATCAGTCTCT
194 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAAAAGCT-ATAATTGAATGTCTG-CTTT
* ** * * * * * * * *
4613 G-GAAATGTGAGGAAAAATACT-TTTATTGTTGAGAAAATTTCATTTGTAGTCACCCATTCCTTT
257 GAAAAACATGAAGAAAAA-GCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTT
* * *
4676 C-AGAGCTTTAGTACTCGCTTT
320 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
4697 AAATGATTTTATAATCTCATAATTCTTTTTTAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * *
4762 TTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGTGAAG-AAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGTCTA
66 TTATAATTGAATGTTTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGC-AAAAAAGTCTA
* * * * * *
4825 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACTTTATTACTCACTTTAAATGATTCTATAATCTCATAAT
130 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
4890 TGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAACAAGCTATAATTGAATTTTTTCCTTG
195 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAA-AAGCTATAATTGAATGTCTGCTTTG
* * * *
4954 AAAAACATAAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAA-AATAAATCTATTTATAGTCACTCATTCTTTCA
258 AAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCA
* *
5018 AAATCCTTATTACTTGCTTT
322 AAAGCCTTATTACTCGCTTT
* ** * *
5038 AAATAG-TTTATAATCT-ATAATTCATTTTAAGTTAAATTGCTTTATA-TTTTAGTTAAAATAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * * ** * ** ** * * * *
5100 CTATAATAGAATATTAATCTCT-GA-AAATGTGAAGAAAAGGGGATTTGTTGGTGAGAAAACTCC
66 TTATAATTGAATGTTTACCT-TAGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGG-CAAAAAAGTCT
* * * * * * *
5163 ATTTGTAGTCACCCATTCCTTTC-AAAGCGTTATTACTTGCTTTCAATAGTTTTATCATCTAATA
129 ATTTATAGTCACCCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
5227 ATTCATTTTTAGTTAAATTTTTGTACATTTTTGCTTAAAA
193 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAA
5267 CAAATTATAA
Statistics
Matches: 3463, Mismatches: 729, Indels: 263
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 264 0.08
339 437 0.13
340 249 0.07
341 968 0.28
342 1228 0.35
343 175 0.05
344 140 0.04
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (341 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
TTATAATTGAATGTTTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAAAAAGTCTAT
TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAAAAGCTATAATTGAATGTCTGCTTTGAAA
AACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAG
CCTTATTACTCGCTTT
Found at i:2063 original size:683 final size:671
Alignment explanation
Indices: 604--5358 Score: 3783
Period size: 683 Copynumber: 7.0 Consensus size: 671
594 NNNNNNNNNN
* * * *
604 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTGGTTGAAACAAC
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAA-
* * *
669 CTATAATTGAAT-TTTACCTTGAAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTC-AT
65 CTATAATTGAATGTTTACCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGC-AAAAAAGTCTAT
* * * ** *
732 TTATAGTTACCTATTCCATCAAAGGCCTTATTACTTTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
129 TTATAG-CACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *
797 CATTTTAAGTTTAATTTTTTAATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATAGCATGT-TAGTCTCTG
193 GATTTTAAGTTAAATTTTTT-ATA-TTTTTGTTAAAAAAG-CTATAATTGAATGTCT-G-CTTTG
* * ** * * * * * * *
861 -GATATGTGAAGAAAAAACTATTTATTAGCGAGAAAGTTCCATATGTAGTCACCCATTTCTTTC-
253 AAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAG-TCTATTTATAGT-ACCCA-TTCTTTCA
** * * * * *
924 AAATTCTTATTACTTGCTTTGAATGGTTTTATAATCTCATACTTCATTTTAAGTTGAATTGTTTT
315 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTT
********** **
989 ATANNNNNNNNNNAAACAGATTATAATTGAATGTTTTTCTTG-GAAAACATGAAAAAAAAGCCAT
380 ATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAG-AAACAT-AAAAAAAAGCCAT
* * ***********
1053 TCATTGACTAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCNNNNNNNNNNTCTTTAAA
443 TCATTGACAAGAAAAG-CTATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * * * *
1118 TTGTTTTGTAACCTCGTAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTCTT-AGTTAAAATATATT
