Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403323.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_995.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 19007
ACGTcount: A:0.30, C:0.10, G:0.11, T:0.28
Warning! 4010 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:4698 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4239--5723 Score: 1345
Period size: 171 Copynumber: 8.7 Consensus size: 169
4229 ACCAAGGAAA
** * * * * * *
4239 ACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCTACTTAAGACCTAGTT-TGAG
1 ACATTCAATTATAATC-TGTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAG
* *
4303 ATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAGTTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * *
4368 TCTTGCCAATGAATACCTTTTCCTCTATGTTTCTCAAGGTAA
129 TCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTTACGTTTCTC-AGGTAG
* * * * * *
4410 AAATTCAATTAAAATATGTTTTAA--AAAAATATAAAAAAATT-AAATCTAAAATCAATTATGAA
1 ACATTCAATTATAATCTG-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAG
* *
4472 ATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
**
4537 TCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTTACGTTTCTCTAGGTAG
129 TCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTTACGTTTCTC-AGGTAG
* * *
4579 ACATTCAATTATAGTCTGTTTAGCCTAAAAATGAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTAACC-AAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *** ***
4643 ATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTAAAGCCTTAAATGACTATAAATGGACTTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* ** ** * * * *
4708 T-TGTGGCAATGGTTGGCTTTTGCTTTATGTTT-TCCAAGGCAA
129 TCT-TGCCAATGAATAACTTTTTCTTTACGTTTCT-C-AGGTAG
* * * * *
4750 ATATTCAATTATAGCAT-TTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTGAAAATCAAATT-TGA
1 ACATTCAATTATA--ATCTGTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGA
* * ** * * *
4813 GGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGATTTTTGTAGAAATGGGTGACTATAAAAGGACTT
63 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
** ** * * * * *
4878 TTCTTATCAATGAATATGTTTTTATTCACATTTCCTAAGGCAG
128 TTCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTTACGTTT-CTCAGGTAG
* * *
4921 ACACTCAATTATAATCTGTTATAACCAAAAATGTAAAACAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTT-TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
4986 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGGCTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
5051 CGTGTCACTGAAT-ACCTTTTCTTT-CTATTTCTCATGGTAG
130 CTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTTAC-GTTTCTCA-GGTAG
* *
5091 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATCAGA
1 ACATTCAATTATAATCTG-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * ** *
5156 TAATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * ** ** * * * *
5221 CGTACCAATGGTTGGCTTTTACTTCATGTTT-TCCAAGGTAA
130 CTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTTACGTTTCT-C-AGGTAG
* * * * * *
5262 ACATTCAATTATAGCCTTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCCACTTAAAATTAATT-TCCA
1 ACATTCAATTATA--ATCTGTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GA
*
5326 GGTTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AGAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
63 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * *
5389 TTTCTTGTCAATGAATACCTTTTT-TGTTCACGTTTCTCAGGACAG
127 TTTCTTGCCAATGAATAACTTTTTCT-TT-ACGTTTCTCAGG-TAG
* *
5434 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCT-GTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
5498 TTATAAAACCATTTATAGCGAGCAATACGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* *
5563 CTTGCCAATGAAT-ACTTTTT-TTGACATTTCTCATGGTAG
130 CTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTTACGTTTCTCA-GGTAG
********* * * *
5602 ACATTCAATTATAANNNNNNNNNNCTAAAAATATAAAAACAATTCAACTTAAAAT-ATATTGTGA
1 ACATTCAATTATAA-TCTGTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCA-ATTATGA
* * *
5666 GATGATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTAATGGGTGACTATAAA
63 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
5724 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1065, Mismatches: 206, Indels: 87
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 42 0.04
169 148 0.14
170 265 0.25
171 517 0.49
172 88 0.08
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
ACATTCAATTATAATCTGTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTGCCAATGAATAACTTTTTCTTTACGTTTCTCAGGTAG
Found at i:5723 original size:512 final size:509
Alignment explanation
Indices: 4219--5706 Score: 1815
Period size: 512 Copynumber: 2.9 Consensus size: 509
4209 NNNNNNNTTG
** * *
4219 CTTCATGTTCACCAAGGAAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCT
1 CTTCATGTTTTCCAAGGAAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCC
** * *
4284 ACTTAAGACCTAGTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
66 ACTTAA-AATTAATTTGAGGTTATAAA-CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * ** *
4349 GTGACTATAAATGGAGTTTTCTTGCCAATGAATACC--TTTTCCTCTATGTTTCTCAAGGTA-A-
129 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTTATTC-ACGTTTCTC-AGG-ACAG
* * * * * *
4410 AAATTCAATTAAAATATGTTTTAA--AAAAATATAAAAAAATT-AAATCTAAAATCAATTATGAA
191 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAG
* * * *
4472 ATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT
254 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTT
* * *
4537 TCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTTACGTTTCTC-TAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTA
319 TCTTGCCAATGAAT-AC-TTTT-TTTACATTTCTCAT-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTA
** * *
4601 GCCTAAAAATGA-AAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGTG
380 AACTAAAAAT-ATAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * **
4664 AGTAATAAGCCTTTTAAAGCCTTAAATGACTATAAATGGACTTTTTGTGGCAATGGTTGGCTTTT
444 AGTAATAAGCCTTTTGAAGCCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTACCAATGGTTGGCTTTT
*
4729 G
509 A
* * * * *
4730 CTTTATGTTTTCCAAGGCAAATATTCAATTATAGCATTTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATT-C
1 CTTCATGTTTTCCAAGGAAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCC
* * * ** * *
4794 AGCTGAAAATCAAATTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGATTTTTGTAGAAATG
66 A-CTTAAAAT-TAATTTGAGGTTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * *
4859 GGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTATCAATGAATA--TGTTTTTATTCACATTTCCTAAGG-CAG
128 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATACCT-TTTTTATTCACGTTT-CTCAGGACAG
* * *
4921 ACACTCAATTATAATCTGTTATAACCAAAAATGTAAAACAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
191 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
*
4986 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGGCTTTT
255 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * *
5051 CGTGTCACTGAATACCTTTTCTTT-CTATTTCTCATGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
320 CTTGCCAATGAATA-CTTTT-TTTAC-ATTTCTCATGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTAAA
* * * *
5115 CCAAAAATGTAAAAAC-ATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATAATAAAATCATTTAAAGCGAGT
382 CTAAAAATATAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* *
5179 AATAAGCCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTACCAATGGTTGGCTTTTA
447 AATAAGCCTTTTGAAGCCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTACCAATGGTTGGCTTTTA
*
5242 CTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
1 CTTCATGTTTTCCAAGGAAAACATTCAATTATAGCC-TTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
*
5307 CACTTAAAATTAATTTCCAGGTTATAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AGAGGAATG
65 CACTTAAAATTAATTT-GAGGTTATAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATG
*
5371 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTTGTTCACGTTTCTCAGGACAGAC
128 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTTATTCACGTTTCTCAGGACAGAC
* *
5436 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTA
193 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
5501 TAAAACCATTTATAGCGAGCAATACGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
258 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
**********
5566 GCCAATGAATACTTTTTTTGACATTTCTCATGGTAGACATTCAATTATAANNNNNNNNNNCTAAA
323 GCCAATGAATACTTTTTTT-ACATTTCTCATGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTAAACTAAA
* *
5631 AATATAAAAACAATTCAACTTAAAAT-ATATTGTGAGATGATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
387 AATATAAAAACAATTCAACTTAAAATCA-ATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
*
5695 AGGCTTTTGAAG
