Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403267.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_940.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 1350 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:686 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 404--2881 Score: 1882
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394 NNNNAAATAT
* * ** * *
404 TTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAATCAGATAATAA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACAATAA
* **
469 TTGAATG-CTTACCTTGAGACACAAAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
66 TTGAATGTC-TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * *
533 GTCACCCA-TCCATCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGG
130 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * **
574 TTTTATAATATCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACAATAA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACAATAA
* * *
639 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGATGAAAAGGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAA
66 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
704 TCACCCATTCCATCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
131 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * *
745 TTTTGTAATCTCAAAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTTTCATTAAAACAGACTAT
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT-TACATTTTTCATTAAAACAGACAAT
* ** * ** * * * *
809 AATTGAATGCCTACCTCAAGAAACATGCAGAAAAACTCATTTC-TTAGAAAGAAAATTCTATTTA
64 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCA-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
873 TAGTCACCTATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCTCTTT-AATGG
128 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * **
916 CTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGATTTTGTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTATA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACAATA
* * * ** * ** *
981 ATTGAATGTTTGCC-TCAGAAAACATGAAGAAAAACTCATTTATTTGAAAAAAAAAGTCCATTTA
65 ATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* *
1045 TAGTCTCCCATTTCTT-------C--A--ACTCGCTTTAAATGG
128 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * ** *
1078 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGGCAATAA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACAATAA
*
1142 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAGAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATA
66 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
*
1206 GTCGA-CCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGG
130 GTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * * *
1248 TTTTATAATTTGAAAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTTTAGTTAAAACAGACAAT
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTCA-TTAAAACAGACAAT
* * * * * * *
1313 AATTGAATATCTACCGTAAAAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTAT
64 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * **
1378 AGTCACTCATTCCATCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGG
129 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * *
1421 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAAATTTTT-GTTAAAATAGACCATA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTCATTAAAACAGACAATA
* ** * * *** * * * *
1485 ATTGAATGTTTGTCTTGGGAAACATGTAGAAAAACTTATTTATTTGAAAGAAAAGTCTATTTATA
65 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * ** *
1550 GTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATCACTCATTTTAAATGA
130 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
** * * * * *
1592 TTTTGCAATCTCAAAATTGATTTTAAGCT-AATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACAGGCTATAA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACAATAA
* * * * * *
1656 TTGAAT-ACTTA-CTT-AGGAAAACATGTAGGAAAAGTCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTA
66 TTGAATGTC-TACCTTGA-G-AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * *
1718 TAATCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGG
128 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * *
1762 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTCATTAAAACAGACTATAA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACAATAA
* * * * ** * * *
1827 TTGACTGTGTGCCTCGAGAAATGTGTAGAAAAA-ACTATTAATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTAT
66 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGC-ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTAT
** * *
1890 AGTCAGTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
129 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * *
1933 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACAATAA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACAATAA
* ** * ** * *
1998 TTGTATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGATATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
66 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * *
2063 TCACTCATTCTTTTAAAAGCCTTAGTAGTCGCTTTAAATAG
131 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* ********************* *
2104 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATAA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACAATAA
* * * * * * *
2169 TTGAATGTTTACCATGGGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTTGAAAGAAAAGTCTATTTATAG
66 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
** * * * *
2234 TCTTCCATTCTTTCAAAAGGCTTATTGCTCACTTTAAATGG
131 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * * * *
2275 TTTTGTAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTT-AGTCAAAA-TGTCTATA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACAATA
* * ** * * * * *
2338 ATTGAATGCCTGCCTAAAGAAACGTGTAGAAAAA-ACTATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTAT
65 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
** * * *
2402 AGTC-TTCATTTCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGG
129 AGTCACCCA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * * ** *
2445 TTTGATAATCTCATAATTAATTTTGAGTTGAA-TTTTTTCCCTTTTTTGTTAAAACAGA-ATACA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACA-ATA
* * * ** *** *
2508 ACTGAATG-CTTACC-TCATGAAACATGTAGAAAAATACCATT-ATTTTTAAGAAAAGTCTATTT
65 ATTGAATGTC-TACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAA-GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * ********** *
2570 ATAGTCTCCCATTGCTTCAAAANNNNNNNNNNTCGCTTTAAATGA
127 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * ** * **
