Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403301.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_973.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 18700
ACGTcount: A:0.27, C:0.11, G:0.10, T:0.29
Warning! 4274 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:389 original size:171 final size:173
Alignment explanation
Indices: 205--539 Score: 374
Period size: 173 Copynumber: 1.9 Consensus size: 173
195 NNTTGAATTT
* * * * * * * ** * * *
205 TTTTACATATTTTTATTTACAATAGCTTATAATTGAATGTTTTCCTTGGGAAACCTGAAG-ACAG
1 TTTTAAATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAA
* *
269 CC-ATTTATTAGCAAGAAAAG-TCTAATCATAGTCACCCATTCCCTT-GAAAGCCTTATTACTCC
66 CCAATTCATTAGCAAAAAAAGCTC-AATCATAGTCACCCA-TCCCTTCGAAAGCCTTATTACTCC
* *
331 CTTTAAAT-GATTTTTTAATCCCATAAATGATTTTAACCTAAAATG
129 CTGTAAATAG-TTTTATAATCCCATAAATGATTTTAACCTAAAATG
* *
376 TTTTAAATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGCTTACCTTCAGAAATATGAAGAAAAA
1 TTTTAAATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * *
441 CCAATTCATTGGCAAAAAAAGCTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAATCCTTATTACTCGCT
66 CCAATTCATTAGCAAAAAAAGCTCAATCATAGTCACCCATCCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCT
* *
506 GTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
131 GTAAATAGTTTTATAATCCCATAAATGATTTTAA
540 GTTTAATTGT
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 26, Indels: 8
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
171 48 0.36
172 9 0.07
173 73 0.55
174 3 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (173 bp):
TTTTAAATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAA
CCAATTCATTAGCAAAAAAAGCTCAATCATAGTCACCCATCCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCT
GTAAATAGTTTTATAATCCCATAAATGATTTTAACCTAAAATG
Found at i:553 original size:173 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1--553 Score: 475
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 168
*
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGATT-TTTT-ACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAA
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTGTTTTAATATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAA
* * *
64 TTGAATGTTTTCCTTGGTAAACCTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAGAAGTTAATTTATAG
65 TTGAATGTTTTCCTTGG-AAACCTGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAG-TCATTTATAG
* * * * * *
129 TTACACAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTCTAAATGGTT
127 TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTCTAAAT-GTT
********** * * * * *
172 TTATAATCTCATAATNNNNNNNNNNTTGAATTTTTTTACATATTTTTATTTACAATAGCTTATAA
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTA-ATATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAA
* * * * * *
237 TTGAATGTTTTCCTTGGGAAACCTGAAG-ACAGCCATTTATTAGCAAGAAAAGTCTAATCATAGT
65 TTGAATGTTTTCCTT-GGAAACCTGAAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGT
* *
301 CACCCATTCCCTT-GAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGATT
128 CACCCA-TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTCTAAATG-TT
* * * ** * * * *
343 TTTTAATCCCATAAATGATTTTAACCTAAAATGTTTTAAATATTTTTAGTTAAAACATATTATAA
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT-AATATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAA
* * * ** *
408 TTGAATGCTTACCTTCAGAAATATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAAAAAAGCTCATTTATAG
65 TTGAATGTTTTCCTT-GGAAACCTGAAGAAAAACC-ATTCATTGGCAAGAAAAG-TCATTTATAG
* * *
473 TCACCCATGCCTTCGAAATCCTTATTACTCGCTGTAAATAGTT
127 TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTCTAAAT-GTT
*
516 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTGTTTTA
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTA
554 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 291, Mismatches: 78, Indels: 25
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.02
171 138 0.47
172 16 0.05
173 127 0.44
174 5 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAATATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAAT
TGAATGTTTTCCTTGGAAACCTGAAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCATTTATAGTCAC
CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTCTAAATGTT
Found at i:1769 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1727--1769 Score: 50
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
1717 GAGAAACATG
* *
1727 AAGAAAAATCCATTCATTGTC
1 AAGAAAAACCCATTCATAGTC
* *
1748 AAGAAAAGCCCATTTATAGTC
1 AAGAAAAACCCATTCATAGTC
1769 A
1 A
1770 CCAAAGCCTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 4, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 18 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.19, G:0.12, T:0.26
Consensus pattern (21 bp):
AAGAAAAACCCATTCATAGTC
Found at i:3492 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3019--4154 Score: 659
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 170
3009 NNNNNNNNNN
* * * * * * **
3019 TTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCT-TGTATTA
1 TTCATTGGTAAGAAAAGTTCAATTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGACTTATTACTCACT-TTA
* * * * *
3083 AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTCTTATATTTTTGGTTAAAACAAAT
65 AATAGTTTAATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATAT
* * *
3148 TATCATTGAACGTTTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCA
130 TATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAG-CA
* * *
3190 TTCATTGGTACGAAAAGTCCAATTATAGTGACCCAATCCTTCAAAA-ACCTTATTACTCACTTTA
1 TTCATTGGTAAGAAAAGTTCAATTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGA-CTTATTACTCACTTTA
* * * ********** *
3254 AATAGTTTAATAGCCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATNNNNNNNNNNAATATAT
65 AATAGTTTAATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATAT
* *
3319 TATAATTGAATATTTACCTT-GTAAAACCTGAAGAAAAAGCTA
130 TATAATTGAATGTTTACCTTAG-AAAACATGAAGAAAAAGC-A
* * *
3361 TTTATTGGTAAGAAAAGTTCAATTATAGTCACCTAATCCTTCAAAAGACTTATTACTCTCTTTAA
1 TTCATTGGTAAGAAAAGTTCAATTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAA
* * *********** *
3426 ATGGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAGATATT
66 ATAGTTTAATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATT
* * * *
3491 ATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAATACA
131 ATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAA-GCA
* * * * * * **********
3532 TTCATTGGCAAGAAAAGCTGACTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAA
1 TTCATTGGTAAGAAAAGTTCAATTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAA
** * * * * *** *
3597 ACGGTTTTATAGCCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTA-AGTTTTTACCTAAAACAGAT
66 ATAGTTTAATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAACATAT
* *
3661 TATAATTGAATGTTTTCCTT-GAGAAATATGAAG-AAAAGCCAA
130 TATAATTGAATGTTTACCTTAGA-AAACATGAAGAAAAAG-C-A
* * * * * * *
3703 TTCATTGGTAAGAAAAG-CCTAATTATAGTCACCTAAGCCTTCAAATGCCGTATTACTCTCTTTA
1 TTCATTGGTAAGAAAAGTTC-AATTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTA
********** * **
3767 AA-AGGTTATAA-AACCTCATAATTGATTTTAAGTTGNNNNNNNNNNTGTTTTTGGTTAAAACGG
65 AATA-GTT-TAATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAT
* * * *
3830 ATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GTGAAACATAAAGGAAAAGCCA
128 ATTATAATTGAATGTTTACCTTAG-AAAACATGAAGAAAAAG-CA
* * * ********** * *
3874 TTCATTGATATGAAAAGTCCAATTATAGTCNNNNNNNNNNTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
1 TTCATTGGTAAGAAAAGTTCAATTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAA
* * * * * *
3939 ATGGCTTTAA-AACCTCATAATTAATTTCAAGTT-ATATTTTCTTACATTTTTGGCTAAAAC-TA
