Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403266.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_94.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 18266
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.12, T:0.33
Warning! 1774 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:607 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 198--1601 Score: 676
Period size: 172 Copynumber: 8.3 Consensus size: 169
188 AATTTAATTA
* * * * *
198 AAAATCAATTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCTTGGGTAA
1 AAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* * * * ** * ** *
263 CTATAAGTGGACTT-T-TTATACCCATGGATGACTTT-TGCTTTATGTTTCCCAAGGTAGACATT
66 CTATAAATGGACTTGTCTTGT--CAATGAATGGGTTTCT-C-TTA-ATTTCTTAAGGTAAACATT
* * * * * *** * ** *
325 CAATTATATTATATTGTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
126 CAATAACAATATGTTTTACCCAAAGATGCAAAAAAATTCAACCT
* * *
369 AAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTG
1 AAAATTAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTG
*
434 ACTATAAAT-GAGCTTGTCTTG-CGAAT-ACTGGGTTTCTCTTTAAGTTTCCTT-AGGTAAACAT
65 ACTATAAATGGA-CTTGTCTTGTC-AATGAATGGGTTTCTC-TTAA-TTT-CTTAAGGTAAACAT
* *
495 TCACTAACAAT-TCGTTTT-CCCTAAA-AGTGCAAAAATATTCAACCT
125 TCAATAACAATAT-GTTTTACCC-AAAGA-TGCAAAAAAATTCAACCT
* * * * * *
540 AAAATCAATTAGGAGATTTTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGTGTGA
1 AAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* * * * * *
605 CTATGAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTTTTCTTCATTTCTTAAGGTAAACATTCAATT
66 CTATAAATGGACTTGTCTTGTCAATGAATGGGTTTCTCTTAATTTCTTAAGGTAAACATTCAATA
* * * * *
670 ATAATATGTTTTATCCAAAGATGTAAAAAAAGTCAGCCT
131 ACAATATGTTTTACCCAAAGATGCAAAAAAATTCAACCT
* * *
709 AAAATTAATTATGAGATTGTAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGATGGCATGGGTGA
1 AAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* * * * * * ** * **
774 CTATAAATGGACTTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTGTCTTCACGTCTCCCATA-GCAGGCATTC
66 CTATAAATGGAC-TTGTCTTGTCAATGAATGGGTTTCTCTT-A-ATTTCTTA-AGGTAAACATTC
* * * * * * * *
838 AATTATAATCTGTTTTA-ACAAAGAATGTAAAAAAATTTAGCTT
127 AATAACAATATGTTTTACCCAAAG-ATGCAAAAAAATTCAACCT
* * * * * * *
881 AAAATTAATTATTAGAGTACAAAACCATTGAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAAAGG-ATGGGTG
1 AAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCATGGGTG
* * * * *
945 GCTATAAATGGACTT-TCATGTCAATGAATGGTGTTT-TCTTCATATTTCTTTAGGTAAATAGTC
65 ACTATAAATGGACTTGTCTTGTCAATGAATGG-GTTTCTCTT-A-ATTTCTTAAGGTAAACATTC
* * * ** * * *
1008 AATTATAATCTG-TTTATGC-AAGAATGTAAAAAAATTTAAACT
127 AATAACAATATGTTTTACCCAAAG-ATGCAAAAAAATTCAACCT
* * * * *
1050 AAAATTAATTATAAAATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCAT--G-GA
1 AAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
** ** ** * * *
1112 C------T----TT-TCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTC-ACATTTCCCATGGCAGACATTCA
66 CTATAAATGGACTTGTCTTGTCAATGAATG--GGTTTC-TCTTAATTTCTTAAGGTAAACATTCA
*** * * ** ** *
1165 ATTGTAATCTGCTTTAACTGAAA-ATGTGAAAAAATTCAAGCT
128 ATAACAATATG-TTTTACCCAAAGATGCAAAAAAATTCAACCT
* * * * * * * * * *
1207 AAAATCAATTATGAGAGTACAAAACTATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTAG-GGGGATGGGAGA
1 AAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* * ** * * * *
1271 CTATAAATGGACTTTTCTTG-CTAATTAATGTCTTTTTCTTCACGTCTTC-TAAGGTAGACAATC
66 CTATAAATGGACTTGTCTTGTC-AATGAATGGGTTTCTCTT-A-AT-TTCTTAAGGTAAACATTC
* * * * ** *
1334 AATTATAATTTGTTTTAACCAAA-ATTATAAAAAAAATTCAACTT
127 AATAACAATATGTTTTACCCAAAGA-T-GCAAAAAAATTCAACCT
*
1378 AAAATTAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
1 AAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* * * * * * ** * * ** *
1443 CTATAAATGAACTT-TATTTTTCAATGAAAGGCTTTGTCTTCGTGTTTCCCT-AGGCATTCAGTC
66 CTATAAATGGACTTGT-CTTGTCAATGAATGGGTTTCTCTT--AATTT-CTTAAGGTAAACATTC
* * * * * * **
1506 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT--ATAAAAAATTCAATTT
127 AATAACAATATGTTTTACCCAAAGATGCA-AAAAAATTCAACCT
* * *
1548 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAA
1 AAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
1602 AGCTTCAGTG
Statistics
Matches: 965, Mismatches: 204, Indels: 129
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
156 43 0.04
157 61 0.06
158 4 0.00
159 7 0.01
160 1 0.00
165 1 0.00
166 2 0.00
167 3 0.00
168 11 0.01
169 191 0.20
170 223 0.23
171 183 0.19
172 225 0.23
173 8 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
CTATAAATGGACTTGTCTTGTCAATGAATGGGTTTCTCTTAATTTCTTAAGGTAAACATTCAATA
ACAATATGTTTTACCCAAAGATGCAAAAAAATTCAACCT
Found at i:1054 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 153--1597 Score: 1169
Period size: 341 Copynumber: 4.3 Consensus size: 336
143 AGACAGAGAA
* * ** * *
153 TCAATTATAAACTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTTAA--TTAAAAATCAATTATGTGATT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAA-TTAAGCTT-AAAATCAATTATGAGAGT
* ** * * *
216 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCTTGGGTAACTATAAGTGGACTTTT-T
63 ACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * ** * * * ** * * * * *
280 ATACCCATGGATGACTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATATTATATTGTAAT
127 -TGTCAATGAATGGTTTTTTCTTCA-ATTTCTTAAGGTAAACAATCAATTATAATATGTT-TTAT
** * * * *
345 AAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGTGAGT
189 CCAAAATGTAAAAAAAATTAAAC-TAAAATTAATTATGAGATTGT-AAACC-ATTTAAAGCGAGT
* * * * * * *
409 AATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAAT-GAGC-TTGTCTTGCGAAT-ACTGGGTTTCT
251 AATAAGGCTTTCG-AGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTTCTTTC-AATGAATGGCTTTGT
* * * * *
471 CTTTAAGTTT-CCTTAGGTAAACAT
313 CTTCACGTTTCCCATA-GCAGACAT
* * * ** * * * * *
495 TCACTAACAAT-TCGTTTTCCCTAAAAGTGCAAAAATATTCAA-CCTAAAATCAATTAGGAGATT
1 TCAATTATAATCT-GTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATT-AAGCTTAAAATCAATTATGAGAGT
** * * *
558 TTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGTGTGACTATGAATGGACTTTTCT
63 ACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
*
623 TGTCAATGAATGGTTTTTTCTTC-ATTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTATCCA
127 TGTCAATGAATGGTTTTTTCTTCAATTTCTTAAGGTAAACAATCAATTATAATATGTTTTATCCA
* * **
687 AAGATGTAAAAAAAGTCAGCCTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATA
192 AA-ATGTAAAAAAAATTAAACTAAAATTAATTATGAGATTGTAAA-CCATTTAAAGCGAGTAATA
752 AGGCTTTCGATGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTGTCTTCA
255 AGGCTTTCGA-GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTT-TCAATGAATGGCTTTGTCTTCA
* *
817 CGTCTCCCATAGCAGGCAT
318 CGTTTCCCATAGCAGACAT
* * *
836 TCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAGAATGTAAAAAAATTTAGCTTAAAATTAATTATTAGAGTA
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA-AATGT-AAAAAATTAAGCTTAAAATCAATTATGAGAGTA
* * * * *
900 CAAAACCATTGAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAAAGGATGGGTGGCTATAAATGGAC-TTTCAT
64 CAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * *
964 GTCAATGAATGGTGTTTTCTTCATATTTCTTTAGGTAAATAGTCAATTATAATCTG-TTTATGCA
128 GTCAATGAATGGTTTTTTCTTCA-ATTTCTTAAGGTAAACAATCAATTATAATATGTTTTATCCA
* * * * *
1028 AGAATGTAAAAAAATTTAAACTAAAATTAATTATAAAATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGCAATA
192 A-AATGTAAAAAAAATTAAACTAAAATTAATTATGAGATTGT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* *
1093 AGGCTTTCGA---A---G-G-C-----ATGGAC-TTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCAC
255 AGGCTTTCGAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTT-TCAATGAATGGCTTTGTCTTCAC
* *
1144 ATTTCCCATGGCAGACAT
319 GTTTCCCATAGCAGACAT
* * *
1162 TCAATTGTAATCTGCTTTAACTGAAAATGTGAAAAAATTCAAGC-TAAAATCAATTATGAGAGTA
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATT-AAGCTTAAAATCAATTATGAGAGTA
* * * * ** *
1226 CAAAACTATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTAGGGGGATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTG
64 CAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * *
1291 -CTAATTAAT-GTCTTTTTCTTCACGTCTTC-TAAGGTAGACAATCAATTATAATTTGTTTTAAC
129 TC-AATGAATGGT-TTTTTCTTCA-AT-TTCTTAAGGTAAACAATCAATTATAATATGTTTTATC
* * *
1353 CAAAATTATAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCGAGTA
190 CAAAA-TGTAAAAAAAATTAAAC-TAAAATTAATTATGAGATTGT-AAACCATTTAAAGCGAGTA
* *
1418 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTATT-TTTCAATGAAAGGCTTTGTCT
252 ATAAGGCTTTCG-AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT-TTCTTTCAATGAATGGCTTTGTCT
** ** *
1482 TCGTGTTTCCC-TAGGCATTCAG
315 TCACGTTTCCCATA-GCAGACAT
* * * *
1504 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAA-TTTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATT-AAGCTTAAAATCAATTATGAGAGTAC
* *
1568 AAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTT
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1598 CGAAAGCTTC
Statistics
Matches: 891, Mismatches: 162, Indels: 101
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
325 23 0.03
326 167 0.19
327 35 0.04
328 47 0.05
329 1 0.00
332 2 0.00
333 1 0.00
334 1 0.00
335 1 0.00
336 1 0.00
337 2 0.00
338 1 0.00
339 52 0.06
340 94 0.11
341 244 0.27
342 211 0.24
343 6 0.01
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (336 bp):
TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTAAGCTTAAAATCAATTATGAGAGTACA
AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
AATGAATGGTTTTTTCTTCAATTTCTTAAGGTAAACAATCAATTATAATATGTTTTATCCAAAAT
GTAAAAAAAATTAAACTAAAATTAATTATGAGATTGTAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
TCGAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTTTCAATGAATGGCTTTGTCTTCACGTTTCCC
ATAGCAGACAT
Found at i:1540 original size:498 final size:496
Alignment explanation
Indices: 198--1601 Score: 1162
Period size: 498 Copynumber: 2.8 Consensus size: 496
188 AATTTAATTA
* * * ** * *
198 AAAATCAATTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCTTGGGTA-
1 AAAATCAATTATGAGAGTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAGGGCATGGG-AG
* * * * * * * * * * *
262 ACTATAAGTGGACTTTTT-ATACCCATGGATGACTTT-TGCTTTATGTTTCCCA-AGGTAGACAT
65 ACTATAAATGGACTTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTGT-CTTCACGTCTCCCATA-GCAGACAA
* * * * * * * *
324 TCAATTATATTATATTGTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT
128 TCAATTATAATCTGTTTTAACAAAGAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAGTAC
* * ** * *
389 AAAACCAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTGTCTT
193 AAAACC-ATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGGATGGGTGACTATAAATGAACTT-TCAT
** * * * * * * * *
454 G-CGAAT-ACTGG-GTTTCTCTTTA-AGTTTCCTTAGGTAAACATTCACTAACAAT-TCGTTT-T
256 GTC-AATGAAAGGTG-TTGTCTTCATA-TTTCCCTAGGTAAATAGTCAATTATAATCT-GTTTAT
* * ** * * ** * * *
513 CCCTAAAAGTGCAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTAGGAGATTTTAAAACCATTTAAAGCGAG
317 -AC-AAAAATATAAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACTATTTAAAGCGAG
* * * **
578 TAATAAAGCTTTTGAAGGCATGTGTGACTATGAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTTTTC
380 CAATAAGGCTTTCG-A---A---G-G-C-----ATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTC
** * * *
643 TTCATTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTATCCAAAGATGTAAAAAAAGTCAGCC
431 TTCATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGCTTTAACCAAAGATGTAAAAAAAGTCAGCC
708 T
496 T
* * ** * * * *
709 AAAATTAATTATGAGATTGTAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGATGGCATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGAGTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAGGGCATGGGAGA
* *
774 CTATAAATGGACTTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTGTCTTCACGTCTCCCATAGCAGGCATTCA
66 CTATAAATGGACTTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTGTCTTCACGTCTCCCATAGCAGACAATCA
* * * *
839 ATTATAATCTGTTTTAACAAAGAATGTAAAAAAATTTAGCTTAAAATTAATTATTAGAGTACAAA
131 ATTATAATCTGTTTTAACAAAGAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAGTACAAA
* * * * *
904 ACCATTGAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAAAGGATGGGTGGCTATAAATGGACTTTCATGTCAA
196 ACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGGATGGGTGACTATAAATGAACTTTCATGTCAA
* * ** * * *
969 TGAATGGTGTTTTCTTCATATTTCTTTAGGTAAATAGTCAATTATAATCTGTTTATGCAAGAATG
261 TGAAAGGTGTTGTCTTCATATTTCCCTAGGTAAATAGTCAATTATAATCTGTTTATACAAAAATA
* * *
1034 TAAAAAAATTTAAACTAAAATTAATTATAAAATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTT
326 TAAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTT
* *
1099 TCGAAGGCATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCCCATGGCAGACATTC
391 TCGAAGGCATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTT--CATTTCCCAAGGCAAACATTC
* * * * *
1164 AATTGTAATCTGCTTTAACTGAAA-ATGTGAAAAAATTCAAG-CT
454 AATTATAATATGCTTTAAC-CAAAGATGTAAAAAAAGTC-AGCCT
* * * *
1207 AAAATCAATTATGAGAGTACAAAACTATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTAG-GGGGATGGGAGA
1 AAAATCAATTATGAGAGTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAGGGCATGGGAGA
* * * * * * *
1271 CTATAAATGGAC-TTTTCTT-GCTAATTAATGTCTTTTTCTTCACGTCTTCTA-AGGTAGACAAT
66 CTATAAATGGACTTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTGTCTTCACGTCTCCCATA-GCAGACAAT
* * *
1333 CAATTATAATTTGTTTTAACCAAA-ATTATAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTA
129 CAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAGAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAGTA
** *
1397 TGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTT-AT
192 CAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGG-ATGGGTGACTATAAATGAACTTTCA-
* * * * *
1460 TTTTCAATGAAAGGCT-TTGTCTTCGTGTTTCCCTAGG-CATTCAGTCAATTATAATCTGTTT-T
255 -TGTCAATGAAAGG-TGTTGTCTTCATATTTCCCTAGGTAAAT-AGTCAATTATAATCTGTTTAT
** * *
1522 AACTAAAAATAT-AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAG
317 -AC-AAAAATATAAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACTATTTAAAGCGAG
1586 CAATAAGGCTTTCGAA
380 CAATAAGGCTTTCGAA
1602 AGCTTCAGTG
Statistics
Matches: 734, Mismatches: 134, Indels: 63
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