2615 TTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTTAACTTTTTTCACTTTTTTGGTTAAAACAAATTATA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACAATA
* * ** ** * * *** * *
2680 ATTAAATGTTTATGTCAAGAAACGTGGAGAGAAAA-GCATTCATTGATGAGAAAAGTCTATTTCT
65 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * *
2744 TGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
129 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
********** * * ** **
2787 TTNNNNNNNNNNATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTATTTACATTTTTTGTTAAAACAGGTAATAA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACAATAA
2851 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA
66 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA
2882 TGAGCATTTA
Statistics
Matches: 1841, Mismatches: 406, Indels: 123
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
159 34 0.02
160 49 0.03
161 13 0.01
162 34 0.02
163 1 0.00
165 1 0.00
166 1 0.00
168 1 0.00
169 35 0.02
170 566 0.31
171 686 0.37
172 265 0.14
173 148 0.08
174 7 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACAATAA
TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
Found at i:2671 original size:683 final size:679
Alignment explanation
Indices: 404--2672 Score: 2037
Period size: 683 Copynumber: 3.3 Consensus size: 679
394 NNNNAAATAT
* * *
404 TTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAATCAG-ATAATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAAT-A-A
* * *** ** * **
468 ATTGAATG-CTTACCTTGAGACACAAAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
63 ATTGAATGTC-TACC-TCAGAAACATGTAGAAAAAACCATTAATTAACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * *
532 AGTCACCCA-TCCATCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGATT
126 AGTCAACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATTTCATAATTGATT
* * * * *
596 TTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
191 TTAAGTTAAATTTTTTTACT-TTTTT-GTTAAAACAGACAATAATTGAATATCTACCGTAAAAAA
* * * * * * * * * *
660 CATGATGAAAAGGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCATCCAAAGCC
254 TATGAAGAAAAAGACATTCATTAGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCATCAAAAGCC
* * * * *
725 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTATATAT
319 TTAGTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-AAAT
* * * ** ** *
789 TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACC-TCAAGAAACATGCAGAAAAACTCATTTC-
383 TTTT-GTTAAAATAGACCATAATTGAATGTTTACCAT-GGGAAACATGAAGAAAAACTCA-TTCA
* * * ** * *
852 TTAGAAAGAAAATTCTATTTATAGTCAC-CTATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCTCTTT-AATG
445 TTTGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTC-ATTCTTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATG
** ** * * * * * * * **
915 GCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGATTTTGTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTAT
509 ATTTTGCAATATCAAAATTGATTTTAAGCT-A-ATTCTTTTACATTTTTGATCAAAACAGGCTAT
** * * * * ** *
980 AATTGAATGTTTGCCT-CAGAAAACATGAAGAAAAACTCATTTATTTGAAAAAAAAAGTCCATTT
572 AATTGAAT-ACTGACTAAAGAAAACATGTAGAAAAACTCATTCA-TTGGCAAAAAAAGTCTATTT
* * * *
1044 ATAGTCTCCCATTTCTTC--AA--C----T-C--GCTTTAAATGG
635 ATAATCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
*
1078 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGGCAAT-AA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACA-G-AATAAA
* * * * * *
1142 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
64 TTGAATGTCTACC-TCAGAAACATGTAGAAAAAACCATTAATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * *
1207 TCGACCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTGAAAATTAATTTT
128 TCAACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATTTCATAATTGATTTT
*
1272 AAGTTAAATGTTTTTATATTTTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATATCTACCGTAAAAAAT
193 AAGTTAAAT-TTTTT-TACTTTTTT-GTTAAAACAGACAATAATTGAATATCTACCGTAAAAAAT
* * *
1337 ATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCATCGAAAGCCT
255 ATGAAGAAAAAGACATTCATTAGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCATCAAAAGCCT
* * *
1402 TATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAAATTT
320 TAGTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAAATTT
** * * * *
1467 TTGTTAAAATAGACCATAATTGAATGTTTGTCTTGGGAAACATGTAGAAAAACTTATTTATTTGA
385 TTGTTAAAATAGACCATAATTGAATGTTTACCATGGGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTTGA
*
1532 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATCACTCATTTTAAATGATTTTG
450 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGATTTTG
* * *
1597 CAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACAGGCTATAATTGAAT
515 CAATATCAAAATTGATTTTAAGCTAATTCTTTTACATTTTTGATCAAAACAGGCTATAATTGAAT
* * * * *
1662 ACTTACTTAGGAAAACATGTAGGAAAAGTCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAATCACCA
580 ACTGACTAAAGAAAACATGTAGAAAAACTCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAATCACCA
*
1727 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGG
645 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
* ** *
1762 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTCATTAAAACAGACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAATA-AA
* * * ** * * *
1827 TTGACTGTGTGCCTCGAGAAATGTGTAGAAAAAACTATTAATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAG
64 TTGAATGTCTACCTC-AGAAACATGTAGAAAAAACCATTAATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAG
** * *
1892 TCAGTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
128 TCAACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATTTCATAATTGATTTT
* * * * * *
1957 AAGTTGATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACAATAATTGTATGTCTACC-TCAAGAAATA
193 AAGTTAAATTTTTTTAC-TTTTTTGTTAAAACAGACAATAATTGAATATCTACCGT-AAAAAATA
* * ** *
2021 TGAAGAAAAAGATATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTTAAAAGCCTT
256 TGAAGAAAAAGACATTCATTAGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCATCAAAAGCCTT
* * * * *********
2086 AGTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTNNNNNNNNN
321 AGTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAAATTTT
************ *
2151 NNNNNNNNNNNNCTATAATTGAATGTTTACCATGGGAAACATGAAGAAAAA-TGCATTCATTTGA
386 TGTTAAAATAGACCATAATTGAATGTTTACCATGGGAAACATGAAGAAAAACT-CATTCATTTGA
* ** *
2215 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCT-TCCATTCTTTCAAAAGGCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTT
450 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCT-CATTCTTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGATTTT
* * * * *
2279 GTAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTT-AGTCAAAA-TGTCTATAATTG
514 GCAATATCAAAATTGATTTTAAGCT-AATTCTTTTACATTTTTGA-TCAAAACAGGCTATAATTG
