Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403252.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_924.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10231
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.11, T:0.30
Warning! 1547 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:316 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 9--1966 Score: 1577
Period size: 171 Copynumber: 11.5 Consensus size: 168
1 CGAAGGTT
* * * * * *
9 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGC-TACATGTTTCTCAAGGAAG
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTT-CTTTCATGTTTCCCAA-GCAG
* * *
73 ACATTCAATTATAATATATTTTAAT--CAA--AAAAAAATTCAACCTAAAGA-CAATTATGAGAT
64 ACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAA-ATCAATTATGAGAT
* *
133 TACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCA
128 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
** * * * * *
174 TGAGTGACTGCAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTGTT-TTTTATGTTCCCCAAGATAG
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTT-TTCTTTCATGTTTCCCAAG-CAG
* * * *
238 ATATTAAATTGTAATATGTTTTAACTAAAAATTGAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
64 ACATTCAATTATAATATGTTTTAA-TAAAAA-TGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
303 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA-TCTTTTCGAAGGCA
127 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCA
* * * * * ** *
345 TGGGTGACTGTAAATTGACTTTTCTTGTAAATGAATGGCTTTT-TCTTCACGTTTCTGGAGGCAG
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCT-TTCATGTTTC-CCAAGCAG
* * * * *
409 AGAGTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAT-ATAAAAACTATTCAACCTAAAATGAATTATGA
64 ACATTCAATTATAATATGTTTTAAT-AAAAATGA-AAAAA--ATTCAACTTAAAATCAATTATGA
** * **
473 GATTATAAAATTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTT
125 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * * * * *
517 TGAGTGACAATAAATAGACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGC-TTCACGTGTCCTAACGCAG
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTT-CTTTCATGTTTCCCAA-GCAG
* * ** *
581 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTGAAAAAAT-AGAAAGGTACAACTTAAAATCAATTATGAG
64 ACATTCAATTATAATATGTTTTAA-T--AAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
645 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGTTTTTGAAGG-A
126 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* ** * * * **** *
687 GTGGGTGACTATTTATGGACTTTTCATGTCAATGAATGCCTTTTCCTTCATGTTTTTTGAGACAA
1 -TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCTTTCATGTTTCCCAAG-CAG
* * ** * * *
752 ACATTCAAATATAATCTACTTTAATAGAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAA
64 ACATTCAATTATAATATGTTTTAATA-AAAAT-GAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
817 TTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGTAGGGA
127 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* ** * * *
859 TG-GATGACTATAAATGCG-CTTGTCTTACCAATGAAAGGCTTTT-TCTTCATGTTTTCTAAGGC
1 TGAG-TGACTATAAATG-GACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCT-TTCATGTTTCCCAA-GC
* *
921 A-ACATTCAATTATAATGTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGA
62 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-TAAAAATG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
985 GATGATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
125 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* ** * * * * * **
1029 TGAGTGGCTATAAATAAACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGC-TTCACGTTTCTCAAGGCTT
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTT-CTTTCATGTTTCCCAA-GCAG
* * ** *
1093 ACATTCAATT-TAATATATTTTAAT-TAAA--AAAAAAATTCAACAAAAAATGAATTATGAGATT
64 ACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
1154 ATAAAACGATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTTGAAGACT
129 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * * * * *
1194 TGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCCTT-ACGTTTCCCAGGGTAA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATG-GCTTTTCTTTCATGTTTCCCA-AGCAG
* * * * *
1258 ACATTCAATTACAATTTATTTTAATAAAAAAGGAAAAAAAAGTTCAACTTCAAATCAATTATGAG
64 ACATTCAATTATAATATGTTTTAAT-AAAAATG-AAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
1323 ATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTATT-AAAGGCA
126 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCA
* * * *
1366 TGAGTGACTATAATTGGACTTTTCTTATCAATGAATAGCTTTTCTTCTCA--TTTCTCAATGCAG
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCTT-TCATGTTTCCCAA-GCAG
* * * * * * * *
1429 ACAGTCAATTATAATATGATTTAATCAAAAATTCAAAAAAATTTAACCTAAAGTTAATTATGAAA
64 ACATTCAATTATAATATGTTTTAAT-AAAAA-TGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
1494 TTATAAAATCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-AATGGTA
127 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCA
* * * * *
1536 TGGGTGACTATAAATGTACTTTTCTTGTCAATTATTGGCTTTT-TCTTCATATTTCCCAAAGCAG
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCT-TTCATGTTTCCC-AAGCAG
* *
1600 ACATTCAATTATAATGTGTTTTAATTAAAAATGAAAAAACATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGA
64 ACATTCAATTATAATATGTTTTAA-TAAAAATGAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
1665 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAA-GCTTTTCGAAGTCA
127 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCA
* * **
1707 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTTCCTTT-ATGTTTCCTGAGACAG
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTT-CTTTCATGTTTCCCAAG-CAG
* *
1771 ACATTCAATTATAATATGTTTTAAATAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGA
64 ACATTCAATTATAATATGTTTT-AATAAAAATG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * **
1836 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTGATAAGTCTTTTC-AAGGTTT
127 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGG-CA
* * * * * * ** * *
1879 TGAGTGACTATAAATGGACTCTTCATATCAATGGATGGCTTTCCCTTCACCTTTCCTAAGGTAGA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCTTTCATGTTTCCCAA-GCAGA
* *
1944 TATTTAATTATAATAT-TTTTAAT
65 CATTCAATTATAATATGTTTTAAT
1967 CGAANNNNNN
Statistics
Matches: 1439, Mismatches: 279, Indels: 145
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
165 176 0.12
166 22 0.02
168 9 0.01
169 15 0.01
170 259 0.18
171 643 0.45
172 297 0.21
173 10 0.01
174 7 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCTTTCATGTTTCCCAAGCAGAC
ATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
Found at i:644 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 12--1965 Score: 1806
Period size: 343 Copynumber: 5.8 Consensus size: 340
2 GAAGGTTTGA
* * * * *
12 GTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTACATGTTTCTCAAGGAAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGAATGGCTTTTCCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACAT
* *
77 TCAATTATAATATATTTTAAT---CA-A-AAAAAAATTCAACCTAAAGA-CAATTATGAGATTAC
66 TCAATTATAATATATTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAA-ATCAATTATGAGATTAT
* * * ** *
136 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTGCAAATGAACTTTTCTTG
130 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTA
* * * * * ** * * *
201 TCAATGAATGACTTGTT-TTTTATGTTCCCCAAGATAGATATTAAATTGTAATATGTTTTAACTA
195 TCAATGAATGGCTT-TTCCTTCACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTA
* * **
265 AAAATTGAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
259 AAAAAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
*
330 ATCTTTTCGAAGGCATGG
323 AGCTTTTCGAAGGCATGG
* * * * * * ** * *
348 GTGACTGTAAATTGACTTTTCTTGTAAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTGGAGGCAGAGAG
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGAATGGCTTTTCCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACAT
* *
413 TCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAACTATTCAACCTAAAATGAATTATGAGATTA
66 TCAATTATAATATATTTTAAT-AAAAATATAAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
** * * *
478 TAAAATTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACAATAAAT-AGACTTTTCA
129 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCT
* * * * * *
542 TATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTGTCCTAACGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACT
193 TATCAATGAATGGCTTTTCCTTCACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACT
* ** * *
607 GAAAAAATAGAAAGGTACAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGT
258 -AAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* *
672 AAGGTTTTTGAAGG-AGTGG
322 AAGCTTTTCGAAGGCA-TGG
** * * * * ** * *
691 GTGACTATTTATGGACTTTTCATGTCAATGAATGCCTTTTCCTTCATGTTTTTTGAGACAAACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGAATGGCTTTTCCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACAT
* * * * * *
756 TCAAATATAATCTACTTTAATAGAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTAT
66 TCAATTATAATATATTTTAATA-AAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * ** *
821 AAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGTAGGGATG-GATGACTATAAATGCGCTTGTCTT
130 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAG-TGACTATAAATGAACTTTTCTT
* * * * * * *
885 ACCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCA-ACATTCAATTATAATGTGTTTTAACTA
194 ATCAATGAATGGCTTTTCCTTCACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTA
* * * *
949 AAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATGATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATA
259 AAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * *
1014 AGGC-TTTCAAAGGCTTGA
323 A-GCTTTTCGAAGGCATGG
* ** * * **
1032 GTGGCTATAAATAAACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCTTACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGAATGGCTTTTCCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACAT
* ** *
1097 TCAATT-TAATATATTTTAAT--TAA-A-AAAAAAATTCAACAAAAAATGAATTATGAGATTATA
66 TCAATTATAATATATTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * ** *
1157 AAACGATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTTGAAGACT-TGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
131 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAG-GTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTA
* * * * * * * *
1221 CCAATGAATGAGTTTTTCCTT-ACGTTTCCCAGGGTAAACATTCAATTACAATTTATTTTAA-TA
195 TCAATGAATG-GCTTTTCCTTCACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTA
* * *
1284 AAAAAGGAAAAAAAAGTTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAA
259 AAAAA--TAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * *
1349 TAAGGCTATT-AAAGGCATGA
321 TAA-GCTTTTCGAAGGCATGG
* * * * * * *
1369 GTGACTATAATTGGACTTTTCTTATCAATGAATAGCTTTT-CTTCTCATTTCTCAATGCAGACAG
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGAATGGCTTTTCCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACAT
* * * *
1433 TCAATTATAATATGA-TTTAATCAAAAAT-TCAAAAAAATTTAACCTAAAGTTAATTATGAAATT
66 TCAATTATAATAT-ATTTTAAT-AAAAATAT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** * *
1496 ATAAAATCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-AATGGTATGGGTGACTATAAATGTACTTTTC
128 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTC
* * * * ** * *
1560 TTGTCAATTATTGGCTTTTTCTTCATATTTCCCAAAGCAGACATTCAATTATAATGTGTTTTAA-
192 TTATCAATGAATGGCTTTTCCTTCACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAC
* * *
1624 TTAAAAATGAAAAAACATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCA
257 TAAAAAAT-AAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
*
1689 ATAAGCTTTTCGAAGTCATGG
320 ATAAGCTTTTCGAAGGCATGG
* * * * * * *
1710 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTTCCTTTATGTTTC-CTGAGACAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGAATGGCTTTTCCTTCACGTTTCTC-AAGGCAGACA
* * * * *
1774 TTCAATTATAATATGTTTTAAATAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTA
65 TTCAATTATAATATATTTT-AATAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
1839 TAAAACCATTTAAAGCAAGTGATAAGTCTTTTC-AAGGTTTTGAGTGACTATAAATGGACTCTTC
129 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTCGAAGG-TATGAGTGACTATAAATGAACTTTTC
* * * * * * * *
1903 ATATCAATGGATGGCTTTCCCTTCACCTTTCCTAAGGTAGATATTTAATTATAATAT-TTTTAA
192 TTATCAATGAATGGCTTTTCCTTCACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA
1966 TCGAANNNNN
Statistics
Matches: 1308, Mismatches: 263, Indels: 88
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
335 106 0.08
336 134 0.10
337 106 0.08
338 3 0.00
340 25 0.02
341 251 0.19
342 337 0.26
343 340 0.26
344 6 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
GTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGAATGGCTTTTCCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACAT
TCAATTATAATATATTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTAT
CAATGAATGGCTTTTCCTTCACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAA
AAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGC
TTTTCGAAGGCATGG
Found at i:1777 original size:849 final size:851
Alignment explanation
Indices: 12--1965 Score: 2012
Period size: 849 Copynumber: 2.3 Consensus size: 851
2 GAAGGTTTGA
* ** * *
12 GTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTACATGTTTCTCAAGGA-AGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAAATGGCTTTTCCTTCATGTTTCT-AA-GACAGACA
* * *
76 TTCAATTATAATATATTTTAAT--CAA---AAAAAAATTCAACCTAAAGA-CAATTATGAGATTA
64 TTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA-ATCAATTATGAGATTA
* * ** *
135 CAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTGCAAATGAACTTTTCTT
128 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCAT
* * * * * * * *
200 GTCAATGAATGACTTGTTTTTTATGTTCCCCAAGATAGATATTAAATTGTAATATGTTTTAACTA
193 ATCAATGGATGGCTT-TTCTTCACGTTCCCCAAGATAGACATTAAATTGTAATATATTTTAACTA
