Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403295.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_968.2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 34319
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.10, T:0.26
Warning! 9040 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:353 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4--2158 Score: 1674
Period size: 171 Copynumber: 12.6 Consensus size: 170
1 AAG
* * * * *
4 GCTTTTTCTTCATGCTTT-TCAAGGCAGACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAA-ATGTAA
1 GCTTTTTCTTCACG-TTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAATAT-TAA
* *
67 AAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
64 AAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTA
* * * *
131 AAGGCTTAGGTGACTATAAATGG-GTTGTTCTTGCCAATGAATTA
128 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGCTAATGAA-TA
* * * * *
175 G-TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTGAATTATAATCTTTTTTAACCAAAATTATTAAA
1 GCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA-TATTAAA
* * * * *
239 AAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTACAAAACCATTTAAAGCGAGGAATAAGGCTTTTAAA
65 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAA
* *
304 GGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATAAATA
130 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATA
* * * * *
345 CCTTTTTCTTCACGTTT-TCCAAGGTAGACATTCAATTATAACCTGTTTTAACTAAAAATATAAA
1 GCTTTTTCTTCACGTTTCT-TAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAATATTAA
* * * *
409 AAAATTTAACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGA
64 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-A
* ** * *
474 CA-GTTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTAT-TTGCTAATGAATTT
128 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTGCTAATGAA-TA
* * * * * * *
517 G-TTTTTCTTCACATTTCTCATGGTAAACATTCAATTATAATCTTTTTTAAGTAAAA-ATGTAAA
1 GCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAATAT-TAAA
* * * * * *
580 CAAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAGGTTTTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTTGA
65 -AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAA
* ** *
645 AGGTATGGACGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAAT-
129 AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATA
* * **
686 GTCTTTTTCTTTACGTTT-TATAAGGTAGACATTCAATTATGTTCTGTTTTAACTAAAA-ATGTA
1 G-CTTTTTCTTCACGTTTCT-TAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAATAT-TA
* * * *
749 AAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
63 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTA
* * *
814 AAGGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-ATCAATGAATA
128 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATA
** ** * * *
857 G-TTTTTCCTTCAAATTTCTTGTGGCAGACAGTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAA
1 GCTTTTT-CTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAATATTAA
* * * * * * *
921 AAAATTTAACCTATAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTGA
64 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAA
* * * *
986 AGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTG-TCAATTAATG
129 AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATA
* * *
1028 GCTTTTTCTTCATGTTT-TCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAGATA-TAA
1 GCTTTTTCTTCACGTTTCT-TAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA-ATATTAA
* * * * **
1091 AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGA
64 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAA
* * * *
1156 AGGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTT-ATCCATGAATA
129 AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATA
* * * *
1198 GCTTTTTCTTCATGTTTCTTAA-GCTAGACACTT-AATTGTAATCTCTTTTAA-TAAAAAATATA
1 GCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGC-AGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAATAT-TA
* * ** * * *
1260 AGAAAATTCACCCTAAAATCAATTAAAAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGT-ATCAAGGATTT
63 A-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTT
* * * * * * * *
1324 TGACA-GAATGGGTGACTGTAATTGAATTTTTCTTGCCAATGAATG
126 T-AAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATA
* * * * * * *
1369 GCTTGTTCATCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTTAAAAT-GTAAA
1 GCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-TAAAATATTAAA
* * * *
1433 ACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGA
65 A-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAA
* * * * * ** *
1498 AGACTTTGGTGACTATAAATGCACTTTTCATATTAAT-AGATG
129 AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGA-ATA
* * * * * ** * * * * *
1540 GCTTTTGCATCACGTTT-TCCAAAGTAGAGGTTCAAATATAATATATTTTAA-TCAAAAAAATAG
1 GCTTTTTCTTCACGTTTCT-TAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAATATTA-
* * * *
1603 AAAAATACAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCA
63 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTA
* * * * ** *
1668 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTGTTCTTATTAATAAATTA
128 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAA-TA
* * * ** * * * *
1712 G-TTTCTT-TTCACATTTTTTGAGAAAAATATTAAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAAATATTA
1 GCTTT-TTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT--AAAATATTA
* * ** * * *
1774 AAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAATAATTTCAAA--AAATAAGAAGGCTTT
63 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** * * * *
1837 CGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGA-TATTTCTT-ATCAATG-ATG
126 TAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCT-AATGAATA
* * * * * * * *
1881 GC-TTTTCTTCATGTTT-TTCATGACAGATATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAAAGTAA
1 GCTTTTTCTTCACGTTTCTT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-TAAAATATTAA
* ** * * * **
1944 CAAAATTCAACTGAAAATCAGCTACGATATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
64 -AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTA
* ** * *
2009 AAGGCTTAAGTGACTATAAAT-TAGCTTTTCTTGCCAATGAATAA
128 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCTAATGAAT-A
* * * * * * * * * *
2053 G-TTTTTCTTTACATTTCCTAAGGTA-ATTATTCAATTACAATATGTTTTAGCTAAAAAAGTAAA
1 GCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAATATTAAA
*
2116 ACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
65 A-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
2159 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1596, Mismatches: 311, Indels: 154
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 9 0.01
169 71 0.04
170 437 0.27
171 987 0.62
172 83 0.05
173 9 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
GCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAATATTAAAA
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAG
GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATA
Found at i:965 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 3--2158 Score: 1863
Period size: 341 Copynumber: 6.3 Consensus size: 339
1 AA
* * *
3 GGCTTTTTCTTCATGC-TTTTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATGTA
1 GGCTTTTTCTTCA--CATTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA
*
66 AAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
64 AAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * **
130 AAAGGCTTAGGTGACTATAAATGG-GTTGTTCTTGCCAATGAATTAGTTTTTCTTCACGTTTCTT
128 GAAGG-TTGGGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTATCAATGAA-TAGTTTTTCTTCACGTTTCTT
* * * * * * * * *
194 GAGGCAAACATTGAATTATAATCTTTTTTAACCAAAATTATTAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
190 AAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAAT
* * * * * * * *
259 TTTGAGGTTACAAAACCATTTAAAGCGAGGAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGGCTATAAATG
255 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGATGACTATAAATG
*
324 GACTTTTCTTGCTAATAAAT
320 GACTTTTCTTGCTAATGAAT
** * * * * *
344 ACCTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAACCTGTTTTAACTAAAAATATAAA
1 GGCTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AA
* * * * *
409 AAAATTTAACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGA
65 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * * *
474 CAGTTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTAT-TT-GCTAATGAATTTGTTTTTCTTCACATTTCTCA
130 -AGGTTGGGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTATC-AATGAA-TAGTTTTTCTTCACGTTTCTTA
* * * * * * * * *
537 TGGTAAACATTCAATTATAATCTTTTTTAAGTAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATTAATT
191 AGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATT
* * * * *
602 TTGAGGTTTTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTTGAAGGTATGGACGACTATAAATGG
256 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGATGACTATAAATGG
*
667 ACTTTTCTTACTAATGAAT
321 ACTTTTCTTGCTAATGAAT
* * * * * **
686 GTCTTTTTCTTTACGTTTTATAAGGTAGACATTCAATTATGTTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA
1 GGCTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * *
751 AAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
66 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* ** **
816 GGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATAGTTTTTCCTTCAAATTTCTTGTGG
131 GGT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATAGTTTTT-CTTCACGTTTCTTAAGG
* * *
881 CAGACAGTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACCTATAATCAATTATG
194 CAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATG
* * * * * * *
946 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACT
259 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGATGACTATAAATGGACT
*
1011 TTTCTTG-TCAATTAAT
324 TTTCTTGCT-AATGAAT
** * * * *
1027 GGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAGATATAAA
1 GGCTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * *
1092 AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAA
66 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * *
1157 GGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTATCCATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAA-G
131 GG-TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATAG-TTTTTCTTCACGTTTCTTAAGG
* * * *
1221 CTAGACACTT-AATTGTAATCTCTTTTAA-TAAAAAATATAAGAAAATTCACCCTAAAATCAATT
194 C-AGACA-TTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATT
** * * * * * * *
1284 AAAAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGT-ATCAAGGATTTTGACA-GAATGGGTGACTGTAATT
256 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGA-AGGTATGGATGACTATAAAT
* * *
1347 GAATTTTTCTTGCCAATGAAT
319 GGACTTTTCTTGCTAATGAAT
* * * * * *
1368 GGCTTGTTCATCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTTAAAATGTAAA
1 GGCTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * *
1433 ACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGA
66 A-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * * * * * *
1498 AGACTTTGGTGACTATAAATGCACTTTTCATATTAAT-AGATGGCTTTTGCATCACGTTT-TCCA
130 AG-GTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGA-ATAG-TTTTTCTTCACGTTTCT-TA
* * ** * * * * * * *
1561 AAGTAGAGGTTCAAATATAATATATTTTAA-TCAAAAAAATAGAAAAATACAACTTAAAATCTAT
191 AGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAAT
* **
1625 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCT-T-GAGTGACTATAAA
255 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGGA-TGACTATAAA
* * ** *
1688 TGGGCTGTTCTTATTAATAAATT
318 TGGACTTTTCTTGCTAATGAA-T
* * * ** * * * * *
1711 AG-TTTCTT-TTCACATTTTTTGAGAAAAATATTAAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAAATATT
1 GGCTTT-TTCTTCACATTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAAT-GT
* * ** * * *
1773 AAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAATAATTTCAAA--AAATAAGAAGGCTT
63 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * *
1836 TCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGA-TATTTCTTATCAATG-ATGGCTTTTCTTCATGTTT-T
126 TCGAAGG-TTGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTATCAATGAATAGTTTTTCTTCACGTTTCT
* * * * * *
1898 TCATGACAGATATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAAAGTAACAAAATTCAA-CTGAAAAT
189 T-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATA-TAAAAAAATTCAACCT-AAAAT
** * * * * *
1962 CAGCTACGATATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-T-AAGTGACTA
