Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397313.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1198.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 77416
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.12, T:0.30
Warning! 13161 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:309 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9--1188 Score: 990
Period size: 171 Copynumber: 6.9 Consensus size: 171
1 ATTCAACT
* * * * * * *
9 TAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGGATA
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
* * ** * ** *
74 ACTATAAATGGGCTTTTCCTAGAAATGAATGAG-TTTTTCTTCATGTTTCTTTAGGTAAACATTC
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG-GCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTC
*
138 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACCTAACC
130 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACC
* * *
180 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGCAGGCATAGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
* *
245 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCACAAGGCAGACATTCA
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCA
* * * * * *
310 ATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATATAAAACATTC-AACT
131 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACC
* * ** *
350 TAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAG-GAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGGGTC
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
**** * * ** * *
414 ACTATAAATTTTTTTTTCTTATCAATAAATCACTTTTTCTTCACATTTCTCAA-GCTAGACACTT
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGC-AAACA-TT
* * * *
478 -AATTATAATCTCTTTTAACCCAAAATATAAGAAAAT-TCAACC
129 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCT-AACC
* * * * * *
520 AAAAAAT-AATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTACTAAGGCCTTTGAAGGAATGGGT
1 -TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGT
* * * * * * * * **
584 GACTATAATTGGACTCTTT-TTGCCAAGGAATGCCGTTTTCATCATGTTTCCCAATACAAACATT
65 GACTATAAATGGACT-TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATT
* * ** * * *
648 TAATTATAATCTGTTGTAATAAAAAATGTTAAACAAT-TCAACT
129 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCT-AACC
* * * *
691 TAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCTTAGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
* * * * * * * *
756 ATTATAAGTGGGCTTTTCTTACCAATGAACGGGTTTTTTTTCACATTTCTCAAAGCAAACATTCA
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCA
* * * * * *
821 ATTACAATTTGTTTCAACTAAAGATGTAAAAAATTC-AACC
131 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACC
* * *** * *
861 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCAAAAAATTGAGA
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA-TGGGT
* * * * * **
925 GACTATATATGGACTTTTC--ACGTCAAT-AGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGATG
65 GACTATAAATGGACTTTTCTTAC--CAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACA
* * * * * * * * *
987 TTCAAATATAATATATTTTCACCAAAAAAGTAAAATAATATAGCT
127 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACC
* * ** *
1032 TAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGTG-TTGGGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GCATGGGT
* * * * * *
1096 GACTATAAATGG-GTTGTTCTTGCCAATGAATTAG-TTTTTTTTCACATTTCTCGAGGCAAACAT
65 GACTATAAATGGACTT-TTCTTACCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACAT
* * * *
1159 TAAATTGTAATCTATTTTAACCAGAAATGT
128 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
1189 TAGAGGTTCT
Statistics
Matches: 790, Mismatches: 194, Indels: 50
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 107 0.14
170 201 0.25
171 466 0.59
172 11 0.01
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCA
ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACC
Found at i:972 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 1--2077 Score: 1695
Period size: 341 Copynumber: 6.2 Consensus size: 339
* * *
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTCGAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * ** ** ** *
66 CTTGGATAACTATAAATGGGCTTTTCCTAGAAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTCTTTAGGTA
66 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGAGTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCA
**
131 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACCTAACCTAAAATCAATTATGAG
131 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC-AAAATGTAAAAAATTC-AACCTAAAATCAATTATGAG
* * * *
196 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGC-AGGCATAG-GTGACTATAAATGGACT
194 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTT-CAAGGAATTGAGTGACTAT-AATGGACT
* * * *
259 TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCACAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTC
256 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* *
324 TAACTAAAAATATAAAAC-
321 TAACAAAAAATGTAAAACA
* * *
342 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAG-GAGTAATAAGACTTTCAAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * **** * * * *
406 CATGGGTCACTATAAATTTTTTTTTCTTATCAATAAATCACTTTTTCTTCACATTTCTCAA-GCT
66 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGAGTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGC-
* * * * *
470 AGACACTT-AATTATAATCTCTTTTAACCCAAAATATAAGAAAATTCAACCAAAAAAT-AATTAA
130 AAACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAA-CCAAAATGTAA-AAAATTCAACC-TAAAATCAATTAT
* * *
533 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTACTAAGGCCTTTGAAGGAA-TGGGTGACTATAATTGGA
191 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTTCAAGGAATTGAGTGACTATAA-TGGA
* * * * * * ** *
597 CTCTTT-TTGCCAAGGAATGCCGTTTTCATCATGTTTCCCAATACAAACATTTAATTATAATCTG
254 CT-TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTG
* * *
661 TTGTAATAAAAAATGTTAAACA
318 TTTTAACAAAAAATGTAAAACA
* * *
683 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * * *
748 CTTAGGTGATTATAAGTGGGCTTTTCTTACCAATGAACGGGTTTTTTTTCACATTTCTCAAAGCA
66 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGAGTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCA
* * * *
813 AACATTCAATTACAATTTGTTTCAACTAAAGATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
131 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA-ATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
** *
878 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAAATTGAGAGACTATATATGGACTTTT
195 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAGGAATTGAGTGACTATA-ATGGACTTTT
** * * * * * ** * * *
943 CACGTCAAT-AGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGATGTTCAAATATAATATATTTTC
259 CTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-
* *
1007 ACCAAAAAA-GTAAAATA
322 AACAAAAAATGTAAAACA
* * * *
1024 ATAT-AGCTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
1 AT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * *
1088 TG-TTGGGTGACTATAAATGGG-TTGTTCTTGCCAATGAATTAGTTTTTTTTCACATTTCTCGAG
65 -GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT-TTCTTACCAATGAATGAGTTTTTCTTCACATTTCTCAAG
* * * *
1151 GCAAACATTAAATTGTAATCTATTTTAACC---A-G----------------AAAT--GTTA-GA
128 GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* * * * **
1193 GGTTCTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA-TGAGTGGTTATAGATGGACT
193 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCAAGGAATTGAGTGACTATA-ATGGACT
*** * * ** * *
1257 TTTCTTGCCAATGAATATATTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGTCATTCAATGATAATCTTTTT
256 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* *
1322 TAACCAAAAATATAAAA-A
321 TAACAAAAAATGTAAAACA
* * * *
1340 TATTTAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGACA
1 -ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-A
* * * ** *
1405 -GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTAGTTTCTTTTTCATGTTTTTCAAG
64 GGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGAGTTT-TTCTTCACATTTCTCAAG
* *
1469 GCAAACATTTAATTATAATCT-TTTTAACCAAAACTGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAT
128 GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA-TGTAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTAT
* * * * * ** *
1533 GAGGTTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAATAATGCTTTTAAAGG-CTTGAGTGACCGTAAGTGGG
191 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCAAGGAATTGAGTGACTATAA-TGGA
* * *
1597 C--TT-TTG----T---TGG-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACGTTCAATTATAATCTGT
254 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
** * ** *
1651 TTTAATTAAAGATGTTTAA-T
319 TTTAACAAAAAATGTAAAACA
* * * * * * * **
1671 ATTCAAGTTAAAATTAATTTTAAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAACTTTCGAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* ** * * *
1736 CATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAAT-ACATTTTTCTTCACATTT-TCTGAGG
66 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGA-GTTTTTCTTCACATTTCTC-AAGG
* * * * *
1799 TAGACATTCAATTACAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAATATTC-ACATTAAAATCAATTAT
129 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CCAAAATGTAAAAA-ATTCAAC-CTAAAATCAATTAT
* * * * * * * * * *
1863 GGGATTAT-AAATCATTCAAAGCGAATGATAAGGCTTTCAA-CAGCTTGGGTGACAATAAATAGG
191 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAGGA-ATTGAGTGACTAT-AAT-GG
* * *
1926 -CTTTTTTTGCCAATGAATTAG-TTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCT
253 ACTTTTCTTGCCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
*
1989 GTTTTAACCAAAAATG-AAAACAA
317 GTTTTAACAAAAAATGTAAAAC-A
* * * * *
2012 ATTCAACTCAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTCAAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
2077 C
66 C
2078 ATGGATGANN
Statistics
Matches: 1388, Mismatches: 264, Indels: 168
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
316 10 0.01
317 204 0.15
318 46 0.03
320 5 0.00
322 1 0.00
328 7 0.01
329 64 0.05
330 130 0.09
331 57 0.04
332 4 0.00
335 1 0.00
336 2 0.00
337 1 0.00
339 13 0.01
340 291 0.21
341 403 0.29
342 147 0.11
343 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGAGTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCA
AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAGGAATTGAGTGACTATAATGGACTTTTCT
TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
AAAAATGTAAAACA
Found at i:1495 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1192--2070 Score: 839
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 170
1182 GAAATGTTAG
* * * * ** * *
1192 AGGTTCTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGGTTATAGATGGACT
1 AGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
** * *
1257 TTTCTTGCCAATGAATATATTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGTCATTCAATGATAATCTTTTT
66 TTTCTTGCCAATGAAT-TATTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* *
1322 TAACCAAAAATATAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATT
130 TAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATT
* *
1363 AGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGACA-GCTTGGGTGACTATAAATGGGC
1 AGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
* * * *
1427 TTTTCTTGCCAATGAATTAGTTTCTTTTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTTAATTATAATCT-T
65 TTTTCTTGCCAATGAATTA-TTT-TTCTTCACGTTTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGT
* *
1491 TTTAACCAAAACTGTAAAACA-ATTCAACTTAAAATCAATTATG
128 TTTAACCAAAAATGTAAAA-ATATTCAACTTAAAATCAATTATT
* * * * * ** *
1534 AGGTTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAATAATGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACCGTAAGTGGGCT
1 AGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
* * * *
1599 TTTGTTG-----G-----TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACGTTCAATTATAATCTGTTTT
66 TTTCTTGCCAATGAATTATTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
** * ** * *
1654 AATTAAAGATGT-TTAATATTCAAGTTAAAATTAATT-TT
131 AACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATT
* * ** * * **
1692 AAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAACTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAT
1 -AGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
* * * * *
1757 TTTTCTTGCCAATGAATACATTTTTCTTCAC-ATTTTCTGAGGTAGACATTCAATTACAATCTGT
65 TTTTCTTGCCAATGAAT-TATTTTTCTTCACGTTTTTC-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGT
*
1821 TTTAATCAAAAATGTAAAAATATTC-ACATTAAAATCAATTA-T
128 TTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAAC-TTAAAATCAATTATT
* * * * * * * * *
1863 GGGATTAT-AAATCATTCAAAGCGAATGATAAGGC-TTTCAACAGCTTGGGTGACAATAAATAGG
1 AGG-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCTTGGGTGACTATAAATGGG
* * * *
1926 CTTTTTTTGCCAATGAATTAGTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
64 CTTTTCTTGCCAATGAATTA-TTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGT
* *
1991 TTTAACCAAAAATG-AAAACAAATTCAACTCAAAATCAATT-TT
128 TTTAACCAAAAATGTAAAA-ATATTCAACTTAAAATCAATTATT
*
2033 GAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTT
1 -AGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
2071 CAAAGGCATG
Statistics
Matches: 569, Mismatches: 106, Indels: 65
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
158 2 0.00
159 110 0.19
160 15 0.03
164 1 0.00
166 1 0.00
169 13 0.02
170 170 0.30
171 221 0.39
172 36 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
TTTCTTGCCAATGAATTATTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
AACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATT
Found at i:1745 original size:159 final size:159
Alignment explanation
Indices: 1454--2080 Score: 365
Period size: 170 Copynumber: 3.8 Consensus size: 159
1444 TAGTTTCTTT
* *
1454 TTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTTAATTATAATCTTTTTAACCAAAACTGTAAAACAATTCAAC
1 TTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTTTTTAACCAAAACTGTAAAACAATTCAAC
* * ** * *
1519 TTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAATAATGCTTTTAAAGGCTTGAGT
66 TTAAAATCAATTATAAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAACTTTCAAAGGCATGAGT
1584 GACCGTAAGTGGGCTTTTGTTGGTTTTTC
131 GACCGTAAGTGGGCTTTTGTTGGTTTTTC
* * ** ** *
1613 TTCATGTTTCTCAAGGTAAACGTTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAGA-TGTTTAA-TATTCA
1 TTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCT-TTTTAACCAAA-ACTGTAAAACAATTCA
* * * * * *
1676 AGTTAAAATTAATTTTAAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAACTTTCGAAGGCATGG
64 ACTTAAAATCAATTATAAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAACTTTCAAAGGCATGA
** * ** *
1741 GTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATACATTTTTC
129 GTGACCGTAAGTGGGCTTTTGTTG-----G------TTTTTC
* * * * * *
1783 TTCACAT-TTTCT-GAGGTAGACATTCAATTACAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA-ATATT
1 TT--CATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCT-TTTTAACCAAAACTGTAAAACA-ATT
* * * * * * **
1845 C-ACATTAAAATCAATTAT-GGGATTAT-AAATCATTCAAAGCGAATGATAAGGCTTTCAACA-G
62 CAAC-TTAAAATCAATTATAAGG-TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAACTTTCAA-AGG
* * ** * * *
1906 CTTGGGTGACAATAAATAGGCTTTTTTTGCCAATGAATTAGTTTTTC
124 CATGAGTGACCGTAAGTGGGC----TTT-----TG--TTGGTTTTTC
* * *
1953 TTCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-AAAACAAATTCA
1 TTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCT-TTTTAACCAAAACTGTAAAAC-AATTCA
* * * * ***
2017 ACTCAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTCAAAGGCATG
64 ACTTAAAATCAATTATAAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAACTTTCAAAGGCATG
2081 GATGANNNNN
Statistics
Matches: 360, Mismatches: 69, Indels: 66
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
159 108 0.30
160 14 0.04
161 1 0.00
164 1 0.00
168 2 0.01
169 10 0.03
170 152 0.42
171 62 0.17
172 3 0.01
174 3 0.01
176 1 0.00
179 1 0.00
181 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (159 bp):
TTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTTTTTAACCAAAACTGTAAAACAATTCAAC
TTAAAATCAATTATAAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAACTTTCAAAGGCATGAGT
GACCGTAAGTGGGCTTTTGTTGGTTTTTC
Found at i:1938 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1607--2073 Score: 439
Period size: 170 Copynumber: 2.7 Consensus size: 171
1597 CTTTTGTTGG
* * * * * ** * *** *
1607 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACGTTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAGATGTTTA-AT
1 TTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAACAA
* * * * * * * * * ** *
1671 ATTCAAGTTAAAATTAATTTTAAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAACTTTCGAA-G
66 ATTCAACTCAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTCAAAGCGAATAATAAGGCTTTC-AACA
* *
1735 GCATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAA-TACA
130 GCTTGGGTGACAATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATTA-A
* * * *
1777 TTTTTCTTCACATTT-TCTGAGGTAGACATTCAATTACAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA-
1 TTTTTCTTCACGTTTCTC-GAGGCAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATG-AAAAC
* * * *
1840 ATATTC-ACATTAAAATCAATTATG-GGATTAT-AAATCATTCAAAGCGAATGATAAGGCTTTCA
64 AAATTCAAC-TCAAAATCAATTATGAGG-TTATAAAACCATTCAAAGCGAATAATAAGGCTTTCA
* *
1902 ACAGCTTGGGTGACAATAAATAGGCTTTTT-TTGCCAATGAATTAG
127 ACAGCTTGGGTGACAATAAAT-GGATTTTTCTTGCCAATGAATTAA
*
1947 TTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAACAA
1 TTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAACAA
* * * *
2012 ATTCAACTCAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTCAA
66 ATTCAACTCAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTCAAAGCGAATAATAAGGCTTTCAA
2074 AGGCATGGAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
169 8 0.03
170 171 0.70
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ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAACAA
ATTCAACTCAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTCAAAGCGAATAATAAGGCTTTCAACAG
CTTGGGTGACAATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATTAA
Found at i:2459 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 171
2164 NNNNNNNNNN
* * **
2174 TTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAACG
1 TTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACG
* * * * * * * ** *
2239 TGTAGTAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGTACTTTTCTTATCGATGAATGGCTTTT
66 AGTAATAAGGCTCTCAAAGGCATGGATAAATATAAATAAACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTT
* *
2304 TAT-TCAAGTTTCACGAGGCAGACAGTCAATTATAATCTATT
131 T-TCTCAAGTTTCACAAAGCAGACAGTCAATTATAATCTATT
* * * * *
2345 TTAACTAAAAATCTGAATAAATTTAA-TCAAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAAT
1 TTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAACT-AAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAAC
* *
2409 GAGTAATTAGGCTCTCGAAGGCATGGATAAATATAAATAAACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTT
65 GAGTAATAAGGCTCTCAAAGGCATGGATAAATATAAATAAACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTT
* * * *
2474 TTTCTCATGTTTCTCAAAGCAGACATTCAATTATAATCTGTT
130 TTTCTCAAGTTTCACAAAGCAGACAGTCAATTATAATCTATT
* * * * *
2516 TTAATTAAAAA--TAAAGAACAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGGTTACAAAATC-ATTTAAA
1 TTAACTAAAAATCTAAA-AA-AATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CAATTTAAA
** *
2578 GTGAGTGATAAGGCT
63 ACGAGTAATAAGGCT
2593 TTTGAGGGAA
Statistics
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0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 3 0.01
171 196 0.97
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ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACG
AGTAATAAGGCTCTCAAAGGCATGGATAAATATAAATAAACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTT
TTCTCAAGTTTCACAAAGCAGACAGTCAATTATAATCTATT
Found at i:4128 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3459--4752 Score: 1104
Period size: 171 Copynumber: 7.6 Consensus size: 169
3449 NNNNNNACTT
* * * * * *
3459 AATTATAATATCTTTTAGCCAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAA-AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * ** ** * * * * * * *
3524 AACCATTTAAAGTGAGTACTAAGACTTTTAAAGGAATGGGTGATTGTAATTAGACTCTTCTTGCC
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACC
* * * * * *
3589 AATGAATGGCTTT-TCATCATGTTTTTCAAGGTAAATATTC
130 AATGAATTGCTTTCT-TTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* * ** *
3629 AATTATAATCTGTTTCAACTAAAAATGTAAAACAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * * *
3694 AACTACTTAAAGGGAGTAATAAGAC-GTCTGAAGGCTTGGGTGACTATAAGTGGGCTTTTCTTAC
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * * * * * *
3758 CAATGAATGGGTTT-TTCTGTATGTTTCTCAAGGCAAACGTTC
129 CAATGAATTGCTTTCTT-T-CACGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * * *
3800 AATTACAATCTGTTTTAACCAAAGATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* ** *
3865 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTCGAAGGC-TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCACATC
66 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACC
* * * *
3929 AA-CAGATAGCTTT-TGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACGTTC
130 AATGA-ATTGCTTTCT--TTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* * ** * * * * *
3970 AAATATAATATACTTTAACAAAAAAAGTAAAAACATATAATTTAAAATCAGTTATGAGAATATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * *
4035 ATCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGGCTGTTCTTGCC
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACC
* * *
4100 AATGAATTGGTTTCGTTTCACATTTCTCAAGGTTA-ACATTG
130 AATGAATTGCTTTC-TTTCACGTTTCTCAAGG-TAGACATTC
* * * *
4141 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTTAAAAAATTTAACTTAAAATCGATTTTGAGTTTCTAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATG-TAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * *
4206 AACTATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTC-AAAG-TATGGGTGGCTATAAATGGACTTTGCTTG
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCT-TTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
* ** * *
4269 CCTATGAATACCTTTTTTTCACGTTT-TCTAAGGTAGGCATTC
128 CCAATGAATTGCTTTCTTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTC
* * * * * *
4311 AATTATAATCTATTTTAATC-AAAAATGTAAACAAATTCATCTTAAAATCAATTTTAAGGTTATA
1 AATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAA-AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
4375 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTCGAAGGC-ATGGATGACTATAAAAGGACTTTTCTTA
64 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTTGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTA
* * *
4439 CCAATGAA-TGCCTTTCTTTTTACGTTT-TGCAAGGTAAACATTT
128 CCAATGAATTG-CTTTC-TTTCACGTTTCT-CAAGGTAGACATTC
* *
4482 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * ** * * * **
4547 AACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGTC
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACC
* * ** *
4612 AATGAATGGCTTTTCTTTCATGTTTCTTGAGGTAGACAGTC
130 AATGAATTGC-TTTCTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * * *
4653 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATCTGAAAACATTTAACCTAAGATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
4718 AACAATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGC
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
4753 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 912, Mismatches: 178, Indels: 67
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 20 0.02
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173 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCA
ATGAATTGCTTTCTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTC
Found at i:4128 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 3459--4752 Score: 1259
Period size: 341 Copynumber: 3.8 Consensus size: 339
3449 NNNNNNACTT
* * * *
3459 AATTATAATATCTTTTAGCCAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * * * * * * *
3524 AACCATTTAAAGTGAGTACTAAGACTTT-TAAAGGAATGGGTGATTGTAATTAGACTCTTCTTGC
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCGT
* * * * * * * *
3588 CAATGAATGGCTTTTCATCATGTTTTTCAAGGTAAATATTCAATTATAATCTGTTTCAACTAAAA
129 CAAAGAATAGCTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAA
* * * *
3653 ATGT-AAAACA-ATCCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTACTTAAAGGGAGTAATAA
194 ATGTAAAAACATAT--AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * *
3716 GAC-GTCTGAAGGCTTGGGTGACTATAAGTGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGGTTT-TTCTGTA
257 GGCTTTC-GAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATTGGTTTCTT-T-TA
* * *
3779 TGTTTCTCAAGGCAAACGTTC
319 CGTTTCTCAAGGTAAACATTC
* * *
3800 AATTACAATCTGTTTTAACCAAAGATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * ** * *
3865 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCACATCA
66 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCGTCA
* * * * *
3930 ACAG-ATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACGTTCAAATATAATATACTTTAACAAAAA
131 A-AGAATAGCTTTT-CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAA
* * * * *
3994 AAGTAAAAACATATAATTTAAAATCAGTTATGAGAATATAAATCCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
194 ATGTAAAAACATATAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * *
4059 CTTTCGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGGCTGTTCTTGCCAATGAATTGGTTTCGTTTCACATT
259 CTTTCGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATTGGTTTC-TTTTACGTT
* *
4124 TCTCAAGGTTAACATTG
323 TCTCAAGGTAAACATTC
* * * * * *
4141 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTTAAAAAATTTAACTTAAAATCGATTTTGAGTTTCTAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * * *
4206 AACTATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTC-AAAGTATGGGTGGCTATAAATGGACTTTGCTTGC
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCGT
* * * * * *
4270 CTATGAATACCTTTTTTTCACGTTT-TCTAAGGTAGGCATTCAATTATAATCTATTTTAA-TCAA
129 CAAAGAATAGCTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AA
* * * *
4333 AAATGTAAACAA-AT-TCATCTTAAAATCAATTTTAAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
192 AAATGTAAA-AACATAT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
4396 AGGGCTTTCGAAGGC-ATGGATGACTATAAAAGGACTTTTCTTACCAATGAA-TGCCTTTCTTTT
255 AAGGCTTTCGAAGGCTTTGG-TGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATTG-GTTTC-TTT
*
4459 TACGTTT-TGCAAGGTAAACATTT
317 TACGTTTCT-CAAGGTAAACATTC
* * *
4482 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
4547 AACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-AGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGT
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTCGT
* * ** * *
4611 CAATGAATGGCTTTTCTTTCATGTTTCTTGAGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
129 CAAAGAATAGCTTTTC-TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAA
* * * * * * *
4676 AATCTGAAAACATTTAACCTAAGATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATTAG
193 AATGTAAAAACATATAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
*
4741 GCTTTTGAAGGC
258 GCTTTCGAAGGC
4753 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 773, Mismatches: 154, Indels: 51
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 100 0.13
341 465 0.60
342 197 0.25
343 11 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCGTCA
AAGAATAGCTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAT
GTAAAAACATATAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
TTCGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATTGGTTTCTTTTACGTTTCT
CAAGGTAAACATTC
Found at i:4433 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 3462--4746 Score: 1218
Period size: 512 Copynumber: 2.5 Consensus size: 510
3452 NNNACTTAAT
* * * * * * *
3462 TATAATAT-CTTTTAGCCAAAAATGTAAGAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAA
1 TATAATATAC-TTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATAT-AACTAAAAATCAATTATGAGAATATAAA
* * * * * * * * *
3525 ACCATTTAAAGTGAGTACTAAGACTTT-TAAAGGAATGGGTGATTGT-AATTAGACTCTTCTTGC
64 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GAATAGGTGACTATAAATGA-ACTGTTCTTGC
* ** * * * * * *
3588 CAATGAATGGCTTT-TCATCATGTTTTTCAAGGTAAATATTCAATTATAATCTGTTTCAACTAAA
127 CAATGAATGGCTTTCT-TTCACATTTCTCAAGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAA
* ** * * * * *
3652 AATGT-AAAACAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTACTTAAAGGGAGTAATAA
191 AATCTGAAAA-AATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * * * * * * ***
3716 GACGTCTGAAGGCT-TGGGTGACTATAAGTGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGGTTTTTCTGT-A
255 GGCTTTTCAAAG-TATGGGTGGCTATAAATGGACTTTGCTTGCCTATGAATACCTTTTT-T-TCA
* * ** * * *
3779 TG-TTTCTCAAGGCAAACGTTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAGATATAAAAAATTCAACTTA
317 CGTTTTCT-AAGGTAGGCATTCAATTACAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTA
* *
3843 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTCGAAGGCTTGAGTGAC
381 AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTCGAAGGCTGGAGTGAC
* * * * *
3908 TATAAATGGACTTTTCACATCAACAG-ATAG-CTTT-TGCTTCATGTTTCT-CAAGGTAGACGTT
446 TATAAAAGGACTTTTCACACCAA-AGAAT-GCCTTTCT-CTTCACGTTT-TGCAAGGTAAACATT
3969 CAAA
507 CAAA
* * * * *
3973 TATAATATACTTTAACAAAAAAAGTAAAAACATATAATTTAAAATCAGTTATGAGAATATAAATC
1 TATAATATACTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATATAACTAAAAATCAATTATGAGAATATAAAAC
* ** * **
4038 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGGCTGTTCTTGCCAAT
66 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATAGGTGACTATAAATGAACTGTTCTTGCCAAT
* *
4103 GAATTGG-TTTCGTTTCACATTTCTCAAGGTTA-ACATTGAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAA
131 GAA-TGGCTTTC-TTTCACATTTCTCAAGG-TAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAA
* * * * * * * * *
4166 TGTTAAAAAATTTAACTTAAAATCGATTTTGAGTTTCTAAAACTATTTAAAGCGGGTAATAAGGC
193 TCTGAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
4231 TTTTCAAAGTATGGGTGGCTATAAATGGACTTTGCTTGCCTATGAATACCTTTTTTTCACGTTTT
258 TTTTCAAAGTATGGGTGGCTATAAATGGACTTTGCTTGCCTATGAATACCTTTTTTTCACGTTTT
* * * *
4296 CTAAGGTAGGCATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAACAAATTCATCTTAAAATCA
323 CTAAGGTAGGCATTCAATTACAATCTATTTTAACCAAAAATATAAA-AAATTCAACTTAAAATCA
* *
4361 ATTTTAAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AGGGCTTTCGAAGGCATGGA-TGACTATA
387 ATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGG-TTTCGAAGGC-TGGAGTGACTATA
** * * * * *
4424 AAAGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTCTTTTTACGTTTTGCAAGGTAAACATTTAAT
450 AAAGGACTTTTCACACCAAAGAATGCCTTTCTCTTCACGTTTTGCAAGGTAAACATTCAAA
* ** * * * *
4485 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
1 TATAATATACTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATATAACTAAAAATCAATTATGAGAATATAAAAC
* * * * *
4550 CTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGTCAAT
66 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATAGGTGACTATAAATGAACTGTTCTTGCCAAT
** ** *
4615 GAATGGCTTTTCTTTCATGTTTCTTGAGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATC
131 GAATGGC-TTTCTTTCACATTTCTCAAGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATC
* * *
4680 TGAAAACATTTAACCTAAGATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTT
195 TGAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
4745 TT
260 TT
4747 GAAGGCNNNN
Statistics
Matches: 628, Mismatches: 124, Indels: 43
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 1 0.00
511 152 0.24
512 460 0.73
513 15 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (510 bp):
TATAATATACTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATATAACTAAAAATCAATTATGAGAATATAAAAC
CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATAGGTGACTATAAATGAACTGTTCTTGCCAAT
GAATGGCTTTCTTTCACATTTCTCAAGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATCT
GAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
TCAAAGTATGGGTGGCTATAAATGGACTTTGCTTGCCTATGAATACCTTTTTTTCACGTTTTCTA
AGGTAGGCATTCAATTACAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
TAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTCGAAGGCTGGAGTGACTATAAAAGGA
CTTTTCACACCAAAGAATGCCTTTCTCTTCACGTTTTGCAAGGTAAACATTCAAA
Found at i:5359 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5033--6725 Score: 1379
Period size: 171 Copynumber: 9.9 Consensus size: 170
5023 NNNNNNNNNN
* * * * *
5033 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGGATGACCATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * * ***
5098 TGGGCTTTT-TCT-ACAAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTGGGGCAAACATTCAATTATA
66 TGGACTTTTCT-TGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTTATATTTCTCAAGGC-AACATTCAATTATA
* * *
5161 ATCTTTTTTAGCCAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCA
128 ATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCA
* *
5204 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATATA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAA
*** * * * * * *
5269 TGGACTTTTCACATCAAT-AGATGGCTCTTGCTTTACATTTCTCAAGGTAGACTTTCAAATATAA
66 TGGACTTTTCTTGTCAATGA-ATGGCTTTTTCTTTATATTTCTCAAGGCA-ACATTCAATTATAA
* *
5333 TATATTTTAATCTAAAAA-GTAAAACAATAT-AACTTAAAATCA
129 TCTATTTTAA-CTAAAAATGTAAAACAAT-TCAACCTAAAATCA
* *
5375 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * ** * * * * *
5440 TGGGCTGTTCTTGCCAATGAATTGG-TTTCCCTTCATGTTTCTCGAGGCAAATATTGAATTATAA
66 TGGACTTTTCTTGTCAATGAA-TGGCTTTTTCTTTATATTTCTCAAGGC-AACATTCAATTATAA
* * * *
5504 TCTATTTTAA-TAAAAAATGT-TAACAAATTTAACTTAAAATCC
129 TCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAC-AATTCAACCTAAAATCA
* * * * * * * * *
5546 ATTTTAAGGTTCTAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGGCCATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* ** * * ** * **
5611 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTATTTCTTCACGTTTTTCAAGGTTGACATTCAATTATAAT
66 TGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTATATTTCTCAAGG-CAACATTCAATTATAAT
* * * *
5676 CTGTTTTAACCAAAAATGT-AAACAAATTC-AGCTGAAATTCA
130 CTATTTTAACTAAAAATGTAAAAC-AATTCAACCT-AAAATCA
* * * * ***
5717 ATTTTGAGGTTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTTGAAGGCATAAATGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * * *
5782 TTGACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTCTT-TTTATGTTT-TGCAAGGTAGACATTCAATTATG
66 TGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTT-TTCTTTATATTTCT-CAAGGCA-ACATTCAATTATA
*
5845 ATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAAAAATCA
128 ATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCT-AAAATCA
* * **
5888 ATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGGAGAAATGGGT--C-ATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * *
5950 TGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGCAAGCAGTCAATTATAAT
66 TGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTATATTTCTCAAGGCAA-CATTCAATTATAAT
* * * * *
6015 CTATTTTAAATAAAAATCTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
130 CTATTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCA
* * * ** *
6056 ATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATTAA-GTTTTTGAAGGCATAAGTAACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAA
* * * * *
6120 ATGGAATTTTCTTGTCAATGAATAGATTTTTCTTTATATTTCTTAAGACAAACATTCAATTATAA
65 ATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTATATTTCTCAAGGC-AACATTCAATTATAA
* ** ** * * * * *
6185 TTTGGTCAAACCAAAAATGAAAAACAGTTCAACTTAAATTCA
129 TCTATTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCA
* * * * * * * * *
6227 ATTATTAGGTTACAAAACCACTTAAAGTGAGTGATAAGACTTTT-AAGGGAATGGGTGACTGTAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCATGGGTGACTATAA
* * * * ** * * *
6291 CTGAACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTCTCCATGTTT-TCCAAGGCAAATATTCAATTACA
65 ATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTATATTTCT-CAAGGC-AACATTCAATTATA