66 ATAG-TTTAATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATA
4001 GTTATAATTGAATGTTTACCTTCAG-AAACATGAAGAAAAAGCCA
129 -TTATAATTGAATGTTTACCTT-AGAAAACATGAAGAAAAAG-CA
* * * * * * * * *
4045 TTTATTTGCAA-AAGAAGTCCAATTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTC-CATCT
1 TTCATTGGTAAGAA-AAGTTCAATTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGACTTATTACTCAC-TTT
* * * *
4108 AAATGGTTTTATAATCC-CATAATTAATTTTAAGCTGAATGTTTTTTA
64 AAATAGTTTAATAA-CCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTA
4155 CATTNNNNNN
Statistics
Matches: 723, Mismatches: 212, Indels: 59
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 17 0.02
171 679 0.94
172 26 0.04
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTCATTGGTAAGAAAAGTTCAATTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAA
ATAGTTTAATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATT
ATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCA
Found at i:3797 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 3019--4146 Score: 812
Period size: 342 Copynumber: 3.3 Consensus size: 342
3009 NNNNNNNNNN
* * * * *
3019 TTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCT-TGTATTA
1 TTCATTGGTAAGAAAAGCTCAATTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCT-TTA
*
3083 AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTCTTATATTTTTGGTTAAAACAAAT
65 AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTGGTTAAAACAAAT
* * * * * *
3148 TATCATTGAACGTTTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTACGAAAAGTCCAAT
130 TATAATTGAACGTTTACCTTAGAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAAT
* * * *
3213 TATAGTGACCCAATCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTAATAGCCTCATAATTG
195 TATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAACAGTTTAATAGCCTCAAAATTG
********** * *
3278 ATTTTAAATTGAATTTTTTTACATNNNNNNNNNNAATATATTATAATTGAATATTTACCTTGTAA
260 ATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTACCTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTTGTAA
* *
3343 AACCTGAAGAAAAAGCTA
325 AACATGAAGAAAAAGCAA
* * * *
3361 TTTATTGGTAAGAAAAGTTCAATTATAGTCACCTAATCCTTCAAAAGACTTATTACTCTCTTTAA
1 TTCATTGGTAAGAAAAGCTCAATTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAA
*********** * * *
3426 ATGGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAGATATT
66 ATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTGGTTAAAACAAATT
* * * * * *
3491 ATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAAG-CTGACT
131 ATAATTGAACGTTTACCTTAGAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CAAT
* ********** * *
3555 TATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAACGGTTTTATAGCCTCAAAATTG
195 TATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAACAGTTTAATAGCCTCAAAATTG
* * * *
3620 ATTTTAAGTTTAATTTTTTTA-AGTTTTTACCTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTG-A
260 ATTTTAAATTGAATTTTTTTACA-TTTTTACCTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTTGTA
*
3683 GAAATATGAAG-AAAAGCCAA
324 -AAACATGAAGAAAAAG-CAA
* *
3703 TTCATTGGTAAGAAAAGC-CTAATTATAGTCACCTAAGCCTTCAAATGCCGTATTACTCTCTTTA
1 TTCATTGGTAAGAAAAGCTC-AATTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
* * * ********** * **
3767 AAAGGTTATAAAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGNNNNNNNNNNTGTTTTTGGTTAAAACGGAT
65 AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTGGTTAAAACAAAT
* * * * * ** *
3832 TATAATTGAATGTTTGCCTT-GTGAAACATAAAGGAAAAGCCATTCATTGATATGAAAAGTCCAA
130 TATAATTGAACGTTTACCTTAG-AAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAA
********** * * ** * *
3896 TTATAGTCNNNNNNNNNNTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTAA-AACCTCATAAT
194 TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAACAG-TTTAATAGCCTCAAAAT
* * * * ** *
3960 TAATTTCAAGTT-ATATTTTCTTACATTTTTGGCTAAAACTAG-TTATAATTGAATGTTTACCTT
258 TGATTTTAAATTGA-ATTTTTTTACATTTTTACCTAAAAC-AGATTATAATTGAATATTTACCTT
* *
4023 -CAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
321 GTA-AAACATGAAGAAAAAGCAA
* * * ** *
4045 TTTATTTGCAA-AAGAAG-TCCAATTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTC-CAT
1 TTCATTGGTAAGAA-AAGCT-CAATTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTC-T
* * *
4106 CTAAATGGTTTTATAATCC-CATAATTAATTTTAAGCTGAAT
62 TTAAATGGTTTTATAA-CCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
4147 GTTTTTTACA
Statistics
Matches: 603, Mismatches: 163, Indels: 40
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 16 0.03
342 569 0.94
343 18 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (342 bp):
TTCATTGGTAAGAAAAGCTCAATTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAA
ATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTGGTTAAAACAAATT
ATAATTGAACGTTTACCTTAGAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATT
ATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAACAGTTTAATAGCCTCAAAATTGA
TTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTACCTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTTGTAAA
ACATGAAGAAAAAGCAA
Found at i:5196 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 4785--5307 Score: 426
Period size: 172 Copynumber: 3.0 Consensus size: 172
4775 NNNNNNNNTT
* * * ** * * * * *
4785 TAATTGAATGATTGGCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCAATTAATTGGCAAGAAAAATCCATTTA
1 TAATTGAATGATTGCCTCGGGAAACATGAAGAAGTACCCACTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTA
* * * * * * * * * *
4850 TAGTCACCCAAGCCTCCAAAAGCCATATTACT-CTTTTAAATGATTTTATTAGCCCAAAATTGAT
66 TAGTCACCCAACCCTTCAAAAGCCTTACTACTCCCTTCAAATGGTTTTATAATCCCACAATTGAT
* **
4914 TTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTA
131 CTTAAGTCAAATGTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTA
*********** ** * * * * * *
4955 TAANNNNNNNNNNACCTTAGGAAACCTGAAGGAGAAAGCCATTCATTGGCTAGAAAAGTCCAATT
1 TAATTGAATGATTGCCTCGGGAAACATGAAGAAG-TACCCACTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATT
* ** * * *
5020 ATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCCCTGT-AGATGGTTTTGTAATCTCACAATTG
65 ATAGTCACCCAACCCTTCAAAAGCCTTACTACTCCCT-TCAAATGGTTTTATAATCCCACAATTG
* * * * *
5084 A-CATTAAGTCGAATGTTTTTTACTTTTTTTGTTAAAATAGATTA
129 ATC-TTAAGTCAAATGTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTA
*
5128 TAATTGAATGATTGCCTCGGGAAACATGAAGAAGTACCCACTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTT
1 TAATTGAATGATTGCCTCGGGAAACATGAAGAAGTACCCACTCATTGGCAAGAAAAGTCC-AATT
* * * *
5192 ATAGTCACCCAACCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTCAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGA
65 ATAGTCACCCAACCCTTCAAAAGCCTTACTACTCCCTTCAAATGGTTTTATAATCCCACAATTGA
* * *
5257 TCTTAAGTTAAATGTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACGGATTG
130 TCTTAAGTCAAATGTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTA
5300 TAATTGAA
1 TAATTGAA
5308 ATTTTTTCCA
Statistics
Matches: 264, Mismatches: 81, Indels: 14
0.74 0.23 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 17 0.06
171 54 0.20
172 147 0.56
173 46 0.17
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (172 bp):
TAATTGAATGATTGCCTCGGGAAACATGAAGAAGTACCCACTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTA
TAGTCACCCAACCCTTCAAAAGCCTTACTACTCCCTTCAAATGGTTTTATAATCCCACAATTGAT
CTTAAGTCAAATGTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTA
Found at i:5830 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5596--6082 Score: 521
Period size: 172 Copynumber: 2.8 Consensus size: 171
5586 GTTTTGTAAA
* * ** * * *
5596 CTCATAATTTATATTAAGTCAAATGTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTTTAATTGAATGT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGA-TTTAATTGAATGT
* * * *