451 AGCCTTTTGAAG
5707 TAATGGGTGA
Statistics
Matches: 832, Mismatches: 116, Indels: 57
0.83 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 6 0.01
511 210 0.25
512 421 0.51
513 189 0.23
514 6 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (509 bp):
CTTCATGTTTTCCAAGGAAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCC
ACTTAAAATTAATTTGAGGTTATAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTTATTCACGTTTCTCAGGACAGACATT
CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
AATGAATACTTTTTTTACATTTCTCATGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTAAACTAAAAATA
TAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCT
TTTGAAGCCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTACCAATGGTTGGCTTTTA
Found at i:7575 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7256--8145 Score: 567
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 171
7246 TCTGTTTAGG
* * * * * * *
7256 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATAATAAAACTATTTAAAGGGAGTA
1 CCAAAAATGAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCA
* ** * * * * * ** **
7321 ATAAGCCT-TTCGAAG-GCTTGAGTGATTATAAATGGACTTTTCATGGCAATGGTTGTCTTT-TG
66 ATAAGGCTATT-GAAGAAATAG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTCT-
* * * *
7383 CTT--CATGCTCCCTAGGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTGAA
128 CTTCACAT-TTCCC-AAGGCAAACACTCAATTATAACCTTTTTGAA
** * * * * * * *
7427 CCAAAGCTGAAAAAAAATTTCATTTAGAATCAATTTTGAGGTTATACAACCATTTAAAGTGAGCA
1 CCAAAAATGAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCA
* * * *
7492 ATAATGCTATTGAAGAAAT-GAGTGATTATAAATAGACTTTTCTTGCCCATTAATACCTTTCTCT
66 ATAAGGCTATTGAAGAAATAG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTCTCT
* * *
7556 TCACATTTCCCAAGGCAAACACTGAATTATAATCTTTTTTAA
130 TCACATTTCCCAAGGCAAACACTCAATTATAACCTTTTTGAA
* * * *
7598 CTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
1 CCAAAAATGAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCA
* * * * * * *
7663 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTT
66 ATAAGGCTATTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTCTCTT
* ** * * * *
7728 CACATTTCTCGTGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AA
131 CACATTTCCCAAGGCAAACACTCAATTATAACCT-TTTTGAA
* * * * * * *
7769 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCATATCAATTATGAGATAATAAAACTATTTAAAGCGAGTA
1 CCAAAAATGAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCA
* *** * * * * ** **
7834 ATAAGCCT-TTCGAAGGCTTGAGTTG-CTGTAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGTTGGCTTT-TG
66 ATAAGGCTATT-GAAGAAAT-AGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTCT-
* * * *
7896 CTT--CATGTTCTGCAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTATTCT-AA
128 CTTCACAT-TTC-CCAAGGCAAACACTCAATTATAACCT-TTTTGAA
* * * * * *
7940 CAAAAAAAT-ATAAAAAATATCT-ACTTAAAATCAAATT-TAAGGTTATAAAACTATTTAAAGTG
1 C-CAAAAATGA-AAAAAA-ATTTAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * * *
8002 AGAAATAAGGTTTTTGTAGGAATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGTCAATGAATACCTTT
62 AGCAATAAGGCTATTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTT
* * * * *
8066 TTCTTCACATTTCCTAAGGTAGACACTCAATTATAATCTGTTTT-AA
126 CTCTTCACATTTCCCAAGGCAAACACTCAATTATAACCT-TTTTGAA
* *
8112 CCAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAATATCAAT
1 CCAAAAATGA-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
8146 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 565, Mismatches: 131, Indels: 47
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 11 0.02
171 407 0.72
172 126 0.22
173 15 0.03
174 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
CCAAAAATGAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCA
ATAAGGCTATTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTCTCTT
CACATTTCCCAAGGCAAACACTCAATTATAACCTTTTTGAA
Found at i:7874 original size:342 final size:343
Alignment explanation
Indices: 7258--8145 Score: 883
Period size: 342 Copynumber: 2.6 Consensus size: 343
7248 TGTTTAGGCC
* * *
7258 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATAATAAAACTATTTAAAGGGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * * ** * *
7323 AAGCCTTTCGAAGG-CTTGAGTGATTATAAATGGACTTTTCATGGCAATGGTTGTCTTTTGCTTC
66 AAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTC
** * * * ** ** *
7387 ATGC-TCCCTAG-GGCAAACATTCAATTATAGCCT-TTTTGAACCAAAGCTGAAAAAAAATTTC-
130 A--CATTTCTCGTGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACCAAAAATGTAAAAAAA-TTCA
* * * * * *
7448 ATTTAGA-ATCAATTTTGAGGTTATACAACCATTTAAAGTGAGCAATAATGCTATTGAAGAAATG
191 ACTTA-ATATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAATGCTATTGAAGAAATG
* * * *
7512 AGTGATTATAAATAGACTTTTCTTGCCCATTAATACCTTTCT-CTTCACAT-TTC-CCAAGGCAA
255 AGTGACTATAAATAGACTTTTCGTGCCAATGAATACCTTT-TGCTT--CATGTTCTCCAAGGCAA
* * * * *
7574 ACACTGAATTATAATCTTTTTTAAC-T
317 ACACTCAATTATAACCTATTCTAACAA
*
7600 AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
*
7665 AAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
66 AAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
*
7730 CATTTCTCGTGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTC
131 CATTTCTCGTGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * ***
7795 ATATCAATTATGAGATAATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA-GCCT-TTCGAAGGCTTGAGTT
196 ATATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAATG-CTATT-GAAGAAATGAG-T
* * ** ** * *
7858 G-CTGTAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGTTGGCTTTTGCTTCATGTTCTGCAAGGCAAACATTC
258 GACTATAAATAGACTTTTCGTGCCAATGAATACCTTTTGCTTCATGTTCTCCAAGGCAAACACTC
*
7922 AATTATAGCCTATTCTAACAA
323 AATTATAACCTATTCTAACAA
* * * * * * *
7943 AAAAATATAAAAAATATCT-ACTTAAAATCAAATT-TAAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGAA
1 AAAAATGTAAAAAA-ATTTAACTTAAAAT-TAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
8006 ATAAGGTTTTTGTAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTCTT
64 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTT
* *
8071 CACATTTC-C-TAAGGTAGACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
129 CACATTTCTCGT--GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
8134 CTTAATATCAAT
192 CTTAATATCAAT
8146 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 456, Mismatches: 73, Indels: 33
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 4 0.01
341 16 0.04
342 248 0.54
343 181 0.40
344 7 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (343 bp):
AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
AAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
CATTTCTCGTGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
ATATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAATGCTATTGAAGAAATGAGTGAC
TATAAATAGACTTTTCGTGCCAATGAATACCTTTTGCTTCATGTTCTCCAAGGCAAACACTCAAT
TATAACCTATTCTAACAA
Found at i:8748 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 8548--8881 Score: 334
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
8538 AATGTAAAAG
* *
8548 AATTCAACTGAAAACCAATTATGAGATTATACAACCATTTAAAGCGAACAATACGGCTTTCGA-A
1 AATTCAACTGAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAACAATAAGGCTTT-GAGA
* * * * *
8612 GGAATA-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTGTTTT-TTCATATTTCTTAT
65 GGAATAGA-TGACTATAAATGGACTTTTATTACCAATAAATGCCT-TTTTCTTCATATTTCTCAA
* * *
8674 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAANNNNNNNNNNA
128 GATAGACATTCAATTAAAATCAGTTTTAACCAA----------A
* * * * ** *
8718 AATTCAACTTAAAATCTATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAGAG
1 AATTCAACTGAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAACAATAAGGCTTTGAGAG
* * *
8783 GAATAGATGACTATAAATGGGCTTTTATTACCAATAAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGAT
66 GAATAGATGACTATAAATGGACTTTTATTACCAATAAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGAT
*
8848 AGACATTCAATTAAAATCAGTTTTAAACAAA
131 AGACATTCAATTAAAATCAGTTTTAACCAAA
8879 AAT
1 AAT
8882 GTAAAAAAGT
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 21, Indels: 17
0.79 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
161 4 0.03
169 1 0.01
170 92 0.66
171 42 0.30
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (161 bp):
AATTCAACTGAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAACAATAAGGCTTTGAGAG
GAATAGATGACTATAAATGGACTTTTATTACCAATAAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGAT
AGACATTCAATTAAAATCAGTTTTAACCAAA
Found at i:9111 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 8424--10137 Score: 833
Period size: 171 Copynumber: 10.0 Consensus size: 172
8414 NNNNNNNNNN
* * * * **
8424 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGATGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTT
1 GTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTT
* * * * * * * * *
8489 CTTCA-AGTTTCAC-AAGGCAGATACTCAATTATAATCTATTTTAACTAGAAATGTAAAAGAATT
66 CTTTACA-TTTCTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * ** * *
8552 CAACTGAAAACCAATTATGAGATTATACAACCATTTAAAGCGA
130 AAACTTAAAATCAATTATGAGAAAATAAAACTATTTAAAGCGA
** * * * **
8595 ACAATACGGCTTTCGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTGTTT
1 GTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCT-TTT
* * * * * **********
8659 T-TTCATATTTCT-TATGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAANNNNNNNNNNAAATT
65 TCTTTACATTTCTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * ** *
8722 CAACTTAAAATCTATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
130 AAACTTAAAATCAATTATGAGAAAATAAAACTATTTAAAGCGA
* * * * * * * *
8765 GTAATAAGGCTTTT-AGAGGAATAGATGACTATAAATGGGCTTTTATTACCAATAAATGCCTTTT
1 GTAATAAGACTTTTGA-AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTT
** ** * * *
8829 TCTTTATGTTTCTC-AAGATAGACATTCAATTAAAATCA-GTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAGT
65 TCTTTACATTTCTCTAAGGCAGACATTCAATTATAAT-ATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * ******** *
8892 TCAACCTAAAATCAATTAT-A-AAATTANNNNNNNNNNTAAAGTGA
129 TAAACTTAAAATCAATTATGAGAAAATA--AAACTATTTAAAGCGA
* *
8936 GTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAATGGACTTTTCTTGTCGATGAATGTCTTTT
1 GTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT-AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTT
* * * * *
9001 TCTTTACATTTCTCT-AGGTAGACATTTAATTATAATTTG-TTTAGCTTAAAAATG-AAAAAAAT
65 TCTTTACATTTCTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAAT
* *
9063 TAAACTTAAAATCAATTATGAGAAAATAAAATTATTCAAAGCGA
129 TAAACTTAAAATCAATTATGAGAAAATAAAACTATTTAAAGCGA
* * * ** * *
9107 GTAATAAGCCTTTTGCAA-GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGTTGGCTTCT
1 GTAATAAGACTTTTG-AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTT
* * * **********
9171 GC-TT-CATGTTCCCTAAGGCAAACATTCAATTNNNNNNNNNNTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
65 TCTTTACAT-TTCTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
*** * *** * * *
9234 TCTGCTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTGTTTAGAGTGA
129 TAAACTTAAAATCAATTATGAGAAAATAAAACTATTTAAAGCGA
** * ** ** * * *
9278 ACAATAAGGCTTTTGAAATAATGGGTGACTATAAACAGACTTTTCTTGTCAATGACTGCCTTTTT
1 GTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTT
* * * *
9343 CTTCACATTTCT-TAAGGCAGACACTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTC
66 CTTTACATTTCTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTA
* * * *
9407 AACTTATAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAA
131 AACTTAAAATCAATTATGAGAAAATAAAACTATTTAAAGCGA
* * * **
9449 GTAATAAGATTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCGTGCCTGTGAAT-TCCTTTT
1 GTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGT-CTTTT
* * ** * * *
9513 TCTTTATATTTCTC-AGGGTGGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATTGTTAAAAAATT
65 TCTTTACATTTCTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* ********** *
9577 CAAA-TTAAAATCAATTATGAGATAATANNNNNNNNNNAAGTGA
130 -AAACTTAAAATCAATTATGAGAAAATAAAACTATTTAAAGCGA
* * ** * * * ** *
9620 GTAATAAGCCTTTCGAAGGCTTGAGTTG-CTATAAATGGAATTTTCGTGCCAATGGTTGGCTTTT
1 GTAATAAGACTTTTGAAGGAATG-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTT
* * * * * *** * * *
9684 GC-TT-CATGTTC-CATGAGGCAAACATTGAAGTATAGCCTTTTTTAACAAAAAATATAAAAAAA
65 TCTTTACAT-TTCTC-TAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* ** ********* ** * *
9746 ATCTACTNNNNNNNNNNTT-TGAGATTAT-AAAGTCATTTAAA-CTTA
128 TTAAACT-TAAAATCAATTATGAGAAAATAAAACT-ATTTAAAGC-GA
* * * * * * *
9791 GTAATAAGGCTTTTGAAAGAACGGGTGATTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTCT
1 GTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTT
*** * ** * * * * *
9856 CTTTTTGTTTCTC-GAGATACACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTT
66 CTTTACATTTCTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTA
* ********** * *
9920 AACCTAAAATCAATTANNNNNNNNNNAAACCATTTAAAGTGA
131 AACTTAAAATCAATTATGAGAAAATAAAACTATTTAAAGCGA
* * * * * **
9962 GTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGATGATTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTT
1 GTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTT
* * * * * * *** *
10027 CTTCACGTTTCT-TGATGCAGATATTCAATTATAATCTG-TTTAGGTAAAAAATGTAAGAAAATT
66 CTTTACATTTCTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTA-ACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * *
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130 AAACTTAAAATCAATTATGAGAAAATAAAACTATTTAAAGCGA
10133 GTAAT
1 GTAAT
10138 NNNNNNNNNN
Statistics
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CTTTACATTTCTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTA
AACTTAAAATCAATTATGAGAAAATAAAACTATTTAAAGCGA
Found at i:9141 original size:342 final size:340
Alignment explanation
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8414 NNNNNNNNNN
* * * *
8424 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGA-TGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTT
1 GTAATAAGACTTTTGAA-GAA-TGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
* * * * * * * * *
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* * * * * ** * * * * *
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** ** * * * *
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* * * ********** * * *
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* * * * *
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1 GTAATAAGACTTTT-GAAGAATGAG-TGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
* *
8829 TCTTTATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTAAAATCAGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAGTTC
64 TCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAAAATCAGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTC
* ********** ** *
8894 AACCTAAAATCAATTATAAAATTANNNNNNNNNNTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATG
128 AACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACTGTTTAAAGTGAACAATAAGACTTTTGAAAGAATG
* * * *
8959 GGTGACTATAAA-ATGGACTTTTCTTGTCGATGAATGTCTTTTTCTTTACATTTCTCT-AGGTAG
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* * * * *
9022 ACATTTAATTATAATTTG-TTTAGCTTAAAAATG-AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAG
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* ** *
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* * * ** * * *
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* * * * **********
9172 CTTCATG-TTCCCTAAGGCAAACATTCAATTNNNNNNNNNNTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
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** * * ** * * *
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128 AACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACTGTTTAAAGTGAACAATAAGACTTTTGAAAGAATG
*
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193 GGTGACTATAAACAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAGACA
*
9366 CTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTATAATCAATTATGAGAATA
258 CTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATA
*
9431 TAAAACCATTTAAAGCAA
323 TAAAACCATTTAAAGCGA
* * * ** *
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1 GTAATAAGACTTTTGAA-GAATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT
* * * * * *
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65 CTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAAAATCAGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAATTCA
* * * * ********** ** * * * **
9579 AATTAAAATCAATTATGAGATAATANNNNNNNNNNAAGTGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCTTGA
129 ACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACTGTTTAAAGTGAACAATAAGACTTTTGAAAGAATG-
* ** * * * ** * * ** * * * *
9644 GTTG-CTATAAATGGAATTTTCGTGCCAATGGTTGGCTTTTGCTTCATGTTCCATGAGGCAAACA
193 GGTGACTATAAACAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAGACA
* * * *** * * * * * ********* *
9708 TTGAAGTATAGCCTTTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAATCTACTNNNNNNNNNNTT-TGAGATT
258 CTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGAAT
** *
9772 ATAAAGTCATTTAAA-CTTA
322 ATAAAACCATTTAAAGC-GA
* * * * ** *
9791 GTAATAAGGCTTTTGAAAGAACGGGTGATTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTCT
1 GTAATAAGACTTTTG-AAGAATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT
* * * * * * *
9856 CTTTTTGTTTCTCGAGATACACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTA
65 CTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAAAATCAGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCA
* ********** ** ** * * *
9921 ACCTAAAATCAATTANNNNNNNNNNAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGG
129 ACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACTGTTTAAAGTGAACAATAAGACTTTTGAAAGAATGG
* * ** ** * * * * * *
9986 ATGATTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTTGATGCAGATAT
194 GTGACTATAAACAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAGACAC
* ** *
10051 TCAATTATAATCTG-TTTAGGTAAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATA
259 TCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAAT-
*
10114 ATAAAACAATTTAAAGCGA
322 ATAAAACCATTTAAAGCGA
10133 GTAAT
1 GTAAT
10138 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.73 0.23 0.04
Matches are distributed among these distances:
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344 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
GTAATAAGACTTTTGAAGAATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
TTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAAAATCAGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAAC
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GACTATAAACAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAGACACTC
AATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAA
AACCATTTAAAGCGA
Found at i:10137 original size:513 final size:511
Alignment explanation
Indices: 8424--10137 Score: 1175
Period size: 513 Copynumber: 3.3 Consensus size: 511
8414 NNNNNNNNNN
* * * *
8424 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGATGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTT
1 GTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTT
* * * * * * *
8489 CTTCA-AGTTTCAC-AAGGCAGATACTCAATTATAATCTATTT--TAACTAGAAATGTAAAAGAA
66 CTTTACA-TTTCTCTGATG-AGACATTCAATTATAATCTGTTTAGTAA--A-AAATGTAAAA-AA
* * * * * * ** * *
8550 TTCAACTGAAAACCAATTATGAGATTATACAACCATTTAAAGCGAACAATACGGCTTTCG-AAGG
125 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACAATTCAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGCAA-G
* * * * ** ** * * * * *
8614 AATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTGT-TTTTTCATATTTCTTATGGT
189 CATGAGTGACTATAAATGGAATTTTCGTGCCAATGGTTGGCT-TCTGCTTCATGTTCCATAAGGC
* * ** * * ********** * * * *
8677 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAANNNNNNNNNNAAATTCAACTTAAAATCTATTGTGA
253 AAACATTCAAGTATAGCCTTTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAATCTACTTAAAATCAATTTTGA
* ** * ** * ** *
8742 GATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTT-AGAGGAATAGATGACTATAAATGGGC
318 GATTATAAAACTATTTAAA-CTGAACAATAAGGCTTTTGA-AAGAACGGGTGACTATAAACAGAC
* * * * * ** * * *
8805 TTTTATTACCAATAAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTAAAATCA-GT
381 TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTCTCTTCACATTTCTCAAGACACACACTCAATTAAAAT-ATGT
* * * * ********
8869 TTTAAACAAAAATGTAAAAAAGTTCAACCTAAAATCAATTAT-AAAAT-TANNNNNNNNNNTAAA
445 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAATATA--AAACCATTTAAA
8932 GTGA
508 GTGA
* * **
8936 GTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAATGGACTTTTCTTGTCGATGAATGTCTTTT
1 GTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT-AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTT
* * * * * *
9001 TCTTTACATTTCTCT-AGGTAGACATTTAATTATAATTTGTTTAGCTTAAAAATGAAAAAAATTA
65 TCTTTACATTTCTCTGATG-AGACATTCAATTATAATCTGTTTAG-TAAAAAATGTAAAAAATTC
* ** *
9065 AACTTAAAATCAATTATGAGAAAATAAAATTATTCAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGCAAGCATG
128 AACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACAATTCAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGCAAGCATG
* * *
9130 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGTTGGCTTCTGCTTCATGTTCCCTAAGGCAAACA
193 AGTGACTATAAATGGAATTTTCGTGCCAATGGTTGGCTTCTGCTTCATGTTCCATAAGGCAAACA
* ********** * * * * *
9195 TTCAATTNNNNNNNNNNTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCTGCTTAAAATCAATTTTGAGGTTA
258 TTCAAGTATAGCCTTTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAATCTACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* * * * *
9260 TAAAACTGTTTAGAGTGAACAATAAGGCTTTTGAAATAATGGGTGACTATAAACAGACTTTTCTT
323 TAAAACTATTTAAACTGAACAATAAGGCTTTTGAAAGAACGGGTGACTATAAACAGACTTTTCTT
* * * * * * * *
9325 GTCAATGACTGCCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAGACACTCAATTATAATATGTTTTAACTA
388 GCCAATGAATGCCTTTCTCTTCACATTTCTCAAGACACACACTCAATTAAAATATGTTTTAACCA
* * * **
9390 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTATAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAA
453 AAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGA
* * * ** *
9449 GTAATAAGATTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCGTGCCTGTGAATTCCTTTTT
1 GTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTT
* * *
9514 CTTTATATTTCTCAGGGTG-GACATTCAATTATAATCTGTTT--TAACCAAAATTGTTAAAAAAT
66 CTTTACATTTCTC-TGATGAGACATTCAATTATAATCTGTTTAGTAA--AAAA-TG-TAAAAAAT
* ********** *
9576 TCAAATTAAAATCAATTATGAGATAATANNNNNNNNNNAAGTGAGTAATAAGCCTTTCG-AAGGC
126 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACAATTCAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGCAA-GC
* * *
9640 TTGAGTTG-CTATAAATGGAATTTTCGTGCCAATGGTTGGCTTTTGCTTCATGTTCCATGAGGCA
190 ATGAG-TGACTATAAATGGAATTTTCGTGCCAATGGTTGGCTTCTGCTTCATGTTCCATAAGGCA
* **********
9704 AACATTGAAGTATAGCCTTTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAATCTACTNNNNNNNNNNTTTGAG
254 AACATTCAAGTATAGCCTTTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAATCTACTTAAAATCAATTTTGAG
* * ** * *
9769 ATTAT-AAAGTCATTTAAACTTAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAACGGGTGATTATAAA-TGAACT
319 ATTATAAAACT-ATTTAAACTGAACAATAAGGCTTTTGAAAGAACGGGTGACTATAAACAG-ACT
**** * * * *
9832 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTCTCTTTTTGTTTCTCGAGATACACATTCAATTAAAATCTGTTT
382 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTCTCTTCACATTTCTCAAGACACACACTCAATTAAAATATGTTT
* **********
9897 TAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTANNNNNNNNNNAAACCATTTAAAGTGA
447 TAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGA
* * * * *
9962 GTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGATGATTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTT
1 GTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTT
* * *
10027 CTTCACGTTTCT-TGATGCAGATATTCAATTATAATCTGTTTAGGTAAAAAATGTAAGAAAATTC
66 CTTTACATTTCTCTGATG-AGACATTCAATTATAATCTGTTTA-GTAAAAAATGTAA-AAAATTC
*
10091 AACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
128 AACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACAATTCAAAGCGAGTAAT
10138 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 925, Mismatches: 247, Indels: 59
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Matches are distributed among these distances:
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511 7 0.01
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515 2 0.00
516 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (511 bp):
GTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTT
CTTTACATTTCTCTGATGAGACATTCAATTATAATCTGTTTAGTAAAAAATGTAAAAAATTCAAC
TTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACAATTCAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGCAAGCATGAGT
GACTATAAATGGAATTTTCGTGCCAATGGTTGGCTTCTGCTTCATGTTCCATAAGGCAAACATTC
AAGTATAGCCTTTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAATCTACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
AACTATTTAAACTGAACAATAAGGCTTTTGAAAGAACGGGTGACTATAAACAGACTTTTCTTGCC
AATGAATGCCTTTCTCTTCACATTTCTCAAGACACACACTCAATTAAAATATGTTTTAACCAAAA
ATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGA
Found at i:11604 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11415--13019 Score: 1357
Period size: 171 Copynumber: 9.4 Consensus size: 170
11405 NNNNNNNNNN
* * * *
11415 CCTTTTTACTCACTTTAAATAGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* ** * * * * *
11480 TTATT-GTTAAAAGAGGCTATAATTGAATGTTTGCCTTGTGAAACGTGAAGTAAAAGCCAAGCAT
66 TT-TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGTAAAAGGCAATCAT
* * *** *
11544 TCAAACGAAAAGTCCATTTACAGTCAATCAAGACTTCAAAAC
130 TCAAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAG
* * *
11586 CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTCTTACA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACA
* * * *
11650 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-CTTACCTTGAGAAACATGAGGAAAAAGGCATTCA
65 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACGTGAAGTAAAAGGCAATCA
** * *
11714 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAG
129 TT-CAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAG
** *
11757 CCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * *
11822 TTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACATGGAGAAAAAGGTACTCATT
66 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGTAAAAGGCAATCATT
*
11887 GGC-AAGAAAAGTCCATTTATATTC-ACACATTCCTTCAAAAG
131 --CAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CATTCCTTCAAAAG
* ** *
11928 CCTTATTACTCACTTTAAA-AAATTT-T-A--T---AATTGATTTT-AGTTTAAATTTTTTTACA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACA
* * * * * * * *
11984 TTTTTTGTTAGAACAAATTATAATTGAATATCTACCTT-AGGAAACATGAAGTAAAAGGTATTCG
65 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGTAAAAGGCAATCA
* *
12048 TT-AGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
129 TTCA--AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAG
* * * *
12091 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAGTTTAGTTTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
** * * * * ** * * *
12155 TTTTGGTTAGAAA-AGGCTATAATTTAATGTTTGCCTTGGGGTACGTGAAGCAAAAGCCAACCAT
66 TTTTGGTTA-AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGTAAAAGGCAATCAT
* * * ** ** *
12219 TGACACA-AAAACTCCATTTCTAGTCAGTCAAGCCTTCGAAAG
130 T--CAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAG
* * *
12261 CCTTATTACTTG-TGTTAAATAGTTTTACAATCTCAACATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
1 CCTTATTACTCGCT-TTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * *
12325 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACGTTGAAAAACGTG-AGTAAAAAGAAATTCA
65 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGTAAAAGGCAA-TCA
* * * *
12389 -TCTACAAGACAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAG
129 TTC-A-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAG
* * * * * * * * *
12432 TCTTATTACTCGCTTTAAA-CGATTTTATAATCTTATAATTAATTTTAACTTAAATTGTTTTATA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * * *
12496 TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGTGAAACGTAAAGAAAAAGACATTCAT
65 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGTAAAAGGCAATCAT
** * *
12561 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTATCCATTCCTTCAAAAG
130 T-CAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAG
* * *
12603 CCTTATTACTCAG-TTTTAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACA
1 CCTTATTACTC-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* ** * * * * *
12667 TTGTTAATTAGAATAGTTTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAA-TAAAAAGGTATTCA
65 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGT-AAAAGGCAATCA
* * *
12731 TT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCCTTCAAAAT
129 TTCA--AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAG
* * * * * * * * * *
12774 CCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTTATAATTGATTTT-GGGTCAAGTTTTTTTACG
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA
* * * * * * * *
12838 TTTTTGGCTAGAACTGATTATAATT-AAGTGTCTGCCTTG-GTAAACTTGAAGAAAAAGGTATTC
65 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTTGAG-AAACGTGAAGTAAAAGGCAATC
* *
12901 ATTGGC-AAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATT-CTAGT-AAAAG
128 ATT--CAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCCT--TCAAAAG
** * * * *
12945 CCTTATTACTCAATTTCAATAGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTGAGTTCAATTTTTTTTACA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA
*
13010 TTTTTAGTTA
65 TTTTTGGTTA
13020 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
162 3 0.00
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165 1 0.00
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169 3 0.00
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173 1 0.00
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CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGTAAAAGGCAATCATT
CAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAG
Found at i:11925 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 11415--13019 Score: 1583
Period size: 342 Copynumber: 4.7 Consensus size: 340
11405 NNNNNNNNNN
* * *
11415 CCTTTTTACTCACTTTAAATAGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* ** * **
11480 TTATT-GTTAAAAGAGGCTATAATTGAATGT-TTGCCTTGTGAAACGTGAAGTAAAAGCCAAGCA
66 TT-TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTT-CCTTGTGAAACGTGAAGAAAAAGCCACTCA
* *** * *
11543 TT--CAAACGAAAAGTCCATTTACAGTCA-ATCAAGACTTCAAAACCCTTATTACTTGCTTTAAA
129 TTGGC-AA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACA-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-TTTAAA
* * *
11605 TGGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGATTTTTCTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTA
190 TAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGATTTTT-TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
* * * *
11670 TAATTGAATG-CTTACCTTGAGAAACATGAGGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
254 TAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTT
*
11734 ATAGTCACCCATTTCTTCAAAAG
318 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* *
11757 CCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * **
11822 TTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACATGGAGAAAAAGGTACTCATT
66 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGTGAAACGTGAAGAAAAAGCCACTCATT
* * * *
11887 GGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAAATT
131 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GTTTAAATAGTT
* * * * * * *
11952 TTATAAT-T--GATTTTAGTTTAA----ATTTTTTTACATTTTTTGTTAGAACAAATTATAATTG
195 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * *
12010 AATATCTACCTT-AGGAAACATGAAGTAAAAGGTATTCGTTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTC
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12074 ACCCATTCCTTCAAAAG
324 ACCCATTCCTTCAAAAG
* * *
12091 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAGTTTAGTTTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
** * * ** *
12155 TTTTGGTTAGAAA-AGGCTATAATTTAATGT-TTGCCTTGGGGTACGTGAAGCAAAAGCCAAC-C
66 TTTTGGTTA-AAACAGATTATAATTGAATGTCTT-CCTTGTGAAACGTGAAGAAAAAGCC-ACTC
* * * ** ** * *
12217 ATTGACACA-AAAACTCCATTTCTAGTCAGTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGTGTTAAAT
128 ATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGT-TTAAAT
* * *
12281 AGTTTTACAATCTCAACATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
191 AGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTAT
* * * ** *
12346 AATTGAATGTCTACGTTGAAAAACGTG-AGTAAAAAGAAATTCATCTA-CAAGACAAGTCCATTT
255 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGGTATTCAT-TAGCAAGAAAAGTCCATTT
* *
12409 ATAGTTACCCATTCCTTTAAAAG
318 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * * * * * * *
12432 TCTTATTACTCGCTTTAAA-CGATTTTATAATCTTATAATTAATTTTAACTTAAATTGTTTTATA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * *
12496 TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGTGAAACGTAAAGAAAAAGACATTCAT
65 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGTGAAACGTGAAGAAAAAGCCACTCAT
* * *
12561 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTATC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTTAATAG
130 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GTTTAAATAG
* * * * * * *
12625 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTGTTAATTAGAATAGTTTATAA
193 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* *
12690 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAATAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
257 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* *
12755 TCACCCACTCCTTCAAAAT
322 TCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * * * * * *
12774 CCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTTATAATTGATTTT-GGGTCAAGTTTTTTTACG
1 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA
* * * * * ** *
12838 TTTTTGGCTAGAACTGATTATAATT-AAGTGTCTGCCTTG-GTAAACTTGAAGAAAAAGGTATTC
65 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTTCCTTGTG-AAACGTGAAGAAAAAGCCACTC
* * * *
12901 ATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATT-CTAGT-AAAAGCCTTATTACTCAATTTCAA
128 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCT--TCAAAAGCCTTATTACTC-GTTTAAA
* * *
12964 TAGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTGAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTA
190 TAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-GA-TTTTTTTACATTTTTAGTTA
13020 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1036, Mismatches: 184, Indels: 85
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
332 3 0.00
333 117 0.11
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335 7 0.01
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340 3 0.00
