Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397314.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_855.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 76141
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Warning! 2988 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:10038 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 9718--10162 Score: 445
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 168
9708 CTCAAAGTAG
* * * *
9718 ACATTCAATTATAATATATTTTAACTGAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
9783 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACACTTTCGAAGACTTGAGTAAATATAGATAGAATTCT
65 TTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTCGAAGACTTGAGTAAATATAAATAGAATTCT
* * * * * *
9848 TTCTCTAATGGATGGC-TTTT-ACCTAGTGT-TTCTTGAGGCAA
128 TTCTCCAATGAAAGGCTTTTTCAAC-A-TGTCTGC-TAAGGCAA
* *
9889 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAACAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGCGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAA-AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * * *
9954 TTATAAAAGCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCTATG-GTATGGGTGACTATAAAT-GGACT-
65 TTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTCGAAGACT-TGAGTAAATATAAATAGAATTC
*
10016 TTTCTTACCAATGAAAGGCTTTTTCAACATGTCTGCTAAGGCAG
127 TTTC-T-CCAATGAAAGGCTTTTTCAACATGTCTGCTAAGGCAA
* * *
10060 ACATTCAATTTTAATCTCTTTTAAC-AAAATAAAGTAATAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAT--A-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
*
10124 GATTATAAAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGCTTTCGAA
63 GATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTCGAA
10163 AGCATGGGTT
Statistics
Matches: 228, Mismatches: 35, Indels: 22
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.03
170 9 0.04
171 150 0.66
172 60 0.26
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTCGAAGACTTGAGTAAATATAAATAGAATTCTTTC
TCCAATGAAAGGCTTTTTCAACATGTCTGCTAAGGCAA
Found at i:10538 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 10218--12165 Score: 567
Period size: 170 Copynumber: 11.4 Consensus size: 171
10208 TAAAAGCGAC
* * * *
10218 AATATAAAACAATTTAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTAAAAGCGAGTAATAAG
1 AATATAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * * * * * * **
10283 GCTTTCAAAAGCTTGGGTGATTGTAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGAATTT-TAC-TCAAT
65 ACTTTCAAAGGCATGTGCGACTATAAATAGACTTTTTATGCCAATGAATGGCTTTCT-CTTC--T
* * * * * * * *
10346 -GTTTCATTAGGCAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
127 CCTTGCCTAAGACAAAGTATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAA
* * * * *
10389 AATATAAAAAATTTAACTTGAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAATA
1 AATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGA
** * * * *
10454 CTTTTTAAGGCATGTGCGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCAAT-AGATGG-TTTTTGTT-TCA
66 CTTTCAAAGGCATGTGCGACTATAAATAGACTTTT-TATGCCAATGA-ATGGCTTTCTCTTCTC-
* * * *
10515 CTTGGCCTGAGACCAA-TATTCAATGATAATCTATTTTAAC-CAA
128 CTT-GCCTAAGACAAAGTATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAA
* ** * * * *
10558 CATATAAAAAATTTTAACCCAAAATGAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAATAAGTAATAAG
1 AATATAAAAAA-TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * *
10623 GCTTTCAAAGGCATGTGTGACTATAAATAGACTTTTTATGCCAATGAATGGCTTTCTCTTCTCGT
65 ACTTTCAAAGGCATGTGCGACTATAAATAGACTTTTTATGCCAATGAATGGCTTTCTCTTCTCCT
* * ** * *
10688 TTCCTAAGGCAAAGT-TTCAATTATAAAATTTTTTAGCTAAA
130 TGCCTAAGACAAAGTATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAA
* * *
10729 AATATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATGTAAAGTGAGTAATAA-
1 AATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
** * * ** *** * ** * * * *
10793 AGCCATGAGA-TTATAAAACCA-TATAAATTCA-ATTTTA-CCATCAATCAATGGCTTT-TTTTC
65 A-CTTTCAAAGGCAT-GTGCGACTATAAATAGACTTTTTATGC--CAATGAATGGCTTTCTCTTC
* * * ** * * * * * *
10853 AT-GTTTCCTGAGGTAGA-CATTCAAATATAATCTGTTTTGACAAAA
126 -TCCTTGCCTAAGACAAAGTATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAA
* * * * * *
10898 AATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCGATTATGAGGTAATAAAACTATTTAAAGTGAGTACTAAG
1 AATATAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * ** * * * * * * *
10963 -GTTGTCGAAGGCTTAAGTGACAATCAATAGACTTTTT-TGGTCAAT-AGGTGACTTT-TGTT-T
65 ACTT-TCAAAGGCATGTGCGACTATAAATAGACTTTTTAT-GCCAATGA-ATGGCTTTCTCTTCT
* *** * * *
11023 CATGTTTTTTGAAG-CAAA-CATTCAATTATAATTTATTTTAATCAAAA
127 C--CTTGCCT-AAGACAAAGTATTCAATTATAATCTATTTTAA-CTAAA
* * * * **
11070 AAT-TAAAAAATTCAA-TGTAAAATCAATTATAACATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAG
1 AATATAAAAAATTTAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * * *
11133 GCTTTCAAAGGCATAG-GTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TGTCAATGAATGGCTTGT-TCTTCA
65 ACTTTCAAAGGCAT-GTGCGACTATAAATAGACTTTT-TATGCCAATGAATGGCTT-TCTCTTCT
* ** * ** * * * * *
11195 CATTTTCTGAGGTAGA-CATTGAAATATAATCTATTTTAACCAAA
127 CCTTGCCTAAGACAAAGTATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAA
* * * *
11239 AATGTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAA
1 AATAT-AAA-AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * * * * * * * *
11304 -AGCTTTCAAAAGCTTGAGTGAATATAAAT-GAATATTTCT-TGCTAATGGATAG-TTTTTCCTT
64 GA-CTTTCAAAGGCATGTGCGACTATAAATAGACT-TTT-TATGCCAATGAATGGCTTTCT-CTT
* * * * * * * * ** * *
11365 CAT-GTTTCTTGAA-ACAGA-CAATGAACTATCTTATATTTTAACCAAA
125 C-TCCTTGCCT-AAGACAAAGTATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAA
* * * * **
11411 AATGTAAAAACA--TAACTTAAAATCTATTATGAGATTATTAAACTATTTAAAGCAAGTCACA-A
1 AATATAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT-A-ATA
* ** * * * * * * * * * * *
11473 AG-TTTTTGAAGGTACGGGTGACTATAATTAGA-TTTTTCTTACCAATGAAT-GTTTTGTTTTTT
63 AGACTTTCAAAGGCATGTGCGACTATAAATAGACTTTTT-ATGCCAATGAATGGCTTTCTCTTCT
* * * * * * * * *
11535 CATGTTTCTTGAGATAAA-CATTCAAATATAATTTGTTTTAACTAAA
127 C--CTTGCCTAAGACAAAGTATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAA
* * * * * * * * *
11581 AATGTAAAAAAAATATAATTTAAAATTATTTATGAGATTATCAAGCCATTTGAAGCT-AGTAAGA
1 AA--TATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATA
** * * * * * * * * **
11645 AGGGTTTCGATGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGCTAATGAATGACTTTTTCTTGA
63 AGACTTTCAAAGGCATGTGCGACTATAAATAGACTTTT-TATGCCAATGAATGGCTTTCTCTTCT
* ** * * *
11709 CATTTTCTAAGGA-AAA-CATTCAATTATAATCTAATTTAACTAAC
127 CCTTGCCTAA-GACAAAGTATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAA
* * * * * ***
11753 AATATAAAAAAATTCAAGTTTAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAACAAGTAATAAG
1 AATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* ** * * * * * *** * * ** *
11818 GCTTTTGAAGGCTTGGGCGACTATAAATGGATTTTTTTTTATAATCAATGGCTTTTTCTTGACAT
65 ACTTTCAAAGGCATGTGCGACTATAAATAGACTTTTTATGCCAATGAATGGCTTTCTCTTCTCCT
* * * * * * *
11883 TTCCAAAGGCATA-CATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
130 TGCCTAAGACAAAGTATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAA
* * * *
11924 AATATAAAAAA-ATAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGG
1 AATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGA
** * * * *
11988 CTTTTGAATGCTTGTGTGACTATAAA-AGAACTTTTCT-TGCCAATGGATGG-TGTT-TGCTTCA
66 CTTTCAAAGGCATGTGCGACTATAAATAG-ACTTTT-TATGCCAATGAATGGCT-TTCT-CTTC-
* * * * * * *
12049 TGCTTCCCAAAG-CAGA-CATTCAAATATAATATATTTTAA-TAAAA
126 TCCTTGCCTAAGACAAAGTATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAA
* * **
12093 AATGTAAAAGAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
1 AA--T-ATA-AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
*
12158 AAGGCTTT
62 AAGACTTT
12166 TAAATAGTTT
Statistics
Matches: 1349, Mismatches: 336, Indels: 181
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 16 0.01
169 309 0.23
170 427 0.32
171 268 0.20
172 185 0.14
173 75 0.06
174 65 0.05
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGA
CTTTCAAAGGCATGTGCGACTATAAATAGACTTTTTATGCCAATGAATGGCTTTCTCTTCTCCTT
GCCTAAGACAAAGTATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAA
Found at i:12023 original size:340 final size:338
Alignment explanation
Indices: 10218--12166 Score: 1299
Period size: 340 Copynumber: 5.7 Consensus size: 338
10208 TAAAAGCGAC
* * * * *
10218 AATATAAAACAATTTAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTAAAAGCGAGTAATAAG
1 AATATAAAA-AATATAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * * * *
10283 GCTTTCAAAAGCTTGGGTGATTGTAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGAATTTTAC-TCA-AT
65 GCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAA-AGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACAT
* * * * * *
10346 GTTTCATTAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTGA
129 -TTTC-TAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAA-TTAA
* * * * * *
10410 AATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAATA-CTTTTTAAGGCATGTGCGAC
191 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA-AGCTTTTGAAGGCTTGGGCGAC
* * * * ** *
10474 TATAAATGGACTTTTCTCTCCAAT-AGATGG-TTTTTGTTTCAC-TTGGCCTGAGACCA-ATATT
255 TATAAATGGA-TTTTTTCTACAATCA-ATGGCTTTTT-CTTCACATT-TCCTGAG-GTAGACATT
* *
10535 C-AATGATAATCTATTTTAAC-CAA
315 CAAAT-ATAATCTGTTTTAACTAAA
* * ** * * * *
10558 CATATAAAAAATTTTAACCCAAAATGAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAATAAGTAATAAG
1 AATATAAAAAA-TATAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * * * *
10623 GCTTTCAAAGGCATGTGTGACTATAAATAGACTTTT-TATGCCAATGAATGGCTTTCTCTTCTCG
65 GCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAA-AGACTTTTCT-TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACA
* ** * * * *
10687 TTTCCTAAGGCAAAGTTTCAATTATAAAATTTTTTAGCTAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAA
128 TTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAA-TTAAA
* * ** ** * *****
10752 ATCAGTTATGAGATTATAAAACCATGTAAAGTGAGTAATAAAGC-CATG-A-GATTATAAAACCA
192 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGCGA-C-
** * * * **
10814 TATAAATTCAATTTTACCATCAATCAATGGCTTTTT-TTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAAA
255 TATAAATGGATTTTTTCTA-CAATCAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCTGAGGTAGACATTCAAA
* *
10878 TATAATCTGTTTTGACAAAA
319 TATAATCTGTTTTAACTAAA
* * * * * * *
10898 AATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCGATTATGAGGTAATAAAACTATTTAAAGTGAGTACTAAG
1 AATATAAAA-AATATAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * * * *
10963 G-TTGTCGAAGGCTTAAGTGACAATCAATAGACTTTT-TTGGTCAAT-AGGTGACTTTTGT-TTC
65 GCTT-TCAAAAGCTTGAGTGACTAT-AAAAGACTTTTCTT-GCCAATGA-ATGACTTTT-TCTTC
** * * *
11024 ATGTTTTTTGAA-GCAAACATTCAATTATAATTTATTTTAA-TCAAAAA-ATTAAAAAATTCAAT
125 ACATTTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAAT
* * * * ** * * *
11086 GTAAAATCAATTATAACATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGT
188 -TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGC
* * * * *
11151 GACTATAAATGGGCTTTTCTTGT-CAATGAATGGCTTGTTCTTCACATTTTCTGAGGTAGACATT
252 GACTATAAAT-GGATTTT-TTCTACAATCAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCTGAGGTAGACATT
* * *
11215 GAAATATAATCTATTTTAACCAAA
315 CAAATATAATCTGTTTTAACTAAA
* * *
11239 AATGTAAAACAA-ATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATA
1 AATATAAAA-AATA-T-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * * * *
11303 AAGCTTTCAAAAGCTTGAGTGAATATAAATGAATATTTCTTGCTAATGGAT-AGTTTTTCCTT--
63 AGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAAAGACT-TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT-CTTCA
* * * * * ** * * *
11365 CATGTTTCTTGAA-ACAGACAATGAACTATCTTATATTTTAACCAAAAATGTAAAAACA-T-AAC
126 CAT-TTTC-T-AAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAA-
* * * * * * *
11427 TTAAAATCTATTATGAGATTATTAAACTATTTAAAGCAAGTCACAAAGTTTTTGAAGG-TACGGG
187 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCT-TGGG
* * * * ** * ** * * *
11491 TGACTATAATTAGA-TTTTTCTTACCAATGAATGTTTTGTTTTTTCATGTTTCTTGAGATAAACA
251 CGACTATAAATGGATTTTTTC-TA-CAATCAATGGCTT-TTTCTTCACATTTCCTGAGGTAGACA
*
11555 TTCAAATATAATTTGTTTTAACTAAA
313 TTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAA
* * * * * * * *
11581 AATGTAAAAAAAATATAATTTAAAATTATTTATGAGATTATCAAGCCATTTGAAGCT-AGTAAGA
1 AA--TATAAAAAATATAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATA
* * ** * *
11645 AGGGTTTCGATGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTGAC
63 AGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAA-AGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCAC
* * * * *
11710 ATTTTCTAAGGAAAACATTCAATTATAATCTAATTTAACTAACAATATAAAAAAATTCAAGTTTA
127 ATTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAA-TTAA
* * * *
11775 AATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGCGACT
191 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGCGACT
* * * ** * * * *
11840 ATAAATGGATTTTTTTTTATAATCAATGGCTTTTTCTTGACATTTCCAAAGGCATACATTTAATT
256 ATAAATGGA-TTTTTTCTACAATCAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCTGAGGTAGACATTCAAAT
11905 ATAATCTGTTTTAACTAAA
320 ATAATCTGTTTTAACTAAA
* *
11924 AATATAAAAAA-ATAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGG
1 AATATAAAAAATATAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
** * * * * * ***
11988 CTTTTGAATGCTTGTGTGACTATAAAAGAACTTTTCTTGCCAATGGATG-GTGTTTGCTTCATGC
66 CTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAAAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGACT-TTTTCTTCACAT
* * * * * *
12052 TTCCCAAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAGAAAAAATT-AACT
129 TTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAA--T-ATA-AAAAAATTCAA-T
*
12115 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTT
188 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTT
12167 AAATAGTTTT
Statistics
Matches: 1236, Mismatches: 303, Indels: 137
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
338 8 0.01
339 103 0.08
340 424 0.34
341 222 0.18
342 260 0.21
343 122 0.10
344 89 0.07
345 3 0.00
346 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (338 bp):
AATATAAAAAATATAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
CTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAAAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTT
TCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTAAAATCA
ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGCGACTATAAA
TGGATTTTTTCTACAATCAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCTGAGGTAGACATTCAAATATAATC
TGTTTTAACTAAA
Found at i:13791 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13458--29800 Score: 9298
Period size: 171 Copynumber: 95.7 Consensus size: 170
13448 GTCATGGCTT
* * * * *
13458 TTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCATATTTCTTAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
** **
13523 TTAACCAAAAATGCAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGACTTTATAAAACCATTTAAAGC
66 TTAACCAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* ** * *
13588 AAGTAATAATTCTTTGGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATG-GTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
13630 TTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTTTGATTTACGTCTT-TTGAGGTAGACATTCAAGTATAGTCTA
1 TTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGT-TTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
* * * *
13693 ATTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTAAAAAACAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAA
64 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
13758 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGAC
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
13801 TTGTCTTACCAATGAATAGCTTTTTC-TCGATATTTCCTCAA-GTAGACATTCAATTATAATCTG
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTC-ATGTTT-CTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
** * * * *
13864 TTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACAATTTAAAG
64 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
13929 TGACTAATAATGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGAC
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATG-GTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
13972 TTTT-TT-CTTCAATGGATGGC-TTTGACTTCACT-TGTCCTGAA-GCAAACACTCAATAATAAT
1 TTTTCTTGC--CAATGAATGGCTTTTG-CTTCA-TGT-TTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAAT
* * * * *
14032 CTATTTTAACCAATAATATAAAAACATTTAAGC-TAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTT
61 CTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
** * **
14096 AAAATGAGTACTAAGGCTTTC-AAGGTATGGATGACTATAAATAAAC
125 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGG-TGACTATAAATGGAC
* * * * * * * * *
14142 TTTTTTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTGATGTTT-TCAGAGATAGAAATTCAATTATAATTTGT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * *
14206 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTCAACTTAAATTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
14271 CAAGTAATAGGGCTTTTGAAGATGTA-GGTGACTATAAATGGAC
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAG--GTATGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
14314 TCTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-TAGAGGAAGACATTCAAATATAATCTCT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * *
14378 TGTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGC
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * *
14443 GAGCAACAACGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTACAAATGGA-
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
* *
14484 TGTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTT-AGGTAGACATTCAATTATAATAT
1 T-TTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* * *
14547 ATTTTAACCCAAAATGTAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTCATTT
63 ATTTTAA-CCAAAA-ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CCATTT
** * *
14612 AAAGCGAGTAATAACACTTTCGAAGGCT-TGAGTGAATATAGATGGAC
125 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATG-GTGACTATAAATGGAC
* * * *
14659 TTTTCTCT-CTAAT-AGATGGCTTTTATCTT-ACGTTT-TCTGAGGTAGACATTCAATTATAATC
1 TTTTCT-TGCCAATGA-ATGGCTTTT-GCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * * *
14720 TATTTTAACCAATAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAA
62 TATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * *
14785 AGCGAGTAATAAGGCTTTCTAAGGCATGGGTGACTATAAGTGAAC
127 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
14830 TTTTCTTACCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTGC-TAAGGTAAACATTCAATTTTAATCTTT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * ** *
14894 TTTAACTAAAAATATAATAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGT
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
14959 GAGTAATAA-GCTTTCAAAAGCATGGGTGACTAGATATGGAC
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
15000 TTTTCTTGCAAATAAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
* * * * *
15065 TTAACCAAACATATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTGAAG-G
66 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
*
15129 AGTAATAAAGC-TT-----G-A--GTGACTATAAATGGAC
131 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGTGACTATAAATGGAC
* * *** * * * * *
15160 TTTTCTTACCAATGGACAACTTTTGCTTCACGTTT-TTCAAAGTAAACATTCAATTGTAATATAT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * ** * * **
15224 TTTAATCAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATTGACTATGAGATTATAAAACCTTTTAAATT
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
15289 AAGTAATAAGGATTTTGAAGGAATGGGTGACTATACATGGAC
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
** ** * * * * * *
15331 TTTTCTTGAAAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTAAAATATAATCTGTT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
* * * * ** *
15396 TTAACCAAAAATGTAAAAAAAATT-GACTTAAAATCAGTTATGAGATTATGAAAGTATTTAAATC
66 TTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * *
15460 GAGTAATAAAGCTTTCAAAGGTTTAAGTCATTATAAATGGA-
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
** * ** * * * * *
15501 TATTTCTTGCCAATTCATGGCTTTTGCTTTACCTTTCCTAAAGAAGAGATTCAATTATAATATAT
1 T-TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * * * *
15566 TTTTA-CTAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAAAT-AATCATGAGATTACAAAGCCATTTAAAG
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * ** *
15629 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCACGGGTGACTGCAAATGAAC
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTA-TGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * *
15672 TTTTTTTTGTCAATAAATGACTTTTTG-TTTATGTTTC-TAGAGGCAGGCATTCAATT-T--GC-
1 -TTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTGCTTCATGTTTCTTA-AGGTAGACATTCAATTATAATCT
* * * * *
15731 -TTTT-ACCAAAAATGTAAAAATATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAA
63 ATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* *
15794 GCGAGTAATAA-GCTTTTCAAAGGCT-TGAGTGACTATAAATAGAC
128 GCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGG-TATG-GTGACTATAAATGGAC
* * * ** * * * * *
15838 ATTTCTTGCCAATTG-GTGGCTTTTGCTTTACCTTTCCTAAAGCAGAGATTCAATTATAATATAT
1 TTTTCTTGCCAA-TGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * * * * *
15902 TTTTA-TAAAAATATAAAAAAATTCAA-TTTAGATTAATTATGAGATTCTAAAACTATTTAAAGC
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
15965 AAGTAATAAGGCTTTTG-AGGCATAAGTGACTATAAATGGGC
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
** * * * * * * * * * * *
16006 TTTTCTTATCAATGAATGGTTTTTTCTTAACGTTTAC-TGAGGCAAACTTTTAAATATAATCTGT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* *
16070 TTTAATCC-AAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAAG
65 TTTAA-CCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** * *
16134 C-AGGTAATTGGGGTTTCGAAGGCT-TGAGTGATTATAAATGGAC
129 CGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATG-GTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * * * * * *
16177 TTTTCTTTCTAGTGGATAGCTTTTGCTTCACGTTT-TCCAAAGCACATATTCAATTATAATATAG
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTA-
* * * * *
16241 TTTT-AGCAAAAATATAAAAAACTTCAACCTAGAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
64 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
16305 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TAGGTGACTATAAATGGAT
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TAT-GGTGACTATAAATGGAC
** * * * * * * * * *
16348 TTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTTACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTGTAATTTGTT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
* * * * *
16413 TTAGCTAAAAATATCAAAAATAATTCTACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAG
66 TTAACCAAAAATAT-AAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
16478 TGAGTAATAAGACTTTCAAAGACT-TGAGTGACTATAAATAGAT
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-GTATG-GTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * *
16521 TTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTTTGGTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATGACAATCTAC
1 TTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
** * ** ** * * * *
16585 TTTAATGAACAATATAAAAAAATTCAACCAAAAAATTGATTATTAAATTATAAAATCATTTAAAA
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* **
16650 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAACGACTATAAATGGAC
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATG-GTGACTATAAATGGAC
** * * ** * * * * * * * * *
16693 TTTTCTTATCAACGAATAGCTTTTTTTTCACGTTTGTTGAGGTAAACACTCAAATATTATTTGTT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
* * * * **
16758 TT-ACCTTAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAACTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAAT
66 TTAACC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
16821 GAATAATAAGGCTTTCGCAGGCATGGGTGACTATAAATAGAC
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
16863 CTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAATGTAAAC-TTACAATTATAATATAT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATT-CAATTATAATCTAT
* * * * *
16927 TTTAA-TAACAATTGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAG
65 TTTAACCAA-AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * ** * * * * *
16991 TGAATAATGATACTTTTGATGGCATGAGTGACTGTAAACGGAC
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATG-GTGACTATAAATGGAC
* * * ** * * * * *
17034 TTTTCTTTCTAATGAATGGCTTTTGCTTAACATTTCCTGAGGTAAACATTTAATTATAATATATT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
* * * * * * *
17099 TTTACCAACAATATTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAATCATTTAAAGCA
66 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
17164 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAGATGGAT
131 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
** * * * *
17205 TTTTCTTATCTATGAATAGCTTTT-TTTCATGTTT-TCTATA-GTAGACATTCAATTATAATCTC
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-TA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTA
* * * *
17267 TTTTGATCAAAAATGCA-AAAAAAATTCAGCTTAAAATC-ATCTATGAGATTATAAAACTATTTA
64 TTTTAACCAAAAAT--ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACCATTTA
* ** * *
17330 AAG-GAAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATGGTTGGCTATAAATGGGC
126 AAGCG-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGG-TGACTATAAATGGAC
*** *** * * * * *
17376 TTTTCTTATTAATGAATCATTTTTTCTTTACAT-TTTC-CAAGGTAAACATTTAAATATAATCTA
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGC-TT-CATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
* * * ** **
17439 TTTTTACCCAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATTGATTATGAGATTATAAAACCATTTCGAG
64 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * ** * *
17504 CGTGTAATAAGGATTTCAAAAACT-TGAGTGACTGTAAATAGAC
129 CGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGTATG-GTGACTATAAATGGAC
** * * * * * * * **
17547 TTTTCTTGTTAGTGGATGGCTTTTACTTTACGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAAAATATT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
* * ** * * * * * *
17612 TTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATTGATTATGAGGTTTTAAAATCATGTAGAGCA
66 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * *
17676 AATAACAAGGCTTTCGAAGGAATGTGTGACTATAAATGGAC
131 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATG-GTGACTATAAATGGAC
* ** * * * ** * * * * *
17717 ATTTCTTGTTAATAAATGGTTTTTGCTTCTTGTTTCCCATA-GAAAACATTCAAATATAAACTGT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * ********** *
17781 TTTAGCCAAACATGTAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAANNNNNNNNNNGT
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* **
17845 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGACTATGGATGGAC
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGG-TGACTATAAATGGAC
* * * * * * * * * *
17887 CTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACTTTTTC-CAAGGCAAAAATTCAATTGTAATCTAT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCA-TGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * *
17951 TTTAGCCAAAACGTATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
65 TTTAACCAAAA-ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
18016 TGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGAGTGACTATAACTGGAT
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATG-GTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * *
18059 TTTTCTCT-CTAATGGATAGCTTTTACTTCACGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATGT-TAATCTA
1 TTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAAT-TATAATCTA
* * ** * * *
18122 TTTTAA-TAAAAACTATAAAAACATTTGACCTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
64 TTTTAACCAAAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
18186 ACAAGTAATAACGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGAT
128 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * * *
18230 TTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTTATGGTAAATATTTAAATATTATCTATT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
* ** *
18295 TTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGTCATTTAAAGTG
66 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* *
18360 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTAACTATAAATGGAC
131 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * * * * ** * * *
18401 CTTTCTTACCAATAAATAGCTTTTCCTTCACT-TTTCCCAAGGTAGACGTTCAATTACAATATAT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCA-TGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
** * * * * *
18465 TTTAATAAAAAATATAAACAAATTTAACTTAAAATTAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAAC
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* ** **
18530 TAGTAATAATACTTTTAAAGGCT-TGG-G--TATAAATGGAC
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATGGTGACTATAAATGGAC
*** * * ** * *
18568 TTTTCTTAATAATGAATGGCTTTTTCTTGACATTTCCTAAGGCT-GACATTGAATTATAATCTAT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGG-TAGACATTCAATTATAATCTAT
** * *
18632 TTTAAATAAAATTATAAAAGAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
65 TTTAACCAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * ** * * * *
18696 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCT-TAACTAACTACAAAAGAAC
129 CGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * * * *
18739 TTTGCCTCCCAATGGATGGCTTTTGCCTCACGTTTC-AAAAGTAGACATTCATTTATAATATATT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
* * * *
18803 TTAACAAAAAATATGAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
66 TTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* *
18868 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTTACTATAAATGGA-
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * * * ** * * * * * * *
18909 GTTTCTTACTAACGAATAACTTTTTCTTCATGTTTCTTAATGCAAACATTCAAATATTATCTGTT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
* * *
18974 TTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
66 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
19039 AGTAATAGGGTTTTTGAAGGCT-TAAGTGACTATAAATGGAC
131 AGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TAT-GGTGACTATAAATGGAC
** * * * * ** *
19080 TTTTCTTATCAATTG-ATAGCTTTTGCTTCACGTTT-TCTAAAGCAGATGTTCAATTATAATATA
1 TTTTCTTGCCAA-TGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
* * * * * * * *
19143 TTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATTAGTTATGAGATTGTCAAACTATTTAAAG
64 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
19208 CGAGTACTAAGGCTTTCGAAGGTATAGGTGACTAGAAATAGAC
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * * *
19251 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTGATT-ATGCTTCCTAAGTTAGACTTTTAAATGTTATCTAT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * * * * * *
19315 CTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAATTTAATTATCAGATTAT-AAACCATTTAAAGT
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* **
19379 GAGTAATAAGTCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATAAAC
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TAT-GGTGACTATAAATGGAC
* ** *
19421 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCCTTGACAT-TTTC-TAAGACAGACATTCAATTATATTCTA
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTT--CATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
* * *
19484 TTTGAACAAAAAATTTAAAAACAATT-AA-TTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
64 TTTTAACCAAAAATATAAAAA-AATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * *
19547 AGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGAATGACTATAAATGGAC
127 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATG-GTGACTATAAATGGAC
* * * * ** * * * *
19592 TTTACTTGCCAATGGATGCCTTTTGCTTCATGCTTCCCAAAGTAGATATTTAATTATAATATATA
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT-
* * * * * *
19657 TTTAATCAAAAATATAGAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGTGAATATAAAACTATTTAAAA
65 TTTAACCAAAAATATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
19722 CGACTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGTAC
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * ** ** * *
19765 TTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACT-TGTCCAAAGACAAACATTCAATGATAATCTA
1 TTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCA-TGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
* * * * * * *
19828 TTTTAACCAACAATATAAAAAAATTTAACCTAAAATGAATTATAAGATTCTAAAACCATTTAAAA
64 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* *
19893 TGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGGTATGGGTGACTATAAATAGAC
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * ** ** * * *
19936 TTTTCATACCGATGAATAGCTTTTTCTTGATGTTTCCAAAGCCAAACATTCAATTATAATATGTT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
* * *
20001 TTAACTAAAAATGTAAAAAAAAACTT-AACTTATAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
66 TTAACCAAAAA--TATAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * *
20065 G-TAGGTAATAGGGCTTTCGAAGGTGTAGGTGACTATAAATGTAC
128 GCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * *
20109 TCTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TCAGAGGCAGACATTCAAATGTAATCTCT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* ********** *
20173 TTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACTATTTAAAG
65 TTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
*
20237 CGAGTAATAAGACTTTCGAA-GTCATGGGTGACTATAAAT-GAC
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGT-AT-GGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
20279 TTTTACTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTATCAAGGCAGACATTTAAATATAATCTAT
1 TTTT-CTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * * * * *
20344 GTTAACC-AAAAT-TACAAAAA---AATTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACTATTTAGAGT
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
20404 AAGTAATGAGGGTTTTGAACGCT-TGAGTG-CTATAAATGGAC
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGTATG-GTGACTATAAATGGAC
* * ** * ** *** * * *
20445 TTTTCTTGCTAGT-AGATACCTTTTGCATCATGTTTCCCAAAACAGATAGTT-AGTTATAATATA
1 TTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACA-TTCAATTATAATCTA
* * * * * * * * *
20508 TTTTAACCAAAATTGTAAAAAGATTTAACTCAAAATCGATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAC
64 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* *
20573 CAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-AGTGGGTGACTATAAATGGAC
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTA-T-GGTGACTATAAATGGAC
* * ** * ** * * * *
20616 TTTTTTTACCAATGAATGG-TTTTTTTTCATATTTC-TAGAGACAGACATTCAAATGTAATTTGT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * *
20679 TTTAA-CAAAAAAAGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTCTGTGATTATAAAACTC-TTTAAA
65 TTTAACCAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-CATTTAAA
* * *
20742 GCGAGTAATAAGGGTTTTGAAAGCT-TGAGTGACTATAAATGGAC
128 GCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGTATG-GTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * * *
20786 TTTTCTTACCAGTGGATGGCTTTTACTTCACGTTTC-CAAGAATAGACATTGAATTATAATATAT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAG-GTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * * ***
20850 TTTAACCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATTAGACTATAAAACTATTTAANNN
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
******* * * *
20915 NNNNNNNAAGGCTTTCAAAGGCT-TAAGTGACTATAAATAGAC
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * * * * ** *
20957 TTTTCTTGTCAAT-AGATGGC-TTTGCTTCATGTTTGTCAAGGTAAACATTCCATTCCAATATAT
1 TTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * * * *
21020 TTGAACTC-AAAATATAAAAAAA-TCAAC-TAAATATCAATCATGATATTATGAAACTATATAAA
65 TTTAAC-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA-ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* *************************
21082 GCAAGTAATAAGGCTTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
128 GCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGTATGGTGACTATAAATGGAC
*****************************************************************
21126 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
******** * * ** * * * ** *
21191 NNNNNNNNAGACATTCAAATATT-ACCTGTTTTAACCAA-AAATGTAAACAAATTCAACTTAAAA
66 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAC----TTAA--AATCAAT-T-ATGAGATT--A--TAAAA
* * *** * ** * * ** *
21254 TCAATT-ATTTGA-TTATAAAACCATT-GAAAGTGAGTAATAAGGCT-TCCAAA-GG--
119 CCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGT-A-TGGT--GACTAT--AAATGGAC
*** * ** ** * ** * *
21306 TTTGAGTG--AATATAAGTGGACTTTT-CTTGCTAGTGGATGGCTTTTGCTTTACTTTTCTTGAG
1 TTTTCTTGCCAAT-GAA-TGG-CTTTTGCTT-C-A-T-G-TTTCTTAAGGTAGAC-ATTC---AA
** * * * * * * * * *******
21368 GCAGACATTCAATTATAATC--TATTTTAAATAACAATAT-AA--AAAAATTCAACTTNNNNNNN
54 TTATA-A-TCTATTTTAACCAAAAATATAAA-AA-AAT-TCAACTTAAAA-TCAA-TTATGAGAT
************* * * * *** *
21428 NNNNNNNNNNNNNAAAACTATTTAA-AA-GAAGTAGTAAGGCT-T--T--C-A-AAA--G-C
112 TATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCG-AAGG-TATGGTGACTATAAATGGAC
* *** * * * * ** **** *** *
21478 -ATAGGTGACTATAAATGGGCTTCT-CTTATCAATGAATGGCTTTCTCTCCATGTTTTTCAAGGT
1 TTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTGC-T-TC-ATG--TTTCTTAAGGT--A-GACATTCAA-TT
* ** * * * *
21541 A-GA-C-A-TTTAAATATAATTAGTTTTAACCAAAAATCTAAAAAAAATCAGCTTAAAATCAATT
56 ATAATCTATTTTAACCA-AA--A-ATATAA--AAAAAT-T-----CAA-CT---TAAAATCAATT
** * * * *
21602 ATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATTAGGGTTTCAAAGGCT-TGAGTGACTATAAATA
105 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATG-GTGACTATAAATG
21666 GAC
168 GAC
** * * * * * * *
21669 TTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCTTGTCTCTTAAGTTAAACATTCAATTACAATCTGTT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
* * * *
21734 TTAAGC-AAAATGTAAAAAAATT-AAATATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA-TTAAAGC
66 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* *
21796 AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTAGTGAG-GA-TA-AAATAGAC
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TA-TG-GTGACTATAAATGGAC
* * * ** * *
21837 -TTTCTCT-CCAATGGATGGCTTTTGTTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATGTAT
1 TTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * * * * * *
21900 TTTAACTAAAAATGTAATAAAGTTCAACTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGT
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
21965 GAGTAATAAGGCTATCGAAAGTGTCGGTGATTATAAATGAAC
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * * * *
22007 TTTTTTTACCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTCCTAAGGCAAACACTCAATTATAATTTATT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
* ********** * * * *
22072 TTAACTANNNNNNNNNNAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTAAAAAATCATTTAAAGCA
66 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* *
22137 AGTAATAAGGGTTTCGAAGGGT-TGAGTGACTATGAATGGAC
131 AGTAATAAGGCTTTCGAA-GGTATG-GTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
22178 TTTTCTTGCCAATAGAAAGG-TTTTGCTTCACGTTTTTTAAAGCAGACATTCAATTATAATATAT
1 TTTTCTTGCCAAT-GAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * *
22242 TTTAATC--AAA-ATAAAAAAA-TCTAACTTAAAAGT-AATTATCAGATTTTAAAACCATTTAAA
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC-AACTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
22302 GCAAGTAATAGGGATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAGATGGAC
128 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATG-GTGACTATAAATGGAC
* * ** * * * * * *
22346 TTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCTGAGGCT-GACATCCAAATATTATCTGT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGG-TAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * * **********
22410 TTTAACCAAACATGT-AAAAAA-TGAACTTAAAATCAATTATCAGATTANNNNNNNNNNTAAAGC
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
** * * * *
22473 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGCCT-TGAGTGATTGTAAATGGAT
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAG-GTATG-GTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
22515 TTTTCTTTCCAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCATACATTCAATTATAATATATT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
* * * * * *
22580 TTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA-CTAATTACGAGAATAGAAATCCATTTAAAAC
66 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
22644 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGATAATGGTGACTAAAAAAT-AAC
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGT-ATGGTGACT-ATAAATGGAC
* ** * * * * * *
22686 TTTTTTTTTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCT-AGGTAGGCACTCAATTGTAATATGT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* ** * * * * *
22750 TTTAAACATGAATGTAGAAGAATTCAACTGAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* *
22815 GAGTAATAAGGGTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAAAGGAC
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATG-GTGACTATAAATGGAC
* * * * *
