Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403294.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_968.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 468 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:336 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--877 Score: 894
Period size: 171 Copynumber: 5.1 Consensus size: 170
* * * *
1 AAAAAAATTCAACCAAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * *
66 TGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAAGGGCTTTTCCTTCACGTTT-CT
65 TAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCT
* * * * *
130 AGAGGCAGACAGTCAATTATAATCTATATTAACTAAAAATCT
130 A-AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT
* * * *
172 AAAAAAATTTAACCTCAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * *
237 TAAAGGGAT-GGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCT
65 TAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCT
**
301 AAGAAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG-
130 AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT
* * * * * * * *
341 AAAAATAATTCAACTTAAAACCAATTATCAGGTTACAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTT
1 AAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * *
406 TTGAGGGAATAGGTGAC-AGTAATTGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC-TCTATGTTT
64 TTAAAGGCATAGGTGACTA-TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTC-ATG-TT
* * *
469 TCC-AGGGAAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAAATGT
126 TCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT
* * * * * * * *
513 -AAAAAATTGAACTTCAAATCAATTATAAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTT
1 AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
577 TGAAA-GC-TCAAGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGTGAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTC
65 T-AAAGGCAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTC
*
640 CTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT
128 CTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT
* * *
683 AAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGACTTT
1 AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * ** * *
748 TGAAGACATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCAC
65 TAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTC-C
* * * * * *
813 -AAGGCAGACAATCAATTATAATATGTTCTAACCAAAAATAT
129 TAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT
* *
854 -AAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
1 AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATT
878 TATAGTATAA
Statistics
Matches: 585, Mismatches: 103, Indels: 37
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.02
170 283 0.48
171 284 0.49
172 7 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
AAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTA
AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT
Found at i:497 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--877 Score: 904
Period size: 170 Copynumber: 5.1 Consensus size: 169
* * ** *
1 AAAAAAATTCAACCAAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * *
66 TGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAAGGGCTTTTCCTTCACGTTTCTA
66 TGAAGG-ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCA
* * * * * *
131 GAGGCAGACAGTCAATTATAATCTATATTAACTAAAAATCT
130 GAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-G
* * ** * *
172 AAAAAAATTTAACCTCAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * *
237 TAAAGGGAT-GGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCT
66 TGAA-GGATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCC-
*
301 A-AGAAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG
129 AGAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG
* * * * * * *
341 AAAAATAATTCAACTTAAAACCAATTATCAGGTTACAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTT
1 AAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * *
406 TTGAGGGAATAGGTGAC-AGTAATTGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC-TCTATGTTT
65 TTGAAGG-ATAGGTGACTA-TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTC-ATG-TT
*
469 TCCAG-GGAAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAAATG
126 TCCAGAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG
* * * * * * * *
512 TAAAAAATTGAACTTCAAATCAATTATAAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTT
1 AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * *
577 TGAAAGCTCAAGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGTGAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTCCT
66 TGAAGGAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCA
*
642 GAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG
130 GAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG
* * * *
682 TAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGACTT
1 -AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* ** * *
747 TTGAAGACATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCA
65 TTGAAG-GATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTC-
* * * * * *
812 CA-AGGCAGACAATCAATTATAATATGTTCTAACCAAAAAT-
128 CAGAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG
* *
852 ATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
1 A-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATT
878 TATAGTATAA
Statistics
Matches: 584, Mismatches: 105, Indels: 35
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 15 0.03
170 280 0.48
171 280 0.48
172 9 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
TGAAGGATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCAG
AGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG
Found at i:630 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 1--877 Score: 1015
Period size: 341 Copynumber: 2.6 Consensus size: 338
* ** * * ** * *
1 AAAAA-AATTCAACCAAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGCGTGTAATAAGGCTT
1 AAAAACAATTCAACCTAAAACCAATTATCAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
65 TTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAAGGGCTTTTCCTTCACGTTTCT
66 TTG-AGGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCC
* * * * *
130 AGAGGCAGACAGTCAATTATAATCTATATTAACTAAAAATCTAAAAAAATTTAACCTCAAATCAA
130 AG-GGCAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTCAAATCAA
* * * * * * *
195 TTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTTAAAGGGATGGTAACTATAAATG
193 TTATAAGATCATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTAAAGGCATAGTAACTATAAATG
* *
260 GACTTTTCTTGTTAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGAAAAACATTCAATTATAATCT
258 GACTTTTCCTGTGAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGAAAAACATTCAATTATAATCT
325 GTTTTAACTAAAAATG
323 GTTTTAACTAAAAATG
* * * ** *
341 AAAAATAATTCAACTTAAAACCAATTATCAGGTTACAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTT
1 AAAAACAATTCAACCTAAAACCAATTATCAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTT
* * *
406 TTGAGGGAATAGGTGAC-AGTAATTGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC-TCTATGTTT
66 TTGA-GGAATAGGTGACTA-TAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTC-ACG-TT
* * * * * *
469 TCCAGGGAAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTGAACTTCAAATCA
127 TCCAGGGCAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTTAACTTCAAATCA
* ** * *
534 ATTATAAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAAGCTCA-AGTGACTATAA
192 ATTATAAGATCATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTT-AAAG-GCATAGTAACTATAA
* * * **
598 ATGGGCTTTTCCTGTGAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAA
255 ATGGACTTTTCCTGTGAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGAAAAACATTCAATTATAA
663 TCTGTTTTAACTAAAAATG
320 TCTGTTTTAACTAAAAATG
* * * * * *
682 TAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGACTT
1 AAAAACAATTCAACCTAAAACCAATTATCAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTT
* * *
747 TTGAAGACATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCA
66 TTGAGGA-ATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-
* * * * *
812 CAAGGCAGACAATCAATTATAATATGTTCTAACCAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
129 CAGGGCAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTTAACTTCAAATCAAT
877 T
194 T
878 TATAGTATAA
Statistics
Matches: 448, Mismatches: 78, Indels: 21
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 70 0.16
341 368 0.82
342 10 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (338 bp):
AAAAACAATTCAACCTAAAACCAATTATCAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTT
TTGAGGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCA
GGGCAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTTAACTTCAAATCAATTA
TAAGATCATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTAAAGGCATAGTAACTATAAATGGAC
TTTTCCTGTGAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGAAAAACATTCAATTATAATCTGTT
TTAACTAAAAATG
Found at i:1692 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 1194--1815 Score: 867
Period size: 341 Copynumber: 1.8 Consensus size: 342
1184 CACATTTCCT
* * * * * * * *
1194 AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAAT
1 AAGGTAAACATTCAAATATAATATATTCTAATAAAAAAAGTAAAAAAATACAACTTAAAATCAAT
* * * * * *
1259 TATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGATTATAAGTG
66 TATGAGATTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGAGTGATTATAAATG
* * *
