Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397853.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1158.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7903
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.11, T:0.32
Warning! 957 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:516 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--1093 Score: 740
Period size: 171 Copynumber: 6.4 Consensus size: 170
* * * * ** *
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGTGTGAGTGACTA
1 ATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTA
* * ********** ** *
66 TAAACGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCNNNNNNNNNNTGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTA
66 TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CCAAGTAGACATTTAATTA
* *
131 TGATCTGTTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAA
130 TTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* ********** *
172 ATCAATGATGAGGTTATAAAACCATTNNNNNNNNNNAATAAGGCTTTTGAGGGCATGGGTGACTA
1 ATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTA
* * * **** *
237 TAAATAAGG-CTTTTCTTACCAATAAATGGCTATTTCTTCATGTTTTTTGTAGTAGACATTCAAT
66 TAAAT--GGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCCAAGTAGACATTTAAT
** * * * *
301 TATTATCAATTTTATCCACAAATGTAAAACAATTTAACTTAAA
128 TATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * ** *
344 ATCAATTATGATGTTATAAAACGATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCGTGGGTGACTA
1 ATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTA
* * *
409 GAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTATCCCAAGATACACATTTAATTA
66 TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAG-TAGACATTTAATTA
* * * *
474 TTATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAATAATTCGACTTAAA
130 TTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
**
515 ATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAACGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTA
1 ATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTA
* * ** * *
580 TAAGTGGACTTTTCTTGTCGCTGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCCCGATGTAGACATTTAATTA
66 TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC-AAGTAGACATTTAATTA
* * * * * *****
645 TAATCTGTTTTAGCTAAAAATGTAAAAACATTTAACNNNNN
130 TTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
***** * * * * * *
686 NNNNNTTATGAGATCATAAAACC-TTT--TA-AAGTAATAAGGCTGTTGAAGGTATGGGTAACTA
1 ATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTA
* ** * * ** * * * *
747 TAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTCTCTTCACGTTTCTTGAGGAAGATAATTAATTA
66 TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CCAAGTAGACATTTAATTA
* * * *
812 TAATCTGTTTTAGCTAAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
130 TTATCTGTTTTAAC--CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* ********** * * * *
855 GTCAATTATGNNNNNNNNNNACCATTTAAAGCGAGTTATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTA
1 ATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTA
* * * * *
920 TAAATAGACTTTTCTT-TCTAATCAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATT
66 TAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CCAAGTAGACATTTAATT
* ********** *
984 ATAATCTNNNNNNNNNNAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAA
129 ATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * *
1026 ATCAATGATGAGGATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCATGGGTGACTA
1 ATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTA
1091 TAA
66 TAA
1094 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 707, Mismatches: 201, Indels: 28
0.76 0.21 0.03
Matches are distributed among these distances:
167 92 0.13
168 1 0.00
169 26 0.04
170 12 0.02
171 354 0.50
172 126 0.18
173 96 0.14
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
ATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTA
TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGTAGACATTTAATTAT
TATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
Found at i:1505 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 1329--1638 Score: 392
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
1319 TTTTGTAACC
* * * *
1329 TCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTCTTTTTACAGTTTTAGTTAAAACAGATTATAACCAAATGTT
1 TCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTGTACAGTTTT-GTTAAAACAAATTATAACCAAATGTC
* * *
1393 TACCTTGAGAAACGTG-AAAAAAAAGTCATTCATCGAT-TGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAT
64 TACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAAATCATTCATCGATAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAT
*
1456 GCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
129 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
*
1489 NNNNNNNNNNTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTGTATAGTTTTGTTAAAACAAATTATAAC
1 ----------TCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTGTACAGTTTTGTTAAAACAAATTATAAC
*
1554 TAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAAATCATTCATCGATAGGAAAAGTCCATTTATAG
