Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403258.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_931.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 567 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:906 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 603--1249 Score: 409
Period size: 170 Copynumber: 3.8 Consensus size: 170
593 NNNTAAATGA
* * * *
603 TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTTGTTCAAACATATTGTAA
1 TTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTACACTTTTTGTTAAAACATATTATAA
* *** * * * *
668 TTGAATGTCTGCCTTGGGAAATGTAAAGAAAAAACCATTTATTGATAGAAAAAGTCGATTTATAG
66 TTGAATGTATGCCTTAAAAAACGTAAACAAAAAACCATTCATTGAAAGAAAAAGTCGATTTATAG
*
733 CCACTCATGCCTTCCAAACTTTATTAGTTGTTTTAAATAG
131 CCACTCATACCTTCCAAACTTTATTAGTTGTTTTAAATAG
* * **
773 TTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAATTTAATTTTTTT-CTTTTTTTGGTTAAAACATATTATA
1 TTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTACACTTTTT-GTTAAAACATATTATA
* * ** *
837 ATTGAATGTATGCCTTAAAAAACGTATACAAAAAGCCATTCATTGACAAG-AAAAGTTTATTTGT
65 ATTGAATGTATGCCTTAAAAAACGTAAACAAAAAACCATTCATTGA-AAGAAAAAGTCGATTTAT
* * * **********
901 AGCCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CNNNNNNNNN
129 AGCCACTCATACCTTCCAAA-CTTTATTAGT-TGTTTTAAATAG
* * ** *** * * *
944 NTTTATAATCTCATAATCGATTTTGGGTTGAAGTTTTTTAGA-TTTCTAGTTAAAACATATTATA
1 TTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTACACTTT-TTGTTAAAACATATTATA
* * * * * * * * *
1008 ATTGATTGTTTGACTTGAGAGAC-TAGAA-GAAAAACCATTCATTTATAAG-AAAAGTCTATTTA
65 ATTGAATGTATGCCTTAAAAAACGTA-AACAAAAAACCATTCATTGA-AAGAAAAAGTCGATTTA
* * * * *
1070 TAGTCAC-CTATACCTTCAAAAAAC-TTATTACTCGTTTTAAATTG
128 TAGCCACTC-ATACCTTC--CAAACTTTATTAGTTGTTTTAAATAG
* * * ** * * *
1114 TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAGGTTGAAATTATTTTACA-TTTTTGGCTAAAACAAATTAT
1 TTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAATTG-AATTTTTTTACACTTTTT-GTTAAAACATATTAT
* * ** * * *
1178 AATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACGTAAA-AAAAAATCCATTCATTGGCAAG-AAAAGCCCATTT
64 AATTGAATGTATGCCTTAAAAAACGTAAACAAAAAA-CCATTCATT-GAAAGAAAAAGTCGATTT
*
1241 ATAGTCACT
127 ATAGCCACT
1250 GAAGCCTTCA
Statistics
Matches: 368, Mismatches: 92, Indels: 31
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.02
170 194 0.53
171 129 0.35
172 38 0.10
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTACACTTTTTGTTAAAACATATTATAA
TTGAATGTATGCCTTAAAAAACGTAAACAAAAAACCATTCATTGAAAGAAAAAGTCGATTTATAG
CCACTCATACCTTCCAAACTTTATTAGTTGTTTTAAATAG
Found at i:2047 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1718--2393 Score: 644
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 171
1708 NNNNNNNTTG
* * * * * * *
1718 ATTTTAAGG-TGAATAT-TTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAAATGGATGTCTGCAC-TG
1 ATTTT-AGGTTGAAT-TGTTTTACATTTTTGATTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGC-CTTA
** * * * * *
1780 GGAAACATAAAGAAAAAGCCATTTATTGATAAGACAAGACCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGA
63 GGAAATGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * * *
1845 AAGCTTTATTACTCGCTTTAATTGGTTTTATAATCACAAAATTA
128 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTA
*** * * * *
1889 ATTTTTTATTGAAATTGTTTTACATTTTTTATTATAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG
1 ATTTTAGGTTG-AATTGTTTTACATTTTTGATTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGG
* * * *
1954 AAATGTAAAGAAAAAGCTATTCATTTATATGAAAAGTCCCTTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
65 AAATGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * *
2019 GCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTT
130 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTA
* *
2061 ATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTA-AGATTGAATGTTTGCCTTGGG
1 ATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAATAAATTATA-ATTGAATGTTTGCCTT-AG
* * * ** * *
2125 GAACATG--AAGAAAAAGCCTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACTGTTCTTTCAA
64 GAA-ATGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * ** * *
2188 AAGTCTTATTGCTTACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTG
128 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTA
* * * * * * *
2232 ATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAGAAGTTATAATTAAATGTTTGTCTTAGGA
1 ATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGA
* * * * * * * ** *
