Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403263.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_937.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4202
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.10, T:0.32
Warning! 760 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:492 original size:168 final size:168
Alignment explanation
Indices: 300--607 Score: 444
Period size: 168 Copynumber: 1.8 Consensus size: 168
290 NNNNNNTTAT
** *
300 AAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGACA-GAATGGGAGACTATAAAT-GAATTTTCTT
1 AAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATAAGAGACTATAAATAAAATTTTCTT
* *
363 ACCAATGAATGCTTTTTTCAT-TGTGTTCCTGGAGGTAAACATTCAATTATTATTTTTTTAACT-
65 ACCAATGAAT-CTTTTTTC-TCCGTGTTCCTGGAGGTAAACATTCAATTATTATTTTCTTAACTA
426 AAAACTAAAAAAAATTAAATATAAAATTAATTTTGAGATTAA
128 AAAAC-AAAAAAAATTAAATATAAAATTAATTTTGAGATTAA
* * * *
468 AAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATAAAATTTTCTTG
1 AAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATAAAATTTTCTTA
* * *
533 CCAATGAATTTTTTTTCTCCGTGTTTCTGGAGGTAAACATTCAATTATTGTTTTCTTAACTAAAA
66 CCAATGAATCTTTTTTCTCCGTGTTCCTGGAGGTAAACATTCAATTATTATTTTCTTAACTAAAA
598 ACAAAAAAAA
131 ACAAAAAAAA
608 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 12, Indels: 8
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.02
168 99 0.80
169 23 0.19
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
AAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATAAAATTTTCTTA
CCAATGAATCTTTTTTCTCCGTGTTCCTGGAGGTAAACATTCAATTATTATTTTCTTAACTAAAA
ACAAAAAAAATTAAATATAAAATTAATTTTGAGATTAA
Found at i:1075 original size:173 final size:171
Alignment explanation
Indices: 763--1220 Score: 409
Period size: 172 Copynumber: 2.7 Consensus size: 171
753 NNNNNNNNNN
* * * *
763 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCACACATTCAA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAAACATTCAA
* * * * *
828 TTGTAGTCTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTTAGGAGATTATAAAA
66 TTATAATCTGTTTTAAACAAAAAAGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAA
893 CTCTTTAAAGCGAGTAATAAGGGTCTAGAAAGAATGGGTGA
131 CTCTTTAAAGCGAGTAATAAGGGTCTAGAAAGAATGGGTGA
* * * * * *
934 CTATAAATGGACTTTTCTT-CCTAATAAATGCTTTTTGTCTTTACATTTTTTAATGTAAACCTTC
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATAAATGCTTTTT-TCTTCACATTTCTCAAGGCAAACATTC
* * * **
998 AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAGAATT-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
64 AATTATAATCTGTTTTAAACAAAAAAGT--AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTAT
********** * * * *
1062 AAAAC-CATTTAAAGCGAGTAATNNNNNNNNNNAAGGAGTGAGAGA
127 AAAACTC-TTTAAAGCGAGTAATAAGGGTCTAGAAAGAATGGGTGA
* * * ** * * *
1107 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTACATGTTTCTCGAGGTAAACATTTAA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAAACATTCAA
* * ** * *
1172 TTATTATCTGTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCA
66 TTATAATCTGTTTTAAACAAAAAAGT-AAAACAATTCAACTTAAAATCA
1221 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 229, Mismatches: 51, Indels: 13
0.78 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 41 0.18
172 94 0.41
173 82 0.36
174 10 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAAACATTCAA
TTATAATCTGTTTTAAACAAAAAAGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAA
CTCTTTAAAGCGAGTAATAAGGGTCTAGAAAGAATGGGTGA
Found at i:1791 original size:173 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1321--2110 Score: 847
Period size: 171 Copynumber: 4.6 Consensus size: 171
1311 NNNNNNNNNN
* * ** * * *
1321 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTT
1 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAA-ATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTG
* * * *
1386 AAGGTTTACATTAA-AAA-ATGTAAAGACAAAAAGCATTTATTAGG-AAGAAACGTCCATTTATA
65 AATGTTTACCTTAAGAAACATG--AAGA-AAAAAGCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * **
1448 GTCACCCATTCTTTCTAAACCTTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTT
126 GTCACCCATTCCTTCAAAACCGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
** * * * * *
1494 ATAATCTCCTAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACATACTACAATTGA
1 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGA
* * ** * *
1559 ATGTGTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAACAGCATTCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
66 ATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
1624 CCACTT-CTTCAAAACCGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
131 CCA-TTCCTTCAAAACCGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * ** *
1665 ATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTAAAATTTTTTTCACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
1 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTT-ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATT
* * * * *
