Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403305.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_978.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4668
ACGTcount: A:0.21, C:0.08, G:0.08, T:0.22
Warning! 1942 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2047 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1666--2667 Score: 1032
Period size: 172 Copynumber: 5.8 Consensus size: 171
1656 NNNNNNNNNN
* * * * *
1666 CATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCGTATTACCCGCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* ** * * * ** **
1731 GGTTTTATGAT-TCCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTTCTT-AAACAGACTA
66 GGTTTTATAATCT-CAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTA
* * * * *
1794 TAATTGAATGTCTA-CTTCTAGAAACGTAAAGAGAAAGGTATT
130 GAATTGAATGTCTACCTTC-AGAAACATGAAGAAAAAAGTATT
* * *
1836 CATTGGTAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
1901 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTA
66 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTA
* * * * * * *
1966 GGATTTAAAGTTTTCCTTCTGAAACATGAAGAAAAAAGTAGT
130 GAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGTATT
* * * * *
2008 CATTGGCAAGGAAAGTCCATGTATAGTCACTCATTCCTTCAATAGCCTTATTACTCAGTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * *
2073 GATTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAATTTGAATGTTTTGTACACTTTTAGTTAAAATAGACTA
66 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT-TTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTA
* * * *
2138 GAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAAAAAAAAGTATC
130 GAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGTATT
* * *
2180 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * * * *
2245 AGTTTTATAATCTCAAAATTGAATTT-AAGTTCAATTGTTTTTGC-TTTTCTGGTTAAAACATAT
66 GGTTTTATAATCTCAAAATTG-ATTTAAATTTGAATT-TTTGTACATTTT-TGGTTAAAACAGAC
* * * *** *
2308 TATAATTGAATGTCTACC-CCGAGAAACATAAAGAAGGGAGCATT
128 TAGAATTGAATGTCTACCTTC-AGAAACATGAAGAAAAAAGTATT
* ** * *
2352 CATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACTTATTCTTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
**
2417 ATTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTA
66 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTA
* * * * *
2482 AAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAAAAAAAAGCATT
130 GAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGTATT
* * * * * *
2524 CATTGGGAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCGCCCATACCTTCAAAAGCCGTATTAC-CTGCTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAA
** * * * * * *
2588 TGGTTTTATAATGC-CGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTT-TTCTTAAACAGA
65 TGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACAT-TTTTGGT-TAAAACAGA
*
2651 CTATAATTGAATGTCTA
127 CTAGAATTGAATGTCTA
2668 GCNNNNNNNN
Statistics
Matches: 688, Mismatches: 128, Indels: 30
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 87 0.13
171 30 0.04
172 557 0.81
173 14 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAG
AATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGTATT
Found at i:2529 original size:516 final size:514
Alignment explanation
Indices: 1666--2599 Score: 1259
Period size: 516 Copynumber: 1.8 Consensus size: 514
1656 NNNNNNNNNN
* * *
1666 CATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCGTATTACCCGCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCGTATTAACCACTTTAAAT
* * ** * * * * *
1731 GGTTTTATGATTCCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTTCTTAAACAGACTATA
66 AGTTTTATAATTCCAAAATTGAATTTAAGTTCAATTGTTTTTGATTTTTGCTTAAACAGACTATA
** * * * *
1796 ATTGAATGTCTACTTCTAGAAACGTAAAGAGAAAGGTATTCATTGGTAAGAGAAGTCCATTTATA
131 ATTGAATGTCTACCCCGAGAAACATAAAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATA
* * *
1861 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
196 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
** * * * *
1926 AAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTTAAAGTTTTCCTTCTGAAAC
261 AAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAAAATTGAAAGTCTACCTTCAGAAAC
* * * * * *
1991 ATGAAGAAAAAAGTAGTCATTGGCAAGGAAAGTCCA-TGTATAGTCACTCATTCCTTCAATAGCC
326 ATGAAAAAAAAAGCAGTCATTGGCAAGAAAAGTCCAGT-TATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCC
*
2055 TTATTACTCAG-TTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAATTTGAATGTTTTGTACAC
390 GTATTAC-CAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAATTTGAATGTTTTGTACAC
2119 TTTTAGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAAAAAAAAGTATC
454 TTTTAGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAAAAAAAAGTATC
* * *
2180 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTA-CTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TACCTTCAAAAGCCGTATTAACCACTTTAAA
* * * *
2244 TAGTTTTATAA-TCTCAAAATTGAATTTAAGTTCAATTGTTTTTGCTTTTCTGGTTAAAACATAT
65 TAGTTTTATAATTC-CAAAATTGAATTTAAGTTCAATTGTTTTTGATTTT-TGCTT-AAACAGAC
**
2308 TATAATTGAATGTCTACCCCGAGAAACATAAAGA-AGGGAGCATTCATTGGCAAGA-AAGGTCCA
127 TATAATTGAATGTCTACCCCGAGAAACATAAAGAGAAAG-GCATTCATTGGCAAGAGAA-GTCCA
** * *
2371 TTTATAGTCACTTATTCTTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCAAAAT
190 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAAT
* *
2436 TGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAAAATTGAATGTCTACCTTG
255 TGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAAAATTGAAAGTCTACCTTC
* * * *
2501 AGAAATATGAAAAAAAAAGCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCGCCCATACCTTCAA
320 AGAAACATGAAAAAAAAAGCAGTCATTGGCAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCACCCATACCTTCAA
* *
2566 AAGCCGTATTACCTGCTTTAAATGGTTTTATAAT
385 AAGCCGTATTACCAGCTTTAAATGATTTTATAAT
2600 GCCGTAATTG
Statistics
Matches: 357, Mismatches: 55, Indels: 14
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
513 2 0.01
514 92 0.26
515 11 0.03
516 251 0.70
517 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (514 bp):
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCGTATTAACCACTTTAAAT
AGTTTTATAATTCCAAAATTGAATTTAAGTTCAATTGTTTTTGATTTTTGCTTAAACAGACTATA
ATTGAATGTCTACCCCGAGAAACATAAAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATA
GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
AAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAAAATTGAAAGTCTACCTTCAGAAAC
ATGAAAAAAAAAGCAGTCATTGGCAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCG
TATTACCAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAATTTGAATGTTTTGTACACTT
TTAGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAAAAAAAAGTATC
Done.