Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403289.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_963.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.25, C:0.09, G:0.09, T:0.25
Warning! 3539 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:342 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 31--400 Score: 471
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
21 GTAGACATCA
* * *
31 AATTATTGT-TCGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGGCCTTATA
1 AATTATTGTCTAG-TTTAACCAAAAATGT-AAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTATA
* * * * *
95 ACACCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCGTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
64 AAACCATTTAAAGAGAGTAATGAGGCGTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTAC
**
160 CAATCAATGCCTTTTCCTTTGTGTTTCTCT-AGATTGACATTC
129 CAATCAATGCCTTTTCCTTCATGTTTC-CTGAGATTGACATTC
*
202 AATTATTGTCT-GTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATTAATTATGGCATTATAA
1 AATTATTGTCTAGTTTAACCAAAAATGTAAAAAAC-TCAACTTAAAATCAATTATGGCATTATAA
* *
266 AACCATTTAAAGAGAGTAATGAGGCTTTTGATGGAATGGGTAAGC-ATAAATGGA-TTTTCTTTA
65 AACCATTTAAAGAGAGTAATGAGGCGTTTGAAGGAATGGGTAA-CTATAAATGGACTTTTC-TTA
** *
329 CCAATGTATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGATTGACATTC
128 CCAATCAATGCCTTTTCCTTCATGTTTCCTGAGATTGACATTC
** * *
372 AATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTA
1 AATTATTGTCTAGTTTAACCAAAAATGTA
401 CAAAGAATTC
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 19, Indels: 12
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 14 0.08
170 133 0.76
171 26 0.15
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AATTATTGTCTAGTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTATAAA
ACCATTTAAAGAGAGTAATGAGGCGTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCA
ATCAATGCCTTTTCCTTCATGTTTCCTGAGATTGACATTC
Found at i:4147 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3677--4652 Score: 908
Period size: 171 Copynumber: 5.7 Consensus size: 169
3667 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
3677 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTAGATTTTTGGTAAAAACATACT
1 TGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTGGTTAAAACAAACT
* ** *********
3742 AGAATTGAATATTTACCTTGAGAAACA-AGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAANNNNNNNNN
64 AGAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATA-AAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * *
3806 NATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTCGTTACTCACTTTAAA
127 TATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAA
** * * * * *
3849 TGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGTTCAATTATTTTTTCTATTTTTGGCTAAAATAGAC
1 TGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTAC-ATTTTTGGTTAAAACAAAC
* * * * * *
3914 TACAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATAATGAAAAAGACATTCATTTGCAAGAAAAGTCCACT
63 TAGAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * *
3979 TATAGCCACCTGTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
127 TATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAA
* * ** * * *
4022 TGGTTTTATAATTTCAAAATAAATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAAACT
1 TGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTGGTTAAAACAAACT
** *
4087 -GAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAGAAAAA-CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATT
64 AGAATTGAATATCTACCTCAAGAAACAT-AA-AGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
4150 TATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAA
127 TATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAA
* * * * *
4193 TGATTTTATGATATCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTT---TTTTTGGTTAAAACAGACTAT
1 TGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTAG
* * * ** **
4253 AATTGACTATCAATCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTTTTTGGCAAGAAAAGTTTATTTAT
66 AATTGAATATCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
** * * **
4318 AGTCACCCCTACCTTCAAACGTCTCATTACTTGCTTTAAA
130 AGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAA
* *** * * *
4358 TAGTTTTATAACGGCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACAA
1 TGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTA
* * * * **
4423 TAATTGAATGTCAATCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
65 GAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
4488 TAGTCATCC-ATATCTTCAAACGCCTCATTACTCGCTTTAAA
129 TAGTCA-CCTATACCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAA
* * * *
4529 TGGTTTTATAATACCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACCAACTA
1 TGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTA
* * * *
4594 TAATTGCATGTCTACCTCAAGAAACTTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
