Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403276.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_951.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5187
ACGTcount: A:0.29, C:0.12, G:0.10, T:0.30
Warning! 933 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1313 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 525--1764 Score: 1124
Period size: 342 Copynumber: 3.6 Consensus size: 338
515 NNNNNNNNNN
* * *
525 CTTATTACTCACTTTAAAGAGTTTTATAATCTCATAACTTATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATT
1 CTTATTACTCGCTTTAATG-GTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * * *
589 TTTAGTTAAAACAGACAATAATTAAATGTCCACCTCGAGAAACATAAAAAGAGAGCCATTCATAG
65 TTTAGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAGAGAGCCATTCATTG
* * ** *
654 GCAAGAAAAGACTATTTATATTCAGCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
130 GAAAGAAAAGACTATTTATATTCACCCATG-CTTTTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
* * **
719 TATAATTTCATAACTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGA
194 TATAATCTCATAACTGACTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGA
* * *
784 ATGTTTACCTCGAGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTAGCACGAAAGGCCTATTATAGTCAAC
259 ATGTCTACCTCAAGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAGGCCTATTATAGTCAAC
* * *
849 CATGTCTTTAAAAGC
324 CACGTATTCAAAAGC
* * *
864 CTTATTAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTTAA-TTTACGTTGAATTTTTTTATAT
1 CTTATTACTCGCTTT-AATGGTTTTATAATCTCATAAC-TAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-
* * *
928 TTTTTA-TTAAAACAGATAATAATTAAATCTTTACCTTGAGAAACATTAAGAGAGAGCCATTCAT
63 TTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAGAGAGCCATTCAT
*
992 TGGAAAGAAAAGACTATTTATAGTCACCCATGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GN
128 TGGAAAGAAAAGACTATTTATATTCACCCATGCTTTT-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-
********* * *
1056 NNNNNNNNNCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAGTAA
191 TTTTATAATCTCATAACTGACTTTAAGTTAAATTTT-TTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAA
* ********** * *
1121 TTGAATGTCTGCCTCAAGAAANNNNNNNNNNAAGGCATTCATT-GACAAGAAAAGTCC-ACTTAT
255 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTAG-CAAG-AAAGGCCTA-TTAT
1184 AGTC-ACTCACGTATTCAAAAGC
317 AGTCAAC-CACGTATTCAAAAGC
* * *
1206 CTTATTACTCGCTTTATATGGTTCTACAATCTCATAA-TAGATTTTAATTTGAATTTTTTTACAT
1 CTTATTACTCGCTTTA-ATGGTTTTATAATCTCATAACTA-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * *
1270 TTTTGGTTAAAACAGATTATCACTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-T
64 TTTTAGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAGAGAGCCATTCATT
* * * * * **********
1334 CGATAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCNNNNNNNNNN
129 GGA-AAGAAAAGACTATTTATATTCACCCATG-CTTTTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
* * * * * *
1399 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTCACATTTTTAGATAAAATAGATAATAGT
192 TTTATAATCTCATAACTGACTTTAAGTTAAATTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAAT
* * * * * * * * *
1464 AGATTGTTTACCTTAAGAAACGTGA-AGAAAAATCTATTCATTTA-CAATAAAAGCCTACTTATA
256 TGAATGTCTACCTCAAGAAACAT-ATAGAAAAAGCCATTCA-TTAGCAAGAAAGGCCTA-TTATA
* * ***
1527 GTC-ACCTAAGTCTTTGGAAGC
318 GTCAACC-ACGTATTCAAAAGC
* *
1548 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACCT-ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT
1 CTTATTACTCGCTTT-AATGGTTTTATAATCTCATAA-CTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-
* * * * *
1612 TTTTTA-TTAAAATAGGTAATAATTGAATCTCTACCTAGAGAAACATGAAA-AGAGAGCCATTCA
63 TTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACAT-AAAGAGAGAGCCATTCA
* * * * *
1675 TTGGAAAGAAAAGGCTATTTATAGTCACCCATGCCCTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
127 TTGGAAAGAAAAGACTATTTATATTCACCCATG-CTTTTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* *
1740 TTTTCTAATCTCATAACTGATTTTA
191 TTTTATAATCTCATAACTGACTTTA
1765 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 712, Mismatches: 159, Indels: 57
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 45 0.06
340 142 0.20
341 84 0.12
342 423 0.59
343 17 0.02
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (338 bp):
CTTATTACTCGCTTTAATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
TTAGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAGAGAGCCATTCATTGG
AAAGAAAAGACTATTTATATTCACCCATGCTTTTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
TAATCTCATAACTGACTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAAT
GTCTACCTCAAGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAGGCCTATTATAGTCAACCA
CGTATTCAAAAGC
Found at i:1333 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 525--1764 Score: 1008
Period size: 171 Copynumber: 7.3 Consensus size: 170
515 NNNNNNNNNN
* *
525 CTTATTACTCACTTTAAA-GAGTTTTATAATCTCATAACTTATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACAT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * *
588 TTTTAGTTAAAACAGACAATAATTAAATGTCCACCTCGAGAAACAT-AA-AAAGAGAGCCATTCA
65 TTTTAGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAA-A-AGCCATTCA
* * * * *
651 TAGGCAAGAAAAGACTATTTATATTCAGCCATGCCTTCAAAAGC
128 TTGACAAGAAAAGACCATTTATAGTCA-CCATGTCTTCAAAAGC
* * * *
695 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAACTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* *
759 TTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACAT-ATAGAAAAAGCCATTCATT
66 TTTAGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATT
* * *
823 -AGCACG-AAAGGCC-TATTATAGTCAACCATGTCTTTAAAAGC
130 GA-CAAGAAAAGACCAT-TTATAGTC-ACCATGTCTTCAAAAGC
* * * * *
864 CTTATTAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTTAATTTACGTTGAATTTTTTTATATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-T
* * * * * * *
929 TTTTA-TTAAAACAGATAATAATTAAATCTTTACCTTGAGAAACATTAAGAGAGAGCCATTCATT
65 TTTTAGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
* **
993 GGA-AAGAAAAGACTATTTATAGTCACCCATG-CTTTTGAAAGC
130 -GACAAGAAAAGACCATTTATAGTCA-CCATGTC-TTCAAAAGC
* ********** * *
1035 CTTATTACTCACTTTAAATGNNNNNNNNNNCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * * ********** *
1100 TTTAGTTAAAATAGATAGTAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAANNNNNNNNNNAAGGCATTCATTG
66 TTTAGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * *
1165 ACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCACGTATTCAAAAGC
131 ACAAGAAAAGACCATTTATAGTCAC-CATGTCTTCAAAAGC
* * * *
1206 CTTATTACTCGCTTTATATGGTTCTACAATCTCATAA-TAGATTTTAATTTGAATTTTTTTACAT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACT-GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * *
1270 TTTTGGTTAAAACAGATTATCACTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATC
65 TTTTAGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * *
1335 GATAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCCTTCTAAAGC
130 GACAAGAAAAGACCATTTATAGTCA-CCATGTCTTCAAAAGC
********** * * *
1377 CTTATTACTCGCNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTCACATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * * ** * * *
1442 TTTAGATAAAATAGATAAT-AGTAGATTGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAATCTATTCATT
66 TTTAGTTAAAATAGATAATAATTA-AATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * ***
1506 TACAATAAAAG-CCTACTTATAGTCACCTAAGTCTTTGGAAGC
130 GACAAGAAAAGACC-ATTTATAGTCACC-ATGTCTTCAAAAGC
* *
1548 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACCT-ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-CTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-
* * * * *
1612 TTTTTA-TTAAAATAGGTAATAATTGAATCTCTACCTAGAGAAACATGAA-AAGAGAGCCATTCA
64 TTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAA-AAAGCCATTCA
* * * *
1675 TTGGA-AAGAAAAGGCTATTTATAGTCACCCATGCCCTT-GAAAGC
128 TT-GACAAGAAAAGACCATTTATAGTCA-CCATG-TCTTCAAAAGC
* *
1719 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAACTGATTTTA
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTA
1765 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 837, Mismatches: 198, Indels: 69
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 80 0.10
170 183 0.22
171 550 0.66
172 23 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
TTTAGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
ACAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCATGTCTTCAAAAGC
Found at i:2731 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2433--5184 Score: 1850
Period size: 171 Copynumber: 16.0 Consensus size: 171
2423 NNNNNNNNNN
* *
2433 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAATTTAAACA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA
* * * ** * *
2497 TA-TAGTAATTGAATGTCTGCC-TCAGGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGT
66 GATTA-TAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT
* * **
2560 CCACTTATAGTCACCCACGTATTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
129 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* ** * * *
2603 TTATATGGTGCTACAATCTCATAA-TAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAC
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAACT-GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
* * * *
2667 AGATTATAA-CGAAATGTCTACCTTGAGAAACAAGAAGAAAAAGCCATTTATCGACAAGAAAAGT
65 AGATTATAATTG-AATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT
* *
2731 CCATTTATAGTCACCCTTGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCT
129 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * ********** *
2774 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG-NNNNNNNNNNAAGTTTTTTTATATTTTTGGA-TAAAA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTT-GATTAAAA
* * * * * * * * * *
2837 TAGATAATAGTAGATTGTCAACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTTACAACAAAAG-
64 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT
* * * ** *
2901 CCTATTTATAGTCGCCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACT
129 CC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * ***
2945 TTAAATAGTTTTAAAATCTCATAA-TTATTTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTGGGCAAAAC
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
* * * * * **
3009 AGATAATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAGCCATT-TTTCGGTAAGAAAAGT
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GACAAGAAAAGT
* *
3073 TCATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
129 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
********************* * *
3116 TTAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAAT
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAAC
* * * * * *
3180 AGATAATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACAT-ATAGAGAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGA
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT
* * *
3244 CTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCT
129 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * * *
3287 TCAAATAGTTTTATCATCTCATAACTTATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA
* * * * *