2297 AACGTAAAGAAAAAACCATTTATTGACAGGAAAAGTTCATTTATTGTCACCCATATCTTCGAAAG
66 AATGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG
*
2362 CTTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTTCATAA
131 CCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTT-ATAA
2394 CAAAAAAAGT
Statistics
Matches: 406, Mismatches: 87, Indels: 22
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 5 0.01
171 246 0.61
172 146 0.36
173 7 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
ATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGA
AATGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTA
Found at i:2443 original size:71 final size:70
Alignment explanation
Indices: 2327--2458 Score: 194
Period size: 71 Copynumber: 1.9 Consensus size: 70
2317 TATTGACAGG
* * *
2327 AAAAGTTCATTTATTGTCACCCATATCTTCGAAAGCTTTATTACTC-GCTTTAAATGGATTTTCA
1 AAAAGTCCATTTATTGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATGG-TTTTCA
2391 TAACAAA
64 TAACAAA
* *
2398 AAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTT
1 AAAAGTCCATTTATTGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTT
2459 ATAGTCTCAT
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 5, Indels: 3
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
70 4 0.07
71 50 0.91
72 1 0.02
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (70 bp):
AAAAGTCCATTTATTGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTCATA
ACAAA
Found at i:2760 original size:412 final size:413
Alignment explanation
Indices: 1985--2793 Score: 988
Period size: 412 Copynumber: 2.0 Consensus size: 413
1975 CATTTATATG
* *
1985 AAAAGTCCCTTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * * *
2050 TCTCATAATTTATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTAAGATTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAGGCTGAATTGTTTTACATTTCTGATTAAAACAGATTAAGATTGAATGT
* *** * ** **
2115 TTGCCTTGGGGAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACTGT
131 CTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCAT
* * * * * *
2180 TCTTTCAAAAGTCTTATTGCTTACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
196 ACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * *
2245 TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAGAAGTTATAATTAAATGTTTGTCTTAGGAAACGTAAAGAAAA
261 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAGTTATAATTAAATGTTTGTCTAAGGAAACATAAAGAAAA
* * * * *
2310 AACCATTTATTGACAGGAAAAGTTCATTTATTGTCACCCATATCTTC-GAAAGCTTTATTACTCG
326 AACCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAG-AAGCCTTATTACTCG
2374 CTTTAAATGGATTTTCATAACAAA
390 CTTTAAATGGATTTTCATAACAAA
* ** * * *
2398 AAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAG
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * ** *
2463 TCTCATAATTGATTTTAGGCT-AAGTTTTTTTAGATTTCTGATTAAAACCTATTATA-ATTGACT
66 TCTCATAATTGATTTTAGGCTGAA-TTGTTTTACATTTCTGATTAAAACAGATTA-AGATTGAAT
** * *
2526 GTCTGCCTT-AAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
129 GTCTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACC
* * *
2590 ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-
194 ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * *
2654 AATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC-AGATTATAATTGAGTGTTTGT-TAAAGGAAACATGAA
259 AA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAG-TTATAATTAAATGTTTGTCT-AAGGAAACATAAA
* * *
2717 GACAAAGCCATTCATT-ACCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGCCTTAT
321 GAAAAAACCATTCATTGA-CAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATACCTTCAGAAGCCTTAT
2780 TACTCGCTTTAAAT
384 TACTCGCTTTAAAT
2794 AGTTTTACAA
Statistics
Matches: 333, Mismatches: 55, Indels: 17
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
411 8 0.02
412 209 0.63
413 115 0.35
414 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (413 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAGGCTGAATTGTTTTACATTTCTGATTAAAACAGATTAAGATTGAATGT
CTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCAT
ACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAGTTATAATTAAATGTTTGTCTAAGGAAACATAAAGAAAA
AACCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAGAAGCCTTATTACTCGC
TTTAAATGGATTTTCATAACAAA
Found at i:2779 original size:754 final size:753
Alignment explanation
Indices: 1789--3146 Score: 1799
Period size: 754 Copynumber: 1.8 Consensus size: 753
1779 GGGAAACATA
* * * *
1789 AAGAAAAAGCCATTTATTGATAAGACAAGACCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* *
