Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403293.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_968.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3472
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.33
Warning! 257 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:316 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--1553 Score: 1230
Period size: 171 Copynumber: 9.1 Consensus size: 169
* * * * * *
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGGCTTTGCCTGTAAATGAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GATATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT
* * * * * * *
65 GGGTTTTTCTTCATGTTTTCTAAAGTAAACATTCAATTATAAAT-TTTTTTAACAAAAAATATAA
65 GGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AGGCAAACATTCAATTAT-AATCTATTTTAACCAAAAATGT-A
* *
129 AAAAACTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
127 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * *
172 TAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGATATGGGTGACTATAAATGAACATTTCTTGTCAATGAATT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGATATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATG
* * * * * *
237 ACTTTTTTTTCATATTTCACTAGGTAAACAGTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAG
66 GCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAA-
* * * * *
302 CAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTT
129 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * ** * *
343 AAAACGAGTAATATA-GTTTTTGAAGGTGCGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTCTCAATGAAT
1 AAAGCGAGTAATA-AGGCTTTTGAAGATATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT
* * * * *
407 GGCTTTGTATTCACAT-TTTCAT-GGCAAACATTCAATTATAAACTCTTTTAACCAAAAATGTAA
65 GGCTTTTTCTT--CATGTTTCCTAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAA
** *
470 AACAATTTGACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTT
128 AA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * *
513 AAAGTGAGTAATAAGGC-TTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTGAATGAAT-
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGATATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATG
* * * * * * *
576 GTTTTTCTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGATAGA-T-AATTATAATCTATTTTGACCAAAAATATA
66 GCTTTT-TCTTCATGTTTC-CTAGGCA-A-ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTA
* *
639 AAAAATTC-ATTCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTT
127 AAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
*** * *
682 AAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGCGTGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTATCAATGAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGATATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT
* * * * *
746 GGCTTTTTCTACACGTTTTCC-ATGG-AAGACATTCAAATATAAGCTCTTTTAACCAAAAATGTT
65 GGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTA-GGCAA-ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATG-T
* * * * *
809 AAATATTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTT
126 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * *** * *
853 CAAA-TGAGTAATAAGCCTTTTG-AGCCA-ATGAACGACTATAAATGGAGTTTTCTTATCAAT-A
1 -AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG--ATATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA
* * * * * * *
914 TATGCCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAAATAT
63 -ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGT
* *
979 AAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAACACCATTA
126 -AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * * * * * *
1025 AAAGCCAGTAATAAGGCATTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAGTAGAAATTTT-ATG-CTAATGG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GATATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGTC-AATGA
* * * * * * * * * ** * *
1087 ATGACTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAACTATATTATTTTTTATTCAGAAATGGA
63 ATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CCTAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAT-GT
* * * *
1152 AAAAGAATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTAAATT
126 AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-CATTT
* * * * *
1198 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCT-TAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATCAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GATATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT
* * * * * *
1262 GGATGTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCACATATGTAAA
65 GGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AA
* * * *
1327 AAAATTTAACTTAAAATCAACTATGAGGTTACAAAACCATTT
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * ** * *
1369 AAAGTGAGTGATAAGGCTTTT-AAGGGA-ATAAGTGACTATAATTGGACTTTTTTTGTCAATGAA
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA--GATATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAA
* * * * * * *
1432 TGCCTGTTTC-TCACGTTTTCCAAGGCAAACATTTAATTATAATCTATTTT-AGCAAACAATATA
64 TGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAA-AATGTA
* *
1495 AAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTG
127 AAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
1539 AAAGCGAGTAATAAG
1 AAAGCGAGTAATAAG
1554 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1097, Mismatches: 230, Indels: 111