* *
6354 ATCTGTTTTAACTAAAAAGGTAAAA-ACATTCAACCTAAAATCA
128 ATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAACA-ATTCAACCTAAAATCA
* * *
6397 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * * * * * * *
6462 TGGGCCTTTCCTCTAAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTC-CTGAGGCAAACATTCAATTAGAA
66 TGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTATATTTCTC-AAGGC-AACATTCAATTATAA
* * * *
6526 TCTGTCTTAA-TCACAAATGTAAAA-AATTCAACCTTAAATCA
129 TCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCA
* * * * * *
6567 ATTATGAGATTAAAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT--GTGACTGTAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* ** * * * * * * *
6630 TGGATTTTTCTTACCAACGAATGCCTTTTTCTCTATGTTTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAGT
66 TGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTATATTTCTCAAGG-CAACATTCAATTATAAT
* *
6695 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-ATATTCAA
130 CTATTTTAACTAAAAATGTAAAACA-ATTCAA
6726 NNNNNNNNNN
Statistics
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAA
TGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTATATTTCTCAAGGCAACATTCAATTATAATC
TATTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCA
Found at i:6226 original size:510 final size:506
Alignment explanation
Indices: 5033--6725 Score: 1640
Period size: 510 Copynumber: 3.3 Consensus size: 506
5023 NNNNNNNNNN
* * * * ** *
5033 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGACTTTCGAAGGC-TTGGATGACCATA
1 ATTATAAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATTAAGGCTTTTGAAAGCATAAG-TAACCATA
** * * * * **
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* * * * * *
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128 AAT-TTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAC-ATTCAACTTAAATTCAATTTTGAGGTTATAAAACCA
* * **
5224 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATATATGGACTTTTCACATCAAT-A
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* * * * *
5288 GATGGCTCTTGCTTTACAT-TTCTCAAGGTAGACTTTCAAATATAATATATTTTAATCTAAAAAG
256 -AT-GC-CTTTCTTTACATGTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CTAAAAAG
* *
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* * **
5416 TTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTGTTCTTGCCAATGAATTGGTTTCCCTTCATGTTTC
380 TTCGAAGGCTTGGGT-ACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAA-TGGTTTTTCTTCATGTTTC
* * * *
5481 TCGAGGCAAATATTGAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTTAACAAATTTAACTTAAAATCC
443 TCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATG-TAAAAAATTTAACTTAAAATCA
* * * * ** **
5546 ATTTTAAGGTTCTAAAACTATTTAAAGCGAATAA-TAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGGCCATAA
1 ATTATAAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATTAAGGCTTTTGAAAGCATAAGTAACCATAA
* ** * * ***
5610 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTATTTCTTCACGTTT-TTCAAGGTTGACATTCAATTATA
65 ATGGAATTTTCTTGCCAATGAATAGATTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGCAAACATTCAATTATA
* * * *
5674 ATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAACAA-ATTCAGCTGAAATTCAATTTTGAGGTTATAAAACAAT
129 ATTTGTTTTAACCAAAAATG-AAA-AACATTCAACTTAAATTCAATTTTGAGGTTATAAAACCAT
* **
5738 TTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTTGAAGGCATAAATGACTATAAATTGACTTTTCTTATCAATGAA
192 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTATCAATGAA
** *
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*
5868 AAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
320 AAAAATTCAACT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
* *** ** *
5933 GAGAAATGGGT-C-ATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTTTTCTTCATATTTCTCGAG
384 AAGGCTTGGGTACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGG-TTTTTCTTCATGTTTCTCGAG
* * *
5996 GCAAGCAGTCAATTATAATCTATTTTAA-ATAAAAATCTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
448 GCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATA-AAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCA
* * *
6056 ATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATTAA-GTTTTTGAAGGCATAAGTAACTATAA
1 ATTATAAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATTAAGGCTTTTGAAAGCATAAGTAACCATAA
* * * *
6120 ATGGAATTTTCTTGTCAATGAATAGATTTTTCTTTATATTTCTTAAGACAAACATTCAATTATAA
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* ** * *
6185 TTTGGTCAAACCAAAAATGAAAAACAGTTCAACTTAAATTCAATTATT-AGGTTACAAAACCACT
130 TTTGTTTTAACCAAAAATGAAAAACA-TTCAACTTAAATTCAATT-TTGAGGTTATAAAACCATT
* * * * * * * **
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193 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCATAGGTGACTATAAATTG-ACTTTTCTTATCAATGA
* * * * * * *
6312 ATGCCTTT-TCTCCATGTTTTCCAAGGCAAATATTCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAAAGGTA
256 ATGCCTTTCTTTACATGTTTT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAA-GTA
*
6376 AAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
319 AAAAAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * *
6440 CGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCCTTTCCTCTAAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTC-C
382 CGAAGGCTTGGGT-ACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGG-TTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * * * *
6504 TGAGGCAAACATTCAATTAGAATCTGTCTTAATCACAAATGTAAAAAATTCAACCTT-AAATCA
445 -GAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTTAA-CTTAAAATCA
* * * * * **
6567 ATTATGAGATTAAAAAATCATTTAAAGTGAGTAA-TAAGGCTTTTGAAAG-A-ATGTGACTGTAA
1 ATTATAAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATTAAGGCTTTTGAAAGCATAAGTAACCATAA
* * * * *
6629 ATGGATTTTTCTTACCAACGAAT-GCCTTTTTC-TCTATGTTT-TTCAAGGTAAACATTCAATTA
65 ATGGAATTTTCTTGCCAATGAATAG-ATTTTTCTTC-ATGTTTCTT-AAGGCAAACATTCAATTA
* * *
6691 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAA
127 TAATTTGTTTTAACCAAAAATG-AAAAACATTCAA
6726 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (506 bp):
ATTATAAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATTAAGGCTTTTGAAAGCATAAGTAACCATAAA
TGGAATTTTCTTGCCAATGAATAGATTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAAT
TTGTTTTAACCAAAAATGAAAAACATTCAACTTAAATTCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAA
AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTATCAATGAATGCC
TTTCTTTACATGTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAGTAAAAAAAT
TCAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
GGGTACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACAT
TCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCA
Found at i:7821 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7301--9123 Score: 1625
Period size: 171 Copynumber: 10.7 Consensus size: 169
7291 NNNNNNNNNN
* * *
7301 TGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCA---TTTCTCAAGGAAAACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGCTTTTTCTTCACGTTTTCT-AAGGCAAACAT
* * * *
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* * * * *
7427 TAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTAAAAGCTTGGG
127 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
* * * *
7470 TGACTATAAGTGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCACG-TTTCTCAAAGCAAACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTTCT-AAGGCAAACAT
** * * * ** * * * *
7534 TTTATTATAATCTATTTTAACCAAATATGTTTAATATTCAAGTTAACATCAATTTTGAGGTTATA
64 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATA
* * *
7599 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGG
129 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
* * * * * *
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1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACATT
* * *
7705 CAATTACAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTC-GCATTAAAATCAATTATG-GGATTA
65 CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAAC-TTAAAATCAATTATGAGG-TTA
* * * *
7768 TAAAACTATTGAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCGACA-GCTTGGG
127 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGCATGGG
* * * * * *
7811 TAACTATAAAT-GAGCTTTTCTTGTCAATGAATTGATTTTTGTTCATG-TTTCTTGAGGCAAACA
1 TGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAA-TGCTTTTTCTTCACGTTTTC-TAAGGCAAACA
* * *
7874 TTCAATTATAA-CTTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAACAAATTTAACTGAAAATCAATTTTGAGGT
63 TTCAATTATAATC-TGTTTTAACT-AAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGT
* * * *
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125 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGCATGGG
* * ** * * * *
7982 CGATTATAAATAAACTTTTCCTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTTGTGAGGCAGACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACATT
* * ** * *
8047 CAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACGAAAAATTAATTATGAGATTATA
65 CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATA
* * *
8112 AAACCT-TTTAAAGCGTGTAGTAAGGCTTTTGAAGGTATGGG
129 AAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
* ** * * * * *
8153 TGACTATAAATGTACTTTTCTTATCAATGAATAGCTTTTTCTTTA-ATTTTCTAGAGGTAGACAG
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTTCTA-AGGCAAACAT
* * * * **
8217 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATTTAAAAAATTTAAAC-TAAAATCGATTATGACATTAT
64 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAT
* * * * * *
8281 AAAACAATTTAAAGCAACTAATTAGGCTTTTGAAGACATGTG
128 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
*** * * * * * * *
8323 TTTGTATAAAAGGACTTTTCTTGTCAATGAGTGGCTTTCTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACATT
* * *
8388 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAT-TAGAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGG-T-T
65 CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAT
* * * * * * *
8450 ACAACTAATTAAAGTGACTGATAAGACTTTTG-AGGAAATGGG
128 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-CATGGG
* * * * * * * *
8492 TGACTGTAATTGAACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTCCATGTTTTCCAAGGAAAACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACATT
* *
8557 CAATTACAATCTGTTTTAAC-ACAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
65 CAATTATAATCTGTTTTAACTA-AAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAT
* * * * *
8621 AAAATTATTTAAAGCAAGTAATAA-GATTTTCGAAGGCTTGGA
128 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGGG
* * * * * * * *
8663 TAACTATAAATGGGCTTTTCCTT-CAAATGAATGGGTTTTTCTTTATGTTTCCTGAGGCAAACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTT-CTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACAT
8727 TCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTA
64 TCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTA
* * *
8791 TAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGCTTGAG
127 TAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
* * * *
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1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGCTTTTTCTTCACGTTTTCT-AAGGCAAACAT
* * * * *
8898 TCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAGATATAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTTTGAGGTTATA
64 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATA
* *
8963 AAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG
129 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
* * * * *
9004 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATATG-TTTTTCTTCACATTTTCTATGGTAGACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GA-ATGCTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACAT
* * *
9068 TCAATTACAATATGTTTTAA-TGAAGAATGTAAAAAAATTC-ACATTAAAATCAATTA
64 TCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAATTCAAC-TTAAAATCAATTA
9124 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1350, Mismatches: 241, Indels: 124
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
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ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACATTC
AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAA
ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
Found at i:8755 original size:681 final size:677
Alignment explanation
Indices: 7303--9123 Score: 1966
Period size: 681 Copynumber: 2.7 Consensus size: 677
7293 NNNNNNNNTG
* * * *
7303 ACTATAAATGGGCTTTT-CTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCA-TTTCTCAAGGAAAACATTTA
1 ACTATAAATGGGCTTTTCCTT-CCAATGAATGGGTTTTTCTTCAGTTTCT-GAGGCAAACATTCA
* * *
7366 ATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAACAGTTCAACTCAAAATCAATTATGAGGTTATAAA
64 ATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAACAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGGTTATAAA
* * * *
7431 ACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTAAAAGCTTGGGTGACTATAAGTGGGCTTTTCTTGCCA
128 ACT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGTTGGGTGACTATAAGTGGGCTTTTCTTGCCA
* * * * ** * *
7496 ATGAATGGGTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGCAAACATTTTATTATAATCTATTTTAACCAAATA
191 ATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAA
* * * *
7561 TGTT-TAATATTCAAGTTAACATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
256 T-TTAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * *
7625 TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTT
320 TTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATACTTTTCTCTTCACGTTT
* * * * * *
7690 TCTAGGGTAGACTTTCAATTACAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCGCATTAAAATC
385 TCCAAGGCAGACATTCAATTACAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCACATTAAAATC
* * * **
7755 AATTATGGGATTATAAAACTATTGAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCGACAGCTTGGGTAACTATAA
450 AATTATAGGA-TATAAAACTATTGAAAGCGACTGATAAGACTTTCGACAGAATGGGTAACTATAA
* ** * * ** * *
7820 ATGAGCTTTTCTTGTCAATGAATTGATTTTTGTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAA
514 ATGAACTTTTCTTACCAATGAATTGATTTTTCTCCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTACAA
* * * * *
7885 CTTGTTTTAATAAAAAATGTAAACAAATTTAACTGAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTT
579 CTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * *
7950 AAAACGAGTAATAGGACTTTCGAAGGCATGGACG
644 AAAACAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGACA
* *** * ** * *
7984 ATTATAAATAAACTTTTCCTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTTGTGAGGCAGACATTCA
1 ACTATAAATGGGCTTTTCCTTCCAATGAATGGGTTTTTCTTCA-G-TTTCTGAGGCAAACATTCA
* * * * * *
8049 ATTATGATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACGAAAAATTAATTATGAGATTATAAA
64 ATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAACAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGGTTATAAA
* * * ** **
8114 ACCTTTTAAAGCGTGTAGTAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGTACTTTTCTTATCA
128 A-CTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT-TGGGTGACTATAAGTGGGCTTTTCTTGCCA
* ** * *
8179 ATGAATAGCTTTTTCTTTAATTTTCT-AGAGGTAGACAGTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAA
191 ATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTCA-AGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAA
* ** * * ** ** * *
8243 ATTTAAAAAATTTAAACTAAAATCGATTATGACATTATAAAACAATTTAAAGCAACTAATTAGGC
255 ATTTAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * *** * * * * *
8308 TTTTGAAGACATGTGTTTGTATAAAAGGACTTTTCTTGTCAATGAGTGGC-TTTCTCTTCATGTT
320 TTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAAT-ACTTTTCTCTTCACGTT
*
8372 TTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAT-TAGAAACA-ATTCA-ACTTAA
384 TTCCAAGGCAGACATTCAATTACAATCTATTTTAACCAAAAATGTA-AAA-ATATTCACA-TTAA
* * * * *
8434 AATCAATTATCAGG-T-TACAACTAATT-AAAGTGACTGATAAGACTTTTGA-GGAAATGGGTGA
446 AATCAATTAT-AGGATATAAAACT-ATTGAAAGCGACTGATAAGACTTTCGACAG-AATGGGTAA
* * *
8495 CTGTAATTGAACTTTTCTTACCAATGAA-TGCCTTTTTCTCCATGTTT-TCCAAGGAAAACATTC
508 CTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATTG-ATTTTTCTCCATGTTTCT-CAAGGAAAACATTC
* *
8558 AATTACAA-TCTGTTTTAACACAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
571 AATTACAACT-TGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATA
** * * * *
8622 AAATTATTTAAAGCAAGTAATAAGATTTTCGAAGGCTTGGATA
635 AAACCATTTAAAACAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGACA
* *
8665 ACTATAAATGGGCTTTTCCTTCAAATGAATGGGTTTTTCTTTATGTTTCCTGAGGCAAACATTCA
1 ACTATAAATGGGCTTTTCCTTCCAATGAATGGGTTTTTCTTCA-GTTT-CTGAGGCAAACATTCA
*
8730 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAA
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* * *
8795 ATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAGTGGGCTTTTCTTGCCA
128 A-CTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TTGGGTGACTATAAGTGGGCTTTTCTTGCCA
* * *
8860 ATGAATTA-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAG
191 ATGAA-TAGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAA
* *
8924 ATATAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
255 ATTTAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * * *
8989 TTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATA-TGTTTTTCTTCACATT
320 TTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATACT-TTTCTCTTCACGTT
* * * * * ** * *
9053 TTCTATGGTAGACATTCAATTACAATATGTTTTAATGAAGAATGTAAAAAAATTCACATTAAAAT
384 TTCCAAGGCAGACATTCAATTACAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCACATTAAAAT
9118 CAATTA
449 CAATTA
9124 NNNNNNNNNN
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TATAATCTGTTTTAATAAAAATGTAAAACAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACT
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTGGGTGACTATAAGTGGGCTTTTCTTGCCAATGAA
TAGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATTTAA
AAAATTCAAGTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATACTTTTCTCTTCACGTTTTCCAAG
GCAGACATTCAATTACAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCACATTAAAATCAATTAT
AGGATATAAAACTATTGAAAGCGACTGATAAGACTTTCGACAGAATGGGTAACTATAAATGAACT
TTTCTTACCAATGAATTGATTTTTCTCCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTACAACTTGTTT
TAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAA
GTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGACA
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9960 NNNNGGTGAC
* *
9970 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCATAAGGCAGACAATCAAT
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* * *
10035 TATAAATAGACTTTGCTTACCAATGGATGCCTTTTTTTTCACGTTTCATAAGGCAGACAATCAAT
1 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTTTTCACGTTTCATAAGGCAGACAATCAAT
* *
10100 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTTTTCATGTTT
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10146 TGCAAGGCAA
Statistics
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10090 GACAATCAAT
** * * * *
10100 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTTTTCATGTTTTGCAAGGCAAACATTCAAT
1 TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGAC-TTTTTTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAAT
* * *
10165 TATGATCTGTCTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAAAAATCAATCATGAGATTATAAAA
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* ********** *
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* *
10271 TAT-AATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACAGTCAAT
1 TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTT-TTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAAT
* * * *
10335 TATAATCTATTCTAACAAAAAATCTGAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
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*
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* * * *
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* ** * * * * * *
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** * *
10570 TTTAAAGTAAGTGATAAGGCTTTT-AAGGGAATGGGT-GAC
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* * * * * * * ** *
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1 TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTT-TCATGTTTTTC-AAGGTAGACATTCAA
* * * * * *
10673 TTACCATATGT-TTTAAGAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
64 TTA-TA-ATCTATTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATCATGAGATTA
10733 NNNNNNNNNN
Statistics
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TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATT
ATAATCTATTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACAAT
TTAAAGCGAGTGATTAGGCTTTTGAACGAATGGGTAGC
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10241 NNNNNNNNNN
10251 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT
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* * * * *
10316 TTCAAGGTAGACAGTCAATTATAATCTATTCTAACAAAAAATCTGAAAAAATTTAACCTAAAATC
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* * * *
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* * * *
10421 CTTTTGAACGCATGGGT-AGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGAGTTTTTTTCATGTT
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* * *
10485 TCTCAAGATAGACATTCAACTATAATCTATTTTAACAAAAAA-TAAAAAAATTTAATTTAAAATT
64 T-TCAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATTAAAAAAATTTAACTTAAAATC
* * *
10549 AATTATCAGGTTACAAAACCATTTAAAGTAAGTGATAAGG
128 AATTATCAGATTACAAAACAATTTAAAGCAAGTGATAAGG
* * * * *
10589 CTTTT-AAGGGAATGGGTGACTGTAATTGAACTTTTCATGCCAATGAATGCCTTTTTTGCCATGT
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* * ** * * * *
10653 TTTCTAAGACAAACATTCAATTACCATATGTTTTAAGAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
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*
10718 TCAATTATGAGATTA
126 TCAATTATCAGATTA
10733 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 41, Indels: 19
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CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTTTCATGTTTT
CAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
TATCAGATTACAAAACAATTTAAAGCAAGTGATAAGG
Found at i:11607 original size:171 final size:170
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11309 NNNNNNNNNN
* * *
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1 AAAAATGTAAAAAAATTTCAACT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTA
* ** * *
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* * * * * *
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* * ** * **
11490 AAAAATGTAAAAAAATTTAAACTAAAATCGATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGTGTTTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTTCAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
11555 TAGGCTTTTAAAAGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
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* * * *
11620 TGTTTCCCAAGGCAGACATTCAACTATAATTTGTTTTAA-T
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* * * * *
11660 CAGAAAT-TAAAAACAA-TTCAACTTAAAATCAATTATCAG-GT-TACAACCATTTAAAGTGAGT
1 -AAAAATGTAAAAA-AATTTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * ** * *
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* * *** * * *
11785 TCCATGTTTTCAAAAAAAAAACGTTTAATTAAAATCTGTTTTAAC-
127 TTCATG-TTTC-TAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * * * * * **
11830 ACAATATGTAAAAACATTT-AATTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTA
1 A-AAAATGTAAAAAAATTTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * * *
11894 ATAAGACTTTCGAAGGCTTGGATGACCT-CAAATGGACTTTTCCTGCAAATGAATGGGTTTTTCT
64 ATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCT
* * * *
11958 TCATATTTCCTAAGGCAAATATTCCATTATAATATGTTTTAACT
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* * * *
12002 AAAAAT-AAAAAAAATCT-AACCTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
*** ** * *
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* * * *
12130 ACGTTTCACAAGGCAAACAATCAATTATAATAT-TTTCTAAC-
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* * * * *
12171 CAAAA-GT-ATAAAATATTCAACTTAAAATTAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
1 AAAAATGTAAAAAAAT-TTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * *** * **
12234 ATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTATTAATAAAAT-TTTTTTTCT
64 ATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GAATGGCTTTTTCT
* * * * * * *
12298 TTACGTTTCTCAAGGTAGACACTT-AATTCTAATCTCTTTTAACC
128 TCATGTTTCT-AAGGCAAACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* *
12342 AAAAATGTAAGAAAATTT-AACCTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * * * *
12406 TAAAGCTTTTGAAAGAATGGGTGATTGTAATTGGACTCTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCATC
65 TAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTC
* * *
12471 ACGTTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATT
130 ATG-TTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * *
12513 AAAAATGTAAAACAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAC
1 AAAAATGTAAAAAAATTTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * *
12577 TAAGGCTTTTAAAGGCTTGGATGACTATAAGT-GAGTTTTTGCTTACCAATGAATGGGTCTTTT-
65 TAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTT-CTTGCCAATGAATGGCT-TTTTC
* * * ** * * *
12640 TTCACGTTTCTCATGGAAAATGTTCAATTACAATCTGTTTGAACC
127 TTCATGTTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * * ** *
12685 AAAGATGT-AAACAA-TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCAAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* ** **** *
12748 TAAGGCTTTCGAAGG-ATTGAATGACTATAAATGGACTTTTCACATCAAT-AGATGGCTTTTGCT
65 TAAGGCTTTTGAAGGCA-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCT
* * * * * *
12811 TCATGTTTCTCAAGGTAGATATTCAAATATAATATATTTTAA-T
128 TCATGTTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * * * * * * *
12854 CAAAAAAGTAAAAAAATAT-AATTTAAAATCAATTTTAAGGTTATAAAATCAGTTAAAGCGAGTA
1 -AAAAATGTAAAAAAATTTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* ** * *
12918 ATAAGGCCTTTGAAGGC-TCGTATGACTATAAGTGGGCTTTTCTTGCCAATGAACTGG-TTTTTC
64 ATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGGCTTTTTC
* * * *
12981 TTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTACAATCT-TTTTCAATT
127 TTCATGTTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACT
* * * * * * *
13026 AAAGATAT-AAAAAA-TTCAAGTTAAAATTAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * *
13089 TAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAAT-ACTTTTTTCTT
65 TAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTTCTT
* * * * *
13153 CACAT-TTTCTAGGGTAGACATTCAATTACAATATGTTTTAACT
129 --CATGTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * * *
13196 AAAAATGTAAAAAAA-TTCACATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAAGCGAGTGA
1 AAAAATGTAAAAAAATTTCA-ACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * *
13260 TAAGGCTTTCGGCA-CCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAGTAG-TTTTTCT
65 TAAGGCTTT-TGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGGCTTTTTCT
* * * *
13323 TCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACC
128 TCATGTTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * * * * ***
13367 AAATATGTAAACAAA-TTCAACTCAAAATCAATTTTAAATATTATAAAGTGATTTAAAGCGAGTA
1 AAAAATGTAAAAAAATTTCAACT-AAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * *
13431 ATAGGGCTTTTGAAGGTATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATAAATGACTTTTTCTT
64 ATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT
* * * * * *
13496 CACGTTT-TGCAAGACAGACATTAAATTATAATCTATTTTAACC
129 CATGTTTCT--AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * * *
13539 AAAAATGTAAAACAA-TTCAACTAAAAATTAATTATGAGTTTATAAAACCTTTTAAAGC-ATGTA
1 AAAAATGTAAAAAAATTTCAACT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTA
* ** **
13602 ATAAGGCTTTT-AATGACATGGGTGACTATAAATGTCCTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCT
64 ATAAGGCTTTTGAA-GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCT
* * * * *
13666 TTAAGTTTCTGGAGGCAAACAGTCAATTATAATCTATTTTAACT
128 TCATGTTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * * * *
13710 AAAAATCTAAAAATATTT-AACCTAAAATCGATTATCAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * *
13774 TTAGGCTTTCGAAGGCATGCGT-AGGTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTT
65 TAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT
* * *
13838 CATGTCTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATT
129 CATGT-TTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * * * * *
13881 CAAAAT-TAAAAACAATTT-AACTTAAAATCAATTATCA-AGT-TACAACCATTTAAAGTGAGTG
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* * * * * * * *
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64 ATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT
* * *
14006 CTATGTTTTCTAAGGAAAACATTCAATTACAATATGTTTTAA-T
129 C-ATG-TTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* *
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1 A-AAAATGTAAAAAAATTTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * ** * * * * *
14113 ATAAGACTTTCGAAGGCTTGAATAACTATAAATGGGCTTTTCCTGCAAATGAATGGGTTTTTCTT
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* **
14178 CATGTTTCTTGAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
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* * * * * * *
14221 AAAAA--TAAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGGTTACAAAACTATTTAAAGTGAGTG
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* * * * * * *
14284 ATAAGGCTTTTGAGGGAATGGGTGACTGTAATTGAACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTT
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* * * *
14349 CATGTTTTCCAAGGGAAACATTCAATTACAAGCTGTTTTAAAC-
129 CATG-TTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACT
* *
14392 AAAAATGAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * * * * *
14457 CAAGACTTTCGAAGGCTTGGGTGACCATAAATGGGCTTTTCGTACAAATGAATGGGTTTTTCTTC
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* *
14522 ATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAGC-
130 ATGTTT-CTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * *
14563 AAAAATATAAAACAA-TTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * **
14627 TAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGAGTATATATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTTTTTTTC-TC
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* ** * * * *
14691 TATGTTTTCCAAGATAGACATTCAATTAAAATTTATTTTAA-T
130 -ATG-TTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * *
14733 CAAAAACGTAAAACAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAAG-GAGT
1 -AAAAATGTAAAAAAATTTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGT
* * * * * * * * * *
14796 AATAAAGCGTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAGTGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTGCC
63 AATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCT
* * * * * *
14861 TCACGTTCCTCAAGGCAAACATTTAATTACAATCT-TTTTTAGT
128 TCATGTTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * * * *
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* * **** * *
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** * * ** * * *
15031 TCACATTTCTCAAGGTAGATGTTCAAATATAATATATTTTAA-T
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* * * * * *
15074 CAAAAAAGTAAAAAAATAT-AATTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTA
1 -AAAAATGTAAAAAAATTTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
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* * * * *
15202 TCATATTTCTTGAGGCAAACATTGAACTATAATCTATTTTAA-T
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* * * * * * *
15245 AAAAAATATTAACAAA-TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTCTAAAACCATTTAAAGCAAGTA
1 -AAAAATGTAAAAAAATTTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * ** *
15309 ATAAAGCTTTTAAAAGTATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTATTTCTT
64 ATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT
* * *
15374 CATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
129 CATGTTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * * * * * ** *
15417 AAAAATATAAACAAA-TTCAGCTTAAATTCAATTTTGAGGTTATAAAATGATTTAAAGTGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
*** * * ** * *
15481 T-AGTGCTTTTGAAGGCATGAACGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAAAAATGCCTTTTTTTT
65 TAAG-GCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT
* * * * *
15545 CATGTTT-TGCAATGTAGACATTCAATTATGATCTGTTTTAAGT
129 CATGTTTCT--AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * *
15588 AAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTAAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTTCAACT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * *
15652 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACGTTTCTTGTCAATGAGTAGTTTTTTCTTC
65 TAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTC
* * * * * * * *
15717 ATATTTCTCGAGGCAGATAGTCTATTATAATCTATTTTAAAT
130 ATGTTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
** * * *
15759 AAAGGTCTAAAAAAATTT-AACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * *
15823 TTAA-GCTTTTGAGGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGATTTTTCTT
65 -TAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT
* * * * *
15887 CATATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTAGAATTTGTTTTAACC
129 CATGTTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * * * * * * * *
15930 AAAACTG-AAAAACAA-TTCAACTTAAATTGAATTATCAGGTTACAAAACCACTTAAAGTGAGTG
1 AAAAATGTAAAAA-AATTTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * *
15993 ATAAGGCTTTT-AAGGGATGGGTGACTGTAATTGAACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTC
64 ATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT
* * * *
16057 CATGTTTTCTAAGGTAAATATTCAATTACAATATGTTTTAACT
129 CATG-TTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * *
16100 AAAAATGTAAAAACA-TTCGACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTTC-AACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
** * * * * ** * * *
16164 TAAAACTTTCGAAAGCTTGGGTAACTATAAATAGGTTTTTTC-TGCAAATAAATGGGTTTTTCTT
65 TAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT
* * * *
16228 TATATTTCCTGAGGCAAACATTCAATTAGAATCTGTTTTAACT
129 CATGTTT-CTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * * *
16271 AAAAATATAAAAAAATTT-AATTAAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTTCAACT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * *
16335 TAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTAACTGTAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTC-TC
65 TAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTC
* ** * * *
16399 TATGTTTTCCAAGATAAACATTCAAATACAATCTGTTTTAACC
130 -ATG-TTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * ********** **
16442 AAAAATATAAAAAAA-CTCAACTTAAAATCANNNNNNNNNNTATAAAACCATTTAAAATGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * ** * **
16506 TAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGGCTATAAATTAACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTC
65 TAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTC
* * ***
16571 AAGTTTTCCAAGG-AAGACATTCAATTATAATCTGTTTTANNN
130 ATG-TTTCTAAGGCAA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
******* * * *
16613 NNNNNNNT-AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATGATGAGATTATAACACCATTGAAAGCGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * *
16676 TAAGGC-TTTCAACAGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTGCTAATGAAT
65 TAAGGCTTTTGAA-GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
16729 TAGTTTTTTT
Statistics
Matches: 4177, Mismatches: 906, Indels: 313
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 12 0.00
169 234 0.06
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171 2436 0.58
172 462 0.11
173 20 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAAAATGTAAAAAAATTTCAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
TGTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
Found at i:11998 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 11582--15147 Score: 846
Period size: 341 Copynumber: 10.4 Consensus size: 340
11572 GGGTAACTAT
* * *
11582 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAACTAT
1 AAATGGACTTTTCCTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAACTAT
* * * * * *
11647 AATTTGTTTTAA-TCAGAAATTAAAAACAAT-TCAACTTAAAATCAATTATCAG-GT-TACAACC
66 AATATGTTTTAACT-A-AAAATAAAAAAAATCT-AACCTAAAATAAATTATCAGAGTATAAAACC
* * * ** * * *
11708 ATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAGAGA-ATGGGTGACTATAATTAAACTTTTCTTGCTAAT
128 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-ACATATAAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAAT
* ** * *
11772 GAATGCCTTTTTCTCCATGTTTTCAAAAAAAAAACGTTTAATTAAAATCTGTTT-TAACACAATA
192 GAATGCCTTTTTCTCCACG-TTTCAAAAAAAAAACAATCAATTAAAATAT-TTTCTAAC-CAA-A
* * * *
11836 TGTA-AAAACATTTAATTTAAAATTAATTAT-AAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAG
253 AGTATAAAACATTCAACTTAAAATTAATTATGAA-ATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAG
11899 ACTTTCGAAGGCTTGGATGACCTC
317 ACTTTCGAAGGCTTGGATGACCTC
* * * * *
11923 AAATGGACTTTTCCTG-CAAATGAATGGGTTTTTCTTCATATTTCCTAAGGCAAATATTCCATTA
1 AAATGGACTTTTCCTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAACTA
* * *
11987 TAATATGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAATCTAACCTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTAT
65 TAATATGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAATCTAACCTAAAATAAATTATCAGAGTATAAAACCAT
**
12052 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACATATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA
130 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACATATAAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAATGAA
** * * *** *
12117 TGGTTTTTTCTTCACGTTTCACAAGGCAAACAATCAATTATAATATTTTCTAACCAAAAGTATAA
195 TGCCTTTTTCTCCACGTTTCAAAAAAAAAACAATCAATTAAAATATTTTCTAACCAAAAGTATAA
* * *
12182 AATATTCAACTTAAAATTAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGA
260 AACATTCAACTTAAAATTAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGACTTTCGA
* * *
12247 AGG-TATGGGTTA-CTAT
325 AGGCT-TGGATGACCT-C
* * * * ** * ** * * * *
12263 AAATGGACTTTTCTTATTAATAAAAT-TTTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACACTT-AATT
1 AAATGGACTTTTCCTGTCAAT-GAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCCAAGGCAAACA-TTCAACT
* * * * * * * * ** *
12326 CTAATCTCTTTTAACCAAAAATGTAAGAAAATTTAACCTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACC
64 ATAATATGTTTTAACTAAAAAT-AAAAAAAATCTAACCTAAAATAAATTATCAGAGTATAAAACC
* * ** * * * ** * * *
12391 ATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAA-AGAATGGGTGATTGTAATTGGACTCTTCTTGCTAAT
128 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACA-TATAAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAAT
* * *** * * * **
12455 GAATGGCTTTTTCAT-CACGTTTTC-CAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT-TAATTAAAA
192 GAATGCCTTTTTC-TCCACG-TTTCAAAAAAAAAACAATCAATTAAAATAT-TTTCTAACCAAAA
* * * ** ** * *
12517 ATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTACTAAGG
254 GTATAAAAC-ATTCAACTTAAAATTAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGA
**
12582 CTTTTAAAGGCTTGGATGA-CT-
318 CTTTCGAAGGCTTGGATGACCTC
* * * ** * * * **
12603 ATAA-GTGAGTTTTTGCT-TACCAATGAATGGGTCTTTT-TTCACGTTTCTCATGGAAAATGTTC
1 A-AATG-GA-CTTTTCCTGT--CAATGAATGGCT-TTTTCTTCATATTTCCCAAGGCAAACATTC
* * * * * * ** * * * * *
12665 AATTACAATCTGTTTGAACCAAAGATGTAAACAAT-TCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAA
60 AACTATAATATGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAATCT-AACCTAAAATAAATTATCAGAGTATAA
** * * * ** **
12729 AATTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAT-TGAA-TGACTATAAATGGACTTTTCACA
124 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-CATAT-AAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTA
* * * * * ** *** * * * * *
12792 TCAAT-AGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGATATTCAAATATAATATATTT-TAATC
187 CCAATGA-ATGCCTTTTTCTCCACGTTTCAAAAAAAAAACAATCAATTAAAATAT-TTTCTAA-C
* * * * * * * * **
12855 AAAAAAGTA-AAAAAATAT-AATTTAAAATCAATT-TTAAGGTTATAAAATCAGTTAAAGCGAGT
249 -CAAAAGTATAAAACAT-TCAACTTAAAATTAATTATGAA-ATTATAAAACCATTTAAAATGAGT
* * *
12917 AATAAGGCCTTT-GAAGGCTCGTATGA-CT-
311 AATAA-GACTTTCGAAGGCTTGGATGACCTC
* * * ** * * *
12945 ATAAGTGGGCTTTTCTTGCCAATGAACTGG-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAT
1 A-AA-TGGACTTTTCCTGTCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAAC
* * * * * ** * * *
13009 TACAATCT-TTTTCAATTAAAGATATAAAAAAT-TCAAGTTAAAATTAATTTTGAG-GTTATAAA
63 TATAATATGTTTT-AACTAAAAATAAAAAAAATCT-AACCTAAAATAAATTATCAGAG-TATAAA
* ** ** *
13071 ACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
125 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA--CATATAAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTAC
* * * * * * **** * * * *
13134 CAATAAATACTTTTTTCTTCACATTTTC-TAGGGTAGACATTCAATTACAATATGTTT-TAACTA
188 CAATGAATGCCTTTTTCTCCAC-GTTTCAAAAAAAAAACAATCAATTAAAATAT-TTTCTAAC-C
* * * * * ** *
13197 AAAATGTA-AAAAAATTC-ACATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAAGCGAGTGA
250 AAAA-GTATAAAACATTCAAC-TTAAAATTAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAA
* * * *
13260 TAAGGCTTTCGGCA-CCTTAGG-TGA-CTAT
313 TAAGACTTTC-GAAGGCTT-GGATGACCT-C
* * * * ** * * *
13288 AAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAGTAG-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTA
1 AAATGGACTTTTCCTGTCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAACTA
* * * * * * * * * * * *
13352 TAATCTATTTTAACCAAATATGTAAACAAAT-TCAA-CTCAAAATCAATTTTAAATATTATAAAG
65 TAATATGTTTTAACTAAAAAT-AAAAAAAATCT-AACCT-AAAATAAATTAT-CAGAGTATAAAA
** * ** * ** *
13415 TGATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTTGAAGGTAT-GGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACTA
126 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACATATAAG-TGACTATAAATAAACTTTTCTTACCA
* * * *** * * * * * * *
13479 ATAAATGACTTTTTCTTCACGTTTTGCAAGACAGACATTAAATTATAATCTATTT-TAACCAAAA
190 ATGAATGCCTTTTTCTCCACGTTTCAAAAAAAAAACAATCAATTAAAATAT-TTTCTAACCAAAA
* * * ** *
13543 ATGTAAAACAATTCAACTAAAAATTAATTATGAGTTTATAAAACC-TTTTAAA-GCATGTAATAA
254 GTATAAAAC-ATTCAACTTAAAATTAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAATG-A-GTAATAA
* * * * * *
13606 GGCTTT-TAATGACATGGGTGA-CTAT
316 GACTTTCGAA-GGCTTGGATGACCT-C
** * * * *** * *
13631 AAATGTCCTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTTA-AGTTTCTGGAGGCAAACAGTCAATTA
1 AAATGGACTTTTCCTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATA-TTTCCCAAGGCAAACATTCAACTA
* * * * * ** * *
13695 TAATCTATTTTAACTAAAAATCTAAAAATATTTAACCTAAAATCGATTATCAGATTATAAAACAA
65 TAATATGTTTTAACTAAAAAT-AAAAAAAATCTAACCTAAAATAAATTATCAGAGTATAAAACCA
* * *** ** * ** **
13760 TTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGCGT-AGGTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATG
129 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACATATAAGTGA-CTATAAATAAACTTTTCTTACCAATG
* * * * *** * * * * * *
13824 AATGACTTTTTCTTCATGTCTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTT-TAATTCAAAAT
193 AATGCCTTTTTCTCCACGT-TTCAAAAAAAAAACAATCAATTAAAATAT-TTTCTAA-CCAAAAG
* * * * * * ** *
13887 TA-AAAACAATTTAACTTAAAATCAATTAT-CAAGT-TACAACCATTTAAAGTGAGTGCTAAGGC
255 TATAAAAC-ATTCAACTTAAAATTAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGAC
* * ** * *
13949 TTTTGAGGGAATGGGTGA-CTGT
319 TTTCGAAGGCTTGGATGACCT-C
* * * ** * * * * * *
13971 AATTGAACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTC-TCTATGTTTTCTAAGGAAAACATTCAATTA
1 AAATGGACTTTTCCTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTC-ATATTTCCCAAGGCAAACATTCAACTA
* * * * *
14035 CAATATGTTTTAA-TACAAAATGTAAAAAAAT-TAAACTTAAAATCAATTATGAG-GTTATAAAA
65 TAATATGTTTTAACTA-AAAAT-AAAAAAAATCT-AACCTAAAATAAATTATCAGAG-TATAAAA
* * * *** * *
14097 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGC-T-TGAA-TAACTATAAATGGGCTTTTCCTGC
126 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA--CATAT-AAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTAC
* ** * * *** * * * * * *
14159 AAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTT-TAACTAA
188 CAATGAATGCCTTTTTCTCCACGTTTCAAAAAAAAAACAATCAATTAAAATAT-TTTCTAACCAA
* * * * ** * * * *
14223 AAATAAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGGTTACAAAACTATTTAAAGTGAGTGATAA
252 AAGTATAAAAC-ATTCAACTTAAAATTAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAA
* * * ** * *
14288 GGCTTTTGAGGGAATGGGTGA-CTGT
316 GACTTTCGAAGGCTTGGATGACCT-C
* * * ** * * * * * *
14313 AATTGAACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGGAAACATTCAATTAC
1 AAATGGACTTTTCCTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAACTAT
** * * * *
14378 AAGCTGTTTTAAAC-AAAAATGAAAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
66 AATATGTTTT-AACTAAAAAT--AAAAAAAATCT-AACCTAAAATAAATTATCAGAGTATAAAAC
* * * ** * *** * *
14441 CATTTAAAGCGAGTAACAAGACTTTCGAAGGC-T-TGGGTGACCATAAATGGGCTTTTCGTACAA
127 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA--CATATAAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTACCA
** * * ** *** * * * *
14504 ATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTT-T-AGCAAAA
190 ATGAATGCCTTTTTCTCCACGTTTCAAAAAAAAAACAATCAATTAAAATAT-TTTCTAACCAAAA
* * **
14567 ATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAT-AAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
254 GTATAAAAC-ATTCAACTTAAAATTAATTATGAA-ATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAG
* * * *
14631 GCTTTTGAAGGCATAGG-TGA-GT-
317 ACTTTCGAAGGC-TTGGATGACCTC
* ** ** * * ** * *
14653 ATATATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTTTTTTTC-TCTATGTTTTCCAAGATAGACATTCAAT
1 A-A-ATGGACTTTTCCTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTC-ATATTTCCCAAGGCAAACATTCAAC
* * * * * * * *
14717 TAAAATTTATTTTAA-TCAAAAACGTAAAACAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAG-GTTATAA
63 TATAATATGTTTTAACT-AAAAA--TAAAAAAAATCTAACCTAAAATAAATTATCAGAG-TATAA
* * * * * ***
14779 AACCATTTAAAAG-GAGTAATAAAGCGTTTAAAGGC-T-TGAGTGACTATAAGTGGGCTTTTCTT
124 AACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA--CATATAAGTGACTATAAATAAACTTTTCTT
* ** * * ** *** * * * * * **
14841 GCCAATGAATGGGTTTTGC-CTCACGTTCCTCAAGGCAAACATTTAATTACAATCTTTTTTAGTC
186 ACCAATGAATGCCTTTTTCTC-CACGTTTCAAAAAAAAAACAATCAATTAAAATATTTTCTAACC
* * * * * * * **
14905 AAAGATGTA-AAAA-ATTTAACTTTAAATCAATTACGAGATTATAAAATCAATTAAAGCGAGTAA
250 AAA-A-GTATAAAACATTCAACTTAAAATTAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAA
* * * *
14968 TAAGGCTTTTGAAGGCGT-GAGTGA-CTAT
313 TAAGACTTTCGAAGGCTTGGA-TGACCT-C
* * * * * * * ** *
14996 AAATGGACTTTTCAC-ATCAAT-AGATAGCTTTTGCTTCACATTTCTCAAGGTAGATGTTCAAAT
1 AAATGGACTTTTC-CTGTCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAACT
* * * ** * * *
15059 ATAATATATTTTAATCAAAAAAGT-AAAAAAATATAATTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAAC
64 ATAATATGTTTTAA-CTAAAAA-TAAAAAAAATCTAACCTAAAATAAATTATCAGAGTATAAAAC
*
15123 TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
127 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
15148 CGAAGGCTTG
Statistics
Matches: 2594, Mismatches: 494, Indels: 274
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
339 21 0.01
340 442 0.17
341 848 0.33
342 810 0.31
343 454 0.18
344 19 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
AAATGGACTTTTCCTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAACTAT
AATATGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAATCTAACCTAAAATAAATTATCAGAGTATAAAACCATT
TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACATATAAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAATGAAT
GCCTTTTTCTCCACGTTTCAAAAAAAAAACAATCAATTAAAATATTTTCTAACCAAAAGTATAAA
ACATTCAACTTAAAATTAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGACTTTCGAA
GGCTTGGATGACCTC
Found at i:13081 original size:854 final size:844
Alignment explanation
Indices: 11328--16728 Score: 4426
Period size: 854 Copynumber: 6.3 Consensus size: 844
11318 NAAAAATGTA
* * * * *
11328 AAAAAATTTAACTAAAAATCAATTATGAGATTATGAAA-CATTTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCA-TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * ** * * * *
11392 TGAACGCATGGGTGACTATAAATATACTTTTCTTGTCTATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCT-
65 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * ** * *
11456 ATAGGCAGATAGTCAATTATTATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAAACTAAAATCGA
130 A-AGGCAGACA-TTAATTACAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAA
** * ** * * *
11521 TTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGTGTTTAATTAGGCTTTTAAAAGCATGGGTAACTATAAAT
193 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGCATGGGTAACTATAAAT
* * * *
11586 GGACTTTTCTTG-TCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCCAAGGCAGACATTCAACTATAA
258 GGACTTTTCTTGCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAA
* * * *
11649 TTTGTTTTAATCAGAAAT-TAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGG-T-TACAACCATT
323 TCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGGTTATAAAACCATT
* * * *
11711 TAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTG-AGAGAATGGGTGACTATAATTAAACTTTTCTTGCTAATGAA
387 TAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAG-GAATGGGTGACTATAATTGAACTTTTCTTACCAATGAA
* * ** * * * *
11775 TGCCTTTTTCTCCATGTTTTCAAAAAAAAAACGTTTAATTAAAATCTGTTTTAA-CACAATATGT
451 TG-GTTTTT-TTCATGTTTTC--AAGGAAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCA-AAAATGT
* * * * * ***
11839 AAAAACATTTAATTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGACTTT
511 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTT
* * * * *
11904 CGAAGGCTTGGATGACCT-CAAATGGACTTTTC-C-TGCAAATGAATGGGTTTTTCTTCATATTT
575 CGAAGGATTGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCACAT-C-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT
* * * * * * *
11966 C-CTAAGGCAAATATTCCATTATAATATGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAATCTAACCTAAAATA
637 CTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAT-AAAAAAAT-TAACTTAAAATC
* *
12030 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA--CATATAAGTGACTAT
699 AATTATAAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGT-A-TGACTAT
* * * * *
12093 AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCACAAGGCAAACAATCAATTAT
761 AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGG-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* **
12158 AATATTTTCTAACCAAAAGTAT
825 AATCTTTT-TAATTAAAA-TAT
* * ** *
12180 AAAATATTCAACTTAAAATTAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* * *** * * *
12245 GAAGGTATGGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTATTAATAAAAT-TTTTTTTCTTTACGTTTCTC
66 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * *
12309 AAGGTAGACACTTAATT-CTAATCTCTTTTAACCAAAAATGTAAGAAAATTTAACCTAAAATCAA
130 AAGGCAGACA-TTAATTAC-AATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAA
* * * * * *
12373 TTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGGGTGATTGTAATT
193 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGCATGGGTAACTATAAAT
* *
12438 GGACTCTTCTTGCT-AATGAATGGCTTTTTCATCACGTTTTC-CAAGGCAAACATTCAATTATAA
258 GGACTTTTCTTGCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAA
** *
12501 TCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTT
323 TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGGTTATAAAACCATTT
* ** * * **
12566 AAAGCGAGT-ACTAAGGCTTTTAAAGGCTTGGATGACTATAAGTGAGTTTTTGCTTACCAATGAA
388 AAAGCGAGTGA-TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATTGAACTTTT-CTTACCAATGAA
* * ** * *
12630 TGGGTCTTTTTTCACGTTTCTCATGGAAAATGTTCAATTACAATCTGTTTGAACCAAAGATGTAA
451 T-GGT-TTTTTTCATGTTT-TCAAGGAAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
* * ** *
12695 ACAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGA
513 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGA
** *
12760 AGGATTGAATGACTATAAATGGACTTTTCACATCAAT-AGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAA
578 AGGATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCACATCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
* * * * * * *
12824 GGTAGATATTCAAATATAATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAAATATAATTTAAAATCAATTT
642 GGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAA-TAAAAAAAT-TAACTTAAAATCAATTA
* * * *
12889 TAAGGTTATAAAATCAGTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGC-TCGTATGACTATAAGTGG
704 TAAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GTATGACTATAAATGG
* * * * *
12953 GCTTTTCTTGCCAATGAACTGGTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTT
767 ACTTTTCTTACCAATGAA-TGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTT
13018 TTTCAATTAAAGATAT
831 TTT-AATTAAA-ATAT
* * *
13034 AAAAAATTCAAGTTAAAATTAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTT
* * * ** *
13098 TGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATACTTTTTTCTTCACATTT-TC
65 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * * * *
13162 TAGGGTAGACATTCAATTACAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA-TTCACATTAAAATCA
130 -AAGGCAGACATT-AATTACAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAAC-CTAAAATCA
* * * * * ** * * * *
13226 ATTATGAGATTATAAAACTATTGAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCGGCACCTTAGGTGACTATAAA
192 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGCATGGGTAACTATAAA
* * *
13291 TGGGCTTTTCTTGC-CAATGAAGTAG-TTTTTCTTCACG-TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTAT
257 TGGACTTTTCTTGCTCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCACGTTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTAT
* * * * * ** ***
13353 AATCTATTTTAACCAAATATGT-AAACAAATTCAACTCAAAATCAATTTTAAATATTATAAAGTG
321 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAC-AATTCAACTTAAAATCAATTAT-CAGGTTATAAAACC
* * * * * * * *
13417 ATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTTGAAGGTATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATA
384 ATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATTGAACTTTTCTTACCAATG
* * * * * *
13482 AATGACTTTTTCTTCACGTTTTGCAA-GACAGACATTAAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATG
449 AATG-GTTTTT-TTCATGTTTT-CAAGGA-AAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATG
* * * * * *
13546 TAAAACAATTCAACTAAAAATTAATTATGAGTTTATAAAACCTTTTAAAGCATGTAATAAGGCTT
510 TAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTT
* * * ** ** * *
13611 T-TAATGACATGGGTGACTATAAATGTCCTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTTAAGTTTC
574 TCGAAGGA-TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCACATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
** * * * * *
13675 TGGAGGCAAACAGTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATCTAAAAATATTTAACCTAAAATCG
638 TCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAA-ATAAAAA-AATTAACTTAAAATCA
* * * *
13740 ATTATCAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGCGTA-G-GTATA
700 ATTATAAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT--GTATGACTATA
** * *
13803 AATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTCTTC-CAAGGCAGACATTCAATTAT
762 AATGGACTTTTCTTACCAATGAATG-GTTTTTCTTCATGT-TTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
13867 AATCTGTTTTAATTCAAAAT-T
825 AATCT-TTTTAATT-AAAATAT
* * * * **
13888 AAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATCAAG-T-TACAACCATTTAAAGTGAGTGCTAAGGCTT
1 -AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * * ** *
13951 TTGAGGGAATGGGTGACTGTAATTGAACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTC-TCTATGTTT-
64 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTC-ACGTTTC
* * * * * *
14014 TCTAAGGAAAACATTCAATTACAATATGTTTTAA-TACAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAAT
128 TC-AAGGCAGACATT-AATTACAATCTATTTTAACTA-AAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAAT
* * * * **
14078 CAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGACTTTCGAAGGCTTGAATAACTAT
190 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTTGAAAGCATGGGTAACTAT
* * * * * ** **
14142 AAATGGGCTTTTCCTGC-AAATGAATGGGTTTTTCTTCATG-TTTCTTGAGATAAACATTCAATT
254 AAATGGACTTTTCTTGCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCTCAAGGCAAACATTCAATT
* ** * *
14205 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGGTTACAAAACT
319 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGGTTATAAAACC
* * *
14270 ATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAGGGAATGGGTGACTGTAATTGAACTTTTCTTACCAATG
384 ATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATTGAACTTTTCTTACCAATG
* * * *
14335 AATGCCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGGAAACATTCAATTACAAGCTGTTTTAAACAAAAATGA
449 AATG-GTTTTT-TTCATGTTTT-CAAGGAAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATG-
* * *
14400 AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGACTT
510 -TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTT
* * * *
14465 TCGAAGGCTTGGGTGACCATAAATGGGCTTTTCGTACA--AATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT
574 TCGAAGGATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTC--ACATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT
* *
14528 C-CTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAGCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATC
637 CTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAA-ATAAAAAAATT-AACTTAAAATC
* *
14592 AATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAG-GTGAGTATA
699 AATTATAAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GTATGACTATA
* * *
14656 TATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GTTTTTTTCTCTATGTTT-TCCAAGATAGACATTCAATTA
762 AATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTCT-TC-ATGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTA
* * *
14719 AAATTTATTTTAATCAAAA-ACGT
824 TAATCT-TTTTAATTAAAATA--T
* *
14742 AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAAG-GAGTAATAAAGCGT
1 AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTT
* ** * * * * * * *
14806 TTAAAGGCTTGAGTGACTATAAGTGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTGCCTCACGTTCCT
64 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCT
* * * * * *
14871 CAAGGCAAACATTTAATTACAATCT-TTTTTAGTCAAAGATGT-AAAAAATTTAACTTTAAATCA
129 CAAGGCAGACA-TTAATTACAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCA
* * * * * * * *
14934 ATTACGAGATTATAAAATCAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTGAGTGACTATAAA
192 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGCATGGGTAACTATAAA
* * * * * * ** *
14999 TGGACTTTTC--ACATCAAT-AGATAGCTTTTGCTTCAC-ATTTCTCAAGGTAGATGTTCAAATA
257 TGGACTTTTCTTGC-TCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTA
* * * * * * * * * *
15060 TAATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAAATAT-AATTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACT
320 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAAT-TCAACTTAAAATCAATTATCAGGTTATAAAACC
* * ** * ** * *
15124 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTGTTCTTGCCAATG
384 ATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATTGAACTTTTCTTACCAATG
* * ** * * * * * ** *
15189 AATTGGTTTCTCTTCATATTTCTTGAGGCAAACATTGAACTATAATCTATTTTAATAAAAAATAT
449 AA-TGGTTT-TTTTCATGTTT-TCAAGGAAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAAT-G
* * * *
15254 TAACAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTCTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA-AGCTT
510 TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGA-CTT
** * * **** ** * *
15318 TTAAAAG-TATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTATTTCTTCATGTTTT
574 TCGAAGGAT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCACATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
* * * * * *
15382 TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAACAAATTCAGCTTAAATTCA
638 TCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAA-ATAAAAAAATT-AACTTAAAATCA
* * * * * * *
15447 ATTTTGAGGTTATAAAATGATTTAAAGTGAGTAAT-AGTGCTTTTGAAGGCATGAACGACTATAA
700 ATTATAAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGCATGTATGACTATAA
* ** * * * *
15511 ATAGACTTTTCTTACCAAAAAATGCCTTTTTTTTCATGTTT-TGCAATGTAGACATTCAATTATG
763 ATGGACTTTTCTTACCAATGAATG-GTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATA
* *
15575 ATCTGTTTTAAGTAAAAATGT
826 ATCT-TTTTAA-TTAAAATAT
* * *
15596 AAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * **
15661 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACGTTTCTTGTCAATGAGTAGTTTTTTCTTCATATTTCTC
65 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * * ** *
15726 GAGGCAGATAGTCT-ATTATAATCTATTTTAAATAAAGGTCTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAA
130 AAGGCAGACA-T-TAATTACAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAA
* * * **
15790 TTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATTAAGCTTTTGAGGGCATGGGTAACTATAAAT
193 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGCATGGGTAACTATAAAT
* * *
15855 GGACTTTTCTTG-TCAATGAATGGATTTTTCTTCA--TATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTAGA
258 GGACTTTTCTTGCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGT-TTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATA
* * * * * * *
15917 ATTTGTTTTAACCAAAACTGAAAAACAATTCAACTTAAATTGAATTATCAGGTTACAAAACCACT
322 ATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGGTTATAAAACCATT
* * *
15982 TAAAGTGAGTGATAAGGCTTTT-AAGGGATGGGTGACTGTAATTGAACTTTTCTTACCAATGAAT
387 TAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATTGAACTTTTCTTACCAATGAAT
* * * * * *
16046 GCCTTTTTCTCCATGTTTTCTAAGGTAAATATTCAATTACAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAA
452 G-GTTTTT-TTCATGTTTTC-AAGGAAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
* * * * *
16111 AACATTCGACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAACTTTCGA
514 AA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGA
* * * ** * * * * *
16176 AAGCTTGGGTAACTATAAATAGGTTTTTTCTGCA--AATAAATGGGTTTTTCTTTATATTTC-CT
578 AGGATTGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTC-ACATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-
* * * *
16238 GAGGCAAACATTCAATTAGAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAA-TTAAAAATTAA
640 AAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAA-ATAAAAAAA-TTAACTT-AAAATCAA
* * * *
16302 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTA--ACTGTAA
701 TTATAAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT--GTATGACTATAA
* * * * *
16365 ATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTC-TCTATGTTT-TCCAAGATAAACATTCAAATAC
763 ATGGACTTTTCTTACCAATGAATG-GTTTTTCTTC-ATGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTAT
**
16428 AATCTGTTTTAACCAAAAATAT
825 AATCT-TTTTAA-TTAAAATAT
* ********** *
16450 AAAAAAACTCAACTTAAAATCANNNNNNNNNNTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTT
1 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * ** * *** *
16515 TGAAGGTATGAGTGGCTATAAATTAACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCAAGTTT-TC
65 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCT-
* * * ********** * *
16579 CAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTANNNNNNNNNNT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
129 CAAGGCAGACATT-AATTACAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAA
* * * * * * *
16643 TGATGAGATTATAACACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAACAGCTTGGGTGACTATAAA
193 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAA-AGCATGGGTAACTATAAA
* *
16707 TGGGCTTTTTTTGCT-AATGAAT
257 TGGACTTTTCTTGCTCAATGAAT
16729 TAGTTTTTTT
Statistics
Matches: 3685, Mismatches: 718, Indels: 291
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
851 6 0.00
852 322 0.09
853 681 0.18
854 1931 0.52
855 674 0.18
856 67 0.02
857 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (844 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTCA
AGGCAGACATTAATTACAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGCATGGGTAACTATAAATGGA
CTTTTCTTGCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
GTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGGTTATAAAACCATTTAAA
GCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATTGAACTTTTCTTACCAATGAATGGTT
TTTTTCATGTTTTCAAGGAAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGATTGG
GTGACTATAAATGGACTTTTCACATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACAT
TCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAA
ACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGTATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAA
TGAATGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTAATTAAAATAT
Found at i:17298 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 16994--18770 Score: 1374
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16984 NNNNNNNATA
* * ** *
16994 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATCACTTTTTCTTCATGTTTCTCAA-GCTAAAC
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* * *
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* * *
17121 TTATAAAA-TCATTTAAAGTGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGAATG
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* * * * ** * * *
17165 GGCGATTGTAATTAGACTTTTCTTACCAATGAATTACTTTTTCATCATGTTTCCTAAGGAAAACA
1 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-CTAAGGCAAACA
* *
17230 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTA
65 TTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** *
17295 TAAAACAATTTAAAGGGAGTAATAA-AATGTTTGAAGGCTTG
129 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTTGAAGGCATG
* * * * *
17336 GGTGATTATAAGTGAGA-TTTTCTTGA-CAATGAACGGGTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGCAAA
1 GGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTT-ACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT-AAGGCAAA
* * * * * *
17399 CGTTCAATTACAATTTGTTTTAACTAAAGATGTAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
63 CATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
17464 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
128 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
* ** * * * *
17506 AGTGACTATAAATAGACTTTTCACATCAAT-AGATTGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGAA
1 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT-AAGGCA-AA
* * * *
17570 -GTTCAAATATAATATATATTAATCCAAAAA-GTAAAAAAATAT-AACTTAAAATCAATTATGAG
63 CATTCAATTATAATATGTTTTAA-CCAAAAATGT-AAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
17632 ATTATAAAACCATTTACAA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTG
125 ATTATAAAACTATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
* * * * * * * *
17677 GGTGACTATAAATGGGCTATTCTTGCCAATGAAGTGG-TTTCTCTTTACGTTTCTTGAGGAAAAC
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* * * * ** *
17741 ATTGAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATTGATTTTGAGATT
64 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *** *
17806 CTAAAACTATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTAAAATTATA
128 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
* * ** * * * *
17848 GGTCG-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACGTTTTTTTTTTCACATTTTCTAAGGTAG
1 GGT-GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAT--GGCTTTTTCTTCAC-GTTTCTAAGGCAA
* * * * *
17912 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAACAAATTCAGCTTAAAATCAATTTTAAGG
62 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
17977 TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATG
126 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
*** * *
18021 GACAACTATAAAT-GAACATTTCTTACCAATGAAT-GCGTTTCTT-TTCACGTTT-TGCAAGGCT
1 GGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGAATGGC-TTT-TTCTTCACGTTTCT--AAGGCA
* * * * * * *
18082 GAGATTCAATTATGAT-TCGTTTGAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTATGA
61 AACATTCAATTATAATAT-GTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* *
18146 GATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATG
124 GATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
* ** * * * *
18192 TGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGTCAATGAATGGC-TTTTCTTTTACGTTTCTCGAGACAGA
1 GGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTC-TTCACGTTTCT-AAGGCAAA
* * ** * * * * *
18255 CAGTCAATTATAATCTGTTTTAACTTAAAATCTGAAAAAATTTAACCTAAGATCAATCATGAGAT
63 CATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
18320 TATAAAACAATTTAAAACGAGTAATTAGGTTTTTGAAGGCAT-
127 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
* ** * ** *
18362 GG-G--TA-AAAT-GAATTTTTCTTGTCAATGAATGGATTTTTCTTCATATTTCTTAAGGCAGAC
1 GGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-TAAGGCAAAC
** *
18422 ATAT-AATTATAATATACTTTAACCAAAAA--TAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATCA-AG
64 AT-TCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-
* * * * *
18483 TTACAAAACTATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAGGGAATG
126 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
* * * * * **
18527 GGTGACTGT-AATTGAACTTTTTTTACCAATGAATGCCTTTTTCTCCATATTTTCTAAGGCAAAC
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* * * * ** *
18591 ATTCAATTACAAGT-TGTTTTAAACTAAAATATAAAATAATTCAACCAAAAATCAATTATGAAAT
64 ATTCAATTATAA-TATGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* *
18655 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTA
127 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
** * * * * * *
18698 GGCAACTATAAATGGATTTTTCTCACCAATGAATGCCTTTTTC-TCTATGTTTTCCAAGGCAAAC
1 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTC-ACG-TTTCTAAGGCAAAC
18762 ATTCAATTA
64 ATTCAATTA
18771 CAANNNNNNN
Statistics
Matches: 1295, Mismatches: 243, Indels: 136
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 5 0.00
164 54 0.04
165 2 0.00
166 62 0.05
167 9 0.01
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169 65 0.05
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174 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTAAGGCAAACAT
TCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
Found at i:18152 original size:515 final size:498
Alignment explanation
Indices: 16996--18732 Score: 1463
Period size: 515 Copynumber: 3.4 Consensus size: 498
16986 NNNNNATAGG
* * * * *
16996 TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATCACTTTTTCTTCATGTTTCTCAA-GCTAAACAC
1 TGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTTT-TTCACGTTT-TCAAGGCT--AGA-
* * *
17060 TT-AATTATAATATCTTTTAACCAAAAATGTAAGAAAATTTAACCT-AAAATCAATTA-GAAGAT
60 TTCAATTATAAT-T-GTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAA-CTAAAAATCAATTATG-AGAT
* * * * * * *
17122 TATAAAATCATTTAAAGTGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGCGATTGTAATTAGACTTTTC
121 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGCGACTATAAATGGACTTTTC
* ** * * * * *
17187 TTACCAATGAATTACTTTTTCATCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
186 TTGCCAATGAA-T-GGTTTTCTTTACGTTTCTTGAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-
* *
17252 CAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACAATTTAAAG-GGAGTA
248 CAAAAATTTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGG-GTA
* * * * *
17316 ATAAAATGTTTGAAGGCT-TGGGTGATTATAAGTGAGATTTTCTTGACAATG-A-ACGGGTTTTT
311 AT--AAGGTTTTAAAGCTAT-GGTG--TATAAATG-GATTTTCTTGACAATGAATACGGATTTTT
* * * * * * * *
17378 TTTCACGTTTCTCAAGGCAAACGTTCAATTACAATTTGTTTTAACTAAAGATGTAAGAAATTCAA
370 TTTCACATTTCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAA
* * * * ** * * *
17443 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGA
434 CTTAAAATCAATTTTAAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGA
** * * *
17507 GTGACTATAAAT-AGACTTTTCACATCAATAGATTGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG-TAGAA
