Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397856.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1160.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.29, C:0.10, G:0.10, T:0.29
Warning! 7715 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1553 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1137--2936 Score: 1799
Period size: 171 Copynumber: 10.5 Consensus size: 169
1127 NNNNNNNNNT
* ** * * * *
1137 TTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACATACAATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACGTGAAGAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAACATGAAGAAAA
* * * * *
1202 ACGCATTCATTGACAAGCAAGGTCCATTTATTGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
65 A-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
1267 TTTAAATAG--TTATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTCAA
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * *
1306 TTTTTTTTTAC-TTTTTTGCTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAA-AGTGAAG
1 --TTTTTTTACATTTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAACA-TGAAG
* * * * *
1369 AAAAAGAGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTAACCCATTTCATCAAAA-CCTTATTAC
61 AAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * *
1433 TCGCTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA
125 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * *
1478 TGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTATCCT-ATGAAACATGTACAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CCTCA-GAAACATGAAGAAA
* * * * *
1542 AAGCCATTCATTAAG-AAGAATAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTT
64 AAG-CATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
*
1606 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
127 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * *
1649 TTTTTTTAGATTTTTTGTTAAAATAGA-TAATAATTGAATGTGTACCTCGAGTAACGTAAAGAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAACATGAAGAAA
* * * * * *
1713 AAGCATTCATCGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTTGC
64 AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* *
1778 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAAGTTGAA
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
** * *
1819 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACACA-TAATAATTGAATG-CGTACCTTGAGAAACATGAAGAA
1 TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTC-TACC-TCAGAAACATGAAGAA
* * * *
1882 AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTAAAAAGGCTTATTACTCT
63 AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
** * * * *
1947 CTTTAAATCATTTAATAATCTCATAACTGACTTTAAGTTAAA
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
*
1989 TTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAACATGAAGAAA
* * * * *
2053 ATGAG-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCTCCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
64 A--AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * *
2117 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTCAA
127 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * *
2160 TTTTTTTTAC-TTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGTATGTTTATCTCAAGAAAAAT-ACAGA
1 -TTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAACATGA-AGA
* * * * * *
2223 AAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATATTAACCTATTCTTTCAAAA-CCTTATTACT
62 AAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
*
2287 CGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTG-A
126 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA
* * * * * * * ** *
2330 TTGTTCTTACATTTTTTATTAAAACATACTATAATTGAATTTTTACTTTAGAAAACGTGTGGAAT
1 TT-TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAG-AAACATGAAGAAA
** *
2395 AAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCG
64 AAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * *
2460 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAATTTGAA
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* ** * * *
2502 TTTTTTTACACTTTTGGTTAACACAGACTATAATTTAACGTCTACCTCAAGAAA-AGTGAAGAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAACA-TGAAG-AA
* * * *
2566 AAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCG
63 AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
*
2631 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTCAAA
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TT-GAA
* * * *
2674 TTCTTTTACA-TTATTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAACATGAAGAAA
* * * * * * * **
2738 GAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACTCATTCTTTTAAAAGCCTTATTGCTTA
64 AAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * *
2802 CTTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTGGAA
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * *
2844 GTTTTTTACACTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGGT-TGCCTTGAGAAACATGTAGAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAAT-GTCTACC-TCAGAAACATGAAGAAA
** *
2908 AATTAATTCATTGGCAAGAAAAATCCATT
64 AA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
2937 CTGGCTTTAA
Statistics
Matches: 1356, Mismatches: 222, Indels: 102
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 12 0.01
170 546 0.40
171 595 0.44
172 203 0.15
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAACATGAAGAAAAA
GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
Found at i:2506 original size:513 final size:510
Alignment explanation
Indices: 1137--5046 Score: 2579
Period size: 513 Copynumber: 7.7 Consensus size: 510
1127 NNNNNNNNNT
** * * ** *
1137 TTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACATACAATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACGTGAAGAAAA
1 TTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGT-AAGAAAA
* * * * *
1202 ACGCATTCATTGACAAGCAAGGTCCATTTATTGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
65 AGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
1267 TTTAAATAG--TTATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTCAATTTTTTTTTAC-TTTTTTGCTTAA
130 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-GTTTTTTTACATTTTTT-ATTAA
* * * ** *
1329 AATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAAA-GTGAAGAAAAAGAGATTCATTGGCAAGAAA
193 AACAAACTATAATTGAATGTTTA-CTTTAGAAAACGTGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAA
* * * * * *
1393 AGTCCATTTGTAGTAACCCATTTCATCAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAATCT
256 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTAATAATCT
* * * * *
1457 CATAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGCCT
321 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCT
** * * * *
1521 ATCCT-ATGAAACATGTACA-AAAAGCCATTCATTAAGAAGAATAGTCTATTTATAGTCACCCAT
385 A-CCTCA-GAAACATG-A-AGAAAAGAGATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCAT
* * * *
1584 TCCTTCAAAAGCCATATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
446 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA
* * * * *
1649 TTTTTTTAGATTTTTT-GTTAAAATAGATAATAATTGAATGTGTACCTCGAGTAACGTAAAGAAA
1 TTTTTTTA-CTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGT-AAGAAA
* ** * * * *
1713 AA-GCATTCATCGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTTG
64 AAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* **
1777 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTTACATTTTTTATTAAA
* ** * *
1841 ACACA-TAATAATTGAATGCGTACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAA
194 ACAAACT-ATAATTGAATGTTTACTTTAGA-AAACGTGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * *
1904 GTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTAAAAAGGCTTATTACTCTCTTTAAATCA-TTTAATAATCT
257 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTAATAATCT
* *
1968 CATAACTGACTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTA
321 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTA
* * *
2033 CCTCGAGAAACATGAAGAAAATGAGATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCTCCTATTCC
386 CCTC-AGAAACATGAAGAAAA-GAGATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCC
* * *
2098 TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTCAA
449 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA
* * * * **
2160 TTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGTATGTTTATCTCAAGAAAAATACAGAAA
1 -TTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTA-AGAAA
* * *
2225 AAGGCATTCATTGGA-AAGAAAAGTCTATTTATATTAAC-CTATTCTTTCAAAA-CCTTATTACT
64 AAGGCATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT
* * *
2287 CGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTG-A-TTGTTCTTACATTTTTTAT
127 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTTAAGTTGAAGTT-TTTTTACATTTTTTAT
* * ** * **
2349 TAAAACATACTATAATTGAATTTTTACTTTAGAAAACGTGTGGAATAAGCCATTCATTGATAAGA
190 TAAAACAAACTATAATTGAATGTTTACTTTAGAAAACGTGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGA
* *
2414 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
254 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTAATAAT
* * * * * * * *
2479 CTCATATTTGATTTTAATTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAACACAGACTATAATTTAACGTC
319 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTC
*
2544 TACCTCAAGAAA-AGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCAT
384 TACCTC-AGAAACA-TGAAGAAAAGAG-ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCAT
*
2608 TCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTCA
446 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTC-
2672 AA
509 AA
* * * *
2674 TTCTTTTACATTATTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAG
1 TTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGT-AAGAAAA
** * * **
2739 AGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACTCATTCTTTTAAAAGCCTTATTGCTTAC
65 AGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
2803 TTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTGGAAG-TTTTTTACACTTTTCATTAAAA
130 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTTACATTTTTTATTAAAA
* * * * * ** *
2867 CAAACTATAATTGAATGGTTGCCTT-GAGAAACATGTAGAAAAATTAATTCATTGGCAAGAAAAA
195 CAAACTATAATTGAATGTTTACTTTAGA-AAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * *
2931 TCCA-TTCT-G----GC--T--TT--AAAG-GTT-TTA-------T--A-A-TCTCATAA--T--
258 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCA
* * * * * * *
2967 TGA-T--TTTAAAT-TCAATTTTTTATA-A-TTTTAGTTAAGACAGACAATAATTAAATGCCTAC
323 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTAC
** * * *
3026 CTCTAGAAACATGTGAA-AAAAGCCATTCATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAG-----------
387 CTC-AGAAACA--TGAAGAAAAGAGATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCC
********************************** *
3079 -TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
449 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA
** * * * * * *
3140 -TTTTTTACACTTTTGGTTAAAAAATACTATAATTGAATGTTTACCTCTAGAAACGTGAAGAAAA
1 TTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGT-AAGAAAA
* * * * *************************
3204 AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCAC-CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
65 AGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCG
**** * * * *
3268 NNNNAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTTA-ATTTTTTGCTTAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTTACATTTTTT-ATTAA
* * * * * * * *
3332 AACAGATTATAATTGAATGTTTAC--GACGAGAAACAT-ATAGAAAAACCCATTTATTTGAAAGA
193 AACAAACTATAATTGAATGTTTACTTTA-GA-AAACGTGA-AGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGA
* * * ** *
3394 AAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCCATAAAT-GATTTTATAA
254 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTAATAA
* * * * *
3458 TCTCATAATTG-TATTTAAGTT-GATTTGTTTTTCATTTTTTA-TTCAAACAGACTATTATTGAA
318 TCTCATAATTGAT-TTTAAGTTAAATTT-TTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAA
* * * * * ** ** *
3520 TGCCTACATCAATAAACGTGTAGAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTC
380 TGTCTACCTC-AGAAACATGAAGAAAAGAGATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCC
* * * * * *
3585 ATTCCTCCAAAAACCTTGTTACTCACTATAAATGGTTTTA-AAT-TC-TCA-T-ATTTTAAGTT-
444 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTC
3644 AA
509 AA
* * * * * * *
3646 ATTTTTTACGTTTCTTA-TTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACTTCAAAAAACATGT-AGAA
1 TTTTTTTAC-TTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC--GTAAGAA
** * * * * * * *
3709 AAACACATTTATTCAAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
63 AAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * **
3774 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-CATTTTTTTTACAGTTTTGGTTAA
128 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTTACATTTTTTATTAA
** * * * * * *
3838 AACATGCAATAATTGAATGTTTACCTAAG-AAACGTTAAGAAAAACGCATTTATTGGCAAGCAAA
193 AACAAACTATAATTGAATGTTTACTTTAGAAAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * * * * *
3902 GTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTC
257 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTAATAATCTC
* * * * * * * * *
3967 AAAATTGATTTCAAGTTCAA-TTTTTTAC-TTTTTTGCATAAAACAGATTATAACTGAATGTTTA
322 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTA
* * * * * * **
4030 CCT-TGAAAAAAGTGAATAGAAAG-GCATTCATT-AGCAAGAAAAGTCCATCTGTAGTAACCCAT
386 CCTCAG-AAACA-TGAAGA-AAAGAG-ATTCATTGA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCAT
* * * * *
4092 TCCATCAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAA
446 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA
* * * * * * * * *
4156 TTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAAACTATAATTAAATGCCTGCC-CAGGGAAACATGCAGAA