1854 TACTCGCTTTAATTGGTTTTATAATCACAAAATTAATTTTTTATTGAAATTGTTTTACATTTTTT
66 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACAAAATTAATTTTTAATTGAAATTGTTTTACATTTTTT
* * ** * * *
1919 ATTATAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATGTAAAGAAAAAGCTATTCATTTATAT
131 ATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTTACAA
* *
1984 GAAAAGTCCCTTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATA
196 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTACA
* * * *
2049 ATCTCATAATTTATTTTAGGTTGAATTG-TTTTACATTTTT-GATTAAAATAGATTA-AGATTGA
261 ATCTCATAATTGA-TTTAGGATCAAATGTTTTTACATTTTTGGA-TAAAATAGATTATA-ATTGA
* * * * ** **
2111 ATGTTTGCCTTGGGGAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAA
323 ATATCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-A
* * * * * *
2176 CT-GTTCTTTCAAAAGTCTTATTGCTTACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAGG
387 CTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * *
2240 TTGAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTA-AAAGAAGTTATAATTAAATGTTTGTCTT-AGGAAACGT
452 TTAAATTTTTTTACT-TTTTTGATTATAAACAA-TTATAATTAAATGTCTGCCTTCA-AAAACAT
** * * * *
2302 AAAGAAAAAACCATTTATTGACAGGAAAAGTTCATTTATTGTCACCCATATCTTCGAAAGCTTTA
514 AAAGAAAAAACCATCCATTGACAGGAAAAGTTCATATATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTA
2367 TTACTCGCTTTAAATGGATTTTCATAACAAAAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTTGAAA
579 TTACTCGCTTTAAATGG-TTTT-ATAACAAAAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTTGAAA
2432 GCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAGGCTAAGTTTTTTTAGA
642 GCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAGGCTAAGTTTTTTTAGA
2497 TTTCTGATTAAAACCTATTATAATTGACTGTCTGCCTTAAAAATGTG
707 TTTCTGATTAAAACCTATTATAATTGACTGTCTGCCTTAAAAATGTG
* *
2544 AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTA
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTA
* * * * *
2608 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTT-AATTTTTTTTACA-TTT
65 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACAAAATTAATTTTTAA-TTGAAATTGTTTTACATTTT
* * ** * *
2670 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGT-T-TGTTAAAGGAAACATGAAGACAAAGCCATTCA-T
129 TTA-TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTT--AGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATT
* * *
2732 TACCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
191 TA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGT
*
2797 TTTACAATCTCATAATTGATTTCGGATCAAATGTTTTTACATTTTTGGATAAAATAGATTATAAT
255 TTTACAATCTCATAATTGATTTAGGATCAAATGTTTTTACATTTTTGGATAAAATAGATTATAAT
* *
2862 TGACTATCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTAATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
320 TGAATATCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* *
2927 CACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
385 CACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTA
* * * *
2992 AGTTAAATTTTTTTACTTTTTTTATTATAATCTATTATAATTGAATGTCTGCCTTCAAAAACATA
450 AGTTAAATTTTTTTACTTTTTTGATTATAAACAATTATAATTAAATGTCTGCCTTCAAAAACATA
* * * * *
3057 AAGCAAAAGCCATCCATTGATATGAACAGTTCATATATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTAT
515 AAGAAAAAACCATCCATTGACAGGAAAAGTTCATATATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTAT
3122 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAC
580 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAC
3147 CTCATAATTG
Statistics
Matches: 514, Mismatches: 76, Indels: 29
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
752 7 0.01
753 27 0.05
754 380 0.74
755 99 0.19
756 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (753 bp):
AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACAAAATTAATTTTTAATTGAAATTGTTTTACATTTTTT
ATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTTACAA
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTACA
ATCTCATAATTGATTTAGGATCAAATGTTTTTACATTTTTGGATAAAATAGATTATAATTGAATA
TCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAA
ATTTTTTTACTTTTTTGATTATAAACAATTATAATTAAATGTCTGCCTTCAAAAACATAAAGAAA
AAACCATCCATTGACAGGAAAAGTTCATATATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
CTTTAAATGGTTTTATAACAAAAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTA
CTCAGTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAGGCTAAGTTTTTTTAGATTTCTGATT
AAAACCTATTATAATTGACTGTCTGCCTTAAAAATGTG
