Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403284.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_959.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4897
ACGTcount: A:0.25, C:0.10, G:0.08, T:0.27
Warning! 1445 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1886 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1513--2736 Score: 1172
Period size: 170 Copynumber: 7.2 Consensus size: 170
1503 NNNNNNNNNN
* * * * *
1513 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTATA-TTGAATTATTTTACATTTTTCATTAAAA
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTGTTTTATATTTTTCGTTAAAA
* * * * * **
1577 TTAGACATAATTGAATGCCTACTTTGGGAAACATTTAGAAAAA-GCTATTCATTGAG-AAGAAAA
65 -CAGATATAATTGAATGTCTACTTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGC-ATTCATTG-GCAAGAAAA
* * *
1640 GT-CATTGATAGTCATCC-ATTCTTTCAAATGCCTTATTACTCAC
127 GTCCATTTATAGTCA-CCTATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCGC
* *
1683 TTTAAAT-AGTTTTATAAT-TCGATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTGATATTTTTGGTTAAA
1 TTTAAATGA-TTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTCGTTAAA
* * *
1746 ACAGATAATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATCCATTGGCAAGAAAAG
64 ACAGAT-ATAATTGAATGTCTACTTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG
** * * * * *
1811 TTTATTTATACTCACCCATTCCTTCAAATACCTTATTACTGGG
128 TCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCGC
* * *
1854 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTCATGTTTTTTGTTAAAAC
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTCGTTAAAAC
* * **
1919 AGACAATAATTGAATGTCTACCTT-GAGACATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
66 AGA-TATAATTGAATGTCTA-CTTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * *
1983 CCATTTATAGTCACATATTCCTTCAAATGCCTTATTACTAGG
129 CCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCGC
* * * *
2025 TTTAAATGGTTTTATAATCCCAT-ATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTCATATTTTTTGTTAAAAC
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTCGTTAAAAC
* * * * * *
2089 AGACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAA-AACAATGGCATTCATTGGCAAAAAAAGT
66 AGA-TATAATTGAATGTCTACTTCGAGAAACATGAAGAA-AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* *
2153 TCATTTATAGTCACCTATT-CTATCAAAAGCCTTATTACTCGC
129 CCATTTATAGTCACCTATTCCT-TCAAATGCCTTATTACTCGC
* * *
2195 TTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTGTTATATTTTTCATTAAAA
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTT-TTATATTTTTCGTTAAAA
* * * *
2259 TAGACTATAATTGAATGCCTA-TCTCGATAAACATG--TAAAAAGGCCATTCATTGAG-AAGAAA
65 CAGA-TATAATTGAATGTCTACT-TCGAGAAACATGAAGAAAAAGG-CATTCATTG-GCAAGAAA
* * * *
2320 AGTCCATTTATAGCCACCAATTCCTTTGAAA-GCCTTATTACTCAC
126 AGTCCATTTATAGTCACCTATTCC-TTCAAATGCCTTATTACTCGC
* * *
2365 TTTAAAT-ATTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTCTATTTTTCATTAAAA
1 TTTAAATGATTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTCGTTAAAA
* * * *
2429 CAAACTATAATTGAATG-CCAATATCGAGAAACATGTA-AAAAA-GCAATTCATTGAG-AAGAAA
65 CAGA-TATAATTGAATGTCTACT-TCGAGAAACATGAAGAAAAAGGC-ATTCATTG-GCAAGAAA
* * * * * *
2490 AGTCTATTTATTGTTACTTATTCCTTCGAAA-GTCGTATTACTCGC
126 AGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTC-AAATGCCTTATTACTCGC
* * * * *
2535 TTTAAATTG-TTTTATAATCTAATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAA
1 TTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTCGTTAAAA
* * * * * *
2598 CATACTATAATTGAATGTCTACTCCAAGAAACATGAAAAAAAAGGCATTCATTGCCAAGAATAGT
65 CAGA-TATAATTGAATGTCTACTTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
2663 CCATTAATAGTCATCTATT--TTAACAAAAGCCTTATT-CTTCAC
129 CCATTTATAGTCACCTATTCCTT--CAAATGCCTTATTAC-TCGC
* *
2705 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTT
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTT
2737 GATGTCGAAT
Statistics
Matches: 899, Mismatches: 114, Indels: 82
0.82 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 67 0.07
170 542 0.60
171 281 0.31
172 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTCGTTAAAAC
AGATATAATTGAATGTCTACTTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCGC
Found at i:2143 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 1513--2736 Score: 1236
Period size: 341 Copynumber: 3.6 Consensus size: 336
1503 NNNNNNNNNN
* *
1513 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTATA-TTGAATTATTTTACATTTTTCATTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATT-TTTTATATTTTTCATTAAAA
* * *
1577 TTAGAC-ATAATTGAATGCCTACTTTGGGAAACATTTAGAAAAA-GCTATTCATTGAGAAGAAAA
64 -CAGACTATAATTGAATGCCTACCTT--GAAACATTAAGAAAAAGGC-ATTCATTGAGAAGAAAA
* * *
1640 GT-CATTGATAGTCATCC-ATTCTTTCAAATGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATTC
125 GTCCATTTATAGTCA-CCAATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCC
* * * *
1703 GATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTGATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA
188 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTCATATTTTTCGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTA
* * * * *
1768 CTTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATCCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATACTCACCCATTCC
253 CATCGAGAAACGTG-A-AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCTATTCC
* *
1833 TTCAAATACCTTATTACTGGG
316 TTCAAATACCTTATTACTCGC
* * * **
1854 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTCATGTTTTTTGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTCATTAAAAC
* * *
1919 AGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGACATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGT
65 AGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAAACAT-T-AAGAAAAAGGCATTCATTGAG-AAGAAAAGT
*
1983 CCATTTATAGTCA-CATATTCCTTCAAATGCCTTATTACT-AGGTTTAAATGGTTTTATAATCCC
127 CCATTTATAGTCACCA-ATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCA-CTTTAAAT-GTTTTATAATCCC
*
2046 AT-ATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTCATATTTTTTGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTAC
189 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTCATATTTTTCGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTAC
* * * *
2110 CTCAAGAAACGTGAAAACAATGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATT-CT
254 ATCGAGAAACGTGAAAA-AA-GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCTATTCCT
2174 ATCAAA-AGCCTTATTACTCGC
317 -TCAAATA-CCTTATTACTCGC
* *
2195 TTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTATATTTTTCATTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTTTCATTAAAAC
* *
2260 AGACTATAATTGAATGCCTATCTCGATAAACA-T--GTAAAAAGGCCATTCATTGAGAAGAAAAG
65 AGACTATAATTGAATGCCTACCTTG--AAACATTAAG-AAAAAGG-CATTCATTGAGAAGAAAAG
* * * *
2322 TCCATTTATAGCCACCAATTCCTTTGAAA-GCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTCATAATCTC
126 TCCATTTATAGTCACCAATTCC-TTCAAATGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTT-ATAATCCC
* * * * * *
2386 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTC-TATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGCCAA
189 ATAATTGATTTTAAGTTGAATT-GTTTCATATTTTTCGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTA
* * * * * *
2450 TATCGAGAAACATGTAAAAAA-GCAATTCATTGAG-AAGAAAAGTCTATTTATTGTTACTTATTC
253 CATCGAGAAACGTG-AAAAAAGGC-ATTCATTG-GCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCTATTC
*
2513 CTTCGAAAGT--CGTATTACTCGC
315 CTTC-AAA-TACCTTATTACTCGC
* * * * **
2535 TTTAAATTGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTT-TACATTTTGGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTTTCATTAAAAC
* * ** * * ** *
2599 ATACTATAATTGAATGTCTACTCCAAGAAACATGAAAAAAAAGGCATTCATTGCCAAGAATAGTC
65 AGACTATAATTGAATGCCTA--CCTTGAAACATTAAGAAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTC
* * * * *
2664 CATTAATAGTCATCTATT--TTAACAAAAGCCTTATT-CTTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
128 CATTTATAGTCACCAATTCCTT--CAAATGCCTTATTAC-TCACTTTAAAT-GTTTTATAATCCC
*
2726 ATAATTAATTT
189 ATAATTGATTT
2737 GATGTCGAAT
Statistics
Matches: 747, Mismatches: 92, Indels: 89
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
337 2 0.00
338 3 0.00
339 61 0.08
340 231 0.31
341 383 0.51
342 63 0.08