65 GAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
4653 TANNNNNNNN
Statistics
Matches: 658, Mismatches: 127, Indels: 39
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
163 7 0.01
164 19 0.03
165 104 0.16
166 2 0.00
167 1 0.00
168 7 0.01
170 2 0.00
171 325 0.49
172 60 0.09
173 129 0.20
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTAG
AATTGAATATCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
GTCACCTATACCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAA
Found at i:4467 original size:336 final size:337
Alignment explanation
Indices: 3699--4652 Score: 996
Period size: 336 Copynumber: 2.8 Consensus size: 337
3689 CTCAAAATTG
* * * * * * **
3699 ATTTAAATTTGAATTCTTTGTAGATTTTTGGTAAAAACATACTAGAATTGAATATTTACCTTGAG
1 ATTTAAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAAAAT-GAATTGAATATCAACCTTGAG
* * **********
3764 AAACAAGAAGA-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAANNNNNNNNNNATAGTCACCCATACCTTCAAA
65 AAACATGAAGAGAAAAA-CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATACCTTCAAA
* *
3828 AGCCTCGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGTTCAATTATTTTTT
128 AGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATACCATAATTGATTTTAAGTT-AA--A--TTTT
* * * * * * *
3893 CTATTTTTGGCTAAAATAGACTACAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATAATGAAAAAGACATT
188 -TATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGACTGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATT
** * *
3958 CATTT-GCAAGAAAAGTCCACTTATAGCCACCTGTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
252 -ATTTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGCCACCCCTACCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAA
* ***
4022 TGGTTTTATAATTTCAAAATAA
316 TAGTTTTATAACGGCAAAATAA
* * * *
4044 ATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAAACTGAATTGAATATCTACCTTGAGA
1 ATTTAAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAAAATGAATTGAATATCAACCTTGAGA
4109 AACATGAAGAGAAAAACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAG
66 AACATGAAGAGAAAAACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATACCTTCAAAAG
* * *
4174 CCTCATTACTCACTTTAAATGATTTTATGATATCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTT-TTTTT
130 CCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATACCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTATTTTT
* * * *
4237 GGTTAAAACAGACTATAATTGACTATCAATCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTTTTTGGCA
195 GGTTAAAACAGACTATAATTGACTGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTATTTGGCA
** * * * * **
4302 AGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCCTACCTTCAAACGTCTCATTACTTGCTTTAAATAGTTTTAT
260 AGAAAAGTCCACTTATAGCCACCCCTACCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* **
4367 AACGGCATAATTG
325 AACGGCAAAATAA
* * *
4380 ATTTTAAGTTGAAGTT-TTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGACAAT-AATTGAATGTCAATCTTG
1 ATTTAAAGTTGAA-TTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACA-A-AATGAATTGAATATCAACCTTG
* *
4442 AGAAACAT-AA-AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATATCTTC
63 AGAAACATGAAGAGAAAAA--CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATACCTTC
* * *
4505 AAACGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATACCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTT
125 AAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATACCATAATTGATTTTAAGTTAAA--TTTT
*
4570 TACATTTTTGGTTAAAACCA-ACTATAATTG-CATGTCTACCTCAAGAAACTTAAAGAAAAAGGC
188 T--ATTTTTGGTTAAAA-CAGACTATAATTGAC-TGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGC
4633 ATTCA-TTGGCAAGAAAAGTC
249 ATT-ATTTGGCAAGAAAAGTC
4653 TANNNNNNNN
Statistics
Matches: 518, Mismatches: 73, Indels: 39
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
334 7 0.01
335 23 0.04
336 244 0.47
337 7 0.01
338 3 0.01
339 4 0.01
341 2 0.00
342 67 0.13
343 6 0.01
344 111 0.21
345 44 0.08
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
ATTTAAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAAAATGAATTGAATATCAACCTTGAGA
AACATGAAGAGAAAAACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATACCTTCAAAAGC
CTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATACCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTATTTTTG
GTTAAAACAGACTATAATTGACTGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTATTTGGCAA
GAAAAGTCCACTTATAGCCACCCCTACCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
ACGGCAAAATAA
Found at i:7071 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6589--8558 Score: 1683
Period size: 171 Copynumber: 11.5 Consensus size: 170
6579 NNNNNNNNNN
* * * * *
6589 TTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTAAATTTTTAGTTAAAATC-GATTATAA
1 TTATAATGTCATAATTGATTT-AAGTTGAATTCTTT-TACATTTTTTGTTAAAA-CAGATTATAA
* * * * *