1324 GGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGTCAAA-AGTTCAATTACAATC
131 GGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCACGTCTCTCAAGGCAAACA-TTCAATTACAATC
* * * *
1388 TATTTTAACCA-AAGATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGATATTATAAAATCATTTA
195 TATTTTAACCAGAA-ATGTTAAAAAATTCAACTGAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
1451 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTAATTATAAATGGACTGTTCACATCAATAGATGG
259 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTAATTATAAATGGACTGTTCACATCAATAGATGG
1516 CTTTTGCTTCATGTTTCTC
324 CTTTTGCTTCATGTTTCTC
*
1535 AAGGTAGACATTCAAATATAATATATTCTAATAAAAAAAGTAAAAAAATACAACTTAAAATCAAT
1 AAGGTAAACATTCAAATATAATATATTCTAATAAAAAAAGTAAAAAAATACAACTTAAAATCAAT
* * *
1600 TATTATATTATAAAACCGTTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACTTGAGTGATTATAAAT
66 TATGAGATTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGA-TTGAGTGATTATAAAT
* * * * *
1664 GGG-TTGTTCTTGCCAATGACTTGGTTTTTCTTCATGTCTCTCAAGGCAAACATTGAATTATAAT
130 GGGCTT-TTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCACGTCTCTCAAGGCAAACATTCAATTACAAT
* * * *
1728 TTGTTTTAACTAGAAATGTTAAAAAATTCAAGTGAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
194 CTATTTTAACCAGAAATGTTAAAAAATTCAACTGAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
1793 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
259 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
1816 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 34, Indels: 9
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 4 0.02
341 171 0.71
342 67 0.28
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (342 bp):
AAGGTAAACATTCAAATATAATATATTCTAATAAAAAAAGTAAAAAAATACAACTTAAAATCAAT
TATGAGATTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGAGTGATTATAAATG
GGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCACGTCTCTCAAGGCAAACATTCAATTACAATCT
ATTTTAACCAGAAATGTTAAAAAATTCAACTGAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTAATTATAAATGGACTGTTCACATCAATAGATGGCT
TTTGCTTCATGTTTCTC
Found at i:1812 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 929--1815 Score: 802
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 168
919 CCTAAACCCT
* * * * * * * **
929 AAACCATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTAT
1 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTGAGTGATTATAAATGGA-TTTTCTTGC
* ** * *
994 CAACGAATTACTTTTTCTTCATGTTTCTCAA-GCTAGACACTT-AATTATAATCTCTTTTAATTA
65 CAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGC-AAACA-TTCAATTATAATCTATTTTAA-TA
* * *
1057 AAAATGTAAGAAAATTCGACCTAAAATCAATTAGGAGATTATA
127 AAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * * * * *
1100 GAACCATTTAAAGTGATTTATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATAACTGGACTCTTCTTG
1 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACTTGAGTGATTATAAATGGA-TTTTCTTG
* * * ** * *
1164 CCAATGAATAGCTTTTTCATCACATTTC-CTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCA
64 CCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAT-A
*
1228 AAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATA
127 AAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
1271 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-TTGGGTGATTATAAGTGGGCTTTTCTTG
1 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACTTGAGTGATTATAAAT-GGATTTTCTTG
* * * * * *
1335 CCAATGAATGGGTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGTCAAA-AGTTCAATTACAATCTATTTTAACCA
64 CCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACA-TTCAATTATAATCTATTTTAA-TA
* * *
1399 AAGATGTAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGATATTATA
127 AAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * ***
1441 AAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-AGCTTGAGTAATTATAAATGGACTGTTCACA
1 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA-CTTGAGTGATTATAAATGGA-TTTTCTTG
* * * * * * *
1505 TCAAT-AGA-TGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATAATATATTCTAATA
64 CCAATGA-ATTGG-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAT-
* * * *
1568 AAAAAAGTAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATTATATTATA
126 AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
1612 AAACCGTTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTGAGTGATTATAAATGGGTTGTTCTTGC
1 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTGAGTGATTATAAATGGATT-TTCTTGC
* * * * * *
1677 CAATGACTTGGTTTTTCTTCATGTCTCTCAAGGCAAACATTGAATTATAATTTGTTTTAACTAGA
65 CAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAA
* * *
1742 AATGTTAAAAAATTCAAGTGAAAATAAATTATGAGATTATA
129 AATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
1783 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
1 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
1816 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 582, Mismatches: 110, Indels: 48
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 5 0.01
170 132 0.23
171 432 0.74
172 12 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTGAGTGATTATAAATGGATTTTCTTGCC
AATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAA
TGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
Found at i:2304 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2007--4654 Score: 2251
Period size: 171 Copynumber: 15.6 Consensus size: 169
1997 NNNNNNNNNN
* * *
2007 TTTTGACA-GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTAG-TTTTTCTTTACGT
1 TTTTGA-AGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCACGT
* * * * *
2070 TTCTTGAGGTAAACATTGAATTATAATCT-TTTTAACAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAA
64 TTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAC-AAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAA
* *
2134 TCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGC
127 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * * *
2177 TTTTGAAGGCTTGGATGACTATAAGTGGGCTTTTCTTACCAATGAACGGGTTTTTCTTCATGTTT
1 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
** * * *
2242 CTTAAGGCAAATGTTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAGATGTAAAACATTCAACTTAAAATCA
66 CTTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAA-ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* *
2307 ATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAACAAGGC
130 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* **** * *
2347 TTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCACATCAGT-AGATGGCTTTTGCTTCACGTT
1 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTT
* * * * * * * * * *
2411 TCTCAAGGTAGACATTCAAATATAAAATATTCTAATAAAAAAAGTAAGAAAATACAACTTAAAAT
65 TCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAAT
* *
2476 CAACTATGAGA-TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
128 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * ** *
2517 TTTCGATGACTTGGGTGACTATAAATGGGCTGTTCTTGCCAATGGCTTTG-TTTTTCTTCACGTT
1 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GAATGGCTTTTTCTTCACGTT
* * * * * *
2581 TCTCAAGGTAAATATTTAATTATAATATGTTTTAACCAGAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAAA
65 TCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * ** *
2646 AAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAATGAGCAATAAGGC
128 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * ** *
2688 TTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTT
1 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
* * *
2753 -TTCAAGGTC-GACATTCAATTATAATATTTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTTAACTTAAAA
66 CTT-AAGG-CAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAA
* * ** *
2816 TCCATTATGAGACTATAAAATAATTGAAAGCGAGTAATAAGGC
127 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* *
2859 TTTTGACA-GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGG-TTTTTCTTTATC-
1 TTTTGA-AGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCA-CG
* * *
2921 TTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAA
63 TTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAC-AAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAA
* **
2986 ATCAATTATGAGGTTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
126 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * *
3030 TTTTGAAGGCTTGGGTG-CATATAAGTCGACTTTTCTTACCAATGAATGGGTTTTTCTTCACATT
1 TTTTGAAGGCTTGGGTGAC-TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
* * ** * * * *
3094 TTTTGAGGCAAATGTTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAGATCTAAAAAATTCAACTTAAAATC
65 TCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATC
* *
3159 AATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
129 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * *
3200 TTTCGATGGCATGGGTGACTATAAATGGTCTTTTCTTGCCAATGAAT-ACTTTTTTCTTCTCGTT
1 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTTCTTCACGTT
*
3264 T-TCTAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTC-ACATTAAA
65 TCT-TAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAC-AAAAATGTAAAA-AATTCAAC-TTAAA
* * * *
3327 ATTACTTATGAGATTATAAAACCATTGAAAACGAGTAATAAGGC
126 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * ** * *
3371 TTTCGACA-GTTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAAAAATTAG-TTTTTCTTCAAGT
1 TTTTGA-AGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCACGT
*** * *
3434 TTCTCGGGGCAAACATTCAATTATAATAAGTTTTAACAAAAAATATAAACAAATTCAACTTAAAA