1 -TGACTATAAATGA-ACTTTTCTTACCAAT-GAATGCTTTT-TTTCACGTTT-TCAAGGCTAG-A
* * * * *
17570 GTTCAAATATAATATATATTAATCCAAAAA-GTAAAAAAATATAACTTAAAATCAATTATGAGAT
60 -TTCAATTATAAT-TGT-TTAA-CTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTATGAGAT
** * * *
17634 TATAAAACCATTTACAA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTATT
121 TATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGCGACTATAAATGGACTTTT
* * *
17698 CTTGCCAATGAAGTGGTTTCTCTTTACGTTTCTTGAGGAAAACATTGAATTATAATATATTTTAA
185 CTTGCCAATGAA-TGGTTT-TCTTTACGTTTCTTGAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
** * * *
17763 TCAAAAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATTGATTTTGAGATTCTAAAACTATTTAAAGCGGGTA
248 -CAAAAAT-TTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGGGTA
** * **
17828 ATAAGGCTTTTAAAATTATAGGTCGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACGTTTTTTTT
311 ATAAGG-TTTTAAAGCTAT-GGT-G-TATAAATGGA-TTTTCTTGACAATGAATACGGATTTTTT
* * *
17893 TTCACATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAACAAATTCAG
371 TTCACA-TTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAA
17958 CTTAAAATCAATTTTAAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGA
434 CTTAAAATCAATTTTAAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGA
** *
18023 CAACTATAAATGAACATTTCTTACCAATGAATGCGTTTCTTTTCACGTTTTGCAAGGCTGAGATT
1 TGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGC-TTT-TTTTCACGTTTT-CAAGGCT-AGATT
*
18088 CAATTATGATTCGTTTGAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTATGAGATTATA
62 CAATTATAATT-GTTT-AACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
18153 AAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGTGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGT
125 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * *
18218 CAATGAATGGCTTTTCTTTTACGTTTCTCGA-GACAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACTTA
190 CAATGAATGG-TTTTC-TTTACGTTTCTTGAGGA-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AA
* * * * * * * *
18282 AAATCTGAAAAAATTTAACCTAAGATCAATCATGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATTA
251 AAAT-TTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGGGTAATAA
* * * * *
18347 GGTTTTTGAAGGC-ATGG-GTA-AAATGAATTTTTCTTGTCAATGAAT--GGATTTTTCTTCATA
315 GG-TTTT-AAAGCTATGGTGTATAAATGGA-TTTTCTTGACAATGAATACGGATTTTTTTTCACA
**
18407 TTTCTTAAGGCAGACATAT-AATTATAATATACTTTAACCAAAAA--TAAAATAATTCAACTTAA
377 TTTC-TAAGGCAGACAT-TCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAA
* * * * *
18469 AATCAATTATCAA-GTTACAAAACTATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAGGGA-ATGGG
439 AATCAATT-TTAAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGACATGGA
* * * * ** * *
18529 TGACTGTAATTGAACTTTTTTTACCAATGAATGCCTTTTTCTCCATATTTTCTAAGGCAAACATT
1 TGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATG-CTTTTT-TTCACGTTTTC-AAGGC-TAGATT
* * * * * *
18594 CAATTACAAGTTGTTTTAAACT-AAAATATAAAATAATTCAACCAAAAATCAATTATGAAATTAT
62 CAATTATAA-TTG-TTT-AACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * * * **
18658 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTAGGCAACTATAAATGGATTTTTCTCA
124 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTG
18723 CCAATGAATG
189 CCAATGAATG
18733 CCTTTTTCTC
Statistics
Matches: 1003, Mismatches: 173, Indels: 104
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
505 4 0.00
506 215 0.21
507 19 0.02
508 44 0.04
509 1 0.00
510 26 0.03
511 19 0.02
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513 23 0.02
514 77 0.08
515 307 0.31
516 9 0.01
517 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (498 bp):
TGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTTCACGTTTTCAAGGCTAGATTCAAT
TATAATTGTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
ATGGTTTTCTTTACGTTTCTTGAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATTTAAAA
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGGGTAATAAGGTTTTAAAGC
TATGGTGTATAAATGGATTTTCTTGACAATGAATACGGATTTTTTTTCACATTTCTAAGGCAGAC
ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGGTTA
TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGA
Found at i:19198 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 19021--19335 Score: 370
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
19011 NNNNNNNAGA
* * * * * * * *
19021 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTACTAAAGCT-TTTGAA-GCAATGGGTGATTGTAATTAGACTT
1 TTATAAAACCATATAAAGGGAATAATAAA-ATGTTTGAAGGC-ATGGGTGACTATAAGTAGACTT
* *
19084 TTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCATCATGTTTC-CTAAGG-AATACATTCAATTATAATCTGT
64 TTCTTGCCAATGAATGGGCTTTTTCAT-ACGTTTCTC-AAGGCAA-ACATTCAATTAAAATCTGT
*
19146 TGTAATTAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGG
126 TGTAACTAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGG
* * * *
19192 TTATAAAACGATATAAAGGGAATAATAAAATGTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAGTGGGCTTTT
1 TTATAAAACCATATAAAGGGAATAATAAAATGTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAGTAGACTTTT
* * * *
19257 CTTGCCAATGAATGGGTTTTTTTATACGTTTCTCAAGGCAAACGTTCAATTAAAATCTGTTTTAA
66 CTTGCCAATGAATGGGCTTTTTCATACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTAAAATCTGTTGTAA
*
19322 CTAAATATGTAAAA
131 CTAAAAATGTAAAA
19336 CCATTTAAAG
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 20, Indels: 10
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 104 0.87
172 14 0.12
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTATAAAACCATATAAAGGGAATAATAAAATGTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAGTAGACTTTT
CTTGCCAATGAATGGGCTTTTTCATACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTAAAATCTGTTGTAA
CTAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGG
Found at i:21820 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 21805--21831 Score: 54
Period size: 10 Copynumber: 2.7 Consensus size: 10
21795 CTATAAATGT
21805 AAAAAATATA
1 AAAAAATATA
21815 AAAAAATATA
1 AAAAAATATA
21825 AAAAAAT
1 AAAAAAT
21832 TCAACTTAAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 17 1.00
ACGTcount: A:0.81, C:0.00, G:0.00, T:0.19
Consensus pattern (10 bp):
AAAAAATATA
Found at i:22352 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 22051--23852 Score: 1343
Period size: 171 Copynumber: 10.6 Consensus size: 169
22041 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
22051 CTATAAAT-AGACTTTTTTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTT-TGCAAGGCACACATTC
1 CTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGACAGACAGTC
* * * * *
22114 AATTATGATCTGTTTTGACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAG-TTAATA
64 AATTATAATCTATTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT-ATA
* * *
22178 AAACCTTTAAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGG
127 AAACCTTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGA
** * * *
22222 CTATAAATGAACTTTTCTTGTTAATGAATGACTTTTCCTTCAAGTTTCTCGAGACAGACAGTCAA
1 CTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGACAGTCAA
* * * * * * *
22287 TTATAATTTATTTAAACTGAAAATTTGAAAAAATTTAACCTGAAATCAATTATGAGATTATAAAA
66 TTATAATCTATTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * ** * *
22352 CAATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGTATGGGTAA
130 C-CTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGA
* * **
22393 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCC-ATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCTAAGGTAGACA-TG
1 CTATAAATGAACTTTTCTTG-CCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGACAGACAGT-
* * * *
22455 CAATTATAATCTGTTTTAA-TCAAAAATGA-AAAATAATTCAACTTAAAATCAGTTATCAGGTTA
63 CAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAAT-ATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
22518 CAAAACTATTTTAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAGGGAATGGGTGA
125 TAAAAC-CTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGA
* * * * * * * *
22564 CTGTAATTAAACTTTTCTTCCCAATTAATGTCGTTTTCTCCATGTTT-TCCAAGGA-A-A-ATGT
1 CTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCT-CAA-GACAGACA-G-
* * * * * * *
22625 TTAATTACAAGT-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAGTCACCTTAAAATCAATTATGAGATTA
62 TCAATTATAA-TCTATTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
22689 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTGGGTGA
125 TAAAAC-CTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGA
** * ** ** * ** * * *
22735 CTATAAATGGGCTTTTCCTGAAAATGAATGGGTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAA
1 CTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGACAGTCAA
* *
22800 TTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
66 TTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* **
22865 CAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATACGTGA
130 C-CTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGA
* * * * * *
22906 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCACATGACAGACAATCAA
1 CTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGACAGTCAA
* * *
22971 TTATAATCTATTCTAA-TAAAAAAAATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAA
66 TTATAATCTATTTTAACT-AAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * *
23035 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGTATGGGTGA
130 CC-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGA
** * * * ** *
23076 CTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATTACTTTTTTTTCATGTTTCTTAAGGTAGAC-GCTTA
1 CTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGACAG-TCA
* * * * *
23140 ATTATAATTTCTTTTAACAAGAAAAGTA-AAAAAATACAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAA
65 ATTATAATCTATTTTAACTA-AAAA-TATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
** ** *
23204 AATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGA
128 AA-CCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGA
* * * * ** * * * *
23247 CTATAAATG-GCTGTTCTTGCCAAGGAATTGA-TTTCTCTTCACATTTCTCAAGGA-AAATATTG
1 CTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAA-TGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAA-GACAGACAGTC
* * * * *
23309 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAGTTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTCTA
64 AATTATAATCTATTTTAACTAAAAA-TAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * *
23374 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGGAGGTATGGGTGG
127 AAAC-CTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGA
** * *
23418 CTATAAAT-AGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ACCTTTTT-TTCACATTTTTC---A-AGATAG--
1 CTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGACAGTC
* * * *
23474 -ATTATAA---A-TGT-A--AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAGAATTAATTATGAGATTATAA
64 AATTATAATCTATTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* *
23531 AACCATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGC-TCGGGTGA
128 AACC-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGGTGA
** * * * * * *
23574 CTATAAATG-TGTTGTTCTTGCTAATGAAT-TCGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGTCAAACATTG
1 CTATAAATGAACTT-TTCTTGCCAATGAATGAC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGACAGTC
* * * * * *
23637 AACTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-ATTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAA
64 AATTATAATCTATTTTAACTAAAAATA-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* *
23701 AA-CTACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGA
128 AACCT--TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGA
* * * * *** *
23744 CTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAT-ACCTTTTT-TTTATATTT-TCTAAGGTGGACATTC
1 CTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGACAGACAGTC
* *
23806 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
64 AATTATAATCTATTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAA
23853 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1291, Mismatches: 268, Indels: 145
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
155 4 0.00
156 94 0.07
157 14 0.01
159 1 0.00
160 2 0.00
161 3 0.00
164 13 0.01
167 5 0.00
168 5 0.00
169 48 0.04
170 309 0.24
171 755 0.58
172 37 0.03
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
CTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGACAGTCAA
TTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
CTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGA
Found at i:22687 original size:342 final size:334
Alignment explanation
Indices: 22051--23852 Score: 1569
Period size: 342 Copynumber: 5.3 Consensus size: 334
22041 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
22051 CTATAAATAGACTTTTTTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTTGC-AAGGCACACATTCA
1 CTATAAATGGACTTTTCTT-GCAATGAATACCTTTTT-TTCATGTTTT-CTAAGGTAGACATGCA
* * *
22115 ATTATGATCTGTTTTGACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAG-TTAATAA
63 ATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT-ATAA
* * * * *
22179 AACCT-TTAAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGAACTTTTCTTGT
126 AA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGC
* * * ** * * * * * * *
22243 TAATGAA-T-GACTTTTCCTTCAAGTTTCTCGAGACAGACAGTCAATTATAATTTATTTAAACTG
189 CAATGAATTCGA-TTTT-CTCCATGTTTCAAG-GA-AAACATTGAATTATAATCTGTTTTAAC-C
* * * * * *
22306 AAAATTTGAAAAAATTTAACCTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATT
249 AAAAATT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
** *
22371 AGGCTTTCAAAGGTATGGGTAA
313 AGGCTTTTGAAGGTATGGGTGA
* **
22393 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCCATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAGACATGCAA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATACCTTTTT-TTCATGTTTTCTAAGGTAGACATGCAA
* * * *
22458 TTATAATCTGTTTTAATCAAAAATG-AAAAATAATTCAACTTAAAATCAGTTATCAGGTTACAAA
64 TTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * * * *
22522 ACTATTTTAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAGGGAATGGGTGACTGTAATTAAACTTTTCTTCCCA
127 ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCCA
* ** * *
22587 ATTAATGTCG-TTTTCTCCATGTTTTCCAAGGAAAATGTTTAATTACAAGT-TGTTTTAACCAAA
191 ATGAAT-TCGATTTTCTCCATG-TTT-CAAGGAAAACATTGAATTATAA-TCTGTTTTAACCAAA
* *
22650 AATGTAAAAAAAGTCACCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
252 AAT-T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
*
22715 ACTTTTGAAGGCT-TGGGTGA
315 GCTTTTGAAGG-TATGGGTGA
* * * *** * * * * *
22735 CTATAAATGGGCTTTTCCTGAAAATGAATGGGTTTTTCTTTATG-TTTCTTGAGGCAAACATTCA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATACCTTTTT-TTCATGTTTTC-TAAGGTAGACATGCA
* * * *
22799 ATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
63 ATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* ** *
22864 ACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATACGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCA
127 ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCCA
* * * * * * * * * **
22929 ATGAA-TGGCTTTTTCTTCATGTTTCACATGACAGACAATCAATTATAATCTATTCTAATAAAAA
191 ATGAATTCG-ATTTTCTCCATGTTTCA-AGGA-AAACATTGAATTATAATCTGTTTTAA-CCAAA
* * * *
22993 AAATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
252 AATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
*
23058 TTTTGATGGTATGGGTGA
317 TTTTGAAGGTATGGGTGA
* * *
23076 CTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATTACTTTTTTTTCATG-TTTCTTAAGGTAGAC--GCT
1 CTATAAATGGACTTTTCTT-GCAATGAA-TACCTTTTTTTCATGTTTTC-TAAGGTAGACATGC-
* * * * *
23138 TAATTATAATTTCTTTTAACAAGAAAAGTAAAAAAATACAACTTAAAATTAATTATGAGATTATA
62 -AATTATAATCTGTTTTAACAA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
** * * *
23203 AAA-TAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGCTGTTCTTGC
125 AAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGACTTTTCTTGC
* * *
23267 CAAGGAATT-GATTTCTCTTCACAT-TTCTCAAGGAAAATATTGAATTATAATCTGTTTTAACTA
189 CAATGAATTCGATTT-TC-TC-CATGTT-TCAAGGAAAACATTGAATTATAATCTGTTTTAACCA
* * *
23330 AAAAGTTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTCTAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
250 AAAA--TT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
* * *
23395 AAGGTTTTTGGAGGTATGGGTGG
312 AAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGA
* ** * *
23418 CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTTTCACATTTT-TCA---AGATA-G--AT
1 CTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATACCTTTTTTTCATGTTTTCTAAGGTAGACATGCAAT
* * * *
23476 TATAA-ATG---T-A-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAGAATTAATTATGAGATTATAAAACC
65 TATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
* * ** *
23535 ATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGC-TCGGGTGACTATAAATGTGTTGTTCTTGCTAAT
130 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATGACTT-TTCTTGCCAAT
* * ** *
23599 GAATTCGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGTCAAACATTGAACTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAT
193 GAATTCGATTTTCTCCATG-TT-TCAAGGAAAACATTGAATTATAATCTGTTTTAACC-AAAAAT
* * * * *
23664 TAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
255 TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
23729 TGAAGGTATGGGTGA
320 TGAAGGTATGGGTGA
* * * *
23744 CTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTTTTATATTTTCTAAGGTGGACATTCAAT
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGAATACCTTTTTTTCATGTTTTCTAAGGTAGACATGCAAT
23809 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
65 TATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
23853 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1186, Mismatches: 210, Indels: 130
0.78 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
325 1 0.00
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333 8 0.01
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339 9 0.01
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344 3 0.00
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (334 bp):
CTATAAATGGACTTTTCTTGCAATGAATACCTTTTTTTCATGTTTTCTAAGGTAGACATGCAATT
ATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGACTTTTCTTGCCAATGAA
TTCGATTTTCTCCATGTTTCAAGGAAAACATTGAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTAAAAA
ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
TATGGGTGA
Found at i:23841 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 23485--23852 Score: 448
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 172
23475 TTATAAATGT
* * * * *
23485 AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAGAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGCGAGTAA
1 AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCAAGTAA
* *
23550 TAAGGCTTCTGAAGGCTCGGGTGACTATAAATGTGTTGTTCTTGCTAATGAATTCGTTTTTCTTC
66 TAAGGCTTCTGAAGGCTCGGGTGACTATAAATGTGTTGTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCTTC
*
23615 ATGTTTCTCAAGTCAAACATTGAACTATAATCTGTTTTAACC
131 ATGTTTCTCAAGTCAAACATTCAACTATAATCTGTTTTAACC
* * * *
23657 AAAAAAT-T-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTACTTAAAGCAAGTAA
1 AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCAAGTAA
* *
23720 TAAGGCTTTTGAAGG-TATGGGTGACTATAAATG-GACTT-TTCTTGCTAATGAATACCTTTTT-
66 TAAGGCTTCTGAAGGCT-CGGGTGACTATAAATGTG--TTGTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTC
* * ** *
23781 TTTATATTT-TCTAAGGT-GGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-C
128 TTCATGTTTCTC-AA-GTCAAACATTCAACTATAATCTGTTTTAACC
*
23825 TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
1 AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
23853 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 168, Mismatches: 21, Indels: 16
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 9 0.05
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172 7 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
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AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCAAGTAA
TAAGGCTTCTGAAGGCTCGGGTGACTATAAATGTGTTGTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCTTC
ATGTTTCTCAAGTCAAACATTCAACTATAATCTGTTTTAACC
Found at i:24285 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 23953--25955 Score: 1685
Period size: 171 Copynumber: 11.7 Consensus size: 170
23943 NNNNNNNNNN
* * * *
23953 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACATATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * *** * *
24018 TGTCTACCTT-GGAGAACATGAAG-AAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
65 TGTTTACCTTAAGA-AACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * *
24081 CCATA-CCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
129 CCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
24123 TAACCTCAAAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTATTGGATAAAACAGATTATAATTCAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* ** * * * * *
24188 TGTTTACCTCAAGAAACGCGAAGAAAAATCAATTCATTGGCAAGAACAGCCCATTTATAGTCACC
65 TGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * *
24253 CAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTA
130 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
24294 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGCATTTTTTTACTTTTTTAATTAAAATATATTATATTTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
** * * * * * * ** *
24359 CATCTACTTTGAA-AAACGTGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGATGTGAAAAGTCTATTTATAGTCA
65 TGTTTACCTT-AAGAAACATGAAGAAAAACCCATTC-ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * ** * *
24422 CTCAATCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
128 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
24465 TAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATCTTTGGTTCAAATAGATTGTAATTGAAT
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * * **
24530 GTTTTCCTTGAGAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCACTTATAGTCATTC
66 GTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * **
24595 AAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTA
131 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* *
24635 TAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* ** * * * * * * * *
24700 TGTTTGCCTTGGGAAACATCATGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAGAGTCCAATTACAATCACC
65 TGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
** * * *
24765 CATTCTTTCAAAAGCTTTATAACTCACTTTAAATGGTTTTA
130 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
24806 TAATCTCCTAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTATATTTTTAGTTAAAAGATATTATAATT-AA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * *** * *
24870 GTGTCTACCTTAAAAAACGTGAAGAAAAAGGGATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTAAC
65 -TGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* *
24935 CCATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTCGA-TTCAAATGGTTTTA
129 CCAAGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
24977 TAATTTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTATACTTTTAGTTAGAAA-ATATTATAATTGAT
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTA-AAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * * *
25041 TGTTTTCCATATGAAACATAAAGAAAAAACCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTGAAAGTCACC
65 TGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * *
25106 TATA-CATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTA
130 CA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* *
25146 TAATCTCATAATTGATTTT-AGTTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATGGA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * *
25210 ATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTTGTACGAAAAGCCCATTTATAGTCAC
64 ATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
** * *
25275 AAAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
129 CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
25317 TAATCTTACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTGT-GTTAAAACAGATTTTAATTAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACAT-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * *** * ** * *
25381 ATGTTTTCCTT-GGAAAACATGGAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAAAAAAGTTTTAATTACAGTC
64 ATGTTTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAG-TCCATTTATAGTC
** * * *
25445 ACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGG--TTG
127 ACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* *
25487 TAACCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTTA-ATTTTTAGTTAAAACAGATTA-AAGTTG
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA-TTG
* ** * * ** * *
25550 AATGCTCGCCTT-GGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTT
63 AATGTTTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * ** * **
25614 ACCCATGCTTTTAAAAGCCTAATTAAACGCTTTAAATTATTTTA
127 ACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
25658 TAATATCATAATCGATTTTAGGTTAAATTGTTTTAGATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAC
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * * ** *
25723 TATCTT-CCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAGCTATTCGTAGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCAC
65 TGT-TTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * ** *
25787 CTATGCCTTCGAAAGCCTTATTAAACGCTTTAAAAT-GTTTTA
129 CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGGTTTTA
* * * *
25829 TAAACTCATAATTGATTTTTAA-TTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATCATAATTGA
1 TAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * ***
25893 ATGTCTGCATTGCA-AAACATGAAGAAAAATGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
64 ATGTTTACCTT-AAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
25956 GTCCANNNNN
Statistics
Matches: 1475, Mismatches: 315, Indels: 85
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 83 0.06
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171 808 0.55
172 73 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
GTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
Found at i:24589 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 23953--25955 Score: 1734
Period size: 341 Copynumber: 5.9 Consensus size: 341
23943 NNNNNNNNNN
*
23953 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTA-TATTTTTAATTAAAACATATTATAATTGA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACT-TTTTTAATTAAAACATATTATAATTGA
* ** * *
24017 ATGTCTACCTTGGAGAACATGAAG-AAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
65 ATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * *
24081 CCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAACCTCAA-AATCGATTTTAA
130 CCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCT-AATAATTGATTTTAA
* * * * * **
24144 GTTGAATTTTTTAACATTATTGGATAAAACAGATTATAATTCAATGTTTACCTCAAGAAACGCGA
193 GTTGAATTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGA
* * * * *
24209 AGAAAAATCAATTCATTGGCAAGAACAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATT
257 AGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATT
*
24274 ACTTACTTTAAATGGTTTTA
322 ACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * *
24294 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGCATTTTTTTACTTTTTTAATTAAAATATATTATATTTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAATTAAAACATATTATAATTGAA
** * * * * *** *
24359 CATCTACTTTGAAAAACGTGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGATGTGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
66 TGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* **
24423 TCA-ATCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAG
130 CCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * *
24487 TTGAATTTTTTACATCTTTGGTTCAAATAGATTGTAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATAAAG
194 TTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAG
* ** * *
24552 AAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCACTTATAGTCATTCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTAC
259 AAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* **
24617 TCGCTTTAAATAATTTTA
324 TCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
24635 TAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAATTAAAACATATTATAATTGAA
* * * * * * * * * * *
24700 TGTTTGCCTTGGGAAACATCATGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAGAGTCCAATTACAATCACC
66 TGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * * * ** *
24765 CATTCTTTCAAAAGCTTTATAACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAGGTT
131 CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * *
24830 GAATTTTCTTATATTTTTAGTTAAAAGATATTATAATT-AAGTGTCTACCTTAAAAAACGTGAAG
196 GAATTTT-TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTACCTTAAGAAACATGAAG
*** * * * * *
24894 AAAAAGGGATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTAC
259 AAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
*
24959 TCGA-TTCAAATGGTTTTA
324 TC-ACTTTAAATGGTTTTA
* * * *
24977 TAATTTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTATAC--TTTTAGTTAGAAA-ATATTATAATTG
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACTTTTTTAATTA-AAACATATTATAATTG
* * * * * * * *
25039 ATTGTTTTCCATAT-G-AAACATAAAGAAAAAACCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTGAAAGT
64 AATGTCTACC-T-TGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
25102 CACCTATACATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTGATTTT-
127 CACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTA
* * * * *
25165 AGTTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATGGAATGTTTGCCTCAGGAAACAT
192 AG-TTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACAT
* * ** *
25230 GAAGAAAAACCCATTCATTTGTACGAAAAGCCCATTTATAGTCACAAAAGCCTTCGAAAGTCTTA
255 GAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTA
25295 TTACTCACTTTAAATGGTTTTA
320 TTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * *
25317 TAATCTTACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTGT-GTTAAAACAGATTTTAATTAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-TTTTTTAATTAAAACATATTATAATTGA
* * * ** ** * ** * *
25381 ATGTTTTCCTTGGAAAACATGGAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAAAAAAGTTTTAATTACAGTCA
65 ATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCA
* * * * * * * *
25446 CCCATTCCCTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATG--GTTGTAACCTGATAATTGATTTTAAG
129 CCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAG
* ** *
25509 TTGAATTATTTTTA-ATTTTTAGTTAAAACAGATTA-AAGTTGAATGCTCGCCTT-GGAAAACAT
194 TTGAA-T-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA-TTGAATGTTTACCTTAAG-AAACAT
* ** ** * * * ** *
25571 GAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTTACCCATGCTTTTAAAAGCCTAA
255 GAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTA
** * **
25636 TTAAACGCTTTAAATTATTTTA
320 TTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * ** * * * *
25658 TAATATCATAATCGATTTTAGGTTAAATTGTTTTAGATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAC
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAATTAAAACATATTATAATTGAA
* * ** * * * * *
25723 TATCTTCC-TCAAGAAACTTGAAGAAAAAGCTATTCGTAGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCAC
66 TGTCTACCTTGGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * ** * *
25787 CTATGCCTTCGAAAGCCTTATTAAACGCTTTAAAATG-TTTTATAAACTCATAATTGATTTTTAA
130 CCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGATTTTATAATCTAATAATTGA-TTTTAA
* * * * * * *
25851 -TTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATCATAATTGAATGTCTGCATTGCA-AAACATG
193 GTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-AAGAAACATG
*** *
25914 AAGAAAAATGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
256 AAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
25956 GTCCANNNNN
Statistics
Matches: 1334, Mismatches: 289, Indels: 77
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 6 0.00
340 214 0.16
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342 375 0.28
343 13 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAATTAAAACATATTATAATTGAA
TGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT
GAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAA
AAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
ACTTTAAATGGTTTTA
Found at i:24929 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 23953--25955 Score: 1959
Period size: 512 Copynumber: 3.9 Consensus size: 510
23943 NNNNNNNNNN
* * *
23953 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACATATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATCTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * ** * *
24018 TGTCTACCTTGGAGAACATGAAG-AAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
66 TGTTTTCCTTGGA-AACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * *
24082 C-ATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATCGATTTTAAGT
130 CAAT-CATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATCGATTTTAAGT
* * * * * *
24146 TGAATT-TTTTAACATTATTGGATAAAACAGATTATAATTCAATGTTTACCTCAAGAAAC-GCGA
194 TGAATTGTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATC-A
* * *
24209 AGAAAAATCAATTCATTGGCAAGAACAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATT
257 AGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATA
* * * *
24274 ACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGCATTTTTTTACTTTTTTAAT
322 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
* * ** * * * ** **
24339 TAAAATATATTATATTTGAACATCTACTTTGAAAAACGTGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGATGTG
387 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGTATTC-ATTGATAAG
* *
24403 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCAATCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
451 AAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTA
* * * * * * *
24465 TAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATCTTTGGTTCAAATAGATTGTAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATCTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* ** * * **
24529 TGTTTTCCTTGAGAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCACTTATAGTCATT
66 TGTTTTCCTTG-GAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
*
24594 CAAGTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGT
130 CAA-TCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATCGATTTTAAGT
* *** *
24658 TGAACTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATCATG
194 TGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATCAAG
* * * * * ** * *
24723 AAAAATCCATTCATTGGCAAGAAGAGTCCAATTACAATCACCCATTCTTTCAAAAG-CTTTATAA
259 AAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTC-TTATAA
* * * *
24787 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTATATTTTTAGTT
323 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT
* * * * *
24852 AAAAGATATTATAATT-AAGTGTCTACCTTAAAAAACGTGAAGAAAAAGGGATTCATTGATAAGA
388 AAAATAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGATAAGA
* * * * *
24916 AAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCGATTCAAATGGTTTTA
452 AAAGTCCATTTATAGTCACCAAT-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTA
* * *
24977 TAATTTCATAATTAATTTTAAATTGAA-TTTTTTATA-CTTTTAGTTAGAAA-ATATTATAATTG
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATC-TTTAGTTA-AAACAGATTATAATTG
* * * * *
25039 ATTGTTTTCCATAT-GAAACATAAAGAAAAAACCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTGAAAGTC
64 AATGTTTTCC-T-TGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* ** * *
25103 A-CCTATACATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGATTTT-
127 ACCCAAT-CATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATCGATTTTA
* * * *
25165 AGTTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATGGAATGTTTGCCTCAGGAAACAT
191 AG-TTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACAT
* * * * * **
25230 GAAGAAAAACCCATTCATTTGTACGAAAAGCCCATTTATAGTCACAAAAGCCTTCGAAAGTCTTA