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 13 0.01
169 105 0.10
170 278 0.25
171 393 0.36
172 202 0.18
173 102 0.09
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGATATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATG
GCTTTTTCTTCATGTTTCCTAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
Found at i:2167 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1819--3472 Score: 1354
Period size: 171 Copynumber: 9.7 Consensus size: 168
1809 NNCAGCATGG
* ** * * * ** *
1819 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCATTAAATGGTTTTTTCTTCACATTTTCCAAGGCAAACAT
1 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT-G-CTTTTCTTCATGTTTT-CAAGGCAGACAT
* * *
1884 TTAATTATAATCTATTCTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT
63 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
1948 AAAACCATTTAAAACTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGG
128 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA
* ** ** *
1989 GTGACTATAAATGAACTTTTCATAACAATGAATGGCCTTTTCTTCATGTTTCTCAAAACAGACAG
1 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT-G-CTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGCAGACAT
* * * * * *
2054 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTTAACCTAAAATAAATTATGAGCTTAT
63 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
*
2119 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGG-TATGA
128 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGA
* * * * *
2160 GTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTACGAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGACAAACA
1 GTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATG-C-TTTTCTTCATGTTTTC-AAGGCAGACA
* *
2224 TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGT-TAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
62 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
2288 TAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTATCGAAGGCTT-A
127 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA
* ** * * ** *
2329 GGTGACTATAAGTGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGGGTGTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAGACA
1 -GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCT-TTTCTTCATG-TTTTCAAGGCAGACA
* * * * * * * *
2394 -TCAAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAACTCAACCTAAAATTAATTATAAGATT
62 TTC-AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
2458 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGTC-TTTAAAGG-TATGA
126 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGA
* * ** * * *
2500 GTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGAATTATTATTTTTTAATATTTCTCAAGGCA-AGCA
1 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAA-TGCT-TTTCTTCATGTTT-TCAAGGCAGA-CA
* * * * * * * *
2564 GTCAATTATAATCCATTTTAACTAAAAAAGTAAAACAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGATTG
62 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** ** *
2629 TAAAACCATTTAAAACGAGTAATATGATTTTTGAAGGCGCGG
127 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA
** * *
2671 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTAACAATGAATAGCTTTGTCTAT-ATGTTTTCCATGGAAGACA
1 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTT-TCT-TCATGTTTT-CAAGGCAGACA
* * * * ** ** * *
2735 TTAAATTATAATCTCTTTTAACTAAAAATATAAAAATGTTTGACTTAAAATTAATTATGAGATTG
62 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** * * **
2800 CAAAATAATTTAAAGTGAATAAT-AGAGCTTTTG-AGGAAATGA
127 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGG-CTTGA
* * * ** *
2842 GTGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAAT-ATTTTTTTTTTTCATGTTTTTCAAGGCAGACATTC
1 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTCTTCATG-TTTTCAAGGCAGACATTC
* * * * * *
2906 AATTACAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTACAATCAATAATGAGATTATAA
65 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
** * * * * *
2971 AATAAATTACAGCGAGTAATATGGCATTCGAAGGCTTGA
130 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA
* * * * *
3010 GTGACTATAAGTGGAACTTTT-ATGCCAAT-AGATGACTTTTACTTAACGTTTTCTAAGGTAGAC
1 GTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATGA-ATG-CTTTT-CTTCATGTTTTC-AAGGCAGAC
* * ** * *
3073 ATTCAACTATAATATATTTTATTCAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTACGAGATT
61 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
3138 ATAAAACTAAATTAAAGCAAGTAATAAGG-TTTTCAAAGGCTT-A
126 ATAAAAC-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCTTGA
* * * *
3181 GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTCTCTTCATGTTTTTTAAGGCAAAGA
1 -GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTT-TCTTCATG-TTTTCAAGGCAGACA
* * * * *
3246 TACAATTATAAT-TTTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA-TCAACTTAAAATTAATTATGAGGTTA
62 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * ** *
3309 CAAAATCATTTAAAGTGAGT-TTAAGGCTTTTGAGGGAATGG
127 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA
* * * * *
3350 GTGACTAT-AATTAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCCTCACGTTTTATAAGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTCTTCATGTTTT-CAAGGCAGACAT
* *
3414 TCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
63 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
Statistics
Matches: 1187, Mismatches: 245, Indels: 106
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.00