* * * *
2342 AATGCCTGCCTAAAG-AAACGTGTAGAAAAAACT-ATTCATTGG-AAAGAAAAGTCTATTTATAG
577 AAT-ACTGACTAAAGAAAACATGTAG-AAAAACTCATTCATTGGCAAA-AAAAGTCTATTTATAA
** * * *
2404 TCTTCATTTCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGG
639 TCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
* * * * * *
2445 TTTGATAATCTCATAATTAATTTTGAGTTGAATTTTTTCCCTTTTTTGTTAAAACAGAATACAAC
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAATA-AAT
*** *
2510 TGAATG-CTTACCTCATGAAACATGTAGAAAAATACCATT-ATTTTTAAGAAAAGTCTATTTATA
65 TGAATGTC-TACCTCA-GAAACATGTAGAAAAA-ACCATTAATTAACAAGAAAAGTCCATTTATA
** * **********
2573 GTCTCCCATTGCTTCAAAANNNNNNNNNNTCGCTTTAAATGATTTTATAATTTCATAATTGATTT
127 GTCAACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATTTCATAATTGATTT
* *
2638 TAAGTTTAACTTTTTTCACTTTTTTGGTTAAAACA
192 TAAG-TTAAATTTTTTTACTTTTTT-GTTAAAACA
2673 AATTATAATT
Statistics
Matches: 1320, Mismatches: 232, Indels: 77
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
673 119 0.09
674 150 0.11
675 98 0.07
676 176 0.13
677 20 0.02
681 2 0.00
682 135 0.10
683 400 0.30
684 87 0.07
685 133 0.10
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (679 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAATAAATT
GAATGTCTACCTCAGAAACATGTAGAAAAAACCATTAATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
ACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAG
TTAAATTTTTTTACTTTTTTGTTAAAACAGACAATAATTGAATATCTACCGTAAAAAATATGAAG
AAAAAGACATTCATTAGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCATCAAAAGCCTTAGTAC
TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAAATTTTTGTTA
AAATAGACCATAATTGAATGTTTACCATGGGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTTGAAAGAAA
AGTCTATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGATTTTGCAATAT
CAAAATTGATTTTAAGCTAATTCTTTTACATTTTTGATCAAAACAGGCTATAATTGAATACTGAC
TAAAGAAAACATGTAGAAAAACTCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAATCACCAATTCCT
TCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
Found at i:2690 original size:512 final size:505
Alignment explanation
Indices: 404--2881 Score: 2019
Period size: 512 Copynumber: 4.9 Consensus size: 505
394 NNNNAAATAT
* * ** *
404 TTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAATCAG-ATAATA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAAT-ATA
* * * ** ** * *
468 ATTGAATGCTTACCTTGAGACACAAAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
64 ATTGAATGTTTACC-TCAGAAACATGAAGAAAAATACATT-ATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATA
* ** * * * * *
533 GTCACCCA-TCCATCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTT
127 GTCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTA--ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTT
* *
597 TAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
190 TAAGTTGAA-TTTTTTACT-TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAAC
* * * * * * *
661 ATGATGAAAAGGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATC-ACCCATTCCATCCAAAGCC
253 ATGAAGAAAA-AGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTA-CCATTCCTTCAAAAGCC
* *
725 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTATATAT
316 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-T
* *
789 TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACATGCAG-AAAAACTCATTTC-
380 TTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTAAAGAAACATGTAGAAAAAACT-A-TTCA
* * * * *
852 TTAGAAAGAAAATTCTATTTATAGTCACCTATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCTCTTT-AATGG
442 TTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATC-ATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * *
916 CTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGATTTTGTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTATA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGA-ATT-TTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATA
* *
981 ATTGAATGTTTGCCTCAGAAAACATGAAGAAAAACT-CATTTATTTGAAAAAAAAAGTCCATTTA
64 ATTGAATGTTTACCTCAG-AAACATGAAGAAAAA-TACA-TTATTTG-AAAGAAAAGTCCATTTA
*
1045 TAGTCTCCCA---TTT-------CTTCAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
125 TAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTT-AACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
1100 TTAAGTTGAATTTTGTACATTTTTT-GTTAAAACAGGCAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
189 TTAAGTTGAATTTTTTAC-TTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAAC
* * * * *
1164 ATGAAGAAAAGAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGACCATTCCTTCAAAAGGCT
253 ATGAAGAAAA-AGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTACCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * * * *
1229 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTGAAAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTT
317 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTT
* ** * * *
1294 TTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATATCTACCGTAAA-AAATATGAAGAAAAAGGC-ATTCAT
381 TTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACC-TAAAGAAACATGTAGAAAAA-ACTATTCAT
* **
1357 TGGTAAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCATCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGG
443 TGG-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * **
1421 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAAATTTTTGTTAAAATAGACCATAA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAA
* * ** * * *
1486 TTGAATGTTTGTCTTGGGAAACATGTAGAAAAACTTA-TTTATTTGAAAGAAAAGTCTATTTATA
65 TTGAATGTTT-ACCTCAGAAACATGAAGAAAAA--TACATTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATA
* ** ** *
1550 GTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATCACTCATTTTAAATGATTTTGCAATCTCAAAATTGATTT
127 GTCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTA--ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * **
1615 TAAGCT-AATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACAGGCTATAATTGAATACTTA-CTT-AGGAAAA
190 TAAGTTGAATT-TTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGA-G-AAA
* * *
1677 CATGTAGGAAAAGTCATTCATTGGCAAA-AAAAGTCTATTTATAATC-ACCAATTCCTTCAAAAG
252 CATGAAGAAAAAG-CATTCATTGG-AAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTACC-ATTCCTTCAAAAG
*** * *
1740 CCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAG
314 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * ** * ** ** *
1805 TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGACTGTGTGCCTCGAGAAATGTGTAGAAAAAACTATTAATT
379 TTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTAAAGAAACATGTAGAAAAAACTATTCATT
* * *
1870 -GAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