5661 TTACCTCAAA-AAACGTGAAGATAAACCCGTTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTTACCCA
65 TTACCT-AAAGAAACATGAAGAAAAACCAGTTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
* * * *
5725 AGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTCAATAATC
129 AGCCTTCAAAAGCATTATTACTCTATTTAAATAATTCAATAA-C
* * *
5769 C-CATAATTGATTTTAAGTTGAATGATTTTTACATTTTTGGCTAAAACAAATTGTAATTGAATTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATT-TAATTGAA-TG
* * *
5833 TTTGCCTAAAGAAACATGAAGAAAAACCAGTTCATTGGGAAGAAAGGCCCATTTATAGTCACCCA
64 TTTACCTAAAGAAACATGAAGAAAAACCAGTTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
* **
5898 AGCCTTCAAAAGTATTATTACTCTATTTAAATAATTTTATAAC
129 AGCCTTCAAAAGCATTATTACTCTATTTAAATAATTCAATAAC
* * *
5941 CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTGGCTAAAACAGATTAAATTTGAATGT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTTAA-TTGAATGT
* *** * ** * * * * *
6005 TTGCCTTGGGAAACCTGAAGGAAAAAATAATTCATTGGCAAAAAAAGTCTAATTATAGTCACCCA
65 TTACCTAAAGAAACATGAA-GAAAAACCAGTTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
**
6070 TTCCTTCAAAAGC
129 AGCCTTCAAAAGC
6083 CTTACTGCTC
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 46, Indels: 13
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 21 0.08
172 129 0.49
173 112 0.43
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTTAATTGAATGTT
TACCTAAAGAAACATGAAGAAAAACCAGTTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG
CCTTCAAAAGCATTATTACTCTATTTAAATAATTCAATAAC
Found at i:7633 original size:513 final size:511
Alignment explanation
Indices: 6390--7773 Score: 1573
Period size: 513 Copynumber: 2.7 Consensus size: 511
6380 NNNNNNNNTA
* * * *
6390 ATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTAGA
1 ATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATA
* * * * ** * * *
6455 TTTGAATGTTTACCTTGGGAAACCTGACGGAAAAA-ATAATTCATTGGCAAAAAAAGTCCAATTA
65 ATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACAT-AAAGAAAAAGCT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAATTA
* * * * * *
6519 TAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTACTGCTCCCTTTAGATGGTTTTGA-AATCTCATAATTTA
128 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTT-ATAACCTCATAATTGA
* ** * * *
6583 TATTAAGTCAAATGTTTTTTACATTTCTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAGAA
192 TTTTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAG-A
* * * * *
6648 AACGTTAAGAAAAACCCGTTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAAG-CACCCAAGCCTTTAAAA
256 AACATAAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAA-TCCATTTAT-AGTCACCCAAGCCTTCAAAA
* * * *
6712 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTAT
318 GCCTTATTACTCTCTTTAAAT-GTTTTATAATCCCAAAATCGATTTTAAGTTAAATGTTTTTTAC
* * * * * *
6777 ATTTTTGGCTAAAACAAATTCTAATTGAATTTTTTTGCCTAAAGAAGCATGAAGAAAAACTCATT
382 ATTCTTGGATAAAACAAATTCTAATTGAA-TTGTTTGCATAAAGAAACATGAAGAAAAACTAATT
* * *
6842 CATTAAGAAAAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAC
446 CATTAACAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCATTAAAC
6907 G
511 G
* ** * * ** *
6908 ATTTTATAACATCATCGTTGATTTTAAGTTAAACTTTCTTATGTTTTTTGTCAAAACAGATTATA
1 ATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTA-CATTTTTGTTAAAACAGATTATA
* * ** * * *
6973 ATAGAATGTTTGCCTTTGGAAAGGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTAATTATA
65 ATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAATTATA
* ** * *
7038 GTCA-GCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTTTCTTTAAATAGTTTTGTAATCC-CATAATTGATT
130 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA-CCTCATAATTGATT
* * *
7101 TTAAGTTGAATAGTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAATGCTTACCATTAGAAA
194 TTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC-TTAGAAA
* *
7166 CATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAATCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACC
258 CATAAAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAATC-CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCC
7231 TTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAA-CCTCAAAATCGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTTACAT
321 TTATTACTCTCTTTAAAT-GTTTTATAATCC-CAAAATCGATTTTAAGTTAAATGTTTTTTACAT
** * * * *
7294 TCTTGGATAAAACAGTTTGTAATTGAA-TGTTTGGATAAAGAAACGTGTAGAAAAACTAATTCAT
384 TCTTGGATAAAACAAATTCTAATTGAATTGTTTGCATAAAGAAACATGAAGAAAAACTAATTCAT
** * * **
7358 TGTCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGT-ATTAAGTG
449 TAACAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TCATTAAACG
* * *
7421 GTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGTATTTTCTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATA
1 ATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATA
* * * * *
7486 ATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATAAAGAAAAAGCTGTTTATTGGTATGAAAAGTCTAATTATA
65 ATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAATTATA
* * *
7551 GTGACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTT
130 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTT
* * *
7616 TAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATATTTGCCTTAGGAAAC
195 TAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTA-GAAAC
* * * * ** *
7680 CTAAAGAAAAAGCCATTTATTGGAAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCAATTCTTCAAAAGGCT
259 ATAAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAA-TCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCT
*
7745 TATTGCTCTCTTTAAATGATTTTATAATC
322 TATTACTCTCTTTAAATG-TTTTATAATC
7774 TTGTAATTGA
Statistics
Matches: 724, Mismatches: 124, Indels: 40
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
512 10 0.01
513 306 0.42
514 65 0.09
515 37 0.05
516 196 0.27
517 39 0.05
518 66 0.09
519 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (511 bp):
ATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAA
TTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAATTATAG
TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTT
AAGTTGAATATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAACAT
AAAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAATCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
ACTCTCTTTAAATGTTTTATAATCCCAAAATCGATTTTAAGTTAAATGTTTTTTACATTCTTGGA
TAAAACAAATTCTAATTGAATTGTTTGCATAAAGAAACATGAAGAAAAACTAATTCATTAACAAA
AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCATTAAACG
Found at i:7783 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6390--7786 Score: 1349
Period size: 171 Copynumber: 8.1 Consensus size: 170
6380 NNNNNNNNTA
* * * *
6390 ATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTAGA
1 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * * ** *
6455 TTTGAATGTTTACCTTGGGAAACCTGACGGAAAAAATAATTCATTGGCAAAAAAAGTCCAATTAT
66 ATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGA-AG-AAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTAT
** * * * * *
6520 AGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTACTGCTCCCTTTAGATG
129 AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATG
* * * ** *
6562 GTTTTGA-AATCTCATAATTTATATTAAGTCAAATGTTTTTTACATTTCTGGTTAAAACAGATTA
1 ATTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTA
* * * * * * * *
6626 TAATTGAATGTTTACCTCAGAAAACGTTAAGAAAAACCCGTTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
64 TAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTA
*
6691 TAAG-CACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATG
128 T-AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATG
* * * * * *
6734 GTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTATATTTTTGGCTAAAACAAATTCT
1 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * * * *
6799 AATTGAATTTTTTTGCCTAAAGAAGCATGAAGAAAAACTCATTCATTAAG-AAAAAAAG-CCTAT
65 AATTGAA--TGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATT-GGCAAGAAAAGTCC-AA
*
6862 TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAACG
125 TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATG
** * * * ** * *
6908 ATTTTATAA-CATCATCGTTGATTTTAAGTTAAACTTTCTTATGTTTTTTGTCAAAACAGATTAT
1 ATTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * ** * *
6972 AATAGAATGTTTGCCTTTGGAAAGGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTAATTAT
65 AATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTAT
* ** * *
7037 AGTCA-GCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTTTCTTTAAAT-
129 AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATG
* * * *
7077 AGTTTTGTAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATAGTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAGATTA
1 A-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTA
* * *
7142 TAATTGAATGCTTACCATTA-GAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAA-TCTCATT
64 TAATTGAATGTTTGCC-TTAGGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CAAT
*
7205 TATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCTCTTTAAAT-
126 TATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATG
* * * * * * * *
7249 AGTTTTATAACCTCAAAATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTCTTGGATAAAACAGTTTGT
1 A-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
** * * * * * * * *
7314 AATTGAATGTTTGGATAAAGAAACGTGTAGAAAAACTAATTCATTGTCAAGAAAAGCCCATTTAT
65 AATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTAT
* * *
7379 AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGT-ATTAAGTG
129 AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TCTTTAAATG
* * * * * *
7421 GTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGTATTTTCTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATA
1 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * ** * * * *
7486 ATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATAAAGAAAAAGCTGTTTATTGGTATGAAAAGTCTAATTATA
66 ATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATA
* * *
7551 GTGACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
130 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATG
* * *
7592 GTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATA
1 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * *
7657 ATTGAATATTTGCCTTAGGAAACCTAAAGAAAAAGCCATTTATTGGAAAGAAAAGTCCAATTATA
66 ATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATA
** * *
7722 GTCACCCAATTCTTCAAAAGGCTTATTGCTCTCTTTAAATG
130 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATG
**
7763 ATTTTATAATCTTGTAATTGATTT
1 ATTTTATAATCTCATAATTGATTT
7787 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1005, Mismatches: 192, Indels: 57
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 61 0.06
171 545 0.54
172 207 0.21
173 87 0.09
174 103 0.10
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
ATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAG
TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATG
Found at i:8333 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7887--8381 Score: 491
Period size: 170 Copynumber: 2.9 Consensus size: 169
7877 NNNNNNNNNN
* ** ** * **
7887 AAGAAAAA-CACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCACA
1 AAGAAAAATC-CATTCATTGACAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTA
* *
7951 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATAATTTTAAATT-AATATTTTTACATTTTTA
65 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA-AAATAATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTA
* * * *
8015 GTTAAAA-TATATTATAATAGAATGTTTACCTCGAGAAACATG
128 GTTAAAACT-GATTATAATTGAATGTTTACATAGAGAAACATG
** * *
8057 AAGAAAAATCCATTCATTGTTAA-AAAAAGCACATTTATAGTCACCCAAGCTTTTAAAAGCCTTA
1 AAGAAAAATCCATTCATTGACAAGAAAAA-CCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTA
********* * *
8121 TTACTCGCTTTAAA-ANNNNNNNNNNTCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTG
65 TTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCA-AAATAATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTA
*
8185 GTTAAAACTGATTATAATTGAATGTTTGCATA-AGGAAACATG
128 GTTAAAACTGATTATAATTGAATGTTTACATAGA-GAAACATG
* *
8227 AA-AGAAAATGCATTCATTGACAAGAAAAACCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTA
1 AAGA-AAAATCCATTCATTGACAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTA
* * * * *
8291 TTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAAGTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTATATTTTTAG
65 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAA-TAATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAG
* * *
8356 TTAAAGCAGATTATAATTAAATGTTT
129 TTAAAACTGATTATAATTGAATGTTT
8382 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 54, Indels: 20
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.03
170 242 0.93
171 10 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AAGAAAAATCCATTCATTGACAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTAT
TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATAATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTT
AAAACTGATTATAATTGAATGTTTACATAGAGAAACATG
Found at i:9144 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 8832--10044 Score: 1292
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 169
8822 ATAGTCGGCT
** ** * * * *
8832 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAACAGTGTTATAACTTCATAATTGATTTTAAATTC
1 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* *
8897 AATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTTTTCCTCT-GGAAACATGAAGA
66 AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTTCCT-TAGGAAACATGAAGA
* * ** **
8961 AAAAGACATTCATTGGCATGAAAAGTTCAAGTATAGTCACCC
129 AAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
* * * * * * *
9003 AATCCTTCAAAAGCTTTATTAATCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTG
1 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * *
9068 AATTTTTTTACATTTCTAGTTAAAACAGAGTATAATTGAATGTCTTCCTTAGGAAACCTGAAGAA
66 AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAGGAAACATGAAGAA
* *
9133 AAAGCCATTCATTGGCAAGGAAAGCCCATTTATAGTCACCT
130 AAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
* * * * * * *
9174 AAGTCTTGAAAAGCCTTTTTACTCTCTTTAAAAT-GTTTGATAATCTCTTAATTAATTTTAAGTT
1 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTT-AAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * ** * * *
9238 TATTTTTTTTATGTTTTTGGTTAAAAAAGATTACAATTCAATGTTAGGCTCAAGAAACATGAATA
65 GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT-TCCTTAGGAAACATGAAGA
* *
9303 GAAACTCATTCGTTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
129 AAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
* * * *
9345 AAACCTTCAAAAGCCTTATTA-TTTTTTTAAATGGTTTTATAACCTCAGAATTGATTTTAAGTTG
1 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTG
*
9409 ATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTT-GAGAAACATGAAGA
66 AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTTCCTTAG-GAAACATGAAGA
* *
9473 AAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTC
129 AAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
* * * *
9515 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTC
1 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * *
9580 AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAGTCTTTGCCTT-GAGAAATATGAAGA
66 AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTAG-GAAACATGAAGA
* * ** *
9644 AAAACACATTTATTGGCAAG-CAAGTGCA-TTATAATCACCC
129 AAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
* *
