Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397869.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1173.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3136
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.10, T:0.30
Warning! 516 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1309 original size:174 final size:171
Alignment explanation
Indices: 958--1320 Score: 365
Period size: 174 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
948 NNNNNNNTCG
* *
958 CTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTATACTTTTAGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATGCCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTATACTTTTAGTTAAAA
* ** * * * * * *
1023 TAGACTATAATTGAATTTCTACCTTGATAAACGTAAATAAAAAAGTACTCATTGATAAGAAAAAT
66 CAGACTATAATTGAACGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAAGCACTCATGGATAAGAAAAAT
* *
1088 CCATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATCAATCC
131 CCATTTAAAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATCAATCA
* * *
1129 CTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAAATTGATTTTATGTTGAAATTT-TTTTTATTTTTATGGT
1 CTTTAAATGGTTTTATAATGC-C-AAAATTGATTTTAAGTTG-AATTTATTTATACTTTTA--GT
* * * * * *
1192 TAAAACATATTATAATTGAACGTCTATCTCGAGAAACATAAAGAAAAGAGCATTCATGGGTAAGA
61 TAAAACAGACTATAATTGAACGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAAGCACTCATGGATAAGA
* * ** * * * *
1257 GAAGTCCATTTAAAGTCGA-CCATTTTTTTAAAAGTCTTATTACTCA
126 AAAATCCATTTAAAGTC-ACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATCAATCA
*
1303 CTTTAAA-AGTTTTATAAT
1 CTTTAAATGGTTTTATAAT
1321 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 155, Mismatches: 31, Indels: 10
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 19 0.12
172 26 0.17
173 15 0.10
174 93 0.60
175 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATGCCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTATACTTTTAGTTAAAA
CAGACTATAATTGAACGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAAGCACTCATGGATAAGAAAAAT
CCATTTAAAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATCAATCA
Found at i:2149 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 1792--3136 Score: 1231
Period size: 172 Copynumber: 7.8 Consensus size: 172
1782 NNNNNNNNNN
* * * * *
1792 TTACTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTGAATTT-AAGTTC
1 TTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG-ATTTAAATTTG
* * * * * * *
1856 AAATTTTTTTAC-TTTTCTTGTAAAAACATATTATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACATAAAG
65 AAATCTTTGTACATTTT-TAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAG
** * * * * *
1920 AAGTAAGCATTCATAGACAAGAGAAGTCCATTTAAAGTAACCCA
129 AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
*
1964 TTCCTGT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTG
1 TTACT-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTG
* * * *
2028 AAATCTTTGCACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTC-AGAAAAATTAAG
65 AAATCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATAAAG
* ** * *
2092 AAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTGTTTATGGTCACCTA
129 AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * * * *
2136 TTACTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCAAAATTGATTTTAAGTTCA
1 TTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGA
* * * * * *
2201 AATTTTTTTAC-TTTTCTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTAGCTCAAGAAACATAAAGA
66 AATCTTTGTACATTTT-TAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGA
** * * *
2265 AGTAAGCATTCATAGGTAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCA
130 AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * *
2308 TTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTTAAATTTGA
1 TTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGA
* * * * ** *
2373 AATCTTTGCACATTTTTAGTTAAATCAGA-TGAGAATCGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
66 AATCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGA
**
2437 AAAAA-CATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
130 AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * **
2479 -TACCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTGTAAT-TCCATAATTAATTT-TGTAT
1 TTA-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CAAAATTGATTTAAAT-T
* * * * * * *
2541 T-AAATTTTTTATACATTTTTTG-TCAAATAGACTAAAATTAAATGTCTACCTCAAGAAA-AGTA
63 TGAAA-TCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACA-TA
* * *
2603 AAG-AAAAAGACATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAATCACTCA
126 AAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * *
2650 TTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCAGTTTAAGTTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTG-
1 TTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGA
* * ** * ** *
2714 TATCCTTTGTACATTTCTAGTTAAAACAGACTGGAATTGAATATCTACCTTGAG-AACTATGAAG
66 AAT-CTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC-ATAAAG
* * * ** * *
2778 AAAAAACCATTCGTTGACAAGAAAAGTGTACTTATAGTCACTCA
129 AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * * *
2822 -TACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTGTAATAC-CATAATTGATTTTAAGTT
1 TTA-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTT
* * * * * * * *
2885 GAATTTTTTTTTATATTTTTGGTT-AAACAGACTGTAGTTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAA
64 GAA-ATCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAA
* **
2949 GAAAAAGGCATTCATTGGCAA-AAAAGGACATTTATAGTCACCCA
128 GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * *
2993 TT-CTTTCAAGAGCCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAAATTGATTTAAATTTG
1 TTAC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTG
* * * * * ** * *
3057 AATTCTTTATACATTTTTGGGTAAAGCAGACTAGGATTGATTGTCTACCTTC-AGAAACATGAAG
65 AAATCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATAAAG
*
3121 AAAAAAGTATTCATTG
129 AAAAAAGCATTCATTG
Statistics
Matches: 941, Mismatches: 196, Indels: 73
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 55 0.06
171 316 0.34
172 529 0.56
173 34 0.04
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
TTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGA
AATCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAA
AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
Found at i:2419 original size:344 final size:343
Alignment explanation
Indices: 1795--3136 Score: 1550
Period size: 344 Copynumber: 3.9 Consensus size: 343
1785 NNNNNNNTTA
*
1795 CTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTAAATGGTTTTAT-ATTCTCAAAATTGAATTTAAGTTCAAA
1 CTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATTC-CAAAATTGATTTTAAGTTCAAA
* * * * * *
1859 TTTTTTTACTTTTCTTGTAAAAACATATTATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACATAAAGAAGT
65 TTTTTTTACTTTTCTTGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAA-A
* * * * *
1924 AAGCATTCATAGACAAGAGAAGTCCATTTAAAGTAACCCATTCCTGTAAAAGCCTTATTACTCAC
129 AAGCATTCATAGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCAC
*
1989 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAATCTTTGCACATTTTTGGTTAAAA
194 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAATCTTTGCACATTTTTAGTTAAAA
* * * * *
2054 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAAAATTAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGT
259 CAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGT
* *
2119 CTGTTTATGGTCACCTATTA-
324 CTATTTATAGTCACCTA-TAC
*
2139 CTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTAAATAGTTTTAT-ATTCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAA
1 CTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATTC-CAAAATTGATTTTAAGTTCAAA
* * * * *
2203 TTTTTTTACTTTTCTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTAGCTCAAGAAACATAAAGAAGT
65 TTTTTTTACTTTTCTTGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAA-A
* * *
2268 AAGCATTCATAGGTAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCCC
129 AAGCATTCATAGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCAC
* *
2333 TTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTTAAATTTGAAATCTTTGCACATTTTTAGTTAAAT
194 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAATCTTTGCACATTTTTAGTTAAAA
* * *
2398 CAGA-TGAGAATCGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAA-CATTCATTGATAAGAAAAG
259 CAGACT-AGAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAG
* *
2461 TCCATTTATAGTCACCCATAC
323 TCTATTTATAGTCACCTATAC
* ** * * * *
2482 CTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTGTAATTCCATAATTAATTTT--GTATTAAA
1 CTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATTCCAAAATTGATTTTAAGT-TCAAA
* * *
2545 TTTTTTATACATTTT-TTG-TCAAATAGACTAAAATTAAATGTCTACCTCAAGAAA-AGTAAAGA
65 TTTTTT-TAC-TTTTCTTGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACA-TAAAGA
* * * * * *
2607 AAAAGACATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACT
127 AAAAG-CATTCATAGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
2672 CAGTTTAAGTTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTG-TATCCTTTGTACATTTCTAGTT
191 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAAT-CTTTGCACATTTTTAGTT
* * * * *
2736 AAAACAGACTGGAATTGAATATCTACCTTGAG-AACTATGAAGAAAAAACCATTCGTTGACAAGA
255 AAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAGAAAC-ATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGA
* *
2800 AAAGTGTACTTATAGTCA-CTCATAC
319 AAAGTCTATTTATAGTCACCT-ATAC
* * * * * * * * *
2825 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTGTAATACCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
1 CTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATTCCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-A
* * * *
2890 TTTTTTTA-TATTT-TTGGTT-AAACAGACTGTAGTTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAA
65 TTTTTTTACT-TTTCTT-GTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAA
* ** * *
2952 AAAGGCATTCATTGGCAA-AAAAGGACATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAGAGCCTTAATACT
128 AAA-GCATTCATAGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACT
* * ** * *
3015 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTATACATTTTTGGGTA
191 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAATCTTTGCACATTTTTAGTTA
* * * *
3080 AAGCAGACTAGGATTGATTGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTG
256 AAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTG
Statistics
Matches: 863, Mismatches: 111, Indels: 49
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 11 0.01
342 196 0.23
343 297 0.34