341 148 0.14
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343 29 0.03
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGTGAAACGTGAAGAAAAAGCCACTCATT
GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTAAATAGTTT
TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
CCATTCCTTCAAAAG
Found at i:15958 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 14550--16787 Score: 1970
Period size: 343 Copynumber: 6.6 Consensus size: 341
14540 NNNNNNNNNN
* * * * *
14550 TTATAAAACAATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATACATAGACTTCT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATAGACTTTT
* * *********** *
14615 CTTACCAATGAATGTA-TTTTCCNNNNNNNNNNTAGAGGGT-GACATTCAATTACAATCAAT-TT
66 CTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCACGTTTCTTA-A-GGTAGACATTCAATTATAATC--TGTT
* * ** * *
14677 TTAA--AAAAATGTAAAAAAAATTGAACTCAAAAAAAAATTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGT
127 TTAATCAAAAATGT-AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * ********* * *
14740 GAGTAATAAGGCTTTTGATGAAATAGGTGACTATAAATGNNNNNNNNNNGCTAATGAATGCCTTT
191 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTT
* * * *
14805 TTCTTCATGTTTCTCAATGTAAACATTCAATTAAAATCA-GTTTT-ACC---CA---AAAAAAAT
255 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT-ATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* *
14862 TAAACTTAAAATCAATTTTGAGA
319 TCAACTTAAAATCAATTATGAGA
*********** **
14885 TTANNNNNNNNNNGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTAGTG-ATAATAAATAGACTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAAT-ATAAATAGACTTT
* * * * * *
14949 TCTTGTCAATAAATGCATTTTTCTTTA-GTTTTCTTCAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTT
65 TCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCACG-TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * *
15013 AACCTAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGA
129 AATCAAAAATGT-AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
* * *
15078 GTGATAAAGCTTTTGCAA-GAATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTT
193 GTAATAAGGCTTTTG-AAGGAATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATGAATGTC-TTT
* ** *
15141 TTGTTCATGTTTCTCGGGGTAGACTTTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAAAT
255 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAAT
* ** * *
15206 TGAAAATAAAATAAATTTTGAGA
319 TCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
15229 TTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATGAGGCTTTTGAA-GATATGAGTGATTATAAATGGACTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGAATATAAATAGACTTT
* * * *
15293 TCTTGCTAATGAATTCAATTCTT-TTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGAT-TGTTT
65 TCTTGCCAATGAATGC-ATTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATA-ATCTGTTT
* * * * *
15356 TAATCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATCAGGTTATAAAACCATTTAAGGTGA
128 TAATCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
* ** * * ***
15421 GTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGAGACTATAAATTGACTTTTCTT-CCAAATAAAT-AAGTTT
193 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA-TGACTTTTCTTGCC-AATGAATGTCTTTT
* ** ** * * * *
15484 TCTACACATTTCTTGAGGTAGGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTC
256 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
15548 AACTTAAAATCAATTATGAGA
321 AACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * ** *
15569 TTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGACGAAATGGGTGGCTATAAATAAACTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATAGACTTTT
* * * * * *
15634 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGATAGATATTCAATTAAAATCTGCTTTAA
66 CTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * * * *
15699 GTAAAACAAT-TAAAAAAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGGTAATAAAACCACTTAAAGTAAG
131 -TCAAA-AATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
* * * * * *
15763 TAATAAGGTTTTTGAAGGAACGGGTGACTATAAGTAGACTTTTCTTACTAATGAATGTGTTTTTC
194 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTC
* * * * * * *
15828 TTCATGTTTCTTATGGTAGATATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAA
258 TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
*
15893 CTTAAAATGAATTATGAGA
323 CTTAAAATCAATTATGAGA
* *
15912 TTATAAAACAATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACA-ATAAATAGACTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-ATATAAATAGACTTT
* ** * ** *
15976 TTTTATCAATGAATGTATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGT-TAGTTTT
65 TCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GTTTT
* * * * * *
16040 AACCAAAAATGTAAAAAATATTGAACTCAAAATGAATTTTGAGTTTATAAAACCATTGAAAGTGA
129 AATCAAAAATGTAAAAAA-ATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
* * **
16105 GTAATAAGGCTTTT-ACTGGAATGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAGTGAATACCTTTT
193 GTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGGGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTT
* * * * * * *
16169 TCTTAAAGTTTAC-CAAGGCAAACACTCAATTATAATATGTTCTT-ACCAAAAACGTAAAAACAT
256 TCTTCATGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTT-TTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
** * *
16232 TTGACTTAAAATCAATTATAAAA
319 TCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
16255 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAAATATAAATGGACTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATAGACTTTT
* *
16320 CTTGCCAATGAGTGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
66 CTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * *
16385 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTA
131 TCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* *
16450 ATAAGGCTTTAGAAGGAATGGGTGACTATAAATGTACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCCT
196 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTT
* * * * *
16515 CATGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAA-ACAACT
260 CATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
*
16578 TAAAATCAATTTTGAGA
325 TAAAATCAATTATGAGA
* * ** * *** * * * *
16595 TTACAAAACCAATTAAAGCAAGTAATAAGGGTTTTGAAGTCTTGAGTGACTGTAAATGGACTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATAGACTTTT
* ** ** * * ** * * ** *
16660 CATGTGAATGCTTGGC-TTTTGCTTCATG-TTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAGCCTCTTTTA
66 CTTGCCAATGAAT-GCATTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * *
16723 A-CAATAAATGTAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAG
130 ATCAA-AAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
16787 T
194 T
16788 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1536, Mismatches: 315, Indels: 100
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
333 1 0.00
334 10 0.01
335 78 0.05
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337 5 0.00
338 3 0.00
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345 8 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATAGACTTTT
CTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
TCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTC
ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
AAAATCAATTATGAGA
Found at i:15999 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 14550--16787 Score: 1927
Period size: 171 Copynumber: 13.1 Consensus size: 171
14540 NNNNNNNNNN
* * * *
14550 TTATAAAACAATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATACATAGACTTCT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
* *********** *
14615 CTTACCAATGAATGTA-TTTTCCNNNNNNNNNNTAGAGGGT-GACATTCAATTACAATCAAT-TT
66 CTTGCCAATGAATGTATTTTTCTTCACGTTTCTTA-A-GGTAGACATTCAATTATAATC--TGTT
* * ** * *
14677 TTAA--AAAAATGTAAAAAAAATTGAACTCAAAAAAAAATTTAAGA
127 TTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA
* * * *****
14721 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGAAATAGGTGACTATAAAT-GNNNNNN
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTT
**** * ** * * * * * *
14785 NNNNGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAAACATTCAATTAAAATCAGTTTT-
65 TCTTGCCAATGAATGTATTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* *
14849 ACC---CA---AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGA
130 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA
*********** **
14885 TTANNNNNNNNNNGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTAGTGA-TAATAAATAGACTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT-ATAAATAGACTTT
* * * * * * *
14949 TCTTGTCAATAAATGCATTTTTCTTTA-GTTTTCTTCAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTT
65 TCTTGCCAATGAATGTATTTTTCTTCACG-TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* *