343 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (336 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTCATTAAAACA
GACTATAATTGAATGCCTACCTTGAAACATTAAGAAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACCAATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTATAATCCCATAATTG
ATTTTAAGTTGAATTGTTTCATATTTTTCGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACATCGAGA
AACGTGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAATACC
TTATTACTCGC
Found at i:3260 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2962--4168 Score: 1239
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 170
2952 NNNNNNNNNN
* * * * **
2962 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-AGTCAAAATT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACA
* * *
3026 GACTATAGA-TGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAG-TATTCATTGGCAAGAAAAGT
65 GACTATA-ATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGT
* * * *
3089 CTATTTACAGTCACCCATTTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTC
127 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
3133 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG
* * * * *
3198 ACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTTATTGGTAAAAAAAGTCCA
66 ACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCA
* * * *
3263 TTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAACCTTGTTACTCACTT
130 TTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
3304 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTCTCATTAAAACAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG
* * * * * *
3369 ACTATAATTAAATGCCTACCTTAGGAAACGTGTAGAAAAAGCCATACATTGAGGAGAAAA-TCCC
66 ACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GAAGAAAAGT-CC
* ** * **
3433 ATTTATAATCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTATTACTCATTT
129 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
** * * * * ** *
3475 TAAATAATTTTATAATCTTATAAGTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG
* * ** * * *
3540 AC-AGTAATTGGATGTCTACCTCAAGAAACAAGAAGAAAAAGGCAGTCATTGTCAAGAAAAGTCC
66 ACTA-TAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GAAGAAAAGTCC
* ** * *
3604 ATTTATGGTCA-CCACTTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTT
129 ATTTATAGTCACCCA-TTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
** * * * * ** * *
3646 TAAACAGTTTTATAATATGATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTCAAAATAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG
* * * * *
3711 ACTATAAATGAATGTCCACTTTGAGAAATGTGAAGAAACAAG-CA-TCAATTGGCAAGAAAAGTC
66 ACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAA-AAGCCATTC-ATTGG-AAGAAAAGTC
3774 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
128 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * *
3817 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG
* * * * * * *
3882 ACTATAATTGAATG-CATGCATCAAAAAACGTGTAGGAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCT
66 ACTATAATTGAATGTC-TACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GAAGAAAAGTCC
* * *
3946 ATTTATAGTCATCCATTCCTTCGAAAGTCTTATTACTTGCTT
129 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * ** * * * *
3988 CAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAAGATTTTTGCATTTCTCATTAAATCAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG
* * * * *
4053 ACTATAATAGAATGCCTGCCTTGAGAAACAT-ATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAA-TCC
66 ACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGA-AGAAAAAGCCATTCATTG-GAAGAAAAGT-C
* * *
4116 CATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTT
128 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
4159 TAAATGGTTT
1 TAAATGGTTT
4169 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 865, Mismatches: 151, Indels: 40
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 19 0.02
171 832 0.96
172 14 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG
ACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
Found at i:3952 original size:513 final size:513
Alignment explanation
Indices: 2962--4162 Score: 1371
Period size: 513 Copynumber: 2.3 Consensus size: 513
2952 NNNNNNNNNN
* * ***