1 TTTTTTTAC-TTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-GAGAAACGT-AAGAA
* * * * * *
4219 AAA-ACTATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACT
63 AAAGGC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT
* * ** ** * *
4283 CACTTCAAATTTTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTAGA-TTTTTAGTT
127 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTTACATTTTTTA-TT
* * * * * * *
4346 AAAACAGAC-ATTAATTGAATGTGTAC-CTCGAGAAACCTGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAA
191 AAAACAAACTA-TAATTGAATGTTTACTTTAGA-AAACGTGAAG-AAAAAGCATTCATTGGC-AA
* * * * * * *
4409 AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCATATTACTTGCATTAAATGGTTTTATA
252 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTAATA
* ** * * * * * * *
4474 ATCTCATAACTGATTTTAAAATGAATCTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGACAATAATTGATTG
317 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATG
* * * * * *
4539 TGTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAA-AGGTATTCATTGACAACAAAAGTCTATTTATAGTCACTC
382 TCTACC-TCAGAAACATGAAGAAAAGA-G-ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCC
* * * * * * * *
4603 ATTCTTTAAAAAGGCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGACTTTAAGTTG
444 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTC
4668 AA
509 AA
** * * * *
4670 TTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAGCAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAA
1 TTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGT-AAGAAAA
* * * * * *
4735 AAGTATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
65 AGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * *
4800 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAAA-TGATTTTAAGTTCAAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAA
130 TTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTTACATTTTTTATTAAA
* * * * ** *
4864 ACAGATTATAATTGTATGTTCATCTCGAGAATA-GTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA
194 ACAAACTATAATTGAATGTTTA-CTTTAGAAAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * * * ** * *
4928 ATCCATTTATAGTAACCCATTCTTTCAAAA-CTTTATTGCTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTC
257 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTAATAATCTC
* * * * * *
4992 ATAATTGGTTTTAAGTT-GATTGTTTATATATTTTTTGTTAAAACATACTATAATT
322 ATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATT
5047 GAATTCTCAC
Statistics
Matches: 2635, Mismatches: 608, Indels: 309
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
465 76 0.03
466 49 0.02
467 86 0.03
468 5 0.00
469 1 0.00
473 1 0.00
475 1 0.00
477 2 0.00
479 66 0.03
480 17 0.01
481 16 0.01
483 1 0.00
484 1 0.00
486 1 0.00
488 7 0.00
489 1 0.00
490 2 0.00
492 7 0.00
494 1 0.00
496 2 0.00
497 1 0.00
498 1 0.00
499 15 0.01
500 39 0.01
501 34 0.01
502 10 0.00
503 5 0.00
504 55 0.02
505 140 0.05
506 42 0.02
507 127 0.05
508 8 0.00
509 25 0.01
510 233 0.09
511 309 0.12
512 316 0.12
513 636 0.24
514 233 0.09
515 51 0.02
516 9 0.00
517 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (510 bp):
TTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAGAAAAA
GGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTTACATTTTTTATTAAAAC
AAACTATAATTGAATGTTTACTTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCA
GAAACATGAAGAAAAGAGATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA
Found at i:3588 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3272--5050 Score: 1530
Period size: 171 Copynumber: 10.4 Consensus size: 170
3262 NNNNNNNNNN
* * * * *
3272 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAATTTTTTGCTTAAAACAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTCATTTTTT-ATTAAAACAG
* * ** * * * * * *
3337 ATTATAATTGAATGTTTACGACGAGAAACAT-ATAGAAAAACCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCC
64 ACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGA-AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * **
3401 ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCCAT
128 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTT
* * * *
3444 AAATGATTTTATAATCTCATAATTG-TATTTAAGTTGATTTGTTTTTCATTTTTTATTCAAACAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTAAATT-TTTTTCATTTTTTATTAAAACAG
* * * * * * *
3508 ACTATTATTGAATGCCTACATCAATAAACGTGTAG-AAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTA
64 ACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
3572 TTTATAGTCTCTCATTCCTCCAAAAACCTTGTTACTCACTAT
129 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * *
3614 AAATGGTTTTA-AAT-TC-TCA-T-ATTTTAAGTTAAATTTTTTACGTTTCTTATTAAAACAGAC
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTCATTTTTTATTAAAACAGAC
* * * * * * *** *
3674 TATAATTAAATGTCTACTTCAAAAAACATGTAGAAAAA-CACATTTATTCAAAAGAAAAGTCTAT
66 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGC-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* *
3738 TTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
130 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * **
3779 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCATTTTTTTTACAGTTTTGGTTAAAACATG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-CATTTTTTATTAAAACA-G
* * * * *
3844 -CAATAATTGAATGTTTACCT-AAGAAACGTTAAGAAAAA-CGCATTTATTGGCAAGCAAAGTCC
64 ACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGC-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * *
3906 ATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCCTATTACTCACTTT
128 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * *
3949 AAATGGTTTTATAATTTCAAAATTGATTTCAAGTTCAATTTTTTAC-TTTTTTGCA-TAAAACAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTCATTTTTT--ATTAAAACAG
* * * * * * * * *
4012 ATTATAACTGAATGTTTACCTTGAA-AAAAGTGAATAGAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
64 ACTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * *
4076 ATCTGTAGTAACCCATTCCATCAAAA-CCTTATTACTCACTTT
128 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * *
4118 AAATGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-CATTTTTTATTAAAACAGA
* * * * * * * * *
4183 CTATAATTAAATGCCTGCC-CAGGGAAACATGCAGAAAAAACTATTCATTAAG-AAGAAAAGTCC
65 CTATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCC
* *
4246 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCACTTC
128 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
** * *
4289 AAATTTTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-AGATTTTTAGTTAAAACAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTCA-TTTTTTA-TTAAAACAG
* * * * * *
4353 AC-ATTAATTGAATGTGTACCTCGAGAAACCTGAAGAAAAAAG-TATTCATTGACAAAAAAAAGT
64 ACTA-TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGC-AAGAAAAGT
* * ** *
4416 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCATATTACTTGCATT
126 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* ** * * *
4461 AAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAAATGAATCTTTTT-ATATTTTTAGTTAAAATAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTCAT-TTTTTA-TTAAAACAG
* * * ** * ** * * *
4525 ACAATAATTGATTGTGTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAACAAAAGTCTA
64 ACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
4590 TTTATAGTCACTCATTCTTTAAAAAGGCTTATTGCTCGCTTT
129 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * ** *
4632 AAATAGTTTTATAATCTCATAACTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAGCAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-CATTTTTTATTAAAACAGA
* * * * *
4697 CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAAG-TATTTATTGGCAAGAAAAGTCCA
65 CTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
*
4761 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
129 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * *
4803 AAATGATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTCAAATTGTTTTAT-ATTTTTTGTTAAAACA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATT-TTTT-TCATTTTTTATTAAAACA
* * * * * *
4867 GATTATAATTGTATGT-TCATCTCGAGAATA-GTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAAT
63 GACTATAATTGAATGTCT-ACCTCAAGAA-ACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * *
4930 CCATTTATAGTAACCCATTCTTTCAAAA-CTTTATTGCTCATTTT
126 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * *
4974 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTT-GATTGTTTATAT-ATTTTTTGTTAAAACA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTT-T-TCATTTTTTATTAAAACA
*
5037 TACTATAATTGAAT
63 GACTATAATTGAAT
5051 TCTCACTTTG
Statistics
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0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
164 49 0.04
165 81 0.06
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167 4 0.00
168 9 0.01
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174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTCATTTTTTATTAAAACAGAC
TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
Found at i:4596 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 3272--5050 Score: 1710
Period size: 343 Copynumber: 5.2 Consensus size: 341
3262 NNNNNNNNNN
* * *
3272 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAATTTTTTGCTTAAAACAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTAATTTTTTG-TTAAAACAG
* * ** **
3337 ATTATAATTGAATGTTTACGACGAGAAACAT-ATAGAAAAACCCATTTATTTG-AAAGAAAAGTC
64 ACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGA-AGAAAAAAGCATTTA-TTGCAAAGAAAAGTC
* * * ** *
3400 CATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCCATAAATGATTTTATAATCTCATA
127 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
3465 ATTG-TATTTAAGTTGATTTGTTTTTCAT-TTTTTA-TTCAAACAGACTATTATTGAATGCCTAC
192 ATTGAT-TTTAAGTTAAATT-TTTTT-ATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * * * * *
3527 ATCAATAAACGTGTAG-AAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCT
254 CTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTT
* * * *
3591 CCAAAAACCTTGTTACTCACTAT
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* * * *
3614 AAATGGTTTTA-AAT-TC-TCA-T-ATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACGTTTCTTATTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-ATTTTTTGTTAAAACAGA
* * * * * *
3673 CTATAATTAAATGTCTACTTCAAAAAACATGTAGAAAAACA-CATTTATT-CAAAAGAAAAGTCT
65 CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-AGCATTTATTGC-AAAGAAAAGTCC
* *
3736 ATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
128 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
3801 TTGATTTTAAGTTCATTTTTTTTACAGTTTTGGTTAAAACATG-CAATAATTGAATGTTTACCT-
193 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACA-GACTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * * * *
3864 AAGAAACGTTAAGAAAAACGCATTTATTGGCAAGCAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTA
257 GAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCA
*
3929 AAAGCCCTATTACTCACTTT
322 AAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * *
3949 AAATGGTTTTATAATTTCAAAATTGATTTCAAGTTCAA-TTTTTTACTTTTTTGCATAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAATTTTTTG-TTAAAACAGA
* * * * * * * * *
4013 TTATAACTGAATGTTTACCTTGA-AAAAAGTGAATAGAAAGGCATTCATTAGC-AAGAAAAGTCC
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* * * * * *
4076 ATCTGTAGTAACCCATTCCATCAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAA
128 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
4140 TTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAAACTATAATTAAATGCCTGCC-C
193 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * * * *
4203 AGGGAAACATGCAGAAAAA-ACTATTCATTAAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
257 -GAGAAACGTGAAGAAAAAGGC-ATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTT
* *
4266 TCAAAAGCCATATTACTCACTTC
319 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
** * *
4289 AAATTTTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-ATTTTTTGTTAAAACAGA
* * * * *
4354 C-ATTAATTGAATGTGTACCTCGAGAAACCTGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAAAAAAAGTCC
65 CTA-TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTTATTG-CAAAGAAAAGTCC
* * * *
4418 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCATATTACTTGCATTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
128 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* ** * * * * * * *
4483 CTGATTTTAAAATGAATCTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGACAATAATTGATTGTGTACCTTG
193 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCG
* * * * * * *
4548 AGAAACTTGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAACAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCTTTAAA
258 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAA
* * *
4613 AAGGCTTATTGCTCGCTTT
323 AAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * *
4632 AAATAGTTTTATAATCTCATAACTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAGCAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-AATTTTTTGTTAAAACAGA
* *
4697 CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAAGTATTTATTGGC-AAGAAAAGTCCA
65 CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTTATT-GCAAAGAAAAGTCCA
* * * *
4761 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAA
129 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
4826 TGATTTTAAGTTCAAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGTATGT-TCATCTC
194 TGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACCTC
* *
4890 GAGAATA-GTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTAACCCATTCTTTC
257 GAGAA-ACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTC
* * *
4954 AAAA-CTTTATTGCTCATTTT
321 AAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * *
4974 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTT-GATTGTTTATATATTTTTTGTTAAAACAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTA-ATTTTTTGTTAAAACAG