22857 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATACTTTCTCAA-GTAGACATTCAATTATAATATAT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCAT-GTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * * *
22921 TTTAATCAAAAATATAAAAATAATTCTATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG
65 TTTAACCAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* ** *
22986 CAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTAACTATAAATGGAC
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
23029 --TT-TTGCCAATGAATGGTTTTTCCTTCATGTTT-TTCAAGGCAGACATTCAATTATGATCTGT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
** * * ** *
23090 TTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGT
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
23155 GAGTAAAAAGGGTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATAG-C
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATG-GTGACTATAAATGGAC
* * * * * * ** * * *
23196 CTTTCTTACTAGTG-ATGGCTTTTGCTTCATATTTTCTGAA-ACAAACATTGAATTATAATATAT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCAT-GTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * *
23259 TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGC
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
23324 -AGGTAATAAGGCTCTCAAAGGCT-TGAGTAACTGTAAATAGAC
130 GA-GTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATG-GTGACTATAAATGGAC
* * *** * * **
23366 TTTTTTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAAACAGATATTCAATTGTAAGATATT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
** * * *
23431 TTAACCAAAAATGCAAACAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTCTAAAACCATTTAAAGC-
66 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * *
23495 ATATAATAAGGCTTTCGAAGTTATGGATGACTATAAATAGAC
131 A-GTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGG-TGACTATAAATGGAC
* * * * * * * * *
23537 TTTTCCTT-TCAATAAATTGCTTTTTCTTCACGTTTC-TAGAGGAAAACATTC-ATATATTATTT
1 TTTT-CTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTA-AGGTAGACATTCAAT-TATAATCT
* * * *
23599 GTTTTAACCAAAAATATAAAAATATCCAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
63 ATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
23663 AGCGAATAATAAGGTTTTCAAAGGCT-CGAGTGACTATAAAAGGAC
127 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATG-GTGACTATAAATGGAC
** ** *** * *
23708 TCTTT-TTATCAATGGGTAAATTTTGCTTCACGTTTCTCGAA-GTACG-CATTCAATTATAA-CA
1 T-TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-TAAGGTA-GACATTCAATTATAATC-
** * * * * *
23769 TATTTTAATAAAAAATTTTAAAAAATTTAACTTAAAATCGATTGTGAGATTATAAAACCATTTAA
62 TATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * *
23834 AGTAAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGC
127 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
** * ** * * * * *
23878 TTTTCTTTTCAATGAATAG-TTTTTTTTCATGTTTTTTAAGGTAGATATTCAAATATAATATAGT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
* * * * *
23942 TTAACCAAAAATGTGAAAAAACTCAA-TGTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
66 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
24006 GAATAATAAGGCTTTCAAAAGTATGGGTGACTATAAATTGAC
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * * ** * * **
24048 TTTTCTTACCTATGGAA-GGCTCTTGCTTCACATTTCTTGAA-GAAAACATTCAATTATAAGATA
1 TTTTCTTGCCAAT-GAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
** * ** *
24111 TTTTAATAAAAAAATGTAAAAACCTT-AACTTAATATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
64 TTTTAA-CCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
24175 GCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGTATAGGTGAGTACAAATGGAC
128 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * * *
24219 TTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTGCTTCACGTTT-TCAGAGGCAGATA-TCTAATTGTAATTTG
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTA-AGGTAGACATTC-AATTATAATCTA
* * * *
24282 TTTTAACCCAAAAA-GTAAAAGAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATGTAAA
64 TTTTAA-CCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * *
24346 GTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGACTATATATGCAC
128 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGG-TGACTATAAATGGAC
* * * *
24390 TTTGT-TTGCTAATGAATGGCTGTTT-TTTCATGTTT-TCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCT
1 TTT-TCTTGCCAATGAATGGCT-TTTGCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* * * * ** *
24452 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGTATTTCAA
63 ATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* *
24517 GCGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGAC
128 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * * *** * *
24561 TTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTCT-CTTTATGTTTCTTGACACAGACATTCAAATTCT-ATCTG
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-TGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTC-AATTATAATCTA
* * * * * * * * *
24624 TTTTAACAAAAAAATGTAAAACAATTCAGCTTAAAATTAATTATGACATTACAAAAGCATTTAAG
64 TTTTAAC-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * *
24689 GCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGGGTGACCATAAATGGAC
128 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TAT-GGTGACTATAAATGGAC
**** * * * * ** * * * *
24733 TTTTCTTATTTATGAATGACTTTTTCTTCATATTCCCCAA-GTAGATATTCAAATATTATCTAGT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
* * * * * *
24797 TAAACCTAAAAA-CTAAAAACATTCAAGTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCATTTTAAGC
66 TTAACC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
24861 GAGTACTAAGGGTTTTGAAGGCT-TGCTTGACTATAACTGGAC
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATG-GTGACTATAAATGGAC
* * * *
24903 TTTTCTTGCC-A-GCAGATGGCTTTTGCTTCATATTT-TTCAAGGTCGACATTCAATTACAATAT
1 TTTTCTTGCCAATG-A-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCT
** * **********
24965 ATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAANNNNNNNNNNGATTATAAAACCATTTAAA
63 ATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * ** *
25030 GTGAGTAATAAGGATTTCGAAGACATAGGTGGCTATAAATGGAC
128 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * ** * * * * * *
25074 TTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTATCAAGGTAGATATTTAGTTATAATCTGTT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
* * * ***************** *
25139 TCAACAAAAAATGTAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
66 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
*
25204 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTA-GAGTGACTATAAATAGA-
131 AGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATG-GTGACTATAAATGGAC
* * * * ** * * **
25244 TTTTTTGTGCCAATGGATAGCTTTGGCTTCATGTTTCCCAAGGGAAACATTCAATTATAATAAAT
1 TTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * * * * * *
25309 TTGAA-TAAAAGGTATAAAAAACTTCGACTTAAAAT-ATATTATAAGATTATAAAACTATTTGAA
65 TTTAACCAAAA-ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * **
25372 GCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATAAAC
128 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATG-GTGACTATAAATGGAC
* * * * ** * *
25416 TTTT-TT-CTCTAGTGGATGTCTTTTGTTTCATGTTTCCCAAGATAGACATTCAATTATAATATA
1 TTTTCTTGC-C-AATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
** ** * *
25479 TTAAAAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTTAAA
64 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAA
* *
25544 G-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAAAGAAC
128 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATG-GTGACTATAAATGGAC
* * * *
25587 TTTTCTTAG-TAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTT-AGAGTAGACATTCAATTATAATATA
1 TTTTCTT-GCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAG-GTAGACATTCAATTATAATCTA
* * * * *
25650 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCTATTATGAGATTGTAAAACCATTT-AAC
64 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** * *
25714 CGAGTAATAAGGCTTTCGACGACATAT-GTGACTATAAGTAGAC
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGA--AGGTATGGTGACTATAAATGGAC
* *** * * * ** ** * * *
25757 TTTTATAATCAATAAATGACATTTTTCTTCACATTTCCAAAGGTAGATATTCAATTATAATATGT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * * *
25822 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTATAACATTATAAAACCATTTAAAGT
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
** * * * * *
25887 GAGTAATAATACTTTTGAAGGCATAAGTGATTGTAAATGGAC
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
25929 TTTTCCT-CAAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTTCTT-AGGCAGACATTTAGTTATAATCTAT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * *
25992 TTTAACCAACAATATAAAAAAATTCAA-TGTAAAATCAATTATGAGATTATACAACTATTTAAAG
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** * ** * * *
26056 TTACTAATAAACCTTTTGAAGGTTTGGGTGACTAAAAATGGAC
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
26099 TTTTCTTACCAATGAATGG-TTTTTCTTCATGTTT-TCTGAGGTAAACATTCAAATATAATCTGT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* *
26162 TTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAAC
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
26226 GAGTAATAAGGGTTTCAAAGGCT-TGAGTGAATATAAATGGAC
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATG-GTGACTATAAATGGAC
* * * * *** * *
26268 TTTTCTTACCAGTGGATGGCTTTTGCCTT-ATGTTTCCTAAAAAAGACATTGAATTATAATATAT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTG-CTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * *
26332 TTTAA-TAAAAAGTATAAAAAAATTTAACTTAATATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAA
65 TTTAACCAAAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
26396 TGAGTAATAATGG-TTGCAAAGGCT-TGAGTGAATATAAATCGAC
129 CGAGTAATAA-GGCTTTCGAAGG-TATG-GTGACTATAAATGGAC
* * * * ** * * * *
26439 TTTTCTTACCAGTGGATGGCTTTTGCCTT-ATGTTTCCTGAA-AAATATATTGAATTATAATATA
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTG-CTTCATGTTT-CTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
** * * * **
26502 TTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAAC-TAAAATTAATTATGACCTTATAAAACCATTTAAAG
64 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
26566 CGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTGTAAATGGAC
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATG-GTGACTATAAATGGAC
* * ** * * ** * * * *
26609 TTTTCTCT-TCGATGGGTAGTTTTTGCTTCAAATTTTTTGAGGCAAACATTCAA-TATAATCTAT
1 TTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * * *
26672 TTTAA-CAACAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAGA
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
26736 TAGTAATAAGGCTTTCGAGGGTATGGGTGACTATAAATGCAC
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
26778 TTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTTTATGTTT-TT-AGATAAACTTTCAATTATAATCTATT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
* * * *
26841 TTAACCAAGAATGTAAAAACAATTCAACTTAATATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGC
66 TTAACCAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
26906 AAGTAATAAGAGGTTT-GAATGCT-TAAGTGACTATAAATGGAC
130 GAGTAATAAG-GCTTTCGAA-GGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * ** * * * ** * * *
26948 TTGTCTTGACAGCGGATTGCTTTTGCTTCATGTTTTCTGAA-ACAAAGATTCAATTATAATATAT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * *
27012 TTTAA-TAGAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCCTTTAAAA
65 TTTAACCA-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * **
27075 CGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAAAC
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATG-GTGACTATAAATGGAC
* ** * * * * * *
27118 TTTTCTCT-CCAATAAATATCTTTTACCTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAGTTATAATATAT
1 TTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * * * *
27182 TTTGACCAAAAACATAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGT
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * **
27247 GAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATGTTTGACTATAAATATAC
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATG-GTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * * *
27289 TTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCCTATTTCTTGAGATAGGCATTCAGTTATAATATATT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
* * * **
27354 TT-ACTAAAAAATATAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAT
66 TTAAC-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
27418 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACAATAAATGTAC
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * * *
27460 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACTTTCAATTATAATCTATT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
* * * * * *
27525 TTAACTAAAAGTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTG
66 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * *
27590 AGTAATAATGCTTTTGAAGGCT-TGACTAACTATAAAAGGAC
131 AGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATG-GTGACTATAAATGGAC
* ** * ** * * * **
27631 TTTTCTTGCCAATGGATGGCCTTTTTTTTTACATTTCCTAAAGTAGACATTCAGTTATAAAGTAT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGG-CTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * * * *
27696 TTTGACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAACTATAAGATTATAAAACTATTAAAAGC
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * ** * * * **
27761 GAATAATATGGCTTTTAAATGTTTGAGTAACTATAAAAAGAC
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATG-GTGACTATAAATGGAC
* * * *
27803 TTTTCATGCCAATGAATAGCTTTTGCTTCATGTTT-TTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATAT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
** * * * * *
27867 TTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAAATTAAAGTCAATTTTGAGATTATAAAACCCTTTAAAGC
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * **
27932 GAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAAAC
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * ** * * * * *
27974 TTTCTCTT--CAGTGGATTTCTTTTGTTTCACGTTTCCCT-AGATAGACATTCAATTATAATATA
1 TTT-TCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
** * * * * * * * *
28036 TTTCCATCAAAAATCT-GAAAAATTTAACTTAATATGAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAG
64 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
28100 TGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGTG--
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATG-GAC
* * ** * * ** *
28141 TTTT-TTGCCAATGAATGGCTTTTTCATCATGTTTCTCGAGGCATATTTTCAATTATAATCCATT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
* * * *
28205 TTAACTAAAAATGTAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGT
66 TTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
28269 GAATAATAAAGG-TTTTGAATGCT-TGAGTGACTATAAATGAAC
130 GAGTAAT-AAGGCTTTCGAA-GGTATG-GTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *** *
28311 TTTTCTTACCAACGGATAGCTTTTGCTTAATATTT-TCTAAAACAGACATT-ATATTATAATATA
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGACATTCA-ATTATAATCTA
* * * *
28374 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAATATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
64 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *** * **
28439 TGAGTAAGAATGCTTTTGAAAACATTGGTAACTATAAATGGGT
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTA-TGGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
28482 TTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTTCTTCATGTTTCCTT-AGGAAGACATTCAATTATAATTTG
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTGCTTCATGTTT-CTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
** * *
28546 TTTTAATAAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAA
64 TTTTAACCAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * ***
28611 ACAAGTAATGATGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAACAAAC
128 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATG-GTGACTATAAATGGAC
* * * * ** * * *
28655 TTTTCTCT-CCAATGGATGTCTTTTACTTCACGTTTCCCAAGATAGACATTCAATTTTAATATAT
1 TTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * ** * * * **
28719 TTTGA--TAAAATGTAAAACTATTCAACTTCAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAAT
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
28782 GAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGATTATAAATGTAC
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * ** * ** *** * *
28824 TTTTTTTACCAATGAATAACTTTTTTCTTCGCGTTTCCCGAGAG-AAACATTCAATTATAATCTG
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTGCTTCATGTTTCTTAAG-GTAGACATTCAATTATAATCTA
* * * *
28888 TTTTAACCAAAAATGTTAACAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
64 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
28952 TGAGTAATAAGAG-TTTCAAAAGCTCA-AGTGACTTTAAATGGAC
129 CGAGTAATAAG-GCTTTC-GAAGGT-ATGGTGACTATAAATGGAC
* ** *** * ** * **
28995 TTTTTTTTTGTGAGCAAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAATAGACATTCAATTGTAATAAA
1 --TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
* * * **
29060 TTTTAGCCAAAAATGT-AAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAGTCATTTAAA
64 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * ** *
29123 GCAAGTAACAATACTTTCGAAGATATGGGTGACTATAAATGGAC
128 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
29167 TTCTT-TTGCCAATGAATGGCTTTTTTCTTCAAGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATG
1 TT-TTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
* * * *
29231 TTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAACCATTTAAAG
64 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** ** * * *
29296 TAAGTGGTAACGCTTTCAAAGGCT-TGGCTGACTATAGAA-GAAC
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATGG-TGACTATA-AATGGAC
*** * * * *
29339 TTTTCTCATCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTATA-GTAGATATTCAATTATAAAT-TA
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTA-AGGTAGACATTCAATTAT-AATCTA
* * ** * *
29402 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATT-AACTCGAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTAAAA
64 TTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * *
29466 GCAAGTAATATGGCTTTTGAA--TACTTGTGTAACTATAAATGGAC
128 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTA--TG-GTGACTATAAATGGAC
*** * * * ** *
29510 -TTTCGCACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTTGAGACAGACA-TCAATTATAATATATT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
* * ** *
29573 TTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTGTTTAAACCG
66 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * * *
29637 AATAGTAATGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTACAAATGAAC
131 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * *
29678 TTTTTCCT-CTAATGGATGTCTTTTGCTTCATATTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAATATAT
1 -TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * * *
29742 TTTGATCAAAAATATAAAAAAAATT-AATTTAAAATTAATTATGAGACTATAAAACCATT
65 TTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
29801 AAAATGTACT
Statistics
Matches: 12443, Mismatches: 3104, Indels: 1249
0.74 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
159 1 0.00
160 115 0.01
161 9 0.00
162 2 0.00
163 1 0.00
164 7 0.00
165 107 0.01
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176 1 0.00
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191 10 0.00
192 11 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
AGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGTGACTATAAATGGAC
Found at i:29996 original size:302 final size:300
Alignment explanation
Indices: 29517--30087 Score: 674
Period size: 302 Copynumber: 1.9 Consensus size: 300
29507 GACTTTCGCA
* * *
29517 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTTGAGACAGACATCAATTATAATATATTTTAATAAAA
1 CCAATGAATGGCTTTTGCATCATGTTTCTTGAGACAGACATCAATTATAATATATTTTAATAAAA
* ** * *
29582 ATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTGTTTAAACCGAATAGTAATG
66 ATAAAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAATAATAATA
* *
29647 CTTTCGAAGGCATAAGTGACTACAAATGAACTTTTTCCTCTAATGGAT-GTCTTTTGCTTCATAT
131 CTTTCGAAGGCATAAGTGACTACAAATGAACTTTTTCCTCCAATGGATAG-CTTTTGCTACATAT
* * *
29711 TTCCTAA-GATAGACATTCAATTATAATATATTTTGA-TCAAAAATATAAAAAAAATT-AATTTA
195 TTCCTAAGGATA-AAATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATAT-AAAAAAATTAAACTTA
*
29773 AAATTAATTATGAGACTATAAAACCATTAAAATGTACTTTATTG
257 AAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTAAAATGTACTTTATTG
* * *
29817 CCAATGAATGGCTTTT-CATCTTGTTTCTTGAGGA-AGACTTTCAATTATAATCTATTTTAACTA
1 CCAATGAATGGCTTTTGCATCATGTTTCTTGA-GACAGAC-ATCAATTATAATATATTTTAA-TA
* * * ** *
29880 AAAATGTAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGGGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
63 AAAA--TAAAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAATAA
* * * * *
29944 TATTACTTTTGAAGGCATAATTGACTATAAATTG-ACTTTTGT-TTCCAATGGATAGCTTTTGCT
126 TAATACTTTCGAAGGCATAAGTGACTACAAA-TGAACTTTT-TCCTCCAATGGATAGCTTTTGCT
* * * * * *
30007 ACATGTTTTCTAAGGCTAAAATTCAATTATAATCTATTTTAACTAACAATATAAAAATATTAAAC
189 ACATATTTCCTAAGGATAAAATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAAC
30072 TTAAAATCAATTATGA
254 TTAAAATCAATTATGA
30088 AATTAAAAAA
Statistics
Matches: 226, Mismatches: 34, Indels: 20
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
299 16 0.07
300 36 0.16
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302 141 0.62
303 19 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (300 bp):
CCAATGAATGGCTTTTGCATCATGTTTCTTGAGACAGACATCAATTATAATATATTTTAATAAAA
ATAAAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAATAATAATA
CTTTCGAAGGCATAAGTGACTACAAATGAACTTTTTCCTCCAATGGATAGCTTTTGCTACATATT
TCCTAAGGATAAAATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAAT
CAATTATGAGACTATAAAACCATTAAAATGTACTTTATTG
Found at i:30249 original size:473 final size:470
Alignment explanation
Indices: 29387--30277 Score: 1089
Period size: 473 Copynumber: 1.9 Consensus size: 470
29377 ATAGTAGATA
*
29387 TTCAATTATAAATTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTAACTCGAAATCAATTATGAGATTA
1 TTCAATTATAAATTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTAACTCAAAATCAATTATGAGATTA
* * * **
29452 TAAAATCATTAAAAGCAAGTAATATGGCTTTTGAATACTTGTGTAACTATAAATGGACTTTCGCA
66 TAAAACCATTAAAAGCAAGTAATATGACTTTTGAAGACTAATGTAACTATAAATGGACTTTCGCA
* * * * *
29517 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTTGAGACAGACATCAATTATAATATATTTTAATAAAA
131 CCAATGGATAGCTTTTGCTACATGTTTTCTAAGACAGAAATCAATTATAATATATTTTAATAAAA
* * * * *
29582 ATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTGTTTAAACCGAATAGTAATG
196 ATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAAATTAAAAAACTGTTTAAACCGAACAATAAGG
* * * *
29647 CTTTCGAAGGCATAAGTGACTACAAATGAACTTTTTCCTCTAATGGATGTCTTTTGCTTCATATT
261 CTTTCAAAGGCATAAGTGACTACAAATGAACTTTTTCATCTAATGAATGACTTTTGCTTCATATT
* ** *
29712 TCCTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTGATCAAAAATATAAAAAAAATTAATTTAAAAT
326 TCCTAAGACAGACATTCAATTATAATATATTTCAATCAAAAATATAAAAAAAATTAACTTAAAAT
*
29777 TAATTATGAGACTATAAAACCAT-TAAAATGTACTTTATTGCCAATGAATGGCTTTTCATCTTGT
391 CAATTATGAGACTATAAAACCATGTAAAATGTACTTTATTGCCAATGAATGGCTTTTCATCTTGT
29841 TTCTTGAGGAAGACT
456 TTCTTGAGGAAGACT
* * * *
29856 TTCAATTAT-AATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGGGGT
1 TTCAATTATAAAT-TATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAAATTAACTCAAAATCAATTATGAGAT
* ** * * * * *
29920 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATTACTTTTGAAGGCATAAT-TGACTATAAATTGACTTTT
64 TATAAAACCATTAAAAGCAAGTAATATGACTTTTGAAGAC-TAATGTAACTATAAATGGACTTTC
** * *
29984 GTTTCCAATGGATAGCTTTTGCTACATGTTTTCTAAGGCTA-AAATTCAATTATAATCTATTTTA
128 G-CACCAATGGATAGCTTTTGCTACATGTTTTCTAAGAC-AGAAA-TCAATTATAATATATTTTA
* * *
30048 ACTAACAATATAAAAATATT-AAACTTAAAATCAATTATGAAATTAAAAAAC-GATTTAAAGC-A
190 A-TAAAAATATAAAAAAATTCAAA-TTAAAATCAATTATGAAATTAAAAAACTG-TTTAAACCGA
* ** * * *
30110 AGCAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCATGTTAATGAATGACTTT
252 A-CAATAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGACTACAAATGAACTTTTTCAT-CTAATGAATGACTTT
* * * * *
30174 TTCTTCATGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTCAA-CTAAAAATATAAAACAAC
315 TGCTTCATATTTCCTAAGACAGACATTCAATTATAATATATTTCAATC-AAAAATATAAAAAAAA
* * *
30238 TTAACTTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAATCATGTAAA
379 TTAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATGTAAA
30278 GTGAGTAGTA
Statistics
Matches: 351, Mismatches: 58, Indels: 21
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
468 3 0.01
469 26 0.07
470 77 0.22
471 34 0.10
472 33 0.09
473 174 0.50
474 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (470 bp):
TTCAATTATAAATTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTAACTCAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTAAAAGCAAGTAATATGACTTTTGAAGACTAATGTAACTATAAATGGACTTTCGCA
CCAATGGATAGCTTTTGCTACATGTTTTCTAAGACAGAAATCAATTATAATATATTTTAATAAAA
ATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAAATTAAAAAACTGTTTAAACCGAACAATAAGG
CTTTCAAAGGCATAAGTGACTACAAATGAACTTTTTCATCTAATGAATGACTTTTGCTTCATATT
TCCTAAGACAGACATTCAATTATAATATATTTCAATCAAAAATATAAAAAAAATTAACTTAAAAT
CAATTATGAGACTATAAAACCATGTAAAATGTACTTTATTGCCAATGAATGGCTTTTCATCTTGT
TTCTTGAGGAAGACT
Found at i:30829 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 29856--30862 Score: 788
Period size: 171 Copynumber: 5.9 Consensus size: 170
29846 GAGGAAGACT
* * * *
29856 TTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGGGGT
1 TTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAA-AT-ATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* *** ** * * * *
29920 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATTACTTTTGAAGGCATAATTGACTATAAATTGACTTTTG
63 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTC
* * ** * * * *
29985 TTTCCAATGGATA-GCTTTTGCTACATGTTTTCTAAGGCTAAA--A
128 TTGCCAAT-GAAAGGCTTTTTTTTCACGTTTTCCAA-G-AAAAGCA
* * * *
30028 TTCAATTATAATCTATTTTAACTAACAATATAAAAATATTAAACTTAAAATCAATTATGAAATTA
1 TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * *
30093 AAAAACGATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCAT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
** * * * * *
30158 GTTAATGAATGACTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAG-ACAGACA
130 GCCAATGAAAGGCTTTTTTTTCACGTTTTCC-AAGAAAAG-CA
* * *
30199 TTCAATTATAATCTATTTCAACTAAAAATATAAAACAACTT-AACTTAAAATCAATTCTGAGATT
1 TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAA-AA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * *
30263 ATAAAATCATGTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTAAACGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
** * ** * * **
30328 TGGTAATAGATA-GC-TTTTGCTCTAAGTTTTTCAA-AGTAGACA
129 TGCCAAT-GAAAGGCTTTTTTTTC-ACGTTTTCCAAGAAAAG-CA
* * * * *
30370 TTCAATTATAA-CATATGTT-A-AAAAAATGTAAAAAACTTCAGCTTAAAATTAATAATGAGATT
1 TTCAATTATAATC-TATTTTAACAAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
30432 ATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGATTTTTCT
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
** * * * * * ** *
30497 TGATACT-AAATAGATTTTTCTTT-AC-ATTTCTAGAGGTACGCA
129 TGCCAATGAAA-GGCTTTTT-TTTCACGTTTTCCA-AGAAAAGCA
* * * *
30539 TTCAATTATAATATATTGTAACAAAAAATCTAAAAAATTTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTA
1 TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** * * *
30604 TAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATATACTTTTCTT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* *
30669 TCCAATGAAAGGTTTTTTTTTCACGTTTTCCAAGAAAAGCA
130 GCCAATGAAAGGCTTTTTTTTCACGTTTTCCAAGAAAAGCA
* * * *
30710 TTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATATAAACAAATCCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
30775 TAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATAGA-TGTTTCT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACT-TTTCT
*
30839 TGCCAATGAATGGCTTTTTTTTCA
129 TGCCAATGAAAGGCTTTTTTTTCA
30863 TATTTTTTGA
Statistics
Matches: 669, Mismatches: 137, Indels: 59
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 11 0.02
169 115 0.17
170 29 0.04
171 470 0.70
172 42 0.06
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
CCAATGAAAGGCTTTTTTTTCACGTTTTCCAAGAAAAGCA
Found at i:30888 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 29814--30894 Score: 1007
Period size: 342 Copynumber: 3.2 Consensus size: 338
29804 ATGTACTTTA
* * * * *
29814 TTGCCAATGAATGGC-TTTTCATCTTGTTTCTTGAGGAAGACTTTCAATTATAATCTATTTTAAC
1 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTA-TTTAAC
* * * *
29878 TAAAAATGTAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGGGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
65 TAAAAA--TATAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
** * * * * * *
29943 ATATTACTTTTGAAGGCATAATTGACTATAAATTGACTTTTGTTTCCAATGGATAGCTTTTGC-T
128 ATAAGACTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATT-ACTTTTCTTTCCAATAGATAGGTTTTTCTT
* * * * * * * *
30007 ACATGTTTTCTAAGGCTAAA--ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAACAATATAAAAATATTAA
192 TCAAGTTTTCCAA-G-AAAAGCATTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAA-ATTCA
* * * * * *
30070 ACTTAAAATCAATTATGAAATTAAAAAACGATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTAAAGGCATGG
254 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA
*
30135 GTGACTATAAATGGACTTTTC
319 GTGACTATAAATAGA-TTTTC
* ** * * * * **
30156 ATGTTAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTCAAC
1 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTT-AAC
* * *
30221 TAAAAATATAAAACAACTTAACTTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAA-TCATGTAAAGTGAGTA
65 TAAAAATATAAAA-AAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTA
* * * * * * *** * * *
30285 GTAAGGCTTTTAAACGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGGTAATAGATAGCTTTTGCTC
128 ATAAGACTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-TACTTTTCTTTCCAATAGATAGGTTTTTCTT
* ** * * *
30350 T-AAGTTTTTCAA-AGTAGACATTCAATTA-TAACATATGTT-A-AAAAAATGTAAAAAACTTCA
192 TCAAGTTTTCCAAGAAAAG-CATTCAATTATTATC-TATTTTAACAAAAAATATAAAAAA-TTCA
* * * * * *
30410 GCTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGA
254 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA
30475 GTGACTATAAATAGATTTTTC
319 GTGACTATAAATAGA-TTTTC
** * * * * * * * *
30496 TTGATACTAAATAGATTTTTCTTTACATTTCTAGAGGTACG-CATTCAATTATAATATATTGTAA
1 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTA-GACATTCAATTATAATCTATT-TAA
* * * * *
30560 CAAAAAATCTAAAAAATTTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTA
64 CTAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
* * *
30625 ATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATATACTTTTCTTTCCAAT-GAAAGGTTTTTTTT
128 ATAAGACTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-TACTTTTCTTTCCAATAGATAGGTTTTTCTT
* * *
30689 TCACGTTTTCCAAGAAAAGCATTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATATAAACAAATCCAAC
192 TCAAGTTTTCCAAGAAAAGCATTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAAATATAAA-AAATTCAAC
* * * * *
30754 CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGT
256 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGT
30819 GACTATAAATAGATGTTTC
321 GACTATAAATAGAT-TTTC
* * *
30838 TTGCCAATGAATGGCTTTTTTTTCATATTTTTTGAGGTAGACAATCAATTATAATCT
1 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCT
30895 TAGAATCAAT
Statistics
Matches: 582, Mismatches: 134, Indels: 46
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 16 0.03
340 243 0.42
341 21 0.04
342 255 0.44
343 47 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (338 bp):
TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTAACT
AAAAATATAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATA
AGACTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATTACTTTTCTTTCCAATAGATAGGTTTTTCTTTCAA
GTTTTCCAAGAAAAGCATTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTA
TAAATAGATTTTC
Found at i:31305 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 30893--31840 Score: 887
Period size: 171 Copynumber: 5.6 Consensus size: 171
30883 CAATTATAAT
* * * * * *
30893 CTTAGAATCAATTCTAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCAT-AG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-
* * * * * * *
30957 GTAATTATAAATGGACTTGTT-TTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCCTAAAACAAACA
65 GTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGACAGACA
* **
31021 TTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAATATAAAAAACCTCAA
129 TTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * **
31063 CTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG-G
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG
* * * *
31127 ATGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATGGCTTTTCCTTCACATTTCCAGAGACAGACAT
66 -TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGACAGACAT
* * * *
31192 TCAATTATAATATGTTTTAGCCAGAAATCTAAAAAAATTCAA
130 TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * * * *
31234 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCTATTTAAACCAAGTAATAAGGTTTTTGAACGCTTGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG
* * * * * *
31299 TGACTATAAGA-GGACTTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTGCTTCACATTTTCTGACG-TAGACA
66 TGACTATAA-ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGA-GACAGACA
* * *
31362 TTGAATTGTAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
129 TTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * * *
31405 TTTAGAGTCGATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTCTGAAGGCTTGA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGGCATGA
* * * * * * *
31469 GTGCCTATAAGTGAAATTTTGTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGA-AGCAGACA
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGA-CAGACA
* * * * *
31533 TTCATTTGTAATATATTTTAACTAAAAATGTAAACAAATTCAA
129 TTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * * * * *
31576 CTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAACAAGTAAGAAAGCTTTTGAAGGGATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG
* * * * * * *
31641 TGACTATAAATAGAGTTTTCTTTG-CAATGAATTGCTTTTTCTTTACGTTT-CTGAGGCAAACAT
66 TGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGACAGACAT
* * * * *
31704 TCAA--ATAGTATTTGTTGTAACTAAAAATGTAAAAAAATCCAA
130 TCAATTATAATATAT-TT-TAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * * *
31746 -TCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGACTTCA
1 CT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA
* *
31810 GTGACTATAAATGGAGTTTCCTTGCCAATGA
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
31841 GTTAATATAA
Statistics
Matches: 635, Mismatches: 125, Indels: 36
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.01
169 9 0.01
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172 9 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG
TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGACAGACATT
CAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
Found at i:31533 original size:342 final size:343
Alignment explanation
Indices: 30893--34765 Score: 2929
Period size: 342 Copynumber: 11.2 Consensus size: 343
30883 CAATTATAAT
* * * * ** *
30893 CTTAGAATCAATTCTAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCAT-AG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-
* * * * * * * *
30957 GTAATTATAAATGGACTTGTT-TTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCCTAAAACAAACA
65 GTGACTATAAATGGACTT-TTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCTAAAGCAAACA
* * ** *
31021 TTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAATATAAAAAACCTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTA
129 TTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** * * *
31085 TAAAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG-GATGACTATAAATGGACTTTTGT
194 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAG-TGACTATAAATGAACTTTTCT
* * ** * * *
31149 TGCCAATGAATGGCTTTTCCTTCACATTT-C-CAGAGACAGACATTCAATTATAATATGTTTTAG
258 TGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTCA-AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* *
31212 CCAGAAATCTAAAAAAATTCAA
322 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * * *
31234 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCTATTTAAACCAAGTAATAAGGTTTTTGAACGCTTGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG
* * * * * * *
31299 TGACTATAAGA-GGACTTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTGCTTCACATTTTCTGACGTAGACAT
66 TGACTATAA-ATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCTAAAGCAAACAT
* * * * * * * * *
31363 TGAATTGTAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAGAGTCGATTATTAGATTAT
130 TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
31428 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTCTGAAGGCTTGAGTGCCTATAAGTGAAATTTTGTT
195 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
* * * * * * *
31492 GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAA-GCAGACATTCATTTGTAATATATTTTAACT
259 GCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
*
31556 AAAAATGTAAACAAATTCAA
324 AAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * * * *
31576 CTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAACAAGTAAGAAAGCTTTTGAAGGGATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG
* * ** * * * * *
31641 TGACTATAAATAGAGTTTTCTTTGCAATGAATTGCTTTTTCTTTAC-GTTTCTGAGGCAAACATT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCTAAAGCAAACATT
* * * * *
31705 CAA--ATAGTATTTGTTGTAACTAAAAATGTAAAAAAATCCAA-TCTAAAATCAATTATAAGATT
131 CAATTATAATATAT-TT-TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
31767 ATAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGACTTCAGTGACTATAAATGGAGTTTCCT
193 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT
*
31832 TGCCAATGAGTTAATATAAATGGACTTTTTTTTCTAATGAATGGCTTTTGCTACACGATTCCAAG
258 TGCCAATG-G---------ATGG-C---TTTTTCT--T-CAT-G---TT--T-C-C---T-CAAG
* * ** *
31897 GCAGACATTCAATTATAATCT-ATTTAACCAACAACATAAAAAAATTTAA
294 GCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * *
31946 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAACACCGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAGAAGACCTGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG
* * * * * * * *
32011 CGACTATATATAGACTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTACTT--TATGTTTCTTGAGGCAAACA
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACAT-TTTC-TAAAGCAAACA
* * * * * * *
32074 TTCAAATATTATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATGCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
129 TTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** **
32139 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGATTTTTGAAGGCTTGAACGACTATAAAT-AGACTTTTCT
194 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCT
* * ** * * * *
32203 TGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACT-TTTCC-CAAGAAAAACATTGAAATATTATCTGTTTTAA
258 TGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTCCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
*
32266 CTAAAAATGTAAAAAAA-TCTAA
322 CCAAAAATGTAAAAAAATTC-AA
* * * * *
32288 CCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCATGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATG-G
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG
* ** * *
32352 ATGACTATAAATAGACTTTTCTTTTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACA-TTTCTAAAAGAAAACA
66 -TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCT-AAAGCAAACA
* * * * * * * *
32416 TTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAGATGTAAAAAAATTCAAATGAAAATCTATCATGAGATTA
129 TTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
32481 TAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCT-AAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCT
194 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT
* * * ** *
32545 TGCCAATGGGTAGATTTCACTTCATGTTT-CTCAAGGCAGACATTCAAATATAA-CTTGTTTTAA
258 TGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAA
* *
32608 CCAAAAATATAGAAAAATTCAA
322 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * ** * *
32630 CTTAAAATTAATTATGAGATTATAACACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGTG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG
* * * ** * *
32695 TGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTCTCTT--CATGTTTCCCAAGAAAGATA
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACAT-TTTCTAAAGCAA-ACA
* * * * *
32758 TTCAAATATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
129 TTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
32823 TAAAACTATTTAAATCAAGTAATAAGGC-TTTAAAGG-TATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCT
194 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT
** * * * * * * *
32886 TTTCAATGAATGGTTTTTTCTTTATGTTT-CTCAAGGTAGACAATAAAATATAATCTGTTTTAAC
258 TGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * *
32950 TACAAATGTAAAAAACAAATTGAA
323 CAAAAATGT--AAAA-AAATTCAA
* * * * * *
32974 CTTAAAATCGATTATGAGATTATTAAACCGTTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAG-TTGA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GCATGA
* * * ** * *
33038 GTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGT-TTCATGTTTCCTGAAGCAAACA