251 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGGA-TGACTA
* *
2025 TAAAT-TAGCTTTTCTTGCCAATGAAT
314 TAAATGGA-CTTTTCTTGCTAATGAAT
* * * * * * * * *
2051 AAG-TTTTTCTTTACATTTCCTAAGGTA-ATTATTCAATTACAATATGTTTTAGCTAAAAAAGTA
1 -GGCTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGCAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA
*
2114 AAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
64 AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
2159 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1472, Mismatches: 293, Indels: 102
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 82 0.06
341 785 0.53
342 575 0.39
343 25 0.02
344 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
GGCTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA
AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
GGTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATAGTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCA
GACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGATGACTATAAATGGACTTT
TCTTGCTAATGAAT
Found at i:974 original size:512 final size:503
Alignment explanation
Indices: 3--2158 Score: 1750
Period size: 512 Copynumber: 4.2 Consensus size: 503
1 AA
*
3 GGCTTTTTCTTCATGC-TTTTC-AAGGCAGACATTCAATTATAAT-TTATTTTAACCAAAAATGT
1 GGCTTTTTCTTCA--CATTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTT-TTTTAACCAAAAATGT
*
65 AAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
63 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AGGCTTT
* * * * * *
129 CAAAGGCT-TAGGTGACTATAAATGG-GTTGTTCTTGCCAATGAAT-TAGTTTTTCTTCACGTTT
126 CGAAGG-TAT-GGAGACTATAAATGGACTT-TTCTTACTAATGAATGT-CTTTTTCTTCACGTTT
* * * * * *
191 CTTGAGGCAAACATTGAATTATAATCTTTTTTAACCAAAATTATTAAAAAATTTAACTTAAAATC
187 CTTAAGGTAGACATT-AATTATAATCTCTTTTAACTAAAA--ATTAAAAAATTCAAC-TAAAATC
* * * * * * *
256 AATTTTGAGGTTACAAAACCATTTAAAGCGAGGAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGGCTATAA
248 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * * * * *
321 ATGGACTTTTCTTGCTAATAAATACCTTTTTCTTCACGTTT-TCCAAGGTAGACATTCAATTATA
313 ATGAACTTTTCTT-CCAATGAATA-GTTTTTCTTCACATTTCT-TAAGGCAGACATTCAATTATA
* *
385 ACCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
375 ATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* *
450 GAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGACAGTTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTAT-TTG-CTAATGA
440 TAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGA-AGTTTGGGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTGTC-AATGA
513 ATT
502 A-T
* * * **
516 TG-TTTTTCTTCACA-TTTCTCATGGTAAACATTCAATTATAATCTTTTTTAAGTAAAAATGTAA
1 GGCTTTTTCTTCACATTTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAA
* * * * *
579 ACAAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAGGTTTTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTTG
65 A-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-GGCTTTCG
*
644 AAGGTATGGACGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGTCTTTTTCTTTACGTTT-TATA
128 AAGGTATGGA-GACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCT-TA
** *
708 AGGTAGACATTCAATTATGTTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTA
191 AGGTAGACATT-AATTATAATCTCTTTTAACTAAAAAT-TAAAAAATTCAACT-AAAATCAATTA
* * *
773 TGAGATTATAAAATCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGAA
253 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAA
* * ** * *
838 CTTTTCTTATCAATGAATAGTTTTTCCTTCAAATTTCTTGTGGCAGACAGTCAATTATAATCTAT
318 CTTTTCTT-CCAATGAATAGTTTTT-CTTCACATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGT
* * *
903 TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACCTATAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGT
381 TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
** * * *
968 GAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATTAAT
446 GAGTAATTAGGCTTTTGAA-GTTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT
** * * * * *
1027 GGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAGATATAAA
1 GGCTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAA
* * *
1092 AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAA
66 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAGGCTTTCGAA
* * *
1157 GGCAT-GAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTA-TCCATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTCTTA
130 GGTATGGAG--ACTATAAATGGACTTTTCTTACT-AATGAAT-GTCTTTTTCTTCACGTTTCTTA
* * *
1219 AGCTAGACACTTAATTGTAATCTCTTTTAA-TAAAAAATATAAGAAAATTCACCCTAAAATCAAT
191 AGGTAGACA-TTAATTATAATCTCTTTTAACT-AAAAAT-TAA-AAAATTCA-ACTAAAATCAAT
** * * * * *
1283 TAAAAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGT-ATCAAGGATTTTGACA-GAATGGGTGACTGTAAT
251 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGA-AGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * * *
1346 TGAATTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTGTTCATCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAAT
314 TGAACTTTTCTT-CCAATGAATAG-TTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAAT
* * * * * * * *
1411 ATGTTTTAACTTAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTAATAAAACCATTTA
377 CTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * *
1476 AAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGACTTT-GGTGACTATAAATGCACTTTTCATATTAAT-AGAT
442 AAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAG--TTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA-AT
* * * * * * * ** * * * * **
1539 GGCTTTTGCATCACGTTTTCCAAAGTAGAGGTTCAAATATAATATATTTTAATCAAAAAAATAGA
1 GGCTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTA-A
* * * *
1604 AAAATACAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAA
65 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AGGCTTTCGA
* * * * * * * *
1669 AGGCT-TGAGTGACTATAAATGGGCTGTTCTTATTAATAAATTAGT-TTCTT-TTCACATTTTTT
129 AGG-TATG-GAGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAA-T-GTCTTTTTCTTCACGTTTCTT
* ** * * * * *
1731 GAGAAAAATATTAAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAAATATTAAAAAATTTAACTTAAAATTAA
190 AAGGTAGACATT-AATTATAATCTCTTTTAACT--AAAA-ATTAAAAAATTCAAC-TAAAATCAA
** * * * * ** *
1795 TTATGAGATTATAAAAATAATTTCAAA--AAATAAGAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAA
250 TTATGAGATTAT-AAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * * ** * * *
1858 ATGGA-TATTTCTTATCAATG-ATGGCTTTTCTTCATGTTT-TTCATGACAGATATTCAATTATA
313 ATGAACT-TTTCTT-CCAATGAATAGTTTTTCTTCACATTTCTT-AAGGCAGACATTCAATTATA
* * * * * ** * *
1920 ATCTATTTTAACAAAAAAAAGTAACAAAATTCAA-CTGAAAATCAGCTACGATATTATAAAACCA
375 ATCTGTTTTAACTAAAAATA-TAAAAAAATTTAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * ** * *
1984 TTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAAT-TAGCTTTTCTTGCCAATG
438 TTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAA-GTTTGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGTCAATG
2048 AAT
501 AAT
* * * * ** * * * * * *
2051 AAG-TTTTTCTTTACATTTCCTAAGGTAATTATTCAATTACAATATGTTTTAGCTAAAAAAGTAA
1 -GGCTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAA
*
2115 AACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
65 AA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
2159 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1325, Mismatches: 255, Indels: 127
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
509 1 0.00
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514 28 0.02
515 7 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (503 bp):
GGCTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAA
AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGCTTTCGAAG
GTATGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTA
GACATTAATTATAATCTCTTTTAACTAAAAATTAAAAAATTCAACTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
CCAATGAATAGTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
AATATAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAG
GCTTTTGAAGTTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT
Found at i:2152 original size:683 final size:678
Alignment explanation
Indices: 31--2158 Score: 1655
Period size: 683 Copynumber: 3.1 Consensus size: 678
21 TTCAAGGCAG
* * * *
31 ACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-ATATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAACA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * ** * **
95 ATTAT-AAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TAGGTGACTATAAATG-GGTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAA-GCTATGGGTGACTATAAATGAACTT
* ** * * ** ** * * * * * * *
157 GTTCTTGCCAATGAATTAG-TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTGAATTATAATCTTTT
129 -TTCATATCAATGAA-TAGCTTTTCCATCAAATTTCTCAAAGCAGACAGTCAAATATAATATATT
* ** * ** * * * * *
221 TTAACCAAAATTATTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTACAAAACCATTTAAAGCG
192 TTAACTAAAAAAATAAAAAAATACAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCG
* * * * ** * * * *
286 AGGAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTT-GCTAATAAATACCTTT
257 AGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAAATAGACTGTTCTTATC-AATAAATAGCTTT
* * ** * * * * * *
350 TTCTTCACGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAACCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATT
321 TTCTTCACATTTTCTAAGAAAAACATTAAATTATAATCTATTCTAACAAAAAATAT-AAAAAATT
* * * * * ** * *
415 TAACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTGAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGACA-GT
385 TAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACAACTT-AAA-CAAATAAGAAGGCTTTCGA-AGGC
* * * * * * ** * * *
478 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTAT-TT-GCTAATGAATTTG-TTTTTCTTCACATTTCTCATGG
447 ATGAGTAACTATAAATGGACTTT-TCTTATC-AATGAA-TAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGC
* * ** ** * *
540 TAAACA-TTCAATTATAATCTTTTTTAAGTAAAAATGTAA-ACAAATTCA-ACTTAAAATTAATT
509 TAGACACTT-AATTATAATCTATTTTAACAAAAAAAATAACA-AAATTCACAC-TAAAATCAACT
*** * * * * *
602 TTGAGGTTTTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTTGAAGGTATGGACGACTATAAA-TG
571 AAAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTA-GG-TGACTATAAATTA
* * * **
666 GACTTTTCTTACTAATGAAT-GTCTTTTTCTTTACGTTTTATAAGGTA
634 G-CTTTTCTTGCCAATGAATAG--TTTTTCTTTACATTTCCTAAGGTA
** *
713 GACATTCAATTATGTTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAA-CTAAAAATCAATTATGA
1 -ACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCT-AAAATCAATTATGA
* * * *
776 GATTATAAAATCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGAACTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGCTATGGGTGACTATAAATGAACTT
* * * **** * *
841 TTCTTATCAATGAATAGTTTTTCCTTCAAATTTCTTGTGGCAGACAGTCAATTATAATCTATTTT
129 TTCATATCAATGAATAGCTTTTCCATCAAATTTCTCAAAGCAGACAGTCAAATATAATATATTTT
* ** * *
906 AACTAAAAATATAAAAAAATTTAACCTATAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAG
194 AACTAAAAAAATAAAAAAATACAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAG
* * ** * * * * *
971 TAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATTAATGGCTTTTTC
259 TAATAAAGCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAAATAGACTGTTCTTATCAATAAATAGCTTTTTC
** ** * * * * *
1036 TTCATGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAGATATAAAAAATTTAAC
324 TTCACATTTTCTAAGAAAAACATTAAATTATAATCTATTCTAACAAAAAATATAAAAAATTTAAC
* * * **
1101 TTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGAGT
389 TTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACAACTTAAA-CAAATAAGAAGGCTTTCGAAGGCATGAGT
*
1166 AACTATAAATGGACTTTTCTTATCCATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGCTAGACACTT
453 AACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGCTAGACACTT
* * * * * * * *
1231 AATTGTAATCTCTTTTAATAAAAAATATAAGAAAATTCACCCTAAAATCAATTAAAAGATTGTAA
518 AATTATAATCTATTTTAACAAAAAAAATAACAAAATTCACACTAAAATCAACTAAAAGATTATAA
* * * * * **
1296 AACCATTTAAAGTGAGT-ATCAAGGATTTTGACAGAATGGGTGACTGT-AATTGAATTTTTCTTG
583 AACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGA-AG-GTAGGTGACTATAAATT-AGCTTTTCTTG
* * * * *
1359 CCAATGAATGGCTTGTTCATCACATTTCCTAAGGCAA
644 CCAATGAATAG-TTTTTCTTTACATTTCCTAAGG-TA
* * *
1396 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACTTAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGG
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * *
1461 TAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGACT-TTGGTGACTATAAATGCACTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAG-CTATGGGTGACTATAAATGAACTTT