495 2 0.00
496 95 0.13
497 106 0.14
498 196 0.27
499 12 0.02
501 1 0.00
502 1 0.00
503 1 0.00
506 1 0.00
509 1 0.00
510 67 0.09
511 156 0.21
512 93 0.13
513 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (496 bp):
AAAATCAATTATGAGAGTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAGGGCATGGGAGA
CTATAAATGGACTTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTGTCTTCACGTCTCCCATAGCAGACAATCA
ATTATAATCTGTTTTAACAAAGAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAGTACAAA
ACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGGATGGGTGACTATAAATGAACTTTCATGTCAA
TGAAAGGTGTTGTCTTCATATTTCCCTAGGTAAATAGTCAATTATAATCTGTTTATACAAAAATA
TAAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTT
TCGAAGGCATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATTTCCCAAGGCAAACATTCAA
TTATAATATGCTTTAACCAAAGATGTAAAAAAAGTCAGCCT
Found at i:3258 original size:129 final size:129
Alignment explanation
Indices: 3022--3276 Score: 309
Period size: 129 Copynumber: 2.0 Consensus size: 129
3012 TAGCAAACAT
*
3022 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAACTATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTAC
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTAC
* * * * ** *
3087 AAAATCATTTAAAGTGACTAACATGGGTTTTGAAGGGATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTA
66 AAAACCAATTAAAGTGACTAACATGGCTTTCGAAGACATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTA
* * *
3151 TCAATTATATTCTGTTTTAA-TCAAAAATATAAAAAAATTTAA-CTTAAAATCAGTTATGAGATT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAATC-TAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
3214 ATAAAACCAATTAAA-TCGAGTAAGATGGCTTTCGAAGACTTGGGTGACTATAAGTGAACTTTT
64 ACAAAACCAATTAAAGT-GACTAACATGGCTTTCGAAGACATGGGTAACTATAAATGAACTTTT
3277 TATGCTAATG
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 17, Indels: 6
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
128 3 0.03
129 103 0.97
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (129 bp):
TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTAC
AAAACCAATTAAAGTGACTAACATGGCTTTCGAAGACATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTA
Found at i:3497 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3151--6378 Score: 1994
Period size: 171 Copynumber: 18.9 Consensus size: 169
3141 GACTTTTCTA
* * * * * *
3151 TCAATTATATTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAC
* * * * * * *
3216 AAAACCAATTAAA-TCGAGTAAGATGGCTTTCG-AAGACTTGGGTGACTATAAGT-GAACTTTTT
66 AAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATT-GGTGACTATAAATAG-ACTTTTT
* * * * * *
3278 ATGCTAATGGATGACTTTTGT-TTTATGTTTTCCAAGGT-AGACAT
128 TTTC-AATGAATGGCTTTT-TCTTCACG-TTTCCAA-GTCAGACAT
* * * *
3322 TCAATTATAATATGTTTTATTCAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGATATTAC
1 TCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAC
* * * * * *
3387 AAAACTATTTAAAGTGAGTATTAAGCCTTTAGAAAGAATTGGTGATTATAAATAAAATTTTTTTT
66 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATTGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTT
* * *
3452 CTAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCGCGAGTCAGATAT
131 C-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-CAAGTCAGACAT
* * * * * *
3493 TCAATTATAATATATTTTTATGAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCTATGATGAGATTAC
1 TCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAC
* * * *
3558 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAA-TGGATGACGATAAATAGACTTTTCTT
66 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATTGG-TGACTATAAATAGACTTTT-TT
** * * * * **
3622 GCCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGAAGACAT
129 TTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-CAAGTCAGACAT
* * * *
3664 TCAATCATAATCTATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
3728 GAAAGCCATTTAAAG-CAGGTAATAAGGCTTTT-AAA-AGTTGGAGTGACTATAAAT-GAACTTT
65 CAAAACCATTTAAAGTGA-GTAATAAGCCTTTTGAAAGAATT-G-GTGACTATAAATAG-ACTTT
* * * * * * * *
3789 TCATATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGTCAA
126 T-TTTTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCC-AAGTCAGACAT
* * * * *
3835 TAAATTATATTATATTTTAAT-AAAAAAAGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
3899 CAAAACTATTTAAAGTGAGTATTAAGCCTATAGAAAGAA-TGGATGATTATAAATA-AATTTTTT
65 CAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATTGG-TGACTATAAATAGACTTTTTT
* *
3962 TTCTAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGTCAGACAT
129 TTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-CAAGTCAGACAT
* * * * * * *
4005 TCAATTATAGTAGATTTTTA-CAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCTATGATGAGATTA
1 TCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*
4069 CAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAA-TGGATGA-TGATAAATAGACTTTTC
65 CAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATTGG-TGACT-ATAAATAGACTTTT-
* * * * * **
4132 TTGTCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGGAAGACAT
127 TTTTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCA-AGTCAGACAT
* * * * * * *
4176 TCAATCATAATCTATTTTAA-AAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAG
1 TCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAC
* * * * * * *
4240 AAAGCCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAAAG-TTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTTAC
66 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATTG-GTGACTATAAATAGACTTTTT-T
* * ** ** * * * *
4304 CTCAATGGATGGCTTTAGCTTCATATTTTCTAAGACAGATAA
129 TTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-CGTTTCCAAGTCAGACAT
* * *
4346 TAAATTATATTATATTTTAATCAAAAA-AGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCTATTATGAGATTA
1 TCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * * * * **
4410 TAAAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-CTTGAGTGATTGTAAGTGGACTTTTAA
65 CAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATTG-GTGACTATAAATAGACTTTTTT
* * * * * *
4474 TACTAATGGATGACTTTTGCATCACATTTCCCAAGGT-AGACAT
129 TTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-CCAA-GTCAGACAT
* * * *
4517 TCAATTATAATATATTTT--TTAAAAATGTAAAAAAATTCAGCCTAAAATCAATTATGA-ATTAC
1 TCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAC
* *
4579 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAA-CGCTTTTGAAAGAA-TGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTC
66 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGC-CTTTTGAAAGAATTG-GTGACTATAAATAG-ACTTTTT
* * * *
4641 TTCCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGCAGATAT
128 TTTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTTCCAAGTCAGACAT
* ** * *
4685 TCAATTATAATCTATTTTAAAGAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAC
* ** * * * * *
4750 AATACCATTTAAAGCAAGCAATAAGACTTTCGAAAG-CTTGGGTGACTATAAGTAGACTTTTTAT
66 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATT-GGTGACTATAAATAGACTTTTT-T
** * *
4814 GCCAATGGATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGAT-AGACAT
129 TTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCC-AAG-TCAGACAT
* * * * *
4856 TCAATTA-AATTACATTTTAATCAGAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGTGATTA
1 TCAATTATAA-TATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * ** ** * * *
4920 TAAAAACAATTTAAAG-GAATAATTAAG-CTTTTG-TCGGCTTAGATGACTATAAATGGGCTTTT
65 -CAAAACCATTTAAAGTGAGTAA-TAAGCCTTTTGAAAGAATT-GGTGACTATAAATAGACTTTT
* *** * *
4982 TTTACCAATGAATATTTTTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGT-AAACAT
127 TTT-TCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-CCAA-GTCAGACAT
* * * * * * ** *
5027 TCAATGACAATCTGTTTTTACCAAAAATGCAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTA-GTAGATTA
1 TCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTA
* * * * *
5091 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTTGAAGGTA-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
65 CAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGCCTTTTGAAAGAATTG-GTGACTATAAATAGACTTTT-
* ** * * *
5154 TTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTTAGGT-AAACAT
127 TTTTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC--CAAGTCAGACAT
* * ** * * **
5198 TCAATTATATTCTGGTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGT
1 TCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAC
* * * * * *
5263 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATTGGTTAGTATAAATAGACTTTTCTTG
66 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATTGGTGACTATAAATAGACTTTT-TTT
* * * * * *
5328 TCAATGAATGGCTTTGTCTTTAGCTTTTCCATGGCAAACAT
130 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-CGTTTCCAAGTCAGACAT
* * * *
5369 TCAATTATCATCTATTTTAA-CTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATCA
1 TCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** *
5433 C-AAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAGGGGA-TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
65 CAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATTG-GTGACTATAAATAGACTTTT-T
* ** * * * * *
5496 TGTCAAAAAAT--TTTTTTCTTCACGTTTCGCAAGACAAAGAA
128 TTTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-CAAGTCAGACAT
* * * * * * * * * *
5537 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAACATAAGAAAATTTAACTAAAAATTAATTATGAGCTTAT
1 TCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAC
* ** * ** * *
5602 AAAACTATTTAAAACGAGTAATAAG-TTTTTCG-AAGGCTTGGGTGACTATAAGTGGACTTTTTA
66 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTT-GAAAGAATT-GGTGACTATAAATAGACTTTTT-
** * * *
5665 TACCCATGGAT-GATTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGT-AGACAT
128 TTTCAATGAATGGCTTTTT-CTTCACGTTT-CCAA-GTCAGACAT
* * * ** * * * *
5708 TCAAATATATTATAGTGCAATCAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATTTAATTATTAGATTA
1 TCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAGATTA
* * * * * ** * **
5773 TAAAACTAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCTTGGGTGTCTATAAAT-GGGTTTTT
65 CAAAAC-CATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATT-GGTGACTATAAATAGACTTTTT
* * * * * *
5836 CTTGCCAACT-ACTGGGTTTCTCTTCAAGTTTTCCAAGGT-AAACAT
128 -TT-TCAA-TGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTTCCAA-GTCAGACAT
* * * * * ** * * * *
5881 TCACTAACAATCTGTTTT-CCCTAAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTAAGAGATTA
1 TCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
5945 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
65 CAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGCCTTTTGAAAGAATTGGTGACTATAAATAGACTTTT-T
* * * * *
6009 TATCCATGAATGGCTTTTTCTTCA--TTTCTTAAGGCAAACAT
128 TTTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-CAAGTCAGACAT
* * * * * * * * *
6050 TTAATTATAATATGTTTT-ATCCAAAGATGTAAAAAAAGTCAGCCTAAAATTAATTATGAGATTG
1 TCAATTATAATATATTTTAAT-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * *
6114 TAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTTC
65 CAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATTG-GTGACTATAAATAGACTTTTT-
* *
6178 TTATCACTGAATGG-TTTTGTCTTCACGTTTCTCATAG-CAAACAT
128 TT-TCAATGAATGGCTTTT-TCTTCACGTTTC-CA-AGTCAGACAT
* * * ** * * * * *
6222 TCAATTACAATATGTTTTAA-CTAAGAATGCACAAAAATTTAGCTTAAAATTAATTATTAGATTA
1 TCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
6286 CAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAGAAG-ATGGGTGACTACAAAT-GAACTTTTC
65 CAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGA-AAGAATTGGTGACTATAAATAG-ACTTTT-
** * *
6349 TTGCCAACGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTT
127 TTTTCAATGAATGGC-TTTTTCTTCACGTTT
6379 TCTGAGGCAG
Statistics
Matches: 2430, Mismatches: 505, Indels: 244
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 7 0.00
168 182 0.07
169 204 0.08
170 432 0.18
171 1261 0.52
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173 101 0.04
174 12 0.00
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Consensus pattern (169 bp):
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AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATTGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTT
CAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCAAGTCAGACAT
Found at i:3869 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 3151--8752 Score: 2238
Period size: 342 Copynumber: 16.4 Consensus size: 342
3141 GACTTTTCTA
* * * * * * * * *
3151 TCAATTATATTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAC
* * * * * * * *
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66 AAAACTATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGA-ATGGATGACTATAAATAG-ACTTTTC
* * * * * * *
3277 TATGCTAATGGATGACTTTTGT-TTTATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTA
128 T-TGCCAATGAATGACTTTT-TCTTCACGTTTT-CAAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTA
* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
3405 TATTAAGCCTTTAGAAAGAATT-G-GTGATTATAAATAAAATTTT-TTTTCTAATGAAT-AGCTT
254 TAATAAGGCTTTTGAAAG-CTTGGAGTGACTATAAATGAACTTTTCATGTC-AATGGATGA-CTT
* * *
3466 TTTCTTCACGTTTCGC-GA-GTCAGATAT
316 TTTCTTCATGTTTC-CTAAGGT-AGACAT
* * * * * *
3493 TCAATTATAATATATTTTTATGAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCTATGATGAGATTAC
1 TCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAC
* *
3558 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGATGACGATAAATAGACTTTTCTTG
66 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTG
* * * *
3623 CCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGAAGACATTCAATCATAATCTATTTTAACAAA
131 CCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTT-TCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAA
* * *
3688 AAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAGCCATTTAAAGC-AGGTAATA
195 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATA
* * * *
3752 AGGCTTTTAAAAG-TTGGAGTGACTATAAATGAACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
259 AGGCTTTTGAAAGCTTGGAGTGACTATAAATGAACTTTTCATGTCAATGGATGACTTTTTCTTCA
* * *
3816 TGTTTCCTAAGGCAGTCAA
324 TGTTTCCTAAGGTAGACAT
* * * *
3835 TAAATTATATTATATTTTAATAAAAAAAGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTAC
1 TCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAC
* * * * * * * *
3900 AAAACTATTTAAAGTGAGTATTAAGCCTATAGAAAGAATGGATGATTATAAATA-AATTTTTTTT
66 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTG
* * ** * ** *
3964 CTAATGAAT-AGCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGTCAGACATTCAATTATAGTAGATTTTTACAA
131 CCAATGAATGA-CTTTTTCTTCACGTTT-TCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAA
* * * * *
4028 AAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCTATGATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
194 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * ** * **
4093 AGCCTTTTGAAGGAATGGA-TGA-TGATAAAT-AGACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTCTT
259 AGGCTTTTGAAAGCTTGGAGTGACT-ATAAATGA-ACTTTTCATGTCAATGGATGACTTTTTCTT
*
4155 CATGTTT-CTAGAGGAAGACAT
322 CATGTTTCCTA-AGGTAGACAT
* * * * * *
4176 TCAATCATAATCTATTTTAA-AAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAG
1 TCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAC
* * * * * * * *
4240 AAAGCCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAAAG-TTTGAGTGACTATAAATAAACTTTT-TA
66 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGA-TGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * ** ** * * * * *
4303 CCTCAATGGATGGCTTTAGCTTCATATTTTCTAA-GACAGATAATAAATTATATTATATTTTAAT
130 GC-CAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTC-AAGGA-AGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-
* *
4367 CAAAAAA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCGAGTA
191 CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * * *
4431 ATAAGGCTTTCGAAAGCTT-GAGTGATTGTAAGTGGACTTTTAAT-ACTAATGGATGACTTTTGC
256 ATAAGGCTTTTGAAAGCTTGGAGTGACTATAAATGAACTTTTCATGTC-AATGGATGACTTTTTC
* ** *
4494 ATCACATTTCCCAAGGTAGACAT
320 TTCATGTTTCCTAAGGTAGACAT
* *
4517 TCAATTATAATATATTTT--TTAAAAATGTAAAAAAATTCAGCCTAAAATCAATTATGA-ATTAC
1 TCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAC
*
4579 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAAGAAT-GAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCT
66 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGA-TGACTATAAATAG-ACTTTTCT
* * *
4642 T-CCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGCAGATATTCAATTATAATCTATTTTAA-
129 TGCC-AATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTC-AAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
* * * * *
4705 AGAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAATACCATTTAAAGCAAGCA
192 A-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
4770 ATAAGACTTTCGAAAGCTTGG-GTGACTATAAGT-AGACTTTTTATGCCAATGGATGACTTTTTC
256 ATAAGGCTTTTGAAAGCTTGGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCATGTCAATGGATGACTTTTTC
* *
4833 TTCACGTTTCCTAAGATAGACAT
320 TTCATGTTTCCTAAGGTAGACAT
* * * * * *
4856 TCAATTA-AATTACATTTTAATCAGAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGTGATTA
1 TCAATTATAA-TATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *** ** * * * *
4920 TAAAAACAATTTAAAG-GAATAATTAA-GCTTTTGTCGGCTTAGATGACTATAAATGGGCTTTTT
65 -CAAAACTATTTAAAGTGAGTAA-TAAGGCTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTC
* * * * * * * *
4983 TTACCAATGAAT-ATTTTTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGTAA-ACATTCAATGACAATCTGTTTTT
128 TTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCACGTTT-TCAAGG-AAGACATTCAATTATAATCTATTTTA
* * *
5046 ACCAAAAATGCAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTA-GTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
190 ACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * *
5110 TAATAAAGCTTTTG-AAGGTAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTT
254 TAATAAGGCTTTTGAAAGCT-TGGAGTGACTATAAATGAACTTTTCATGTCAATGGATGACTTTT
* * * *
5173 TCTTCATATTTCTTTAGGTAAACAT
318 TCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACAT
* * ** * **
5198 TCAATTATATTCTGGTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGT
1 TCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAC
* * * * *
5263 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATTGG-TTAGTATAAATAGACTTTTCTT
66 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * * *
5327 GTCAATGAATGGCTTTGTCTTTA-GCTTTTCCATGGCAA-ACATTCAATTATCATCTATTTTAAC
130 GCCAATGAATGACTTTTTCTTCACG-TTTT-CAAGG-AAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
* * * * * * *
5390 TAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATCA-CAAACCATTTAAAGTGATTAA
192 AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
** ** * *** *
5454 TAAGGCTTTTGAGGGGAT-GAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGTCAAAAAAT--TTTTTTCT
257 TAAGGCTTTTGAAAGCTTGGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCATGTCAATGGATGACTTTTTCT
* ** * * *
5515 TCACGTTTCGC-AAGACAAAGAA
321 TCATGTTTC-CTAAGGTAGACAT
* * ** ** * * * *
5537 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAACATAAGAAAATTTAA-CTAAAAATTAATTATGAGCTTA
1 TCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTA
* ** * * ** * * *
5601 TAAAACTATTTAAAACGAGTAATAA-GTTTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAGTGGACTTTT-T
65 CAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAAGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * * * * * * **
5664 ATACCCATGGATGA-TTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAAATATATTATAGTGCAA
129 -TGCCAATGAATGACTTTTT-CTTCACGTTT-TCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* * * *
5728 TC-AAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATTTAATTATTAGATTATAAAACTAATTTAAAGCGA
191 -CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAAC-CATTTAAAGCGA
* * * *** * * **
5792 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGG-GTGTCTATAAATGGGTTTTTCTTGCCAACT--ACTGGGTT
253 GTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGGAGTGACTATAAATGAACTTTTCATGTCAA-TGGA-TGACTT
* * *
5854 TCTCTTCAAGTTTTCC-AAGGTAAACAT
316 TTTCTTCATG-TTTCCTAAGGTAGACAT
* * * * * ** * *
5881 TCACTAACAATCTGTTTTCCCT-AAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTAAGAGATTA
1 TCAATTATAATATATTTT-AATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * *
5945 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
65 CAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * * * *
6010 ATCC-ATGAATGGCTTTTTCTTCA--TTTCTTAAGGCAA-ACATTTAATTATAATATGTTTTATC
130 -GCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTT-TCAAGG-AAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
* * * * * * * *
6071 CAAAGATGTAAAAAAAGTCAGCCTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAGCCATTTAAAGCGAGTAA
192 AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * * * *
6136 TAAGGCTTTCGAAGGCAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTTCTTATCACTGAATG-GTTTTGTC
257 TAAGGCTTTTGAAAGCTTGGAGTGACTATAAATGAAC-TTTTCATGTCAATGGATGACTTTT-TC
* * *
6199 TTCACGTTT-CTCATA-GCAAACAT
320 TTCATGTTTCCT-A-AGGTAGACAT
* * * * * * * * * *
6222 TCAATTACAATATGTTTTAACT-AAGAATGCACAAAAATTTAGCTTAAAATTAATTATTAGATTA
1 TCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
6286 CAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAGAAG-ATGGGTGACTACAAAT-GAACTTTTC
65 CAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-AAGAATGGATGACTATAAATAG-ACTTTTC
* * * * * * * * *
6349 TTGCCAACGAATG-CTTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGCAGACAATGAATTATAATTTGTTTTAG
128 TTGCCAATGAATGAC-TTTTTCTTCACGTTTTC-AAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
*******************************************************
6413 CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
191 C---------AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
*****************************************************************
6478 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
247 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGGAGTGACTATAAATGAACTTTTCATGTCAATGGATG
*******************************
6543 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
312 ACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACAT
********** * * * * * * *
6574 NNNNNNNNNNTATATTTTAATCAAAAATATAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGTGATTAT
1 TCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAC
** * * ** ** * * *
6639 AAAACTAATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCG-TCGTCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
66 AAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATGGATGACTATAAATAGACTTTTCT
** * * * * * *
6703 TGCCAATGAATGTTTTTTTCTTCAAGTTTCCTAGGGTAA-ACATTCAATGACAATCTATTTTTAC
129 TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTC-AAGG-AAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
* * *
6767 CAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
192 AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* *********** * * * *
6832 TAAAGCTTTTG-ANNNNNNNNNNNACTATAAATGGACTTTTCATGTCGATGAAT-AGTTTTTTCT
257 TAAGGCTTTTGAAAGCTTGGAGTGACTATAAATGAACTTTTCATGTCAATGGATGA-CTTTTTCT
* * * * * *
6895 TCATATTTCTTTAGGCAAACAA
321 TCATGTTTCCTAAGGTAGACAT
* * * * * * * * *
6917 TCAATTATAATCTGTTTTATTTAAGAATGTAAAAAAATTCATA-CGAAAATTAATTATAAGATTG
1 TCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCA-ACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
6981 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTT
65 CAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * * * * * **
7046 GTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCATGGCAGACATTCAACTATAAACTATTTTAATTG
130 GCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTT-TCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CA
* * * * *
7111 AAAAA-GTGAAAAAATTCAAGC-TAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGATTAA
193 AAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
*** ** * * * ** *
7174 TAAGGC-TTTGGGGGAAT-GAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CTAATTAATGTCTTTTTCT
257 TAAGGCTTTTGAAAGCTTGGAGTGACTATAAATGAACTTTTCATGTC-AATGGATGACTTTTTC-
* *
7236 TTACAT-CTT-CTAAGGTAGACAA
320 TT-CATGTTTCCTAAGGTAGACAT
* * * ** * * * *
7258 TCAATTCTAATTTGTTTTAACCAAAATTATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAAATT-
1 TCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
7321 CTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAAGCATAGG-TGACTATAAATGGACATTAT
65 C-AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-GGATGACTATAAATAGAC-TT-T
* * * * ** * * * * * *
7385 T-TT-TCAATGAAAGGCTTTGTCTTCGTGTTTCCCTAGGTATACAATCAATTATAATCTGTTTTA
126 TCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTT-TCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTA
** * * * *
7448 ACTAAAAATATAAAAACAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
190 AC-AAAAA-ATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * * *
7513 AGCAATAAGG-TTTTCGAAAGCTT-TAGTGATTGTAAGTGGACTTTTTATG-CTAATGGATGACT
252 AGTAATAAGGCTTTT-GAAAGCTTGGAGTGACTATAAATGAACTTTTCATGTC-AATGGATGACT
* * * *
7575 TTTGCCTCATG-TT-CTCAAGGCAGATAT
315 TTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGTAGACAT
** * * * * * *
7602 TTGATTATAATATATTTTATTCAGAAATATAAAAAAATAT-AACTTAAAATCAATTATAAGATTA
1 TCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAT-TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
7666 AAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTTTTT
65 CAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * * * * **
7731 ACTAATGAATGAATTTTTCTTCACGTTTCCCAAAGCAA-ACATTCAATTATAATATGTTTTAATG
130 GCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTT-TC-AAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACA
* * * *
7795 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCTATTATGAGATTACAAAATCATTTAAGGCGAGTAAT
193 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * ** * * * *
7860 AAGGCTTTCGAAACCACGG-GTGGA-AATAATTGAACTTTTCATTTCAATGAATGACTTTCTT-T
258 AAGGCTTTTGAAAGCTTGGAGT-GACTATAAATGAACTTTTCATGTCAATGGATGACTTT-TTCT
* * * *
7922 TCACGTTTCTTAAGGCAGACAA
321 TCATGTTTCCTAAGGTAGACAT
* * * * * ** **
7944 TCAATTATAATCTATTTTAATAAATAATATAAAAAATTTTAATATAAAATCAATTATGAGATTGT
1 TCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAC
* *** * * * * *
8009 AAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACCATAAAT-GCACTTTTTTT
66 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAATAG-AC-TTTTCT
** * * * * * * *
8073 TTTC-ATGAATGGCTTTGTCTTCACGTTTCCATAGGCATACAATCAATTATAATCTATTTTAACT
129 TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTCA-AGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACA
* * * * ** * * *
8137 AAAATTATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATTAATTGAAGCTAGTAAT
193 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * *
8202 AGGGCTTTTAAAAGCTT-GAGTGACTATAAGTGAACTTTTTATG-CTAATGGATGAGTTTTGCTT
258 AAGGCTTTTGAAAGCTTGGAGTGACTATAAATGAACTTTTCATGTC-AATGGATGACTTTTTCTT
* * * *
8265 CACGTTTCTTAAGGCATACAT
322 CATGTTTCCTAAGGTAGACAT
* ** * * * * * *
8286 TCGATTATAATGCATTTTAATTAGAAATGTAAAAAACTCCAA-CT-TAATCAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAC
* ** * *
8349 AAAACCTATTTAAAG-CAGGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
66 AAAA-CTATTTAAAGTGA-GTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGA-TGACTATAAATAGACTTTTC
** * * * * *
8412 TTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTAATGTTTCTCAAGGTAA-ACATTCAATTACAATCTTTTTTAT
128 TTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTT-TCAAGG-AAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* * * *
8476 CCAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
191 CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* ** * ** * **
8541 ATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGTGACTATAAATGGAA-TTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTC
256 ATAAGGCTTTTGAAAGCTTGGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCATGTCAATGGATGACTTTTTC
**
8604 TTCATGTTT-CTCAAACTAGACAT
320 TTCATGTTTCCT-AAGGTAGACAT
* * * * ** *
8627 TCAATTATAATCT-GTTTAACT-AAAAACGTAAAAAAATTAAAAATAAAATCAATTATGAGATTG
1 TCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * *
8690 TAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGTTGACTGTAAATGGACCTTTT
65 CAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAATAGA-CTTTT
8753 TTTCAATAAA
Statistics
Matches: 3907, Mismatches: 1153, Indels: 400
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338 25 0.01
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Consensus pattern (342 bp):
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AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTG
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AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
GCTTTTGAAAGCTTGGAGTGACTATAAATGAACTTTTCATGTCAATGGATGACTTTTTCTTCATG
TTTCCTAAGGTAGACAT
Found at i:5258 original size:513 final size:509
Alignment explanation
Indices: 3151--10728 Score: 3153
Period size: 513 Copynumber: 14.8 Consensus size: 509
3141 GACTTTTCTA
* * * * *
3151 TCAATTATATTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
3216 AAAACCAATTAAATCGAGTAAGATGGCTTTCG-AAGACTTGGGTGACTATAAGTGAACTTTTTAT
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* * * * ** *
3280 GCTAATGGATGACTTTTGT-TTTATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAA-TATGTTTTATT
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* * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * * * *
3536 TTAAAATCTATGATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATG-GA
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* * * * **
3600 TGACGATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGAAGACAT
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* * * * *
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1 TCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** *
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** * * * * * * *
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* * * * *
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192 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * * * * * *
3921 TAAGCCTATAGAAAGAATGGATGATTATAAAT-AAATTTTTTTTCTAATGAATAGCTTTTTCTTC
257 TAAG-CTTTTGAAGGCAT-GATGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTC
* * * * * * *
3985 ACGTTTCTCGA-GTCAGACATTCAATTATAGTA-GATTTTTACAAAAAATGTAAAAAAATTGAAC
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* * *
4048 TTAAAATCTATGATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGCCTTTTGAAGGAATG-G
383 TTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTTGAAGGAATGAG
* * * * *
4111 ATGA-TGATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGGAAGACA
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4175 T
509 T
* * * * *
4176 TCAATCATAATCTATTTTAA-AAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAG
1 TCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * *
4240 AAAGCCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAAAGTTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTTA-C
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAAT-GACTTTTTATG
** * * * * * * * *
4304 CTCAATGGATGGCTTTAGCTTCATATTTTCTAAGACAGATAATAAATTATATTATATTTTAATCA
130 C-CAATGGATGGCTTTTTCTTCAT-GTTTCCAAGGCAGACATTCAATTAAATTACATTTTAATCA
* * * *
4369 AAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCGAGTAA-T
193 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATT
* * * * * * ** * * * *
4433 AAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGATTGTAAGTGGACTTTTAATACTAATGGAT-GACTTTTGCATC
258 AA-GCTTTTGAAGGCATGA-TGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATAG-CTTTTTCTTC
* * * * *
4497 ACA-TTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTT--TAAAAATGTAAAAAAATTCAGCC
320 A-AGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTTACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * * *
4559 TAAAATCAATTATGA-ATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAAGAATGAGTG
384 TAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTG
* * * *
4623 ACTATAAATGAACTTTTCTT-CCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCT-AAGGCAGATAT
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*
4685 TCAATTATAATCTATTTTAA-AGAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TCAATTATAATCTATTTTAATA-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
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* * **
4814 GCCAATGGATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTAAATTACATTTTAATCA
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* * * * *
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193 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
** * * **
4943 TAAGCTTTTGTCGGCTTAGATGACTATAAATGGGCTTTTTTTACCAATGAATATTTTTTTCTTCA
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* * * * *
5008 AGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATGACAATCTGTTTTTACCAAAAATGCAAAAATATTCAACTTA
321 AGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTTACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* *
5073 AAATCAATTA-GTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATGAGTGA
386 AAATCAATTATG-AGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGA
* * **
5137 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTTAGGTAAACAT
450 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTAAAGG-AAACAT
* ** * *
5198 TCAATTATATTCTGGTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGT
1 TCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
5263 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGTATTGGTTAGTATAAATAGACTTTTCT-
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCT-TGGGTGACTATAAAT-GACTTTT-TA
* * * * * * *
5326 TGTCAATGAATGGCTTTGTCTTTA-GCTTTTCCATGGCAAACATTCAATT--ATCATCTATTTTA
128 TGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATG--TTTCCAAGGCAGACATTCAATTAAATTA-C-ATTTTA
* * * * *
5388 A-CTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATCA-CAAACCATTTAAAGTGAT
189 ATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
* * * * ** * **
5451 TAA-TAAGGCTTTTGAGGGGATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAA--AAAATTTTTTT
253 TAATTAA-GCTTTTGAAGGCATGA-TGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATAGCTTTTT
* * ** * * * * ** * *
5513 CTTCACGTTTCGCAAGACAAAGAATCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAACATAAGAAAATTTA
316 CTTCAAGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTTACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * * * * **
5578 ACTAAAAATTAATTATGAGCTTATAAAACTATTTAAAACGAGTAAT-AAGTTTTTCGAAGGCTTG
381 ACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTT-GAAGGAATG
* * * * * * * ** *
5642 GGTGACTATAAGTGGACTTTT-TATACCCATGGAT-GATTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGA
445 AGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTCTAAAGG-AAA
5705 CAT
507 CAT
* * * * ** * * * * *
5708 TCAAATATATTATAGTGCAATCAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATTTAATTATTAGATTA
1 TCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAGATTA
* * * ** *
5773 TAAAACTAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGTCTATAAATGGGTTTTTCT
65 TAAAAC-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGACTTTTT-A
* * * * * * *
5838 TGCCAACT--ACTGGGTTTCTCTTCAAGTTTTCCAAGGTAAACATTC-ACTAACAAT-C-TGTTT
128 TGCCAA-TGGA-TGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCAAGGCAGACATTCAATTAA-ATTACAT-TTT
*** * * * *
5898 TCCCTAAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
188 AATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
* * * *
5963 GTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCC-ATGAATGGCTTTT
252 GTAATTAAGCTTTTGAAGGCAT-GATGACTATAAATGGACTTTTTTTA-CCAATGAATAGCTTTT
** * * * *
6027 TCTTC-A-TTTCTTAAGGCAAACATTTAATTATAATATG-TTTTATCCAAAGATGTAAAAAAAGT
315 TCTTCAAGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTTA-CCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * ** * * * *
6089 CAGCCTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT
379 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAAT
** * * * *
6154 GAGTGACTATAAATGGACTTTTTCTTATCACTGAATGG-TTTTGTCTTCACGTTTCTCATAGCAA
444 GAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-TCTTCATGTTTCT-AAAGGAA
6218 ACAT
506 ACAT
* * * * ** * * * * *
6222 TCAATTACAATATGTTTTAACT-AAGAATGCACAAAAATTTAGCTTAAAATTAATTATTAGATTA
1 TCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
6286 CAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAGAAG-ATGGGTGACTACAAATGAACTTTTCT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-AAGCTTGGGTGACTATAAATG-ACTTTT-T
* * ** * * **
6350 -TGCCAACGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGCAGACAATGAATTATAATT-TGTTTT-
127 ATGCCAATGGATGGC-TTTTTCTTCATG-TTTCCAAGGCAGACATTCAATTA-AATTACATTTTA
* **************************************************
6411 AGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
189 ATC------------AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
*****************************************************************
6476 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
242 TTTAAAGTGAGTAATTAAGCTTTTGAAGGCATGATGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAA
******************************************* * * * *
6541 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATATTTTAATCAAAAATATAA
307 TAGCTTTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTTACCAAAAATGTAA
* * * * * * *
6606 AAATATTTAACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACTAATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTC
372 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAAC-CATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTT
** *** * * ** *
6671 GTCGTCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTCAAGTTTCCT-
436 GAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTA
*
6735 AGGGTAAACAT
500 AAGG-AAACAT
* * * ** * * *
6746 TCAATGACAATCTATTTTTACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTAT
1 TCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *********** *
6811 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGANNNNNNNNNNNACTATAAATGGACTTTTCATG
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAAT-GACTTTTTATG
* * * * * * ** * * * * *
6876 TCGATGAATAGTTTTTTCTTCATATTTCTTTAGGCAAACAATCAATTATAA-T-CTGTTTTATTT
130 CCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTA-AATTAC-ATTTTAATC
* * * * * *
6939 AAGAATGTAAAAAAATTCATAC-GAAAATTAATTATAAGATTGTAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
192 AAAAATGTAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * * * ** *
7003 -TAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTT
256 TTAA-GCTTTTGAAGGCAT-GATGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATAGCTTTTTCTT
* * * * * * ** *
7067 CACA-TTTCCCATGGCAGACATTCAACTATAA-ACTATTTTAATTGAAAAA-GTGAAAAAATTCA
319 CA-AGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATA-TGTTTTTA-CCAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * **
7129 AGC-TAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGATTAATAAGGC-TTTGGGGGAATG
381 A-CTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATG
* * * * * *
7192 AGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATTAATGTCTTTTTCTTTACAT-CTTCT-AAGGTAGA
445 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC-TT-CATGTTTCTAAAGG-AAA
*
7255 CAA
507 CAT
* * * ** * * *
7258 TCAATTCTAATTTGTTTTAACCAAAATTATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAAATTC
1 TCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
7322 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAAGCATAGGTGACTATAAATGGACATTATTT
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7387 -T-TCAATGAAAGGCTTTGTCTTCGTGTTTCCCTAGGTATACAATCAATTATAA-T-CTGTTTTA
127 ATGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CCAAGGCAGACATTCAATTA-AATTAC-ATTTTA
* * * *
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189 ATC-AAAAATGT--AAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * * * * * * * *
7512 GAGCAA-TAAGGTTTTCGAAAGCTTTAGTGATTGTAAGTGGACTTTTTATGCTAATGGAT-GACT
250 GAGTAATTAAGCTTTT-GAAGGCATGA-TGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATAG-CT
* * * * * * * ** * * * *
7575 TTTGCCTCATG-TTCTCAAGGCAGATATTTGATTATAATAT-ATTTTATTCAGAAATATAAAAAA
312 TTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTTA-CCAAAAATGTAAAAAA
* * * * *
7638 ATAT-AACTTAAAATCAATTATAAGATTAAAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
376 AT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAG
* ** * * * ** * * *
7702 GAATGGGTGACTATAAATAAACTTTTTTTACTAATGAATGAATTTTTCTTCACGTTTCCCAAAGC
440 GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTAAAGG
7767 AAACAT
504 AAACAT
* * * * * *
7773 TCAATTATAATATGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCTATTATGAGATTAC
1 TCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * ** * * *
7838 AAAATCATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAACCACGGGTGGA-AATAATTGAACTTTTCAT
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGT-GACTATAAATG-ACTTTTTAT
** * * * * *
7902 TTCAATGAATGACTTTCTT-TTCACGTTTCTTAAGGCAGACAATCAATTATAA-T-CTATTTTAA
129 GCCAATGGATGGCTTT-TTCTTCATGTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTA-AATTAC-ATTTTAA
* * * * ***
7964 T-AAATAATATAAAAAATTTTAA-TATAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAACAAG
190 TCAAA-AATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
* * * * * ** * *
8027 TAA-TAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACCATAAATGCACTTTTTTTTTTC-ATGAATGGCTTTG
253 TAATTAA-GCTTTTGAAGGCAT-GATGACTATAAATGGAC-TTTTTTTACCAATGAATAGCTTTT
* * * * * * * * * * *
8090 TCTTCACGTTT-CCATAGGCATACAATCAATTATAATCTATTTTAACTAAAATTATAAAAAAAAT
315 TCTTCAAGTTTCCCA-AGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTTACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * ** * * * ** * * **
8154 CAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATTAATTGAAGCTAGTAATAGGGCTTTTAAAAGCTT
379 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAAT
* * * * * * * *
8219 GAGTGACTATAAGTGAACTTTT-TATGCTAATGGATGAG-TTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGCAT
444 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATG-GCTTTTTCTTCATGTTTCTAAAGG-AA
8282 ACAT
506 ACAT
* * * * * *
8286 TCGATTATAATGC-ATTTTAATTAGAAATGTAAAAAACTCCAACTT--AATCAATTATGAGATTA