3352 GATAATAATTGAATGT-TCACCTTGAGAAACTTGAAGAGAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGAC
66 GATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * **
3416 TACTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTAACT
130 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * *
3458 TTCAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTTCATTTTT-AGGTAAAA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGA-TTAAAA
* * * * * *
3522 TAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACAT-ATAGAAAGAGCTATTCATTGGCACA-AAAA
64 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGACA-AGAAAA
* *
3585 G-CC-TATTACAGTCAACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
127 GTCCAT-TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * *
3629 TTAAATGGTTTTGTAATCTCATAACTTATTTTAAGCTGAATTTTTTT-TATTTTT-AGTTAAAAC
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAAC
* * * * *
3692 AGA-TAGTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAATGAAGAGAGAGCCATTCATTGTCAAGAAAAGA
65 AGATTA-TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT
* * ** * *
3756 CTATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTTATTACTCACC
129 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC----TTATTACTCGCT
* * * * * *
3803 TTATATGGTTTTCTAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGGATTCTCTTACATTTTT-AGTTAAAAT
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAAC
* * * *
3867 AGA-TAGTAATTGAATATATACCTT-AGAAAACATAAAGAAAAAGCCATTTATTGGA-AAGAAAA
65 AGATTA-TAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GACAAGAAAA
3929 GTCCATTTATAGTCACCC--GCATCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
127 GTCCATTTATAGTCACCCATGC--CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * * * *
3974 TTGAATGGTTTCACAATCTCATAA-TCAATTTAAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAACT-GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
* * * * * ********** *
4038 AAATTATGACTAAATGTCTACCTCGAGAAACA-NNNNNNNNNNCCATTCA-TCAGCAAGAAAAGT
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGT
* * *
4101 CTC-TTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCGTTATTGCTCGCT
129 C-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * * * * *
4144 TTGAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAACCA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA
* * * * * * * * *
4209 AATAATAATTGAATGTTTACCTTCAGAAACGTGAGGAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-ACC
66 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
* * * ** *
4273 TATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTACTGTTCGCC
131 -ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * *
4315 TTATATGGTTTTATAATCTCATAATTACAATCTCATAA-TTGNNNNNNNNNNGAATTTTTTTACA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAACT--GAT-T-TTAAGTT-----------GAATTTTTTTACA
* * * * * ** **
4379 ATTTTGGTTAAAATAGATTATAACTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA-AGAAGTGCCATTCA
51 TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCA
* * * **********
4443 TTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATTGTCACCCAAGCCTTCNNNNNNNNNNTTACTCGCT
115 TTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
** * * * *
4500 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTGTGTTGAA-TTTTTTACATTTTGGGTTTAACCA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA
* *
4564 GA-TAGTAAATGAATGTCTGA--TTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-AGCAAGAAAA
66 GATTA-TAATTGAATGTCT-ACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAA
* * * **
4625 GTCCACTTATGGTCACCCACGTATTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
127 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * * * *
4670 TTATATAGTTCTACAATCTCAT-AGTAGATTTTAATTTGAATTTGTTTTATATTTTT-AGTTAAA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAACT-GATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGA-TTAAA
* * * * * * * *
4733 ACAGGTTATCACTAAATGTATACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCGACAAGAAATG
63 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
* * * *****
4798 TCTATTTATATTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACNNNNN
128 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
***** * * * * *
4842 NNNNNTGATTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTT-ATATAAAAT
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGAT-TAAAAC
* ** * * * ** * * * *
4906 AGATAATCGTGGATTGTCTATCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCTATACATTTACAAGAAAAG-C
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * *
4970 CTATTTATTGTCACCAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTTGCT
130 C-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * * *
5013 TTAAATAGTTTTAT-ATCTCATAACTTATTTTAAGTTGAATATTTGTATATTTTTGGTTAAAACA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA
* * ** * * * * * *
5077 GATAATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAGAAAGTCATTCATTGGCAATAAAAGACT
66 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
* * *
5142 ACTTATAGTCACTCATGCCTTCAGAAGCCTTATTACTCGCT
131 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
5183 TT
1 TT
5185 TAG
Statistics
Matches: 1987, Mismatches: 502, Indels: 186
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 73 0.04
170 445 0.22
171 973 0.49
172 206 0.10
173 13 0.01
174 55 0.03
175 89 0.04
176 1 0.00
181 1 0.00
182 3 0.00
183 2 0.00
184 1 0.00
185 122 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA
GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
Done.