* * * ** * *
1525 TCATATTAAT-AGATGGCTTTTGCATCACGTTT-TCCAAAGTAGA-GGTTCAAATATAATATATT
130 TCATATCAATGA-ATAGCTTTTCCATCAAATTTCT-CAAAGCAGACAG-TCAAATATAATATATT
* * * *
1587 TTAA-TCAAAAAAATAGAAAAATACAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
192 TTAACT-AAAAAAATAAAAAAATACAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGC
* * * * *
1651 GAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTGTTCTTATTAATAAATTAG-TT
256 GAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAAATAGACTGTTCTTATCAATAAA-TAGCTT
* * * * *
1715 TCTT-TTCACATTTTTTGAGAAAAATATTAAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATTAAAAAA
320 T-TTCTTCACATTTTCTAAGAAAAACATTAAATTATAATCTATTCTAACAAAAAATA-TAAAAAA
* * * *
1779 TTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAATAATTTCAAA-AAATAAGAAGGCTTTCGAAGG
383 TTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTAT-AAAACAACTT-AAACAAATAAGAAGGCTTTCGAAGG
* * * *
1843 C-TTAGGTGACTATAAATGGA-TATTTCTTATCAATG-ATGGC-TTTTCTTCATGTTT-TTCATG
446 CATGA-GTAACTATAAATGGACT-TTTCTTATCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAG
* *
1903 AC-AGATA-TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAAAGTAACAAAATTCA-ACTGAAAATCAG
508 -CTAGACACTT-AATTATAATCTATTTTAACAAAAAAAA-TAACAAAATTCACACT-AAAATCAA
** * * * *
1965 CTACGATATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAAT
569 CTAAAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG--TAGGTGACTATAAAT
2030 TAGCTTTTCTTGCCAATGAATAAGTTTTTCTTTACATTTCCTAAGGTA
632 TAGCTTTTCTTGCCAATGAAT-AGTTTTTCTTTACATTTCCTAAGGTA
* * * *
2078 ATTATTCAATTACAATATGTTTTAGCTAAAAAAGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
1 A-CATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
2143 ATTATAAAACCATTTA
65 ATTATAAAACCATTTA
2159 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1183, Mismatches: 216, Indels: 92
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
681 13 0.01
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685 7 0.01
686 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (678 bp):
ACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGCTATGGGTGACTATAAATGAACTTTT
CATATCAATGAATAGCTTTTCCATCAAATTTCTCAAAGCAGACAGTCAAATATAATATATTTTAA
CTAAAAAAATAAAAAAATACAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
ATAAAGCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAAATAGACTGTTCTTATCAATAAATAGCTTTTTCTT
CACATTTTCTAAGAAAAACATTAAATTATAATCTATTCTAACAAAAAATATAAAAAATTTAACTT
AAAATCAATTATGAAATTATAAAACAACTTAAACAAATAAGAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTAAC
TATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGCTAGACACTTAAT
TATAATCTATTTTAACAAAAAAAATAACAAAATTCACACTAAAATCAACTAAAAGATTATAAAAC
CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAGGTGACTATAAATTAGCTTTTCTTGCCAATGA
ATAGTTTTTCTTTACATTTCCTAAGGTA
Found at i:3321 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2779--3538 Score: 640
Period size: 172 Copynumber: 4.4 Consensus size: 169
2769 TGTTTTAAGA
* * * * *
2779 AAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAGTTATGAGCTTATAAAACTATTTAAAGCGTGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
* * ** *
2844 AAGGCTTTTAAAGGCATT-AGTGACTATAAATGGGGTTTTCTTG-TCAATGAATGGCTTTTTCTT
66 AAGGCTTTCAAAAGCATTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCT-AATGAATGACTTTTTCTT
* * * * * * *
2907 TAAATTTCTCAAGGTGGACAATAAATTATAATTTGTTTGAACC
129 CACATTTCCCAAGGTAGACATTAAATTATAATAT-TTT-AATC
* *
2950 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGGGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
** * * * * * *
3015 AAGGCTTT-TGAGGGAATGAGTAACTATAAATGGACTTTTTTTTCCAATGAAT-ACCTTTTTCTT
66 AAGGCTTTCAAAAGCATTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTTTGCTAATGAATGA-CTTTTTCTT
* * * * * *
3078 CACTTTTTCTAA-G-ACGAACATTCAATTATAATCCGTTTTGATC
129 CACATTTCCCAAGGTA-G-ACATTAAATTATAAT--ATTTTAATC
* * * *
3121 AAAAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACTATTTAAAGTGAGTAA
1 AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * *
3186 TACGTCTTTCAAAAGCCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTATGCTAATGGATGACTTTTGCTT
65 TAAGGCTTTCAAAAGCATTGAGTGACTATAAATGGACTTTTT-TGCTAATGAATGACTTTTTCTT
* * *
3251 CACGTTTCCCAAGGTAGATATTAAATTATATAATATTTTAATG
129 CACATTTCCCAAGGTAGACATTAAA-T-TATAATATTTTAATC
* * *
3294 AAAAATGTAAAAACATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATAATTTAAAGCGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAA
* * *
3359 TAAGGCTTTCAAAGGC-TTCG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-TCAATGAATGGCTTTCTC
65 TAAGGCTTTCAAAAGCATT-GAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCT-AATGAATGACTTTTTC
** ** * * * *
3421 TTCATGTTTCCCAAGACAAACATTCAATTATAATCTTTTTTAATA
127 TTCACATTTCCCAAGGTAGACATTAAATTATAA--TATTTTAATC
* * * * * ** * *
3466 AAAAATATAAGAAACTTTAATTTAAAATCTGTTATGATATTATAAAA-TCATTAAAAGCGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAA
3530 TAAGGCTTT
65 TAAGGCTTT
3539 TGAAGGCTCA
Statistics
Matches: 477, Mismatches: 90, Indels: 44
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 12 0.03
171 152 0.32
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174 4 0.01
175 7 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
AAGGCTTTCAAAAGCATTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTCA
CATTTCCCAAGGTAGACATTAAATTATAATATTTTAATC
Found at i:3615 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2732--3621 Score: 792
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 170
2722 NATGAGTTTG
* * *
2732 TCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTGTAATCTGTTTTAAGAAAAAATGTAAAAACATTC
1 TCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAC-TTC
* * * * *
2797 AACCTAAAATCAGTTATGAGCTTATAAAACTATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATT
65 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGC-TC
**
2862 A-GTGACTATAAATGGGGTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTT
129 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTT
* ** * ** * * * * ** *
2903 TCTTTAAATTTCTCAAGGTGGACAATAAATTATAATTTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
1 TCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGT-AAAAACTTC
* * * * * *
2968 AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATG
65 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG-CTC
* * **
3033 A-GTAACTATAAATGGACTTTT-TTTTCCAATGAATACCTTTT
129 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT-CAATGAATGGCTTTT
* * *** * * ** *
3074 TCTTCACT-TTTTCTAAGACGAACATTCAATTATAATCCGTTTTGATCAAAAATATAAAAAAAAT
1 TCTTCA-TGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAA-ATGTAAAAACT
* * * * * * *
3138 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACTATTTAAAGTGAGTAATACGTCTTTCAAAAGC-
63 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCT
* * * *
3202 CTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TATG-CTAATGGATGACTTTT
128 C-AG-GTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTC-AATGAATGGCTTTT
* * * * * * * *
3247 GCTTCACGTTTCCCAAGGTAGATATTAAATTAT-ATAATATTTTAATGAAAAATGTAAAAACATT
1 TCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAAT-CTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAC-TT
* * *
3311 CAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
64 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGC-
*
3376 TC-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTC
127 TCAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTT
** * * *
3419 TCTTCATGTTTCCCAAGACAAACATTCAATTATAATCTTTTTTAATAAAAAATATAAGAAACTTT
1 TCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAA-AAACTTC
* ** * * *
3484 AATTTAAAATCTGTTATGATATTATAAAA-TCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTC
65 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTC
* *
3548 AGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGGTTTT
129 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTT
* ****
3590 TCTTTATGTTTTTTGAGGTAAACATTCAATTA
1 TCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTA
3622 CAATTAAGAG
Statistics
Matches: 569, Mismatches: 128, Indels: 44
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.01
171 258 0.45
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173 96 0.17
174 1 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAACTTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTCAG
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTT
Found at i:4609 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4254--4624 Score: 454
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
4244 NNNNNNNNAC
*
4254 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAATCGACTAATAAAGATTTCAAAGA
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTGAAATCGACTAATAAAGATTTCAAAGA
* * * *
4319 TATGGGTGACTATAAATAGACTTTTATTATCAATGAATGGTTTTTTTTCACATTTTTCAAGGCAG
66 CATGGATGACTATAAATAGACTTTTATTATCAATGAATGGTTTTTCTTCACATTTTTCAAGGCAA
* * ***
4384 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAANNN
131 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAT
******* * * * * * * *
4424 NNNNNNNTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACGACTGAAATTGAGTAATAATGCTTTCGAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTGAAATCGACTAATAAAGATTTCAAAGA
* * * ** *
4489 CATGGATGACTATAAATGGGCTTTTGTTATCAATGAATAGGTTTTTCTTCATGTTTTTCCAGGCA
66 CATGGATGACTATAAATAGACTTTTATTATCAATGAAT-GGTTTTTCTTCACATTTTTCAAGGCA
4554 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAT
130 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAT
*
4595 ATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATA
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
4625 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 37, Indels: 1
0.81 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
170 83 0.51
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ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTGAAATCGACTAATAAAGATTTCAAAGA
CATGGATGACTATAAATAGACTTTTATTATCAATGAATGGTTTTTCTTCACATTTTTCAAGGCAA
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAT
Found at i:4902 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 4878--4917 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
4868 GTATTGGTGA
4878 CAATAAATGGGCTTT-TCTTAT
1 CAATAAAT-GGCTTTGTCTTAT
*
4899 CAATCAATGGCTTTGTCTT
1 CAATAAATGGCTTTGTCTT
4918 TATGTTTCTA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 2
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 6 0.35
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ACGTcount: A:0.25, C:0.17, G:0.15, T:0.42
Consensus pattern (21 bp):
CAATAAATGGCTTTGTCTTAT
Found at i:5476 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5178--6763 Score: 1384
Period size: 171 Copynumber: 9.3 Consensus size: 171
5168 NNNNAAACAT
* * * *
5178 TCAATTGTAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAT-AAGTTATGAGATTA
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTA
**
5242 TAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* * * *
5307 ATCAATGAATGGCTTTTTCTCCATGTTTGTCAAGTTAGAGAA
130 ATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAA
* * * *
5349 TCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTAC
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * *
5414 AAAACCATTTAGAGCGAGTAATAAGACTTTTGAGGGAATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTA
* * * * * *
5479 CCAATGAATGCCTTTTTCTTCACTTTTTCT-AGGGTCGACAT
131 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTCTCAAGGTAGACAA
* * * *
5520 TCAATTATAATCCGTTTCAATCAAAAATA-TAAAAAAAAATTCAACTAAAAAAT-AATTATGAGA
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-AGT--AAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGA
* * * ** * * *
5583 TTATAAAGCCATTTAAAGCGAATAATAAGACTTTCAAAGGCTTGGGTAACTATAAATGGG-TATT
62 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCT-TT
* * * * * *
5647 TTTTA-CAAATGATTAGG-TTTTTCTTCACGTTTCTCTAGGTAAATAA
126 TCTTATC-AATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAA
* * *
5693 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
5758 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG-GATGACTATAAATGGGTTTTTATT
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* ** * *
5822 ATCAATCAATATCTTTGTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACAA
130 ATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAA
* * * * *
5864 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTTAA-TCTAAAATCAGTTATGAGGTT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGT-AAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * *
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64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTC
* * * * * * *
5992 CTA-CAAATTAATGAG-TTTGTCTTCATGTTTC-CTAATGCAAACAT
128 TTATC-AATGAATG-GCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACAA
* * ** * * * *
6036 TCAATT-TCAACCTATTTTAATGAAAAAAATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAGTTATGAGATCA
1 TCAATTAT-AATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*
6100 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* **
6165 ATCAATGAATAGCTTTTTCTTCACCTTTCTCAAGGTAGACAA
130 ATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAA
* * * *
6207 TCAATTATAATTTGTTTTAATCAAAAATA-TAAAAAAAGTCAACTTATAATCAATTATGAGATTA
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-AGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** * *
6271 CAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGGGGGAATGAGTGACTATAAAT-GGATATTTCT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCT-TTTCT
** * * * * *
6335 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAT-TTTTTCTAGGGCAGACAT
129 TATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACAA
* * * * * *
6378 TTAATTATAATTTGTTCTAACCAAAAATA-TAAAACAAATTGAAGTTAAAATCAATTCTGAGATT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-AGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * ** * * *
6442 ATAAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGTCTTTCAAATGCTTGAGTGACTATAAGTGGGC-TTT-T
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
* * * *
6505 TATACTAATAGAA-GACTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACAT
129 TAT-C-AAT-GAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAA
* * ** * * * * * *
6550 TCAATTATAATATATTTTAATTAGAAATGTAAAAACATTCAAATGACAATCAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** * ** * * *
6615 AAAAATAATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTCCGAAGGC-TTAGGTGGCTATAAATGGACTTTTCT
66 -AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGGCTTTTCT
* * * * * *
6679 T-GCTAATGACTAGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACAT
129 TATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAA
* * * *
6722 TCAATTACAATCTG-TTTAACTAAAAATGTAACAAAATTCAAC
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTCAAC
6764 NNNNNNNNNN
Statistics
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AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTA
TCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAA
Found at i:6075 original size:343 final size:339
Alignment explanation
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5168 NNNNAAACAT
* * * *
5178 TCAATTGTAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAT-AAGTTATGAGATTA
1 TCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAA-CTAAAATCAA-TTATGAGATTA
** * * * * *
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64 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA-GATTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
* * * * * *
5306 TATC-AATGAATG-GCTTTTTCTCCATGTTT-GTCAAGTTAGAGAATCAATTATAATTTGTTTTA
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* * * * * * *
5368 ACCAAAAAAGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTACAAAACCATTTAGAGCGAGT
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* * * * * * ** *
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253 AATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATACCTTTTTCT
* * *
5498 TCA-CTTTTTCTAGGGTC-GACAT
318 TCATCTTTCTC-AAGG-CAGACAA
* *
5520 TCAATTATAATCCGTTTCAATCAAAAATATAAAAAAAAATTCAACTAAAAAAT-AATTATGAGAT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATAT--AAAAAAATTCAACT--AAAATCAATTATGAGAT
* * *
5584 TATAAAGCCATTTAAAGCGAA-TAATAAGACTTTCAAAGGCTTGGGTAACTATAAATGGG-TATT
62 TATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGATTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT-TT
* * * * * *
5647 TTTTACAAA-TGATTAGGTTTTTCTTCACGTTTCTCTAGGTAAATAATCAATTATAATCTGTTTT
125 TCTTACAAATTAATGA-GTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTT
*
5711 AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAG
188 AA-TAAAAAAGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAG
* * * * *
5776 TAATAAGGCTTTTGAAGGCATG-GATGACTATAAATGGGTTTTTATTATCAATCAATATCTTTGT
252 TAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATACCTTTTT
*
5840 CTTCATGTTTCTCAAGGCAGACAA
316 CTTCATCTTTCTCAAGGCAGACAA
* * * *
5864 TCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAAATTTAATCTAAAATCAGTTATGAGGTT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATAT-AAAAAAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
5928 GTAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGATTTTCTAAGGCTTGGGGGACTATAAATGGGCTTTTCC
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* * * * *
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128 TACAAATTAATGAGTTTTTCTTCATGTTTCCTAA-GTAAACAATCAATTAT-AATCTGTTTTAAT
* * *
6057 GAAAAAAATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAGTTATGAGATCATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
191 -AAAAAAGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
*
6122 TAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATAGCTTTTTCTTC
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* *
6187 ACCTTTCTCAAGGTAGACAA
320 ATCTTTCTCAAGGCAGACAA
* * * *
6207 TCAATTATAATTTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAAGTCAACTTATAATCAATTATGAGATTAC
1 TCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *** ** * *
6272 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GGGGGAATGAGTGACTATAAAT-GGATATTTCT
65 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA-GATTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT-TTTCT
* * * ** * * * * * * * * * *
6335 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATTTTTTCTAGGGCAGACATTTAATTATAATTTGTTCTAACC
128 TACAAATTAATGAGTTTTTCTTCATGTTTCCTA-AGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAA-T
* ** * *
6400 AAAAATA-TAAAACAAATTGAAGTTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
191 AAAAA-AGTAAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTA
* * ** * * * * *
6464 GTAAGTCTTTCAAATGCTTGAGTGACTATAAGTGGGC-TTT-TTATACTAATAGAAGA-CTTTTG
254 ATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTAT-C-AAT-GAATACCTTTTT
* * * *
6526 CTTCATGTTTCCCAAGGTAGACAT
316 CTTCATCTTTCTCAAGGCAGACAA
* * * * * * * *
6550 TCAATTATAATATATTTTAATTAGAAATGTAAAAACATTCAAATGACAATCAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACT-AAAATCAATTATGAGATTAT
** * * ** * * * * *
6615 AAAAATAATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTCCGAAGGCTTAGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTT
65 -AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGATTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* * * * * * * * *
6680 GCTAATGACT-AGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTACAATCTG-TTTAACT
129 ACAAATTAATGAG-TTTTTCTTCATGTTTCCTAA-GTAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAA-T
* *
6743 AAAAATGTAACAAAATTCAAC
191 AAAAAAGTAAAAAAATTCAAC
6764 NNNNNNNNNN
Statistics
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
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TCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGATTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTAC
AAATTAATGAGTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
AGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
TTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATACCTTTTTCTTCATCTTT
CTCAAGGCAGACAA
Found at i:14341 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 14043--16075 Score: 1814
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14033 NNNNNNNTAT
* * * * **
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* * *** * * ** * * * **
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* *
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* * * * * *
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1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCA
* * * * * * *
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66 -TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * *
14343 GCTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGATGAATTTTTTTAT
130 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * *
14385 ATTTTCA-TTAAAACATG-TTACAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGACAAACTCATTC
1 ATTTTTAGTTAAAACA-GATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTC
* * * *
14448 ATTTG-CAGGAAAAGCTCATTTACAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
65 A-TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
** * * * * * * *
14512 ATTTTTACAACCGCATAATTGATTTTAGGATGATTTTTTTTAT
129 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * * *
14555 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGACTATATGCCTTCAGAAACCTGAAGACAAAGC-CATTA
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGA-AAAACTCATTC
* * * * * * *
14619 ATTGATAAGAAAGGCCCATTTATAGTCACCCAATCCTTTGAAAGCCTTATTCCTCACTTTAAATG
65 ATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * *
14684 GCTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTAC
130 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * ** *
14726 A-TTTTGGTTAAAATATATTATAGTTGAATGTTTGCCTTGACAAATGTGAAGCAAAA-TCCATTC
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACT-CATTC
* * * * *
14789 ATTGACAACAAAAGCCCATTTATAGTCGTCC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTTAAT
65 ATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTC-ACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
14853 AGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTAC
129 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* *
14896 ACTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGGAAACATAAAGAAAAAGC-CAG
1 A-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAA-CTCAT
* * *
14958 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
63 TCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * ** * * *
15023 TTGTTTTTACAATCTCATAATTGGGTTTAACTTGAATGTTTTTCC
128 -TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * ** * * ** * *
15068 ATTTTT-GATTAAAATATATTATAATTGAATATCTT-TATTGGGAAACCTGAACCAAAAGTCATC
1 ATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATT
* * * ** * *
15131 CATT-AGCATA-AAAAGTCCACTCATAAGTCA-CTCAAGCCTTTAAAAGACTTATTACTCACTTT
64 CATTGA-CA-AGAAAAGCCCATTTAT-AGTCACCT-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
15193 AAATAGCTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT
125 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * **
15240 ATTTTTGGTTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTG-GAAAAATTGAAGAAACAGGCATTC
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACA-TGAAGAAAAACTCATTC
* * * ** * *
15304 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CTCATTCTCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAAT
65 ATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCT-TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
15368 GGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTAC
129 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * * *
15411 ATTTTTCGTCAAAACAAATTATAATTTATTATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTC
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CTCATTC
* * * * * * * *
15475 ATTGATAAGAATAGACCATTTATAGTCACCCATGCCTGCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
65 ATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * *
15540 GTTTCACAATCTCATAAATGATTTTGGAA--TGAATTTTTTTAT
130 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTT--AAGTTGAATTTTTTTAC
* * ** *
15582 ATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGACTGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAACTCATTCA
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCA
* * * * * *
15647 TTTACAGGAAAAGCCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGG
66 TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
*
15712 CTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
131 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * ** *
15753 A-TTTTAGTTAAAACATATTAAAATCGATTGTTTTCCTCGAGAAATGTGAAGCAAAA-TCCATTC
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACT-CATTC
* * * * * * * *
15816 ATTGACAATAAAAGCCCATTTGTAGTCGCCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGATTTCAATA
65 ATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* *
15881 GTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTAC
130 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* ** * *
15923 ATTTTTGGTTAAAACATTTTACAATTGAATGTTTGCCTT-AGGAAACATAAAGAAAAAGC-CATT
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAA-CTCATT
* * * *
15986 CATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGACTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
64 CATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-
*
16051 TGTTTTTATAATCTCATAATTGATT
128 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
16076 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1498, Mismatches: 318, Indels: 91
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.00
170 426 0.28
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173 41 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCA
TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
Found at i:14681 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 14051--16075 Score: 1868
Period size: 341 Copynumber: 5.9 Consensus size: 338
14041 ATATTTTTAG
* * * * * * * *
14051 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCCT-AGAAAAAGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA
1 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACA-TGAAGCAAAA-TCATTCATTGACAA
* *** * * * * * * * *
14115 AAAAAGTTTATTTATAGTTACTTATTCCCTCAAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATA
64 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* * * * *
14180 ATATCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACCTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGACTG
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * * **
14245 TTTGTCTCGAGAAACGTGAAGAAAAACTAATTCATTTG-CAAGAAAAGCCCATTTATGGTCACTT
194 TTTGCCT-TAGAAACATGAAGAAAAGC-CATTCA-TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
* * * * * *
14309 AAGACTTCAAAACCCTTATTAGT-AGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGAT
256 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
*
14373 GAATTTTTTTATATTTTCA
320 GAATTTTTTTACATTTTCA
* * * * *
14392 TTAAAACATGTTACAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGACAAACTCATTCATTTG-CAG
1 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAG-CAAAATCATTCA-TTGACAA
* * * * *
14456 GAAAAGCTCATTTACAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTACA
64 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* * * * * * * *
14521 ACCGCATAATTGATTTTAGGATGATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGACTA
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * *
14586 TATGCCTTCAGAAACCTGAAGACAAAGCCATTAATTGATAAGAAAGGCCCATTTATAGTCACCCA
194 TTTGCCTT-AGAAACATGAAGA-AAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
* ** * *
14651 ATCCTTTGAAAGCCTTATTCCTCACTTTAAATGGCTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
257 AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* **
14716 AATTTTTTACATTTTGG
322 ATTTTTTTACATTTTCA
* * * ** *
14733 TTAAAATATATTATAGTTGAATGTTTGCCTTGACAAATGTGAAGCAAAATCCATTCATTGACAAC
1 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAT-CATTCATTGACAAG
* *
14798 AAAAGCCCATTTATAGTCGTCC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTTAATAGTTTTAT
65 AAAAGCCCATTTATAGTC-ACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATAGTTTTAT
* * *
14861 GATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACACTTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAA
128 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * *
14925 TGTTTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGCCAGTCATTGACAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACC
192 TGTTTGCCTTA-GAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC
* * ** * ** *
14990 TAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTTACAATCTCATAATTGGGTTTAACT
255 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * *
15055 TGAATGTTTTTCCATTTTTGA
319 TGAATTTTTTTACA-TTTTCA
* * ** * * * *
15076 TTAAAATATATTATAATTGAATATCTT-TATTGGGAAACCTGAACCAAAAGTCATCCATT-AGCA
1 TTAAAACATATTATAATTGAATGT-TTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAA-TCATTCATTGA-CA
* * * * ** * *
15139 TA-AAAAGTCCACTCATAAGTCA-CTCAAGCCTTTAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGCTT
63 -AGAAAAGCCCATTTAT-AGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
* * * *
15202 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTCAAACAGATTATAATTG
125 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * *
15267 AATGTCTGCCTTGGAAAAATTGAAGAAACAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
190 AATGTTTGCCTTAGAAACA-TGAAGAAA-AGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
* ** * * * *
15332 CTC-ATTCTCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAA
253 CCCAAGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * *
15396 GTTAAAGTTTTTTACATTTTTCG
317 GTTGAATTTTTTTACA-TTTTCA
* * * * * * * * * *
15419 TCAAAACAAATTATAATTTATTATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGATAAG
1 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAATC-ATTCATTGACAAG
* * * * * * * *
15484 AATAGACCATTTATAGTCACCCATGCCTGCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTCACAA
65 AAAAGCCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * *
15549 TCTCATAAATGATTTTGGAA--TGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGACT
130 TCTCATAATTGATTTT--AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * * *
15612 GTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAACTCATTCATTTACAGGAAAAGCCCATTTATAGCCACCC
193 GTTTGCCT-TAGAAACATGAAGAAAAGC-CATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
* *
15677 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
256 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
15742 AATTTTTTTACATTTT-A
321 AATTTTTTTACATTTTCA
* * * * * **
15759 GTTAAAACATATTAAAATCGATTGTTTTCCTCGAGAAATGTGAAGCAAAATCCATTCATTGACAA
1 -TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAT-CATTCATTGACAA
* * * * *
15824 TAAAAGCCCATTTGTAGTCGCCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGA-TTTCAATAGTTTTAT
64 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATAGTTTTAT
* * ** *
15888 AATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATTTTACAATTGAAT
128 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * *
15953 GTTTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
193 GTTTGCCTTA-GAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
* ** * **
16018 AAGACTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATT
256 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGGCTTTATAATCTCATAATTGATT
16076 NNNNNNNNNN
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TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAATCATTCATTGACAAGA
AAAGCCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
TGCCTTAGAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
TTTTACATTTTCA
Found at i:17290 original size:20 final size:20
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17255 TTATACGTGG
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Statistics
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ACTTTTTATACTAATGGATT
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18689 NNNNNNNNNN
* * ** * *
18699 GGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTCTTCTTATCAATCAATGGCTTTTTCTTCACG
1 GGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGAACTCTTCTTACCAATCAATGCCTTTTTCTTCACG
* ** * *
18764 TTTCTCCAGGTAGACAATCAACTATAATTTATTTTAACAAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAA
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* * * * * *
18870 GGCTTTTGAGGGAATGGGTAATTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT-TTCACT
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* * * * *
18934 TTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCCGTTTGAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
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*
18999 ATTAATTATGAGATTA
131 ATAAATTATGAGATTA
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GGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGAACTCTTCTTACCAATCAATGCCTTTTTCTTCACG
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ATAAATTATGAGATTACAAAAAGTAATAA
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18255 NNTAAGACAG
* * * *
18265 ACATTCAATTATAATCTATTTTTATCAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATAAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
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* *********** * *
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* ** * * * *
18460 CTAAAATACAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCTATTTAAAGGGAGTAA
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********** * *
18525 TAAGGCNNNNNNNNNNTTGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCCTGCAAATGAATGAGTTTTTCTT
260 TAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCCGGC-AATGAATAAGTTTTTCTT
* *
18589 TATGTTTC-TCAAGGAAA
323 TACGTTTCTTCAAGGTAA
* * * *
18606 ACAGTCAATTATAATC-AGTTTTAACTAAAAATAT-AAAACAATTCAGCTTAAAATCATTTATGA
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* ********
18669 GAGTATAAAACTATTTAAA-GNNNNNNNNNNGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCT
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* * * * * * * * * *
18733 CTTCTTATCAATCAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCCAGGTAGACAATCAACTATAATTTATTT
127 TTTCTTGTCAATGAATGGATTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTT
* * * ************
18798 TAACAAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTACAAAANNNNNNNNNNNNA
192 TAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* ** * * * * * ***
18863 GTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGGGTAATTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT
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* * *
18928 -TTCAC-TTTTTTCAAGGTAG
320 CTTTACGTTTCTTCAAGGTAA
** * * * *
18947 ACATTCAATTATAATCCGTTTGAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * ** * * * *
19012 TTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTTATAAGTGGACTTT
66 TTATAAAACTATTTAAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC-TATAAATGGGCTTT
** * * * * * * * *
19077 TAATG-CTAATGGAT-GACTTTTGGTTCAAGTTTCCCAAGGAAGATATTCAATTATAATATATTT
129 TCTTGTC-AATGAATGGA-TTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTT
* ** * * * * ** *
19140 TACTCTGAAATGTAAGAACATTCAAGTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAATAATTTAAAGCA
192 TA-ACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCG
* * * * * ** * *
19205 AGTAATAAGGCTTTCGAACGCTTAGGTGACTATGAATGGATTTTTATTGTCAATGAAT-TGCTTT
255 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTT-CCGGCAATGAATAAG-TTT
* * *
19269 TTCTTTATGTTTCTT-AAGGCAG
318 TTCTTTACGTTTCTTCAAGGTAA
* *
19291 ACATTCAATTATAATCTATTTTTATCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
19356 TTATAAAACCATTGAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGCGACTATAAATGGGCTTTT
66 TTATAAAACTATTTAAAT-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTT
* * *
19421 GTTGTCAATGAATGGATTTTGCTTCACGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAA
130 CTTGTCAATGAATGGATTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAA
* ** * * * **
19486 CTAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCTATTTAAAGCAACCAA
195 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* *** * * *
19551 TAACGCTTTTGAAGGCTTCCATGAATATAAATGGGCTTTTCCGGCAATTGAATAAATTTTTCTTT
260 TAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCGGCAA-TGAATAAGTTTTTCTTT
* *
19616 ACATTTCTTC-AGGCAA
324 ACGTTTCTTCAAGGTAA
** * *
19632 ACAGCCAATTACAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAACA-TCAAGCTCAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAACATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAG
* * * **
19696 ATTGTAAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAACAGGCTTT
65 ATTATAAAACTATTTAAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTT
* * * * * * * * *
19761 TCTTATCAATCAATGG-CTTTG-TCCTAAGATTTCTCAAGGCATATAGTCAATTATAATCTGTTT
129 TCTTGTCAATGAATGGATTTTGCTTC-ACG-TTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTT
* * * * * *
19824 TAACCAAAAATGTAAAAAATTTCATCCTACAATCAATTATGATG-TTGTAAAACCATTCAAAGCG
192 TAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * *
19888 AGAAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTAACTATAAATGGGCTTTCCCTGCAAATGAA-AGAGTTT
