Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403291.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_965.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8503
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.09, T:0.27
Warning! 2284 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1430 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1137--2069 Score: 740
Period size: 171 Copynumber: 5.5 Consensus size: 170
1127 NNNNNNNNNN
* * * *
1137 CAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-T-TCAGATTATA
1 CAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTC-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* ** * * * *
1200 AAACCATTTAAAGAGAGTAATATCACTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGC
65 AAACCATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTAGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * *
1265 CAGTGAATGCCTTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATT
130 CAATGAATGCCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATT
* * * **********
1306 CAACTATAGCCTGTTTTAACTAAAAANNNNNNNNNNTTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
1 CAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTC-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
*
1371 AAACCATTTAAAGCGAGTAATGA-GGCTTTAGAAGGAATAGGAAACTATAAATGGACTTTTCTTG
65 AAACCATTTAAAGCGAGTAAT-ATGGCTTTAGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* *********
1435 CCAATGAAT-ACTTTTNNNNNNNNNNTTCTCAAGGTAAACATT
129 CCAATGAATGCCTTTT-TTTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATT
* * * * * *
1477 CAATTATTGTCTATTTTAA-TGAAAACTCTAAAAAAATTCAATGCAAAATCAATTATGATATTAT
1 CAATTATAGTCTATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCACT-TAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
1541 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTG
64 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTAGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* *
1606 CTAATGAATG-C-TTTTTTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATT
129 CCAATGAATGCCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATT
** * * *
1646 CAATTATAGTCTATTTTGGCTAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATA
1 CAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTC-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* *
1711 AAATCATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTTA-AAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTTTTT
65 AAACCATTTAAAGCGAGTAATATGGC-TTTAGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGAC-TTTTCTT
********** *
1775 GCCAATGAATG-CTTGTNNNNNNNNNNTTCTCAAGGTAGACATT
128 GCCAATGAATGCCTT-TTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATT
* * * * * **********
1818 CAATTATAGTTTGTTTTAACTAAAAATGTGAAACAATTCAACTTAAAATCNNNNNNNNNNTTATA
1 CAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTC-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * ** * * *
1883 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAGAAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-C
65 AAACCATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTAGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * *
1947 TTAATGAATGACTTTTTCTGCACGTTTC-CTAAGGTAAGCATC
130 -CAATGAATGCCTTTTTTTTCACGTTTCTC-AAGGTAAACATT
* *
1989 CAATTATAGTCTATTTTAA-TGGAAAAA-GTAAAAGAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTA
1 CAATTATAGTCTATTTTAACT--AAAAATATAAAAAAATTCA-CTTAAAATCAATTATGAGATTA
*
2052 TAAAACTATTTAAAGCGA
63 TAAAACCATTTAAAGCGA
2070 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 589, Mismatches: 154, Indels: 40
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 150 0.25
170 40 0.07
171 283 0.48
172 116 0.20
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
CAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTAGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
AATGAATGCCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATT
Found at i:1760 original size:340 final size:325
Alignment explanation
Indices: 1137--2069 Score: 831
Period size: 340 Copynumber: 2.8 Consensus size: 325
1127 NNNNNNNNNN
*
1137 CAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTCAGATTATAAA
1 CAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-AGATTATAAA
* * *** * * *
1202 ACCATTTAAAGAGAGTAATATCACTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCA
64 ACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTA
* * * * * * * * **
1267 GTGAATGCCTTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAACTATAGCCTGTTTTAACTAAAAA
129 ATGAATGAC-TTTTTTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTGGCTAAAAA
******** *
1332 NNNNNNNNNNTTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGAGGC
193 --TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATGAGGC
*
1397 TTTAGAAGGAATAGGAAACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATACTTTTNNNNNNNNNNT
255 TTTAGAAGGAATAGGAAACTATAAATGGACTTTTTCTTGCCAATGAATACTTGT----------T
1461 TCTCAAGGTAAACATT
310 TCTCAAGGTAAACATT
* * * *
1477 CAATTATTGTCTATTTTAATGAAAACTCTAAAAAAATTCAA-TGCAAAATCAATTATGATATTAT
1 CAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATCTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTA-G--ATTAT