15013 AACCTAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGA
129 AACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA
* * * *
15057 TTATAAAATCATTTAAAGTGAGTGATAAAGCTTTTGCAA-GAATGGGTGACAATAAATAGACTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT
* * *** * *
15121 TCTTGCCAATGAATGCT-TTTTTGTTCATGTTTCTCGGGGTAGACTTTCAATTATAATATGTTTT
65 TCTTGCCAATGAATG-TATTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* ** *
15185 AACCAAAAATGTAAAATAAATTGAAAATAAAATAAATTTTGAGA
129 AACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA
* * * * *
15229 TTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATGAGGCTTTTGAA-GATATGAGTGATTATAAATGGACTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATAGACTTT
* * *
15293 TCTTGCTAATGAAT-TCAATTCTT-TTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGAT-TGTT
65 TCTTGCCAATGAATGT--ATTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATA-ATCTGTT
* * * * * *
15355 TTAATCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATCAGG
127 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA
* * ** * *
15400 TTATAAAACCATTTAAGGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGAGACTATAAATTGACTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
* * * * * * * * *
15465 CTT-CCAAATAAAT-AAGTTTTCTACACATTTCTTGAGGTAGGCATTCAATTATAGTTTGTTTTA
66 CTTGCC-AATGAATGTATTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* *
15528 ACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
130 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA
* * * * * *
15569 TTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGACGAAATGGGTGGCTATAAATAAACTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
** * * * * *
15634 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGATAGATATTCAATTAAAATCTGCTTTAA
66 CTTGCCAATGAATGTATTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
** * * *
15699 GTAAAACAAT-TAAAAAAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGG
131 -CCAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA
* * * * * *
15741 TAATAAAACCACTTAAAGTAAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAACGGGTGACTATAAGTAGACTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
* * * * * * * *
15806 CTTACTAATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTTATGGTAGATATTTAATTATAGTCTGTTTTAA
66 CTTGCCAATGAATGTATTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * *
15871 CCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATGAATTATGAGA
131 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA
* * *
15912 TTATAAAACAATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATAGACTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
* ** ** *
15977 TTTATCAATGAATGTATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGT-TAGTTTTA
66 CTTGCCAATGAATGTATTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GTTTTA
* * * *
16041 ACCAAAAATGTAAAAAATATTGAACTCAAAATGAATTTTGAGT
130 ACCAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA
* *
16084 TTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-ACTGGAATGGGTGACTATAAAT-GCACTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTT
* *** * * * * * * *
16147 TTCTTGCCAGTGAATACCTTTTTCTTAAAGTTTAC-CAAGGCAAACACTCAATTATAATATGTTC
64 TTCTTGCCAATGAATGTATTTTTCTTCACGTTT-CTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT-
* * ** * * *
16211 TT-ACCAAAAACGTAAAAACATTTGACTTAAAATCAATTATAAAA
127 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA
* * *
16255 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAAATATAAATGGACTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
* **
16320 CTTGCCAATGAGTGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
66 CTTGCCAATGAATGTATTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
*
16385 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTTTGAGA
131 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA
* * *
16426 TTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GTACTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTT
* * * * *
16490 TCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCCTCATGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTA
65 TCTTGCCAATGAATGTATTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * *
16555 A-TAAAAATATAAAAAAA-ACAACTTAAAATCAATTTTGAGA
130 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA
* * ** * *** * * *
16595 TTACAAAACCAATTAAAGCAAGTAATAAGGGTTTTGAAGTCTTGAGTGACTGTAAATGGACTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
* ** ** ** * * ** * * ** *
16660 CATGTGAATGCTTGGCTTTTGCTTCATG-TTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAGCCTCTTTTAA
66 CTTGCCAATGAATGTATTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
*
16724 -CAATAAATGTAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA
131 CCAA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA
*
16765 TTATAAAGCCATTTAAAGTGAGT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
16788 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1667, Mismatches: 348, Indels: 105
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
163 2 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
CTTGCCAATGAATGTATTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA
Found at i:17616 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 17327--19007 Score: 1488
Period size: 171 Copynumber: 10.0 Consensus size: 170
17317 NNNNNNNNNN
* *
17327 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-GAGCTTTTGCT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-TCTTTTTCT
* ** * * * * * *
17391 TCACGTTTATTAAGGTAAACTTTCAATTATAAACTGTTCTAACCATAAATGTAAAAACATTCAAC
65 TCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* *
17456 CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTA
129 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
* * * *
17498 ATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTT
* * * * * *
17563 CACGTTTCTTGACGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATCAAATATGTAAAAAAATTAAACA
66 CACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * *
17628 TAAAATCGATT-T----TGA-AAGA--A--T-AAGT--G--
130 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
* * * * * *
17654 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTCTTACTAATGAAGGTATTTTTTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCT
* * * * *
17719 TCACGTTTCTCAAGGTAGACAATCAATTACAATCTGTTTT-ACTGAAAAATGTTAAAAAATTGAA
65 TCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC--AAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * *
17783 CTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTTGAAGCGAGTA
128 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
* * * *
17826 TTAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CATTTTTTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTC-TTTTTCT
* * * * * *
17890 TCATGTTTCTCTAAGTAGGCATTCAA-T-T-A-CAG-----ACAAAAATATAAAAAAATTCAACT
65 TCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
** * * * *
17946 CCAAATAAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTA
130 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
* * * * * * * * *
17987 ATAAGGCTTTCGAAGGGATGAGAGACAATAAATGCACTTCTCTTTCAAATGAATGGCTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTT
* * * * * * *
18052 CACGTTT-TCTATTGCAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCATAAATAT-AAAAAATTCAAC
66 CACGTTTCTCGA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * ** *
18115 TTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTTATTTAAGTA
129 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
* * *
18157 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAAT--ATCTTTCTCTTGCCAATGAATG----TGTA
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA-CTTT-TCTTGCCAATGAATGTCTTTTTC
* * ** * * * *
18216 TT-ATGTTTCCCGAGAAACACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAACATGTAAAAACATTCAA
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* * * * *
18280 CTTAGAATCAATTATAATATTATAAAACTATTTAAAGCGCGTA
128 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
* * * *
18323 ATAAGGCTTTTGAAGGAATTG-GAGACTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTTC-TTTTCC
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCT
* * ** *
18386 TCATGTTTTTCGAGGTAGACATTCAGCTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
65 TCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * *
18451 TTAAACTCAATTTTGAGACTATAAAACTATTTAAAGCGAGTA
129 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
* * * * * * * * *
18493 ATAAGACCTTTGAAGGAATGGGTGGCTGTAAAT-GAATTATTCTTG-TAAAGAAAT-ACTTTTTC
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGCCAATG-AATGTCTTTTT-
* * * * *
18555 CTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAACTGTTCTAACCAAAAATGCAAAAAAATTCA