1 TCAATTATAAT-CTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
8348 TAAAACCTATTTAAAGC-AGGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
65 TAAAACC-ATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAAT-GACTTTT-
* * * * * * *
8412 T-TGCCAATGAATGGGTTTTTCTTAATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTACAA-T-CTTTTTT
126 TATGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTA-AATTACATTTTA
* * * *
8474 ATCCAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
189 AT-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
* * * * *
8539 TAA-TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAATTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTT
253 TAATTAA-GCTTTTGAAGGCATGA-TGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATAGCTTTTT
* * ** * * * * * *
8603 CTTCATGTTTCTCAAACTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACTAAAAACGTAAAAAAATTAA
316 CTTCAAGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTTACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
** ** ** * *
8667 AAATAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG-
381 ACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGA
* * *
8731 GTTGACTGTAAATGGACCTTTT-TT-TCAAT-AA-------------A------T--AGCAAACA
446 G-TGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTAAAGGAAACA
8772 T
509 T
* ** * * * *
8773 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTAC
1 TCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * ** ** *
8838 AAAACCATTTAAAGTGACTAACAAGGCTTTTGAGGGGATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCT-T
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAAT-GACTTTT-TAT
* * * * * * * * * *
8902 GCTAAT-GAGTGCCCTTTTTC-TCATGTTTTTCGAGGTAAACAATCAATTATAGT-CTGTTTTAA
129 GCCAATGGA-TG-GCTTTTTCTTCATG-TTTCCAAGGCAGACATTCAATTAAATTAC-ATTTTAA
* * **********
8964 TAAAAAATATAAAANNNNNNNNNNTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGT
190 TCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGT
* * ** * * * * * * ***
9028 AA-GACGGCTTCCGAAGACTTGGGTGACTATAAGTGAACTTTTTATGTTAATTG-AT-GACTTTT
254 AATTA-AGCTTTTGAAGGCAT-GATGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAA-TGAATAG-CTTTT
* * * * * * * * *
9090 GCTTTACGTTTTCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATG-TTTTATTCAAAAATATAAAAAAATT
315 TCTTCAAGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTTA-CCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * *
9154 CAACCTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTAGAAAGAAT
379 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAAT
* * * ** ** *
9219 GAGTGACTATAAATGAAATTTTTTTGATAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGAC
444 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTAAAGG-AAAC
9284 AT
508 AT
* * * * * * * * * *
9286 CCAGTTACAATATATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAAAT-TATGACGAGATTA
1 TCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * ** *
9350 CAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-TAAAGGAATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GCTTGGGTGACTATAAAT-GACTTTT-T
** * * * *
9414 -TGCCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTCGAGGCAGATATTCAATTATAA-T-CTATTTTA
127 ATGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCAAGGCAGACATTCAATTA-AATTAC-ATTTTA
* * * * *
9476 A-CAAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAGCCATTTAAAGTGGG
189 ATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
* ** * * *** * * * *
9540 TAA-TAAGGCTTTTGAAAGTTTGAGTGACTATAAATGAACTTGTCACATCAATGGATGGCTTTTG
253 TAATTAA-GCTTTTGAAGGCATGA-TGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATAGCTTTTT
* *** ** * * * *
9604 CTTCATGTTTTTTAAGCCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCGAAAAA-GTAAAAAAATTC
316 CTTCAAGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTTA-CCAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * * * * **
9668 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTG
380 AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATG
* * * * * * * *
9733 AGTGACTGTAAGTGGACCTTTT-ATGCTAAT-AGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGTAG
445 AGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTAAAGG-AA
9795 ACAT
506 ACAT
* * * *
9799 TCAATTATAATATATTTTATTCAAAAATGTAAAAAAATT-AAGCTTAAAATCAATTATGA-ATTA
1 TCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** * * **
9862 TAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCT-
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATG-ACTTTT-TA
* * * *** * * *
9926 TGCTAATGAATGGCTTTTT-TTCACGTTTTTTGAGGCAAATATTCAATTATAA-T-CTGTTTTAA
128 TGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCAAGGCAGACATTCAATTA-AATTAC-ATTTTAA
* * * * ** *
9988 TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTCAAAGCAAGCA
190 TCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * * * * * *
10053 A-TAAGGCTTTCGAAAGCTTAGGTGACTATAAGTGGACTTTTTATGCCAATGGAT-GACTTTTTT
255 ATTAA-GCTTTTGAAGGCAT-GATGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATAG-CTTTTTC
* * * ** * * * * *
10116 TTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATTTTATATTTTAATCAGAAATATAAAAAAATTCAA
317 TTCAAGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTTACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * * * * * ** **
10181 CTTAAAATTAATTATGTGATTATAAAACTAATTTAAAGCAAATAATCAGGCTTTTGTCGGCTTGA
382 CTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAAC-CATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGA
* * * * **
10246 GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAAT-GTTTTTCTCTTCAAGTTTCCGAAGGTAAACA
446 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-TCTTCATGTTTCTAAAGG-AAACA
10310 T
509 T
* * * * * * *
10311 TCAATGATAATCTATTTTTACT-AAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAACCAATTAGGAGATTA
1 TCAATTATAATCTA-TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * **
10375 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAAT-GACTTTT-TA
* * * * * * *
10439 TGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATATT-C-TGGTTTAA
128 TGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTAAATTACAT--TTTAA
* * * * *
10502 TAAAAAATATAAAGAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
190 TCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * * ** * *
10567 A-TAAGGCTTTCGAAGGCATCGATTAGTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTGTCT
255 ATTAA-GCTTTTGAAGGCAT-GATGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATAGCTTTTTCT
* * * * * ** * * * * *
10631 TTAGGTTTTCTATGACAAACATTCAATTATCATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAC
318 TCAAGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTTACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* *
10696 TTAAAATGAATTATGAGATTACAAAATCATTTA
383 TTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTA
10729 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 5393, Mismatches: 1406, Indels: 532
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
486 1 0.00
487 42 0.01
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491 2 0.00
496 1 0.00
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (509 bp):
TCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGACTTTTTATGC
CAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCAAGGCAGACATTCAATTAAATTACATTTTAATCAAAA
ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAAG
CTTTTGAAGGCATGATGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCAAGTTT
CCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTTACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
AATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAA
ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTAAAGGAAACAT
Found at i:7032 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6586--8766 Score: 1535
Period size: 171 Copynumber: 12.8 Consensus size: 170
6576 NNNNNNNNTA
* * * * *
6586 TATTTTAATCAAAAATATAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACTAATTTA
1 TATTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTA
** * ** * * * *
6651 AAGCAAGTAATAAAGCTTTCGTCGTCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-G
64 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAG
* * * * * * *
6715 TTTTTTTCTTCAAGTTTC-CTAGGGTAAACATTCAATGACAATC
129 -CTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATC
* ** * * *
6758 TATTTTTACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * *********** * * *
6823 AGCGAGTAATAAAGCTTTTGANNNNNNNNNNNACTATAAATGGACTTTTCATGTCGATGAATAGT
65 AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGC
** ** * *
6888 TTTTTCTTCATATTTCTTTAGGCAAACAATCAATTATAATC
130 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATC
* * * * * * *
6929 TGTTTTATTTAAGAATGTAAAAAAATTCATACGAAAATTAATTATAAGATTGTAAAACTATTTAA
1 TATTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCA-ACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* *
6994 AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
65 AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGC
* * * * *
7059 TTTTTCTTCACATTTCCCATGGCAGACATTCAACTATAAAC
130 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATC
* *
7100 TATTTTAATTGAAAAA-GTGAAAAAATTCAAGCTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTA
1 TATTTTAATT-AAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
* ** * * * *
7164 AAGTGATTAATAAGGCTTT-GGGGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CTAATTAAT-
64 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATA
* * * * * *
7226 GTCTTTTTCTTTACATCTTCT-AAGGTAGACAATCAATTCTAATT
128 G-CTTTTTCTTCACGT-TTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATC
* ** * * * * *
7270 TGTTTTAACCAAAATTATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAAATTCTAAAACCATTTA
1 TATTTTAATTAAAAATGT-AAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
* * * *
7334 AAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAAGCATAGGTGACTATAAATGGACATTATT-TT-TCAATGAA-
64 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TT-TTCTTGTCAATGAAT
* ** * * * * *
7396 AGGCTTTGTCTTCGTGTTTCCCTAGGTATACAATCAATTATAATC
127 A-GCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATC
* * * * *
7441 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAACAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATT
1 TATTTTAATTAAAAATGT--AAA-AAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
* * * * ** * * * *
7506 TAAAGTGAGCAATAAGGTTTTCGAAAGCTTTAGTGATTGTAAGTGGACTTTT-TATG-CTAATGG
62 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTC-AATGA
* * * * ** *
7569 AT-GACTTTTGCCTCATG-TTCTCAAGGCAGATATTTGATTATAATA
125 ATAG-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATC
* * * *
7614 TATTTT-ATTCAGAAATATAAAAAAATAT-AACTTAAAATCAATTATAAGATTAAAAAACTATTT
1 TATTTTAATT-AAAAATGTAAAAAAAT-TCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* * **
7677 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTT-TT-TACTAATGAA
63 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT-C-AATGAA
* * * * *
7740 T-GAATTTTTCTTCACGTTTCCCAAAGCAAACATTCAATTATAATA
126 TAG-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATC
* * * *
7785 TGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCTATTATGAGATTACAAAA-TCATTTA
1 TATTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTA
* * ** * * * *
7849 AGGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAACCACGGGTGGA-AATAATTGAACTTTTCATT-TCAATGAAT
64 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGT-GACTATAAATGGACTTTTC-TTGTCAATGAAT
* *
7912 -GACTTTCTT-TTCACGTTTCTTAAGGCAGACAATCAATTATAATC
127 AG-CTTT-TTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATC
* * * * * *
7956 TATTTTAA-TAAATAATATAAAAAATTTTAATATAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTA
1 TATTTTAATTAAA-AATGTAAAAAAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
*** * * * * * *
8020 AAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACCATAAATGCACTTTTTTTTTTC-ATGAATG
64 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGTCAATGAATA
* * *
8084 GCTTTGTCTTCACGTTTC-CATAGGCATACAATCAATTATAATC
128 GCTTTTTCTTCACGTTTCTCA-AGGCAGACATTCAATTATAATC
* * * * * * * *
8127 TATTTTAACTAAAATTATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATTAATTGA
1 TATTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* ** * * * * * *
8192 AGCT-AGTAATAGGGCTTTTAAAAGCTTGAGTGACTATAAGTGAACTTTT-TATG-CTAATGGAT
65 AG-TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTC-AATGAAT
* * * *
8254 GAG-TTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGCATACATTCGATTATAATGC
127 -AGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAAT-C
* * * *
8299 -ATTTTAATTAGAAATGTAAAAAACTCCAACT-TAATCAATTATGAGATTATAAAACCTATTTAA
1 TATTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAA
* * * * * *
8362 AG-CAGGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
65 AGTGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAG
* * * * * *
8426 GTTTTTCTTAATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTACAATC
129 CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATC
* * * * *
8468 T-TTTTTATCCAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTA
1 TATTTTAAT-TAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
* * * * * ** *
8532 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAATTTTCTTACCAATGAATGG
64 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAG
* * *
8597 TTTTTTCTTCATGTTTCTCAA-ACTAGACATTCAATTATAATC
129 CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGC-AGACATTCAATTATAATC
* * * * * * *
8639 T-GTTTAACTAAAAACGTAAAAAAATTAAAAATAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAA
1 TATTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATT-CAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * *
8703 AGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGTTGACTGTAAATGGACCTTTT-TT-TCAATAAATAG
65 AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGTCAATGAATAG
8766 C
129 C
8767 AAACATTCAA
Statistics
Matches: 1604, Mismatches: 335, Indels: 143
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 48 0.03
170 419 0.26
171 891 0.56
172 117 0.07
173 47 0.03