Found at i:2788 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 2387--3951 Score: 1341
Period size: 171 Copynumber: 9.2 Consensus size: 168
2377 TAAATGGATT
* * * * *
2387 TTCATAACAAAAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAA
1 TTCATTACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAA
* * * * * * **
2451 ATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAGGCTAAGTTTTTTTAGATTTCT-GATTAAAACCTAT
65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGAT
* * **
2515 TATAATTGACTGTCTGCCTTA-AAAATGTGAAGAAAAAGCCA
129 TATAATTGAATGTCTG--TTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCA
*
2556 TTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
1 TTCATT-ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
*
2621 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT
65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT
* * *
2686 ATAATTGAGTGTTTGTTAAAGGAAACATGAAGACAAAGCCA
130 ATAATTGAATGTCTGTT--AGGAAACATGAAGAAAAAGCCA
2727 TTCATTACCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AGAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 TTCATTA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * ** * * * * *
2791 AATAGTTTTACAATCTCATAATTGA-TTTCGGATCAAATGTTTTTACATTTTTGGATAAAATAGA
64 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * **
2855 TTATAATTGACTATCTGCCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGTAA
128 TTATAATTGAATGTCTG--TTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * *
2898 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
1 TTCATT-ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * *
2963 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTTA-TTATAATC-TA
65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-ATTTTTAGTTA-AAACAGA
* * *
3026 TTATAATTGAATGTCTGCCTTCA-AAAACATAAAGCAAAAGCCA
128 TTATAATTGAATGTCTG--TT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * * * *
3069 TCCATTGATATGAACAGT-TCATATATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 TTCATT-ACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * *
3133 AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATA-TTTTAGATTAAAATAGA
64 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGA
* * * * *
3197 TTATAATTGAATGTTTACCTTAGGGAACATGAAGAAAAAGACT
128 TTATAATTGAATGTCT--GTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * *
3240 TTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
1 TTCATT-ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* ** * *
3305 ATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTCGGTTAAATTTTCTTACATTTTTTGTTAAAACAGATT
65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT
* * ** * * * * *
3370 ATAATTGAGTATCCACCTTAGAAAACGTAAAAAAAAAGCCT
130 ATAATTGAATGT-C-TGTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * *
3411 TTCATTAACAAAAAAAAGTCTATTTACAGTCACGCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 TTCATT-AC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* ** * * * *
3476 AATTGTTTCGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTT-GATTAAAACATA
64 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGA
* * * * * * *
3540 TCATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAGACGTGAAGCAACAA-TCA
128 TTATAATTGAATGTCTG--TTAGGAAACATGAAG-AAAAAGCCA
* * * * * * * *
3583 -TCTATTGGCACA-AAAAGTCTTTTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTGTCACCCACTTT
1 TTC-ATT-ACA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * * *
3646 AAATGCTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATAATTTTGGTTAAAA-AAA
63 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * *
3710 TTATAATTGAATATCTGTCTTGGAAAACATGAAGAAAATG-CA
128 TTATAATTGAATGTCTGT-TAGG-AAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * * * * * * *
3752 TTCATTGGCAACAAAA-TTTCATTTATAG-CTGCCCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACGCACTTT
1 TTCATT-ACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTC-ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * *
3815 AAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAAA
63 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * *
3880 TTTTAATTGAATCTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGTCA
128 TTATAATTGAATGTCT--GTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCA
** *
3923 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
1 TTCATT-ACAAGAAAAGTCTATTTATAGT
3952 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1139, Mismatches: 206, Indels: 99
