Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403256.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_93.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.26, C:0.10, G:0.09, T:0.26
Warning! 1804 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:542 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 8--669 Score: 776
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 169
1 AGTAAGC
* * ** * *
8 ATTCATGGGTAAGAGAAGTCCATTTATAGTCTGCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCACTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * *
73 AATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTAAATTTGAATTATTTGTACATTTTTGGGTAAAGTAGA
66 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTGGTTAAA-AAGA
* * * * *
138 CTAGGATTGTATGTCTACGTTTAGAAACATGAAGAAAAAAGT
129 CTAGAATTGAATGTCTAC-CTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGT
* * * ** * *
180 ATTCATTGGCAAGAGAAATCTATTGATAGTCACTTATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTCAGTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
245 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATGTTTTGTACATTTTT-GTTAAAAAAGA
66 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT-TTTTGTACATTTTTGGTT-AAAAAGA
309 CTAGAATTGAATGTCTACCATAAGAAACGTGAAGAAAAAAGT
129 CTAGAATTGAATGTCTACC-TAAGAAACGTGAAGAAAAAAGT
* * * * **
351 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGTCTTATTACTTGCTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * * * *
416 AATGGTTTTGTAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAACAGAC
66 AATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAAAGAC
*
480 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGT--AGAGAAAAAGAT
130 TAGAATTGAATGTCTACCT-AAGAAACGTGAAGA-AAAAAG-T
*
521 ATTCATTGAG-AAGAGAAGTCCATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
1 ATTCATTG-GCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * *
585 AAATAGTTTTATAATCTAAAAATTAATTTAAATTTCAATCTTTGTACATTTTTGGATAAAATAGA
65 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAA-AGA
** *
650 CTAGGTTTGAATTTCTACCT
129 CTAGAATTGAATGTCTACCT
670 CGAGAATCAT
Statistics
Matches: 413, Mismatches: 66, Indels: 23
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 8 0.02
170 147 0.36
171 148 0.36
172 106 0.26
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
ATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAAAGACT
AGAATTGAATGTCTACCTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGT
Found at i:653 original size:341 final size:343
Alignment explanation
Indices: 8--668 Score: 841
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 343
1 AGTAAGC
* * ** * *
8 ATTCATGGGTAAGAGAAGTCCATTTATAGTCTGCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCACTTTA
1 ATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* *
73 AATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTAAATTTGAATTATTTGTACATTTTTGGGTAAAGTAGA
66 AATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTAAAGTTGAATTATTTGTACATTTTTGGGTAAAGCAGA
* * * ** *
138 CTAGGATTGTATGTCTACGTTTAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAGAAATCTAT
131 CTAGAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAGAAATCCAT
** * * * *
203 TGATAGTCACTTATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
196 TGATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAAAAATT
* * * *
268 GATTTAAATTTGAATGTTTTGTACATTTTTGTTAAAAAAGACTAGAATTGAATGTCTACCATAAG
261 AATTTAAATTTCAATGCTTTGTACATTTTTGATAAAAAAGACTAGAATTGAATGTCTACCATAAG
333 AAACGTGAAGAAAAAAGT
326 AAACGTGAAGAAAAAAGT
* * **
351 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGTCTTATTACTTGCTTTA
1 ATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * * *
416 AATGGTTTTGTAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTGGTTAAA-CAG
66 AATGGTTTTATAAT-CTCACAATTGATTTAAAGTTGAATTATTTGTACATTTTTGGGTAAAGCAG
* * *
478 ACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC--GTAGAGAAAAAGATATTCATTGAG-AAGAGAAGT
130 ACTAGAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGA-AAAAAG-TATTCATTG-GCAAGAGAAAT
* *
540 CCATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAAA
192 CCATTGATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAAA
* ** *
605 AATTAATTTAAATTTCAAT-CTTTGTACATTTTTGGATAAAATAGACTAGGTTTGAATTTCTACC
257 AATTAATTTAAATTTCAATGCTTTGTACATTTTT-GATAAAAAAGACTAGAATTGAATGTCTACC
669 TCGAGAATCA
Statistics
Matches: 270, Mismatches: 43, Indels: 12
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.01