5038 ACTATAATTGAAT
64 ACTATAATTGAAT
5051 TCTCACTTTG
Statistics
Matches: 1170, Mismatches: 222, Indels: 90
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
333 1 0.00
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336 12 0.01
337 12 0.01
338 2 0.00
339 96 0.08
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAATTTTTTGTTAAAACAGAC
TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTTATTGCAAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGA
AACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAG
CCTTATTACTCACTTT
Found at i:5920 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 5560--7146 Score: 1315
Period size: 170 Copynumber: 9.3 Consensus size: 168
5550 NNNNNNNNNN
* * *
5560 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCATTCAAACAGAATATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTCATTAAAACAG-ATATAATT
* * * ** * * *
5625 GAATGATTGCCCTGAGAAATGTGTAA-AAAAAATCCATTCATTAGTAAGAAAAG-CTCATTTATA
64 GAATGCTAGCTCT-AGAAACATG-AAGAAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATA
* * *
5688 GTCTCTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTGGCTTTAAAAG-TT
125 GTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
* * *
5731 TTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTCGGTTAAAACAGATAATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTC-ATTAAAACAGAT-ATAATT
* *
5796 GAATGCCTAGCTCTTGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
64 GAATG-CTAGCTCTAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
*
5861 TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATT
128 TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
* ** * *
5902 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTCATTTTTTTACCT-TTTTCGTTATAACAGATTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA--TATTTTCATTAAAACAGA-TATAAT
* * *
5966 TGAATGTCTACGCT-GAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTG
63 TGAATG-CTA-GCTCTAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * **
6030 TCACCCATTCCTTC-AAAGCTTTATTACTCATTTTAAATGATT
126 TCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
* * * *
6072 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTGATTTTTTGC-TTAAAACTGATTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ATATTTT-CATTAAAACAGA-TATAAT
* * * ** * *
6136 TGAATGTCTA-CAACAAGAAACGTGTAA-AAAAACTCATTTATTCAG-AAGAAAAGTCCATTTAT
63 TGAATG-CTAGC-TCTAGAAACATG-AAGAAAAAAGCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * *
6198 AGTCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTA---GCCTTAAATGATT
124 AGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
*
6240 TTATAATCTCATAATTG-TATTTAAGTTGAATTTTTTCCATA-TTTCATTAAAACAGACTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTTTTT-TATATTTTCATTAAAACAGA-TATAAT
* * * *
6303 TGAATGCCT-GCCTCAATAAACGTGTAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
63 TGAATG-CTAG-CTCTAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * *
6366 GTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTT
125 GTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
* * * *
6410 TTAGAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTACATTTTTCATTCAAACAGACTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTCATTAAAACAGA-TATAATT
* * * * * * * * *** ** *
6474 AAATACCTACCTCAAAAAATATGTAGAAAAATA-CATTTATTCAAAAGAAAAAACTATTTATAGT
64 GAAT-GCTAGCTCTAGAAACATGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
6538 CTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTT
127 CTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
* * ** * * **
6580 TTATAATCTAAAAATTGACCTTAAGTTCAATTTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ATA-TTTTCATTAAAACAGA-TATAAT
* * * * * * * * *
6645 TGAATGTTTGC-CTTGAGAAAAATTAAGAAAAAGGAAATCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTGTAG
63 TGAATGCTAGCTC-T-AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
** * * *
6709 TAACCCATTCTTTCAAAA-CCTT-TGTACTCGCTTTCAAT-AGTT
126 TCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTAT-TACTCGCTTTAAATGA-TT
* *
6751 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAAACTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTCATTAAAACAGA-TATAATT
* * * * ** *
6816 GAGTG-TCAACAT-TGGGAAACATGTAG-AAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATA
64 GAATGCT-AGC-TCT-AGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * ** * * **
6878 ATCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTGGTAGCCTTAAATGGCT
125 GTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
** *
6922 TTATAATCTCATAATTG-TATAAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGACTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTCATTAAAACAGA-TATAAT
* * * * *
6986 TGAATGTTTGC-CTTAAGAAACATGTAGAAAAAATCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
63 TGAATGCTAGCTC-T-AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
7050 TCTTTCATTTCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTT
126 TCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
* * * *
7093 CTATAATCTCATAATTAATTTTAAATT-AAATTTTTTATATTTTTCATTAAAACA
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTCATTAAAACA
7147 ATTCAAAAGC
Statistics
Matches: 1156, Mismatches: 204, Indels: 113
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 7 0.01
167 87 0.08
168 48 0.04
169 12 0.01
170 473 0.41
171 430 0.37
172 98 0.08
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCATTAAAACAGATATAATTGA
ATGCTAGCTCTAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
Found at i:6187 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 5560--7146 Score: 1519
Period size: 342 Copynumber: 4.7 Consensus size: 338
5550 NNNNNNNNNN
* * * *
5560 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCATTCAAACAGAATATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATT
* * * *
5625 GAATGAT-TGCCCTGAGAAATGTGTAA-AAAAAATCCATTCATTAGTAAGAAAAG-CTCATTTAT
66 GAATG-TCTG-CCTGAGAAACGTG-AAGAAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTAT
* * *
5687 AGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTGGCTTTAAAAG-TTTTATGATCTCATAATTGATT
126 AGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCTTT-TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * **
5751 TTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTCGGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGCCTAGC-TCTTGAA
190 TTAAGTTAAATTTTTTTATTTTTTC-ATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGCCTA-CATCAAGAA
** * *
5814 ACATG-AAGAAAAAAGCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
252 ACATGTAA-AAAAACTCATTCATTCAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAA
5877 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGATT
315 GCCTTATTACTC-CTTTAAATGATT
* * * * * *
5902 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTCATTTTTTTACCTTTTTCGTTATAACAGATTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATT
* *
5967 GAATGTCTACGCTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTC
66 GAATGTCTGC-CTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * ** *
6032 ACCCATTCCTTC-AAAGCTTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA
130 TCTCATTCCTTCAAAAGCTTT-TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
6096 GTTAAATTTTTTTGATTTTTTGC-TTAAAACTGATTATAATTGAATGTCTACAACAAGAAACGTG
194 GTTAAATTTTTTT-ATTTTTT-CATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACATCAAGAAACATG
* * *
6160 TAAAAAAACTCATTTATTCAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTAT
257 TAAAAAAACTCATTCATTCAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
*
6225 TA-GCC-TTAAATGATT
322 TACTCCTTTAAATGATT
* * *
6240 TTATAATCTCATAATTG-TATTTAAGTTGAA-TTTTTTCCATATTTCATTAAAACAGACTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAAT
* * * *
6303 TGAATGCCTGCCTCAATAAACGTGTAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
65 TGAATGTCTGCCT-GAGAAACGTGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
6367 TCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTT
128 TCTCTCATTCCTTCAAAAG-CTTTTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * * *
6432 AGGTTGAA-TTTTTTACATTTTTCATTCAAACAGACTATAATTAAATACCTACCTCAAAAAATAT
192 AAGTTAAATTTTTTTA-TTTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACATCAAGAAACAT
* * * ** *
6496 GTAGAAAAA-TACATTTATTCAAAAGAAAAAACTATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTT
256 GTAAAAAAACT-CATTCATTCAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* *
6560 ATTACTCACTTTAAAAGGTT
320 ATTACTC-CTTTAAATGATT
* * ** * ** *
6580 TTATAATCTAAAAATTGACCTTAAGTTCAATTTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTT-ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAAT
* ** * * * * * *
6645 TGAATGTTTGCCTTGAGAAAAATTAAGAAAAAGGAAATCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTGTAGT
65 TGAATGTCTGCC-TGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
** * * * * *
6710 AACCCATTCTTTCAAAACCTTTGTACTCGCTTTCAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
129 CTCTCATTCCTTCAAAAGCTTTTTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * ***
6774 AGTTGATTTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAGTGTCAACATTGGGAAACATG
193 AGTTAAATTTTTTTAT-TTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACATCAAGAAACATG
* * * * * * *
6839 TAGAAAAAGC-CATTCATTGATAAGAAAAGT-TCATTTATAATCACTCATTCCTTTAAAAGCCTT
257 TA-AAAAAACTCATTCATTCAGAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTT
** **
6902 ATTGGTAGCC-TTAAATGGCT
320 ATTACT--CCTTTAAATGATT
** * * *
6922 TTATAATCTCATAATTG-TATAAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGACTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAAT
* * * * * *
6986 TGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGTAGAAAAAATCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
65 TGAATGTCTGCC-TGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
7051 CTTTCATTTCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTAATTTTA
129 CTCTCATTCCTTCAAAAG-CTTTTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
*
7116 AATTAAA-TTTTTTATATTTTTCATTAAAACA
193 AGTTAAATTTTTTTAT-TTTTTCATTAAAACA
7147 ATTCAAAAGC
Statistics
Matches: 1020, Mismatches: 187, Indels: 77
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
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343 12 0.01
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATT
GAATGTCTGCCTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
CTCATTCCTTCAAAAGCTTTTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
TAAATTTTTTTATTTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACATCAAGAAACATGTAAA
AAAACTCATTCATTCAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
CCTTTAAATGATT
Found at i:7443 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7148--10094 Score: 2784
Period size: 171 Copynumber: 17.3 Consensus size: 171
7138 ATTAAAACAA
* * *
7148 TTCAAAAGCCTTGTTACTCGCATT-AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * ** * ** * * *
7211 TTTTCCTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATGTTAAGAAACGTTAAGAAAAAAA
66 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGA
* * * *
7276 CATTCGTTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATTCC
131 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
* * *
7317 TTCAAAA-CCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAATTGAATT
1 TTCAAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * *
7381 GTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTACAATTGAATGTGTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG
65 TTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG
** *
7446 GTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCC
130 ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
* * * * * *
7488 TTCAAAAGGCTTATTACTCGATGTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
** * * * *
7553 TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAA
66 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGA
* * * * *
7618 GATTCATTGGTATGAAAATTCTATTTATAGTCACCCATTCC
131 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
* * * * *
7659 TTCAAAAGGCTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * *
7724 TTTTACATTTTT-AGTTTAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAG
66 TTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
* * *
7787 GGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
129 GACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
* * * * **
7830 ATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTCAAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * ** * * * *
7895 TTTTATATTCTTCATTCAAACAGACTATAATTGATTGCCTGTCTCAGGAAACA-CAGAGAAAAAC
66 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGA-AGAAAAAG
* * ** * * *
7959 TCATTTATTTGG-AAGAAAAGTTTATTTATAGTCTCTCATTTTC
130 ACATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TTCC
*
8002 TT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * ** * * * *
8066 TTTTATATTTTTTACTAAAATGGGCTATAATTGAATG-CTTGCCTTGAGAAACGT-ATAGAAAAA
66 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTAAGAAACATGA-AGAAAAA
* * * * * * *
8129 GTCATTCATTAGTAAGAGAAGAT-CATTTACAGTCGCTCATTCC
129 GACATTCATTGGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCCATTCC
* * * * * * *
8172 TTCAAAAACTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCAGAGTTAATTTTAAGTTGAATAT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A-AT
* * ** *
8237 TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGGCTAGAATT-AACTACCTACCTCAAG-AA-ATGTATAGAA
64 TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAA-TGTCTACCTTAAGAAACATG-A-AGAA
*
8299 AAAG-CTATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCC
126 AAAGAC-ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
* * * * *
8345 TTCAAAAAACCTTATTATTCCCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-CATT