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.01
169 113 0.10
170 187 0.16
171 680 0.60
172 146 0.13
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
TTCATTACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
TAATTGAATGTCTGTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCA
Found at i:3371 original size:513 final size:503
Alignment explanation
Indices: 2393--3951 Score: 1711
Period size: 513 Copynumber: 3.0 Consensus size: 503
2383 GATTTTCATA
* *
2393 ACAAAAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATGGTT
1 ACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTT
* * * * * *
2457 TTATAGTCTCATAATTGATTTTAGGCTAAGTTTTTTTAGATTTCTGATTAAAACCTATTATAATT
65 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TTTTTTGATTAAAA-CTATTATAATT
* * * *
2522 GACTGTCTGCCTT-AAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
128 GAATGTCTGCCTTCAAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
2586 ACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
193 ACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
2651 GTT-AATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGTTAAAGGAAACATG
258 GTTGAA-CTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAA-AGATTATAATTGAATGTTTCTT--AGGAAACATG
* * * * *
2715 AAGACAAAGCCATTCATTACCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGCCTTAT
318 AAGAAAAAG-CATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-AAAAGCCTTAT
* * * * *
2780 TACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGA-TTTCGGATCAAATGTTTTTACATTTTTG
381 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCGG-TTAAAT-TTTTTACATTTTTT
* * * * *
2844 GATAAAATAGATTATAATTGACTATCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTAATTCATTG
444 GTTAAAAAAGATTATAATTGAATATCTACCTT-AGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTG
* * * *
2905 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
1 ACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTT
* *
2970 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTTATTATAATCTATTATAATTG
66 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TTTTTTGATTA-AAACTATTATAATTG
* * * * * *
3035 AATGTCTGCCTTCAAAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGATATGAACAGT-TCATATATAGTC
129 AATGTCTGCCTTCAAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTC
*
3099 ACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAA
193 ACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
*
3164 GTTGAA-TTGTTTTATATTTTAGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGGAACATG
258 GTTGAACTT-TTTTATATTTTAG-TTAAAA-AGATTATAATTGAATGTTT--CTTAGGAAACATG
* *
3228 AAGAAAAAGACTTTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTAT
318 AAGAAAAAG-CATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC-TTAAAAGCCTTAT
*
3293 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTCGGTTAAATTTTCTTACATTTTTTG
381 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCGGTTAAATTTT-TTACATTTTTTG
* * * * * * * * *
3358 TTAAAACAGATTATAATTGAGTATCCACCTTAGAAAACGTAAAAAAAAAGCCTTTCATTA
445 TTAAAAAAGATTATAATTGAATATCTACCTTAG-AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTG
* * * * * *
3418 ACAAAAAAAAGTCTATTTACAGTCACGCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTT
1 AC-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTT
** * * *
3483 TCGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTGATTAAAACATATCATAATT
65 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT-TTTTTGATTAAAAC-TATTATAATT
* * * * * * *
3548 GAATGTTTGCC-TCAGGAGACGTGAAGCAACAA-TCATCTATTGGCACA-AAAAGTCTTTTTATA
128 GAATGTCTGCCTTCA-AAAACGTGAAGCAA-AAGCCATCCATTGACA-AGAAAAGTCTATTTATA
* * * * * * *
3610 GTCACCCA-AGCCTTCGAAAGTCTTGTCACCCACTTTAAATGCTTTTATATTCTCATAATTGATT
190 GTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * *
3674 TTAAGTTGAACTTTTTTATAATTTTGGTTAAAAAAATTATAATTGAATATCTGTCTT-GGAAAAC
254 TTAAGTTGAACTTTTTTAT-ATTTTAGTTAAAAAGATTATAATTGAATGT-T-TCTTAGG-AAAC
* ** * * * * *
3738 ATGAAGAAAATGCATTCATTGGCAACAAAATTTCATTTATAG-CTGCCCATTCCCTCAAAAGCCT
315 ATGAAGAAAAAGCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATT-CCTTAAAAGCCT
* * * *** *
3802 TATTACGCACTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
378 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCGGTT-AAATTTTTTACATTTT
* * * *
3867 TTGTTAAAAAAAATTTTAATTGAATCTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTG
442 TTGTTAAAAAAGATTATAATTGAATATCTACCTTA-GAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTG
** *
3930 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
1 ACAAAAAAAGTCCATTTATAGT
3952 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 884, Mismatches: 133, Indels: 61
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
511 19 0.02
512 273 0.31
513 346 0.39
514 232 0.26
515 14 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (503 bp):
ACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATTTTTTGATTAAAACTATTATAATTGAA
TGTCTGCCTTCAAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
CATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
GAACTTTTTTATATTTTAGTTAAAAAGATTATAATTGAATGTTTCTTAGGAAACATGAAGAAAAA
GCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCGGTTAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAGAT
TATAATTGAATATCTACCTTAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTG
Found at i:4420 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 4057--5244 Score: 1006
Period size: 170 Copynumber: 7.0 Consensus size: 168
4047 NNNNNACTTA
**
4057 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTATTTTTTTTA-TTAT
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A-ATTTTTTA--CATTTTAGTTA-
* * * * *** *
4121 AATC-TATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GAGAAACATGAAACAAAAGCCATCCATTAATATGAA
61 AAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGA-AAACATGAAA-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* *
4184 AAGTCCATATATAGTCATCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
124 AAGTCCATTTATAG---TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* *
4232 TTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTAGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTA-GTTAAAA
* * * * *
4297 CAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAATATGAAAAAAAGACTTTCATTGGTAAGAAAAGTC
64 CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * *
4362 CATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCA
129 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* *
4402 CTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTT-CGATTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTT-TTACA-TTTTAGTTAAA
* * * * * ** *
4466 ATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGGAAAACGTAAAAAAAAGCCTTTCATTAACAAAAAAAAG
63 ACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAAAAAAGCCATTCATTGGC-AAGAAAAG
* * * *
4531 TCTATTTAAAGTCACACACG-CTTCGAAAGCCTTATTACTCG
127 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * ** *
4572 CTTTAAATTGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTGTATTTTTGATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTAG-TTAAAA
* * * * * * *
4637 TATATCATAATTGAATGTTTGCCTTAGG-AGACATGAAGCAACAA-TCATTTATTGGCACA-AAA
64 CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GGAAAACATGAA--AAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAA
* ** * *
4699 AG-CCTTCTTATAGTCATTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATCAC-CTG
125 AGTCCAT-TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-G
* * * * *
4743 TTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTAAACTTTTTTATAATTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA-CATTTTAGTTAAAA
* * ** * *
4808 -AAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAATACATTCATTGGCAACAAAATT
64 CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAA-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * ** *
4872 TCATTTATAGCCGCCCATGCCCTT-AAAAGAGTTATTACTCA
128 CCATTTATAGTCACCCATG-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * * *
4913 CTTTATATAGTTTTGTAATCTCATAACTAATTTAAAGTTAAATTTCTTTACATTTTTAATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACA-TTTTAGTTAAAA
* * * *
4978 CAAATTATAATTGAATCTTTGCCCTAGG-AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAG
64 CAGATTATAATTGAATGTTTG-CCTTGGAAAACATGAA-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * *
5042 TCCATTTATAGTC-CCCAATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTG
127 TCCATTTATAGTCACCC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* *
5084 CTTTAAATGGTTTTGA-AATCTCATAGTTGATTTTATGTTGAATTTTATTACATTTTTAGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACA-TTTTAGTTAAA
* * *** ** *** * **
5148 ACATG-TTATAATTCAGTGTCCACC-TCAAAAAGGGGGAAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAG
63 ACA-GATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
5211 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