340 19 0.07
341 140 0.52
342 18 0.07
343 88 0.33
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (343 bp):
ATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
AATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTAAAGTTGAATTATTTGTACATTTTTGGGTAAAGCAGA
CTAGAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAGAAATCCAT
TGATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAAAAATT
AATTTAAATTTCAATGCTTTGTACATTTTTGATAAAAAAGACTAGAATTGAATGTCTACCATAAG
AAACGTGAAGAAAAAAGT
Found at i:3748 original size:172 final size:160
Alignment explanation
Indices: 3550--3882 Score: 315
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
3540 TCTTATTACT
* * *
3550 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAATTTAAAATATTTTCACATTTATGGTTA
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTCAAGTTAAAATATTTT-ACATTTATAGTTA
* * * * * * *
3615 AAATAGAGTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGGAAAAAATATTCATTGGTAAGAAA
65 AAACAGAGTAGAATTGAACGTCTAACTCGAGAAACATGAA-GAAAAAACATTCATAGGCAAGAAA
* *
3680 AGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAG
129 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * * * *
3712 CNNNNNNNNNNACTTTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTCATTTTAAGTTGAATTCTTTTGCTT
1 C----------ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTCAAGTTAAAATATTTTACAT
* * * * * *
3777 TTCTAGTTAAAACATATTATAATTGAACGTCTAACTCGAGAAACATGAAGAAGAAGCATTCATAG
56 TTATAGTTAAAACAGAGTAGAATTGAACGTCTAACTCGAGAAACATGAAGAAAAAACATTCATAG
* *
3842 GCAAGAGAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
121 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
3882 C
1 C
3883 CGTATTACTC
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 27, Indels: 12
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
162 1 0.01
170 48 0.36
171 42 0.31
172 43 0.32
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (160 bp):
CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTCAAGTTAAAATATTTTACATTTATAGTTAA
AACAGAGTAGAATTGAACGTCTAACTCGAGAAACATGAAGAAAAAACATTCATAGGCAAGAAAAG
TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
Found at i:3992 original size:342 final size:335
Alignment explanation
Indices: 3380--4330 Score: 819
Period size: 342 Copynumber: 2.8 Consensus size: 335
3370 TATTAATCAA
* *
3380 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAACTTTTTTTGCTTTTCTAGTTAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTTAAACTTCTTTTGCTTTTCTAGTTAAA
* * * * *
3445 ACATATTATAATTGAATGTCTACCCCAAGAAGCATAAAGAAAAGAGCATTCATGGGTAAGAGAAG
66 ACATATTATAATTGAACGTCTAACCCAAGAAACATAAAGAAAAGAGCATTCATAGGCAAGAGAAG
* * * * * *
3510 TCCATTTATAGTCAGCCATTCCTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
131 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTCTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * *
3575 AAATTGATTTCAATTTAAAATATTTTCACATTTATGGTTAAAATAGAGTAGAATTGAATGTCTAC
196 AAATTGATTTCAATTTAAAATATTTGCACATTTATGGTTAAAACAGACTAGAATTAAATGTCTAC
* * * **
3640 CTTGAGAAACATGAAGGAAAAAA-TATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGC
261 CTTGAGAAACATGAA-GAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACC
3704 TTCAAAAGCNNNNNNNNNNAC
325 TTCAAAAGC----------AC
* *
3725 TTTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTCATTTTAAG-TTGAA-TTCTTTTGCTTTTCTAGTTAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTTAAACTTCTTTTGCTTTTCTAGTTAAA
* * * * *
3788 ACATATTATAATTGAACGTCTAACTCGAGAAACATGAAGAAGA-AGCATTCATAGGCAAGAGAGG
66 ACATATTATAATTGAACGTCTAACCCAAGAAACATAAAGAAAAGAGCATTCATAGGCAAGAGAAG
*
3852 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCGTATTACTCCCTCTAAATAGTTTTATAATCTCA
131 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTCTAAATAGTTTTATAATCTCA
********** * * *
3917 AAATTGATTTNNNNNNNNNNTCTTTGCATATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTAAATGTCTAC
196 AAATTGATTTCAATTTAAAATATTTGCACATTTATGGTTAAAACAGACTAGAATTAAATGTCTAC
* * *
3982 CTTTAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGATAAGTCCATTTGTAGTCACCCATACCT
261 CTTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCT
4047 TCAAAAGCCTTATTACTAGC
326 TCAAAAG--------C-A-C
* * * * * * * * *
4067 TTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATAATTGATTTTATG-TTGAA-TTGTTTTTACATATT-TGGTT
1 TTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTCATTTTAAGTTTAAACTT-CTTTTGC-TTTTCTAGTT
* *** ** ** *
4128 -GAACAGGCTATAATTGAATATCT-ACCTTTAGAAACATAAAGAAAA-AGGCATTTATTA-GCAA