** *
265 AAAATTGAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
257 AAAA-T-AAAAACATTCAACAAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATA
* * * * * *
330 ATCTTTTCGAAGGCATGGGTGACTGTAAATTGACTTTTCTTGTAAATGAATGGCTTTTTCTTCAC
320 AACTTTTCGAAGACATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCAC
** * * * * **
395 GTTTCTGGAGGCAGAGAGTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAACTATTCAACCTA
385 GTTTCCAGAGGCAAACAGTCAATTACAATATATTTTAATCAAAAATAGAAAAAAAATTCAACCTA
* ** * **
460 AAATGAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGAC
450 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGAC
* * * *
525 AATAAATAGACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTGTCCTAACGCAGACATTCAAT
515 AATAAATAGACTTTTCATATCAATGAATAGCTTTTGCTTCACATGTCCTAACGCAGACAGTCAAT
* * * * ** * *
590 TATAATTTGTTTTAACTGAAAAAATAGAAAGGTACAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
580 TATAATATGATTTAACTCAAAAAATAAAAAAATACAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAC
* * * * **
655 CATTTAAAGTGAGTAGTAAGGTTTTTGAAGGAGTGGGTGACTATTTATGGACTTTTCATGTCAAT
645 CATTAAAAGTGAGTAATAAGGTCTTTCAAGGAGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAAT
* ****
720 GAATGCCTTTTCCTTCATGTTTTTTGAGACAAACATTCAAATATAATCTACTTTAATAGAAAATA
710 GAATGCCTTTTCCTTCATATTTCCAAAGACAAACATTCAAATATAATCTACTTTAATAGAAAATA
* * *
785 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
775 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTT
* *
850 TTGTAGGGATGG
840 TTGAAGGCATGG
* * * * *
862 ATGACTATAAATGCG-CTTGTCTTACCAATGAAA-GGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCA-AC
1 GTGACTATAAATG-GACTTTTCTTATCAAT-AAATGGCTTTTCCTTCATG-TTTCTAAGACAGAC
* * *
924 ATTCAATTATAATGTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATG
63 ATTCAATTATAATATGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
989 ATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGGCTATAAATAAACTTTTCA
127 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCA
* * * * *
1054 TATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCT-TACATTCAATT-TAATATATTTTAA-
192 TATCAATGGATGGCTTTT-CTTCACGTTCCCCAA-GATAGACATTAAATTGTAATATATTTTAAC
* * * *
1116 TTAAAA-AAAAA-ATTCAACAAAAAATGAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAACGAGTAATA
255 TAAAAATAAAAACATTCAACAAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATA
* * *
1179 AGACTTTT-GAAGACTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAG-TTTTTCCTT
320 A-ACTTTTCGAAGACATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATG-GCTTTTT-CTT
* * *
1242 -ACGTTTCCCAG-GGTAAACATTCAATTACAATTTATTTTAAT-AAAAA-AGGAAAAAAAAGTTC
382 CACGTTT-CCAGAGGCAAACAGTCAATTACAATATATTTTAATCAAAAATA-GAAAAAAAA-TTC
* * * **
1303 AACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTATT-AAAGGCAT
444 AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT-TTCAAAGGCAT
* * * * * * *
1367 GAGTGACTATAATTGGACTTTTCTTATCAATGAATAGCTTTT-CTTCTCAT-TTCTCAATGCAGA
508 GAGTGACAATAAATAGACTTTTCATATCAATGAATAGCTTTTGCTTCACATGTCCT-AACGCAGA
* ** * *
1430 CAGTCAATTATAATATGATTTAA-TCAAAAATTCAAAAAAATTTAACCTAAAGTTAATTATGAAA
572 CAGTCAATTATAATATGATTTAACTCAAAAAAT-AAAAAAATACAACCTAAAATCAATTATGAAA
* *
1494 TTATAAAATCATTAAAAGTGAGTAATAAGG-CTTTCAATGGTA-TGGGTGACTATAAATGTACTT
636 TTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGTCTTTCAA-GG-AGTGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * * * **
1557 TTCTTGTCAATTATTGGCTTTTTCTTCATATTTCCCAAAG-CAGACATTCAATTATAATGTGTTT
699 TTCATGTCAATGAATGCCTTTTCCTTCATATTT-CCAAAGACAAACATTCAAATATAATCTACTT
* * * *
1621 TAATTA-AAAATGA-AAAAACATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
763 TAA-TAGAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGC
* *
1684 GAGCAATAA-GCTTTTCGAAGTCATGG
826 AAGCAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGG
* * *
1710 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTTCCTTTATGTTTCCTGAGACAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAAATGGCTTTTCCTTCATGTTT-CTAAGACAGACAT
* *
1775 TCAATTATAATATGTTTTAAATAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT
65 TCAATTATAATATGTTTT-AATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
1840 AAAACCATTTAAAGCAAGTGATAAGTCTTTTC-AAGGTTTTGAGTGACTATAAATGGACTCTTCA
129 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGG-CTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCA
* * * * * * * *
1904 TATCAATGGATGGCTTTCCCTTCACCTTTCCTAAGGTAGATATTTAATTATAATAT-TTTTAA
192 TATCAATGGATGGCTTT-TCTTCACGTTCCCCAAGATAGACATTAAATTGTAATATATTTTAA
1966 TCGAANNNNN
Statistics
Matches: 902, Mismatches: 164, Indels: 76
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
847 29 0.03
848 267 0.30
849 325 0.36
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (851 bp):
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAAATGGCTTTTCCTTCATGTTTCTAAGACAGACATT
CAATTATAATATGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCATATC
AATGGATGGCTTTTCTTCACGTTCCCCAAGATAGACATTAAATTGTAATATATTTTAACTAAAAA
TAAAAACATTCAACAAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAACTTT
TCGAAGACATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCC
AGAGGCAAACAGTCAATTACAATATATTTTAATCAAAAATAGAAAAAAAATTCAACCTAAAATCA
ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACAATAAA
TAGACTTTTCATATCAATGAATAGCTTTTGCTTCACATGTCCTAACGCAGACAGTCAATTATAAT
ATGATTTAACTCAAAAAATAAAAAAATACAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTAA
AAGTGAGTAATAAGGTCTTTCAAGGAGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGAATGC
CTTTTCCTTCATATTTCCAAAGACAAACATTCAAATATAATCTACTTTAATAGAAAATATAAAAA
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAG
GCATGG
Found at i:3485 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2356--4659 Score: 1966
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2346 NNNNNNNNNN
* * * * *
2356 TTTTTTTTCACATTTCTCAATGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAATAATATAAAAAA
1 TTTTTCTTCACGTTTCT-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * **
2421 A-TCTAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTCAAGTAAGTAATAAGACTTTTGAAA
65 ATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAA
* * * *
2484 GCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGAC
129 GCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
* * * * * * * * * * * *
2526 TTTTTCTTCATGTATCCCAAAGTAGACATACAATTATAATCTGTTTGACCTAAAAATATAAACAC
1 TTTTTCTTCACGT-TTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * * * * *
2591 ATTCCACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAACT-AGGCTTCT-AAA
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGACTTTTGAAA
* * * * *
2654 GGCTTGAGTAACTATAAA-GGAACTTTTCATATCAAT-ATATGAC
129 -GCTTGGGTGACTATAAATGG-ACTTTTCTTGTCAATGA-ATGGC
* * * * * * * *
2697 TTTTTTTTTACGTTTTTCAAGATAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAA
1 TTTTTCTTCACGTTTCT-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