127 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
Statistics
Matches: 824, Mismatches: 152, Indels: 80
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 72 0.09
170 363 0.44
171 256 0.31
172 20 0.02
173 35 0.04
174 38 0.05
175 40 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTAGTTAAAACA
GATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
Found at i:4911 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 4057--5244 Score: 1051
Period size: 341 Copynumber: 3.5 Consensus size: 338
4047 NNNNNACTTA
* *
4057 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTATTTTTTTTA-TTAT
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTT-AA-ATTTTTTA-TATTTTTAGTTA-
*** * * **
4121 AATCTATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GAGAAACATGAAACAAAAGCCATCCATTAATATGAAA
62 AAAAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGA-AAACATGAAA-AAAAGCCATTCATTAACAAAAAA
* * * * *
4185 AGTCCATATATAGTCATCACCCATG-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATA
125 AATTCATTTATAG-C--CACCCATGCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
* * * * *
4249 ACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
187 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAATG
* * ** *
4314 TTTACCTT-GGAAAATATGAA-AAAAAGACTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
252 TTTGCCTTAGG-AAACATGAAGAAAATCA-TTT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
** * *
4377 ATTCCTTTGAAAGCCTTATTA-CTCA
314 AAACCTTCGAAAGCCTTATTACCT-G
* * * *
4402 CTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGA-TTTTCGATTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAG-TTAAATTTT-TTATATTTTTAGTTAAA
* * * * * * *
4466 ATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGGAAAACGTAAAAAAAAGCCTTTCATTAACAAAAAAAAG
64 A-AAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACATGAAAAAAAGCCATTCATTAACAAAAAAAAT
* * * * * * *
4531 TCTATTTAAAGTCACACA--CGCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTCATAATCTC
128 TC-ATTTATAGCCACCCATGCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
* ** * * *
4594 ATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTGTATTTTTGATTAAAATATATCATAATTGAATGTTTGC
192 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGC
* * ** *
4659 CTTAGGAGACATGAAGCAACAATCATTTATTGGCACA-AAAAG-CCTTCTTATAGTCATTCAAGC
257 CTTAGGAAACATGAAG-AA-AATCATTTATTGGCA-AGAAAAGTCCAT-TTATAGTCACCCAAAC
*
4722 CTTCGAAAGCCTTATCACCTG
318 CTTCGAAAGCCTTATTACCTG
* * *
4743 TTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTAAACTTTTTTATAATTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTAAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAA
** ** * *
4808 AAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAATACATTCATTGGCAACAAAATTT
65 AAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACATGAA-AAAAAGCCATTCATTAACAAAAAAAATT
* ** * * *
4873 CATTTATAGCCGCCCATGCCCTT-AAAAGAGTTATTACTCACTTTATATAGTTTTGTAATCTCAT
129 CATTTATAGCCACCCATGCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * * *
4937 AACTAATTTAAAGTTAAATTTCTTTACATTTTTAATTAAAACAAATTATAATTGAATCTTTGCCC
194 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCT
*
5002 TAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CCCAATACCTT
259 TAGGAAACATGAAG-AAAA-TCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAA-ACCTT
* *
5066 CAAAAGCCTTATTACTTG
321 CGAAAGCCTTATTACCTG
* * *
5084 CTTTAAATGGTTTTGA-AATCTCATAGTTGA-TTTTATGTTGAATTTTATTACATTTTTAGTTAA
1 CTTTAAATGGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTTA-GTTAAATTTT-TTATATTTTTAGTTAA
** * * ** ** *** * * *
5147 AACATGTTATAATTCAGTGTCCACC-TCAAAAAGGGGGAAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAG
63 AA-AAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACATGAAAAAAAGCCATTCATTAACAAAAAAAA
* * *
5211 TCCATTTATAGTCACCCATG-CCTTCGAAAGCCTT
127 TTCATTTATAGCCACCCATGCCCTTCAAAAGCCTT
Statistics
Matches: 674, Mismatches: 141, Indels: 61
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.01
340 206 0.31
341 309 0.46
342 41 0.06
343 36 0.05
344 45 0.07
345 33 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTAAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAAA
AATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACATGAAAAAAAGCCATTCATTAACAAAAAAAATTCA
TTTATAGCCACCCATGCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTA
GGAAACATGAAGAAAATCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCGAAA
GCCTTATTACCTG
Done.