507 TGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGA-T
* * * *
1182 ATAATTGAATGTCTGCCGTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGGAAAGTCCATTT
570 ATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTT
* * *
1247 ATAGTCACCTATGCTTTCAAAACCTTATTACTCGCTTT
635 ATAGTCACCAAT-CCTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
** * * *
1285 AAATGGTTTTATAATCTTGTAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-A
* * * * ** * *
1350 TTAGAATTGATTGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTGATTGGCAAAAATAGTCTAT
65 CTATAATTGAATGTTTACCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAAAA-AGTCTAT
* * * *
1415 TTATAGCAACCTATTCCTTCAAAAACTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATACTT
129 TTATAGC-ACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* *
1480 GATTTTAATTTAAATATTTTTATATTTTTGATTAAAAGAAGCTATACTTGAATGTCTGCTTTGAA
193 GATTTTAAGTTAAAT-TTTTTATATTTTTG-TTAAAA-AAGCTATAATTGAATGTCTGCTTTGAA
* * * *
1545 AAACATAAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAACGAAAGTCTATTTGTAGCTACCCATTCTTTCAGAA
255 AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAA-GAAAGTCTATTTATAG-TACCCATTCTTTCAAAA
* * * *
1610 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTCATTTCAAGCTAAATTTTTTTACA
318 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA
* * * * * *
1675 TTTTTGGTTAAAACGGATTACAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCA
383 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACATAAA-AAAAAGCCATTCA
** * * *
1739 TTGATTAGAAAAGCATATTTATAGTCATCCATGTCTTTGAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATG
446 TTGACAAGAAAAGC-TATTTATAGTCACCCATG-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * *
1804 GTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTGCTTAAAACGGATATAA
509 GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATATAA
* * *
1869 TTGAATGTCTGCATTGAAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAG
574 TTGAATGTCTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAG
*
1934 TCATCCAAGT-CTTCGAAAGCCTTATTTCTCGCTTT
639 TCA-CCAA-TCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
1969 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTCTTTTGCATTTTTGATTAAAACAAA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAC
** * * *
2034 TATAATTGAATGTTTATATCAAAAAACATGAA-AAAAAG-CATTCATTAGTAAGAAAAGT-TCAT
66 TATAATTGAATGTTTACCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAA-AAAAGTCT-AT
* * * * * *
2096 TTATAATCACTTATTCATTTAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATT
129 TTAT-AGCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
** * * * * * *
2161 GACATTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATA-TTAGAATTGATTGTCTG-TTTTA
193 GATTTTAAGTT-AAATTTTTTATA-TTTTTGTTAAAA-A-AGCTATAATTGAATGTCTGCTTTGA
* * * * *
2224 AGAAACATGAAGAAATAGCCATTCATTAGCGAGAAAAGTCTATTTATAGCTACCCATTCGTTCAA
254 A-AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAG-AAAGTCTATTTATAG-TACCCATTCTTTCAA
* * * * * * * * *
2289 AAGCCTTGTTACTCACTTTGAATGGTTTTGTAATCTTATAATTGATTTTAGGCTAGATTTTTTTA
316 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* * ** * * *
2354 TATTTTT-GCTAAAATAGGCTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAATGCCATTC
381 TATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACAT-AAAAAAAAGCCATTC
* * * * ** * * * * *
2418 ATAGGCAATAAAAGTTGATTTATAGTCATTCATTCCTTT-AAAAGGCTGATTGCACGCTTTAAAT
445 ATTGACAAGAAAAGCT-ATTTATAGTCACCCA-TGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * *
2482 AGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ACTTAAAATAGATTT
508 GGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGA-TA
* * * * ** * *
2546 TAATTAAATGTTTACCTT-AAGAAATATGAAGAAAAAAATCATTCATTGAGTAAAAAAGTCCATT
571 TAATTGAATGTCTGCCTTGAA-AAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATT
* * * *
2610 TATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTT
634 TATAGTCACCAAT-CC-TTCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* ** * *
2650 TAATGGTTTTATAATCTTGTAATTCATTTTAAGTTAATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAA
* * * * * * * *
