Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397872.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1176.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 30892
ACGTcount: A:0.29, C:0.10, G:0.10, T:0.29
Warning! 6857 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:499 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 33--1356 Score: 552
Period size: 171 Copynumber: 7.8 Consensus size: 168
23 CTAAGTAAAA
** * ** *
33 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAGTAAAAAGTGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATC
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA--ATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAAATC
* * **********
98 ATAAAACATTTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTT-GAAAGAATGNNNNNNNNNNAATGGACTTTTC
64 ATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGGAAAGAATGGGTGCCTATAAATGGACTTTT-
* * * * * ** ** *
162 TTGCCAACGAATA-CATTTTTCTTCGCGTTTCTCTAAGTGAA-A
127 TTCCCAATGAGTAGC-TTTTTGTGCATGTTTCTC-AAGACAAGT
* * * * * *
204 ATTTAATTATAGTCTATTTTAGCCAAAAATTTAAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTAGGAAAT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTA-ACAAAAA-ATAAAAAAA-ATCAACTTAAAATCAATTATGAAAT
* * * *********** *
269 TATAAAATAATTTCAAGCGAGTAATAANNNNNNNNNNGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT
63 CATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGGAAAGAATGGGTGCCTATAAATGGACTTTTT
*
334 TCCCAGTGAGTAGCTTTTTGTGCATGTTTCTCAAGACAAGT
128 TCCCAATGAGTAGCTTTTTGTGCATGTTTCTCAAGACAAGT
* *
375 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGAAAAACAAATACAGCTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAT-AAAAA-AAAT-CAACTTAAAATCAATTATGAAAT
* **********
440 CATAAAACATTTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTT-GAAAGAATGNNNNNNNNNNAATGGACTTTT
63 CATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGGAAAGAATGGGTGCCTATAAATGGACTTTT
* * * ** * * * *
504 CTTGCCAACGAATATATTTTTTTTCACGTTTCTCCAAGTA-AA-A
127 -TTCCCAATGAGTAGCTTTTTGTGCATGTTTCT-CAAG-ACAAGT
* * * * * *
547 ATTTAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTA-ACAAAAA-ATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAAATC
* * *
612 ATAAAATAATTTCAAGCGAGTAATAAGGTTTTGGAAGGAATGGGTGCCTATAAATGGACTTTTTT
64 ATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGGAAAGAATGGGTGCCTATAAATGGACTTTTTT
* * * * *
677 CTCAATAAGTAGCTTTCTGTGTATGTTTCTCAAGACAGGT
129 CCCAATGAGTAGCTTTTTGTGCATGTTTCTCAAGACAAGT
* ******
717 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAAAAATCAACTTAAAGTCAATTATGNNNNNN
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAT-AAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAAATCA
**** * * ** * * *
782 NNNNACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCGAAAGAATGAGTGACTATAAATCGACTTTTTTT
65 TAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGGAAAGAATGGGTGCCTATAAATGGAC-TTTTTT
* * * * * ** * * * *
847 CTCAATAACT-GATTTTTGTTACACATTTTTGAAGGCAAGC
129 CCCAATGAGTAGCTTTTTG-TGCATGTTTCTCAAGACAAGT
* * * * * * * * ** *
887 ATTTAATTATAGTCTGTTTCAACCATAAATGCAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTTTGGGATT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAT--AAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAAATC
* ** * * * * * *
952 ATAAAATAATTTAAAATGAATAATAA-GTCTTT-TAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGAGTTTT
64 ATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGT-TTTGGAAA-GAATGGGTGCCTATAAATGGACTTTT
* * * * * ** ** *
1015 CTTACTAAT--GTATGCATTTTTTTTCATGTTTGTTGAGGTAAAT
127 -TTCCCAATGAGTA-GC-TTTTTGTGCATGTTTCTCAAGACAAGT
* * * * ** *
1058 ATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAACTAAACTTAAAATTAATTATGAGTTT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAA-ATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAAATC
* ********** * *
1123 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAANNNNNNNNNNGAAGGAATGGGTGACC-ATAAATGGAATTTTC
64 ATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGGAAAGAATGGGTG-CCTATAAATGGACTTTT-
* * * * * *
1187 TTCTCAATGAATAGTTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGCAAGC
127 TTCCCAATGAGTAGCTTTTTGTGCATGTTTCTCAAGACAAGT
* * ** *
1229 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAT--------T-AACTTAATATCAATTTTGTGATTAT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAAATCAT
* * *
1285 AAAATAATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTT--AAATGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
66 AAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGGAAA-GAATGGGTGCCTATAAATGGACTTTT-T
*
1348 TACCAATGA
128 TCCCAATGA
1357 TTGCCTTTTT
Statistics
Matches: 847, Mismatches: 269, Indels: 85
0.71 0.22 0.07
Matches are distributed among these distances:
159 3 0.00
160 69 0.08
161 1 0.00
168 2 0.00
169 90 0.11
170 128 0.15
171 405 0.48
172 126 0.15
173 21 0.02
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAAATCAT
AAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGGAAAGAATGGGTGCCTATAAATGGACTTTTTTCC
CAATGAGTAGCTTTTTGTGCATGTTTCTCAAGACAAGT
Found at i:690 original size:342 final size:331
Alignment explanation
Indices: 33--775 Score: 975
Period size: 342 Copynumber: 2.2 Consensus size: 331
23 CTAAGTAAAA
** * **
33 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAGTAAAAAGTGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATC
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATG-AAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATC
*
98 ATAAAACATTTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTTGAAAGAATGNNNNNNNNNNAATGGACTTTTCT
65 ATAAAACATTTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTGAAAGAATG----------AATGGACTTTTCT
* * *
163 TGCCAACGAATACATTTTTCTTCGCGTTTCTCTAAGTGAAAATTTAATTATAGTCTATTTTAGCC
120 TGCCAACGAATACATTTTTCTTCACGTTTCTCCAAGTAAAAATTTAATTATAGTCTATTTTAGCC
228 AAAAATTTAAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTAGGAAATTATAAAATAATTTCAAGCGAGTAA
185 AAAAATTTAAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTAGGAAATTATAAAATAATTTCAAGCGAGTAA
********** * * *
293 TAANNNNNNNNNNGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTCCCAGTGAGTAGCTTTTTGTGCA
250 TAAGGTTTTGGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTCCCAATAAGTAGCTTTCTGTGCA
358 TGTTTCTCAAGACAAGT
315 TGTTTCTCAAGACAAGT
*
375 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGAAAAACAAATACAGCTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGAAAAA-AAAT-CAACTTAAAATCAATTATGAGAT
440 CATAAAACATTTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTGAAAGAATGNNNNNNNNNNAATGGACTTTTC
64 CATAAAACATTTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTGAAAGAATG----------AATGGACTTTTC
* * *
505 TTGCCAACGAATATATTTTTTTTCACGTTTCTCCAAGTAAAAATTTAATTATAGTCTGTTTTAGC
119 TTGCCAACGAATACATTTTTCTTCACGTTTCTCCAAGTAAAAATTTAATTATAGTCTATTTTAGC
*
570 CAAAAATTTAAAAAAATTT-AACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATAATTTCAAGCGAGTA
184 CAAAAATTTAAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTAGGAAATTATAAAATAATTTCAAGCGAGTA
* * *
634 ATAAGGTTTTGGAAGGAATGGGTGCCTATAAATGGACTTTTTTCTCAATAAGTAGCTTTCTGTGT
249 ATAAGGTTTTGGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTCCCAATAAGTAGCTTTCTGTGC
*
699 ATGTTTCTCAAGACAGGT
314 ATGTTTCTCAAGACAAGT
* *
717 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAAAAATCAACTTAAAGTCAATTATG
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATG
776 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 365, Mismatches: 34, Indels: 6
0.90 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
340 17 0.05
341 9 0.02
342 175 0.48
343 164 0.45
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (331 bp):
ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATCA
TAAAACATTTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTGAAAGAATGAATGGACTTTTCTTGCCAACGAAT
ACATTTTTCTTCACGTTTCTCCAAGTAAAAATTTAATTATAGTCTATTTTAGCCAAAAATTTAAA
AAAATTTCAACTTAAAATCAATTAGGAAATTATAAAATAATTTCAAGCGAGTAATAAGGTTTTGG
AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTCCCAATAAGTAGCTTTCTGTGCATGTTTCTCAAG
ACAAGT
Found at i:1529 original size:331 final size:331
Alignment explanation
Indices: 918--1589 Score: 719
Period size: 331 Copynumber: 2.0 Consensus size: 331
908 ACCATAAATG
* *
918 CAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAATAATTTAAAATGAATAATAAGTCTT
1 CAAAAA-A-TTAACTTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAATAATTTAAAACGAATAATAAGGCTT
* * * * **
983 TTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGAGTTTTCTTACTAATGTATGCATTTTTTTTCATGTTTGT
64 TTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGTATGCATTTTTCTTCAAGTTTCC
*
1048 TGAGGTAAATATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAACTAAACTTAAAATTAA
129 TGAGGTAAATATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAAAATAAAAAAACTAAACTTAAAATTAA
* ********** *
1113 TTATGAGTTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAANNNNNNNNNNGAAGGAATGGGTGACCATAAAT