* * *
1541 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTG
61 AAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
1606 CTAATGAATG-CTTTTTTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTGGCTAAA
126 CTAATGAATGACTTTTTTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTGGCTAAA
* *
1670 AATATAAAAACATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT-AT
191 AATA-AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATGA-
* * *
1734 GGCTTTTA-AAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTTTTTGCCAATGAATGCTTGTNNNNNNN
252 GGC-TTTAGAAGGAATAGGAAACTATAAATGGACTTTTTCTTGCCAATGAATACTTGT-------
*
1798 NNNTTCTCAAGGTAGACATT
309 ---TTCTCAAGGTAAACATT
* * * * *******
1818 CAATTATAGTTTGTTTTAACTAAAAATGTGAAACAATTCAACTTAAAATCNNNNNNNNNNTTATA
1 CAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATC---AATTAGATTATA
*
1883 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-CAAGAAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-
62 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * *
1946 CTTAATGAATGACTTTTTCTGCACGTTTCCTAAGGTAAGCATCCAATTATAGTCTATTTTAATGG
126 C-TAATGAATGACTTTTT-TTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTA-TTT--TGG
* *
2011 --AAAAAGTAAAAGAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGA
186 CTAAAAA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGA
2070 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 501, Mismatches: 68, Indels: 45
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.01
340 171 0.34
341 158 0.32
342 78 0.16
343 74 0.15
344 12 0.02
345 2 0.00
346 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (325 bp):
CAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAGATTATAAAAC
AATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAAT
GAATGACTTTTTTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTGGCTAAAAATAA
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTAGA
AGGAATAGGAAACTATAAATGGACTTTTTCTTGCCAATGAATACTTGTTTCTCAAGGTAAACATT
Found at i:3567 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 3275--3911 Score: 845
Period size: 171 Copynumber: 3.7 Consensus size: 172
3265 NNNNNNNNNN
*
3275 TTGAAGTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATTTATCTCGAGAAACCTAA
1 TTGAAGTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATTTATCTCAAGAAACCTAA
*
3340 AGAAACAAGCATTCACTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGGCTTATT
66 AGAAACAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGGCTTATT
* *
3405 ACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAG
131 ACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
*
3447 TTGAAGTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATTTATCTCAAGAAACCTGA
1 TTGAAGTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATTTATCTCAAGAAACCTAA
* * *
3512 AGAAACAAGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTTCTTCAAAAGGCTTATT
66 AGAAACAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGGCTTATT
*
3577 ACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAG
131 ACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * **
3619 TTGAA-TTTTTTTAGATTTTTTGTTAAAACAGA-TACTAATTGAATGTTTACCAT-AAGAAATGT
1 TTGAAGTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTA-TAATTGAATATTTATC-TCAAGAAACCT
* * * * * * *
3681 AAAGAAAGAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTCA
64 AAAGAAACAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGGCTTA
** *
3746 TTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAG
129 TTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * *
3790 CT-AAATTTTTTTAGATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCTAGAAACAC-A
1 TTGAAGTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATTTATCTCAAGAAAC-CTA
* * * * * *
3853 AGGAAACAAACATTCATTGATAAAAAAAGTCTATTTATAGTCA-CTCATTTCTTCAAAAG
65 AAGAAACAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAG
3912 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 411, Mismatches: 47, Indels: 15
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.01
171 234 0.57
172 171 0.42
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
TTGAAGTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATTTATCTCAAGAAACCTAA
AGAAACAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGGCTTATT
ACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
Found at i:4719 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4348--5055 Score: 519
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 170
4338 NNNNNNNNNN
* * *
4348 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTAGATTTTTAGTT
1 ACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAGATTTTTAGTT
* * * * * * * **
4413 AAAATAGGCTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACAT-GAGAAAACAACCATTCATTGATAAGA
66 AAAAAAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTCAAGAAAA-AAGCATTCATTGGCAAGA
* ** * * * ***
4477 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTNNN
130 AAAGTCCATTTATAGTCTCTTATACCTTCAAAAGCCTTATT
****************
4518 NNNNNNNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTAGATTTTTAGT
1 ACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTAGATTTTTAGT
** ** *
4583 TAAAAAAGACTATAATTGAACATTTACCTCAAGAAACGTCAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAAA
65 TAAAAAAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTCAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
4647 AAAGTCCATTTATAGTCTCTTATACCTTCAAAAGCCTTATT
130 AAAGTCCATTTATAGTCTCTTATACCTTCAAAAGCCTTATT
* *** * * * * * *
4688 GCTTGTTTTAAATTATTTTATAGTGTCATAATTAATTTTAAGTTGAGTTTTTTTAGATGTTTCA-
1 ACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTAGAT-TTTTAG
* * *
4752 TTAAAATAGAC-ATTAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAA
64 TTAAAAAAGACTA-TAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTCAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAA
********** * *
4816 GANNNNNNNNNNTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTGTT
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATACCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * *
4859 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGCTGAATGTTTCTAGATTTTTGGT
1 ACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTAGATTTTTAGT
* ** * **
4924 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCCACCTTGAGAAAC-ACAAGAAAACAAGCATTCATTGATAAG
65 TAAAAAAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTCAAGAAAA-AAGCATTCATTGGCAAG
* * ** * * *
4988 AGAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGGCTTATT
129 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATACCTTCAAAAGCCTTATT
* *
5030 ACTCGCTTTCAAT-AGTTTTATAATCT
1 ACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCT
5056 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 404, Mismatches: 123, Indels: 21
0.74 0.22 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 160 0.40
171 240 0.59
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAGATTTTTAGTT
AAAAAAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTCAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCTCTTATACCTTCAAAAGCCTTATT
Found at i:6275 original size:169 final size:160
Alignment explanation
Indices: 5972--6291 Score: 367
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
5962 TGCTTTAAAC
* *
5972 AGACTATAATTGAATGTTTACCTCGATAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGAAAAGAAAAGTCC
1 AGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGAAAAGAAAAGTCC
* * * * *
6037 ATTTCTAGTCATCGATTCCTTCCAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAA
66 ATTTATAGTCATCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACGTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
6102 TTGATTTTAAGTTGACTTTNNNNNNNNNNTTAGTTAAAAT
131 TTGATTTTAAGTTGACTTT----------TTAGTTAAAAT
* * **
6142 AGACTATAATTGATTGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTATTCATTGGCAAG-AAAGTCC
1 AGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGAAAAGAAAAGTCC
* * *
6206 ATTTATAGTC-TCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCGTTAAATTG-TTTTATAATGTCAT
66 ATTTATAGTCAT-CGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACGTTAAA-TGATTTTATAATCTCAT
* *
6269 AATTGATTTTAGGTTGAATTTTT
129 AATTGATTTTAAGTTGACTTTTT
6292 TTAGATTTTT
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 16, Indels: 15
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
159 2 0.02
168 1 0.01
169 76 0.58
170 53 0.40
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (160 bp):
AGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGAAAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCATCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACGTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTGACTTTTTAGTTAAAAT
Found at i:6322 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5745--6396 Score: 587
Period size: 170 Copynumber: 3.8 Consensus size: 169
5735 NNNNNNNNNN
* * *
5745 TTTATAATCTCATAATTGATTTT-GAGTTAAAGGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACAATA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAG-GTTGAA-TTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGACAATA
* * * * *
5809 ATTGAAAGTTTATCTCGAGAAACTTGAAGAAACAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTCATA
64 ATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
** * *
5874 GTGACCTATTCCTTCAAAATGCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
128 GTCTCCTATTCCTTCAAAA-GCTTATTACTCACTTTAAATTGT
*************** * *
5917 TTTATAATCTCATAATTCNNNNNNNNNNNNNNTTTTTTAGATTTTT-GCTTTAAACAGACTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTAGATTTTTAG-TTAAAACAGACAATAA
* ** *
5981 TTGAATGTTTACCTCGATAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTCTAGT
65 TTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* *
6046 CAT-CGATTCCTTCCAAAGGCTTATTACTCACTTTAAA-TGAT
130 C-TCCTATTCCTT-CAAAAGCTTATTACTCACTTTAAATTG-T
* * * ********** * *
6087 TTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGACTTTNNNNNNNNNNTTAGTTAAAATAGACTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGACAATAAT
* * *
6152 TGATTGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTATTCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTC
66 TGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* *
6216 TCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCGTTAAATTGT
131 TCCTATTCCTTCAAAAG-CTTATTACTCACTTTAAATTGT