255 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCGGC-AATGAATA-AGTTT
* * * *
19952 GTT-TTCATGTTTCCT-GAGGTAA
318 -TTCTTTACGTTTCTTCAAGGTAA
* * * ** * * * * *
19974 ATATTCAATTGTAA-CATGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCATCCTAAAATTAGTTATGAG
1 ACATTCAATTATAATC-TATTTTAACCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * **
20038 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAAGTGACTATAAATGGGCTTT
65 ATTATAAAACTATTTAAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTT
* * * * * *
20103 TCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCATCACATTTTTCAAGGTAGACAATT-AATTATAATTTGTTTT
129 TCTTGTCAATGAATGGATTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAGAC-ATTCAATTATAATTTGTTTT
* * *
20167 AACCAAAAATGTAAAACAAAATCAACCTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGA
193 AA-CAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * ** * * * * ****
20232 GTAATAAAGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCATTTT
256 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-CGGCAATGAATAAGTTTTT
* *
20297 CTTCAC-TTT-TTCCAAGGTAG
320 CTTTACGTTTCTT-CAAGGTAA
* * * *
20317 ACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATATAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAT
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAC-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * * *
20382 ATTATAAAGGC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTTATAAGTAGAC-
65 ATTATAAA-ACTATTTAAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC-TATAAATGGGCT
* * * * * * * * * * * *
20445 TTTCATG-CTAAAGGATGAATTTTGATTCAGGTTTCCCGAGGAAGATATTCAATTATAATATATT
127 TTTCTTGTC-AATGAATGGATTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTT
* * *
20509 TTAATCAAAAATGTAAAAACATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCG
191 TTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *** *
20574 AGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATAGGTTTT
255 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-CGGCAATGAATAAGTTTT
* * *
20639 TCTTTATG-TT-TTCTAAGGCAG
319 TCTTTACGTTTCTTC-AAGGTAA
* * * * *******
20660 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAATATATTCAACTTAAAATCAATNNNNNNN
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
*** * * * * ** * *
20725 NNNTAAAACCATTGAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGACGACTACAAATGGGTTTTT
66 TTATAAAACTATTTAAAT-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTT
* * * * * * *
20790 GTTGTCGATGAATGGATTTTGCTTCACATTTCTCAAGGGAAACATTCAATTATAATTTTTTTTCA
130 CTTGTCAATGAATGGATTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAA
* * *
20855 CCAAAATGTAAAAAAA-TCAACTTAAAAATC-ATCTATGAGATTATAAAGCCATTCAAAGCGAGT
195 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* ** * *
20918 AATAAGGCCTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGTG-CTTTTCCTGCAAATGAATGAGTTTTTC
258 AATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATG-GACTTTTCCGGC-AATGAATAAGTTTTTC
*
20982 TTTACGTTTC-TCGAGGTAA
321 TTTACGTTTCTTCAAGGTAA
* * * ** *
21001 ACAGTCAATTACAATCTATTTTAACCAAAAATATTAAAAA-ATTCAGCCCAAAATCAAATATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATA-TAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
21065 ATTGTAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTCTAAATGGGCTTT
65 ATTATAAAACTATTTAAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTT
* * ** * *** * * *
21130 TCTTATCAATCAATGTCTTTTTCTTCTTATTTCTTAAGGTAGACAATCAATTATAATTTGTTTTA
129 TCTTGTCAATGAATGGATTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTA
********** * ** *
21195 ACTNNNNNNNNNNAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAATAATTTATAGCGAGT
194 AC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* ** * *** ***
21260 AATAAAGCTTTT-AAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTC
258 AATAAGGCTTTTGAA-GGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-CGGCAATGAATAAGTTTTTC
* * * *
21324 TTCAC-TTT-TTCCATGGCAG
321 TTTACGTTTCTT-CAAGGTAA
* * * * * * *
21343 TCATTCTATGATAATCTGTTCTAACTAAAAATATAAAAGCAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAC-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
21408 ATTATAAAGGC-ACTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTAAAGGCTTGAGTGACT
65 ATTATAAA-ACTATTTAAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACT
21460 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2203, Mismatches: 571, Indels: 158
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.34
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TTATAAAACTATTTAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTC
TTGTCAATGAATGGATTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAAC
AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
AAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCGGCAATGAATAAGTTTTTCTTTAC
GTTTCTTCAAGGTAA
Found at i:19827 original size:171 final size:171
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Indices: 18265--21448 Score: 2041
Period size: 171 Copynumber: 18.6 Consensus size: 171
18255 NNTAAGACAG
* * * * * *
18265 ACATTCAATTATAATCTATTTTTATCAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATAAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
18330 TTATAAAACTATTGAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGCGACTATATATGGGCTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTTT
* * * * ***********
18395 GTTGTCAATGAATGGATTTTGCTTCATNNNNNNNNNNGCAA
131 CTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTAAGATTTCTCAAGGCAA
* * *
18436 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAATACAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * ********* *
18500 TTATAAAGCTATTTAAAGGGAGTAATAAGGCNNNNNNNNNNT-TGGGTGACTATAAATAGGCTTT
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* * *
18564 TCCTG-CAAATGAATGAG-TTTTTCTTTATG-TTTCTCAAGGAAA
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* * * * * *
18606 ACAGTCAATTATAATCAGTTTTAACTAAAAATATAAAACAATTCAGCTTAAAATCATTTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ********** * *
18671 GTATAAAACTATTTAAAGNNNNNNNNNNGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTCTT
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* * * * * *
18736 CTTATCAATCAATGGCTTTTTCTTCACG-TTTCTCCAGGTAG
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* * * * * * *
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* ************ * * * * **
18842 TTACAAAANNNNNNNNNNNNAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGGGTAATTATAAATGAACTTTT
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* * * ** * * *
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** * * ** *
19076 TTAATG-CTAATGGATGACTTTTGGTTCAAG-TTTCCCAAGG-AA
129 TTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTT-AAGATTTCTCAAGGCAA
* * * ** * * * *
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1 -ACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* ** * * * * * **
19182 AATTATAAAAATAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAACGCT-TAGGTGACTATGAATGGAT
64 GATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGTATGGGTGACTATAAATGGGC
* * * * *
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* * * *
19291 ACATTCAATTATAATCTATTTTTATCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * ** * *** *
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* * *** * *
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** * * * *
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* * * * **
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * **
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * ** ** * * * *
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*** * * * ** * *
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* * * *
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* * * * * ** *
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* * * * *
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* * ***********
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* ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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** * * * *
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* ** * * ** * *
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*** * ** *
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* ** *
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*
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* * *
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* * * ** * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * *
26172 ATGTAAAAACATTCATCATAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAG
65 AT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG
**********************
26237 CTTTTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-TTTTTCTTGTC-A
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* * * * *
26279 ATGAATG-GCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACAATT-AATTATAATTTGTTTTAACTAAA
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* * * * * *
26342 AATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAGAACTATTTAAAGCGAGTAATAAA
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* ** * * *
26407 GCTTTTAAGGGAATGTGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCTA
128 GCTTTGAA-GGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTTC-TGCAA
** * * * * * * *
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* * ********** * * * *
26514 ATATAAAATAATTTAACTTAAAANNNNNNNNNNGATTATAAAACAATTAAAAGTGAGTAATAAGT
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* * ** * *** * *
26579 CTTTCAAAGTCTTCAGTGACTTATAAGTGCATTTTTTATACTAA
129 CTTT-GAAGGCTTGGGTGAC-TATAAATGGGCTTTTTCTGC-AA
* * ** * * * * * * *
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* * * * * * *
26686 ATGTAAAAACATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGAAACAAGG
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* * ** *
26751 CTTTCGAAGACTTAGGTGACTATAAATGAAC-TTTTCT-TATCA
129 CTTT-GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTTCTGCA--A
* ** * * *
26793 ATGAAT-AGCTTTTTCTTTATATTTC-CTAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTTACCAAA
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* * * *
26856 AATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTGAAATCGAGTAATAA
64 AAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAA
** * *
26920 GGCTTTCGAAGG-TATGGGCAACTACAAATGGGCTTTTGT-TGTC-G
127 GGCTTT-GAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGGCTTTT-TCTG-CAA
* * ** * *
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* * *
27027 ATGTACAAAAATT-AACTTAAAATC-ATCTATGAGATTATAAAGCCT-TTTAAAGCGAGTAATAA
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* * * * *
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** * ** * *
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* * *
27197 ATATAAAAAAATTCAGC-TAAAATCAAATATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG
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* * *
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* * ** * * * * * *
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* ** ** * * *
27432 CTTTTGAGGGAATCAGTAACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCTA
129 C-TTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTTC-TGCAA
** * ** * *
27474 ATGAATGCCTTTTTCTTCACTTTTGC-CAAGGCAGGCATTCAATTATAATCCGTTTAAACCAAAA
1 ATGAATGAGTTTTTCTTCACGTTT-CTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC-AAA
* * * * *
27538 ATATAAAAAAAATAT-AACTTAAATTCAATTATGAGATTACAAAGCTAGTTAAAGTGAGTAATAA
64 A-ATAAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * *
27602 GTCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTTATAAGTGGACTTTTTATGCTA
127 GGCTTT-GAAGGCTTGGGTGAC-TATAAATGGGCTTTTTCTGCAA
* * ** * * * * * *
27647 ATGGATGACTTTTGGTTCAGGTTT-TCCAAGG-AAGATATTCAATTATAATATATTTTAATCGAA
1 ATGAATGAGTTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGGCAA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
* * * * * * *
27710 AATGTAAAAACATTCAAGTTGAAATCAATTATGAGATTACAAAAATAATTTAAAGCGAGTAACAA
64 AAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAA
** * * * * *
27775 GGCTTTCGAAGGCTTATGTGAATATAGATAGAC-TTTTCTTGCCA
127 GGCTTT-GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTTC-TGCAA
* * * ** * * * *
27819 ATGAATG-GCTTTTTCTCCATGATTC-CTAAGTTAGATATTCAATTATGATCTGTTTTCATA-AA