1 TTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* ** *
8409 TTTTTACATTTTTCATAAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAA-ATTATAGAAAAA
65 TTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGA-AGAAAAA
* * *
8473 GATATTCATTGAG-AAGAAAAGTCTA-TTATAGTCATCCATTCC
129 GACATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
* * *
8515 TTAAAAAGGCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * *
8580 TGTTACATTTTTGATTAGAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTCAATAAACATGAAGAAAACA-
66 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAA-AG
*
8644 ACATTCAATT-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCC
130 ACATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
* * * *
8686 TTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATATTAAGTTG-AGTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
** * * *
8750 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGGATGTCTACTTTAAGAAATATGAA-ATAAAAG
66 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGA-AAAAG
* * * **
8814 GCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTATTCC
130 ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
* * * * * *
8856 TTCAAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCGTAACTGATTTTAAGTTGAATTG
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * *
8921 TTTCACATTTTT-AGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTGTACCTCT-AGAAACATGAAGAAAAA
66 TTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-TAAGAAACATGAAGAAAAA
* * * *
8984 -AGCATTCATAGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTAC
129 GA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
* * * *
9027 TTC-AAAGGCTCATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCA-AACTTGATTTTAAGTTGAATT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATT
*** * * *
9090 TTTTTACATTTTTGGCTAAAACAAACAACAATTGAATGT-TGACCTTAAGAAACATGAA-AAAGA
65 TTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACCTTAAGAAACATGAAGAAA-A
** * * *
9153 AGGGATTCAATGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTTACCCATTCC
128 AGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
* * * * *
9197 TTGAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTCAATGGTTTTATAAT-TACATAATTAATTTTAAGTTAAATT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATT
** *** ** * *
9261 TTTTTACATTTTTCATT-AAACAGACTATAATTGAATG-CTTGGCTCGGGAAATGTGTACAAAAA
65 TTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
* * *
9324 -ACTATTCATTGAG-ATA-AAAAGTGCATTTACAGTCACCTATTCC
129 GAC-ATTCATTG-GCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
* * * *
9367 TTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCACAATTAATTTTAAGTTG-ATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * *
9431 TGTTTACAGTTTTGATTAAAACAGACAATAATTGTATGTCTACCTCAAGAATCATGAAGAAAAAG
66 T-TTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG
* * *
9496 ATAGTT-ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCC
130 ACA-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
* * * *
9538 TTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAA-TT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
** * * * ** * * *
9602 TTTTATGTTTTTCATTAAAACATACTATAATTGGATGCCTACCTTGGGAAACGTAAAGAAAAATA
66 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGA
* * * *
9667 CATTCATTTAG-AATAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCC
131 CATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
* * * *
9708 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGGTTTTATAATCTCAT-ATATGATTTTGAGTTGACTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * *
9772 TTTTTACAATTTTTCATCAAAACAGGCTATAGTTGAATGCCTGCCTCAAGAAACGTGTAGAAAAA
65 TTTTTAC-ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
* *
9837 GTA-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCCACTTCT
129 G-ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TTCC
* * * * * *
9880 TTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATAGTTTTACAATCTCATAGTTGA-TTTGAGTTGAA---
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
** * * * **
9941 TTTT---TTTTT-ATTAATGCAGACTATAATTGAATGAT-TGCC-TCAGAAAACTTGTGGAAAAA
66 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG-TCTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAA
* * * * * * *
10000 CA-ATTTATTTGAAAGAAAAGTCCTTTTATAGAT-GCCCATTGC
129 GACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATTCC
* **
10042 TTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
10095 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2307, Mismatches: 390, Indels: 168
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
162 74 0.03
163 42 0.02
164 5 0.00
168 6 0.00
169 91 0.04
170 657 0.28
171 1151 0.50
172 148 0.06
173 84 0.04
174 49 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGA
CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
Found at i:7703 original size:769 final size:771
Alignment explanation
Indices: 6378--7916 Score: 1860
Period size: 769 Copynumber: 2.0 Consensus size: 771
6368 CTCTCATTCC
* * *
6378 TTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTT
1 TTCAAAAGCCTTGTTACTCACATTAAATGGTTTTAGAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * *
6443 TTTACATTTTTCATTCAAACAGACTATAATTAAATACCTACCTCAAAAAATATGTAGAAAAATAC
66 TTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATACCTACCTCAAAAAACATGTAGAAAAAAAC
* * * *
6508 ATTTATTCAAAAGAAAAAACTATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
131 ATTCATTCAAAAGAAAAAACCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * *
6573 AAAGGTTTTATAATCTAAAAATTGACCTTAAGTTCAATTTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAGA
196 AAAGGTTTTATAATCTAAAAATTGACCTTAAATTCAATTGTTTTAACATTTTTGATTAAAACAGA
* * * * * *
6638 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAAAATTAAGAAAAAGGAAATCATTGGCAGGAAAAGTCCAT
261 CTACAATTGAATGTGTACCTTGAGAAAAATGAAGAAAAAGGAAATCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * *
6703 TTGTAGTAACCCATTCTTTCAAAACCTTTGTACTCGCTTTCAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
326 TTATAGTAACCCATTCCTTCAAAACCTTTGTACTCGATGTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTG
* * * * *
6768 ATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAGTGTCAACATTGGGA
391 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCAACATTGAGA
* ** * *
6833 AACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAATCACTCATTCCTTTAAAAG
456 AACATGAAGAAAAAAACATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * *
6898 CCTTATTGGTAGCCTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTG-TATAAAAGTTGAATTTTTTTATA
521 CCTTATTAGTAGCCTTAAATAGCTTTATAATCTCATAACTGAT-TAAAAGTTAAATTTTTTTACA
* * * * * *
6962 TTTTTCA-TTAAAATAGACT-ATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGTAGAAAAAATCATTC
585 TTTTT-AGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTC
*** * * *
7025 ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTCATTTCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATG
648 ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * *
7090 GTTCTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTAAA-TTTTTTATATTTTTCATTAAAACAA
713 GTTCTATAATCTCAAAATTAATTTTAAATCAAATTTTTTTATATTCTTCATTAAAACAA
* *
7148 TTCAAAAGCCTTGTTACTCGCATT-AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AATTT
1 TTCAAAAGCCTTGTTACTCACATTAAATGGTTTTAGAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TT
* * ** * * ** ** * * *
7211 TTTTCCTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATGTTAAGAAACGT-TAAGAAAAAA
65 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATACCTACCTCAAAAAACATGT-AGAAAAAA
* *** * * *
7275 ACATTCGTTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAA-CCATTATTACTCGCT
129 ACATTCATTCAAAAGAAAAAACCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC-TTATTACTCACT
*** ** * *
7339 TTAAATA-GTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTT-ACATTTTTTATTAAAA
193 TTAAA-AGGTTTTATAATCTAAAAATTGACCTTAAATTCAATTGTTTTAACATTTTTGATTAAAA
* * *
7402 CAGACTACAATTGAATGTGTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGT
257 CAGACTACAATTGAATGTGTACCTTGAGAAAAATGAAGAAAAAGGAAATCATTGGCAAGAAAAGT
* * *
7467 TCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTAT-TACTCGATGTAAATAGTTTTATAATCTCA
322 CCATTTATAGTAACCCATTCCTTCAAAA-CCTT-TGTACTCGATGTAAATAGTTTTATAATCTCA
** * ** *
7531 TAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACC
385 TAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCAACA
* * * * *
7596 TTGAGAAACGTGAAGAAAAAAAGATTCATTGGTATGAAAA-TTCTATTTATAGTCACCCATTCCT
450 TTGAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGATAAGAAAAGTTC-ATTTATAATCACCCATTCCT
* * * * * **
7660 TCAAAAGGCTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTTT
514 TCAAAAGCCTTATTAGTAGCCTTAAATAGCTTTATAATCTCATAACTGATTAAAAGTTAAATTTT
* **
7725 TTTACATTTTTAGTTTAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGGGC
579 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGC
*
7790 ATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
644 ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * *
7855 GATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTCAAATTTTTTTATATTCTTCATTCAAACA
709 AATGGTTCTATAATCTCAAAATTAATTTTAAATCAAATTTTTTTATATTCTTCATTAAAACA
7917 GACTATAATT
Statistics
Matches: 642, Mismatches: 116, Indels: 22
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
768 104 0.16
769 491 0.76
770 47 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (771 bp):
TTCAAAAGCCTTGTTACTCACATTAAATGGTTTTAGAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTT
TTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATACCTACCTCAAAAAACATGTAGAAAAAAAC
ATTCATTCAAAAGAAAAAACCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
AAAGGTTTTATAATCTAAAAATTGACCTTAAATTCAATTGTTTTAACATTTTTGATTAAAACAGA
CTACAATTGAATGTGTACCTTGAGAAAAATGAAGAAAAAGGAAATCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTAACCCATTCCTTCAAAACCTTTGTACTCGATGTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTG
ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCAACATTGAGA
AACATGAAGAAAAAAACATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAG
CCTTATTAGTAGCCTTAAATAGCTTTATAATCTCATAACTGATTAAAAGTTAAATTTTTTTACAT
TTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT
AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
CTATAATCTCAAAATTAATTTTAAATCAAATTTTTTTATATTCTTCATTAAAACAA
Found at i:8679 original size:341 final size:340
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Period size: 341 Copynumber: 8.7 Consensus size: 340
7138 ATTAAAACAA
* * *
7148 TTCAAAAGCCTTGTTACTCGCATT-AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * ** * ** * * *
7211 TTTTCCTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATGTTAAGAAACGTTAAGAAAAAAA
66 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAA
* * * *
7276 CATTCGTTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAA-CCATTATTACTCGCTT
130 CATTCATT-GTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC-TTATTACTCGCTT
* * * *
7340 TAAATAGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAG
193 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG
* * * *
7405 ACTACAATTGAATGTGTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTG-GCAAGAAAAGTTC
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322 ATTTATAGTCACCCATTCC
* * * * * *
7488 TTCAAAAGGCTTATTACTCGATGTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
** * ** *
7553 TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAA
66 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAA
* * * * *
7618 GATTCATTGGTATGAAAATTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTATTCGCTTT
130 CATTCATT-GTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
7683 AAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-AGTTTAAACAG
194 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAG
* * * *
7747 A-TAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGGGCATTCATT-AGTAAGAAAAGTC
258 ACT-ATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA-ATGAAGAAAAAGGTATTCATTGAGCAAGAAAAGTC
7810 CATTTATAGTCACCCATTCC
321 CATTTATAGTCACCCATTCC
* * * * **
7830 ATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTCAAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * ** * *
7895 TTTTATATTCTTCATTCAAACAGACTATAATTGATTGCCTGTCTCAGGAAACA-CAGAGAAAAAC
66 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGA-AGAAAAA-
* * * * * * *
7959 TCATTTATTTGGAAGAAAAGTTTATTTATAGTCTCTCATTTTCTT-AAAAGCCTTATTACTCGCT
129 ACATTCA-TTGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * **
8023 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTACTAAAATG
192 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACA
* * * * * *
8088 GGCTATAATTGAATG-CTTGCCTTGAG-AAACGTATAGAAAAA-GTCATTCATT-AGTAAGAGAA
257 GACTATAATTGAATGTC-TACCTTAAGAAAATG-A-AGAAAAAGGT-ATTCATTGAGCAAGAAAA
* * *
8149 GAT-CATTTACAGTCGCTCATTCC
318 G-TCCATTTATAGTCACCCATTCC
* * * * * * *
8172 TTCAAAAACTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCAGAGTTAATTTTAAGTTGAATAT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A-AT
* * **
8237 TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGGCTAGAATT-AACTACCTACCTCAAG-AA-ATGTATAGAA
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* * * * * *
8299 AAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAAACCTTATTATT
126 AAAAC-ATTCATTG-TAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACT
* * * * *
8364 CCCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-CATTTTTTTACATTTTTCATAAA
188 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAA
** * *
8428 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAAATTATAGAAAAAGATATTCATTGAG-AAGAAA
253 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAATGA-AGAAAAAGGTATTCATTGAGCAAGAAA
* *
8492 AGTCTA-TTATAGTCATCCATTCC