* * * *
6256 TTTATAATGTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTAGATTTTTTGTTACAACAAACAATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGACAATAAT
* * **
6321 TGAATGTTTACCTTGAGAAATC-TAAAGAAAAAATTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
66 TGAATGTTTACCTCGAGAAA-CATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
*
6385 TCTTCTATTCCT
129 TCTCCTATTCCT
6397 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 373, Mismatches: 95, Indels: 25
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.02
169 109 0.29
170 156 0.42
171 85 0.23
172 17 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGACAATAAT
TGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
TCCTATTCCTTCAAAAGCTTATTACTCACTTTAAATTGT
Found at i:7058 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6665--8390 Score: 1518
Period size: 171 Copynumber: 10.1 Consensus size: 169
6655 NNNNNNNNNT
* * * * * * * *
6665 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGGCTTATTACTCGCTTGATATAGTTTTG
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* ********** * * *
6730 TAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGANNNNNNNNNNATTTTTTGTTAAAACAGGCTATAGTTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAA
* * *
6795 ----TAGCATCAGAAACA-TGAAGAAAAAGATATTCACT-AG
131 TGTTTA-CCTCAGAAA-AGTGAAGAAAAAG-CATTCATTGAG
* * *
6831 CAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
1 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * ** *
6896 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTATTTTACATTTTCCATTAAAACAGACTATAATTGG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGA
* *
6961 ATGCTTACCTCAGAAAATGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAG
130 ATGTTTACCTCAGAAAA-GTGAAGAAAAAG-CATTCATTGAG
** * * * **
7003 AAGAAACCTCTATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTTGCTTTAAATTATTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
7068 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAA
* * **
7133 TGTTTATCTTAAGAAACCTGAAGAAACAAGCATTCATTG-G
131 TGTTTA-CCTCAGAAAAGTGAAGAAA-AAGCATTCATTGAG
* * ** ** * * *
7173 CAACAAAAGTCTATTTATAGTTTCTTATTCCTTCGAAAGCCTCATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
1 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
** * *
7238 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGGCTATAAATGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGA
* * * * *
7303 ATGTCTACCTTGAGAAATGTGAGGAAACAAGCATTCATTGAT
130 ATGTTTACC-TCAGAAAAGTGAAGAAA-AAGCATTCATTGAG
* * * * * *
7345 AAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTTTTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* *
7410 TAATCTCATAGTTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGA
** * *
7474 ACATTTACCTCAAGAAACA-TAAAGGAAAAGCATTCATTG-G
130 ATGTTTACCTC-AGAAA-AGTGAAGAAAAAGCATTCATTGAG
* * * * *
7514 CAAGAAAAGTCCCTTTATAGTC-CCTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTGTTT
1 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-AATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * *
7578 TATAATATGATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTAAGATTTTTCATTAAAATAGA-TAATAATT
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTTATTAAAACAGACT-ATAATT
* * * * *
7642 GAATGTTGACCTTGAGAAACA-TAAAGAAAACAACATTCATTGAC
128 GAATGTTTACC-TCAGAAA-AGTGAAGAAAA-AGCATTCATTGAG
* * ** * * *
7686 AAGAAAAGTCCACTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
**
7751 TAATCTCATAATTGATTTTAAGCTT-AATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTAGATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGA
* * * *
7815 ATTTTTACCTCGAGAAACG-CAAGGAAACAAGCATTCATTGAT
130 ATGTTTACCTC-AGAAAAGTGAA-GAAA-AAGCATTCATTGAG
* * * * * *
7857 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTAGTACTCACTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
7922 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGGCTATAGTTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGA
* * * *
7986 ATGTCTACCTTGAGAAACA-TGAAG-AAAAGATATTCACTG-G
130 ATGTTTACC-TCAGAAA-AGTGAAGAAAAAG-CATTCATTGAG
* * * *
8026 CAATAAAAGTCCATTTATAGTCA-CACATTCCTTCAAAAGTCATATTACTCGCTTTAAATAGTTT
1 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCA-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * *
8090 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTCTTTTACATTTTCTATTAAAACAAACTATAATTG
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTG
* *** * * *
8155 TATCCCTGCCTCAGGAAACGTGCAA-AAAAAGCCGTTCATTGAG
129 AATGTTTACCTCA-GAAAAGTG-AAGAAAAAG-CATTCATTGAG
* * * * * *
8198 AAGAAAAGTCTATTTGTAGTC-CTCAATTCCTTCAAAAGCCTCATTATTCACTTTACATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * ** * **
8262 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGATGAGTTTTTTTTTTATTTTTCATTAAAACAGAAAATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTAGATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTG
* * **
8327 AATGTTTA-CTACTAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATTGTC
129 AATGTTTACCT-C-AGAAAAGTGAAG-AAAAAGCATTCATTGAG
8370 AAGAAAAGTCCATTTATAGTC
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTC
8391 TNNNNNNNNN
Statistics