64 TTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAC-AAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAA
* * * * *
3499 TCAATTTTGAGGTTATAAAACGATTTAAAGCCAGTAATAGGGC
127 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * * *
3542 TTTTAAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTCCTTCAAGGTT
1 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTC-ACGTT
** * * * * * * * * * *
3607 T-TGGAGGTAGACAATCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATTTGAAACAATTTAACCTCAAAT
65 TCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAC-AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAAT
* ** * *
3671 CAATTATGAGATTACAAAATAATTTAAAGCGACTAATTAGG-
128 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * ** *
3712 TTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAGTGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
1 TTTT-GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
* * * * *
3777 T-TCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAACAATTCAACTCAAAA
65 TCT-TAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAC-AAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAA
* * * *
3841 TCAATTATCAGGTTAT--AACCATTTAAAGTGGGTAATAAGGC
127 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* ** * * ** * * * * *
3882 TTTTGAGGGAATGGGTGACTGTAATTAAACTTTTGTTACCAATGAATGCCTTTTTCTCCATGTTT
1 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
* * * * * *
3947 -TCTAAGGAAAAAATTCAATTACAATATGTTTTAACATAAAATGTAAAAAAAATCAACATAAACT
66 CT-TAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACA-AAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAAT
* *
4011 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAAGAC
128 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* ** * * *
4053 TTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGTTTTTCTT--C-----AT-G-TTTTTC-TAAAG--G
1 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
* ** * * * ** *
4106 C--AA-ACATTCAATT--ATAAT-ATGT-TTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAACCTAAAATC
66 CTTAAGGCAAAC-ATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATC
4164 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
129 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* ** * * *
4205 TTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTT
1 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
* * * * * * *
4270 -TATAAGGTAGACAATCAATTATAATATCTTCTAACCAAAAATATGAAAAATTCAACTTAAAATC
66 CT-TAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATC
* *
4334 TATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
129 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * ** ** **
4375 TTTCGAAGG-TATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATCACTTTTTCTTCATTTT
1 TTTTGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
* * * * * * * *
4439 TCTCAA-GCTAGACACTT-AATTCTAATCTCTTTTAACTAAAAATGTAAGAGAATTCAACCTAAT
65 TCTTAAGGC-AAACA-TTCAATTATAATATGTTTTAAC-AAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAA
* * *
4502 ATCAATTAGGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
126 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* *** * * * * *
4546 TTTTAAAGGAAAGGGTGACTGTAATTGGACTCTTT-TTACCAATGAATGGCTTTTTCATCACATT
1 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
** * * *
4610 TCCCATA-GTAAACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
65 TCTTA-AGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAATGT
4655 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1998, Mismatches: 395, Indels: 169
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
151 4 0.00
152 91 0.05
153 5 0.00
154 4 0.00
155 3 0.00
156 1 0.00
157 5 0.00
159 2 0.00
160 1 0.00
161 8 0.00
162 8 0.00
164 2 0.00
166 4 0.00
167 2 0.00
168 5 0.00
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172 23 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
CTTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
Found at i:2714 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 2007--4654 Score: 2226
Period size: 341 Copynumber: 7.8 Consensus size: 341
1997 NNNNNNNNNN
* * * *
2007 TTTTGACA-GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTAG-TTTTTCTTTACGT
1 TTTTGA-AGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCACGT
* * * * * *
2070 TTCTT-GAGGTAAACATTGAATTATAATCT-TTTTAACAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAA
64 TT-TTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAA
* * * * * *
2133 ATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCTTGGATGACTA
127 ATCAATTATGAGGATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGATGACTTGGGTGACTA
* * ** * * * **
2198 TAAGTGGGCTTTTCTTACCAATGAACGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAATGTTCAATTA
192 TAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTA
* * *
2263 CAATCTGTTTTAA-CAAAAGATGTAAAAC-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC
257 TAATATGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* *
2326 ATTTAAAGCGAGTAACAAGGC
321 ATTTAAAACGAGTAATAAGGC
* ** * * *
2347 TTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCACATCAGT-AGATGGCTTTTGCTTCACGTT
1 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTT
* * * * ** * *
2411 TCTCAAGGTAGACATTCAAATATAAAATATTCTAATAAAAAAAGTAAGAAAATACAACTTAAAAT
65 TTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAAT
* *
2476 CAACTATGA-GATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGATGACTTGGGTGACTATA
129 CAATTATGAGGATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGATGACTTGGGTGACTATA
* ** * * *
2540 AATGGGCTGTTCTTGCCAATGGCTTTGTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAATATTTAATTATA
194 AATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATA
* ** * *
2605 ATATGTTTTAACCAGAAATGTTAAAA-AATTCAACTTAAAAAAAATTTTGAGGTTATAAAACCAT
259 ATATGTTTTAACCAAAAATG-TAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* *
2669 TTAAAATGAGCAATAAGGC
323 TTAAAACGAGTAATAAGGC
* * * ** *
2688 TTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTT
1 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
* * *
2753 TTCAAGGTCGACATTCAATTATAATATTTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTTAACTTAAAATC
66 TTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATC
* ** * * *
2818 CATTATGA-GACTATAAAATAATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-CAGCTTGGGTGACTAT
130 AATTATGAGGA-TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGATGA-CTTGGGTGACTAT
* *
2881 AAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTTATC-TTTCTCAAGGAAAACATTCAATTA
193 AAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCA-CGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTA
* * * **
2945 TAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATAA
257 TAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
*
3010 TTTAAAGCGAGTAATAAGGC
322 TTTAAAACGAGTAATAAGGC
* * * *
3030 TTTTGAAGGCTTGGGTG-CATATAAGTCGACTTTTCTTACCAATGAATGGGTTTTTCTTCACATT
1 TTTTGAAGGCTTGGGTGAC-TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
** * * ** * * * * *
3094 TTTTGAGGCAAATGTTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAGATCTAAAAAATTCAACTTAAAATC
65 TTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * *
3159 AATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGATGGCATGGGTGACTATAA
130 AATTATGAGGATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGATGACTTGGGTGACTATAA
* *** *
3224 ATGGTCTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCTCGTTT-TCTAAGGTAAACATTCAATTATA
195 ATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTATA
* * *
3288 ATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTC-ACATTAAAATTACTTATGAGATTATAAAACCAT
259 ATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAAC-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
*
3352 TGAAAACGAGTAATAAGGC
323 TTAAAACGAGTAATAAGGC
* * * * ** * *
3371 TTTCGACA-GTTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAAAAATTAG-TTTTTCTTCAAGT
1 TTTTGA-AGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCACGT
* ** * * * *
3434 TTCTCGGGGCAAACATTCAATTATAATA-AGTTTTAACAAAAAATATAAACAAATTCAACTTAAA
64 TTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATA-TTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAA
* * * * * ** * * * *
3498 ATCAATTTTGAGGTTATAAAACGATTTAAAGCCAGTAATAGGGCTTTTAAAGGCATGGATGACTA
127 ATCAATTATGAGGATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGATGACTTGGGTGACTA
* * * * * ** * *
3563 TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAA-TGACTTTTCCTTCAAGGTTT-TGGAGGTAGACAATCAAT
192 TAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTG-GTTTTTCTTC-ACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAT
* * * * * * * * * *
3626 TATAATCTATTTTAACTAAAAATTTGAAACAATTTAACCTCAAATCAATTATGAGATTACAAAAT
255 TATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * *
3691 AATTTAAAGCGACTAATTAGG-
320 CATTTAAAACGAGTAATAAGGC
* * *** *
3712 TTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAGTGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
1 TTTT-GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
* * * * * * *
3777 TTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAACAATTCAACTCAAAAT
65 TTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAAT
* * * * * * * *
3842 CAATTATCAGG-T-TATAACCATTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTTTGAGGGA-ATGGGTGACTGT
129 CAATTATGAGGATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-TGACTTGGGTGACTAT
* *** * * * * * * *