1 ATGAATGAG-TTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-A-ACCA
* ** * * *
27881 AAAAGT-AATAAAATTCAACTT-AAATCAGCTATGATATTATAAAACCA-TTAAAGGCAAGTAAT
62 AAAA-TAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-GCGAGTAAT
** * ** *
27943 AAGGCTTTTGAAGG-TTCAAGTGACGATAAATTAG-TTTTTCTTGCCA
125 AAGGC-TTTGAAGGCTT-GGGTGACTATAAATGGGCTTTTTC-TGCAA
* ** ** * *
27989 ATGAATGAGTTTTTCTTTATATTTC-CTAAGGCGGATATTCAATTATAATTTGTTTTAACC----
1 ATGAATGAGTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
** * * * * * *
28049 ----AAAGCATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAATCTAGAAATAAGGC
65 ATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* ** *
28110 TTTCGAAGGCATGGACGACTATAAATGGGCTTTTTTTGTC-A
130 TTT-GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTTCTG-CAA
* * * * *
28151 ATGAATG-GATTCTGCTTCACTTTTCTCAGGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAAC-AAA
1 ATGAATGAG-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* *
28214 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCTATTTAAAGCGAAG-AATAAG
65 AT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG-AGTAATAAG
* * * * * *
28278 GCTTTTGGAGGCTTGAGTGACTATAAGTAGGCTTTTCCTACAA
128 GC-TTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTTCTGCAA
* * * * * * *
28321 ATGACTGAATTTTTCTTCACGTTTCTCGA-GCTAAACAGTCAATTATAATCTATTTGAACTAAAA
1 ATGAATGAGTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGC-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * * * *
28385 ATATAAAACAATTCAGCCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAA-CGAGTAATAAGA
65 ATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * *
28449 CTTTTGAAGGCATGGGTGGCAATAAATGGGC-TTTTCT-TATTA
129 C-TTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTTCTGCA--A
* * * * * * * * *
28491 ATCAATG-GCTTTGTCTTCAGGTTTCTCAAGGCATATAGTCAATTATAATTTGTTTGAGCC-AAA
1 ATGAATGAG-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * * * * * * *
28554 ATGTAAAAAAATTCATCCTAAAATAAATTATGAGGTTGTTAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
65 AT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG
**
28619 CTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGGCTTTT
129 CTTT-GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTT
28654 GTTGCCAATA
Statistics
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TAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTTCTGCAA
Found at i:25813 original size:341 final size:340
Alignment explanation
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24410 TTGCTTCACA
* * * *
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* * * * *
24547 TATAAATGGGCTTTT-TCTG-CAAATGAAT-GAGTTTTTCTTTACATTTCTCGAGGGAAACAGTC
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* * * * * *
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* * * *
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253 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
* * *
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* * * * *
24761 TTTCTCAAGGTAGACAATCAATTATAATTTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
1 TTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* *
24826 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AGGAAAT-GAGTGAC
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-CATGGA-TGAC
* ** * ** * *
24889 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTCAC-TTTTTCCAAGGCAGACATTCAA
128 TATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGGCAAACATTCAA
* * * * * * *
24953 TTATAATCCATTTAAATCGAAAATATAAAAAAAATACACCTTAAATTCAATTATGAGATTATAAA
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* * * * * * * * *
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* ** *
25082 TAATGGATGACTTTTGGTTCAAG
318 TAATGAATGACTTTTTCTTCATG
* * * * * ** * *
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* * *
25169 AATCAATTATGAGATTATAAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGG-TGA
64 AATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGATGA
* * * * * * * * ** * *
25233 TTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTCCATGATTCCCAAGTTAGATATTCAA
127 CTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAA
* * * * * ** *
25298 TTATGATTTGTTTTCATA-AAAAAAGTAACAAAATTCAACTTAAAATCAGCTATGATATTATAAA
192 TTATAATCTATTTT-A-ACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * *** * ** * *
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255 ACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCT
* * *
25425 AATGAATGAGTTTTTCTTTATA
319 AATGAATGACTTTTTCTTCATG
* * * * * * *
25447 TGTCCTAAGACAGATATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAATTTAAA
1 T-TTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * *
25512 ATTAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAATCGAGAAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGACGACTA
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTA
* * *
25577 TAAATGGGCATTTGTTGTCAATGAATGGATTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTA
130 TAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTA
* * **
25642 TAATCTGTTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAACGCCAT
195 TAATCTATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * * * * *
25707 TTAAAGCAAGGAATAAGTCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCCTACAAATGAC
260 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAA
*
25772 TGAATTTTTCTTCATG
325 TGACTTTTTCTTCATG
* * * * * * * *
25788 TTTCTTGAGGTAAACAGTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAACAAATTCAGCCTAAA
1 TTTC-TAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
25853 ATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGA-TA
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACT-
* * * * * * * * * *
25917 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATCAAT-GACTTTGTCTTCAGGTTTCTAAAGGCATATAGTCAAC
129 ATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGA-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAT
* * * * * *
25981 TATAATCTATTTGAGCTAAAAATGTAAAAAAATTCATCCTAAAATAAATTATGAGGTTATAAAAC
193 TATAATCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * *
26046 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTACAAAT
257 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAAT
* *
26111 GAATGA-GTTGTCTTCATG
322 GAATGACTTTTTCTTCATG
* * * * * * *
26129 TCTCCTAAGGCAAACATTCAATTGTAATATGTTTTAACGAAAAATGTAAAAACATTCATCATAAA
1 T-TTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * ***************
26194 ATCAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGANNNNNNNNNNNNNNN
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTA
******* * * * * *
26259 NNNNNNNGTTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACAATT-AATT
130 TAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAAC-ATTCAATT
* * * * * * *
26323 ATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAGAACT
194 ATAATCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * ** * *
26388 ATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTT-TAAGGGAATGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAAT
258 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAAT
* * *
26452 GAATGCCTTTCTCTTCACTT
322 GAATGACTTTTTCTTCA-TG
* * * * * * * * *
26472 TTTCCAAGGCAGATAGTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAATAATTTAACTTAAAA
1 TTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
********** * * * * ** * **
26537 NNNNNNNNNNGATTATAAAACAATTAAAAGTGAGTAATAAGTCTTTCAAAGTC-TTCAGTGACT-
66 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGA-TGACTA
* * * * ** * * *
26600 TATAA-GTGCATTTT-TTATACTAAAGGAT-GACTTTTGGTTCAGGTTTCCCAAGG-AAGATATT
130 TA-AATGGGC-TTTTCTTGT-C-AATGAATGGA-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAA-ACATT
* * * * *
26661 CAATTATAATATATTTCAATCAAAAATGTAAAAACATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTATA
189 CAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * ** *
26726 AAACAATTTAAAGCGAGAAACAAGGCTTTCGAAGACTTAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-A
253 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGC
* *
26790 TCAATGAAT-AGCTTTTTCTTTATA
318 T-AATGAATGA-CTTTTTCTTCATG
* * * *
26814 TTTCCTAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTTACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAA
1 TTT-CTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * ***
26879 ATCAATTATGAGATTATAAAATCATTGAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGCAACTA
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTA
* * * * * ** * *
26944 CAAATGGGCTTTTGTTGTCGATGAATGGATTTTGCTACAAATTTCTTAAGCCAAACATTCAATTA
130 TAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTA
* * * * *
27009 TAATCTGTTTTAACCAAAATGTACAAAAATT-AACTTAAAATC-ATCTATGAGATTATAAAGCCT
195 TAATCTATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACCA
** * * ** *
27072 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCCGCAAATGA
259 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGA
* ***
27137 ATGAGTTTTTCTTTGCG
324 ATGACTTTTTCTTCATG
* * * * * *
27154 CTTCTTGAGACAAACAGTT-AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAGC-TAA
1 TTTC-TAAGGCAAACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
27217 AATCAAATATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAGGGATGACT
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACT
* * * * * ** * *
27282 CTAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACAATCAATT
129 ATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATT
* * * * * * *
27347 ATAATTTGTTTGAGCCCAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACC
194 ATAATCTATTTTA-ACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * ** ** * *
27412 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATCAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATG
258 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATG
*
27477 AATGCCTTTTTCTTCACT-
323 AATGACTTTTTCTTCA-TG
* ** * * *
27495 TTTGCCAAGGCAGGCATTCAATTATAATCCGTTTAAACCAAAAATATAAAAAAAATAT-AACTTA
1 TTT-CTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAAT-TCAACTTA
* * * * * * * ** *
27559 AATTCAATTATGAGATTACAAAGCTAGTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTCAAAGGC-TTGAGTGA
63 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGA-TGA
* * * ** * *
27623 CTTATAAGTGGACTTTT-TATG-CTAATGGAT-GACTTTTGGTTCAGGTTT-TCCAAGG-AAGAT
127 C-TATAAATGGGCTTTTCT-TGTC-AATGAATGGA-TTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGGCAA-AC
* * * * *
27683 ATTCAATTATAATATATTTTAATCGAAAATGTAAAAACATTCAAGTTGAAATCAATTATGAGATT
186 ATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** * ** * * * *
27748 ACAAAAATAATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTTATGTGAATATAGATAGACTTTTC
250 A-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTC
* * *
27813 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTCCATG
314 TTGCTAATGAATGACTTTTTCTTCATG
* ** * * * * ** * *
27840 ATTCCTAAGTTAGATATTCAATTATGATCTGTTTTCATAAAAAAAGTAATAAAATTCAACTT-AA
1 -TTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
** * * *
27904 ATCAGCTATGATATTATAAAACCA-TTAAAGGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTCA-AG-TGA
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG--CATGGATGA
* ** * * * ** ** *
27966 CGATAAATTAGTTTTTCTTGCCAATGAAT-GAGTTTTTCTTTATATTTC-CTAAGGCGGATATTC
127 CTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGA-TTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAAACATTC
* * * * *
28029 AATTATAATTTGTTTTAAC-CAAA-G------CATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
190 AATTATAATCTATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * ** *
28086 ACCATTGAAATCTAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGACGACTATAAATGGGCTTTTTTTG-TC
255 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCT-
* *
28150 AATGAATGGA-TTCTGCTTCACT-
319 AATGAAT-GACTTTTTCTTCA-TG
* *
28172 TTTCTCAGGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAAC-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
1 TTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
28236 ATCAATTATGAGATTATAAATCTATTTAAAGCGAAG-AATAAGGCTTTTGGAGGC-TTGAGTGAC
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGA-TGAC
* * * * * * * *
28299 TATAAGTAGGCTTTTCCT-ACAAATGACTGAATTTTTCTTCACGTTTCTCGA-GCTAAACAGTCA
128 TATAAATGGGCTTTTCTTGTC-AATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGC-AAACATTCA
* * * * * *