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTT-TCTTCACATTTTCTAAAGCAAACA
* * ** * *
33102 TTCAATTGTTATATATTTTAATAAAAAATGT-AACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTA
129 TTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
33166 TAAAGCAATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTAAAAG-TATGGGTGACTATAAAT-AGACTTTTC
194 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGA-ACTTTT-
* * ** * * * *
33229 CTT-CCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCCT-AAGGCAAACATTCAAATATTACCTGTTTTA
256 CTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * *
33292 ACTAAAAATATAAAAAAATCCAA
321 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * *
33315 CCTAAAATCAATTATGAGATTCTAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG
* * * ** * * * * * *
33380 TTACTATCAATGGGCTTTTCTTGAAAAATGGAA-GGCTCTTGCTTTACGTTTCCTAAAACAAACA
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACCAAT-GAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCTAAAGCAAACA
* ** *** *
33444 TTCAATTATAAGATATTTTAATAAAAAATGTAAAAACCCTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTA
129 TTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* *
33509 TAAAACCATTTAAAGCGATTAATAAGG-TTTTCGAAGG-TATGGGTGACTATAAAT-AGACTTTT
194 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGA-ACTTTT
** * * * * * * *
33571 CTTGCCAATAAATGAG-TTTTTCTTTACGGTT-CTAAAGCCAGACATTCAATTGTAATTTGTTTT
256 CTTGCCAATGGATG-GCTTTTTCTTCATGTTTCCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* *
33634 AAGCAAAAATGTAAAAATATTCAA
320 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * ** * *
33658 TTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAACCCTTTCGAAGGCTTGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG
* * * ** * * *
33723 TGATTATAAATAGATTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCTAAAGCAAACATT
* * * * * * **
33788 CAAATATTATCTTTTTTAACCAAATATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATTGATTATGAGATTATA
131 CAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* ** * * * * *
33853 ATACCATTTGGAGCGGGTAATAAGGCTTTTG-AGGCATGGGTGACTATAAAT-AGACATTTCTTA
196 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTG
* * * * * * * *
33916 CCAAT-GACTAGTTTTTTCCTT-ATGTTT-CTCAAGGTAGATATTCAAATATTATCTATTTTGA-
260 CCAATGGA-TGGCTTTTT-CTTCATGTTTCCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* *
33977 CACAAAATGTAAAAATATTCTA
323 CA-AAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * ** *
33999 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAAGGGTTTCAAAGGCATGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA-TAAGGCTTTTGAAGGCATGA
* * * * *
34064 GTGA-TCATACATGGATTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTATTCTT--CATGTTTCTCAAGGCAAA
65 GTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACAT-TTTCT-AAAGCAAA
* * * * * * * *
34126 CATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAACTCACCTTAATATCAATTATCAAAT
127 CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
** *** * * * * * *
34191 TATAAAATTATTTAAAAATAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATGGGTGACAATAGACGGACTTTT
192 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGAACTTTT
* * * ** * * ** * *
34255 CTTGTCAATGGATGGCTTTTGC-TCACGTTTCCT-AAAACGGATATTTGATTATAATATATTTTA
256 CTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
** * ** *
34318 ATAAAAAATATAAAAAACCTAAA
321 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * **
34341 CTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAACGCGAGTAATAACGCTTTCAAAGGCATGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG
* * * * * * ***
34405 TGACTATAAATGAAATTTACTTACAAATGAATGGCTTTTTCTTCACA-TTTCCAGAGGGTGACAT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCTA-AAGCAAACAT
* * **
34469 TCAATTATAATTTATTTTAACAAAAAAACTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
130 TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
34534 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTAGAGTGACTATAAATGAACTTTT-TTC
195 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-
** * * * *** * *
34598 AGTTAATGGATGG-TTTCTACTTC-TCGTTTCC-CAAGGTAGATATTTTGTTATAATATATTTTA
259 -GCCAATGGATGGCTTT-TTCTTCAT-GTTTCCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * *
34660 ATCAAAAATTTAAAAAAACTCAA
321 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * ** *
34683 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGGTTTCAAAGG-ATTAA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA-TGA
*
34747 GTAACTATAAATGGACTTT
65 GTGACTATAAATGGACTTT
34766 GCTTTCTTGA
Statistics
Matches: 2839, Mismatches: 572, Indels: 240
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 8 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (343 bp):
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG
TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCTAAAGCAAACATT
CAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC
CAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
AAATGTAAAAAAATTCAA
Found at i:32137 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 31837--34731 Score: 2285
Period size: 171 Copynumber: 16.9 Consensus size: 170
31827 TTCCTTGCCA
* * * * * * * ** * * *
31837 ATGAGTTAATATAAATGGACTTTTTTTTCTAATGAATGGCTTTTGCTACACGATTC-CAAGGCAG
1 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGCAA
* * * * ** *
31901 ACATTCAATTATAATCT-ATTTAACCAACAACATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
66 ACATTCAAATATTATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
31965 TTATAACACCGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAGAAGAC
130 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * **
32006 CTGAGCGACTATATATAGACTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTACTTTATGTTTCTTGAGGCAA
1 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGCAA
* *
32071 ACATTCAAATATTATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATGCAACCTAAAATCAATTATGAGA
66 ACATTCAAATATTATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* **
32136 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGATTTTTGAAGGC
130 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* ** * * * **
32177 TTGAACGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACT-TTTCCCAAGAAA
1 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTA-TGTTTCTCAAGGCA
* * *
32241 AACATTGAAATATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA-TCTAACCTAAAATCAATTATAA
65 AACATTCAAATATTATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGA
* *
32305 GATTATAAAACCATTTAAAGC-ATGTAATAAGGCTTTCGAAGGA
128 GATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGC
** ** * * *
32348 ATG-GATGACTATAAATAGACTTTTCTTTTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTCTAAAAGAA
1 ATGAG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGCA
* * * * * *
32412 AACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAGATGTAAAAAAATTCAAATGAAAATCTATCATGAG
65 AACATTCAAATATTATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
32477 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCT-AAGGC
129 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGGC
* ** * * ** *
32519 TTGAGTGACTATAAA-AGGACTTTTCTTGCCAATGGGTAGATTTCACTTCATGTTTCTCAAGGCA
1 ATGAGTGACTATAAATA-GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGCA
* * * * *
32583 GACATTCAAATA-TAACTTGTTTTAACCAAAAATATAGAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA
65 AACATTCAAATATTATC-TGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
32647 GATTATAACACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT
128 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * * *
32690 ATGTGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTCTCTTCATGTTTCCCAA-GAAA
1 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGCAA
* * * * *
32754 GATATTCAAATATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
66 -ACATTCAAATATTATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
32819 ATTATAAAACTATTTAAATCAAGTAATAAGGC-TTTAAAGGT
129 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * ** * * *
32860 ATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTTTCAATGAATGGTTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAG
1 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGCAA
* * * * * *
32925 ACAATAAAATATAATCTGTTTTAACTACAAATGTAAAAAACAAATTGAACTTAAAATCGATTATG
66 ACATTCAAATATTATCTGTTTTAAC-AAAAATGT--AAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * *
32990 AGATTATTAAACCGTTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAG-
127 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GC
* * * * * *
33034 TTGAGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGT-TTCATGTTTCCTGAA-GC
1 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-TCTTTATGTTT-CTCAAGGC
* * * * * *
33097 AAACATTCAATTGTTATATATTTTAATAAAAAATGT-AACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
64 AAACATTCAAATATTATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * * *
33161 TATTATAAAGCAATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTAAAAGT
128 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * **
33204 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCCTT-CCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTC-CTAAGGC
1 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTC-AAGGC
* * * *
33267 AAACATTCAAATATTACCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATCCAACCTAAAATCAATTATGA
64 AAACATTCAAATATTATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* *
33332 GATTCTAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
128 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * ** * * * **
33375 ATGGGTTACTATCAATGGGCTTTTCTTGAAAAATGGAA-GGCTCTTGCTTTACGTTTC-CTAAAA
1 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-CCAAT-GAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTC-AAGG
* * ** * * *** *
33438 CAAACATTCAATTATAAGATATTTTAATAAAAAATGTAAAAACCCTCAACTTAAAATCGATTATG
63 CAAACATTCAAATATTATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* *
33503 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGATTAATAAGG-TTTTCGAAGGT
127 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGC
* * * * * *
33547 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGAG-TTTTTCTTTACGGTTCTAAAGCCA
1 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-GCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGCA
* * * * * * *
33611 GACATTCAATTGTAATTTGTTTTAAGCAAAAATGTAAAAATATTCAATTTAAAATCAATTATGAG
65 AACATTCAAATATTATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * ** *
33676 ATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAACCCTTTCGAAGGC
129 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * *
33718 TTGAGTGATTATAAATAGATTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGCA
1 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTC-AAGGCA
* * * * **
33782 GACATTCAAATATTATCTTTTTTAACCAAATATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATTGATTATGAG
65 AACATTCAAATATTATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** *
33847 ATTATAATACCATTTGGAGCGGGTAATAAGGCTTTTG-AGGC
129 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * * * * *
33888 ATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTACCAATGACTAGTTTTTTCCTTATGTTTCTCAAGGTAG
1 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGCAA
* * * * *
33953 ATATTCAAATATTATCTATTTTGACACAAAATGTAAAAATATTCTACTTAAAATCAATTATGAGA
66 ACATTCAAATATTATCTGTTTTAACA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * **
34018 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAAGGGTTTCAAAGGC
130 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * *
34060 ATGGGTGA-TCATACATGGATTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTATTCTTCATGTTTCTCAAGGCA
1 ATGAGTGACT-ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGCA
* * * * * * * * *
34124 AACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAACTCACCTTAATATCAATTATCAA
65 AACATTCAAATATTATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** *** * *
34189 ATTATAAAATTATTTAAAAATAGTAATAAGGCTTTCGAAGGT
129 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * ** * * * * * ** *
34231 ATGGGTGACAATAGACGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC-TCACGTTTC-CTAAAACG
1 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTC-AAGGCA
* * ** * * * * * * ** *
34294 GATATTTGATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAACCTAAACTT-AAATCAATTATGAG
65 AACATTCAAATATTATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * **
34358 ATTATAAAACTATTTAACGCGAGTAATAACGCTTTCAAAGGC
129 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * ** *
34400 ATGAGTGACTATAAAT-GAAATTTACTTACAAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTC-CAGAGGG
1 ATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCA-AGGC
** * * * * **
34463 TGACATTCAATTATAATTTATTTTAACAAAAAAACTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
64 AAACATTCAAATATTATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
34528 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGC
128 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
** * * * *
34571 -TAGAGTGACTATAAAT-GAACTTTT-TTCAGTTAATGGATGG-TTTCTACTTCT-CGTTTCCCA
1 AT-GAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTT--GCCAATGAATGGCTTT-TTCTT-TATGTTTCTCA
* * * **** * * * * *
34631 AGGTAGATATTTTGTTATAATATATTTTAATCAAAAATTTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATT
60 AGGCAAACATTCAAATATTATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* **
34696 ATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGG
124 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
34732 GTTTCAAAGG
Statistics
Matches: 2192, Mismatches: 467, Indels: 131
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 130 0.06
170 482 0.22
171 1070 0.49
172 369 0.17
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174 77 0.04
175 6 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGCAA
ACATTCAAATATTATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
Found at i:33965 original size:684 final size:672
Alignment explanation
Indices: 30893--36060 Score: 3619
Period size: 684 Copynumber: 7.6 Consensus size: 672
30883 CAATTATAAT
* * * * * * *
30893 CTTAGAATCAATTCTAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCAT-AG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-
* * * * * * * *
30957 GTAATTATAAATGGACTTGTT-TTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCCTAAA-ACAAAC
65 GTGACTATAAATAGACTT-TTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCTAAAGGCAAAC
* * * * *
31020 ATTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAATATAAAAAACCTCAACTCAAAATCAATTATGAGATT
129 ATTCAATTATAAT-TTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
31084 ATAAAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG-GATGACTATAAATGGACTTTTG
192 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TAAGGCATGAG-TGACTATAAATAGACTTTTC
* * ** * * * * * *
31148 TTGCCAATGAATGGCTTTTCCTTCACATTTC-CAGAGACAGACATTCAATTATAATATGTTTTAG
255 TTACCAATG-AT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAA
* * * * * ***
31212 CCAGAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAGCTATTTAAACCAAGT
317 CTAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGTGAGT
* * * * * * * * *
31276 AATAAGGTTTTTGAACGCTTGAGTGACTATAAGAGGACTTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTGCT
381 AATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAA-TGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGC-TTT-CT
* ** * * * * * * * * * *
31341 TCACATTTTCTGACGTAGACATTGAATTGTAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAT
443 TTATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATAT-AAAAAACTCAAC
* * * *
31406 TTAGAGTCGATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTCTGAAGGCT-TGAG
507 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTT-TGAAGG-TATGAG
* * * * * * * *
31470 TGCCTATAAGT-GAAATTTTGTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAGCAGACAT
570 TGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-CTAAAGCAGACAT
** * * * *
31534 TCATTTGTAATATATTTTAACTAAAAATGTAAACAAATTCAA
633 TCAAATATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAA-AAAATCAA
* * * * * * * * *
31576 CTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAACAAGTAAGAAAGCTTTTGAAGGGATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG
* ** * * * *
31641 TGACTATAAATAGAGTTTTCTTTGCAATGAATTGCTTTTTCTTTACGTTT-CT-GAGGCAAACAT
66 TGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCTAAAGGCAAACAT
* * * * *
31704 TCAAATAGT-ATTTGTTGTAACTAAAAATGTAAAAAAATCCAA-TCTAAAATCAATTATAAGATT
131 TCAATTA-TAATTT-TTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
31767 ATAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGACTTCAGTGACTATAAATGGAGTTTCCT
192 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* *
31832 TGCCAATGAGTTAATATAAATGGACTTTTTTTTCTAATGAATGGCTTTTGCTACACGATTCCAAG
256 TACCAAT--G---------AT-G-C---TTTTTCT--T-CAT-G---TT--T---C---T-CAAG
* * * * * **
31897 GCAGACATTCAATTATAATCTA-TTTAACCAACAACATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
289 GCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTAT
* * * ** * * * * * *
31961 GAGATTATAACACCGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAGAAGACCTGAGCGACTATATATAGAC
354 GAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA-ATGGAC
* * * * * * * * * *
32026 TTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTACTTTATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAAATATTATCTGTT
418 TTTTCTTGCAAATGAATGGC-TTT-CTTTATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATT
* * * *
32091 TTAATCAAAAATGTAAAAAAATGCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
481 TTAATCAAAAATATAAAAAACT-CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* ** *
32156 AGTAATAAGATTTTTGAAGGCT-TGAACGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTT
545 AGTAATAAG-GTTTTGAAGG-TATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* ** * * * *
32220 TTCTTCACTTTTCCCAAGAAAAACATTGAAATATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATC
608 TTCTTCACGTTTCTAAAG-CAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATC
32285 TAA
671 -AA
* * *
32288 CCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGC-ATGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATG-
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
** * * *
32351 GATGACTATAAATAGACTTTTCTTTTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTT-CTAAAAGAAAAC
65 G-TGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCTAAAGGCAAAC
* * * * * * *
32415 ATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAGATGTAAAAAAATTCAAATGAAAATCTATCATGAGATT
129 ATTCAATTATAAT-TTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
32480 ATAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCTAAGGCTTGAGTGACTATAAA-AGGACTTTTC
192 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TAAGGCATGAGTGACTATAAATA-GACTTTTC
* * * ** * *
32544 TTGCCAATGGGTAGATTTCACTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAA-CTTGTTTTAA
255 TTACCAAT-GAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATAATC-TATTTTAA
* * * * * *
32608 CCAAAAATATAGAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAACACCATTTAAAGTGAGTA
317 CTAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTA
* * * *
32673 ATAAGGCTTTTGAAGGTATGTGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTCTCTT
382 ATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTAT-AATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTCT-TT
* * * * * *
32738 CATGTTTCC-CAAGAAAGATATTCAAATATAATATGTTTTAA-CTAAAAATATAAAAACATTCAA
445 -ATGTTTCCTAAAG-CAGACATTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAA-ACTCAA
* * * * *
32801 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAATCAAGTAATAAGGCTTTAAAGGTATGAGT
506 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGAAGGTATGAGT
* * ** * * * * * * *
32866 GAATATAAATGGACTTTTCTTTTCAATGAATGGTTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACAATA
571 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT-AAAGCAGACATTC
* *
32931 AAATATAATCTGTTTTAACTACAAATGTAAAAAACAAATTGAA
635 AAATATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGT--AAAA-AAA-TCAA
* * * * * *
32974 CTTAAAATCGATTATGAGATTATTAAACCGTTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAG-TTGA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-GCATGA
* * * * ** *
33038 GTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGT-TTCATGTTTCCTGAA-GCAAAC
65 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTT-TCTTCACATTTCCTAAAGGCAAAC
* * * ** * *
33101 ATTCAATTGTTATATATTTTAATAAAAAATGTAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTA
129 ATTCAATTATAAT-TTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
33166 TAAAGCAATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTAAAAGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCCT
193 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-CT
** * * *
33231 T-CCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTC-CTAAGGCAAACATTCAAATATTACCTGTTTTAAC
256 TACCAATG-ATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAAC
* * *
33294 TAAAAATATAAAAAAATCCAACCTAAAATCAATTATGAGATTCTAAAATCATTTAAAGCGAGTAA
318 TAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAA
* * *
33359 TAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTTACTATCAATGGGCTTTTCTTGAAAAATGGAA-GGCTCTTGCT
383 TAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTAT-AATGGACTTTTCTTG-CAAAT-GAATGGCT-TT-CT
* * * * * * *
33423 TTACGTTTCCTAAAACAAACATTCAATTATAAGATATTTTAATAAAAAATGTAAAAACCCTCAAC
443 TTATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAA-ACTCAAC
* * *
33488 TTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGATTAATAAGGTTTTCGAAGGTATGGGT
507 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTT-GAAGGTATGAGT
* * *
33553 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGAG-TTTTTCTTTACGGTTCTAAAGCCAGACATT
571 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-GCTTTTTCTTCACGTTTCTAAAG-CAGACATT
* * * *
33617 CAATTGTAATTTGTTTTAAGCAAAAATGTAAAAATATTCAA
634 CAAATATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAA-AATCAA
* * * ** *
33658 TTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAACCCTTTCGAAGGCTTGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG
* * ** *
33723 TGATTATAAATAGATTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGACAT
66 TGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCTAAAGGCAAACAT
* * * **
33787 TCAAATATTATCTTTTTTAACCAAATATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATTGATTATGAGATTAT
131 TCAATTATAAT-TTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * * * *
33852 AATACCATTTGGAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAGGCATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTAC
194 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
* * * * * *
33917 CAATGACTAGTTTTTTCCTT-ATGTTTCTCAAGGTAGATATTCAAATATTATCTATTTTGAC-AC
259 CAATGA-T-GCTTTTT-CTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACTA-
* * * * * * *
33980 AAAATGTAAAAATATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACA
320 AAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAA-T
* ** * * *
34045 AAGGGTTTCAAAGGCATGGGTGA-TCATACATGGATTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTATTCTTC
384 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACT-ATA-ATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGC-T-TTCTTT
* * * * * *
34109 ATGTTT-CTCAAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAACTCACCT
445 ATGTTTCCT-AAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATAT-AAAAAACTCAACT
* * * ** *** * *
34173 TAATATCAATTATCAAATTATAAAATTATTTAAAAATAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTG
508 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGTATGAGTG
* * ** * * * * * * **
34238 ACAATAGACGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC-TCACGTTTCCTAAAACGGATATTTG
572 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-CTAAAGCAGACATTCA
* * * * * * *
34302 ATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAACCTAAA
636 AATATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAA-ATCAA
* * * *
34341 CTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAACGCGAGTAATAACGCTTTCAAAGGCATGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG
* * * * ***
34405 TGACTATAAAT-GAAATTTACTTACAAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCC-AGAGGGTGACA
66 TGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCTAAAGGCAAACA
* **
34468 TTCAATTATAATTTATTTTAACAAAAAAACTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
130 TTCAATTATAATTT-TTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
34533 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGC-TAGAGTGACTATAAAT-GAACTTTT-
193 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TAAGGCAT-GAGTGACTATAAATAG-ACTTTTC
** * * * * * * **** *
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255 TT-A-CCAAT-GATGCTTT-TTCTTCAT-GTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTT
* *
34659 AA-TCAAAAATTTAAAAAAA-CTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTA
315 AACT-AAAAATATAAAAAAATC-CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTG
* ** ** *
34722 AGTAATAAGGGTTTCAAAGG-ATTAAGTAACTATAAATGGA-----C-T-----T---T-GCTTT
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* * *
34771 C--T-TG-------AAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATTTTTAAAAAAATC
441 CTTTATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAA--TATAAAAAACTC
* * * * *
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504 AACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGTAT
* * * *
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567 GAGTGACTATAAATAGACTTTTC-TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT-AAAGCAGA
* * * *
34953 GCATTCAAACATTATCTGTTTTAACCGAAAATATAAAAAAATCTAA
630 -CATTCAAATATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATC-AA
* * * * * **
34999 CCTAAATTCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAATGTTTGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG
** * * ** *
35064 TGACTATAAA-AGTACTTTTCTTACCAATGGTTGGAGTTTGT-TTCACATTT-CTTGAGGCAAAG
66 TGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGAATGG-CTTTTTCTTCACATTTCCTAAAGGCAAAC
* * * * ** * *
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129 ATTCAATTATAAT-TTTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
**** * *
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* * * * * * *
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254 CTTACCAAT-GAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTA
* ** ** * *
35319 ACTAACAATATAAAAATGTTGAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA-CTATTTAAAGTAAG
316 ACTAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGTGAG
* * * ** *
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380 TAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTAT-AATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTCT-
* * * *
35448 TTCATATTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAACTCAAC
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* * * * ** * ** *
35513 TTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATGTGAAGCGAGTAGCAAGACTTTTGAAGACATGGGT
507 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GTTTTGAAGGTATGAGT
* * * * * * * * * *
35578 AACTATAAATGGAATTTTCTTGCTAAT-AGATGACTTTTGCTTTACGTTTTTCGAAGCTGACATT
571 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT-AAAGCAGACATT
* * * * * *
35642 CAATTATAGTATATTTTAATTAAAAATGTAAAAAACCTCAA
634 CAAATATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAA-ATCAA
*
35683 CTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG
** ** *
35748 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGGCAATGAATGGCTTTTATCTT-ATGTTT-CTAAAGGCAGACA
66 TGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTT-TCTTCACATTTCCTAAAGGCAAACA
* * * *
35811 TTCAATTATAATTTATTTTAACTAAAAATCTAAAAAATTTTAACTTAAAATAAATTATGAGATTA
130 TTCAATTATAATTT-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
35876 TAAAATCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCAAAGCCATAAGTGACTATAAATAGACTTCTCTT
193 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * *
35941 TCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAAG-AAAGCATTCAAACATTATCTATTTTAAA
257 ACCAATG-AT-GCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGCAAA-CATTCAAATATAATCTATTTTAAC
* * * * * *
36004 TAAAAATGTTAAAAAATCTAACCTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAGTCATTTAAA
318 TAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAA
36061 ACGACGAGTA
Statistics
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Consensus pattern (672 bp):
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AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCA
ATGATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATA
TAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
TTGAAGGCATGGGTGACTATAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTCTTTATGTTTCCTAA
AGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACT
TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTAAAGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTT
AACAAAAATGTAAAAAAATCAA
Found at i:34759 original size:172 final size:169
Alignment explanation
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32079 ATATTATCTG
* * *
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* * ** * ** * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * **** *
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* * * * * *
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** ** ** * * * *
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* ** **** *
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* *
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1 TTTTAATC-AAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
* * * * * *
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* * * * * * * **** * *
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127 CTTTTACTTCACGTTTCCCAAGGT-GATATTTTGTTATAATATA
** * * * * * ** *
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1 TTTTAA-T-CAAAAATATAAAA-AAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
* ** * * * * *
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* ** * * *** * *** * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * ** *** * *
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* *
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* ** * ** * * ** * ** *
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* * * * **** * *** *
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* * ** * *
33459 TTTTAATAAAAAATGTAAAAACCCTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * * * ** *
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* * * ** ** * *** * * *
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126 -GCTTTTACTTCACGTTTCCCAAG-GTGATATTTTGTTATAATATA
* * * * *
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1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
** * * * * ** *
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* * * * * **** * * *
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128 TTTTACTTCACGTTTCCCAAGG-TGATATTTTGTTATAATATA
* * * * * ** * * **
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1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
** ** * ** * **
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66 CAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TTAAGTGACTATAAATGA-AC-TTTTTTCAGTAATGGA-T-G
** * * * **** * *
33927 TTTTTTCCTT-ATGTTTCTCAAGGTAGATATTCAAATATTATCTA
126 GCTTTTACTTCACGTTTCCCAAGGT-GATATTTTGTTATAATATA
* * * * * *
33971 TTTTGA-CACAAAATGTAAAAATATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
1 TTTTAATCA-AAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
* * * * ** * * * * *
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65 GCAAGTAA-TAAGGCTTTCAAAGG-TTAAGTGACT-ATAAATGAACTTTTTTC-AG-TAATGGAT
* * ** * *** * *
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125 GGCTT-TTACTTCACGTTTCCCAAGG-TGATATTTTGTTATAATATA
* * * * * *
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1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * ** * * * *
34207 AATAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACAATAGACGGACTTTTCTT--GTCAATGGATGG
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* * *
34270 CTTTTGC-TCACGTTTCCTAAAACG-GATA-TTTGATTATAATATA
127 CTTTTACTTCACGTTTCC--CAAGGTGATATTTTG-TTATAATATA
* * * *
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1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * * * * * *
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* *
34483 TTTTAA-CAAAAAAACTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
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* * * *
34547 GCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTTTCAGTTAATGGATGG-
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*
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*
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* * * * *
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65 GCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TTAAGTGACTATAAATGAACTTT--TTTCAGTAATGGATGG
** * * * *
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127 CTTTTAC-TTCACGTT-TCCCAAGGTGATATTTT-GTTATAATATA
* * * *
34813 TTTTAA--AAAAATCAT-------CT----TAAAAAT-GATTATGAAATTATAAAACCATTTAAA
1 TTTTAATCAAAAAT-ATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
** * * *
34864 GCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAA-TGACTATAAAT-AGACTTTTCATTC--CAATGAAT
65 GCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG--TTAAGTGACTATAAATGA-ACTTTT--TTCAGTAATGGAT
* * * * ** * ***** * * *
34925 GGCTTTTTCTTCATGTTTTCAAAGGAAAGCATTCAAACATTATCTG
125 GGCTTTTACTTCACGTTTCCCAAGGTGA-TATTTTGTTATAATATA
* * * *
34971 TTTTAACCGAAAATATAAAAAAA-TCTAACCTAAATTCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
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* * * * * ** * *
35035 GCGAGTAATAAGGCTTTCAAATGTTTGAGTGACTATAAAAGTACTTTTCTT-ACCAATGGTTGGA
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35099 GTTTGTTTCACATTTCTTGAGGCAAAGATTTAGTTATAATATA
128 TTTTACTTCACGTTTCCCAAGG-TGATATTTTGTTATAATATA
* * * * * *
35142 TGTT-GTCCAAAAGTATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
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35269 GGTTTTGCTACATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTA
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* * *** * *
35314 ATTTAA-CTAACAATATAAAAATGTTGAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAA
1 TTTTAATC-AAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
* * * * **
35378 GTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAA-TTTTCTT--GTTAATAAATG
65 GCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TTAAGTGACTATAAAT-GAACTTTT-TTCAG-TAATGGATG
* ** * ** * *** * *
35440 GCTTTCT-GTTCATATTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAGTCTA
126 GCTTT-TACTTCACGTTTCC-CAAGGTGATATTTTGTTATAATATA
* * * *
35485 TTTTAACCAAAAATAT-AAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATGTGAAG
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* ** * ** ** ** * * *
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35720 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTT-GGCAATGAATGGC
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* ** * * *** *
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* ** * *
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* * **
35889 AGCGAGTGATAAGGCTTTCAAAGCCATAAGTGACTATAAAT
64 AGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAG-GTTAAGTGACTATAAAT
35930 AGACTTCTCT
Statistics
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0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
143 1 0.00
145 60 0.02
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147 1 0.00
148 1 0.00
149 1 0.00
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151 4 0.00
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156 10 0.00
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174 84 0.03
175 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TTTTAATCAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
CAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTAAGTGACTATAAATGAACTTTTTTCAGTAATGGATGGCTTT
TACTTCACGTTTCCCAAGGTGATATTTTGTTATAATATA
Found at i:34899 original size:145 final size:144
Alignment explanation
Indices: 34645--34910 Score: 376
Period size: 145 Copynumber: 1.8 Consensus size: 144
34635 AGATATTTTG
*
34645 TTATAATATATTTTAATCAAAAATTTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
1 TTATAATATATTTTAATCAAAAATTTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAA
* * * * *
34710 TCATTTAAAGTAAGTAATAAGGGTTTCAAAGGATTAAGTAACTATAAATGGACTTTGCTTTCTTG
66 CCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGATGAAGTAACTATAAATAGACTTTGCTTTCTTG
34775 AAGTAGACATTCAA
131 AAGTAGACATTCAA
* *
34789 TTATAATATATTTTAATCAAAAATTTTTAAAAAAA-TCATCTTAAAAAT-GATTATGAAATTATA
1 TTATAATATATTTTAATCAAAAA--TTTAAAAAAACTCAACTT-AAAATCAATTATGAAATTATA
** *
34852 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAA-TGACTATAAATAGACTTT
63 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-ATGAAGTAACTATAAATAGACTTT
34911 TCATTCCAAT
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 11, Indels: 7
0.86 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
144 23 0.21
145 65 0.61
146 19 0.18
ACGTcount: A:0.46, C:0.09, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (144 bp):
TTATAATATATTTTAATCAAAAATTTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAA
CCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGATGAAGTAACTATAAATAGACTTTGCTTTCTTG
AAGTAGACATTCAA
Found at i:35813 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 34779--36099 Score: 1032
Period size: 171 Copynumber: 7.7 Consensus size: 168
34769 TTCTTGAAGT
* * * * * *
34779 AGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATTTTTAAAAAAATCATCTTAAAAAT-GATTAT
1 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA--TATAAAAAACTCAACTT-AAAATCAATTAT
* * * *
34843 GAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAATGACTATAAATAGAC
63 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGAC
34908 TTTTCATTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCAAAGG-
128 TTTTC-TTCCAATGAATGGCTTTTTCTT-ATGTTTCT-AAAGGC
* ** * * * * * *
34950 AAAGCATTCAAACATTATCTGTTTTAACCGAAAATATAAAAAAATCTAACCTAAATTCAATTATG
1 AGA-CATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAACTC-AACTTAAAATCAATTATG
* * * **
35015 AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAATGTTTGAGTGACTATAAA-AGTAC
64 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAG-AC
** * * ** **
35079 TTTTCTTACCAATGGTTGGAGTTTGTT-TCACATTTCTTGAGGC
128 TTTTCTT-CCAATGAATGG-CTTT-TTCTTATGTTTCTAAAGGC
* * * * * * ** * *
35122 AAAGATTTAGTTATAATATATGTTGTCCAAAAGTATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAA-AACTCAACTTAAAATCAATTATGA
**** * * *
35187 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATCTTACTTTTGAAGGCATGACTGACTATAAACTA-ATT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA-TAGA-C
* * * * *
35251 TTTTCTTTCTAATGGATGGGTTTTGCTACATGTTTCCT-AAGGC
128 TTTTC-TTCCAATGAATGGCTTTTTCT-TATGTTT-CTAAAGGC
* * * * ** *
35294 AAACATTCAATTATAATCTAATTTAACTAACAATATAAAAATGTTGAACTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAA-ACTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * ** * *
35359 GGTTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-AGGTGACTATAAATGGAAT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATAGACT
** * * * *
35423 TTTCTTGTTAATAAATGGCTTTCTGTTCATATTTCCTAAA-GC
129 TTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTT-ATGTTT-CTAAAGGC
*
35465 AGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * ** * * * * * * *
35530 ATTACAAAACTATGTGAAGCGAGTAGCAAGACTTTTGAAGACATGGGTAACTATAAATGGAATTT
66 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTT
* * * * * *
35595 TCTTGCTAAT-AGATGACTTTTGCTTTACGTTTTTCGAA-GC
131 TCTT-CCAATGA-ATGGCTTTTTC-TTATGTTTCT-AAAGGC
* * * ** * *
35635 TGACATTCAATTATAGTATATTTTAATTAAAAATGTAAAAAACCTCAACTTAAAATTAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAA-CTCAACTTAAAATCAATTATGA
35700 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTT
*
35765 TTCTTGGCAATGAATGGCTTTTATCTTATGTTTCTAAAGGC
130 TTCTT-CCAATGAATGGCTTTT-TCTTATGTTTCTAAAGGC
* * * * * *
35806 AGACATTCAATTATAATTTATTTTAACTAAAAATCTAAAAAATTTTAACTTAAAATAAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAA-CTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
35871 GATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCAAAGCCATAAGTGACTATAAATAGACTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTT
* * **
35936 CTCTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAAGAA
130 TTC-TTCCAATGAATGGCTTTTTCTT-ATG-TTTCTAAAGGC
** * ** * * *
35978 AG-CATTCAAACATTATCTATTTTAAATAAAAATGTTAAAAAA-TCTAACCTAAAATCAATTGTG
1 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAT-ATAAAAAACTC-AACTTAAAATCAATTATG
** * * * * *
36041 AGATTATAAAGTCATTTAAAACGACG-AGTAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA
64 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
