Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397854.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1159.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13008
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.10, T:0.32
Warning! 2228 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1399 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1101--1510 Score: 421
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 169
1091 NNNNCCTATT
* * * * * *
1101 CCTTCGAAAGCCCTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATCGATTTTAACTTGAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAT
* * ** ***
1166 TTTTTCTTTTTTGGTTAAAATATATTATAGATGAATGTCTTTTTTGGAAAACCCAAAGCAAAAGC
66 TTTTACTTTTTTGCTTAAAATATATTATAGATGAATGTCTCCTCAAGAAAACCCAAAGCAAAAGC
* *
1231 TATCCACTAGCAAGGAAAAGTCCATTTACAATCACTCAAG
131 CATCCAATAGCAA-GAAAAGTCCATTTACAATCACTCAAG
* * * *
1271 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAACTGATTTTATAGTCTCATAATTGATTGTAAATTGAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAT
* ***
1336 TTTTCACATTTTTTGCTTAAGATATATTATA-ACTGAATGTCTGCCTCAAG-AAACGTGAAGCAA
66 TTTT-AC-TTTTTTGCTTAAAATATATTATAGA-TGAATGTCT-CCTCAAGAAAACCCAAAGCAA
* * * * *
1399 AATCCATCCAATGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAG
127 AAGCCATCCAATAGCAAGAAAAGTCCATTTACAATCACTCAAG
* * * * * * * *
1442 CTTTTGAAAGCGTTATTGCTCGCTTTAAAC-GGTTTTATAATCTTATAATTGTTTTTAAGTTGAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AACTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAA
1506 TTTTT
65 TTTTT
1511 TAGATTAAAA
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 40, Indels: 9
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 59 0.30
171 78 0.40
172 56 0.29
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAT
TTTTACTTTTTTGCTTAAAATATATTATAGATGAATGTCTCCTCAAGAAAACCCAAAGCAAAAGC
CATCCAATAGCAAGAAAAGTCCATTTACAATCACTCAAG
Found at i:2092 original size:173 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1833--2279 Score: 544
Period size: 173 Copynumber: 2.6 Consensus size: 171
1823 NNNNNNTTAG
* * * *
1833 GTTGAATTT-TTTTATATTTTTTGTTAAAACAAATAATAATTAAATGTTTTCCTTAAGAAACAG-
1 GTTGAATTTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAAC-GT
* * *
1896 GAAGAAAAAGCTTTTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATACCATCAA-TCGCCTT
65 GAAGAAAAACCTTTT-ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCATCAACT-ACCTT
*
1960 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCGTATTTGATTTTAA
128 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATATTTGATTTTAA
*
2004 GTTGAATTTGGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGT
1 GTTGAATTT-GTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGT
* * * *
2069 GAAGAAAAAACCTTTTATTAGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATGCCATCGACTATCTTA
65 GAAG-AAAAACCTTTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCATCAACTACCTTA
* * * * * *
2134 TTACTCGCTTTGAATGGTTTTATACTCTCATATTTGTTTTTAT
129 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATATTTGATTTTAA
* * * * * * * *
2177 GTTAAATTTGTTTTAC--GTTTAGTTAGAATATATAATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATG
1 GTTGAATTTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTG
* * *
2240 AAGAAAAACCTTTCATTAGTAACAAAAGTCCATTTATAGT
66 AAGAAAAACCTTTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
2280 TATCCATGTC
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 31, Indels: 12
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 33 0.14
170 43 0.18
171 9 0.04
172 8 0.03
173 136 0.57
174 11 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
GTTGAATTTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTG
AAGAAAAACCTTTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCATCAACTACCTTATT
ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATATTTGATTTTAA
Found at i:3426 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3099--4477 Score: 923
Period size: 171 Copynumber: 8.1 Consensus size: 170
3089 TTTTTTTACA
* * * * * * *
3099 TTTTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTTCTTTGGGAGACATGAAGCAAAAGCC-ACCAA
1 TTTTTG-TTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCTTCC-A
* * * * * *
3163 TTGGTAAGAAAAGTGCATTCATATTCACACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
64 TTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* *
3228 TTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTATAT
129 TTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTATAT
* * * *
3270 TTTTTGTTAAAATAGATAATAACTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGATA-TAAAAGCCTTTCAT
1 TTTTTGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTTAGGAAACATGA-AGCAAAAGCCTTCCAT
* * *
3334 TGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA
65 TGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * *
3399 TTTTACAGTCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAC
129 TTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATGTTTTATAT
* * * * * * * * * ***
3442 TGTTGGTT-AAA-ACATATTATTTAAATGTCTGCC-TCGAGAAACGTGAAGAAAAAATAATT--A
1 TTTTTGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAG-CAAAAGCCTTCCA
* ** * *
3502 GTTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCGAAAGCCCTATTACTTGCTTTAAAT
64 -TTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
3566 GGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAA-CTAGAAT-TATTT-TCAT
127 GGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATGT-TTTAT-AT
* * * * * * * ** **
3610 TTTTGGTTAAAATATATTATAGTTGAATGTCTA-TTTTGGAAAACACAAAATAAAAG-CTATCCA
1 TTTTTGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTTAGG-AAACATGAAGCAAAAGCCT-TCCA
** * * * **
3673 TTAGCCAGGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAGA-
64 TT-GGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA-AT
* * *
3737 GGTTTTATAGTCTCATAATTGATTGTAAGTTGAAT-TATTTACA-
127 GGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGT-TTTATAT
* * * * * * * *
3780 TTTTTGCTTAAAATATATTATAACTAAATGTCTGCCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAA
1 TTTTTG-TTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCTTCCAT
* * * * ** * *
3845 T-GACAAAAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCTTTTAAAAGCGTTATTGCTCGCTTTAAATGG
65 TGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * *
3909 TTTTATAATCTTATAATT-A-TTT---TT-AA-G-TTGAT-T
129 TTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTATAT
* * * * **
3942 TTTTTAGATTAAAATAAATAATAATTGAATATCTA-CTTCACGAAA-AGTGAAGCAAAAGCCACC
1 TTTTT-G-TTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTT-AGGAAACA-TGAAGCAAAAGCCTTC
* * * * *
4005 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGTTTTGAAT
62 CATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* ** * *
4070 GGTTTTATAGTCTTATAATTGATTTTAAGTTGAGTTCTTTTTTCTAT
127 GGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTT-A--AATGTTTTATAT
* * * * * * * * * * * *
4117 TGTTGGTTAAAATATATTATAACTAAATATATGCCTTAAGCAACATGAAGCAAAAGTCATCCATT
1 TTTTTGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCTTCCA-T
* * * * * * *
4182 TGTAAA-AAAACTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATAGT
65 TGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* ** *
4246 TTTATAGTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAGTTTTTTTATAT
130 TTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATGTTTTATAT
* * * * *
4288 TTTTTGTTAAAACAAATAATAATTAAATGT-TATCCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCTTTTCA
1 TTTTTGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTA-CCTTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCTTCCA
* * * * * ** * * *
4351 TTAGCAAGAAAAG-CCGATTTATAGTCACCCATGCCATCGACCGTCTTATTACTCGCTTTGAATA
64 TTGGAAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * *
4415 GTTTTATATTCTCATATTTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTTACAT
128 GTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA--TGTTTTATAT
*
4460 TTTTAGTTAAAATAGATA
1 TTTTTGTTAAAATAGATA
4478 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 939, Mismatches: 213, Indels: 111
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
162 10 0.01
163 114 0.12
164 4 0.00
165 5 0.01
167 2 0.00
168 19 0.02
169 60 0.06
170 234 0.25
171 312 0.33
172 45 0.05
173 117 0.12
174 13 0.01
175 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCTTCCATT
GGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
TTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTATAT
Found at i:5594 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5295--6728 Score: 1140
Period size: 171 Copynumber: 8.5 Consensus size: 171
5285 NNNNNNNNNN
* * *
5295 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACGTTGAA-AAAC
1 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATAATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAAC
** * * * *
5359 ATGAAGCAAAAATCATCTATTGGCAAGAAAAGTCTATATATATTCACTCAATCCTTCAAAAGCCT
65 ATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCT
*
5424 TATTACTTGCTTTAAATAG-TTTATAATCTCATAATTGATTT
130 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * ** *
5465 TAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAAATAATAATTGAATGTTTGCTTTGGGAGAC
1 TAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* * * * *
5530 ATGAATCAAAACCCA-CCAATTGGTAAGAAAAGTGC-ATTTATATTCACACAAGCCTTTGAAAGC
65 ATGAAGCAAAAGCCATCC-ATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATATTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
*
5593 CTTATTACTTGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTTC-TAATTGATTT
128 CTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATC-TCATAATTGATTT
* * * * * * * * *
5637 TAAGTT-AAATGTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATAATAACTGAATATCTACCTCAAGAAACG
1 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACA
* * * * * * *
5701 TGATGTAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTTGAAAGCCT
66 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCT
* * *
5765 TATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAGTCTCATAATTGACTT
130 TATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * * * * *
5807 TAAGTTGAATTTTTTAAAATTTTTGGTTAAAACA-A-ATTATTTAAATGCCTGCCTTGAGAAACA
1 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACA
** *** * * * * ** * *
5870 TGAAAAAAAAAAAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACTTATTCCATCGAAAGCCCT
66 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTT
* * * * *
5935 ATTAATTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATCGATTT
131 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* ** * * * * ***
5976 TAACTTGAATTTTTTT-CATTTTTGGCTAAAATATATTATAGTTAAATGTTTGTTTTGAA-AAAC
1 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATAATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAAC
*** * * * * * * *
6039 GCAAAGCAAAAGCTATCCACTAGTAAGGAAAAGTCTATTTACAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCC
65 ATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAA-GAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTCGAAAGCC
* * * *
6104 TTATTACTCGCTTTAAGTAGTTTTATAGTATCATAATTGATTG
129 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * *
6147 TAAGCT-AATTTTTTTACATTTTT-ACTTAAAATATATTATAACTGAGTATCTACCTCAGGAAAC
1 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* * * * * *
6210 GTGAAGCAAAAGCCATCCAATGACAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCTTTTGAAAGCGT
65 ATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCT
* * * * *
6275 TATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTTATAATTGTTTT
130 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * *
6317 TAAGTT-AA-TTTTTT--A-----GATTAAAATAGATAATAATTGAATATCTACTTTAGGAAA-A
1 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACA
* *
6372 GTGAAGCAAAAGCCACCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-TGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCC
66 -TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAT-TCACTCAAGCCTTCGAAAGCC
** * * **
6436 TTATTACTCATTTTGAATAGTTTTATAGTCTTGTAATTGATTT
129 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * * * * *
6479 TAAGTTGAGTTTTTTTTTCCATTTTTGGTTAAAATATATTATAACTAAATATATGCCTTAGGAAA
1 TAAGTTGA--ATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
* * * * * **
6544 CATGAAGCAAAAGTCATCCATTTGTAAGAAAAGTCTTTTTATATTCACTCAAACCTTCGAAAGTT
64 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTCGAAAGCC
* *
6609 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTT
129 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * * * **
6652 TAGGTTGAATGTTTTTATATTTTTTG-TTAAAAAAAATAATAATTAAATGTTTTCCTCGAGAAAC
1 TAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAATATATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
*
6716 ATGAAGAAAAAGC
65 ATGAAGCAAAAGC
6729 TTTTCATTAG
Statistics
Matches: 999, Mismatches: 227, Indels: 75
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.00
162 125 0.13
163 2 0.00
166 6 0.01
167 1 0.00
168 15 0.02
169 124 0.12
170 258 0.26
171 304 0.30
172 32 0.03
173 129 0.13
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACA
TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTT
ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
Found at i:6321 original size:510 final size:511
Alignment explanation
Indices: 5295--6331 Score: 1169
Period size: 510 Copynumber: 2.0 Consensus size: 511
5285 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
5295 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACGTTGAAAAACA
1 TAAGTTGAATTTTTTAAAATTTTTGATTAAAACAAATTAT-ATTAAATGCCTACCTTGAAAAACA
** ** * * *
5360 TGAAGCAAAAATCATCTATTGGCAAGAAAAGTCTATATATATTCACTCAATCCTTCAAAAGCCTT
65 TGAAAAAAAAAAAATCTATTGGCAAGAAAAGTCTATATATAGTCACTCAATCCATCAAAAGCCCT
* * * *
5425 ATTACTTGCTTTAAATAGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTT
130 ATTAATTGCTTTAAATAGTTTATAATCTCACAATCGATTTTAACTTAAATTTTTTTTACATTTTT
* * ** * ** * * *
5490 GATTAAAATAAATAATAATTGAATGTTTGCTTTGGGAGACATGAATCAAAACCCACCAATTGGTA
195 GACTAAAATAAATAATAATTAAATGTTTGCTTTGAAAAACACAAAGCAAAACCCACCAACTAGTA
* * ** *
5555 AGAAAAGTGCATTTATATTCACACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTAT
260 AGAAAAGTGCATTTACAGTCACACAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
* * * * **
5620 AATCTTCTAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATAATAACTGAATA
325 AATCATCTAATTGATTGTAAGCTAAATGTTTTACATTTTTACTTAAAATAGATAATAACTGAATA
* * * *
5685 TCTACCTCAAGAAACGTGATGTAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
390 TCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAATGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
**
5750 TACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAGTCTCATAATTGACTT
455 TACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGACTT
* * *
5807 TAAGTTGAATTTTTTAAAATTTTTGGTTAAAACAAATTAT-TTAAATGCCTGCCTTGAGAAACAT
1 TAAGTTGAATTTTTTAAAATTTTTGATTAAAACAAATTATATTAAATGCCTACCTTGAAAAACAT
* * * * *
5871 GAAAAAAAAAAAAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACTTATTCCATCGAAAGCCCT
66 GAAAAAAAAAAAATCT-ATTGGCAAGAAAAGTCTATATATAGTCACTCAATCCATCAAAAGCCCT
* *
5935 ATTAATTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATCGATTTTAACTTGAA-TTTTTTT-CATTTT
130 ATTAATTGCTTTAAATAG-TTTATAATCTCACAATCGATTTTAACTTAAATTTTTTTTACATTTT
* * * * * * * *
5998 TGGCTAAAATATATTATAGTTAAATGTTTGTTTTGAAAAACGCAAAGCAAAAGCTATCC-ACTAG
194 TGACTAAAATAAATAATAATTAAATGTTTGCTTTGAAAAACACAAAGCAAAACCCA-CCAACTAG
* *
6062 TAAGGAAAAGT-CTATTTACAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGT-AGT
258 TAA-GAAAAGTGC-ATTTACAGTCACACAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-T
* * * * *
6125 TTTATAGT-ATCATAATTGATTGTAAGCTAATTTTTTTACATTTTTACTTAAAATATATTATAAC
320 TTTATAATCATC-TAATTGATTGTAAGCTAAATGTTTTACATTTTTACTTAAAATAGATAATAAC
* * * *
6189 TGAGTATCTACCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAAT-GACAAGAAAAGTCTATTTATAT
384 TGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAATGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * * **
6253 TCACTCA-AGCTTTTGAAAGCGTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTTATAATTGTTTT
448 TCACTCATA-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGACTT
6317 TAAGTT-AATTTTTTA
1 TAAGTTGAATTTTTTA
6332 GATTAAAATA
Statistics
Matches: 434, Mismatches: 82, Indels: 21
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
509 69 0.16
510 303 0.70
511 27 0.06
512 35 0.08
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (511 bp):
TAAGTTGAATTTTTTAAAATTTTTGATTAAAACAAATTATATTAAATGCCTACCTTGAAAAACAT
GAAAAAAAAAAAATCTATTGGCAAGAAAAGTCTATATATAGTCACTCAATCCATCAAAAGCCCTA
TTAATTGCTTTAAATAGTTTATAATCTCACAATCGATTTTAACTTAAATTTTTTTTACATTTTTG
ACTAAAATAAATAATAATTAAATGTTTGCTTTGAAAAACACAAAGCAAAACCCACCAACTAGTAA
GAAAAGTGCATTTACAGTCACACAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
ATCATCTAATTGATTGTAAGCTAAATGTTTTACATTTTTACTTAAAATAGATAATAACTGAATAT
CTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAATGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
ACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGACTT
Found at i:6421 original size:162 final size:163
Alignment explanation
Indices: 6066--6668 Score: 442
Period size: 162 Copynumber: 3.6 Consensus size: 163
6056 CACTAGTAAG
* * * * * *
6066 GAAAAGTCTATTTACAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTAGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATATTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
*** * * * * * * *
6131 GTATCATAATTGATTGTAAGCT-AATTTTTTTACATTTTTACTTAAAATATATTATAACTGAGTA
66 ACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT--A----GA-TTAAAATAGATAATAACTGAATA
* *
6195 TCTACCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAATGACAA
123 TCTACCTCAGGAAAAGTGAAGCAAAAGCCACCCAATGACAA
* * * * * * *
6236 GAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCTTTTGAAAGCGTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATATTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* * * *
6301 ACCTTATAATTGTTTTTAAGTT-AATTTTTTAGATTAAAATAGATAATAATTGAATATCTACTTT
66 ACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAGATTAAAATAGATAATAACTGAATATCTACCTC
* *
6365 AGGAAAAGTGAAGCAAAAGCCACCCATTGGCAA
131 AGGAAAAGTGAAGCAAAAGCCACCCAATGACAA
* *
6398 GAAAAGTCCATTTAT-TGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTGAATAGTTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAT-TCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
** * * * * * *
6462 AGTCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTTTCCATTTTTGGTTAAAATATATTATAACTAA
65 AACCTTATAATTGATTTTAAGTTGA---ATTTTTT--A-----GATTAAAATAGATAATAACTGA
* * * * * * *
6527 ATATATGCCTTAGGAAACA-TGAAGCAAAAGTCATCCATTTG-TAA
120 ATATCTACCTCAGGAAA-AGTGAAGCAAAAGCCACCCA-ATGACAA
** * ** **
6571 GAAAAGTCTTTTTATATTCACTCAAACCTTCGAAAGTTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATATTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
** * *
6636 GTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTA
66 ACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTA
6669 TATTTTTTGT
Statistics
Matches: 352, Mismatches: 65, Indels: 33
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.00
162 126 0.36
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173 124 0.35
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (163 bp):
GAAAAGTCCATTTATATTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
ACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAGATTAAAATAGATAATAACTGAATATCTACCTC
AGGAAAAGTGAAGCAAAAGCCACCCAATGACAA
Found at i:9640 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 8809--10306 Score: 1151
Period size: 341 Copynumber: 4.4 Consensus size: 339
8799 GTCACCTATT
8809 CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * **
8874 TGTTTTACATAG--TTGGTTAAAATATATTATAATTGAATATTTGGTTAAGGAAACATGAAGCAA
66 TCTTTT--ATAGTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTCATT-AGGAAACATGAAGCAA
* * * * ** *
8937 AAGCCATCCACT-AGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTGTTGCTC
128 AAGGCATCCATTGA-TAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCTAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTC
* *
9001 GCTTTAAATAGTTTTATAGTCTTATAATTGATTTTAAGTTATATTTTTTTATATTTTTGATTAAA
192 GCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAT-TTTTTTTAT-TTTTAGATTAAA
* * * * *
9066 ATATATTATAACTGAATGTCTGCCTTAAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCTGTTGGCAAGAAAAG
255 ATATATTATAACTAAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCTATTGGCAAAAAAAA
*
9131 TCTATTTATATTCACTCAAT
320 TCTATTTATATTCACTCAAG
* * *
9151 CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTTAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-
* * * * * *
9215 TTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTGCATT-GAGAGACATGAAGCAA
65 TTCTTTTATAGTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTT-CATTAG-GAAACATGAAGCAA
* *
9279 AA-GC-TACCAATTGGTAAGAAAAGTGC-ATTTATATTCACTCTAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
128 AAGGCAT-CC-ATTGATAAGAAAAGT-CTATTTATATTCACTCTAGCCTTCGAAAGCCTTGTTAC
* *
9341 TCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCACAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTTATTTTTAG-TTG
190 TCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTT-A-TTTTTTTTATTTTTAGATTA
* * ** * *
9405 AAATATATTATAGCTAAATGTTTGCCTCACGAAACGTGAAGCAAAAGTCAT-TAATTGGTAAAAA
253 AAATATATTATAACTAAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCT-ATTGGCAAAAA
*
9469 AAATCTATTTATATTCACTTAAG
317 AAATCTATTTATATTCACTCAAG
* * * *
9492 CCTTTGAAAGCCTTATTATTTTCTTTAAAT-GCTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * *
9556 TTCTTTTATAGTTTTGATTGAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAAAATGAAGTAAA
65 TTCTTTTATAGTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTT-CATTAGGAAACATGAAGCAAA
*
9621 AGGCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATATTCACT-TAAGGCTTCGAAAGCCTTGTTACTCG
129 AGGCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCT-AGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCG
* * * * *
9685 CTTTAAATGGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTGTTTTATATTTTT-TATTAAA
193 CTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAG-TT-ATT-TTTTTTATTTTTAGATTAAA
* * * * * * * ** ** * * * *
9749 ATAGA-TATTAATTGAATGTTTACCTCGAGAAATGTGAAG-AAAAAACCTTTCATTAG-AAAAGA
255 ATATATTA-TAACTAAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCT-ATTGGCAAAAAA
* * * *
9811 AATCCATTTATAGTCACCCATG
318 AATCTATTTATATTCACTCAAG
* ** * * * * * *
9833 CCATCGACTGCCTTATTACTTACTGTAAAT-GATTTTATAATCTCATATTTAATTTTAAGATAAA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * * * * *
9897 TTTTTTTATA-TTTTTAGTTACAGTAGATAATAGTTGAATGTTTTCCTTAAGAAACGTGAAGAAA
65 TTCTTTTATAGTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAATG-TTTCATTAGGAAACATGAAGCAA
* * * * * * * * * * *
9961 AAGCCTTTCATT-AGCAACAAAAGTCTATTTATAGTCTC-CGATG-CTATTGACCA-CCTTATTA
128 AAGGCATCCATTGA-TAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCTA-GCCT-TCGA-AAGCCTTGTTA
* ** * * * * *
10022 CTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTTATATTTGATTTTATGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTG-
189 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTT--ATT-TTTTT-TATTTTTAGA
* * * * * * ** * * * * **
10086 TTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGTC-TTTCATTATCAA
250 TTAAAATATATTATAACTAAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCT-ATTGGCAA
* * * * * *
10150 GAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATG
314 AAAAAATCTATTTATATTCACTCAAG
* * ** * *
10176 TCATCG-ACCCGCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAA
1 CCTTCGAAAGC-CTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
10240 TTTATTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTAAATGTTTGCATT-GAGAAACATGAAG-
65 -TT-CTTTTATAGTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTT-CATTAG-GAAACATGAAGC
10303 AAAA
126 AAAA
10307 TACTTTCATT
Statistics
Matches: 949, Mismatches: 163, Indels: 86
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 18 0.02
341 476 0.50
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343 94 0.10
344 11 0.01
345 39 0.04
346 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (339 bp):
CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
TCTTTTATAGTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTCATTAGGAAACATGAAGCAAAAG
GCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCTAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTT
TAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTATTTTTTTTATTTTTAGATTAAAATATAT
TATAACTAAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCTATTGGCAAAAAAAATCTATT
TATATTCACTCAAG
Found at i:9911 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 8675--10577 Score: 1708
Period size: 512 Copynumber: 3.7 Consensus size: 510
8665 NNNNNNNNNN
* * * * * *
8675 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTCT-
1 TAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTG
* * *
8737 -ATTTGGGAAACATGAAGAAAAAACTATTCATTGTTTTTAGTTAAAACAAAAGTTCATTTAGAGT
65 CA-TTGAGAAACATGAAGAAAAAACT-TTCA------TTAG---AAA-AAAA-TCCATTTATAGT
* * * **
8801 CACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
117 CACCCATGCCATCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* ** * * * * ** * *
8866 AGTTGAATTGTTTTACATAGTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATATTTGGTTAAGGAAACATG
182 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTGAAATATATTATAGTTGAATGTTTGCCTAAAGAAACGTG
* * * * *
8931 AAGCAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTGT
247 AAGCAAAAGCCATTCATTAGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * *
8996 TGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTTATAATTGATTTTAAGTT-ATATTTTTTTATATTTTTG
312 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTG
* * * * * ** **
9060 ATTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGCCTTA-AAAAACATGAAGCAAAAGTCATCTGTTGGCA
376 ATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAAA-ATGAAGAAAAAGTCATCCATTGATA
* * *
9124 AGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTATA
440 AGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTATA
9189 ATCTCA
505 ATCTCA
* *
9195 TAATTGATTTGAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTGC
1 TAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTGC
* * * ** * * * * *
9260 ATTGAGAGACATGAAGCAAAAGCTACCAATTGGTAAGAAAAGTGCATTTATATTCACTC-TAGCC
66 ATTGAGAAACATGAAGAAAAAACTTTC-ATTAG-AA-AAAAATCCATTTATAGTCACCCAT-GCC
* * * * *
9324 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCACAATTGATTTTAAGTTGAGTTT
127 ATCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * *
9389 TTTT-TATTTTTAGTTGAAATATATTATAGCTAAATGTTTGCCTCACGAAACGTGAAGCAAAAGT
192 TTTTACATTTTTAGTTGAAATATATTATAGTTGAATGTTTGCCTAAAGAAACGTGAAGCAAAAGC
* * * * * * **
9453 CATTAATTGGTAAAAAAAATCTATTTATATTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTATTTTCTTT
257 CATTCATTAGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * *
9518 AAAT-GCTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATAGTTTTGATTGAAATAT
322 AAATAG-TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAT
* *
9582 ATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAAAATGAAGTAAAAGGCATCCATTGATAAGAAAAGTCTA
386 ATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAAAATGAAGAAAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCTA
* * * *
9647 TTTATATTCACTTAAGGCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTATATAATCTCA
451 TTTATATTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTT-TATAATCTCA
* * * *
9708 TAATTGATTTTAAGTTTAA-TTGTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATATTAATTGAATGTTTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTGC
* * **
9772 CTCGAGAAATGTGAAGAAAAAACCTTTCATTAGAAAAGAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCAT
66 ATTGAGAAACATGAAGAAAAAA-CTTTCATTAGAAAA-AAATCCATTTATAGTCACCCATGCCAT
** * * * * * *
9837 CGACTGCCTTATTACTTACTGTAAAT-GATTTTATAATCTCATATTTAATTTTAAGATAAATTTT
129 CGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * * *
9901 TTTATATTTTTAGTT-ACAGTAGATAATAGTTGAATGTTTTCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGC
193 TTTACATTTTTAGTTGA-AATATATTATAGTTGAATGTTTGCCTAAAGAAACGTGAAGCAAAAGC
* * * * * *
9965 CTTTCATTAGCAACAAAAGTCTATTTATAGTCTC-CGATG-CTATTGACCA-CCTTATTACTCAC
257 CATTCATTAGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-AAGCCT-TTGA-AAGCCTTATTACTCAC
* * * *
10027 TTTAAATAGTTTTATAACCTTATATTTGATTTTATGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTG-TTAAA
319 TTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATA-TTTTTGATTAAA
* * * * * *
10091 ATAGATAATAATTGAATGTTTTCCTT-GAGAAATATGAAGAAAAAGTCTTTCATT-ATCAAGAAA
382 ATATATTATAATTGAATGTTTACCTTAG-GAAAAATGAAGAAAAAGTCATCCATTGAT-AAGAAA
* * * * * * **
10154 AGTCTATTTACAGTCACCCATGTCATCG-ACCCGCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
445 AGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTCGAAAGC-CTTATTACTTGCTTTAAATGG-TTTATAATC
10218 TCA
508 TCA
* * * *
10221 TATTTGATTTTAAGTTGAATTTATTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTAAATGTTTG
1 TAATTGATTTTAAGTTTAATTT-TTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTG
* **
10286 CATTGAGAAACATGAAGAAAATACTTTCATTAGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCA
65 CATTGAGAAACATGAAGAAAAAACTTTCATTA-GAAAAAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCA
** * * * ** * *
10351 TCGACTGTCTTAGTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTATTTGATTTTAAGCTGAATTTA
128 TCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-
* ** * * * * ** * *
10416 TTTTACATTTTTTA-TTGAAATAGAGAACAATTGAATGTTTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAA
192 TTTTACA-TTTTTAGTTGAAATATATTATAGTTGAATGTTTGCCTAAAGAAACGTGAAGCAAAAG
* * * * * * * * **
10480 CCTTTCATTAGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CATGCCATCGAACA-CCTCATTACTTGC
256 CCATTCATTAGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTC-ACTCAAGCCTTTGAA-AGCCTTATTACTCAC
* * *
10543 TTTACATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
319 TTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAA
10578 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1131, Mismatches: 214, Indels: 80
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 3 0.00
511 79 0.07
512 435 0.38
513 243 0.21
514 26 0.02
515 134 0.12
516 126 0.11
517 10 0.01
520 17 0.02
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522 21 0.02
523 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (510 bp):
TAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTGC
ATTGAGAAACATGAAGAAAAAACTTTCATTAGAAAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCATCG
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
ACATTTTTAGTTGAAATATATTATAGTTGAATGTTTGCCTAAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATT
CATTAGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
AGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTAT
AATTGAATGTTTACCTTAGGAAAAATGAAGAAAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTAT
ATTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTATAATCTCA
Found at i:10131 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 8784--10577 Score: 1375
Period size: 171 Copynumber: 10.5 Consensus size: 172
8774 TAGTTAAAAC
* *
8784 AAAAGT-TCATTTAGAGTCACCTATTCCT-TCGA-AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
1 AAAAGTCT-ATTTATAGTCACCTA-TGCTATCGACAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
* * ** * * *
8846 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATAGTTGGTTAAAATATATTATAATTGAA
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAA
* * * * * * *
8911 TATTTG-GTTAAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCACTAGTAAG
129 TGTTTGCCTTAA-GAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTAGCAAG
* * * * * *
8955 AAAAGTCTATTTATAGTCA-CTCAAGCCT-T-TAAAAGCCTTGTTGCTCGCTTTAAATAGTTTTA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCT-ATG-CTATCGACAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
* * * * *
9017 TAGTCTTATAATTGATTTTAAGTT-ATATTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAATATATTATAACTG
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAATAGATAATAATTG
* * * * * * *
9080 AATGTCTGCCTTAAAAAACATGAAGCAAAAGTC-ATCTGTTGGCAAG
127 AATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTC-ATTAGCAAG
* * * *
9126 AAAAGTCTATTTATATTCACTCAATCCT-TC-AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTAT
1 AAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATGCTATCGACAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTAT
* * *
9188 AATCTCATAATTGATTTGAAGTTTAATTTTTTT-TACATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTGA
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTTG-TTAAAATAGATAATAATTGA
* * * * ** * *
9252 ATGTTTGCATTGAGAGACATGAAGCAAAAG-CTACCAATTGGTAAG
128 ATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTC-ATTAGCAAG
* *
9297 AAAAGTGC-ATTTATATTCACTCTA-GCCT-TCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
1 AAAAGT-CTATTTATAGTCAC-CTATG-CTATCGACAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
* * * * * * * ** *
9358 ATAGTCTCACAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTT-TATTTTTAGTTGAAATATATTATAGCTAA
63 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGA
* * * * * * * * * *
9422 ATGTTTGCCTCACGAAACGTGAAGCAAAAGTCATTAATTGGTAAA
128 ATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTAGCAAG
* * * * * * *
9467 AAAAATCTATTTATATTCACTTAAGCCT-TTGA-AAGCCTTATTATTTTCTTTAAAT-GCTTTTA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCTATG-CTATCGACAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTTA
* * * * * *
9529 AAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATA-GTTTTGATTGAAATATATTATAATTGA