194 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATACGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACCATAAAT
* * *
1178 GGAATTTTCTTCTCAATGAATAGT-TTTTTT-TGCATGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTA-TA
259 AGAATTTTCTTCTCAATGAAT-GTCTTTTTTCT-AATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATTA
1240 GTCTGTTTTAA
322 -TCTGTTTTAA
* * ** *
1251 CAAAAAATTAACTTAATATCAATTTTGTGATTATAAAATAATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTT
1 CAAAAAATTAACTTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAATAATTTAAAACGAATAATAAGGCTTTT
* * * *
1316 AAATGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG-ATTGCCTTTTTCTTCAAGTTTCCT
66 AAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGTA-TGCATTTTTCTTCAAGTTTCCT
*********** * * * *
1380 GAGGTAGNNNNNNNNNNATTGTCTGTTTTAATTAAAAAAATAAAAATATTCAACTTAAAATTAAT
130 GAGGTAAATATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAAAATAAAAAAACTAAACTTAAAATTAAT
*
1445 TATGAGATTATAAAA-TAATTTAAAAG-GAGTAATACGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAA
195 TATGAGATTATAAAACT-ATTT-AAAGCGAGTAATACGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACCATAAA
* * ** *
1508 TAGATTTTTCTTGCT-AATGAATGTCTTTTTTCTAATGTTTGTTGAGGTAAACATTCAATTATTA
258 TAGAATTTTCTT-CTCAATGAATGTCTTTTTTCTAATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATTA
1572 TCTGTTTTAA
322 TCTGTTTTAA
*
1582 CCAAAAAT
1 CAAAAAAT
1590 GTAAAAAAAT
Statistics
Matches: 277, Mismatches: 55, Indels: 16
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
330 4 0.01
331 257 0.93
332 10 0.04
333 6 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (331 bp):
CAAAAAATTAACTTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAATAATTTAAAACGAATAATAAGGCTTTT
AAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGTATGCATTTTTCTTCAAGTTTCCTG
AGGTAAATATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAAAATAAAAAAACTAAACTTAAAATTAATT
ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATACGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACCATAAATAG
AATTTTCTTCTCAATGAATGTCTTTTTTCTAATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATTATCTG
TTTTAA
Found at i:1578 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 919--1581 Score: 475
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 170
909 CCATAAATGC
* * ** * *
919 AAAAATATTTAACTTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAATAATTTAAAATGAATAATAAGTCTTT
1 AAAAATA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
984 TAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGAGTTTTCTTACTAATGTATGCATTTTTTTTC-ATGTTTGT
65 TAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTACTAATGAATGC-TTTTTTCTCAATGTTTCT
* * * *
1048 TGAGGTAAATATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATAT
129 TGAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATTAAAAAAAT
* * * * ********
1090 AAAAAAACTAAACTTAAAATTAATTATGAGTTTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAANNNNNNNN
1 AAAAATA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
*** * * *
1154 NNGAAGGAATGGGTGACCATAAATGGAATTTTCTT-CTCAATGAATAG-TTTTTTTTGC-ATGTT
64 TTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTACT-AATGAAT-GCTTTTTTCT-CAATGTT
** * * *
1216 TCTCAAGGCAAGCATTCAATTA-TAGTCTG--TT--TT-----AAC
126 TCTTGAGGTAAACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAATTAAAAAAAT
* * * *
1252 AAAAA-ATTAACTTAATATCAATTTTGTGATTATAAAATAATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAATATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * * *
1316 AAATGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGATTGCCTTTTTCTTCAA-GTTTCCT
66 AAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTACTAATGAATGCTTTTTTC-TCAATGTTTCTT
*********** *
1380 GAGGTAGNNNNNNNNNNATTGTCTGTTTTAATTAAAAAAAT
130 GAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATTAAAAAAAT
* *
1421 AAAAATATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAAG-GAGTAATACGGCTT
1 AAAAATATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTT
* *
1485 TTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATAGATTTTTCTTGCTAATGAATGTCTTTTTTCT-AATGTTT
64 TT-AAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTACTAATGAATG-CTTTTTTCTCAATGTTT
*
1548 GTTGAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAA
127 CTTGAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAA
1582 CCAAAAATGT
Statistics
Matches: 362, Mismatches: 104, Indels: 52
0.70 0.20 0.10
Matches are distributed among these distances:
159 2 0.01
160 94 0.26
161 5 0.01
162 8 0.02
164 2 0.01
167 1 0.00
169 9 0.02
170 16 0.04
171 210 0.58
172 15 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAAAATATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
AAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTACTAATGAATGCTTTTTTCTCAATGTTTCTTG
AGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATTAAAAAAAT
Found at i:2131 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1679--2141 Score: 415
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 170
1669 NNNNNNNNNN
* * * * *
1679 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACCATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATA
1 AAAG-GAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGGGTGACCATAAATGGAATTTTCTTCTCAATGAATA
* * *
1744 GC-TTTTTT-CACGTTTCTCAAGGCTGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATTCAAAA
65 GCTTTTTTTACATGTTTCTCAAGTCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATT-AAAA
*
1807 AAAATCAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTA
128 AAAATCAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTA
* * *
1850 AAAGGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGATTTTTCTTGCT-AAT-AA-A
1 AAAGGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGGGTGACCATAAATGGAATTTTCTT-CTCAATGAATA
* * * * ** *
1912 -CGTATTTTTACTCATGTTTGTTGAGGT-AAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATGT
65 GC-TTTTTTTA--CATGTTT-CTCAAGTCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAT-T
* ** * *
1975 -AAAATAATTGAACTTAGAAAT-AATTATGAGTTTATAAAACCATTT-
124 AAAAAAAATCAAACTTA-AAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTA
* **********
2020 AAAGTGAGTAATAAGGNNNNNNNNNNAATGGGTGACCATAAATGGAATTTTCTTCTCAATGAATA
1 AAAG-GAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGGGTGACCATAAATGGAATTTTCTTCTCAATGAATA
* *
2085 GCTTTTTTTACATGTTTCTCAAGTCAGGCATTTAATTATAGTCTGTTTTGACAAAAA
65 GCTTTTTTTACATGTTTCTCAAGTCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
2142 ATTTAACTTA
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 47, Indels: 31
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 1 0.00
169 7 0.03
170 61 0.27
171 106 0.46
172 41 0.18
173 12 0.05
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAAGGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGGGTGACCATAAATGGAATTTTCTTCTCAATGAATAG
CTTTTTTTACATGTTTCTCAAGTCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAATTAAAAAAA
ATCAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTA
Found at i:3780 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3598--4674 Score: 514
Period size: 171 Copynumber: 6.3 Consensus size: 171
3588 NNNNNNNNNN
* * *
3598 TTTAGCCAAAAATGTAAAAAAAATCTACTTAAAATCAAATATGA-TATTATAAAATAATTTAAAG
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGT-TTATAAAATAATTTAAAG
* *
3662 CGAGTAATAAGACTTTTGAATGAATGGGTGATTAT-AATTAGATTTTTCTTAC-CAATGAATACC
65 CGAGTAATAAGACTTTTGAATGAATGGGTGATCATAAATT-GACTTTTCTT-CTCAATGAATACC
** *
3725 TTTTTCTT-CAC-TTATCTTGAGGTACACATTCAATCATAGTTTGT
128 TTTTT-TTGCACATT-TCTCAAGGTACACATTCAATCATAGTCTGT
* ********** *
3769 TTTAACCAAAAATATAAAAAANNNNNNNNNNAAATTAATTATGAGTTTATAAAATAATTTAAAGC
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAATAATTTAAAGC
* * *
3834 TAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGGGTGATCATAAATTGACTTTTCTTCTCAATGAATATCTTT
66 GAGTAATAAGACTTTTGAATGAATGGGTGATCATAAATTGACTTTTCTTCTCAATGAATACCTTT
** *
3899 TTTTGCACATTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGT
131 TTTTGCACATTTCTCAAGGTACACATTCAATCATAGTCTGT
* * * ********** * *
3940 TATATCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGNNNNNNNNNNACAATTTAAAGT
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAATAATTTAAAGC
* * * * * * *
4005 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTAAGT-ATAAATGGACTCTTT-TTCTCAATGATTGA-T
66 GAGTAATAAGACTTTTGAATGAATGGGTGA-TCATAAATTGACT-TTTCTTCTCAATGAAT-ACC
** ** ** * *
4067 TTTTTTTATACATTTCTGTAGGTAGGCATTCAATTATAATCTGT
128 TTTTTTTGCACATTTCTCAAGGTACACATTCAATCATAGTCTGT
* * * * * * * * * *
4111 TTTAATCATAAATGCAAAAAAATTTAACGTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAACAATTTAAAGC
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAATAATTTAAAGC
* * * * * ** * *
4176 TAGTAATAAGTCTTTTAAAGGAATGGGTGA-CTACAAATACATTTTTCTTACT-AATGAATGCCT
66 GAGTAATAAGACTTTTGAATGAATGGGTGATC-ATAAATTGACTTTTCTT-CTCAATGAATACCT
* ** * * * * * * **
4239 TTTGTTT-TATGTTTGT-AGAGGTAAATATTAAATTATTGTGGGT
129 TTT-TTTGCACATTTCTCA-AGGTACACATTCAATCATAGTCTGT