317 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
* * *
8515 TTAAAAAGGCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * *
8580 TGTTACATTTTTGATTAGAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTCAATAAACATGAAGAAAACAA
66 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA-AA
* *
8645 CATTCAATTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTT
130 CATTC-ATTGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * **
8710 AAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATATTAAGTTG-AGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
194 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGA
* * * *
8774 CTATAATTGGATGTCTACTTTAAGAAATATGAA-ATAAAAGGCATTCATT-AGCAAGAAAAGTTC
259 CTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA-ATGAAGA-AAAAGGTATTCATTGAGCAAGAAAAGTCC
**
8837 ATTTATAGTCACTTATTCC
322 ATTTATAGTCACCCATTCC
* * * * * *
8856 TTCAAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCGTAACTGATTTTAAGTTGAATTG
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * *
8921 TTTCACATTTTT-AGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTGTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAAA
66 TTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAA
* * * *
8985 GCATTCATAGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTACTTC-AAAGGCTCATTACTCGCTT
130 -CATTCAT-TGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* ***
9049 TAAATAGTTTTATAATTTCA-AACTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACA
193 TAAATAGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACA
* * * * * *
9113 AACAACAATTGAATGT-TGACCTTAAGAAACATGAA-AAAGAAGGGATTCAATG-GCAAGAAAAA
257 GACTATAATTGAATGTCT-ACCTTAAGAAA-ATGAAGAAA-AAGGTATTCATTGAGCAAGAAAAG
*
9175 TCCATTTATAGTTACCCATTCC
319 TCCATTTATAGTCACCCATTCC
* * * * *
9197 TTGAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTCAATGGTTTTATAAT-TACATAATTAATTTTAAGTTAAATT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATT
** ** ** * *
9261 TTTTTACATTTTTCATT-AAACAGACTATAATTGAATG-CTTGGCTCGGGAAATGTGTACAAAAA
65 TTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
* * * *
9324 ACTATTCATTG-AGATAAAAAGTGC-ATTTACAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCC
129 AC-ATTCATTGTA-A-GAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
9387 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCACAATTAATTTTAAGTTG-ATTTTGTTTACAGTTTTGATTAAA
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* * * * *
9451 ACAGACAATAATTGTATGTCTACCTCAAGAATCATGAAGAAAAAGATAGTT-ATTGA-CAAGAAA
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*
9514 AGTCCATTTATAGTCACTCATTCC
317 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
* * * *
9538 TTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAA-TT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
** * * * *** * *
9602 TTTTATGTTTTTCATTAAAACATACTATAATTGGATGCCTACCTTGGGAAACGTAAAGAAAAATA
66 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-A
* * * * * *
9667 CATTCATT-TAGAATAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTC
130 CATTCATTGT--AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
9731 TAAATGGTTTTATAATCTCAT-ATATGATTTTGAGTTGACTTTTTTTACAATTTTTCATCAAAAC
193 TAAATAGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTCATTAAAAC
* * * * * * *
9795 AGGCTATAGTTGAATGCCTGCCTCAAGAAACGTGTAGAAAAA-GTAATTCATTG-GCAAGAAAAG
256 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA-ATGAAGAAAAAGGT-ATTCATTGAGCAAGAAAAG
* *
9858 TCCATTTATAGTC-TCCACTTCT
319 TCCATTTATAGTCACCCA-TTCC
* * * * * *
9880 TTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATAGTTTTACAATCTCATAGTTGA-TTTGAGTTGAA---
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
** * * * *
9941 TTTT---TTTTT-ATTAATGCAGACTATAATTGAATGAT-TGCCTC-AGAAAACTTG-TGGAAAA
66 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG-TCTACCTCAAG-AAACATGAAGAAAAA
* * * * *
9999 ACAATTTATTTGAAAGAAAAGTCCT-TTTATAGAT-GCCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTTG
129 AC-ATTCA-TTGTAAGAAAAGT-CTATTTATAG-TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
*
10062 CTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTT
190 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
10095 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAC
ATTCATTGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACT
ATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAATGAAGAAAAAGGTATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCCATTCC
Found at i:12878 original size:171 final size:169
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12342 NNNNNNNNNN
* * * * * *
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* * *
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* ** ** *
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** * * * * * * * *
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* * * *** *
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66 TCAATTATAGTCTGTTTTAA-AAAAAATG--TAAAAAATTAAACTTAAAATAAATTAGGAGATTA
* * * *
12653 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGA
128 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGG
* * * * *
12695 GTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGCTTTTTTCATCATGTTTTTCAAGGTACACAT
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACAT
* *
12760 TCAATTGTAGTCTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATAAATTAGGAGATTAT
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* **
12825 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTACAAAGAATGG
129 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGG
* * ** *
12866 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAACATAGACAT
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACAT
* * * **
12931 TCAATTATAATCTGTTTTTACCAAAAAA-GTAAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGAT
66 TCAATTATAGTCTG-TTTTA-AAAAAAATGT---AAAAAATTAAACTTAAAATAAATTAGGAGAT
* *
12995 TAT-AAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTG
126 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
13029 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 411, Mismatches: 85, Indels: 19
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
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GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACAT
TCAATTATAGTCTGTTTTAAAAAAAATGTAAAAAATTAAACTTAAAATAAATTAGGAGATTATAA
AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGG
Found at i:13009 original size:343 final size:342
Alignment explanation
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12346 NNNNNNGTGA
* * * * *
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*
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** ** ** *
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* * ** * *
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196 TGAATACTTTTATCTTCATATTTCTAAC-GAAAAAATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAA
*** * *
12616 GTCTGAAAAATTAAACTTAAAATAAATTTTAAGACTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCC
260 GTAAAAAAAATTAAACTTAAAATAAATTTTAAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGCC
12681 TTTTGAAGGAATGAGTGG
325 TTTTGAAGGAATGAGTGG
* * * *
12699 CTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGCTTTTTTCATCATGTTTTTCAAGGTACACATTCAA
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*
12764 TTGTAGTCTGTTTTAA-AGAAAAAT-GTAAAATAATTCAACTTAAAATAAATTAGGAGATTATAA
66 TTGTAGTCTGTTTTAATA-AAAAATAG-AAAACAATTCAACTTAAAATAAATTAGGAGATTATAA
** * ** *
12827 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTACAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCT
129 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTACAAAGAATAGGAAACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * * * * *
12892 AATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAC-ATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTTACCAAA
194 AATGAATACTTTTATCTTCATATTTC-TAACGA-AAAAATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
* * * *
12956 AAAGTAAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGCAATA
257 AAAGT-AAAAAAAATTAAACTTAAAATAAATTTTAAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATA
*
13020 AGGCTTTTG
321 AGCCTTTTG
13029 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 279, Mismatches: 46, Indels: 10
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
342 3 0.01
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
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CCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTACAAAGAATAGGAAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
TGAATACTTTTATCTTCATATTTCTAACGAAAAAATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAG
TAAAAAAAATTAAACTTAAAATAAATTTTAAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGCCT
TTTGAAGGAATGAGTGG
Found at i:13891 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13655--14285 Score: 629
Period size: 171 Copynumber: 3.7 Consensus size: 170
13645 NNNNNNNNNN
* * * * *
13655 TTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTACTGAAGGTATACATTCAATTGTACTCTGTT
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* * * *
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* *
13785 AGTAATAACGGTTTTGAAGCAATGGGTGACTCTAAGTAGAC
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** * * * * * * * * *
13826 TTTTCTTGTTAATGAATGCTTTTTTCTGCATGTTTCTTAACGTAGACATTTAGTTATAATCTGTT
1 TTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTATACATTCAATTATAGTCTATT
* * * *** ** *
13891 TTAACCAAAAAAGTAAAAAAAAAAAAGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
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* * * * **
13956 GCGAGCAATAAGGGTTTTGAAGAAATGGGAAACTATAAATCA-AC
127 GTGAGTAATAACGGTTTTGAAGCAATGGGTGACTATAAAT-AGAC
* * * * * *
14000 ATTCCTTACAAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG--TACATTCAATTATTGTCTATT
1 TTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTATACATTCAATTATAGTCTATT
* * * * *
14063 TTAAATAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATTAGTTATGAGATAATAAAACTATTTAAAGTC
66 TT-AATAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
** * *
14128 AGTAATAACCCTTTTAAAACAATGGGTGACTATAAATAGAC
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* * * * * *
14169 TTTTCTTCCCAATGAATATTTTTTTCTTCATGTTCCTCGAGGTATACATTCAATTGTAGTCTATC
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* *
14234 TTAATAAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAA
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14286 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 364, Mismatches: 86, Indels: 20
0.77 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 104 0.29
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTATACATTCAATTATAGTCTATT
TTAATAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGA
GTAATAACGGTTTTGAAGCAATGGGTGACTATAAATAGAC
Found at i:15887 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 15591--15957 Score: 404
Period size: 169 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
15581 NNNGTGACTC
* * * *
15591 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTACATGTTTCTTAACGTAGAAATTCAATTA
1 TAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTACACGTTTCTCAACGTA-AAATTCAATTA
* * *
15656 TAATCTCTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTTAGATTATAAAA-
65 TAATCTATTTTAACTAAAAAAGT-AAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
** * *
15720 TCATTTAAAGCGAGCAATAAGGGTTTTGAAGA-AATGGGAAACTA
129 T-ATTTAAAGCGAGCAATAAGCCTTTT-AAAATAATAGGAAACTA
* * * * *
15764 TAAATGAACTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGT-ACATTTAATTAT
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** * * * *
15828 TGTCTATTTTAAC-AAAAAATGT-AAAACAATTGAATTTAAAATTAGTTATGAGATTATAAAACT
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* * **
15891 ATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTAAAATAATAGGTGACTA
130 ATTTAAAGCGAGCAATAAGCCTTTTAAAATAATAGGAAACTA
15933 TAAAT-AGACTTTTCTTGCCAATGAA
1 TAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAA
15958 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 27, Indels: 12
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.02
169 85 0.52
170 7 0.04
171 22 0.13
173 45 0.28
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTACACGTTTCTCAACGTAAAATTCAATTAT
AATCTATTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
TTTAAAGCGAGCAATAAGCCTTTTAAAATAATAGGAAACTA
Found at i:20269 original size:170 final size:160
Alignment explanation
Indices: 20034--20339 Score: 314
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
20024 TTGAGGTCAG
* * **
20034 CATTCAATTATAATCTGTTTGAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATACAATTATGAGAT
1 CATTCAACTATAATCTATTTGAAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATACAATTATGAGAT
* * * *
20099 TATGAAACCATTT-AAGCCTAGTAATAAGGATTTTAAAGGATTGAGAGAATATAAATGGACTTTT
66 TAT-AAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGATTTTAAAGGAATGAGAGAATACAAATGAACTTTT
20163 CTT-CCAAATAAANNNNNNNNNNACATGTTTCTCATCGTAGA
129 CTTGCCAAATAAA----------ACATGTTTCTCATCGTAGA
* * * *
20204 CATTCAACTATAATCTATTTTAAACAAAAATA-AAAATAGATTGAACTTAAA-ATCAATTTTGAG
1 CATTCAACTATAATCTATTTGAAACAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAATA-CAATTATGAG
* * * *
20267 ATTATAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATGAGAGACTACAAATGAATTTTT
64 ATTATAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTAAAGGAATGAGAGAATACAAATGAACTTTT
20332 CTTGCCAA
129 CTTGCCAA
20340 TGAATGCTTT
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 16, Indels: 8
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 56 0.48
170 60 0.52
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.12, T:0.31
Consensus pattern (160 bp):
CATTCAACTATAATCTATTTGAAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATACAATTATGAGAT
TATAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTAAAGGAATGAGAGAATACAAATGAACTTTTCT
TGCCAAATAAAACATGTTTCTCATCGTAGA
Found at i:20568 original size:173 final size:170
Alignment explanation
Indices: 19922--20812 Score: 440
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 170
19912 NNNNNNNNNA
* * * * ** *
19922 TGAGATTCTAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAG-GCTTCT-AACAAAATGGGAGACTATAAATG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCG-TTTTGAA-GGAATGGGAGACTACAAATG
* ** * * * ** * *
19985 CACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTT-TACACGTTTGTTGAGGTC-AGCATTCAATTATAAT
64 AACTTTTCTTGCCAATGAAT-ACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGG-CAAACATTCAATTATACT
* * * * * *
20048 CTGTTTGAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATACAATTA
127 CTGTTTTAATGAAAAACAGAAAAAAATTAAACTAAAAT-CAATTT
* * * * * * *
20093 TGAGATTATGAAACCATTT-AAGCCTAGTAATAAG-GATTTTAAAGGATTGAGAGAATATAAATG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGCG-TTTTGAAGGAATGGGAGACTACAAATG
* ********** * ** * * * *
20156 GACTTTTCTT-CCAAAT-AA-ANNNNNNNNNNACATGTTTCTCATCGTAGACATTCAACTATAAT
64 AACTTTTCTTGCC-AATGAATA-CTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATACT
* ** * * *
20218 CTATTTTAAACAAAAATA-AAAATAGATTGAACTTAAAATCAATTT
127 CTGTTTTAATGAAAAACAGAAAA-AAATTAAAC-TAAAATCAATTT
* *
20263 TGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATGAGAGACTACAAATGAA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCGTTTTGAAGGAATGGGAGACTACAAATGAA
* * * * ** *
20327 TTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATTTTGTGT
66 CTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATACTCTGT
*
20392 TTTAATGAAAAATATAGAAAAAAATTAAACTGAAAATCAATTT
131 TTTAATG-AAAA-ACAGAAAAAAATTAAACT-AAAATCAATTT
* * ********** *
20435 TGAGATTATAAAACCATTTAATGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGNNNNNNNNNNTGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCGTTTTGAAGGAATGGGAGACTACAAATGAA
* * ** * *
20500 CTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTATGCATTTAATTGTACTCTGT
66 CTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATACTCTGT
* * * *
20565 TTTAATGAAAAACAGAAAACAATTCAACTAAAAACTAATTA
131 TTTAATGAAAAACAGAAAAAAATTAAACTAAAATC-AATTT
* * * * * *
20606 GGAAATTATAAAACCAATTAAAGTGAGTAATAA-CGGTTTTGAAGCAATGGGTGACT-CTAAATG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGC-GTTTTGAAGGAATGGGAGACTAC-AAATG
* ********** * * * * * * * *
20669 GACTTTTCNNNNNNNNNNATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAACGTATACATTCAATTATAATAT
64 AACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATACTCT
* * * *
20734 GTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAACAATTGAACTTAAAATCAATTT
129 GTTTTAA-TGAAAAA-CAGAAAAA-AATTAAAC-TAAAATCAATTT
* *
20780 TGGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
20813 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 542, Mismatches: 153, Indels: 47
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 57 0.11
170 108 0.20
171 183 0.34
172 42 0.08
173 108 0.20
174 38 0.07
175 6 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCGTTTTGAAGGAATGGGAGACTACAAATGAA
CTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATACTCTGT
TTTAATGAAAAACAGAAAAAAATTAAACTAAAATCAATTT
Found at i:23214 original size:343 final size:336
Alignment explanation
Indices: 22459--23540 Score: 1086
Period size: 343 Copynumber: 3.2 Consensus size: 336
22449 AAGTAAAAAA
* * * * * * * *
22459 AATTAAACTTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGGGTTTTGAAA
1 AATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAA-GGCTTTGAAG
* * *
22524 GAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTCTTCTTTATGTTTTTCGAGGT
65 GAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTT-TTCTTCATGTTTTT-GAGGT
** * *
22589 AAATATTCAATTATTATATGTTTTAACTAACAATGTAAAAAAAAATTGAACTCAAAATCAATTTT
128 -AGGATTCAATTATAATATGTTTTAACTAA-AA-ATAAAAAAAAATTGAACTCAAAATCAATTTT
* * * *
22654 GAGATTATAAGATCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGCAATGGGAGACTATAAGTAGAC
190 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGAGACTATAAATAGAC
* * ** * * *
22719 -TTTTCTTCTGAATAAATGTATTTTTCTACACATTTTC-TGGGGTAGGCATTTAATTATAGTCTG
255 TTTTTTTTC-AAATAAATGTATTTTTCTACATGTTTTCAT--GGTAGACATTCAATTATAATCTG
*
22782 TTTTAATG-AAAAATGTAAAA
317 TTTTAA-GCAAAAATGTAAAC
* * * * *
22802 AATTCAACTTAAAATCACTTATGAGATTTTAAAACCATTCAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTAGAG
1 AATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTGA-AG
* * *
22867 GAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTGTTGAGGT
65 GAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTT-TTGAGGT
* * * * * *
22932 AGGCATTCAATTATAATATGTTTTAA-TGAAAAATATAAAGAAATTCAACT-TAAATGCGATTAT
128 AGG-ATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATAAAAAAAAATTGAACTCAAAAT-CAATTTT
* ** *
22995 GAGATTATAAAATCATTT-AAGCCTAGTAATAATACTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGA
190 GAGATTATAAAATCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGAGACTATAAATAGA
** * *
23059 CTTTTTTTTCAAATAAATGGGTTTTTCTACATGTTTGTCATTGTAGACCTTCAATTATAATCTGT
254 CTTTTTTTTCAAATAAATGTATTTTTCTACATGTTT-TCATGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
23124 TTTAAGCAAAAAATG-AGAAC
318 TTTAAGC-AAAAATGTA-AAC
* * *
23144 AGATTGAACTTAAAATCAATTTTGTGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTGACAAGGCTTCTGAA
1 A-ATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTT-TGAA
* * * * * *** **
23209 GGAATGGGTGACAATAAATGGTCTTTTCGTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCCCAATT
64 GGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTT-TTGAGG
* *
23274 TAGAGATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAAAAATTGAACTCAAAATCAAT
127 TAG-GATTCAATTATAATATGTTTTAA-CTAAAAA-T--AAAAAAAAATTGAACTCAAAATCAAT
* * * *
23339 TTTGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGAAATGAGAGACTATAAATA
187 TTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGAGACTATAAATA
* * * * * * * *
23404 GACTTTTCTTACCAATGAATGTTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT-GCACATTCAATTATTATC
252 GACTTTTTTTTCAAATAAATGTATTTTTCTACATGTTT-TCATGGTAG-ACATTCAATTATAATC
23468 -GTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAC
315 TGTTTTAAGC-AAAAATGT-AAAC
* * *
23490 ACTTGAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
1 AATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
23541 TAAGCCTTNN
Statistics
Matches: 608, Mismatches: 104, Indels: 52
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 8 0.01
341 119 0.20
342 30 0.05
343 245 0.40
344 15 0.02
345 53 0.09
346 12 0.02
347 119 0.20
348 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (336 bp):
AATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTGAAGG
AATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTTTGAGGTAGG
ATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAAATTGAACTCAAAATCAATTTTGAGATT
ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTTT
TTCAAATAAATGTATTTTTCTACATGTTTTCATGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAGCA
AAAATGTAAAC
Found at i:23541 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 22455--23544 Score: 968
Period size: 170 Copynumber: 6.3 Consensus size: 170
22445 NNNAAAGTAA
* * * * *
22455 AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGGGTTTT
1 AAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * ** * *
22520 GAAAGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTCTTCTTTATGTTTTTCG
66 GAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTACATGTTTCTCA
* * * *
22585 AGGTAAATATTCAATTATTATATGTTTTAACTAACAATGT
131 AGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATGT
* * * * *
22625 AAAAAAAAATTGAACTCAAAATCAATTTTGAGATTATAAGATCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCT
1 ---AAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * *
22690 TTTGAAGCAATGGGAGACTATAAGTAGACTTTTCTT-CTGAATAAATG-TATTTTTCTACACAT-
63 TTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATAAATGCT-TTTTTCT--ACATG
** * *
22752 TTTCT-GGGGTAGGCATTTAATTA-TAGTCTGTTTTAA-TGAAAAATGT
124 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACT-AAAAATGT
* * * * * *
22798 AAAAAATTCAACTTAAAATCACTTATGAGATTTTAAAACCATTCAAAGTGAGTAACAAGGCTTTT
1 AAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * *
22863 -AGAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC-TTTTTCTACACGTTTGT
66 GA-AGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAAT-GCTTTTTTCTACATGTTTCT
** * * * *
22926 TGAGGTAGGCATTCAATTATAATATGTTTTAA-TGAAAAATAT
129 CAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACT-AAAAATGT
* * * * **
22968 AAAGAAATTCAACTT-AAATGCGATTATGAGATTATAAAATCATTT-AAGCCT-AGTAATAATAC
1 AAA-AAATTGAACTTAAAAT-CAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG--TGAGTAATAAGGC
* * * **
23030 TTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTTTTTCAAATAAATGGGTTTTTCTACATGTTT
62 TTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTACATGTTT
* ** * * *
23095 GTCATTGTAGACCTTCAATTATAATCTGTTTTAAGCAAAAAATG-
127 CTCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CTAAAAATGT
* * * *
23139 AGAACAGATTGAACTTAAAATCAATTTTGTGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTGACAAGGCTT
1 A-AA-AAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * * * * *
23204 CTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGTCTTTTCGTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCC
64 TTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTACATGTTTCT
** * * * *
23269 CAATTTAGAGATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGT
129 CAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATGT
* * *
23311 AAAAAAAAAAATTGAACTCAAAATCAATTTTGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
1 -----AAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * * * *
23376 TTTTTGAAGAAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGTTTTTTTCTTCATGTT
61 CTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTACATGTT
23441 TCTCAAGGT-GCACATTCAATTATTATC-GTTTTAACTAAAAATGT
126 TCTCAAGGTAG-ACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATGT
* * * *
23485 AAAACACTTGAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAG
1 AAAA-AATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
23545 CCTTNNNNNN
Statistics
Matches: 745, Mismatches: 139, Indels: 69
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 9 0.01
170 189 0.25
171 130 0.17
172 131 0.18
173 135 0.18
174 20 0.03
175 125 0.17
176 2 0.00
177 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
GAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTACATGTTTCTCA
AGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATGT
Found at i:24552 original size:174 final size:172
Alignment explanation
Indices: 24192--25063 Score: 876
Period size: 172 Copynumber: 5.1 Consensus size: 172
24182 NNNNNNAACT
* * * *
24192 ATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCGAATG
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * ** * *
24257 AATGACTTTTCTAC-ACAT-TTGCT-AAGGTAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAAGC-AAACA
66 AATG-CTTTT-TTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTTTTTTAA-CTAAAAA
24318 A-TAAAAATAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-C
128 AGTAAAAA-AAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATC
* * * * *
24362 AATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTGTTCATGCCAAT
1 -ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * *
24427 GAATGCTTTCTTCTTCATGTTTGTCGATGTAGAGACTCAATTATAATCTTTTTTAA-TAAAAAAA
65 GAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTTTTTTAACT--AAAAA
*
24491 AGTAAAAAACAATTGAACTCAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATC
128 AGTAAAAAA-AATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATC
* * * * *
24537 TTTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAA-GAAGTGAGAGACTACAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * *
24601 GAATGCTTTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGCTAAACATTCAATTATTAT-TATTTTTAACTAAAAAT
65 GAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCT-TTTTTAACTAAAAAA
* * * *
24665 GTAAAACAAATGGAACTTAAAATTAATTTTGAGATCATAAAATC
129 GTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATC
* * *
24709 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATGAGAGACGATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * *
24774 AATGGTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTATCTATTCTAACTAAAAATGT
66 AATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAAAGT
* * *
24839 AAAAGAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAGATC
131 AAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATC
* * * * * * * *
24881 ATTTAAAACGAGTAATAAGTCTTGTGAAGAAATGGGAGGCTATAAGTAGACTTTTCTT-CTGAAT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAAT
* * * * * * * *
24945 AAATG-TATTTTTCTACACGTTT-TTGAGGTAAACATTTAATTATAGTC-TATTTAAATGAAAAA
65 GAATGCT-TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTTTTTTAACT-AAAAA
* * * * * *
25007 TGT--AAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATAAGATTTTAAAACC
128 AGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATC
*
25049 ATTTAAAGTGAGTAA
1 ATTTAAAGCGAGTAA
25064 CAAGTCTATC
Statistics
Matches: 593, Mismatches: 91, Indels: 37
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 33 0.06
169 14 0.02
170 12 0.02
171 96 0.16
172 276 0.47
173 26 0.04
174 134 0.23
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
AATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAAAGT
AAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATC
Found at i:25376 original size:173 final size:172
Alignment explanation