3904 AATTAAACTTTTGTTACCAATGAA-TGCCTTTTTCTCCATGTTT-TCTAAGGAAAAAATTCAATT
193 AAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTG-GTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAAACATTCAATT
* * * * *
3967 ACAATATGTTTTAA-CATAAAATGTAAAAAAAATCAACATAAACTCAATTATGAGATTATAAAAC
256 ATAATATGTTTTAACCA-AAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * *
4031 CATTTGAAGCGAGTAATAAGAC
320 CATTTAAAACGAGTAATAAGGC
* **
4053 TTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGTTTTTCTT--C-----AT-G-TTTTTC-T-A-----
1 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
* * * * *
4102 ---AAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAACCTAAAATC
66 TTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATC
* * * * **
4164 AATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATA
130 AATTATGAGGA-TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGATGACTTGGGTGACTATA
* * * * *
4228 AATGGGCTTTTCTTACCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCACATTT-TATAAGGTAGACAATCAATTA
194 AATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGG-TTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGGTAAACATTCAATTA
* * * * * *
4291 TAATATCTTCTAACCAAAAATATGAAA-AATTCAACTTAAAATCTATTATGAAATTATAAAACCA
257 TAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
*
4355 TTTAAAGCGAGTAATAAGGC
322 TTTAAAACGAGTAATAAGGC
* * * ** *
4375 TTTCGAAGG-TATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATCACTTTTTCTTCA-TTT
1 TTTTGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
* * * * * * * *
4438 TTCTCAAGCTAGACACTT-AATTCTAATCTCTTTTAACTAAAAATGTAAGAGAATTCAACCTAAT
65 TT-TCAAGGTAGACA-TTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAA
* * * ** * **
4502 ATCAATTAGGA-GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGA-AAGGGTGAC
127 ATCAATTATGAGGA-TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGATGACTTGGGTGAC
* * * * * * *
4565 TGTAATTGGACTCTTT-TTACCAATGAA-TGGCTTTTTCATCACATTTCCCATA-GTAAACATTC
190 TATAAATGGGCT-TTTCTTGCCAATGAATTGG-TTTTTCTTCACGTTTCTCA-AGGTAAACATTC
* *
4627 AATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
252 AATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT
4655 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1872, Mismatches: 365, Indels: 141
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
320 1 0.00
321 64 0.03
322 84 0.04
323 107 0.06
324 3 0.00
329 3 0.00
330 1 0.00
331 12 0.01
332 2 0.00
333 3 0.00
339 12 0.01
340 353 0.19
341 660 0.35
342 559 0.30
343 8 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
TTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCA
ATTATGAGGATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGATGACTTGGGTGACTATAAA
TGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAAT
ATGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
AAACGAGTAATAAGGC
Found at i:3406 original size:683 final size:681
Alignment explanation
Indices: 2015--4654 Score: 2674
Period size: 683 Copynumber: 3.9 Consensus size: 681
2005 NNTTTTGACA
* * *
2015 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTAGTTTTTCTTTACGTTTCTT-GAGG
1 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTAGTTTTTCTTCAAGTTT-TTCAAGG
* * *
2079 TAAACATTGAATTATAATCT-TTTTAACAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATG
65 TCAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
2143 AGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCTTGGATGACTATAAGTGGGCT
130 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGGCT
* * * *** *
2208 TTTCTTACCAATGAACGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAATGTTCAATTACAATCTGTTT
195 TTTCTTACCAATGAA-TGGTTTTTCTTCATCTTT-TTAAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTTT
*
2273 TAAC-AAAAGATGTAAAAC-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCG
258 TAACTAAAA-ATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCG
* ** *
2336 AGTAACAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCACATCAGT-AGATGGCTTT
322 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGA-ATGGCTTT
* * * * * * * ** * * *
2400 TGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATAAAATATTCTAA-TAAAAAAAGTAAGAAAAT
386 TTCTTCACATTTTTCAAGGCAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAGAAAAT
* * *
2464 ACAACTTAAAATCAACTATGA-GATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAT-GAC
450 TCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGATGGA-
* * * * ** *
2527 TTGGGTGACTATAAATGGGCTGTTCTTGCCAATGGCT-TTGTTTTTCTTCACG-TTTCTCAAGGT
514 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCT-TTTTTCTTCACGTTTTCT-AAGGT
* * * * * *
2590 AAATATTTAATTATAATATGTTTTAACCAGAAATGTTAAAAAATTCA-ACTTAAAAAAAATTTTG
577 AAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATG-TAAAAAATTCACA-TTAAAATAAATTATG
* * * * *
2654 AGGTTATAAAACCATTTAAAATGAGCAATAAGGCTTTTGAAG
640 AGATTATAAAACCATTGAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * *
2696 GCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TATCTTTTTCTTCAAGTTTTTCAAGG
1 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTA-GTTTTTCTTCAAGTTTTTCAAGG
* * * * * *
2760 TCGACATTCAATTATAATATTTTTTAACCAAAAATGTTAAAA-AATTTAACTTAAAATCCATTAT
65 TCAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAAT-ATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* ** * * *
2824 GAGACTATAAAATAATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGACA-GCTTGGGTGACTATAAATGGG
129 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGCATGGATGACTATAAATGGG
* * * * *
2888 CTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTTATCTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
193 CTTTTCTTACCAATGAA-TGGTTTTTCTTCATCTTT-TTAAGGTAAACAATCAATTATAATCTGT
*
2953 TTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATAATTTAAAGC
256 TTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGC
* * * * *
3018 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTG-CATATAAGTCGACTTTTCTTACCAATGAATGGGTT
321 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGAC-TATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTT
** ** * * *
3082 TTTCTTCACATTTTTTGAGGCAAATGTTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAGATCTAA-AAAAT
385 TTTCTTCACATTTTTCAAGGCAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAGAAAAT
* * *
3146 TCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGATGGCA
450 TCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGATGGAA
* * * *
3211 TGGGTGACTATAAATGGTCTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCTCGTTTTCTAAGGTAAA
515 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGTAAA
* *
3276 CATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCACATTAAAATTACTTATGAGAT
580 CATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AATTCACATTAAAATAAATTATGAGAT
3341 TATAAAACCATTGAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGACA-
644 TATAAAACCATTGAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGA-AG
* ** * * *
3379 GTTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAAAAATTAGTTTTTCTTCAAGTTTCTC-GGGG
1 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTAGTTTTTCTTCAAGTTTTTCAAGGT
* *
3443 CAAACATTCAATTATAATAAGTTTTAACAAAAAATAT-AAACAAATTCAACTTAAAATCAATTTT
66 C-AACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAC-AATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * *
3507 GAGGTTATAAAACGATTTAAAGCCAGTAATAGGGCTTTTAAAGGCATGGATGACTATAAATGGAC
129 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGGC
** * * ** ** * *
3572 TTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTCCTTCAAGGTTTTGGAGGTAGACAATCAATTATAATCTATT
194 TTTTCTTACCAATGAATG-GTTTTTCTTC-ATCTTTTTAAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTT
* * * * * *
3637 TTAACTAAAAATTTGAAACAATTTAACCTCAAATCAATTATGAGATTACAAAATAATTTAAAGCG
257 TTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCG
* * * * * * * *
3702 ACTAATTAGG-TTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAGTGAATGGCTTT
322 AGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTT
* * * * *
3766 TTCTTCACGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG-AAAAACAAT
386 TTCTTCACATTTTTCAAGGCAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAGAA-AAT
* * * * *
3830 TCAACTCAAAATCAATTATCAGGTTAT--AACCATTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTTTGAGGGAA
450 TCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGATGGAA
* * ** * * * * *
3893 TGGGTGACTGTAATTAAACTTTTGTTACCAATGAATGCCTTTTTCTCCATGTTTTCTAAGGAAAA
515 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGTAAA
* * * * * *
3958 AATTCAATTACAATATGTTTTAACATAAAATGTAAAAAAAATCAACA-TAAACTCAATTATGAGA
580 CATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTC-ACATTAAAATAAATTATGAGA
* *
4022 TTATAAAACCATTTG-AAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAG
643 TTATAAAACCA-TTGAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
*
4061 GCTTGGGTGACTATAAATGGGTTTTTCTT--C-----A-T-GTTTTTC-T--A-------AAGG-
1 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTAGTTTTTCTTCAAGTTTTTCAAGGT
* * * *
4106 CAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAACCTAAAATCAATTATG
66 C-AACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATG
*
4171 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-AAGTGACTATAAATGGGC
130 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGA-TGACTATAAATGGGC
* * *
4235 TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-CATTTTATAAGGTAGACAATCAATTATAATATCT