36100 AATACTTTCC
Statistics
Matches: 922, Mismatches: 191, Indels: 74
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 162 0.18
171 572 0.62
172 179 0.19
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTT
TCTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTATGTTTCTAAAGGC
Found at i:36140 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 34779--36141 Score: 1186
Period size: 342 Copynumber: 4.0 Consensus size: 342
34769 TTCTTGAAGT
* * * * *
34779 AGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATTTTTAAAAAAATCATCTTAAAA-ATGATTAT
1 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA--TATAAAAAATTCAACTTAAAATA-AATTAT
* * *
34843 GAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAA-TGACTATAAATAGA
63 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCAT-AAGTGACTATAAATAGA
* * *
34907 CTTTTCATTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTT-CAAAGGAAAGCATTCAAACATTATCTG
127 CTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAAA-GAAAGCATTCAAACATTATCTA
** * * *
34971 TTTTAACCGAAAATATAAAAAAATCT-AACCTAAATTCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
191 TTTTAACTAAAAATGTTAAAAAATCTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
* * ** * * **
35035 GCGAGTAATAAGGCTTTCAAATGTTTGAGTGACTAT-AAAAGTACTTTTCTTACCAATGGTTGGA
256 ACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAAAAG-ACTTTTCTTGCTAATGAATGGA
* * * **
35099 GTTTGTTTCACATTTCTTGAGGC
320 TTTTGCTTCATATTTCTAAAGGC
* * * * * ** * *
35122 AAAGATTTAGTTATAATATATGTTGTCCAAAAGTATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATAAATTATGA
*** * * *
35187 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATCTTACTTTTGAAGGCATGACTGACTATAAACTA-ATT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAA-TAGA-C
* * * * * ** *
35251 TTTTCTTTCTAATGGATGGGTTTTGCTACATG-TTTCCTAAGGCAAA-CATTCAATTATAATCTA
128 TTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCC-AAAG-AAAGCATTCAAACATTATCTA
* * * * * * *
35314 ATTTAACTAACAAT-AT-AAAAATGTTGAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAA
191 TTTTAACTAAAAATGTTAAAAAAT-CTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
*** * ** * * *
35377 AGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-AGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGTTAATAAATGG
255 AACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA-GTGACTATAAAAAGACTTTTCTTGCTAATGAATGG
*
35441 CTTTCTG-TTCATATTTCCTAAA-GC
319 ATTT-TGCTTCATATTT-CTAAAGGC
* * * *
35465 AGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAG
* * * * ** * ** * * *
35530 ATTACAAAACTATGTGAAGCGAGTAGCAAGACTTTTGAAGACATGGGTAACTATAAATGGAATTT
66 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTT
* * * * * * * ** ** *
35595 TCTTGCTAAT-AGATGACTTTTGCTTTACGTTTTTCGAAG-CTGACATTCAATTA-TAGTATATT
131 TCTTTCCAATGA-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAAAGAAAG-CATTCAAACATTA-TCTATT
* * * * * *
35657 TTAATTAAAAATG-TAAAAAACCTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
193 TTAACTAAAAATGTTAAAAAATCTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAAC
* * *
35721 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGGC-AATGAATGGCTT
258 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAAAAGACTTTTCTT-GCTAATGAATGGATT
* *
35785 TTATCTT-ATGTTTCTAAAGGC
322 TT-GCTTCATATTTCTAAAGGC
* * * *
35806 AGACATTCAATTATAATTTATTTTAACTAAAAATCTAAAAAATTTTAACTTAAAATAAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATAAATTATGA
* * * ** *
35871 GATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCAAAGCCATAAGTGACTATAAATAGACTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTT
* *
35936 CTCTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAAGAAAGCATTCAAACATTATCTATTTT
130 TTCTTTCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAAAGAAAGCATTCAAACATTATCTATTTT
* * *
36001 AAATAAAAATGTTAAAAAATCT-AACCTAAAATCAATTGTGAGATTAT-AAAGTCATTTAAAACG
195 AACTAAAAATGTTAAAAAATCTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAACG
* * * * * **
36064 ACG-AGTAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAAATACTTTCCTTGCTAATGGGTGGATTT
259 A-GTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAAAAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGATTT
*
36128 TGCTTCATGTTTCT
323 TGCTTCATATTTCT
36142 CGAAGTAAAC
Statistics
Matches: 807, Mismatches: 177, Indels: 73
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 7 0.01
341 211 0.26
342 366 0.45
343 210 0.26
344 13 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (342 bp):
AGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAG
ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTT
TCTTTCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAAAGAAAGCATTCAAACATTATCTATTTTA
ACTAAAAATGTTAAAAAATCTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAG
TAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAAAAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGATTTTGC
TTCATATTTCTAAAGGC
Found at i:36176 original size:513 final size:511
Alignment explanation
Indices: 30898--36896 Score: 2421
Period size: 513 Copynumber: 11.8 Consensus size: 511
30888 ATAATCTTAG
* * * * ** ** * * *
30898 AATCAATTCTAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCAT-AGGTAAT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGACTTTCAAAGGCTTGA-GTGAC
* * * * * * **
30962 TATAAATGGACTTGTT-TTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTC-CTAAAACAAACATTCA
65 TATAAAAGTACTT-TTCTTGCTAATGGATGGATTTTGCTTCACGTTTCTC-GAAGTAAACATT-A
** ** * *
31025 ATTATAATATATTTTAA-TCAAAA-TATAAAA-AACCTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATA
127 A-TATGTTATAAATTAATTAAAAAGTATAAAAGAA-CTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
31087 AAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGA-TGACTATAAA-TGGA-CTTTTGT
190 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCAT-GACTGACTATAAACT-AATCTTTTCT
* * * ** * * *
31149 TGCCAATGAATGGCTTTTCCTTCACATTTCC-AGAGACAGACATTCAATTATAATATGTTTTAGC
253 TGCTAATGAATGGCTTTTGCTACATGTTTCCTA-AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC
* * * * * * *
31213 CAGAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCTATTTAAACCAAGTAA
317 TAAAAATATAAAAAATTTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCAAGTAA
* * * * * * * * * *
31278 TAAGGTTTTTGAACGCTTGAGTGACTATAAGA-GGACTTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTGCTT
381 TAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAA-ATAGACTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTT
** ** * * * * * *
31342 CACATTTTCTGACG-TAGACATT-GAA-TTGTAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAT-TC
445 CATGTTTTCCAAAGAAAG-CATTCAAACAT-TATC-TATTTTAACCAAAAAT-TTAAAAAATCT-
** *
31403 AATTTAG
505 AACCTAA
* * * * * * * *
31410 AGTCGATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GTTTCTGAAGGCTTGAGTGCC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGACTTTC-AAAGGCTTGAGTGAC
** * * * * * * * * *
31474 TATAAGTGAAATTTTGTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CTGAAGCAGACATTCAT
65 TATAAAAGTACTTTTCTTGCTAATGGATGGATTTTGCTTCACGTTTCTC-GAAGTAAACATTAAT
* ** * * * * *
31538 TTGTAATATATTTTAACTAAAAATGTA-AACA-AATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTACAA
129 ATGT--TATAAATTAATTAAAAA-GTATAAAAGAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * ** *
31601 AACCATTTAAAACAAGTAAGAA-AGCTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAA-TAGA-GTTTTCTT
191 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGA-CTTTCGAAGGCATGACTGACTATAAACTA-ATCTTTTC-T
* * ** * * * * *
31663 TGC-AATGAATTGCTTTTTCTTTACGTTT-CTGAGGCAAACATTCAA--ATAGTATTTGTTGTAA
253 TGCTAATGAATGGCTTTTGCTACATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATAT-TT-TAA
* * * * * * *
31724 CTAAAAATGTAAAAAAATCCAA-TCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTGAAGCGAGT
316 CTAAAAATATAAAAAATTTCAACT-TAAAATAAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGT
** * * * * * * *
31788 AATAAGGCTTTTAAAGACTTCAGTGACTATAAATGGAGTTTCCTTGCCAATGAGTTAATATAAAT
379 AATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTTCCAAT--G--------AAT
* ** ** *
31853 GGACTTTTTTTTCTAATGAATGGCTTTTGCTACACGATTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCT
434 GG-C---TTTTTCT--T-CAT-G--TTT--T-C-C-A----AAGAAAG-CATTCAAACATTATCT
* * *
31918 A-TTTAACCAACAACA-TAAAAAAATTTAACTTAA
479 ATTTTAACCAA-AA-ATTTAAAAAATCTAACCTAA
* ** * * * * * *
31951 AATCAATTATGAGATTATAACACCGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-AGAAGACCTGAGCGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGACTTTCA-AAGGCTTGAGTGAC
* * * * * * * * * * *
32015 TATATATAG-ACTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTACTTTATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAA
65 TATA-AAAGTACTTTTCTTGCTAATGGATGGATTTTGCTTCACGTTTCTCGAAGTAAACATT--A
* *** * *
32079 ATAT-TATCTGTTTTAATCAAAAATGTA-AAAA-AA-TGCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
127 ATATGT-TATAAATTAATTAAAAA-GTATAAAAGAACT-CAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
32140 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGATTTTTGAAGGCTTGAAC-GACTATAAA-TAGA-CTTTTC
189 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATG-ACTGACTATAAACTA-ATCTTTTC
* * * ** * * * * * *
32202 TTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACT-TTTCCCAAGAAAAACATTGAAATATTATCTGTTTTAA
252 TTGCTAATGAATGGCTTTTGCTACA-TGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA
* * * * * *
32266 CTAAAAATGTAAAAAA-ATCTAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCATGT
316 CTAAAAATATAAAAAATTTC-AACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGT
* * *
32330 AATAAGGCTTTCGAAGGAAT-GGATGACTATAAATAGACTTTTCTTTTCAATGAATGGCTTTTTC
379 AATAAGGCTTTCGAAGGCATAAG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTTC
* * * * * * * *
32394 TTTACAT-TTCT-AAAAGAAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAGATGTAAAAAAAT-T
443 -TT-CATGTTTTCCAAAGAAAGCATTCAAACATTATCTATTTTAACCAAAAAT-TTAAAAAATCT
*
32456 CAA-ATGAA
505 -AACCT-AA
* * * * * * *
32464 AATCTATCATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCTAAGGCTTGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACT
* * * * ** * * *
32529 ATAAAAGGACTTTTCTTGCCAATGGGTAGATTTCACTTCATGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAAA
66 ATAAAAGTACTTTTCTTGCTAATGGATGGATTTTGCTTCACGTTTCTCGAA-GTAAACATT--AA
* * * ** * *
32593 TATAACTTGT--TTTAACCAAAAA-TATAGAAA-AATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATA
128 TAT--GTTATAAATTAATTAAAAAGTATA-AAAGAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * ** * *
32654 ACACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGTGTGACTATAAA-TGGA-CCTTTCTT
190 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGACTGACTATAAACT-AATCTTTTCTT
* * * ** * * *
32717 GCCAATGAATGGCTTTCT-CTTCATGTTTCCCAAGAAAGATATTCAAATATAATATGTTTTAACT
254 GCTAATGAATGGCTTT-TGCTACATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT
* *
32781 AAAAATATAAAAACA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAATCAAGTAA
318 AAAAATATAAAAA-ATTTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCAAGTAA
* * * * * * * *
32845 TAAGGCTTT-AAAGGTATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTTTCAATGAATGGTTTTTTCTTT
381 TAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTC
** * * * * * * * *
32909 ATG-TTTCTC-AAGGTAGACAATAAAATATAATCTGTTTTAACTACAAATGTAAAAAA-CAAATT
446 ATGTTTTC-CAAAGAAAG-CATTCAAACATTATCTATTTTAACCAAAAATTTAAAAAATC----T
*
32971 GAACTTAA
505 -AACCTAA
* * ** * * * **
32979 AATCGATTATGAGATTATTAAACCGTTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAG-TTGAGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGACTTTCAAAG-GCTTGAGTGAC
* * * * * * * *
33043 AATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GACTTTTGTTTCATGTTTC-CTGAAGCAAACATTCA
65 TATAAAAGTACTTTTCTTGCTAATGGATGGA-TTTTGCTTCACGTTTCTC-GAAGTAAACATT-A
* * * * * *
33106 AT-TGTTATATATTTTAA-TAAAAAATGTAACA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATA
127 ATATGTTATA-A-ATTAATTAAAAAGTATAAAAGAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * ** * * **
33168 AAGCAATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTAAAAGTATGGGTGACTATAAA-TAGA-CTTTTCCT
190 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGACTGACTATAAACTA-ATCTTTT-CT
* * * * ** * * * ** *
33231 T-CCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATTACCTGTTTTAACT
253 TGCTAATGAATGGCTTTTGCTACATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT
* * * * * *
33295 AAAAATATAAAAAAATCCAACCTAAAATCAATTATGAGATTCTAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
318 AAAAATATAAAAAATTTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAAT
* ** * * * * *** * *
33360 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTTACTATCAATGGGCTTTTCTTGAAAAATGGAA-GGCTCTTGCTT
382 AAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-TCCAAT-GAATGGCTTTTTCTT
* * * ** * ** ** * **
33424 TACG-TTTCCTAAA-ACAAACATTCAATTATAAGATATTTTAATAAAAAATGTAAAAACCCTCAA
445 CATGTTTTCC-AAAGA-AAGCATTCAAACATTATCTATTTTAACCAAAAATTTAAAAAATCT-AA
*
33487 CTTAA
507 CCTAA
* * * * ** * *
33492 AATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGATTAATAAGGTTTTCGAAGG-TATGGGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGACTTTCAAAGGCT-TGAGTGAC
* ** * * * * * *
33556 TATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATAAAT-GAGTTTTTCTTTACGGTTCT-AAAGCCAGACATTC
65 TATAAA-AGTACTTTTCTTGCTAATGGATGGA-TTTTGCTTCACGTTTCTCGAAG-TAAACATT-
* *** ** * * *
33618 AAT-TGTAATTTGTTTTAAGCAAAAATGTA-AAAA-TATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTA
126 AATATGT--TATAAATTAATTAAAAA-GTATAAAAGAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** * * *
33680 TAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAACCCTTTCGAAGGCTTGAGTGATTATAAA-TAGAT-TTTTC
188 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGACTGACTATAAACTA-ATCTTTTC
* * * * * * * *
33743 TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAAATATTATCTTTTTTAAC
252 TTGCTAATGAATGGCTTTTGCTACATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC
* * * ** * ** **
33808 CAAATATGTCAAAAAA-TTCAACTTAAAATTGATTATGAGATTATAATACCATTTGGAGCGGGTA
317 TAAAAATAT-AAAAAATTTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAA-AACATTTAAAGCAAGTA
* ** * * * * *
33872 ATAAGGCTTTTG-AGGCATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTACCAATGACTAGTTTTTTCCT
380 ATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTT-CT
** * * * *
33936 T-ATG-TTTCTC-AAGGTAGATATTCAAATATTATCTATTTTGA-CACAAAATGTAAAAATATTC
444 TCATGTTTTC-CAAAGAAAG-CATTCAAACATTATCTATTTTAACCA-AAAATTTAAAAA-A-TC
*
33997 T-ACTTAA
504 TAACCTAA
* ** ** * *
34004 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAAGGGTTTCAAAGGCATGGGTGA-
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGT-AGTAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGAC
* * * * * * * * *
34068 TCATACATGGATTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTATT-CTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTC
65 T-ATAAAAGTACTTTTCTTGCTAATGGATGGATT-TTGCTTCACGTTTCTCGAA-GTAAACATT-
* *** ** * * * * *
34131 AATTATAATT-TGTTTTAACCAAAAA-TATAAAAAAACTCACCTTAATATCAATTATCAAATTAT
126 AA-TAT-GTTATAAATTAATTAAAAAGTATAAAAGAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** *** * * ** * * **
34194 AAAATTATTTAAAAATAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACAATAGACGGA-CTTTTCTT
189 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGACTGACTATAAACTAATCTTTTCTT
* * ** * * **
34258 G-TCAATGGATGGCTTTTGCT-CACGTTTCCTAAAACGGATATTTGATTATAATATATTTTAA-T
254 GCT-AATGAATGGCTTTTGCTACATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT
** * * * *
34320 AAAAAATATAAAAAACCTAAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAACGCGAGTAA
318 -AAAAATATAAAAAATTTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCAAGTAA
* * * * * * *
34384 TAACGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GAAATTTACTTACAAATGAATGGCTTTTTCTT
381 TAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTT
** * *** ** * * * * *
34448 CA-CATTTCCAGAGGGTGACATTCAATTATAATTTATTTTAACAAAAAAACTAAAAAAAT-TCAA
445 CATGTTTTCCAAAGAAAG-CATTCAAACATTATCTATTTTAAC-CAAAAATTTAAAAAATCT-AA
*
34511 CTTAA
507 CCTAA
* * *
34516 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA-AGCTTTCGAAGGCTAGAGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGA-CTTTCAAAGGCTTGAGTGAC
* * * * * * * *
34580 TATAAATGAACTTTT-TTCAGTTAATGGATGG-TTTCTACTTCTCGTTTC-CCAAGGTAGATATT
65 TATAAAAGTACTTTTCTT--GCTAATGGATGGATTT-TGCTTCACGTTTCTCGAA-GTAAACATT
* * *
34642 --T-TGTTATAATATATTTTAATCAAAAA-TTTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
126 AATATGTTAT-A-A-A--TTAATTAAAAAGTATAAAAGAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* ** ** *
34703 TATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGGTTTC-AA---A-G---GA-T-T-AAGTAA------
186 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGACTGACTATAAACTAATCTTTT
* * *
34751 ----CT-ATAAATGGAC-TTTGCT---T-TCTT--GAA-GTAGACATTCAATTATAATATATTTT
251 CTTGCTAATGAATGG-CTTTTGCTACATGT-TTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTT
* * * * *
34803 AA-TCAAAAATTTTTAAAAAA-ATCATCTTAAAA-ATGATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAG
314 AACT-AAAAA--TATAAAAAATTTCAACTTAAAATA-AATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAG
* *
34865 CAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAA-TGACTATAAATAGACTTTTCATTCCAATGAATGGCT
374 CAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-AAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTTCCAATGAATGGCT
* * *
34929 TTTTCTTCATGTTTT-CAAAGGAAAGCATTCAAACATTATCTGTTTTAACCGAAAATATAAAAAA
438 TTTTCTTCATGTTTTCCAAA-GAAAGCATTCAAACATTATCTATTTTAACCAAAAAT-TTAAAAA
34993 ATCTAACCTAA
501 ATCTAACCTAA
* * * * *
35004 ATTCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAATGTTTGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACT
* * * * * * * * * *
35069 ATAAAAGTACTTTTCTTACCAATGGTTGGAGTTTGTTTCACATTTCTTGAGGCAAAGATT--TA-
66 ATAAAAGTACTTTTCTTGCTAATGGATGGATTTTGCTTCACGTTTCTCGAAGTAAACATTAATAT
** * *
35131 GTTATAATATATGTTGTCCAAAAGTATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
131 GTTATAA-AT-TAAT-T-AAAAAGTATAAAAGAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
*** * * *
35196 ACCATTTAAAGCGAGTAATCTTACTTTTGAAGGCATGACTGACTATAAACTAATTTTTTCTTTCT
192 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGACTGACTATAAACTAATCTTTTCTTGCT
* * * * * *
35261 AATGGATGGGTTTTGCTACATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTAATTTAACTAACA
257 AATGAATGGCTTTTGCTACATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAA
* * * *
35326 ATAT-AAAAATGTTGAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAG
322 ATATAAAAAAT-TTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCAAGTAATAAG
* * * * * * *
35390 GCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGT-TAATAAATGGCTTTCTGTTCAT-
385 GCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-TCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG
* * ** * *
35453 ATTTCCTAAAG-CAGACATTCAATTA-TAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAA-CTCAACTT
449 TTTTCC-AAAGAAAG-CATTCAAACATTA-TCTATTTTAACCAAAAATTTAAAAAATCT-AACCT
35515 AA
510 AA
* * * * ** * * * *
35517 AATCAATTATGAGATTACAAAACTATGTGAAGCGAGTAGCAAGACTTTTGAAGACATGGGTAACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACT
* * * * * * *
35582 ATAAATGGAATTTTCTTGCTAATAGAT-GACTTTTGCTTTACGTTTTTCGAAGCT-GACATTCAA
66 ATAAAAGTACTTTTCTTGCTAATGGATGGA-TTTTGCTTCACGTTTCTCGAAG-TAAACATT-AA
** * *
35645 TTATAG-TATATTTTAATTAAAAATGTA-AAAA-ACCTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATA
128 -TAT-GTTATAAATTAATTAAAAA-GTATAAAAGAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* *
35707 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA-TAGA-CTTTTCTT
190 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGACTGACTATAAACTA-ATCTTTTCTT
* * *
35770 GGC-AATGAATGGCTTTTATCT-TATGTTT-CTAAAGGCAGACATTCAATTATAATTTATTTTAA
254 -GCTAATGAATGGCTTTT-GCTACATGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA
* * * *
35832 CTAAAAATCTAAAAAATTTTAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTG
316 CTAAAAATATAAAAAATTTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTA
* * *
35897 ATAAGGCTTTCAAAGCCATAAGTGACTATAAATAGACTTCTCTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTT
380 ATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTT
**
35962 CATGTTTTCCAAAGAAAGCATTCAAACATTATCTATTTTAAATAAAAATGTTAAAAAATCTAACC
445 CATGTTTTCCAAAGAAAGCATTCAAACATTATCTATTTTAACCAAAAAT-TTAAAAAATCTAACC
36027 TAA
509 TAA
* * *
36030 AATCAATTGTGAGATTAT-AAAGTCATTTAAAACGACG-AGTAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGA-GTAGTAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGA
* * * *
36093 CTATAAAAATACTTTCCTTGCTAATGGGTGGATTTTGCTTCATGTTTCTCGAAGTAAACATGTAA
64 CTATAAAAGTACTTTTCTTGCTAATGGATGGATTTTGCTTCACGTTTCTCGAAGTAAACAT-TAA
* *
36158 TATTGCTTA-AAATTAA-T------TAT----G-A---GA-TT-AAA--AA-TCT---ATT-TAA
128 TA-TG-TTATAAATTAATTAAAAAGTATAAAAGAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * ** * *
36198 AA-CATGT--A---A-T-AT-TG-CTTTTGAAGTCATCACTGACTATAAGTTGA-CATTTCCTT-
191 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGACTGACTATAAACTAATC-TTTTCTTG
* * * ** * * * **
36251 CCAATGGATGGATTTTCTTACACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATAATAATCTATTTTAACCGA
255 CTAATGAATGGCTTTTGCTACATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAA
* * **
36316 CAATAT-AAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
320 AAATATAAAAAAT-TTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATA
* * ** * * * *
36380 AGGCTTTCAAAGGTATTGGTGAGTATAAATGGA-TGTTTCTTCCCAATGAATGTCTTTTTCTTCA
383 AGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACT-TTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
* * ** * ** * *
36444 TGTTTCCCAAGGCAAA-CATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAACAAA-CTAAACT
447 TGTTTTCCAAAG-AAAGCATTCAAACATTATCTATTTTAACCAAAAATTTAAA-AAATCT-AACC
36507 TAA
509 TAA
* * * * * * * * ** * * *
36510 AATCAATTCTAAGATTATAAAACTATTAAAAGTGTGCAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACT
* * * * * * * *
36575 ATAAAGGGACTTTTCTTG-TCAATGGAT-CACTTTTCCTTCATGTTTATCAAAGTAGACATTTAA
66 ATAAAAGTACTTTTCTTGCT-AATGGATGGA-TTTTGCTTCACGTTTCTCGAAGTAAACA-TTAA
* * * * * * * *
36638 T-TATAATACATTTTAATCACAAATGTA-AAAA-ACCTCAACTCAAAATTAATTATGAGATTATA
128 TATGTTATA-A-ATTAATTA-AAAAGTATAAAAGAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
36700 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAATG--TG--TGACTATAAA-TGGA-CCTTTCTG
190 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGACTGACTATAAACT-AATCTTTTCTT
* * * ** * * *
36759 GCT-ATGAATGGCTTTT-CTTCATCTTTCC-AGAGGCAAACATTTGATTAT-ATATGTTTTGACC
254 GCTAATGAATGGCTTTTGCTACATGTTTCCTA-AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT
* * *
36820 AAAAATCTAAAAGAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
318 AAAAATATAAAA-AATTTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAA
36884 TAAGGCTTTCGAA
381 TAAGGCTTTCGAA
36897 CGCTTGATTG
Statistics
Matches: 4279, Mismatches: 870, Indels: 682
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
477 2 0.00
478 2 0.00
479 19 0.00
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481 18 0.00
482 2 0.00
483 2 0.00
484 3 0.00
485 3 0.00
486 33 0.01
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489 17 0.00
490 5 0.00
491 16 0.00
492 2 0.00
493 1 0.00
494 3 0.00
495 5 0.00
496 4 0.00
497 4 0.00
498 9 0.00
499 3 0.00
501 2 0.00
502 4 0.00
503 5 0.00
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505 2 0.00
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522 3 0.00
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527 3 0.00
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543 9 0.00
544 6 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (511 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACT
ATAAAAGTACTTTTCTTGCTAATGGATGGATTTTGCTTCACGTTTCTCGAAGTAAACATTAATAT
GTTATAAATTAATTAAAAAGTATAAAAGAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
TTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGACTGACTATAAACTAATCTTTTCTTGCTAATG
AATGGCTTTTGCTACATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATAT
AAAAAATTTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
GAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCA
AAGAAAGCATTCAAACATTATCTATTTTAACCAAAAATTTAAAAAATCTAACCTAA
Found at i:36475 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 36263--37164 Score: 673
Period size: 171 Copynumber: 5.3 Consensus size: 169
36253 AATGGATGGA
* * * * * *
36263 TTTTCTTACACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATAATAATCTATTTTAACCGACAATATAAAAAT
1 TTTTCTT-CATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-
* ** *
36328 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
64 ACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* ** *
36393 TATTGGTGAGTATAAATGGATGTTTCTTCCCAATGAATGTCT
129 TATTGGTGACTATAAATGGAT-TTTCTTGTCAATGAATGACT
* **
36435 TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAACAAA
1 TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAA-AAA
* * * * * *** * * **
36500 CTAAACTTAAAATCAATTCTAAGATTATAAAACTATTAAAAGTGTGCAATAAGGCTTTTGAAGAC
65 CTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGT
* * * *
36565 ATGGGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTGTCAATGGATCACT
130 ATTGGTGACTATAAATGGA-TTTTCTTGTCAATGAATGACT
* ** * * * * *
36606 TTTCCTTCATGTTTATCAAAGTAGACATTTAATTATAATAC-ATTTTAATCACAAATGTAAAAAA
1 TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAAT-CTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* *
36670 CCTCAACTCAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA--
65 -CTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * *
36733 T-GT-GTGACTATAAATGGACCTTTC-TGGCTATGAATGGC-
129 TATTGGTGACTATAAATGGA-TTTTCTTGTCAATGAATGACT
* * ** * * * *
36771 TTTTCTTCATCTTT-CCAGAGGCAAACATTTGATTAT-ATATGTTTTGACCAAAAATCTAAAAGA
1 TTTTCTTCATGTTTCCCA-AGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-A
* * *
36834 AATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAACG
64 ACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * *
36899 -CTTGATTGATTATGAAA-GGATTTTTCTTGTCAATGGATGACT
129 TATTG-GTGACTAT-AAATGGA-TTTTCTTGTCAATGAATGACT
* * * * * * * *
36941 TTTGCTTCACGTTTCCTAATGTAGACATTCAATTGTAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
1 TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAC
********* * *
37006 TNNNNNNNNNNATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGG-TTGT-GAAGG
66 T-CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT-TCGAAGG
** * * * * *
37069 CT-TAAGTGACTATAAGTGGAATTTTGTTGCCAATGGATGGCT
129 -TATTGGTGACTATAAATGG-ATTTTCTTGTCAATGAATGACT
* * * * * * *
37111 TTTGCCTCATGTTTCCTGAA-GTAGACATTTAATTGTAATATATTTTAACCAAAA
1 TTTTCTTCATGTTTCC-CAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
37165 GTATTAGTTT
Statistics
Matches: 583, Mismatches: 123, Indels: 50
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
164 78 0.13
165 28 0.05
166 10 0.02
167 19 0.03
168 13 0.02
169 15 0.03
170 109 0.19
171 300 0.51
172 11 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAC
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTA
TTGGTGACTATAAATGGATTTTCTTGTCAATGAATGACT
Found at i:36616 original size:480 final size:480
Alignment explanation
Indices: 35683--36638 Score: 1064
Period size: 480 Copynumber: 2.0 Consensus size: 480
35673 AAAACCTCAA
* * *
35683 CTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG
1 CTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATCAC
* * * *
35748 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGGCAATGAATGGCTTTTATCTTATGTTTCTAAAGGCAGACATT
66 TGACTATAAATAGACTTTCCTTGCCAATGAATGGCATTTATCTTACGTTTCTAAAGGCAGACATT
* * * * *
35813 CAATTATAATTTATTTTAACTAAAAATCTAAAAAATTTTAACTTAAAATAAATTATGAGATTATA
131 CAATAATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATA
* * *
35878 AAATCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCAAAGCCATAAGTGACTATAAATAGACTTCTCTTTC
196 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGCCATAAGTGACTATAAATAGACTTCTCTTCC
* *
35943 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAAGAAAGCATTCAAACATTATCTATTTTAAATAAA
261 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAAGAAAGCATTCAAACATAATCTATTTTAAATAAA
* * * *
36008 AATGTTAAAAAATCTAACCTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAGTCATTTAAAACGACGAGTAAG
326 AATGTTAAAAAATCTAACCTAAAATCAATTCTAAGATTATAAACTCATTTAAAACGACGAATAAG
* * * * * *
36073 ACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAAATACTTTCCTTGCTAATGGGTGGATTTTGCTTCATGT
391 ACTTTCAAAGACATGAGTGACTATAAAAAGACTTTCCTTGCTAATGGATGCATTTTCCTTCATGT
* *
36138 TTCTCGAAGTAAACATGTAATATTG
456 TTATCAAAGTAAACATGTAATATTG
* ** * *
36163 CTTAAAATTAATTATGAGATTA-AAAATCTATTTAAAAC-ATGTAATATTGCTTTTGAAGTCATC
1 CTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA-CCATTTAAAACGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATC
* * *
36226 ACTGACTATAAGTTGACATTTCCTT-CCAATGGATGG-ATTT-TCTTACACGTTTCCT-AAGGCA
64 ACTGACTATAAATAGAC-TTTCCTTGCCAATGAATGGCATTTATCTT--ACGTTT-CTAAAGGCA
* * *
36287 GACATTCAATAATAATCTATTTTAACCGACAATAT-AAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGA
125 GACATTCAATAATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAT-TTCAACTTAAAATAAATTATGA
* ** ** * *
36351 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATTGGTGAGTATAAATGGA-TG
189 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGCCATAAGTGACTATAAATAGACT-
* * * **
36415 TTTCTTCCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAA-CATTCAATTATAATCTATT
253 TCTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAAG-AAAGCATTCAAACATAATCTATT
*
36479 TT-AATAAAAAATG-TAAACAAA-CTAAACTTAAAATCAATTCTAAGATTATAAAACT-A-TTAA
317 TTAAAT-AAAAATGTTAAA-AAATCT-AACCTAAAATCAATTCTAAGATTAT-AAACTCATTTAA
** * ** * ** *
36539 AA-GTGTGCAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTG-TCAATGGAT
378 AACG-ACG-AATAAGACTTTCAAAGACATGAGTGACTATAAAAAGACTTTCCTTGCT-AATGGAT
* *
36602 -CACTTTTCCTTCATGTTTATCAAAGTAGACATTTAAT
440 GCA-TTTTCCTTCATGTTTATCAAAGTAAACATGTAAT
36639 TATAATACAT
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CTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATCAC
TGACTATAAATAGACTTTCCTTGCCAATGAATGGCATTTATCTTACGTTTCTAAAGGCAGACATT
CAATAATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGCCATAAGTGACTATAAATAGACTTCTCTTCC
CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAAGAAAGCATTCAAACATAATCTATTTTAAATAAA
AATGTTAAAAAATCTAACCTAAAATCAATTCTAAGATTATAAACTCATTTAAAACGACGAATAAG
ACTTTCAAAGACATGAGTGACTATAAAAAGACTTTCCTTGCTAATGGATGCATTTTCCTTCATGT
TTATCAAAGTAAACATGTAATATTG
Found at i:36967 original size:335 final size:339
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Period size: 335 Copynumber: 2.2 Consensus size: 339
36242 CATTTCCTTC
* * *
36252 CAATGGATGGA-TTTTCTTACACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATAATAAT-CTATTTTAACCG
1 CAATGGAT-GACTTTTCTT-CACGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATAC-ATTTTAACC-
* * * **
36315 AC-AATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
62 ACAAATGTAAAAA-ACTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * ** *
36379 AAGGCTTTCAAAGGTATTGGTGAGTATAAATGGATGTTTCTTCCCAATGAATGTCTTTTTCTTCA
126 AAGGCTTTCAAA-GTAGTGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
* * * * *
36444 TGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAACAAACTAAACTTA
190 TCTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATCTAAACAAAATAAACTTA
* * *** * *
36509 AAATCAATTCTAAGATTATAAAACTATTAAAAGTGTGCAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGAC
255 AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTAAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGTGAC
36574 TATAAAGGGACTTTTCTTGT
320 TATAAAGGGACTTTTCTTGT
* * * * *
36594 CAATGGATCACTTTTCCTTCATGTTT-ATCAAAGTAGACATTTAATTATAATACATTTTAATCAC
1 CAATGGATGACTTTT-CTTCACGTTTCCT-AAAGTAGACATTCAATTATAATACATTTTAACCAC
*
36658 AAATGTAAAAAACCTCAACTCAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
64 AAATGTAAAAAA-CTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* ** *
36723 GGCTTTCGAA-T-GT-GTGACTATAAATGGACCTTTC-TGGCTATGAATGGC-TTTTCTTCATCT
128 GGCTTTCAAAGTAGTGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATCT
** * * * *
36783 TT-CCAGAGGCAAACATTTGATTAT-ATATGTTTTGACCAAAAATCTAAA-AGAAATTAACTTAA
193 TTCCCA-AGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATCTAAACA-AAATAAACTTAA
* * * * * *
36845 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAACG-CTTGATTGAT
256 AATCAATTATAAGATTATAAAACCATTAAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAA-GACATGAGTGAC
*
36909 TATGAAA-GGATTTTTCTTGT
320 TAT-AAAGGGACTTTTCTTGT
* * * *
36929 CAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTAATGTAGACATTCAATTGTAATATATTTTAACCAAA
1 CAATGGATGACTTTT-CTTCACGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATACATTTTAACCACA
36994 AATGTAAAAAA
65 AATGTAAAAAA
37005 ATNNNNNNNN
Statistics
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ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.35
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CAATGGATGACTTTTCTTCACGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATACATTTTAACCACAA
ATGTAAAAAACTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
TTTCAAAGTAGTGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATCTTTC
CCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATCTAAACAAAATAAACTTAAAATCA
ATTATAAGATTATAAAACCATTAAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGTGACTATAAA
GGGACTTTTCTTGT
Found at i:37158 original size:170 final size:161
Alignment explanation
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Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
36836 TTAACTTAAA
* * * *
36846 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAACGCTTGATTGATTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAACGCTTAAGTGACTA
* * *
36911 TGAAAGGATTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTAATGTAGACATTCAATTG
66 TGAAAGGAATTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCCTCACGTTTCCTAATGTAGACATTCAATTG
36976 TAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
131 TAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* *
37007 NNNNNNNNNNATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGG-TTGT-GAAGGC
1 ----------ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTT-TCGAACGC
* * * *
37070 TTAAGTGACTAT-AAGTGGAATTTTGTTGCCAATGGATGGCTTTTGCCTCATGTTTCCTGAA-GT
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*
37133 AGACATTTAATTGTAATATATTTTAACCAAAA
118 AGACATTCAATTGTAATATATTTTAACCAAAA
37165 GTATTAGTTT
Statistics
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ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAACGCTTAAGTGACTA
TGAAAGGAATTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCCTCACGTTTCCTAATGTAGACATTCAATTG
TAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
Found at i:43563 original size:22 final size:21
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* *
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1 AAAAA
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Statistics
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AAAAAACAGAGAAAAAGAAAC
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46072 GTGAGAGAAA
* * *
46082 AAAC-ACTTAGTCGACTAAGAGACAGTGTTAGTCAACTAAGAGCTTACTGCCAAAAACTGAGTTT
1 AAACGACTTAATCGACTAAGAG-CAATGTTAGTCAACTAAGAGCCTACTGCCAAAAACTGAGTTT
*
46146 AGAGACAT
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*** * * *
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1 AAACGACTTAATCGACTAAG-AGCAATGTTAGTCAACTAAGAGCCTACTGCCAAAAACTGAGTTT
*
46218 AGAGATAG
65 AGAGACAG
*
46226 AGACGACTTAATCGACTAAGTAGCAATGTTAGTCAACTAAGAGC
1 AAACGACTTAATCGACTAAG-AGCAATGTTAGTCAACTAAGAGC
46270 ATTCTATTTG
Statistics
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AAACGACTTAATCGACTAAGAGCAATGTTAGTCAACTAAGAGCCTACTGCCAAAAACTGAGTTTA
GAGACAG
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Period size: 73 Copynumber: 2.2 Consensus size: 73
47809 GACAGAGAAC
* * * * *
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1 ACTTAATTGACTAAGAAGTTTTATTAGTTGACTAAGAGCCTACTACCAAAAACTAAGTTTAAAGA
*
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66 CAAAAACG
* * *
47892 ATTTAATTGACTAAGAAGTTTTATTAGTTGACTAAGAGCCTACTGCCAAAAACTAGGTTTAAAGA
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* *
47957 TAAAGACG
66 CAAAAACG
47965 ACTTAATTGACTA
1 ACTTAATTGACTA
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Statistics
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ACTTAATTGACTAAGAAGTTTTATTAGTTGACTAAGAGCCTACTACCAAAAACTAAGTTTAAAGA
CAAAAACG
Found at i:47992 original size:73 final size:73
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47809 GACAGAGAAC
* *** * * *
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1 ACTTAATTGACTAAGAAGCAATGTTAGTTGACTAAGAGCCTACTACCAAAAACTAAGTTTAAAGA
*
47884 CAAAAATG
66 CAAAAACG
* *** * * *
47892 ATTTAATTGACTAAGAAGTTTTATTAGTTGACTAAGAGCCTACTGCCAAAAACTAGGTTTAAAGA
1 ACTTAATTGACTAAGAAGCAATGTTAGTTGACTAAGAGCCTACTACCAAAAACTAAGTTTAAAGA
* *
47957 TAAAGACG
66 CAAAAACG
* * **
47965 ACTTAATTGACTACGTAGCAATGTTAGTCAACTAAGAG
1 ACTTAATTGACTAAGAAGCAATGTTAGTTGACTAAGAG
48003 TATTCTGTCT
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CAAAAACG
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48961 ATAATATCAT
48971 AATTGGTTTTACATTG
1 AATTGGTTTTACATTG
48987 AATT-GTTTTACATT
1 AATTGGTTTTACATT
49001 TTTATTAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATTGGTTTTACATTG
Found at i:49914 original size:321 final size:322
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Indices: 49307--49953 Score: 758
Period size: 321 Copynumber: 2.0 Consensus size: 322
49297 ATAATCTCAT
* * * * *
49307 AATTGATTTTAAGTTGGAGTTTTTTATATTTTTTACTAAAACAGATAATATTTGAATGTTTGTCT
1 AATTGATTATAAGTTGGAATTTTTTACATTTTTTACTAAAACAGATAATATTTAAATGTTCGTC-
* * * * * *
49372 TAGGAAACGTGAAGAAAAAAATCATTCTTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTT
65 TAGGAAACGTGAAGAAAAAAACCATTCATTAAAAACAAAAGCCCATTTATAGTTACCCATGCCTT
* *
49437 CTAAAGCCTTACTATTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTT
130 CGAAAGCCTTACTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTT
* * * * *
49502 TGATTTTTTTATTATAATTTATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAATATGAAGAAAAAGTAAT
195 TGATATTTTTATTAAAAATTATTATAACTGAATGTCTACCTCGGAAAATATGAAGAAAAAGTAAT
* * ** * *
49567 TCATTGGCAAGAAAAGTCTGTTTATAGCCACCCATGCCTT-ATAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
260 CCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTCA-AAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * *
49630 AATTGATTATAAGTT-GAATTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACATATTATATTTAAATGTCTACG
1 AATTGATTATAAGTTGGAATTTTTTACATTTTTTA-CTAAAACAGATAATATTTAAATGT-T-CG
* *
49693 TC-AGGAAACGTTAAG-AAAAAGCCATTCATTAAAAACAAAAGCCCATTTATAGTTA-CCATTGC
63 TCTAGGAAACGTGAAGAAAAAAACCATTCATTAAAAACAAAAGCCCATTTATAGTTACCCA-TGC
* * *
49755 CTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAAT-
127 CTTCGAAAGCCTTACTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATG
* * * *
49819 TCTTTTATATTTTT-TTAAAACATT-TTGTAACTGAATGTCTACCTCGAGATACAT-T-AAGCAA
192 T-TTTGATATTTTTATTAAAA-ATTATTATAACTGAATGTCTACCTCG-GA-AAATATGAAGAAA
* * * *
49880 AAGTTATCCATTGGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTTCTC
253 AAGTAATCCATTGGC-AAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
49945 ACTTTA
317 ACTTTA
49951 AAT
1 AAT
49954 GGTTTTATAA
Statistics
Matches: 274, Mismatches: 40, Indels: 22
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (322 bp):
AATTGATTATAAGTTGGAATTTTTTACATTTTTTACTAAAACAGATAATATTTAAATGTTCGTCT
AGGAAACGTGAAGAAAAAAACCATTCATTAAAAACAAAAGCCCATTTATAGTTACCCATGCCTTC
GAAAGCCTTACTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTT
GATATTTTTATTAAAAATTATTATAACTGAATGTCTACCTCGGAAAATATGAAGAAAAAGTAATC
CATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
Found at i:50152 original size:171 final size:169
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Period size: 170 Copynumber: 10.2 Consensus size: 169
48724 GACAAGAAAT
* * * * *
48734 GTCCATTTTTAGTCAC-CTATGCTTTCGGAAGCCTTATTACTCT-TTTTAAATAGTTTTATAATC
1 GTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-TACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * * * *
48797 TCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTATACTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA
64 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTA
* ** *
48862 TCTCAAG-AAC-TGCAAAGCAAAAGCCA-TCTATT-GGAGAAAAAA
129 CCTTGAGAAACATG--AAGCAAAAG-CATTC-ATTAGCA-AAAAAA
* * * * * * *
48904 GTCCATTTATAATCACTCATACCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATC
1 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * *
48969 ATAATTGGTTTTACA-TTGAATTGTTTTACA-TTTTTATTAAAACATATTATAATTGAAAGTTTG
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* * ** *
49032 TCTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATTCATTAG-ATAGAAAA
129 CCTTGAGAAACATGAAGCAAAAG-CATTCATTAGCA-AAAAAA
** * * * *
49074 GTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATGG--TTAAAATCTC
1 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * * * * *
49137 ATAATTCATTTAAAGTTAAATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTGAAAGTCTGC
66 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAC
** ** *
49202 CTT-AGGAAAGGTGAAGCAAAAGCCACCCATTAGCAAGAAAA
130 CTTGA-GAAACATGAAGCAAAAG-CATTCATTAGCAAAAAAA
* * * * * *
49243 GTCCATTTATAATCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA---ACTCTGAATGATTTTATAATCTC
1 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * ** * * * * **
49305 ATAATTGATTTTAAGTTGGAGTTTTTTATATTTTTTACTAAAACAGATAATATTTGAATGTTTGT
66 ATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * *
49370 CTT-AGGAAACGTGAAGAAAAAAATCATTC-TTTGACAAGAAAA
130 CTTGA-GAAACATGAAG--CAAAAGCATTCATTAG-CAAAAAAA
* * * * *
49412 GTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCTAAAGCCTTACTATTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
1 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * **
49477 ATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTGA-TTTTTTTATTATAATTTATTATAATTGAATGTCTAC
66 ATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * *
49541 CTTG-GAAAATATGAAGAAAAAGTAATTCATTGGCAAGAAAA
130 CTTGAG-AAACATGAAGCAAAAG-CATTCATTAGCAAAAAAA
** * * ** ** *
49582 GTCTGTTTATAGCCACCCATGCCTTATAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA------T-TGAT-T-
1 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * *
49638 ATAA--G--------TTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATATTTAAATGTCTA-C
66 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * *
49692 GTCAGGAAACGTTAAGAAAAAGCCATTCATTA-AAAACAAAA
131 TTGA-GAAACATGAAGCAAAAG-CATTCATTAGCAAA-AAAA
* *
49733 GCCCATTTATAGTTAC-CATTGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCT
1 GTCCATTTATAGTCACTCA-TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * *
49797 CATAATTGATTTTAATTTGAATTCTTTTATA-TTTTT-TTAAAACATTTTGTAACTGAATGTCTA
65 CATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTA
* * * * * *
49860 CCTCGAGATACATTAAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAAAAAAA
129 CCTTGAGAAACATGAAGCAAAAG-CATTCATTAGC-AAAAAAA
* * * * * *
49903 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTA
1 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * **
49968 ATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTGT
66 ATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAC
* * *
50033 CTTGTGAAACATGAAG-AGAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAA
130 CTTGAGAAACATGAAGCA-AAAG-CATTCATTAGCAAAAAAA
* * * *
50074 GTCCATTTTTAGTCA-TCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTGTATTC
1 GTCCATTTATAGTCACT-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-TACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * * * * *
50137 TCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATACTGTTGGTTAAAATAAAATATAATTAAATGTCT
64 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCT
*
50202 ACCTT-AGAAA-ATGTACAGCAAAAGC-TATCTATTAG-AGAGAAAA
128 ACCTTGAGAAACATG-A-AGCAAAAGCAT-TC-ATTAGCA-AAAAAA
* * * * * * * *
50245 TTCTATTTATAGTTACTCATACCTTCAAAAGCATTATTA-TTGCTTTAAATGGTTTTATAATGTC
1 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * *
50309 ATAATTGGTTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAAAGTCTAC
66 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAC
*
50374 CTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCTATTCATT-GCATAAAAAA
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* *
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ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC
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* * * *
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* * * ** * * *
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* *
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** *** * * * *
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* *
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320 GGTTTTATAACCTAAT
* *
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1 AATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCT
* *
50035 TGTGAAACATGAAGAGAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTTTAGTCATCCATGCCTTT
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* * *
50100 GAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTGTATTCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTT
125 GAAAGCCTTATTACT-TACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTCTT
* * *
50164 TTATACTGTTGGTTAAAATAAAATATAATTAAATGTCTACCT-TAGA-AAATGTACAGCAAAAGC
189 TTATA-T-TTGGTTAAAACAAAATATAACTAAATGTCTACCTCGAGATAAAT-TA-AGCAAAAGC
* * * * * * *
50227 TATCTATTAG-AGAGAAAATTCTATTTATAGTTACTCATA-CCTTCAAAAGCATTATTAT-T-GC
250 TATCCATTAGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCATTATT-TCTCAC
** *
50288 TTTAAATGGTTTTATAATGTCAT
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* * * * **
50311 AATTGGTTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAAAGTCTACCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCT
*
50376 TGGGAAACATGAAGCAAAAGCTATTCATTGCATAAAAAAATCCATTTATAGTCACTCATGCCTTT
65 T-GGAAACATGAAG-AAAAGC-ATTCATTGCA-AAAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTT
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125 GAAAGCCTTATT
50453 TGTAACGATC
Statistics
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GGAAACATGAAGAAAAGCATTCATTGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCATGCCTTTGAAAGC
CTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATT
TGGTTAAAACAAAATATAACTAAATGTCTACCTCGAGATAAATTAAGCAAAAGCTATCCATTAGC
AAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTTCTCACTTTAAATGGTTTT
ATAACCTAAT
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52552 AACATTAACC
52562 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
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Statistics
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Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:55448 original size:170 final size:171
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** * * *** *
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* * * ** * * * * ** *
54849 TATATTATAACTAAATGT-TTGCTTTGAAAAATATGAAGCAATAGCCATATATTAGCAAGAAAAG
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* * * * *
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* * * * * * * * *** *
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* * * * * * * *
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* * * * **
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* * * * *
55126 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTATATTAATA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
** * * ** ** *
55191 TTTATTATAATAGAATATCTACCTTA-AGAAATGTGAAGAAAAAGTAATTCATTGGCAAGAAAAG
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* * * *
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* * * * *
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1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * *
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* *
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* * * *
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1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTTACATTTTTTGTTAA
* * * * * * * * *
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* * ** * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
55768 TCTATTTATAGTCACCCATGTCTTTCG-AAGCCTTATTACTCA
130 TCCATTTATAGTCACTCATG-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * *
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1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAA
* * * * * * * * * * * *
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* * * **
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130 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
55981 C-TTAATATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTGT-TTAAA
1 CTTTAA-ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
* * * * * *
56044 CTATATTATAATTGAATGTTTA-CTTCA-AGAAACATGAGGCAAAAGCCATCCA-TGACAAGAAA
65 ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAA
* ** *
56106 AATCCATTTATAAACACTCATG-CTTCAAAAGCCCACTTA-TAGTCTCTTTTG
128 AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG--C-CTTATTA--CTC----G
* * * * * * * *
56157 CCTTTGAAA--GTCTTATTA-CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTT
1 -CTTT-AAATGGTTTTATAATC-T-C-ATAATTGATTTTA-AGT-T--GAATT-TTTTTACA-TT
* ** * * * * * **
56218 GATGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATAATAAT-TGAATGTTAGATTCGAGAAACATGAAG
55 --T-TTTGTTA-A-AATAGATTATAAT-T-GAAT-GTCT--ACCTTAGA------AAACATGAAG
* * * * * *
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104 AAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
56347 TCG
169 TCG
* * * * *
56350 CTTTAAATAGTTATATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTTAATTTTTTTAGA-TTTTTGATTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAA
* * * * * *
56414 AAAAATTATAATTGAATGGCTGCCTT-GAAAAACAT-AGAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAA
65 ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-AAAACATGA-AGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAA
* * * *
56477 TGGT-CATTTATAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTG
128 -AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* ** * * * * * *
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1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTGTTAAA
* * * * *
56585 ACAGATTATAATTGAATGTCTACTTTGGAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAA-AAAAG
65 ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
** * * *
56649 TTTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAACCTTATTACTCG
130 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * ** *
56691 CTTTGAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTT-TTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * * * * * ** *
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* * * * *
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131 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * ** * * * * * *
56861 CTTTAAATGATTTTATACTCTCATAATCAATTTTACGTTAAATTTTTTTTATAGTTTTGGTTGAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
* * *** * * * * *
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65 ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAA-GAA
* * * *
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127 AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-GAAAGCCTTATTACTCG
* * * * ** *
57033 CTTTCAATGGCTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTGAGTCAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* ** * ** * * * * * *
57097 CAGATTATTTTTAAACATCCACCTT-GAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAGATG
66 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * *
57161 -CCTATTTATAGTCAC-CTATGCCTTTGAGAGCCTTATTATTTG
130 TCC-ATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * *
57203 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTG-ATGTTTTTTACA-TTTTTGATTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTG-TTAA
* * * * * * * ** * *
57266 AATATATTATAATTGAATGTTTTCTTTAGAAAACTTAAAGTAAAATTCACCCATTGGTAAGAAAA
64 AATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
* * * * * *
57331 GTCCATTTAGAATCACTCAAGCCTTCAAAAGGCTTATTACTTG
129 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * ** * * *
57374 CTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATCGATTTT--G-AGACTATAATTGA-ATGTTTAATATT-
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACAT-TTT-TTGTTA
* * * * * *
57434 AAATAG-TT-TAA-T--ATTTCTACATTTTTTATTAAAACA-GATTATAATTGAATGTC-TGCC-
63 AAATAGATTATAATTGAATGTCTAC----CTTA-GAAAACATGA--AGAA---AAAGCCAT-CCA
** * * * *** * * ** * *
57491 TTGGAAAACATGAAGAAAAAACTATTTATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTT
117 TTGG----C---AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCATGCCT-TCGA-A---AGCCTTA--TT
*
57556 -CTAAAG
167 ACT--CG
* * * * * * * * * * *
57562 CCTTATTACA-CGTTTTAAAGAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTATAT
1 -C-T-TTAAATGGTTTTATA-A-TCTCATAAT-TGAT-TTTAAGTTGAA-TT--TTTTT--ACAT
* * * * *
57626 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GAGAAACATGAAG-CAAAGCCAGCCAT
54 TTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATCCAT
** * * * * *
57689 TGG-AGAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCATGTCTTCAAAAACATTATTACTCA
118 TGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
57743 CTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCT-TTAGA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TGTTAAA
* * * * **
57807 ACAGATTATAATTCAATGTCTACCTCA-AGAAACATG-AGAAAAAGCCATTCATTGAAAAGAAAA
65 ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
* * * *
57870 GTTCATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
129 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * *
57913 CTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* ** ** * * * *
57978 TAAATTATAATTGAATGTCTGTCTTAGAAAATGTG-AGCAAAAGCCATCCATTAGAAATAAAAGT
66 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * **
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131 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* ** * * * *
58080 TTTTAAATTATTTTATAGTCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTTATTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTTGTTAAA
* * * * * * *
58145 ATATAATA-AATTGAATGTCTACTTTAGAAAACTTGATGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAATA
65 ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAA-A
* * * * *
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129 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * *
58251 TTTTAAATAGATCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-ATTTTTTTTTATATTTTTAGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
* * * * * *
58315 ATATATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GAGAAACATGAAG--CAA---A--CA-TGGGAGAAAAA
65 ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAA
* * * *** *
58371 AGTCCATTTATAGTCACTTAGGCCTTCAAAAATATTATTACTCA
128 AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * *
58415 CTTTAAATGATTTTGTAATGTCATAATTGATTCTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * * * * *
58479 CAGATTATAATTCAATATCTACCTCA-AGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGAAAAAAAAG
66 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
* *
58543 TTCATTTATAGTCACATC-TG-CTCTCAAAAGCCTTATTACTCG
130 TCCATTTATAGTCAC-TCATGCCT-TCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
58585 CTTTAAATGG-TTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTTGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * * * * * * *
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66 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * *
58714 CCATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCATTATTATTCG
131 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
** * *
58755 CTTTAAATCATTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTATATGTTTTTGTTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACAT-TTTTTGTTAA
* * * * * * * * *
58820 AATATACTAAAATTGAATGTCTACTTTAGGAAACTTGATGCAAAAGCTAGT-CATTGGCAAGAAA
64 AATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCA-TCCATTGGCAAGAAA
* * * * * *
58884 TA-TCC-TTTATAGTCACCCAAGCTTTTGAAAGTCTTATTACTCA
128 -AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * *
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1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* ** * *
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* * ** *
59048 GTCCATTTATAGTCGCTCATGCCTTCAAAAGGATTATTACTTG
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* * **
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* * * * * * ** **
59156 CAGATTATAATTCAACGTCTACCTCA-AGAAATATGAAGAAAAAACCATTTATTGATAAGAAAAG
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* * * * *
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* * * ** *
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** * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* ** *
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1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-GTTAAA
* * * *
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* * *
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128 AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
*
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1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * ** * * **
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66 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT
** * * * **
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* * * *
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1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
* * * *
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65 ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
* * *
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130 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTCG
* * *
60102 CTTTAAATGGTTTGATAATCTCACT-ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAGATTTTTTTTTTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTTGTTAA
* * * * * * * * * *
60165 AACAGACTGTATTTCAATGTCTACCTCA-AGAAACATAAAGCAAAGGCCATCTATTGG-AGAGAA
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* * * * ***
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* * * * *** * * *
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1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * * * * *
60338 TAGACTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAAGATGAAGTAAAACCCGTTCATTGG-AGAGAAAAG
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* * * ** * *
60402 TCCATATATAGCCACTAACACCTTTGAAAGCATTATTACTCG
130 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
60444 CTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * * * * * *
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66 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-AAACATGAA-GAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
* * * * * *
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* * * *
60615 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * * *
60680 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGATACATGAAAAAAAAAAACTATTCATTTGCAA-AAG
66 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-AAACATG--AAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAA-
* ** * ** *
60743 AAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCCAAAGTGTTATTTCTCG
127 AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * ** * * *
60788 CTTTGAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGCTT-AATTAATTTATATTTTTAGTTAGA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
* * * * * * * **
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* * * *
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* * * * *
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1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * ** * ** * * * * * *
61024 CAAATCATAACCGCATGTCTGTCTTA-AGAAACGTGAAAAAAAAGTCATTCATTTGCACG-AAAG
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* * ** *
61087 TCTATTTATAGTCACCCACACCTTCCAAAGCCTTATTACTCG
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* *
61129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * * * *
61193 TATATTATAATTGAATGTCTA-CTATGGGAAACGTTAAGCAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAG
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* * * * **
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* * * * * *
61299 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAATTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTGAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * * * * * **
61364 CACATTATATTTGCATGTCAACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAACTATTGATTGGCAAGAAAAGT
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* * * * * **
61429 TCATCTATAATCACTCATTCCTTTC-ATAGCCTTATTACTTA
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* * *
61470 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTT--ATATTTTGATTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAA
* * * * * *
61533 ATATATTATAATTGATTGTTTGCCTTGGAAAACAT-AGAGCCTTATTACTCAAGCCATCCATTGG
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* * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * * * * * * * *
61712 ACATACAATATTTCAATGTCTGCCTT-GAGAAACATGAACAAAGAGTCATTCTTTGGTAAGAATA
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* * *
61776 G-CCTATTTACAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
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* * * * * *
61819 CTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTAAAGTTTAATTGTTTTATA-TTTTTGATTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAA
* * * * * * *
61883 ATAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TAGAGAAATATGAGGAAAAAGTCATCCATTAGAAAGAAAA
65 ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
* * * * ** ***
61947 GTTCATTTATAGTCAGTTATTCCTTTAAAATTATTATTACTCG
129 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
61990 CTTTAAATGGTTTT-TCAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAGTTTTTTTACATTTTTTGTTAA
1 CTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAA
* * * * * * * * *
62053 AATATATTATAACTAAATGTTTGCTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCTTCCATTGGCAAGAAAA
64 AATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
* * * *
62118 GTCCATTTATAGTCATTGAAGCCTTCAAAAGCC-T-TTA----
129 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * *
62155 CTTTAAATGCTTTCATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAG
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * * * *
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* * * **
62283 GTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAACCTTATTACTTT
129 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * **
62326 CTTTACATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTATA-TTAAATTTTTTTACA-TTTTCATTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
* * * * * * * * * ** * *
62389 ATAGATTCA-AATTAAATATCTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAGAGCCCCCCAATGGTAA-AAAA
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* * * * * ** *
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* * * * *
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* ** * * * * * *
62561 ACAGATTATAGGTAAATGTCTACCTTAGGAAGCATGAAGAAAAAACCATTCATT-TCAAAGAAAA
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* * * *
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* * * * * *
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1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * * * * **
62732 TAGATTATATTTAAATGTCTGCCTT-GAAAAATATGAAGTACAAGTCATCTGTTGGCAAGAAAAG
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* * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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*
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1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * * * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTTG-TTAA
* * * * * * * * * *
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* * * **
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* * *
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1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * * * *
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* *
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* * * * * ** **
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1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * * * *
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* * * * *
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1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * * * * * *
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* * **
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* * * * * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * ** *
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1 CTTTAAATGGTTTTATA
64910 TTATTTGTTA
Statistics
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CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
Found at i:57099 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 54784--76141 Score: 7626
Period size: 342 Copynumber: 62.6 Consensus size: 340
54774 TTATTACCTA
* * * * **
54784 CTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTAATTTTATGTTGAATTTTTTTATGCTTTTGGTTAAAA
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* * * * ** *
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* * * * * *
54913 TCCATTTATAAT-AGCTGAAGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTCCCTTTAAGTAGTTTTAAAATCT
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
55040 GCCTCAGAAAACGTGAAAAAAAAGTCATTCCTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGC
255 ACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
* **
55105 CTTCT-AAAGTCTTATTACTTA
320 CTT-TGAAAGCCTTATTACTCG
* *
55126 CTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTAT-ATTAA
1 CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTT-TGGTTAA
* * * * ** ** * ** *
55189 TATTTATTATAATAGAATATCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGTAATTCATTGGCAAGAAAA
64 AATATATTATAATTGAATGT-TTGCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
* * * * * *
55254 GTCCATTTATAGCCAC-CTATGCCTTCCAAAGTCTTATTACTTGCTGTAAATGGTTTTATAATCT
128 GTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * ** * *
55318 CATTATAGATTTTAAATTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAA-AAATTATATTTGAATGTCTA
192 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
* * * * * *
55382 CCTAAGAAAACATAAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
256 CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC
* *
55447 TTCGAAAGCCTTATTACTCA
321 TTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * **
55467 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTCATTTTAAGTTGAATTTATTTTTATATTTTTTATTAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATT-TTTTTATATTTTTGGTTAA
* ** * * * * * * *
55532 AATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGTCACCCATTAGTAAGAGAA
64 AATATATTATAATTGAATGT-TTGCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
* * * * * * ** * * *
55597 GTCCATTGATAGTCGCTCAAACCTTCGAAAGCCTTACTAATTACTTTGAATGGTTTCATAATCTG
128 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * *
55662 ATAATTGATTTTACGTTGGATTTTTTATATTTTTG-GTTAAGAA-AGATAATATTTGAATGTTTA
193 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TATATTTGAGTTAA-AACAGATTATAATTGAATGTCTA
* * * * * * * *
55725 ACTCAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGTC
256 CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC
*
55790 TTTCG-AAGCCTTATTACTCA
321 TTT-GAAAGCCTTATTACTCG
* * * * *
55810 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTACATTTTTGTTTAAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * ** * * * * * *
55875 CAGATAACATTTGAATGTCTACATTGGGAAACATGAAGAAAAAGCTAACTATTGACAAGAAACGT
66 TATATTATAATTGAATGTTTGC-TTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * ** *
55940 CCGTTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTTAC-TTAATATGGTTTTATAATCTTA
130 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA-ATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * *
56004 TAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTT-TGTTTAAACTATATTATAATTGAATGTTTA-C
194 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTGAGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * * **
56067 TTCAAGAAACATGAGGCAAAAGCCATCCA-TGACAAGAAAAATCCATTTATAAACACTCATG-CT
258 TT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCT
**
56130 TCAAAAGCCCACTTA-TAGTCTCTTTTG
322 TTGAAAG--C-CTTATTA--CTC----G
* * * * * * *
56157 CCTTTGAAA-G-TCTTATTA-CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
1 -CTTT-AAATGATTTTATAATC-T-C-ATAATTGATTTTA-AGT-T-A-AATT--TTTTTA--T-
** * * * * ** * * ** * *
56219 ATGTTTT--TTACATTTTTGGTTAAAATATATAATAATTGAATGTTAGATTCGA-GAAACATGAA
52 AT-TTTTGGTTA-AAATAT-ATTATAAT-T-GAATGTTTG-CT-TAAGAAAC-ATGAAGCA-AAA
** * **
56281 GTAAAATCCACCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
108 G--CCAT-C---CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * *
56346 CTCGCTTTAAATAGTTATATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTTAATTTTTTTAGATTTTTGA-T
167 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT--ATATTTGAGT
* * * * * *
56410 TAAAAAAAATTATAATTGAATGGCTGCCTT-GAAAAACAT-AGAGAAAAAGCTATTCATTGGCAA
230 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* * *
56473 GAAATGGT-CATTTATAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTG
293 GAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * * *
56521 CTTTCAATGCA-TTTATAATATTATAATTGATTTTAAGTT-GATGGTTTTTACATTTCTGGTTCA
1 CTTTAAATG-ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTTATATTTTTGGTTAA
* * * * ** *
56584 AACAGATTATAATTGAATGTCTACTTTGGAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAA-AAAA
64 AATATATTATAATTGAATGTTTGCTTAAG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
** * * *
56648 GTTTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTATAATAT
128 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
** * * *
56712 CATAATTGATTTTAAGTT-TTTTTTTTTACATTTTTG-GTTAAAACAGATTATATTTGGATGTCT
192 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT--ATATTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * * * * * *
56775 GCCTTAGGAAACGTGAACAAAAAACCATTAATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCGTTC
255 ACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
** *
56840 CTTCCAAAGCCTTATTACTTG
320 CTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* ** * * *
56861 CTTTAAATGATTTTATACTCTCATAATCAATTTTACGTTAAATTTTTTTTATAGTTTTGGTTGAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * * *
56926 ATATATTATAATTGAATTTTTGTTTCAAGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCACTAGCAAGGAAAA
65 ATATATTATAATTGAATGTTTGCTT-AAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAA-GAAAA
* * * * *
56991 -TCCATTTATAGTCACTTAAGCC-TCTAAAACCCTTATTACTCGCTTTCAATGGCTTTATTATCT
128 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* ** * ** *
57054 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTGAGTCAAAACAGATTATTTTTAAACATCCAC
192 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * *
57119 CTT-GAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAGATG-CCTATTTATAGTCAC-CTATG
257 CTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTC-ATG
* * *
57181 CCTTTGAGAGCCTTATTATTTG
319 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * *
57203 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTT-GATGTTTTTTACATTTTTGATTAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * * ** * *
57267 ATATATTATAATTGAATGTTTTCTTTAGAAAACTTAAAGTAAAATTCACCCATTGGTAAGAAAAG
65 ATATATTATAATTGAATGTTTGCTTAAG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * * * *
57332 TCCATTTAGAATCACTCAAGCCTTCAAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCA
129 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
57397 TAATCGATTTTGAGACTAT-AATTGAATGTTTAATATTAAAT-AGTTTAATATTTCTACATTTTT
194 TAATTGATTTT-A-AGT-TGAATT---T-TTTTATATT---TGAG-TTAA-A--AC-AGA-TTAT
* * * ** **** * ** **
57460 TATTAAAACAGAT-TATAATTGAATGTCTGCCTTGGAA-AACATGAAGAAAAAACTATTTATTGG
243 AATT-GAA-TG-TCTA-CCTT--A-G-GAAACAT-GAAGAA-A--AAG-CCATTC-A--T--TGG
* * * * *
57523 CAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCT-AAAGCCTTATTACACG
290 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCG
* * *
57574 TTTTAAA-GAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAA
1 CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * *
57637 ATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGC-AAAGCCAGCCATTGG-AGAGAAAA
65 ATATATTATAATTGAATGTTTG-CTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAA
** * * * * * * *
57700 GTTTATTTATAGTCACTCATGTCTTCAAAAACATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGTC
128 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
*** * *
57765 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCTTTAGAACAGATTATAATTCAATGTCTAC
193 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * ** * *
57830 CTCAAGAAACATG-AGAAAAAGCCATTCATTGAAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACACATGCCT
257 CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCT
** *
57894 TCAAAAGCCTTATTACTCA
322 TTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * **
57913 CTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * * * * *
57978 TAAATTATAATTGAATGTCTGTCTT-AGAAA-ATGTGAGCAAAAGCCATCCATTAGAAATAAAAG
66 TATATTATAATTGAATGTTTG-CTTAAGAAACATG-AAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * * ** * ** * *
58041 TCCATTTATAGTCACTTATGCCTCCGAAAGTATTATTA-T--TTTTAAATTATTTTATAGTCACA
129 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * ** * *
58103 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT-TTTTATTAAA-ATATAATAAATTGAATGTCTA
194 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTGAGTTA--AAACAGATTAT-AATTGAATGTCTA
* * * * * * * * * *
58166 CTTTAGAAAACTTGATGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAATA-TCCCTTTATAGTCACCCAAGC
256 CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCATGC
*
58230 CTTTGAAAGCCTTATTACTCA
320 CTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * ** *
58251 TTTTAAATAGA-TCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTATTTTTTTTTATATTTTTAGTTAAA
1 CTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * *
58315 ATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGC--AA---A--CA-TGGGAGAAAAAA
65 ATATATTATAATTGAATGTTTG-CTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAA
* * *** * * * *
58372 GTCCATTTATAGTCACTTAGGCCTTCAAAAATATTATTACTCACTTTAAATGATTTTGTAATGTC
128 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * *
58437 ATAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTCAATATCTAC
193 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TATATTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * *
58501 CTCAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGAAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACATC-TG-C
257 CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCATGCC
**
58564 TCTCAAAAGCCTTATTACTCG
321 T-TTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * *
58585 CTTTAAATG-GTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTTGTTAAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * *
58649 TAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCTATGCATTAGAAAGAAAAGT
66 TATATTATAATTGAATGTTTG-CTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * ** *
58714 CCATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCATTATTATTCGCTTTAAATCATTTTATAATCACAT
130 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
** * * * *
58779 AATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTATATGTTTTTGTTAAAATATACTAAAATTGAATGTCTAC
195 AATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATA--TTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * * * *
58844 TTTAGGAAACTTGATGCAAAAGCTAGTCATTGGCAAGAAATA-TCC-TTTATAGTCACCCAAGCT
257 CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCATGCC
* *
58907 TTTGAAAGTCTTATTACTCA
321 TTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * *
58927 CTTTAAATAGA-TCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTGAA
1 CTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * *
58991 ATAGATTATAATTGAATATCTGTCTTGAGAAACATGAAGC--AA---A--CA-TGGGAGAGAAAA
65 ATATATTATAATTGAATGTTTG-CTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAA
* * ** * * *
59048 GTCCATTTATAGTCGCTCATGCCTTCAAAAGGATTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGTT
128 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
** * ** * *
59113 ATAATTGATTTTAAGTTGAAGGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTCAACGTCTAC
193 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * ** * *
59178 CTCAAGAAATATGAAGAAAAAACCATTTATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCT
257 CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCT
** *
59243 TCAAAAGCCTTATTACTTG
322 TTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
59262 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTCAGTTGAAGTTTTTTATATTGTTT--TTCAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT-TTTGGTT-AA
** * * * * *
59324 AATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAAATAAAGCAAAAGCTATCCATTAG-ACAGAAA
64 AATATATTATAATTGAATGT-TTGCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAA
* * * ** * ** *
59388 AGTCTATTTATAGTCACTTATA-CCTTCGAAAGCAGTACTACTCGCTTTAAATTATTTTATAAGC
127 AGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * * *
59452 TTATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTGTTA-TTAAAATATATTAAAATTGAATGTT
191 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTG--AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * * * * * * * *
59516 TACTTTAGGAAACTTGATGCAAAAGCTA-TCTATTGGCAAGAAAA-TCCCTTGATAGTCACCCAA
254 TACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
*
59579 GCCTTTGAAAGCCTTATTACACG
318 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * *
59602 CGTTAAAT-ATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACT-TTTTTGGTTAA
1 CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAA
* * * * *
59665 AACT-GATTATAATTGAATGTTTACCTCAAAAAACATGAATG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
64 AA-TATATTATAATTGAATGTTT-GCTTAAGAAACATGAA-GCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAA
* * * *
59728 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTCATTA-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
126 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * *
59792 TCATTATTGATTTTAAGTTTAA-----TT-T-TTT--GTTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTA
191 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
* * ** * * * ** **
59848 CTTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACGTGAAAAGTTTATTTATAGTC-CTTTCA-G
256 CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC--TCATG
* * **
59911 -CTTTCGAAGGCTTTATTACTTA
319 CCTTT-GAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
59933 TTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAAGATTTTTTTACATTTCTGGTTAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* ** ** * * *
59997 ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAA-AAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG
65 ATATATTATAATTGAATGT-TTGCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * * *
60061 TCCA-TTATAGCCACCCATGCCTTGC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTGATAATCTC
129 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * *** * * * *
60124 ACT-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAGATTTTTTTTTTAAAACAGACTGTATTTCAATGTCTA
193 A-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TATATTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
* * * * * * * *
60188 CCTCAAGAAACATAAAGCAAAGGCCA-TCTATTGG-AGAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATA
256 CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
** ***
60251 CCTTCAAAATTATTATTACTCG
319 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * ** * * *
60273 CTTTAAAT-AGTTTTATAATGTCATAATTAATTTTATGCCAAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAA
1 CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * ** * * * * * *
60337 GTAGACTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAAGATGAAGTAAAACCCGTTCATTGG-AGAGAAAA
65 ATATATTATAATTGAATGT-TTGCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAA
* * * ** * * *
60401 GTCCATATATAGCCACT-AACACCTTTGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGT
128 GTCCATTTATAGTCACTCAA-GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * * *
60465 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTCAATTTTTA
192 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
* * * * * *
60530 CCTT-GAGAAACGT-AACGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGTCAAGTTATAGTCACCCATG
256 CCTTAG-GAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * * *
60593 ACTTT-CACGTCCTTATTACTTG
319 CCTTTGAAAG-CCTTATTACTCG
* * * **
60615 CTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTATTAAA
1 CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* ** * * ** * * * *
60679 ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGATACATGAAAAAAAAAAACTATTCATTTGCAA-AAG
65 ATATATTATAATTGAATGT-TTGCTTAAGAAACATG--AAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAA-
* * ** * * *
60743 AAGTCCATTTATAGTCACCCACA-CCTTCCAAAGTGTTATTTCTCGCTTTGAATAGTTTTATAAT
126 AAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* ** * * * * *
60807 CTCATAATTGATTTCAAGCTT-AATTAATTTATATTTTTAGTTAGAACAAATAAT-ATATGAGTG
190 CTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATA-TTTGAGTTAAAACAGATTATAAT-TGAATG
* * * * * *
60870 TCTAACTTTA-GAAACATAAAGAAAGAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTCAATTTACAGTCACTC
252 TCT-ACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* **
60934 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
316 ATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * **
60959 CTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTGTTTTATATTTTTTATTAAA
1 CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * ** * * * ** * * * *
61023 ACAAATCATAACCGCATGTCTGTCTTAAGAAACGTGAAAAAAAAGTCATTCATTTGCACG-AAAG
65 ATATATTATAATTGAATGTTTG-CTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
* * *
61087 TCTATTTATAGTCACCCACA-CCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
129 TCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * *
61151 ATAATTAATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACATTTTTG-GTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA
193 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT--ATATTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
* * * * * * *
61214 -CTATGGGAAACGTTAAGCAAAAGCCA-TCTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTCAAG
256 CCT-TAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
**
61277 CCTTTGAAAGTATTATTACTCG
319 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * *
61299 CTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAATTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTGAA
1 CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * *** * * * * **
61363 ACACATTATATTTGCATGTCAACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAACTATTGATTGGCAAGAAAAG
65 ATATATTATAATTGAATGT-TTGCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * ** * ** *
61428 TTCATCTATAATCACTCATTCCTTTC-ATAGCCTTATTACTTACTTTAAATGATTTTATAATCTC
129 TCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * *
61492 ATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGATTGTTTGC
193 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* *
61556 CTT-GGAAAACAT-AGAGCCTTATTACTCAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
257 CTTAGG-AAACATGA-AG----A--A--AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * *
61619 ACTCAAGGCTTTGAAAGCCTTATTACTTG
312 ACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * * **
61648 CTTTGAATGATTTTAGAAACTCATAATTAATTTTACA-TTGAATTTGTTTACATTTTTTATTAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* ** * * * * * * * * *
61712 ACATACAATATTTCAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAA-CAAAGAGTCATTCTTTGGTAAGAATA
65 ATATATTATAATTGAATGTTTG-CTTAAGAAACATGAAGCAAA-AGCCATCCATTGGCAAGAAAA
* ** * *
61776 G-CCTATTTACAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGT
128 GTCC-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * *
61840 CATAATTGATTTAAAGTTTAATTGTTTTATATTTTTGA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
192 CATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT-TATATTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * * * * * * * *
61904 GCC-TAGAGAAATATGAGGAAAAAGTCATCCATTAGAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAGTTATT
255 ACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* ***
61968 CCTTTAAAATTATTATTACTCG
319 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
61990 CTTTAAATGGTTTT-TCAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAGTTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
1 CTTTAAATGATTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * *
62054 ATATATTATAACTAAATGTTTGCTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCTTCCATTGGCAAGAAAAG
65 ATATATTATAATTGAATGTTTGC-TTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * *
62119 TCCATTTATAGTCATTGAAGCCTTCAAAAGCC-T-TTA----CTTTAAATGCTTTCATAATCTCA
129 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * *
62178 TATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-GTTAAAGCAGATTATATTTGAATGTCTGC
194 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT--ATATTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * *
62242 CTCAGAAAACGTGAAGGAAAAA-CTATTCATTGGC-AGAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATAC
257 CTTAGGAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
** * **
62305 CTTCAAAAACCTTATTACTTT
320 CTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * **
62326 CTTTACATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTATA-TTAAATTTTTTTACA-TTTTCATTAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * * * * * ** * *
62389 ATAGATTCA-AATTAAATATCTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAGAGCCCCCCAATGGTAA-AAAA
65 ATATATT-ATAATTGAATGTTTGC-TTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
* * * * * * * * *
62452 TGTCTATTTGTAATCGCCCAAACCTTGAAAAGTCC-TATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATC
128 -GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* ** *
62516 TCATAATTGATTTTAAGTTTAAGTTTTTTTATATTGTTG-GTTAAAACAGATTATAGGTAAATGT
191 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATA-T-TTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * * *
62580 CTACCTTAGGAAGCATGAAGAAAAAACCATTCATT-TCAAAGAAAAGTGCATATATAGTCACCCA
253 CTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* *
62644 TGCTTTTCAAAGCCTTATTACTCG
317 TGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * *
62668 CTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATTATTAATTTTAAGTTAAATTATTTTACA-TTTTAGTTAAA
1 CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * * * * * **
62731 ATAGATTATATTTAAATGTCTGCCTTGAA-AAATATGAAGTACAAGTCATCTGTTGGCAAGAAAA
65 ATATATTATAATTGAATGTTTG-CTT-AAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
* * * ** * * * *
62795 GTCTATTTATAGTCACTTAAGGCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTCTGAATAGTTTTAGAATCTC
128 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * *
62860 ATAATTGATTTTACA-TTAAATTATTTTATATTTTTAGTT-AAACTAGATTA-ATTTGAGTGTCT
193 ATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTATA-TTTGAGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCT
* ** * * * * * * * * *
62922 TCCTTAAAAAACGTGAACAAAGAGCCATTCTTTGGCAAGAAAAATCCATTTACAGCCACTCAAGG
255 ACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
* * *
62987 C-TTCAAAACTCTTATTACTTG
320 CTTTGAAAGC-CTTATTACTCG
* * * *
63008 CTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCACAATTGATTCTAAGTTTAATTGTTTTATAATTTTT-GTTAA
1 CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT-ATTTTTGGTTAA
** ** * ** * * * * * * *
63071 AGCAGGTTATATTTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAA
64 AATATATTATAATTGAATGT-TTGCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
* * * *
63136 GTCCATTTATAGTCAC-CAATGCCTTCGAAGGCCTTATTACTCGTTTTAAATGG--TTATAATGT
128 GTCCATTTATAGTCACTCAA-GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * **** * *
63198 CATAGTTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTATATTTTAGGTTAAGGTTGATTATATTTAAATGTCTA
192 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTGA-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
* * * * * * ** * * *
63263 TCTCAAGAAACGTGAAGAACAAGTCATTCATTGATAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACAT-ATGA
256 CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCATGC
* * * *
63327 CTTCGAATGTCTTATTACTTG
320 CTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * *
63348 CTTTAAATGGTTTGATAATATCATAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTGATATTTTTGATTAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTATATTTTTGGTTAAA
* ** * ** * *
63413 ATATATTATAGTTGAATGTTTGCTTTTGAAA-ATTAAAATAAAAGCCACCCATTGGCAAGAGAAG
65 ATATATTATAATTGAATGTTTGCTTAAGAAACA-TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * ** *
63477 TCCATGTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAGGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAATATCA
129 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * ** * *
63542 TAATTGATTTTAAGTTTAATTATTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTCTACC
194 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * *
63607 TTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CTT
258 TTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
**
63671 TTCAAGACCTTATTACTCG
323 TGAAAG-CCTTATTACTCG
* * * * * * * *
63690 TTTTCAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTGTATTTTGGGTTAAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * * * * *
63755 TAGATTATATTTAAATGTCTACTTCAAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAAAAAAAG
66 TATATTATAATTGAATGTTTGCTT-AAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC-AAGAAAAG
* * * * * *
63820 -CCATTTATAGTCAC-CTATGCATTCGAATGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATATC
129 TCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * *
63883 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTGACATTTTTG-GTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT
193 ATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT--TATATTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
** * ** * *
63947 A-CTTTCGAAAAATTGAA-ACAAAAGCCACCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
255 ACCTTAGGAAACA-TGAAGA-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * *
64010 GCCTTTGAAGGCCCTATTACTCA
318 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * **
64033 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTATTTTATATTTTTTATTAAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * *
64098 CATATTATATTTGAATGTCTAT-CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCGTTGACAAGAAAAG
66 TATATTATAATTGAATGT-T-TGCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
* * *
64162 TCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTTT-AATAG-TTTATTAATGG
129 TCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA-TAAT--
* * * * * * * *
64224 TTACAATAA-TGATTTTATAGGTTGAATTTTTTTACATTTTGGGTTAAAATATATTACACTTAAA
190 CT-C-ATAATTGATTTTA-A-GTTGAATTTTTTTATA-TTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * ** * *
64288 TATCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTAACAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACT
250 TGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * *
64353 TACGCCTTCGAAAGCTTTATTACTTG
315 CATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * ** *
64379 CTTCAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGGATTGTTTTGATATTTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTATATTTTTGGTTAAA
* *** * * * * * **
64444 ATATTTTATAATTGAATGTCCACTTTCAAGAAATA-AAAACAAAAGACACCCATTGATAAGAAAA
65 ATATATTATAATTGAATGTTTGC-TT-AAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
* * *
64508 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
128 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * *
64573 ATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTG-GTTAAAACATATTATATTTGGATGTCTA
193 ATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT-TATATTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
* * * *
64637 CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAACTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCC
256 CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC
** * *
64702 TTCAAAAGTCTTATTACTTG
321 TTTGAAAGCCTTATTACTCG
** * *
64722 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GCTGTTTTCTATATTTTTGGTAAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * *
64786 ATATATTATAATTGAATGTCTG-TTCCCAGAAACATGAAGCAAAATCCACCCATTGGCAAGAAAA
65 ATATATTATAATTGAATGTTTGCTT--AAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
* * * * *
64850 GTCTACTTATAGTCACTCAAACCTTGAAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AT-T-
128 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * ** * ** ** * * * ** *
64912 AT--TTG--TTAAAATAG-ATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGACACATGA-AA-AAAAGGTC-
193 ATAATTGATTTTAAGTTGAATT-T--TTTTATATTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * * * *** * * *
64969 A-TTTATTGG---C---AAGAAAGATCCATTTATAGTC-ACCTATG-CC-TTTCAAAGT-A-TTA
255 ACCTTA--GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACTCA
* * *
65022 TTACTCGCTTT-AAATG-GTT-TTA-T-A
317 -T--GC-CTTTGAAA-GCCTTATTACTCG
* * * * * * * *
65046 ATCT-CAT-AATTGAT--T-T--TAA--G---TT-A---AATTTTTTTTACATTTTTGGTTGAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * * * * ** * * *
65095 TACATTATAATTGATTGTCTGTTTTGAGAAATGTGAAGGACAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT
66 TATATTATAATTGAATGTTTG-CTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * * **
65160 CTATTTATTGTCACTCAAGCTTTCGAAACCCTTATTACTCGCTTTCAATGAATTTATAATCTCAT
130 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
65225 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGACATTTTGGGTCAAAACAGATTAT-ATTTACA--TCTACC
195 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTCTACC
* * * *
65287 TT-GAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAATAAAAGCCCATTTATAGTCACGT-ATACC
258 TTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCATGCC
* *
65350 TTTGAAACCCTTATTACTTG
321 TTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * *
65370 CTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAAATGACTTTAAGTT-GATGTTTTTTATATTTTTCGTTAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * * * ** * *
65434 ATATATTATAATTAAATATCTACTTTGAGAAATATGAAGCAAAATTCACCCATTGGCAAAAAAAG
65 ATATATTATAATTGAATGTTTGC-TTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
* ** ** ** *
65499 TCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTACTTT-AATAATTTCAT-AT-T-A
129 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * ** ** * * * *** *
65560 T--TTG--TTAAAATAG-ATTATAGTTGA-ATGTATGCCTCGAGACACATGA-AAAACAA-GCCT
194 TAATTGATTTTAAGTTGAATT-T-TTTTATAT-T-TGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-
* * * * * * ** *** * * *
65617 TTCATT-GG---C---AAG-AAAAGTCTATTTATAGTCACTTATACCTTCTAAAGCGTTATTACT
254 TACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAG-CCATTCATTGGCA-AGA-AAAGTC--CA--TTTA-TAGT
* * *** * * * * *
65674 CGCTTTGAATTATTTTGTAA-TCTCA-TAATTG
311 CAC--T-CATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * ** * ** * *** * * * * * *
65705 ATTTTAA-G-TCTAATTGTTTTACATCTTTG--GTTAAAACAAATAATATTTGA-GTGTCTGCCT
1 CTTTAAATGATTTTA-TAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTAAAT--TTTTTTATATTTTTG-GT
* ** * *** ** * * * * ** *
65765 CAAGAA-ACGTGA-AGAAAAAATCATT-CATT-GGCAAGA-AAAGTCTATTTA-CAAT-CACTTA
61 TAA-AATATATTATA-ATTGAATGTTTGC-TTAAGAAACATGAAG-C-A-AAAGCCATCCA-TT-
* ** * * * ** * ** * * * *
65823 AGCCTTCG-AATG-CCTTATTACTCGT-TTTCAGTGGTTTTATAATCTCATTATTGATCTTAAG-
118 -GGC-AAGAAAAGTCCAT-TTA-TAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGC-C-TTATT-A-C-T-CGC
* * ** * * * ** *** * * * *** *
65884 TTT-AATTGTATTACATTTTTGGTTAAAACAGATCAGAA-CTGAATGTCTGCCTCA-ATGAATGT
172 TTTAAATGGT-TT-TA-TAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTG-A-GT
* *** * * * ** *** * * ** * **
65946 GAAGAA-AGA--GCCATTCATTGGC-A----A-GAAA-AGTTCATTTATAGTCACCCA-TGCCTT
230 TAA-AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
** * * * * * * *
66000 CCAAAG-CC--TTATTACTCGCTTTAAATAG--TTTTATAA-TCTCATTA-TTG
293 GAAAAGTCCATTTA-TAGTCAC--T-CAT-GCCTTTGA-AAGCCTTATTACTCG
* * * ** * ** ** * * *
66047 ATTTTAAGTTGATTTT-T--TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAATGTCTA-CTTTG
1 -CTTTAA-ATGATTTTATAATCT-CATAATTGATT-TTA-AG-TTA-AATTTTTTTATATTTTTG
* ** * * * * ** *** * *
66108 AG--AAACATAAAGCA-AA-AGCCATCCATTAGC--AAGAAA-AGTCCATTTATAGTCCCTCCA-
59 -GTTAAA-ATATATTATAATTG-AAT--GTTTGCTTAAGAAACA-TGAAGCAAAAG-CCATCCAT
* ** * * * * ** * ** *
66165 -GTCTTTG--AGGGCC--TTAT--T-ACT-TA--CTTTAAATAGTTTTA-TAATC-CCAT-AATA
117 TGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* *
66216 G----AT--T-T--TAA--G---TT--G--GATTTTTTTTATAAGTTTG-GTTAAAATAGA-TAC
180 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-A-TTTGAGTTAAAACAGATTA-
* * *** *
66261 T-ATTCGAATGTGTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAACCAATT-ATTAATAA-AAAA-TTCATT
242 TAATT-GAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * *
66322 TATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCATATTGCAT-G
305 TATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTAC-TCG
* * * * ** * *
66358 CTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCATGTGGAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * ** ** **
66423 T-TGATTATAATTGAATGTTTG-TGTCAGGAAA-AGTAAAAAAAAAAAAGCCATTTATTGGTGAG
66 TAT-ATTATAATTGAATGTTTGCT-T-AAGAAACA-T---GAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAG
** * * * *
66485 AAAAGTCCATTTGCAATCA-T-ATATGCCTTCCAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
124 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-A-GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
66548 AATCTCATTATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTT-ATGGTTAAAATATATTATAATTGAA
187 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTGA--GTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * ** * ** * * *
66612 TGTTTGCTCCCA-GAAACGTGAAGCGAAAGCCATTCATTGACAGGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
250 TGTCTAC-CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * *
66676 TCAAGCCTTTTAAAACTTTATTACTAG
314 TCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
66703 TTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * *
66768 AGATATTATAATT-AAAGATTTGCTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAA
65 ATATATTATAATTGAATG-TTTGC-TTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
* ** * * *
66832 GTCCATTTATAGGCACTCAAGCCTTTGAAAGCAC-TATTACTTGCTTTAAATGATTTTATTATCT
128 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * * *
66896 CATAATTCATTTTAAGTTGATTTTTTTTAATTTTTTAGTTGAAACAGATTATATTTGAATATCTA
192 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ATATTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
* *** * * * * * * * * *
66961 CCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAATTATTCAGTAGTAATAAAATTCTATTTATAGCCGCTCATGT
256 CCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
** ** * *
67025 CTTCCAAAGTGTTATTAATTG
320 CTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
67046 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCG------AGTTAAATTTTTTTACATTTTGGGTTAAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * * * * ** * * * * **
67105 CAGATTGTATTTAAATGGCTGCCTTAGGAAACATAAAG-ATAAAGCTATTCATTGATAAGAAAAG
66 TATATTATAATTGAATGTTTG-CTTAAGAAACATGAAGCA-AAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * * ** * *
67169 -CTGATTTATAGTCACCCACGACTGT-AAAAGTTTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTATAATCT
129 TC-CATTTATAGTCACTCAAGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* ** * * * * *
67231 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTATATTTTTTGCTAAAATAGATTACATTTAAATGTCT
192 CATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATA-TTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * *
67296 ACCTTAGGAAATATGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCA-TCCAT
255 ACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACT-CAT
* **
67359 GCC-TTCAATAGCCTTATTACTTA
318 GCCTTTGAA-AGCCTTATTACTCG
* * * *
67382 CTTTTAAT-AGTTTTATAATATCATAATTAATTTTAAAG-TAAATTTTTTTGATATTTTTGATTA
1 CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTAAATTTTTTT-ATATTTTTGGTTA
* * *
67445 AAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCCAA-AAA-ATTGAAACAAAAGCCATCCATTGGCAAGA
63 AAATATATTATAATTGAATGTTTGCTT--AAGAAACA-TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGA
** * * *
67508 AAAGTGTATTTATAGTCACTAAAG-CTGTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
125 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
67572 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTCTATTTGGATG
189 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATA-TTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT-
** * ** ** * *
67637 GT-TGGCTTGGGAAATGTGAAGAAAAAATCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
251 GTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * *
67701 AT-TCTTTCAAAGCCTTATTACTTG
316 ATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
*
67725 CTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATTG------AGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
** * * * * *
67783 ATATATTATCCTTGAATGTCTAT-TTTAGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCACTAGCAAGAAAA
65 ATATATTATAATTGAATGT-T-TGCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
* * * * * *
67847 GTCCATTTATAGTCACT-AAGGCCTTTAAAATCTTTATTATTTGCTTTCAATGGTTTTATAATCT
128 GTCCATTTATAGTCACTCAA-GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * * * *
67911 AATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTGGGTCAAAACATATTATATTTAAATGTCTA
192 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
* * * * ** * *
67976 -CTTTGAGAAACATAAAAAAAAATCCATTCATTAACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACAT-ATA
256 CCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCATG
* *
68039 CCTTTGAAGGCCTTATTACTTAG
319 CCTTTGAAAGCCTTATTAC-TCG
* * * * *
68062 C-TCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTATAAGTTGAATTTTTTT-TACCTTTTCAGGTTA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA--TTTT-TGGTTA
* * * ** * * * *
68125 ATATATATTATGACTGAATGTTTGCCTTGGGAAA-AGTGAAGGAAAAGCCTTCTATTGGTAAGAA
63 AAATATATTATAATTGAATGTTTG-CTTAAGAAACA-TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAA
* * * * * * *
68189 AAGTCCATTTATAGTCATTAAAGCGTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTACAATC
126 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * ** * * **
68254 TCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTCTTTTTTTGTTAAAACAGATCATATTTGAAAATCT
191 TCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* ** ** ** * * *
68319 ATCTTCTGAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTGAC-CTATA
255 ACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATG
** * * *
68383 CCTTCAAAAGTCTTGTTACTTG
319 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * *
68405 TTTTATAT-AGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTACGTTGAATATTTTTATATTTTTGATTAAA
1 CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * **********
68469 ATAGATTATAATTGAATGTCTT-CTTTAGGAAATATGATGCAAAAGCCANNNNNNNNNNAGAAAA
65 ATATATTATAATTGAATGT-TTGC-TTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
** * * * * * * *
68533 GTATATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTTATATAGTTTTATAATCTC
128 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* *
68598 ATAATTGATTTT-AGATTGAATTTTTTTTATATTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCT
193 ATAATTGATTTTAAG-TTGAA-TTTTTTTATA-TTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* ** ** * ** * * *
68661 ACTTTAGGAAGTATGAAGCTAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACTCAAGC
255 ACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
** ** *
68726 CTTCAAAAGTATTATTACTTG
320 CTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * *
68747 CTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCACAGTTTATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTT-GA
1 CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * ** *
68810 AT-TA-TAT--TTGAATGTTAGCCTCGGAAA-ATGTTGAAG-AAAA---A-CTATT--C-A-AAA
65 ATATATTATAATTGAATGTTTGCTTAAGAAACA---TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAA
** * * *
68861 AGTCCATTTATAGTCACTCATTTCTTTC-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTATAATC
127 AGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * * *
68924 TCATAGTTGATTTTAA-TTGAATTTTTTTACATTTTTG-GTCAAAATATATTATAACTGAATGTT
191 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT--ATATTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * * * * *
68987 TGCCTTAGGAAACATGGAGCAAAAGCCATCCATTGAC-AGAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
254 TACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* *
69051 GGCTTTGAAAGCCGTATTACTCG
318 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * * *
69074 CTTTGAAT-AGTTCTAAAATCTCATAATTGATTTTACA-TTGAATTATTTTACATATTTGATTAA
1 CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAA
* * * * * * * * * ** ** *
69137 AAAAGATAATATTTGAGTGCCTTCCATAAGAAACACGAATAAAAAGTGATTCATT-GCAAGAAAA
64 AATATATTATAATTGAATG-TTTGCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
* *********** * * *
69201 GTCCATTTACAGTCACNNNNNNNNNNGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTTTATAATCTC
128 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * * * **
69266 ATACTTAATTTTAAGTTTAGTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGT
193 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
** * * * *
69331 CTT-GAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATCCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATTA-TCACTCATG-
257 CTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCATGC
* * *
69393 GTTTCGAAAGCATTATTACTTG
320 CTTT-GAAAGCCTTATTACTCG
* * *
69415 -TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * ** * * ********** *
69477 TATATTATAACTGAATATCTACCTTAGGAAACGTGAAGCANNNNNNNNNNATTGGCATGAAAAGT
66 TATATTATAATTGAATGT-TTGCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * ** * * * *
69542 CCATTTATAATCACTGAAGCCTTCAAAAGTTTTACTACTTGCTTTAAATGCTTTTATAATCTGAT
130 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * ********* * *
69607 AACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATNNNNNNNNNNAATAGATTATATTTGAATGTCTACCT
195 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT-TTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * ** * * * * *
69672 TCGGAGATGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAATCAC-CAATGTCAT
259 TAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTT
** *
69736 CAAAAGCCTTATTACTTG
323 TGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * * *
69754 TTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTCAATGTTTTTACATATTCGGTTAAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * **
69819 TAGATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGAAAACGTCATGCAAAAGCCATCCATTGGCAATTAAAGT
66 TATATTATAATTGAATGTTTGCTTAAG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * *
69884 TCATTTATAGTCGCTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTGATAATCTCAT
130 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * ** * *
69949 AATAGATTTTCACTTGAATATTTTTATATTGTTTGTTACAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT
195 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* ** * * * * * *
70014 CAAAAAATATGAAGCAAAAGCCA-TCAATTGGAAAGAACAGTTCA-TT-TA-T-ACTCATACCTT
259 TAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
* *** *
70074 CGAAAATATTATTACTCA
323 TGAAAGCCTTATTACTCG
* * ** * *
70092 CTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATCAATCTTAAGTTAAA-TTTTTTATATTTTTGATTAAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * ** * * * * * *
70156 TATATTATAACTGAATGTCTATTTTAGAAAACGTGATGCGAAAA-CCATCAATTGACAAGAAAGG
66 TATATTATAATTGAATGTTTGCTTAAG-AAACATGAAGC-AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
**
70220 TCCATTTATAGTCACTCAAAG-CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
129 TCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * **
70284 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGG
193 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * * ** * *
70349 CTTAAGAAACGTAAACAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTGCAGTCACTTAAGCCT
257 CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCT
** *
70414 TTGAGTGCCTTATTACTTG
322 TTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * **
70433 CTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTATAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTGACCTAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTG-GTTAAA
* * * * * * * * * * ** * *
70497 ACAAATTATATTTAAATGTATGGC-TCAGAAAGCATGAGGAAAAAGTCGTTTACTGACAAGAAAA
65 ATATATTATAATTGAATGT-TTGCTTAAGAAA-CATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
** * * * * *
70561 ACCCA-TT-TA-T--CT-ATGCCTCCCAAAA-CCTTGTTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
128 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * * * *
70619 CATAATTAATTTTAATTTAAATTTTTTTATAGTTTTAGTTAAAACATATTATAACTGAGTGTCTG
192 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
** * * ***
70684 CCTT-GAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATCCATTAAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
256 CCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
** *
70748 CTTTGAAAGTATTATTACTTG
320 CTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * *
70769 -TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* ** * *
70833 TATATTATAACTGAATGCCTGCCTTAGGAAACATAAAGCAAAAG----CC-TT--C---AAAAG-
66 TATATTATAATTGAATGTTTG-CTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * * * *
70887 CC--TTAT--T-ACTC--G-CTTTAAATGCTTTCA-TAATCTC-ATAACTGATTTTAAGTTCAAT
130 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-A--T-AAT
* ** ** ** * ** *
70942 TTTTTACATTTTTTGTTAAAAT-AGATTATATTTGA-ATGTCTGTCTTGAGAAAC-G-TGA-AGA
190 CTCATA-ATTGATT-TTAAGTTGA-ATT-T-TTTTATAT-T-TGAGTT-A-AAACAGATTATA-A
*** * * * * *
71002 AAAAACTAT-T-CATT--G--AC---AAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAG
245 TTGAA-TGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAG-CCATTCATTGGCA---A-G-----AAAAG
* * ** * * * * *
71057 -CCTTATTACTTG-CTTTAAATG-GTTT-ATAA-TCTTA-TAATTG
299 TCCAT-TTA-TAGTCACT-CATGCCTTTGA-AAGCCTTATTACTCG
* * * * * ** ** ** * *
71097 ATTT-TATGTTCAATTTTTTTATAT-ATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATTTT
1 CTTTAAATG----ATTTTATAATCTCATAATTGATT-TTA-AG-TTA-AATT-TTTTTATATTTT
* * * * * * * ** * * * *
71160 AGG--AAACATAT-TGCACAA--GCCATCCATTGGC--AAGAAATATCCA-TATATAG--TTGC-
57 TGGTTAAA-ATATAT-TATAATTG-AAT--GTTTGCTTAAGAAACATGAAGCA-AAAGCCATCCA
* ** * * * * * * *
71214 TTAAGCCTTTG-AAAG-CC--TTAT--T-ACTC-A--CTTTAAATG-GTTTTATAATCTC-ATAA
116 TT--GGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT-TACTCGCTTTAA
* * * * * * * * * ** *
71267 TTGATTTTA-AGT-T--GAA--G-TTTT---TTGTATTGTTTGTTAAAATAGA-TCATAATTAAA
177 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TTATATTTGAGTTA-AAACAGA
* * * * * * * ** * * * ** ** *
71321 TGTCTAACT-CATG--AAAC--ATGAAGCA--AAG--TCATCC-TT-T-GGAAAGA-AAAATCCA
239 T-TATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCC
* ** * * *
71373 TTT-ATAGTTGCTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCA
302 ATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * * ** *
71411 TTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTATGTTGAATTGTTTTGTATTTTTTATTACAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * * * ** * *
71476 TATATTATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAACATTAAGCAAAATTCACCCATTGACAAGAAAAGT
66 TATATTATAATTGAATGTTTGC-TTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
71541 CCATTTACAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTCT-AATGGTTTTATAATCTGA
130 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCA
* * *** * * * *
71605 TAATTCATTTTTAGTTTTTTTTTTTTACATTTTTG-GTTGAAACA-ATGTATATTTGAATGTCTG
194 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT--ATATTTGAGTTAAAACAGAT-TATAATTGAATGTCTA
* * ** * * *
71668 CCTT-GGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAATGTCTATTTACAGTCA-TCCATG
256 CCTTAGG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATG
*
71731 CCTTTAAAAGCCTTATT--TAC-
319 CCTTTGAAAGCCTTATTACT-CG
* * *** * * ** * * * *
71751 C-TTAGGAA--ACTTGA-AATAAAAGACATTCATTGGAGAG-AAAAGTTCATTTATAGTCACTTA
1 CTTTA--AATGATTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTA-AGTTAAA-TT--TTTTTA-T-ATTTT
* ** * * *
71811 TGCCTTCAAAAATATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAG--TAATCTCGTAATTCATTTTAAGTG
57 TG-GTT--AAAATA-TATTA-T--AATTGAAT-GTTT-GCTTAA----G-AA-ACA--TGAA--G
* ** *** * * * * * * *
71874 GAATTGTTTTACATTTTTGCTTAA-AACAGAT-TATAATTGA-ATGTTTGC-CTTAGAAAACGTG
103 CAAAAGCCATCCA--TTGGC--AAGAAAAG-TCCAT--TT-ATA-G--T-CAC-T--CAAGCCT-
** * * * *** * * * **
71935 AAGAAAAAGCCAT-TTATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCGAAGCCTT
152 --TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT---TTTATAAT--CTCAT-AATT--G-A---TT
** * ** ** *
71998 ATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTT-A-TT-AATGA-ATT-TAAGTTGAATTGTTTTAAG
203 -TTA----AGTTGAATTTTTTTAT-AT-TTGAGTTAAAACAGATTATAA-TTGAA-TG-TCT-A-
** * * *** *** * * *
72058 TTTTTGGTTAAA-ATAGATTATATTTGAGTGTTTGCCTTAAGAAACGTAAAGAAAAAGT-CATTC
256 CCTTAGG--AAACAT-GA--AGA-AAAAGCCATT-CATT--G----G-CAAG-AAAAGTCCATTT
* * *** * * * **
72121 ATTGGTAAGAAAAGTCTATTTAGCATCACCCATGCCTTCGA-AAGCTTT
306 A-TAGTCACTCATG-C-CTTT-G-A--A---A-GCCTT--ATTA-CTCG
* * * * * * *
72169 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTACTTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATACTATT
1 CTT--T-A-----AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT
* * ** * * * * *
72234 GGTAAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCATAGGAAACAT-AGAGTAAAAGCCATCTATTCG-
58 GGTTAAAATATATTATAATTGAATGT-TTGCTTAAGAAACATGA-AGCAAAAGCCATCCATTGGC
* * * * * * * *
72297 AGAGAGAAGTGCATTTATATTCACTCATGCATTCGAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTT
121 A-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTT
* * ** * *
72362 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTAAAGTTTTTTGTTAGAACAAATTATAATT
184 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA--TTTGAGTTAAAACAGATTATAATT
* * *
72426 GAATGTCTACCTCA-GAAACATGAA-AAAATA-CCATTCATTGACATGAAAAGTCCATTTATAGT
247 GAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAA-AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * **
72488 CACCCTTACCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
311 CACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * *
72518 CTTTAAAT-AGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTCTTTATATTGTTT-GTTAA
1 CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT-TTTGGTTAA
* * * * * ** *
72581 AATAGATTATAATTGGATGTCTAT-C-TCAGAAAAACTAAAG-TGAAGCCATCCATTGACAAGAA
64 AATATATTATAATTGAATGT-T-TGCTTAAGAAACA-TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAA
* * * * * * * * *
72643 AACTCTACTTACAGTCACCCATA-CCTTCGAAAA-TCTCATTATTCGCTTTTAATGGTTTTATAA
126 AAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* ** * *
72706 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
189 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * ** * *
72771 CTACCTCAGGAAACCT-AA-AACCAAATACATCCATTGG-AGAGAAAAGTTCATTTATAGTCACT
253 CTACCTTAGGAAACATGAAGAA--AAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * * *
72833 TATGCATTCGAAAGCATTATTGCTCT
315 CATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * **
72859 CTTTAAAT-AGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAGTTTTTTTATATTTTTACTTAAA
1 CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * * * ** *
72923 ATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAATATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAGAAG
65 ATATATTATAATTGAATGTTTG-CTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * * * * * *
72988 TCTATTTACAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTTA
129 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
73053 TTAA-TGAATTTAAGTTGAATTGTTTTAAGTTTTTG-GCTAAAATAGATTAT-ATTTAAGTGTCT
194 -TAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTA-TATTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCT
* * * * * * * *
73115 -GCTTGAAGAAACGTGAACAAAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAGTCTATTTATCA-TCACCCAT
255 ACCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACTCAT
** * *
73178 ATCTTTAAAAGCTTTATTACTCG
318 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * *
73201 CTTTAAATG-GTTTATAATCTCCTAATTGATTTCAAGTTTAATTTTTTTATACTGTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * *
73265 TAGATTATAATTGAATGTCTGCCATAGGAAACATGAAGCAAAAGCTATCTATTAG-AGACAAAAG
66 TATATTATAATTGAATGTTTG-CTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAG
* * * * *
73329 TGCATTTATAGTCACTCATGCATGCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCA
129 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * *
73394 TAATTGATTTTAAG-T-CATTTTTTTA-ACCTTTTCA-TTAGAAA-AGATTATAATTGAATGCCT
194 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA---TTTGAGTTA-AAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * * *
73454 ACCTCAGAAAACATGAA-AAAATA-CCATTCATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTTA
255 ACCTTAGGAAACATGAAGAAAA-AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
*
73517 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
319 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * *
73539 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTGTATTGTTT-GCTAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT-TTTGGTTAAA
* * ** ** ** *
73603 ATAGATTATAATTGGATGTCTACCTTGGGAAA-AGTGAAATAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAA
65 ATATATTATAATTGAATGT-TTGCTTAAGAAACA-TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
* * * * * * * * *
73667 -TCTATTTACAGTTACCCATGCCTTCGAAATCCTCATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTC
128 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * ** * *
73731 ATAATTGATTTTAAGCTGATTTTTTTTACCT-TTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA
193 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA--TATTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
* * * * * * *
73795 CCTCAAGAAACCTGAA-ACCAAAGACATTCATTGG-AGAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAG
256 CCTTAGGAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * * *
73858 CATTCGGAAGCATTATTACTCG
319 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * * *
73880 CTTTAAATAATCTTGTAATTTCATAATTAATTTTAAGTGAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * * ** * * ** * ** * *
73945 CAGATTATAATTGAATGCCTACCTCAGGAAATGTGAAG-AAAAGCAATTTATTTGTAAGAAAAGT
66 TATATTATAATTGAATG-TTTGCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * *
74009 CTATTTACAGTCACTCATA-CCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTA
130 CCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * ** * * * * * *
74073 TTAA-TGAATTTAAGTTGAGTTTTGTTATGTTTTTTGTTAAAATAGCTTATATTTGAGTGTATGC
194 -TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * * * * *
74137 CTCAAGAAATATGAAAAAAAAGTCATTCAATGGC-AGCAAA-TCTATTTATCA-TCACCCATGCT
257 CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACTCATGCC
*
74199 TTTGAAAGCCTTGTTACTCG
321 TTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * ** * * * * *
74219 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTTGATTTTCTCATACTGTTAGTTAAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * ** * **
74284 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAGGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGAG-AA-AAAA
66 TATATTATAATTGAATGT-TTGCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTG-GCAAGAAAA
* * * ** * * *
74347 GTCCACTTATAGTCACTCATGCATTCAAAAGTATTATTACTCGCTTTAATTAGTTTTGTAATCTC
128 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * *
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193 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * *
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257 CTTAGGAAACATGAAGAAAAA-GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC
**
74541 TTACAAAGCCTTATTACTCG
321 TTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * ** ** * *
74561 TTTTAAATAATTTTATAATTTCATAATTGA-TTTAAGTTAAAGATTTACACATTTTTAGTTAAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * * * * ** * * * * * *
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** * * * ** * * ** **
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129 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * *
74754 TTATT-ATTTTTAAGTTAAATTTCCTTTTAAATTGTCG-GTTAAAATAGATT-TCAATTGAATAT
194 TAATTGA-TTTTAAGTTGAATTT--TTTTATATT-T-GAGTTAAAACAGATTAT-AATTGAATGT
** * * * * * * * * * * * *
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* * *
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317 TGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * *
74903 CTTTAAATAATTTTACAATCTAATTATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTGCTTAAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * ** ***
74968 TAGATTATAATTGAATATCTGGCTT-TGAAAACGTGAAG-AAACAACCATTTATTGNNNNNNNNN
66 TATATTATAATTGAATGT-TTGCTTAAG-AAACATGAAGCAAA-AGCCATCCATTG------GCA
******************************************** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * ** *
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* ** *
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* * * *
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1 CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * *
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* * * ** * * * *
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128 GTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * *
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192 CATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TTATATTTGAGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTC
* * * ** * * * * * ** *
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** *
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* * * * * * *
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1 CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAA
* * * * * * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * *
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191 TCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATT-TGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * * * * * *
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254 TACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* ** *
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* * * ** * * **
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1 CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * * **
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* * * * ** *
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*
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GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGA
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* *
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*
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* *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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1 TTATTACT
65539 TACTTTAATA
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TTGGTTAAAATACATTATAATTAATATCTACTTTGAGAAATATGAAGAAAAATCCATCCATTGGC
AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAACCTTTGAAACCC
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64322 CATTAACAAA
* * * *
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* * * * * **
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** * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* **
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* * * ** *
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*
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*
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* * *
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** * * * *
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* * **
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192 CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* *
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257 GAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTA-ATCTACCTTAG-GAAACATGAAGAA
* * * ** *
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* * *
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* * * *
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* *
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* *
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* * * * * ** *
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* * * * * *
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** * * * * * *
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129 TCTGTTTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGA-CATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC
* * * * * *
65822 AAGCCTTCGAATGCCTTATTACTCGTTTTCAGTGGTTTTATAATCTCATTATTGATCTTAAGTTT
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* * * * * * * * **
65887 AATTGTATTACATTTTTGGTTAAAACAGATCAGAACTGAATGTCTGCCTCAATG-AATGTGAAGA
258 AATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTA-TATTTAA--TCTACCT-TAGGAAACATGAAGA
* * * * * *
65951 AAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACT
318 AAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTATACCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * *
66016 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAA
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* * * * * *
66081 AACAGATTATAATTAATGTCTACTTTGAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAG
446 AATATATTATAATTAATGTCTACTTTGAGAAACATGAAGCAAAATCCACCCATTGGCAAGAAAAG
* * * ** ** *
66146 TCCATTTATAGTCCCTCCAGTCTTTGAGGGCCTTATTACTTACTTTAA
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66194 ATAGTTTTAT
Statistics
Matches: 1024, Mismatches: 163, Indels: 53
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Matches are distributed among these distances:
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*
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* * ** ** ** * * *
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* * ** * **** * * ** *** * ** **
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* *** * * ** * * * * * * ***
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* ** * * * *
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*
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*** ** * * * * * * **
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** * * **** * * * * * ** *
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* * * * * * ** ** ******
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*
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121 TGGTTTTA-T---A-ATCTCATAATTG-AT-TTTAAGTTGA-ATTTTTTTA-C---ATT-TTTG
* * * ** * * * * * ** **
71526 ATTGACA-AGAAAAGTCCATTTACA-GTC--ACTCAAG--CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
1 GTTAAAACAGATTA-T-AATTGA-ATGTCTGCCTCAAGAAACGT-G-AAG--AAAAAAC-CA-TT
* **** * * * ** ******** * * *
71585 CTAATGGTTTTATAA-TCTGA--TA-ATTCATTTTTAG--TTTTTTTTTTTTACATT-TTTGGTT
57 C-ATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCGAAAGCCTT--ATTACTCGCTT
* * ** ** * ** * *
71643 GAAACAAT-GTATATT-TGAATGTC-TGCCTTGGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGATAA
117 --TA-AATGGT-T-TTAT-AATCTCAT-AATT-G---ATTTTAAG---TTG-AATT--TT--T-T
* * * * *
71705 GAAATGTCTA
162 TACATTTTTG
* * * ** ** * * * * * *
71715 TTTACAGTCATCCATGCCTT-TAAAAGCCTTATTTACCTTAGGAAACTTGAA-ATAAAAGA-CAT
1 GTTA-A---A-ACA-G-ATTATAATTG-AATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGA-AAAA-ACCAT
* * * ***
71777 TCATTGG-AGAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAATATTATTACTCGCTTTA
56 TCATTGGCA-AGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * *
71840 AATGG-TTTAGTAATCTCGTAATTCATTTTAAGTGGAATTGTTTTACATTTTTG
119 AATGGTTTTA-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * *
71893 CTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-TAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGGCA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG-AAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCA
* * * * *
71957 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCG-AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTA
65 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTT-CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * *
72021 TAATCTTATTAA-TGAATTTAAGTTGAATTGTTTTA-AGTTTTTG
129 TAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTG
* * * * * * ** *
72064 GTTAAAATAGATTATATTTGAGTGTTTGCCTTAAGAAACGTAAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAA
* * * * *
72129 GAAAAGTCTATTTAGCA-TCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
66 GAAAAGTCTATTTA-TAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
72193 AATCTCCTACTTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATACTATTG
130 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * * *
72235 GTAAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCAT-AGGAAACAT-AGAGTAAAAGCCA-TCTATTCG
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC-TCAAGAAACGTGA-AGAAAAAACCATTC-ATTGG
* * * * * *
72297 -AGAGAGAAGTGC-ATTTATATTCACTCATGCATTCGAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTT
63 CA-AGAAAAGT-CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGT
* * *
72360 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTAAAGTTTTTT
125 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTG
* * * * * * *
72407 GTTAGAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAACATGAA-AAAATACCATTCATTGACAT
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAA
* * * * *
72470 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTTA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
66 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
72534 AACCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTCTTTATATTGTTT-
130 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTG
* * ** * * ** * * *
72576 GTTAAAATAGATTATAATTGGATGTCTATCTCAGAAAAAC-TAAAG-TGAAGCCATCCATTGACA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCA-AGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCA
* * * * ** * * *
72639 AGAAAACTCTACTTACAGTCACCCATA-CCTTCGAAAATCTCATTATTCGCTTTTAATGGTTTTA
65 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
*
72703 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
129 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * *
72746 GTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACCT-AA-AACCAAATA-CATCCATTGG
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAA--AAA-ACCATTCATTGG
* * * * * * *
72808 -AGAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTTATGCATTCGAAAGCATTATTGCTCTCTTTAAATAGTT
63 CA-AGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * *
72871 TTGTAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAGTTTTTTTATATTTTTA
126 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTG
* * * ** * *
72917 CTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAATATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAA
* * * * * * *
72982 GAGAAGTCTATTTACAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATA
66 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * *
73047 ATCTTATTAA-TGAATTTAAGTTGAATTGTTTTA-AGTTTTTG
131 ATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTG
* * * * * * * *
73088 GCTAAAATAGATTAT-ATTTAAGTGTCTGCTTGAAGAAACGTGAACAAAAAGCCATTCATTAGCA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCA
* * * ** *
73152 AAAAAAGTCTATTTATCA-TCACCCATA-TCTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTT
65 AGAAAAGTCTATTTAT-AGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
73214 ATAATCTCCTAATTGATTTCAAGTTTAATTTTTTTATACTGTTG
128 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * *
73258 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCAT-AGGAAACATGAAGCAAAAGCTA-TCTATTAG-
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTC-ATTGGC
* * * * *
73320 AGACAAAAGTGC-ATTTATAGTCACTCATGCATGCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
64 A-AGAAAAGT-CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
73384 TGTAATCTCATAATTGATTTTAAG-T-CATTTTTTTA-ACCTTTTC
127 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTG
* * * * *
73427 ATTAGAAA-AGATTATAATTGAATGCCTACCTC-AGAAAACATGAA-AAAATACCATTCATTGGC
1 GTTA-AAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG-AAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGC
* * * *
73489 ATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTTA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
64 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * **
73553 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTGTATTGTTT-
128 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTG
* * * * *** * *
73597 GCTAAAATAGATTATAATTGGATGTCTACCTTGGGAAAAGTGAA-ATAAAAGCCA-TCTATTGGC
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGA-AAAAACCATTC-ATTGGC
* * * * * * *
73660 AAGAAAA-TCTATTTACAGTTACCCATGCCTTCGAAATCCTCATTACTCGCTTTAAATTGTTTTA
64 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
73724 TAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGATTTTTTTTACCTTTTTT
129 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * *
73767 GTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACCTGAA-ACCAAAGA-CATTCATTGG-
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGA--AAAAACCATTCATTGGC
* * * ** *
73829 AGAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTCAAGCATTCGGAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAATCT
64 A-AGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * *
73893 TGTAATTTCATAATTAATTTTAAG-TGAAATTTTTTTACATTTTTG
127 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * * * * *
73938 CTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTCAGGAAATGTGAAG-AAAAGCAATTTATTTGTAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAA
* * *
74002 GAAAAGTCTATTTACAGTCACTCATA-CCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
66 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * ** *
74066 AATCTTATTAA-TGAATTTAAGTTGAGTTTTGTTATGTTTTTT
130 AATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * ** * *
74108 GTTAAAATAGCTTATATTTGAGTGTATGCCTCAAGAAATATGAA-AAAAAAGTCATTCAATGGC-
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAA-CCATTCATTGGCA
* * * * * *
74171 AGCAAA-TCTATTTATCA-TCACCCATGCTTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
65 AGAAAAGTCTATTTAT-AGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
74234 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTTG-ATTTTCTCATACTGTTA
129 TAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * *
74277 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAGGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGAG-
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCA-TTG-GC
* * * * * ** * * *
74341 AA-AAAAGTCCACTTATAGTCACTCATGCATTCAAAAGTATTATTACTCGCTTTAATTAGTTTTG
64 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * *
74405 TAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATATTTTTACATTTTTA
129 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * *
74448 GCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAA-AAAAATACTATTCATTGACA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA-ACCATTCATTGGCA
* * * **
74512 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTAC-AAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAATTTTA
65 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTT-CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * ** ** *
74576 TAATTTCATAATTGA-TTTAAGTTAAAGATTTACACATTTTTA
129 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * * *
74618 GTTAAAACAGATTAT-ATTCAATTTTTACCTCGAGAAACGTAAAGAAGAAAGCCATTCATTAGCA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAA-AAAACCATTCATTGGCA
* * * * * ** * * ** **
74682 AAAAAAGTTTATTTCTAGTCGCCCGTGCCTTCCAAAGCTTTATTACTTACTTTAAATACTTTTAT
65 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
74747 AATCTCATTATT-ATTTTTAAGTTAAATTTCCTTTTAAATTGTCG
130 AATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTT--TTTTACATTTTTG
* * * * * * * * * *
74791 GTTAAAATAGATT-TCAATTGAATATTTG-CT-ATAAAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTAGT
1 GTTAAAACAGATTAT-AATTGAATGTCTGCCTCA-AGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGC
* * * * * **
74853 AAGAAAAGTCTATCTATAGACGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTA
64 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
74918 CAATCTAATTATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTG
129 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * ** * *
74961 CTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTGGCT-TTGAAAACGTGAAGAAACAACCATTTATTGNNN
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG-AAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTG---
*********************************************** * * *
75025 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTTGCTTTAAGTAG
62 ---GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * *
75090 TTTTATAATCTTATTAA-TGAATTTAAGTCGAATTTTTTTACGTTTTTG
124 TTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * * * * * * * *
75138 GTTAAAACATATTATATTTGAATGCCTACCTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGCTATTTATTAGTAG
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAA
* * * * * *
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* * * *
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130 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * *
75308 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTCAAGAAAAGTGCAGCAAAAGCCA-TCTATTGGT
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTC-ATTGGC
* * * * * * *
75371 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATA-CATTTGAAAGCCTTATTACTAGTTTTAAATGGTTTT
64 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
75435 GTAATTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTAATATATTTG
128 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * **
75479 CTTAAAA-AAATTTAAAATTGAATGTCTCCCTCAAGAAATGTAAAGAAAATGCCATTCATTGGCA
1 GTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCA
* * ** * * * * *
75543 ACAAAAATCTATTTGCCA-TCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTA
65 AGAAAAGTCTATTT-ATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * ** *
75607 TAATCTTATTAA-TGAATTTAAGTTGAGTTTTGTTATGTTTTTT
129 TAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * ** * *
75650 GTTAAAACAGATTATATTTGAGTGTATGCCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCAATGGCAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAA
* * * * * * *
75715 CAAAAAGTCTATTTATCA-TCGCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTA
66 -GAAAAGTCTATTTAT-AGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
75779 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTG-ATTTTTTCATATTGTTA
129 TAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * * *
75822 GTTAAAAAAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAG-CAAAACGCATCCATTTG-A
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAC-CATTCATTGGCA
* * * * ** * * *
75885 GAGAAAAGT-TCACTTATAGTCACTCATGCATTTGAAAGTATTATTACCCGCTTTAATTAGTTTT
65 -AGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
75949 ATATTCTCATAATTGATTTTAACTTGCATATTTTTACATTTTTT
128 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * **
75993 ATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCT-TAGAAAATGTGAAGCAAACACCATTCATTGATA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG-AAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCA
* * * ** *
76057 AGAAAAGT-TCATTTATGGTCACCCATGCCTTAC-AAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTT
65 AGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTT-CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
*
76120 ATAATTTCATAATTGATTTTAA
128 ATAATCTCATAATTGATTTTAA
Statistics
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GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
Found at i:66846 original size:21 final size:20
Alignment explanation
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*
66808 AAAAGCCATCTATTGGCAAG
1 AAAAGCCATCTATAGGCAAG
*
66828 AAAAGTCCATTTATAGGCA
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66847 CTCAAGCCTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (20 bp):
AAAAGCCATCTATAGGCAAG
Found at i:67299 original size:336 final size:330
Alignment explanation
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65846 GTTTTCAGTG
* * * * * * *
65856 GTTTTATAATCTCATTATTGATCTTAAGTTTAATTG-TATTACATTTTTGGTTAAAACAGATCAG
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** * * ** * * ** *
65920 AACTGAATGTCTGCCTCAATG-AATGTGAAGAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTT
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* * * *
65983 ATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGA
128 ATAGTC-CTCATGTCTT-CAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * *
66048 TTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTACTTTGAGAA
191 -GTTAA----A-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTAG-GAA
* * * ** * * **
66112 ACATAAAGCAAAAGCCATCCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCTCCAGTCTTTGAGGG
249 AAATAAAG-AAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGT-GATTTATAGTCACTAAAG-CTGTAAAAG
** *
66176 CCTTATTACTTACTTTAAATA
310 TTTTATTACTTGCTTTAAATA
* * * * * ** * *
66197 GTTTTATAATCCCATAATAGATTTTAAGTTGGATTTTTTTTATAAGTTTGGTTAAAATAGA-TAC
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAC
** * * * ** *
66261 TATTCGAATGTGTACCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAACCAATT-ATTAATAA-AAAATTC-ATT
66 -ATTTAAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAATC-ATTCA-TAGCAAGAAAAGTCTATT
* * * * * * * *
66322 TATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCATATTGCATGCTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
127 TATAGTC-CTCATGTCTTC-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * **
66387 ATTTCATGTGGAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT-TGATTATAATTGAATGT-TTGTGTCAG
190 AGTT-A-----AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAT-ATTATAATTGAATGTCTACT-T-AG
* * ** *** * ** * *
66450 GAAAAGTAAAAAAAAAAAAGCCATTTATTGGTGAGAAAAGTCCATTTGCAATCA-TATATGCCT-
246 G--AA--AAATAAAGAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT-GATTTATAGTCACTA-AAG-CTG
* * *
66513 TCCAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATG
304 T-AAAAGTTTTATTACTTGCTTTAAATA
* * * * * * *
66541 GTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAATTGAATT-TTTTTACATTTATGGTTAAAATATATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAC
* * ** ** ** ** * *
66605 AATTGAATGT-TTGCTCCCAGAAACGTGAAGCGAAAGCCATTCATTGACAGGAAAAGTCTATTTA
66 ATTTAAATGTCTACCT-TGAGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATAG-CAAGAAAAGTCTATTTA
* * * * * * * *
66669 TAGTCACTCAAGCCTTTTAAAACTTTATTACTAGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
129 TAGTC-CTCATGTC-TTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG--
* * * * *
66734 TTTAAGTTAAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAGATATTATAATT-AAAGATTTGCTTTAGGA
190 ----AGTT-AAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATG-TCTAC-TTAGGA
* * * * * * * * *
66798 AACATGAAGCAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGGCACTCAAGCCTTTGAAAG
248 AAAATAAAG-AAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT-GATTTATAGTCACTAAAG-CTGTAAAAG
***
66863 CACTATTACTTGCTTTAAAT-
310 TTTTATTACTTGCTTTAAATA
* * * *
66883 GATTTTATTATCTCATAATTCATTTTAAGTTG-ATTTTTTTTA-ATTTTTTAGTTGAAACAGATT
1 G-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTT-GTTAAAACAGATT
* * * * * * *
66946 ATATTTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAATTATTCAGTAGTAATAAAATTCTATTT
64 ACATTTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCA-TAGCAAGAAAAGTCTATTT
* ** * * *
67011 ATAGCCGCTCATGTCTTCCAAAGTGTTATTAATTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGA
128 ATAGTC-CTCATGTCTT-CAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * * * *
67076 GTTAAATTTTTTTACATTTTGGGTTAAAACAGATTGTATTTAAATGGCTGCCTTAGGAAACATAA
191 GTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACTTAGGAAAAATAA
* * * ** *
67141 AGATAAAGCTATTCATTGATAAGAAAAGCTGATTTATAGTCACCCACGACTGTAAAAGTTTTATT
255 AGA-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG-TGATTTATAGTCACTAAAG-CTGTAAAAGTTTTATT
67206 ACTTGCTTTAAATA
317 ACTTGCTTTAAATA
* * * *
67220 G-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTATATTTTTTGCTAAAATAGATTAC
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAC
** ** * * *
67284 ATTTAAATGTCTACCTT-AGGAAATATGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGCCTATTTA
66 ATTTAAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATAG-CAAGAAAAGTCTATTTA
* * * * * *
67348 TAGTCATCCATGCCTTCAATAGCCTTATTACTTACTTTTAATAGTTTTATAATATCATAATTAAT
129 TAGTCCT-CATGTCTTCAA-AGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-
* * * ***
67413 TTTAAAGTAAATTTTTTTGATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCCAAAA
191 -GT----TAAATTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTAGGAAA
* * * *
67478 AATTGAAACAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTGTATTTATAGTCACTAAAGCTGTCGAAAGC
250 AA-T-AAAGAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTG-ATTTATAGTCACTAAAGCTGT-AAAAGT
* ** *
67543 CTTATTACTCACTTTAAATG
311 TTTATTACTTGCTTTAAATA
* *
67563 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT-C
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAC
** ** * * *
67627 TATTTGGATGGT-TGGCTTGGGAAATGTGAAGAAAAAATCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTT
66 -ATTTAAAT-GTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCA-TAGCAAGAAAAGTCTATTT
* *
67691 ATAGTCACCCAT-TCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGA
128 ATAGTC-CTCATGTC-TTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
** * * *
67755 GTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATCCTTGAATGTCTATTTTAGGAAATATGA
191 GTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTAGGAAAAATAA
* * * *
67820 AGCAAAAGCCATCCACT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAGGCCTTTAAAA-TCTTTA
255 AG-AAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGT-GATTTATAGTCACTAAAG-CTGTAAAAGT-TTTA
* * *
67883 TTATTTGCTTTCAATG
315 TTACTTGCTTTAAATA
* ** * * *
67899 GTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTTACATTTTGGGTCAAAACATATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAC
* * * * * *
67963 ATTTAAATGTCTACTTTGAGAAACAT-AAAAAAAAATCCATTCATTAACAAGAAAAGCCCATTTA
66 ATTTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAT-CATTCA-TAGCAAGAAAAGTCTATTTA
** * * * *
68027 TAGTCACAT-ATACCTTTGAAGGCCTTATTACTTAGC-TCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
129 TAGTC-C-TCATGTC-TTCAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * * *
68090 ATTATAAGTTGAATTTTTTTTACCTTTTCAGGTTAATATATATTATGACTGAATGTTTGCCTTGG
190 ------AGTT-AAATTTTTTTACATTTT-TGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACTTAG
* * * * ** * * *
68155 GAAAAGTGAAGGAAAAGCCTTCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTAAAGC-GTTCGA
246 GAAAAAT-AAAGAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT-GATTTATAGTCACTAAAGCTG-T-AA
* *
68219 AAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT-
307 AAGTTTTATTACTTGCTTTAAATA
* * * * *
68242 GCTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTTTCTTTTTTTGTTAAAACAGATCA
1 G-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTA
* * * ** * *
68306 TATTTGAAA-ATCTATCTTCTGAAATGTGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGT-TCAT
65 CATTT-AAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-ATCATTCA-TAGCAAGAAAAGTCT-AT
** * * * * *
68368 TTATAGTGACCT-ATACCTTCAAAAGTCTTGTTACTTGTTTTATATAGTTTTATAATCTCAAAAT
126 TTATAGT--CCTCATGTCTTC-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
68432 TGATTTTACGTTGAATATTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTTCTTTAG
188 TG-----A-GTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAC-TTAG
* * * ********** * ** * *
68497 GAAATATGATGCAAAAGCCANNNNNNNNNNAGAAAAGTATATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAA
246 GAAAAATAAAG-AAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT-GATTTATAGTCACTAAAGCTGT-AAA
** * *
68562 AGCCTTGTTACTTGCTTTATATA
308 AGTTTTATTACTTGCTTTAAATA
* * * *
68585 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTGAATT-TTTTT-TATATTTTGATTAAAATATATT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTGTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATT
* * * * * ** ** * * *
68647 ATAATTGAATGTCTA-CTTTAGGAA-GTATGAAGCTAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTAT
64 ACATTTAAATGTCTACCTTGAGAAACG--TGAAGAAAAAATCATTCATAG-CAAGAAAAGTCTAT
* * * **
68710 TTACAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGTATTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCACAGTT
126 TTATAGTC-CTCATGTCTTC-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCT--CA---
* * * * * * *
68775 TATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTT-GAAT-TA-TAT--TTGAATGT-TAGCCTCGG
184 TA-ATTGAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTAGG
* * * * *** * *
68834 AAAATGTTGAAGAAAA---A-CTATT--C-A-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTTCTTTCAA
247 AAAA--ATAAAGAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT-GATTTATAGTCACT-AAAGCTGTAAA
**
68891 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATA
308 AGTTTTATTACTTGCTTTAAATA
* * * * * *
68914 G-TTTATAATCTCATAGTTGATTTTAA-TTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTCAAAATATATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAC
** * * * * * * ** * * *
68976 AACTGAATGTTTGCCTT-AGGAAACATGGAGCAAAAGCCATCCATTG-ACAGAAAAAGTCCATTT
66 ATTTAAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATAGCA-AG-AAAAGTCTATTT
* * * * * * * *
69039 ATAGTCACTCAAGGCTTTGAAAGCCGTATTACTCGCTTTGAATAGTTCTAAAATCTCATAATTGA
128 ATAGTC-CTCATGTC-TTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * * * * * * * *
69104 TTTTACATTGAATTATTTTACATATTTGATTAAAAAAGATAATATTTGAGTGCCTTCCATAAGAA
191 -GTT--A---AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC-TACTTAGGAA
** ** * * * **********
69169 ACACGAATA-AAAAGTGATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACNNNNNNNNNNGAAAG
249 A-AATAA-AGAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT-GATTTATAGTCAC-TAAAGCTGTAAAAG
** **
69232 CCTTATTACTCACTTTAAATA
310 TTTTATTACTTGCTTTAAATA
* * * * * * *
69253 GCTTTATAATCTCATACTTAATTTTAAGTTTAGTTG-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAC
* * ** * * * * *
69317 AATTGAATGTCTGTCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATCCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTAT
66 ATTTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCA-TAGCAAGAAAAGTCTATTTA-
* *
69382 TA-TCACTCATGGT-TTCGAAAGCATTATTACTTG-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATGAT
129 TAGTC-CTCAT-GTCTTC-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT-A--A-
* * * *
69444 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATATATTATAACTGAATATCTACCTTAGGAAA
187 -TTGAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTAGGAAA
** * ********** * * * * *
69508 CGTGAAGCANNNNNNNNNNATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAATCACTGAAGCCT-TCAAAAGT
250 AATAAAG-AAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT-GATTTATAGTCACTAAAG-CTGT-AAAAGT
*
69572 TTTACTACTTGCTTTAAAT-
311 TTTATTACTTGCTTTAAATA
* * ********** *
69591 GCTTTTATAATCTGATAACTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATNNNNNNNNNNAATAGATTA
1 G-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTA
* * * * * * *
69655 TATTTGAATGTCTACCTTCG-GAGATGTGAAG-AAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
65 CATTTAAATGTCTACCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAATC-ATTCA-TAGCAAGAAAAGTCTATT
* * * * *
69718 TACAATCAC-CAATGTCATCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
127 TATAGTC-CTC-ATGTCTTC-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
69782 GATTTTATGTTCAATGTTTTTACATATTCGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCTTCA-G
189 G-----A-GTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTT-AGG
* * * * ** * * * *
69846 AAAACGTCATGCAAAAGCCATCCATTGGCAATTAAAGTTCATTTATAGTCGCTCAAGCCTTTAAA
247 AAAA-ATAAAG-AAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG-TGATTTATAGTCACTAAAG-CTGTAAA
** *
69911 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
308 AGTTTTATTACTTGCTTTAAATA
* * * * * * * * * *
69934 GTTTGATAATCTCATAATAGATTTTCACTTGAA-TATTTTTATATTGTTTGTTACAATAGATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAC
* * ** * ** * ** * * *
69998 AATTGAATGTCTACCTCAAAAAATATGAAGCAAAAGCCA-TCAATTGGAAAGAACAGT-TCATTT
66 ATTTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAATCATTC-A-TAGCAAGAAAAGTCT-ATTT
** *** ** * *
70061 ATA---CTCATACCTTCGAAAATATTATTACTCACTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATCAAT
128 ATAGTCCTCATGTCTTC-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC---AT-AA-
* * * * *
70123 CTTAAGTTAAA-TTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAACTGAATGTCTATTTTA-GAAA
187 -TTGAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTAGGAAA
* ** * * * * *
70186 ACGTGATGCGAAAA-CCATCAATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACTCAAAGCTTTGAAAG
250 A-AT-A-AAGAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT-GATTTATAGTCACT-AAAGCTGTAAAAG
** * *
70250 CCTTATTACTCGCTTTAAATG
310 TTTTATTACTTGCTTTAAATA
* * * *
70271 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTGTTAGTTAAAATAGATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAC
* * ** * * * * * *
70335 AATTGAATGTCTGGCTTAAGAAACGTAAACAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGT-TCATTTG
66 ATTTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATAG-CAAGAAAAGTCT-ATTTA
* * * * * ** * *
70399 CAGTCACTTAAGCCTTTGAGTGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGAT
129 TAGTC-CTCATGTC-TTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG--
** * * * * * * *
70464 TATAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTGACCTAAAACAAATTATATTTAAATGTATGGCTCA-GAA
190 ----AGTTAAATTTTTTTACATTTTTG-GTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACTTAGGAA
* * * * * ** * *** * **
70527 AGCATGAGGAAAAAGTCGTTTACTGACAAGAAAAACCCA-TT-TA-T--CT-ATGCCTCCCAAAA
249 A-AATAAAG-AAAAGCCATCCATTGACAAG-AAAAGTGATTTATAGTCACTAAAG-CT-GTAAAA
** *
70586 -CCTTGTTACTTGCTTTAAATA
309 GTTTTATTACTTGCTTTAAATA
* * * * * * * *
70607 GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAATTTAAATT-TTTTTATAGTTTTAGTTAAAACATATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAC
** * * * * * * ** *
70671 AACTGAGTGTCTGCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATCCATTAAAAAGAAAAGTCCATTTAT
66 ATTTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCA-TAGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * ** *
70736 AGTCACTCATGCCTTTGAAAGTATTATTACTTG-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGCTT
130 AGTC-CTCATGTC-TTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG---
* * * * * *
70800 TTAAGTTAGATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAATGCCTGCCTTAGGAAAC
190 ---AGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACTTAGGAAAA
70865 ATAAAGCAAAAGCC
251 ATAAAG-AAAAGCC
70879 TTCAAAAGCC
Statistics
Matches: 3567, Mismatches: 859, Indels: 518
0.72 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
321 3 0.00
322 4 0.00
325 3 0.00
326 2 0.00
327 127 0.04
328 38 0.01
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330 8 0.00
332 11 0.00
333 7 0.00
334 14 0.00
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340 168 0.05
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344 443 0.12
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347 4 0.00
348 3 0.00
351 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (330 bp):
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAC
ATTTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATAGCAAGAAAAGTCTATTTATA
GTCCTCATGTCTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTAA
ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTAGGAAAAATAAAGAAAA
GCCATCCATTGACAAGAAAAGTGATTTATAGTCACTAAAGCTGTAAAAGTTTTATTACTTGCTTT
AAATA
Found at i:67417 original size:679 final size:674
Alignment explanation
Indices: 65854--71747 Score: 2936
Period size: 679 Copynumber: 8.7 Consensus size: 674
65844 TCGTTTTCAG
* * * * * * * *
65854 TGGTTTTATAATCTCATTATTGATCTTAAGTTTAATTG-TATTACATTTTTGGTTAAAACAGATC
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTGGCTAAAATATATT
* ** * * * * ** * * *
65918 AGAACTGAATGTCTGCCTCAATG-AATGTGAAGAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-TTCAT
66 ATATTTAAATGTCTACCT-TAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCT-AT
* * ** *
65981 TTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATT
129 TTATAGTCACACATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
66046 GATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAATGTCTACTTT-GAG
194 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTAATGTCTACTTTAG-G
* * * ** * * *
66110 AAACA-TAAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCTCCAGTCTTTGAG
258 AAACAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCTTCGAA
* * * *
66174 GGCCTTATTACTTACTTTAAAT-AGTTTTATAATCCCATAATAGATTTTAAGTTGGATTTTTTTT
323 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTT
** * * * * * * *
66238 -ATAAGTTTGGTTAAAATAGA-TACTATTCGAATGTGTACCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAACC
386 AAT-TTTTTAGTTAAAACAGATTA-TATTTGAATATCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAA-T
* * * * * * * *
66300 AATT-ATTAATAAAAAATTCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCATATTGCA-TGCTTTG
447 TATTCATTAGTAAAAAATTCATTTATAGTCACCCATGTCTTCCAAAGCCTTATT-AATTGCTTTA
* * *
66363 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCATGTGGAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATTGAT
511 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTT-A-----AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAT
* * * * * * *
66428 TATAATTGAATGTTTGTGTCAGGAAAAGTAAAAAAAAAAAAGCCATTTATTGGTGAGAAAAGTCC
570 TATAATTGAATGTCTGTCTTAGGAAAA-T----AAAGAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCC
** * * * * * *
66493 ATTTGCAATCATATATGCCTTCCAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAA
630 ATTTATAGTCACAAACGCCTT-AAAAGTTTTATTACTTGCTTTAAA
* * * *
66539 TGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAATTGAATT-TTTTTACATTTATGGTTAAAATATATT
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTGGCTAAAATATATT
* * * * ** * ** * *
66603 ATAATTGAATGTTTGCTCCCA-GAAACGTGAAGCGAAAGCCATTCATTGACAGGAAAAGTCTATT
66 ATATTTAAATGTCTAC-CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATT
* * * * * * *
66667 TATAGTCACTCAAGCCTTTTAAAACTTTATTAC-TAGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
130 TATAGTCACACATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTA-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
66731 GATTTTAAGTTAAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAGATATTATAATTAAAGATTTGCTTTAG
194 GATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTAATG-TCTACTTTAG
* * * *
66796 GAAACA-TGAAGCAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGGCACTCAAGCCTTTGA
257 GAAACAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCTTCGA
** * *
66860 AAGCAC-TATTACTTGCTTTAAATGATTTTATTATCTCATAATTCATTTTAAGTTGATTTTTTTT
322 AAGC-CTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTT
*
66924 AATTTTTTAGTTGAAACAGATTATATTTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAATTATT
386 AATTTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAATTATT
* * * * **
66989 CAGTAGTAATAAAATTCTATTTATAGCCGCTCATGTCTTCCAAAGTGTTATTAATTGCTTTAAAT
451 CATTAGTAA-AAAATTC-ATTTATAGTCACCCATGTCTTCCAAAGCCTTATTAATTGCTTTAAAT
* * * * * *
67054 GGTTTTATAATCTCATAATCGAGTTAAATTTTTTTACATTTTGGGTTAAAACAGATTGTATTTAA
514 GGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * *
67119 ATGGCTGCCTTAGGAAACATAAAGATAAAGCTATTCATTGATAAGAAAAG-CTGATTTATAGTCA
579 ATGTCTGTCTTAGGAAA-ATAAAGA-AAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCA
** *
67183 CCCACGACTGTAAAAGTTTTATTACTTGCTTTAAA
641 CAAACGCCT-TAAAAGTTTTATTACTTGCTTTAAA
* * * * *
67218 TAG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTATATTTTTTGCTAAAATAGATT
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTGGCTAAAATATATT
* * *
67282 ACATTTAAATGTCTACCTTAGGAAATATGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGCCTATTT
66 ATATTTAAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTT
* *
67347 ATAGTCATC-CATGCC-TTCAATAGCCTTATTACTTACTTTTAATAGTTTTATAATATCATAATT
131 ATAGTCA-CACATGCCTTTCAA-AGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* *
67410 AATTTTAAAG-TAAATTTTTTTGATATTTTT-GATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTC
194 GATTTT-AAGTTAAATTTTTTT-ACATTTTTAG-TTAAAATATATTATAATT-AATGTCTACTT-
* * * * **
67473 CA--AAAAATTGAAACAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTGTATTTATAGTCACTAAAG-CTG
254 TAGGAAACAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCT-
*
67535 TCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
318 TCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTT
* * * ** * *
67600 TTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTCTATTTGGATGGT-TGGCTTGGGAAATGTGAAGAAAAA
382 TTTTA-ATTTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAAT-ATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * * *
67663 ATCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCT
445 ATTATTCATTAGTAA-AAAA-TTCATTTATAGTCACCCATGTCTTCCAAAGCCTTATTAATTGCT
** *
67727 TTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTAT
508 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTAT
** * * * * * *
67792 CCTTGAATGTCTATTTTAGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCACT-AGCAAGAAAAGTCCATTTA
573 AATTGAATGTCTGTCTTAGGAAA-ATAAAG-AAAAGCCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTA
* * * *
67856 TAGTCACTAAGGCCTTTAAAA-TCTTTATTATTTGCTTTCAA
635 TAGTCACAAACGCC-TTAAAAGT-TTTATTACTTGCTTTAAA
* * *
67897 TGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTTACA-TTTTGGGTCAAAACATAT
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTGGCT-AAAATATAT
* * * * * *
67960 TATATTTAAATGTCTA-CTTTGAGAAACATAAAAAAAAATCCATTCATTAACAAGAAAAGCCCAT
65 TATATTTAAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTAT
* * * * * *
68024 TTATAGTCACATATACCTTTGAAGGCCTTATTACTTAGC-TCAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
129 TTATAGTCACACATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTA-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * * * *
68088 TGATTATAAGTTGAATTTTTTTTACCTTTTCAGGTTAATATATATTATGACTGAATGTTTGCCTT
193 TGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTA-GTTAAAATATATTAT-AATTAATGTCTACTTT
* * * * * * *
68153 GGGAAA-AGTGAAGGAAAAGCCTTCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTAAAGCGTTC
255 AGGAAACAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCTTC
* * * *
68217 GAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTT
320 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTT
** * * * * ** *
68282 TTCTTTTTTTGTTAAAACAGATCATATTTGAAAATCTATCTTCTGAAATGTGAAGAAAAAGA-TA
385 TAATTTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-ATTA
* * * * ** * * * * * *
68346 TTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTGACCTATACCTTCAAAAGTCTTGTTACTTGTTTTAT