* * * *************** **
4282 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACNNNNNNNNNNNNNNNAGTTTATAAAACCATTTAAAGC
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAATAATTTAAAGC
* * * * * * * *
4347 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACCGTAAATAGACTTTTCCTCTCAATAAATAGCTTT
66 GAGTAATAAGACTTTTGAATGAATGGGTGATCATAAATTGACTTTTCTTCTCAATGAATACCTTT
* ** * * *
4412 TTTTACATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGT
131 TTTTGCACATTTCTCAAGGTACACATTCAATCATAGTCTGT
* ********** * * *
4453 TTTAACCAAAAATTTAAAANNNNNNNNNNTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAATAATTTAAAGC
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAATAATTTAAAGC
* * * * * * *
4518 TAGTAATAAGGA-TTTTAAAGGAATAGGTGA-CTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGATTGCC
66 GAGTAATAA-GACTTTTGAATGAATGGGTGATC-ATAAATTGACTTTTCTT-CTCAATGAATACC
* ** * * *
4580 TTTTTTTTCATGTTTC-CTGAGGTAGACATTCAATTATTA-TCTGT
128 TTTTTTTGCACATTTCTC-AAGGTACACATTCAATCA-TAGTCTGT
*** *
4624 TTTAATTGAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTAT
4675 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 675, Mismatches: 206, Indels: 49
0.73 0.22 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 13 0.02
171 620 0.92
172 42 0.06
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAATAATTTAAAGC
GAGTAATAAGACTTTTGAATGAATGGGTGATCATAAATTGACTTTTCTTCTCAATGAATACCTTT
TTTTGCACATTTCTCAAGGTACACATTCAATCATAGTCTGT
Found at i:8593 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 7793--8742 Score: 820
Period size: 341 Copynumber: 2.8 Consensus size: 341
7783 CCAAGTAAAA
* * * * * * * * *
7793 ATTCAATTATAG-CATGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAAATATTATAT
1 ATTCAATTATAGTC-TCTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTCTGAGAT
* * * * * * * * * *
7857 TATAAAATAATTGAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAATGAATGGGTGATTATAATTAGACTTTTC
65 TATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGAATGGTTAACTATAAATAGACTTTTC
* * ** * * * * * * *
7922 TTACCAATGAATG-CCTTTGTCTTCACATATCTTGGGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAN
130 TTGCCAAT-AATGACTTTTGTCTTCATGTTTCTAGAGGTAAACATTAAATTATTGTCGGTTTTA-
******** * * * * *
7986 NNNNNNNNNTA-AAAAAC-TTCAACTTAAAATTAGTTATGACTTTATAAAACCATTGAAAGTGAG
193 -ACTAAAAATATAAAAACATTGAACTTAAAATTAATTATGAGTTTATAAAATCATTTAAAGTGAG
* * *
8049 TAATAAGGCTTTTGAATGAATGGGTGACTATAAATCGACTTTTCTTCTCAATGAATATTTTTTTT
257 TAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATCGACTTTTCCTCTCAATGAATATTTTTTTT
8114 ACACATTTCTAAAGGCAGGC
322 ACACATTTCTAAAGGCAGGC
* * * *
8134 ATTTAATTATAGTCTGTTTGAACCATAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTCTGAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTCTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTCTGAGATT
* * * *
8199 ATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAATCTTTTAAATGAATGGTTGACTATAAATAGATTTTTCT
66 ATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGAATGGTTAACTATAAATAGACTTTTCT
* * * *
8264 TGCTAATAAATGCCTTTTGT-TTCATGTTTGTAGAGGTAAACATTAAATTATTGTGGGTTTTAAC
131 TGCCAAT-AATGACTTTTGTCTTCATGTTTCTAGAGGTAAACATTAAATTATTGTCGGTTTTAAC
*
8328 TAAAAATATAAAAAGATTGAACTTAAAATTAATTATGAGTTTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAA
195 TAAAAATATAAAAACATTGAACTTAAAATTAATTATGAGTTTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAA
* *********
8393 TAAAGTTTTTGAAGGAATGGGTGA-TCATAAAT-GAACTTTTCCTCTCAATNNNNNNNNNNTTTT
260 TAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT-ATAAATCG-ACTTTTCCTCTCAAT-GAATATTTTTTTT
** *
8456 ACATGTTTCTCAAGGCAGGC
322 ACACATTTCTAAAGGCAGGC
* * * * ******
8476 ATTCAATTATAGTCTCTTTTAGCCAAAAATTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTNNNNNN
1 ATTCAATTATAGTCTCTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTCTGAGATT
**** * *
8541 NNNNAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATTGG-TAACTATAAATAGACTTTTC
66 ATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGAA-TGGTTAACTATAAATAGACTTTTC
* * * * * * * *
8605 TTGCCAATGATTACTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAAT
130 TTGCCAATAATGACTTTTGTCTTCATGTTTCTAGAGGTAAACATTAAATTATTGTCGGTTTTAAC
* * * * * *
8670 TAAAAATGTAAAAACATTTAACCT-AAATTCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAATGAGTA
195 TAAAAATATAAAAACATTGAACTTAAAATT-AATTATGAGTTTATAAAATCATTTAAAGTGAGTA
*
8734 ATAAGGCTT
259 ATAAAGCTT
8743 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 488, Mismatches: 111, Indels: 19
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 7 0.01
341 245 0.50
342 231 0.47
343 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
ATTCAATTATAGTCTCTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTCTGAGATT
ATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGAATGGTTAACTATAAATAGACTTTTCT
TGCCAATAATGACTTTTGTCTTCATGTTTCTAGAGGTAAACATTAAATTATTGTCGGTTTTAACT
AAAAATATAAAAACATTGAACTTAAAATTAATTATGAGTTTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAAT
AAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATCGACTTTTCCTCTCAATGAATATTTTTTTTACAC
ATTTCTAAAGGCAGGC
Found at i:8722 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7793--8742 Score: 686
Period size: 171 Copynumber: 5.6 Consensus size: 169
7783 CCAAGTAAAA
* * * * * *
7793 ATTCAATTATAG-CATGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAAATATTATAT
1 ATTCAATTATAGTC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
7857 TATAAAATAATTGAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAATGAATGGGTGATTATAATTAGACTTTTC
65 TATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
* * * ** * * *
7922 TTACCAATGAATGCCTTTGTCTTCACATATCTTGGGGTAGAC
130 TT-CCAATGAAT-ACTTTTTTTTCATGTTTCTAGAGGTAGAC
********** * * * * **
7964 ATTCAATTATAGTCTGTTTTANNNNNNNNNNTAAAAAACTTCAACTTAAAATTAGTTATGACTTT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * * *
8029 ATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGGGTGACTATAAATCGACTTTTCT
66 ATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
** * * *
8094 TCTCAATGAATA-TTTTTTTTACACATTTCTAAAGGCAGGC
131 TC-CAATGAATACTTTTTTTT-CATGTTTCTAGAGGTAGAC
* * * * *
8134 ATTTAATTATAGTCTGTTTGAACCATAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTCTGAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** * * *
8199 ATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAATCTTTTAAATGAATGGTTGACTATAAATAGATTTTTCT
66 ATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * * *
8264 TGCTAATAAATGCCTTTTGTTTCATGTTTGTAGAGGTAAAC
131 T-CCAATGAAT-ACTTTTTTTTCATGTTTCTAGAGGTAGAC
* * ** * * * * * *
8305 ATTAAATTATTGTGGGTTTTAACTAAAAATATAAAAAGATTGAACTTAAAATTAATTATGAGTTT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
8370 ATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAAGTTTTTGAAGGAATGGGTGA-TCATAAAT-GAACTTTT
66 ATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGGGTGACT-ATAAATAG-ACTTTT
* ********* * * *
8433 CCTCTCAATNNNNNNNNNNTTTTACATGTTTCTCA-AGGCAGGC
129 CTTC-CAAT-GAATACTTTTTTTTCATGTTTCT-AGAGGTAGAC
* * * * ******
8476 ATTCAATTATAGTCTCTTTTAGCCAAAAATTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTNNNNNN
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
**** * * * *
8541 NNNNAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATTGGTAACTATAAATAGACTTTTCT
66 ATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* *
8606 TGCCAATGATTACTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGAC
131 T-CCAATGAATACTTTTTT-TTCATGTTTCTAGAGGTAGAC
* ** * * *
8647 ATTCAATTATTGTCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAACATTTAACCTAAATTCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
**
8712 ATAAAATAATTTAAAATGAGTAATAAGGCTT
66 ATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
8743 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 585, Mismatches: 178, Indels: 32
0.74 0.22 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 128 0.22
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172 12 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
TCCAATGAATACTTTTTTTTCATGTTTCTAGAGGTAGAC
Found at i:9518 original size:170 final size:160
Alignment explanation
Indices: 9319--9630 Score: 304
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
9309 TATTAGTCAG
**
9319 TTTAAATTGTTTTATACTCCCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTGTATTTATGGTTCA-AA
1 TTTAAATTGTTTTATACTCCCAAAATTGATTTT-AGTTAAATTATTTTACATTTATGGTT-ATAA
* * * * * * * *
9383 CAGACTATAATTGAATGCCTGCTTTTAGAAATGTGTAAAAAAATC-ATTTATTGAGAAAAAAAGT
64 CAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAAAAACGTGCAAAAAAAACTATTAATTGAGAAAAAAAGT
9447 CCATTTATAGTCACTCGTTCCTTCAAAAGNNNNNNNNNNCAC
129 CCATTTATAGTCACTCGTTCCTTCAAAAG----------CAC
* * * * * * * *
9489 TTTAAATTGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTTGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTATAACG
1 TTTAAATTGTTTTATACTCCCAAAATTGATTTTAGTTAAATTATTTTACATTTATGGTTATAACA
* * *
9554 GACTATAATTGAATGCCTACCTTAAAAAACGTGCAAAAAAAACTATTAATTGAGAAGAATAGTCG