194 TTTTCTTACCAATGAATGG-TTTTTCTTCATC-TTTT-TAAGGTAAACAATCAATTATAATCTGT
* * * * * * **
4299 TCTAACCAAAAATATGAAA-AATTCAACTTAAAATCTATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGC
256 TTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGC
* **
4363 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATCACTT
321 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTT
* * *
4427 TTTCTTCA-TTTTTCTCAA-GCTAGACACTT-AATT-CTAATCTCTTTTAACTAAAAATGTAAGA
385 TTTCTTCACATTTT-TCAAGGC-AAACA-TTCAATTAC-AATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAGA
* * * * * * ** *
4488 GAATTCAACCTAATATCAATTAGGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAA
446 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAT
* * * * * * *
4553 GGAAAGGGTGACTGTAATTGGACTCTTT-TTACCAATGAATGGC-TTTTTCATCACATTTCCCAT
511 GGAATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTACCAATGAAT-GCTTTTTTCTTCACGTTTTCTA-
* * *
4616 A-GTAAACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
573 AGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGT
4655 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.81 0.13 0.06
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GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTAGTTTTTCTTCAAGTTTTTCAAGGT
CAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGGCTT
TTCTTACCAATGAATGGTTTTTCTTCATCTTTTTAAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAA
CTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTA
ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTT
CACATTTTTCAAGGCAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAGAAAATTCAACT
TAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGATGGAATGGGTG
ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGTAAACATTCA
ATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCACATTAAAATAAATTATGAGATTATAAAA
CCATTGAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
Found at i:4166 original size:152 final size:150
Alignment explanation
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Period size: 152 Copynumber: 2.1 Consensus size: 150
3922 AATGAATGCC
*
3932 TTTTTCTCCATGTTTTCTAAGGAAAAAATTCAATTACAATATGTTTTAACATAAAATGTAAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGAAAAAATTCAATTACAATATGTTTTAACATAAAATGTAAAAAA
* *
3997 AATCAACATAAACTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGG
66 AATCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGG
* **
4062 CTTGGGTGACTATAAATGGG
131 CATAAGTGACTATAAATGGG
* * *
4082 TTTTTCTTCATGTTTTTCTAAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAC-TAAAAATGTAAA
1 TTTTTCTTCATG-TTTTCT-AAGGAAAAAATTCAATTACAATATGTTTTAACAT-AAAATGTAAA
* * * * *
4146 AGAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
63 AAAAATCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGA
4211 AGGCATAAGTGACTATAAATGGG
128 AGGCATAAGTGACTATAAATGGG
*
4234 CTTTTCTT
1 TTTTTCTT
4242 ACCAATGAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.34
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TTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGAAAAAATTCAATTACAATATGTTTTAACATAAAATGTAAAAAA
AATCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGG
CATAAGTGACTATAAATGGG
Found at i:5395 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4932--10658 Score: 4508
Period size: 171 Copynumber: 33.7 Consensus size: 169
4922 TTACAACCTA
* * * *
4932 TTTTAACCAAAGATATAAAAAATTCAACTT-AAATACAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG
1 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** * ********** ** * *
4996 CGAGTAATAAGGCTTACGAAGGCTTNNNNNNNNNNAAATGGACTTTTCACATCAAT-AGATGGCT
65 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA-ATAG-T
* * * * *
5060 TTTGCTTCACGTTTCTT-AATGTAAACATTCAAATATAATATA
128 TTTTCTTCATGTTTCTTGAA-GTAAACATTCAATTATAATCTG
* * * * * *
5102 TTTTAATTAAAAAAGTAAAAAAAAAT-AACGTAATATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
1 TTTTAACTAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * *
5166 GCGAGTAATAAAGCTTTCGACA-GCTTGGGTGATTATGAATGGGA-TTTACTTGCCAATGAATTA
64 GCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTACCAATGAA-TA
* *
5229 GTTTTTCTTCTTGTTTCTTGAAGTAAACATTCAATTATAATTTG
126 GTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAAACATTCAATTATAATCTG
* * * **
5273 TTTTAACTAAAAATATAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAATAATTTAAAG
1 TTTTAACTAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
5338 CGAGTAATAGGGCTTTTGAAGTCATGGATGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAGT-GCTA
65 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAG-T-
* * ** * *
5402 TTTTTTTTATGTTT-TACAAGGTAGACATTCAATTATGATCTG
128 TTTTCTTCATGTTTCTTGAA-GTAAACATTCAATTATAATCTG
* * *
5444 TTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TTAAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCTTTTCA
1 TTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * * ** *
5507 AGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGTGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
63 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAG-
* * * * * * *
5572 TTTTCCTTCAAGTTTCTCGAGGCAAACATTGAATTATAATCTA
127 TTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAAACATTCAATTATAATCTG
* * * * *
5615 TTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAACTAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
5680 CGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGGCTCTTCTTATCAATGAATCACTT
65 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-AGTT
** * *
5745 TTTCTTCATGTTTC-ACAAGCTAGACACTT-AATTATAATCTC
129 TTTCTTCATGTTTCTTGAAG-TAAACA-TTCAATTATAATCTG
* * *
5786 TTTTAACCAAAAATGTAAGAAAATACAA-TCTAAAATCAATTA--AGATTATAAAACTATTTAAA
1 TTTTAACTAAAAATGTAA-AAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * * *
5848 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAATTGGGCTTATCTTGCCAATAAATTAGT
64 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA-TAGT
*
5913 TTTTCTTCATGTTTCGT-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTG
128 TTTTCTTCATGTTTCTTGAA-GTAAACATTCAATTATAATCTG
* * * * * * *
5955 TTTTAACCAAAACTACG-AACAAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAGGTTATAAAACGATTTAAA
1 TTTTAACTAAAA--ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* *** * * ** *
6019 GCGAGTAATAGGGCTTTTGAAGGCATGAACGATTATAAATGGATTTTTCTTATAAATGAATACCT
64 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATA-GT
** * *
6084 TTTTCTTCA-CATT-TTGTAAGGTAGACATTCAATTATGATCTG
128 TTTTCTTCATGTTTCTTG-AA-GTAAACATTCAATTATAATCTG
* *
6126 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTT-AACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAA
1 TTTTAACTAAAAATGT-AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * *** *
6190 GCGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGTACTTTTCTTGTTAAAGAATAGCT
64 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAG-T
* * * * * * * *
6255 TTTCCTTCAAGTTTCTGGAGGCAAACAGTCAATAATAATCTA
128 TTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAAACATTCAATTATAATCTG
* * * * * * *
6297 CTTTAACTAAAAATCTAAAAAAAATAAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAG
1 TTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * ** * * ** *
6362 CAAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATATGT-AATATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGCTT
65 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAG-TT
** *
6426 TTTCTTCATGTTT-TCCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTG
129 TTTCTTCATGTTTCT-TGAAGTAAACATTCAATTATAATCTG
* * * * * *
6467 TTTTAACTAAAAATGAAAAACAATTAAACTTAAAATCAATTATCAG-GT-TACAACCATTTAAAA
1 TTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * * * * * *
6530 TGAGTGATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTGTAATTGAACTTTTCTTGCCAATAAATGACTT
65 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-AGTT
* * * *
6595 TTTCTCCATGTTT-TTCAAGGAAAACATTCAATTACAATCTG
129 TTTCTTCATGTTTCTTGAA-GTAAACATTCAATTATAATCTG
* **
6636 TTTTCAC-ACAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATGATTTAAA
1 TTTTAACTA-AAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * ** *
6700 GCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCAACAAATGAATAGGT
64 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATA-GT
* * * *
6765 TTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTTAATTATAATCTG
128 TTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAAACATTCAATTATAATCTG
* *
6807 TTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAGCCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
6872 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGATTGGCTT
65 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAG-TT
* * * * * * *
6937 TTT-TT-TTGCATTTCAT-AAGGCAGACAATCAATTATAATATC
129 TTTCTTCATG--TTTCTTGAA-GTAAACATTCAATTATAATCTG
* * * * * *
6978 TTCTAACCAAAAATATAAAAAATTTAAGTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGC
1 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * * *
7043 AAGTAATAGGGCTTTCGAAAGTATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATCATTTT
66 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-AGTTT
* ** * * *
7108 TTCTTTACATTTC-TCAAGCTAGACACTT-AATTATAATCTT
130 TTCTTCATGTTTCTTGAAG-TAAACA-TTCAATTATAATCTG
* * * * *
7148 TTTTAACAAAAAATGTAAGAAAATACAGCCTAAAATCAATTA-GAAGATTATAAAATCATTTAAA
1 TTTTAACTAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * * * * *
7212 GTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTGTTATTCGACTCTTCTTGCCAATGAA-AGGC