Indices: 25075--26307 Score: 1072
Period size: 172 Copynumber: 7.2 Consensus size: 172
25065 AAGTCTATCC
* * * *
25075 AAAACAGTAAAAAAAAATGAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCACTTAAAGCGAGTA
1 AAAAAAGTAAAAAAAATTG-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * ** * *** ***
25140 ATAATGG-TTTTAAAAGAAAT-AAAGAGTATAAATGGACTTTTCTTAATAATGAATTCTTTTTTC
65 ATAA-GGCTTTT-GAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTC
* *
25203 TTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACT
128 TTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
25248 AAAAAAGTGAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
1 AAAAAAGT-AAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* *
25313 ATAAGAG-TTTTAAAGGAGA-GGGAGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATGGGTTTTTC
65 ATAAG-GCTTTTGAAGGA-ATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTC
* * *
25376 TTCATGTTTCTCGAGGTAAATATTCAATTATTATCTGTTTTAACT
128 TTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
** * * *
25421 AAAATTGTAAAAGAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGA-AGTTATAAAATCGTTTAAAGCGAGTA
1 AAAAAAGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * * *
25485 ATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAGTAGATTTTTCTT-CTGAATAAATGTGTTTGTCT
65 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGGTTTTTCT
* * * * * *
25549 TAATGTTT-TCTGAGGCAGGCATTTAATTATAGTCTATTTTAA-T
129 TCATGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * * * *
25592 GAAAAATGT--AAAAAATT-AATCTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACTATTTAAAGTGAGT
1 -AAAAAAGTAAAAAAAATTGAA-CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * *
25654 AACATGGCTTTTAAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCT
64 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCT
* * * * *
25719 ACACGTCTACT-GAGGTAGGCATTTAATTATAATCTGTTTTAA-T
129 TCATGT-TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * * ** * *
25762 GAAAAA-TATAAAAAAATTCAACTT-AAATACAATTATGAGATTATAAAGTCATTTAAGGCTAGT
1 AAAAAAGTA-AAAAAAATTGAACTTAAAAT-CAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
*** * * *
25825 AATAAGGCTTTTGAAGGAATAAAAGATTATAAATGGACTTTTATT-CCAAATAAATGGGTTTTTC
64 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGGGTTTTTC
* * *
25889 TACACT-TTTCTC-ATCGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAGC-
128 TTCA-TGTTTCTCGA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CT
* ********** *
25934 AAAAAA-TAAAAAGAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGGGATTANNNNNNNNNNTAAAGTGAGTA
1 AAAAAAGTAAAAA-AAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * **
25998 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTATTCGTGCCAATGAATGCTTTTTTCTT
65 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTT
* * * * *
26063 CATGTTTGTCGATGTAGAGACTCAATTATAATCTTTTTTAACT
130 CATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * *
26106 AAAAAAGTAAAAAACAATTGAACTCAAAATCAATTTTTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTG
1 AAAAAAGTAAAAAA-AATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * **
26171 ATAAGGCTTTCGAAGGAATGAG-GACTATAAATGGACATTTCTTACCAATAAATGTTTTTTTCTT
65 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTT
** * * * * * * *
26235 CACATTTCTCAACGTACACATCCAATTGTAGTCTGTTTTCACCT
130 CATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACT
* * *
26279 -AAAATGT-AAAACAATTCAACTTAAAATCA
1 AAAAAAGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCA
26308 GTTATNNNNN
Statistics
Matches: 854, Mismatches: 171, Indels: 73
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 6 0.01
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171 139 0.16
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173 212 0.25
174 10 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
AAAAAAGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTC
ATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
Found at i:26092 original size:513 final size:515
Alignment explanation
Indices: 25085--26312 Score: 1169
Period size: 513 Copynumber: 2.4 Consensus size: 515
25075 AAAACAGTAA
* *
25085 AAAAAAATGAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-TCACTTAAAGCGAGTAATAATGG-T
1 AAAAAAAT-TAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAA-AATGGCT
* * * ** * *
25148 TTTAAAAGAAAT-AAAGAGTATAAATGGACTTTTCTTAATAATGAAT-TCTTTTTTCTTCATGTT
63 TTT-AAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTC-TTTTTCTACACGTT
* *
25211 TCTCGAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGTGAAAAAAAATTGAACTTAAA
126 ACTCGAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGTGAAAAAAAATTCAACTTAAA
* ***
25276 ATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGAGTTTTAAAGGAGAGGGAGACTA
191 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGAGTTTTAAAGGAGAAAAAGACTA
* * * * *
25341 TAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAATATTCAATTA
256 TAAATGGACTTTTCATGCCAATAAATGGGTTTTTCTACATGTTTCTCGACGCAAACATTCAATTA
* * * *
25406 TTATCTGTTTTAACTAAAATTGTAAAAGAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAAGTTATAAAATC
321 TAATCTGTTTTAACAAAAAATGAAAAAGAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAAGTTATAAAATC
* * * * * *
25471 GTTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAGTAGATTTTTCTTCTGAATA
386 GTTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGAGACAATAAATAGACTATTCTGCTCAATA
* * * *
25536 AATGTGTTTGTCTTAATGTTTTCTGAGGCAGGCATTTAATTATAGTCTATTTTAA-TGAAAAATG
451 AATGTGTTTGTCTTAATGTTTTCTGAGGCAGGCACTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAAAG
25600 T
515 T
* * * *
25601 -AAAAAATTAATCTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACTATTTAAAGTGAGTAACATGGCTTT
1 AAAAAAATTAA-CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAAATGGCTTT
* * *
25665 TAAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTCTACT
65 TAAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTACACGT-TACT
** *
25730 -GAGGTAGGCATTTAATTATAATCTGTTTTAA-TGAAAAA-T-ATAAAAAAATTCAACTT-AAAT
129 CGAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGTGA-AAAAAAATTCAACTTAAAAT
** * * * *
25790 ACAATTATGAGATTATAAAGTCATTTAAGGCTAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGA-ATAAAAGATT
193 -CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGAG-TTTTAAAGGAGA-AAAAGACT
* *
25853 ATAAATGGACTTTT-ATTCCAAATAAATGGGTTTTTCTACACT-TTTCTC-ATCGCAGACATTCA
255 ATAAATGGACTTTTCATGCC-AATAAATGGGTTTTTCTACA-TGTTTCTCGA-CGCAAACATTCA
* *
25915 ATTATAATCTGTTTTAAGCAAAAAAT-AAAAAGAAATTGAACTTAAAATCAATTTTG-GGATTAN
317 ATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATGAAAAAGAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAAG-TTAT
********* * * * *
25978 NNNNNNNNNTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTATTCGTG
380 AAAATCGTTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGAGACAATAAATAGACTATTC-TG
* * * * * *
26043 C-CAATGAATGCT-TTTTTCTTCATGTTTGTC-GATGTAGAG-ACTCAATTATAATCTTTTTTAA
444 CTCAATAAATG-TGTTTGTCTTAATGTTT-TCTGAGGCAG-GCACTCAATTATAATCTATTTTAA
26104 CTAAAAAAGT
506 CTAAAAAAGT
* * * *
26114 AAAAAACAATTGAACTCAAAATCAATTTTTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAA-GGC
1 -AAAAA-AATT-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGT-AAAATGGC
** * * * * * *
26178 TTTCGAAGGAATGAG-GACTATAAATGGACATTTCTTACCAATAAATGTTTTTTTCTTCACATTT
62 TTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTACACGTTA
* * * ** * * * * *
26242 CTCAACGTACACATCCAATTGTAGTCTGTTTTCACCT--AAAA-TGTAAAACAATTCAACTTAAA
127 CTCGAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTT-AACTAAAAAAGTGAAAAAAAATTCAACTTAAA
*
26304 ATCAGTTAT
191 ATCAATTAT
26313 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 578, Mismatches: 104, Indels: 61
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
512 13 0.02
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517 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (515 bp):
AAAAAAATTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAAATGGCTTTT
AAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTACACGTTACTCG
AGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGTGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGAGTTTTAAAGGAGAAAAAGACTATAAAT
GGACTTTTCATGCCAATAAATGGGTTTTTCTACATGTTTCTCGACGCAAACATTCAATTATAATC
TGTTTTAACAAAAAATGAAAAAGAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAAGTTATAAAATCGTTTA
AAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGAGACAATAAATAGACTATTCTGCTCAATAAATGT
GTTTGTCTTAATGTTTTCTGAGGCAGGCACTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAAGT
Found at i:28576 original size:173 final size:171
Alignment explanation
Indices: 28111--28906 Score: 673
Period size: 171 Copynumber: 4.7 Consensus size: 171
28101 NNNNNNNNNN
** * * ** * *
28111 GGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACTTTTTTCATTACAACCA-ACT
1 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTA-AAACAGATT
* * * * *
28174 GTAATTG-ATGTGTACCT-TAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
65 ATAATTGAAT-TCTACATCTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATT
28237 TATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGACTTATTACTCACTTTAAAT
129 TATAGTCACCCATT-CTTTCAAAA-ACTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * * * * **
28281 GATTTTATATTCTCATAACTGATTTTAAGTTCAA-GTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACAA
1 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGATTA
* * * *
28345 TAATTGAA-TATACATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCACTCATTGGTAATAAAAGTCCATTT
66 TAATTGAATTCTACATC-TGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
* * *
28409 ATAATCTCTCATTCTTTCAAAAATCTTATTACTCACTTTAAAT
130 ATAGTCACCCATTCTTTCAAAAA-CTTATTACTCACTTTAAAT
* *
28452 GGTTTTATAAACTCAAAATTGATTTTGAGTTCAATTTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGATT
1 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGATT
*
28517 ATAATTGAATCTCTACATC-GAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGTACA-AAAAGTCCAT
65 ATAATTGAAT-TCTACATCTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTA-AGAAAAGTCCAT
* * * *
28580 TTATTGTCACCCATT-TCTTCAAAAGCCTTGTCACTCACTTTAAAT
128 TTATAGTCACCCATTCT-TTCAAAA-ACTTATTACTCACTTTAAAT
* * *
28625 GGTTTTATAATCAT-AAAATTGATTTTAAGTTCAATCTGTTTT-CATTTTTTGCTTAAAACAGAT
1 GGTTTTATAATC-TCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAC-TTTTTTGGTTAAAACAGAT
* * ** * * ** * *
28688 TATAATTGAATGTCTACA-ATGATAAATGTGTA-AAACACCCATTTATTTGG-AAGAAAAGTCTA
64 TATAATTGAAT-TCTACATCTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA-TTGGTAAGAAAAGTCCA
* *
28750 TTTATAGTCTCCCATT-TCTTCAAAAGCATTATTACT-A-TGCTTAAAT
127 TTTATAGTCACCCATTCT-TTCAAAAAC-TTATTACTCACT--TTAAAT
* * * * **
28796 GGTTTTATAATCTCATAACTGCA-TTTAAGTTGAA-TTTTTTTA-TATTCTTCATTAAAACAGAT
1 GGTTTTATAATCTCAAAATTG-ATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACT-TTTTTGGTTAAAACAGAT
** * * * *
28858 TATAATTGAAAGCCTACCTC-GACAAACATGTAGAAAAAACCATTCATTG
64 TATAATTG-AATTCTACATCTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTG
28907 ACAAGAAAGT
Statistics
Matches: 514, Mismatches: 84, Indels: 56
0.79 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.02
170 106 0.21
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174 2 0.00
175 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGATTA
TAATTGAATTCTACATCTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
TAGTCACCCATTCTTTCAAAAACTTATTACTCACTTTAAAT
Found at i:28834 original size:344 final size:341
Alignment explanation
Indices: 28193--28914 Score: 802
Period size: 344 Copynumber: 2.1 Consensus size: 341
28183 GTGTACCTTA
*
28193 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * *
28258 AAGACTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATATTCTCATAACTGATTTTAAGTTCAAGTGTTTTA
66 AAGACTTATCACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAAGTTCAACTGTTTTA
* * *
28323 CATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATATACATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCACTC
131 CATTTTTGCTTAAAACAGACAATAATTGAATATACA-CATGAGAAACGTGAAGAAAAAACCACTC
* * *
28388 ATTGGTAATAAAAGTCCATTTATAATCTCTCATTCTTTCAAAAATCTTATTACTCACTTTAAATG
195 ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCTCCCATTCTTTCAAAAAGCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * **
28453 GTTTTATAAACTCAAAATTGATTTTGAGTTCAATTTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGATTA
260 GTTTTATAAACTCAAAACTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATA--TTCTTCATTAAAACAGATTA
*
28518 TAATTG-AATCTCTACATCG
323 TAATTGAAAGC-CTACATCG
* * * *
28537 AGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGTACA-AAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTTCTTCA
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * *
28601 AAAGCCTTGTCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCAT-AAAATTGATTTTAAGTTCAATCTGTT
65 AAAGACTTATCACTCACTTTAAATGATTTTATAATC-TCAAAACTGATTTTAAGTTCAA-CTGTT
** * * * * * *
28665 TT-CATTTTTTGCTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-CTACAATGATAAATGTGTA-AAACACC
128 TTACA-TTTTTGCTTAAAACAGACAATAATTGAATATAC-AC-ATGAGAAACGTGAAGAAAAAAC
* * * *
28727 CATTTATTTGG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATT-TCTTC-AAAAGCATTATTACT-A-
190 CACTCA-TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCTCCCATTCT-TTCAAAAAGC-TTATTACTCAC
* * *
28787 TGCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGCA-TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTCTTCATTAA
252 T--TTAAATGGTTTTATAAACTCAAAACTG-ATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTCTTCATTAA
*
28851 AACAGATTATAATTGAAAGCCTACCTCG
314 AACAGATTATAATTGAAAGCCTACATCG
* * * *
28879 ACAAACATGTAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAA
28915 GTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 316, Mismatches: 48, Indels: 30