6653 TTGAATGTCAACCTCAAGAAACTTGAAG-AAAAAG-GTTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAA
63 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
*
6716 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
128 TCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * * *
6759 TTATAATCTCATAATTGATCTTAAGTTCAAATTGTTTTACATTTTTTGTTATAACATATTATAAT
1 TTATAATGTCATAATTGAT-TTAAGTT-GAATTCTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
** ** * ** *
6824 TGAATGTCTGGCTGGAGAAACACGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCAATTATAGT
64 TGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
6889 CACCCATTCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGCT
129 CACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * *
6931 TTGTAATGTCATAATTGATTATAAGTTGAATT-TTATTACATTTTTAGTTAAAACGGATAATAAT
1 TTATAATGTCATAATTGATT-TAAGTTGAATTCTT-TTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
* * *
6995 T-AGATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAATGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
64 TGA-ATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
7059 TCACCTATTCCTTCAAATGCTTTATTACTCACTTTAAATGATT
128 TCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * * * *
7102 TTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTATACTTTTTTTGTTAAAACATATTATAAT
1 TTATAATGTCATAATTGATTT-AAGTTGAATTCTTT-TACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
* * ** * * * * *
7167 TGAATGTCAACCTTAAGAAATGTGAAG-AAAATG-GTTCATTGGTAAGACAAGTCCATTTATAAT
64 TGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
7230 CACCCATTCCATCAAAAGGCTTATTACTCACTTTCAATGATT
129 CACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
** * * * * ** *
7272 TTATAAACTCATCATTGATTTTAAGTTTAAATTTTTTTAAATTTTTTGTTCTAACATATTATAAT
1 TTATAATGTCATAATTGA-TTTAAG-TTGAATTCTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
* ** * * * * **
7337 TAAATGTCTGA-CTTGAGAAACATGAAGACAAAGGCATTTATTGTCAAGAAAAGTTTATTTATAG
64 TGAATGTCT-ACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
7401 TCACATATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATAGTT
128 TCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * * * * * *
7444 TTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACGTTTTTAGTTAAAACAAACT-GAAT
1 TTATAATGTCATAATTGATTT-AAGTTGAATTCTTT-TACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
* * *
7508 TGAATGTTTACCTTAAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
64 TGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
7573 CACCCATAT-CTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGATT
129 CACCTAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * * * * * * *
7615 TTATAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTTTCTATTTTTGGCTATAATAGACTACAA
1 TTATAATGTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATT-CTTTTAC-ATTTTTTGTTAAAACAGATTATAA
* * * * *
7680 TTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAG-AAAAAGACATTCATTTGCAAGAAAAGTCCACTTATA
63 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * *
7744 GCCACCTATTCCTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTGAAATGGTT
127 GTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * * * * *
7788 TTATAATTTCAAAATTGGTTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAAACT-GAAT
1 TTATAATGTCATAATTGATTT-AAGTTGAATTCTTT-TACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
* ** ** *
7852 TGAATATCTAAATTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATGTATAGT
64 TGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
7917 CGCCTATACCTTCAAAAACCTCATTACTCACTTTAAATGGTT
129 CACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * ** * * *
7959 TTATGATGCCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGACTGTAATT
1 TTATAATGTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATT
* * * * * ** ** ** *
8023 GAATATCAATCTCGAGAAAC-TCAAAGAAAAAAAGTTTTTTTTGGCAAGAAAAGTTTATTTTTAG
65 GAATGTCTACCTCAAGAAACAT-GAAG-AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * **
8087 TCA-CTCATACCTTCAAACGTCTCATTACTTACTTTAAATAATT
128 TCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * * *
8130 TTATAACGCCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTT-TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAAT
1 TTATAATGTCATAATTGA-TTTAAGTTGAA-TTCTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
* ** * * *
8194 TGAATGTC-A-ATCTTGAAAAATGCAAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATA
64 TGAATGTCTACCTCAAGAAACATG--AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * * *
8257 GCCACCCATACCTTTAAACGACTCATTACTCACTTTAAATGGTT
127 GTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
** * * ** * *
8301 TTATAATACCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTCGGTTAAAACTGACTATAATT
1 TTATAATGTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATT
* * * * ***********