64 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATA-G-
* * ** * *
7276 TTTTTCATCACGTTTC-ACAAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
127 TTTTTCTTCATGTTTCTTGAA-GTAAACATTCAATTATAATCTG
* * *
7319 TTTTAACTAAAAATGTAAGACAATTCAACTTAAAATCAATTCTGAGGTTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAACTAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
7384 CGAGTCATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAGTGGGCTTTTCTTACCAATGAATGAGTT
65 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-AGTT
*
7449 TTTCTTCA-------T---G------TTCAATTACAATCTG
129 TTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAAACATTCAATTATAATCTG
* ** * * * *
7474 TTTTAACTAAAAATGAAAAATAATTGGACTTAAAGTCAATTATTAG-GT-TACAACCATTTAAAG
1 TTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * *
7537 TGAGTGATAAGGCTTTTG-AGAGAATGGGTGACTGTAATTGAACTTTT-TTCGCCAATGAAT-GC
65 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACCAATGAATAG-
* * * * *
7599 CTTTTTCTCCATGTTT-TTCAAGAAAAACATTCAATTACAATCTT
127 -TTTTTCTTCATGTTTCTTGAAG-TAAACATTCAATTATAATCTG
** *
7643 TTTTAAC-ACAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAG
1 TTTTAACTA-AAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * * *
7707 GTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCAAATGAATAGGT
64 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATA-GT
* *
7772 TTTTCTTCATGTTTCCTG-AGACAAACATTCAATTATAATCTG
128 TTTTCTTCATGTTTCTTGAAG-TAAACATTCAATTATAATCTG
*
7814 TTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
7879 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTAGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTT
65 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAG-TT
** * * * * * *
7944 TTTCTTCACATTTCAT-AAGGCAGACAATCAATTATAATATC
129 TTTCTTCATGTTTCTTGAA-GTAAACATTCAATTATAATCTG
* * * * * *
7985 TTCTAACCAAAAATATAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGT
1 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * **
8050 AAGTAATAGGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATCCTTTT
66 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-AGTTT
*** * * *
8115 TTCTTCACACTTCTT-AAGCTAGACACTT-AATTATAATTTC
130 TTCTTCATGTTTCTTGAAG-TAAACA-TTCAATTATAATCTG
* * *
8155 TTTTAAC-AAAATATGTAAAAAAATGC-AGTCTAAAATCAATTA-GAAGATTATAAAATCATTTA
1 TTTTAACTAAAA-ATGT-AAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTA
* * * ** * * * * *
8217 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATAAGTGACTGTTATTGGACTCTTCTTGCCAATGAA-AG
62 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATA-
* *
8281 GCTTTTTCATCATGTTTC--GCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTG
126 G-TTTTTCTTCATGTTTCTTG-AA-GTAAACATTCAATTATAATCTG
* *
8326 TTTTAACT--AAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGGTTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
8389 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAGTGGGCTTTTCTTACCAATGAACGAGTT
65 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA-TAGTT
* * ** ** **
8454 TTTTTTCATGTTT-TT---CTTCATGTTCAATTATAATCAC
129 TTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAAACATTCAATTATAATCTG
* *
8491 TTTTAA-TGAAAGATGTAAAAAATGCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAACT-AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * ** * *
8555 CGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCACATCAAT-AGATGGCT
65 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA-ATAG-T
* * * * * * *
8619 TTTACTTCATGTTTC-TCAAGATAGACATTTAAATATAATATA
128 TTTTCTTCATGTTTCTTGAAG-TAAACATTCAATTATAATCTG
* * * * *
8661 TTTTAATTAAAAAAGTAAAACAAATACAACTTAATAGCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
1 TTTTAACTAAAAATGT-AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * * *
8726 GCAAGTAATAAGG-TTTTCGACA-GCTTGGGTGATTATAAATGGGCTTTACTTGCGAATGAATTG
64 GCGAGTAATAAGGCTTTT-GA-AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA-TA
* *
8789 GTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTG
126 GTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAAACATTCAATTATAATCTG
* * * * * **
8833 TTTTAACTAAAAATGTAAACAAATCCAGCTTAAAATCAATTTTGAGGTTATCAAATAATTTAAAG
1 TTTTAACTAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* ** * * * * *
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65 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAG-TT
** * *
8962 TTTCTTCA-CATT-TTGAAGGCAAACATTCAATTATGATCTG
129 TTTCTTCATGTTTCTTGAA-GTAAACATTCAATTATAATCTG
* * *
9002 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TTAAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCTTTTAAA
1 TTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * ** *** *
9066 GTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTGAATGAATGGCT
64 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAG-T
* * * * * * *
9131 TTTCCTTCAAGTTTCTCGAGGCAAACAGTCAATTATAATCTA
128 TTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAAACATTCAATTATAATCTG
* * * *
9173 TTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAG
1 TTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * ** *
9238 TGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGT-AGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACT
65 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-AGT
** *
9302 TTTTCTTCATGTTTC-CCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
128 TTTTCTTCATGTTTCTTGAA-GTAAACATTCAATTATAATCTG
** * *
9344 TTTTAACTAAAAATAAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATCA-AGTTACAAAACCATTTAAA
1 TTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * *
9408 GTGAGTGATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGTT
64 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAG-T
* * * *
9473 TTTTCTTCATGTTT-TCT-AAGGCAGACATTTAATTACAATCT-
128 TTTTCTTCATGTTTCT-TGAA-GTAAACATTCAATTATAATCTG
* * *** * * *
9514 ATTTAACCAAAAATGTAACAAAATTCAACTTAAAATTTGTTATAATATTATAAAACTA-TTAAAG
1 TTTTAACTAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* ** *
9578 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGATATGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTGTTACCAATGAATAGCT
65 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTACCAATGAATAG-T
* *
9642 TTTTCTTCATGTTT-TTCAAG-ACAAGCATTCAATTATAAT-TT
128 TTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTA-AA-CATTCAATTATAATCTG
* *
9683 TTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAG
1 TTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * ** * *
9748 CTAGTAATAAGGC-TTTCAACAGCTTGGGTGACTATAAAAGGGTTTTTCTTGCCAATGAATTGGT
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* * * *
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*
9854 TTTTAACTAAAAATGTAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA-AGTTATAAAACCATTTAAA
1 TTTTAACTAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAA
* * * * * *
9918 GCGTGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGATGGCTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATACCT
64 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATA-GT
* *
9983 TTTTCTTCATG-TT-TTGCAAGGCAGACATTCAATTATGAAT-TG
128 TTTTCTTCATGTTTCTTG-AA-GTAAACATTCAATTAT-AATCTG
* ** * * *
10025 TTTTAACTAAAAATATAAAAACATTCAACAAAAAATAAATTATGAGTTTATAAAACCTTTTAAAG
1 TTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** ** * *
10090 CGAGTAATAAAACTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTGTTT-TTATCAATGAATGGCT
65 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTACCAATGAATAG-T
* * * * * *
10154 CTTTCTTCAAGTTTC-TCAAGGCAAACAGTCAATTATAATCTA
128 TTTTCTTCATGTTTCTTGAA-GTAAACATTCAATTATAATCTG
* * * * * * *
10196 TTGTAACTAAAAATCTAAAAACATTTAACCTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACAATTTAAAA
1 TTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * ** *
10261 CGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTATTAATGAATGACTT
65 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-AGTT
* * * **
10326 TTTCTTCATGTTTC--CAAGGCAGACATTCAATTATAATCCA
129 TTTCTTCATGTTTCTTGAA-GTAAACATTCAATTATAATCTG
* * *
10366 TTTTAA-TAAAAAAT-AAAAAATATTTCAACTTAAAATCAATTATCATG-TTACAAAACCATTTA
1 TTTTAACT-AAAAATGTAAAAA-A-TTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTA
* * * * * * * * *** *
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* *
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* * * * *
10537 -TTTAAC-AAAAACTGTAATAAAATTCAACTAAAAATCAGTTATGATATTATAAAATCATTAAAA
1 TTTTAACTAAAAA-TGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
10600 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTGTTGCCAATGA
64 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
Statistics
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Consensus pattern (169 bp):
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Found at i:6739 original size:681 final size:679
Alignment explanation
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4919 NNNTTACAAC
* * *
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* * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * ** * *
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* * *
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* * *
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* * * * *
5612 CTATTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTA
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* * * * * **
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* * *