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
341 1 0.00
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344 195 0.62
345 51 0.16
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
AAGACTTATCACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAAGTTCAACTGTTTTA
CATTTTTGCTTAAAACAGACAATAATTGAATATACACATGAGAAACGTGAAGAAAAAACCACTCA
TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCTCCCATTCTTTCAAAAAGCTTATTACTCACTTTAAATGG
TTTTATAAACTCAAAACTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTCTTCATTAAAACAGATTATAA
TTGAAAGCCTACATCG
Found at i:29931 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 29192--31810 Score: 2317
Period size: 171 Copynumber: 15.3 Consensus size: 171
29182 NNNNNNNNNN
* * **
29192 CATTCCTTCAAAA-CCGTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGT
1 CATTCCTTCAAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT
* * * *
29256 TAAATTGTTTTAAATTTTTCATTAAAACAGACTACAATTGGATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG
65 TGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG
* *
29321 AAAAAAGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
130 AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC
* * *
29363 CATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTATGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
29428 CAATT-TTTTCATAATTTTTCATTAAAACAGACAATAATTGGATGTTTACCTCGAGAAACATGAA
66 GAATTGTTTT-A-CATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA
* * *
29492 GAAAAAAGCATTCGTTAGCAAGAAAA-TCCCATTTATAGTCTCT
129 GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-CCATTTATAGTCTCC
* *
29535 CATTCCTTCAAAA-CCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAAT
1 CATTCCTTCAAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT
* * ** * * ** * **
29599 T-AATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTAAAAAATGTGAAG
65 TGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG
* * *
29663 AAAAAAGCATTCATTGG--TGAAAAGGTCCATTAATAGTCACC
130 AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCTCC
* * * * *
29704 AATTCCTTCAAAA-CTCTTATTGCTCGTTTTAAATGGTTTAATAATCT-ACTAATTGATTTTAAG
1 CATTCCTTCAAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AAATTGATTTTAAG
* * * * * * * * * *
29767 TCGAATTGTTTCAGATTTTTCACTCAAACAGACTACAATTGAATGTGTACCTCAAGAAACGTAAA
64 TTGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA
* *
29832 GAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
129 GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC
* * * * * *
29875 TATTCCTTTAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTGAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
* * * ** * * * * * *
29940 CAAGTTTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATCTTTGA-ATTGAAAAACATG
66 GAA---TTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACCTCGAGAAACATG
* * * * *
30004 AAGAAAAAAACATTCATTGGCACGAAAAGTCCATTTATTGTCACT
127 AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC
* * * * *
30049 TATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCTCTTTAAATGCTTTTATAATCAC-AAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
* * * * ** * * * **
30113 CACTCTATTTT-TATTTTTGC-TTAAAACAGTTTATATTTGAATGTCTACGAT-GGGAAAGGT-A
66 GAAT-TGTTTTACATTTTT-CATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-CTCGAGAAACATGA
** * * *
30174 TAGAAAAATCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC
128 -AGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC
* *
30219 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGGC-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-TATTTAAG
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT-TTTAAG
* * * * * * * * *
30282 TTGAATT-TCTTA-TTATTTTCATTAAAACAGATTATAATTAAATGCCTACCTCAATAAACGTGT
64 TTGAATTGTTTTACAT-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGA
* * *
30345 AG-AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCTCA
128 AGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC
* * * * * * * *
30389 CATTCCTTTAATAGACTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAATT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
30454 GAATT-TTTTACATTTTTCATTAAAATAGAGTATAATTAAATGTCTACCT-TAGAAA-ACGTATA
66 GAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG-A-A
* * * * *
30516 GAAAAATA-CATTTATTCAG-AAGAAAAGTCTACTTATAGCCTCC
129 GAAAAA-AGCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC
* * * * *
30559 CATTTCTTCAAAAGACTTATTACTCGTTTTAAATGATCTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
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* * *
30624 TAATT-TCTTATACATTTTT-AGTTAAAATAGA-TAATAATTG-ATGT-TCACCTCGAGAAATAT
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* * *
30684 GAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATCGTCTCC
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* * * * *
30730 CATTTCTTCAAAACCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATGATCTCAAAATTAATTTTAAGTT
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* * * * *
30795 TAATTTGTTTTACATTTTTGATTAAAA-A-AATAATGATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAA
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*
30858 -AAAGAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTC
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* * * * *
30901 CACTT-CTTCAAAACCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTGAAAATTGGTTTTAAGT
1 CA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT
* * * ** * * * * ** ** *
30965 TCACTTTGTTTTTCACTTGTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATATCTACGTTAAGAAATGTA
65 TGA-ATTGTTTTACA-TT-TTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG
* * * * * *
31030 AAGAAAATATCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACT
127 AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC
* * * * **
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1 CATTCCTTCAAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT
* * * * *
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65 TGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG
** *
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130 AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CC
* * * *
31246 TATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
31311 TAATT-TTTTCAATATTTTTCATTAAAATAGA-TAATAATTGAATGTTTACCTC-ATGAAACATA
66 GAATTGTTTT--ACATTTTTCATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATG
* *
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* * * * * *
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1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
* * * * * *
31483 GAATT-TTTTACATTTTTTATTATAACAGACTATAATTAAATGTCTGCCTC-AGAAAACGTGTAG
66 GAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACATGAAG
* * * ** * *
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* * *
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1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT-TGATTTTAAGT
* * ** ** * * * *
31651 TTAATTTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAATAGA-TAATAATTGAATGTTTATCTCGAGAAACATGC
65 TGAA-TTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGA
* * *
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* * *
31759 CATTTCTTTAAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
31811 NNNNNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (171 bp):
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GAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGA
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Found at i:31670 original size:341 final size:341
Alignment explanation
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29182 NNNNNNNNNN
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* * ** * * * *
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*
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* * * * *
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* * * * **
29450 TAAAACAGACAATAATTGGATGTTTACCTC-GAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCGTT-AGCAA
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*
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* * *
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** * * ** * **
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* * * *
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130 AAAAAAGCATTCATTGGAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC-CTTATTA
* * * * * *
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* * * * * **
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*
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* * * * *
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1 CATTCCTTCAAAA-GCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * *
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* * * ** *
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127 AAGAAAAAAGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * * *
30069 TACTCTCTTTAAATGCTTTTATAATCACA-AATTGATTTTAAGTTCACTCTATTTT-TATTTTTG
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** * * * * **
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*
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* *
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* * * * * * * * * *
30282 TTGAA-TTTCTTATTA-TTTTCATTAAAACAGATTATAATTAAATGCCTACCTCAATAAACGTGT
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* * * * * * * *
30345 AG-AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCTCACATTCCTTTAATAGACTTGT
128 AGAAAAAAG-CATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
30409 TACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATT-TTTTACATTTTTCA
191 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCA
* * * *
30473 TTAAAATAGAGTATAATTAAATGTCTACCTTAGA-AAACGT-ATAGAAAAATA-CATTTATTCAG
256 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGAGAAACGTGA-AGAAAAA-AGCATTTATTCA-
* * *
30535 AAGAAAAGTCTACTTATAGCCTCC
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* * * *
30559 CATTTCTTCAAAAGACTTATTACTCGTTTTAAATGATCTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
* * ** * * *
30624 TAATTTCTTATACATTTTT-AGTTAAAATAGATAATAATTG-ATGT-TCACCTCGAGAAATATGA
65 TAATTTTTTTTTTATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTCGAGAAACATGA
* * * * * *
30686 AGAAAAAAGCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATCGTCTCCCATTTCTTCAAAACCCTTATT
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* * * * * *
30751 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATGATCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAATTTGTTTTACATTTTTGA
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* * * * *
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*
30877 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTC
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* * * * *
30901 CACTT-CTTCAAAACCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTGAAAATTGGTTTTAAGT
1 CA-TTCCTTCAAAA-GCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * * ** ** *
30965 TCACTTTGTTTTTCACTTGTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATATCTACGTTAAGAAATGTA
64 TTAATTTTTTTTTTA-TT-TTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG
* * * * * * * *
31030 AAGAAAATATCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATTACTTTAAAA-CTGTTA
127 AAGAAAAAAGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC-CTTA
* *
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* * * * * * *
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255 ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTTATT--CA
** *
31222 AAGAAAAGTAGATTTATAGT-TACA
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* * *
31246 TATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAA-GCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
*** * * * * *
31311 TAATTTTTTCAATATTTTTCATTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTACCTC-ATGAAACATAAA
65 TAATTTTTTTTTTATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAA
* * * * * *
31375 GAAAAAAGCATTCATTGTGAAGAAAAATCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTTAAAAGCCTTGTTG
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* * *
31440 CTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTATT
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* * * * * *
31504 ATAACAGACTATAATTAAATGTCTGCCTCAGA-AAACGTGTAGAAAAACA-CATTTACTCAAAAA
258 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGAGAAACGTGAAGAAAAA-AGCATTTATTCAAAGA
** * *
31567 AAAGTAAACTTATAGCCTCC
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* *
31587 CATTGCTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATAT-ATTTTAAGT
1 CATTCCTTCAAAAGC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT-TGATTTTAAGT
* * * * * *
31651 TTAATTTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTATCTCGAGAAACATGCA
64 TTAATTTTTTTTTTATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA
* * * * * * *
31716 GAAAAGAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTTCTTTAAAATCCTTATTA
129 GAAAAAAGCATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
31781 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
193 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
31808 AAANNNNNNN
Statistics
Matches: 1852, Mismatches: 341, Indels: 162
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 15 0.01
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Consensus pattern (341 bp):
CATTCCTTCAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTT
AATTTTTTTTTTATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGA
AAAAAGCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAA
ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTTATTCAAAGAAAAG
TCCATTTATAGTCTCC
Done.