344 348 0.40
345 11 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (343 bp):
CTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATTCCAAAATTGATTTTAAGTTCAAAT
TTTTTTACTTTTCTTGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAA
GCATTCATAGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTT
TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAATCTTTGCACATTTTTAGTTAAAACA
GACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCT
ATTTATAGTCACCTATAC
Found at i:2802 original size:514 final size:514
Alignment explanation
Indices: 1795--3136 Score: 1357
Period size: 514 Copynumber: 2.6 Consensus size: 514
1785 NNNNNNNTTA
* * * * *
1795 CTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTGAATTTAAGTTCAAAT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTG-ATTTAAGTTGAAAT
* * * * * * * *
1860 TTTTTTAC-TTTTCTTGTAAAAACATATTATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACATAAAGAAGT
65 TTTTTTACATTTT-TAGT-TAAACAGATGAGAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAA-A
* * * *
1924 AAGCATTCATAGACAAGAGAAGTCCATTTAAAGTAACCCATTCCTGT-AAAAGCCTTATTACTCA
127 AAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCA
* *
1988 CTTTAAATGGTTTTATAA-TCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAATCTTTGCACATTTTTGGTTAA
191 CTTTAAATGGTTTTATAATTCTCAAAATTAATTTAAATTTGAAATCTTTACACATTTTTGGTTAA
* * * * *
2052 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAAAATTAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAA
256 AACAGACTAAAATTAAATGTCTACCTTCAGAAAAATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAA
** ** *
2117 GTCTGTTTATGGTCACCTATTACTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTAAATAGTTTTATATTCTC
321 GTCCATTTATAATCACCTATTACTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTAAATAGTTTTATAATCTC
* * * * * * * *
2182 AAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACTTTTCTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTA
386 AAAATTGATTTTAAATTCAAATCTTTGTACATTTCTAGTTAAAACAGACTAGAATTAAATATCTA
* ** * ** * *
2247 GCTCAAGAAACATAAAGAAGTAAGCATTCATAGGTAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATTC
451 CCTCAAGAAACATAAAGAAAAAACCATTCATAGACAAGAAAACTCCACTTATAGTCACCCATAC
* * *
2311 CTTTAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTTAAATTTGAAAT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTT-AAGTTGAAAT
* ** * * *
2376 CTTTGCACATTTTTAGTTAAATCAGATGAGAATCGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
65 TTTTTTACATTTTTAGTTAAA-CAGATGAGAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAA
* * * *
2441 ACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTT
129 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * ** * * * *
2506 TAAATGGTTTTGTAATTC-CATAATTAATTT-TGTATT-AAATTTTTTATACATTTTTTG-TCAA
194 TAAATGGTTTTATAATTCTCAAAATTAATTTAAAT-TTGAAA-TCTTTACACATTTTTGGTTAAA
* *
2567 ATAGACTAAAATTAAATGTCTACC-TCAAGAAAAGTAAAG-AAAAAGACATTCATTGGCAAAAAA
257 ACAGACTAAAATTAAATGTCTACCTTC-AGAAAAATAAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAAAAA
* * * * * * *
2630 AGTCCATTTATAATCA-CTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCAGTTTAAGTTGTTTTATAATC
320 AGTCCATTTATAATCACCT-ATTACTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTAAATAGTTTTATAATC
*** * *
2694 TCAAAATTGA-TTTAAATTTGTATCCTTTGTACATTTCTAGTTAAAACAGACTGGAATTGAATAT
384 TCAAAATTGATTTTAAATTCAAAT-CTTTGTACATTTCTAGTTAAAACAGACTAGAATTAAATAT
** * * * * ** *
2758 CTACCTTGAG-AACTATGAAGAAAAAACCATTCGTTGACAAGAAAAGTGTACTTATAGTCACTCA
448 CTACCTCAAGAAAC-ATAAAGAAAAAACCATTCATAGACAAGAAAACTCCACTTATAGTCACCCA
2822 TAC
512 TAC
* * * * * *
2825 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTGTAATACCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGA-TTTAAGTTGAA-A
* *
2890 TTTTTTTATATTTTTGGTTAAACAGACTGTAG--TTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAA
64 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAACAGA-TG-AGAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAA
* ** * * *
2953 AAGGCATTCATTGGCAA-AAAAGGACATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAGAGCCTTAATACTCA
127 AA-GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
3017 CTTTAAATGGTTTTATAA-TCTAAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTATACATTTTTGGGTAA
191 CTTTAAATGGTTTTATAATTCTCAAAATTAATTTAAATTTGAAATCTTTACACATTTTTGGTTAA
* ** * * * * *
3081 AGCAGACTAGGATTGATTGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTG
256 AACAGACTAAAATTAAATGTCTACCTTCAGAAAAATAAAGAAAAAAGCATTCATTG
Statistics
Matches: 668, Mismatches: 135, Indels: 47
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
513 24 0.04
514 359 0.54
515 177 0.26
516 104 0.16
517 4 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (514 bp):
CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTTAAGTTGAAATT
TTTTTACATTTTTAGTTAAACAGATGAGAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGC
ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
AATGGTTTTATAATTCTCAAAATTAATTTAAATTTGAAATCTTTACACATTTTTGGTTAAAACAG
ACTAAAATTAAATGTCTACCTTCAGAAAAATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCA
TTTATAATCACCTATTACTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAAT
TGATTTTAAATTCAAATCTTTGTACATTTCTAGTTAAAACAGACTAGAATTAAATATCTACCTCA
AGAAACATAAAGAAAAAACCATTCATAGACAAGAAAACTCCACTTATAGTCACCCATAC
Done.