444 GGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* *
1933 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACA-ATA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGA-ATATA
* * * * * * *
1997 ATTGTATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGATATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATA
64 ATTGAATGTTTACCTC-AGAAACATGAAGAAAAATACATT-ATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
2062 GTCACTCATTCTTTTAAAAGCCTTAGTAGTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATT
127 GTCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTA--ACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATT
******************** * *
2126 TTAAGTTGAATTTTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATAATTGAATGTTTACCATGGGAAAC
189 TTAAGTTGAATTTTTT-ACTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAAC
* * * *
2191 ATGAAGAAAAATGCATTCATTTGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTTCCATTCTTTCAAAAGGCT
253 ATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTACCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * *
2256 TATTGCTCACTTTAAATGGTTTTGTAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACA-TTT
317 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * *
2320 TTAGTCAAAA-TGTCTATAATTGAATGCCTGCCTAAAGAAACGTGTAGAAAAAACTATTCATTGG
382 TTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTAAAGAAACATGTAGAAAAAACTATTCATTGG
* * * * * *
2384 AAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTTCATTTCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGG
446 AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCA-TTCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * * * * *
2445 TTTGATAATCTCATAATTAATTTTGAGTTGAATTTTTTCCCTTTTTTGTTAAAACAGAATACAAC
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAAT
* * ** *
2510 TGAATGCTTACCTCATGAAACATGTAGAAAAATACCATTATTTTTAAGAAAAGTCTATTTATAGT
66 TGAATGTTTACCTCA-GAAACATGAAGAAAAATA-CATTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGT
******** *
2575 CTCCCATTGC-TTCAAAANNNNNNNNNNTCGCTTTAAATGATTTTATAATTTCATAATTGATTTT
129 CTCCCATT-CTTTCAAAA--GCCTTAACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * ** ** *
2639 AAGTTTAACTTTTTTCACTTTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTTTATGTCAAGAAACG
191 AAGTTGAA-TTTTTT-ACTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACA
* * * * *
2704 TGGAGAGAAAAGCATTCATT-GATGAGAAAAGTCTATTTCTTGT-TACCCATTCCTTTAAAAGCC
254 TGAAGA-AAAAGCATTCATTGGA-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTA-CCATTCCTTCAAAAGCC
********** * *
2767 TTATTACTCACTTTAAATGGTTNNNNNNNNNNATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTATTTACATTT
316 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * ** *
2831 TTTGTTAAAACAG-GTAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA
381 TTTATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGCCTACCTAAAGAAACATGTAGAAA
2882 TGAGCATTTA
Statistics
Matches: 1582, Mismatches: 306, Indels: 156
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
503 162 0.10
504 209 0.13
505 56 0.04
506 5 0.00
510 4 0.00
511 158 0.10
512 569 0.36
513 215 0.14
514 202 0.13
515 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (505 bp):
TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAAT
TGAATGTTTACCTCAGAAACATGAAGAAAAATACATTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
CCCATTCTTTCAAAAGCCTTAACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
GAATTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAA
AAAGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAA
CAGACTATAATTGAATGCCTACCTAAAGAAACATGTAGAAAAAACTATTCATTGGAAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCATCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
Found at i:4360 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 4001--5230 Score: 1079
Period size: 171 Copynumber: 7.2 Consensus size: 168
3991 NNNNNTTGGC
* * ** *
4001 AAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TATTCTAAATAGTTTT
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTC-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTT
* *
4065 ATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGA
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGA
* * *
4130 CTG-TGTGCCTCGAGAAATATGTAGAAAAA-ACTATTAATT-GAG
128 ATGCT-TGCCTC-AGAAACATGTAGAAAAACAC-ATTCATTAG-G
* * * * * *
4172 AAGAAAAGTGTATTTATAGTCTCCATTTCCTTCGACAGCTTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * ** * *
4237 TAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTCCT-TTTTTTCCTAAAACAGAATACAACTGAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-ATATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAA
* ***
4301 TGCTTGCCTCATGAAACATGTAGAAAAACACATTTATTTTT
129 TGCTTGCCTCA-GAAACATGTAGAAAAACACATTCATTAGG
* *
4342 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCT-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
4407 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTATTTTTTGGTTAAAACA-AATTATAATTAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTT-ATTAAAACAGAA-TATAATTGA
* ** *
4471 ATGTCTATG--TCAAGAAACATGGAGAAAAAGGCATTCATTGATG
128 ATG-CT-TGCCTC-AGAAACATGTAGAAAAACACATTCATT-AGG
* * * * *
4514 -AGAAAAGTCCATTTCTTGT-TACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCT--CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
4577 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATATTTTGTTAAAGCAG-GTAATAATTGA
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAAT-ATAATTGA
* * * ** *
4641 ATG-TCTACCTTGAGAAACATGGAGAAAAGGACATTCATTAGT
128 ATGCT-TGCC-TCAGAAACATGTAGAAAAACACATTCATTAGG
* * * * **
4683 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCAAAAGGCTTAGTACTCGCTTTAAATTATTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTC-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * **
4748 TAATCTGATAACTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA-AATAATAATTGA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAAT-ATAATTGA
* * * * ***
4812 ATGTTTACCTTGAGAAA-ATTGAAGAAAATGGCATTCATTAGG
128 ATGCTTGCC-TCAGAAACA-TGTAGAAAAACACATTCATTAGG
* * * **
4854 AAG-AAAGTCTATTTATAGCCATCCATTCCATCAAAAGCCTTATTAGTCATTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTC-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
4918 TAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTATATATTTTATTAAAACAGACTATATTTGAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAA
* * * * * * *
4983 TACTTATCTTGAGAAACATGTAGAAAAACTCATTTATTTGG
129 TGCTT-GCCTCAGAAACATGTAGAAAAACACATTCATTAGG
* * *
5024 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * **
5089 TAATCTCAAAATTGATTTTGAGCTATATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACAGGTTATAATTGAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTATATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAA
** * *
5154 TGCTTGCCTTGGAAAACATCTAGAAAAAGC-CATTCATTAGC
129 TGCTTGCCTCAG-AAACATGTAGAAAAA-CACATTCATTAGG
*
5195 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTC-TCCATTCCTTCAAA
5231 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 869, Mismatches: 153, Indels: 74
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 4 0.00
170 410 0.47
171 442 0.51
172 9 0.01
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATG
CTTGCCTCAGAAACATGTAGAAAAACACATTCATTAGG
Found at i:4468 original size:341 final size:335
Alignment explanation
Indices: 4001--5227 Score: 1222
Period size: 341 Copynumber: 3.6 Consensus size: 335
3991 NNNNNTTGGC
* * * **
4001 AAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TATTCTAAATAGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATAGTTTT
* * * *
4065 ATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAACTTTTTTATATTTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-TTTTTTTTATTTTTTGATTAAAACAAATTATAATTG
* * * * * *
4129 ACTGTGTGCCTCGAGAAATATGTAGAAAAAACTATTAATT-GAGAAGAAAAGTGTATTTATAGTC
128 AATGT-TACCTCGAGAAACATGTAGAAAAAGC-ATTCATTAG-GAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* * * ** *
4193 TCCATTTCCTTCGACAGCTTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGA
190 TCCA-TTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * ** * * *
4258 GTTGAATTTTTTCCTTTTTTTCCTAAAACAGAATACAACTGAATGCTTGCCTCATGAAACATGTA
254 GTTGAATTTTTTACTTATTTTATTAAAACAGAATA-AATTGAATGCTTACCTGA-GAAACATGTA
*
4323 GAAAAACACATTTATTTTT
317 GAAAAACACATTTATTTGT
* *
4342 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* *
4407 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTATTTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTAAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTTATTTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAA
** * * * * * *
4472 TGTCTATGTCAAGAAACATGGAGAAAAAGGCATTCATTGATG-AGAAAAGTCCATTTCTTGT-TA
130 TGT-TACCTCGAGAAACATGTAGAAAAA-GCATTCATT-AGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCT-
*
4535 CCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAG
191 -CCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
4600 TTGAATTTTTTACATATTTTGTTAAAGCAGGTAAT-AATTGAATG-TCTACCTTGAGAAACATGG
255 TTGAATTTTTTACTTATTTTATTAAAACA-G-AATAAATTGAATGCT-TACC-TGAGAAACATGT
** * *
4663 AGAAAAGGACATTCATTAGT
316 AGAAAAACACATTTATTTGT
* * *
4683 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCAAAAGGCTTAGTACTCGCTTTAAATTA-TTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTT
* * * * * *
4747 ATAATCTGATAACTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTAT-TTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGA
* * * *
4812 ATGTTTACCTTGAGAAA-ATTGAAGAAAATGGCATTCATTAGGAAG-AAAGTCTATTTATAGCCA
129 ATG-TTACCTCGAGAAACA-TGTAGAAAA-AGCATTCATTAGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-
* * * * * *
4875 TCCATTCCATCAAAAGCCTTATTAGTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAAG
190 TCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * *
4940 TTAAATTTTTTTA-TATATTTTATTAAAACAGACTATATTTGAATACTTATCTTGAGAAACATGT
255 TTGAA-TTTTTTACT-TATTTTATTAAAACAGAATA-AATTGAATGCTTA-CCTGAGAAACATGT
* *
5004 AGAAAAACTCATTTATTTGG
316 AGAAAAACACATTTATTTGT
* *
5024 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTT
* * * * * **
5088 ATAATCTCAAAATTGATTTTGAGCT-ATATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACAGGTTATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAT-TTTTTTTA-TTTTTTGATTAAAACAAATTATAATTG
* * * *
5152 AATGCTTGCCTTG-GAAAACATCTAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
128 AATG-TTACCTCGAG-AAACATGTAGAAAAAG-CATTCATTAGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
*
5216 ACCCATTCCTTC
190 -TCCATTCCTTC
5228 AAANNNNNNN
Statistics
Matches: 733, Mismatches: 119, Indels: 67
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 110 0.15
341 573 0.78
342 45 0.06
343 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (335 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTATTTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAAT
GTTACCTCGAGAAACATGTAGAAAAAGCATTCATTAGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCATT
CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
TTTTTACTTATTTTATTAAAACAGAATAAATTGAATGCTTACCTGAGAAACATGTAGAAAAACAC
ATTTATTTGT
Found at i:5726 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 5427--6412 Score: 691
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 167
5417 NNNNNNNNNN
** * * * * *
5427 ATTTTAAGTTGAATTTTTATACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGATTG-CTTGCCTCAAG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACAT-GAG
* ** *
5491 AAACAT-ATAGAAAAA-GCTATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTGTTCCATTCCTTCA
63 AAACGTGA-AGAAAAAGGC-ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CACCATT-CTTTA
*
5553 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATTG
123 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTG
*
5598 ATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATTATGAGA
1 ATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CATGAGA
* * * *
5663 AATGTGAAGAGAAAA-GCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAGCTATTCTTTCAAAA
64 AACGTGAAGA-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCTTT-AAAA
* * * * *
5727 GCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTCTTATAATCTCATAATTA
126 GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTG
* * * * * * *
5769 ATTTTAAGTAGAATTCTTTACATTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATATCTACCTCA-ACA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATGAGA-A
* * ********** *
5833 AGCAT-AA-AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAGAANNNNNNNNNNAGTCACCCATTGCATTAAAAG
65 A-CGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATT-CTTTAAAAG
*
5896 CCTTATTA-TTGACTTTAAATAGTTTTATAATCTTAA-AATTG
127 CCTTATTACTTG-CTTTAAATGGTTTTATAATC-TAATAATTG
* * * * * *
5937 ATTTTAATTTGAATTCTTTGTGCATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCAACATCAAG
1 ATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACAT-GAG
* * * * *
6002 AAACGTGAAGAAAAATGCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATACTCACACATTCCTTCAAAA
63 AAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATT-CTTTAAAA
* * ********
6067 GCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTNNNNNNNN
126 GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTG
** * * * *
6109 NNTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTACATTGGGA
1 ATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACA-TGAGA
** * * * * * ** *
6174 AATATGAAGCAAAAGCCATCCATT-G-ATACAAAAGTCAATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAA
64 AACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-C-ATTCTTTAAAA
** * *
6237 GCCTTCCTACTTGCTTTTAATGGTTTTATAAACTAATAATTG
126 GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTG
********* * * *
6279 ATTTTAANNNNNNNNNNTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCCTGAGA
1 ATTTTAA-GTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CATGAGA
* * * *
6344 AACATGAAGAAAAAGGCATTCATAGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCATCTATTCCTTTAAAAG
64 AACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATT-CTTTAAAAG
6409 CCTT
127 CCTT
6413 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 620, Mismatches: 162, Indels: 66
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 6 0.01
168 74 0.12
169 14 0.02
170 196 0.32
171 235 0.38
172 91 0.15
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (167 bp):
ATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATGAGAAA
CGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCTTTAAAAGCCTT
ATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTG
Found at i:7019 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6696--7030 Score: 392
Period size: 169 Copynumber: 2.0 Consensus size: 169
6686 TTTTCTTCAC
* *
6696 GTTTCTCGATGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAATGTACAAAAAAATTCGAATTA
1 GTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAATATACAAAAAAATTCGAATTA
* * * * *
6761 AAAGCAATTTTGATATTATGAAACCATTTGAAATCAATAATAAGTCTTTTAATGCAATGGGTGAC
66 AAAGCAATTATGAGATTATGAAACCATTTGAAATCAATAATAAGTCTTTTAAAGCAATGGCTAAC
*
6826 TATAGATGGACTTCTCTAGCCAATGAATACCTTTTTTTAT
131 TATAAATGGACTTCTCTAGCCAATGAAT-CCTTTTTTTAT
* * * * * ***
6866 GTTTGTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAA-ATATAAAAGAATTCTTCTTA
1 GTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAATATACAAAAAAATTCGAATTA
* * *
6930 AAATCAATTATGAGATTAT-AAGACCATTT-AAAGTGAGTAATAAAG-CTTTTAAAAG-AATGGC
66 AAAGCAATTATGAGATTATGAA-ACCATTTGAAA-TCAATAAT-AAGTCTTTT-AAAGCAATGGC
* * *
6991 TAACTATAAATGGACTTCTTTTGCCAATGAATGCTTTTTT
127 TAACTATAAATGGACTTCTCTAGCCAATGAATCCTTTTTT
7031 CTTCANNNNN
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 22, Indels: 10
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 12 0.09
169 81 0.58
170 46 0.33
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
GTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAATATACAAAAAAATTCGAATTA
AAAGCAATTATGAGATTATGAAACCATTTGAAATCAATAATAAGTCTTTTAAAGCAATGGCTAAC
TATAAATGGACTTCTCTAGCCAATGAATCCTTTTTTTAT
Found at i:9041 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 8743--10423 Score: 1516
Period size: 171 Copynumber: 9.9 Consensus size: 169
8733 NNNNNNNNNN
* * * *
8743 TTTTCTTACT-AATGAATGCCTTTTTCTTCATATTT-CTCAAGGTAGACATACAATTATTGTCTG
1 TTTTCTT-CTCAATGAATG-CTTTTTCTACATGTTTCCT-GAGGTAGACATTCAATTATTGTCTG
* * *
8806 TTTTAAT-AAAAAATGTAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAA
63 TTTTAATCAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
*
8870 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGCTTACTATAAATGCAC
127 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG-TGACTATAAATG-AC
* * ** * * *
8915 TTTTCTTCTCAATTAATAGTTTTTTCTACACATTTCCTGAGGTATACAGTCAATTATAGTCTGTT
1 TTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTCTACATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTT
* * * *
8980 TTAATGAAAAAA-GTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
65 TTAATCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* *
9044 AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCGGTGATTATAAATAGAC
130 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAAT-GAC
* * * * * * *
9086 TTTT-TTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTGCACGTTTCCCT-AGCTAGGCATTCAATTATAGCCTG
1 TTTTCTTCT-CAATGAAT-GCTTTTTCTACATGTTT-CCTGAGGTAGACATTCAATTATTGTCTG
* * *
9149 -TTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTGTAAAACCATTTAAA
63 TTTTAATCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * *
9212 GTGAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAATGG-GAAACTATAAATAGAC
128 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTG--ACTATAAAT-GAC
* * ** ** * * *
9256 TTTTCTT-TCAAATAAATGAGTTTTTCTACATGTTTCCCAAGACAAACATTCAATTATGGTCTAT
1 TTTTCTTCTC-AATGAATG-CTTTTTCTACATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGT
* * * *
9320 TTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTGTAAAATCATTTAAAA
64 TTTAATCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
9384 TGAGTAATAAGACTTTTGATGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
129 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAAT-GAC
* ** * *
9427 TTTTCTTAC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTT-CTTAGGGCAGACATTCAATTATTGTCTG
1 TTTTCTT-CTCAATGAATG-CTTTTTCTACATGTTTCCTGA-GGTAGACATTCAATTATTGTCTG
* * * * * *
9490 TTTTAACCAAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTTTCAAATGATAAAACCATTTAA
63 TTTTAATC-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
** * *
9555 AGCGAGTAATAATCCTTTTGAAGGAATGGTCAACTATAAACAGAC
127 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGT-GACTATAAA-TGAC
*
9600 TTTTCTTGCT-AATGAATGCTCTTTTCTTCATGTTTCTCT-AGGTAGACATTCAATTATTG-CAT
1 TTTTCTT-CTCAATGAATGCT-TTTTCTACATGTTTC-CTGAGGTAGACATTCAATTATTGTC-T
* * *
9662 ATTTTAA-CAAAAAATGT-ACAAAATTCAACTTAAAATCAATCAATTATGAGATTATAGAACCAT
62 GTTTTAATCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT---TT-TGAGATTATAAAACCAT
* * *
9725 TTAAAGC--G-----A-G---TTGAAGCAATGGGAGACTATAAGTGGAC
123 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAAT-GAC
* * * ** * * * *
9763 TTTTCTTAC-AAATAAATGAGTTTTTCTACATGTTTTTTGTGGCAAACATTCAATTATAGTCTGT
1 TTTTCTT-CTCAATGAATG-CTTTTTCTACATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGT
* * * *
9827 TTTAAT-GAAAAATATAAAACAAAATCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAGCCA-TTAAA
64 TTTAATCAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * *
9890 GTGAGTAATGAGGCTTTTGATGGAATAGGTGACTATAAATGGAA
128 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAAT-GAC
* * * * * * * * *
9934 TTTTCTTCCCAATAAATGTGTTTTTCTGCATGTTTCTTGAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTATT
1 TTTTCTTCTCAATGAATG-CTTTTTCTACATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTT
* * * *
9999 TTAAT-GAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGC
65 TTAATCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* *