8366 GGATGTCTACCTCAAGAAACTTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTNNNNNNNNNN
65 GAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
*
8431 ACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
130 ACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * *
8472 TTATAATGTCA-AAGTTGATTTAAATTTGACTTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
1 TTATAATGTCATAA-TTGATTT-AAGTTGAATTCTTT-TACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAA
* *
8536 TTGAATGTCAACCTCACGAAACA
63 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACA
8559 GATTATAATT
Statistics
Matches: 1441, Mismatches: 312, Indels: 92
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 21 0.01
170 234 0.16
171 706 0.49
172 359 0.25
173 121 0.08
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTATAATGTCATAATTGATTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTG
AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
Found at i:7556 original size:513 final size:512
Alignment explanation
Indices: 6589--8556 Score: 1920
Period size: 513 Copynumber: 3.8 Consensus size: 512
6579 NNNNNNNNNN
* * ** *
6589 TTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTAAATTTTTAGTTAAAATC-GATTATAA
1 TTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTCTTTATACTTTTTTTGTTAAAA-CAGATTATAA
* * *
6653 TTGAATGTCAACCTCAAGAAACT-TGAAGAAAAAGGTTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAAT
65 TTGAATGTCAACCTCAAGAAA-TGTAAAGAAAAAGGTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAAC
* * *
6717 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATCTTA
129 CACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTA
* * * * * * *
6782 AGTTCAAATTGTTTTACATTTTTTGTTATAACATATTATAATTGAATGTCTGGCTGGAGAAACAC
194 AGTTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTGACTTGAGAAACAT
** * * * *
6847 GAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTG
259 GAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * *
6912 TTACTCACTTTAAATGGCTTTGTAATGTCATAATTGA-TTATAAGTTGAATT-TTAT-TACATTT
324 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTA-AAGTTGAATTCTT-TGTACATTT
* * *
6974 TTAGTTAAAACGGATAA-T-AATT-AGATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAATGCATTCGT
387 TTAGTTAAAAC--A-AACTGAATTGA-ATGTCTACCTCAAGAAATAT-AAGAAAAAAGCATTCAT
* *
7036 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAATGCTTTATTACTCACTTTAAATGAT
447 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCTTCATTACTCACTTTAAATGAT
7101 T
512 T
* * *
7102 TTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTATACTTTTTTTGTTAAAACATATTATAAT
1 TTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTCTTTATACTTTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * * *
7167 TGAATGTCAACCTTAAGAAATGTGAAGAAAATGGTTCATTGGTAAGACAAGTCCATTTATAATCA
66 TGAATGTCAACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGGTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAACCA
* * * *
7232 CCCATTCCATCAAAAGGCTTATTACTCACTTTCAATGATTTTATAAACTCATCATTGATTTTAAG
131 CCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAG
* ** * *
7297 TTTAAATTTTTTTAAATTTTTTGTTCTAACATATTATAATTAAATGTCTGACTTGAGAAACATGA
196 TTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTGACTTGAGAAACATGA
* * * * ** * *
7362 AGACAAAGGCATTTATTGTCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACATATTCCTTCAAAAGCCTTGTT
261 AGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
7427 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACGTTTTTAG
326 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTAG
* *
7492 TTAAAACAAACTGAATTGAATGTTTACCTTAAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
391 TTAAAACAAACTGAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATAT-AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
* * *
7557 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATAT-CTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGATT
455 AAAGTCCATTTATAGTCACCTAT-TCCTTCAAAAGCTTCATTACTCACTTTAAATGATT
* * * * * * * * * * *
7615 TTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTTTCTATTTTTGGCTATAATAGACTACA
1 TTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTCTTTATACT-TTTTTTGTTAAAACAGATTATA
** * * * *
7679 ATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTTGCAAGAAAAGTCCACTTATA
64 ATTGAATGTCAACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAG--GTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * ** * *
7744 GCCACCTATTCCTTCAAAA-GCGTTATTACTCACTTGAAATGGTTTTATAATTTCAAAATTG-GT
127 ACCACCCATTCCTTCAAAAGGC-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATT
* * * * * * * *
7807 TTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAAACT-GAATTGAATATCTAAATTGAGAA
191 TTAAGTTTAAATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTGACTTGAGAA
* * * *
7871 ACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATGTATAGTCGCCTATACCTTCAAAAAC