2962 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAATTG
1 TAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAA
*** * * *
3027 ACTATAGATGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
66 ACTATAGATGAATGTCTACCTCAAGAAACAAGAAGAAAAAAGCAGTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* ** *
3092 TTTACAGTCACCCATTTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
131 TTTACAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAACAGTTTTATAATATCATAAT
* * * * *
3157 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
196 TAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTCATCAAAACAGACTATAAATGAATGTCCACCTTGA
** * *
3222 GAAACATGAAGAAAAAGACATTTATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAA
261 GAAACATGAAGAAAAAGACATCAATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAA
* * * *
3287 AACCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
326 AACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAGTTTAAGTTGAAGTGTTTTAC
* * * * **
3352 ATTTCTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACCTTAGGAAACGTGTAGAAAAAGCCATACA
391 ATTTCTCATTAAAACAAACTATAATTAAATGCATACATCAAAAAACGTGTAGAAAAAGCCATACA
* * *
3417 TTGAGGAGAAAATCCCATTTATAATCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTATTACTCATTT
456 TTGAGAAGAAAATCCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTT
* * * * *
3475 TAAATAATTTTATAATCTTATAAGTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAA
1 TAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAA
* * *
3540 AC-AGTA-ATTGGATGTCTACCTCAAGAAACAAGAAGAAAAAGGCAGTCATTGTCAAGAAAAGTC
66 ACTA-TAGA-TGAATGTCTACCTCAAGAAACAAGAAGAAAAAAGCAGTCATTGGCAAGAAAAGTC
** * * * *
3603 CATTTATGGTCA-CCACTTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAACAGTTTTATAATATGAT
129 CATTTACAGTCACCCA-TTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAACAGTTTTATAATATCAT
** * *
3667 AATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTCAAAATAGACTATAAATGAATGTCCACTT
193 AATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTCATCAAAACAGACTATAAATGAATGTCCACCT
** *
3732 TGAGAAATGTGAAGAAACAAG-CATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
258 TGAGAAACATGAAGAAA-AAGACATCAATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * *
3796 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTGTT
322 CGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAGTTTAAGTTGAAGTGTT
* * * *
3861 TTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGCATGCATCAAAAAACGTGTAGGAAAAGCCA
387 TTACATTTCTCATTAAAACAAACTATAATTAAATGCATACATCAAAAAACGTGTAGAAAAAGCCA
* * * * * * **
3926 TTCATTGAGAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCATCCATTCCTTCGAAAGTCTTATTACTTGCTT
452 TACATTGAGAAGAAAA-TCCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTT
* * * * ** * * * *
3988 CAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAAGATTTTTGCATTTCTCA-TTAAATCA
1 TAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT-TTAGTCAAAACA
* * ** * *
4052 AACTATA-ATAGAATGCCTGCCTTGAGAAACATA-TAG-AAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAA
65 AACTATAGAT-GAATGTCTACCTCAAGAAACA-AGAAGAAAAAAG-CAGTCATTG-GCAAGAAAA
* * * * *
4113 -TCCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAA
126 GT-CCATTTACAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAA
4163 TGGTTTNNNN
Statistics
Matches: 574, Mismatches: 101, Indels: 26
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
512 12 0.02
513 552 0.96
514 10 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (513 bp):
TAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAA
ACTATAGATGAATGTCTACCTCAAGAAACAAGAAGAAAAAAGCAGTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
TTTACAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAACAGTTTTATAATATCATAAT
TAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTCATCAAAACAGACTATAAATGAATGTCCACCTTGA
GAAACATGAAGAAAAAGACATCAATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAA
AACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAGTTTAAGTTGAAGTGTTTTAC
ATTTCTCATTAAAACAAACTATAATTAAATGCATACATCAAAAAACGTGTAGAAAAAGCCATACA
TTGAGAAGAAAATCCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTT
Done.