174 82 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TATTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
GTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCT
TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATC
Found at i:8780 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 8623--8898 Score: 401
Period size: 147 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
8613 CTCAAACTAG
*
8623 ACATTCAATTATAATCTG-TTTAACTAAAAACGTAAAAAAATTAAAAATAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTAAAAATAAAATCAATTATGAGA
** * * * * *
8687 TTGTAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGTTGACTGTAAATGGACCTTT
66 TTACAAAACCATTTAAAGTAACTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGA-CTTT
8752 TTTTCAATAAATAGCAA
130 TTTTCAATAAATAGCAA
* * **
8769 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTAAAAATAAAATCAATTATGAGA
* * *
8834 TTACAAAACCATTTAAAGTGACTAACAAGGCTTTTGAGGGGATGGGTAACTATAAATGGACTTTT
66 TTACAAAACCATTTAAAGTAACTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTT
8899 CTTGCTAATG
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 15, Indels: 2
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
146 23 0.20
147 91 0.80
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (146 bp):
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTAAAAATAAAATCAATTATGAGA
TTACAAAACCATTTAAAGTAACTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTT
TTTCAATAAATAGCAA
Found at i:9165 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8769--10728 Score: 1513
Period size: 171 Copynumber: 11.5 Consensus size: 171
8759 TAAATAGCAA
* * * * * *
8769 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * ** * * *
8834 TTACAAAACCATTTAAAGTGACTAACAAGGCTTTTGAGGGGATGGGTAACTATAAATGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATGAACTTTT
* * * * * * * * *
8899 CTTGCTAATGAGTGCCCTTTTTC-TCATGTTTT-TCGAGGTAA
131 CTTGCCAATGAATG-ACTTTTGCTTTACGTTTTCT-AAGGCAG
* * * * * **********
8940 ACAATCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAANNNNNNNNNNTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** * * *
9005 TTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAAGACGGCTTCCGAAGACTTGGGTGACTATAAGTGAACTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATGAACTTT
** * *
9069 T-TATGTTAATTG-ATGACTTTTGCTTTACGTTTTCTAAAGTAG
130 TCT-TGCCAA-TGAATGACTTTTGCTTTACGTTTTCTAAGGCAG
* * *
9111 ACATTCAATTATAATATGTTTTATTCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
9176 TTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTAGAAAGA-ATGAGTGACTATAAATGAAATTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGACATGAGTGACTATAAATGAACTTT
* ** * * * * * *
9240 TTTTGATAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCTCGAGGTAG
130 TCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTTACGTTTTCT-AAGGCAG
* * * * * * * * *
9282 ACATCCAGTTACAATATATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAAAT-TATGACGAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAG
* * * * *
9346 ATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGA-ATGGGTGACAATAAAT-AGACT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GACATGAGTGACTATAAATGA-ACT
* * * * *
9409 TTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTT-TCGAGGCAG
128 TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTTACGTTTTCT-AAGGCAG
* * *
9453 ATATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * **
9517 ATTAGAAAGCCATTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTTTGAA-AGTTTGAGTGACTATAAATGAACTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-CATGAGTGACTATAAATGAACTT
* **** * * * * * *
9581 GTCACATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTTAAGCCAG
129 TTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTTACGTTTTCTAAGGCAG
*
9624 ACATTCAATTATAATATATTTTAATCGAAAAA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
9688 ATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-AGCTTGAGTGACTGTAAGTGGACCT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-CATGAGTGACTATAAAT-GAACT
* * * * *
9752 TTT-ATGCTAAT-AGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAG
128 TTTCTTGCCAATGA-ATGACTTTTGCTTTACGTTTTCTAAGGCAG
* *
9795 ACATTCAATTATAATATATTTTATTCAAAAATGTAAAAAAATT-AAGCTTAAAATCAATTATGA-
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAG
* * *
9858 ATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGAACTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GACATGAGTGACTATAAATGAACTT
* * * * *
9922 TTCTTGCTAATGAATGGCTTTT--TTTCACGTTTTTTGAGGCAA
129 TTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTT-ACGTTTTCTAAGGCAG
* * * *
9964 ATATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** * * * * *
10029 TTATAAAGCCATTCAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAA-AGC-TTAGGTGACTATAAGTGGACTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-CATGA-GTGACTATAAATGAACTT
* * * * *
10092 TT-TATGCCAATGGATGACTTTT-TTTTCATGTTTCCTAAGGTAG
129 TTCT-TGCCAATGAATGACTTTTGCTTT-ACGTTTTCTAAGGCAG
** * * *
10135 ACATTCAATTATTTTATATTTTAATCAGAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGTGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** * * ** * * **
10200 TTATAAAACTAATTTAAAGCAAATAATCAGGCTTTTGTCGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTT
66 TTATAAAAC-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATGAACTTT
* * * * * * *
10265 TCTTACCAATGAATG--TTTTTCTCTTCAAGTTTCCGAAGGTAA
130 TCTTGCCAATGAATGACTTTTGCT-TT-ACGTTTTCTAAGGCAG
* * * * * * * *
10307 ACATTCAATGATAATCTATTTTTA-CTAAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAACCAATTAGGAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
10371 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATGAACTTT
* * * *
10436 TCTTGTCAATGAATGACTTTTTC-TT-CATATTTCTTAAGGCAA
130 TCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTTACGT-TTTC-TAAGGCAG
* * ** * * * *
10478 ACATTCAATTATATTCTGGTTTAATAAAAAATATAAAGAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
10543 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATCGA-TTAGTATAAAT-AGACTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACAT-GAGTGACTATAAATGA-ACTT
* * * * * *
10606 TTCTTGTCAATGAATGGC-TTTGTCTTTAGGTTTTCTATGACAA
129 TTCTTGCCAATGAATGACTTTTG-CTTTACGTTTTCTAAGGCAG
* * * *
10649 ACATTCAATTATCATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
10714 TTACAAAATCATTTA
66 TTATAAAACCATTTA
10729 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1445, Mismatches: 290, Indels: 108
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 76 0.05
170 168 0.12
171 1024 0.71
172 164 0.11
173 10 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATGAACTTTT
CTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTTACGTTTTCTAAGGCAG
Found at i:12865 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 12028--14827 Score: 1997
Period size: 342 Copynumber: 8.2 Consensus size: 340
12018 NNNNNNNNNN
* * * *
12028 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTC-A-TTTCTTAAAG
1 GGCATGGGTGACTATAAATGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCAAGTTTC-CAAGG
* * * * * * * *
12091 CAAACATTCAATTATAATATGTTTTATCCAAAGATGTAAAAAAGGTCAGCCTAAAATTAATTATG
64 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATTAATTATG
* ** * * * * * * *
12156 AGATTGTAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATTAGGC-TTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
128 AGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GCTTAGGTGACTATAAGTGAAC
* * * ** * * * * *
12220 TTTTTCTTA-TCAATGAAT-AGC-TTTGTCTTCACACTTCTCATA-GCAGGCATTCGATTATAAT
192 -TTTT-TAAGCCAATGGATGA-CTTTTG-CTTCACGTTTCTTA-AGGTAGACATTCAATTATATT
* * * * * * * *
12281 ATGTTTTAA-CTAAGAATGTAAAAAAAATT-AGCTTAAAATTAATCAT-TAGATTACAAAAC-CA
252 ATATTTTAATC-AAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGT-GATTATAAAACTAA
* * *
12342 TTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTG-A
314 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGTA
* * * * * *
12368 GAGAATGGGTGACTACAAATGAACTTTTCTTGCCAACGAAT-GTTTTTTCTTCATGTTTTCTAAG
1 G-GCATGGGTGACTATAAATG-GCTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCAAG-TTTCCAAG
* * * * * *
12432 GTAGACAAAT-AATTATAAT-TGTTTTAGCCAAAAATATAAAAGAATTGAACTTAAAATTAATTA
63 GCAAAC-ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATTAATTA
********** * *
12495 TGAGATTNNNNNNNNNNTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGA-TGATAAGTTA
126 TGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGTGACT-ATAAGTGA
** *
12559 ACTTTTTAAGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGTAGACATTCAATTATATTATA
190 ACTTTTTAAGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATATTATA
* * *
12624 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCATTTATGTGATTATAAAACTAATTCAAA
255 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACTAATTTAAA
*
12689 GCGAGTAATAAGGCTTTCGTC
320 GCGAGTAATAAGGCTTTCGTA
* * * * *
12710 GGCTTGGATGACTATAAATGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTCAAGTTTCAAAAGGT
1 GGCATGGGTGACTATAAATGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCAAGTTTC-CAAGGC
* * * * * *
12775 AAACATTCAATGATAATCTGTTTTTACCAAAAATGTAAAAATATTGAACTTAAAATTAATTAGGA
65 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATTAATTATGA
********** * *
12840 GATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATANNNNNNNNNNAGGCTTAAGTGACTATAAGTGAACTT
129 GATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGTGACTATAAGTGAACTT
* * *
12905 TTTAAGCTAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATATTATATTTT
194 TTTAAGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATATTATATTTT
* *
12970 AATCAAAAATATAAAAAACTTCAACTTAAAATTAATTATGTGATTATAAAACTAATTTAAAGCGA
259 AATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACTAATTTAAAGCGA
*
13035 GTAATAAGGCTTTCGTC
324 GTAATAAGGCTTTCGTA
* * *
13052 GGCTTGGGTGACTATAAATGGGTTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTCAAGTTTGCCAAGG
1 GGCATGGGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCAAGTTT-CCAAGG
* * * * *
13117 TAAACATTCAATGACAATCTGTTTTTACTAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATTAATTAGG
64 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATTAATTATG
* * * * * * *
13182 AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-
128 AGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGTGACTATAAGTGAACT
* * * * * ** * * * * *
13246 TTTTAATGTCAATGAATGATTTTTTCTTTATATTTCTTTAGGCAAACAGTCAATTATAATT-TGT
193 TTTTAA-GCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTAT-ATTATAT
* * * ** * *
13310 TTT-ATCCAAGAATGTAAAAAAATTCAAAC-TAAAATTAATTATAAGATTGTAAAA-TCATTTAA
256 TTTAAT-CAAAAATATAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACTAATTTAA
* * *
13372 AGTGAGCAATAAGGCTTTCGAA
319 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGTA
* * * * ** * *
13394 GGCATGAGTAACTATGAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACA-TTTCCCATG
1 GGCATGGGTGACTATAAATG-GCTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCA-AGTTT-CCAAG
* * * * * * * *
13458 GCAGACATTCAACTATAATCAGTTTTAATTGAAAATGTGAAAAAATTCAAGC-TAAAATCAACTA
63 GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAA-CTTAAAATTAATTA
* * ** * * * * * * *
13522 TGAAATTACAAAA-CTATTTAAAGTGATTAATAAGGC-TTTG-GAGCGATGGGAGAGTATAAATG
126 TGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGC-TTAGGTGACTATAAGTG
* * * * * * *
13584 GACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTTTTGCCTCACGTCTTC-CAAGGTAGACAATCAATTATAAT
189 AACTTTT-TAAGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGT-TTCTTAAGGTAGACATTCAATTAT-AT
* * * * *
13647 T-TTTTTTAACCAAAATTATAAAAAAAATTTAACTTAAGATCAATTATGAT-ATTATAAAACT-A
251 TATATTTTAATCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-TGATTATAAAACTAA
* **
13709 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAA
314 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGTA
* * * * * *
13736 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTATTTTTG--AATGAAAGGCTTTATCTTCATGTTTCTCTA
1 GGCATGGGTGACTATAAATGG-C-TT-TTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCAAGTTTC-CAA
* * * *
13799 GGCATACAATCAATTATAATCTGTTTTAATCTAAAAA-ATAAAAAATTTAACTAAAAATTAATTA
62 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTA
* ** * * * * *
13863 TGAGATTATAAAATTATTTAAAGTGAGCAATAAGGATTTCGAAAGCTTCA-CTGACTGTAAGT-A
126 TGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTT-AGGTGACTATAAGTGA
* * * * ** *
13926 GACTTTTTATA-CTAATAGATGACTTTTGCTTCACG-TTCTTAAGGCAGATATTTGATTATAGTA
190 -ACTTTTTA-AGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATATTA
* * * * *
13989 TATTTTATTCAAAAATATAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTACGAGATTAAAAAACT-ATTTA
253 TATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACTAATTTA
* **
14053 AAGTGAGTAATAAGGCCTTT-AAA
318 AAGCGAGTAATAAGG-CTTTCGTA
* * * * * * * *
14076 GGAATGGGTGACTATAAATGAACTTCTCTTACTAATGAATGACTTTTTT-TTCACGTTTTCCTAG
1 GGCATGGGTGACTATAAATG-GCTTTTCTTGCCAATGAATG-GTTTTTTCTTCAAG-TTTCCAAG
*
14140 GCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAA-ATTAAAAAAATT-AACTTAAAATCT-ATT
63 GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATA-T-AAAAAATTCAACTTAAAAT-TAATT
* * * * * * * ** * *
14201 ATGAGATTACAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAACCATGGGTGAAAATAATTAA
125 ATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGTGACTATAAGTGA
* * * * * * * * * *
14266 AATTTTCT-TGTCAATGAATGGCTTTCT-TTTCATGTTTCTTAAGGCAGACAATCAATTATA-AA
190 ACTTTT-TAAGCCAATGGATGACTTT-TGCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATATTA
* * * * * * *
14328 CTATTTTAATAAAAAATGTAAAAACAATT-AACATAAAATCAATTATGAGATTGTAAAAC-CACT
253 -TATTTTAATCAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACTAATT
* *
14391 TAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-TTAA
316 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGT-A
* ** * * **
14416 GGCATGGGTGACTATAAATGGATTGTT-TTTTCAATGAATGGCTTTGTCTTCACTTTTTCCTAA-
1 GGCATGGGTGACTATAAATGGCTT-TTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCA-AGTTTCC-AAG
* * * * * * *
14479 GCATACAATCAATTATAATCTATTTTAAATAAAAATATAAAAAATTCAACTT-AAATCAGTTATA