449 TTCATTAGTAA-AAAA-TTCATTTATAGTCACCCATGTCTTCCAAAGCCTTATTAATTGCTTTAA
* * * * * *
68411 ATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTACGTTGAATATTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATT
512 ATGGTTTTATAATCTCATAATTG-----A-GTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATT
* * ********** **
68476 ATAATTGAATGTCT-TCTTTAGGAAATATGATGCAAAAGCCANNNNNNNNNNAGAAAAGTATATT
571 ATAATTGAATGTCTGTC-TTAGGAAA-ATAAAG-AAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATT
** * * ** * *
68540 TATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTTATA
633 TATAGTCACAAACGCCTT-AAAAGTTTTATTACTTGCTTTAAA
* * * **
68583 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTTTTTTTATA-TTTTGATTAAAATATAT
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTGTTTTTACATTTTTGGCTAAAATATAT
* * * ** ** * * *
68646 TATAATTGAATGTCTACTTTAGGAAGTATGAAGCTAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATT
65 TATATTTAAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATT
* * * ** * * *
68711 TACAGTCACTCAAGCC-TTCAAAAGTATTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCACAGTT
130 TATAGTCACACATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *
68775 TATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTT-GAAT-TA-TAT--TTGAATGT-TAGC-CTCG
194 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATT-AATGTCTA-CTTTAG
* *** *
68833 GAAA-ATGTTGAAG-AAAA---A-CTATT--C-A-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTTCTTT
257 GAAACA-G-TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-AAAGCCTT
** * * *
68888 C-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-AGTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAA-TTGAATTTTT
319 CGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTT
* * * * ** * * * * * * **
68950 TTACA-TTTTTGGTCAAAATATATTATAACTGAATGTTTGCCTT-AGGAAACATGGAGCAAAAGC
384 TTA-ATTTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATATCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAAT
* * * * * * * ** * * *
69013 CATCCATTGACAG-AAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGGCTTTGAAAGCCGTATTACTCGCTT
447 TATTCATT---AGTAAAAAATTCATTTATAGTCACCCATGTCTTCCAAAGCCTTATTAATTGCTT
* * * * * * * * *
69077 TGAATAGTTCTAAAATCTCATAATTGATTTTACATTGAATTATTTTACATATTTGATTAAAAAAG
509 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-GTT--A---AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG
* * * * * * * ** *
69142 ATAATATTTGAGTGCCT-TCCATAAGAAACACGAATA-AAAAGTGATTCATTG-CAAGAAAAGTC
568 ATTATAATTGAATGTCTGT-CTTAGGAAA-A-TAA-AGAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTC
* ********** ** **
69204 CATTTACAGTCACNNNNNNNNNNGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
629 CATTTATAGTCAC-AAACGCCTTAAAAGTTTTATTACTTGCTTTAAA
* * * * * * * * * *
69251 TAGCTTTATAATCTCATACTTAATTTTAAGTTTAGTTG-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTGGCTAAAATATATT
* * ** ** * *
69315 ATAATTGAATGTCTGTCTT-GAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATCCATTAGA-AAGAAAAGTCC-A
66 ATATTTAAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GACAAGAAAAG-CCTA
* * * * *
69377 TTTATTA-TCACTCATG-GTTTCGAAAGCATTATTACTT-GTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
128 TTTA-TAGTCACACATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * * *
69439 A-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATATATTATAACTGAATATCTACCTT
191 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAA-TTAATGTCTACTTT
********** * * *
69502 AGGAAAC-GTGAAGCANNNNNNNNNNATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAATCACTGAAGCCTTC
255 AGGAAACAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCTTC
* ** * ** * * * *
69566 AAAAGTTTTACTACTTGCTTTAAATGCTTTTATAATCTGATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
320 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTT
********** * * * * **
69631 TACA-TNNNNNNNNNNAATAGATTATATTTGAATGTCTACCTTCG-GAGATGTGAAGAAAAAGCT
385 TA-ATTTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATATCTACCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAATT
* * * * * * * * * *
69694 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAATCACCAATGTCATCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTA
448 ATTCATTAGTAA-AAAA-TTCATTTATAGTCACCCATGTCTTCCAAAGCCTTATTAATTGCTTTA
* * * *
69759 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTCAATGTTTTTACATATTCGGTTAAAATAGAT
511 AATGGTTTTATAATCTCATAATTG-----A-GTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAT
* * * ** ** *
69824 TATAATTGAATGTCTG-CTTCA-GAAAACGTCATGCAAAAGCCATCCATTGGCAATTAAAGTTCA
570 TATAATTGAATGTCTGTCTT-AGGAAAA--TAAAG-AAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCA
* * **
69887 TTTATAGTCGCTCAA-GCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
631 TTTATAGTCAC-AAACGCC-TTAAAAGTTTTATTACTTGCTTTAAA
* * * * * * * * *
69932 TGGTTTGATAATCTCATAATAGATTTTCACTTGAA-TATTTTTATATTGTTT-GTTACAATAGAT
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATT-TTTGGCTAAAATATAT
* * * ** * * * *
69995 TATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAATATGAAGCAAAAGCCA-TCAATTGGA-AAGAACAG-TTC
65 TATATTTAAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATT-GACAAGAAAAGCCT-
* * *** * * *
70057 A-TT-TA-T-ACTCATACC-TTCGAAAATATTATTACTCACTTCAAATGGTTTTATAATCTCATA
127 ATTTATAGTCACACATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
** * * * *
70117 ATCAATCTTAAGTTAAA-TTTTTTATATTTTT-GATTAAAATATATTATAACTGAATGTCTATTT
191 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATATATTATAA-TTAATGTCTACTT
* * * * *
70180 TAGAAAAC-GTGATGCGAAAA-CCATCAATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACTCAAAG-C
254 TAGGAAACAGTGAAGC-AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-AAAGCC
* * * *
70242 TTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
317 TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTT
* * * * ** * * * *
70307 TTTTACA-TTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGGCTTAAGAAACGTAAACAAAAAG
382 TTTTA-ATTTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAA
* * ** ** * * ** ** *
70371 TCATTCATT-GACAAGAAAAGTTCATTTGCAGTCACTTAAGCCTTTGAGTGCCTTATTACTTGCT
446 TTATTCATTAG-TAA-AAAA-TTCATTTATAGTCACCCATGTCTTCCAAAGCCTTATTAATTGCT
* ** *
70435 TTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTATAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTGACCTAAAAC
508 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG------AGTTAAATTTTTTTACATTTTTG-GTTAAAAT
* * * * * * * * * * * * * **
70499 AAATTATATTTAAATGTATGGCTCA-GAAAGCATGAGGAAAAAGTCGTTTACTGACAAGAAAAAC
566 AGATTATAATTGAATGTCTGTCTTAGGAAA--ATAAAG-AAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGT
* *** * * ** *
70563 CCATTTAT-CT-A-TGCCTCC-CAAAA-CCTTGTTACTTGCTTTAAA
628 CCATTTATAGTCACAAACGCCTTAAAAGTTTTATTACTTGCTTTAAA
* * * * * * * * *
70605 TAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAATTTAAATT-TTTTTATAGTTTTAGTTAAAACATATT
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTGGCTAAAATATATT
** * * * ** * * * *
70669 ATAACTGAGTGTCTGCCTT-GAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATCCATTAAAAAGAAAAGTCC-AT
66 ATATTTAAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-CCTAT
* * ** * *
70732 TTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGTATTATTACTT-GTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
129 TTATAGTCACACATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * *
70796 GCTTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAATGCCTGCCTTAGG
194 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAA-TTAATGTCTACTTTAGG
* * *
70861 AAACA-TAAAGCAAAAG----CC-TT--C---AAAAG-CC--TTAT--T-ACT--CG-CTT-TAA
258 AAACAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCTTCGAA
* * * *
70905 ATGCTTTCATAATCTCA---TAACTGATTTTA-AGT-TC---A---ATTTT---TT-A-------
323 A-GCCTT-ATTA-CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTT
* * * ** *
70948 -CATTTTTT-GTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGTCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACTAT
385 TAATTTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAATTAT
* * * ** *
71011 TCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
450 TCATTAG-TAA-AAAA-TTCATTTATAGTCACCCATGTCTTCCAAAGCCTTATTAATTGCTTTAA
* * * *
71075 ATGG-TTTATAATCTTATAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTATATATTTTTGATTAAAATAGA
512 ATGGTTTTATAATCTCATAATTG-----A-GTT-AAATTTTTT-TACATTTTTGGTTAAAATAGA
* * ** * * **
71139 TTATAATTGAATGTCTATTTTAGGAAACATATTGCACAAGCCATCCATTGGCAAGAAATA-TCCA
569 TTATAATTGAATGTCTGTCTTAGGAAA-ATAAAG-AAAAGCCATTCATTGATAAGAAA-AGTCCA
* ** * * ** **
71203 TATATAGTTGCTTAA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
631 TTTATAGTCAC-AAACGCC-TTAAAAGTTTTATTACTTGCTTTAAA
* ** * *
71248 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGT-TTTTTGTATTGTTT-GTTAAAATAGAT
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATT-TTTGGCTAAAATATAT
* * * * * * * * * *
71311 CATAATTAAATGTCTAACTCATGAAACATGAAG-CAAAGTCATCCTTTGGA-AAGAAAAATCC-A
65 TATATTTAAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GACAAG-AAAAGCCTA
** * * * * *
71373 TTTATAGTTGCTCATGCC-TTCGAAAGCATTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
128 TTTATAGTCACACATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
71437 TCGATTTTATGTTGAATTGTTTTGTA-TTTTTTA-TTACAATATATTATAATTGAATGTCTACTT
192 TTGATTTTAAGTTAAATT-TTTT-TACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATT-AATGTCTACTT
* ** * * * *
71500 T-GAGAAACA-TTAAGCAAAATTCACCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCAAGCCT
254 TAG-GAAACAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCT
* * * * **
71563 TCGAAAGCCTTATTACTCACTTCT-AATGGTTTTATAATCTGATAATTCATTTTTAGTTTTTTTT
318 TCGAAAGCCTTATTACTCACTT-TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTT
* * * * *
71627 TTTTACA-TTTTTGGTTGAAACA-ATGTATATTTGAATGTCTGCCTTG-GAAAACGTAAAGAAAA
382 TTTTA-ATTTTTTAGTTAAAACAGAT-TATATTTGAATATCTACCTTGAG-AAACGTGAAGAAAA
*** * * * * **
71689 AGCCATTCATT-GATAAGAAATGTCTATTTACAGTCATCCATGCCTTTAAAAGCCTTATT
444 AATTATTCATTAG-TAAAAAAT-TC-ATTTATAGTCACCCATGTCTTCCAAAGCCTTATT
71748 TACCTTAGGA
Statistics
Matches: 4040, Mismatches: 915, Indels: 509
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
634 3 0.00
635 19 0.00
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680 487 0.12
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Consensus pattern (674 bp):
TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTGGCTAAAATATATT
ATATTTAAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTT
ATAGTCACACATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTAATGTCTACTTTAGGAAA
CAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCTTCGAAAGC
CTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTAATTT
TTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAATTATTCATTA
GTAAAAAATTCATTTATAGTCACCCATGTCTTCCAAAGCCTTATTAATTGCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTG
TCTTAGGAAAATAAAGAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACAAACGCCTT
AAAAGTTTTATTACTTGCTTTAAA
Found at i:70288 original size:508 final size:502
Alignment explanation
Indices: 69659--70875 Score: 1214
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69649 AGATTATATT
* * * *** *
69659 TGAATGTCTACCTTCG-GAGATGTGAAGAAAAAGCTATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACA
1 TGAATGTCTACCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGCCA-TCAATTAAAAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * **
69722 ATCAC-CAATGTCATCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
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* * * *
69786 TTATGTTCAATGTTTTTACATATTCGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGAAAAC
127 TTAAGTT-AATTTTTTTACAT-TTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCTTAAG-AAAC
** * ** * *
69851 GTCATGC-AAAAGCCATCCATTGGCAATTAAAGTTCATTTATAGTCGCTCAAGCCTTTAAAAGCC
189 GT-AAACAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTACAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCC
* * * * *
69915 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATAGATTTTCACTTGAATATTTTTATATTG
253 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTGAGAATCTCATAATAGATTATAACTTAAATATTTTTACA-T-
* * * * * * * * *
69980 TTTG-TTACAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAATATGAAGCAAAAGCCATCAATTG
316 TTTGACTAAAACAAATTATAATTAAATGTATACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATCAACT-
* *** * * * *
70044 GA-AAGAACAGTTCATTTATACTCATACCTTCGAAAATATTATTACTCACTTCAAATGGTTTTAT
380 GACAAGAAAAACCCATTTAT-CT-ATACCTCCCAAAACATTATTACTCACTTCAAATAGTTTTAT
* *
70108 AATCTCATAATCAATCTTAAGTTAAA-TTTTTTATA-TTTTTGATTAAAATATATTATAAC
443 AATCTCATAATCAATCTTAAGTTAAATTTTTTTATAGTTTTAG-TTAAAACATATTATAAC
* * * * * * *
70167 TGAATGTCTA-TTTTAGAAAACGTGATGCGAAAA-CCATCAATTGACAAGAAAGGTCCATTTATA
1 TGAATGTCTACCTTGAG-AAACGTGAAG-AAAAAGCCATCAATTAAAAAGAAAAGTCCATTTATA
*
70230 GTCACTCAAAG-CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
64 GTCACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTG-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
*
70294 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGGCTTAAGAAAC
127 TTAAGTT-AATTTTTTTACATT-TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-GCTTAAGAAAC
* * * * * **
70359 GTAAACAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTGCAGTCACTTAAGCCTTTGAGTGCCT
189 GTAAACAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTACAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCT
* * * *
70424 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTATAAGTTAAATTTTTTTACATTTT
254 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTGAGAATCTCATAATAGATTATAACTTAAATATTTTTACATTTT
* ** * * * * * **
70489 GACCTAAAACAAATTATATTTAAATGTATGGCTCAGAAAGCATGAGGAAAAAGTCGTTTACTGAC
319 GA-CTAAAACAAATTATAATTAAATGTATACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATCAACTGAC
* * * ** *
70554 AAGAAAAACCCATTTATCTATGCCTCCCAAAACCTTGTTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
383 AAGAAAAACCCATTTATCTATACCTCCCAAAACATTATTACTCACTTCAAATAGTTTTATAATCT
* * *
70619 CATAATTAATTTTAATTTAAATTTTTTTATAGTTTTAGTTAAAACATATTATAAC
448 CATAATCAATCTTAAGTTAAATTTTTTTATAGTTTTAGTTAAAACATATTATAAC
* * * * *
70674 TGAGTGTCTGCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATCCATTAAAAAGAAAAGTCCATTTATAGT
1 TGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCAATTAAAAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* ** *
70739 CACTCATGCCTTTGAAAGTATTATTACTTGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAA
66 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * *
70804 GTTAGATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAATGCCTGCCTTAGGAAACATAA
131 GTTA-ATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTG-CTTAAGAAACGTAA
70869 AGCAAAA
193 A-CAAAA
70876 GCCTTCAAAA
Statistics
Matches: 581, Mismatches: 107, Indels: 43
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
505 2 0.00
506 150 0.26
507 111 0.19
508 304 0.52
509 12 0.02
510 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (502 bp):
TGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCAATTAAAAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
GTTAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCTTAAGAAACGTAAACA
AAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTACAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACT
TGCTTTAAATGGTTTGAGAATCTCATAATAGATTATAACTTAAATATTTTTACATTTTGACTAAA
ACAAATTATAATTAAATGTATACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATCAACTGACAAGAAAAA
CCCATTTATCTATACCTCCCAAAACATTATTACTCACTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAATCA
ATCTTAAGTTAAATTTTTTTATAGTTTTAGTTAAAACATATTATAAC
Found at i:71418 original size:170 final size:168
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70864 CATAAAGCAA
* * * * *
70874 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTCATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTC
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTC
* * ** * *
70939 AATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGTCT-TGAGAAACGTGAAGAA
66 AATTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAACTAT--GAAACATGAAGCA
** * * *
71003 AAAACTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
129 AAGTC-ATCCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTC
* ** ** * *
71044 ATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG-TTTATAATCTTATAATTGATTTTATGTTC
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTC
** * *
71108 AATTTTTTTATATATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATTTTAGGAAACAT-ATT
66 AA-TTTTTTATAT-TTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-ACTATGAAACATGA-A
* * * * ** *
71172 GCACAAGCCATCCATTGGCAAGAAATATCCATATATAGTTGCTT
126 GCA-AAGTCATCCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTC
* *
71216 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTC
* * * *
71281 AAGTTTTTTGTATTGTTTGTTAAAATAGATCATAATTAAATGTCTAACTCATGAAACATGAAGCA
66 AA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAACT-ATGAAACATGAAGCA
* **
71346 AAGTCATCCTTTGGA-AAGAAAAATCCATTTATAGTTGCTC
129 AAGTCATCCATT-GACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTC
* * * * * *
71386 ATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTATGTTG
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTC
* * * * * *
71451 AATTGTTTTGTATTTTTTATTACAATATATTATAATTGAATGTCT-ACTTTGAGAAACATTAAGC
66 AATT-TTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAACTAT--GAAACATGAAGC
* * * *
71515 AAAATTCACCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTC
128 -AAAGTCATCCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTC
* * *
71557 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTCT-AATGGTTTTATAATCTGATAATTCATTTTTAGTT
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
71621 TTTTTTTTTT
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AATTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAACTATGAAACATGAAGCAAA
GTCATCCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTC
Found at i:71509 original size:643 final size:637
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70236 CAAAGCTTTG
* * * *
70246 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTCATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
*
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* * ** * **
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* * * * **
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261 AATTAAATGTATAGCTCAGAAAGCATGAGGAAAAAGCCATCCACTGACAAGAAAAACCCATTTAT
* * **
70571 CTATGCCTCCCAAAACCTTGTTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAATT
326 CTAAGCCTCCCAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAATT
* * * * * ** * **
70636 TAAATTTTTTTATAGTTTTAGTTAAAACATATTATAACTGAGTGTCTGCCTTGAGAAATGTGAAG
391 GAAATTTTTTTATAGTTTTAGTTAAAACAGATCATAACTAAATGTCTAACTTCAGAAACATGAAG
* * *
70701 AAAAAGTCATCCATTAAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGTATTATTAC
456 AAAAAGTCATCCATTAAAAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTAC
* * * *
70766 TTGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTTTGGTTAA
521 TTGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAGATTGTTTTATATTTTTGATTAA
*
70831 AATATATTATAACTGAATGCCTGCCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGCCTTCA
586 AATATATTATAACTGAATGCCTACCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGCCTTCA
70883 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTCATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTCATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
* * * * *
70947 ACATTTTTTGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGTCTTGAGAAACGTGAAGA-AAAAACT-A
66 ACATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGGCTTAAGAAACGT-AA-ACAAAAACTCA
* *
71010 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
129 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
* * * * * * * * *
71075 ATGG-TTTATAATCTTATAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTATATATTTTTGA-TTAAAATAG
194 ATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTATAAGTT-AAATTTTTT-TACA-TTTTGACCTAAAACAA
* * ** * * * * * * * *
71138 ATTATAATTGAATGTCTATTTTAGGAAA-CAT-ATTGCACAAGCCATCCATTGGCAAGAAATATC
256 ATTATAATTAAATGTATAGCTCA-GAAAGCATGA-GGAAAAAGCCATCCACTGACAAGAAAAACC
*** * *
71201 CATATATAGTTGCTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
319 CAT-T-TA--T-C-TAAGCCTCCCAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
71266 ATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTGTATTG-TTT-GTTAAAATAGATCATAATTAAATGTCTAAC
378 ATTAATTTTAA-TTGAAATTTTTT-TATAGTTTTAGTTAAAACAGATCATAACTAAATGTCTAAC
* * ** **
71329 -TCATGAAACATGAAG-CAAAGTCATCCTTTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGTTGCTCATGCCT
441 TTCA-GAAACATGAAGAAAAAGTCATCCATTAAAAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATGCCT
*
71392 TCGAAAGCATTATTACTCAT-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTATGTT-GAATT
505 TCGAAAGCATTATTACT--TGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAG-ATT
* * * * * * *
71455 GTTTTGTATTTTTTATTACAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTTGAGAAACATTAAGCAAAA
567 GTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAACTGAATGCCTACCTTAG-GAAACATAAAGCAAAA
71519 TTCACCCATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (637 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTCATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
ACATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGGCTTAAGAAACGTAAACAAAAACTCATT
CATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
GGTTTTAGAATCTCATAATTGATTATAAGTTAAATTTTTTTACATTTTGACCTAAAACAAATTAT
AATTAAATGTATAGCTCAGAAAGCATGAGGAAAAAGCCATCCACTGACAAGAAAAACCCATTTAT
CTAAGCCTCCCAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAATT
GAAATTTTTTTATAGTTTTAGTTAAAACAGATCATAACTAAATGTCTAACTTCAGAAACATGAAG
AAAAAGTCATCCATTAAAAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTAC
TTGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAGATTGTTTTATATTTTTGATTAA
AATATATTATAACTGAATGCCTACCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGCCTTCA
Found at i:71563 original size:341 final size:342
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Period size: 341 Copynumber: 10.7 Consensus size: 342
70864 CATAAAGCAA
* * * * *
70874 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTCATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTC
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTC
* * * * ** * *
70939 AATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGTCTTGAGAAACGTGAAGAAA
66 AATTTTTTACATTGTTTGTTAAAATAGATCATAATTAAATGTCTAACTTCAGAAACATGAAGAAA
* * * * **
71004 AAACTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTG
131 AAACTATCCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCA
* * *
71069 CTTTAAATGGTTTATAATCTTATAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTATATATTTTTGATTAAA
196 CTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATCGATTTTATGTTCAATTGTTTTATATATTTTTGATTAAA
* * * * *
71134 ATAGATTATAATTGAATGTCTATTTTAGGAAACATATTGCACAAGCCATCCATTGGCAAGAAATA
261 ATAGATTATAATTGAATGTCTATTTGAGGAAACATATAGCAAAAGCCACCCATTGACAAGAAATA
* ** *
71199 TCCATATATAGTTGCTT
326 TCCATATACAGTCACTC
* *
71216 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTC
** *
71281 AAGTTTTTTGTATTGTTTGTTAAAATAGATCATAATTAAATGTCTAAC-TCATGAAACATGAAGC
66 AA-TTTTTTACATTGTTTGTTAAAATAGATCATAATTAAATGTCTAACTTCA-GAAACATGAAGA
** * ** * *
71345 AAAGTC-ATCCTTTGGA-AAGAAAAATCCATTTATAGTTGCTCATGCCTTCGAAAGCATTATTAC
129 AAAAACTATCCATT-GACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTAC
* * *
71408 TCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTATGTTGAATTGTTTTGTAT-TTTTT-AT
193 TCACTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATCGATTTTATGTTCAATTGTTTTATATATTTTTGAT
* * **
71471 TACAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTGA-GAAACAT-TAAGCAAAATTCACCCATTGACAA
257 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-TTTGAGGAAACATAT-AGCAAAAGCCACCCATTGACAA
*
71534 GAAA-AGTCCATTTACAGTCACTC
320 GAAATA-TCCATATACAGTCACTC
* * *
71557 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTCT-AATGGTTTTATAATCTGATAATTCATTTTTAGTT
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-T
*** * * * * * ** * * *
71621 TTTTTTTTTTACATT-TTTGGTTGAAACA-ATGTATATTTGAATGTCTGCCTT-GGAAAACGTAA
64 TCAATTTTTTACATTGTTT-GTTAAAATAGAT-CATAATTAAATGTCTAACTTCAG-AAACATGA
* * * * ** * * * * *
71683 AGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAATGTCTATTTACAGTCATCCATGCCTTTAAAAGCCTTATT
126 AGAAAAAACTATCCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTA-T
* * ***** * * * * ** * *
71748 TACCTTAGGAAACTTGAAATAAAAGACATTCATTGGAGAGAAAAGTTCATTTATAG-TCACTTAT
190 TA-C-T----CACTTTAAATGGTTTATAATC--T---CATAATCGAT--TTTAT-GTTCA-AT-T
** * * * * * *
71812 GCCTTCAAAAATATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAGTAATCTCGTAAT-TC-ATTTTAAGTGG
239 G--TT-TTATATATT-TT--T-GATTAAAATAGATTA-TAAT-T-G-AATGTCTA-TTT--GAGG
* * * * * * * * *
71875 AATTGTTTTACATTTTTGCTTAAAA--CA--GATT-ATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACGTG
290 AA-------ACA-TATAGC--AAAAGCCACCCATTGACAA--GAA-ATAT-CCATA-TACA-GT-
* ***
71935 AAGAAA
338 CA-CTC
* * *
71941 AAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCGAAGCCTTATTACTCT
1 AAGCC-----TT--C--G-AAAG-CC--TTAT--T-----A---C-T-C--A--CTT-TAAAT-G
* * * *
72006 CTTTAAATAGTTTTATAATCTTATTAA-TGAATTTAAGTTGAATTGTTTTA-AGTT-TTTGGTTA
35 GTTT---TA----T--AATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTACA-TTGTTT-GTTA
* * * * * ** * * * * * **
72068 AAATAGATTATATTTGAGTGTTTGCCTTAAGAAACGTAAAG-AAAAAGTCATTCATTGGTAAGAA
87 AAATAGATCATAATTAAATGTCTAACTTCAGAAACATGAAGAAAAAACT-ATCCATTGACAAGAA
* * * * *
72132 AAGTCTATTTAGCA-TCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
151 AAATCCATTTA-TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGG-TTTATAAT
* * * * * * * * *
72196 CTCCTACTTGATTTTAAGTTTAATT-TTTT-TATACTATTGGTAAAAATAGATTATAATTGAATG
214 CTCATAATCGATTTTATGTTCAATTGTTTTATATATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATG
** * * * * * * * * * *
72259 TCTACCAT-AGGAAACATAGAGTAAAAGCCATCTATTCGA-GAGAGAA-GTGCATTTATATTCAC
279 TCTA-TTTGAGGAAACATATAGCAAAAGCCACCCATT-GACAAGA-AATATCCATATACAGTCAC
72321 TC
341 TC
* * * * *
72323 ATGCATTCGAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * *
72388 CAATTTTTTAAAGTTTTTTGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTCT-ACCTCAGAAACATGAA-A
65 CAATTTTTTACA-TTGTTTGTTAAAATAGATCATAATTAAATGTCTAACTTCAGAAACATGAAGA
* * * * * * * *
72451 AAATACCATTCATTGACATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTTACCTTCAAAAGCCTTATTACT
129 AAAAACTATCCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACT
* * * * * * * *
72516 CGCTTTAAATAGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TCTTTATAT-TGTTTG-T
194 CACTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATCGATTTTATGTTCAATTGT-TTTATATATTTTTGAT
* * * * * ** *
72578 TAAAATAGATTATAATTGGATGTCTATCTCA-GAAAAACTAAAG-TGAAGCCATCCATTGACAAG
257 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATTTGAGGAAACA-TATAGCAAAAGCCACCCATTGACAAG
* *
72641 AAA-ACTCTACT-TACAGTCACCC
321 AAATA-TCCA-TATACAGTCACTC
** * * * *
72663 ATA-CCTTCGAAAATCTCATTATTCGCTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 A-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * *
72727 GAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACCTCAGGAAACCT-AA-
65 CAA-TTTTTTACATTGTTTGTTAAAATAGATCATAATTAAATGTCTAACTTCA-GAAACATGAAG
* * * ** * *
72789 AACCAAATAC-ATCCATTGGA-GAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTATGCATTCGAAAGCATTA
128 AA--AAA-ACTATCCATT-GACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTA
* * * * * * *
72852 TTGCTCTCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAGTT-TTTT-TATATTT
189 TTACTCACTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATCGATTTTATGTTCAA-TTGTTTTATATATTT
*** * * * ***
72914 TT-ACTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAATATGA-AGAAAAAGCCATTTATT
252 TTGA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATTTGAGGAAACAT-ATAGCAAAAGCCACCCATT
* * * * *
72977 GGCAAGAGAA-GTCTATTTACAGTCACCC
315 GACAAGA-AATATCCATATACAGTCACTC
* * * * * *
73005 ATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTTATTAA-TGAATTTAAGTT
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * *
73069 GAATTGTTTTA-AGTT-TTTGGCTAAAATAGATTATATTTAAGTGTCT-GCTTGAAGAAACGTGA
65 CAATT-TTTTACA-TTGTTT-GTTAAAATAGATCATAATTAAATGTCTAACTT-CAGAAACATGA
* * * * * ** * *
73131 ACAAAAAGCCATTCATT-AGCAA-AAAAAGTCTATTTATCA-TCACCCATATCTTTAAAAGCTTT
126 AGAAAAAACTATCCATTGA-CAAGAAAAA-TCCATTTAT-AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATT
* * * * * * * *
73193 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTATAATCTCCTAATTGATTTCAAGTTTAATT-TTTT-TATACTGT
188 ATTACTCACTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATCGATTTTATGTTCAATTGTTTTATATATTTT
* *** * * *
73256 TGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCAT-AGGAAACATGA-AGCAAAAGCTATCTATTA
253 TGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-ATTTGAGGAAACAT-ATAGCAAAAGCCACCCATT-
* * * * *
73319 GAGACA-AAA-GTGCATTTATAGTCACTC
315 GACA-AGAAATATCCATATACAGTCACTC
* * * * * *
73346 ATGCATGCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAG-TC
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTC
* * ** * * * *
73410 ATTTTTTTAACCTT-TTCATTAGAAA-AGATTATAATTGAATGCCT-ACCTCAGAAAACATGAA-
66 AATTTTTT-ACATTGTTTGTTA-AAATAGATCATAATTAAATGTCTAACTTCAG-AAACATGAAG
* * * * * * * * * *
73471 AAAATACCATTCATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTTACCTTCGAAAGCCTTATTAC
128 AAAAAACTATCCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTAC
* * * * *
73536 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTT-TGTATTGTTTG-
193 TCACTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATCGATTTTATGTTCAATTGTTTTATATATT-TTTGA
* * * ** * * *
73598 CTAAAATAGATTATAATTGGATGTCTACCTTG-GGAAA-AGTGA-AATAAAAGCCATCTATTGGC
256 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-TTTGAGGAAACA-T-ATAGCAAAAGCCACCCATTGAC
* * * *
73660 AAGAAA-ATCTATTTACAGTTACCC
318 AAGAAATATCCATATACAGTCACTC
* * * * * * *
73684 ATGCCTTCGAAATCCTCATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTG
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTC
* * * * * * * *
73749 ATTTTTTTTACCTTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACCTCAAGAAACCTGAA-A
66 A-ATTTTTTACATTGTTTGTTAAAATAGATCATAATTAAATGTCTAACTTC-AGAAACATGAAGA
* * * * * * * * **
73812 CCAAAGAC-ATTCATTGGA-GAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCATTCGGAAGCATTATT
129 --AAAAACTATCCATT-GACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATT
* ** * * ** * ** *
73875 ACTCGCTTTAAATAATCTTGTAATTTCATAATTAATTTTAAGTGAAATT-TTTT-TACATTTTTG
191 ACTCACTTTAAATGGT-TTATAATCTCATAATCGATTTTATGTTCAATTGTTTTATATATTTTTG
* * * ** * ** * *** *
73938 CTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTCAGGAAATGTGA-AG-AAAAGCAATTTATTTG-T
255 ATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATTTGAGGAAACAT-ATAGCAAAAGCCACCCA-TTGAC
* *
74000 AAGAAA-AGTCTATTTACAGTCACTC
318 AAGAAATA-TCCATATACAGTCACTC
* * * * *
74025 ATA-CCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATTAA-TGAATTTAAGT
1 A-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGT
* * ** * * * * * * * * * *
74088 TGAGTTTTGTTATGTTTTTTGTTAAAATAGCTTATATTTGAGTGTAT-GCCTCAAGAAATATGAA
64 TCAATTTT-TTACATTGTTTGTTAAAATAGATCATAATTAAATGTCTAACTTC-AGAAACATGAA
* * * * * * * ** * *
74152 -AAAAAAGTCATTCAATGGC-AG-CAAATCTATTTATCA-TCACCCATGCTTTTGAAAGCCTTGT
127 GAAAAAACT-ATCCATTGACAAGAAAAATCCATTTAT-AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTAT
* * ** ** * * * *
74213 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTTGATT-TTCT-CATACTGTT
190 TACTCACTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATCGATTTTATGTTCAATTGTTTTATATATTTTT
* * ** *
74276 -AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAAGGTGA-AGCAAAAGCCATCCATTT
254 GA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-TTTGAGGAAACAT-ATAGCAAAAGCCACCCA-TT
* *
74338 GAGAA-AAA-AGTCCACT-TATAGTCACTC
315 GACAAGAAATA-TCCA-TATACAGTCACTC
* * * ** * * * * * *
74365 ATGCATTCAAAAGTATTATTACTCGCTTTAATTAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAACTTG
1 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTC
* * * * ** *
74430 AATATTTTTACATT-TTTAGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGGAAACGTGAA-
66 AAT-TTTTTACATTGTTT-GTTAAAATAGATCATAATTAAATGTCTAACTTCA-GAAACATGAAG
* * * *
74492 AAAAATACTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTT-ACAAAGCCTTATT
128 AAAAA-ACTATCCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA-AAAGCATTATT
** ** * *
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AAACTATCCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCA
CTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATCGATTTTATGTTCAATTGTTTTATATATTTTTGATTAAA
ATAGATTATAATTGAATGTCTATTTGAGGAAACATATAGCAAAAGCCACCCATTGACAAGAAATA
TCCATATACAGTCACTC
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*
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* * * * *
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**
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* * * * * *
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*
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* * * * * *
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* * * *
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* ** * * * ** * * * *
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130 ATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAG-AAAAGTGAAGAAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * ** * * * *
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* *
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* * *
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* ** * * * *
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* **
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* * * *
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* * * * *
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192 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCA
* * * * *
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* *
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* * ** ** *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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130 ATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAA-AGTGAAGAAAAAGCCATCTATTGGCA-AGAAAAGTC
* * * * * *
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193 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * ** *
73396 ATTGATTTTAAG-TCATTTTTTTAACCTTTTCATTAGAAAAGATTATAATTGAATGCCTACCTC-
258 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAA--TTTTTGTTA-AAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
* * *
73459 AGAAAACATGAAAAAATAC
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* * * *
73478 CATTCATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTTACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
73543 AAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTGTATTGTTT-GCTAAAATAG
66 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTTGGTTAAAATAG
* * ** *
73607 ATTATAATTGGATGTCTACCTTGGGAAAAGTGAA-ATAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAA-TCT
130 ATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAAAGTGAAGA-AAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * *
73670 ATTTACAGTTACCCATGCCTTCGAAATCCTCATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAA
194 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* ** * *
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259 TTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTA--ATTTTTGTTAAAA-AGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
* * *
73800 AGAAACCTGAAACCAAA-GA
320 AGAAACGT-AAA-AAAATGC
* * * * *
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1 CATTCATTGGCA-AGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * * * * *
73882 TTAAATAATCTTGTAATTTCATAATTAATTTTAAG-TGAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAAC
64 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * * * * *
73946 AGATTATAATTGAATGCCTACCTCAGGAAATGTGAAG-AAAAGCAATTTATTTGTAAGAAAAGTC
128 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * *
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* * * * * * * * *
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** * *
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* * * * *
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1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT-AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * * * *
74222 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTTG-ATTTTCTCATACTGTTAGTTAAAACA
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* * * * *
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* * * * ** * *
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* * * *
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257 AATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTA-ATTTTT-GTTAAAA-AGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * *
74479 TAGGAAACGTGAAAAAAATAC
318 CAAGAAACGT-AAAAAAATGC
* * *
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1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTT-CGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * ** ** * * *
74564 TAAATAATTTTATAATTTCATAATTGA-TTTAAGTTAAAGATTTACACATTTTTAGTTAAAACAG
65 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAG
* * * * ** * * * * *
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130 ATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAAAGTGAAGAA-AAAGCCATCT-ATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * * ** * *
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193 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
** * *
74756 ATT-ATTTTTAAGTTAAATTTCCTTTTAAATTGTCGGTTAAAATAGATT-TCAATTGAATAT-TT
258 ATTGA-TTTTAAGTTAAA-TT--TTTT-AATT-TTTGTTAAAA-AGATTAT-AATTGAATGTCTA
* * *
74818 GCT-ATAAAAACGTGAAGCAAAA-GC
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* * * * * * * ** * *
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1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
74907 AAATAATTTTACAATCTAATTATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTGCTTAAAATAGA
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* * * * *******
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**************************************** * *
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* * * * * * * *
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253 TCA-TAATTGATTTTAAGT-TAAATTTTTTA-ATTTTT-GTTAAAA-AGATTATAATTGAATGTC
* * *
75164 TACCTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGC
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* * * * * * * *
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* * *
75254 TAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGA-TTTAAGTTGAATTCTTTTATATTGTTGGTTAAAATAG
65 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAG
* * * *
75318 ATTATAATTGAATGT-TTCCTTCAAGAAAAGTGCAGCAAAAGCCATCTATTGGTAAGAAAAGTCC
130 ATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * * * * *
75382 ATTTATAGTCGCCCATACATTTGAAAGCCTTATTACTAGTTTTAAATGGTTTTGTAATTTCATAA
194 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
75447 TTGATTTTAAGTTAAATTCTTTAATATATTTGCTTAAAAAAATTTAAAATTGAATGTCTCCCTCA
259 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAAT-T-TTTG-TTAAAAAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTCA
*
75512 AGAAATGTAAAGAAAATGC
320 AGAAACGTAAA-AAAATGC
* * ** * *
75531 CATTCATTGGCAACAAAAATCTATTTGCCA-TCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTATTCGCTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT-ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * * *
75595 TAAATAGTTTTATAATCTTATTAA-TGAATTTAAGTTGAGTTTTGTTATGTTTTTTGTTAAAACA
65 TAAATAGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATA
* * * * * *
75659 GATTATATTTGAGTGTATGCCTCAAGAAATA-TGAAGAAAAAGCCAT-TCAATGGCAACAAAAAG
129 GATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAA-AGTGAAGAAAAAGCCATCT-ATTGGCAA-GAAAAG
* * * *
75722 TCTATTTATCA-TCGCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTC
191 TCCATTTAT-AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
** * * * *
75786 ATAATTGATTTTAAGTTTGATTTTTTCATATTGTTAGTTAAAAAAAATTATAATTGAATGTTTGC
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* * * *
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* * * * * * ** *
75874 CATCCATTTG-AGAGAAAAGT-TCACTTATAGTCACTCATGCATTTGAAAGTATTATTACCCGCT
1 CATTCATTGGCA-AGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * * * ** *
75937 TTAATTAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAACTTGCATATTTTTACATTTTTTATTAAAACA
64 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATA
* * **
76002 GATTATAATTAAATGTCTGCCTT-AGAAAATGTGAAGCAAACA-CCAT-TCATTGATAAGAAAAG
129 GATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAAA-GTGAAG-AAAAAGCCATCT-ATTGGCAAGAAAAG
* * ** *
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGA
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Done.