56 CAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAAATCATTCATCGATAGGAAAAGTCCATTTATAG
*
1619 TCACCCATGCCTTCAAAAGC
121 TCACCAATGCCTTCAAAAGC
1639 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 11, Indels: 5
0.89 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 38 0.30
170 50 0.40
171 38 0.30
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (161 bp):
TCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTGTACAGTTTTGTTAAAACAAATTATAACCAAATGTCTA
CCTTGAGAAACATGAAAAAAAAAATCATTCATCGATAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGC
CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
Found at i:1676 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1196--2826 Score: 848
Period size: 171 Copynumber: 9.5 Consensus size: 170
1186 NNNNNNNNTG
* * * * * * * *
1196 GTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCT-AGAAACATG-AAGAAAAAGCAATCCATC-AG
1 GTTAAAACAAATTATAACTAAATGTTTACCT-TGAGAAACATGAAAAAAAAATC-ATTCATCGA-
* * * * * *
1258 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTGAAATGTCTTATTACTCACTTGAATTGGTTTT
63 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
1323 GTAACCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTCTTTTTACAGTTTT
128 ATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACAGTTTT
* * * *
1366 AGTTAAAACAGATTATAACCAAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGTCATTCATCGAT-
1 -GTTAAAACAAATTATAACTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAATCATTCATCGATA
* * ******
1430 TGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGNNNNNN
65 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
**** * *
1495 NNNNTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTGTATAGTTTT
130 AACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTT
*
1536 GTTAAAACAAATTATAACTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAAATCATTCATCGATA
1 GTTAAAACAAATTATAACTAAATGTTTACCTTGAGAAACATG-AAAAAAAAATCATTCATCGATA
* * **********
1601 GGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTAAATGGTTTTAT
65 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * *
1666 AATCTCATAATTAATTTTAAGATGAATTTTTTTTACATTTTTT
130 AACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA-GTTTT
* * * * * * * * *
1709 ATTAAAACAAATAATAAGTGAATGTTTACCTTGAGCAACATGAAAGAAAAAGCAATTCATTGACA
1 GTTAAAACAAATTATAACTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAATC-ATTCATCGATA
* * * *
1774 AGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATACCTTGAAAATCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
65 AGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
1838 TATCCTCATCATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTT
129 TAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTT
*********** * * * * * **
1880 GGTTAAAATNNNNNNNNNNTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATAT-ATTGGC
1 -GTTAAAACAAATTATAACTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAATCAT-TCATCGAT
* * * * * * *
1944 AAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCTATGCCTTCAAAAACTTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTA
64 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * ***
2009 TAATCTCATAATTGACTTTT-AGTTGAATTTTTTTATTTTTTTT
129 TAACCTCATAATT-AATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CAGTTTT
* * * * * * ** * * * ** * *
2052 GACTAAAATAGATTATAATTAATTATCTT-CCTCAAGAAACGTGAAGAGAAAGCCATTCATTGGT
1 G-TTAAAACAAATTATAACTAAATGT-TTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAATCATTCATCGAT
* * * * * * *
2116 AAGAAACGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTTAATAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTA
64 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * ********** * * *
2181 TGATCTCATAANNNNNNNNNNGTTAAATGTTTTTACATTTTT
129 TAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTT
* * * ** * * *
2223 AGCT-AAACTAGATTATAATTAAATGCCTACCTT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATCGA
1 -GTTAAAAC-AAATTATAACTAAATGTTTACCTTGA-GAAACATGAAAAAAAAATCATTCATCGA
* * * *
2286 CAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTATTAC-CTGCTTTAAATGGTTT
63 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTT
********** * *
2350 TATAACCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAATTATTTTACATTTTT
127 TATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTT
* * * * * ** * * * *
2394 GGTTAAAA-ATAATAATAATTAAATGTGTATCTTGAGATACATGAAGCAAAAGTGATTAATTGAT
1 -GTTAAAACA-AATTATAACTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAATCATTCATCGAT
* ** *
2458 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTTACTTTAAATTGTTTT
64 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-GAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
2522 ATAACATCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTACA-TTTGT
128 ATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTT-T
* * * * * * * *** * * * ** * * **
2565 GGATAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCACAAAAAACATGAAGAAATAGCCATTTATTGGCA
1 -GTTAAAACAAATTATAACTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAATCATTCATCGATA
* * ** **********
2630 AGAAAAG-CCTTATTTATAGTCACCCATGCCCTCAAAAGCCTTATTACTAACTTNNNNNNNNNNT
65 AGAAAAGTCC--ATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
2694 ATAACCTCATCATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT
128 ATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTT
* * * * ** * *** *
2737 GGTTAAAACAGATCATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGGCCATTCAT-TAGT
1 -GTTAAAACAAATTATAACTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAATCATTCATCGA-T
2801 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
64 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
2827 CACCTTCAAA
Statistics
Matches: 1138, Mismatches: 285, Indels: 74
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 38 0.03
170 115 0.10
171 529 0.46
172 333 0.29
173 123 0.11
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GTTAAAACAAATTATAACTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAATCATTCATCGATAA
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
ACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTT
Found at i:3619 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2986--4099 Score: 906
Period size: 171 Copynumber: 6.5 Consensus size: 170
2976 GTTTTATAAT
** * * * * * *
2986 CTCATAATCCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGATTAAAATAGATAATAATT-TATGTC
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTC
* * * * * *
3050 TGTCTCTT--GAAACATCAAGAAAAATCC-TTTCATT-AGTAAGAAAAGTGCATTTATAGTCA-C
66 T-AC-CTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTT-ATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * *
3110 CATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGCTTCATAAT
127 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGGTT-TTAAC
* * * * *
3155 ATCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAAA-GT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATT-AAATGT
* * * *
3219 CTACCTTAAGAAATGCGAAGAAAGAGCCATTTATT-AGGAAGAAAAG-CCTTATTTATAGTCACC
65 CTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGA-CAAGAAAAGTCC--ATTTATAGTCACC
** *
3282 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACAAGCTTTAAATAGTTTTATAAC
127 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGGTTT-TAAC
* * * * *
3327 CTCATCATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAACTAAATGTC
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTC
* * * * * ********** * *
3392 AACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATNNNNNNNNNNAGTCAATTTATAGTCACCCATA
66 TACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * *
3457 TCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTAGGAT
131 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGGTTTTA--AC
* * * * *
3498 CTCATAATTGATTTAAAGTTAAA-TGTTTTTACATTTTTGGCTAAAACATATTATAATTAAATGC
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTG-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTAAATGT
** * * *
3562 CTACCTTGGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCAT
65 CTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* *********
3627 GCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTANNNNNNNNNNTAAC
130 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA-AATAGGTTTTAAC
* * * * *
3669 CTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAAATGAATGTC
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTC
* * * * * *
3734 TATCTTGAGATACGTAAAGAAAAAGCTATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACG
66 TACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * * *
3799 CCTTCAAAACCCTTATTACTTGCTTTAAATCATGTTATAAT
131 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGGTTTTAAC
* * * * * * *
3840 ATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTGTGGATAAAATAGATAATAATTGAATGTC
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTC
* * * * * *
3905 TACCTCAAAAAACATGACGAAATAGCCATTTATTGGCAAGAAAAG-CCATATTTATAGTCACCCA
66 TACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTCC--ATTTATAGTCACCCA
* * * *
3969 TG-CTCTCAAAAGCCTCATTAGTAGCTTTTAAT-GGTTTTATAAC
129 TGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGG-TTT-TAAC
* * * * *
4012 CTCATCATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTAAATGT
*
4077 CTACCTCAAGAAACGTGAAGAAA
65 CTACCTTAAGAAACGTGAAGAAA
4100 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 747, Mismatches: 173, Indels: 46
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 54 0.07
170 39 0.05
171 416 0.56
172 187 0.25
173 48 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTC
TACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGGTTTTAAC
Found at i:4604 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4306--4673 Score: 423
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
4296 NNNNNNNNNN
* * * *
4306 ACCCATACCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCCATTTTAA
1 ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTTCATAATCTCATAATCCATTTTAA
* * **********
4371 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGANNNNNNNNNNTGAGAAACATGA
66 GTTGAATTTTGTTACAATTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA
** * * *
4436 AGAAAAAACCTTTCGTTAGTAAGAAAAGTACATTTATAGCC
131 AGAAAAAACCACTCATTAGCAAGAAAAGTACATTCATAGCC
* * * * **
4477 ACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAATAGCTTCATAATCTCATAATTGATTTTAA
1 ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTTCATAATCTCATAATCCATTTTAA
* *
4542 GTTGAATTTTGTTACAATTTTGGTTAAAATAGATTATAATT-AGATGTCTACCTTGAGAAACATG
66 GTTGAATTTTGTTACAATTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGA-ATGTCTACCTTGAGAAACATG
* * * *
4606 AAGAAAAAGCCACTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTC
130 AAGAAAAAACCACTCATTAGCAAGAAAAGTACATTCATAGCC
4648 ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
1 ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
4674 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 161, Mismatches: 35, Indels: 2
0.81 0.18 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 160 0.99
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTTCATAATCTCATAATCCATTTTAA
GTTGAATTTTGTTACAATTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA
AGAAAAAACCACTCATTAGCAAGAAAAGTACATTCATAGCC
Found at i:5285 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5093--7887 Score: 1499
Period size: 171 Copynumber: 16.4 Consensus size: 171
5083 NNNNNAATTG
* * *
5093 AGTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATAATAATTGAAGGTCTACCTCAACA
1 AGTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCGACA
* *
5158 AATATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTAAGAAAAG-CAAATTTATAGTCACTCATATCTTCAAAA
66 AATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTC-AATTTATAGTCACCCATATCTTCAAAA
***
5222 GCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAANNN
130 GCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATCC
******* * *
5264 NNNNNNNGTTG-AATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCGACCTC--C
1 AGTTTAAGTTGAAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCGAC
* * *
5326 GAAATCATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACACCCACAC
65 -AAAT-ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGT------CACCCATAT
* * *
5390 CTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCC
122 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATCC
* * * *
5440 ATTTTAATTTG-AATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACC-CTGA
1 AGTTTAAGTTGAAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTC-GA
* * * * * * * ** **
5503 GAAACATGAAGAAAAATCCTTTCATTAGTAAGAAAAAT-ACATTTATAGTCACCTATGCCTTTGA
64 CAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCA-ATTTATAGTCACCCATATCTTCAA
* * *********** **
5567 AAGCCTTATTACTCGCTTTT-AATAGCTTCNNNNNNNNNNAATTG
128 AAGCCTTATTACTCG-TTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATCC
* *
5611 AGTTTAAGTTGAAATTTTTTGCATTTTTTGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCGACA
1 AGTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCGACA
* * *
5676 AATATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCATTTTATAGTCACCCATATCTTCAAAAG
66 AATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATATCTTCAAAAG
* * **
5741 CCTTATTAGTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATGATTG
131 CCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATCC
* ********* * *
5782 ATTTTAAGTTG-AATNNNNNNNNNNTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTC-AG
1 AGTTTAAGTTGAAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCGAC
* * * * *
5845 GAATCATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACACCTTCAAA
65 AAAT-ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATATCTTCAAA
* * * *
5910 AGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT-A---
129 AGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATCC
**************************** * * * * *
5949 A--TTAA-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAG
1 AGTTTAAGT-TGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCGAC
* *** * ** *
6011 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCAAT-AGAAAAGT-ATATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAA
65 AAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCA-ATTTATAGTCACCCATATCTTCAAA
** * * **
6074 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATAG
129 AGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATCC
* * * * * * * * ** *
6117 ATTTTAAGTTGAATAGTTTTATA-TTTTTTGAG-TAAAACATATTATAATTAAATCTATATTTTG
1 AGTTTAAGTTGAA-A-TTTTTTACATTTTTG-GTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTA-CCTC
** * * ** * * * ** *
6180 GA-AAACGTGAAAAAAAAAGCCAGTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTTT
62 GACAAATATG-AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATATCTTC
* * * * **
6244 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTG
126 AAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATCC
* * * * * * * * * * *
6290 ATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTGGGTAAAACAGATTATAATTAAATCTCTACCTCTAGA
1 AGTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCGACA
* * ** * * * **
6355 AACATGAAGAAAAAGCTATTCATCAGCAAGAAATGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG
66 AATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATATCTTCAAAAG
*** * * **
6420 CCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTG
131 CCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATCC
* * * ** * * ** * *
6461 ATTTTGAGTTG-AATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACTGATTATAATTGAATGCCTATGTTGAG
1 AGTTTAAGTTGAAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCGAC
* * * * * **
6525 AAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
65 AAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATATCTTCAAAA
* * **
6590 GCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
130 GCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATCC
* * * * * * *
6632 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG-TAAAACAAATTATAATT-AAAGATTTACCTCAAG
1 AGTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATG-TCTACCTCGAC
* * * * * * * **
6695 AAACATCAAGAAAAAGCCATTCATCGGCAAGAAAAGTCTAGTTATACTCACCCATA-CTTTTGAA
65 AAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATATC-TTCAAA
* * * * * **
6759 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTG
129 AGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATCC
* ** * * * * *
6802 A-TTTGAAGTT-TAATTCTTTTACATTTTTTATTAAAATAAATTATTATTAAATGTCTGCCTCGA
1 AGTTT-AAGTTGAAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCGA
* * * * * * * * * ** *
6865 GAAATCTGAAGAAAGAGCGATACATTAGCTAA-AGAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCCA
64 CAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATATCTTCAA
* * * * **
6929 AAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATAATCTCAGAATTG
128 AAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATCC
* * * ** * * *** * *
6973 ATTTTAATTTTATTTTTTTTTTACATTCTTGGTTAAAACAGATTGCAATTGAATGTCTGCCT-AA
1 AGTTTAAGTTGA--AATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCGA
* * * ** * * *
7037 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAACCTATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCG
64 -CAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATA-TCTTC-
** ** * * **
7101 AAAA-CCTTACCACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
126 AAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATCC
* * * * * * * ** *
7146 ATTTTAAGTT-AATTTTTATTATATTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTGAATCTTTGCCTTAAG
1 AGTTTAAGTTGAAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCGAC
** * ** * * * **
7210 AAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTTGAA
65 AAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATA-TCTTCAAA
* ** * **
7274 AGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
129 AGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATCC
* * * * *
7317 ATTTTAAGTTG-AATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCGAC
1 AGTTTAAGTTGAAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCGAC
* ** * * *
7381 AAA-AGTGAAGAAAAAGACATTCATCAGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCA-CC-TATGCTTTCA
65 AAATA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATAT-C-TTCA
* * * *
7443 AAAGCCTTATTACTC-TCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAAACA
127 AAAGCCTTATTACTCGT-TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATCC
* * * *
7488 ATTTTAAGTTG-AATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
1 AGTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCGACA
* * * * * * * * * * ** *
7552 AATGTAAAGCAAGAGTCATTTATTGGCAAAAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAATG
66 AATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATATCTTCAAAAG
* * * * * **
7617 CCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTAAAACCTCATAATTG
131 CCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATCC
* * * *
7658 ATTTTAAGTTG-AATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAG
1 AGTTTAAGTTGAAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCGAC
* * * * * * ** *
7722 AAACATGAA-AAGAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAG-CTACCTATGCCTTCCA
65 AAATATGAAGAA-AAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTC-ACCCATATCTTCAA
* * *
7785 AAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-CC
128 AAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATCC
* * * * * *
7828 GACTTTAAGTTG-AATTTTGTT-TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCT
1 -AGTTTAAGTTGAAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCT
7888 TGAGAAACGT
Statistics
Matches: 2100, Mismatches: 443, Indels: 163
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Matches are distributed among these distances:
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165 58 0.03
166 4 0.00
167 1 0.00
168 1 0.00
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Consensus pattern (171 bp):
AGTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCGACA
AATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATATCTTCAAAAG
CCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATCC
Found at i:6869 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 5088--7903 Score: 2299
Period size: 341 Copynumber: 8.2 Consensus size: 339
5078 NNNNNNNNNN
* * * * * *
5088 AATTGAGTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATAATAATTGAAGGTCTACCT
1 AATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCT
** * ** * * * * * * **
5153 CAACAAATATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTAAGAAAAG-CAAATTTATAGTCACTCATATCTT
65 TGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * ********** *
5217 CAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAANNNNNNNNNNGTTGAATGTTT
129 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * *
5282 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCGACCTC-CGAAATCATGAAG-AAAAGCC
193 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AAAGTCTACCTCAAGAAA-CATGAAGAAAAAGCC
* * ** *
5345 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTACTT
256 ATTCATCGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT------CACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* *
5410 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
315 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
** * ** * * * *
5435 AATCCATTTTAATTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCC
1 AATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCT
* * * * * *
5500 TGAGAAACATGAAGAAAAA-TCCTTTCATTAGTAAGAAAAATACATTTATAGTCACCTATGCCTT
65 TGAGAAACGTGAAGAAAAAGT-CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
** * * *********** * *
5564 TGAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAATAGCTTCNNNNNNNNNNAATTGAGTTTAAGTTGAAATTTT
129 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * * * *
5629 TTGCATTTTTTGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCGACAAATATGAAAAAAAAGCCA
193 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AAAGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* ** * **
5694 TTCATTGGCAAGAAAAGTC-ATTTTATAGTCACCCATATCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGTTTTA
257 TTCATCGGCAAGAAAAGTCTA-TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* *
5758 AATGGTTTTATAATCTTAT
321 AATAGTTTTATAATCTCAT
* ********* ** * *
5777 GATTGATTTTAAGTTGAATNNNNNNNNNNTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACC-
1 AATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCT
* * * * * * **
5841 TCAGGAATCATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACACCT
65 TGA-GAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * **************
5905 TCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT-AATNNNNNNNNNNNNNN
128 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
**************
5969 NNNNNNNNNNNNNNT-----AGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
192 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAA-GTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * *
6029 ATTCATC--AATAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
256 ATTCATCGGCA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
6092 AAATAGTTTTATAATCTCAT
320 AAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * * **
6112 AATAGATTTTAAGTTGAATAGTTTTATATTTTTTGAGTAAAACATATTATAATTAAATCTATATT
1 AATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACC
* * * * *
6177 TTG-GAAAACGTGAAAAAAAAAGCCAGTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCC
64 TTGAG-AAACGTG-AAGAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * *
6241 TTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTT
127 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * *
6306 TTTTATATTTTTGGGTAAAACAGATTATAATTAAATCTCTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGC
191 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAA-GTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGC
* * * *
6371 TATTCATCAGCAAGAAATGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT
255 CATTCATCGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* *
6436 AAATGGTTTTATAACCTCAT
320 AAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * * * **
6456 AATTGATTTTGAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACTGATTATAATTGAATGCCTATGT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCT
* *
6521 TGAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC
65 TGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
*
6586 AAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
130 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * *
6651 TACATTTTTGG-TAAAACAAATTATAATTAAAGATTTACCTCAAGAAACATCAAGAAAAAGCCAT
194 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAAG-TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * ** **
6715 TCATCGGCAAGAAAAGTCTAGTTATACTCACCCATACTTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
258 TCATCGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
*
6780 TAGTTTTATAATATCAT
323 TAGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
6797 AATTGATTTGAAGTTTAATTCTTTTACATTTTTTATTAAAATAAATTATTATTAAATGTCTGCCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCT
* * * * *
6862 CGAGAAATC-TGAAGAAAGAG-CGATACATTAGCTAA-AGAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCC
65 TGAGAAA-CGTGAAGAAAAAGTC-ATTCATTAGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* ** * * * *
6924 TTCCAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAATTTTATTTT
127 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA--AT
* ** * *
6989 TTTTTTACATTCTTGGTTAAAACAGATTGCAATTGAATGTCTGCCT-AAGGAAACATGAAGAAAA
189 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AAAGTCTACCTCAA-GAAACATGAAGAAAA
* ** * * ** *
7053 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAACCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAA-CCTTACCACTCC
252 AGCCATTCATCGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCA
7117 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
316 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * *
7141 AATTGATTTTAAGTT-AA-TTTTTATTATATTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTGAATCTTTGC
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA-CAT-TTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTAC
* * *
7204 CTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATT-GACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
63 CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
** * * *
7268 TTTGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT
127 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * *
7333 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCGACAAA-AGTGAAGAAAAAG
191 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAA-GTCTACCTCAAGAAACA-TGAAGAAAAAG
* * * * * * *
7397 ACATTCATCAGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCTATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTT
254 CCATTCATCGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* *
7462 TAAATGGTTTTATAACCTCAT
319 TAAATAGTTTTATAATCTCAT
*** ** * *
7483 AAACAATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTT
* * * * * * *
7548 GAGAAATGTAAAGCAAGAGTCATTTATTGGCAAAAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC
66 GAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * * *
7612 AAATGCCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTAAAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTT
130 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * ** *
7677 TACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-AAGAAAGCTA
194 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AAAGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAA-AAAGCCA
* * * * * *
7741 TTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAG-CTACCTATGCCTTCCAAAGCTTTATTACTCGCTTTA
257 TTCATCGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
*
7805 AATGGTTTTATAATCTCAT
321 AATAGTTTTATAATCTCAT
** * * ** *
7824 AACCGACTTTAAGTTGAATTTTGTT-TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCT
7888 TGAGAAACGTGAAGAA
65 TGAGAAACGTGAAGAA
Statistics
Matches: 1979, Mismatches: 428, Indels: 130
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
334 1 0.00
335 85 0.04
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337 85 0.04
338 4 0.00
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341 610 0.31
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346 4 0.00
347 179 0.09
348 37 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTT
GAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAAGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
TCGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
TTTTATAATCTCAT
Found at i:7255 original size:856 final size:856
Alignment explanation
Indices: 5989--7822 Score: 2089
Period size: 856 Copynumber: 2.1 Consensus size: 856
5979 NNNNTAGATT
* * * * **
5989 ATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAA-AAAGCCATTCATCA--ATAGAAAAGTATAT
1 ATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA-AAGAAAGCGATACATTAGCA-AGAAAAGCCTAT
* ** *
6051 TTATAG-TCACTCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAA
64 TTATAGCT-ACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCAGAA
* * * * ** * * * * ** * * * **
6114 TAGATTTTAAGTTGAATAGTTTTATA-TTTTTTGAG-TAAAACATATTATAATTAAATCTAT-AT
127 TTGATTTTAATTTTATTTTTTTTTTACATTCTTG-GTTAAAACAGATTGCAATTGAATGTCTGCC
** * * * *
6176 TTTGGAAAACGTGAAAAAAAAAGCCAGTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCC
191 TAAGG-AAACATG-AAGAAAAAGCCAGTCATCAGCAAGAAAAGACCATTTATAATCACCCAAGCC
* ** * *
6241 TTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTT
254 TTGAAAAGCCTTACCACTCCCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTT
* * *
6306 TTTTATATTTTTGGGTAAAACAGATTATAATTAAATCTCTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGC
319 TTTTATATTTTTAGGTAAAACAAATAATAATTAAATCTCTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGC
* * * * *
6371 TATTCATCAGCAAGAAATGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT
384 TATTCATCAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * *
6436 AAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTGAGTTGAAT-TGTTTTACATTTTTTGTTAAAACTG