167 36 0.03
168 186 0.16
169 43 0.04
170 378 0.32
171 460 0.39
172 74 0.06
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTCTTCATGTTTTCAAGGCAGACATTCA
ATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA
Found at i:2442 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1819--3472 Score: 1506
Period size: 341 Copynumber: 4.9 Consensus size: 340
1809 NNCAGCATGG
* * * *
1819 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCATTAAATGGT-TTTTTCTTCACATTTTCCAAGGCAAACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CAATGAAT-GTCTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACA
* * * *
1883 TTTAATTATAATCTATTCTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT
64 TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
1948 AAAACCATTTAAAACTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCAT-
129 AAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * *** * *
2012 AACAATGAATGGCCTTTTCTTCATGTTTCTCAAAACAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
194 CA-AATGAATGG-CTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTA
* * * * * *
2077 AAAATCTAAAAAAATTTAACCTAAAATAAATTATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
257 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATA
*
2142 AGGTTTTTGAAGG-TATGA
322 AGGTTTTTAAAGGATATGA
* *
2160 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACGAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGACAAACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-AATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACAT
*
2225 TCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTTAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
65 TCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
2290 AAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTATCGAAGGCTTAGGTGACTATAAGTGGGCTTTTCTTGC
130 AAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * *
2355 AAATGAATGGGTGTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAGACA-TCAAATTATAATATGTTTTAACTAA
195 AAATGAATGGCT-TTTCTTCATGTTTTTTAAGGTAGACATTC-AATTATAATCTGTTTTAACTAA
* * * * * *
2419 AAATATAAAAAAACTCAACCTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
258 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAA
*
2484 -GTCTTTAAAGG-TATGA
323 GGTTTTTAAAGGATATGA
* * * * * *
2500 GTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGAAT-TATTATTT-TTTA-ATATTTCTCAAGGCAAG
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACAATGAATGTCTT-TTTCTTCACGT-TTTCT-AAGGCAAA
* * * *
2562 CAGTCAATTATAATCCATTTTAACTAAAAAA-GTAAAACAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGA
62 CATTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** ** *
2626 TTGTAAAACCATTTAAAACGAGTAATATGATTTTTGAAGGCGCGGGTGACTATAAATGAACTTTT
125 TTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * ** * * * *
2691 CTT-AACAATGAATAGCTTTGTCTAT-ATGTTTTCCATGGAAGACATTAAATTATAATCTCTTTT
190 CTTGCA-AATGAATGGCTTT-TCT-TCATGTTTTTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
** ** * ** * * *
2754 AACTAAAAATATAAAAATGTTTGACTTAAAATTAATTATGAGATTGCAAAATAATTTAAAGTGAA
252 AACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAG
* * *
2819 TAAT-AGAGCTTTT-GAGGAAATGA
317 TAATAAG-GTTTTTAAAGGATATGA
* * * * * *
2842 GTGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAAT--AT-TTTTTTTTTTCATGTTTT-TCAAGGCAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTTCT-AAGGCAAACA
* * * * * *
2903 TTCAATTACAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTACAATCAATAATGAGATTA
64 TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * * * * * * * * *
2968 TAAAATAAATTACAGCGAGTAATATGGCATTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAGTGGAACTTTT-A
128 TAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG-ACTTTTCT
* * * * * * * * *
3032 TGCCAAT-AGATGACTTTTACTTAACGTTTTCTAAGGTAGACATTCAACTATAATATATTTT-AT
192 TGCAAATGA-ATGGCTTTT-CTTCATGTTTTTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * * *
3095 TCAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTAAATTAAAGCAAGT
255 T-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-AATTTAAAGCGAGT
* *
3160 AATAAGGTTTTCAAAGGCT-T-A
318 AATAAGGTTTTTAAAGGATATGA
* * * * * * *
3181 GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTCTCTTCATGTTTTTTAAGGCAAAGA
1 -GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACA
* * * * * * * *
3246 TACAATTATAAT-TTTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCAACTTAAAATTAATTATGAGGTTAC
64 TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * * ** * *
3310 AAAATCATTTAAAGTGAGT-TTAAGGCTTTTGAGGGAATGGGTGACTATAATTAGACTTTTCTTG
129 AAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * *
3374 CCAATGAATGGCTTTTCCTCACGTTTTATAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAA
194 CAAATGAATGGCTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
*
3439 AATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
259 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
Statistics
Matches: 1069, Mismatches: 205, Indels: 81
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 38 0.04
339 239 0.22
340 193 0.18
341 511 0.48
342 55 0.05
343 32 0.03
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACATT
CAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCA
AATGAATGGCTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA
TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGT
TTTTAAAGGATATGA
Done.