255 CAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTA
* * * *
25295 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTGT
320 TAACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTT
* * * * * * * *
25360 -GTTAAAACAGATTTTAATTAAATGTTTTCCTTGGAAAACATGGAGAAAAAGGTATTCATTGGTA
384 AGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGATA
* ** * * * * * * * * *
25424 AAAAAAGTTTTAATTACAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATG-GTTG
449 AGAAAAG-TCCATTTATAGTCA-CCAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTA
* * * *
25487 TAACCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTTA-ATTTTTAGTTAAAACAGATTA-AAGTTG
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATT-TTTTTATATCTTTAGTTAAAACAGATTATAA-TTG
* ** * * *
25550 AATGCTCGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTTA
64 AATGTTTTCCTTGG-AAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * ** * ** *
25615 CCC-ATGCTTTTAAAAGCCTAATTAAACGCTTTAAATTATTTTATAATATCATAATCGATTTTAG
128 CCCAAT-CATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATCGATTTTAA
* * * * * * *
25679 GTTAAATTGTTTTAGATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGACTATCTT-CCTCAAGAAACTTG
192 GTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTGCCTCAAGAAACATC
* * * * * ** * * *
25743 AAGAAAAAGCTATTCGTAGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTAT
256 AAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTA-
* * * * *
25808 TAA-ACGCTTTAAAAT-GTTTTATAAACTCATAATTGATTTTTAA-TTAAATGTTTTTACATTTT
320 TAACTCACTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * * *
25870 TAGTTAAAATAGATCATAATTGAATGTCTGCATTGCAAAACATGAAGAAAAATGTATTCATTGGT
383 TAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGAT
25935 AAGAAAAGTCCATTTATAGTC
448 AAGAAAAGTCCATTTATAGTC
25956 GTCCANNNNN
Statistics
Matches: 1222, Mismatches: 231, Indels: 77
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
509 1 0.00
510 34 0.03
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513 32 0.03
514 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (510 bp):
TAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATCTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTTTTCCTTGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
AATCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATCGATTTTAAGTTG
AATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATCAAGAA
AAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATAACTC
ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGATAAGAAAAG
TCCATTTATAGTCACCAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTA
Found at i:26793 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 26064--27137 Score: 809
Period size: 171 Copynumber: 6.3 Consensus size: 169
26054 NNNNNNNAAT
* * *
26064 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGCTTGTAATTGAATGT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * * ** * * * *
26129 TTGCCTTAAAAAACATAAAGAAAAAGGCATTCACTCCCAAGAAAAGTTTAATTACAGTCACCCAT
65 TTGCCTT-GAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAACCAT
* * *
26194 -TCTCTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATAGTTTTGTAAC
129 ACCT-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAAC
* * * *
26236 CTGATAATAGATTTTAAGTTTAATTGTTTTT-CATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGT
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* * * * * * *
26300 ATGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCGTGGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCAT
65 TTGCCTTG-AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAACCAT
** * * *
26365 ACCTTTGAAAG-CTTAACTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAAT
129 ACCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCACTTTAAA-TGTTTTATAAC
* * * * * * ** * * *
26407 CTCATAACTAATTTCAGGTTAAATTTTTTTAGATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGACTATC
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
* * * * * * * *
26472 TGTCTTGAGAAACTTAAAGAAATAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTTACTTATAG-CCACCTCT
66 TGCCTTGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAACC-AT
* * * * *
26536 ACCTTCAAAAGTCGTATTACGCACTTTAAAAGGTTTTATAAA
129 ACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGTTTTATAAC
* * * * *
26578 CTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTGAATGTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
* * * **
26643 TGCCTTGTAAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAA-AAAAGGTCTATTTATAGTCGTCCAT
66 TGCCTTG-AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAA-GTCTATTTATAGTCAACCAT
* * *
26707 ACCTTCGAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGCTTTATAAC
129 ACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTATAAC
* * * * * *
26748 CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTGTTGGTTAAAACT-GTTTAGAATTAAATGT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-TAGATTATAATTGAATGT
* ** * *
26812 TTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-CCAATTCAACGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACC-
65 TTGCCTTGA-AAACATGAAGAAAAAGCC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAACCA
* * * *
26874 TACGCTGTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTCAAAAGTTTTATAAT
128 TAC-CT-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGTTTTATAAC
* * ** * *
26919 GTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTT--TT----TATTTTTTACATT-TATAG
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATA-ATTGAAT-G
** * ** * * * * *
26976 CCTACCTTGAAAA-ATGTTAA-AAAAAGGTATTGATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCC
64 TTTGCCTTGAAAACATG--AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAACC
* * *
27039 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTAGAAC
127 ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGTTTTATAAC
* * * * * *
27083 TTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAACTTTTTTTGTTAAAACAGATTAT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTAT
27138 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 710, Mismatches: 156, Indels: 72
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 3 0.00
164 94 0.13
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168 7 0.01
169 6 0.01
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172 41 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
TGCCTTGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAACCATAC
CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTATAAC
Found at i:26941 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 26198--26955 Score: 801
Period size: 341 Copynumber: 2.2 Consensus size: 340
26188 ACCCATTCTC
* * * * * *
26198 TCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATAGTTTTGTAACCTGATAATAGATTTTAAGTTTAATTGT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-AGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-T
* * *
26263 TTTTCATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTATGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCC
64 TTTTTATTTTTGATTAAAACAGATCATAATTGAATGTATGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * * *
26328 ATTCGTGGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTTGAAAGCTTAACTACTCGCTTTA
129 ATTCATGGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTAACTACTCACTTTA
* * * * * * *
26393 AATTGTTTTATAATCTCATAACTAATTTCAGGTTAAATTTTTTTAGATTTTTAATTAAAATAGAT
194 AATTGCTTTATAACCTCAAAACTAATTTCAAGTTAAATTTGTTTACATTGTTAATTAAAATAGAT
* * * * * * ** **
26458 TATAATTGACTATCTGTCTTGAGAAACTTAAAGAAATAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTTACT
259 TAGAATTAAATATCTGCCTTGAGAAACGTAAAGAAATAACCATTCAACGACAAGAAAAGTCCACT
26523 TATAGCCACCTCTACCT
324 TATAGCCACCTCTACCT
* * * *
26540 TCAAAAGTCGTATTACGCACTTTAAAAGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAA-GTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * *
26605 TTTATATTTTT-AGTTAAAACAGATCATAATTGAATGTTTGCCTTGTAAAACGTGAAGAAAAAGG
65 TTT-TATTTTTGA-TTAAAACAGATCATAATTGAATGTATGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGC
* * * * ** *
26669 CATTCATTGATAAAAAAGGTCTATTTATAGTCGTCCATACCTTCGAAAGCCCT-ATTACTCACTT
128 CATTCATGGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAG-CCTAACTACTCACTT
* * * * **
26733 TAAA-TGCTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTGTTGGTTAAAACT-
192 TAAATTGCTTTATAACCTCAAAACTAATTTCAAGTTAAATTTGTTTACATTGTTAATTAAAA-TA
* * * * *
26796 GTTTAGAATTAAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAA-AACCAATTCAACGATAAGAAAAGTC
256 GATTAGAATTAAATATCTGCCTTGAGAAACGTAAAGAAATAACC-ATTCAACGACAAGAAAAGTC
* *
26860 CATTTATAGTCA-C-CTACGCT
320 CACTTATAGCCACCTCTAC-CT
* * **
26880 GTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTCAAAAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
1 -TCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAAAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
26945 TTTTTATTTTT
64 TTTTTATTTTT
26956 TTTATTTTTT
Statistics
Matches: 340, Mismatches: 67, Indels: 20
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.01
340 13 0.04
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342 160 0.47
343 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
TTTATTTTTGATTAAAACAGATCATAATTGAATGTATGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCAT
TCATGGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTAACTACTCACTTTAAA
TTGCTTTATAACCTCAAAACTAATTTCAAGTTAAATTTGTTTACATTGTTAATTAAAATAGATTA
GAATTAAATATCTGCCTTGAGAAACGTAAAGAAATAACCATTCAACGACAAGAAAAGTCCACTTA
TAGCCACCTCTACCT
Found at i:26957 original size:10 final size:9
Alignment explanation
Indices: 26941--26965 Score: 50
Period size: 9 Copynumber: 2.8 Consensus size: 9
26931 TTTAAGTTGA
26941 ATTTTTTTT
1 ATTTTTTTT
26950 ATTTTTTTT
1 ATTTTTTTT
26959 ATTTTTT
1 ATTTTTT
26966 ACATTTATAG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
9 16 1.00
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Consensus pattern (9 bp):
ATTTTTTTT
Found at i:28435 original size:10 final size:10
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Indices: 28402--28435 Score: 52
Period size: 10 Copynumber: 3.4 Consensus size: 10
28392 GATAGATTAT
28402 AAATGTAAAA
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28412 AAA-GTAAAAA
1 AAATGT-AAAA
28422 AAATGTAAAA
1 AAATGTAAAA
28432 AAAT
1 AAAT
28436 TCAACTTAAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 4
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (10 bp):
AAATGTAAAA
Found at i:28545 original size:167 final size:168
Alignment explanation
Indices: 27762--28559 Score: 618
Period size: 172 Copynumber: 4.7 Consensus size: 168
27752 NNNNNNNNNN
* * * ***
27762 ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCGAAGGCTTGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTGG
* *** * * ** ** * *
27827 GTGACTATAAATGCGTTGTTTTTGCCAATGAATTGGTTTCTT-TTCATATTTCTCAA-AGTA-AA
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* * * * * *
27889 CATTGAAT-TATAATATGTTTTAACTAAAAATGTTAAAAAATTCA
129 TA-TAAATGTAAAAAATG--TTAA-AAAAAAT-TAAAAAAATTCA
* * * * * * *
27933 ATTTAAAATCAATTTTGAGGTTCTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGG-TAN
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGCGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGCT-T
********* * * * *
27996 NNNNNNNNNTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGATAGAT
64 GGGTGGCTATAAATGTACTGTTCTTGCCAATAAATACGTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGATAGAT
* *
28061 TATAAATGTAAAAAATGCT--AAAAAATAAAAAAAATTCA
129 TATAAATGTAAAAAATGTTAAAAAAAATTAAAAAAATTCA
* * *
28099 ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAGGCGACTAATAAAGTTTTCGAAGGCTTGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTGG
* * * * * **
28164 GCGACTATAAATGTGCTGTTCTTGCCAATAAATTA-GTTTTTCTTCACCTTTTTCAAGTTA-AAC
66 GTGGCTATAAATGTACTGTTCTTGCCAATAAA-TACGTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGATAGATT
* * ** *
28227 ATTGAAT-TATAATTTGTTTTAACTAAAAATATTAAAAAAATTTA
130 A-TAAATGTAAAAAATG--TTAA--AAAAA-ATTAAAAAAATTCA
* * * * * * *
28271 ACTTAAAATCAATTTTGAGGTTCTAAAACCACTTAATGCAAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCGTG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGCGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGCTTG
* * * * * *
28335 GGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTTTCAAGATAGATT
65 GGTGGCTATAAATGTACTGTTCTTGCCAATAAATACGTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGATAGATT
*
28400 ATAAATGTAAAAAAAG-TAAAAAAAATGTAAAAAAATTCA
130 ATAAATGTAAAAAATGTTAAAAAAAAT-TAAAAAAATTCA
* *
28439 ACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAATCATTTAAGGTGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTGG
*
28503 GTGGCTATAAATGTACCGTTCTTGCCAATAAATTA-GTTTTTCTTCACGTTTTTCAAG
66 GTGGCTATAAATGTACTGTTCTTGCCAATAAA-TACGTTTTTCTTCACGTTTTTCAAG
28560 TCAAACATTG
Statistics
Matches: 484, Mismatches: 119, Indels: 52
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTGG
GTGGCTATAAATGTACTGTTCTTGCCAATAAATACGTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGATAGATTA
TAAATGTAAAAAATGTTAAAAAAAATTAAAAAAATTCA
Found at i:28684 original size:338 final size:337
Alignment explanation
Indices: 27762--28999 Score: 1219
Period size: 338 Copynumber: 3.7 Consensus size: 337
27752 NNNNNNNNNN
* * ***
27762 ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCGAAGGCTTGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTGG
* ** * * * ** *
27827 GTGACTATAAATGCGTTGTTTTTGCCAATGAATTGGTTTCTT-TTCATATTTCTCAAAGT-AAAC
66 GTGACTATAAATGTGCCGTTCTTGCCAATAAATTAGTTT-TTCTTCACGTTTTTC-AAGTCAAAC
* * * *
27890 ATTGAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTTAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTTTGAGGTT
129 ATTGAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * * **********
27955 CTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTANNNNNNNNNNTAAATGGACTTTTCT
194 ATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGAAGACTATAAATGGACTTTTCT
* * *
28020 TGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGATAGATTATAAATGTAAAAAATGCTAAAAA
259 TGGCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGATAGATTATAAATGTAAAAAAAG-TAAAAA
*
28085 AT-AAAAAAAATTCA
323 ATGTAAAAAAATTCA
* * * *
28099 ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAGGCGACTAATAAAGTTTTCGAAGGCTTGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTGG
* * * *
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* * * * * *
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131 TGAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* * ** ** *
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*
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323 ATGTAAAAAAATTCA
* * *
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1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTGG
* *
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66 GTGACTATAAATGTGCCGTTCTTGCCAATAAATTAGTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGTCAAACAT
* *
28568 TGAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTTTGAGATTAT
131 TGAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
********** * **
28633 AAANNNNNNNNNNGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGATATGGAAGACTATAAATACACTTTTCTT-
196 AAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGAAGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * ********
28697 GCTAATGAATAACC-TTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-NNNNNNNN
261 GC-AATGAAT-ACCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGATAG--ATT--A-TA-AATGTAAAAAAAGT
**
28760 NNAAAATGTAAAAAAATTCA
318 AAAAAATGTAAAAAAATTCA
* *
28780 ACTT-AAAGCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GACA-GCTT
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCGA-AGGCTT
* * * * * * *
28842 AGGTGACTATAAATG-GCCTTTTCTTGCCAATGAATTAGTTTCTCTTCATGTTGCTTGAAG-CAA
64 GGGTGACTATAAATGTGCC-GTTCTTGCCAATAAATTAGTTTTTCTTCACGTT-TTTCAAGTCAA
* * * * *
28905 ACATTCAATTATAATCTGTGTTAAACAAAAATG-TAAAATAATTC-ACATTAAAATCAATTATAA
127 ACATTGAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAA-AATTCAAC-TTAAAATCAATTTTGA
* *
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AAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGAAGACTATAAATGGACTTTTCTTG
GCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGATAGATTATAAATGTAAAAAAAGTAAAAAATG
TAAAAAAATTCA
Found at i:32389 original size:171 final size:170
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* * * *
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* *
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*
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* ** * *
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* * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * ** *
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** * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * ** *
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** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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1 TGAT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * *
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* * * *
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** * * ** * * * * *
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1 TGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * ** * *
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* * * *
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* * *
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* *
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** * * *
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* * * ** * *
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* * *
34204 TTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTCCA-TTTTGTGTTAAAACAGATTGTA
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* * *
34268 ATTGAGTGTTTTCCTTAGAAAACATAAAGAAAAAGACATTCAT
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
34439 TGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAACCATTCAT
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* * * * * *
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* * * * * *
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66 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* *
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34640 CCCGTNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (170 bp):
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GAATGTTTGCCTTAGAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCAT
Found at i:33989 original size:512 final size:509
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Indices: 31758--34639 Score: 2519
Period size: 512 Copynumber: 5.6 Consensus size: 509
31748 NNNNNNNNNN
* * *
31758 TGATAAGAAAAG-TCCATTTCTAGTCACC-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-GTTCTAAAG
1 TGATAAGAAAAGTTCCATTTCTAGTCACCTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT-TAAA-
** * * * ** * *
31820 GGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTAAATTTTTTATTAGAATATATTACA
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* * *
31885 ATTGACTGTCTGCCTGGTGAAACATGAAGAAAAAA-CCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTAT
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*
31949 AGTCA-TCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
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* * * * *
32013 TTTAGGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGGGAAA
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* * *
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318 CATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG-
*
32141 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-T
381 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* ** * * * * *
32205 TTTGTGCTAAAACATCTTGTAATTGAGTGTTTTCCTT-ATAAAACGTAAAGAAAAAGGC-ATTCA
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32268 T
509 T
* * * * * *
32269 TGATAAGAAAAGTTCAATTAC-AGTCA-CTCATTTCC-CCAAAAGCCTTATCACTCACTTCAAAT
1 TGATAAGAAAAGTTCCATTTCTAGTCACCTCA-TACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * *
32331 AGTTTTGTAACCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTCATTTTTAGTTAAAACATATTAT
65 A-TTTTATAACTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTCATTTTTA-TT-AAACATATTAT
* * *
32396 AATTGAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCA-TGGATAAGAAAAGTCCATTTA
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* * * * *
32460 TAGTTAC-CTATA-CCTTCGAAAG-CTTAATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTTATAATT
189 TAGTCACTCTA-AGCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
** * * ** * * * * *
32522 GATTACAGGTTAAATTTTTCTGGATTTTGAGTTAAAATAGATTATAATTGACTGTCTGTCTCGAG
252 GATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTG-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAG
* * * * * * *
32587 AAACTTAAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGCCATCCATGCCTTCAAAA
315 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * *
32652 GCCTTATTACTCGCTGTAAA-AGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTAC
380 G-CTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * **
32716 ATTTTTAT-TTAAAACAGATCATAATTGAA-TGTC-TGCCTTGTA-AAACGTAAAGAAAAAGGTA
443 ATTTTTGTGTTAAAACAGATTATAATT-AAGTGTCTTG-CTTG-AGAAAAGTAAAGAAAAAGCAA
32777 TTCACT
505 TTCA-T
* ** * * *
32783 TG-TAAGAAAAG-TCCATTTATAGTC-GTTCATACCTTCAAAAGCCCTATTACTCGCTCTAAATG
1 TGATAAGAAAAGTTCCATTTCTAGTCACCTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-
* * *
32845 GTTTTATAACCTCCA-AATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTTCATTTTTAGTTAAA-ATTATTTA
65 ATTTTATAA-CTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTCATTTTTA-TTAAACA-TA-TTA
* * * * *
32908 TAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAACATGAAAAAAAA-CCAATTCATCGATAAGAAAAGCCCATTT
125 TAATTGAATGTCTGCCTTG-GAAACATGAAAAAAAAGCC-ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
32972 ATTGTCAC-CTAAG-CTGTGAAAAACCTTATTACTCACTTTCAAA-GGTTTTATAATGTCATAAT
188 ATAGTCACTCTAAGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
33034 TGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTATATTTT--TT---AC--ATT-T-A-T--A-GTCTACCTTG
251 TGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTG
* * * ** * *
33086 AAAAATATGAAAAAAAAAAAGGTATTGATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTT
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* * * * * * *
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* * * * *
33216 TTA-ACTTTTTGTGTTAAAACAAATTATAAGTCAA-TGT-TTGACTCGAGAAACA-TGAAGAGAA
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*
33277 ACCAATTCAT
500 AGCAATTCAT
** * ** * *
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1 TGATAAGAAAAGTTCCATTTCTAGTCACCTCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * *
33349 GATTTTATAAC-CCATAATTGATTTTAAGTT-ATATTTTTTTACTTTTTTGATTAAAATATATTA
65 -ATTTTATAACTTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTT-CATTTTT-ATT-AAACATATTA
* * * * * *
33412 TATTTGAACGTCTGCTTTAAGAAACA-CAAAGCAAAAGCCA-TCTATTGTTGT-A-AAAAGTCCA
125 TAATTGAATGTCTGCCTT-GGAAACATGAAA-AAAAAGCCATTC-ATTG--GTAAGAAAAGTCCA
* * * * *
33473 TTTATAGTCACTC-AAGCCTTTAGAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTGTTATAATCTCGTAA
185 TTTATAGTCACTCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
*
33537 TTGATTTTAAGTTGAATTGCTTTACATTTGTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-
250 TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTT-TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTG
* * * * ** *
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313 A-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * * *
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* * * *
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441 ACATTTTTGTGTTAAAACAGATTATAATTAAGTGTCTTGCTTGAGAAAAGTAAAGAAAAAGCAA-
*
33795 TTGA-
505 TTCAT
* * * *
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* *
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* * * *
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*
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191 GTCACTCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
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* * * * * **
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* * * * *
34185 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTCCA-TTT
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* * * * *
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* * * * * * * *
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** * * * * **
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66 TTTTATAACTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTCATTTT-TATT-AAACATATTATAA
* **
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128 TTGAATGTCTGCCTTGG-AAACATGAA-AAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * * * *
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191 GTCACTCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
34565 TTAAGTTGAATTTTTTACATCTTTGGTTAAAACAAATTGTAATTAAATGTTTGCCTTGAGAAACG
256 TTAAGTTGAATTTTTTACAT-TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACA
*
34630 TAAAGAAAAA
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Statistics
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GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTGTTAA
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Found at i:35865 original size:339 final size:336
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34798 NNNNNNNNNN
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* * * *
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*
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*
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* * * * *
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* * * ** * * *
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64 TA-AAACATATTATAATTGAATGT-TTTCCTTAGAAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAA
* * * * * **
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126 G-AAAGTCCAATTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTATA
* *
35339 ATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTAGTT-AAACATATTATAATTGAATG
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* * * ** * *
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* *
35466 CAAGCCTTCGAAAGTCTTATT
316 CATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* *
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* *
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* * * * * * * * * *
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* * * *
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* *
35745 GCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAGGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGC
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* *
35810 CTTCAAAAGCCTAATT
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* * * * * * * *
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1 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTGT-GT
* * * * * * * * * ** ** *
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* ** * * * *** *
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* ** ** * *
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* * * * * * **
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*
36149 TGCCTTCAAAAGCC-TATT
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** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** ** * ** * *
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* * *
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* * * ** * * ** *
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* *
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* * * * **
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* * * * * * *
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* * ** * ** * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * ** * **** * * *
36759 GTTTGACATGAGAAATGTAAAGAAAGTGGAATTTTTTTACATT-TTTGGTTAAAAAG--GATTAT
253 GTCTGCCTTG-GAAACATGAAGAAA----AA-GCCATTA-ATTGATAGG---AAAAGTCCATT-T
* * * ***
36821 AATTGAATGTCTA-CCTTGGGAACAT-GAAGAAAATATCATT
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* *** * * ** ** **
36861 CACTGGCAAGAGAAGTTCATTTGTAGTTATC-C---ATTCCTTCAAAAGCCTT-AATACTCGCTT
1 -ACTCGCTTTA-AA--TGATTT-TA-TAATCTCATAATTGATT-TTAAG--TTGAAT--T-TTTT
* * * * * * * * *
36921 TAAATGGTTTTATAACCTCATATATGATTTTGAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAA-ATA
54 TAATTTGTGTTA-AA--ACATAT-T-A---T-AATTGAA-TGTTTT-C---CTTAG-AAAACAT-
** *** * * ** ** * ** * ** *** * *
36985 GATTATACTTGAATGT--TTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGAAATAAAAAGT
103 GAAGA-AAAAGCAT-TCATTGGCAAGAAAGTC--CAA-TTACAGTCACCCATT-CCTTCAAAAGC
* * * ** * * *
37048 CTAATTATAGTCGCCTATTCTTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTCGTTATCTCAT
162 CTTA-T-TA--C-TC-A--CTTT-AAATGGTTTA-TAATCTC-AT-AA----TT-G--A--T--T
* * * * * * *
37113 AATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTTACATATTTGGTTAAAA-AAATTTATAATTGAATGTTTAC
204 --TTAA-GTT--G---AAT-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATA-TTATAATTGAATGTCTGC
* * * * * * *
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259 CTT-GGAAACATGAAGAAAAAGCC-ATTAATT-G-ATAGGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCAT
37237 GCCTTCGAAAG-CTCTATT
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* * * *
37255 ACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGT
1 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTGT-GT
* * * * *
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* * * * * ** ** * * * *
37383 AGAAAAGCCCATTTATAATCACCTAAACCTTTGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTGT
125 AG-AAAGTCCAATTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-GTTTAT
* *
37448 AATCTCATAATTGATCTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTA-TTAAAACATAATATAATTGA
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*** * * * * * * *
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251 ATGTCTGCCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGCCA-TTAATTG-ATAGGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
37575 ATCTAAGCCTTCAAAAGCTTTATT
313 ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * *
37599 ACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTATATTTTTGG
1 ACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTGT-G
* * * * * *
37663 TTAAAAAATATTATAATTGAATGTTTGCCTTTGGAAATATGAAGATAAAGCCATTCATTGGCAAG
63 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAG
* * * * *
37728 AAAAGTCCAATTATAGTAACTCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAA
127 -AAAGTCCAATTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTATAA
** * * *
37793 TCTCATAATTGATTTTAACCTGAATTCTTTTACATTTTTGAG-TAAAATATATTATAATTGAATG
190 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACATATTATAATTGAATG
* * * * ** ** *
37857 TCTACCTTAGG-AACTGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCA-TAAAAGTTCCATTTATAGTCACC
254 TCTGCCTT-GGAAAC-ATGAAGAAAAAGCCATTAATTGATAGGAAAAG-TCCATTTATAGTCACC
* * * *
37920 CAAGTCTTTGAAAGTCTTATT
316 CATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * * *
37941 ACTCAC-TTAAAT-AGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGG
1 ACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTGT-G
* * * ***
38004 TTAAAACATATTATAATTGAATG-TTTACTTGTGAAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTCATAA
63 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTTCCTT-AGAAAACATGAAGAAAAAGC-ATTCATTGGCAA
* * * * * * ** * *
38068 GAAAAGTTCATTTATAGTTACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGGTTTATATGGTTTCACA
126 G-AAAGTCCAATTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT-ATA
* * * * *
38133 ATCTTATAATTTATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA-ACTTTTT-TTTAAAAATATATTATAATTGAT
189 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTAGTT-AAAACATATTATAATTGAA
* * * * * * * * *
38195 TGTCTGTCTCTAGAAACGTGAAGAAAAA-CTCAATCATTGCTAAGAAAAGTCAATTTATAATCAC
252 TGTCTGCCT-TGGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTAATTGATAGGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * *
38259 CCATTCATTCAAAAGCCTTATT
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* * * *
38281 AGTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGGAATTTTTTTACATTTTTAC
1 ACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTGT-G
* * * * * * *
38345 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCATCGT-G-AAATATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACA
63 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTTC--CTTAGAAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCA
* * * * * * * *
38408 GGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTAT
125 AG-AAAGTCCAATTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTAT
* * * *
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* * * * * * * * *
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252 TGTCTGCCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATT-AATTGATAGGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* *
38600 CTATGCCTTCAAAAGCCTTATT
315 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * *
38622 ACTCGCTCTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTAG
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* * * * * * **
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* * * ** ** ** ********* * *
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* * * * ** *
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** * * * * * ** ** * *
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* *
38941 CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
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* ************* * * * *
38963 ACTCGCTTTAAATGGTTNNNNNNNNNNNNNATTAATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTTAT
1 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT-TAATTTGTGT
* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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189 ATCTCATAATT-GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAAT
* *** * * * * * * * * *
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253 GTCTGCCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTAATTGATAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
** *
39256 AACCCTTCAAAAGCCTTATT
317 ATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * * * *
39276 ACTCAC----AATGAGTTTAATAACCTTGCATAATTGATTTGT-ACTTGAAATGTTTTACATTT-
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* * * *
39335 TAGTTAAAA-ATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTTATTA
61 T-GTTAAAACAT--ATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGC-ATTCATTG
* * * * * * ** *
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* * * * * **
39464 -TGAAATCTAATAATTGATTTTCAA-CTAAATGTTCTTTACATTTTTAGTTAAAACCGATTATAA
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* ** * * ** * *
39527 TTGAATGTTTGCCTCAAGAAAGATGAA-AAAAAGCCCATTTATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
247 TTGAATGTCTGCCT-TGGAAACATGAAGAAAAAG-CCATTAATTGATAGGAAAAGTCCATTTATA
* * *
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* * * * *
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** * * *
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* * ** * ** * *
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* * * *
39959 ACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGT
1 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTGT-GT
* * * * *
40024 TAAAA-TTGATTATAATTGAATGTTTGT-C-TAGGGAAACGTGAAGAAAAGGTCATTCATTGGTA
64 TAAAACAT-ATTATAATTGAATGTTT-TCCTTA-GAAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCA
* * *** * *
40086 AGAAAAGTCCATTTATAGTCGTTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTTCTCACTTTAAATGGTTTTAT
125 AG-AAAGTCCAATTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTAT
* * * * * * *
40151 AATATCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTCTTACATTTTTGGTTAAAAGAGATTATAATTGAGT
188 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAAT
* * * * *
40215 GTCTGCCTTAGGAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGAT-CATTTATAAG-CAC
253 GTCTGCCTT-GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTAATTGATAGGAAAAG-TCCATTTAT-AGTCAC
**
40278 CCATGCCTTTAAAAGCCTTATT
315 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
** * * * * * * * *
40300 ACT--C--TATCTGGTTTTACAGTCTCATAATTGATTTAAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTTAT
1 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA--ATTTGTGT
* * * * * * **
40361 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGTAGCAAAAGCCATCCATTGATGTG
64 TAAAACATATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGA-AAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTG--GCA
* * ** ** *
40425 A-AAAGTCCATTTATAGTCACTTAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
125 AGAAAGTCCAATTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTATA
* *
40489 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATG
189 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATG
* * * * ** * *
40554 TCTGCCTTAAGAAATATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
254 TCTGCCTT-GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTAATTGATAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * *
40619 TTCTTTCAAAAGCCTTATT
318 TGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * * * * *
40638 ACTCACTTTAAAT-ACTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAGGTTTAGTTTTCTTACATTTTTGG
1 ACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTGT-G
* * * * * ** * *
40702 TTAAAACAGATTATAATT-AAGTGTCTACTTTTAG-AAACGTGAAGAAAAAGTGTTTCCTTGACA
63 TTAAAACATATTATAATTGAA-TGTTTTC-CTTAGAAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCA
* * * * * * * **
40765 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATCACTCGTTTTAAATGGTTTTAT
125 AG-AAAGTCCAATTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTAT
* * * * * * * *
40830 AATCTCATAAGT-AATTTAAGTTCAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAGAACAGATTATAACTGATT
188 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAAT
** * * ** * * * *
40893 GTCAACTTTAAGAAACATGAAGAAAAATTCATTCATTGACAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCT
253 GTCTGCCTT-GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTAATTGATAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
*
40957 ATGCCTTC-AAACACCTTATT
317 ATGCCTTCGAAA-GCCTTATT
* * * * * *
40977 ACTCTCTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTATTTTACATTTTTAGT
1 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTGT-GT
* * * * * * **
41042 TAAAATAGATTATAATTGAATGTATACCTT-GTGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAG
64 TAAAACATATTATAATTGAATGTTTTCCTTAG-AAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAG
* * * * * * * ** *
41106 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGT-CTTCGAAAGCCTTATTAATTATTTTATATTATTTTATT
127 -AAAGTCCAATTACAGTCACCCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA-AATGGTTTATA
* * * *
41170 ATCTCATAATTGATTTT-TGATTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGACT
189 ATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAAT
41233 GTCTGCCTTG
253 GTCTGCCTTG
41243 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 4656, Mismatches: 1083, Indels: 714
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (336 bp):
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AAACATATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAG
TCCAATTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTATAATCTCAT
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCT
TGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTAATTGATAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
AAAGCCTTATT
Found at i:35919 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 34808--36760 Score: 1534
Period size: 170 Copynumber: 11.5 Consensus size: 170
34798 NNNNNNNNNN
* * **
34808 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT-TATTTTCGGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGT
* * *
34872 TAAAACAAATTATAATT-AATTGTTTGCCTT-GGAAAACATGATA-AAAAAGCCATTCATTGACA
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* * * * *
34934 AGAAGAGTCCAATTACAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATT
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* * * *
34978 ACTCACTTTAAATGG-TTTATAATCTCCTAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTATATTTTTAGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTAGT
* ** *
35042 TAAAAGAGATTATAATT-AAGTGTCTAG-CTT-GAGAAATGTGAAGAAAAGAG--ATTTATTGAT
65 TAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCT-GCCTTAG-GAAACATGAAGAAAA-AGCCATTCATTGAT
* * *
35102 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATT
126 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
35147 ACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTT-GAT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAG-T
* * * * * *
35211 TAGAAA-ATATTATAATTGATTGTCTGTCTTA-TAAA-ATGTAAAGAAAAAACCATTCATTGGTA
65 TA-AAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATG--AAGAAAAAGCCATTCATTGATA
* * *
35273 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATACCTTCAAAAGCCTTATT
127 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
35317 ACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTAGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTAGT
* * * * * * ***
35382 T-AAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTTGGAAACATAAAG-GAAAGCCCATTAATTTGCCGA
65 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAG-CCATTCA-TTGATAA
* * * *
35445 -AAAAGTCGATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATT
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
35487 ACTCGCTTAAAATGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTGT-G
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACAT-TTTTAG
* * * * * ** *
35551 TTAAAACATATTGTAATTGAATGTTTTCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAT
64 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAG
* * * * * * * * * * *
35615 AAACGTTCAATTACAATCGCCCATTCCCTCGAAAGTCTTATC
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * * * *
35657 ACTCACTTTAAACGG--TTGTAACCTGATAATTAATTTTAAATTGAATTATTTTTA-ATTTTTAT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTACATTTTTAG
* *
35719 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAGG
64 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAG
* *
35784 AAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATT
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
* ** * * * * *
35826 ACACGCTTTAAATTATTTTCTAATCTCATAATCGATTTTAGGTTAAATTTTTTCAGATTTTTAGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTAGT
* * * * * * * * ** * *
35891 TGAAAGAGATTATAATTGACTATCTGCCTTTA-GAAACTTAAAGGAAAATCCATTCATCAAGAAA
65 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC-TTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAG
**
35955 AAAAGTATATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
** * * ** *
35997 ACAGGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTGCAGTTGAATTTTTTTCCATTTTTAGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGT
* * * * *
36062 TAAAACAGATCATAATTGAATGTCTTCCTT-GTAAAACATCAAGAAAAAGGCATTCATT-AGTAA
65 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAA
**
36125 GAAAAGTCCATTTATAGTCGTCCATGCCTTCAAAAGCC-TATT
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
** ** * *
36167 ACTTACTTTAAATCATTTTATAA-CATTCAAAATTGATTTTAATTTGAATTTGTTTACATTTTTA
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC--TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTA
* * * * * * * **
36231 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCA-AAAGACGTGAA-AAAAATCAATTCATTGCCC
63 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAA-ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-AT
* ** ** *
36294 AA-AAAAG-CCTATTTATAGTCATCCA-AACTGTTGAAAGCCTTATC
126 AAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCT-TCAAAAGCCTTATT
* * *
36338 ACTTGCTTTCAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TGTGAATTGTTTTACATTTTTAG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATT-TTTTACATTTTTAG
* * * * ** * **
36402 TTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACC-TCGAGAAATGTGAAGAAAAA-CTAATTCATTGGCA
64 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGATA
*
36465 AGAAAAG-CTCATTTATAGTCACCCAAG-CTATCAAAAGCCTTATT
127 AGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCCT-TCAAAAGCCTTATT
* * * * * *
36509 ACTCGCTTTGAATGGTTGTATAA--TC-----TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACGTTGTTGGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGT
* * * * ** *
36567 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT--GAAAAATGTGAAAAAAAAGATATTCATT-AGCA
65 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TA
**
36629 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATT
127 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * * * **
36673 ACTGGCTTTAAGTAGTTTTGTAACCTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATTTTGAACATTTTTTAGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA-TTTTTAGT
* * *
36738 CAAAACAGATAATAATTCAATGT
65 TAAAACAGATTATAATTGAATGT
36761 TTGACATGAG
Statistics
Matches: 1438, Mismatches: 268, Indels: 153
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
162 4 0.00
164 120 0.08
165 7 0.00
166 2 0.00
167 5 0.00
168 83 0.06
169 210 0.15
170 497 0.35
171 492 0.34
172 18 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTT
AAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
Found at i:36177 original size:510 final size:503
Alignment explanation
Indices: 34950--41243 Score: 1805
Period size: 511 Copynumber: 12.2 Consensus size: 503
34940 GTCCAATTAC
* * * * **
34950 AGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTATAATCTCCTAATTGATT
1 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTAATAATTGA-T
* * * * **
35014 TTAGGTTGAATTTTCTTATATTTTTAGTTAAAAGAGATTATAATT-AAGTGTCTAGCTTGAGAAA
65 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTTCCTTGA-AAA
** * * *
35078 TGTGAAG-AAAAGAG-ATTTATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGC
128 CATGAAGAAAAAG-GCATTCATTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCGAAAGC
** * * * *
35141 CTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATT
191 C-TATTACTCACTTTAAACGG--TTATAACTTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTACATT
* * *
35205 TTTGATTAGAAAATATTATAATTGATTGTCTGTCTTATAAAATGTAAAGAAAAAACCATTCATTG
253 TTT-ATTA-AAAATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAATG-AAAGAAAAAACCATTCATTG
* * * * * *
35270 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTT
315 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATACCTTCAAAAGCCTAATTACACGCTTTAAATGATTT
* * * * *
35335 TATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTAGTTAAACATATTATAATTGA
380 TATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTGTTTAGATTTTTAGTTAAACAGATTATAATTGA
* * * * ** ** *
35400 ATGTTTGCCTTTGGAAACATAAAGGAAAGCCCATTAATTTGCCGAAAAAGTCGATTTAT
445 ATATCTGCCTTTAGAAACATAAAGGAAAACCCATTAATAAGCAAAAAAAGTAGATTTAT
* * * *
35459 AGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGC-TTAAAATGATTTTATAATCTAATAATTGAT
1 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAA-GGTTTTATAATCTAATAATTGA-
* * * *
35523 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTGT-GTTAAAACATATTGTAATTGAATGTTTTCCTTAGAAA
64 TTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTT-GAAA
* * * * * * * *
35587 ACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAATAAACGTTCAATTACAATCGCCCATTCCCTCGAAAGT
127 ACATGAAGAAAAAGGCATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCGAAAG-
* * * * *
35651 CTTATCACTCACTTTAAACGGTTGTAACCTGATAATTAATTTTAAATTGAATTATTTTTA-ATTT
190 CCTATTACTCACTTTAAACGGTTATAACTTCATAATTAATTTTAAATTGAATT-TTTTTACATTT
*
35715 TTATTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATTG
254 TTA-TTAAAA-ATATTATAATTGAATGTCTGCCTTA-GAAA-ATGAAAGAAAAAACCATTCATTG
* * *
35779 ATAGGAAAAGTCCATTTATAGT-TACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACACGCTTTAAATTATT
315 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCCATACCTTCAAAAGCCTAATTACACGCTTTAAATGATT
* * *
35843 TTCTAATCTCATAATCGATTTTAGGTTAAATTT-TTTCAGATTTTTAGTTGAAAGAGATTATAAT
379 TTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTGTTT-AGATTTTTAGTT-AAACAGATTATAAT
* * * * *
35907 TGACTATCTGCCTTTAGAAACTTAAAGGAAAATCCATTCATCAAG-AAAAAAAGTATATTTAT
442 TGAATATCTGCCTTTAGAAACATAAAGGAAAACCCATTAAT-AAGCAAAAAAAGTAGATTTAT
** *
35969 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACAGGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTTATAATTGATT
1 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTAATAATTGATT
* * *
36034 TGCAGTTGAATTTTTTTCCATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTGAATGTCTTCCTTGTAAAAC
66 T-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTG-AAAAC
* * * *
36099 ATCAAGAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGTCCATGCCTTCAAAAGCCT
129 ATGAAGAAAAAGGCATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCGAAAGCCT
* ** * * * *
36164 ATTACTTACTTTAAATCATTTTATAACATTCAAAATTGATTTTAATTTGAATTTGTTTACATTTT
193 ATTACTCACTTTAAA-C-GGTTATAAC-TTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * *
36229 TAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCA-AAAGACGTG-AA-AAAAATCAATTCATTG
255 TA-TTAAAA-ATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAA-A--TGAAAGAAAAAACCATTCATTG
** * ** * * ** *
36291 CCCAA-AAAAG-CCTATTTATAGTCAT-CCA-AACTGTTGAAAGCCTTATCACTTGCTTTCAAT-
315 -ATAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTC-TCCCATACCT-TCAAAAGCCTAATTACACGCTTTAAATG
* * * *
36351 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TGTGAA-TTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATT
376 A-TTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGT-TAAATTTG-TTTAGATTTTTAGTT-AAACAGATT
* * * ** ** * * ** * ** * *
36414 ATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCT-CATT
437 ATAATTGAATATCTGCCTTTAGAAACATAAAGGAAAACCCATTAATAAGCAAAAAAAG-TAGATT
36478 TAT
501 TAT
* * * * *
36481 AGTCACCCAAG-CTATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTGTATAATC---TGA-T--T
1 AGTCACCCATGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTAATAATTGAT
* * * * * *
36539 TTAAGTTAAATTTTTTTACGTTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAA-A
65 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGAAAACA
* ** * * ** * *
36603 TGTGAAAAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCC
130 --TGAAGAAAAAGGCATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCGAAAGCC
** * * * * * * **
36668 TTATTACTGGCTTTAAGTA-GTTTTGTAACCTCAAAATTTATTTTAAGTTGAA-TTTTGAACATT
192 -TATTACTCACTTTAA--ACG-GTTATAACTTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTACA-T
* * * * * * * ****
36731 TTTTAGTCAAAACAGATAATAATTCAATGTTTGACAT-GAGAAATGTAAAGAAAGTGGAATTTTT
252 TTTTA-TTAAAA-ATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGA-AAATG-AAAGAAA----AA-ACCA
* * * * * * * * **
36795 TTACATTTTTGGTTA-AAAAG--GATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAACATGAAGAA-AATA
308 TT-CA---TTGATAAGAAAAGTCCATT-T-A-T--A-GTCTCCCAT---ACCTTCAA-AAGCCTA
*** * * * ** *
36856 TCATT-CACTGGCAAGAGAAGTTCATTTGTAGTTATC-CAT--TC-CTTCAAAAGCCTTAATACT
359 --ATTACAC--GCTTTA-AA--TGATTT-TA-TAATCTCATAATCGATT-TTAAG--TTAA-ATT
* * * * * * * * *
36916 CGCTTTAAATGGTTTTA-TAACCTCATATATGATTTTGAGTTGAAT-TCTTTTACATTTTTGGTT
411 TG-TTTAGAT--TTTTAGT----T-AAACA-GATTAT-AATTGAATATC---TGC--CTTTAG--
* *** * * *
36979 AAA-ATAGATTATACTTGAATGTTTGCC-TTGAA-AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGAAAT
459 AAACAT--A--A-A--GGAA---AACCCATT-AATAAGC---AA-AAAAAGT-A--GATT--TAT
*** ** * * * * ** *
37041 AAAAAGTCTAATTATAGTCGCCTATTCTTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTCGTT
1 AGTCA--CCCA-TG-------C----C-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATA
* * * * * *
37106 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTTACATATTTGGTTAAAA-AAATTTATAATTGAA
51 ATCTAATAATTGA-TTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TTATAATTGAA
* * * * *
37170 TGT-TTACCTTAGAAAACGTAAAG-AAAA-CCTGTTCATTAGCAAGAAAAG-CACATTTATAGTC
113 TGTCTT-CCTT-GAAAACATGAAGAAAAAGGC-ATTCATT-GTAAGAAAAGTC-CATTTATAGTC
* * ** * * * *
37231 ACCTAAGCCTTCGAAAGCTCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAA-TCTCATAATTGATTTTA
173 GCCCATTCCTTCGAAAGC-CTATTACTCACTTTAAACGG--TTATAACT-TCATAATTAATTTTA
* * * * * * * * * *
37295 AGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTGGC-TCGAGAAATA
234 AATTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAA-ATATTATAATTGAAT-GTCTGCCTTAGA-AAATG
* * * * * * * * **
37359 AGAAGAAAAAGCTATTCATTTG-CAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCTAAACCTTTGAAAGCCT
295 A-AAGAAAAAACCATTCA-TTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATACCTTCAAAAGCCT
* * * * * * * * *
37423 TATTGCTCGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATCTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
358 AATTACACGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTGTTTAGA--TT
* * ** * * * * ** *
37488 TTTA-TTAAAACATAATATAATTGACCATCTACCTTGAGAATCATGAAA-AAAAAGTCATTTACT
421 TTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTTAGAAACAT-AAAGGAAAACCCA-TTAAT
* ***
37551 -AGCAAGAAAAGCCCATTTAT
483 AAGCAAAAAAAGTAGATTTAT
* * * * * *
37571 AGTCATCTAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGAT
1 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATAATCTAATAATTGA-
* * * * * *
37635 TTTAAGTTGAATCTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAATATTATAATTGAATGT-TTGCCTTTGGAA
64 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTT-CC-TTGAAA
* * * * * ** * *
37699 ATATGAAGATAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTAACTCATTCCTTCAAAAGC
127 ACATGAAGAAAAAGGCATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCGAAAGC
* * * * ** *
37764 CTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAA-TCTCATAATTGATTTTAACCTGAATTCTTTTACAT
191 C-TATTACTCACTTTAAACGG--TTATAACT-TCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * ** *
37828 TTTTGAGTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAACTGTGAAGCAAAAGTCATCCATT
252 TTTT-ATTAAAA-ATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAATG-AAAGAAAAAACCATTCATT
** * * * ** * * * *
37893 G-GCATAAAAGTTCCATTTATAGTCACCCA-AGTCTTTGAAAGTCTTATTACTCAC-TTAAAT-A
314 GATAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCTCCCATA-CCTTCAAAAGCCTAATTACACGCTTTAAATGA
* ** * * * *
37954 GTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTAT
377 -TTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTG-TTTAGATTTTTAGTT-AAACAGATTAT
* ** * * * * * * * **
38018 AATTGAATGT-TTACTTGT-GAAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCAT--TCATAAGAAAAGTTCAT
439 AATTGAATATCTGCCTT-TAG-AAACATAAAGGAAAACCCATTAATAAGCA-AA-AAAAGTAGAT
38079 TTAT
500 TTAT
* * * * * * * * * *
38083 AGTTACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGGTTTATATGGTTTCACAATCTTATAATTTATT
1 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTAATAATTGA-T
* * * * * *
38148 TTAAGTTGAATTTTTTAAC-TTTTT-TTTAAAAATATATTATAATTGATTGTCTGTCTCTAG-AA
65 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCT-TC-CTTGAAA
* ** * * * * * *
38210 ACGTGAAGAAAAACTCAATCATTGCTAAGAAAAGTCAATTTATAATCACCCATTCATTCAAAAGC
127 ACATGAAGAAAAAGGCATTCATTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCGAAAGC
* * * * * * *
38275 CTTATTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATAA-TCTCATAATTGATTTTAAGTGGAATTTTTTTACAT
191 C-TATTACTCACTTTAAA-CG-GTTATAACT-TCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTACAT
* * *
38339 TTTTACTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCATCGT-GAAATAT-AAAGAAAAAGCCATTCA
252 TTTTA-TTAAAA-ATATTATAATTGAATGTCTGC--CTTAGAAA-ATGAAAGAAAAAACCATTCA
* * * * * * * * *** *
38402 TTGACAGGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGG
312 TTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATACCTTCAAAAGCCTAATTACACGCTTTAAATGA
* * * * * * *
38467 TTTTATAATCTCGTAATTGATTTTACGTTGAATTT-TTTATATTTTTAGTGAGAACATATTATAA
377 TTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTGTTTAGATTTTTAGTTA-AACAGATTATAA
* * * * * * *
38531 TT-AACTATTTGTCTTGAGAAACATGAA-GACAAAGCCATTCAATGA-CAAGAAAAGTACG-TTT
441 TTGAA-TATCTGCCTTTAGAAACATAAAGGA-AAACCCATT-AATAAGCAAAAAAAGTA-GATTT
38592 AT
502 AT
* * * *
38594 AATCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGAT
1 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATAATCTAATAATTGA-
* * * * *
38658 TTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTATAACAGATTAT-ATTGAATCTCTACCTTGAGAAA
64 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGA-AAA
* ** * * ** ** *
38722 CATGAAG-AAAATGCTATTCATTAACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGC
128 CATGAAGAAAAAGGC-ATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCGAAAGC
******** * * *
38786 CTTATTANNNNNNNNNNATTA-GTTTTATAA-TCTCATAATTAA-TTTAACTTGAATTTTTTTAC
191 C-TATTA--CTCACTTTA-AACG-GTTATAACT-TCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTAC
* * * ** * * * * * * ** *
38848 ATTTCTGATTAAAGTATATTATAATTAAATGTCAACTTTGGGAACTGTGAAGCAAAAGTCATCCA
250 ATTT-TTATTAAA-AATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAATG-AAAGAAAAAACCATTCA
** * * * * *
38913 TTG-GCATAAAAGTTCTATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
312 TTGATAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCTCCCATA-CCTTCAAAAGCCTAATTACACGCTTTAAAT
* ************* ** * *
38976 GGTTNNNNNNNNNNNNNATTAATTTTAAGTTGAAGTTT-TTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATT
375 GATTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTT-AAATTTGTTTAGA-TTTTTAGTT-AAACAGATT
* * * * * * * *
39039 ATAATTGATTGTCTACCTTGAGAAACATGAA-GACAAAGCCATTCAAT--GTCAAGAAAAGTATA
437 ATAATTGAATATCTGCCTTTAGAAACATAAAGGA-AAACCCATT-AATAAG-CAAAAAAAGTAGA
39101 TTTAT
499 TTTAT
* *
39106 ACT-A--C-T---TT---AA-----A-TA---G-TTT---A------ATAATCTCATAATTGATT
1 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTAATAATTGATT
* * * * *
39142 TTAGATTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGT-TT-ATGTCGAGAA
66 TAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCT-T-GA-AA
* ** * * * * ** *
39205 ACGTGAAGAAAAATCCATTCATTGGTAAGAAAAGGCTATTTATGGTCACCCAACCCTTCAAAAGC
127 ACATGAAGAAAAAGGCATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCGAAAGC
** * * * * * *
39270 CTTATTACTCACAAT-GA-GTTTAATAACCTTGCATAATTGATTTGT-ACTTGAAATGTTTTACA
191 C-TATTACTCACTTTAAACGGTT-ATAA-CTT-CATAATTAATTT-TAAATTGAATTTTTTTACA
* * * *
39332 -TTTTAGTTAAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATG-AAGAAAAAGCTATTT
251 TTTTTA-TTAAAAAT--ATTATAATTGAATGTCTGCCTTA-GAAA-ATGAAAGAAAAAACCATTC
* * * ** * * * * * * *
39395 ATT-AGCAAGAAAAGTCTAATTATAGTCAGCCATTCATTTAAAAGCCTTACTACTCGTTTTAAAT
311 ATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATACCTTCAAAAGCCTAATTACACGCTTTAAAT
* * * * * *
39459 -AGTTTTGA-AATCTAATAATTGATTTTCAA-CTAAATGTTCTTTACATTTTTAGTTAAAACCGA
375 GA-TTTT-ATAATCTCATAATCGATTTT-AAGTTAAAT-TTGTTTAGATTTTTAGTT-AAACAGA
* * ** * * ** * ***
39521 TTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAAGATGAAA--AAAAGCCCATTTATTGGCAAGAAAAGCCC
435 TTATAATTGAATATCTGCCTTTAGAAACAT-AAAGGAAAA-CCCATTAATAAGCAAAAAAAGTAG
39584 ATTTAT
498 ATTTAT
* ** * * * *
39590 AGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTAATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
1 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTAATAATTGA-T
* * * * * *
39655 TTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAAT-ACTTTCCTTGGAAAA
65 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TTCCTT-GAAAA
** * * **
39719 CATGAAGAAAAATTCATTCATTAGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCAGGCCTTCGAAAGC
128 CATGAAGAAAAAGGCATTCATT-GTAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCGCCCATTCCTTCGAAAGC
** * * * * * *
39783 CTTATGGCTTACTTTAAATGGTTTTGTAA-TCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTTAC-T
191 C-TATTACTCACTTTAAACGG--TTATAACT-TCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTACAT
* * * * * *
39846 TTTTGAATTAAAATATGTTGTAATTGAAAT-TCTACCTTGAGAAATTG-AAGCAAAAGCCA-TCT
252 TTTT--ATTAAAA-ATATTATAATTG-AATGTCTGCCTT-AGAAAATGAAAGAAAAAACCATTC-
* * ** * * * *
39908 ATTGATACA-AAAAGTCTATTTATAAG-CACTTA-AGACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
311 ATTGATA-AGAAAAGTCCATTTAT-AGTCTCCCATA-CCTTCAAAAGCCTAATTACACGCTTTAA
* * * * *
39970 ATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA-ATTGAT
373 ATGATTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTGTTTAGATTTTTAGTTAAACA--GAT
* * * *** * * ** * ** * * **
40034 TATAATTGAATGTTTGTCTAGGGAAACGTGAA-GAAAAGGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
436 TATAATTGAATATCTGCCTTTAGAAACATAAAGGAAAA-CCCATTAATAAGCAAAAAAAGTAGAT
40098 TTAT
500 TTAT
*** * * * * * * *
40102 AGTCGTTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTTCTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATT
1 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTAATAATTGA-T
* * * * * *
40167 TTAAGTTGAA-TTTCTTACATTTTTGGTTAAAAGAGATTATAATTGAGTGTCTGCCTTAGGAAAC
65 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTT-GAAAAC
* * * * **
40231 ATGAA-AAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGAT-CATTTATAAG-CACCCATGCCTTTAAAAG
129 ATGAAGAAAAAGGC-ATTCATTG-TAAGAAAAG-TCCATTTAT-AGTCGCCCATTCCTTCGAAAG
* * * * *
40293 CCTTATTACT--C--T-ATCTGGTTTTACAGTCTCATAATTGA-TTTAAAGTTAAATTTTTTTAC
190 CC-TATTACTCACTTTAAAC-GGTTATA-ACT-TCATAATTAATTTTAAA-TTGAATTTTTTTAC
* * * * * *
40352 TTTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG-TAGCAAAAGCCATCC
250 -ATTTTTATTAAAA-ATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGAAA-ATGAAAGAAAAAACCATTC
** * ** * * * * *
40416 ATTGATGTGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
311 ATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATACCTTCAAAAGCCTAATTACACGCTTTAAATG
* * * * * * *
40481 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATA
376 ATTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTGTTTAGATTTTTAGTT-AAACAGATTATA
* * * * * ** * ** * * **
40546 ATTGAATGTCTGCCTTAAGAAATATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTAT
440 ATTGAATATCTGCCTTTAGAAACATAAAGGAAAACCCATTAATAAGCAAAAAAAGTAGATTTAT
* * * * * * *
40610 AGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-CTTTTATAATTTCATAATTGAT
1 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATAATCTAATAATTGA-
* * * * * * * *
40674 TTTAGGTTTAGTTTTCTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AAGTGTCTACTTTTAGAA
64 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTTCCTTGA-AA
* * * * * * *
40738 ACGTGAAGAAAAAGTG-TTTCCTTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
127 ACATGAAGAAAAAG-GCATTCATTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCGAAAG
* * ** * * * *
40802 CTTTATCACTCGTTTTAAATGGTTTTATAA-TCTCATAAGTAA-TTTAAGTTCAA-TTTTTTACA
190 C-CTATTACTCACTTTAAACGG--TTATAACT-TCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTACA
* * * * ** * **
40864 TTTTTAGTTAGAACAGATTATAACTGATTGTCAACTTTAAGAAACATG-AAGAAAAATTCATTCA
251 TTTTTA-TTA-AAAATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGAAA-ATGAAAGAAAAAACCATTCA
* * * * * * * *
40928 TTGACAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAACA-CCTTATTACTCTCTTTAAAGG
312 TTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATACCTTCAAA-AGCCTAATTACACGCTTTAAATG
* * * * * *
40991 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTAT-TTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTAT
376 ATTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATT-TGTTTAGATTTTTAGTT-AAACAGATTAT
* * * * * * * **
41055 AATTGAATGTATACCTTGT-GAAACATAAAGAAAAAGCCATTCAT-TG-ATAAGAAAAGTCCATT
439 AATTGAATATCTGCCTT-TAGAAACATAAAGGAAAACCCATTAATAAGCA-AA-AAAAGTAGATT
41117 TAT
501 TAT
* * * *** * *** * *
41120 AGTCACCCATGTCTTCGAAAGCCTTATTAATTATTTTATATTATTTTATTATCTCATAATTGATT
1 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTAATAATTGATT
** * * * *
41185 TTTGATTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGA
66 TAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGA
41244 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 4440, Mismatches: 960, Indels: 770
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
479 3 0.00
480 6 0.00
481 5 0.00
482 24 0.01
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485 12 0.00
487 1 0.00
488 1 0.00
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492 2 0.00
493 1 0.00
494 2 0.00
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497 1 0.00
499 1 0.00
500 2 0.00
502 2 0.00
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504 13 0.00
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532 9 0.00
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537 7 0.00
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549 5 0.00
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552 1 0.00
553 5 0.00
554 8 0.00
555 9 0.00
558 4 0.00
559 11 0.00
560 10 0.00
561 8 0.00
562 7 0.00
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577 5 0.00
578 5 0.00
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580 1 0.00
581 2 0.00
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584 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (503 bp):
AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTAATAATTGATT
TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGAAAACAT
GAAGAAAAAGGCATTCATTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCGAAAGCCTATT
ACTCACTTTAAACGGTTATAACTTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTATTAA
AAATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAATGAAAGAAAAAACCATTCATTGATAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCTCCCATACCTTCAAAAGCCTAATTACACGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
AATCGATTTTAAGTTAAATTTGTTTAGATTTTTAGTTAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTT
TAGAAACATAAAGGAAAACCCATTAATAAGCAAAAAAAGTAGATTTAT
Found at i:37196 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 36782--41230 Score: 2511
Period size: 171 Copynumber: 26.3 Consensus size: 171
36772 AATGTAAAGA
* * * ** *
36782 AAGTGGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAG-GATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGGAACA
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAGATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACG
* * * * * *
36845 TGAAGAAAATA-TCATTCACTGGCAAGAGAAGTTCATTTGTAGTTATCC-ATTCCTTCAAAAGCC
66 TGAAGAAAA-AGTCATTCA-TTGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCA-CCTATTCCTTCAAAAGCC
* * *
36908 TTAATACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT-ATATGATTTT
128 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT-TGATTTT
* * * *
36952 GAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG--ATTATACTTGAATGTTTGCCTT-GAAAAA
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AGATATTATAATTGAATGTTTACCTTAG-AAAA
* * * * * *
37014 CATGAAGAAAAAGTCATTCATTGAAATAAAAAGTCTAATTATAGTCGCCTATTCTTTCAAAAGCC
64 CGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGCAA-GAAAAGTCCAATTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCC
* * * * *
37079 TTACTACTCACTTTAAATGGTTTCGTTATCTCATAATTAATTTT
128 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT
* * *
37123 AAGTTAAATGTTTTTTACATATTTGGTTAAAAAAAT-TTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAAC
1 AAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAGATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAAC
* ** * * ** *
37187 GTAAAGAAAACCT-GTTCATTAGCAAGAAAAG-CACATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAG-C
65 GTGAAGAAAAAGTCATTCATT-GCAAGAAAAGTC-CAATTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCC
37249 TCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT
128 T-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT
* * * ** *
37294 AAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAG--ATTATAATTGAATATTTTGGCTCGAGAAA
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AGATATTATAATTGAAT-GTTTACCT-TAGAAA
* * * * ** **
37357 TA--AGAAGAAAAAG-CTATTCATTTGCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCTAAACCTTTGAAA
63 -ACGTGAAGAAAAAGTC-ATTCA-TTGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCTATTCCTTCAAAA
* * *
37419 GCCTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATCTT
125 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT
* * * *** *
37466 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTT--TTATTAAAACATAATATAATTGACCATCTACCTT-GAGAA
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA--AAAAGATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGA-AA
* * * * * * * * **
37528 TCATGAAAAAAAAGTCATTTACTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCTAAGCCTTCAAAAGC
63 ACGTGAAGAAAAAGTCATTCA-TTGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGC
* * * *
37593 TTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
127 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * **
37638 AAGTTGAATCTTTTTATATTTTTGGTTAAAAA-ATATTATAATTGAATGTTTGCCTTTGGAAATA
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAGATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACG
* * *
37702 TGAAGATAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGT-AACTCATTCCTTCAAAAGCCT
66 TGAAGAAAAAGTCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCT
* *
37766 TACTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT
129 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT
** * * * *
37809 AACCTGAATTCTTTTACATTTTTGAG-T-AAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAC
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-GTTAAAAAGATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAAC
* * * * * * **
37871 TGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGC-ATAAAAGTTCCATTTATAGTCACCCAAGT-CTTTGAAAG
65 -GTGAAGAAAAAGTCATTCATT-GCAAGAAAAG-TCCAATTATAGTCA-CCTATTCCTTCAAAAG
* * * *
37934 TCTTATTACTCAC-TTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTT
126 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT
* * *
37979 AAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTT-AAAACATATTATAATTGAATGTTTA-CTTGTGAAAAC
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAGATATTATAATTGAATGTTTACCTT-AGAAAAC
* * * * * *
38042 GTGAAGAAAAAG-CTATTCATT-CATAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCCATACCTTCGAAAGC
65 GTGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGC--AAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGC
* * *** * *
38105 CTTATTACTCGGTTTATATGGTTTCACAATCTTATAATTTATTTT
127 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * **
38150 AAGTTGAATTTTTTAAC-TTTTT-TTTAAAAATATATTATAATTGATTGTCTGTCTCTAG-AAAC
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAGATATTATAATTGAATGTTTACCT-TAGAAAAC
* * * * *
38212 GTGAAGAAAAACTCAATCATTGCTAAGAAAAGT-CAATTTATAATCACCCATTCATTCAAAAGCC
65 GTGAAGAAAAAGTCATTCATTGC-AAGAAAAGTCCAA-TTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCC
* * *
38276 TTATTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
128 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT
* ** * * *
38320 AAGTGGAATTTTTTTACATTTTTACTTAAAACAG--ATTATAATTGAATGTCTGCATCGT-GAAA
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AGATATTATAATTGAATGT-T-TACCTTAGAAA
* * * * * * *
38382 TA--TAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAGGAAAAATCCATTTATAGTCA-CTCATGCCTTCGAAA
63 -ACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAA
** * *
38444 GCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTT
125 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * **
38491 ACGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAG-TGAGAACATATTATAATT-AACTATTTGTCTT-GAGAAA
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAGATATTATAATTGAA-TGTTTACCTTAGA-AAA
* * * * * ** * *
38552 CATGAAGACAAAGCCATTCAATGACAAGAAAAGTACGTTTATAATCACCTATGCCTTCAAAAGCC
64 CGTGAAGAAAAAGTCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCC
* * *
38617 TTATTACTCGCTCTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
128 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
38661 AGGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTATAACAG--ATTAT-ATTGAATCTCTACCTT-GAGAAA
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA-AAAAGATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGA-AAA
* * * * * * ** **
38722 CATGAAGAAAATG-CTATTCATTAACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGC
64 CGTGAAGAAAAAGTC-ATTCATT-GCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGC
********* * * * *
38786 CTTATTANNNNNNNNNNATTAGTTTTATAATCTCATAATT-AATTT
127 CTTATTA-CTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * **
38831 AACTTGAATTTTTTTACATTTCTGATT--AAAGTATATTATAATTAAATG-TCAACTTTGGGAAC
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAG-ATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAAC
* * * * * * **
38893 TGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGC-ATAAAAGTTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGC
65 -GTGAAGAAAAAGTCATTCATT-GCAAGAAAAG-TCCAATTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGC
************* *
38957 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTNNNNNNNNNNNNNATTAATTTT
127 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT
* * ** * *
39002 AAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAG--ATTATAATTGATTGTCTACCTT-GAGAAA
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AGATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGA-AAA
* * * * *
39064 CATGAAGACAAAGCCATTCAATGTCAAGAAAAGT--ATATT-TA-T-A-CTA---CTTTAAATAG
64 CGTGAAGAAAAAGTCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCA-ATTATAGTCACCTATTCCTTCAAA-AG
* * * * * * * *
39120 -TTTAATAATCTC-AT-AATTGATTT-TAGAT-T--GAATTG-TTTT
126 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTA-ATCTCATAATTGATTTT
* * * *
39159 -A---C-A--TTTTT--A------GTT-AAAACATATTATAATTAAATGTTTA--TGTCGAGAAA
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAGATATTATAATTGAATGTTTACCT-TAGA-AAA
* * * * * * **
39206 CGTGAAGAAAAA-TCCATTCATTGGTAAGAAAAGGCTATTTATGGTCACCCAACCCTTCAAAAGC
64 CGTGAAGAAAAAGT-CATTCATT-GCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGC
* ** *
39270 CTTATTACTCAC----AATGAGTTTAATAACCTTGCATAATTGATTTGT
127 CTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTTGTAATC-T-CATAATTGATTT-T
* * * * * * * * *
39315 -ACTTGAAATGTTTTACA-TTTTAGTTAAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACA
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAGATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACG
* * * *
39378 TGAAGAAAAAG-CTATTTATTAGCAAGAAAAGTCTAATTATAGTCAGCC-ATTCATTTAAAAGCC
66 TGAAGAAAAAGTC-ATTCATT-GCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCA-CCTATTCCTTCAAAAGCC
* * * * *
39441 TTACTACTCGTTTTAAATAGTTTTGAAATCTAATAATTGATTTT
128 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * *
39485 CAA-CTAAATGTTCTTTACATTTTTAGTTAAAACCG--ATTATAATTGAATGTTTGCCTCA-AGA
1 -AAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AGATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGA-A
* * * * * ** **
39546 AA-GATGAA-AAAAAGCCCATTTATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAA
62 AACG-TGAAGAAAAAG-TCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCTATTCCTTCAAA
* * *
39609 AGCCTAATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
124 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * *
39657 AAGTTAAATATTTTTATATTTTTTGTT-AAAACATATTATAATTGAATACTTT-CCTTGGAAAAC
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAGATATTATAATTGAAT-GTTTACCTTAGAAAAC
* * * * ** *
39720 ATGAAGAAAAATTCATTCATTAGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCAGGCCTTCGAAAGCC
65 GTGAAGAAAAAGTCATTCATT-GCAAGAAAAGTCC-AATTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCC
** **
39784 TTATGGCTTACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT
128 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
39828 AAGTTGTATTTTTTTAC-TTTTTGAATT-AAAATATGTTGTAATTGAAAT-TCTACCTT-GAGAA
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-GTTAAAAAGATATTATAATTG-AATGTTTACCTTAGA-AA
* * * * * * * *** *
39889 A-TTGAAGCAAAAGCCA-TCTATTG-ATACAAAAAGTCTATTTATAAG-CACTTAAGACTTCGAA
63 ACGTGAAGAAAAAGTCATTC-ATTGCA-A-GAAAAGTCCAATTAT-AGTCACCTATTCCTTCAAA
**
39950 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTT
124 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT
* * * ** *
39998 AAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTT-AAAA-TTGATTATAATTGAATGTTTGTC-TAGGGAAA
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAGAT-ATTATAATTGAATGTTTACCTTA-GAAAA
* * * **
40060 CGTGAAGAAAAGGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-GTTCATTCCTTCAAAAGC
64 CGTGAAGAAAAAGTCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGC
* * * * *
40124 TTTATTTCTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTT
127 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * *
40169 AAGTTGAA-TTTCTTACATTTTTGGTT-AAAAGAGATTATAATTGAGTGTCTGCCTTAGGAAACA
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAGATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACG
* * * * * *
40232 TGAAAAAAAAG-CTATTCATTGAGAAGAAAAGAT-CATTTATAAG-CACCCATGCCTTTAAAAGC
66 TGAAGAAAAAGTC-ATTCATTG-CAAGAAAAG-TCCAATTAT-AGTCACCTATTCCTTCAAAAGC
** ** * *
40294 CTTATTACT--C--TATCTGGTTTTACAGTCTCATAATTGATTTA
127 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT
* * ** * *
40335 AAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTTATT-AAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAAC
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAGATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGA-AAAC
* * * * * * * * ** *
40398 ATGTAGCAAAAGCCATCCATTG-ATGTGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAACCTTCGAAAGCC
65 GTGAAGAAAAAGTCATTCATTGCA--AGAAAAGTCCAATTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCC
* *
40462 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
128 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT
* * *
40506 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAATA
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAGATATTATAATTGAATGTTTACCTT-AGAAA-A
* * *
40570 --TGAAGAAAAAGTCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATTCTTTCAAAAGC
64 CGTGAAGAAAAAGTCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGC
* ** * *
40632 CTTATTACTCACTTTAAATACTTTTATAATTTCATAATTGATTTT
127 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
40677 AGGTTTAGTTTTCTTACATTTTTGGTTAAAACAG--ATTATAATT-AAGTGTCTACTTTTAG-AA
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AGATATTATAATTGAA-TGTTTAC-CTTAGAAA
** * * * * * *
40738 ACGTGAAGAAAAAGTGTTTCCTTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
63 ACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGC
* * * * * *
40803 TTTATCACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAGT-AATTT
127 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * ** *
40847 AAGTTCAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAGAACAG--ATTATAACTGATTGTCAACTTTA-AGAAA
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA-AAAAGATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGA-AAA
* * * *
40908 CATGAAGAAAAATTCATTCATTGACAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAACA-C
64 CGTGAAGAAAAAGTCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCTATTCCTTCAAA-AGC
* * *
40971 CTTATTACTCTCTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
127 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT
* * * * *
41016 AACTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAATAG--ATTATAATTGAATGTATACCTT-GTGAAA
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AGATATTATAATTGAATGTTTACCTTAG-AAAA
* * * * * * *
41078 CATAAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGT-CTTCGAAAGC
64 CGTGAAGAAAAAGTCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCTAT-TCCTTCAAAAGC
* *** * ** * *
41142 CTTATTAATTATTTTATATTATTTTATTATCTCATAATTGATTTT
127 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT
* *
41187 -TGATTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAACAG--ATTATAATTGA
1 AAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AGATATTATAATTGA
41231 CTGTCTGCCT
Statistics
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
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AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAGATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACG
TGAAGAAAAAGTCATTCATTGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT
Found at i:37481 original size:746 final size:740
Alignment explanation
Indices: 36041--37480 Score: 1626
Period size: 746 Copynumber: 1.9 Consensus size: 740
36031 ATTTGCAGTT
* *
36041 GAATTTTTTTCCATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTGAATGTCTTCCTTGTAAAACATCAAGA
1 GAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTGAATGTCTACCTTGTAAAACATCAAGA
* * * * *
36106 AAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGTCCATGCCTTCAAAAGCCTATTACTT
66 AAAAGGCATTCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTAATACTC
* *
36171 ACTTTAAATCATTTTATAACATTCAAAATTGATTTTAATTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAA
131 ACTTTAAATCATTTTATAACACTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAA
* **
36236 AATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAAAGACGTGAAAAAAATCAATTCATTGCCCAAAAAAG
196 AATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAAAGACATGAAAAAAATCAATTCATTGCAAAAAAAAG
* * * ** * *
36301 CCTATTTATAGTCATCCAAACTGTTGAAAGCCTTATCACTTGCTTTCAATAGTTTTATAATCTCA
261 CCTAATTATAGTCAGCCAAACTGTTAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATAGTTTCATAATCTCA
* * *
36366 TAATTGATTTTAATGTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACC
326 TAATTAATTTTAATGTAAATTGTTTTACATATTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACC
* * * * *
36431 TCGAGAAATGTGAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCTAT
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* *
36496 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTGTATAATCTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACGTT
456 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTGTATAATCTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATT
* * **
36561 GTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGTGAAAAAAAAGATATTCATTA
521 GTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAATAAGAAAAAAAAGATATTCATTA
* * * ** * *
36626 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAGTAGTTT
586 GCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCTAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* *
36691 TGTAACCTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATTTTGAACATTTTTTAGTCAAAACAGATAATAATTC
651 TGTAACCTCAAAATTGATCTTAAGTTGAA--TT----ATTTTTTAGTCAAAACAGATAATAATTC
36756 AATGTTTGACATGAGAAATGTAAAGAAAGTG
710 AATGTTTGACATGAGAAATGTAAAGAAAGTG
* * ** *
36787 GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AGGATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GGAACATGAAG
1 GAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA-GATCATAATTGAATGTCTACCTTGTAAAACATCAAG
* * * * * * *
36850 AAAATA-TCATTCACTGGCAAGAGAAGTTCATTTGTAGTTATCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATA
65 AAAA-AGGCATTCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCC-TAATA
* ** * * *
36914 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAAC-CTC-ATATATGATTTTGAGTTGAATTCT-TTTACATTTTTG
128 CTCACTTTAAATCATTTTATAACACTCAAAAT-TGATTTTAAGTTGAATT-TGTTTACATTTTTA
* *
36976 GTTAAAATAGATTATACTTGAATGTTTGCCTTGAAAA-ACATGAAGAAAAAGTC-ATTCATTG-A
191 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TCAAAAGACATGAA-AAAAA-TCAATTCATTGCA
* ** *
37038 AATAAAAAGTCTAATTATAGTC-GCCTATTCT-TTCAAAAGCCTTA-CTACTCACTTTAAATGGT
253 AA-AAAAAGCCTAATTATAGTCAGCC-AAACTGTT-AAAAGCCTTATC-ACTCACTTTAAATAGT
* * * *
37100 TTCGTTATCTCATAATTAATTTTAA-GTTAAATGTTTTTTACATATTTGGTTAAAA-AAATTTAT
314 TTCATAATCTCATAATTAATTTTAATG-TAAAT-TGTTTTACATATTTAGTTAAAACAAA-TTAT
* *
37163 AATTGAATGTTTACCTTAGA-AAACGTAAAGAAAACCT-GTTCATTAGCAAGAAAAGCACATTTA
376 AATTGAATGTTTACC-TAGAGAAACGTAAAGAAAAACTAATTCATTAGCAAGAAAAGCACATTTA
* *
37226 TAGTCACCTAAGCCT-TCGAAAG-CTCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT-T
440 TAGTCACCCAAG-CTATCAAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGG--TTG-----T-ATAATCT
* * * * **
37288 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTGGCTCGA
495 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTGTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTCTACCTCGA
* * * * **
37353 GAAATAAGAAGAAAAAGCTATTCATTTGCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCTAAACCTTTGAA
559 AAAATAAGAAAAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCTAAACCTTCAAA
* * *
37418 AGCCTTATTGCTCGCTTTAAAT-GATTTTGTAATCTCATAATTGATCTTAAGTTGAATT-TTTTT
624 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTGTAACCTCAAAATTGATCTTAAGTTGAATTATTTTT
37481 ATATTTTTTT
Statistics
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0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
744 3 0.01
745 127 0.22
746 216 0.37
747 61 0.11
748 6 0.01
752 2 0.00
753 52 0.09
754 110 0.19
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (740 bp):
GAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTGAATGTCTACCTTGTAAAACATCAAGA
AAAAGGCATTCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTAATACTC
ACTTTAAATCATTTTATAACACTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAA
AATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAAAGACATGAAAAAAATCAATTCATTGCAAAAAAAAG
CCTAATTATAGTCAGCCAAACTGTTAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATAGTTTCATAATCTCA
TAATTAATTTTAATGTAAATTGTTTTACATATTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACC
TAGAGAAACGTAAAGAAAAACTAATTCATTAGCAAGAAAAGCACATTTATAGTCACCCAAGCTAT
CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTGTATAATCTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATT
GTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAATAAGAAAAAAAAGATATTCATTA
GCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCTAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
TGTAACCTCAAAATTGATCTTAAGTTGAATTATTTTTTAGTCAAAACAGATAATAATTCAATGTT
TGACATGAGAAATGTAAAGAAAGTG
Found at i:42205 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 41404--42765 Score: 958
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 169
41394 NNNNNNNNNN
* * * *
41404 TATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTACAATTA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTG
* * * **
41469 AATGTTTACCTCAAGAAACATTAAGAAAAACCCATTCATTAACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
65 AATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCA
* * * * * * *
41534 C-CTAACCCTTCAAAAACCTTATTGCTCTCTTCAAATGATTT
129 CTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * *
41575 TATAACCTTATAATTGATTTTAACTTGAATTGTTTTACATTTTTTATCAAAACATATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTG
* * * * * * *
41640 AATGTCTACCTTGTGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
65 AATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCA
* * * ** * *** * *
41705 CCCATGTCTTTAAAAGCTTTATTACTTGTTTTATATGATTT
129 CTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * * *
41746 TATTATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAACTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTG
* * * * * * **
41811 ACTGTTTGCATTGAGAAACATGAAGACAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAATTACATTTATAGTCA
65 AATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAA-GCCATTTATAGTCA
* * ************************ *
41876 CCCATGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAA---TCT
129 CTCAAGC-CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA-AATGGTTT
* * * * * * * * *
41916 CATAAT-TGAT-TTTAAGTTGAA-TTG---TTTTA-CTTTTTTTGTTAAAACATATTGA-AATTA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATT-ATAATTG
** **
41973 AATGTTTAACTCGAGAAACATGAA-AAGAAACCCATTCATTGAAAAGAAAAGGCCATTTATAGTC
65 AATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAA-AAACCCATTCATTGGCAAGAAAA-GCCATTTATAGTC
* ** * * * *
42037 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACGTTAAATAGTTT
128 ACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
*
42079 TAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTCTTACATTTTTTGTTAAAACCA-ATTATAAT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTT-TTACATTTTTTGTTAAAA-CATATTATAAT
* * * * *
42143 TGAATGTTTTCCTCAAGAAACGTCAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGC
63 TGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCC-ATTTATAGT
* *
42208 CACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
127 CACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * *
42251 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATCACAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTG
** * * * **
42316 AATGTTTGTTTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCTTTTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
65 AATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCA
* ** *
42381 CTCAAGCCTTCGAAAGCGTTATTACTTGCTTTCAATGGTTT
129 CTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * * * *
42422 TATAATCTTATAGTTCATTTTAAGTTGTATTTTTCTACTTTTTTTATTAAAATATATTGTAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTG
* * * * * ** * *
42487 AATGTGTGCCTTGAGAAA-TTGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGATATGAAAAGTCCATTTATAGTT
65 AATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTC-ATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTC
** * *
42550 ACTCAATACTTCGAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTT
128 ACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * *
42592 TAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATCA-ACTATCAT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTTGTTAAAA-CATATTATAAT
* * * * * * * *
42656 TGAATGTTTGCTTCAAGAAACGTCAAGCAAAACCCATTCATTGGGAAGAATAGACAATTTATAGT
63 TGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGT
* * *
42721 CACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTT
127 CACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
42764 TA
1 TA
42766 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
160 2 0.00
161 3 0.00
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGA
ATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCATTTATAGTCACT
CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
Found at i:44629 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 44310--45138 Score: 515
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 170
44300 NNNNNNNNNC
* * * * **
44310 CCATTCATTG-CTAAGAAAAGTCAATTTATACTCACTCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCGTT
1 CCATTCATTGAC-AAGAAAAGTC-AGTTATACTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * *
44374 TTAAATAGTTTTATAATCTCATCATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTCTAGTTAAAATA
64 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTCTAGTTAAAACA
*
44439 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGTGAAACATAAAGA-AAAA
129 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGACAAAA
* * *
44480 GCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCGTTCATACTCACCCATGCATTCGAAAGCCTTATTACTCACT
1 -CCATTCATTGACAAGAAAAGTCAGTT-ATACTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * **********
44545 TTATATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTAAATTTTTTTATANNNNNNNNNNAAACA
64 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTCTAGTTAAAACA
* ** *
44610 GATTATAATTGACTGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGACAAAA
129 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGACAAAA
* * * * * ****
44652 CCATTCAATAACAAGAAAAGTATAGTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTNNNNN
1 CCATTCATTGACAAGAAAAGT-CAGTTATACTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATTACT-CACT
***** * * * * * * *
44717 NNNNNT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACT-TTTTTGGTTTAAAC
64 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TATTTCTAGTTAAAAC
* * * *
44780 ATATTATAATT-AATGTTTTCATTGAGAAACATAAAGA-AAAA
128 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGACAAAA
* * * * * ** * * * * *
44821 CCCATTTATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAACCCTTCAAATGCCTTACTACACGCT
1 -CCATTCATTGACAAGAAAAG-TCAGTTATACTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * * * * * * *
44886 TTAAATGGTTTTATAACCTCATTATTGATTTTAACTTGAATTGTTTTACATTTTTACTTAAAACA
64 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTCTAGTTAAAACA
********* *
44951 GATTATAATTGAATGT-TNNNNNNNNNNAACATGAAGA-AAAA
129 GATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACATAAAGACAAAA
* * * ** * * * * *
44992 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTTATTCCTTTAAAAGCCTTACTACTCGCT
1 -CCATTCATTGACAAGAAAAGT-CAGTTATACTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * * * * *
45057 TTAAATAGTTTTAGAATCTCATAATTGATCTTAAATTGAA-TGTTTTATGCATTTTTGGTTAAAA
64 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT--ATTTCTAGTTAAAA
*
45121 CTGATTATAATTGAATGT
127 CAGATTATAATTGAATGT
45139 TTGCCTCAAG
Statistics
Matches: 514, Mismatches: 129, Indels: 29
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Matches are distributed among these distances:
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CCATTCATTGACAAGAAAAGTCAGTTATACTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
AAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTCTAGTTAAAACAGA
TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGACAAAA
Found at i:53329 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 53314--53384 Score: 133
Period size: 21 Copynumber: 3.4 Consensus size: 21
53304 CTCTTAGTTG
53314 ATTAAGTGATGCTCTTAATCA
1 ATTAAGTGATGCTCTTAATCA
53335 ATTAAGTGATGCTCTTAATCA
1 ATTAAGTGATGCTCTTAATCA
53356 ATTAAGTGATGCTCTTAATCA
1 ATTAAGTGATGCTCTTAATCA
*
53377 ACTAAGTG
1 ATTAAGTG
53385 TTCACTGTCT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (21 bp):
ATTAAGTGATGCTCTTAATCA
Found at i:59223 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 58938--59515 Score: 652
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 169
58928 CAAGCCTTCG
* * * * * *
58938 AAAGCCTTATTACTCACTTTTAATGGTTTTATAATCTTACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTA
* *
59003 ATATTTTCAGTTAAAATAGATTATAGTTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGGAGAAAAAGACATT
66 AAATTTTTAGTTAAAATAGATTATAGTTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGGAGAAAAA-ACATT
*
59068 CATTGATAAAAAAAGTCTAATTACAATCACCCATTCTCTCA
130 CATTG-TAAAAAAAGTCTAATTACAGTCACCCATTCTCTCA
* * * *
59109 AAAGCCTTATCATTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATGGTTTA
1 AAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTA
* * * *
59174 AAATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAACCCATT
66 AAATTTTTAGTTAAAATAGATTATAGTTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGGAGAAAAA-ACATT
* * * * * * * *
59239 CATTTGTAGAAAAAGCCTATTTATAGTCACCAAATCCTTTGA
130 CA-TTGTAAAAAAAGTCTAATTACAGTCACC-CATTCTCTCA
* * * * ***
59281 AAAGCCTTATTACTCACTTTTAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTATGTTGAATTGTNNN
1 AAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTA
******* * * *
59346 NNNNNNNTAGTTAAAATAGATTATAGTTGAATATTTACCTTGGAAAACATGGAGAAAAAAGCATT
66 AAATTTTTAGTTAAAATAGATTATAGTTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGGAGAAAAAA-CATT
* * *
59411 TATTGGCAAGAAAAGTCTAATTACAGTCACCCATTCTCTCA
130 CATT-GTAAAAAAAGTCTAATTACAGTCACCCATTCTCTCA
* * * *
59452 AAAACCTTATCAGTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTT
1 AAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTT
59516 TACNNNNNNN
Statistics
Matches: 331, Mismatches: 72, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
171 197 0.60
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AAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTA
AAATTTTTAGTTAAAATAGATTATAGTTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGGAGAAAAAACATTC
ATTGTAAAAAAAGTCTAATTACAGTCACCCATTCTCTCA
Found at i:60386 original size:168 final size:161
Alignment explanation
Indices: 60126--60458 Score: 320
Period size: 168 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
60116 ATTTAAATAG
* * *
60126 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTAGATTTCTGGTTAAAATAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTAGATTTCTGGTTAAAACAAATTATAA
* *
60191 TTAACTGACTACCTTGAGAAACATGAAGAA-AAGGCCATTTATTGACAACAAAAGTTCA-TTATA
65 TTAACTGACTACCTTGAGAAACATGAAGAAGAAGG-CATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATA
60254 GTCACC-CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC-T
129 GTC-CCTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAT
** *
60286 TTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAA-TGAATTTTAAGTT-ATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAA
1 TTT----------TATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTAATTTTTTTAGATTTCTGGTTAAAA
* * * * * ** *
60349 CAAATTATAATTGATTGTCTGCCTTG-GAAAACATGAAGAAGAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAG
55 CAAATTATAATTAACTGACTACCTTGAG-AAACATGAAGAAGAAGGCATTCATTGACAACAAAAG
* *
60413 TCCATTTATAGTCCCTCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCAT
119 TCCATTTATAGTCCCTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAT
60456 TTT
1 TTT
60459 AAATGATTTT
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 18, Indels: 22
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
160 3 0.02
167 1 0.01
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ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (161 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTAGATTTCTGGTTAAAACAAATTATAAT
TAACTGACTACCTTGAGAAACATGAAGAAGAAGGCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGT
CCCTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAT
Found at i:60582 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 59748--61174 Score: 555
Period size: 171 Copynumber: 8.4 Consensus size: 171
59738 NNNAGTCACT
* * * * * **
59748 CAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAATT
1 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTT
* * * * * * * * * *
59813 AAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATTACAGTTGAATGTTTACCTTGAAAAACATGGAGA
66 GAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTACCTAGGAAAACATGAAGA
* * * * * * *
59878 AAAAGGCC--TTCATTGGTAACAAAAGTCCAATTACAGTCACT
131 AAAA--CCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGCCACC
** * * * *
59919 C-ATTCTCTCAAAAGCCTTATCT-TTCACTTTAAATAGTTTTGTAA-CATCATAATTGATTTTAA
1 CAAGCCT-TCAAAAGCCTTAT-TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC-TCAAAATTGATTTTAG
* ********* * * * ** * *
59981 GTTAAAT-TNNNNNNNNNNTTTAGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTTTGGCTTGGGAAACATG
63 GTTGAATGT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTACCTAGGAAAACATG
* * * *******
60045 AAGAAAAA-GTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATNNNNNNN
127 AAGAAAAACCT-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGCCACC
*** * * * *
60090 NNNGCTTTCGAAAGCCTAATTACTCGA-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGT
1 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGT
* * * * * * * * * *
60154 TAAATTTTTTTAGATTTCTGGTTAAAATAGATTATAATTAACTGACTACCT-TGAGAAACATGAA
65 TGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTACCTAGGA-AAACATGAA
* * * * ** *
60218 GAAAAGGCC-ATTTATTGACAACAAAAGTTCA-TTATAGTCACC
129 GAAAA-ACCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGCCACC
* ********* * *
60260 CATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TTTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAA-TGAATTTTAA
1 CA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATAGTTTTATAATCTCAAAATTG-ATTTTAG
* ** * * * * *
60322 GTT--ATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTTGGAAAACATGA
63 GTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTACCTAGGAAAACATGA
* ** * * *
60385 AGAAGAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCC-CT
128 AGAAAAACCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG-CCACC
* * *
60429 CATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCATTTTAAAT-GATTTTATAA-CTTCAAAATTGATTTTAGG
1 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATC-TCAAAATTGATTTTAGG
* * *
60492 TTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTTTACCTAAGG-AAATATGA
64 TTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTACCT-AGGAAAACATGA
*
60556 AGAAAAACCTATTGATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGCCACC
128 AGAAAAACCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGCCACC
* * *
60600 CAAGCCTTCAAAATCCTTATTACTCACTTTATATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT
1 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTT
* ******************** * ** *
60665 GAATTTTTTTACATTTTTAG-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTACCT-TGAGAAATGTGATG
66 GAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTACCTAGGA-AAACATGAAG
* * * * ** * *
60728 AAAAAGAC-ATTCAATGACAAAAAAAGTACATTTATAGTCTCC
130 AAAAA-CCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGCCACC
* * * ** * * ***
60770 CTTA-TCTTCGAAAGCCTTATTAACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTNNNN
1 C-AAGCCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT-TAG
****** * * *
60834 NNNNNNT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTGTACCTCAGG-AAATATG
63 GTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTACCT-AGGAAAACATG
* * *
60897 AAGAAAAACCTATTGATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGACAAC
127 AAGAAAAACCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGCCACC
* * * * * * * *
60942 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTACATGGTTTTATAATCTTATAATTCATTTTAAGCT
1 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTT
* * * * * * * *
61007 GTATTTTTTTTACTTTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAGCATGA
66 G-AATGTTTTTAC-ATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTACCTAGGA-AAACATGA
* * * * * * *
61070 TGCAAAAGCC-A-TC-TATGG-ATATGAAAGGTCCATTTACAGTCACT
128 AG-AAAAACCTATTCAT-TGGCA-A-GAAAAGCCCATTTATAGCCACC
* *
61114 CAAGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-AATAATTGATTTTA
1 CAAGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTA
61175 AGNNNNNNNN
Statistics
Matches: 920, Mismatches: 280, Indels: 111
0.70 0.21 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 71 0.08
169 55 0.06
170 125 0.14
171 473 0.51
172 179 0.19
173 16 0.02
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTT
GAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTACCTAGGAAAACATGAAGA
AAAACCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGCCACC
Found at i:61042 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 60840--61176 Score: 384
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 172
60830 NNNNNNNNNN
* *
60840 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTGTACCTCAG-GAAATATGAAG-AAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCT-AGAGAAACATGAAGCAAA
*
60903 AACCTAT-TGATTGGCA-A-GAAAAGCCCATTTATAGACAAC-CAAGCCTTC-AAAAGCCTTATT
65 AACC-ATCT-A-TGG-ATATGAAAAGCCCATTTACAGAC-ACTCAAGCCTTCGAAAA-CCTTATT
* *
60963 ACTCACCTTACATGGTTTTATAATCTTATAATTCATTTTAAGCTGTATT
124 ACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTCATTTTAAGCTGTATT
* * * * * *
61012 TTTTTTACTTTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAGCATGATGCAAA
1 TTTTTTAC-ATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGCAAA
* * * * *
61076 AGCCATCTATGGATATGAAAGGTCCATTTACAGTCACTCAAGCCTTCGAAAACCTTATTACTCGC
65 AACCATCTATGGATATGAAAAGCCCATTTACAGACACTCAAGCCTTCGAAAACCTTATTACTCAC
* *
61141 TTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAG
130 CTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTCATTTTAAG
61177 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 18, Indels: 16
0.80 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 7 0.05
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173 17 0.12
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGCAAAA
ACCATCTATGGATATGAAAAGCCCATTTACAGACACTCAAGCCTTCGAAAACCTTATTACTCACC
TTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTCATTTTAAGCTGTATT
Found at i:62428 original size:49 final size:51
Alignment explanation
Indices: 62343--62440 Score: 121
Period size: 49 Copynumber: 2.0 Consensus size: 51
62333 NNNNTAAATG
*
62343 GTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAA-TTTTTTTAC-ATTTTTT
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* * **
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* * * ** * * *
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* * * ** * **
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* **
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* * *
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* * * * *
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1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTATATTTTTTG-TTAAAATATATTAT
* * ** ** * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * *
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*
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TTGAATATCTACCTTAAGAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACACAAAAAGTTCATTTATTC
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* * *
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* *
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*
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*
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ATTGATTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATATCTACCTC
AAAAAAGTGAAAAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCTC
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63004 AGAAAAGCTC
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** * * * * *
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* * * * * *
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129 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * **
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* * ** * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * **
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*
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* * * *
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* * *** * ** * *
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************************** *
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* * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * **********
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* * * * * * *
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* * ** * * * * * *
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* * * ** ****
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126 -TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
****** * * * *
64382 NNNNNNTTTAAGCTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
1 ATTGATTTTAA-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * * *
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* ** * *
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** * * * * * * * *
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1 ATTGATTTTAA-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT-
* * * * *
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*