10063 GAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATGGGTGATTATAAATGGAC
130 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAAT-GAC
* * *
10105 TTTTCTTATCAATGAATGCCCTTTTC-ATCATGTTT-CTCAGGGTAGACATTCAATTATTGTCTG
1 TTTTCTTCTCAATGAATG-CTTTTTCTA-CATGTTTCCTGA-GGTAGACATTCAATTATTGTCTG
*
10168 TTTTAA-CAAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
63 TTTTAATCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * *
10232 GCAAGTAATAAGACTTTTGATGGAATGGGTGACTATAAATGAGC
128 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGA-C
* ** *
10276 TTTTCTTGC-CAATGAATGCCCTTTTCTTTATGTTT-CTCAAGGTAGGA-ATTCAATTATTGTCT
1 TTTTCTT-CTCAATGAATG-CTTTTTCTACATGTTTCCT-GAGGTA-GACATTCAATTATTGTCT
* * * * **
10338 GTTTTAAT-AAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAGTTATGAGATTATAAAAATATTTAA
62 GTTTTAATCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
*
10402 AGCGAGTAATAAGCCTTTTGAA
127 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
Statistics
Matches: 1263, Mismatches: 180, Indels: 133
0.80 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
160 6 0.00
161 14 0.01
162 4 0.00
163 77 0.06
164 6 0.00
165 19 0.02
167 2 0.00
168 2 0.00
169 11 0.01
170 190 0.15
171 687 0.54
172 76 0.06
173 146 0.12
174 21 0.02
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TTTTCTTCTCAATGAATGCTTTTTCTACATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTT
TAATCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTGACTATAAATGAC
Found at i:9232 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 8743--10423 Score: 1615
Period size: 341 Copynumber: 4.9 Consensus size: 338
8733 NNNNNNNNNN
* ** * * * *
8743 TTTTCTTACTAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATACAATTATTGTCTGTT
1 TTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTC-TCACGTTTCCCTAGGCAGACATTCAATTATTGTCTGTT
* * * *
8808 TTAATAAAAAATGTAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGC
65 TTAATCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* *
8873 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGCTTACTATAAATGCACTTTTCTTCTCAATTAATAGTTTT
129 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG-TAACTATAAATG-ACTTTTCTTCTCAATAAAT-GTTTT
** * * * * * *
8938 TTCTACACATTTCCTGAGGTATACAGTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAAAGTAAAAAAAAT
191 TTCTACATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAAATT
*
9003 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
256 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * *
9068 CGGTGATTATAAATAGAC
321 GGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
9086 TTTTTTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTGCACGTTTCCCTA-GCTAGGCATTCAATTATAGCCTG-
1 TTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCT-CACGTTTCCCTAGGC-AGACATTCAATTATTGTCTGT
* * * *
9149 TTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTGTAAAACCATTTAAAGT
64 TTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
9214 GAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAAACTATAAATAGACTTTTCTT-TCAAATAAATGAGTT
129 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTAACTATAAAT-GACTTTTCTTCTC-AATAAATG-TTT
* ** * * *
9278 TTTCTACATGTTTCCCAAGACAAACATTCAATTATGGTCTATTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAA
190 TTTCTACATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAAA-GTAAAAAAA
* * ** * *
9342 TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTGTAAAA-TCATTTAAAATGAGTAATAAGACTTTTGATGG
254 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
9406 AATGGGTGACTATAAATGGAC
318 AATGGGTGACTATAAATGGAC
* *
9427 TTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTT-CTTAGGGCAGACATTCAATTATTGTCTGT
1 TTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTC-TCACGTTTCCCTA-GGCAGACATTCAATTATTGTCTGT
* * * * * *
9491 TTTAACCAAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTTTCAAATGATAAAACCATTTAAA
64 TTTAATC--AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
** * *
9556 GCGAGTAATAATCCTTTTGAAGGAATGGTCAACTATAAACAGACTTTTCTTGCT-AATGAATGCT
127 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGT-AACTATAAA-TGACTTTTCTT-CTCAATAAATG-T
* * * *
9620 CTTTTCTTCATGTTTCTCT-AGGTAGACATTCAATTATTG-CATATTTTAA-CAAAAAATGT-AC
188 TTTTTCTACATGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAGTC-TATTTTAATCAAAAAA-GTAAA
* *
9681 AAAATTCAACTTAAAATCAATCAATTATGAGATTATAGAACCATTTAAAGC--G-----A-G---
250 AAAATTCAACTT--AA--AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * *
9735 TTGAAGCAATGGGAGACTATAAGTGGAC
311 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* * ** * ** * * *
9763 TTTTCTTACAAATAAATGAGTTTTTCTACATGTTT-TTTGTGGCAAACATTCAATTATAGTCTGT
1 TTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCT-CACGTTTCCCT-AGGCAGACATTCAATTATTGTCTGT
* * * *
9827 TTTAATGAAAAATATAAAACAAAATCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAGCCA-TTAAAG
64 TTTAATCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
9891 TGAGTAATGAGGCTTTTGATGGAATAGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTCCCAATAAATGTGTT
128 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTAACTATAAAT-GACTTTTCTTCTCAATAAATGT-TT
* * * * * *
9956 TTTCTGCATGTTTCTTGAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATA-TAAAAAAA
190 TTTCTACATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAA-AGTAAAAAAA
* * * * *
10020 TTCAACTTAAAATAAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGATGGA
254 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
*
10085 ATGGGTGATTATAAATGGAC
319 ATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
10105 TTTTCTTATCAATGAATGCCCTTTTCATCATGTTTCTC-AGGGTAGACATTCAATTATTGTCTGT
1 TTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTC-TCACGTTTCCCTA-GGCAGACATTCAATTATTGTCTGT
*
10169 TTTAA-CAAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
64 TTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * **
10233 CAAGTAATAAGACTTTTGATGGAATGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGC-CAATGAATGCCC
128 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTAACTATAAATGA-CTTTTCTT-CTCAATAAATG-TT
** * *
10297 TTTTCTTTATGTTT-CTCAAGGTAGGA-ATTCAATTATTGTCTGTTTTAAT-AAAAAACGTAAAA
189 TTTTCTACATGTTTCCT-AAGGTA-GACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAAA-GTAAAA
* * * *
10359 AAATTCAACTTAAAATTAGTTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAA
251 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
Statistics
Matches: 1095, Mismatches: 183, Indels: 121
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
331 29 0.03
333 6 0.01
334 101 0.09
335 54 0.05
336 81 0.07
338 1 0.00
339 1 0.00
340 15 0.01
341 298 0.27