1730 GAATGTCTACGTTAAGAAA-AGTGAAGAAAAAAGCATTCACTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGT
64 GAATGTTTACCTTAAGAAACA-TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
1794 TACCCATTGCTTCAAAACCATTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
128 CACCCATTCCTTCAAAACCGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
** * *
1838 ATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTACAATTGA
1 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGA
* * * ** *
1903 ATATATACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTGAATTTATAGTTAC
66 ATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
** * *
1968 ATATTCCTTCAAAA-GGTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
131 CCATTCCTTCAAAACCG-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
2009 ATAATCTTAAAGTTGATTTAAAGTTTAATTGTTTCTACATTTTTCATT-AAACAGACAATAATTG
1 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTG
*
2073 AATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA
65 AATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA
2111 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 514, Mismatches: 92, Indels: 24
0.82 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.00
171 272 0.53
172 78 0.15
173 159 0.31
174 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGA
ATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
CCATTCCTTCAAAACCGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
Found at i:1953 original size:344 final size:343
Alignment explanation
Indices: 1321--2110 Score: 995
Period size: 344 Copynumber: 2.3 Consensus size: 343
1311 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1321 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTT
1 ATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTAAATTTTTTTCACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * *
1386 AAGGTTTACATTAA-AAAATGTAAAGACAAAAAGCATTTATTAGGAAGAAACGTCCATTTATAGT
66 AATGTTTACATTAAGAAAA-GTGAAGA-AAAAAGCATTCACTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* *
1450 CACCCATTCTTTCTAAACCTTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCCTAACTGATTTTA
129 CACCCATTCTTTCAAAACCATTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCCTAACTGATTTTA
* * * * * *
1515 AGTTGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACATACTACAATTGAATGTGTGCCTCGAGAAACATG
194 AGTTAAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTACAATTGAATATATACCTCAAGAAACATG
* * * * *
1580 AAGAAAACAGCATTCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTT-CTTCAAAACCG-TT
259 AAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACACA-TTCCTTCAAAA-CGTTT
*
1643 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
322 ATTACTCACTTTAAATGGTTTT
1665 ATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTAAAATTTTTTTCACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
1 ATAATCTCAAAATTGATTTAAATTT-AAATTTTTTTCACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * *
1730 GAATGTCTACGTTAAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCACT-GGTAAGAAAAGTCTATTTATAGT
65 GAATGTTTACATTAAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCACTAGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * ** *
1794 TACCCATTGC-TTCAAAACCATTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTT
129 CACCCATT-CTTTCAAAACCATTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCCTAACTGATTTT
*
1858 AAGTTAAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTACAATTGAATATATACCTTAAGAAACAT
193 AAGTTAAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTACAATTGAATATATACCTCAAGAAACAT
* * * *
1923 GAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTGAATTTATAGTTACATATTCCTTCAAAAGGTTTA
258 GAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAACGTTTA
1988 TTACTCACTTTAAATGGTTTT
323 TTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * ** **
2009 ATAATCTTAAAGTTGATTTAAAGTTT-AA-TTGTTTCTACATTTTTCATT-AAACAGACAATAAT
1 ATAATCTCAAAATTGATTTAAA-TTTAAATTTTTTTC-ACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* *
2071 TGAATGTTTACCTCAAGAAACA-TGAAGAAAAAAGCATTCA
64 TGAATGTTTACATTAAGAAA-AGTGAAGAAAAAAGCATTCA
2111 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 388, Mismatches: 49, Indels: 20
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
342 53 0.14
343 17 0.04
344 257 0.66
345 57 0.15
346 4 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (343 bp):
ATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTAAATTTTTTTCACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
AATGTTTACATTAAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCACTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CCCATTCTTTCAAAACCATTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCCTAACTGATTTTAAG
TTAAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTACAATTGAATATATACCTCAAGAAACATGAA
GAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAACGTTTATTA
CTCACTTTAAATGGTTTT
Found at i:2773 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2425--2848 Score: 442
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 171
