Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397852.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1156.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3685
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.10, T:0.32
Warning! 628 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:961 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 674--1769 Score: 1106
Period size: 171 Copynumber: 6.4 Consensus size: 170
664 NNNNNNNNNN
* * * * *
674 CTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTAAATT
1 CTTCAAAAGCCTTTTTACTAGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AATT
* ** * * *
739 CTTTTGCATTTTTGATTAAAATAAATAATAATCGAATGTCTAACTTGGGAAACGTGAAGAAAAAG
65 TTTTTATATTTTTGATTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTAACTTAGGAAACGTGAAGAAAAAG
* * * *
804 ATATCCATTGCCAAGAAAAATCCATTTATATTCACCCATGC
130 ATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * *
845 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTGTAATCTTATAATTGATTTTAAATTAAGTT
1 CTTCAAAAGCCTTTTTACTAGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAA-TT
* * * * ** *
910 TTTTAATATTTTTTATTAAAACATAAT-ATAATTGAATGTCTAACATGGGAAATTTAAAGAAAAA
65 TTTTTATATTTTTGATTAAAACA-AATAATAATTGAATGTCTAACTTAGGAAACGTGAAGAAAAA
** * * * * ***
974 GATATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTTTAATCACTCACAA
129 GATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * *
1016 CTTCAAAAGCCTTTTTATTAGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTTAATT
1 CTTCAAAAGCCTTTTTACTAGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-ATTAATT
* * * *
1081 TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACAG-GAAGAAAAA
65 TTTTTATATTTTTGATTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTAACTTAGGAAAC-GTGAAGAAAAA
* ** *
1145 GATATTCATTGGCAAGAAAAGTATATTTCTAGTCACCCATGC
129 GATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * ** *
1187 CTTCAAAAGGCTTTTTACTTA-CTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTAATTTTATGTGGAAT
1 CTTCAAAAGCCTTTTTAC-TAGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAAT-TAAT
* * * * * *
1251 TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATAATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA
64 TTTTTTATATTTTTGATTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTAACTTAGGAAACGTGAAGAAAAA
* * *
1316 GATATCCAGTGACAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCACCCATGC
129 GATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * * * *
1358 CTTCAAAATCATTATTACTCA-CTTTAAATATTTTTATAATCTCATTATTCATTTTAAATTAAAT
1 CTTCAAAAGCCTTTTTACT-AGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAATT
* * * * * ** ** *
1422 TTTTTATGTGTTTCATTAAAACAGATAATTATTGAATGTCTGCCTTAGGAAATATGAAGAGAAAG
65 TTTTTATATTTTTGATTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTAACTTAGGAAACGTGAAGAAAAAG
* ** **
1487 ATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTTACAC
130 ATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * * * *
1528 CTTCAAAATCATTTTTACTAGCTTTAAATGTTTTTCTAATCTCATAA-TGAATTTTAAGTTTTAT
1 CTTCAAAAGCCTTTTTACTAGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAA-ATTAAT
* * * ** * *
1592 TTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTGCCTTAGAAAACGGGAAGAAAA
64 TTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTAACTTAGGAAACGTGAAGAAAA
* * *
1656 AGATATTCATTGACAAGAGAAGTCTACTTATAGTCACCCATGC
128 AGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* ** * * * *
1699 CTTTAGTAGGCTTTTTACTAGCTTTAAATATTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTCAAATT
1 CTTCAAAAGCCTTTTTACTAGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAAT-TAATT
1764 TTTTTA
65 TTTTTA
1770 CATNNNNNNN
Statistics
Matches: 768, Mismatches: 142, Indels: 30
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 144 0.19
171 611 0.80
172 11 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
CTTCAAAAGCCTTTTTACTAGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAATTT
TTTTATATTTTTGATTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTAACTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGA
TATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
Found at i:2625 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1873--3685 Score: 1178
Period size: 171 Copynumber: 10.6 Consensus size: 171
1863 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
1873 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTGT
1 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTT
* * *
1938 TGAAGGTATGGGCGACTGTAAAT-GAACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCT
66 TGAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCT
** ********** * *
2002 CAAGGTNNNNNNNNNNTTATTATTTATTTTAACAAAAAATGT
130 TGAGGTAGACATTCAATTATTATTTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * *
2044 AAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTAT-AAATTTATAAAAATATTTAAAGCTAGTAAAAAGCCTA
1 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTT
* * * *
2108 TTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTCTCTTATCAATGAATATCTTTTTCTTCCCGTTT-T
65 TTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCT
* *
2172 TGAGGTAGACATTTAATTA-TATTCTGTTTTAACCAACAATGT
130 TGAGGTAGACATTCAATTATTATT-TGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * ********** *