63 AAAACATATTATAATTGAACGTCTAACC-CAAGAAACATAAAGAAAAGA-GCATTCA-TAGGCAA
* * * * * * * *
4189 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCCAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTAAA
125 GAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTCTAAATAGTTTTATA
* * * * * * * ** * *
4254 ATCTCAGAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGGACATTTTTCCTTAAAACAAACTAGAATTGAAT
190 ATCTCAAAATTGATTTCAATTTAAAATATTTGCACATTTATGGTTAAAACAGACTAGAATTAAAT
*
4319 GTCTAACTTGAG
255 GTCTACCTTGAG
4331 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 493, Mismatches: 97, Indels: 34
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 10 0.02
342 249 0.51
343 190 0.39
344 9 0.02
345 34 0.07
350 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (335 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTTAAACTTCTTTTGCTTTTCTAGTTAAA
ACATATTATAATTGAACGTCTAACCCAAGAAACATAAAGAAAAGAGCATTCATAGGCAAGAGAAG
TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTCTAAATAGTTTTATAATCTCA
AAATTGATTTCAATTTAAAATATTTGCACATTTATGGTTAAAACAGACTAGAATTAAATGTCTAC
CTTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCT
TCAAAAGCAC
Found at i:4267 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 3281--4323 Score: 879
Period size: 172 Copynumber: 6.1 Consensus size: 172
3271 NNNNNNNNNN
* **
3281 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAG-AAAGATCCATTTA
1 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG-TCCATTTA
* * * *
3345 TAGTCACCCATTGCTTTAAAAGCCTTATTAATCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
65 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
* * * *
3410 TTTAAGTTTAAACTTTTTTTGC-TTTTCTAGTTAAAACATATTAT
130 TTTAAG-TTAAA-TTTTTTTACATTTTCTGGTTAAAACAGACTAT
* * * * * *
3454 AATTGAATGTCTACCCCAAGAAGCATAAAG-AAAAGAGCATTCATGGGTAAGAGAAGTCCATTTA
1 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAG-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
3518 TAGTCAGCCATTCCTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
65 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
* * * * * * * *
3583 TTCAATTTAAAATATTTTCACA-TTTATGGTTAAAATAGAGTAG
130 TTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTCTGGTTAAAACAGACTAT
* * ** * *
3626 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGGAAAAA-ATATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTA
1 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACAT-AAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* ********** * *
3690 TAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCNNNNNNNNNNACTTTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTCAT
65 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
* * * * * *
3755 TTTAAGTTGAATTCTTTTGC-TTTTCTAGTTAAAACATATTAT
130 TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTCTGGTTAAAACAGACTAT
* * * * * * *
3797 AATTGAACGTCTAACTCGAGAAACATGAAGAAGAA-GCATTCATAGGCAAGAGAGGTCCATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * *
3861 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCGTATTACTCCCTCTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA-T
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
********** * * * *
3925 TTNNNNNNNNNNTCTTTGCATATTTTTGGTTAAAACAGACTAG
131 TTAAGTTAAATTTTTTTACAT-TTTCTGGTTAAAACAGACTAT
* ** * ** * *
3968 AATTAAATGTCTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGATAAGTCCATTTGT
1 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * *
4033 AGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATAATTGA
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGA
* * * * *
4096 TTTTATGTTGAATTGTTTTTACATATT-TGGTT-GAACAGGCTAT
129 TTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTCTGGTTAAAACAGACTAT
* ** * * *
4139 AATTGAATATCTACCTTTAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTTATTAGCAAGAAAAGTCTATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * *
4204 AGTCACCCATTCCTTCCAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTAAAATCTCAGAATTGATT
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* * * ** ** * *
4269 TAAATTTGAATTCTTTGGACATTTT-TCCTTAAAACAAACTAG
131 TTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTCTGGTTAAAACAGACTAT
4311 AATTGAATGTCTA
1 AATTGAATGTCTA
4324 ACTTGAGNNN
Statistics
Matches: 681, Mismatches: 172, Indels: 35
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.01
170 77 0.11
171 229 0.34
172 230 0.34
173 123 0.18
174 14 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
TTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTCTGGTTAAAACAGACTAT
Found at i:5532 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5006--6238 Score: 1276
Period size: 172 Copynumber: 7.2 Consensus size: 170
4996 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
5006 TCATTGGTAAGAGAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTTAAAGGTCTTATTAATCAGTTTAAA
1 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAA
* * *
5071 TGGTTTTAAAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAATCTTTGCACATTTTTGGTTAAAATAGACT
66 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTG-AATTTTTGTACATTTTT-GTTAAAATAGACT
* * *
5136 AGAATTGAATGTCTACCTTAACAAAGC-TGAAGAAAAAAGAAT
129 AGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-CATGAAGAAAAAAGCAT
* * * * * **
5178 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATACCTTCAGAAGTCTTATTGCTCTCTTTAAA
1 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAA
* * * * * *
5243 TGGTTTTGTAATGC-CATAATTAATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACATTTTCTGTTAAAATAGACT
66 TGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACATTTT-TGTTAAAATAGACT
* * * * * * * * *
5306 ATAATTGAATATTTAGCTTAAGAAACGTAAAGAAAAAGGCAA
129 AGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCAT
* * *
5348 TCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGACACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAA
1 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAA
* * * *
5413 TGGTTTTATAATTTCAAAATTGACTCAAATTTGAATTTTGTGTATATTTTTGTTTAAAATAGACT
66 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTT-TGTACATTTTTG-TTAAAATAGACT
* * * *
5478 AAAATTGAATGTCTACCATGACAAACATGAAGAAAAAAGTAT
129 AGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCAT
* * * **
5520 TTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
1 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAA
* * * * *
5585 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTAAACTCTTTGTACATATTTAGTTAAAACATACT
66 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTTTTGTACAT-TTTTGTTAAAATAGACT
5650 AGAATTCG-ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCAT
129 AGAATT-GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCAT
* * * * *
5692 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAGAGCTTTATTGCTC-GCTTTAA
1 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAA
* *** * * * *
5756 ATGGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAGGGTTGATTTTTTTTTTACTTTTTTAGTT-AAACA
65 ATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGA-TTTAAATTTGA--ATTTTTGTACATTTTT-GTTAAAATA
* * * *
5819 GACT-GTAATTGAATCTCTATCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCAT
125 GACTAG-AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCAT
* * * * * * * * * *
5865 TCATTGGGAAGAGAAGTCTATTTACATTCACCCATTCCTTCAAGAGCCATATTACTCACTTTAAG
1 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAA
* * **
5930 TGGTTTCATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTATTTGTACATTTTTAGGTAAAGCAGACT
66 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTGTACATTTTT-GTTAAAATAGACT
* * * * *
5995 AGGATTGTATGTCTACGTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGTAT
129 AGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCAT
* * * * *
6037 TCATTGGCAAGAAAAATCTATTGATAGTCACTCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTTAGTTTAAA
1 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAA
* * *
6102 TAGTTTTATAATCTCACAATTGATTTAAATTTGAATGTTTTGTACAATTTTGTTAAAATAGACTA
66 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT-TTTTGTACATTTTTGTTAAAATAGACTA
* ** *
6167 GAATTGAATGTCTACCATGAGAAATGTGAAGAAAAAAGTAT
130 GAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCAT
*
6208 TCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
1 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
6239 CCATACCT
Statistics
Matches: 873, Mismatches: 164, Indels: 49
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 137 0.16
171 95 0.11
172 493 0.56
173 136 0.16
174 11 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAA
TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACATTTTTGTTAAAATAGACTAG
AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCAT
Found at i:5950 original size:345 final size:343
Alignment explanation
Indices: 5006--6242 Score: 1093
Period size: 345 Copynumber: 3.6 Consensus size: 343
4996 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
5006 TCATTGGTAAGAGAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTTAA-AGGTCTTATTAATCAGTTTAA