66 GACTATAATTGAATGCCTACCTTAAAAAACGTGCAAAAAAAACTATTAATTGAGAAAAAAAGTCC
*
9619 ATTTATGGTCAC
131 ATTTATAGTCAC
9631 CCATTTATTC
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 22, Indels: 4
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.01
169 59 0.50
170 58 0.49
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (160 bp):
TTTAAATTGTTTTATACTCCCAAAATTGATTTTAGTTAAATTATTTTACATTTATGGTTATAACA
GACTATAATTGAATGCCTACCTTAAAAAACGTGCAAAAAAAACTATTAATTGAGAAAAAAAGTCC
ATTTATAGTCACTCGTTCCTTCAAAAGCAC
Found at i:12504 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12279--12641 Score: 442
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
12269 TCATTGAGAG
*
12279 GAAAAGTCGATTTAT-GATCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
12343 AAACTTATAATTAATTTTGAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAAACTATGATTGAAT
65 AAACTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTATTTTACTTTTTTGGTTAAAACAAACAATAATTGAAT
* * *
12408 GTCTACC-TAAGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCTTTGGCAA
130 GCCTACCAT-AGGAAACAGGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA
* * * * *******
12450 TAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGNNNNNNN
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATA
*** * * *
12515 NNNTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTACTTTTTTTGTTAAAACAGACAATAATTGAATG
66 AACTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTATTTTACTTTTTTGGTTAAAACAAACAATAATTGAATG
*
12580 CCTACCATAGGAAACAGGAAGAAAAGGGCATTCATTGGCAA
131 CCTACCATAGGAAACAGGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA
12621 GAAAAGTCCATTTATAGTCAC
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCAC
12642 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 161, Mismatches: 29, Indels: 4
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
171 159 0.99
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATA
AACTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTATTTTACTTTTTTGGTTAAAACAAACAATAATTGAATG
CCTACCATAGGAAACAGGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA
Found at i:12702 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12279--12735 Score: 436
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 171
12269 TCATTGAGAG
* * **
12279 GAAAAGTCGATTTAT-GATCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTAT
* * * * * * * *
12343 AAACTTATAATTAATTTTGAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAAACTATGATTGAAT
65 AATCCTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAAACAATAATTGAAT
* * *
12408 GTCTACCTAAGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCTTTGGCAA
130 GCCTACCTAAGGAAACAGGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA
* * ******
12450 TAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGNNNNNNN
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATT--ATTTTA
*** * * *
12515 NNNT-C-ATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTACTTTTTTTGTTAAAACAGACAATAATTGAA
64 TAATCCTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAAACAATAATTGAA
*
12578 TGCCTACC-ATAGGAAACAGGAAGAAAAGGGCATTCATTGGCAA
129 TGCCTACCTA-AGGAAACAGGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA
**********
12621 GAAAAGTCCATTTATAGTCACNNNNNNNNNNAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATA
* * * * **
12686 ATCCTAAAACTGATTTTATGTCAAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACA
66 ATCCTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACA
12736 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 223, Mismatches: 57, Indels: 12
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 2 0.01
171 219 0.98
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATA
ATCCTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAAACAATAATTGAATG
CCTACCTAAGGAAACAGGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA
Found at i:14515 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 14168--14845 Score: 756
Period size: 341 Copynumber: 2.0 Consensus size: 341
14158 TATTTTTGGC
** * *
14168 TAAAACATG-CTATAATTGAATTTCT-ACTTAGAGAAACGTGAAGAAAAACG-TATTCGTTGACA
1 TAAAACA-GACTATAATTGAATGCCTGACTTA-AGAAACGTGAA-AAAAACGCTATCCATTGACA
* * **********
14230 AGAAAAGC-CCATTTACAG-TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTANNNNNNNNNNATTGTTTT
63 A-AAAAACTCCATTTA-AGATCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATTGTTTT
* *
14293 ATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGA
126 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGA
* * *
14358 TTGTCTACCTAAGGAGACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA-AAAAATTCTATTTATAGTCA
191 ATGTCGACCTAAGGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATTC-ATTTATAGTCA
* ********** * *
14422 CCCATTCNNNNNNNNNNCTTATTACTCGATTTAAATTGTTTTATTATCCCAAAATTGATTTTAAG
255 CACATTCCTTTAAAAGCCTTACTACTCGATTTAAATTGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAG
14487 TTAAATTGTTTTGAATTTTAGT
320 TTAAATTGTTTTGAATTTTAGT
* * *
14509 TAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTAAGAAACGTGAAAAAAAGGCTATCCATTGAGAAAA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGACTTAAGAAACGTGAAAAAAACGCTATCCATTGACAAAA
* *
14574 AAACTCCATTTATGATCACCCATTTATTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATTGTTTTATAAT
66 AAACTCCATTTAAGATCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATTGTTTTATAAT
**********
14639 CNNNNNNNNNNTTTTAAGTTAAATTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTC
131 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTC
** * * *
14704 GACCTCGGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCTTTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACACATT
196 GACCTAAGGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATTCATTTATAGTCACACATT
*
14769 CCTTTAAAAGCCTTACTACTCGTTTTAAATTGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTAAAT
261 CCTTTAAAAGCCTTACTACTCGATTTAAATTGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTAAAT
*
14834 TTTTTTGAATTT
326 TGTTTTGAATTT
14846 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 275, Mismatches: 56, Indels: 12
0.80 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 13 0.05
341 251 0.91
342 11 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
TAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGACTTAAGAAACGTGAAAAAAACGCTATCCATTGACAAAA
AAACTCCATTTAAGATCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATTGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTC
GACCTAAGGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATTCATTTATAGTCACACATT
CCTTTAAAAGCCTTACTACTCGATTTAAATTGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTAAAT
TGTTTTGAATTTTAGT
Found at i:15059 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13285--15295 Score: 913
Period size: 171 Copynumber: 11.8 Consensus size: 170
13275 NNNNNNNNNN
* * * * *
13285 GATTTTAAGTTAAATGTTTTTAAATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTGAG
1 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAG
* * * * * * * * *
13350 AGACATGTAAAAAAAACTATTCAGTAAGAGGAAAAGTCAATTTATGGTCACCCATTCCTTCAAAA
66 AAACGTG-AAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATGATCACCCATTCATTCAAAA
* ********** *
13415 GCCTTATTACACGCTTNNNNNNNNNNTATAAACTCATAATT
130 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * * * *
13456 AATTTTAACTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATC-CACAATAATTTAATGTTTACCTTGA
1 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAA-CAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAA
* * * * * *
13520 CAAACATGAAATAAAAGGC-ATTCATT-AGCAAGAAAAATCTATTTAT-AGTCACCCATTCTTTT
65 GAAACGTGAAA-AAAA-GCTATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATGA-TCACCCATTCATTC
*********** * *
13582 AAAANNNNNNNNNNNCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATT
126 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * * *
13627 GATTTTAAGTTAATTTTTTTTGAATTTATGGTTCAAACTGACTATAATTGAATGCCTGCCTTCAG
1 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAG
* * * * ** *
13692 AAATGTGTAAAAAAATC-ATTCATTCAGAA-AAAGAGTCCATTTA-CAGTCACTTATTCCTTCAA
66 AAACGTG-AAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAA-AGTCCATTTATGA-TCACCCATTCATTCAA
* ********** *
13754 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATTNNNNNNNNNNCTAATAATT
128 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * **
13797 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTATAACAAACTATAATTGAATGCCTACCTCGAG
1 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAG
* * * * **********
13862 AAACGTGCAAAACA-CTATTCATTGAGAAGAAAAGTCGATTTAT-AGTCACTCATNNNNNNNNNN
66 AAACGTGAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATGA-TCACCCATTCATTCAAAA
* * *
13925 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAGAAACTCATAATT
130 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * **
13966 AATTTTAAGATGAATTTATTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-TCTACCCCAA
1 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACCTTAA
* * * * *