9684 AAGCCATCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAGAA-AGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA-AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * *
9748 AAATTTTCTTATGTTTTTGGTTAAAATAGATTTTAATTGATTGTTTGCCATCA-AAAACATGAAG
65 GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CC-TTAGGAAACATGAAG
* *
9812 AAAAATACATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
128 AAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
* * *
9855 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTATAACCACAAAATTGATTTTAAGTTG
1 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * * * * * *
9920 AATTTTATTACACTGTTGGCTAAAATAGACTGTAATTGAATGTTTAGCTCAAGAAACATGAAGAG
66 AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTAGGAAACATGAAGAA
*
9985 AAACCGATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCC
130 AAACC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
*
10026 AATCCTTCAAAAGCCTTAT
1 AAGCCTTCAAAAGCCTTAT
10045 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 873, Mismatches: 150, Indels: 38
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 137 0.16
170 164 0.19
171 568 0.65
172 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTG
AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCTTAGGAAACATGAAGAAA
AACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
Found at i:10001 original size:340 final size:338
Alignment explanation
Indices: 8832--10044 Score: 1391
Period size: 341 Copynumber: 3.6 Consensus size: 338
8822 ATAGTCGGCT
** * * *
8832 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAACA-GTGTTATAACTTCATAATTGATTTTAAATT
1 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA-AGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT
* ** **
8896 CAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTTTTCCTCTGGAAACATGAAGA
65 CAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTTTAGCTCAAGAAACATGAAGA
* * ** *
8961 AAAAGACATTCATTGGCATGAAAAGTTCAAGTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCTTTATTAAT
130 AAAACACATTCATTGGCAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATT-AT
* * * * * * *
9026 CGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTAGTTAA
193 CTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAA
* * * ** *
9091 AACAGAGTATAATTGAATGTCTTCCTTAGGAAACCTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGGAAA
258 AACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTCA-GAAACATGAAGAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAA
*
9156 GCCCATTTATAGTCACCT
321 GCCCATTTATAGTCACCC
* * * * * * * * *
9174 AAGTCTTGAAAAGCCTTTTTACTCTCTTTAAAATGTTTGATAATCTCTTAATTAATTTTAAGTTT
1 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTC
* * * * *
9239 ATTTTTTTTATGTTTTTGGTTAAAAAAGATTACAATTCAATG-TTAGGCTCAAGAAACATGAATA
66 AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTTTA-GCTCAAGAAACATGAAGA
* * * * * *
9303 GAAACTCATTCGTTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTATT
130 AAAACACATTCATTGGCAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTATC
* * *
9368 TTTTTAAATGGTTTTATAACCTCAGAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
194 TCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
*
9433 ACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTA-ATTCATTGGCAAGAAAA
259 ACAGATTATAATTGAATG-TTTCC-TCAGAAACATGAAGAAAAA-TACATTCATTGGCAAGAAAA
*
9497 GCCCATTTATAGTCACTC
321 GCCCATTTATAGTCACCC
* * * *
9515 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTC
1 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTC
* * ** *
9580 AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAA-ATTATAATTGAGTCTTT-GCCTTGAGAAATATGAAG
66 AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA-AAGATTATAATTGAATGTTTAG-CTCAAGAAACATGAAG
* * * * *
9643 AAAAACACATTTATTGGCAAG-CAAGTGCA-TTATAATCACCCAAGCCATCAAAAGCCTTATTAC
129 AAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTA-
* * * *
9706 TCTCTTTAGAA-AGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTCTTATGTTTTTGGTT
192 TCTCTTTA-AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTT
* * * * *
9770 AAAATAGATTTTAATTGATTGTTTGCCATCAAAAACATGAAGAAAAATACATTCATTGGTAAGAA
256 AAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CC-TCAGAAACATGAAGAAAAATACATTCATTGGCAAGAA
9835 AAGCCCATTTATAGTCACCC
319 AAGCCCATTTATAGTCACCC
* * *
9855 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTATAACCACAAAATTGATTTTAAGTTG
1 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTC
* * * * * * * * *
9920 AATTTTATTACACTGTTGGCTAAAATAGACTGTAATTGAATGTTTAGCTCAAGAAACATGAAGAG
66 AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTTTAGCTCAAGAAACATGAAGAA
9985 AAAC-CGATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTAT
131 AAACAC-ATTCATTGGCAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTAT
10045 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 728, Mismatches: 124, Indels: 38
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 37 0.05
340 250 0.34
341 252 0.35
342 189 0.26
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (338 bp):
AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTC
AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTTTAGCTCAAGAAACATGAAGAA
AAACACATTCATTGGCAAGAAAAGTCATTTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTATCTC
TTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
AGATTATAATTGAATGTTTCCTCAGAAACATGAAGAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
TTTATAGTCACCC
Found at i:10694 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10167--11062 Score: 872
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 170
10157 NNNNNNNNNN
* * *
10167 AATTGATTTTAAGTTGTATTTTCTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAACGTTTACCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCT
* * * * * * *
10232 TAGAAAACGTGAA-AAAAAGCCATTCATTGGTATGAAAAGTCC-AATTATAGTGACCCAATCCTT
66 TGGGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTAATTATAGTCACCCAAGCCTT
* *
10295 CAAAAGCCTTATTACT-TACTTTAAATAGTTTAATAACCTCAT
129 CAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
* * ********** *
10337 AATAGATTTTAAAG-TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTANNNNNNNNNNTAATTGAATATTTACC
1 AATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACC
** * * * * * * *
10401 TTGTAAAACTTGATGAAAAAGCTATTTATTGGTAAGAAAAG-TTCAATTATGGTCA-CCAATCCT
65 TTGGGAAACATGAAGAAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCT-AATTATAGTCACCCAAGCCT
* *
10464 TCAAAAGGCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
128 TCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
********** * * *
10507 NNNNNNNNNNAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGCTTGCCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCT
* *
10572 TGGGAAGCATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
66 TGGGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTAATTATAGTCACCCAAGCCTTC
* * *
10637 AAAAGCCTTATTCCTCTCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCAT
130 AAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
* *
10678 AATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACC
1 AATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACC
* * * * *
10743 TTAGGAAACATAAAGAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGCCGACTTATAGTCACCCAAGCCTT
65 TTGGGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTAATTATAGTCACCCAAGCCTT
* * * *
10808 CAAAATCCTTATTACTCTCTTTAAACGGTTTTATAGCCTCAA
129 CAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
** * *** * *
10850 AATTGATTTTAAGTTTCATTTTTTTA-AGCTTTTACCTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCC
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACC
*
10914 TTGAGAAACATGAAG-AAAAGCCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCTAATTATAGTCACCCAAGCCT
65 TTGGGAAACATGAAGAAAAAG-C-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCTAATTATAGTCACCCAAGCCT
* * * * * *
10978 TCAAATGCCGTATTACTTTCTTGAAAAGGTTATATAACCTCAT
128 TCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
** * *
11021 AATTGATTTTAAGTTGAATTTCCTCATGTTTTTGGTTAAAAC
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
11063 GGATNNNNNN
Statistics
Matches: 582, Mismatches: 129, Indels: 29
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 182 0.31
171 246 0.42
172 151 0.26
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCT
TGGGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTAATTATAGTCACCCAAGCCTTCA
AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
Found at i:12100 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11813--12183 Score: 482
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
11803 ATTTCCTATG
* * *
11813 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTCAAAAACATGAAGAAAAATGCATTCAT
1 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGATTGCCTTCAAAAACATGAAGAAAAATCCATTAAT
* *
11878 TGGAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCTCCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTGTAAATGGT
66 TGGAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCTCCCAAGCCTTCAAAAGCCATATTACTCTCT-TAAATGAT
11943 TTTATAA-CCTCAAAATTAATTTTAAATTCAATTTTTTTACA
130 TTTATAAGCCT-AAAATTAATTTTAAATTCAATTTTTTTACA
* * * * * *
11984 TTTTTGGTTAAAGCATATTTTAATTGAATGATTGGCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CCAATTAA
1 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGATTGCCTTCAAAAACATGAAGAAAAATCC-ATTAA
* *
12048 TTGGCAAGGAAAA-CCCATTTATAGT-TACCTAAGCCTTCAAAAGCCATATTACTCTCTTAAATG
65 TTGG-AAAGAAAAGCCCATTTATAGTCT-CCCAAGCCTTCAAAAGCCATATTACTCTCTTAAATG
* * *
12111 ATTTTATAAGCCTAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
128 ATTTTATAAGCCTAAAATTAATTTTAAATTCAATTTTTTTACA
* * *
12154 TTTTTAGCTAAATA-AGATAATAATTGAATG
1 TTTTTGGTTAAA-ACAGATTATAATTGAATG
12184 TTACCTTAGG
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 22, Indels: 11
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 66 0.38
171 100 0.58
172 7 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGATTGCCTTCAAAAACATGAAGAAAAATCCATTAAT
TGGAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCTCCCAAGCCTTCAAAAGCCATATTACTCTCTTAAATGATT
TTATAAGCCTAAAATTAATTTTAAATTCAATTTTTTTACA
Found at i:12457 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11773--13107 Score: 893
Period size: 173 Copynumber: 7.8 Consensus size: 170
11763 NNNNNNNNNN
* * ** ** *
11773 TTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAA-TTTCCTATGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
1 TTTATAA-CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAAT
* ** *
11837 TGAATGTTTGCCTTCA-AAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTATAG
65 TGAATGTTTGCC-TCAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
* * *
11901 TCTCCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTGTAAATGGT
129 TCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
* * * * * * *
11943 TTTATAACCTCAAAATTAATTTTAAATTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAGCATATTTTAAT
1 TTTATAA-CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAAT
* * * * *
12008 TGAATGATTGGCT-TGAGAAACATGAAGAAAAACCAATTAATTGGCAAGGAAAA-CCCATTTATA
65 TGAATGTTTGCCTCAG-GAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAA-GAAAAGCCCATTTATA
* * *
12071 GTTAC-CTAAGCCTTCAAAAGCCATATTACTCTC-TTAAATGAT
128 GTCACTC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
* *
12113 TTTATAAGC-CTAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAATA-AGATAATA
1 TTTATAA-CTC-AAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAA-ACAGATTATA
* * * ********** * * * *
12176 ATTGAATG-TTACCTTAGGAAACCTGAAGGANNNNNNNNNNCATTGGCTAGAAAAGTCCAATTAG
63 ATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAA-GAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTAT
** * * *
12240 AGTCACTCATTCCTTCAAAAACCTTACTACTC-CTTGTAGATGGT
127 AGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTT-TAAATGGT
* * ** * * * * *
12284 TTTGTAATCTCATAATTGACATTAAGTCGAATCTTTCTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAA
1 TTTATAA-CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAA
** *
12349 TTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAAGTACCCACTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
64 TTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
* * * *
12414 TCACTCAACCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCTCTTCAAATGGT
129 TCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
********* * *
12456 TTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACGGATTGTAA
1 TTTA-TAACTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAA
** * ** * *
12521 TTGAAAT-TTTTTCT-AGAAGAAACATGAAG-TAAACCTTGTTCTTTGGGAAGAAAAGCCCATTT
64 TTG-AATGTTTGCCTCAG--GAAACATGAAGAAAAACC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT
* * * * *
12583 ATAGTCACCCAACCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCTCTTCAAATGGT
125 ATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
********* * * * *
12629 NNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTTGCTAAAACGGATTGTAA
1 -TTTATAACTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAA
* * * ** ** * *
12694 TTGAAATTTTTTCCTAAAAAAACATGAAG-AAAACCTTGTTCTTTGGGAAGAAAAGCCCATTTAT
64 TTG-AATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAACC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTAT
*
12758 AGTCAC-CTAAGCCTTCAGAAA-CCTTATTACTCTCTTTAAATGAT
127 AGTCACTC-AAGCCTTCA-AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
* *
12802 TTTATAACCCAAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAAT
1 TTTATAACTC-AAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAAT
************ * * * * * *
12867 TGAANNNNNNNNNNNNGAAACCTGAAGGAAAAAGCCATTCAATGGCAAAAAAAGTCCAATTATAG
65 TGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAA-GAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
** * * * *
12932 TCACTCATTCCTTAAAAAGCCTTACTACTCCCTTTAGATGGT
129 TCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
* * * * *** * * * *
12974 TTTGTAAACTCATAATTTATATTAAGCCAAATGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTTTAA
1 TTTAT-AACTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAA
* ** *
13039 TTGAATGTTTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
64 TTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
13104 TCAC
129 TCAC
13108 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 906, Mismatches: 224, Indels: 68
0.76 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 20 0.02
170 133 0.15
171 146 0.16
172 289 0.32
173 308 0.34
174 9 0.01
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTTATAACTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATT
GAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
ACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
Found at i:14882 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14239--16560 Score: 2023
Period size: 171 Copynumber: 13.5 Consensus size: 170
14229 NNNNNNNNNN
* * * * *
14239 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACTTG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATG
* * * * *
14304 AAGGAAAAAGCCATTTATTGGCTAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGTCTTA
66 AA-GAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * * **
14369 CTACTCCCTGTAGATGGTTTTTATAATCTCATAATAGACATTA
129 TTACTCTCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * *
14412 AGTCGAATGTTTCTTGC-TTTTTTGGTTAAAACAGATGATAATTGAATGTTTACCTCT-GAAAAC