1 TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAGA-GCCTTATTACTC-GTTTAA
* * * * * * *
5070 ATGGTTTTAAAATCTCAAAATTGATTT-AAATTTGAAATCTT-TGCACATTTTTGGTTAAAATAG
64 ATGGTTTTATAATC-CAAAATTGATTTCAAAGTTG-AATTTTGTGTATATTTTTGTTTAAAACAG
* * * * * * *
5133 ACTAGAATTGAATGTCTACCTTAACAAAGC-TGAAGAAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
127 ACTAAAATTGAATCTCTACCATGACAAA-CATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
* ** * * * * * * ** *
5197 ATTTATAGTCACTTATACCTTCAGAAGTCTTATTGCTCTCTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATA
191 ATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAAT-CTCAAA
* * * * * * * * * * * * * *
5261 ATTAATTTTAAGTT-GA-TTTTTTTACAT-TTTCTGTTAAAATAGACTATAATTGAATATTTAGC
255 ATTGATTTAAATTTAAACTATTTGTACATATTT-AGGTAAAACAGACTAGAATTGTATGTCTACC
* * * * *
5323 TTAAGAAACGTAAAGAAAAAGGCAA
319 TTCAGAAACATGAAGAAAAAAGCAT
* * *
5348 TCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGACACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAA
1 TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTC-GTTTAAA
* * * *
5413 TGGTTTTATAATTTCAAAATTGA-CTCAAATTTGAATTTTGTGTATATTTTTGTTTAAAATAGAC
65 TGGTTTTATAA-TCCAAAATTGATTTCAAAGTTGAATTTTGTGTATATTTTTGTTTAAAACAGAC
* * * *
5477 TAAAATTGAATGTCTACCATGACAAACATGAAGAAAAAAGTATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATT
129 TAAAATTGAATCTCTACCATGACAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * * * * *
5542 TATAGTCGCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
194 TACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAATTG
* * * *
5607 ATTTAAATTTAAACTCTTTGTACATATTTAGTTAAAACATACTAGAATTCG-ATGTCTACCTTGA
259 ATTTAAATTTAAACTATTTGTACATATTTAGGTAAAACAGACTAGAATT-GTATGTCTACCTTCA
5671 GAAACATGAAGAAAAAAGCAT
323 GAAACATGAAGAAAAAAGCAT
* * * * *
5692 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAGAGCTTTATTGCTCGCTTTAAA
1 TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTCG-TTTAAA
* * ** * * *
5757 TGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAGGGTTG-ATTTTTTTTTTACTTTTT-TAGTT-AAACA
65 TGGTTTTATAAT-CCAAAATTGATTTCAAAGTTGAATTTTGTGTATA-TTTTTGT--TTAAAACA
** * * * * * *
5819 GACTGTAATTGAATCTCTATCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGGAAGAGAAGTCT
126 GACTAAAATTGAATCTCTACCATGACAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
* * *
5884 ATTTACATTCACCCATTCCTTCAAGAGCCATATTACTCACTTTAAGTGGTTTCATAATCTCAAAA
191 ATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAA
* * * * * *
5949 TTGATTTAAATTTGAATTATTTGTACATTTTTAGGTAAAGCAGACTAGGATTGTATGTCTACGTT
256 TTGATTTAAATTTAAACTATTTGTACATATTTAGGTAAAACAGACTAGAATTGTATGTCTACCTT
*
6014 CAGAAACATGAAGAAAAAAGTAT
321 CAGAAACATGAAGAAAAAAGCAT
* * *
6037 TCATTGGCAAGAAAAATCTATTGATAGTCACTCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTTAGTTTAAA
1 TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAGAGCCTTATTAC-TCGTTTAAA
* * * * * *
6102 TAGTTTTATAATCTCACAATTGATTT-AAATTTGAATGTTT-TGTACAATTTTG-TTAAAATAGA
65 TGGTTTTATAATC-CAAAATTGATTTCAAAGTTGAAT-TTTGTGTATATTTTTGTTTAAAACAGA
* * * ** * * * *
6164 CTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAATGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAATTCCAT
128 CTAAAATTGAATCTCTACCATGACAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
*
6229 TTATAGTCACCCAT
193 TTACAGTCACCCAT
6243 ACCT
Statistics
Matches: 739, Mismatches: 133, Indels: 45
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 8 0.01
342 222 0.30
343 74 0.10
344 145 0.20
345 283 0.38
346 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (343 bp):
TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTCGTTTAAAT
GGTTTTATAATCCAAAATTGATTTCAAAGTTGAATTTTGTGTATATTTTTGTTTAAAACAGACTA
AAATTGAATCTCTACCATGACAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
CAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAATTGAT
TTAAATTTAAACTATTTGTACATATTTAGGTAAAACAGACTAGAATTGTATGTCTACCTTCAGAA
ACATGAAGAAAAAAGCAT
Found at i:6102 original size:517 final size:512
Alignment explanation
Indices: 5006--6246 Score: 1573
Period size: 517 Copynumber: 2.4 Consensus size: 512
4996 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * * * * *
5006 TCATTGGTAAGAGAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTTAAAGGTCTTATTAATCAGTTTAAA
1 TCATTGGCAAGAAAAATCTATTGATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAGTTTAAA
* * * *
5071 TGGTTTTAAAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAATCTTTGCACATTTTTGGTTAAAATAGACT