28362 ATTATAATCTATTTGAACTAAAAATATAAAACAATTCAGCCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAA
191 ATTATAATCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * **
28427 ACTATTTAAA-CGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGGCAATAAATGGGCTTTTCTTATTA
255 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTA
* * * *
28491 ATCAATGGCTTTGTCTTCAGG
320 ATGAATGACTTTTTCTTCATG
* * * * * * * *
28512 TTTCTCAAGGCATATAGTCAATTATAATTTGTTTGAGCC-AAAATGTAAAAAAATTCATCCTAAA
1 TTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * **
28576 ATAAATTATGAGGTTGTTAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTAAGTGACT
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGA-TGACT
* *
28640 ATAAATGGGCTTTTGTTGCCAAT
129 ATAAATGGGCTTTTCTTGTCAAT
28663 ATGTTCTAAC
Statistics
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Consensus pattern (340 bp):
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TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTAT
AAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTAT
AATCTATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAAT
GACTTTTTCTTCATG
Found at i:29512 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 29078--29550 Score: 461
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 171
29068 NNNNNGAGGC
* ** * * **
29078 AAACATTCAATTGCAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAGCCTAAAATCAATTATGA
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* *
29143 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGCGACTATAAATGGGCTT
66 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGCGACTATAAATGGGCTT
* * ** * *
29208 TTCTTATCAATCAATGGCTTTGTCTTCACATTTTTCAAGGT
131 TTCCTAGCAATCAATGAATTTGTCTTCACATTTCTCAAGGA
* * *
29249 AGATAGTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCATTCTAAAATCAATTATGA
1 AAACAGTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCATTCTAAAATCAATTATGA
* * * * * * *
29314 GGTTGTTAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTT
66 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGCGACTATAAATGGGCTT
* * *
29379 TTCCT-GCAACTGAATGAATTTGTCTTTATATTTCT-AGAGGA
131 TTCCTAGCAA-TCAATGAATTTGTCTTCACATTTCTCA-AGGA
* * ********** *
29420 AAACATTCAATTGTAATCTATTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAATTNNNNNNNNNNTCAGTTATG
1 AAACAGTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCATTCTAAAATCAATTATG
* ** *
29484 AGATTATAAAACTACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCATGAGTG-G-CTATAAATGGG
65 AGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-AG-GCGACTATAAATGGG
29547 CTTT
128 CTTT
29551 CTTGTCAATG
Statistics
Matches: 243, Mismatches: 54, Indels: 10
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.02
171 234 0.96
172 3 0.01
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
AAACAGTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCATTCTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGCGACTATAAATGGGCTT
TTCCTAGCAATCAATGAATTTGTCTTCACATTTCTCAAGGA
Found at i:30161 original size:137 final size:136
Alignment explanation
Indices: 29962--30235 Score: 336
Period size: 137 Copynumber: 2.0 Consensus size: 136
29952 ATAAGATTAT
* ** ** * * *
29962 AAAACTATTGAAAGTGAGTAATAAGTTTTTTGAAGACATGGGTGATTATAAATAGGATTTTGTTG
1 AAAACTATTGAAAATGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATGGGCGAGTATAAATAAGATTTTGTTG
* * * * * *
30027 CCAATGAATA-GCTTTTTCTTGACATTTTTCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA
66 CCAATGAA-AGGATTTTGCTTCACATTTCTCAAAGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACC-
30091 AAAATGTA
129 AAAATGTA
* *
30099 AAAACTATT-AAAATCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGCGAGTATAAATAAGCTTTTGTT
1 AAAACTATTGAAAAT-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATGGGCGAGTATAAATAAGATTTTGTT
* * *
30163 GTCAATGAAAGGATTTTGCTTCACGTTTCTCAAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
65 GCCAATGAAAGGATTTTGCTTCACATTTCTCAAAGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA
30228 AAATGTA
130 AAATGTA
30235 A
1 A
30236 TAAAATTCAA
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 19, Indels: 5
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
136 14 0.12
137 102 0.88
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (136 bp):
AAAACTATTGAAAATGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATGGGCGAGTATAAATAAGATTTTGTTG
CCAATGAAAGGATTTTGCTTCACATTTCTCAAAGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA
AATGTA
Found at i:30452 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 30099--31236 Score: 966
Period size: 171 Copynumber: 6.7 Consensus size: 168
30089 CAAAAATGTA
* * * * * * ** *
30099 AAAACTA-TTAAAATCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGCGAGTATAAATAAGCTTTTGTT
1 AAAACTATTTAAAGT-GAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* * * * *
30163 GTCAATGAAAGGATTTTGCTTCACGTTTCTCAAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
65 GTCAATGAATGG-TTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAA
30228 AAATGTAATAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
129 AAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
30269 AAAGCCATTTAAAGCGAGCAATAAGACTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTG
1 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
* ** * * * *
30334 TAAATGAATGAGTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAAATATTTAATTGT-ATCCTGTTTTAATGA
66 TCAATGAATG-GTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAAT-CTGTTTTAA-CA
* * * *
30398 AAAATGTAAAACAATACAACCTAAAATCAGTTATGACATTAT
128 AAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
30440 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGACATGAGAGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
1 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
* * * * ** * *
30505 TCAATGAACGGCTTTTTCTTCACGTTTCT-GAAGGTAGACAATCAATTGCAATTTATTTTAACCA
66 TCAATGAATGG-TTTTTCTTCACGTTTCTCG-AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CA
* * * *
30569 AAAATCTAAAAACATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTAC
128 AAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * *
30611 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTT-TAAGGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-T
1 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGG-CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* * * * * *
30674 GGCTAATGAATGCATTTTTCTTCAC-TTTTTCGAAGGCAGACATTCAATTATAACCCGTTTTAAC
65 GTC-AATGAATG-GTTTTTCTTCACGTTTCTCG-AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* *
30738 AAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
127 AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * ** * * * *
30781 AAAACTATTAAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTAAAGGTTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTT-TAT
1 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-T
** * ** * * * * * *
30845 G-CTAATGGTTGACTTTTGGTTCACGTTTC-CCAAGCTAGATATTCAATTATAATATATTTTAAG
65 GTC-AATGAATG-GTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGC-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-
* * * *
30908 TAGAAATGTAAAGACATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTAT
126 CAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * ** * * * *
30952 GAAAA-TAATTTAAAATGAGAAATAAGGCTTTTGAACACTTAGGCGACTATAAATGGACGTTTCT
1 -AAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
* *
31016 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
64 TGTCAATGAATGG-TTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-
* * * *
31081 AAAAATGTAACAAAATTTAACTTCAAATCAGTTATGATATTAT
127 AAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * ** *
31124 AAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTCAGGTGGCTATAAATGGGCTTTTCTTG
1 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
* *
31189 CCAATGAATGCGTTTTTCTTCACGTTTC-CTGAGGTAAACATTCAATTA
66 TCAATGAATG-GTTTTTCTTCACGTTTCTC-GAGGCAAACATTCAATTA
31237 CAATTAAGTG
Statistics
Matches: 779, Mismatches: 157, Indels: 63
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 232 0.30
171 409 0.53
172 126 0.16
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
TCAATGAATGGTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAA
ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
Found at i:30787 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 30099--31241 Score: 1042
Period size: 341 Copynumber: 3.3 Consensus size: 338
30089 CAAAAATGTA
* * * * ** *
30099 AAAACTATTAAAATCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGCGAGTATAAATAAGCTTTTGTTG
1 AAAACTATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
* * * * * *
30164 TCAATGAAAGGATTTTGCTTCACGTTTCTCAAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC-A
66 TCAATG-AAGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTACAATTTATTTTAACCAA
* * * * *
30228 AAATGTAATAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGCAATA
130 AAATGTAA-AAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGAAATA
* ** * *
30292 AGACTTTCGAAGG-CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGTAAATGAATG-AGTTTTTCTTC
194 AGACTTT-TAAGGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-CTGTAAATGAATGCA-TTTTTCTTC
* ** * * * * * * *
30355 ACGTTTCTCG-AGATAAATATTTAATTGTATCCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAACAATACAACC
256 AC-TTTTTCGAAGGCAAACATTCAATTATAACCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAAT-CAACT
30419 TAAAATCAGTTATGACATTAT
318 TAAAATCAGTTATGACATTAT
* * ** * *
30440 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGACATGAGAGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
1 AAAACTATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
* * * * *
30505 TCAATGAACGGCTTTTTCTTCACGTTTCTGAAGGTAGACAATCAATTGCAATTTATTTTAACCAA
66 TCAATGAA-GGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTACAATTTATTTTAACCAA
* * * *
30570 AAATCTAAAAACATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAA
130 AAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGAAATAA
30635 GACTTTTAAGGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTGGCT-AATGAATGCATTTTTCTTCAC
195 GACTTTTAAGGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-G-TAAATGAATGCATTTTTCTTCAC
* * *
30699 TTTTTCGAAGGCAGACATTCAATTATAACCCGTTTTAACAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAA
258 TTTTTCGAAGGCAAACATTCAATTATAACCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAA-TCAACTTAAA
* *
30764 ATCAATTATGAGATTAT
322 ATCAGTTATGACATTAT
* * * ** * *
30781 AAAACTATTAAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTAAAGGTTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTT-TAT
1 AAAACTATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-T
** * * * * * * * * **
30845 G-CTAATGGTTGACTTTTGGTTCACGTTTCCCAAGCTAGATATTCAATTATAATATATTTTAAGT
65 GTC-AAT-GAAGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTACAATTTATTTTAACC
* * * * *
30909 AGAAATGTAAAGACATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAAA-TAATTTAAAATGAGAA
128 AAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-CAAAACT-ATTTAAAGTGAGAA
* * * * *
30973 ATAAGGCTTTT---GAACACTTAGGCGACTATAAATGGACGTTTCTTGTCAATGAATGGC-TTTT
191 ATAAGACTTTTAAGGAA-A-TGA-GTGACTATAAATGGACTTTTC-TGTAAATGAAT-GCATTTT
* *
31034 TCTTCA-TGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAACAAAAT
251 TCTTCACT-TTT-TCGAAGGCAAACATTCAATTATAACCTGTTTTAAC-AAAAATGTAA-AAAAA
* * *
31097 TTAACTTCAAATCAGTTATGATATTAT
312 TCAACTTAAAATCAGTTATGACATTAT
* * * * *
31124 AAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TCAGGTGGCTATAAATGGGCTTTTCTT
1 AAAACTATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* * * *
31188 GCCAATGAATGCGTTTTTCTTCACGTTTC-CTGAGGTAAACATTCAATTACAATT
65 GTCAATGAAGGC-TTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTACAATT
31242 AAGTGGGCCT
Statistics
Matches: 654, Mismatches: 119, Indels: 56
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.00
340 5 0.01
341 291 0.44
342 225 0.34
343 124 0.19
344 6 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (338 bp):
AAAACTATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
TCAATGAAGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTACAATTTATTTTAACCAAA
AATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGAAATAAG
ACTTTTAAGGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTGTAAATGAATGCATTTTTCTTCACTTT
TTCGAAGGCAAACATTCAATTATAACCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATCAACTTAAAATCA
GTTATGACATTAT
Done.