255 ACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGC
* * * * * **
7936 CTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATGATGC-CATAATTGATTTTAAGTTG-ATT-TTTTTTTA
320 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTCTTTGTACA
* * * * * * ** *
7998 TTTTTGGTTAAAACAGACTGTAATTGAATATCAATCTCGAGAAACTCA-AAGAAAAAAAGTTTTT
384 TTTTTAGTTAAAACAAACTG-AATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-T-ATAAG-AAAAAAGCATTC
* ** * * * *
8062 TTTGGCAAGAAAAGTTTATTTTTAGTCA-CTCATACCTTCAAACG-TCTCATTACTTACTTTAAA
445 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCT-TCATTACTCACTTTAAA
*
8125 TAATT
508 TGATT
* * * *
8130 TTATAA-CGCCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATA--TTTTTTGTTAAAACAGATAATA
1 TTATAATC-TCAAAATTGATTTAAAGTTGAA-TTCTTTATACTTTTTTTGTTAAAACAGATTATA
* * * *
8192 ATTGAATGTCAATCTTGAA-AAATGCAAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAT
64 ATTGAATGTCAA-CCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGG--TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * *
8256 AGCCACCCATACCTTTAAACGACTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATAC-CATAATTGAT
126 AACCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA-ACTCATAATTGAT
** * **
8320 TTTAAG-TTAAATTTTTTTACATTTTCGGTTAAAAC-TGACTATAATTGGATGTCT-ACCTCAAG
190 TTTAAGTTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAT-ACTATAATTGAATGTCTGA-CTTGAG
* * * *********** *
8382 AAACTTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTNNNNNNNNNNACCTATTCTTTCAAAA
253 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAA
* * * *
8447 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAGTTGATTTAAATTTGACTTCTTTGTAC
318 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTCTTTGTAC
* * * * *
8512 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCACGAAA
383 ATTTTTAGTTAAAACAAACT-GAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
8557 CAGATTATAA
Statistics
Matches: 1189, Mismatches: 227, Indels: 76
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
511 2 0.00
512 27 0.02
513 698 0.59
514 105 0.09
515 258 0.22
516 99 0.08
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (512 bp):
TTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTCTTTATACTTTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
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CCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAG
TTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTGACTTGAGAAACATGA
AGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTAG
TTAAAACAAACTGAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCTTCATTACTCACTTTAAATGATT
Found at i:8476 original size:857 final size:853
Alignment explanation
Indices: 6589--8492 Score: 1947
Period size: 857 Copynumber: 2.2 Consensus size: 853
6579 NNNNNNNNNN
* * * * *
6589 TTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTAAATTTTTAGTTAAAATCGATTA-T-A
1 TTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTAAATTCTTTGTACATTTTCAGTTAAAA-C-A-AACTGA
* * * *
6652 ATTGAATGTCAACCTCAAGAAACT-TGAAG-AAAAAG-GTTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTAT
63 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-TATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
*
6714 AATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGAT
127 AGTCACCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGC-CATAATTGAT
* * * * * * * **
6778 CTTAAGTTCAAATTGTTTTACATTTTTTGTTATAACATATTATAATTGAATGTCTGGCTGGAGAA
190 TTTAAGTTCAAATTGTTTTACATTTTTGGCTATAACAGACTACAATTGAATGTCTGCCTCAAGAA
* * * *
6843 ACACGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGC
255 ACACAAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAATTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * * *
6908 CTTGTTACTCACTTTAAATGGCTTTGTAATGTCATAATTGATTATAAGTTGAATTTTATTACATT
320 CTTATTACTCACTTGAAATGGCTTTATAATGTCAAAATTGATTATAAGTTGAATTTTATTACATT
* ** * *
6973 TTTAGTTAAAACGGATAATAATTAGATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAATGCATTCGTTG
385 TTTAGTTAAAAC-GATAATAATTAGATATCTAAATCAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTG
* * ** * *
7038 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAATGCTTTATTACTCACTTTAAATGATTT
449 GCAAGAAAAGTCCATGTATAGTCACCTATACCTTCAAAAACCTCATTACTCACTTTAAATGATTT
* * * *
7103 TATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTATACTTTTTTTGTTAAAACATATTATAATT
514 TATAATCTCAAAATTAATTTAAAGTTGAATTCTTTATAC-TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* * ** * * *
7168 GAATGTCAACCTTAAGAAATGTGAAGAAAATGGTTCATTGGTAAGACAAGTCCATTTATAATCAC
578 GAATATCAACCTCAAGAAATAAGAAAAAAATGGTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCAC
* * * * * **
7233 CCATTCCATCAAAAGGCTTATTACTCACTTTCAATGATTTTATAAACTCATCATTGATTTTAAGT
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* ** * * *