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAATAGATAATAATTGA
* * * * * * * *
9593 ATGTTTACCTTAGGAAAAATGAAGTAAAAGGCATCCATT-GATAAG
128 ATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTAG-CAAG
* * * * * * *
9638 AAAAGTCTATTTATATTCACTTAAGGCT-TCGA-AAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTATAT
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCT-ATGCTATCGACAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTAT
* * * *
9701 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATATTAATTGAAT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAAT
* ** ** *
9766 GTTTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAACCTTTCATTAG-AA-
130 GTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTAGCAAG
* * * * * * *
9807 AAGAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCATCGAC-TGCCTTATTACTTACTGTAAAT-GATTTTA
1 AA-AAGTCTATTTATAGTCACCTATGCTATCGACAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTTA
* * * * * * * *
9870 TAATCTCATATTTAATTTTAAGATAAATTTTTTTATATTTTTAGTTACAGTAGATAATAGTTGAA
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAA
* * *
9935 TGTTTTCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTAGCAAC
129 TGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTAGCAAG
* * * * **
9979 AAAAGTCTATTTATAGTCTCCGATGCTATTGACCA-CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCTATCGACAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATA
* * * * *
10043 ACCTTATATTTGATTTTATGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAAT
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAAT
* * * * *
10108 GTTTTCCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGTCTTTCATTATCAAG
130 GTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTAGCAAG
* * ** *
10151 AAAAGTCTATTTACAGTCACCCATG-TCATCGACCCG-CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCT-ATCGACAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTAT
* * *
10214 AATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTATTTT-TATATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTA
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATAT-TTTTTG-TTAAAATAGATAATAATTG
* * * *
10278 AATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGAAAATA--CTTTCATTAGGAAA
127 AATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAA-AGCCTTTCATTAGCAAG
* * * * * * ** *
10323 AAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCATCGAC-TGTCTTAGTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCTATCGACAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATA
** * * * * * * *
10387 ATCTTGTATTTGATTTTAAGCTGAATTTATTTTACATTTTTTATTGAAATAGAGAACAATTGAAT
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAAT
* * * * *
10452 GTTTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAACCTTTCATTAGCAAT
130 GTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTAGCAAG
* * * * *
10495 AAAAGTCCATTTATAGTCAACC-ATGCCATCGA-ACA-CCTCATTACTTGCTTTACATGGTTTTA
1 AAAAGTCTATTTATAGTC-ACCTATGCTATCGACA-AGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
10557 TAATCTCATAATTGATTTTAA
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10578 NNNNNNNNNN
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AAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCTATCGACAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAATG
TTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTAGCAAG
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10668 NNNNNNNNNN
* ** * * *
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* ** ** * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
10911 AAAACCATTTAAAGT-AGGGAACAAGGCTTTCAAAGGTTTG-GCT-AGCTACAGATAGAGTTTTC
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* *
10973 TTGTCAATAGGTAGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAAGCAGATATTCAA
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* * *
11021 TTATTATTTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGCTTATAAAA
1 TTATTATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGCTTATAAAA
** * * * * **
11086 ACATTTAAAGCCAATAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGAATACAAATAGACTTTTCTTACCAA
66 ACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGTCAA
* * * * * * *
11151 TGGATAGCTTTTGTTTCATGTTTTCTAAGACAAACATTTAG
131 TGG-TAGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAA
* * * *
11192 TTATAATATATTTTAACCACAAGTGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGGC-TAT-A
1 TTATTATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAAT-AATTATGA-GCTTATAA
* * * * * * *
11254 AAACTATTTAAAGTGA-TAATAAAGTTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGC
64 AAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGT
* * *
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128 CAAT-GGTAGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAA
* * *
11361 TTATTATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGTTTATAA
1 TTATTATATATTTTAA-CAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGCTTATAA
* * * *
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64 AAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGT-
* * * * * * *
11489 CAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTTCGAAGGTAAACATT-AA
128 CAAT-GGTAGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAA
* * * * * *
11532 GTTA-TA-ATATTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAATTTAAAAATAATTTTGGGATTATAAA
1 -TTATTATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGCTTATAAA
* * *
11595 ACCATTTAGAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGATTTTTCTT-TCT
65 AACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGTC-
* * * *
11659 AATGG-ATGACTTTTGCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAA
129 AATGGTA-G-CTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAA
* * *
11702 CTATAATATATTTTAATC--AAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTAT-A
1 TTATTATATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAAT-AATTATGAGCTTATAA
** * * * * * * * * *
11763 AAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCATTCTATGGCATGGGTGACTAGAAATGGAC-CTTCGTTG
64 AAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTC-TTG
* ** * * * *
11827 CTCACGAAGGT---TTTTTTTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAA
127 -TCA--ATGGTAGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAA
* * * * ** *
11871 TTATTATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAACAAATTCAACCTAAAACCAATTATGAGATTATAAA
1 TTATTATATATTTTAACAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGCTTATAAA
* ** ** * * * ** *
11936 ACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGTAGGCGTGAGTGAACATAAATAGAATTTTCTTACCG
65 AACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGTCA
* * * *
12001 ATGG-ATGACTTTTGCTTTAGGTTTCCTAAGGTAGATATT-AA
130 ATGGTA-G-CTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAA
* * * ** *
12042 GTTATAATTTATTTTAACAAAACATGTAAAAAAATTTGA-TTTAAAATCAATTATGAGAC-TATA
1 -TTATTATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAAT-AATTATGAG-CTTATA
* * * *
12105 AAATCATTTAAAATGATTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT-ATGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTT
63 AAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA-GTGAATATAAATAG-ACTTTTCTT
** * * * *
12168 ACCAATGGGTAACTTTAGCTTCACGTTTTCC-AAAGCAAACATTCAA
126 GTCAAT-GGTAGCTTTTGCTTCACG-TTTCCTAAGGCAGACATTCAA
* * * * * ** * * * *
12214 TTATTATCTAATTTAACCATAAATGAAAAAAAATTCAA-TTTTAGACAATTCTGAGATTATAAAA
1 TTATTATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGCTTATAAAA
* * *
12278 ACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTCGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAT
66 ACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGTCAA
* * * * * * * *
12343 TGGATGGCTTTTGTTTCATGTTTCTTGAGGTAGATACTT-AG
131 TGG-TAGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACA-TTCAA
* * * * * *
12384 TTATAATTTATTTTAACCACAAATGTAAGAAAATTTAACTT-AAAATCAATTATGAGAC-TAT-A
1 TTATTATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAAT-AATTATGAG-CTTATAA
* * * * *
12446 AAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCTTTAGTGATTATAAATAGACTTTT-TTTT
64 AAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGT
* *
12510 CCAATGGATTA-CTTTTACTTCACG-TTCCTTAGGCAGACATTCAA
128 -CAATGG--TAGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAA
* * * * * *
12554 TTAGTATCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAAATCAA-TT-AAAATCAATTATGAGATTAT-
1 TTATTATATATTTTAACAAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAAAT-AATTATGAGCTTATA
* * * * *
12616 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGACTGAATATAAATAGACTTGTCTTC
63 AAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTG
* * * ** * * *
12681 TCAATGGATGGCGTTTGCATCATATTT-TTCAAGACAGACATTCAG
127 TCAATGG-TAGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAA
* * * *
12726 TTATAATATATTTTAATAGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAC-TATAAA
1 TTATTATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAG-CTTATAAA
* * ** * * * *
12790 ATCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGAGTATAAATGGACTTCTCTTGCCA
65 AACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGTCA
* * * *
12855 ATGGGTGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAAGCAGACATTTAA
130 AT-GGTAGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAA
* * * *
12897 TTATTATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAAATAATTATGAACTTATAAA
1 TTATTATATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGCTTATAAA
* *
12961 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAA
65 AACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAA
Statistics
Matches: 1713, Mismatches: 354, Indels: 186
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.00
169 224 0.13
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172 284 0.17
173 8 0.00
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTATTATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGCTTATAAAA
ACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGTCAA
TGGTAGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAA
Found at i:11478 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 10678--13008 Score: 2139
Period size: 341 Copynumber: 6.8 Consensus size: 341
10668 NNNNNNNNNN
* * * *
10678 TTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAAATAATTATGAGATTATAAAA
1 TTATAATTTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGATTATAAAA
** ** ** * * *
10743 CCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGAATTTTCCTATCAA
66 ATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAA
* * * * * * *
10808 TGGAT-GACTTTTGTTTCACG-TTTCTTAAGGCAGACATTAAATTATAATATATTTTTACGAAAA
131 TGGATAG-CTTTTGCTTCACGTTTTC-TAAGGCAAACATTCAATTATTATCTATTTTAACCAAAA
* * * * *
10871 ATGTAAAAAAACCTT-AACCTAAAATCAATTATAAGACTATAAAACCATTTAAAGT-AGGGAACA
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* * * * * *
10934 AGGCTTTCAAAGGTTTG-GCT-AGCTACAGATAGAGTTTTCTTGTCAATAGG-TAGCTTTTGCTT
256 AGGCTTTCAAAGGCTTGAG-TGA-ATATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT-GGAT-GCTTTTGCTT
* *
10996 CACGTTTCCTAAAGCAGATATTCAA
317 CACGTTTCTTAAAGCAGACATTCAA
* * * *
11021 TTATTATTTGTTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGCTTATAAA
1 TTATAATTTATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGATTATAAA
* ** * * * *
11085 AACATTTAAAGCCAATAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGAATACAAATAGACTTTTCTTACCA
65 AATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCA
* * * * * * * * *
11150 ATGGATAGCTTTTGTTTCATGTTTTCTAAGACAAACATTTAGTTATAATATATTTTAACCACAAG
130 ATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATTATCTATTTTAACCAAAAA
** * * *
11215 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGCTATAAAACTATTTAAAGTGA-TAATAAAGT
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* * * * * *
11279 TTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGGGTGGTTTTGCTTCACGTTTC
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325 TTAAAGCAGACATTCAA
* * * *
11361 TTATTATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGTTTATAAA
1 TTATAATTTATTTTAATCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGATTATAAA
* * * *
11426 AATATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCAAAGACTTTAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTTCCA
65 AATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCA
* * * * * *
11491 ATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTTCGAAGGTAAACATT-AAGTTA-TA-ATATTTTAACCAAAA
130 ATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACATTCAA-TTATTATCTATTTTAACCAAAA
* * * * *
11553 ATGTAAAATAATTCAATTTAAAAAT-AATTTTGGGATTATAAAACCATTTAGAGTGAGTAATAAG
194 ATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * *
11617 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGATTTTTCTTTCTAATGGATGACTTTTGCTTCACAT
258 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATG-CTTTTGCTTCACGT
* * *
11682 TTCTTGAGGTAGACATTCAA
322 TTCTTAAAGCAGACATTCAA
* *
11702 CTATAATATATTTTAATC-AAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAA
1 TTATAATTTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAA
* ** * * * * * * * * *
11765 ACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCATTCTATGGCATGGGTGACTAGAAATGGACCTTCGTTGCTC
65 AATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGA-CTT--TT-CTT
* ** * * * *
11830 ACGAA-GG-T---TTTTTTTTCATG-TTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACA
126 ACCAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTTC-TAAGGCAAACATTCAATTATTATCTATTTTAACC
* * * **
11889 AAAAATATAAAACAAATTCAACCTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
190 AAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
** * * * * * *
11954 TAAGGCTTTCGTAGGCGTGAGTGAACATAAATAGAATTTTCTTACCGATGGATGACTTTTGCTTT
254 TAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATG-CTTTTGCTTC
* * * * *
12019 AGGTTTCCTAAGGTAGATATT-AA
318 ACGTTTCTTAAAGCAGACATTCAA
** * *
12042 GTTATAATTTATTTTAA-CAAAACATGTAAAAAAATTTGA-TTTAAAATCAATTATGAGACTAT-
1 -TTATAATTTATTTTAATCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAAT-AATTATGAGATTATA
* * *
12104 AAAATCATTTAAAATGATTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT-ATGTGACTATAAAT-GAACTTTTCT
63 AAAAT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA-GTGAATATAAATAG-ACTTTTCT
* * * * * *
12167 TACCAATGGGTAACTTTAGCTTCACGTTTTCCAAAGCAAACATTCAATTATTATCTAATTTAACC
125 TACCAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATTATCTATTTTAACC
* * * * * * *
12232 ATAAATGAAAAAAAATTCAATTTTAGA-CAATTCTGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAAT
190 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * *
12296 AAGGCTTTCAAAGGCTCGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCATTGGATGGCTTTTGTTTCA
255 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGAT-GCTTTTGCTTCA
* * * * * *
12361 TGTTTCTTGAGGTAGATACTT-AG
319 CGTTTCTTAAAGCAGACA-TTCAA
* * * * *
12384 TTATAATTTATTTTAACCACAAATGTAAGAAAATTTAACTT-AAAATCAATTATGAGACTATAAA
1 TTATAATTTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAA
* * * * * * *
12448 ACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCTTTAGTGATTATAAATAGACTTTTTTTTCCA
65 AATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCA
* * * * * *
12513 ATGGATTA-CTTTTACTTCACG-TTCCTTAGGCAGACATTCAATTAGTATCTCTTTTAACCAAAA
130 ATGGA-TAGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATTATCTATTTTAACCAAAA
* * *
12576 ATGTAAAAAAAAAATCAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
194 ATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * * * *
12640 GGCTTTTAAAGGCTTGACTGAATATAAATAGACTTGTCTT-CTCAATGGATGGCGTTTGCATCAT
257 GGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGGAT-GCTTTTGCTTCAC
* * *
12704 ATTT-TTCAAGACAGACATTCAG
320 GTTTCTTAAAG-CAGACATTCAA
* * *
12726 TTATAATATATTTTAAT-AGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGACTAT-AA
1 TTATAATTTATTTTAATCA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGATTATAAA
* ** * * * *
12789 AATCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGAGTATAAATGGACTTCTCTTGCC
65 AAT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACC
* * * * * * * * *
12854 AATGGGTGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAAGCAGACATTTAATTATTATCTGTTTTAATCAAAA
129 AATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATTATCTATTTTAACCAAAA
* *
12919 ATGTAAAACAATTCAACTTAAAAAT-AATTATGA-ACTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
194 ATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
12982 GGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAA
257 GGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAA
Statistics
Matches: 1650, Mismatches: 278, Indels: 121
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 4 0.00
338 32 0.02
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
TTATAATTTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGATTATAAAA
ATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAA
TGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATTATCTATTTTAACCAAAAAT
GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
TTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGCTTTTGCTTCACGTTTCT
TAAAGCAGACATTCAA
Found at i:12297 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 10678--13008 Score: 2116
Period size: 512 Copynumber: 4.6 Consensus size: 510
10668 NNNNNNNNNN
** * * *
10678 TTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAA
1 TTATAATATATTTTAA-CCAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGACTATAAA
* ** * * *
10742 ACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-TGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGAATTTTCCTAT-
64 ACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCT-AAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTCTT-CT-TG
* * * * * * * * * *
10805 CAATGGATGACTTTTGTTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTAAATTATAATATATTTTTA-CGAA
126 CCATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTAAAGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATC-AA
* * * * * *
10869 AAATGTAAAA-AAACCTT-AACCTAAAATCAATTATAAGACTATAAAACCATTTAAAG-TAGGGA
190 AAATGTAAAACAAA--TTCAACTTAAAAACAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTA
* * * * * *
10931 ACAAGGCTTTCAAAGGTTTG-GCT-AGCTACAGATAGAGTTTTCTTGT-CAATAGG-T-AGCTTT
252 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAG-TGA-ATATAAATAGACTTTTCTT-TCCAAT-GGATGA-CTTT
* * * * * *
10991 TGCTTCACGTTTCCTAAAGCAGATATTCAATTATTATTTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATT
312 TGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * *
11056 CAACTTAAAAATAATTATGAG-CTTATAAAAACATTTAAAGCCAATAATAAGGCTTTCGAAGGCT
377 CAA-TTTAAAATAATTATGAGAC-TAT-AAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * * *
11120 TGAATGAATACAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTGTTTCATGTTTTCTAAGACAAA
439 TGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATAACTTTTGCTTCACGTTTTCCAAGACAAA
* *
11185 CATTTAG
504 CATTCAA
* *
11192 TTATAATATATTTTAACCACAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGCTATAAAA
1 TTATAATATATTTTAACCA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAA
* * * * * *
11257 CTATTTAAAGTGA-TAATAAAGTTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAA
65 CTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCTAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTCTTCTTGCC-A
* *
11321 TGGGTGG-TTTTGCTTCACGTTTCTTAAAGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAAT
129 TGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTAAAGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAAT
* * * ** * *
11385 GTAAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGTTTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAAGC
194 GTAAAACAAATTCAACTTAAAAACAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * *
11450 TTTCAAAGACTTTAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTTCCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTT
259 TTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTTCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTT
* * * * *
11515 TCGAAGGTAAACATT-AAGTTATAA--TATTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAATTTAAAAA
324 CCTAAGGCAGACATTCAA-TTATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTT-AAAA
* * * * *
11577 TAATTTTGGGATTATAAAACCATTTAGAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATA
387 TAATTATGAGACTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATA
* * * * * ** ** *
11642 AATAGATTTTTCTTTCTAATGGATGACTTTTGCTTCAC-ATTTCTTGAGGTAGACATTCAA
451 AATAGACTTTTCTTACCAATGGATAACTTTTGCTTCACGTTTTC-CAAGACAAACATTCAA
* * *
11702 CTATAATATATTTTAATCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
1 TTATAATATATTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAAC
** * * * * * *
11767 TATTTAAAGCAAGTAATAAGGCATTCTATGGCATGGGTGACTAGAAATGGAC-CTTCGTTGCTCA
66 TATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCTAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTCTTC-TTGC-CA
* * * ** * * *
11831 -CGAAGGTTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CAAAAAA
129 TGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTAAAGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATC-AAAAA
* * * *
11894 TATAAAACAAATTCAACCTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG
193 TGTAAAACAAATTCAACTTAAAAACAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
** * * * * * * *
11959 CTTTCGTAGGCGTGAGTGAACATAAATAGAATTTTCTTACCGATGGATGACTTTTGCTTTAGGTT
258 CTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTTCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTT
* * **
12024 TCCTAAGGTAGATATT-AAGTTATAATTTATTTTAA-CAAAACATGTAAAAAAATTTGATTTAAA
323 TCCTAAGGCAGACATTCAA-TTATAATTTATTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAATTTAAA
** * *
12087 ATCAATTATGAGACTATAAAATCATTTAAAATGATTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT-ATGTGACT
386 AT-AATTATGAGACTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA-GTGAAT
* *
12151 ATAAAT-GAACTTTTCTTACCAATGGGTAACTTTAGCTTCACGTTTTCCAA-AGCAAACATTCAA
448 ATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGGATAACTTTTGCTTCACGTTTTCCAAGA-CAAACATTCAA
* * * * * * * * *
12214 TTATTATCTAATTTAACCATAAATGAAAAAAAATTCAATTTTAGA-CAATTCTGAGATTATAAAA
1 TTATAATATATTTTAACCA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTAT-AAA
* * * *
12278 AC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTCGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCA
64 ACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCTAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTCTTCTTGCCA
* * * * * * * * * * *
12342 TTGGATGGCTTTTGTTTCATGTTTCTTGAGGTAGATAC-TT-AGTTATAATTTATTTTAACCACA
129 -TGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTAAAGCA-A-ACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAA
* * * * * *
12405 AATGTAAGA-AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAA
191 AATGTAAAACAAATTCAACTTAAAAACAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * *
12469 GGCTTTCGAACGCTTTAGTGATTATAAATAGACTTTTTTTTCCAATGGATTACTTTTACTTCACG
256 GGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTTCCAATGGATGACTTTTGCTTCACG
* * * *
12534 -TTCCTTAGGCAGACATTCAATTAGT-ATCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAAATCAA-TT
321 TTTCCTAAGGCAGACATTCAATTA-TAATTTATTTTAACCAAAAATGT--AAAAAAATTCAATTT
* * *
12596 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGACTGA
383 AAAAT-AATTATGAGACTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGA
* ** * * ** * *
12661 ATATAAATAGACTTGTCTT-CTCAATGGATGGCGTTTGCATCATATTTTTCAAGACAGACATTCA
446 ATATAAATAGACTTTTCTTAC-CAATGGATAACTTTTGCTTCACGTTTTCCAAGACAAACATTCA
*
12725 G
510 A
** *
12726 TTATAATATATTTTAATAGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGACTATAAAA
1 TTATAATATATTTTAA-CCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAA
* * *
12791 -TCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTT-TGAAGGCTTGAGTGAGTATAAATGGACT-TCTCTTGC
65 CT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCT-AAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTCT-TCTTGC
* * * * *
12853 CAATGGGTGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAAGCAGACATTTAATTATTATCTGTTTTAATCAAA
127 C-ATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTAAAGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAA
*
12918 AATGTAAAAC-AATTCAACTTAAAAATAATTATGA-ACTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
191 AATGTAAAACAAATTCAACTTAAAAACAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
12981 AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAA
255 AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAA
Statistics
Matches: 1466, Mismatches: 290, Indels: 123
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
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510 344 0.23
511 56 0.04
512 597 0.41
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514 65 0.04
515 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (510 bp):
TTATAATATATTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAAC
TATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCTAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTCTTCTTGCCATG
GATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTAAAGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATGT
AAAACAAATTCAACTTAAAAACAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
TCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTTCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCC
TAAGGCAGACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATAAT
TATGAGACTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAG
ACTTTTCTTACCAATGGATAACTTTTGCTTCACGTTTTCCAAGACAAACATTCAA
Found at i:12608 original size:683 final size:673
Alignment explanation
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10668 NNNNNNNNNN
* * * * *
10678 TTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAAATAATTATGAGATTATAAAA
1 TTATAATATATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TTTAAAATAATTATGAGACTATAAAA
* * ** * *
10743 CCATTTAAAG-CAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA-GTGAATATAAATAGAA-TTTTCCTAT
64 TCATTTAAAGTGAA-TAATAAGGCTTTCAAAGGCTT-ATGTGAATATAAAT-GAACTTTTCTTAC
* * * * * * * * * * *
10805 CAATGGATGACTTTTGTTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTAAATTATAATATATTTTTACGAAA
126 CAATGGGTGGCTTTTGCTTCACTTTTC-CAAAGCAAACATT-AATTATTATCTATTTTAACCAAA
** * * * *
10870 AATGTAAAAAAACCTT-AACCTAAAATCAATTATAAGACTATAAAACCATTTAAAGT-AGGGAAC
189 AATGTAAAAAAA--TTCAATTTAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA-GTAAT
* * * * * *
10933 AAGGCTTTCAAAGGTTTG-GCT-AGCTACAGATAGAGTTTTCTTGTCAATAGG-T-AGCTTTTGC
250 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAG-TGA-ATATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT-GGATGA-CTTTTGC
* * * * * * * * * *
10994 TTCACGTTTCCTAAAGCAGATATTCAATTATTATTTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAA
311 TTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATTTATTTTAAC-CAAAATGTAAAAAAATTCAA
11059 CTTAAAAAT-AATTATGAG-CTTATAAAAAC-ATTTAAAGCCAA-TAATAAGGCTTTCGAAGGCT
375 CTT-AAAATCAATTATGAGAC-TAT-AAAACTATTTAAAG-CAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
* * * * *
11120 TGAATGAATACAAATAGACTTTTCTTACCAATGGA-TAGCTTTTGTTTCATGTTTTCTAAGACAA
436 TGAGTGAATACAAATAGACTTTTTTTTCCAATGGATTA-CTTTT-TTTCATG-TTTCTTAGGCAA
* * * * *
11184 ACATTTAGTTATAATATATTTTAACCACAAGTGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
498 ACATTCAATTAT-ATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** * * * *
11248 GCTATAAAACTATTTAAAGTGA-TAATAAAGTTTTCGAAGGCTTAAGTG-ACTATAAATA-AACT
562 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAAC-ATAAATAGAA-T
* * * * *
11310 TTTCTTGCCAATGGGTGGTTTTGCTTCACGTTTCTTAAAGCAGACATTCAA-
625 TTTCTT-CCAATGGATGCTTTTGCTTTA-GTTTCCTAAGGCAGACATT-AAG
* * * * **
11361 TTATTATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGTTTATAAA
1 TTATAATATATTTTAA-CAAAAATGT-AAAAAAATTCAA-TTTAAAATAATTATGAGACTAT-AA
* * * *
11426 AAT-ATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCAAAGACTT-TAGTGAATATAAAT-AGACTTTTCTTT
62 AATCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAT-GTGAATATAAATGA-ACTTTTCTTA
* * * * * *
11488 CCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTTCGAAGGTAAACATTAAGTTA-TA-ATATTTTAACCAA
125 CCAATGGGTGGCTTTTGCTTCAC-TTTTCCAAAGCAAACATTAA-TTATTATCTATTTTAACCAA
* * * *
11551 AAATGTAAAATAATTCAATTTAAAAATAATTTTGGGATTATAAAACCATTTAGAGTGAGTAATAA
188 AAATGTAAAAAAATTCAATTT-AAAATAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * *
11616 GGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGATTTTTCTTTCTAATGGATGACTTTTGCTTCACA
252 GGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACA
* * *
11681 TTTCTTGAGGTAGACATTCAACTATAATATATTTTAATCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
317 TTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * * * *
11746 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCATTCTATGGCATGGGTGACTAG
382 TCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATAC
* * **
11811 AAATGGACCTTCGTTGCTCACGAA-GG-TT--TTTTTTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAAT
447 AAATAGA-CTT-TTTTTTC-C-AATGGATTACTTTTTTTCATGTTTCTT-AGGCAAACATTCAAT
* * * * * *
11872 TATTATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAACAAATTCAACCTAAAACCAATTATGAGATTATAAAA
507 TA-TATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * *
11937 CCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGTAGGCGTGAGTGAACATAAATAGAATTTTCTTACCGA
571 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAACATAAATAGAATTTTCTT-CCAA
* *
12002 TGGATGACTTTTGCTTTAGGTTTCCTAAGGTAGATATTAAG
635 TGGATG-CTTTTGCTTTA-GTTTCCTAAGGCAGACATTAAG
* **
12043 TTATAATTTATTTTAACAAAACATGTAAAAAAATTTGATTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAA
1 TTATAATATATTTTAACAAAA-ATGTAAAAAAATTCAATTTAAAAT-AATTATGAGACTATAAAA
* * *
12108 TCATTTAAAATGATTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTATGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAA
64 TCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCAAAGGCTTATGTGAATATAAATGAACTTTTCTTACCAA
** * * *
12173 TGGGTAACTTTAGCTTCACGTTTTCCAAAGCAAACATTCAATTATTATCTAATTTAACCATAAAT
129 TGGGTGGCTTTTGCTTCAC-TTTTCCAAAGCAAACATT-AATTATTATCTATTTTAACCAAAAAT
* * * * * *
12238 GAAAAAAAATTCAATTTTAGACAATTCTGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
192 GTAAAAAAATTCAATTTAAAATAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * **
12303 TCAAAGGCTCGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCATTGGATGGCTTTTGTTTCATGTTTCT
257 TCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCT
* * * *
12368 TGAGGTAGATACTT-AGTTATAATTTATTTTAACCACAAATGTAAGAAAATTTAACTTAAAATCA
322 TGAGGTAGACA-TTCAATTATAATTTATTTTAACCA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
** * * * *
12432 ATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCTTTAGTGATTATAAA
385 ATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATACAAA
* * * *
12497 TAGACTTTTTTTTCCAATGGATTACTTTTACTTCACGTTCCTTAGGCAGACATTCAATTAGTATC
450 TAGACTTTTTTTTCCAATGGATTACTTTT-TTTCATGTTTCTTAGGCAAACATTCAATTA-TATC
* *
12562 TCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAAATCAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
513 TATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
** * * * *
12626 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGACTGAATATAAATAGACTTGTCTTCTCAATGGATG
577 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAACATAAATAGAATTTTCTTC-CAATGGAT-
* * * * * *
12691 GCGTTTGCATCATATTTTTC-AAGACAGACATTCAG
640 GCTTTTGC-T-TTAGTTTCCTAAGGCAGACATTAAG
* *
12726 TTATAATATATTTTAATAGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGACTATAAAA
1 TTATAATATATTTTAACA-AAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAA-TAATTATGAGACTATAAAA
** * * * *
12791 TCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA-GTGAGTATAAATGGACTTCTCTTGCCA
64 TCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCAAAGGCTT-ATGTGAATATAAATGAACTTTTCTTACCA
* * * *
12855 ATGGGTGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAAGCAGACATTTAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAA
128 ATGGGTGGCTTTTGCTTCACTTTTCC-AAAGCAAACA-TTAATTATTATCTATTTTAACCAAAAA
* * *
12920 TGTAAAACAATTCAACTTAAAAATAATTATGA-ACTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
191 TGTAAAAAAATTCAA-TTTAAAATAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
12984 CTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAA
254 CTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAA
Statistics
Matches: 1352, Mismatches: 236, Indels: 119
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
678 5 0.00
679 51 0.04
680 138 0.10
681 273 0.20
682 219 0.16
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684 207 0.15
685 11 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (673 bp):
TTATAATATATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATAATTATGAGACTATAAAATC
ATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCAAAGGCTTATGTGAATATAAATGAACTTTTCTTACCAATG
GGTGGCTTTTGCTTCACTTTTCCAAAGCAAACATTAATTATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAA
AAAAATTCAATTTAAAATAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAA
AGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCTTGAG
GTAGACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
AGACTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATACAAATAGACT
TTTTTTTCCAATGGATTACTTTTTTTCATGTTTCTTAGGCAAACATTCAATTATATCTATTTTAA
CCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGT
AATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAACATAAATAGAATTTTCTTCCAATGGATGCTTTTGCTTT
AGTTTCCTAAGGCAGACATTAAG
Done.