2214 AAAAAACATTCAACTTAGAATCCATTATGAGATTAGAAAAACANNNNNNNNNNGTAAAAATG-AT
1 AAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAA-GCCT
** * * * * ** * *
2278 TTTGAAGGTGTGAGCGACTGTAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTC
64 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTC
* * * * * ** * **
2343 TTGAGGCAAACATTCGATAATTATCTGTTTTAATGAAACACAT
129 TTGAGGTAGACATTCAATTATTATTTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * ************
2386 -AAAAAATTCAATTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGNNNNNNNNNNCTTT
1 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTT
* * * *
2450 TGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCACTGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTT
66 TGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTT
********** *
2515 GAGGNNNNNNNNNNATTATTATTTATTTTAACCAAAAATGT
131 GAGGTAGACATTCAATTATTATTTGTTTTAACCAAAAATGT
* * *
2556 AAAAGAATTTGACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTT
1 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTT
* * * * * *
2621 TGAAGGCATGTGTGACTAGAAATATACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTC-CTGTTTCC
66 TGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCAC-GTTTCT
* * * * *
2685 TAAGGTAGTCATTAAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATGT
130 TGAGGTAGACATTCAATTATTATTTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * * *
2727 AAAAAAATTAAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAAATATTTAATGCTAGTAAAAAGGCTTT
1 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTT
* ** ** * * **
2792 TAAAGGTGTAAGTGATTAAAAATAGACTTTTCTTACCAAT-GAGTATCTTTTTCTTCAAATTTC-
66 TGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGA-TATCTTTTTCTTCACGTTTCT
** * * * ** *
2855 CCATGTTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
130 TGA-GGTAGACATTCAATTATTATTTGTTTTAACCAAAAATGT
* * ** * *
2898 TAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTAT-ATGATTATAAAAATTTTTAAAG-AGAGTAATAAGGCT
1 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAAACATTTAAAGCA-AGTAAAAAGCCT
* * * * * *
2961 TTTGAAAGCATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTAGCGATGGATATCTTTTTCTTTACGTTTC
64 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTC
* * * *
3026 TCGAGTTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAATCAAAAA--T
129 TTGAGGTAGACATTCAATTATTATTTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * * *
3067 ACAAAGAATTCAACGTAAAATCAATGATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAA-CGCT
1 A-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGC-CT
* * * * * * **
3131 TTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCACTGGATATCTTTTTCTTCATGTTNN
64 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTC
******** * * * *
3196 NNNNNNNNGATATTCAATTATTATTTATTTTAACTAAAAATTT
129 TTGAGGTAGACATTCAATTATTATTTGTTTTAACCAAAAATGT
* * ********** *
3239 AAAAAAATTTGACTTAAAATAAATTATNNNNNNNNNNAAACATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTT
1 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTT
* *** *
3304 TGAAGGCATGGGTGACTATAAGTAGACTTTTCTTGTTAATGAATATCTTTTTCTTC-CTGTTTCT
66 TGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCAC-GTTTCT
* * *
3368 TGAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTGAACCAAAAATGT
130 TGAGGTAGACATTCAATTATTATTTGTTTTAACCAAAAATGT
* *** * ** * *
3410 AAAAAAAATTAACTTAAAAAGTATTATGAGATTAGAAAAGTATTTAAAGCTAGTAAAAATG-ATT
1 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAA-GCCTT
* ** * * *
3474 TTAAAGGTGTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTCTCTTCACGTTT-T
65 TTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCT
* * **********
3538 CTGAGGTA-AGCATTCAATTATAATCTGTTTTAANNNNNNNNNN
130 -TGAGGTAGA-CATTCAATTATTATTTGTTTTAACCAAAAATGT
* ** ** * * * *
3581 AAAAAAATTCAACTTAAAAATCAAACATGAGATTATAAAGTCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTT
1 AAAAAAATTTAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTT
** * * *
3646 CCGAAGGCATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
65 TTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAA
Statistics
Matches: 1253, Mismatches: 357, Indels: 63
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.00
170 279 0.22
171 859 0.69
172 107 0.09
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTT
TGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTT
GAGGTAGACATTCAATTATTATTTGTTTTAACCAAAAATGT
Found at i:2841 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 1874--3193 Score: 1317
Period size: 512 Copynumber: 2.6 Consensus size: 512
1864 NNNNNNNNNA
* * * * * * *
1874 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTGTT
1 AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATATGATTATAAAAACATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * * * * *
1939 GAAGGTATGGGCGACTGTAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCA
66 GAAAGCATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTAGCGATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCG
********** * *
2004 AGGTNNNNNNNNNNTTATTATTTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATT
131 AGGTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTTGACTTAAAATCAATT
* * * *
2069 ATAAATTTATAAAAATATTTAAAGCTAGTAAAAAGCCTATTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAG
196 ATAGA-TTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAG
* ** * * * *
2134 ACTTCTCTTATCAATGAATATCTTTTTCTTCCCGTTTTTGAGGTAGACATTTAATTATATTCTGT
260 ACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCCTGTTTCTAAGGTAGACATTAAATTATATTCTGT
* * * *******
2199 TTTAACCAACAATGTAAAAAACATTCAACTTAGAATCCATTATGAGATTAGAAAAACANNNNNNN
325 TTTAACCAAAAATGTAAAAAACATTAAACTTAAAATCCATTATGAGATTAGAAAAACATTTAATG
*** * * * ** **
2264 NNNGTAAAAATGATTTTGAAGGTGTGAGCGACTGTAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATATCTT
390 CTAGTAAAAAGGATTTTAAAGGTGTAAGCGACTAAAAATAAACTTTTCTTACCAATGAATATCTT
** ** * * * *
2329 TTTCTTCATGTTTCTTGA-GGCAAACATTCGATAATTATCTGTTTTAATGAAACACA-T
455 TTTCTTCAAATTTC-CCATGGCAAACATTCAATAATAATCTGTTTTAATAAAAAACATT
* * **********
2386 AAAAAATTCAATTTAAAATGAATTATGA-GATTATAAAAACATTTAAAGTGNNNNNNNNNNCTTT
1 AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTAT-ATGATTATAAAAACATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
* * * *
2450 TGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-ACTGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCT
65 TGAAAGCATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTAGCGA-TGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCT
* ********** *
2514 TGAGGNNNNNNNNNNATTATTATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTTGACTTAAAATAAA
129 CGAGGTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTTGACTTAAAATCAA
* *
2579 TTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGCATGTGTGACTAGAAAT
194 TTAT-AGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* *
2644 ATACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCCTGTTTCCTAAGGTAGTCATTAAATTAT-TAT
258 AGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCCTGTTT-CTAAGGTAGACATTAAATTATAT-T
* * * *
2708 CTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-ATTAAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAAATATTT
321 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACATTAAACTTAAAATCCATTATGAGATTAGAAAAACATTT
* * * * *
2772 AATGCTAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGTGTAAGTGATTAAAAATAGACTTTTCTTACCAATGAGTA
386 AATGCTAGTAAAAAGGATTTTAAAGGTGTAAGCGACTAAAAATAAACTTTTCTTACCAATGAATA
** * * *
2837 TCTTTTTCTTCAAATTTCCCATGTTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATT
451 TCTTTTTCTTCAAATTTCCCATGGCAAACATTCAATAATAATCTGTTTTAATAAAAAACATT
* **
2899 AAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATATGATTATAAAAATTTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATATGATTATAAAAACATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT
*
2964 GAAAGCATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTAGCGATGGATATCTTTTTCTTTACGTTTCTCG
66 GAAAGCATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTAGCGATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCG
* * ** *
3029 AGTTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAATCAAAAA--TACAAAGAATTCAACGTAAAATCAAT
131 AGGTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATGTA-AAAGAATTTGACTTAAAATCAAT
* * *
3092 GATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAA-CGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAAT
195 TAT-AGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGC-CTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * * *
3156 GGACTTTTGTTGCCACTGGATATCTTTTTCTTCATGTT
258 AGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCCTGTT
3194 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 662, Mismatches: 135, Indels: 22
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
511 5 0.01
512 481 0.73
513 175 0.26
514 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (512 bp):
AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATATGATTATAAAAACATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT
GAAAGCATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTAGCGATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCG
AGGTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTTGACTTAAAATCAATT
ATAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGA
CTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCCTGTTTCTAAGGTAGACATTAAATTATATTCTGTT
TTAACCAAAAATGTAAAAAACATTAAACTTAAAATCCATTATGAGATTAGAAAAACATTTAATGC
TAGTAAAAAGGATTTTAAAGGTGTAAGCGACTAAAAATAAACTTTTCTTACCAATGAATATCTTT
TTCTTCAAATTTCCCATGGCAAACATTCAATAATAATCTGTTTTAATAAAAAACATT
Found at i:3380 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 1874--3558 Score: 1308
Period size: 512 Copynumber: 3.3 Consensus size: 510
1864 NNNNNNNNNA
* * * * * * *
1874 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTGTT
1 AAAAAATTTAATTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGAGAGTAAAAAGGCTTTT
* * * * * * *
1939 GAAGGTATGGGCGACTGTAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCA
66 GAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAGC-ATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCG
********* * * ** * * *
2004 AGGTNNNNNNNNNNTTATTATTTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATT
130 AGGT-AACATTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAA-GTAAAAGAATTCAACGTAAAATAAATG
* * * *
2069 ATAA-ATTTATAAAAATATTTAAAGCTAGTAAAAAGCCTATTGAAGGCATGGGTGACTATAAATA
193 ATAAGA-TTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGACTAGAAATA
* ** ** * * * *
2133 GACTTCTCTTATCAATGAATATCTTTTTCTTCCCGTTT-TTGAGGTAGACATTTAATTA-TATTC
257 GACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGTCATTAAATTATTA-TC
* * * * * ** * ****
2196 TGTTTTAACCAACAATGTAAAAAACATTCAACTTAGAATCCATTATGAGATTAGAAAAACANNNN
321 TATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-ATTAAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAAACATTTA
****** * * ** * * ** *
2261 NNNNNNGTAAAAATG-ATTTTGAAGGTGTGAGCGACTGTAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATA
385 AAGCGAGTAAAAA-GCCTTTTAAAGGCATAAGTGACTAAAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATA
* * * * * *
2325 TCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCGATAATTATCTGTTTTAATGAAACACA-T
449 TCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATATT
* * * **********
2386 AAAAAATTCAATTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGNNNNNNNNNNCTTTT
1 AAAAAATTTAATTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGAGAGTAAAAAGGCTTTT
* * * *
2451 GAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCACTGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTG
66 GAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAGCA-TGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCG
********* ** * *
2516 AGGNNNNNNNNNNATTATTATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTTGACTTAAAATAAATT
130 AGG-TAACATTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAA-GTAAAAGAATTCAACGTAAAATAAATG
* * *
2581 ATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGCATGTGTGACTAGAAATAT
193 ATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGACTAGAAATAG
* *
2646 ACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCCTGTTTCCTAAGGTAGTCATTAAATTATTATCTG
258 ACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGTCATTAAATTATTATCTA
** * *
2711 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAAATATTTAATG
323 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAG
* * ** * ** *
2776 CTAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGTGTAAGTGATTAAAAATAGACTTTTCTTACCAATGAGTATCTT
388 CGAGTAAAAAGCCTTTTAAAGGCATAAGTGACTAAAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATATCTT
** ** ** *
2841 TTTCTTCAAATTTC-CCATGTTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATT
453 TTTCTTCATGTTTCTTGA-GGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATATT
* * *
2899 AAAAAATTTAATTTAAAATCAATTAT-ATGATTATAAAAATTTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAATTTAATTTAAAATGAATTATGA-GATTATAAAAATATTTAAAGAGAGTAAAAAGGCTTT
* *
2963 TGAAAGCATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTAGCGATGGATATCTTTTTCTTTACGTTTCTC
65 TGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAGC-ATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * *
3028 GAGTTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAATCAAAAA-TACAAAGAATTCAACGTAAAATCAAT
129 GAGGTA-ACATTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAAGTA-AAAGAATTCAACGTAAAATAAAT
* * *
3092 GATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAA-CGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAAT
192 GATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGC-CTTTTGAAGGCATGGGTGACTAGAAAT
* * * * ********** *
3156 GGACTTTTGTTGCCACTGGATATCTTTTTCTTCATGTTNNNNNNNNNNGAT-ATTCAATTATTAT
256 AGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAG-TCATTAAATTATTAT
* * ** **********
3220 TTATTTTAACTAAAAATTTAAAAAAATTTGACTTAAAATAAATTATNNNNNNNNNNAAACATTTA
320 CTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAAACATTTA
* ** * * *
3285 AAGCGAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAGTAGACTTTTCTTGTTAATGAATAT
385 AAGCGAGTAAAAAGCCTTTTAAAGGCATAAGTGACTAAAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATAT
* * ** * *
3350 CTTTTTCTTCCTGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTGAACCAAAAATGTA
450 CTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATATT
* * * * * * ** * *
3411 AAAAAAATTAACTTAAAAAGTATTATGAGATTAGAAAAGTATTTAAAGCTAGTAAAAATGATTTT
1 AAAAAATTTAATTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGAGAGTAAAAAGGCTTTT
** * * *
3476 -AAAGGTGTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-GCCAATGAATATCTTTCTCTTCACGTTT-T
66 GAAA-GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAG-C-ATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCT
3538 CTGAGGTAAGCATTCAATTAT
128 C-GAGGTAA-CATTCAATTAT
3559 AATCTGTTTT
Statistics
Matches: 940, Mismatches: 213, Indels: 40
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
511 13 0.01
512 749 0.80
513 175 0.19
514 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (510 bp):
AAAAAATTTAATTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGAGAGTAAAAAGGCTTTT
GAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAGCATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGA
GGTAACATTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAAGTAAAAGAATTCAACGTAAAATAAATGATA
AGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGACTAGAAATAGACT
TTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGTCATTAAATTATTATCTATTT
TAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGA
GTAAAAAGCCTTTTAAAGGCATAAGTGACTAAAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTT
CTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATATT
Done.