63 GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATG
* * *
14543 AGATTATAAAATTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTT-GAGTGACTATAAGTGGAC
128 AGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAG-GTGACTATAAGTGAAC
* * * * * *
14607 TTCTTATGCTAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTATATTACATT
192 TTTTTAAGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATATTATATT
* * *
14672 TTAATCAGAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGTGATTATAAAA-TCAATTTAAAG
257 TTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACT-AATTTAAAG
* * *
14736 CGAATAATAAGGCTTTTGTC
321 CGAGTAATAAGGCTTTCGTA
* * * * *
14756 GACTTGGATGACTATAATTGGGCTTTTCTTACCAATGAAT-GTTTTTCTCTTCAAGTTTCCTAAG
1 GGCATGGGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTT-TCTTCAAGTTTCC-AAG
*
14820 GTAAACAT
63 GCAAACAT
14828 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1951, Mismatches: 409, Indels: 199
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
338 21 0.01
339 300 0.15
340 415 0.21
341 374 0.19
342 575 0.29
343 255 0.13
344 11 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
GGCATGGGTGACTATAAATGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCAAGTTTCCAAGGCA
AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGA
TTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGTGACTATAAGTGAACTTTT
TAAGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATATTATATTTTAA
TCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACTAATTTAAAGCGAGT
AATAAGGCTTTCGTA
Found at i:13873 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 12028--14751 Score: 1557
Period size: 171 Copynumber: 16.0 Consensus size: 169
12018 NNNNNNNNNN
* * *
12028 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA--TTTCT-TAAA
1 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTTGAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCT-AG
* * * * * * * * *
12090 GCAAACATTCAATTATAATATGTTTTATCCAAAGATGTAAAAAAGGTCAGCCTAAAATTAATTAT
64 GCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATTAATTAT
* * * *
12155 GAGATTGTAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAA
128 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * * **
12197 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTTATCAATGAATAGCTTTGTCTTCACACTTCTCATA
1 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT-TT-TGAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-TA
* * * * * * *
12262 -GCAGGCATTCGATTATAATATGTTTTAACTAAGAATGTAAAAAAAATT-AGCTTAAAATTAATC
63 GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA-AA-ATATAAAAAATTCAACTTAAAATTAATT
* * * * * **
12325 ATTAGATTACAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTT-TGA
126 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * * * * * *
12368 GAGAATGGGTGACTACAAATGAAC-TTTTCTTGCCAACGAAT-GTTTTTTCTTCATGTTT-TCTA
1 G-GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTG--AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCT-
* * * * *
12430 AGGTAGACAAAT-AATTATAAT-TGTTTTAGCCAAAAATATAAAAGAATTGAACTTAAAATTAAT
62 AGGCAGAC-ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATTAAT
********** * **
12493 TATGAGATTNNNNNNNNNNTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAA
125 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * * ** ** * * * * *
12538 GGCTTAGGTGA-TGATAAGTTAAC-TTTTTAAGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCCAA
1 GGCATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTTTTTG--AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCTA
* * * * * * * *
12601 TGTAGACATTCAATTATATTATATTTTAA-TCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCATTT
63 GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATTAATT
* * ***
12665 ATGTGATTATAAAACTAATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGTC
126 ATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * * ** * ***
12710 GGCTTGGATGACTATAAATGG-C-TTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTCAAGTTTCAAAAG
1 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTG--AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCTAG
* * * * * * * *
12773 GTAAACATTCAATGATAATCTGTTTTTACCAAAAATGTAAAAATATTGAACTTAAAATTAATTAG
64 GCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATTAATTAT
* **********
12838 GAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCAAGTAATANNNNNNNNNNA
128 GAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* ** * * ** * * * *
12880 GGCTTAAGTGACTATAAGTGAAC-TTTTTAAGCTAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAG
1 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTG--AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCTAG
* * * * *
12944 GTAGACATTTAATTATATTATATTTTAA-TCAAAAATATAAAAAACTTCAACTTAAAATTAATTA
64 GCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATTAATTA
* ***
13008 TGTGATTATAAAACTAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGTC
127 TGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * * ** * *
13052 GGCTTGGGTGACTATAAATGG-GTTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTCAAGTTTGC-CAA
1 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTG--AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-CTCTA
* * * * *
13115 GGTAAACATTCAATGACAATCTGTTTTTACTAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATTAATTA
63 GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATTAATTA
* * * * **
13180 GGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAA
127 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * * ** * ** *
13223 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTAATGTCAATGAATGATTTTTTCTTTATATTTCTTTAGG
1 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTTGAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCTAGG
* * * * * * *
13288 CAAACAGTCAATTATAATTTGTTTTATCCAAGAATGTAAAAAAATTCAAAC-TAAAATTAATTAT
65 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTC-AACTTAAAATTAATTAT
* * * * *
13352 AAGATTGTAAAA-TCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCGAA
128 GAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * * * * * * *
13394 GGCATGAGTAACTATGAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTC-CCATG
1 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTTGAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCTA-G
* * * * * * *
13458 GCAGACATTCAACTATAATCAGTTTTAATTGAAAATGTGAAAAAATTCAAGC-TAAAATCAACTA
64 GCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAA-CTTAAAATTAATTA
* * * * **
13522 TGAAATTACAAAACTATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTT-GGA
127 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * * * * * *
13564 -GCGATGGGAGAGTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTGCCTCACGTCTTC-CA
1 GGC-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTG--AATGAATGGCTTTTTCTTCACGT-TTCTCT
* * * * * * * * *
13626 AGGTAGACAATCAATTATAATTTTTTTTAACCAAAATTATAAAAAAAATTTAACTTAAGATCAAT
62 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA--ATATAAAAAATTCAACTTAAAATTAAT
* *
13691 TATGATATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAA
125 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * *
13736 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTATTTTTGAATGAAAGGCTTTATCTTCATGTTTCTCTAGG
1 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT-TTTTTGAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCTAGG
* * * *
13801 CATACAATCAATTATAATCTGTTTTAATCTAAAAA-ATAAAAAATTTAACTAAAAATTAATTATG
65 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATG
* * * *
13865 AGATTATAAAATTATTTAAAGTGAGCAATAAGGATTTCGAAA
129 AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAA
* *** * * * * * *
13907 -GCTTCACTGACTGTAAGTAGACTTTTTATACT-AAT-AGATGACTTTTGCTTCACG-TTCT-TA
1 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT-T-TTGAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCT-
* ** * * * * * *
13967 AGGCAGATATTTGATTATAGTATATTTT-ATTCAAAAATATAAAAAAATACAACTTAAAATCAAT
62 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATTAAT
* * *
14031 TACGAGATTAAAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTT-AAA
125 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCAAA
* * ** * *
14076 GGAATGGGTGACTATAAATGAACTTCTCTTACT-AATGAATGACTTTTTTTTCACGTTT-TCCTA
1 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTT-T-TTTTTGAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT-CTA
* *
14139 GGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAA-ATTAAAAAAATT-AACTTAAAATCT-AT
63 GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATA-T-AAAAAATTCAACTTAAAAT-TAAT
* *
14200 TATGAGATTACAAAA-TCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAA
125 TATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAA
* ** * ** * * * *
14246 -CCATGGGTGAAAATAATTAAAATTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTCTT-TTCATGTTTCT-TAA
1 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTTGAATGAATGGCTTT-TTCTTCACGTTTCTCT-A
* * * * * *
14308 GGCAGACAATCAATTATAAACTATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAACAATT-AACATAAAATCAAT
63 GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATAT-AAAA-AATTCAACTTAAAATTAAT
* * * * **
14371 TATGAGATTGTAAAACCACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTTAA
125 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * * *
14416 GGCATGGGTGACTATAAATGGA-TTGTTTTTTCAATGAATGGCTTTGTCTTCAC-TTTTTCCTAA
1 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTT-TTTTTTGAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT-CTAG
* * * * * * *
14479 GCATACAATCAATTATAATCTATTTTAAATAAAAATATAAAAAATTCAACTT-AAATCAGTTATA
64 GCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATG
* * *
14543 AGATTATAAAATTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAA
129 AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAA
* * * * * * * *
14585 -GCTTGAGTGACTATAAGTGGAC-TTCTTATGCTAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTC-CTAA
1 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTG--AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCT-A
** * * * *
14647 GATAGACATTCAATTATATTAC-ATTTTAA-TCAGAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAAT
63 GGCAGACATTCAATTATAAT-CTGTTTTAACT-AAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATTAAT
* * *
14710 TATGTGATTATAAAATCAATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTT
125 TATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
14752 TGTCGACTTG
Statistics
Matches: 1974, Mismatches: 473, Indels: 214
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 12 0.01
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174 13 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTGAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCTAGGC
AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAG
ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
Found at i:15243 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14928--16101 Score: 955
Period size: 171 Copynumber: 6.9 Consensus size: 170
14918 NNNNNNNNNN
* * * * **
14928 TTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTGAAATGTTTTATA-TTTTTAGTTAAAGT
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTA-TTAAAAC
* * * * * * * * * * *
14992 AGGTTATAATTGATTATATGCC-TAGGGAAACATGAAGACAAAGCCATTCATTGAAAAAAAAAGT
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTA-AGAAACGTGAAAAGAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT
* * *
15056 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGT
129 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
*
15098 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTAAATATTTTTACATTTTTTATTAAAAC
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTTATTAAAAC
* * * * *
15163 AGATTATAATTGATTGTCTACATTAAGAAGCATGAAAAGAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTT
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAAAGAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* ** * **
15228 CAATTATTTTCACCCATGGTTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
130 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
15269 TTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCAGTAAAAC
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTTATTAAAAC
** *
15334 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAA-AAAGCCATTCATT-AGTAAGAAAAG
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAA-AAGAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAG
* ** * *
15397 TTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
128 TCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * *
15440 TTTAAATGATTTTTTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTAAATAAAAT
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTTATTAAAAC
* ** * * * ** *
15504 ATATTATAATCAAATATCTGCCTTAAGAAACGTGAAGCA-AAAGTTATCCATT-AGCATA-AAAA
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAA-AAGAAAGCCATTCATTGA-CA-AGAAAA
* * * * * *
15566 GTCCACTTACAGTCACTCAAGCTTTCGTAAGCCTTATTGCTCGC
127 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * **
15610 TTTAAAT-AGTTTTATAATCTCACAATTGCTTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
1 TTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAAC
* * * * * * * * *
15674 AGATTATAATTGATTATATGCC-TAAGGAAACATGAAGACAAAGCCTTTCATTGA-AAAATAAAG
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAA-GAAACGTGAAAAGAAAGCCATTCATTGACAAGA-AAAG
* * * *
15737 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGGCTTATTACTTGG
128 TCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * **
15780 TTTAAAT-AGTTTTACAATATCATAATTCATTTTAGGTTGAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
1 TTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTTTACATTTTTTATTAAA
* * * * *
15844 ACAGATTATAATT-AACTGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAGAAAGCTATTTATTGATAACAAAA
63 ACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTTAAGAAACGTGAAAAGAAAGCCATTCATTGACAAGAAAA
* * * *
15908 GTTCAATTATTA-TCA-CCAATGACTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
127 GTCCATTTA-TAGTCACCCAA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * *
15952 TTTAAATGGTTTGATAATCTGATAAGTAATTTT-AGATTGAACTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAA
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TT-AAATTTTTTACATTTTTTA-TTAAA
* * * ** *
16015 ATAG-GTAGTAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAAAGAAACCCATTCATT-AGCAAGAAA
63 ACAGATTA-TAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAAAGAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAA
* *
16078 AGCCCATTTATAGTCACCTAAGCC
126 AGTCCATTTATAGTCACCCAAGCC
16102 CATTTAAATG
Statistics
Matches: 811, Mismatches: 164, Indels: 57
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 16 0.02
170 285 0.35
171 359 0.44
172 142 0.18
173 8 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACA
GATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAAAGAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
Found at i:16791 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 16104--18200 Score: 1975
Period size: 342 Copynumber: 6.1 Consensus size: 337
16094 CCTAAGCCCA
* *
16104 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACTATTTTGATTAAAAT
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTAC-ATTTTTATTAAAAT
* * * * * *
16169 ATATTATAACTGAATGTCCACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCATAAAAAGTC
64 AAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAGTC
* * ** * * * *
16234 CATTTACAGTCACTCAAACCTTCGAAAACCTTATTACTCTCTTTTAATCGTTTTATAATCTCATA
129 CATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* *
16299 ATTGATTTT-AGTTTGAAGTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAACAG-TTATAATTGATTGTCTACA
193 ATTGATTTTAAG-TTGAA-TTTTTTATATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAGTGTCTACC
* * * * * * * * *
16361 TCAGAAAATGTGAAGAAAAGGGCATTGATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATCCCCT
255 T-TGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATCCCTT
* * *
16426 CAAAAGCCTTGTTAATAAC
319 CAAAAGCCTTATTACTCAC
* *
16445 TTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTCATTCAAAT
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTT-ATTAAAAT
*
16510 AAATTATAATTGAATGTCCACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAAGT
64 AAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGC-AAAAAAAGT
* * * * *
16575 CCATTTATCGTCACCCATTCCTCCAAAAAGCTTATTACTCACTTTAATTGGTTTTGTATTCTCAT
128 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* *
16640 AATAGAATTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTCTACCT
192 AATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTCTACCT
* ** * *
16705 TGCAAAACGTGAA-AAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAACCACCCATTCTTTC
256 TG-AAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATCCCTTC
* *
16769 AAAAGCATTTTTACTCAC
320 AAAAGCCTTATTACTCAC
* * * *
16787 TTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTACGTTTTTTATTAAAATA
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAC-ATTTTTATTAAAATA
* * * ** * * * *
16852 TATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAATGTGAAGCAAAAA-TCATCCATT-GTTATAAAAAGT
65 AATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTAG-CAAAAAAAGT
** * ** * * * *
16915 CCCCTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGGCTTACTACTCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCAT
128 CCATTTATAGTCACCCATTCC-TTCAAAAGCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * *
16980 AATTGATTTTAAGTTGCATTTCTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGATTGTCTACCT
192 AATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTCTACCT
* * * * ** * * *
17045 CAGAAAACATGATGAAAAGGGTATTCATTTG-CAAGAAAAG-TCTATTTAGAGTCATCCATCCCC
256 -TGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGACAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATCCCT
* *
17108 TCAAAAGCCTTGTTAGTCAC
318 TCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * *
17128 TTTAAATATTTTTCTAAACTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAAT
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTA-TTAAAAT
* * * *
17193 AAATTATAATTGAGTCTCTGCCATT-GGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAGT
64 AAATTATAATTGAATGTCTACC-TTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAGT
* * * ** *
17257 TCAGTTATAGTTATGCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAT
128 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * ** * * * * *
17322 AATTGATTTTAAGCTT-ATTTTCTTTACATTTTTTAATACAACAGATTGTAATTGACTTTCTACG
192 AATTGATTTTAAG-TTGAATTT-TTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTCTACC
** * * * *
17386 TCAAGAAATGAGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAATTTCATTTATAGT-AGCCCATACCT
255 TTGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-CCCATCCCT
* *
17450 TCAAAAGCTTTATTACTCAT
318 TCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * *
17470 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTAAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTA-TTAAAAT
* * * * ** * * *
17535 AACTTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAATGTGAAGAAAATGCCATTCATTAGGAAGAAAAGTC
64 AAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAGTC
*
17600 CATTTATAGTCACCCACTT-CTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
129 CATTTATAGTCACCCA-TTCCTTCAAAAG-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
17664 AATTGATTTTAGGTTAAATTTTCTTATATTTTTAGTTAATACATATTATAATTAAGTGTCTACCT
192 AATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTCTACCT
* * * * *** * * *
17729 TGAGAAACCTAAAGAAAAAGCCATTCATTGATAGGAAAAACCCATTTGTAGTCACCTGA-GCCTT
256 TGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACC-CATCCCTT
** *
17793 TGAAAGCCTAATTACTCAC
319 CAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * * *
17812 TTTAAATAATTTTGTAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACA
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA-TTTTTATTAAAATA
* * * * * * * **
17877 TATTATAAATGATTGTAT-GCTTAGGAAAACGTGATGAAAAAGGTAATTCATT-GACAAGAAAAA
65 AATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AAACATGAAGAAAAA-GCCATTCATTAG-CAA-AAAAA
* * * * * *
17940 -TCCATTTATAGTCACCCATCCCCTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTGTAACCTC
126 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * *
18004 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTTCA-T-TCT
190 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAA-TTGAGTGTCT
* *
18067 ACCCTGTG-AAACGTGAAGACAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCGAT
252 A-CCT-TGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCAT
* **
18130 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCAC
314 CCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * *
18154 TTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGCTGAATTTTTT
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
18201 TATATTTATA
Statistics
Matches: 1449, Mismatches: 258, Indels: 97
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 134 0.09
341 317 0.22
342 906 0.63
343 82 0.06
344 8 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (337 bp):
TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTATTAAAATAA
ATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTCTACCTTGAAA
ACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGC
CTTATTACTCAC
Found at i:17132 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 16104--18207 Score: 1765
Period size: 171 Copynumber: 12.3 Consensus size: 169
16094 CCTAAGCCCA
*
16104 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACTA-TTTTGATTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTA-TATTTTTAATTAAAA
* * * * * * * *
16168 TATATTATAACTGAATGTCCACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCATA-AAAAG
64 CATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCA-AGAAAAG
* * ** *
16232 TCCATTTACAGTCACTCAAACCTTCGAAAA-CCTTATTACTCTC
127 TCCATTTATAGTCACCCATCCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCAC
* * *
16275 TTTTAATCGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTTGAAGTTTTTTATATTTTTGATTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA-TTTTTTATATTTTTAATTAAAA
* * * * * * * *
16339 CA-GTTATAATTGATTGTCTACATCAGAAAATGTGAAGAAAAGGGCATTGATTGGCAAGAAAAAT
64 CATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCAAGAAAAGT
* * * *
16403 CCATTTATAGTCACCCATCCCCTCAAAAGCCTTGTTAATAAC
128 CCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * * *
16445 TTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTCATTCAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTAATTAAAAC
* * * * * *
16510 AAATTATAATTGAATGTCCACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAAGT
65 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GC-AAGAAAAGT
* * *
16575 CCATTTATCGTCACCCATTCCTCCAAAAAG-CTTATTACTCAC
128 CCATTTATAGTCACCCATCCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * * **
16617 TTTAATTGGTTTTGTATTCTCATAATAGAATTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTAATTAAAAC
* * * *
16682 AGATTATAATTGAGTGTCTACCT-TGCAAAACGTGAA-AAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGT
65 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-AAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG-CAAGAAAAGT
* ** * * * *
16745 TCATTTATAACCACCCATTCTTTCAAAAGCATTTTTACTCAC
128 CCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * ** * *
16787 TTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTACGTTTTTTATTAAAATA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAATTAAAACA
* ** * * * * *
16852 TATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAATGTGAAGCAAAAA-TCATCCATTGTTATA-AAAAGT
66 TATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTG-CA-AGAAAAGT
** * ** ** * *
16915 CCCCTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGGCTTACTACTCAC
128 CCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * **
16957 TTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGCATTTCTTTATATTTTTGGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATATTTTTAATTAAAAC
* * * * **
17022 ATATTATAATTGATTGTCTACCTCAGAAAACATGATGAAAAGGGTATTCATTTGCAAGAAAAGTC
65 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGCAAGAAAAGTC
* * * * * *
17087 TATTTAGAGTCATCCATCCCCTCAAAAGCCTTGTTAGTCAC
129 CATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
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17128 TTTAAATATTTTTCTAAACTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTAATTAAAAC
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17193 AAATTATAATTGAGTCTCTGCCATTGGAAATA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAG
65 ATATTATAATTGAATGTCTACC-TCAGAAA-ACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCAAGAAAAG
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17256 TTCAGTTATAGTTATGCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCAC
127 TCCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
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17299 TTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGCTT-ATTTTCTTTACATTTTTTAA-TACA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTT-TTTATA-TTTTTAATTAAA
* * * * * * *
17362 ACAGATTGTAATTGACTTTCTACGTCA-AGAAATGAGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAA
63 ACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG-CAAGAAAA
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17426 TTTCATTTATAGT-AGCCCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCAT
126 GTCCATTTATAGTCA-CCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
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17470 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTAAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTAATTAAAAC
* * * * * *
17535 A-ACTTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAATGTGAAGAAAATGCCATTCATTAGGAAGAAAAGT
65 ATA-TTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCAAGAAAAGT
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17599 CCATTTATAGTCACCCA-CTTCTTCAAAAGCCTTATCACTCAC
128 CCATTTATAGTCACCCATC-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
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17641 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTCTTATATTTTTAGTTAATAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTTTAATTAAAAC
* * *
17706 ATATTATAATT-AAGTGTCTACCT-TGAGAAACCTAAAGAAAAAGCCATTCATTG-ATAGGAAAA
65 ATATTATAATTGAA-TGTCTACCTCAGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGCA-A-GAAAA
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17768 ACCCATTTGTAGTCACCTGA-GCCTTTGAAAGCCTAATTACTCAC
126 GTCCATTTATAGTCACC-CATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
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17812 TTTAAATAATTTTGTAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAATTAAAACA
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17877 TATTATAAATGATTGTAT-GCTTAGGAAAACGTGATGAAAAAGGTAATTCATTGACAAGAAAAAT
66 TATTATAATTGAATGTCTACCTCA-GAAAACGTGAAGAAAAA-GCCATTCATTG-CAAGAAAAGT
* *
17941 CCATTTATAGTCACCCATCCCCTCAAAAGCCTTATTAATCAC
128 CCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
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17983 TTTAAATAGTTTTGTAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTATATTTTTAATTAAAA
* * ** * * *
18048 TAGATTATAATTTCAT-TCTACC-CTGTGAAACGTGAAGACAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
64 CATATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-AAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG-CAAGAAAAG
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18111 TCTATTTATAGTCACCGATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCAC
127 TCCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * *
18154 TTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGCTGAATTTTTTTATATTT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTT
18208 ATAGATAAAC
Statistics
Matches: 1561, Mismatches: 312, Indels: 121
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 63 0.04
170 372 0.24
171 928 0.59
172 160 0.10
173 38 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAATTAAAACA
TATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGCAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
Done.