449 AAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* ** * * * * * *
6500 ATTATAATTGAATGCCTATGTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTA
513 ATTATAATTAAATGCCTACCTCGACAAAAGTGAAGAAAAAGACATTCATCAGCAAGAAAAGTCCA
*
6565 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGT-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
578 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAA
*** * *
6629 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG-TAAAACAAATTATAATT-AAAGATTTACCTC
642 ACAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAAAG-TCTACCTC
* * * * *
6692 AAGAAACATCAAGAAAAAGCCATTCATCGGCAAGAAAAGTCTAGTTATACTCACCCATACTTTTG
705 AAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATCGGCAAAAAAAGCCTAGTTATACTCACCCATAC-CTTC
* * * * *
6757 AAA-GCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTGAAGTTTAAT-TCTT
769 AAATGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTAAAACATCATAATTGATTTGAAGTTGAATGT-TT
* * *
6820 TTACATTTTTTATTAAAATAAATT
833 TTACATTTTTGATTAAAACAAATA
* * * *
6844 ATTATTAAATGTCTGCCTCGAGAAATC-TGAAGAA-AGAGCGATACATTAGCTAA-AGAAGTCC-
1 ATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAA-CATGAA-AAGAAAGCGATACATTAGC-AAGAAAAG-CCT
* *
6905 ATTTATAGTTACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATAATCTCAGAA
62 ATTTATAGCTACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAGAA
6970 TTGATTTTAATTTTATTTTTTTTTTACATTCTTGGTTAAAACAGATTGCAATTGAATGTCTGCCT
127 TTGATTTTAATTTTATTTTTTTTTTACATTCTTGGTTAAAACAGATTGCAATTGAATGTCTGCCT
* ** * *
7035 AAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-ACCTATTTATAGTCACTCAAGCCTT
192 AAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAGTCATCAGCAAGAAAAGACC-ATTTATAATCACCCAAGCCTT
7099 CGAAAA-CCTTACCACTCCCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTT
256 -GAAAAGCCTTACCACTCCCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTT
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7161 TTATTATATTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTGAATCTTTGCCT-TAAGAAACGTGAAGAAAAA
319 TT-TTATATTTTTAGGTAAAACAAATAATAATTAAATCTCTACCTCT-AGAAACATGAAGAAAAA
* ** *
7225 G-TCATTCAT-TGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCA
382 GCT-ATTCATCAG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
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7288 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
445 CTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
** *
7353 CAGATTATAATTAAATGTTTACCTCGACAAAAGTGAAGAAAAAGACATTCATCAGCAAGAAAGGT
510 CAGATTATAATTAAATGCCTACCTCGACAAAAGTGAAGAAAAAGACATTCATCAGCAAGAAAAGT
* * *
7418 CCATTTATAGTCACCTATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
575 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAACCTCAT
* * *
7483 AAACAATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTT
640 AAACAATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAAAGTCTACCTC
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7548 GAGAAATGTAAAGCAAGAGTCATTTATTGGCAAAAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
705 AAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATCGGCAAAAAAAGCCTAGTTATACTCACCCATACCTTCA
* * *
7613 AATGCCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTAAAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTT
770 AATGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTAAAACATCATAATTGATTTGAAGTTGAATGTTTTT
* *
7678 ACATTTTTGGTTAAAACAGATA
835 ACATTTTTGATTAAAACAAATA
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7700 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAGAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTT
1 ATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAAAGAAAGCGATACATTAGCAAGAAAAGCCTATTT
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7765 ATAGCTACCTATGCCTTCCAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
66 ATAGCTACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCA
7823 TAACCGACTT
Statistics
Matches: 815, Mismatches: 137, Indels: 53
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
855 83 0.10
856 686 0.84
857 42 0.05
858 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (856 bp):
ATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAAAGAAAGCGATACATTAGCAAGAAAAGCCTATTT
ATAGCTACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAGAATTGA
TTTTAATTTTATTTTTTTTTTACATTCTTGGTTAAAACAGATTGCAATTGAATGTCTGCCTAAGG
AAACATGAAGAAAAAGCCAGTCATCAGCAAGAAAAGACCATTTATAATCACCCAAGCCTTGAAAA
GCCTTACCACTCCCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATA
TTTTTAGGTAAAACAAATAATAATTAAATCTCTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCAT
CAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
TTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
TAAATGCCTACCTCGACAAAAGTGAAGAAAAAGACATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAAACAATTTTA
AGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAAAGTCTACCTCAAGAAACATAA
AGAAAAAGCCATTCATCGGCAAAAAAAGCCTAGTTATACTCACCCATACCTTCAAATGCCTTACT
ACTCGCTTTAAATAGTTTTAAAACATCATAATTGATTTGAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGAT
TAAAACAAATA
Done.