14030 GATAA-GTGAAGAAAAAG-AATTCATTG-GTAAGAAAAGTCTAATTATAATCATCCATTCATTCA
65 GA-AACGTGAA-AAAAAGCTATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATGATCACCCATTCATTCA
* * *
14092 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATATCAT-ATNN
127 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAAT-T
******** * * * * *
14136 NNNNNNNNGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGCTAAAACATG-CTATAATTGAAT-TTCTA-CTTA
1 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACA-GACTATAATTGAATGCT-TACCTTA
* * * * *
14198 GAGAAACGTGAAGAAAAA-CGTATTCGTTGACAAGAAAAGCCCATTTA-CAGTCACCCATTCCTT
64 -AGAAACGTGAA-AAAAAGC-TATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATGA-TCACCCATTCATT
**********
14261 CAAAAGCCTTATTANNNNNNNNNNATTGTTTTATAATCTCATAATT
125 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
* * *
14307 GATTTTGAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TAATAATTGATTG-TCTACC-TA
1 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGCT-TACCTTA
* * * * * * **
14369 AGGAGACATAAAGAAAAAGGC-ATTCATTG-GCAAAAAAATTCTATTTAT-AGTCACCCATTCNN
64 A-GAAACGTGAA-AAAAA-GCTATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATGA-TCACCCATTCAT
******** * * * *
14431 NNNNNNNNCTTATTACTCGATTTAAATTGTTTTATTATCCCAAAATT
124 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
14478 GATTTTAAGTTAAATTGTTTTGAA-TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTAAG
1 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAG
* * * *
14542 AAACGTGAAAAAAAGGCTATCCATTGAGAAAAAAACTCCATTTATGATCACCCATTTATTCAAAA
66 AAACGTGAAAAAAA-GCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATGATCACCCATTCATTCAAAA
** ********
14607 GCCTTATTACTCATTTTAAATTGTTTTATAATCNNNNNNNN
130 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
** * * * **
14648 NNTTTTAAGTTAAATTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATG-TCGACCTCG
1 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGCT-TACCTTA
* * * * * *
14711 GGAAACATGAAGAAAAAGGC-ATTCTTTG-GCAAGAAAAGTTCATTTAT-AGTCACACATTCCTT
64 AGAAACGTGAA-AAAAA-GCTATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATGA-TCACCCATTCATT
* * * * *
14773 TAAAAGCCTTACTACTCGTTTTAAATTGTTTTATAATCCCAAAATT
125 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
* ************************** * *
14819 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTGAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCTACCTTGAG
1 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAG
* *
14884 AAACGTGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTAATGATCACCCATTCATTCCAAA
66 AAACGTG-AAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATGATCACCCATTCATTCAAAA
* *
14949 GCCTTAGTACTAGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
130 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
** *
14990 GATTTTAAGTTATTTTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTAAG
1 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAG
* * * *
15055 AAACGTGCCAAAAAAGCTATTCATTTAGAAGAGAAGTCCATTTATGATCACCCACTCATTCAAAA
66 AAACGTG-AAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATGATCACCCATTCATTCAAAA
********** * * *
15120 NNNNNNNNNNTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATT
130 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
* * ** ** *
15161 -ACTTTTAAGCTGAATTTTTTTACCTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGAGTACCTCAA
1 GA-TTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAA
* * ** * * *
15225 GAAAAGTTAAGAAAAAAATGTTCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCCAATCCTTCA
65 GAAACGTGAA-AAAAAGCTATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATGA-TCACCCATTCATTCA
15288 AAAGCCTT
127 AAAGCCTT
15296 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1344, Mismatches: 436, Indels: 120
0.71 0.23 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 140 0.10
170 371 0.28
171 811 0.60
172 20 0.01
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAG
AAACGTGAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATGATCACCCATTCATTCAAAAG
CCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
Found at i:19502 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 19325--21314 Score: 1402
Period size: 171 Copynumber: 11.7 Consensus size: 170
19315 NNNNNNNNNC
* * * *
19325 ATTTAAAGCAAGTAATAAGTCTTTTGAATGAGTGGGTGA-TCATAAATGGACTTTTCTT-CTCAA
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCTCAA
** * * * * * *
19388 TGAATAGATTTTTTGGCACATTTGTTAAGGCAGGCATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAAT
65 TGAAT-GATTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT
*
19453 TCAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACA
129 T-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACA
* * *
19496 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTATTGC-CAAT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCAAT
** * * *
19560 GAATGATTTTTTTTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCGATTATAGTCTGTTTTAGCAAAAAATG
66 GAATGA-TTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT-
* *
19625 TAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGCGATTATAAAACA
129 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACA
* * * *
19667 ATTTAAACCCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGC-CAAC
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCAAT
* * * * **
19731 GAATG-TGTTTTTCTTCATGTTTCTCCAA-GTAGAAATTTAATGATAGTCTGTTTT-AGTAAAAA
66 GAATGAT-TTTTT-TTCACGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAA
* *
19793 GTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACA
128 -T-TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACA
* * * *
19838 TTTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAAC
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCAAT
* * *
19902 GAATGCATTTTTCTTCACGTTTCTCCAA-GTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT
66 GAATG-ATTTTTTTTCACGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAA-
* * *
19966 TTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATA
128 TTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACA
* * ** * * *******
20009 ATTTCAAGCGACTAATAAGTTTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTT-TTNNNNNNN
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCAAT
*** * * * * * *
20072 NNNTAGCTTTTTGTGT-ATGTTTCTCAAGATAGGCATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAGAAAA
66 GAAT-GATTTTT-TTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA-AAAA
* * * * *
20135 TAAAAAAAAAATCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAATACA
128 T-TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACA
* ********** * **
20179 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTNNNNNNNNNNTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TCCCTCAAT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCAAT
* * * * * * **
20243 AAATGATTTTTTTTACACATTTCTGAAGGCAGACATTTAATTACAGTCTGTTTTAACCGTAAATG
66 GAATGATTTTTTTT-CACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT-
* * * *
20308 CAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTTTAAAATA
129 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACA
* * * * *
20350 ATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATTGATTTTTCTTGCT-AAT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCAAT
* * * * * * *
20414 GAATGCTTTTTTTTTCATGTTTGTCGAGGCAAACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAATCAAAAAT
66 GAATG-ATTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACCAAAAAT
* ********** * *
20478 ATAAAAAAATTAAACTTNNNNNNNNNNATGAGTTTATAAAACC
129 -TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACA
* * * * *
20521 ATTTAAATTC-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGCGACCATAAATGAAATTTTCTT-CTCAA
1 ATTTAAA-GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCAA
* * * * *
20584 TGAATAGCTTTTTTTACACGTTTCTGAAGGTA-AGCATTCAATTATAGTCTGTCTTAAACAAAAA
65 TGAAT-GATTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAA
* *
20648 TTCAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATA
128 TT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACA
* * * * * *
20692 ATATAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCATGC-CAAC
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCAAT
* * * * ********** *
20756 GATTG-TCTCTTTCTTCAAGTTTC-CTGAGGTAGNNNNNNNNNNATTGTCTGTTTT-------AA
66 GAATGAT-T-TTTTTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAA
* * *
20812 TTAAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGATATTATAAAATA
128 TT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACA
** * * *
20856 ATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTGCT-AAT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCAAT
* * * ** * * **********
20920 GATTG-TCTTTTTTCTCATGTTTGTGGAGGTAAACATTCAATTATTGTCNNNNNNNNNNAAAAAT
66 GAATGAT-TTTTTT-TCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT
* * * * *
20984 GTAAAAAAATTAAACTCAAAATTAATTATGAGTTTATAAAACC