63 CTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCA
* *
18620 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
127 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
* * * *
18664 ATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTACCAATGAATG-CATATTTC
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTC-TTTTTC
* * * * *
18727 TTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATATTCTGTTTTAGCTAAAAATATAAAAACATT-AT
64 TTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCA-
* * *
18791 ACTTAGAATCAATTTTGAGATTATAAAACTGTTTAAAGTGAGTA
127 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
* * * * *
18835 ATAAGGCTTTTGGAGGAATGAGTGACTACAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTTTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTC--TTTTTC
* * * * *
18900 TTCACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAATGGAAAAAAATTCAA
64 TTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * *
18965 CCTAAAATTAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
128 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
Statistics
Matches: 1210, Mismatches: 239, Indels: 120
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
155 1 0.00
156 35 0.03
157 84 0.07
158 1 0.00
160 8 0.01
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162 4 0.00
163 7 0.01
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169 17 0.01
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173 92 0.08
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTT
CACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
Found at i:17745 original size:157 final size:156
Alignment explanation
Indices: 17492--17791 Score: 402
Period size: 157 Copynumber: 1.9 Consensus size: 156
17482 CTATTTAAAG
* * * *
17492 TAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTACCAATGAATGTCTT
1 TAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACATTTCTTACCAATGAAGGTATT
** * * * *
17557 TTTCTTCACGTTTCTTGACGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATCAAATATGTAAAAAAAT
66 TTTCTTCACGTTTCTCAACGTAGACAATCAATTACAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAT
17622 TAAACATAAAATCGATTTTGAAAGAA
131 TAAACATAAAATCGATTTTGAAAGAA
* * * *
17648 TAAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTCTTACTAATGAAGGTAT
1 TAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGAC-ATTTCTTACCAATGAAGGTAT
* * * * *
17713 TTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAATCAATTACAATCTGTTTTACTGAAAAATGTTAAAAAA
65 TTTTCTTCACGTTTCTCAACGTAGACAATCAATTACAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAA
* *
17778 TTGAACTTAAAATC
130 TTAAACATAAAATC
17792 AATTACGAGA
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 21, Indels: 1
0.85 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
156 39 0.32
157 83 0.68
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (156 bp):
TAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACATTTCTTACCAATGAAGGTATT
TTTCTTCACGTTTCTCAACGTAGACAATCAATTACAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAT
TAAACATAAAATCGATTTTGAAAGAA
Found at i:18704 original size:341 final size:344
Alignment explanation
Indices: 17654--19007 Score: 1028
Period size: 336 Copynumber: 4.0 Consensus size: 344
17644 AGAATAAGTG
* * * * * *
17654 ATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGTGACTATAAATAGACTTTTTCTTACTAATGAAGGTATTTTTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GAGACTATAAATAGAC-TTTTCTTACCAATGAATGCATATTTC
* * * * * * * * *
17718 TTCACGTTTCTCAAGGTAGACAATCAATTACAATCTGTTTT-ACTGAAAAATGTTAAAAAATTGA
64 CTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAACTATAATCTGTTTTAAC-AAAAAATATAAAAAAATT-A
* ** * * * * * *
17782 -ACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTTGAAGCGAGTATTAAGGCTTTTGAAAGAATG
127 TACTTAGAATCAATTTTGAGACTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACCTTTGAAGGAATG
* * * * * * ** * *
17846 AGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCATTTTTT--TTCATGTTTCTCTAA-GTA
192 AGTGACTACAAATGCAATTTTCTTGCCAAAGAATATC-TTTTTTCCTTCACATTTC-CCAAGGCA
* * ** * * *
17907 GGCATTCAA-T-T-A-CAG-----A-CAAAAATATAAAAAAATTCAA-CTCCAAATAAATTGTGA
255 GACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGCAAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGA
* *
17961 GATTATAAAACCATTTAAAATGAGTA
319 AATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * * * *
17987 ATAAGGCTTTCGAAGGGAT-GAGAGACAATAAAT-GCACTTCTCTTTCAAATGAATGGC-TTTTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GAGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGAAT-GCATATTT
* * * * * * * * * *
18049 CTTCACGTTT-TCTATTGCAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCATAAATAT-AAAAAATTC
63 CCTCATGTTTCTCGA-GGTAGACATTCAACTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATT-
* * * * * * **** * *
18112 A-ACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTTATTTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
126 ATACTTAGAATCAATTTTGAGACTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACCTTTGAAGGAAT
* * * * * * * ** * **
18176 AAGTGACTATAAAT--ATCTTTCTCTTGCCAATG-A-A---TGTGT-ATT-ATGTTTCCCGAGAA
191 GAGTGACTACAAATGCA-ATTT-TCTTGCCAAAGAATATCTTTTTTCCTTCACATTTCCCAAGGC
* * * * * * * * *
18232 ACACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAACATGTAAAAACATTCAACTTAGAATCAATTAT-A
254 AGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGCAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* * *
18296 ATATTATAAAACTATTTAAAGCGCGTA
319 A-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * *
18323 ATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGAGACTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTTC-T-TTTCC
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAA-TGCATATTTCC
* *
18386 TCATGTTTTTCGAGGTAGACATTCAGCTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCA-A
65 TCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAACTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATT-ATA
*
18450 CTTA-AACTCAATTTTGAGACTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACCTTTGAAGGAATGG
129 CTTAGAA-TCAATTTTGAGACTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACCTTTGAAGGAATGA
* ** * * *
18514 GTGGCTGTAAATG-AATTATTCTTG-TAAAGAA-ATAC-TTTTTCCTTCACATTTCTCAAGGTAG
193 GTGACTACAAATGCAATT-TTCTTGCCAAAGAATAT-CTTTTTTCCTTCACATTTCCCAAGGCAG
* *
18575 ACATTCAATTATAAACTGTTCTAACCAAAAATGCAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
256 ACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGCAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAAA
18640 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
321 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * *
18664 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTACCAATGAATGCATATTTCTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCATATTTCCT
* * * * *
18729 CATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATATTCTGTTTTAGCTAAAAATATAAAAACATTATACT
66 CATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAACTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTATACT
* * * * * *
18794 TAGAATCAATTTTGAGATTATAAAACTGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGGAGGAATGAGTG
131 TAGAATCAATTTTGAGACTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACCTTTGAAGGAATGAGTG
* * ** *
18859 ACTACAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTTTTTTCACGTTTCCCAAGGCAGACATT
196 ACTACAAATGCAATTTTCTTGCCAAAGAATATCTTTTTTCCTTCACATTTCCCAAGGCAGACATT
* * *
18924 CAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAATGGAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAAATTATA
261 CAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGCAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAAATTATA
18989 AAACCATTTAAAGTGAGTA
326 AAACCATTTAAAGTGAGTA
Statistics
Matches: 823, Mismatches: 154, Indels: 77
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
325 2 0.00
326 18 0.02
327 3 0.00
328 1 0.00
329 2 0.00
330 6 0.01
331 88 0.11
332 55 0.07
333 34 0.04
335 49 0.06
336 172 0.21
337 6 0.01
339 3 0.00
340 4 0.00
341 132 0.16
342 130 0.16
343 11 0.01
344 107 0.13
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (344 bp):
ATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCATATTTCCT
CATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAACTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTATACT
TAGAATCAATTTTGAGACTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACCTTTGAAGGAATGAGTG
ACTACAAATGCAATTTTCTTGCCAAAGAATATCTTTTTTCCTTCACATTTCCCAAGGCAGACATT
CAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGCAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAAATTATA
AAACCATTTAAAGTGAGTA
Done.