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0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (169 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAA
TGTTTACCTCAGAAAAGTGAAGAAAAAGCATTCATTGAG
Found at i:7642 original size:512 final size:511
Alignment explanation
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Period size: 512 Copynumber: 3.0 Consensus size: 511
6825 CACTAGCAAA
* * *
6835 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
6900 TCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTATTTTACATTTTCCA-TTAAAACAGACTATAATTGGATG
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* * * * ** *
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* * *
7027 AATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTTGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
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* * ** * *
7092 GAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTATCTTAAGAAACCTGAAGA
256 GAATTCTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGA
* *
7157 AACAAGCATTCATTGGCAACAAAAGTCTATTTATAGTTTCTTATTCCTTCGAAAGCCTCATTACT
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*
7222 TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAA
386 TACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAA
* * * * *
7287 AACAGGCTATAAATGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAGGAAACAAGCATTCATTGATAAG
451 AACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTAAGGAAACAAGCATTCATTGATAAG
* * *
7348 AAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTTTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * **
7413 TCTCATAGTTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAACAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * *
7478 TTACCTCAAGAAACATAAAGGAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCCCTTAT
131 TTACCTC-AGAAACATGAAGGAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCC-AAT
* * * * *
7542 TCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTGTTTTATAATATGATAATTGATTTTAAGTTGAG
194 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * *
7607 TT-TTTTAAGATTTTTCATTAAAATAGA-TAATAATTGAATGTTGACCTTGAGAAACATAAAGAA
259 TTCTTTT-ACATTTTTCATTAAAATAGACT-ATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAG-A
* * * *
7670 AACAA-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTCATTACT
321 AACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTTCTTATTCCTTCAAAAGCCTCATTACT
* *
7734 CACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTT-AATTTTTTTAGATTTTTGGTTA
386 TACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTA
* * *
7798 AAACAGACTATAATTGAATTTTTACCTCGAGAAACGCAAGGAAACAAGCATTCATTGATAAG
450 AAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTAAGGAAACAAGCATTCATTGATAAG
* * *
7860 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTAGTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
7925 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGCTATAGTTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * * * *
7990 CTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAGATATTCACTGGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCACACAT
131 TTACC-TCAGAAACATGAAGGAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCA-AT
* * * *
8054 TCCTTCAAAAGTCATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAA
194 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * *** * * * *
8119 TTCTTTTACA-TTTTCTATTAAAACAAACTATAATTGTATCCCTGCCTCAGGAAACGTGCAA-AA
259 TTCTTTTACATTTTTC-ATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATG-AAGAA
* * * *
8182 A-AAGCCGTTCATTGAG-AAGAAAAGTCTATTTGTAG-TCCTCAATTCCTTCAAAAGCCTCATTA
322 ACAAG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTTCT-TATTCCTTCAAAAGCCTCATTA
* * * * ** **
8244 -TTCACTTTACATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGATGAGTTTTTTTTTTATTTTTCA
384 CTT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTAGATTTTTGG
** * *
8308 TTAAAACAGAAAATAATTGAATGTTTA-CTACT-AGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATTG-TC
447 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCT--TGAGAAACGTAAGGAAACAAGCATTCATTGAT-
8370 AAG
509 AAG
8373 AAAAGTCCATTTATAGTC
1 AAAAGTCCATTTATAGTC
8391 TNNNNNNNNN
Statistics
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0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
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511 26 0.03
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515 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (511 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
TTACCTCAGAAACATGAAGGAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCAATTC
CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
CTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAACAA
GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTTCTTATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTTACTT
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAG
ACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTAAGGAAACAAGCATTCATTGATAAG
Found at i:7656 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 6664--8390 Score: 1642
Period size: 341 Copynumber: 5.1 Consensus size: 337
6654 NNNNNNNNNN