2715 GCTATAATTGAATTTTTACCTTGAAAAACGTAAAGAAAAAGTCATTCATCGGGAAAAAAATTTCA
65 -CTATAATTGAATGTTTACCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAAAAAGTCT-A
* *
2780 TTTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTC-CTATAAATGATTTTATAATCTC-TA
128 TTTATAG-CACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
2842 ATTCATTTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTGGCTAAAATAGAC-ATAATAGAATGT-TAATC
190 ATTGA-TTTTAAGTTAAATT-TTTTATATTTTT-GTTAAAAAAG-CTATAATTGAATGTCT--GC
* * * ** * * * * *
2905 TCTG--GAACTATGAAGAAAAGGGC-ATTTGTTGGCGAGAAAACTCCATTTGTAGTCTCCCATTC
249 TTTGAAAAAC-ATGAAGAAAA-AGCTATTCATTGGCAAG-AAAGTCTATTTATAGT-ACCCATTC
* * * * * *
2967 CTTCCAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTTAGTTAAATT
310 TTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATT
* * * * * *
3032 TTTTTATAGTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGGATGTCTGCCTAGAAAAACATGAAAAAAAAG
375 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACAT-AAAAAAAAG
* * * * *
3097 TCATTCATTGACTAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAATCCTTATTACTCGCTT
439 CCATTCATTGACAAGAAAAG-CTATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * *
3162 TAAATGGTTTTGTAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTTATTCAAACAG
503 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA-
* * ** * * * * *
3227 GCTATAATTGAATGTCTGTCTCAAAAAATATGAAGGAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
567 GATATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCA
* * *
3292 TTTATAG-CTATCAATTCCTTCAGAAGCCTTATTATTCGTTTT
632 TTTATAGTC-ACCAA-TCCTTCA-AAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
3334 AAATGCTTTTATAATCCCATAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-A
* * * * * *
3399 ATATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGTCAAT
65 CTATAATTGAATGTTTACCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGC-AAAAAAGTCTAT
* * * *
3464 TTATA-CTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT
129 TTATAGC--ACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
3528 TGATTTTAAGCTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAATAGATATAATTGAATGTCT-ATCTTGA
192 TGATTTTAAG-TTAAATTTTTTATATTTTT-GTTAAAAAAGCTATAATTGAATGTCTGCT-TTGA
*
3592 AAAACATGAAGAAAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAATGT-TCATTTATAGTCACTCATT-TCTTC
254 AAAACATGAAG-AAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAA-GTCT-ATTTATAGT-ACCCATTCT-TTC
* * * *
3654 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTT
314 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * * * * * * *
3719 TATATTTTTAGTTGAAACATATTAGAATTGATTGTTTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAGCCGTT
379 TATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATAAAAAAAAGCCATT
* * * * * * **
3784 CATTGGTA-AAAACAAATCTATTTATAGTAATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACAAGCTTTAA
444 CATT-G-ACAAGA-AAAGCTATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * *
3848 ATGCTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGAAT
506 ATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAG-AT
* * * **
3913 ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTT
570 ATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTT
* *
3978 ATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
635 ATAGTCACCAAT-CCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * *
4017 AAATGGTTTTGTAATCTCATAAGTGATTTTAAGCTAAATGTTTTTATATATTTGGGTAAAACAAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAA-
** * * * * * *
4082 CTATAATTGAATGGCTACTTTAAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATAGACAAAAAAAGTCGAT
65 CTATAATTGAATGTTTACCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGC-AAAAAAGTCTAT
* * * * * *
4147 TTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTGTCTTATAATCTCATATTT
129 TTATAG-CACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * ** * * *
4212 CATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGGCTGC-CTCAA
193 GATTTTAAGTT-AAATTTTTTATA-TTTTTGTTAAAA-AAGCTATAATTGAATGTCTGCTTTGAA
* * *** * * ** * *
4276 GAAATATGAAGAAAAAGTTATTCATTGATTAGAAAAGTCCATTTATAATTATGCATGCCTTCAAA