66 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTT-AAATCTTTGTACATATTTAGTTAAAATAGACT
* *
5136 AGAATTGAATGTCTACCTTAACAAAGCTGAAGAAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
130 AGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-CTGAAGAAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
** * *
5201 ATAGTCACTTATACCTTCAGAAGTCTTATTGCTCTCTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTAA
194 ATAGTCACCCATACCTTCAGAAGTCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGCCATAATTAA
* *
5266 TTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTCTGTTAAAATAGACTATAATTGAATATTTAGCTTAAGAAA
259 TTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTCTGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTAGCTTAAGAAA
* * * *
5331 CGTAAAGAAAAAGGCAATCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGACACTCATTCCTTCAAAAGCC
324 CATAAAGAAAAAGGCAATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGACACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * * * *
5396 TTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATTTCAAAATTGACTCAAATTTGAATTTTGTGTATATT
389 ATATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAATTGACTCAAATTTGAATTTTGTGTACATT
* * *
5461 TTTGTTTAAAATAGACTAAAATTGAATGTCTACCATGACAAACATGAAGAAAAAAGTAT
454 TTTGTGTAAAACAGACTAAAATTGAATGTCTACCATCACAAACATGAAGAAAAAAGTAT
* * * * *
5520 TTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAA
1 TCATTGGCAAGAAAAATCTATTGATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TAGTTTAA
* *
5584 ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTAAACTCTTTGTACATATTTAGTTAAAACATAC
65 ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTAAA-TCTTTGTACATATTTAGTTAAAATAGAC
*
5649 TAGAATTCG-ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
129 TAGAATT-GAATGTCTACCTTGAGAAAC-TGAAGAAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
5713 TTATAGTCACCCATACCTTCA-AGAG-CTTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGCCATAA
192 TTATAGTCACCCATACCTTCAGA-AGTC-TTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGCCATAA
* * * * * *
5776 TTGATTTTAGGGTTGATTTTTTTTTTAC-TTTTTTAGTT-AAACAGACTGTAATTGAATCTCTAT
255 TTAATTTTA-AGTTGA---TTTTTTTACATTTTCT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTAG
* * * * **
5839 CTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGGAAGAGAAGTCTATTTACATTCACCCATTCCT
315 CTTAAGAAACATAAAGAAAAAGGCAATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGACACCCATTCCT
* * * *
5904 TCAAGAGCCATATTACTCACTTTAAGTGGTTTCATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTAT
380 TCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAATTGACTCAAATTTGAATT-T
* ** * ** *
5969 T-TGTACATTTTTAG-GTAAAGCAGACTAGGATTGTATGTCTACGTTCAGAAACATGAAGAAAAA
444 TGTGTACATTTTT-GTGTAAAACAGACTAAAATTGAATGTCTACCATCACAAACATGAAGAAAAA
6032 AGTAT
508 AGTAT
*
6037 TCATTGGCAAGAAAAATCTATTGATAGTCACTCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTTAGTTTAAA
1 TCATTGGCAAGAAAAATCTATTGATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAGTTTAAA
* * * * *
6102 TAGTTTTATAATCTCACAATTGATTTAAATTTGAATGTTTTGTACA-ATTTTGTTAAAATAGACT
66 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTAAAT-CTTTGTACATATTTAGTTAAAATAGACT
* * * *
6166 AGAATTGAATGTCTACCATGAGAAATGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTT
130 AGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-CTGAAGAAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
6231 ATAGTCACCCATACCT
194 ATAGTCACCCATACCT
Statistics
Matches: 630, Mismatches: 80, Indels: 32
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
513 6 0.01
514 225 0.36
515 7 0.01
516 91 0.14
517 286 0.45
518 15 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (512 bp):
TCATTGGCAAGAAAAATCTATTGATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAGTTTAAA
TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTAAATCTTTGTACATATTTAGTTAAAATAGACTA
GAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACTGAAGAAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCACCCATACCTTCAGAAGTCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGCCATAATTAATT
TTAAGTTGATTTTTTTACATTTTCTGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTAGCTTAAGAAACA
TAAAGAAAAAGGCAATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGACACCCATTCCTTCAAAAGCCAT
ATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAATTGACTCAAATTTGAATTTTGTGTACATTTT
TGTGTAAAACAGACTAAAATTGAATGTCTACCATCACAAACATGAAGAAAAAAGTAT
Done.