129 -TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACA
* * ********** * *
21027 ATTTAAAGCGAGTAATATGACTTNNNNNNNNNNGGGTGACCATAAATGGACTTTT-TTTCTCAAT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCAAT
* * * * * *
21091 GAAT-AGCTTTTTTACACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTTACCATAAATG
66 GAATGA-TTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT-
**********
21155 TAAAAAAATTTAACTTANNNNNNNNNNTGAGATTATAAAACA
129 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACA
* * * *
21197 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATCGATGACTATAAATGGACTTTTCTTG-TCAAG
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCAAT
* ** *
21261 GAATGATTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCGATTATAGTCTGTTTT
66 GAATGA-TTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
21315 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1399, Mismatches: 368, Indels: 104
0.75 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 4 0.00
164 123 0.09
169 12 0.01
170 253 0.18
171 975 0.70
172 31 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCAAT
GAATGATTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATTA
AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACA
Found at i:20517 original size:683 final size:673
Alignment explanation
Indices: 19419--20746 Score: 1512
Period size: 683 Copynumber: 2.0 Consensus size: 673
19409 TTGTTAAGGC
* ** * * *
19419 AGGCATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATTCAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGA
1 AGGCATTCAATTATAGTATATTTTAACCAAAAATAAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGA
19484 GATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
66 GATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
** * * * * * *
19549 TTATTGCCAATGAATGATTTTTTTTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCGATTATAGTCTGTTTT
131 TTATCCCCAATAAATGATTTTTTTTACACATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTACAGTCTGTTTT
* * * *
19614 AGCAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGCGATTATAAAACAATTTAAACCCAG
196 AACAAAAAATGCAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAACCCAG
* *
19679 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAACGAATGTGTTTTTC
261 TAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGTGTTTTTC
* * * * *
19744 TTCATGTTTCTCCAAGTAGAAATTTAATGATAGTCTGTTTTAGTAAAAAGTGTAAAAAAATTCAA
326 TTCATGTTTCTCCAAGCAGAAATTCAATGATAGTCTGTTTTAATAAAAAGTATAAAAAAATTAAA
19809 CTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAA-CATTTTAAA-GCGAGTAATAAGGATTTTGAAAGAATG
391 CTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAATGC-AGTAATAAGGATTTTGAAAGAATG
* * * *
19872 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAACGAAT-GCATTTTTCTT-CACGTTTCTCCAA-GTA
454 GGCGACCATAAATGAAATTTTCTT-CTCAACGAATAGC-TTTTT-TTACACGTTTCT-CAAGGTA
* * **
19933 AAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATTTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
515 AAAATTCAATTATAGTCTGTCTTAAACAAAAATTCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * ** *
19998 ATTATAAAATAATTTCAAGCGACTAATAAGTTTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTT
580 ATTATAAAATAATATAAAGCGACTAATAAGACTTTTAAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTT
20063 TTNNNNNNNNNNTAGCTTTTTGTGTATGTTTCTCAAGAT
645 TT----------TAGCTTTTTGTGTATGTTTCTCAAGAT
* *
20102 AGGCATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAGAAAATAAAAAAAAAATCATCTTAAAATCAATTATG
1 AGGCATTCAATTATAGTATATTTTAACCA-AAAATAAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATG
* * **********
20166 AGATTATAATACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTNNNNNNNNNNTGAGTGACTATAAATGGACT
65 AGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACT
*
20231 TTT-TCCCTCAATAAATGATTTTTTTTACACATTTC-TGAAGGCAGACATTTAATTACAGTCTGT
130 TTTATCCC-CAATAAATGATTTTTTTTACACATTTCTTG-AGGCAGACATTCAATTACAGTCTGT
*** * * * **
20294 TTTAACCGTAAATGCAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTTTAAAATAATTTAAAGT
193 TTTAACAAAAAATGCAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAACC
* * * * * *
20359 GAGTAATAAGTCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATTGATTTTTCTTGCTAATGAATGCT-TT
258 CAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATG-TGTT
* * * * *
20423 TTTTTTCATGTTTGTCGAGGCA-AACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAATCAAAAA-TATAAAAA
322 TTTCTTCATGTTTCTCCAAGCAGAA-ATTCAATGA-TAGTCTGTTTTAAT-AAAAAGTATAAAAA
********** * * * *
20485 AATTAAACTTNNNNNNNNNNATGAGTTTATAAAACCATTTAAATTCAGTAATAAGGCTTTTGAAG
384 AATTAAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATGCAGTAATAAGGATTTTGAAA
* *
20550 GAATGGGCGACCATAAATGAAATTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTACACGTTTCTGAAGGT
449 GAATGGGCGACCATAAATGAAATTTTCTTCTCAACGAATAGCTTTTTTTACACGTTTCTCAAGGT
** * *
20615 AAGCATTCAATTATAGTCTGTCTTAAACAAAAATTCAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGA
514 AAAAATTCAATTATAGTCTGTCTTAAACAAAAATTCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* *
20680 GATTATAAAATAATATAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTT
579 GATTATAAAATAATATAAAGCGACTAATAAGACTTTTAAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTT
20745 TT
644 TT
20747 CATGCCAACG
Statistics
Matches: 538, Mismatches: 94, Indels: 26
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
682 13 0.02
683 512 0.95
684 13 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (673 bp):
AGGCATTCAATTATAGTATATTTTAACCAAAAATAAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
TTATCCCCAATAAATGATTTTTTTTACACATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTACAGTCTGTTTT
AACAAAAAATGCAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAACCCAG
TAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGTGTTTTTC
TTCATGTTTCTCCAAGCAGAAATTCAATGATAGTCTGTTTTAATAAAAAGTATAAAAAAATTAAA
CTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATGCAGTAATAAGGATTTTGAAAGAATGGG
CGACCATAAATGAAATTTTCTTCTCAACGAATAGCTTTTTTTACACGTTTCTCAAGGTAAAAATT
CAATTATAGTCTGTCTTAAACAAAAATTCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAATAATATAAAGCGACTAATAAGACTTTTAAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTAGC
TTTTTGTGTATGTTTCTCAAGAT
Found at i:21749 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 21565--22079 Score: 456
Period size: 171 Copynumber: 3.0 Consensus size: 171
21555 NNNNNNNNNN
* * *
21565 ATAAGGCTTTTGAATGAAT-GGGTGATTAT-AATTAGACTTTTCTTAC-CAATGAAT-GCGTTTT
1 ATAAGGCTTTTGAATGAATAGGG-GACTATAAATT-GACTTTTCTT-CTCAATGAATAGCATTGT
* ** * * *
21626 TCTTCAC-TTATCCTGGGGTAGACATTCAATCATAGTCTATCT-TAATCAAAAATATAAAAAAGT
63 T-TGCACGTT-TCCTAAGGTAGACATTCAATCATAGTCTAT-TATAACCAAAAATACAAAAAAAT
* * * * * *
21689 TGAATTTAAAATTAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
125 TCAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACAATTTAAAATGAGTA
*
21736 ATAAGGGTTTTGAATGAATAGGGGACTATAAATTGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCATTGTTTG
1 ATAAGGCTTTTGAATGAATAGGGGACTATAAATTGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCATTGTTTG
* * * * * *
21801 CACGTTTCTTAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTATAGCCAAAAATGCAAAAAAATTCAACT
66 CACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATCATAGTCTATTATAACCAAAAATACAAAAAAATTCAACT
21866 TAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACAATTTAAAATGAGTA
131 TAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACAATTTAAAATGAGTA
* * * * *
21907 ATAAGACTTTTGAATGAATAAGTGACTATAAATGGACTCTTT-TTCTCAATGAAT-G-ATTTTTT
1 ATAAGGCTTTTGAATGAATAGGGGACTATAAATTGACT-TTTCTTCTCAATGAATAGCA--TTGT
** * * ** * * * * ** *
21969 TTATACATTTCCGAAGCCAGGCATTCAATTATAGTCTGTT-TGAACCATAAATGTAAAAAAATTT
63 TTGCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATCATAGTCTATTAT-AACCAAAAATACAAAAAAATTC
* * * * **
22033 AACTTAAATTAAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
127 AACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACAATTTAAAATGAGTA
22078 AT
1 AT
22080 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 289, Mismatches: 45, Indels: 20
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 4 0.01
171 266 0.92
172 18 0.06
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ATAAGGCTTTTGAATGAATAGGGGACTATAAATTGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCATTGTTTG
CACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATCATAGTCTATTATAACCAAAAATACAAAAAAATTCAACT
TAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACAATTTAAAATGAGTA
Found at i:24141 original size:341 final size:332
Alignment explanation
Indices: 23722--24349 Score: 676
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 332
23712 TTTTTGAAGG
* * * *
23722 CAGGCATTCAATTATAGTCTATTTTAACCATAAATATAAAAAATTTTAATCTAAAATCAATTTTG
1 CAGGCATTCAATTATAGTCTATTTTAACCATAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATAAATTATG
*
23787 AGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCGTTTAAAGGAATAGATGACTATAAATTGACT