255 -AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAG-AAAGTCTATTTAT-AGTACCCATTCTTTCAAA
* * * *
4341 AGCTTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TCGATTTTAAGTTGAATTTTTTAA
317 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTC-ATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* * * * * * * *
4405 TATTTTTAGTTAAAAGATATT-TTATTGAATGTTTACTTTGAGAAACGTGAAAAAAAG-AATTCA
381 TATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATAAAAAAAAGCCATTCA
*
4468 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
446 TTGACAAGAAAAG-CTATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * *
4533 TTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAA-AAATAATAA
510 TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGAT-ATAA
** ** * * * ** * ** * * * * * *
4597 TAAAACATCAGTCTCTG-GAAATGTGAGGAAAAATACTTTTATTG-TTGAGAAAATTTCATTTGT
574 TTGAATGTCTGCCT-TGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACT-AGAAAAGTCCATTTAT
* * * *
4660 AGTCACCCATTCCTTTCAGAGCTTTAGTACTCGCTTT
637 AGTCA-CCAATCC-TTCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* ** * * * *
4697 AAATGATTTTATAATCTCATAATTCTTTTTTAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-A
* * ** * * *
4762 TTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAG-AAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGTCTAT
65 CTATAATTGAATGTTTACCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGC-AAAAAAGTCTAT
* * * * * * *
4826 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACTTTATTACTCACTTTAAATGATTCTATAATCTCATAATT
129 TTATAG-CACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
4891 GATTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAAGCTATAATTGAATTTTTTCCTTGAA
193 GATTTTAAGTT-AAATTTTTTATA-TTTTTGTTAAAA-AAGCTATAATTGAATGTCTGCTTTGAA
* * * * *
4956 AAACATAAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAAATAAATCTATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAA
255 AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGA-AAGTCTATTTATAGT-ACCCATTCTTTCAAAA
* * * **
5021 TCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTATAATCT-ATAATTCATTTTAAGTTAAATTGCTTTATA
318 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA
* * * * *** ** * * ** **
5084 -TTTTAGTTAAAATAGACTATAATAGAATATTAATCTCTGA-AAATGTGAAGAAAAGGGGATTTG
383 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-TGAGAAACAT-AAAAAAAAGCCATTCA
*** * * * * *
5147 TTGGTGAGAAAA-CTCCATTTGTAGTCACCCATTCCTTTC-AAAGCGTTATTACTTGCTTTCAAT
446 TTGACAAGAAAAGCT--ATTTATAGTCACCCA-TGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * * * *
5210 AGTTTTATCATCTAATAATTCATTTTTAGTTAAATTTTTGTACATTTTTGCTTAAAACAAATTAT
508 GGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA-TAT
** * * ** * *
5275 AAGCGAATGTCTACCTT-AGGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGTCAATTTA
572 AATTGAATGTCTGCCTTGA-AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTA
* * *
5339 TAATGACCCATACCTTCAAA
636 TAGTCACCAAT-CCTTCAAA
5359 AGCTTTAT
Statistics
Matches: 3257, Mismatches: 685, Indels: 266
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
676 15 0.00
677 41 0.01
678 24 0.01
679 378 0.12
680 311 0.10
681 483 0.15
682 135 0.04
683 1069 0.33
684 541 0.17
685 252 0.08
686 8 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (671 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAC
TATAATTGAATGTTTACCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAAAAAGTCTATTT
ATAGCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
TTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTGTTAAAAAAGCTATAATTGAATGTCTGCTTTGAAAAACAT
GAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAGTCTATTTATAGTACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATT
ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGT
TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATAAAAAAAAGCCATTCATTGACAAGAA
AAGCTATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
CATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATATAATTGAATGTCTGC
CTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATCCTT
CAAAGCCTTATTACTCGCTTT
Done.