** * * * * *
2762 ATAAAACATAAAATCAATTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAACTTTTGAAAG
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAG
** * * * *
2827 AATAGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTTAATGAATGCC
130 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
* * * * * * * **
2868 CTTTTCTTCACCTTTTTGAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATAAAAAAAAC
1 TTTTTCTTCACGTTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-
* *
2933 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-AGCTTTCGAAG
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGA-CTTTTGAAA
* * ** *
2997 GCTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTGGTGTCAAT-AGATAGC
129 GCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA-ATGGC
* * * * *
3039 TTTTGT-TTCACGTTTCTTAAGGTAGATATTCAATTATATTCTGTTTTAA-TCAAAAATATAAAA
1 TTTT-TCTTCACGTTTC-TAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGT-AAA
* * * * * *
3102 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG-TTGTAAATCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA
62 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGA
* * * * * **
3166 AAGCTTGAGTGACTATAAATTGACCTTTCATATCAATGGCTGGC
127 AAGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
* * * * * * *
3210 TTTTGCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAAAGTAAAAAA
1 TTTTTCTTCACGTTTCT-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * *
3275 A-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGAC-ATTCAAAG
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAG
* * * *
3338 CTTGGGTGACTGTAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGA
130 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
* * *
3379 TTTTTCTTCACATTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTGAACTAAAAATGTAAAAAA
1 TTTTTCTTCACGTTT-CTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * ** * *
3444 ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATGATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAG-GTTTTCAAAG
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAA-
* * * * * * *
3508 GTTTGAGTGGCTATAAATGAACTTTTCATATCAATGGATGGC
129 GCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
* ** * * *
3550 TTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTTGACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAAAGTAAAAAA
1 TTTTTCTTCACGTTTCT-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * * * *
3615 ATTCAACTAAAAATGAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTTGAAGG
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAG
* * * *
3680 CTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATAAATGAG-
130 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATG-GC
* * * * *
3721 TTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATCACAATCTATTTTAACTAAAAAAGTAAAAAA
1 TTTTTCTTCACG-TTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * * ** * * * *
3786 ATTGCCACTTCAAATGAATTATGAGATTGCAAAACCATTTGAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAG
65 ATT-CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAA
* * * * *
3851 GCATGGGTGACTATAATTAGACTTTTCTTGTTAATGAATAGC
129 GCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
* * * ** * * * * *
3893 -TTTTCTTCTCGTTTCTCGATGTCGACAGTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAA
1 TTTTTCTTCACGTTTCT-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * * * * *
3957 ATTCAGCCTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACTATATAAAGTGAGTAATAA-AGCTTTTG-AA
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGA-CTTTTGAAA
* * * *
4020 GGTAGGGTGACTACAAATGTACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
129 GCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
* * * * * * * * *
4062 TCTTTCTTTATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAAT-AATAAAA
1 TTTTTCTTCACGTTTCT-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTA-AAAA
*
4126 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTTCG-A
64 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTT-GAA
*
4189 AGCCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
128 AG-CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
* *** * * **
4233 -TTTTCATTCACGTATCCTAACACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAAC-AAAAAT-TTTAA
1 TTTTTC-TTCACGT-TTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTT-AACTAAAAATGTAAAA
* * * *
4295 AAATTCAACCTAAACTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAA
63 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAA
* * * * * *
4360 AGTTTGAGTGACTATAAATGGACTCTTCATATCAATGGATGGC
128 AGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
* * * * * ** *
4403 TTTTACTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTTAATTATAAT-TTTTTTAACCGAAAA-GTAGAAAA
1 TTTTTCTTCACGTTT-CTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * * * *
4466 ATAT-AACTTAAAATAAAATATGAGATTACAAAACCATTTAAA-CTATGTAATAAGGCTTTTGAA
65 AT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGACTTTTGAA
* * * * ** * *
4529 GGAATT-GGTGACTGTAAATGGACTTTTTTTACCAATGAACGCC
128 AG-CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
* * * * * * * * * *
4572 TTTTTCTTTATGTTTTTTGAGGCAAACATTCAAATACAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAA
1 TTTTTCTTCACG-TTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
4637 ATTCAACTTAAAATCAATTATGA
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGA
4660 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1709, Mismatches: 367, Indels: 115
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTCTTCACGTTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAGC
TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
Found at i:4127 original size:853 final size:847
Alignment explanation
Indices: 2365--4659 Score: 2649
Period size: 853 Copynumber: 2.7 Consensus size: 847
2355 NTTTTTTTTC
* * *
2365 ACATTTCTCAATGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAATAAT-ATAAAAAAATCTAACT
1 ACATTTCTCAA-GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATAATAAAAAAATC-AACT
* * * *
2429 T-AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTCAAGTAAGTAATAAGACTTTTGAAAGCATGGGTG
64 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTCAAAGCATGGGTG
* * * * *
2493 ACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT-GACTTTTTCTTCATGTATCCCAAAGTAGACATAC
129 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGA-TTTTTCTTCACGTATCCTAAAGTAAACATTC
* * * * *
2557 AATTATAATCTGTTTGACCTAAAAATATAAACACATTCCACTTAAAATCAATTATAAGATTATAA
193 AATTATAATCTATTTGAACTAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAA
* * * * *
2622 AATCATTTAAAGAGAGTAACT-AGG-CTTCTAAAGGCTTGAGTAACTATAAAGGAACTTTTCATA
257 AATCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGTTTTC-AAAGGTTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCATA
** * ** * * * *
2685 TCAATATATGACTTTTTTTTTACGTTTTTCAAGATAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAA
320 TCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAA-TTATTTTAA-TAA
* * * **
2750 AAAAGTAAAAAAATAAAAC-ATAAAATCAATTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
383 AAAAGTAAAAAAAT-TAACTA-AAAATAAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATA
* * * ** *
2814 AAACTTTTGAAAGAAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTTAATGAATGCCCTTTTCTTCA
446 AGACTTTTGAAGGATTGA-GTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
** *
2878 CCTTTTTGAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATAAAAAAAACATTCAACTTA
510 TGTTTTTGAGGCAAACATTCAAATACAATCTATTTTAACAAAAAAT--AAAAAA-ATTCAACTTA
* * *
2943 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAC
572 AAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * * *
3008 TATAAAAGGACTTTTGGTGTCAATAGATAGCTTTTGTTTCACGTTTCTTAAGGTAGATATTCAAT
637 TATAAAAGGACTTTTCGTGTCAATAGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAGTCAAT
* * * * *
3073 TATATTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGTTGTAAATC
702 TATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGTTATAAAAC
* * * *
3138 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGCTTGAGTGACTATAAATTGACCTTTCATATCAAT
767 CATATAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTAAAAGCTAGAGTGACTACAAATTGACCTTTCATATCAAT
**
3203 GGCTGGCTTTTGCTTT
832 GAATGGCTTTTGCTTT
* *
3219 ACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAA-AGTAAAAAAATCAACTT
1 ACATTTCTCAA-GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATAATAAAAAAATCAACTT
* *
3283 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGAC-ATTCAAAGCTTGGGTGA
65 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTCAAAGCATGGGTGA
* * * * * *
3347 CTGTAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCACATTTCCTGAGGTAAACATTCAA
130 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTATCCTAAAGTAAACATTCAA
*
3412 TTATAATCTATTTGAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATGATAAAA
195 TTATAATCTATTTGAACTAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA
* *
3477 TTATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCAAAGGTTTGAGTGGCTATAAATGAACTTTTCATATCAA
259 TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCAAAGGTTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCATATCAA
* *
3542 TGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTTGACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAAA
324 TGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT-TATTTTAA-TAAAAAA
* * *
3607 GTAAAAAAATTCAACTAAAAATGAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAACGAGTAATAAGACT
387 GTAAAAAAATT-AACTAAAAATAAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACT
* * * * **
3672 TTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATAAATGAGTTTTTCTTCATGTTTT
451 TTTGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTT
* * *
3737 CTAAGGCAAACATTC-AATCACAATCTATTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTGCCACTTCAAAT
516 -TGAGGCAAACATTCAAAT-ACAATCTATTTTAAC-AAAAAA-TAAAAAAATT-CAACTTAAAAT
* * * * * *
3801 GAATTATGAGATTGCAAAACCATTTGAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA
576 CAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATA
* * * * * * *
3866 ATTA-GACTTTTCTTGTTAAT-GAATAGCTTTT-CTTCTCGTTTCTCGATGTCGACAGTCAATTA
641 A-AAGGACTTTTCGTGTCAATAG-ATAGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAGTCAATTA
* * * *
3928 TAATATGTTTTAACCAAAAAT-TTAAAAAAATTCAGCCTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACT
704 TAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG-TTATAAAACC
* * * * * *
3992 ATATAAAGTGAGTAATAAAGCTTTT-GAAGGTAGGGTGACTACAAA-TGTACTTTTCTTGTCAAT
768 ATATAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTAAAAGCTAGAGTGACTACAAATTG-ACCTTTCATATCAAT
4055 GAATGGCTCTTT-CTTT
832 GAATGGCT-TTTGCTTT
** * * * *
4071 ATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATAATAAAAAATTTAACTT
1 ACATTTCTCAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATAATAAAAAAATCAACTT
* *
4136 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTTCGAAGCCATGGGTG
65 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTCAAAG-CATGGGTG
* * *
4200 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGG-CTTTTCATTCACGTATCCTAACA-CAAACATT
129 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTC-TTCACGTATCCTAA-AGTAAACATT
* * * ** * * *
4263 CAATTATAATATGTTTTAAAC-AAAAATTTTAAAAATTCAACCTAAACTCAATTATGAGATTATA
192 CAATTATAATCT-ATTTGAACTAAAAATTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATA
* * * * *
4327 AAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAA-GTTTGAGTGACTATAAATGGACTCTTCATA
256 AAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCAAAGGTTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCATA
* * * * * ***
4391 TCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTTAATTATAATTTTTTTAACCGAA
320 TCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTATTTTAATAAAA
* * * *
4456 AAGTAGAAAAATATAACTTAAAATAAAATATGAGATTACAAAACCATTT-AAACTATGTAATAAG
385 AAGTAAAAAAAT-TAACTAAAAATAAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAACGA-GTAATAAG
* * * * *
4520 GCTTTTGAAGGAATTG-GTGACTGTAAATGGACTTTTTTTACCAATGAACGCCTTTTTCTTTATG
448 ACTTTTGAAGG-ATTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATG
*
4584 TTTTTTGAGGCAAACATTCAAATACAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
512 -TTTTTGAGGCAAACATTCAAATACAATCTATTTTAAC-AAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAA
4649 ATCAATTATGA
574 ATCAATTATGA
4660 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1222, Mismatches: 186, Indels: 70
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
850 22 0.02
851 145 0.12
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ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (847 bp):
ACATTTCTCAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATAATAAAAAAATCAACTTA
AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTCAAAGCATGGGTGAC
TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTATCCTAAAGTAAACATTCAAT
TATAATCTATTTGAACTAAAAATTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATC
ATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCAAAGGTTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCATATCAATG
GATGGCTTTTACTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTATTTTAATAAAAAAGTAA
AAAAATTAACTAAAAATAAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTTGA
AGGATTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTGAGG
CAAACATTCAAATACAATCTATTTTAACAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAAGGACTTT
TCGTGTCAATAGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAGTCAATTATAATATGTTTTA
ACCAAAAATATAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGTTATAAAACCATATAAAGTGAGT
AATAAAGCTTTTAAAAGCTAGAGTGACTACAAATTGACCTTTCATATCAATGAATGGCTTTTGCT
TT
Found at i:6743 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5633--6833 Score: 982
Period size: 170 Copynumber: 7.1 Consensus size: 170
5623 TAAGACAGAT
* * * * *
5633 ATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAATATCTAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAGAT
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
5697 TATAAAACTATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGATG-GTAATAAAT-GAGCTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTGG-TGACT-ATAAATGGA-CTTT
*** * * **
5760 TCTCATCAATGAATGG-TTTCT-TTCATGTTT-CTCGAGGTAAAC
127 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCT-GAGACAAAC
* *
5802 ATTCAATTATATTCTATTTTAA-TCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-T
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * **
5865 TGTAAATCCATTTAAAGTGAA-TAATAAGGC-TTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATTAACTTT
65 TATAAAACCATTTAAAG-CAAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-CTTG-GTGACTATAAATGGACTTT
* ** ** * * * * * * *
5928 TCATATCAATGTCTAGCTTTTACTTCACATTTCTTAAGATAGAC
127 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCTGAGACAAAC
* * *
5972 ATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAAAGTAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * ** * *
6036 ATAAAATCATTTAAAGAAAATAATAA-GATATTCAAAGGCTTGGGTGACTGTAAAT-GAGCTTTT
66 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT-TTTGAAGACTT-GGTGACTATAAATGGA-CTTTT
* * * * **
6099 CTTGCCAATGAATGG-GTTTTCTTTACATTTCATGAGGTAAAC
128 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCTGAGACAAAC
* * *
6141 ATTCAATTATAATCTATTTAAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAAAT-AATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *** *
6205 TATAAAATCGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGGAGGAAACGGTGACTATAAATAGACTTTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTT-GAAGACTTGGTGACTATAAATGGAC-TTTT
* * * *
6270 CTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACATTTTCC-AAGGCAAAC
128 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATA-TTTCCTGAGACAAAC
* * * *
6313 ATTCAATTGTAATCTATTTGAACTAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
6378 ATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGTTTTTAAATACTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
66 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * *
6443 TGCCAATGAAT-ATTTTTTCTTCATATTTCTTGAGCCAAAT
130 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCTGAGACAAAC
* *** ** ** *
6483 ATTCAATTATACTCTGGCTTAACCCAAAATGTAACAAAAGCTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
6548 TGTAAAATCATTTAAACCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGACATTGG-GACTATAAGTGGACTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAC-TTGGTGACTATAAATGGACTTTTC
** * *
6612 TTGTTAATGAATGGCTTTTTCTTCTTGTTTCCTGAGACAAAC
129 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCTGAGACAAAC
* ** * * *
6654 ACTCAATTATAATCTATTTTAACCCAAAATGTAAGACAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * *
6719 ATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGACCTTTCAAGGAATGGGTGATTATAAATGGACTTCTCT
66 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAA-GACTTGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * **
6784 TGCTAATGAATGGC-TTTTCCTCATGTTTCCCAAGACAAAC
130 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCTGAGACAAAC
6824 ATTCAATTAT
1 ATTCAATTAT
6834 GTCCTGTTGT
Statistics
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0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.00
168 50 0.06
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172 113 0.14
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCTGAGACAAAC
Found at i:6830 original size:341 final size:338
Alignment explanation
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Period size: 341 Copynumber: 3.5 Consensus size: 338
5625 AGACAGATAT
* * * * *
5635 TCAATTATAATATATTTTAA-TAAAATATCTAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAGATTA
1 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAA-ATGTAAAA-AAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** * * * *
5699 TAAAACTATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGATG-GTAATAAAT-GAGCTTTTC
64 TAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAA-GATTTC-AAGGATTGGGTGACT-ATAAATGGA-CTTTTC
*** * ** * * *
5762 TCATCAATGAATGG--TTTCTTTCATGTTTC-TCGAGGTAAACATTCAATTATATTCTATTTTAA
125 TTGCCAATGAATGGCTTTTC-TTCATATTTCAT-GAGACAAACATTCAATTATAATCTACTTAAA
* * * * * * **
5824 TCAAAAATATAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAG-TTGT-AAATCCATTTAAAGTGAA
188 CCAAAAATGTAAAACAACTCAACCTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAAT-CATTTAAA-CCAA
* * * * ** **
5886 -TAATAAGGC-TTT-CAA-AAGCTTGAGTGACTATAAATTA-AC-TTTTCATATCAATGTCTA-G
250 GTAATAAAGCTTTTGGAAGAAAC--G-GTGACTATAAA-TAGACTTTTTCTTGCCAATG-AAAGG
* * * * *
5944 CTTTTACTTCACA-TTTCTTAAGATAGACAT
310 CTTTTTCTT-ACATTTTC-CAAGACAAACAC
* * *
5974 TCAATTATAATATATTTTAATTAAAAAAGTAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
1 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
6039 AAATCATTTAAAGAAAATAATAAGATATTCAAAGGCTTGGGTGACTGTAAAT-GAGCTTTTCTTG
66 AAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGAT-TTC-AAGGATTGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTG
* * * ** * *
6103 CCAATGAATGGGTTTTCTTTACATTTCATGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTAAACTAAA
128 CCAATGAATGGCTTTTCTTCATATTTCATGAGACAAACATTCAATTATAATCTACTTAAACCAAA
* * * *
6168 AATGTAAAACAATTCAACCTAAAAATAATTATGAGATTATAAAATCGTTTAAAGCAAGTAATAAG
193 AATGTAAAACAACTCAACCTAAAAATAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAACCAAGTAATAAA
*
6233 GCTTTTGGAGGAAACGGTGACTATAAATAGACTTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACA
258 GCTTTTGGAAGAAACGGTGACTATAAATAGACTTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTT-ACA
* *
6298 TTTTCCAAGGCAAACAT
322 TTTTCCAAGACAAACAC
* * *
6315 TCAATTGTAATCTATTTGAACTAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
*** * * ** * *
6380 AAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGTTTTTAAATACTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
65 AAAACCATTTAAAGAAAGTAATAA-GATTTCAAGGA-TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
*** * * * * * *
6445 CCAATGAATATTTTTTCTTCATATTTCTTGAGCCAAATATTCAATTATACTCTGGCTT-AACCCA
128 CCAATGAATGGCTTTTCTTCATATTTCATGAGACAAACATTCAATTATAATCT-ACTTAAACCAA
* *
6509 AAATGTAACAA-AAGCTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTGTAAAATCATTTAAACCGAGTAA
192 AAATGTAA-AACAA-CTCAACCTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAATCATTTAAACCAAGTAA
** * * ** *
6572 TAAAGCTTTT-GAAGACATTGG-GACTATAAGTGGAC-TTTTCTTGTTAATGAATGGCTTTTTCT
254 TAAAGCTTTTGGAAGA-AACGGTGACTATAAATAGACTTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCT
* *
6634 T-CTTGTTTCCTGAGACAAACAC
318 TACAT-TTTCC-AAGACAAACAC
** * * *
6656 TCAATTATAATCTATTTTAACCCAAAATGTAAGACAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAA-AAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
6721 AAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGACCTTTCAAGGAATGGGTGATTATAAATGGACTTCTCTTG
65 AAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGA--TTTCAAGGATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * ***
6786 CTAATGAATGGCTTTTCCTCATGTTTCCCAAGACAAACATTCAATTAT
128 CCAATGAATGGCTTTTCTTCATATTTCATGAGACAAACATTCAATTAT
6834 GTCCTGTTGT
Statistics
Matches: 701, Mismatches: 128, Indels: 60
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGATTTCAAGGATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
ATGAATGGCTTTTCTTCATATTTCATGAGACAAACATTCAATTATAATCTACTTAAACCAAAAAT
GTAAAACAACTCAACCTAAAAATAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAACCAAGTAATAAAGCT
TTTGGAAGAAACGGTGACTATAAATAGACTTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTACATTTT
CCAAGACAAACAC
Found at i:7739 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 5.0 Consensus size: 171
7410 NNNNNNNNNN
* *
7420 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * * * * *
7485 AATGGACTTGTCTTATCAATGAATGGCTTTTTTTTCATATTTCTCAAGACAAACATTCAATT-GT
65 AATGAACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTAG-
* * ** * *
7549 AATCTATTTTATTCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAAT
129 AATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACCTAAAAT
* * * * *
7591 CAATTAAGATATTATAAAACCTTTTAAAG-AGTCTAATAAGACTTTTGAAGGTATGGGTGACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAAG--TAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTAT
* * ** * *
7655 AAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTCCCAAGGTAGACATTCCATTAG
64 AAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTAG
*
7720 AATATGTTTTAACCAAAAAT-TAAAAAAAATTTAA-CTCAAAAT
129 AATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACCT-AAAAT
* * *** **
7762 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGTTTTTGAAGATTTGAATGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * * * * *
7827 AAT-AGACTTTTCATAACAATGGATGACTTTTACTTCATGTTTCCCAAGGTAGGCACTT-AATTA
65 AATGA-ACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACA-TTCAATTA
* * ** *
7890 TAATCTGTTTTAATAAAAAATGT-AAGAAAATTCAACCTAAAAT
128 GAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACCTAAAAT
* * * *
7933 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTGAAAG-AGTGGGTGACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA-TGGGTGACTAT
* ** * * ** * *
7997 AAATGAACTTTCCTTCCCAATGAATAGATTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTAC
64 AAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTAG
* ** * * * *
8062 AATATGTTGTGGCCATAAATGTCAAATAATTTCAACCTAAAAT
129 AATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACCTAAAAT
* ** * * *
8105 CAATTATGAAATTATAAAATAATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGTAGGCATGAGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA
* * ** * * * * * *
8170 AATGGACATTTAATGTCAATGAATTGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATA
65 AATGAACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTAGA
* * * * *
8235 ATTTATTTT-ACTAAAAAATGTAAAATAATTTCAA
130 ATATGTTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
8269 TAAAACCATT
Statistics
Matches: 544, Mismatches: 117, Indels: 33
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 5 0.01
171 380 0.70
172 154 0.28
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAA
ATGAACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTAGAA
TATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACCTAAAAT
Found at i:7776 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 7420--8743 Score: 1183
Period size: 342 Copynumber: 3.9 Consensus size: 341
7410 NNNNNNNNNN
7420 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATAG-GTGACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGAGTGACTAT
* * * * * *
7484 AAATGGACTTGTCTTATCAATGAATGGCTTTTTTTTCATATTTCTCAAGACAAACATTCAATTGT
66 AAATAGACTT-TCATATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG-CAGACATTCAATTAT
* * * *
7549 AATCTATTTTATTCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGATATTATAAAACCTT
129 AATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
** *
7614 TTAAAGAGTCTAATAAGACTTTTGAAGG-TATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGA
194 TTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGA
* ** * *
7678 ATGGCTTTTTCTTTACATTTCCCAAGGTAGACATTCCATTAGAATATGTTTTAACCAAAAAT-TA
258 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCCATTACAATATGTTTTAACCAAAAATGT-
7742 AAAAAAATTTAACTCAAAAT
322 AAAAAAATTTAACTCAAAAT
* * * * *
7762 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGTTTTTGAA-G-ATTTGAATGACTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCA-TAGAGTGACTA
* * * * * * *
7825 TAAATAGACTTTTCATAACAATGGATGACTTTTACTTCATGTTTCCCAAGGTAGGCACTT-AATT
65 TAAATAGAC-TTTCATATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA-GCAGACA-TTCAATT
* * * * * *
7889 ATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
127 ATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * ** * **
7954 ATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTGAAAGAGTGGGTGACTATAAATGAACTTTCCTTCCCAATG
192 ATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATG
* * * * * * * ** *
8019 AATAGATTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTACAATATGTTGTGGCCATAAATGT
257 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCCATTACAATATGTTTTAACCAAAAATGT
* *
8084 CAAATAATTTCAAC-CTAAAAT
322 AAAAAAATTT-AACTC-AAAAT
* ** * * * *
8105 CAATTATGAAATTATAAAATAATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGTAGGCAT-GAGTGACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGAGTGACTAT
* * * * * *
8169 AAATGGACATTTAATGTCAATGAATTGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTAT
66 AAATAGAC-TTTCATATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGCAGACATTCAATTAT
* * *
8234 AATTTATTTT-A-C-------T-AAAAAA-T----GTAAAAT-AATT-T--CA--ATAAAACCAT
129 AATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * *
8278 TTAAAGCA-AGTAATAA-AGCTTTGGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGTA-TTTTCTTATCAAT
194 TTAAAG-AGAGTAATAAGA-CTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTATCAAT
* * * * **
8340 AAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAATGTAGACA-TCCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAGCT
256 GAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCC-ATTACAATATGTTTTAACCAAAAAT
* * *
8404 GTAAAAAGATTCAACTTAAAAT
320 GTAAAAAAATTTAACTCAAAAT
* ** * *
8426 CAATTATGAGATTATAAAATCATTT-AAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATA-AGTAACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGAGTGACTAT
* * *