1 AGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-TAGGAAAC
* * * * * *
14475 GTGAAGAAAAACTCGTTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCT
63 ATGAAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCT
* * * *
14540 TATTACTCTTTTTAAATGGTTTAATAATCCCATAATTGATTTTA
127 TATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * *
14584 AGTTGAATATTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTGTAATTGATTTTTTTGCCTAAAGAAACA
1 AGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTTTGCCTTAGGAAACA
* * * * * * *
14649 TGAAGAAAAACTAGTTCATCGGGAA-AAAAGGCCCATTTATAGTCACCGAAGCCTTCAAAAGCCT
64 TGAAGAAAAACCA-TTCATTGGCAAGAAAA-GTCCAATTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCT
*
14713 TATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAA-CTCCAAAATTGATTTTA
127 TATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCT-CATAATTGATTTTA
* * * * *
14757 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAACAGATTATAACTGAATGTTTGCCTTGGGAAACCTA
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATG
* * * * *
14822 AAGGAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCTTTA
66 AA-GAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * * * *
14887 CTACGCCCTTTAGATGGTTTTGTAATCTCATAATTTATATTA
129 TTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
** * * * * * *
14929 AGTCAAATGTTTTTTATATGTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACGT
1 AGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACAT
* * ** * * * * *
14994 TAAGAAAAACTCGTTCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTA
65 GAAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
* *
15059 TTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTA
129 TTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * *
15101 AGTTGAATGATTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTCTAATTGAATTTTTTGCCTAAAGAAGCA
1 AGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTGCCTTAGGAAACA
* * * * * *
15166 TGAAGAAAAACTCGTTCATTGAG-AAAAAAAG-CCCATTCATAGTCACCCAAGCCTTCTAAAGCT
64 TGAAGAAAAAC-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCAATT-ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * *
15229 TTGTTACTCTCTTTAAACGATTTTATAACCTCATAGTTGATTTTA
126 TTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * **
15274 AGTTGAACTTTCTTCCATTTTTAGTCAAAACAGATTATAATAGAATGTTTGCCTTTGGAAATGTG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATG
* * * *
15339 AAGAACAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCA-ACATTCCTTCAAAAGCCTTAC
66 AAGAA-AAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
*
15403 TACTC-CATTTAAAT-AGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTA
130 TACTCTC-TTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
** * * *
15444 AGTTGAATGGCTTTTACA-TTTTTGATCAAAATAGATTATAATTGAATGCTTGCCATT-GGAAAC
1 AGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TTAGGAAAC
* * *
15507 ATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAACAAAA-TCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCC
63 ATGAAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CAATTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* ** * * *
15571 TTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAGCCTCAAAATCGATTTGA
126 TTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * *
15616 AGTTGAATTTTTTTACATTCTTGGATAAAACAGCTTGTAATTGAATGTTTGGCTCAAGAAACATG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATG
* * * * * **
15681 TAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAACCTTCAAAA-CCTTAT
66 AAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
15745 TGCTCGT-ATTAAAT-AGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTA
130 TACTC-TCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * *
15786 A-TTTATATTTTCTTATATTTCTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTTA-GAAA-AT
1 AGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACAT
** * * * * * *
15848 AGAAAGAAAAAGCTGTTTATTGGTATGAAAAGTCCAATTATAGTGACCTAAT-CCTTTAAAAGCC
65 -G-AAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACC-CATGCCTTCAAAAGCC
* * **
15912 TTATTACTCACTTCAAAT-AGTTTTATACCCTCATAATTGATTTTA
126 TTATTACTCTCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * * *
15957 AGTTGAATTTTCTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATATTTTCCTTGGGAAACCTA
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATG
* * *
16022 AAGAAAAAGCTATTTATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCAAT-ACTTCAGAAAG-CTT
66 AAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCC-ATGCCTTCA-AAAGCCTT
* **
16085 ATTACTCTCTTTAAATGATTTCATAATCTTGTAATTGATTTTA
128 ATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * ** * * * *
16128 AGTTAAATTTTTTTATATTTTAAGTTAAAACAAATTATAATTGAGTGCTTGCCTTGGGAAACATG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATG
* ** * * * * *
16193 AAGAATATGCATTCATTGACATGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
66 AAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
16258 ACTCTCTTTAAGTGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTA
131 ACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * *
16298 AATTGAA-TATTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATG
* * * * * *
16362 AAGAAAAAACCATTTATTAGCAAGAAAAGTCTAATTATAGCCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTAC
66 AAG-AAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * *
16426 TACTCCCATTAAATGATTTTGTAATCCCATAATTAATTATA
130 TACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* ** * * * *
16467 AGTTGAATGGTTTTTACATTTTCAGTCAAAATAGATTATAATTGAACT-TTTTCCATT-GAAAAC
1 AGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTGCC-TTAGGAAAC
* *
16530 ATGATGAAAAACACATTCATTGGTAAGAAAA
63 ATGAAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAA
16561 TCTCATTNNN
Statistics
Matches: 1735, Mismatches: 356, Indels: 118
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 122 0.07
170 299 0.17
171 507 0.29
172 411 0.24
173 350 0.20
174 43 0.02
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATG
AAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
ACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
Found at i:15057 original size:517 final size:512
Alignment explanation
Indices: 14239--16560 Score: 2587
Period size: 517 Copynumber: 4.5 Consensus size: 512
14229 NNNNNNNNNN
* * *
14239 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACTTG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTG
* * *
14304 AAGGAAAAAGCCATTTATTGGCTAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGTCTTA
66 AA-GAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * * **
14369 CTACTCCCTGTAGATGGTTTTTATAATCTCATAATAGACATTAAGTCGAATGTTTCTTGCT-TTT
130 CTACTCCCTTTAAATGG-TTTTGTAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAATGTTT-TTTATATTT
* * * *
14433 TTGGTTAAAACAGATGATAATTGAATGTTTACCTCTGAAAACGTGAAGAAAAACTCGTTCATTGG
193 TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCT-TGAAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGG
* * *
14498 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGGTTTA
257 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTT
14563 ATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTGTAATTG
322 ATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTGTAATTG
* * **
14628 ATTTTTTTGCCTAAAGAAACATGAAGAAAAACTAGTTCATCGGGAAAAAAGGCCCATTTATAGTC
386 A-TTGTTTGCCTAAAGAAACATGAAGAAAAACTAGTTCATTGACAAAAAA-GCCCATTTATAGTC
* *
14693 ACCGAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAA-CTCCAAAATTGATTTTA
449 ACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAACCT-CATAATTGATTTTA
* * *
14757 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAACAGATTATAACTGAATGTTTGCCTTGGGAAACCTA