66 AGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCGTTTAAAGGAATAGATGACTATAAATGGACT
* * * *
23852 TTTCTTGCTAATGAATGCCTTT-TTTTCAAGTTTCTCAAGGTAAATATTCAATTATTGTTTGTTT
131 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTCTTTTCAAGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * *
23916 TAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTCAAAATCAA-T-TATGAGTTTATAAAA-ATATTTAAAG
196 TAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATATGA-TTT-TAAAACA-ATTTAAAG
*
23978 CGAGTACTAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGNNNNNNNNNNGACTTTTCTTCTCAATGAATAGATT
258 CGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTG----------GACTTTTCTTCTCAATGAATAGATT
24043 TTTTTGCATGTTTCTCAAAA
313 TTTTTGCATGTTTCTCAAAA
* *
24063 CAGGCATTCAATTATAGTC-AGTTTTAACTA-AAATTTTAAAAAAATTCAA-CTTAAAATAAATT
1 CAGGCATTCAATTATAGTCTA-TTTTAACCATAAA-TATAAAAAAATTCAATC-TAAAATAAATT
* *********** * * * *
24125 ATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGANNNNNNNNNNTTTTGAATGAATGGGTGACTATAAATGG
63 ATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCGTTTAAAGGAATAGATGACTATAAATGG
** * ** * **
24190 ACTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTCTTTTCATGTTTCTTTAGGTAGACATTTGATTATAGTCTG
128 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTCTTTTCAAGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTG
* * *
24255 TTTTAGCAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATATGATTTTAAAACAATTTAAAG
193 TTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATATGATTTTAAAACAATTTAAAG
*
24320 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
258 CGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTG
24350 ACNNNNNNNN
Statistics
Matches: 237, Mismatches: 43, Indels: 13
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 5 0.02
341 118 0.50
342 104 0.44
343 5 0.02
344 5 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (332 bp):
CAGGCATTCAATTATAGTCTATTTTAACCATAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATAAATTATG
AGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCGTTTAAAGGAATAGATGACTATAAATGGACT
TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTCTTTTCAAGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTT
TAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATATGATTTTAAAACAATTTAAAGCGA
GTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGATTTTTTTGCATGTTT
CTCAAAA
Found at i:24339 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 23137--24351 Score: 748
Period size: 170 Copynumber: 7.1 Consensus size: 170
23127 NNNNNNNNNN
* * * **
23137 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTTTTTCTCAATGAATGATTTGTTTTACACA
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGATTT-TTTTTCATG
* * ** * * * *
23201 TTTCTGAAGGCAGGTATTGAATTAAAGTCTGTTTTAAC-AAAAAAATGAAAAAAAATGCAACTTA
64 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATAT--AAAAAAATTCAACTTA
* *
23265 AAATCAATTATGAAATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAG
127 AAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * ********** * *
23309 ACTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAANNNNNNNNNNTTGCCAATAAATG-TCTTTGTTTCATGT
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAT-TTTTTTTCATGT
* * * * *********
23373 TTCTTAAGGTA-ACATTCAATTATTA-TCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAANNNNNNNNNNA
65 TTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAA-TTCAACTTAA
* * * *
23436 AATCAATTATGAGATTATAAAATATTTTAAAGCGAATAATGAG
128 AATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAG
* ********** ** *
23479 GCTTTTGAAGAAATGGNNNNNNNNNNATGGACTTTTCTTATCAATGAAT-AGTTTTTTTGCATGT
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-TTTTTTTTCATGT
* * ********
23543 TTCTCAAAGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TANNNNNNNNNNAAAAAATTCAACTTAA
65 TTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTA--AAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * *
23607 AATCAATTATGAGA-CATAAAACAATTTATAGTGAGTAATAAG
128 AATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAG
* ** * ********* * **
23649 ACTTTTGAAGGAAT-ATTGACTATAAATGGACTTTT-TTTCNNNNNNNNNNACTTTTTTTACACA
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGA-TTTTTTTTCATG
* * * * * * * * *
23712 TTTTTGAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTATTTTAACCATAAATATAAAAAATTTTAA-TCTAA
64 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAA
* *
23776 AATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAG
128 AATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * * ** *
23819 GCGTTTAAAGGAATAGATGACTATAAATTGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTTTCAAGTT
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTTTCATGTT
* * * * * * *
23884 TCTCAAGGTAAATATTCAATTATTGTTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTCAAAAT
66 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* *
23949 CAATTATGAGTTTATAAAA-ATATTTAAAGCGAGTACTAAG
131 CAATTATGAGATTATAAAACA-ATTTAAAGCGAGTAATAAG
* ********** *
23989 ACTTTTGAAGGAATGGGTGNNNNNNNNNNGACTTTTCTT-CTCAATGAATAGATTTTTTTGCATG
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GATTTTTTTTCATG
*** * * * *
24053 TTTCTCAAAACAGGCATTCAATTATAGTCAGTTTTAACTAAAATTTTAAAAAAATTCAACTTAAA
64 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* ********
24118 ATAAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGANNNNNNNN
129 ATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAG
** * *
24160 NNTTTTGAATGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTCTTTTCATGT
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTT-TTTTCATGT
** ** * *
24225 TTCTTTAGGTAGACATTTGATTATAGTCTGTTTTAGCAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
65 TTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* *
24290 TTAATTAT-ATGATTTTAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAG
130 TCAATTATGA-GATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAG
24331 GCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
24352 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 747, Mismatches: 270, Indels: 53
0.70 0.25 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 44 0.06
170 339 0.45
171 312 0.42
172 46 0.06
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTTTCATGTT
TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
CAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAG
Found at i:28068 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 27812--29644 Score: 766
Period size: 171 Copynumber: 10.8 Consensus size: 170
27802 GTTTATTAGT
* * * *
27812 AAGAAAAGTCCATTTATAATCAGC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATTATTTT
1 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-CACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTT
********** * * *
27876 ANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGCTAAAACGGACTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGCTAAAACAGACTATAATTGA
* *
27941 GTTTCTACTTGATGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCGTTAGC
130 ATTTCTACTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCGTTGGC
* *
27983 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACAAATTCCTTCAAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTA
1 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTA
** ************************
28048 TAATCTCATAATTTATTTTAAGTTAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGACTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGCTAAAACAGACTATAATTGAA
*
28113 TTTCTACTTGGAGAAACGTGAAGAAAAACA-CATTCGTTGGA
131 TTTCTACTT-GAGAAACGTGAAGAAAAA-AGCATTCGTTGGC
* * * **
28154 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATTGTTTTA
1 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTA
* * * *
28219 TAATCTTATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGA-TAATAATTAA
66 TAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGCTAAAACAGACT-ATAATTGA
* * * * * **
28283 ATGTCTACCTT-AGGAATCATCAAGAAAAAGGCATTCACTGGC
130 ATTTCTA-CTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCGTTGGC
* * * *
28325 AAGAAAAG-TCTATTTATAATCACCCTTTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTT
1 AAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTT
* ** * *
28389 ATAATCTCATAATCGGTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAATATAC-ACTAATTG
65 ATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGCTAAAACAGACTA-TAATTG
* * * * * *
28453 AATGTCTACCAT-AGGAAACATGAAGAAAAAGGCAATCATTGGC
129 AATTTCTA-CTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCGTTGGC
* * * ********** * *
28496 AAGAACAG-TCTATTTATACTCACTCANNNNNNNNNNAGCCTTATTACTCTCTTTAAATTATTTT
1 AAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTT
* * * * * *
28560 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTCA-ATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTA
65 ATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-ATATTTTTAGCTAAAACAGACTATAATTG
* * * * *
28624 AATGTCTTCCTTGAGAAACGTGTA-TAAAAAGCTATTCATTGAG-