64680 CGAAAG-CTTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
128 CAAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
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** * * *
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** * * *
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* * * * *
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1 ATTGATTTTAA-TTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTACC
* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** *
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** * * * * * * * *
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*
65194 TAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
128 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * *
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1 ATTGATTTTAA-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTTTACCT
* * *
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* *
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* *
65407 ATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAC-TTTTTAGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTGTGT-C
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* ** * *
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* * * * * *
65534 TTAAAAGCGTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAA
127 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
65578 ATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATGTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTACCTT
1 ATTGATTTTAA-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * * * ** *
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65 GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * *
65707 AAAATCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATA
129 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* *
65749 TTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCT
1 ATTGATTTTAA-TTGAATTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT
* * ** ** * * *
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* * ** * *
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129 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
65920 ATTAATTTTGGATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTCTAATTGAGTGTCTACCTT
1 ATTGATTTT-AATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
** * * * * * * *
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65 GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * *
66050 AAAGCCTTATTACTCACTTTATATGATTTTATAATCTCATA
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* * ** * * * *
66091 ATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATGGATTATAATTCACTGTCTGCCTT
1 ATTGATTTTA-ATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * *
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* *
66220 AAAGCCTTATTACTTGCTATAAATGGTTTTATAATCTCATA
130 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
** * * ** * *
66261 ATTGATTTTAGGCTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATT
1 ATTGATTTTA-ATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
66313 AAAGTACATT
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Found at i:67030 original size:170 final size:170
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* * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
66760 TATAAAATATTTTAATCAAAAAAATAAAAAAATACAATTTAAAATC
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* * * **
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* * * * *
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* * *
66934 AATTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATC
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* * *
66976 AATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAA
1 AATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAA
** * * *
67041 AT-GGGTTTTCTTACCAAAGAACTGG-TTTTTCTTCATGTTTTTCTAGGCAAACATTCAATTATA
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* * * * * *
67104 ATCTCTTTTAACTAAAAATGTAATAAATATTCAACTCAAAATT
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* * * * * ** *
67147 AATTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAACGAATGGATGACTAT-A
1 AATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAA
* *
67211 ATCGAACTTTTC-TAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCTAAGGGAAACATTCAATTA
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* * *
67274 TAATCTGTTATAACCAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
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* * * * * * * * * *
67318 AATTTTAAGGTTATAAAACCGTTTAAAGCAAGTAATGAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAA
1 AATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAA
* * * ** *
67383 AT-GACTTTTCCTGCCAATGAGTTGGC-TTTTCTTCATGTTTCTTGAGGAAAACATTCAATTATA
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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********** *
67616 AATATANNNNNNNNNNAAATATTAAAAAATT-AACTTAAAATC
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* ** **
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* * * * *
67721 AAATGGGCTTTTCTTACTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTAT
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67786 AAT
129 AAT
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Matches: 935, Mismatches: 182, Indels: 75
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Consensus pattern (170 bp):
AATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAA
ATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAA
TTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
Found at i:67168 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 66464--67788 Score: 1110
Period size: 341 Copynumber: 3.9 Consensus size: 341
66454 NNNNNNNNNN
* * *
66464 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGTATGACTATA
1 AATTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAA-TAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATA
* * * * * * *
66528 AATGGT-CTTTTTTTACTAATGAA-CGACTTTTTCTTTACGTTTTCTAAAGCAAACATACAATTA
65 AATGATACTTTTCTTACTAATGAATGGACTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTA
* * * * * * *
66591 TATTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
130 TAATATTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCA
* * * * *
66656 TTTAAAACGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAACGAACTTTTCGTATCAATAG
195 TTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTACCAA-AG
* * * * * **
66721 -ATGGCTTTTACTTCACGTTT-TCCAA-GCTAGACA-CCTAATTATAAAATATTTTAATCAAAAA
258 AATGG-TTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGC-AAACATTC-AATTATAATCTATTTTAATCAAAAA
* *
66782 AATAAAAAAATACAATTTAAAATC
319 TAT-AAAAAATTCAATTTAAAATC
* * * * *
66806 AATGA-AGGCATTATC-AAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTAT
1 AATTATAAG-ATTA-CAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTAT
* * *
66869 AAAT-ATACTTTTCTTA-TCAATAAATAG-TTTTTTCTTCATG-TTTCTCAAGGCAAACATTCAA
64 AAATGATACTTTTCTTACT-AATGAATGGACTTTTTCTTCATGTTTTCT-AAGGCAAACATTCAA
*
66930 TTATAAT-TTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAA
127 TTATAATATTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAA
* * **
66994 CTATTTAAAGTGAGTAATAA-AGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGTTTTCTTACCAA
192 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGA-CTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGACTTTTCTTACCAA
* *
67058 AGAACTGGTTTTTCTTCATGTTT-TTCTAGGCAAACATTCAATTATAATCTCTTTTAA-CTAAAA
256 AGAA-TGGTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATC-AAAA
* * * *
67121 ATGTAATAAATATTCAACTCAAAATT
318 ATATAA-AAA-ATTCAATTTAAAATC
* * * * *
67147 AATTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAACGAATGGATGACTAT-A
1 AATTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAA
* *
67211 ATCGA-ACTTTTC-TAGCCAATGAATGG-CTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGGAAACATTCAATT
66 AT-GATACTTTTCTTA-CTAATGAATGGACTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATT
* * * * * * * *
67273 ATAATCTGTTATAACCAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGGTTATAAAACC
129 ATAATATTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACC
* * * * * * * * *
67338 GTTTAAAGCAAGTAATGAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGACTTTTCCTGCCAATGA
194 ATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGACTTTTCTTACCAAAGA
* * * * *
67403 GTTGGCTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGAAAACATTCAATTATAACCTATTTTAATCAAAAATATA
259 -ATGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATA
67468 AAAAAGTTCAATTTAAAATC
323 AAAAA-TTCAATTTAAAATC
* * * * * * * * *
67488 CATTATGAGATTATAACACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGAGTGACAATA
1 AATTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGA-TGACTATA
* * * * *
67552 AATGGA-A-TTTT-TGTGCTAATGGATGG-CGTTTGT-TTCATG-TTTCTCAAGGTAGACATTCA
65 AAT-GATACTTTTCT-TACTAATGAATGGAC-TTTTTCTTCATGTTTTCT-AAGGCAAACATTCA
*********** * * * **
67611 ATTATAATATANNNNNNNNNNAAATATTAAAAAATT-AACTTAAAATCAATAATGTCATTATC-A
126 ATTATAATATTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-CAA
** * *
67674 AACCAAGTAAAGCGA-TCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTAC
190 AACCATTTAAAGCGAGT-AATAAGACTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTAC
* * *
67738 TAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAAT
253 CAAAGAAT-GGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAAT
67789 ATGTNNNNNN
Statistics
Matches: 794, Mismatches: 150, Indels: 79
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
339 6 0.01
340 131 0.16
341 382 0.48
342 269 0.34
343 6 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
AATTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAA
ATGATACTTTTCTTACTAATGAATGGACTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTAT
AATATTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCAT
TTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGACTTTTCTTACCAAAGAAT
GGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAA
AATTCAATTTAAAATC
Found at i:67464 original size:512 final size:511
Alignment explanation
Indices: 66464--67556 Score: 1263
Period size: 512 Copynumber: 2.1 Consensus size: 511
66454 NNNNNNNNNN
* * * *
66464 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGTA-TGACTATA
1 AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG-AGTGACTATA
* * * *
66528 AATGGTCTTTTTTTACTAATGAACGACTTTTTCTTTACGTTTTCTAAAGCAAACATACAATTATA
65 AATGGTCTTTTCTTACCAAAGAACGACTTTTTCTTCACGTTTTCTAAAGCAAACATACAATTATA
* * * * *
66593 TTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
130 ATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTCAAAATCAATTATAAGATTACAAAACCATT
** * *
66658 TAAAACGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAACGAACTTTTCGTATCAATAGAT
195 TAAAACGAGTAATAAGACTTTCGAAGAATGGAGTGACTATAAACGAACTTTTCGTACCAATAGAT
* * * *
66723 GGCTTTTACTTCACGTTTTCCAAGCTAGACACCTAATTATAAAATATTTTAATCAAAAAAATAAA
260 GGCTTTTACTTCACGTTTTCCAAGCGAAACACCTAATTATAAAATATTATAACCAAAAAAATAAA
* * *
66788 AAAATACAATTTAAAATCAATGAAGGCATTATCAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTAA
325 AAAATACAACTTAAAATCAATGAAGG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGCCTTTTAA
* * * * **
66853 AGGCTTGGGTGACTATAAATATACTTTTCTTATCAATAAATAGTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG
389 AGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCCTACCAATAAATAGGCTTTTCTTCATGTTTCTCAAG
* * * * *
66918 GCAAACATTCAATTATAATTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATC
454 GAAAACATTCAATTATAACTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * *
66976 AATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAA
* * * * *
67041 ATGG-GTTTTCTTACCAAAGAACTG-GTTTTTCTTCATGTTTTTCT-AGGCAAACATTCAATTAT
66 ATGGTCTTTTCTTACCAAAGAAC-GACTTTTTCTTCACG-TTTTCTAAAGCAAACATACAATTAT
* * *
67103 AATCTCTTTTAACTAAAAATGTAATAAATATTCAACTCAAAATTAATTATAAGATTACAAAACCA
129 AATCTATTTTAACTAAAAATGTAA-AAACATTCAACTCAAAATCAATTATAAGATTACAAAACCA
** * * * *
67168 TTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAACGAATGGA-TGACTATAATCGAACTTTTC-TAGCCAAT
193 TTTAAAACGAGTAATAAGACTTTCGAA-GAATGGAGTGACTATAAACGAACTTTTCGTA-CCAAT
* * * * * ** *
67231 -GAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGGAAACA-TTCAATTATAATCTGTTATAACCAAAAA
256 AG-ATGGCTTTTACTTCACGTTTTCCAAGCGAAACACCT-AATTATAAAATATTATAACCAAAAA
** * * * *
67294 TTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGG-TTATAAAACCGTTTAAAGC-AAGTAATGAG
319 AATAAAAAAATACAACTTAAAATCAA--TGAAGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAA-TAATAAG
* * * * *
67357 CCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCCTGCCAATGAGTTGGCTTTTCTTCATGT
381 CCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCCTACCAATAAATAGGCTTTTCTTCATGT
** * * *
67421 TTCTTGAGGAAAACATTCAATTATAACCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAGTTCAATTTAAAA
446 TTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAA-CTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
67486 TC
510 TC
* * *
67488 CATTATGAGATTATAACACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACAATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAA
67553 ATGG
66 ATGG
67557 AATTTTTGTG
Statistics
Matches: 484, Mismatches: 85, Indels: 24
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 118 0.24
512 357 0.74
513 4 0.01
514 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (511 bp):
AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAA
ATGGTCTTTTCTTACCAAAGAACGACTTTTTCTTCACGTTTTCTAAAGCAAACATACAATTATAA
TCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTCAAAATCAATTATAAGATTACAAAACCATTT
AAAACGAGTAATAAGACTTTCGAAGAATGGAGTGACTATAAACGAACTTTTCGTACCAATAGATG
GCTTTTACTTCACGTTTTCCAAGCGAAACACCTAATTATAAAATATTATAACCAAAAAAATAAAA
AAATACAACTTAAAATCAATGAAGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGCCTTTTAAAG
GCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCCTACCAATAAATAGGCTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGA
AAACATTCAATTATAACTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
Found at i:68424 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 68023--69116 Score: 846
Period size: 171 Copynumber: 6.5 Consensus size: 171
68013 NNNNNNNNNN
* ** * * ** *
68023 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAGCATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGCTATAAAACCATTTAA
1 TGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCATTTAA
* * * * * **
68088 AGCGAGTAATAAGACTTTTAAAGGCTTCA-GTGACTATAAATAGAC-TTTCATATCAAT-AGATG
66 AGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATG
*** * * * * *
68150 ACTTTTGT-TTCCCATTTCCCAA-GCTAGACGTTCAACTATAATA
129 ACTTTT-TCTTCATGTTTCTCAAGGC-AAACATTCAATTATAATC
* * * * ** * * *
68193 TATTTTAATAAAAAAAGTAAAAAGATGCAATTTAAAATCAATTAAG-GCATTATC-AAACCATTT
1 TGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAG-ATTA-CAAAACCATTT
* * * * * *
68256 AAAACAAGCATTAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACGATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATG
64 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* *
68321 ACTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATT
129 ACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATC
*
68364 TGTTTTCATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCATTTAA
1 TGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCATTTAA
* * * * *
68429 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGATTATAAATGTG-CTTTTCTTGCCAATGAATGG
66 AGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTGCCAATGAATGA
* * ** * * *
68493 GTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGACAAATATTCAATTATCATC
130 CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATC
* * * * * *
68535 TATTTTAATTAAAAATATAAAAAACATTCAACTCAAAATTAATTATGAGATTACAAAACTATTTA
1 TGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAA-ATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCATTTA
** * * ** * * * *
68600 AAGTGAGTAGTAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTACAATTAGACTTTT-TTAGCCAATGAATC
65 AAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATG
* *
68664 ACTTTATCTTTATGTTTC-CTAAGGCAAACATTCAATTATAATC
129 ACTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATC
* * * *
68707 TGTTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAA
1 TGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCATTTAA
* * * *
68772 AGTGAA-TAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAACGG
66 AG-CAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA
* *
68836 GTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATC
130 CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATC
* * * *
68878 TATTTTAA-C--------------ATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAA
1 TGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCATTTAA
* * ** * ** * *
68928 AGTGAA-TAGTAAGGCTTTTGAATGAAT-GGATGACTA-CAATGAGACTTTTGTTGCCAATGAAT
66 AG-CAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGG-TGACTATAAATG-GACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * *
68990 GGCTTTTTTTTCACGTTT-TCTAAGACGAACATTCAATTATAATC
128 GACTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATC
* * * * * * * * *
69034 TATTTTAACCACAAATGTAAAAATATTCAATTTAAAATCAGA-TATGAGTTTATAAAACCATTTA
1 TGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTA-ATTATGAGATTACAAAACCATTTA
*
69098 AAGCGAGTAATAAGGCTTT
65 AAGCAAGTAATAAGGCTTT
69117 TGAACGCATG
Statistics
Matches: 744, Mismatches: 143, Indels: 73
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
155 8 0.01
156 125 0.17
157 1 0.00
169 2 0.00
170 87 0.12
171 376 0.51
172 145 0.19
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCATTTAA
AGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC
TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATC
Found at i:69024 original size:156 final size:156
Alignment explanation
Indices: 68735--69042 Score: 406
Period size: 156 Copynumber: 2.0 Consensus size: 156
68725 AAAAAAATTT
* * **
68735 AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCAAAGGCTTA
1 AACTCAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCAAAGGAATA
* * * * *
68800 GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAACGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACA
66 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAACGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGACAAACA
68865 TTCAATTATAATCTATTTTAACATTC
131 TTCAATTATAATCTATTTTAACATTC
* ** *
68891 AACTCAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAATAGTAAGGCTTTTGAATGAAT-
1 AACTCAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCAAAGGAATA
* * * * *
68955 GGATGACTA-CAATGAGACTTTTGTTGCCAATGAATGGCTTTTTTTTCACGTTT-TCTAAGACGA
66 GG-TGACTATAAATG-GACTTTTCTTGCCAATGAACGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGACAA
69018 ACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
128 ACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
69043 CACAAATGTA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 18, Indels: 6
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
155 8 0.06
156 123 0.94
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (156 bp):
AACTCAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCAAAGGAATA
GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAACGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGACAAACA
TTCAATTATAATCTATTTTAACATTC
Found at i:70004 original size:29 final size:31
Alignment explanation
Indices: 69940--70004 Score: 71
Period size: 29 Copynumber: 2.1 Consensus size: 31
69930 ACTAAGTCGT
* *
69940 CTCTGTCTCTAAACCCAGTTTCTGGCAATGGG
1 CTCTGTCTCTAAA-CCAGTTTCTGGCAATAGC
* *
69972 CTCTGTCTCTAAA-CA-TTTCTGGTAGTAGC
1 CTCTGTCTCTAAACCAGTTTCTGGCAATAGC
70001 CTCT
1 CTCT
70005 TAGTCGTCTA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 4, Indels: 3
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
29 14 0.48
30 2 0.07
32 13 0.45
ACGTcount: A:0.18, C:0.28, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (31 bp):
CTCTGTCTCTAAACCAGTTTCTGGCAATAGC
Found at i:71501 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 71051--73351 Score: 2172
Period size: 171 Copynumber: 13.5 Consensus size: 171
71041 ACTTAAAATT
* * * * * * ** *
71051 AATGAACTTTTCTTGCCAAGGAACGGATTGTTCTTTATGTTTTTTGAGGCAAACATTCAATTATA
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATA
* * * * *
71116 ACCTGCTTTAACCAAAAATGTAAAAGAACATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCA
66 ATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * *
71181 TTTAAAGTGAGTAGTAAAGCTTTTGAACGAATGCGTGACTATA
129 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * ** * * * * *
71224 ATTAGACTTTT-TAGCCAAAAAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACA
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATA
* * * * * *
71288 ATCTTTTTTAACCAAAAATGTGAAAACATTCAACTCAAAATC-ATATATGAGGTTATAAAACCAT
66 ATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACCAT
* * *
71352 CTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTAATGCATGGGTGACTATA
130 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * * ** * *
71394 AATGGACTTCTCTTGTCAATAAAAGGCTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAAACATTCAATTAGA
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATA
** * * *
71459 ATCTGTTTTAATGAAAAATATTAAAAAATTTAACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
66 ATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * *
71524 TAAAACGAGTATTAAGGCTTTTGAAGACTTGGGTGACTATA
131 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * * * *
71565 AATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGGGTTTTTCTTCATATTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATA
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATA
* * * * * *
71630 ATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAATAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
66 ATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * *
71695 GAAAACGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGCGACTACA
131 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * * * * *
71736 AATAGACTTTTGTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTCGAGGTAGACACTCAATTAT
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACATTCAATTAT
* * *
71800 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
65 AATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * *
71865 TTAATGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGTCTTAGGTGACTATA
130 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * * *
71907 AATGGACTTTTTTTGCCAATTAATGGCTTTTTCATCATGTTT-CTCGAGGCAAACATTTAATTAT
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACATTCAATTAT
* * * * *
71971 AATCTATTTTCA-CAAAAAGGTA-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAGACC
65 AATCTGTTTTAACCAAAAA--TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * *
72034 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTTGCTGACTATA
128 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * * ** * *
72078 AATGGGCTTTTCTTGCCAATGAACGGGTTTTTATTCATGTTTTTTGAA-GCAAATATTTAATTAT
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACATTCAATTAT
* * * *
72142 AACCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCA
65 AATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * ** * * *
72207 TTTGAAGTGAGTAGCAAGGTTTTTGAAAGAATGGGTGACTATA
129 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA
* * ** * * * * * *
72250 ATTGGACTTTTCTAGGTAATGAATAGCATTTTCTCCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTAAA
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATA
* * * * *
72315 ATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAACAATTCAACTCAAAATC-ATATCTGAGTTTATAAAACCAT
66 ATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACCAT
**
72379 TTAAAGCGAGTAATAAGAG-TTTTGAAGGCATGAATGA-TAATA
130 TTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGCATGGGTGACT-ATA
* * * * * * *
72421 AATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTTTA
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATA
* * * * * *
72486 ATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAATTTAATTATGAGATTACAAAACCATA
66 ATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * * * **
72551 TAATTG-GAGAAATAAAGCTTTCGTAGGCTTGGGCAACTATA
131 TAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA
* ** *
72592 AATGGGCTTTTCTTGCCAATGAACTGG-TTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGCAAACATTCAATTAT
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTAT
* *
72656 AACCTGTTTTAACCAAAAATATAAACAAACATGCAAC-TAAACATCAATTATGAGATTATAAAAC
65 AATCTGTTTTAACCAAAAATATAAA-AAA-ATTCAACTTAAA-ATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * *
72720 CATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAACGAATAGGTAACTATA
127 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * *
72765 ATTGGACTTTT-TTAACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTCT
1 AATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTAT
* ** * * * *
72829 AATCTATTTTAATAAAAAAATATGAAAAAATTTAACTTAAAAT-TATATATGAGGTTATAAAACC
65 AATCTGTTTTAA-CCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACC
* *
72893 ATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAATGCATGGGTGACTATA
128 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * * * * * *
72937 AATGGACTTCTCTTACCAATGAAAGGCTTTTTTTTCATGTTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATA
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATA
* ** * * * *
73002 ATATGTTTTAATGAAAAATGTAAAAATATTCAACGTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATT
66 ATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * *
73067 TAAAGTGAGTAAAAAAGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATA
131 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA
** * * * * *
73108 AATCAACTTCTGTTGCCAATGAATGACTTTTTC-TCA-------T--GGCAGACAGTCAATTATA
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATA
* * * *
73163 ATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTT-AAATCAATTATGAGATTGTAAAACCAT
66 ATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * *
73227 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGTATGGCTCACTATA
130 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA
* ** * * * *
73269 AATGGACTTTTGTTGCCAATGAACAGCTTTTTCTTCACGTTT-CTCAAAGCAGACATTCGATTAT
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACATTCAATTAT
73333 AATCTGTTTTAACCAAAAA
65 AATCTGTTTTAACCAAAAA
73352 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1749, Mismatches: 338, Indels: 84
0.81 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
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162 5 0.00
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Consensus pattern (171 bp):
AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATA
ATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA
Found at i:72428 original size:514 final size:514
Alignment explanation
Indices: 71057--73351 Score: 2470
Period size: 514 Copynumber: 4.5 Consensus size: 514
71047 AATTAATGAA
* * * * *
71057 CTTTTCTTGCCAAGGAACGGATTGTTCTTTATGTTTTTTGAGGCAAACATTCAATTATAACCTGC
1 CTTTTCTTGCCAATGAACGGGTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGCAAACATTCAATTATAACCTGT
*
71122 TTTAACCAAAAATGTAAAAGAACATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAA
66 TTTAACCAAAAATGTAAAA-AACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAA
* ** *
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130 GTGAGTAGTAAAGCTTTTGAACGAATGGGTGACTATAATTAGACTTTTTAGCCAATGAATGGCTT
* * * *
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* * *
71316 TTCAACTCAAAATCATATATGAGGTTATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTAATGC
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* * * *
71381 ATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGTCAATAAAAGGCTTTTTCTTCACATTTC-CTAAGGTA
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* * * *
71445 AACATTCAATTAGAATCTGTTTTAATGAAAAATATTAAAAAATTTAACGTAAAATCAATTATGAG
390 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACGTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * * *
71510 ATTATAAAACCATTTAAAACGAGTATTAAGGCTTTTGAAGACTTGGGTGACTATAAATAGA
455 ATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAG-CTTGGCTGACTATAAATGGG
* * * ** * *
71571 CTTTTCTTGCAAATGAATGGGTTTTTCTTCATATTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGT
1 CTTTTCTTGCCAATGAACGGGTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGCAAACATTCAATTATAACCTGT
* * * * * * * *
71636 TTTAACAAAAAATGTAAAATA-ATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAAA
66 TTTAACCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAG
* * * * * * * * *
71700 CGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGCGACTACAAATAGACTTTTGTTGCTAATGAATGGCTT
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* * * * * * *
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* * * * * *
71829 TTCAACTTAAAATCA-ATTATGAGATTATAAAACTATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGT
260 TTCAACTCAAAATCATA-TATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * * * *
71893 C-TTAGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATTAATGGCTTTTTCATCATGTTTCTC-GAGG
324 CATGA-GTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATATTTCTCTAAGG
* * * * * *
71956 CAAACATTTAATTATAATCTATTTTCA-CAAAAAGGTAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
388 TAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAAATTTAACGTAAAATCAATTAT
* * *
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452 GAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCG-AAGCTTGGCTGACTATAAATGGG
* * * *
72084 CTTTTCTTGCCAATGAACGGGTTTTTATTCATGTTTTTTGAAGCAAATATTTAATTATAACCTGT
1 CTTTTCTTGCCAATGAACGGGTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGCAAACATTCAATTATAACCTGT
* *
72149 TTGAACCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTGAAG
66 TTTAACCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAG
* * * * * ** * *
72214 TGAGTAGCAAGGTTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTAGGTAATGAATAGCAT
131 TGAGTAGTAAAGCTTTTGAACGAATGGGTGACTATAATTAGACTTTT-TAGCCAATGAATGGCTT
* ** * *
72279 TTTCTCCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTAAAATCTGTTTTAATCAAAAATAT-AAAACAA
195 TTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATGAAAACAA
* *
72343 TTCAACTCAAAATCATATCTGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGAG-TTTTGAAGG
260 TTCAACTCAAAATCATATATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGG
* * * *
72407 CATGAATGA-TAATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTC-CCAAGG
324 CATGAGTGACT-ATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATATTTCTCTAAGG
* * * * * *
72470 TAGACATTCAATTTTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAATTTAATTATG
388 TAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACGTAAAATCAATTATG
* * * * *
72535 AGATTACAAAACCATATAATTG-GAGAAATAAAGCTTTCGTAGGCTTGGGC-AACTATAAATGGG
453 AGATTACAAAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAAGCTTTCG-AAGCTT-GGCTGACTATAAATGGG
*
72598 CTTTTCTTGCCAATGAACTGGTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGCAAACATTCAATTATAACCTGT
1 CTTTTCTTGCCAATGAACGGGTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGCAAACATTCAATTATAACCTGT
* * *
72663 TTTAACCAAAAATATAAACAAACATGCAAC-TAAACATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
66 TTTAACCAAAAATGTAAA-AAACATTCAACTTAAA-ATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAA
* * * * *
72727 AGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAACGAATAGGTAACTATAATTGGACTTTTTTAACCAATGAATGGC
129 AGTGAGTAGTAAAGCTTTTGAACGAATGGGTGACTATAATTAGAC-TTTTTAGCCAATGAATGGC
* * * **
72792 TTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTCTAATCTATTTTAATAAAAAAATATGAAAA
193 TTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CCAAAAATATGAAAA
* * * *
72857 -AATTTAACTTAAAATTATATATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAA
257 CAATTCAACTCAAAATCATATATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * *
72921 TGCATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAAAGGCTTTTTTTTCATGTTT-TCTGAG
322 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATATTTCTCTAAG
* * * * * *
72985 GTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATGAAAAATGTAAAAATATTCAACGTAAAATTAATTAT
387 GTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACGTAAAATCAATTAT
* * * * * * ***
73050 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAAAAGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATCAA
452 GAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGCT-TGGCTGACTATAAATGGG
* * * ** * * **
73114 CTTCTGTTGCCAATGAATGACTTTTTC-TCA-------T--GGCAGACAGTCAATTATAATATGT
1 CTTTTCTTGCCAATGAACGGGTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGCAAACATTCAATTATAACCTGT
* **
73169 TTTAACTAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACCTT-AAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAA
66 TTTAACCAAAAATGTAAAAAACATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAA
* ** * * * * * * * * * **
73232 GCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGTATGGCTCACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAACAGCT
130 GTGAGTAGTAAAGCTTTTGAACGAATGGGTGACTATAATTAGACTTTT-TAGCCAATGAATGGCT
* * * *
73297 TTTTCTTCACGTTTCTCAAAGCAGACATTCGATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA
194 TTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA
73352 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1487, Mismatches: 264, Indels: 71
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
503 9 0.01
504 121 0.08
505 6 0.00
506 37 0.02
508 1 0.00
512 88 0.06
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517 5 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (514 bp):
CTTTTCTTGCCAATGAACGGGTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGCAAACATTCAATTATAACCTGT
TTTAACCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAG
TGAGTAGTAAAGCTTTTGAACGAATGGGTGACTATAATTAGACTTTTTAGCCAATGAATGGCTTT
TTCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATGAAAACAAT
TCAACTCAAAATCATATATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
TGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATATTTCTCTAAGGTAA
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACGTAAAATCAATTATGAGA
TTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGCTTGGCTGACTATAAATGGG
Found at i:73258 original size:161 final size:161
Alignment explanation
Indices: 72987--73291 Score: 459
Period size: 161 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
72977 TTTCTGAGGT
* * * *
72987 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAATGAAAAATGTAAAAATATTCAACGTAAAATTAATTATGA
1 AGACAGTCAATTATAATATGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* * * *
73052 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAAAAGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATCAACTT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAAGCTTTCGAAGGTATGGCTCACTATAAATCAACTT
73117 CTGTTGCCAATGAATGACTTTTTCTCATGGC
131 CTGTTGCCAATGAATGACTTTTTCTCATGGC
*
73148 AGACAGTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTTAAATCAATTATG
1 AGACAGTCAATTATAATATGTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATG
* * * **
73212 AGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGTATGGCTCACTATAAATGGACT
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAAGCTTTCGAAGGTATGGCTCACTATAAATCAACT
*
73277 TTTGTTGCCAATGAA
130 TCTGTTGCCAATGAA
73292 CAGCTTTTTC
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 15, Indels: 2
0.88 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
161 127 0.99
162 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (161 bp):
AGACAGTCAATTATAATATGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAAGCTTTCGAAGGTATGGCTCACTATAAATCAACTT
CTGTTGCCAATGAATGACTTTTTCTCATGGC
Done.