Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NW_018403314.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_987.0, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 889

Length: 1482
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.36

Warning! 20 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:317 original size:172 final size:171

Alignment explanation


    Indices: 1--1479  Score: 1465
    Period size: 172  Copynumber: 8.6  Consensus size: 171

                *    *                 * *               *            *   *  
          1 TTAATGTGATTAATAAGGCTTTTGAAGCATTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATAAA
          1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA

                                                                  *        * 
         66 TACTTCTTTCTTCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAACCAAAAATGTTC
         66 TACTT-TTTCTTCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAC

                              *                        
        131 AAA-ACATTCAAATTTAACTCAATTTTGAGATTATAAAACCAT
        130 AAAGA-ATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCAT

            *            *      *      *                  *               *  
        173 CTAAAGTGAGTAAAAAGGCTCTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATAAA
          1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA

                        *        * *    *         *       *       *          
        238 TACTTTTTGCTTTATGTTTCTGAAGGTAAACATTCAATCCTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAC
         66 TACTTTTT-CTTCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAC

                                       *      *   *    
        303 ACAA-AATTCAAATTTAAATCAATTTTAAGATTACAAAGCCAT
        130 A-AAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCAT

                                                     *   *     *   *         
        345 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATGAATCGACTTCTCTCGCCAATGAA
          1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA

              *         * *     *  *               *       *             *  *
        410 TGCCTTTTTCTTGACGTTTCACAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT-GTTTAACAAAAAATATAA
         66 T-ACTTTTTCTTCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAC

               *     * *  *         **        *   *    
        474 AAACAATTCTAGTTAAAATCAATTACG-GCATTACAAATCCAT
        130 AAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCAT

                            *           *                         *          
        516 TTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGAA
          1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA

                        *                                *        *      *   
        581 TACTTTTTTCTTTATGTTTCTCATGGTAGACATTCAATTCTAGTCCATTTTAACCAAAAATTTAC
         66 TAC-TTTTTCTTCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAC

                                                      
        646 AAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCAT
        130 AAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCAT

                    *     *                       *            * *  *        
        688 TTAAAGTGTGTAATCAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTCTGTTACCAATGAA
          1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA

              *         * **       *          *  * *       *                 
        753 TGCCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTTAAATATAGTCT-GTTTAACAAAATAAT-TA
         66 T-ACTTTTTCTTCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAACAAAA-AATGT-

             *   *        *            *                   
        816 AAAAACAATTC-AACTTATAATCAATTATG-GCATT-TAAAAACCAT
        128 ACAAAGAATTCAAATTTA-AATCAATTTTGAG-ATTAT-AAAACCAT

                             *            *            *                     
        860 TTATAA-TGAGTAATAATG-TTGTTGAAGGTATGGGTGACTATTAATGGACTTTTCTTGCCAATG
          1 TTA-AAGTGAGTAATAAGGCTT-TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG

               *                          * *               *       *        
        923 AATGCTTTTCTCTTCATGTTTCTCATGGTATATATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGT
         64 AATACTTTT-TCTTCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAACAAAAAATGT

            *                                            
        988 GCAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATCAAAA-CAT
        128 ACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTAT-AAAACCAT

                     *             *    *    * * *       *                   
       1032 TTAAAGTGACTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGATAATTATAAATAGA-TTTCTCTTGCCAATGA
          1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTGCCAATGA

              *                                                              
       1096 ATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAACAAAAAATGTA
         65 ATAC-TTTTTCTTCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAACAAAAAATGTA

            *         *    *         **  *    *   *    
       1161 TAAAGAATTCGAATTAAAATCAATTACGATATTACAAATCCAT
        129 CAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCAT

                            *           *  *                          *    **
       1204 TTAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATNNN
          1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GA

            *******                    *          *                    *    *
       1269 NNNNNNNTTCTTCATGTTTCTCATGGTCGACATTCAATCCTAGTCTATTTTAACAAAAAGTGTAT
         65 ATACTTTTTCTTCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAC

                        *         *                   
       1334 AAAGAATTCAAAGTTAAATCAAATTTGAGATTATAAAACCAT
        130 AAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCAT

             **********       *                       *         *            
       1376 TNNNNNNNNNNAATAAGGGTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAGATGGACTTTCCTTGCCAATGAA
          1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA

              *         *         *                 
       1441 TGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTGA-GGTAGACATTCAATT
         66 T-ACTTTTTCTTCATGTTTC-TCATGGTAGACATTCAATT

       1480 ATA


Statistics
Matches: 1068,  Mismatches: 208, Indels: 62
        0.80            0.16        0.05

Matches are distributed among these distances:
 170    4  0.00
 171  174  0.16
 172  845  0.79
 173   45  0.04

ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.36


Consensus pattern (171 bp):   
TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
TACTTTTTCTTCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAACAAAAAATGTACA
AAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCAT

Done.