129 AATTTC-TACTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGC-ATTCGTTG-GC
* * * ********** *
28667 AAGAAAAGTTCATTTATGGTCACCCATTCCTTGAAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTA
* ** * * * *
28732 TAAACTCATAATTAATTTCAAGTTCAATTGTTTTATA-TTTTAGATTAAAACAGA-TAATAATTG
66 TAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAG-CTAAAACAGACT-ATAATTG
* * * * * *
28795 AATGTT-TACCTCGACAAACATG-AGAACAAAGATATTCATTGGC
129 AAT-TTCTA-CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAG-CATTCGTTGGC
* * * * * ** *
28838 AAGAAAA-ATCTTTTTGTAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCTTTTTAAATTATTTT
1 AAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTT
* ********** * *
28902 ATAATCTCATAAT-TANNNNNNNNNNGAATTTTTTT-TA-----A-TTAAAACAGACAATAATTG
65 ATAATCTCATAATCGA-TTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGCTAAAACAGACTATAATTG
* * * * * * *
28959 AATATGTACCTT-AGAAAACATTAAGAAAAAGGCAATCATTGGC
129 AATTTCTA-CTTGAG-AAACGTGAAGAAAAAAGCATTCGTTGGC
* ********** * * *
29002 AAGAAAAGTCCATTTATAGTNNNNNNNNNNTTTAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATTATTTTA
1 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTA
* * * * * * * * *
29067 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTAAAATTTTTGGTTAAAACAAACTAAAATTGAA
66 TAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGCTAAAACAGACTATAATTGAA
** * * ** *
29132 TGCCTGCGTCGAGAAATATGTAA-AAAAAA-CTATTCATTGAG-
131 TTTCTAC-TTGAGAAACGTG-AAGAAAAAAGC-ATTCGTTG-GC
* * * * *
29173 AAGAAAAGTCCATTTATGGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGTCC-TATAACTTGCTTTAAATGGTTT
1 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACAC-ATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTT
* ** * * * * * *
29236 TATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTG
64 TATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGCTAAAACAGACTATAATTG
* * * * *
29301 AATGTT-TACCTTGACAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGC
129 AAT-TTCTA-CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCGTTGGC
*********** * * * * *
29344 AAGAAAAANNNNNNNNNNGTCACCCATTCCTTTAAAAGACTTATTACTCCCTCTAAATTGTTTTA
1 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTA
* * * * * * * * *
29409 TAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTAAA
66 TAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGCTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * ** * * **
29474 TGTCTGCCTTCAGAAATATGTAA-AGAAAATCATTTATTGAG-
131 TTTCT-ACTTGAGAAACGTG-AAGAAAAAAGCATTCGTTG-GC
* * **********
29515 AA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTNNNNNNNNNNTTTAAATTGTTTTA
1 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTA
* * *
29579 TAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATAATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGA
66 TAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT-ATTTTTAGCTAAAACAGACTATAATTGA
29643 AT
130 AT
29645 GCCTGCCTTA
Statistics
Matches: 1224, Mismatches: 379, Indels: 119
0.71 0.22 0.07
Matches are distributed among these distances:
163 2 0.00
164 103 0.08
165 10 0.01
166 1 0.00
169 6 0.00
170 120 0.10
171 955 0.78
172 27 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTA
TAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGCTAAAACAGACTATAATTGAA
TTTCTACTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCGTTGGC
Found at i:28453 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 27890--29672 Score: 1090
Period size: 342 Copynumber: 5.2 Consensus size: 341
27880 NNNNNNNATT
* * * *
27890 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGCTAAAACGGACT-ATAATTGAGTTTCTA-CTT-G
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTACCTTAG
* * * * ** *
27952 ATGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCGTTAGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACAAATTCCTTC
65 A-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTT
* * * * ******
28016 AAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTAAANNNNNN
128 AAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
****************** * * *
28081 NNNNNNNNNNNNNNNNNNAGACTA-TAATTGAATTTCTACTTGGAGAAACGTGAAGAAAAACACA
193 TATATTTTTAATTAAAACAGAC-ACTAATTGAATGTCTACTTCGAGAAACATGAAGAAAAA-ACA
* *
28145 TTCGTTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAA
256 TTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TTTTAA
*
28210 ATTGTTTTATAATCTTATAATC
320 ATTGTTTTATAATCTCATAATC
*
28232 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACCTTAG-
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAGA
* * * * *
28296 GAATCATCAAGAAAAAGGCATTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCTTTCCTTTAAA
66 GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAA
* * * *
28361 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATCGGTTTTAAGTTAAATTTTTTTAT
131 AGCCTTATTACTCCCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT
* * * * * *
28426 ATTTTTAATTAAAATATACACTAATTGAATGTCTACCATAG-GAAACATGAAGAAAAAGGCAATC
196 ATTTTTAATTAAAACAGACACTAATTGAATGTCTA-CTTCGAGAAACATGAAGAAAAA-ACATTC
* * * * **********
28490 ATTGGCAAGAACAGTCTATTTATACTCACTCANNNNNNNNNNAGCCTTATTACTCTCTTTAAATT
259 ATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-TTTAAATT
* * *
28555 ATTTTATAATCTCAAAATT
323 GTTTTATAATCTCATAATC
* * * * *
28574 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTCA-ATTTTTGGTTAAAACAAACT-ATAATTAAATGTCTTCCTT-
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ATATTTTTAGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTACCTTA
* * * *
28636 GAGAAACGTGTATAAAAA-GCTATTCATTGAG-AAGAAAAGT-TCATTTATGGTCACCCATTCCT
64 GAGAAACATGAAGAAAAAGGC-ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCT
* *********** * * * * * * *
28698 TGAAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTAATTTCAAGTTCAATTGT
126 TTAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
* * * * *
28763 TTTATA-TTTTAGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTACCTCGACAAACATG-AGAACAAAG
191 TTTATATTTTTA-ATTAAAACAGACACTAATTGAATGTCTACTTCGAGAAACATGAAGAA-AAA-
* * * ** * * *
28826 ATATTCATTGGCAAGAAAAATCTTTTTGTAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCTTTT
253 ACATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TTT
*
28891 TAAATTATTTTATAATCTCATAAT-
317 TAAATTGTTTTATAATCTCATAATC
* ********* * * *
28915 TANNNNNNNNNNGAATTTTTTT-TA-----A-TTAAAACAGACAATAATTGAATATGTACCTTAG
1 GA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAG
* * * **********
28973 A-AAACATTAAGAAAAAGGCAATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTNNNNNNNNNNTTTAA
65 AGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAA
* * *
29037 AAGCCTTATTACTCCCTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTAA
130 AAGCCTTATTACTCCCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* ** * * * *
29102 AATTTTTGGTTAAAACA-A-ACTAAAATTGAATGCCTGCGTCGAGAAATATGTAA-AAAAAACTA
195 TATTTTTAATTAAAACAGACACT--AATTGAATGTCTACTTCGAGAAACATG-AAGAAAAAAC-A
* *
29164 TTCATT-GAGAAGAAAAGTCCATTTATGGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGTCC-TATAACT-TGCT
256 TTCATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCT--T
* * *
29225 TTAAATGGTTTTATAAACTCATAATT
316 TTAAATTGTTTTATAATCTCATAATC
* * * * * * *
29251 AATTTTAAGTTCAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTT-GA
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAGA
* * ***********
29315 CAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAANNNNNNNNNNGTCACCCATTCCTTTAAA
66 GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAA
* * * * *
29380 AGACTTATTACTCCCTCTAAATTGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTCTTAC
131 AGCCTTATTACTCCCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT
* ** * * * *
29445 ATTTATGGTTAAAACAGACTA-TAATTAAATGTCTGCCTTC-AGAAATATGTAA-AGAAAATCAT
196 ATTTTTAATTAAAACAGAC-ACTAATTGAATGTCT-ACTTCGAGAAACATG-AAGA-AAAAACAT
* *********
29507 TTATT-GAGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTNNNNNNNNNNTTTAA
257 TCATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCTTTTAA
29570 ATTGTTTTATAATCTCATAATC
320 ATTGTTTTATAATCTCATAATC
* * *
29592 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATAATTTTTTGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGCCTGCCTTA
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTAGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTACCTTA
* *
29655 -AGAAACATGCACAAAAAG
64 GAGAAACATGAAGAAAAAG
29673 CTACTCATTG
Statistics
Matches: 1094, Mismatches: 291, Indels: 113
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
333 3 0.00
334 5 0.00
335 214 0.20
336 14 0.01
337 1 0.00
340 8 0.01
341 139 0.13
342 687 0.63
343 20 0.02
344 2 0.00
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAGA
GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAA
AGCCTTATTACTCCCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT
ATTTTTAATTAAAACAGACACTAATTGAATGTCTACTTCGAGAAACATGAAGAAAAAACATTCAT
TGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTAAATTGTT
TTATAATCTCATAATC
Done.