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTG
* * * * *
14822 AAGGAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCTTTA
66 AA-GAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * ** *
14887 CTACGCCCTTTAGATGGTTTTGTAATCTCATAATTTATATTAAGTCAAATGTTTTTTATATGTTT
130 CTACTCCCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAATGTTTTTTATATTTTT
* * * * **
14952 GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACGTTAAGAAAAACTCGTTCATTGATA
195 GGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-GAAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCA
* *
15017 AGAAAAGCCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTAT
259 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTAT
* *
15082 AATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATGATTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTCTAATTGAA
324 AATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTGTAATTG-A
* * * * *
15147 TTTTTTGCCTAAAGAAGCATGAAGAAAAACTCGTTCATTGAGAAAAAAAGCCCATTCATAGTCAC
387 TTGTTTGCCTAAAGAAACATGAAGAAAAACTAGTTCATTGA-CAAAAAAGCCCATTTATAGTCAC
* * * * *
15212 CCAAGCCTTCTAAAGCTTTGTTACTCTCTTTAAACGATTTTATAACCTCATAGTTGATTTTA
451 CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * *
15274 AGTTGAACTTTCTTCCATTTTTAG-TCAAAACAGATTATAATAGAATGTTTGCCTTTGGAAATGT
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGCT-AAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGT
* * *
15338 GAAGAACAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCA-ACATTCCTTCAAAAGCCTTA
65 GAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * ** *
15402 CTACTCCATTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGGCTTTTACATTTTT
130 CTACTCCCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAATGTTTTTTATATTTTT
* * * * * *
15467 GATCAAAATAGATTATAATTGAATGCTTGCCATTGGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCA
195 GGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACC-TTGAAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCA
* * *
15532 ACAAAATCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTAT
259 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * * *
15597 -AGCCTCAAAATCGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTCTTGGATAAAACAGCTTGTAATTGAA
324 AATCC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTGTAATTGAT
* * * * *
15661 TGTTTGGCTCAAGAAACATGTAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC
388 TGTTTGCCTAAAGAAACATGAAGAAAAACTAGTTCATTGACAA-AAAAGCCCATTTATAGTCACC
* * * *
15726 TAAACCTTCAAAA-CCTTATTGCTCGT-ATTAAAT-AGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTA
452 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TCTTTAAATGA-TTTTATAACCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * *
15786 A-TTTATATTTTCTTATATTTCTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTT-AGAAA-AT
1 AGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGT
** * * * * * *
15848 AGAAAGAAAAAGCTGTTTATTGGTATGAAAAGTCCAATTATAGTGACCTAATCCTTTAAAAGCCT
65 -G-AAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * * ** * *
15913 TATTACTCACTTCAAATAGTTTTATACCCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTCTTATATTT
128 TACTACTCCCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAATGTTTTTTATATTT
* * * * * *
15977 TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATATTTTCCTTGGGAAACCTAAAGAAAAAGCT-ATTTATTG
193 TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-GAAAACATGAAGAAAAA-CTCATTCATTG
* * ** *
16041 GCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCAATACTTCAGAAAG-CTTATTACTCTCTTTAAATGATT
256 GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA-AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
* *** * * ** * * *
16105 TCATAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTAAGTTAAAACAAATTATAATT
320 TTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTGTAATT
* * *** ** *
16170 GAGTGCTTGCCTTGGGAAACATGAAGAATATGC-A-TTCATTGACATGAAAAGCCCATTTATAGT
385 GATTGTTTGCCTAAAGAAACATGAAGAA-AAACTAGTTCATTGACA-AAAAAGCCCATTTATAGT
* * **
16233 CACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAGTGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTA
448 CACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTA
* * * *
16298 AATTGAA-TATTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTG
* * * *
16362 AAGAAAAAACCATTTATTAGCAAGAAAAGTCTAATTATAGCCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTAC
66 AAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAC
* * * * * * *
16426 TACTCCCATTAAATGATTTTGTAATCCCATAATTAAT-TATAAGTTGAATGGTTTTTACATTTTC
131 TACTCCCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATAT-TAAGTTGAATGTTTTTTATATTTTT
* * * * * *
16490 AGTCAAAATAGATTATAATTGAACT-TTTTCCATTGAAAACATGATGAAAAACACATTCATTGGT
195 GGTTAAAATAGATTATAATTGAA-TGTTTACC-TTGAAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGC
16554 AAGAAAA
258 AAGAAAA
16561 TCTCATTNNN
Statistics
Matches: 1522, Mismatches: 249, Indels: 73
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
509 1 0.00
510 56 0.04
511 194 0.13
512 340 0.22
513 137 0.09
514 33 0.02
515 199 0.13
516 45 0.03
517 376 0.25
518 141 0.09
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (512 bp):
AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTG
AAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAC
TACTCCCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAATGTTTTTTATATTTTTG
GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAG
AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAA
TCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTGTAATTGATTGT
TTGCCTAAAGAAACATGAAGAAAAACTAGTTCATTGACAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTA
Found at i:17909 original size:171 final size:159
Alignment explanation
Indices: 17445--17919 Score: 383
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 159
17435 NNAACCATTT
* * * *** **
17445 AAAGAGAGGAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTCACTATAAATGGGTTTTTCTTGCAATAAATGC
1 AAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTCACTATAATTTACTTTTT-TACCAATAAATGC
* * *
17510 ATTTTTCTTCACGATTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAATCTGTTGTAACTAAAAATATAAAAA
65 -TTTTTCTTCACGTTTCC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAA
17575 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
128 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
** * * * *
17607 ANNNNNNNNNNGAGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGCC
1 A--------AAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTCACTATAATT-TACTTTT-TTACC
* * * * * * * *
17672 AATAAATGGCTTTTTCTTTAGGGTTTCTAAGGTAAATATTCAGTTATAATCTATTTTAAATAAAA
56 AATAAAT-GCTTTTTCTTCA-CGTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
* *
17737 ATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATANNNNNNNNN
119 ATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA--------A
* * * *
17786 NAAGTGAGTAATAAGGATTTTGAAGGATTGGGTCACTATAATTTATCTTTTTGTACCAATGAATA
1 AAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTCACTATAATTTA-CTTTTT-TACCAATAAAT-
* * * * *
17851 GCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGGAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAATGTAAGA
63 GCTTTTTCTTCACG-TTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA
17916 AAAT
127 AAAT
17920 ACAANNNNNN
Statistics
Matches: 244, Mismatches: 46, Indels: 37
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
162 1 0.00
170 38 0.16
171 198 0.81
172 7 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (159 bp):
AAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTCACTATAATTTACTTTTTTACCAATAAATGCT
TTTTCTTCACGTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
Done.