2415 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
2425 ATTCTTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGCTTTTCAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * **
2490 AATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTACAATTGAATGTGTGCCTCAAGAAATGTGAAGAA
66 AATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATAACAATTGAATGTGTACCTCAAGAAACATGAAGAA
*
2555 AAAAGCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTAAACC
131 AAAAGCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAAACC
* * * * * *
2596 ATTCCTTTAAAAGGCTTATTAATTACTTTAAATAGTTTTATAATCTGATAACTGGTTTTAAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * **
2661 AATTGTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGGA-AATAATTGAATTTGTACCTTGAGAAACATGAAG
66 AATTGTTTTACATTTTTCA-TTAAAACA-GATAACAATTGAATGTGTACCTCAAGAAACATGAAG
* * * * * * *
2724 TAAAAAGCATTCATTGGTACGGAAAGTCCATTTATTGT-CACC
129 AAAAAAGCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAAACC
* * * ** *
2766 AATTCCTTCAATAGCCTTATTACTCACTTTACATTTTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
1 -ATTCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* *
2831 CAATCTATTTTA-ATTTTT
65 GAAT-TGTTTTACATTTTT
2849 TGCTTAANNN
Statistics
Matches: 206, Mismatches: 43, Indels: 8
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.02
171 194 0.94
172 8 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
AATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATAACAATTGAATGTGTACCTCAAGAAACATGAAGAA
AAAAGCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAAACC
Found at i:3616 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3087--4011 Score: 891
Period size: 171 Copynumber: 5.4 Consensus size: 171
3077 AAAAGTCTAT
* * *
3087 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTA-AAGTTGATTTTAAGTTTAATTTTTTCTATAT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACAT
* * * *
3151 TTTTCATT-AAACAGACAATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGGAG-AAAAAGCATTCATT
64 TTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTGTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT
* ** * *
3214 GGCAAGAAAAATTAATTTATAGTCTCACATTCCTTCAAAACCC
129 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTATCACATTCCTTCAAAAGCC
* * *
3257 TTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTACTT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACAT
** * ** * * * * *
3321 TTTTGGTTCAAACAGATTATAATTAAATGTCTACATTAAAAAACATGAAGAAAAAAACATTCATT
64 TTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTGTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT
* *
3386 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCCATTCTTTCAAAA-CC
129 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-ATCACATTCCTTCAAAAGCC
* * * *
3428 TTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTTAGTTGAATTGTTTTACATT
1 -TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
** * * * *
3493 TTTCATTAAAACAGATTACAATTGAATGTGTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTG
65 TTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTGTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTG
* * * *
3558 GCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTA-AACCATTCCTTTAAAAGGC
130 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTATCA-CATTCCTTCAAAAGCC
* * * * *
3600 TTATTAATTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGGTTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * *
3665 TT-AGTTAAAACAGACAATAATTGAATTTGTACCTTGAGAAACGTGAAGTAAAAAGCATTCATTG
66 TTCA-TTAAAACAGACAATAATTGAATGTGTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTG
* * *
3729 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCC
130 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTATCACATTCCTTCAAAAGCC
* * * * * * *
3771 TTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTGAAAATTGATTTTGAGTTCAATTTTTTTTTTACT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTTACA
** * ** * * * ** * * *
3836 TTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGACTCTATAGATTCAGAAAAATGAAGAAAAAAGTATTCAT
63 TTTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTGTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCAT
* * * **
3901 TGGTACAG-AAAGTCCATTTATTGTCACCA-ATTCCTTCAACTGCC
128 TGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGT-ATCACATTCCTTCAAAAGCC
* ** * * *
3945 TTATTACTCACTTTACATTATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATCTATTTTA-ATT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATT
4009 TTT
65 TTT
4012 TGCTTAANNN
Statistics
Matches: 629, Mismatches: 107, Indels: 37
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 55 0.09
171 333 0.53
172 97 0.15
173 2 0.00
174 137 0.22
175 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
TTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTGTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGG
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTATCACATTCCTTCAAAAGCC
Done.