5742 CTTTTTCTTCATGTTT-CACAAGCTAGACACTT-AATTATAATCTCTTTTAACCAAAAATGTAAG
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* *
5805 AAAATACAA-TCTAAAATCAATTA--AGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
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* * * * * * *
5867 AAGGAATGGGTGACTGTAATTGGGCTTATCTTGCCAATAAATTAGTTTTTCTTCATGTTTCGT-A
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* * * * * *
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321 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA--ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * *** *
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* ** * *
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*
6125 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTT-AACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAA
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* * * *** *
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576 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAAT-GC
* ** * *
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* * * * * * * *
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1 CTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * ** *
6359 AAGCAAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATATGT-AATATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGG
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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** * *
6679 GAGATTATAAAATGATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
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** * * ** * * * * *
6744 TTTTCCAACAAATGAATAGGTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTT
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* *
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* * * *
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580 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAAT-GC-TTT
* * *
6939 TTTTTGC-A-TTTCAT-AAGGCAGACAATCAATTATAAT
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* * * * * * *
6975 ATCTTCTAACCAAAAATAT-AAAAAATTTAAGTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTA
1 CTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * * * **
7039 AAGCAAGTAATAGGGCTTTCGAAAGTATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATCA
66 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGG
* * ** * * *
7104 TTTTTTCTTTACATTTCTC-AAGCTAGACACTT-AATTATAATCTTTTTTAACAAAAAATGTAAG
131 CTTTTTCTTCATGTTTC-CAAAG-TAGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * * *
7167 AAAATACAGCCTAAAATCAATTA-GAAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTG
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* * * * * * * * *
7231 AAGGAATGAGTGACTGTTATTCGACTCTTCTTGCCAATGAAA-GGCTTTTTCATCACGTTTCACA
257 AAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-AAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCA
*
7295 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAGACAATTCAACTTAAAATCAATT
321 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * *
7360 CTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTCATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAGTGG
385 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
* *
7425 GCTTTTCTTACCAATGAATGAG-TTTTTCTT--C-------A--T-G---TTCAATTACAATCTG
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** * * * *
7474 TTTTAACTAAAAATG-AAAAATAATTGGACTTAAAGTCAATTATTAG-GT-TACAACCATTTAAA
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* * * * * *
7536 GTGAGTGATAAGGCTTTTG-AGAGAATGGGTGACTGTAATTGAACTTTT-TTCGCCAATGAATGC
577 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-ACCAATGAATG-
* * * ** *
7599 CTTTTTCTCCATGTTTTTCAAGAAAAACATTCAATTACAAT
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* **
7640 CTTTTTTAA-CACAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTT
1 CTATTTTAACCA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * *
7704 AAGGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTG-CAAATGAAT
65 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTC-AATGAAT
** * *
7768 AGG-TTTTTCTTCATGTTTCCTGAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAA
129 -GGCTTTTTCTTCATGTTTCCAAAG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAA
* * *
7832 AAGAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
192 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
** * * * * **
7897 AAGGCGT-AGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCAT-
257 AAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTC-TC
* * * * * * *
7960 AAGGCAGACAATCAATTATAATATCTTCTAACCAAAAATATAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATT
320 AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* ** * *
8025 ATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAGGGCTTTCGAAAG-TATGGGTGACTATAAATG
385 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATG
* * * *
8089 GACTTTTCTTATCAATGAAT-CCTTTTTTCTTCACACTTCTTAAGCTAGACACTT-AATTATAAT
449 GACTTTTCTTACCAATGAATAGC-TTTTTCTTCACA-TTTTTAAGGTAGACA-TTCAATTATAAT
* * * * *
8152 TTCTTTTAAC-AAAATATGTAAAAAAATGCAGTCTAAAATCAATTA-GAAGATTATAAAATCATT
511 CTGTTTTAACTAAAA-ATGTAAAAAAATTCA-ACTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATT
* * * ** * * * * * *
8215 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATAAGTGACTGTTATTGGACTCTTCTTGCCAATGAAA
573 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATG-AA
* * * *
8280 GGCTTTTTCATCATGTTTCGCAAGGCAAACATTCAATTATAAT
637 TGCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAAT
* * * * *
8323 CTGTTTTAA-C-TAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGGTTATAAAACCATTTA
1 CTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * ** *
8386 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAGTGGGCTTTTCTTACCAATGAACGA
66 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATG-
* *** ** *
8451 G-TTTTTTTTCATGTTTTTCTTCA-T-G---TTCAATTATAATCACTTTTAA-TGAAAGATGT-A
130 GCTTTTTCTTCATG--TTTCCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAA
* * * *
8508 AAAAATGCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCG
192 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
** * **** * * *
8573 AAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCACATCAATAGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTCAA
257 AAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
** * * * * * * * * *
8638 GATAGACATTTAAATATAATATATTTTAATTAAAAAAGTAAAACAAATACAACTTAATAGCAATT
322 GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
8703 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCGACA-GCTTGGGTGATTATAAATG
385 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCTTGGGTGACTATAAATG
* * * * * * * *
8767 GGCTTTACTTGCGAATGAATTGGTTTTTCTTCA-AGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATC
449 GACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCACA-TTT-TTAAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * * * * * **
8831 TGTTTTAACTAAAAATGTAAACAAATCCAGCTTAAAATCAATTTTGAGGTTATCAAATAATTTAA
512 TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** * * * *
8896 AGCGAGTAATAGGGCTTTTGAAATCGTGGATGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAGTGCA
576 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGCT
* *
8961 TTTTCTTCACA-TTT-TGAAGGCAAACATTCAATTATGAT
641 TTTTCTTCA-AGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAAT
* * *
8999 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TTAAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCTTTT
1 CTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * *** *
9063 AAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTGAATGAATG
65 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATG
* * * * * * * * * *
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130 GCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * * *
9193 AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCGAA
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* * * * *
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* **
9322 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTAT
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* * * * *
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** * *
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* * * *
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* ** * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* ** *
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* * * * * * *
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* * * * * **
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* *
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* * * * * * ** *
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* * *
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128 TGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA-TGTA
* * * * * *
10553 ATAAAATTCAACTAAAAATCAGTTATGATATTATAAAATCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
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* * *
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CTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
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GTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAAT
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * **
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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506 ATCTG