7298 TTAAATTTTTTTAAATTTTTTGTTCTAACATATTATAATTAAATGTCTGACTTGAGAAACATGAA
708 TTAAAGTTTTTTAAATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTAACTTGAGAAACATGAA
* * ** * * * * **
7363 GACAAAGGCATTTATTGTCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACATATTCCTTCAAAAGCCTTGTTA
773 GAAAAAGGCATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACACATACCTTCAAAAGACTCATTA
7428 CTCACTTTAAATAGTT
838 CTCACTTTAAATAGTT
* * * *
7444 TTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACGTTTTTAGTTAAAACAAACTGAATT
1 TTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTAAATTCTTTGTACATTTTCAGTTAAAACAAACTGAATT
* * *
7509 GAATGTTTACCTTAAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
66 GAATGTCTACCTCAAGAAATATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * *
7574 ACCCATATCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATGCCATAATTGATTTTAA
131 ACCCAT-TCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAA
* *
7639 GTTGAATTATT-TTTT-CTATTTTTGGCTATAATAGACTACAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAAC
195 GTTCAA--ATTGTTTTAC-ATTTTTGGCTATAACAGACTACAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAAC
** * *
7702 GTAAAG-AAAAAGACATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCACTTATAGCCACCTATTCCTTCAAAAGC
257 ACAAAGAAAAAAG-CATTCA-TTGACAAGAAAAGTCCAATTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * * * *
7765 GTTATTACTCACTTGAAATGGTTTTATAATTTCAAAATTGGTT-TAAATTTGAATTCTT-TGTAC
320 CTTATTACTCACTTGAAATGGCTTTATAATGTCAAAATTGATTAT-AAGTTGAATT-TTAT-TAC
* ** *
7828 ATTTTTTGTTAAAAC-A-AACTGAATT-GAATATCTAAATTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATT
382 ATTTTTAGTTAAAACGATAA-T-AATTAG-ATATCTAAATCAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATT
*
7890 CATTGGCAAGAAAAGTCCATGTATAGTCGCCTATACCTTCAAAAACCTCATTACTCACTTTAAAT
444 CATTGGCAAGAAAAGTCCATGTATAGTCACCTATACCTTCAAAAACCTCATTACTCACTTTAAAT
* * * * * * * * *
7955 GGTTTTATGATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTA-TTTTTGGTTAAAACAGACTG
509 GATTTTATAAT-CTCAAAATTAATTTAAAGTTGAATTCTTTATACTTTTTGGTTAAAACAGACTA
* * * ** **
8018 TAATTGAATATCAATCTCGAGAAACTCAAAGAAAAAAA-GTTTTTTTTGGCAAGAAAAGTTTATT
573 TAATTGAATATCAACCTCAAGAAA-T--AAGAAAAAAATG-GTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * * * *
8082 TTTAGTCACTCATACCTTCAAACGTCTCATTACTTACTTTAAATAATTTTAT-AACGCCAAAATT
634 TATAATCACCCATACCATCAAAAGGCTCATTACTCACTTTAAATAATTTTATAAAC-CCAAAATT
* * *
8146 GATTTTAAG-TTGAAGTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTC-AATCTTG
698 GATTTTAAGTTTAAAGTTTTTTAAATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTAA-CTTG
*
8209 A-AAA-ATGCAAAGAAAAAGGCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCTT
762 AGAAACATG--AAGAAAAAGGCATTCATT-GTCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACACATACCTT
* * *
8271 TAAACGACTCATTACTCACTTTAAATGGTT
824 CAAAAGACTCATTACTCACTTTAAATAGTT
* * * * ** *
8301 TTATAATAC-CATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTCGGTTAAAACTGACTATAA
1 TTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAAGTTAAATTCTTTGTACATTTTCAGTTAAAACAAACT-GAA
* * ********
8364 TTGGATGTCTACCTCAAGAAACT-TAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTNNNNNNN
64 TTGAATGTCTACCTCAAGAAA-TATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
*** * *
8428 NNNACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCA-AAGTTGATT
128 GTCACCCATTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGCCATAA-TTGATT
8492 T
191 T
8493 AAATTTGACT
Statistics
Matches: 864, Mismatches: 152, Indels: 64
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
852 1 0.00
853 3 0.00
854 26 0.03
855 99 0.11
856 131 0.15
857 496 0.57
858 108 0.12
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (853 bp):
TTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTAAATTCTTTGTACATTTTCAGTTAAAACAAACTGAATT
GAATGTCTACCTCAAGAAATATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACCCATTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAG
TTCAAATTGTTTTACATTTTTGGCTATAACAGACTACAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACACAA
AGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAATTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
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TAAAACGATAATAATTAGATATCTAAATCAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAA
AAGTCCATGTATAGTCACCTATACCTTCAAAAACCTCATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATC
TCAAAATTAATTTAAAGTTGAATTCTTTATACTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCA
ACCTCAAGAAATAAGAAAAAAATGGTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATACCA
TCAAAAGGCTCATTACTCACTTTAAATAATTTTATAAACCCAAAATTGATTTTAAGTTTAAAGTT
TTTTAAATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTAACTTGAGAAACATGAAGAAAAAGG
CATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACACATACCTTCAAAAGACTCATTACTCACTTT
AAATAGTT
Done.