342 268 0.24
343 66 0.06
344 144 0.13
345 4 0.00
346 1 0.00
347 26 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (338 bp):
TTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTCACGTTTCCCTAGGCAGACATTCAATTATTGTCTGTTT
TAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTAACTATAAATGACTTTTCTTCTCAATAAATGTTTTTTCTA
CATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACT
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
ACTATAAATGGAC
Found at i:10139 original size:849 final size:849
Alignment explanation
Indices: 8743--10423 Score: 2126
Period size: 849 Copynumber: 2.0 Consensus size: 849
8733 NNNNNNNNNN
*
8743 TTTTCTTACTAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATACAATTATTGTCTGTT
1 TTTTCTTACTAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATACAATTATTGTCTATT
* *
8808 TTAATAAAAAATGTAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGC
66 TTAACAAAAAATGT-AAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
** * *
8873 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGCTTACTATAAATGCACTTTTCTTCTCAATTAATAGTTTT
130 GAGT-ATAAGGCTAATG-AGGAA-GG--TACTATAAATGCACTTTTCTTCTAAATAAATAGTTTT
* *
8938 TTCTACACATTTCCTGAGGTATACAGTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAAAGTAAAAAAAAT
190 TTCTACACATTTCCTGAGGCAAACAGTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAAAGTAAAAAAAAT
*
9003 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
255 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * * * * *
9068 CGGTGATTATAAATAGACTTTTTTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTGCACGTTTCCCTAGCTAGGC
320 AGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTCCCAATAAATGGCTTTTTCTGCACGTTTCCCTAGCTAGGC
* * * * *
9133 ATTCAATTATAGCCTGTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTG
385 ATTCAATTATAGCCTGTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTTTGAGATTA
* * *
9198 TAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAAACTATAAATAGACTTTTCTT
450 CAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAAACTATAAATAGACTTTTCTT
**
9263 TCAAATAAATGAGTTTTTCTACATGTTTCCCAAGACAAACATTCAATTATGGTCTATTTTAACAA
515 TCAAATAAATGACCTTTTCTACATGTTTCCCAAGACAAACATTCAATTATGGTCTATTTTAACAA
* * **
9328 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTGTAAAATCATTTAAAATGAGTAATA
580 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATA
*
9393 AGACTTTTGATGGAATGGGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
645 AGACTTTTGATGGAATGGGTGACTATAAATGAG-CTTTTCTTACCAATGAATGCCCTTTTCTTCA
* * * *
9457 CATTTCTTAGGGCA-GACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAAAATGTAAAAAAATTTAAC
709 CATTTCTCAAGGCAGGA-ATTCAATTATTGTCTGTTTTAA--AAAAAAACGTAAAAAAATTCAAC
* * *
9521 TTAAAATCAGTTTTCAAATGATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATCCTTTTGAAGGAATGGTC
771 TTAAAATCAGTTATCAAATGATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGTC
9586 AACTATAAACAGAC
836 AACTATAAACAGAC
* * * *
9600 TTTTCTTGCTAATGAATG-CTCTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGTAGACATTCAATTATTG-CATA
1 TTTTCTTACTAATGAATGCCT-TTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATACAATTATTGTC-TA
* * *
9663 TTTTAACAAAAAATGT-ACAAAATTCAACTTAAAATCAATCAATTATGAGATTATAGAACCATTT
64 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATCAACTT--AA--AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* *
9727 AAAGCGAGT-TGAA-GC-AATG-GG-A-G-ACTATAAGTGGACTTTTCTTAC-AAATAAATGAG-
125 AAAGCGAGTAT-AAGGCTAATGAGGAAGGTACTATAAATGCACTTTTCTT-CTAAATAAAT-AGT
** ** * *
9783 TTTTTCTACATGTTTTTTGTGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATA-TAAAAC
187 TTTTTCTACACATTTCCTGAGGCAAACAGTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAA-AGTAAAA-
* * ** * *
9847 AAAATCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAGCCA-TTAAAGTGAGTAATGAGGCTTTTGAT
250 AAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * *
9911 GGAATAGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTCCCAATAAATGTG-TTTTTCTGCATGTTT-CTTGA
315 GGAATAGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTCCCAATAAATG-GCTTTTTCTGCACGTTTCCCT-A
* * *
9974 GGC-AGGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATT
378 -GCTAGGCATTCAATTATAGCCT-GTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATT
** ** * *
10038 TTGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATGGGTGATTATAAATGG
441 TTGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAAACTATAAATAG
* * * * ** * *
10103 ACTTTTCTTATC-AATGAATGCCCTTTTC-ATCATGTTTCTCAGGGTAGACATTCAATTATTGTC
506 ACTTTTCTT-TCAAATAAATGACCTTTTCTA-CATGTTTCCCAAGACAAACATTCAATTATGGTC
* * *
10166 TGTTTTAACAAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
569 TATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
* *
10231 AGCAAGTAATAAGACTTTTGATGGAATGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGCC
634 AACAAGTAATAAGACTTTTGATGGAATGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTACCAATGAATGCC
* ** * *
10296 CTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGGAATTCAATTATTGTCTGTTTTAATAAAAAACGTAAAAAA
699 CTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAGGAATTCAATTATTGTCTGTTTTAAAAAAAAACGTAAAAAA
* * * * *
10361 ATTCAACTTAAAATTAGTTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAA
764 ATTCAACTTAAAATCAGTTATCAAATGATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAA
Statistics
Matches: 711, Mismatches: 94, Indels: 48
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
847 70 0.10
848 167 0.23
849 338 0.48
850 5 0.01
851 1 0.00
853 1 0.00
854 2 0.00
855 12 0.02
856 5 0.01
857 73 0.10
858 2 0.00
859 35 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (849 bp):
TTTTCTTACTAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATACAATTATTGTCTATT
TTAACAAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
AGTATAAGGCTAATGAGGAAGGTACTATAAATGCACTTTTCTTCTAAATAAATAGTTTTTTCTAC
ACATTTCCTGAGGCAAACAGTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAAAGTAAAAAAAATCAACTT
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGA
CTATAAATAGAATTTTCTTCCCAATAAATGGCTTTTTCTGCACGTTTCCCTAGCTAGGCATTCAA
TTATAGCCTGTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTTTGAGATTACAAAAC
CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAAACTATAAATAGACTTTTCTTTCAAAT
AAATGACCTTTTCTACATGTTTCCCAAGACAAACATTCAATTATGGTCTATTTTAACAAAAAATA
TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGACTT
TTGATGGAATGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTACCAATGAATGCCCTTTTCTTCACATTTCT
CAAGGCAGGAATTCAATTATTGTCTGTTTTAAAAAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAG
TTATCAAATGATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGTCAACTATAAAC
AGAC
Done.