* * * * * ** *
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* * * *** * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * ** * * * **
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* * ** * * * *
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* * * * * * * *
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383 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAC
** * * *
6404 TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTTCCA-AA-GTAGACATTCAATTATAATCT
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510 G
* * * ** *
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* * * ** * * * *
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* ** * * *
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* * *
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*
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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258 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGCA
* * *
7300 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAGACAATTCAACTTAAAATCAATTCTGAG
322 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
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*
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* ** * * ** *
7474 TTTTAACTAAAAATGA-AAAATAATTGGACTTAAAGTCAATTAT-TAGGT-TACAACCATTTAAA
1 TTTTAACCAAAAAT-ATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * ** *
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64 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ATCAATGAATGA
* * * ** * * *
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127 CTTTTTCTTCATATTTCTCAAGCTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGT-AAAA
* ** * * *
7664 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAGGTGAGTAATAAGACTTTCGAAG
191 AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * *
7729 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCAAATGAATAGG-TTTTTCTTCATGTTTCCTGAGA
256 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGG
*
7793 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAGCTTAAAATCAATTATG
320 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATG
* *
7858 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTAGGTGACAATAAATGGACT
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* ** * * *
7923 TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCATAAGGCAGACAATCAATTATAATATC
449 TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTTTTTGCATTTCATAAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
* *
7985 TTCTAACCAAAAATATAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGT
1 TTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * *
8050 AAGTAATAGGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAT-CCTTT
66 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGAC-TT
* * * * * * *
8114 TTTCTTCACACTTCTTAAGCTAGACACTT-AATTATAATTTCTTTTAACAAAATATGTAAAAAAA
130 TTTCTTCATATTTCTCAAGCTAAACA-TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAA
* ** * *
8178 TGCAGTCTAAAATCAATTA-GAAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAATG
193 TTCAACCTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* ** * * * * *
8242 AATAAGTGACTGTTATTGGACTCTTCTTGCCAATGAA-AGGCTTTTTCATCATGTTTCGCAAGGC
257 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGC
*
8306 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT--AAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTACGA
321 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
8369 GGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAGTGGGCTT
385 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTT
* ** * **
8434 TTCTTACCAATGAACGAG-TTTTTTTTCATGTTTTTC-T---TCATG---TTCAATTATAATCAC
450 TTCTTACCAATGAATG-GCTTTTTTTT--TGCATTTCATAAGGCA-GACATTCAATTATAATCTG
** * * * * *
8491 TTTTAATGAAAGATGTAAAAAATGCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
1 TTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * ** *
8556 GAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCACATCAAT-AGATGGCT
66 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGA-ATGACT
* * * * * * * *
8619 TTTACTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTTAAATATAATATATTTTAATTAAAAAA-GTAAAACA
129 TTTTCTTCATATTTCTCAAGCTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAATGT-AAA-A
* * * * **
8683 AATACAACTTAATAGCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG-TTTTCGAC
191 AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GA-
* * * * * * * **
8747 A-GCTTGGGTGATTATAAATGGGCTTTACTTGCGAATGAATTGG-TTTTTCTTCAAGTTTCTTGA
254 AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CAA
* * * *
8810 GGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAACAAATCCAGCTTAAAATCAATTT
318 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * ** * ** * *
8875 TGAGGTTATCAAATAATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTTGAAATCGT-GGATGACTATAAATGA
382 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGG-TGACTATAAATGG
* * * ** * *
8939 ACTTTTCTTACCAATGAGT-GCATTTTCTTCACATTT--TGAAGGCAAACATTCAATTATGATCT
446 ACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTTTTTGCATTTCAT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCT
9001 G
510 G
* * * *
9002 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TTAAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCTTTTAAA
1 TTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAA
* * ** * * *
9066 GTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTGAATGAATGGCT
64 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACT
* * * *
9131 TTTCCTTCA-AGTTTCTCGAGGC-AAACAGTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATCTAAAAA
129 TTTTCTTCATA-TTTCTC-AAGCTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGT-AAAA
* * * * *
9194 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCGAAG
191 AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* *
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* * **
9322 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTAT
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* * * * * * * *
9387 CA-AGTTACAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGA
383 GAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGA
* * * *
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9513 T-
509 TG
* * *** *
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* * *
9577 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGATATGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTGTTACCAATGAAT-AG
64 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTATCAATGAATGA-
* * * * *
9640 CTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGAC-AAGCATTCAATTATAAT-TTTTTTAACCAAAAATGTAAAA
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* * *
9703 ACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCT-AGTAATAAGGC-TTTCA
191 A-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * ** * * **
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254 A-GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CA
* * *
9830 AGGTAAATATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAATAAATTCAACTTAAAATCAATT
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* * * *
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* * * * *
9958 GGACTTTTCTTACTAATGAAT-ACCTTTTTCTT-CATGTT-TTGCAAGGCAGACATTCAATTATG
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10020 AAT-TG
505 AATCTG
* ** * ** *
10025 TTTTAACTAAAAATATAAAAACATTCAACAAAAAATAAATTATGAGTTTATAAAACCTTTTAAAG
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* ** * ** *
10090 CGAGTAATAAAACTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTGTTT-TTATCAATGAATGGCT
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* * * * *
10154 CTTTCTTCA-AGTTTCTCAAGGC-AAACAGTCAATTATAATCTATTGTAACTAAAAATCTAAAAA
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* * * ** * *
10217 CATTTAACCTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATTAGGCTTTCGAAG
192 -ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* *** *
10282 GCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTATTAATGAAT-GACTTTTTCTTCATGTTTCCAAGGC
256 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGGCTTTTTCTTCATGTTTCCAAGGC
* ** *
10346 AGACATTCAATTATAATCCATTTTAA-TAAAAAAT-AAAAAATATTTCAACTTAAAATCAATTAT
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* * * * * * * *
10409 CATG-TTACAAAACCATTTAGAGTGAGTGATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATAGA
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* *** * * * *
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510 G
* * * * * *
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** *
10600 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGGCTTTT
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10648 GTTGCCAATG
Statistics
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514 21 0.01
515 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (510 bp):
TTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGT
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTT
TTCTTCATATTTCTCAAGCTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTC
AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGGCTTTTTCTTCATGTTTCCAAGGCAAACA
TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
CCAATGAATGGCTTTTTTTTTGCATTTCATAAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
Done.