Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403250.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_921.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2006
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Warning! 10 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:297 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--1993 Score: 1587
Period size: 171 Copynumber: 11.7 Consensus size: 169
** * *
1 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAAT
1 TCTCATAATTGATTTTAAATTGAA--T-TTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * * * *
66 CTTTACCTCT-AGAAACTTGAAG-AAAAGCCCATTCATTGGCAAGAAGAGCCCATTTATAGTCAC
63 GTCTGCCT-TGGGAAACATGAAGAAAAAG-CCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC
* *
129 CTGAGCCTTCGAAAGCCATATTACTCACTTTTAATAGTTTTATAA
126 CT-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * * *
174 TATCATAACTGATTTTAAATTGAATTTTATTGCTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTT-TTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * *
239 CTGGCTTGGGAAACAT-AATGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTA
65 CTGCCTTGGGAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCT-
* * * *
303 AGTCTTTGAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAA
128 AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * ** *
345 TCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAATGGATTATAATTGAA-A
1 TCTCATAATTGATTTTAAATTGAA-TTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * * * *
408 TCTGCCTT-GGAAAGAATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTGTACTTACTT
64 TCTGCCTTGGGAAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCT
* * * * *
472 ATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAT-GATTTTGTAA
128 A-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAA
* * * * *
515 TCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAATTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * * * *
580 CTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCACTAACAAGAAAAGCCCATTTATAGTTA-CTCA
65 CTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCT-A
* * * **
644 TGCTTTCAAAAGCCTTACTACTTGCTTTAAAT-GATTTTATAA
129 -GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAA
* * * *
686 TCTCATAACTGA-TTTAGATTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATAT
1 TCTCATAATTGATTTTAAATTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * *** * *
750 TTACCTTGGGAAACATGAAG-AAAA-CTCATTCATTTTTAGGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
65 CTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCT
* * * *
813 AGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTACAA
128 AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * * *
855 CCTCATAATTGATTTTAGGA-TGAATTATTTTATATTTTTAATTAAAACATATTATAATTGACTG
1 TCTCATAATTGATTTTA-AATTGAATT-TTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATG
** ** * * * * *
919 TCTGCCTTAAGAAATGTAAAGAAAAAGCTATTGATTAATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTA
64 TCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTA
*** ** * *
984 TAATTTTAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
129 -GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * ** * * * * *
1026 TATCATAATTAATTTTAGGTTCAATTTTTTACAGTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTT
1 TCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * * *
1091 TGCCTTGGAAAACGTGAAGAAAAATG-CATTCATTTG-CAAGTAAAGCCCAATTATAGTCACCTA
66 TGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAA-GCCATTCA-TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTA
* * * * * * **
1154 ACCTTCGAAAGTCTTACTATTCGCTTTAAATGGCGTTATAA
129 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * * *
1195 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATCT
1 TCTCATAATTGATTTTAAATTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * ** ** * * * *
1260 TTACCTTGAAAAATGTGAAGTAAAAGCCATTCATTAACAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAT
65 CTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTA-
* * *
1325 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAATTTCAATAGTTGTATGAA
129 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT-AA
* * * * * * *
1367 -CTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTCACATTTTTGGTTAAAATAGATTCTAATTGAATAT
1 TCTCATAATTGATTTTAAATTGAAT-TTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * *
1431 TTACCTT--GAAAGATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGCCCATTTATAGTTACCC
65 CTGCCTTGGGAAACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CC
* * * *
1494 ATA-TCTTTGAAAGCCTTATTACTCAATTT-AATGGTTTTATAA
127 -TAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * * *
1536 TATCATAACTGATTTTAAGA-TGAATTTTGTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTGTAATTAAAT
1 TCTCATAATTGATTTTAA-ATTGAATTTT-TTACA-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * *
1599 GTCTGCCTTGGGAAACATGAAGGAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
63 GTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCT
* * * *
1664 AAGCCTTTGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTTATAA
128 -AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAA
* * * *
1708 TCTCATAATTGATTTTAACTTGAATGATTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAATTGAAT-TTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * * * *
1773 CTACCTT-AGAAGACATGAAGCAAAAGTCATCCATT-AGCATA-AAAAGCTCACTTATAGTCACT
65 CTGCCTTGGGAA-ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CA-AGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-
* * * * * *
1835 CAAGCGTTTGAAAGGCTTATTACTCACTTGAAATGGTTTTATAA
126 CTAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
********* * * *
1879 TCTCATAATTGATNNNNNNNNNNATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACGGATTATAATTGAATG
1 TCTCATAATTGAT-TTTAAATTGAATTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATG
* *
1943 TCTGTCC-T-GGAAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTTG-CAAGAAAAGCCCA
64 TCTG-CCTTGGGAAACA-TGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGACAAGAAAAGCCCA
1994 CTTAATTGTA
Statistics
Matches: 1476, Mismatches: 283, Indels: 124
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 148 0.10
170 544 0.37
171 600 0.41
172 157 0.11
173 25 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
TGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAGC
CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
Found at i:770 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 1--1993 Score: 1756
Period size: 340 Copynumber: 5.8 Consensus size: 339
* * * *
1 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAAT
1 TCTCATAATTAATTTTAGATTGAA-TT-TTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * *
66 CTTTACCTCTAGAAACTTGAAG-AAAAGCCCATTCATTGGCAAGAAGAGCCCATTTATAGTCACC
64 ATTTACCT-TGGAAACATGAAGAAAAAG-CCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC
* * * * * *
130 TGAGCCTTCGAAAGCCATATTACTCACTTTTAAT-AGTTTTATAATATCATAACTGATTTTAAAT
127 -CAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * *
194 TGAATTTTATTGCTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGGCTTGGGAAACAT-AAT
190 AGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAA-
* * * * * *
258 GAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAAGTCTTTGAAAGACTTATTA
254 GAAAAAGCTATTCATTAACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTATG-CTTTGAAAGCCTTATTA
* *
323 CTCACTTTAAATAGTTTTGTAA
318 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * **
345 TCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAATGGATTATAATTGAA-A
1 TCTCATAATTAATTTTAGATTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATA
* * * * * * * * * **
408 TCTGCCTTGGAAAGAATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTGTACTTACTTA
65 TTTACCTTGGAAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
* * * * *
473 TTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGA
129 -GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGA
* * * *
538 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAA
193 ATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAA
* * * * *
603 AAGCTATTCACTAACAAGAAAAGCCCATTTATAGTTA-CTCATGCTTTCAAAAGCCTTACTACTT
258 AAGCTATTCATTAACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCT-ATGCTTT-GAAAGCCTTATTACTC
667 GCTTTAAAT-GATTTTATAA
321 GCTTTAAATAG-TTTTATAA
* * *
686 TCTCATAACTGA-TTTAGATTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATAT
1 TCTCATAATTAATTTTAGATTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATAT
*** *
750 TTACCTTGGGAAACATGAAG-AAAA-CTCATTCATTTTTAGGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
66 TTACCTT-GGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC-
* * * * *
813 AGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTG-TTTTACAACCTCATAATTGATTTT-AGGAT
128 AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTA-
* * * * * * * *
876 GAATTATTTTATATTTTTAATTAAAACATATTATAATTGACTGTCTGCCTTAAGAAATGTAAAGA
191 GAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGA
* * ** * *
941 AAAAGCTATTGATTAATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTATAATTTTAAAAGCCATATTACT
256 AAAAGCTATTCATTAACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAT-GCTTTGAAAGCCTTATTACT
1006 CGCTTTAAATAGTTTTATAA
320 CGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * * * *
1026 TATCATAATTAATTTTAGGTTCAA-TTTTTTACAGTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGT
1 TCTCATAATTAATTTTAGATTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATAT
* * * * *
1090 TTGCCTTGGAAAACGTGAAGAAAAATG-CATTCATTTG-CAAGTAAAGCCCAATTATAGTCACCT
66 TTACCTTGG-AAACATGAAGAAAAA-GCCATTCA-TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
* * * * * *** *
1153 AACCTTCGAAAGTCTTACTATTCGCTTTAAATGGCGTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
128 AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGA
* * * * * * * * * *
1218 ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATCTTTACCTTGAAAAATGTGAAGTAA
193 ATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAA
* * * * *
1283 AAGCCATTCATTAACAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
258 AAGCTATTCATTAACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTATG-CTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * *
1348 ATTTCAATAGTTGTATGAA
322 CTTTAAATAGTTTTAT-AA
* * * * *
1367 -CTCATAATTAATTTTA-AGTTGAATGTTTTCACATTTTTGGTTAAAATAGATTCTAATTGAATA
1 TCTCATAATTAATTTTAGA-TTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATA
* * *
1430 TTTACCTT-GAAAGATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGCCCATTTATAGTTACCC
65 TTTACCTTGGAAACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
** * * * * *
1494 ATATCTTTGAAAGCCTTATTACTCAATTT-AATGGTTTTATAATATCATAACTGATTTTAAG-AT
128 A-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTA-
* * * * *
1557 GAATTTTGTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTGTAATTAAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAG
191 GAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAG
* * * *
1621 GAAAAG-TCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGGAAGCCTTATTA
255 AAAAAGCT-ATTCATTAACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTATG-CTTTGAAAGCCTTATTA
*
1685 CTCGCTTTAAATTGTTTTTATAA
318 CTCGCTTTAAATAG-TTTTATAA
* ** * * *
1708 TCTCATAATTGATTTTA-ACTTGAATGATTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATG
1 TCTCATAATTAATTTTAGA-TTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATA
* * * * * * *
1772 TCTACCTTAGAAGACATGAAGCAAAAGTCATCCATT-AGCATA-AAAAGCTCACTTATAGTCACT
65 TTTACCTTGGAA-ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CA-AGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-
* * * * * * ********
1835 CAAGCGTTTGAAAGGCTTATTACTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATNNNNNNNN
126 CCAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTA
** * * * *
1900 NNATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTGTCCTGGA-AAAAGTGAA
191 GAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG-CCTTGAGAAACGTGAA
**
1963 GAAAAAGGC-ATTCATTTGCAAGAAAAGCCCA
254 GAAAAA-GCTATTCATTAACAAGAAAAGCCCA
1994 CTTAATTGTA
Statistics
Matches: 1332, Mismatches: 264, Indels: 107
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 10 0.01
340 503 0.38
341 496 0.37
342 199 0.15
343 96 0.07
344 28 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
TCTCATAATTAATTTTAGATTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATAT
TTACCTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAGC
CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATT
TTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG
CTATTCATTAACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTATGCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
AAATAGTTTTATAA
Done.