* * *
6664 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGGCTTATTACTCGCTTGATATAGTTTT
1 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * ********** * * *
6729 GTAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGANNNNNNNNNNATTTTTTGTTAAAACAGGCTATAGTTG-
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * * * * *
6793 A-A--TAGCATC-AGAAACATGAAGAAAAAGATATTCACTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA
131 ACATTTA-CCTCAAGAAACATAAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-
*
6854 CC-CATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
193 CCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
6918 GCTGAATTATTTTACATTTTCCATTAAAACAGACTATAATTGGATGCTTACC-TCAGAAAATGTG
258 GTTGAATT-TTTTACATTTTTCATTAAAACAGA-TATAATTGAATG-TTACCTTGAG-AAACGTG
*
6982 TAGAAAAAGCCATTCATTGA
319 AAGAAAAAG-CATTCATTGA
* ** * * * *
7002 GAAGAAACCTCTATTTATAGTCACCAATTCC-TTCAAAGGCCTTATTACTTGCTTTAAATTA-TT
1 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGG-CTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTT
* * * *
7065 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATT
64 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATT
** * * * * * * *
7130 GAATGTTTATCTTAAGAAACCTGAAGAAACAAGCATTCATTGGCAACAAAAGTCTATTTATAGTT
129 GAACATTTACCTCAAGAAACATAAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
7195 TCTTATTCCTTCGAAAGCCTCATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
193 CCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* ** * * *
7260 GTTGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGGCTATAAATGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGA
258 GTTGAA-TTTTTTACATTTTTCATTAAAACA-GATATAATTGAATGT-TACCTTGAGAAACGTGA
*
7325 GGAAACAAGCATTCATTGA
320 AGAAA-AAGCATTCATTGA
* * * *
7344 TAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTTTTACTTGCTTTAAATGGTTTT
1 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* *
7409 ATAATCTCATAGTTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
* *
7474 ACATTTACCTCAAGAAACATAAAGGAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCCCT
131 ACATTTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCT
* * * * * *
7539 TATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTGTTTTATAATATGATAATTGATTTTAAGTT
196 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
7604 GAGTTTTTTAAGATTTTTCATTAAAATAGATAATAATTGAATGTTGACCTTGAGAAACATAAAGA
261 GAATTTTTT-ACATTTTTCATTAAAACAGAT-ATAATTGAATGTT-ACCTTGAGAAACGTGAAGA
*
7669 AAACAACATTCATTGA
323 AAA-AGCATTCATTGA
* * * ** * * * *
7685 CAAGAAAAGTCCACTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATAGTTTT
1 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
*
7750 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTT-AATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTG
** * ** * **
7814 AATTTTTACCTCGAGAAACGCAAGGAAACAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
130 AACATTTACCTCAAGAAACATAAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-
* * * * *
7879 CC-CATTCCTTTAAAAGGCTTAGTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
193 CCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
7943 GTTAAATGTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGGCTATAGTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
258 GTTGAAT-TTTTTACATTTTTCA-TTAAAACA-GATATAATTGAATGT-TACCTTGAGAAACGTG
* * *
8007 AAG-AAAAGATATTCACTGG
319 AAGAAAAAG-CATTCATTGA
* * * * * *
8026 CAATAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGTCATATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
1 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * *
8091 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTCTTTTACATTTTCTA-TTAAAACAAACTATAATTG
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTT-TAGTTAAAACAGACTATAATTG
* ** * * * * * * *
8155 TATC-CCTGCCTCAGGAAACGTGCAA-AAAAAGCCGTTCATTGAG-AAGAAAAGTCTATTTGTAG
130 -AACATTTACCTCAAGAAACAT-AAAGAAAAAG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * *
8217 T-CCTCAATTCCTTCAAAAGCCTCATTATTCACTTTACATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
191 TCCCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * ** *
8281 TAAGATGAGTTTTTTTTTTATTTTTCATTAAAACAGAAAATAATTGAATGTTTA-CTACT-AGAA
255 TAAGTTGA--ATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG-ATATAATTGAATG-TTACCT--TGAGAA
*
8344 ACGTAAAGAAAAAAGCATTCATTG-
314 ACGTGAAG-AAAAAGCATTCATTGA
8368 TCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
1 T-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC
8391 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1149, Mismatches: 194, Indels: 87
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 7 0.01
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340 16 0.01
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343 60 0.05
344 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (337 bp):
TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
ACATTTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCT
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
GAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATATAATTGAATGTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
AGCATTCATTGA
Done.