8489 AAATAGACTTATCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAACGCAGACATTCAATTAT
66 AAATAGACTT-TCATATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA-GCAGACATTCAATTAT
* * * * * *
8554 AATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAATCAT
129 AATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * *
8619 TTACAGAGAGTAATAATG-CTTTTGAAGGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCATATCAATTG
194 TTAAAGAGAGTAATAA-GACTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAA-TG
* * * ** ** * * *
8683 -ATGGCTTTTACTTCACGTTTCTTAAGCCAGACATTTAATTATAATATATTTTAATCAAAAA
257 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCCATTACAATATGTTTTAACCAAAAA
8744 AGCCTTATCG
Statistics
Matches: 774, Mismatches: 160, Indels: 97
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
319 6 0.01
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345 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGAGTGACTAT
AAATAGACTTTCATATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCAGACATTCAATTATAA
TCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
AAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATG
GCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCCATTACAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
AAATTTAACTCAAAAT
Found at i:8629 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 8590--8630 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
8580 AAATTTAACT
*
8590 TAAAATCAATTATGAGAGTA
1 TAAAATCAATTAAGAGAGTA
*
8610 TAAAATCATTTACAGAGAGTA
1 TAAAATCAATTA-AGAGAGTA
8631 ATAATGCTTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 11 0.61
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Consensus pattern (20 bp):
TAAAATCAATTAAGAGAGTA
Found at i:8726 original size:171 final size:169
Alignment explanation
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Period size: 170 Copynumber: 2.8 Consensus size: 169
8258 AATAATTTCA
* *
8268 ATAAAACCATTTAA-AGCAAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGTA-TTTT
1 ATAAAATCATTTAAGAG--AGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTA-GTGACTATAAATGG-ACTTTT
** * * * *
8331 CTTATCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAATG-TAGACATCCAATTATAATCTGTTTTA
62 CTTATCAATTGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAA-GCCAGACATTCAATTATAATATGTTTTA
** * * *
8395 ACCAAAGCTGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
126 ACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGT
* * * * * * * *
8439 ATAAAATCATTTAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTAACTATAAATAGACTTATCTT
1 ATAAAATCATTTAAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAAGG-CTTAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
*
8504 ACCAA-TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAA-CGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAC
65 ATCAATTG-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGC-CAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAC
*
8567 CAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAGT
128 CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGT
* * *
8609 ATAAAATCATTTACAGAGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCA
1 ATAAAATCATTTA-AGAGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTT-AGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * *
8674 TATCAATTGATGGCTTTTACTTCACGTTTCTTAAGCCAGACATTTAATTATAATATATTTTAATC
64 TATCAATTGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGCCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACC
8739 AAAAA
129 AAAAA
8744 AGCCTTATCG
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 39, Indels: 20
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 138 0.54
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
ATAAAATCATTTAAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
TCAATTGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGCCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAA
AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGT
Found at i:9027 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8741--9613 Score: 911
Period size: 171 Copynumber: 5.1 Consensus size: 171
8731 TTTTAATCAA
** * * * *
8741 AAAAGCCTTATCGCTCCCTTTAAATGGTTTTATTATCTAATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * *
8806 TATATTTTTAGTTAAAATAGATTATACTTGAATGTCTGCC-TCGAGAAACGTGAAGAAAAGACCA
66 TATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAATGTGAAGAAAAGACCA
* *
8870 TTCATTGTCAAGAAAAATTCATTTATATTCACCTATTCCTTC
130 TTCATTGTCAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * *
8912 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTGTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
** * * * * *
8977 TGCATTTTTTGTGAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAA-AGTCA
66 TATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAATGTGAAGAAAAGA-CCA
* * * * * * *
9041 TTCGTTGACAAGAAAAGTTCGTTTATAGTCACCAACTCCTTT
130 TTCATTGTCAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * *
9083 AAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTG-ATTATT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTT
* * * * * ** * *
9147 TTATATTTTTAATTAAAACATATTATAATTGACTGTTTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAAAGCA
65 TTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAATGTGAAGAAAAGACCA
* * * *
9212 TTTATTAG-CAAGAAAAATAT-ATTTACAGTCACCCATCCCCTC
130 TTCATT-GTCAAGAAAAAT-TCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * * * * * * *
9254 AGAAGCCTTATTAATCACTTTCAATGATATTGTAATCTGATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * *** *
9319 TATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTATGTAGTAAGAAATGTGAAGAAAAG-CCAT
66 TATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAATGTGAAGAAAAGACCAT
* *
9383 TCATTGAT-AAG-AAAAGTCTATTTATAATCACCCATTCCTTC
131 TCATTG-TCAAGAAAAATTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * *
9424 AAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTCATTTTAAGTTGTAA-TTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTT
* * * * ** * * *
9488 TTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTCAATATCTGCCTCGGGAAATGTAAAGTAAAGGCCA
65 TTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAATGTGAAGAAAAGACCA
* *
9553 -TCATTGTCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCTTTCCTTC
130 TTCATTGTCAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
9594 AAAAGCCTTATTACTCACTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTT
9614 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 574, Mismatches: 113, Indels: 31
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 6 0.01
170 175 0.30
171 384 0.67
172 8 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
TATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAATGTGAAGAAAAGACCAT
TCATTGTCAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
Done.